sp|Q6AWX0|XYLL2_ARATH ----> D-xylose-proton symporter-like 2
Intron 1 GTTAGTTCTC ... TGTAACGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.32 | 1336.8 | 233.9 | 384.1 |
| A2 | 21.68 | 845.3 | 212.8 | 234 |
| A3 | 21.35 | 1064.9 | 215.9 | 289 |
| A4 | 23.46 | 1031.2 | 216.3 | 316 |
| A5 | 22.01 | 492.5 | 101.9 | 139 |
| A6 | 21 | 2957.9 | 604.6 | 786 |
| A7 | 21.84 | 2726.2 | 588 | 762 |
| A8 | 23.1 | 1444.5 | 277.3 | 434 |
| A9 | 21.16 | 2649.1 | 507.9 | 711 |
| A10 | 22.86 | 2419.6 | 493.4 | 717 |
>TRINITY_DN111482_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformAATATACCCTAGGTTAGGTTGAGTTTTCACCCAGGTGTAAAATTTCATACTCAACAAATTTTACCTGATAAACTTCCGCCGTGGCGCTGCAGAATCTCTATATTTTCAGTCCTCCGCTCGACTGAGCCCTCATCCTTCACTGTCTTCCTGACATTGTGGCAATTCTCTGCATAGATCGACCCGCGCTCTTGTCGGATTAA
CATTCTTCGCAATTTTCCCGATCGATTCCACTGTTTTTTGGCCGCGGAGGTAACGGCTGTGCGGATATTTGAGCACCGAGGGTTTTAAATCTTCAAAGGAATTGAAGATCTGCAAAGGCTGGGCCTAGAATGGAGCTCTTTTACTATGTCGTTTTTGGAGTACTGTCGGCCATTGTTGCAGTGTTTGAGCTCAGCAAGAA
CAACAAGGATCGAATTTCGACTTCTTTATCGTTCAATTCGTTCAAGAACAATTATCTCGTGGTTTACAGTCTCATGATGGCTGGAGATTGGTTACAAGGACCCTACGTTTACTTTCTTTACAGCCAGTATGGTTTCGACAAGGGAGATATTGGAAGACTCTTCATTGCAGGCTTTGGATCATCTATGTTATTTGGCACAA
TTGTGGGGTCATTAGCTGATAAACAGGGTCGCAAGAGGGCTTGCATAACGTACTGCATAACTTATATATTGAGTTGTATCACAAAGCATTCTCCTGAGTACAAAATATTGATGATTGGTCGTATTCTTGGAGGAATTGCCACATCTCTTCTATTTTCAGCTTTTGAATCATGGCTTGTTGCTGAACATTTCAAGAGGGGT
TTTGATTCACAATGGTTATCTTTGACCTTTTCAAAGGCAATATTCCTGGGCAATGGTCTTGTAGCCATTCTGGCTGGGTTGTTTGCTAATACCCTTGCTGACACTCTAGGCTTTGGTCCAGTTTCTCCGTTTGATGCTGCAGCATGCTTCTTAGCTATAGGGATGGCAATTATTTTCACTACCTGGACAGAGAACTATGG
AGATCCTTCAGAGAGTAAGGATTTACTTACTCAGTTCAAGGGTGCTGCCACAGCTATTGCTTCAGATGAGAAGATTGCGTTGCTGGGAGCTATACAGTCCTTATTTGAAGGTTCAATGTACACATTTGTATTTCTTTGGACACCTGCTTTGAGCCCGAATGAACAGGATATTCCTCATGGGTTCATTTTTGCAACATTTA
TGCTGTCTTCAATGCTGGGAAGTTCCCTTGCCTCTAGACTCATGGCTCGTCCAGCAGTCAAGGTGGAGGGCTACATGCAGATTGTGTTCCTCGTCTCTGCTGCATCCTTCCTCCTTCCCGTCATAACTACTTTCCTTTTAGAGCCCAGCACAGAAAAAGGTGGAAGCATGACAGCAGGAGGGCGTCTCCAGCTTCTTGGT
TTCTGTGTGTTTGAGGCCTGTGTGGGAATTTTCTGGCCCTCAATTATGAAAATGCGATCACAATACATTCCAGAGGAGGCTAGGAGCACAATTATGAACTTTTTCCGCATTCCTTTGAACATATTTGTCTGTGTTGTGCTTTACAATGTCAATGCCTTCCCAATCACTGTCATGTTTGGCATGTGTTCCATCTTCCTCTT
