sp|Q6DR10|TBL43_ARATH ----> Protein trichome birefringence-like 43
Intron 1 GTAAGTGCCA ... TTCTCAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.92 | 37 | 12 | 10 |
| A2 | 26.83 | 15 | 5 | 6 |
| A3 | 28.89 | 16 | 11 | 2 |
| A4 | 31.82 | 15 | 5 | 9 |
| A5 | 21.74 | 9 | 5 | 0 |
| A6 | 14.29 | 15 | 2 | 3 |
| A7 | 11.22 | 87 | 5 | 17 |
| A8 | 17.95 | 96 | 25 | 17 |
| A9 | 18.07 | 68 | 20 | 10 |
| A10 | 14.08 | 61 | 8 | 12 |
>TRINITY_DN43768_c0_g1_i18 from sample A8 / Example spliced isoformTAAAAGGAATGATGTGAAATGCAGTCCTCAACACATAAGTAGATACAGTTCCATATATTTAAATTTAGGCTCGGATTGAAACAGTGCAGTCCGAGCTCAAAGGCCGACGCTGCATTTCACATGGATTTAGAGTGAGTCTTGGAAATTTCGATAGCTTCTCCATATATAAATCTGGCCCATATCATCATTATTCATGTTTT
GTAGTTAAATTCACACCATTGCGAATATTGATACTATGATTGCAGTAAATTGCAAGGCTTTTAGCGGCAGGAGCAGAAGATTTTGGTGGCCTTTGGAGGGTAATTAGAACACCATCTTATTGGCGAGGGTTTTGTCTGCCTGATTATTTAGCGGGCTGCTCCATAGCTTTGCCTACAGATAAATATCTTCCTCACAAATC
AATATGGTACTAGATCTAGAATCAGCACAAGCAGATAACCAACAATTTAGAGTACTGCTAGGCCCTGTGGCTATACTTTGGGACATTGAAAATTGCCCTGTTCCTGGGGAAGTCCGCCCAGAGGATGTAGCAGGTAATATTAGGATGGCACTTGGGTTGCATCCTATGGTTAAAGGTGCTGTCACTATGCTCTCAGCATA
TGGAGATTTTAATAATTTTCCTCGAAGGCTGAGAGAAGGCTGTCAAAAGACTGGAGTCAACCTCATTGATGTTCCCAATGGAAGGAAAGATGCAGCAGATAAAGCCATTTTAGTAGATATGTTCTTATTTGCTCTTGATAATCCTCCTCCCTCTACTATTTTTTTAATTTCAGGAGATGTGGACTTCTCTCCTGCTTTGC
ACAAACTGGGGCAACGGGGCTATACAATTGTGCTTGCTATTCCAGCTGGAGTGGGTGTCTCATCTGCATTACGCAATGCTGGTCGATTTGTGTGGGATTGGCCAAGTTTGGCTCGAGGGGAGGGCCTTGTTCCAGCAAAATCCTTATTGTCTCGAGCACCAGATTTTGCTGGTTATCACATTGGTTGTTTCCAAGGTGGT
GATTATGATCCCAAAAATGATGAAGAAGCTGTTGTGTATAGAGGAATCCCCCAGAATGGATACAACATTGAAAATAATTCAAACCCAATTTATTGTATAAATCCAAAGAATATGTTAATGGATATGACAAAAAAATCTCATGTGGTTGGAGAATATAATCCAGATTCTTTCATAAAAAATGGCAATAATGATATGGGAAT
GCATTCAAGGCCAACACAATATCCAGCTCCTGTTTCAAGGGCTCTAGCTGTGTATCCAGGTAAATCTTCTTCACTGCAAAGTAGTCAAACAGCTAGTGTCAATTTGTCTGTTCTTAATAAACACATGCAGACATTATCTGTCACAGATTCTGGTCAACATGGAATGCCTTCAAATGAAAAAATTGCAGGACACACTTCAT
ATTGCTGGGTGCAACCTGGCGACATTCAAGGTTTGAAGAGACAGATTGTCCACCTTGTCAATATATATGGAGGAAGTTTGCTTCTTGCACGTGTTCCATCTGAGTATCGTAAGGTCTTTGGGAGACCTTTATTTCTAGTAGAGTATGGTTCTTATAAATTAGTTAATTTGATGGAAAAGATGCATGACGTCTTCACTATC
GAAGGAAAAGGAAACAACAAATTTTTATGTTTAAGAGAGTTAGCAAATAAGTGCATACAAGGAAAAATAAATGTTAACTCTTCTACCAAGGATTCTGTAGATGTGATTAGGAAGGACGAGCATACTGGAAAGTTAGACAAGGGAAAAGGAGTCCAAGAATTCACAGATTCAGGTGCTTGTAATGACTTTCATGAAGACTT
TGATGCTTATAGCATAGAAGTGAACCAGGCTTCATATTCAGATGAAGGTTCAGGCGATGAAAGTGGAAGTGAACAAGATGCAGAAGATGAAGAAGATAGGGATGAGGAGATCATTCTCCAAGAAGATGTAAATGTTGAGGAATATGCAGCAGAAGTGAGACTAGAAATATTCAAACGAGAACTGCAGGAGCTTTTGGTAA
GCCATGCCTGTACAATTCTGTTGGCAAATTTTTCAACATTGTACCGGCAAAGATACACTAAAGACATTGATTACAAGCTATTTGGTGTTAAAGAACTTGAAGAACTGATTCAAAAAGCTAGAGATGTTGCAATTGTGATGGAGGAACAGGGCACTAAAAGGAAATTTGTTGTCGCCAACTATGGTTCTAAAGTTGATTAA
AAATAACAATCCACTAATGCTGCAGAGTCGCAGACACCATTCTTTGTCTGGCTCACTATACTGGAGTTCATGGCTTCTTAAGAGCTTGAAGCTGTTTCCAGAAAGCAAATACCAGAGTTAAGGAGCAGAGCACTAGATATTTAAAATTACAGGTTACAGAAAAGGATTTGAAAGGAACAAAATTGCCCGATTATCAGATT
ATTCTGGACTTTTGACCTTCTGAGGATATATTTGGGGATTTTCTTTTCAAGGTCTCCACAAGCTGATTGGAGCACAACTTGCTTTTGGTTACCTATCATTGCATCAGCCGAGTAAGTGATTTCAGTAGTGAGGCTGTGTTCACGAGGCAGAATGATTCAGGGCAAATGCATGTGTAGGGTATGGCATTTTTTGAATTTAT
AAGATGCTTCAAAGTCATATTACAAAACAGATATGGCTTGTATTTCAAGCTTGAAGAAGTTTGTAAAGCTAATAGCAAATAATACCATCCCATGGGTTACTGGTTGCTAAATATGTACTGCTTATAGAACTCTGGGAAAATTTCAACATTCTTCAAGGGTATCAATTAATCTGTATTTGAAGGTATTTTTAGATGTTCTA
CCGCATGTTGTTCTCAAAGTATGCCAGATGTTCTTTTGTGAGATCTATAAGCAAACCTGAAAAAAGAAACCAAGAGGGTTTCATCACTCTGTAAAATATGTTTCTTAGGAAAAACTTGGTATAAATTTTCACTGCTATAGTACTTCAGTGATTTAATTGGACATCCCTTGTTCCAGTGATTTATAAACCAGAATACCTAC
CGATGCTGGTAATTTATTGAACGCAATTATTCATACTGATACTAAACTGCCATAGGGAACCCATTTCCTAACCCTTTGACAACAATCAGTATCCTATTTCAGTATCTGCATCTTGGTATAATTGGCGAAAAGCATGTTTTTTTGTAAAAACTATTGGATTACAGCTGAAGCATTATGGCCGTATAAGTGAATATTCATTT
TATTTGGCAACTTACTCTGTTATAGCTTGCTGCCAAAATTAC
>TRINITY_DN43768_c0_g1_i13 from sample A8 / Example unspliced isoform:TAAAAGGAATGATGTGAAATGCAGTCCTCAACACATAAGTAGATACAGTTCCATATATTTAAATTTAGGCTCGGATTGAAACAGTGCAGTCCGAGCTCAAAGGCCGACGCTGCATTTCACATGGATTTAGATAAATTGCAAGGCTTTTAGCGGCAGGAGCAGAAGATTTTGGTGGCCTCTGGAGGGTAATCAGAACACCA
TCTTATTGGCGAGGGTTTTGTCTGCCTGATTATTTAGCGGGCTGCTCCATAGCTTTGCCTACAGATAAATATCTTCCTCACAAATCAATATGGCTGTCAGCTTGCCTTCAAATAAAATGTATTTTATACCAGGACAATCAGTCGGATATCAAGTTCCAGATGTACTAGATCTAGAATCAGCACAAGCAGATAACCAACAA
TTTAGGGTACTGCTAGGCCCCGTGGCTATACTTTGGGACATTGAAAATTGCCCTGTTCCTGGGGAAGTCCGCCCAGAGGATGTAGCAGGTAATATTAGGATGGCACTTGGGTTGCATCCTATGGTTAAAGGTGCTGTCACTATGCTCTCAGCATATGGAGATTTTAATAATTTTCCTCGAAGGCTGAGAGAAGGCTGTCA