CATGGCCTCAGTTCTCCAGAGGCGGCTCATGGTGGTTGCAGATATTCACAAGTCAAAATCTCAAGATACTTGGGTTGTAACTAAGGAGCGGGAAACAGAGGCAGAGCCTCTCAATATCTGAAATGAAGAAGATTTGGAGAAGGTAACTTGAAACATTTGCATGGGCTGTGAAGAGAATCATTGACAATTTGCTTGCAAAT
ATTGTATTGCTGGGCTGGCCCATGAGCTGTTTCTGCTAAATCATCGGGTCACATAAAATAATAGGTTGTTTTATTTCATCTACTGGAGAAGGTACAGAACTTATTCATTGTAGAACTAAAATTCGAGATATTAATATTTCTTGTCGATCCAATTAAGATCCCTCGGTAGACAATTATTCTAAGGCATAATTTTGTTGTGG
AAGTTTTTTTTCAATAGTCCTGGCTATCCAGTCATAGGACAAGTGGTATACTAACTAATAGCTTTATTCCGGGCAATGCTGATCTATGTAAGGTAAATTACCAGGCAGACTCCTTTTTGCTCAGCAGTTTGGGTTAGAGCCAAGAGCTCTGTTTGTAACTGCATTGATTAATTGATTAACTCACCACATAGGTGTGTGGA
AATATCTGTTATTGTACTTTTGATCTACTTGTTTATTTTTAGTACTTGGTTTTTGTTAATTCTTGCACTTTTAAATATTGGGACTAATAAATGTTGGCAAGATTGGAATAGCAAATGTTGGTAGTTGTTATTAGGCTCGACTTGCATGCCAGTTATCAAGATTGTGTATAGGTATATTTGTATTTTATGCTTAATGATAC
AATGAGTTTCTTTCTCGGAGCTTATCTATATTGCATCTCCACATATTGGAGAAACTCTGCAGATGTATCAAAATGATTTGAAACAAAAACTATTATATTGTTTTTCACCAAAGTAATATGTACATTTCTGCTAAGTCCATTAAAAACTGTGAACATGGCTGTCCATAAGTCGCAGGGATTGTCTGGTTTGTGAGAATGAA
GGTGAACATGGTCATAATCAATAGACTCTCAGTGTGAGCATATTTGTGAACTCACATGTTTTTTTTGGTATATAGCTAGATCACATAATTTTTGAAGGAAAGAAAGTATCAAGCAAAATACATATTTTAAGGAATAGATGGTAGGTTTTGTAGAATGTGGAAATTTCTTCTTCCCAATATTTAATGCATAAAAGGGAAAA
AATTT
>TRINITY_DN111482_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:CGTGGTTTACAGTCTCATGATGGgttagttctcggatttgtacggtcgtattttgttttcggagcttttgtaagttaaatctggtttcaaattgtagagcattggcgtgtttgagggtgcaattagggttcgaaggagcttaattagatctggaaaatttgacatgtttgctgtagttttgtagtgcaatcggctatgta
aaattgtgttattcggaatttttttaatgtagaggttttaatgtgccggcagtttgaatttctctcggagaaacgagatctgagggtcttagtacgagatctggggattagaatgctctattctcaaatgcctgttatagttactcccggcattgctgtttaagtaattcagttcgttagttgtaaggcaatatctggtt
tgtttgcataatgttggcttaaatgctagattgtcgtcaggaaatgcattttatatttttgccattgctgaaattgaggaatgcgcaaaaaacgaactgactgttgttagttgaggcattttcacagaatttagtcagcttgtgtagatgcttaaagaaaccctaccttacctctagttcgcagcttcaaatgtttgcca
gcgcttagagaggagtcagtgtgttcctcttatatctgtaaagatcttagctcatattggctgagtggaactttgaatcgcaatttatagaacttgaggatctggttgtaatcatcaaggaccgtcacggctcaggatgatttgtcttgaagctagatcgcaactagttagagtatttttgtgtttttgaatacgctccc
ctattttgggtctactttttaattttccttttaacattttcctctggtgtatatgttaattggtgaacgcagtttgtctttaccacttccacagtggatggggtctaacatgttttaatcttgttgactgtccatgtctgttttatcagctgtggttattcttgtaatttgatctgtttgtagatcagcatgcccataga
attgatagctatcaaatacaatttgaatcagtagctattcaacctggtaattttaaatgttttgggcttagcatggaagatcttctttggttttgcccaataagtagtctgttgacattccggttcatctgctgtcaaggcatccctgaaatggagatactatagaattggacctgattggcttgctcattctcatatac
taacttggcattttcctccagctaatggtttatctcttttcgttgtaacgtagCTGGAGATTGGTTACAAGGACCCTACGTTTACTTTCTTTACAGCCAGTATGGTTTCGACAAGGGAGATATTGGAAGACTCTTCATTGCAGGCTTTGGATCATCTATGTTATTTGGCACAATTGTGGGGTCATTAGCTGATAAACAGT
AAGATATTTACACTCCATATGTCTATTGGCAGTGCAGTTGGATTGTGGCATATACTGAGAACAAAATAATTAATAATATAGATCTATTCTAACGTGTTGTTCTATTTGCAGGGGTCGCAAGAGGGCTTGCATAACGTACTGCATAACTTATATATTGAGTTGTATCACAAAGCATTCTCCTGAGTACAAAATATTGATGA
TTGGTCGTATTCTTGGAGGAATTGCCACATCTCTTCTATTTTCAGCTTTTGAATCATGGCTTGTTGCTGAACATTTCAAGAGGGGTTTTGATTCACAATGGTTATCTTTGACCTTTTCAAAGGCAATATTCCTGGGCAATGGTCTTGTAGCCATTCTGGCTGGGTTGTTTGCTAATACCCTTGCTGACACTCTAGGCTTT
GGTCCAGTTTCTCCGTTTGATGCTGCAGCATGCTTCTTAGCTATAGGGATGGCAATTATTTTCACTACCTGGACAGAGAACTATGGAGATCCTTCAGAGAGTAAGGATTTACTTACTCAGTTCAAGGGTGCTGCCACAGCTATTGCTTCAGATGAGAAGATTGCGTTGCTGGGAGCTATACAGTCCTTATTTGAAGGTTC
AATGTACACATTTGTATTTCTTTGGACACCTGCTTTGAGCCCGAATGAACAGGATATTCCTCATGGGTTCATTTTTGCAACATTTATGCTGTCTTCAATGCTGGGAAGTTCCCTTGCCTCTAGACTCATGGCTCGTCCAGCAGTCAAGGTGGAGGGCTACATGCAGATTGTGTTCCTCGTCTCTGCTGCATCCTTCCTCC
TTCCCGTCATAACTACTTTCCTTTTAGAGCCCAGCACAGAAAAAGGTGGAAGCATGACAGCAGGAGGGCGTCTCCAGCTTCTTGGTTTCTGTGTGTTTGAGGCCTGTGTGGGAATTTTCTGGCCCTCAATTATGAAAATGCGATCACAATACATTCCAGAGGAGGCTAGGAGCACAATTATGAACTTTTTCCGCATTCCT
TTGAACATATTTGTCTGTGTTGTGCTTTACAATGTCAATGCCTTCCCAATCACTGTCATGTTTGGCATGTGTTCCATCTTCCTCTTCATGGCCTCAGTTCTCCAGAGGCGGCTCATGGTGGTTGCAGATATTCACAAGTCAAAATCTCAAGATACTTGGGTTGTAACTAAGGAGCGGGAAACAGAGGCAGAGCCTCTCAA
TATCTGAAATGAAGAAGATTTGGAGAAGGTAACTTGAAACATTTGCATGGGCTGTGAAGAGAATCATTGACAATTTGCTTGCAAATATTGTATTGCTGGGCTGGCCCATGAGCTGTTTCTGCTAAATCATCGGGTCACATAAAATAATAGGTTGTTTTATTTCATCTACTGGAGAAGGTACAGAACTTATTCATTGTAGA
ACTAAAATTCGAGATATTAATATTTCTTGTCGATCCAATTAAGATCCCTCGGTAGACAATTATTCTAAGGCATAATTTTGTTGTGGAAGTTTTTTTTCAATAGTCCTGGCTATCCAGTCATAGGACAAGTGGTATACTAACTAATAGCTTTATTCCGGGCAATGCTGATCTATGTAAGGTAAATTACCAGGCAGACTCCT