AAAGACTGGAGTCAACCTCATTGATGTTCCCAATGGAAGGAAAGATGCAGCAGATAAAGCCATTTTAGTAGATATGTTCTTATTTGCTCTTGATAATCCTCCTCCCTCTACTATTTTTTTAATTTCAGGAGATGTGGACTTCTCTCCTGCTTTGCACAAACTGGGGCAACGGGGCTATACAATTGTGCTTGCTATTCCAG
CTGGAGTGGGTGTCTCATCTGCATTACGCAATGCTGGTCGATTTGTGTGGGATTGGCCAAGTTTGGCTCGAGGGGAGGGCCTTGTTCCAGCAAAATCCTTATTGTCTCGAGCACCAGATTTTGCTGGTTATCACATTGGTTGTTTCCAAGGTGGTGATTATGATCCCAAAAATGATGAAGAAGCTGTTGTGTATAGAGGA
ATCCCCCAGAATGGATACAACATTGAAAATAATTCAAACCCAATTTATTGTATAAATCCAAAGAATATGTTAATGGATATGACAAAAAAATCTCATGTGGTTGGAGAATATAATCCAGATTCTTTCATAAAAAATGGCAATAATGATATGGGAATGCATTCAAGGCCAACACAATATCCAGCTCCTGTTTCAAGGGCTCT
AGCTGTGTATCCAGGTAAATCTTCTTCACTGCAAAGTAGTCAAACAGCTAGTGTCAATTTGTCTGTTCTTAATAAACACATGCAGACATTATCTGTCACAGATTCTGGTCAACATGGAATGCCTTCAAATGAAAAAATTGCAGGACACACTTCATATTGCTGGGTGCAACCTGGCGACATTCAAGGTTTGAAGAGACAGA
TTGTCCACCTTGTCAATATATATGGAGGAAGTTTGCTTCTTGCACGTGTTCCATCTGAGTATCGTAAGGTCTTTGGGAGACCTTTATTTCTAGTAGAGTATGGTTCTTATAAATTAGTTAATTTGATGGAAAAGATGCATGACGTCTTCACTATCGAAGGAAAAGGAAACAACAAATTTTTATGTTTAAGAGAGTTAGCA
AATAAGTGCATACAAGGAAAAATAAATGTTAACTCTTCTACCAAGGATTCTGTAGATGTGATTAGGAAGGACGAGCATACTGGAAAGTTAGACAAGGGAAAAGGAGTCCAAGAATTCACAGATTCAGGTGCTTGTAATGACTTTCATGAAGACTTTGATGCTTATAGCATAGAAGTGAACCAGGCTTCATATTCAGATGA
AGGTTCAGGCGATGAAAGTGGAAGTGAACAAGATGCAGAAGATGAAGAAGATAGGGATGAGGAGATCATTCTCCAAGAAGATGTAAATGTTGAGGAATATGCAGCAGAAGTGAGACTAGAAATATTCAAACGAGAACTGCAGGAGCTTTTGGTAAGCCATGCCTGTACAATTCTGTTGGCAAATTTTTCAACATTGTACC
GGCAAAGATACACTAAAGACATTGATTACAAGCTATTTGGTGTTAAAGAACTTGAAGAACTGATTCAAAAAGCTAGAGATGTTGCAATTGTGATGGAGGAACAGGGCACTAAAAGGAAATTTGTTGTCGCCAACTATGGTTCTAAAGTTGATTAAAAATAACAATCCACTAATGCTGCAGAGTCGCAGACACCATTCTTT
GTCTGGCTgtaagtgccaaatcttaatgcctcaggatagatgatttcaaactatttggagcattgttaaaagcaagtttttaaagcgttaactaagcaggtaattgatgtcttgattctcaacagCACTATACTGGAGTTCATGGCTTCTTAAGAGCTTGAAGCTGTTTCCAGAAAGCAAATACCAGAGTTAAGGAGCAG
AGCACTAGATATTTAAAATTACAGGTTACAGAAAAGGATTTGAAAGGAACAAAATTGCCCGATTATCAGATTATTCTGGACTTTTGACCTTCTGAGGATATATTTGGGGATTTTCTTTTCAAGGTCTCCACAAGCTGATTGGAGCACAACTTGCTTTTGGTTACCTATCATTGCATCAGCCGAGTAAGTGATTTCAGTAG
TGAGGCTGTGTTCACGAGGCAGAATGATTCAGGGCAAATGCATGTGTAGGGTATGGCATTTTTTGAATTTATAAGATGCTTCAAAGTCATATTACAAAACAGATATGGCTTGTATTTCAAGCTTGAAGAAGTTTGTAAAGCTAATAGCAAATAATACCATCCCATGGGTTACTGGTTGCTAAATATGTACTGCTTATAGA
ACTCTGGGAAAATTTCAACATTCTTCAAGGGTATCAATTAATCTGTATTTGAAGGTATTTTTAGATGTTCTACCGCATGTTGTTCTCAAAGTATGCCAGATGTTCTTTTGTGAGATCTATAAGCAAACCTGAAAAAAGAAACCAAGAGGGTTTCATCACTCTGTAAAATATGTTTCTTAGGAAAAACTTGGTATAAATTT
TCACTGCTATAGTACTTCAGTGATTTAATTGGACATCCCTTGTTCCAGTGATTTATAAACCAGAATACCTACCGATGCTGGTAATTTATTGAACGCAATTATTCATACTGATACTAAACTGCCATAGGGAACCCATTTCCTAACCCTTTGACAACAATCAGTATCCTATTTCAGTATCTGCATCTTGGTATAATTGGCGA
AAAGCATGTTTTTTTGTAAAAACTATTGGATTACAGCTGAAGCATTATGGCCGTATAAGTGAATATTCATTTTATTTGGCAACTTACTCTGTTATAGCTTGCTGCCAAAATTAC
Intron 2 GTAAATCTTC ... TCTGTCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 60.04 | 26 | 41 | 36 |
| A2 | 62.62 | 5.8 | 7 | 12 |
| A3 | 55.91 | 15.5 | 22 | 17 |
| A4 | 70.39 | 7.7 | 19 | 17 |
| A5 | 36.36 | 7.6 | 7 | 1 |
| A6 | 42.73 | 2.9 | 2 | 2 |
| A7 | 62.94 | 30 | 63 | 38 |
| A8 | 52.41 | 30 | 41 | 24 |
| A9 | 67.52 | 23.1 | 56 | 39 |
| A10 | 59.62 | 35.6 | 59 | 44 |
>TRINITY_DN122473_c0_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoformAAGAAAGTCATTTTGCTACGACAGAGGAAGACCTAAAAGGAATGATGTGAAATGCAGTCCTCAACACATAAGTAGATACAGTTCCATATATTTAAATTTAGGCTCGGATTGAAACAGTGCAGTCCGAGCTCAAAGGCCGACGCTGCATTTCACATGGATTTAGATAAATTGCAAGGCTTTTAGCGGCAGGAGCAGAAGAT
TTTGGTGGCCTCTGGAGGGTAATCAGAACACCATCTTATTGGCGAGGGTTTTGTCTGCCTGATTATTTAGCGGGCTGCTCCATAGCTTTGCCTACAGATAAATATCTTCCTCACAAATCAATATGGCTGTCAGCTTGCCTTCAAATAAAATGTATTTTATACCAGGACAATCAGTCGGATATCAAGTTCCAGATGTACTA
GATCTAGAATCAGCACAAGCAGATAACCAACAATTTAGGGTACTGCTAGGCCCCGTGGCTATACTTTGGGACATTGAAAATTGTCCTGTTCCTGGGGAAGTCCGCCCAGAGGATGTAGCAGGTAATATTAGGATGGCACTTGCGTTGCATCCTATGGTTAAAGGTGCTGTCACTATGCTCTCAGCATATGGAGATTTTAA
TAATTTTCCTCGAAGGCTGAGAGAAGGCTGTCAAAAGACTGGAGTCAACCTCATTGATGTTCCCAATGGAAGGAAAGATGCAGCAGATAAAGCCATTTTAGTAGATATGTTCTTATTTGCTCTTGATAATCCTCCTCCCTCTACTATTTTTTTAATTTCAGGAGATGTGGACTTCTCTCCTGCTTTGCACAAACTGGGGC
AACGGGGCTATACAATTGTGCTTGCTATTCCAGCTGGAGTGGGTGTCTCATCTGCATTACGCAATGCTGGTCGATTTGTGTGGGATTGGCCAAGTTTGGCTCGAGGGGAGGGCCTTGTTCCAGCAAAATCCTTATTGTCTCGAGCACCAGATTTTGCTGGTTATCACATTGGTTGTTTCCAAGGTGGTGATTATGATCCC
AAAAATGATGAAGAAGCTGTTGTGTATAGAGGAATCCCCCAGAATGGATACAACATTGAAAATAATTCAAACCCAATTTATTGTATAAATCCAAAGAATATGTTAATGGATATGACAAAAAAATCTCATGTGGTTGGAGAATATAATCCAGATTCTTTCATAAAAAATGGCAATAATGATATGGGAATGCATTCAAGGCC