TTTTGCTCAGCAGTTTGGGTTAGAGCCAAGAGCTCTGTTTGTAACTGCATTGATTAATTGATTAACTCACCACATAGGTGTGTGGAAATATCTGTTATTGTACTTTTGATCTACTTGTTTATTTTTAGTACTTGGTTTTTGTTAATTCTTGCACTTTTAAATATTGGGACTAATAAATGTTGGCAAGATTGGAATAGCAA
ATGTTGGTAGTTGTTATTAGGCTCGACTTGCATGCCAGTTATCAAGATTGTGTATAGGTATATTTGTATTTTATGCTTAATGATACAATGAGTTTCTTTCTCGGAGCTTATCTATATTGCATCTCCACATATTGGAGAAACTCTGCAGATGTATCAAAATGATTTGAAACAAAAACTATTATATTGTTTTTCACCAAAGT
AATATGTACATTTCTGCTAAGTCCATTAAAAACTGTGAACATGGCTGTCCATAAGTCGCAGGGATTGTCTGGTTTGTGAGAATGAAGGTGAACATGGTCATAATCAATAGACTCTCAGTGTGAGCATATTTGTGAACTCACATGTTTTTTTTGGTATATAGCTAGATCACATAATTTTTGAAGGAAAGAAAGTATCAAGC
AAAATACATATTTTAAGGAATAGATGGTAGGTTTTGTAGAATGTGGAAATTTCTTCTTCCCAATATTTAATGCATAAAAGGGAAAAAATTT
Intron 2 GTAAGACCAC ... TTTATGAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 28.68 | 1072 | 431 | 101.2 |
| A2 | 29.3 | 864 | 358 | 65 |
| A3 | 30.31 | 899 | 391 | 79.1 |
| A4 | 25.22 | 759 | 256 | 66.2 |
| A5 | 27.6 | 417 | 159 | 38.7 |
| A6 | 30.12 | 7697 | 3318 | 673.4 |
| A7 | 30.83 | 5614.1 | 2501.7 | 464.2 |
| A8 | 27.7 | 5942 | 2277 | 616.5 |
| A9 | 29.93 | 5491 | 2345 | 487.9 |
| A10 | 31.59 | 4028 | 1860 | 332.9 |
>TRINITY_DN41269_c0_g2_i8 from sample A7 / Example spliced isoformGCGGGGTGCTTCAGGTAAGTGTTTAAACTCATCTTCTTTTCCAAATATCTGGCCAATTTTGAATTATATGTCAAATAGACTGATGTTGATAGGCCTTTTAGGCTTTTCCTTATGTTGACAACTATGTTGCTCACTTTGGCGAGTAGATGAGAAGATTGCGTTGCTGGGAGCTATACAGTCCTTATTTGAAGGTTCAATGT
ACACATTTGTATTTCTTTGGACACCTGCTTTGAGCCCGAATGAACAGGATATTCCTCATGGGTTCATTTTTGCAACATTTATGCTGTCTTCAATGCTGGGAAGTTCCCTTGCCTCTAGACTCATGGCTCGTCCAGCAGTCAAGGTGGAGGGCTACATGCAGATTGTGTTCCTCGTCTCTGCTGCATCCTTCCTCCTTCCC
GTCATAACTACTTTCCTTTTAGAGCCCAGCACAGAAAAAGGTGGAAGCATGACAGCAGGAGGGCGTCTCCAGCTTCTTGGTTTCTGTGTGTTTGAGGCCTGTGTGGGAATTTTCTGGCCCTCAATTATGAAAATGCGATCACAATACATTCCAGAGGAGGCTAGGAGCACAATTATGAACTTTTTCCGCATTCCTTTGAA
CATATTTGTCTGTGTTGTGCTTTACAATGTCAATGCCTTCCCAATCACTGTCATGTTTGGCATGTGTTCCATCTTCCTCTTCATGGCCTCAGTTCTCCAGAGGCGGCTCATGGTGGTTGCAGATATTCACAAGTCAAAATCTCAAGATACTTGGGTTGTAACTAAGGAGCGGGAAACAGAGGCAGAGCCTCTCAATATCT
GAAATGAAGAAGATTTGGAGAAGGTAACTTGAAACATTTGCATGGGCTGTGAAGAGAATCATTGACAATTTGCTTGCAAATATTGTATTGCTGGGCTGGCCCATGAGCTGTTTCTGCTAAATCATCGGGTCACATAAAATAATAGGTTGTTTTATTTCATCTACTGGAGAAGGTACAGAACTTATTCATTGTAGAACTAA
AATTCGAGATATTAATATTTCTTGTCGATCCAATTAAGATCCCTCGGTAGACAATTATTCTAAGGCATAATTTTGTTGTGGAAGTTTTTTTTCAATAGTCCTGGCTATCCAGTCATAGGACAAGTGGTATACTAACTAATAGCTTTATTCCGGGCAATGCTGATCTATGTAAGGTAAATTACCAGGCAGACTCCTTTTTG
CTCAGCAGTTTGGGTTAGAGCCAAGAGCTCTGTTTGTAACTGCATTGATTAATTGATTAACTCACCACATAGGTGTGTGGAAATATCTGTTATTGTACTTTTGATCTACTTGTTTATTTTTAGTACTTGGTTTTTGTTAATTCTTGCACTTTTAAATATTGGGACTAATAAATGTTGGCAAGATTGGAATAGCAAATGTT
GGTAGTTGTTATTAGGCTCGACTTGCATGCCAGTTATCAAGATTGTGTATAGGTATATTTGTATTTTATGCTTAATGATACAATGAGTTTCTTTCTCGGAGCTTATCTATATTGCATCTCCACATATTGGAGAAACTCTGCAGATGTATCAAAATGATTTGAAACAAAAACTATTATATTGTTTTTC
>TRINITY_DN41269_c0_g2_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:ATACCCTAGGTTAGGTTGAGTTTTCACCCAGGTGTAAAATTTCATACTCAACAAATTTTACCTGATAAACTTCCGCCGTGGCGCTGCAGAATCTCTATATTTTCAGTCCTCCGCTCGACTGAGCCCTCATCCTTCACTGTCTTCCTGACATTGTGGCAATTCTCTGCATAGATCGACCCGCGCTCTTGTCGGATTAACAT
TCTTCGCAATTTTCCCGATCGATTCCACTGTTTTTTGGCCGCGGAGGTAACGGCTGTGCGGATATTTGAGCACCGAGGGTTTTAAATCTTCAAAGGAATTGAAGATCTGCAAAGGCTGGGCCTAGAATGGAGCTCTTTTACTATGTCGTTTTTGGAGTACTGTCGGCCATTGTTGCAGTGTTTGAGCTCAGCAAGAACAA
CAAGGATCGAATTTCGACTTCTTTATCGTTCAATTCGTTCAAGAACAATTATCTCGTGGTTTACAGTCTCATGATGGGTTAGTTCTCGGATTTGTACGGTCGTATTTTGTTTTCGGAGCTTTTGTAAGTTAAATCTGGTTTCAAATTGTAGAGCATTGGCGTGTTTGAGGGTGCAATTAGGGTTCGAAGGAGCTTAATTA
GATCTGGAAAATTTGACATGTTTGCTGTAGTTTTGTAGTGCAATCGGCTATGTAAAATTGTGTTATTCGGAATTTTTTTAATGTAGAGGTTTTAATGTGCCGGCAGTTTGAATTTCTCTCGGAGAAACGAGATCTGAGGGTCTTAGTACGAGATCTGGGGATTAGAATGCTCTATTCTCAAATGCCTGTTATAGTTACTC
CCGGCATTGCTGTTTAAGTAATTCAGTTCGTTAGTTGTAAGGCAATATCTGGTTTGTTTGCATAATGTTGGCTTAAATGCTAGATTGTCGTCAGGAAATGCATTTTATATTTTTGCCATTGCTGAAATTGAGGAATGCGCAAAAAACGAACTGACTGTTGTTAGTTGAGGCATTTTCACAGAATTTAGTCAGCTTGTGTA
GATGCTTAAAGAAACCCTACCTTACCTCTAGTTCGCAGCTTCAAATGTTTGCCAGCGCTTAGAGAGGAGTCAGTGTGTTCCTCTTATATCTGTAAAGATCTTAGCTCATATTGGCTGAGTGGAACTTTGAATCGCAATTTATAGAACTTGAGGATCTGGTTGTAATCATCAAGGACCGTCACGGCTCAGGATGATTTGTC
TTGAAGCTAGATCGCAACTAGTTAGAGTATTTTTGTGTTTTTGAATACGCTCCCCTATTTTGGGTCTACTTTTTAATTTTCCTTTTAACATTTTCCTCTGGTGTATATGTTAATTGGTGAACGCAGTTTGTCTTTACCACTTCCACAGTGGATGGGGTCTAACATGTTTTAATCTTGTTGACTGTCCATGTCTGTTTTAT
CAGCTGTGGTTATTCTTGTAATTTGATCTGTTTGTAGATCAGCATGCCCATAGAATTGATAGCTATCAAATACAATTTGAATCAGTAGCTATTCAACCTGGTAATTTTAAATGTTTTGGGCTTAGCATGGAAGATCTTCTTTGGTTTTGCCCAATAAGTAGTCTGTTGACATTCCGGTTCATCTGCTGTCAAGGCATCCC