AACACAATATCCAGCTCCTGTTTCAAGGGCTCTAGCTGTGTATCCAGATTCTGGTCAACATGGAATGCCTTCAAATGAAAAAATTGCAGGACACACTTCATATTGCTGGGTGCAACCTGGCGACATTCAAGGTTTGAAGAGACAGATTGTCCACCTTGTCAATATATATGGAGGAAGTTTGCTTCTTGCACGTGTTCCAT
CTGAGTATCGTAAGGTCTTTGGGAGACCTTTATTTCTAGTAGAGTATGGTTCTTATAAATTAGTTAATTTGATGGAAAAGATGCATGACGTCTTCACTATCGAAGGAAAAGGAAACAACAAATTTTTATGTTTAAGAGAGTTAGCAAATAAGTGCATACAAGGAAAAATAAATGTTAACTCTTCTACCAAGGATTCTGGA
GATGTGATTAGGAAGGAAGAGCATACTGGAAAGTTAGACAAGGGAAAAGGAGTCCAAGAATTCACAGATTCAGGTGCTTGTAATGACTTTCATGAAGACTTTGATGCTTATAGCATAGAAGTGAACCAGGCTTCATATTCAGATGAAGGTTCAGGCGATGAAAGTGGAAGTGAACAAGATGCAGAAGATGAAGAAGATAG
GGATGAGGAGATCATTCTCCAAGAAGATGTAAATGTTGAGGAATATGCAGCAGAAGTGAGACTAGAAATATTCAAACGAGAACTGCAGGAGCTTTTGGTAAGCCATGCCTGTACAATTCTGTTGGCAAATTTTTCAACATTGTACCGGCAAAGATACACTAAAGACATTGATTACAAGCTATTTGGTGTTAAAGAACTTG
AAGAACTGATTCAAAAAGCTAGAGATGTTGCAATTGTGATGGAGGAACAGGGCACTAAAAGGAAATTTGTTGTCGCCAACTATGGTTCTAAAGTTGATTAAAAATAACAATCCACTAATGCTGCAGAGTCGCAGACACCATTCTTTGTCTGGCT
>TRINITY_DN122473_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:AAGAAAGTCATTTTGCTACGACAGAGGAAGACCTAAAAGGAATGATGTGAAATGCAGTCCTCAACACATAAGTAGATACAGTTCCATATATTTAAATTTAGGCTCGGATTGAAACAGTGCAGTCCGAGCTCAAAGGCCGACGCTGCATTTCACATGGATTTAGATAAATTGCAAGGCTTTTAGCGGCAGGAGCAGAAGAT
TTTGGTGGCCTCTGGAGGGTAATCAGAACACCATCTTATTGGCGAGGGTTTTGTCTGCCTGATTATTTAGCGGGCTGCTCCATAGCTTTGCCTACAGATAAATATCTTCCTCACAAATCAATATGGCTGTCAGCTTGCCTTCAAATAAAATGTATTTTATACCAGGACAATCAGTCGGATATCAAGTTCCAGATGTACTA
GATCTAGAATCAGCACAAGCAGATAACCAACAATTTAGGGTACTGCTAGGCCCCGTGGCTATACTTTGGGACATTGAAAATTGTCCTGTTCCTGGGGAAGTCCGCCCAGAGGATGTAGCAGGTAATATTAGGATGGCACTTGCGTTGCATCCTATGGTTAAAGGTGCTGTCACTATGCTCTCAGCATATGGAGATTTTAA
TAATTTTCCTCGAAGGCTGAGAGAAGGCTGTCAAAAGACTGGAGTCAACCTCATTGATGTTCCCAATGGAAGGAAAGATGCAGCAGATAAAGCCATTTTAGTAGATATGTTCTTATTTGCTCTTGATAATCCTCCTCCCTCTACTATTTTTTTAATTTCAGGAGATGTGGACTTCTCTCCTGCTTTGCACAAACTGGGGC
AACGGGGCTATACAATTGTGCTTGCTATTCCAGCTGGAGTGGGTGTCTCATCTGCATTACGCAATGCTGGTCGATTTGTGTGGGATTGGCCAAGTTTGGCTCGAGGGGAGGGCCTTGTTCCAGCAAAATCCTTATTGTCTCGAGCACCAGATTTTGCTGGTTATCACATTGGTTGTTTCCAAGGTGGTGATTATGATCCC
AAAAATGATGAAGAAGCTGTTGTGTATAGAGGAATCCCCCAGAATGGATACAACATTGAAAATAATTCAAACCCAATTTATTGTATAAATCCAAAGAATATGTTAATGGATATGACAAAAAAATCTCATGTGGTTGGAGAATATAATCCAGATTCTTTCATAAAAAATGGCAATAATGATATGGGAATGCATTCAAGGCC
AACACAATATCCAGCTCCTGTTTCAAGGGCTCTAGCTGTGTATCCAGgtaaatcttcttcactgcaaagtagtcaaacagctagtgtcaatttgtctgttcttaataaacacatgcagacattatctgtcacagATTCTGGTCAACATGGAATGCCTTCAAATGAAAAAATTGCAGGACACACTTCATATTGCTGGGTGC
AACCTGGCGACATTCAAGGTTTGAAGAGACAGATTGTCCACCTTGTCAATATATATGGAGGAAGTTTGCTTCTTGCACGTGTTCCATCTGAGTATCGTAAGGTCTTTGGGAGACCTTTATTTCTAGTAGAGTATGGTTCTTATAAATTAGTTAATTTGATGGAAAAGATGCATGACGTCTTCACTATCGAAGGAAAAGGA
AACAACAAATTTTTATGTTTAAGAGAGTTAGCAAATAAGTGCATACAAGGAAAAATAAATGTTAACTCTTCTACCAAGGATTCTGGAGATGTGATTAGGAAGGAAGAGCATACTGGAAAGTTAGACAAGGGAAAAGGAGTCCAAGAATTCACAGATTCAGGTGCTTGTAATGACTTTCATGAAGACTTTGATGCTTATAG
CATAGAAGTGAACCAGGCTTCATATTCAGATGAAGGTTCAGGCGATGAAAGTGGAAGTGAACAAGATGCAGAAGATGAAGAAGATAGGGATGAGGAGATCATTCTCCAAGAAGATGTAAATGTTGAGGAATATGCAGCAGAAGTGAGACTAGAAATATTCAAACGAGAACTGCAGGAGCTTTTGGTAAGCCATGCCTGTA
CAATTCTGTTGGCAAATTTTTCAACATTGTACCGGCAAAGATACACTAAAGACATTGATTACAAGCTATTTGGTGTTAAAGAACTTGAAGAACTGATTCAAAAAGCTAGAGATGTTGCAATTGTGATGGAGGAACAGGGCACTAAAAGGAAATTTGTTGTCGCCAACTATGGTTCTAAAGTTGATTAAAAATAACAATCC
ACTAATGCTGCAGAGTCGCAGACACCATTCTTTGTCTGGCTCACTATACTGGAGTTCATGGCTTCTTAAGAGCTTGAAGCTGTTTCCAGAAAGCAAATACCAGAGTTAAGGAGCAGAGCACTAGATATTTAAAATTACAGGTTACAGAAAAGGATTTGAAAGGAACAAAATTGCCCGATTATCAGATTATTCTGGACTTT
TGACCTTCTGAGGATATATTTGGGGATTTTCTTTTCAAGGTCTCCACAAGCTGATTGGAGCACAACTTGCTTTTGGTTACCTATCATTGCATCAGCCGAGTAAGTGATTTCAGTAGTGAGGCTGTGTTCACGAGGCAGAATGATTCAGGGCAAATGCATGTGTAGGGTATGGCATTTTTTGAATTTATAAGATGCTTCAA
AGTCATATTACAAAACAGATATGGCTTGTATTTCAAGCTTGAAGAAGTTTGTAAAGCTAATAGCAAATAATACCATCCCATGGGTTACTGGTTGCTAAATATGTACTGCTTATAGAACTCTGGGAAAATTTCAACATTCTTCAAGGGTATCAATTAATCTGTATTTGAAGGTATTTTTAGATGTTCTACCGCATGTTGTT
CTCAAAGTATGCCAGATGTTCTTTTGTGAGATCTATAAG
Intron 3 GTTTGGAATT ... TTCTACACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 17.5 | 33 | 0 | 7 |
| A2 | 33.93 | 37 | 0 | 19 |
| A3 | 12.5 | 14 | 2 | 2 |
| A4 | 17.39 | 19 | 0 | 4 |
| A5 | 20 | 4 | 0 | 1 |
| A6 | 30.23 | 30 | 0 | 13 |
| A7 | 24.78 | 85 | 5 | 28 |
| A8 | 20.53 | 120 | 2 | 31 |
| A9 | 38 | 62 | 1 | 38 |
| A10 | 24.66 | 55 | 1 | 18 |
>TRINITY_DN42744_c1_g2_i3 from sample A9 / Example spliced isoformGGCGAATCAAATCCACATTAACAAAACTTTAAAAGAAAGTCATTTTGCTACGACAGAGGAAGACCTAAAAGGAATGATGTGAAATGCAGTCCTCAACACATAAGTAGATACAGTTCCATATATTTAAATTTAGGCTCGGATTGAAACAGTGCAGTCCGAGCTCAAAGGCCGACGCTGCATTTCACATGGATTTAGATAAA