TGAAATGGAGATACTATAGAATTGGACCTGATTGGCTTGCTCATTCTCATATACTAACTTGGCATTTTCCTCCAGCTAATGGTTTATCTCTTTTCGTTGTAACGTAGCTGGAGATTGGTTACAAGGACCCTACGTTTACTTTCTTTACAGCCAGTATGGTTTCGACAAGGGAGATATTGGAAGACTCTTCATTGCAGGCT
TTGGATCATCTATGTTATTTGGCACAATTGTGGGGTCATTAGCTGATAAACAGGGTCGCAAGAGGGCTTGCATAACGTACTGCATAACTTATATATTGAGTTGTATCACAAAGCATTCTCCTGAGTACAAAATATTGATGATTGGTCGTATTCTTGGAGGAATTGCCACATCTCTTCTATTTTCAGCTTTTGAATCATGG
CTTGTTGCTGAACATTTCAAGAGGGGTTTTGATTCACAATGGTTATCTTTGACCTTTTCAAAGGCAATATTCCTGGGCAATGGTCTTGTAGCCATTCTGGCTGGGTTGTTTGCTAATACCCTTGCTGACACTCTAGGCTTTGGTCCAGTTTCTCCGTTTGATGCTGCAGCATGCTTCTTAGCTATAGGGATGGCAATTAT
TTTCACTACCTGGACAGAGAACTATGGAGATCCTTCAGAGAGTAAGGATTTACTTACTCAGTTCAAGGGTGCTGCCACAGCTATTGCTTCAGATGAGAAGATTGCGTTGCTGGGAGCTATACAGTCCTTATTTGAAGGTTCAATGTACACATTTGTATTTCTTTGGACACCTGCTTTGAGCCCGAATGAACAGGATATTC
CTCATGGGTTCATTTTTGCAACATTTATGCTGTCTTCAATGCTGGGAAGTTCCCTTGCCTCTAGACTCATGGCTCGTCCAGCAGTCAAGGTGGAGGGCTACATGCAGATTGTGTTCCTCGTCTCTGCTGCATCCTTCCTCCTTCCCGTCATAACTACTTTCCTTTTAGAGCCCAGCACAGAAAAAGGTGGAAGCATGACA
GCAGGAGGGCGTCTCCAGCTTCTTGGTTTCTGTGTGTTTGAGGCCTGTGTGGGAATTTTCTGGCCCTCAATTATGAAAATGCGATCACAATACATTCCAGAGGAGGCTAGGAGCACAATTATGAACTTTTTCCGCATTCCTTTGAACATATTTGTCTGTGTTGTGCTTTACAATgtaagaccaccagaccttcaaatttc
ttcttttggcatagaaattactgttagaagcattttattgcatataaatcgtgattaataagtcttaaccaagaaactctttgttttagtatgttttatggagtttttggaactaaattactcagtgttttgaaaaatcactctcaagcttttgtttcatttcttctttatgaaagGTCAATGCCTTCCCAATCACTGTC
ATGTTTGGCATGTGTTCCATCTTCCTCTTCATGGCCTCAGTTCTCCAGAGGCGGCTCATGGTGGTTGCAGATATTCACAAGTCAAGTAAGTCTTACAAACATCTGTCATTTAACTGATGTTAAACTGAGTCACATGTCAAGTAAAAGTTGGACACTTCTCCGTAATCTAACGGATGTTAATTCAGTGGAAAGCCTTCATT
TTTTATTTTGCTATGGCTTTGAGCTTCTTTCTGGGTTTTTTATCAATGTGTTTATACAGTTCCG
Intron 3 GCTTTTCCTT ... TGGCGAGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 15.6 | 403 | 70 | 79 |
| A2 | 14.1 | 390 | 82 | 46 |
| A3 | 13.98 | 403 | 66 | 65 |
| A4 | 16.75 | 425 | 94 | 77 |
| A5 | 15.88 | 257 | 54 | 43 |
| A6 | 15.75 | 2795 | 465 | 580 |
| A7 | 15.13 | 2170 | 362 | 412 |
| A8 | 15.37 | 1800 | 288 | 366 |
| A9 | 14.71 | 2212 | 399 | 364 |
| A10 | 13.67 | 1658 | 285 | 240 |