TTGCAAGGCTTTTAGCGGCAGGAGCAGAAGATTTTGGTGGCCTTTGGAGGGTAATTAGAACACCATCTTATTGGCGAGGGTTTTGTCTGCCTGATTATTTAGCGGGCTGCTCCATAGCTTTGCCTACAGATAAATATCTTCCTCACAAATCAATATGGTACTAGATCTAGAATCAGCACAAGCAGATAACCAACAATTTA
GAGTACTGCTAGGCCCTGTGGCTATACTTTGGGACATTGAAAATTGTCCTGTTCCTGGGGAAGTCCGCCCAGAGGATGTAGCAGGTAATATTAGGATGGCACTTGGGTTGCATCCTATGGTTAAAGGTGCTGTCACTATGCTCTCAGCATATGGAGATTTTAATAATTTTCCTCGAAGGCTGAGAGAAGGCTGTCAAAAG
ACTGGAGTCAACCTCATTGATGTTCCCAATGGAAGGAAAGATGCAGCAGATAAAGCCATTTTAGTAGATATGTTCTTATTTGCTCTTGATAATCCTCCTCCCTCTACTATTTTTTTAATTTCAGGAGATGTGGACTTCTCTCCTGCTTTGCACAAACTGGGGCAACGGGGCTATACAATTGTGCTTGCTATTCCAGCTGG
AGTGGGTGTCTCATCTGCATTACGCAATGCTGGTCGATTTGTGTGGGATTGGCCAAGTTTGGCTCGAGGGGAGGGCCTTGTTCCAGCAAAATCCTTATTGTCTCGAGCACCAGATTTTGCTGGTTATCACATTGGTTGTTTCCAAGGTGGTGATTATGATCCCAAAAATGATGAAGAAGCTGTTGTGTATAGAGGAATCC
CCCAGAATGGATACAACATTGAAAATAATTCAAACCCAATTTATTGTATAAATCCAAAGAATATGTTAATGGATATGACAAAAAAATCTCATGTGGTTGGAGAATATAATCCAGATTCTTTCATAAAAAATGGCAATAATGATATGGGAATGCATTCAAGGCCAACACAATATCCAGCTCCTGTTTCAAGGGCTCTAGCT
GTGTATCCAGGTAAATCTTCTTCACTGCAAAGTAGTCAAACAGCTAGTGTCAATTTGTCTGTTCTTAATAAACACATGCAGACATTATCTGTCACAGATTCTGGTCAACATGGAATGCCTTCAAATGAAAAAATTGCAGGACACACTTCATATTGCTGGGTGCAACCTGGCGACATTCAAGGTTTGAAGAGACAGATTGT
CCACCTTGTCAATATATATGGAGGAAGTTTGCTTCTTGCACGTGTTCCATCTGAGTATCGTAAGGTCTTTGGGAGACCTTTATTTCTAGTAGAGTATGGTTCTTATAAATTAGTTAATTTGATGGAAAAGATGCATGACGTCTTCACTATCGAAGGAAAAGGAAACAACAAATTTTTATGTTTAAGAGAGTTAGCAAATA
AGTGCATACAAGGAAAAATAAATGTTAACTCTTCTACCAAGGATTCTGTAGATGTGATTAGGAAGGACGAGCATACTGGAAAGTTAGACAAGGGAAAAGGAGTCCAAGAATTCACAGATTCAGGTGCTTGTAATGACTTTCATGAAGACTTTGATGCTTATAGCATAGAAGTGAACCAGGCTTCATATTCAGATGAAGGT
TCAGGCGATGAAAGTGGAAGTGAACAAGATGCAGAAGATGAAGAAGATAGGGATGAGGAGATCATTCTCCAAGAAGATGTAAATGTTGAGGAATATGCAGCAGAAGTGAGACTAGAAATATTCAAACGAGAACTGCAGGAGCTTTTGGTAAGCCATGCCTGTACAATTCTGTTGGCAAATTTTTCAACATTGTACCGGCA
AAGATACACTAAAGACATTGATTACAAGCTATTTGGTGTTAAAGAACTTGAAGAACTGATTCAAAAAGCTAGAGATGTTGCAATTGTGATGGAGGAACAGGGCACTAAAAGGAAATTTGTTGTCGCCAACTATGGTTCTAAAGTTGATTAAAAATAACAATCCACTAATGCTGCAGAGTCGCAGACACCATTCTTTGTCT
GGCTCACTATACTGGAGTTCATGGCTTCTTAAGAGCTTGAAGCTGTTTCCAGAAAGCAAATACCAGAGTTAAGGAGCAGAGCACTAGATATTTAAAATTACAGGTTACAGAAAAGGATTTGAAAGGAACAAAATTGCCCGATTATCAGATTATTCTGGACTTTTGACCTTCTGAGGATATATTTGGGGATTTTCTTTTCA
AGGTCTCCACAAGCTGATTGGAGCACAACTTGCTTTTGGTTACCTATCATTGCATCAGCCGAGTAAGTGATTTCAGTAGTGAGGCTGTGTTCACGAGGCAGAATGATTCAGGGCAAATGCATGTGTAGGGTATGGCATTTTTTGAATTTATAAGATGCTTCAAAGTCATATTACAAAACAGATATGGCTTGTATTTCAAG
CTTGAAGAAGTTTGTAAAGCTAATAGCAAATAATACCATCCCATGGGTTACTGGTTGCTAAATATGTACTGCTTATAGAACTCTGGGAAAATTTCAACATTCTTCAAGGGTATCAATTAATCTGTATTTGAAGGTATTTTTAGATGTTCTACCGCATGTTGTTCTCAAAGTATGCCAGATGTTCTTTTGTGAGATCTATA
AGCAAACCTGAAAAAAGAAACCAAGAGGGTTTCATCACTCTGTAAAATATGTTTCTTAGGAAAAACTTGGTATAAATTTTCACTGCTATAGTACTTCAGTGATTTAATTGGACATCCCTTGTTCCAGTGATTTATAAACCAGAATACCTACCGATGCTGGTAATTTATTGAACGCAATTATTCATACTGATACTAAACTG
CCATAGGGAACCCATTTCCTAACCCTTTGACAACAATCAGTATCCTATTTCAGTATCTGCATCTTGGTATAATTGGCGAAAAGCATGTTTTTTTGTAAAAACTATTGGATTACAGCTGAAGCATTATGGCCGTATAAGTGAATATTCATTTTATTT
>TRINITY_DN42744_c1_g2_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:TTCAAACTATTTGGAGCATTGTTAAAAGCAAGTTTTTAAAGCGTTAACTAAGCAGGTAATTGATGTCTTGATTCTCAACAGCACTATACTGGAGTTCATGGCTTCTTAAGAGCTTGAAGCTGTTTCCAGAAAGCAAATACCAGAGTTAAGGAGCAGAGCACTAGATATTTAAAATTACAGgtttggaattgatttatagc
aatatctaaatctgcataatataggttatggtttgcttttggaagatgtaaatttatgtattttatcgaggaattcttgttacaaaggtccgtgataaaaattaaaagggagcttttatattgtgagaaggttgaggccggcaatgattttgttttatagtctcttgtgatatgaatctgtcaatatcacttgtttgctg
atggattttccttcatggcctaagttttttactatctcagggtgtaatggtttttccaattttctacacagGTTACAGAAAAGGATTTGAAAGGAACAAAATTGCCCGATTATCAGATTATTCTGGACTTTTGACCTTCTGAGGATATATTTGGGGATTTTCTTTTCAAGGTCTCCACAAGCTGATTGGAGCACAACTTG
CTTTTGGTTACCTATCATTGCATCAGCCGAGTAAGTGATTTCAGTAGTGAGGCTGTGTTCACGAGGCAGAATGATTCAGGGCAAATGCATGTGTAGGGTATGGCATTTTTTGAATTTATAAGATGCTTCAAAGTCATATTACAAAACAGATATGGCTTGTATTTCAAGCTTGAAGAAGTTTGTAAAGCTAATAGCAAATA
ATACCATCCCATGGGTTACTGGTTGCTAAATATGTACTGCTTATAGAACTCTGGGAAAATTTCAACATTCTTCAAGGGTATCAATTAATCTGTATTTGAAGGTATTTTTAGATGTTCTACCGCATGTTGTTCTCAAAGTATGCCAGATGTTCTTTTGTGAGATCTATAAGCAAACCTGAAAAAAGAAACCAAGAGGGTTT
CATCACTCTGTAAAATATGTTTCTTAGGAAAAACTTGGTATAAATTTTCACTGCTATAGTACTTCAGTGATTTAATTGGACATCCCTTGTTCCAGTGATTTATAAACCAGAATACCTACCGATGCTGGTAATTTATTGAACGCAATTATTCATACTGATACTAAACTGCCATAGGGAACCCATTTCCTAACCCTTTGACA