>TRINITY_DN41386_c1_g1_i4 from sample A10 / Example spliced isoformTATACCCTAGGTTAGGTTGAGTTTTCACCCAGGTGTAAAATTTCATACTCAACAAATTTTACCTGATAAACTTCCGCCGTGGCGCTGCAGAATCTCTATATTTTCAGTCCTCCGCTCGACTGAGCCCTCATCCTTCACTGTCTTCCTGACATTGTGGCAATTCTCTGCATAGATCGACCCGCGCTCTTGTCGGATTAACA
TTCTTCGCAATTTTCCCGATCGATTCCACTGTTTTTTGGCCGCGGAGGTAACGGCTGTGCGGATATTTGAGCACCGAGGGTTTTAAATCTTCAAAGGAATTGAAGATCTGCAAAGGCTGGGCCTAGAATGGAGCTCTTTTACTATGTCGTTTTTGGAGTACTGTCGGCCATTGTTGCAGTGTTTGAGCTCAGCAAGAACA
ACAAGGATCGAATTTCGACTTCTTTATCGTTCAATTCGTTCAAGAACAATTATCTCGTGGTTTACAGTCTCATGATGGGTTAGTTCTCGGATTTGTACGGTCGTATTTTGTTTTCGGAGCTTTTGTAAGTTAAATCTGGTTTCAAATTGTAGAGCATTGGCGTGTTTGAGGGTGCAATTAGGGTTCGAAGGAGCTTAATT
AGATCTGGAAAATTTGACATGTTTGCTGTAGTTTTGTAGTGCAATCGGCTATGTAAAATTGTGTTATTCGGAATTTTTTTAATGTAGAGGTTTTAATGTGCCGGCAGTTTGAATTTCTCTCGGAGAAACGAGATCTGAGGGTCTTAGTACGAGATCTGGGGATTAGAATGCTCTATTCTCAAATGCCTGTTATAGTTACT
CCCGGCATTGCTGTTTAAGTAATTCAGTTCGTTAGTTGTAAGGCAATATCTGGTTTGTTTGCATAATGTTGGCTTAAATGCTAGATTGTCGTCAGGAAATGCATTTTATATTTTTGCCATTGCTGAAATTGAGGAATGCGCAAAAAACGAACTGACTGTTGTTAGTTGAGGCATTTTCACAGAATTTAGTCAGCTTGTGT
AGATGCTTAAAGAAACCCTACCTTACCTCTAGTTCGCAGCTTCAAATGTTTGCCAGCGCTTAGAGAGGAGTCAGTGTGTTCCTCTTATATCTGTAAAGATCTTAGCTCATATTGGCTGAGTGGAACTTTGAATCGCAATTTATAGAACTTGAGGATCTGGTTGTAATCATCAAGGACCGTCACGGCTCAGGATGATTTGT
CTTGAAGCTAGATCGCAACTAGTTAGAGTATTTTTGTGTTTTTGAATACGCTCCCCTATTTTGGGTCTACTTTTTAATTTTCCTTTTAACATTTTCCTCTGGTGTATATGTTAATTGGTGAACGCAGTTTGTCTTTACCACTTCCACAGTGGATGGGGTCTAACATGTTTTAATCTTGTTGACTGTCCATGTCTGTTTTA
TCAGCTGTGGTTATTCTTGTAATTTGATCTGTTTGTAGATCAGCATGCCCATAGAATTGATAGCTATCAAATACAATTTGAATCAGTAGCTATTCAACCTGGTAATTTTAAATGTTTTGGGCTTAGCATGGAAGATCTTCTTTGGTTTTGCCCAATAAGTAGTCTGTTGACATTCCGGTTCATCTGCTGTCAAGGCATCC
CTGAAATGGAGATACTATAGAATTGGACCTGATTGGCTTGCTCATTCTCATATACTAACTTGGCATTTTCCTCCAGCTAATGGTTTATCTCTTTTCGTTGTAACGTAGCTGGAGATTGGTTACAAGGACCCTACGTTTACTTTCTTTACAGCCAGTATGGTTTCGACAAGGGAGATATTGGAAGACTCTTCATTGCAGGC
TTTGGATCATCTATGTTATTTGGCACAATTGTGGGGTCATTAGCTGATAAACAGGGTCGCAAGAGGGCTTGCATAACGTACTGCATAACTTATATATTGAGTTGTATCACAAAGCATTCTCCTGAGTACAAAATATTGATGATTGGTCGTATTCTTGGAGGAATTGCCACATCTCTTCTATTTTCAGCTTTTGAATCATG
GCTTGTTGCTGAACATTTCAAGAGGGGTTTTGATTCACAATGGTTATCTTTGACCTTTTCAAAGGCAATATTCCTGGGCAATGGTCTTGTAGCCATTCTGGCTGGGTTGTTTGCTAATACCCTTGCTGACACTCTAGGCTTTGGTCCAGTTTCTCCGTTTGATGCTGCAGCATGCTTCTTAGCTATAGGGATGGCAATTA