ACAATCAGTATCCTATTTCAGTATCTGCATCTTGGTATAATTGGCGAAAAGCATGTTTTTTTGTAAAAACTATTGGATTACAGCTGAAGCATTATGGCCGTATAAGTGAATATTCATTTTATTT
Intron 4 GTAAATCTTC ... AAAATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 56.59 | 28 | 41 | 32 |
| A2 | 48.15 | 14 | 7 | 19 |
| A3 | 55.22 | 15 | 22 | 15 |
| A4 | 52.78 | 17 | 19 | 19 |
| A5 | 36.84 | 6 | 7 | 0 |
| A6 | 18.18 | 9 | 2 | 2 |
| A7 | 46.26 | 61 | 63 | 42 |
| A8 | 47.89 | 37 | 41 | 27 |
| A9 | 60.28 | 28 | 56 | 29 |
| A10 | 53.07 | 42 | 59 | 36 |
>TRINITY_DN47125_c0_g2_i7 from sample A7 / Example spliced isoformATAGACTAAAAGGAATTATGTGAAATGCAGTCCTCAATACATATATGGATTTAGGAATTATGTGAAATGCAGTCCTAAATCCATATATTTGAATTGAGGCTCGGATTGAAACAGTGCAGTCCGAGCTCAAAGGCCGACGCTGCATTTCACATGGATTTAGATAAATTGCAAGGCTTTTAGCGGCAGGAGCAGAAGATTTT
GGTGGCCTCTGGAGGGTAATCAGAACACCATCTTATTGGCGAGGGTTTTGTCTGCCTGATTATTTAGCGGGCTGCTCCATAGCTTTGCCTACAGATAAATATCTTCCTCACAAATCAATATGGCTGTCAGCTTGCCTTCAAATAAAATGTATTTTATACCAGGACAATCAGTCGGATATCAAGTTCCAGATGTACTAGAT
CTAGAATCAGCACAAGCAGATAACCAACAATTTAGGGTACTGCTAGGCCCCGTGGCTATACTTTGGGACATTGAAAATTGTCCTGTTCCTGGGGAAGTCCGCCCAGAGGATGTAGCAGGTAATATTAGGATGGCACTTGGGTTGCATCCTATGGTTAAAGGTGCTGTCACTATGCTCTCAGCATATGGAGATTTTAATAA
TTTTCCTCGAAGGCTGAGAGAAGGCTGTCAAAAGACTGGAGTCAACCTCATTGATGTTCCCAATGGAAGGAAAGATGCAGCAGATAAAGCCATTTTAGTAGATATGTTCTTATTTGCTCTTGATAATCCTCCTCCCTCTACTATTTTTTTAATTTCAGGAGATGTGGACTTCTCTCCTGCTTTGCACAAACTGGGGCAAC
GGGGCTATACAATTGTGCTTGCTATTCCAGCTGGAGTGGGTGTCTCATCTGCATTACGCAATGCTGGTCGATTTGTGTGGGATTGGCCAAGTTTGGCTCGAGGGGAGGGCCTTGTTCCAGCAAAATCCTTATTGTCTCGAGCACCAGATTTTGCTGGTTATCACATTGGTTGTTTCCAAGGTGGTGATTATGATCCCAAA
AATGATGAAGAAGCTGTTGTGTATAGAGGAATCCCCCAGAATGGATACAACATTGAAAATAATTCAAACCCAATTTATTGTATAAATCCAAAGAATATGTTAATGGATATGACAAAAAAATCTCATGTGGTTGGAGAATATAATCCAGATTCTTTCATAAAAAATGGCAATAATGATATGGGAATGCATTCAAGGCCAAC
ACAATATCCAGCTCCTGTTTCAAGGGCTCTAGCTGTGTATCCAGGACACACTTCATATTGCTGGGTGCAACCTGGCGACATTCAAGGTTTGAAGAGACAGATTGTCCACCTTGTCAATATATATGGAGGAAGTTTGCTTCTTGCACGTGTTCCATCTGAGTATCGTAAGGTCTTTGGGAGACCTTTATTTCTAGTAGAGT
ATGGTTCTTATAAATTAGTTAATTTGATGGAAAAGATGCATGACGTCTTCACTATCGAAGGACAAGGAAACAATAAGTTTTTATGTTCAAGAGAGTTAGCAAATAAGTGCATACCTCGAAAAATAAATGTTAACTCTTCTACCAAGGATTCTGTAGATGTGATTAGGAAGGACGAGCATACTGGAAAGTTAGACAAGGGA
AAAGGAGTCCAAGAATTCACAGATTCAGGTGCTTGTAATGACTTTCATGAAGACTTTGATGCTTATAGCATAGAAGCGAACCAGGCTTCATATTTAGATGAAGGTTCAGGCAATGAAAGTGGAAGTGAACACGATGAAGAAGATAGGGATGAGGAGACCATTCTCCAAGAAGCTATGTTACCAGAAACGAAAAACGGGAA
ACGGAACAAGAAACGAGAACGTACGAGAAACGAAGTTTCCAGATTTCGCTTATAAGAAATAAGGAGAGAGAAAAACAACAAAATTAAAGGTGAAGAGCTGGCAGTCTCACAACTTCCCTTTTATTAATGTCTTGATGGAAGATTTTGGTGCCAAGAGAATGGCAAGCCTGATAGTGATTACTTGAAATAGAGATGGCAGC
CTTCTCACTGTGATCTCCCAACGTAATAATAAATTCTTCTCATGCATGTTCATTTCATTGTATGAAGAATTCACAACCATAGATGACGTGCCTTGCTCAGTGGAGCTTCTGTTTGGCCTCAGTGTAAAATCTGAATCTCAATAATTTTGAAGATGCTTACTGAAATGTTTGAATGTTCTAGTCACTGGTTAAGTATGTAG
GTTATCAATGGCCCCTTCGCGAGATTGGATGAG
>TRINITY_DN47125_c0_g2_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:ATAGACTAAAAGGAATTATGTGAAATGCAGTCCTCAATACATATATGGATTTAGGAATTATGTGAAATGCAGTCCTAAATCCATATATTTGAATTGAGGCTCGGATTGAAACAGTGCAGTCCGAGCTCAAAGGCCGACGCTGCATTTCACATGGATTTAGATAAATTGCAAGGCTTTTAGCGGCAGGAGCAGAAGATTTT
GGTGGCCTTTGGAGGGTAATTAGAACACCATCTTATTGGCGAGGGTTTTGTCTGCCTGATTATTTAGCGGGCTGCTCCATAGCTTTGCCTACAGATAAATATCTTCCTCACAAATCAATATGGTACTAGATCTAGAATCAGCACAAGCAGATAACCAACAATTTAGAGTACTGCTAGGCCCTGTGGCTATACTTTGGGAC
ATTGAAAATTGTCCTGTTCCTGGGGAAGTCCGCCCAGAGGATGTAGCAGGTAATATTAGGATGGCACTTGGGTTGCATCCTATGGTTAAAGGTGCTGTCACTATGCTCTCAGCATATGGAGATTTTAATAATTTTCCTCGAAGGCTGAGAGAAGGCTGTCAAAAGACTGGAGTCAACCTCATTGATGTTCCCAATGGAAG
GAAAGATGCAGCAGATAAAGCCATTTTAGTAGATATGTTCTTATTTGCTCTTGATAATCCTCCTCCCTCTACTATTTTTTTAATTTCAGGAGATGTGGACTTCTCTCCTGCTTTGCACAAACTGGGGCAACGGGGCTATACAATTGTGCTTGCTATTCCAGCTGGAGTGGGTGTCTCATCTGCATTACGCAATGCTGGTC
GATTTGTGTGGGATTGGCCAAGTTTGGCTCGAGGGGAGGGCCTTGTTCCAGCAAAATCCTTATTGTCTCGAGCACCAGATTTTGCTGGTTATCACATTGGTTGTTTCCAAGGTGGTGATTATGATCCCAAAAATGATGAAGAAGCTGTTGTGTATAGAGGAATCCCCCAGAATGGATACAACATTGAAAATAATTCAAAC
CCAATTTATTGTATAAATCCAAAGAATATGTTAATGGATATGACAAAAAAATCTCATGTGGTTGGAGAATATAATCCAGATTCTTTCATAAAAAATGGCAATAATGATATGGGAATGCATTCAAGGCCAACACAATATCCAGCTCCTGTTTCAAGGGCTCTAGCTGTGTATCCAGgtaaatcttcttcactgcaaagtag
tcaaacagctagtgtcaatttgtctgttcttaataaacacatgcagacattatctgtcacagattctggtcaacatggaatgccttcaaatgaaaaaattgcagGACACACTTCATATTGCTGGGTGCAACCTGGCGACATTCAAGGTTTGAAGAGACAGATTGTCCACCTTGTCAATATATATGGAGGAAGTTTGCTTC
TTGCACGTGTTCCATCTGAGTATCGTAAGGTCTTTGGGAGACCTTTATTTCTAGTAGAGTATGGTTCTTATAAATTAGTTAATTTGATGGAAAAGATGCATGACGTCTTCACTATCGAAGGAAAAGGAAACAACAAATTTTTATGTTTAAGAGAGTTAGCAAATAAGTGCATACAAGGAAAAATAAATGTTAACTCTTCT
ACCAAGGATTCTGTAGATGTGATTAGGAAGGACGAGCATACTGGAAAGTTAGACAAGGGAAAAGGAGTCCAAGAATTCACAGATTCAGGTGCTTGTAATGACTTTCATGAAGACTTTGATGCTTATAGCATAGAAGTGAACCAGGCTTCATATTCAGATGAAGGTTCAGGCGATGAAAGTGGAAGTGAACAAGATGCAGA
CGATGAAGAAGATAGGGATGAGGAGATCATTCTCCAAGAAGATGTAAATGTTGAGGAATATGCAGCAGAAGTGAGACTAGAAATATTCAAACGAGAACTGCAGGAGCTTTTGGTAAGCCATGCCTGTACAATTCTGTTGGCAAATTTTTCAACATTGTACCGGCAAAGATACACTAAAGACATTGATTACAAGCTATTTG
GTGTTAAAGAACTTGAAGAACTGATTCAAAAAGCTAGAGATGTTGCAATTGTGATGGAGGAACAGGGCACTAAAAGGAAATTTGTTGTCGCCAACTATGGTTCTAAAGTTGATTAAAAATAACAATCCACTAATGCTGCAGAGTCGCAGACACCATTCTTTGTCTGGCTCACTATACTGGAGTTCATGGCTTCTTAAGAG
CTTGAAGCTGTTTCCAGAAAGCAAATACCAGAGTTAAGGAGCAGAGCACTAGATATTTAAAATTACAGGTTACAGAAAAGGATTTGAAAGGAACAAAATTGCCCGATTATCAGATTATTCTGGACTTTTGACCTTCTGAGGATATATTTGGGGATTTTCTTTTCAAGGTCTCCACAAGCTGATTGGAGCACAACTTGCTT
TTGGTTACCTATCATTGCATCAGCCGAGTAAGTGATTTCAGTAGTGAGGCTGTGTTCACGAGGCAGAATGATTCAGGGCAAATGCATGTGTAGGGTATGGCATTTTTTGAATTTATAAGATGCTTCAAAGTCATATTACAAAACAGATATGGCTTGTATTTCAAGCTTGAAGAAGTTTGTAAAGCTAATAGCAAATAATA
CCATCCCATGGGTTACTGGTTGCTAAATATGTACTGCTTATAGAACTCTGGGAAAATTTCAACATTCTTCAAGGGTATCAATTAATCTGTATTTGAAGGTATTTTTAGATGTTCTACCGCATGTTGTTCTCAAAGTATGCCAGATGTTCTTTTGTGAGATCTATAAGCAAACCTGAAAAAAGAAACCAAGAGGGTTTCAT
CACTCTGTAAAATATGTTTCTTAGGAAAAACTTGGTATAAATTTTCACTGCTATAGTACTTCAGTGATTTAATTGGACATCCCTTGTTCCAGTGATTTATAAACCAGAATACCTACCGATGCTGGTAATTTATTGAACGCAATTATTCATACTGATACTAAACTGCCATAGGGAACCCATTTCCTAACCCTTTGACAACA
ATCAGTATCCTATTTCAGTATCTGCATCTTGGTATAATTGGCGAAAAGCATGTTTTTTTGTAAAAACTATTGGATTACAGCTGAAGCATTATGGCCGTATAAGTGAATATTCATTTTATTTGGCAACTTACTCTGTTATAGCTTGCTGCC
Intron 5 GTGAGTCTTG ... GTGATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25.68 | 45.9 | 4.2 | 15.9 |
| A2 | 25.79 | 37 | 2.8 | 12.9 |
| A3 | 30.24 | 32.5 | 10.7 | 14.1 |
| A4 | 29.16 | 31.6 | 7.8 | 13 |
| A5 | 33.33 | 20 | 1 | 10 |
| A6 | 17.07 | 10 | 1.7 | 2.1 |
| A7 | 18.55 | 43.9 | 7.8 | 10 |
| A8 | 13.53 | 12.8 | 1.8 | 2 |
| A9 | 26.02 | 51 | 0.8 | 17.9 |
| A10 | 29.77 | 49.5 | 14 | 21 |
>TRINITY_DN114977_c0_g1_i8 from sample A3 / Example spliced isoformAGAAAGTCATTTTGCTACGACAGAGGAAGACCTAAAAGGAATGATGTGAAATGCAGTCCTCAACACATAAGTAGATACAGTTCCATATATTTAAATTTAGGCTCGGATTGAAACAGTGCAGTCCGAGCTCAAAGGCCGACGCTGCATTTCACATGGATTTAGATAAATTGCAAGGCTTTTAGCGGCAGGAGCAGAAGATT
TTGGTGGCCTTTGGAGGGTAATTAGAACACCATCTTATTGGCGAGGGTTTTGTCTGCCTGATTATTTAGCGGGCTGCTCCATAGCTTTGCCTACAGATAAATATCTTCCTCACAAATCAATATGGTACTAGATCTAGAATCAGCACAAGCAGATAACCAACAATTTAGAGTACTGCTAGGCCCTGTGGCTATACTTTGGG
ACATTGAAAATTGTCCTGTTCCTGGGGAAGTCCGCCCAGAGGATGTAGCAGGTAATATTAGGATGGCACTTGCGTTGCATCCTATGGTTAAAGGTGCTGTCACTATGCTCTCAGCATATGGAGATTTTAATAATTTTCCTCGAAGGCTAAGAGAAGGCTGTCAAAGGACTGGAGTCAACCTCATTGATGTTCCCAATGGA
AGGAAAGATGCAGCAGATAAAGCCATTTTAGTAGATATGTTCTTATTTGCTCTTGATAATCCTCCTCCCTCTACTATTTTTTTAATTTCAGGAGATGTGGACTTCTCTCCTGCTTTGCACAAACTGGGGCAACGGGGCTATACAATTGTGCTTGCTATTCCAGCTGGAGTGGGTGTCTCATCTGCATTACGCAATGCTGG
TCGATTTGTGTGGGATTGGCCAAGTTTGGCTCGAGGGGAGGGCCTTGTTCCAGCAAAATCCTTATTGTCTCGAGCACCAGATTTTGCTGGTTATCACATTGGTTGTTTCCAAGGTGGTGATTATGATCCCAAAAATGATGAAGAAGCTGTTGTGTATAGAGGAATCCCCCAGAATGGATACAACATTGAAAATAATTCAA
ACCCAATTTATTGTATAAATCCAAAGAATATGTTAATGGATATGACAAAAAAATCTCATGTGGTTGGAGAATATAATCCAGATTCTTTCATAAAAAATGGCAATAATGATATGGGAATGCATTCAAGGCCAACACAATATCCAGCTCCTGTTTCAAGGGCTCTAGCTGTGTATCCAGATTCTGGTCAACATGGAATGCCT
TCAAATGAAAAAATTGCAGGACACACTTCATATTGCTGGGTGCAACCTGGCGACATTCAAGGTTTGAAGAGACAGATTGTCCACCTTGTCAATATATATGGAGGAAGTTTGCTTCTTGCACGTGTTCCATCTGAGTATCGTAAGGTCTTTGGGAGACCTTTATTTCTAGTAGAGTATGGTTCTTATAAATTAGTTAATTT
GATGGAAAAGATGCATGACGTCTTCACTATCGAAGGAAAAGGAAACAACAAATTTTTATGTTTAAGAGAGTTAGCAAATAAGTGCATACAAGGAAAAATAAATGTTAACTCTTCTACCAAGGATTCTGGAGATGTGATTAGGAAGGAAGAGCATACTGGAAAGTTAGACAAGGGAAAAGGAGTCCAAGAATTCACAGATT
CAGGTGCTTGTAATGACTTTCATGAAGACTTTGATGCTTATAGCATAGAAGTGAACCAGGCTTCATATTCAGATGAAGGTTCAGGCGATGAAAGTGGAAGTGAACAAGATGCAGAAGATGAAGAAGATAGGGATGAGGAGATCATTCTCCAAGAAGATGTAAATGTTGAGGAATATGCAGCAGAAGTGAGACTAGAAATA
TTCAAACGAGAACTGCAGGAGCTTTTGGTAAGCCATGCCTGTACAATTCTGTTGGCAAATTTTTCAACATTGTACCGGCAAAGATACACTAAAGACATTGATTACAAGCTATTTGGTGTTAAAGAACTTGAAGAACTGATTCAAAAAGCTAGAGATGTTGCAATTGTGATGGAGGAACAGGGCACTAAAAGGAAATTTGT
TGTCGCCAACTATGGTTCTAAAGTTGATTAAAAATAACAATCCACTAATGCTGCAGAGTCGCAGACACCATTCTTTGTCTGGCT
>TRINITY_DN114977_c0_g1_i6 from sample A3 / Example unspliced isoform:AGAAAGTCATTTTGCTACGACAGAGGAAGACCTAAAAGGAATGATGTGAAATGCAGTCCTCAACACATAAGTAGATACAGTTCCATATATTTAAATTTAGGCTCGGATTGAAACAGTGCAGTCCGAGCTCAAAGGCCGACGCTGCATTTCACATGGATTTAGAgtgagtcttggaaatttcgatagcttctccatatata
aatctggcccatatcatcattatttatgttttgtggatacaccattgcgaatattgatactgtgattgcagTAAATTGCAAGGCTTTTAGCGGCAGGAGCAGAAGATTTTGGTGGCCTCTGGAGGGTAATCAGAACACCATCTTATTGGCGAGGGTTTTGTCTGCCTGATTATTTAGCGGGCTGCTCCATAGCTTTGCCT
ACAGATAAATATCTTCCTCACAAATCAATATGGCTGTCAGCTTGCCTTCAAATAAAATGTATTTTATACCAGGACAATCAGTCGGATATCAAGTTCCAGATGTACTAGATCTAGAATCAGCACAAGCAGATAACCAACAATTTAGGGTACTGCTAGGCCCCGTGGCTATACTTTGGGACATTGAAAATTGTCCTGTTCCT
GGGGAAGTCCGCCCAGAGGATGTAGCAGGTAATATTAGGATGGCACTTGCGTTGCATCCTATGGTTAAAGGTGCTGTCACTATGCTCTCAGCATATGGAGATTTTAATAATTTTCCTCGAAGGCTAAGAGAAGGCTGTCAAAGGACTGGAGTCAACCTCATTGATGTTCCCAATGGAAGGAAAGATGCAGCAGATAAAGC
CATTTTAGTAGATATGTTCTTATTTGCTCTTGATAATCCTCCTCCCTCTACTATTTTTTTAATTTCAGGAGATGTGGACTTCTCTCCTGCTTTGCACAAACTGGGGCAACGGGGCTATACAATTGTGCTTGCTATTCCAGCTGGAGTGGGTGTCTCATCTGCATTACGCAATGCTGGTCGATTTGTGTGGGATTGGCCAA
GTTTGGCTCGAGGGGAGGGCCTTGTTCCAGCAAAATCCTTATTGTCTCGAGCACCAGATTTTGCTGGTTATCACATTGGTTGTTTCCAAGGTGGTGATTATGATCCCAAAAATGATGAAGAAGCTGTTGTGTATAGAGGAATCCCCCAGAATGGATACAACATTGAAAATAATTCAAACCCAATTTATTGTATAAATCCA
AAGAATATGTTAATGGATATGACAAAAAAATCTCATGTGGTTGGAGAATATAATCCAGATTCTTTCATAAAAAATGGCAATAATGATATGGGAATGCATTCAAGGCCAACACAATATCCAGCTCCTGTTTCAAGGGCTCTAGCTGTGTATCCAGGTAAATCTTCTTCACTGCAAAGTAGTCAAACAGCTAGTGTCAATTT
GTCTGTTCTTAATAAACACATGCAGACATTATCTGTCACAGATTCTGGTCAACATGGAATGCCTTCAAATGAAAAAATTGCAGGACACACTTCATATTGCTGGGTGCAACCTGGCGACATTCAAGGTTTGAAGAGACAGATTGTCCACCTTGTCAATATATATGGAGGAAGTTTGCTTCTTGCACGTGTTCCATCTGAGT
ATCGTAAGGTCTTTGGGAGACCTTTATTTCTAGTAGAGTATGGTTCTTATAAATTAGTTAATTTGATGGAAAAGATGCATGACGTCTTCACTATCGAAGGAAAAGGAAACAACAAATTTTTATGTTTAAGAGAGTTAGCAAATAAGTGCATACAAGGAAAAATAAATGTTAACTCTTCTACCAAGGATTCTGGAGATGTG
ATTAGGAAGGAAGAGCATACTGGAAAGTTAGACAAGGGAAAAGGAGTCCAAGAATTCACAGATTCAGGTGCTTGTAATGACTTTCATGAAGACTTTGATGCTTATAGCATAGAAGTGAACCAGGCTTCATATTCAGATGAAGGTTCAGGCGATGAAAGTGGAAGTGAACAAGATGCAGAAGATGAAGAAGATAGGGATGA
GGAGATCATTCTCCAAGAAGATGTAAATGTTGAGGAATATGCAGCAGAAGTGAGACTAGAAATATTCAAACGAGAACTGCAGGAGCTTTTGGTAAGCCATGCCTGTACAATTCTGTTGGCAAATTTTTCAACATTGTACCGGCAAAGATACACTAAAGACATTGATTACAAGCTATTTGGTGTTAAAGAACTTGAAGAAC
TGATTCAAAAAGCTAGAGATGTTGCAATTGTGATGGAGGAACAGGGCACTAAAAGGAAATTTGTTGTCGCCAACTATGGTTCTAAAGTTGATTAAAAATAACAATCCACTAATGCTGCAGAGTCGCAGACACCATTCTTTGTCTGGCTCACTATACTGGAGTTCATGGCTTCTTAAGAGCTTGAAGCTGTTTCCAGAAAG
CAAATACCAGAGTTAAGGAGCAGAGCACTAGATATTTAAAATTACAGGTTACAGAAAAGGATTTGAAAGGAACAAAATTGCCCGATTATCAGATTATTCTGGACTTTTGACCTTCTGAGGATATATTTGGGGATTTTCTTTTCAAGGTCTCCACAAGCTGATTGGAGCACAACTTGCTTTTGGTTACCTATCATTGCATC
AGCCGAGTAAGTGATTTCAGTAGTGAGGCTGTGTTCACGAGGCAGAATGATTCAGGGCAAATGCATGTGTAGGGTATGGCATTTTTTGAATTTATAAGATGCTTCAAAGTCATATTACAAAACAGATATGGCTTGTATTTCAAGCTTGAAGAAGTTTGTAAAGCTAATAGCAAATAATACCATCCCATGGGTTACTGGTT
GCTAAATATGTACTGCTTATAGAACTCTGGGAAAATTTCAACATTCTTCAAGGGTATCAATTAATCTGTATTTGAAGGTATTTTTAGATGTTCTACCGCATGTTGTTCTCAAAGTATGCCAGATGTTCTTTTGTGAGATCTATAAGCAAACCTGAAAAAAGAAACCAAGAGGGTTTCATCACTCTGTAAAATATGTTTCT
TAGGAAAAACTTGGTATAAATTTTCA
Intron 6 GTGAGTCTTG ... ATGATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 15.6 | 46 | 5 | 12 |
| A2 | 12.94 | 37 | 2 | 9 |
| A3 | 29.79 | 33 | 12 | 16 |
| A4 | 23.46 | 31 | 8 | 11 |
| A5 | 21.57 | 20 | 1 | 10 |
| A6 | 23.08 | 10 | 2 | 4 |
| A7 | 17.76 | 44 | 9 | 10 |
| A8 | 13.33 | 13 | 2 | 2 |
| A9 | 14.29 | 51 | 1 | 16 |
| A10 | 25.93 | 50 | 15 | 20 |
>TRINITY_DN43768_c0_g1_i14 from sample A8 / Example spliced isoformTAAAAGGAATGATGTGAAATGCAGTCCTCAACACATAAGTAGATACAGTTCCATATATTTAAATTTAGGCTCGGATTGAAACAGTGCAGTCCGAGCTCAAAGGCCGACGCTGCATTTCACATGGATTTAGATAAATTGCAAGGCTTTTAGCGGCAGGAGCAGAAGATTTTGGTGGCCTTTGGAGGGTAATTAGAACACCA
TCTTATTGGCGAGGGTTTTGTCTGCCTGATTATTTAGCGGGCTGCTCCATAGCTTTGCCTACAGATAAATATCTTCCTCACAAATCAATATGGTACTAGATCTAGAATCAGCACAAGCAGATAACCAACAATTTAGAGTACTGCTAGGCCCTGTGGCTATACTTTGGGACATTGAAAATTGCCCTGTTCCTGGGGAAGTC
CGCCCAGAGGATGTAGCAGGTAATATTAGGATGGCACTTGGGTTGCATCCTATGGTTAAAGGTGCTGTCACTATGCTCTCAGCATATGGAGATTTTAATAATTTTCCTCGAAGGCTGAGAGAAGGCTGTCAAAAGACTGGAGTCAACCTCATTGATGTTCCCAATGGAAGGAAAGATGCAGCAGATAAAGCCATTTTAGT
AGATATGTTCTTATTTGCTCTTGATAATCCTCCTCCCTCTACTATTTTTTTAATTTCAGGAGATGTGGACTTCTCTCCTGCTTTGCACAAACTGGGGCAACGGGGCTATACAATTGTGCTTGCTATTCCAGCTGGAGTGGGTGTCTCATCTGCATTACGCAATGCTGGTCGATTTGTGTGGGATTGGCCAAGTTTGGCTC
GAGGGGAGGGCCTTGTTCCAGCAAAATCCTTATTGTCTCGAGCACCAGATTTTGCTGGTTATCACATTGGTTGTTTCCAAGGTGGTGATTATGATCCCAAAAATGATGAAGAAGCTGTTGTGTATAGAGGAATCCCCCAGAATGGATACAACATTGAAAATAATTCAAACCCAATTTATTGTATAAATCCAAAGAATATG
TTAATGGATATGACAAAAAAATCTCATGTGGTTGGAGAATATAATCCAGATTCTTTCATAAAAAATGGCAATAATGATATGGGAATGCATTCAAGGCCAACACAATATCCAGCTCCTGTTTCAAGGGCTCTAGCTGTGTATCCAGGTAAATCTTCTTCACTGCAAAGTAGTCAAACAGCTAGTGTCAATTTGTCTGTTCT
TAATAAACACATGCAGACATTATCTGTCACAGATTCTGGTCAACATGGAATGCCTTCAAATGAAAAAATTGCAGGACACACTTCATATTGCTGGGTGCAACCTGGCGACATTCAAGGTTTGAAGAGACAGATTGTCCACCTTGTCAATATATATGGAGGAAGTTTGCTTCTTGCACGTGTTCCATCTGAGTATCGTAAGG
TCTTTGGGAGACCTTTATTTCTAGTAGAGTATGGTTCTTATAAATTAGTTAATTTGATGGAAAAGATGCATGACGTCTTCACTATCGAAGGACAAGGAAACAATAAGTTTTTATGTTCAAGAGAGTTAGCAAATAAGTGCATACCTCGAAAAATAAATGTTAACTCTTCTACCAAGGATTCTGTAGATGTGATTAGGAAG
GACGAGCATACTGGAAAGTTAGACAAGGGAAAAGGAGTCCAAGAATTCACAGATTCAGGTGCTTGTAATGACTTTCATGAAGACTTTGATGCTTATAGCATAGAAGCGAACCAGGCTTCATATTTAGATGAAGGTTCAGGCAATGAAAGTGGAAGTGAACAAGATGTAGAAGATGAAGAAGATAGGGACGAGGAGACCAT
TCTCCAAGAAGCTATGCTACCAGAAACGAGAAATCTCGGGAAACGGAACAAGAAACGAGAACGGTACGGTATGAGAAACGGAGTTTCCAGGTTTTGCTTATAAGAAACGAGGAGAGAGAAAAACAGCAAAATTGAAGGTGAAGAGCGGGCAGTCTCACAACTTCCCTTTTATTAATGTCTTGATGGAAGATTTTGGTGCC
AAGAGAATGGCAAGCCTGATAGTGATTACTTGAAATAGAGATGGCAGCCTTCTCACTGTGATCTCCCAACGTAATAATAAATTCTTCTCATGCATGTTCATTTCATTGTATGAAGAATTCAC
>TRINITY_DN43768_c0_g1_i18 from sample A8 / Example unspliced isoform:TAAAAGGAATGATGTGAAATGCAGTCCTCAACACATAAGTAGATACAGTTCCATATATTTAAATTTAGGCTCGGATTGAAACAGTGCAGTCCGAGCTCAAAGGCCGACGCTGCATTTCACATGGATTTAGAgtgagtcttggaaatttcgatagcttctccatatataaatctggcccatatcatcattattcatgtttt
gtagttaaattcacaccattgcgaatattgatactatgattgcagTAAATTGCAAGGCTTTTAGCGGCAGGAGCAGAAGATTTTGGTGGCCTTTGGAGGGTAATTAGAACACCATCTTATTGGCGAGGGTTTTGTCTGCCTGATTATTTAGCGGGCTGCTCCATAGCTTTGCCTACAGATAAATATCTTCCTCACAAATC
AATATGGTACTAGATCTAGAATCAGCACAAGCAGATAACCAACAATTTAGAGTACTGCTAGGCCCTGTGGCTATACTTTGGGACATTGAAAATTGCCCTGTTCCTGGGGAAGTCCGCCCAGAGGATGTAGCAGGTAATATTAGGATGGCACTTGGGTTGCATCCTATGGTTAAAGGTGCTGTCACTATGCTCTCAGCATA
TGGAGATTTTAATAATTTTCCTCGAAGGCTGAGAGAAGGCTGTCAAAAGACTGGAGTCAACCTCATTGATGTTCCCAATGGAAGGAAAGATGCAGCAGATAAAGCCATTTTAGTAGATATGTTCTTATTTGCTCTTGATAATCCTCCTCCCTCTACTATTTTTTTAATTTCAGGAGATGTGGACTTCTCTCCTGCTTTGC
ACAAACTGGGGCAACGGGGCTATACAATTGTGCTTGCTATTCCAGCTGGAGTGGGTGTCTCATCTGCATTACGCAATGCTGGTCGATTTGTGTGGGATTGGCCAAGTTTGGCTCGAGGGGAGGGCCTTGTTCCAGCAAAATCCTTATTGTCTCGAGCACCAGATTTTGCTGGTTATCACATTGGTTGTTTCCAAGGTGGT
GATTATGATCCCAAAAATGATGAAGAAGCTGTTGTGTATAGAGGAATCCCCCAGAATGGATACAACATTGAAAATAATTCAAACCCAATTTATTGTATAAATCCAAAGAATATGTTAATGGATATGACAAAAAAATCTCATGTGGTTGGAGAATATAATCCAGATTCTTTCATAAAAAATGGCAATAATGATATGGGAAT
GCATTCAAGGCCAACACAATATCCAGCTCCTGTTTCAAGGGCTCTAGCTGTGTATCCAGGTAAATCTTCTTCACTGCAAAGTAGTCAAACAGCTAGTGTCAATTTGTCTGTTCTTAATAAACACATGCAGACATTATCTGTCACAGATTCTGGTCAACATGGAATGCCTTCAAATGAAAAAATTGCAGGACACACTTCAT
ATTGCTGGGTGCAACCTGGCGACATTCAAGGTTTGAAGAGACAGATTGTCCACCTTGTCAATATATATGGAGGAAGTTTGCTTCTTGCACGTGTTCCATCTGAGTATCGTAAGGTCTTTGGGAGACCTTTATTTCTAGTAGAGTATGGTTCTTATAAATTAGTTAATTTGATGGAAAAGATGCATGACGTCTTCACTATC
GAAGGAAAAGGAAACAACAAATTTTTATGTTTAAGAGAGTTAGCAAATAAGTGCATACAAGGAAAAATAAATGTTAACTCTTCTACCAAGGATTCTGTAGATGTGATTAGGAAGGACGAGCATACTGGAAAGTTAGACAAGGGAAAAGGAGTCCAAGAATTCACAGATTCAGGTGCTTGTAATGACTTTCATGAAGACTT
TGATGCTTATAGCATAGAAGTGAACCAGGCTTCATATTCAGATGAAGGTTCAGGCGATGAAAGTGGAAGTGAACAAGATGCAGAAGATGAAGAAGATAGGGATGAGGAGATCATTCTCCAAGAAGATGTAAATGTTGAGGAATATGCAGCAGAAGTGAGACTAGAAATATTCAAACGAGAACTGCAGGAGCTTTTGGTAA
GCCATGCCTGTACAATTCTGTTGGCAAATTTTTCAACATTGTACCGGCAAAGATACACTAAAGACATTGATTACAAGCTATTTGGTGTTAAAGAACTTGAAGAACTGATTCAAAAAGCTAGAGATGTTGCAATTGTGATGGAGGAACAGGGCACTAAAAGGAAATTTGTTGTCGCCAACTATGGTTCTAAAGTTGATTAA
AAATAACAATCCACTAATGCTGCAGAGTCGCAGACACCATTCTTTGTCTGGCTCACTATACTGGAGTTCATGGCTTCTTAAGAGCTTGAAGCTGTTTCCAGAAAGCAAATACCAGAGTTAAGGAGCAGAGCACTAGATATTTAAAATTACAGGTTACAGAAAAGGATTTGAAAGGAACAAAATTGCCCGATTATCAGATT
ATTCTGGACTTTTGACCTTCTGAGGATATATTTGGGGATTTTCTTTTCAAGGTCTCCACAAGCTGATTGGAGCACAACTTGCTTTTGGTTACCTATCATTGCATCAGCCGAGTAAGTGATTTCAGTAGTGAGGCTGTGTTCACGAGGCAGAATGATTCAGGGCAAATGCATGTGTAGGGTATGGCATTTTTTGAATTTAT
AAGATGCTTCAAAGTCATATTACAAAACAGATATGGCTTGTATTTCAAGCTTGAAGAAGTTTGTAAAGCTAATAGCAAATAATACCATCCCATGGGTTACTGGTTGCTAAATATGTACTGCTTATAGAACTCTGGGAAAATTTCAACATTCTTCAAGGGTATCAATTAATCTGTATTTGAAGGTATTTTTAGATGTTCTA
CCGCATGTTGTTCTCAAAGTATGCCAGATGTTCTTTTGTGAGATCTATAAGCAAACCTGAAAAAAGAAACCAAGAGGGTTTCATCACTCTGTAAAATATGTTTCTTAGGAAAAACTTGGTATAAATTTTCACTGCTATAGTACTTCAGTGATTTAATTGGACATCCCTTGTTCCAGTGATTTATAAACCAGAATACCTAC
CGATGCTGGTAATTTATTGAACGCAATTATTCATACTGATACTAAACTGCCATAGGGAACCCATTTCCTAACCCTTTGACAACAATCAGTATCCTATTTCAGTATCTGCATCTTGGTATAATTGGCGAAAAGCATGTTTTTTTGTAAAAACTATTGGATTACAGCTGAAGCATTATGGCCGTATAAGTGAATATTCATTT
TATTTGGCAACTTACTCTGTTATAGCTTGCTGCCAAAATTAC