TTTTCACTACCTGGACAGAGAACTATGGAGATCCTTCAGAGAGTAAGGATTTACTTACTCAGTTCAAGGGTGCTGCCACAGCTATTGCTTCAGATGAGAAGATTGCGTTGCTGGGAGCTATACAGTCCTTATTTGAAGGTTCAATGTACACATTTGTATTTCTTTGGACACCTGCTTTGAGCCCGAATGAACAGGATATT
CCTCATGGGTTCATTTTTGCAACATTTATGCTGTCTTCAATGCTGGGAAGTTCCCTTGCCTCTAGACTCATGGCTCGTCCAGCAGTCAAGGTGGAGGGCTACATGCAGATTGTGTTCCTCGTCTCTGCTGCATCCTTCCTCCTTCCCGTCATAACTACTTTCCTTTTAGAGCCCAGCACAGAAAAAGGTGGAAGCATGAC
AGCAGGAGGGCGTCTCCAGCTTCTTGGTTTCTGTGTGTTTGAGGCCTGTGTGGGAATTTTCTGGCCCTCAATTATGAAAATGCGATCACAATACATTCCAGAGGAGGCTAGGAGCACAATTATGAACTTTTTCCGCATTCCTTTGAACATATTTGTCTGTGTTGTGCTTTACAATGTCAATGCCTTCCCAATCACTGTCA
TGTTTGGCATGTGTTCCATCTTCCTCTTCATGGCCTCAGTTCTCCAGAGGCGGCTCATGGTGGTTGCAGATATTCACAAGTCAAAATCTCAAGATACTTGGGTTGTAACTAAGGAGCGGGAAACAGAGGCAGAGCCTCTCAATATCTGAAATGAAGAAGATTTGGAGAAGGTAACTTGAAACATTTGCATGGGCTGTGAA
GAGAATCATTGACAATTTGCTTGCAAATATTGTATTGCTGGGCTGGCCCATGAGCTGTTTCTGCTAAATCATCGGGTCACATAAAATAATAGGTTGTTTTATTTCATCTACTGGAGAAGGTACAGAACTTATTCATTGTAGAACTAAAATTCGAGATATTAATATTTCTTGTCGATCCAATTAAGATCCCTCGGTAGACA
ATTATTCTAAGGCATAATTTTGTTGTGGAAGTTTTTTTTCAATAGTCCTGGCTATCCAGTCATAGGACAAGTGGTATACTAACTAATAGCTTTATTCCGGGCAATGCTGATCTATGTAAGGTAAATTACCAGGCAGACTCCTTTTTGCTCAGCAGTTTGGGTTAGAGCCAAGAGCTCTGTTTGTAACTGCATTGATTAAT
TGATTAACTCACCACATAGGTGTGTGGAAATATCTGTTATTGTACTTTTGATCTACTTGTTTATTTTTAGTACTTGGTTTTTGTTAATTCTTGCACTTTTAAATATTGGGACTAATAAATGCTGGC
>TRINITY_DN41386_c1_g1_i2 from sample A10 / Example unspliced isoform:TATACCCTAGGTTAGGTTGAGTTTTCACCCAGGTGTAAAATTTCATACTCAACAAATTTTACCTGATAAACTTCCGCCGTGGCGCTGCAGAATCTCTATATTTTCAGTCCTCCGCTCGACTGAGCCCTCATCCTTCACTGTCTTCCTGACATTGTGGCAATTCTCTGCATAGATCGACCCGCGCTCTTGTCGGATTAACA
TTCTTCGCAATTTTCCCGATCGATTCCACTGTTTTTTGGCCGCGGAGGTAACGGCTGTGCGGATATTTGAGCACCGAGGGTTTTAAATCTTCAAAGGAATTGAAGATCTGCAAAGGCTGGGCCTAGAATGGAGCTCTTTTACTATGTCGTTTTTGGAGTACTGTCGGCCATTGTTGCAGTGTTTGAGCTCAGCAAGAACA
ACAAGGATCGAATTTCGACTTCTTTATCGTTCAATTCGTTCAAGAACAATTATCTCGTGGTTTACAGTCTCATGATGGGTTAGTTCTCGGATTTGTACGGTCGTATTTTGTTTTCGGAGCTTTTGTAAGTTAAATCTGGTTTCAAATTGTAGAGCATTGGCGTGTTTGAGGGTGCAATTAGGGTTCGAAGGAGCTTAATT
AGATCTGGAAAATTTGACATGTTTGCTGTAGTTTTGTAGTGCAATCGGCTATGTAAAATTGTGTTATTCGGAATTTTTTTAATGTAGAGGTTTTAATGTGCCGGCAGTTTGAATTTCTCTCGGAGAAACGAGATCTGAGGGTCTTAGTACGAGATCTGGGGATTAGAATGCTCTATTCTCAAATGCCTGTTATAGTTACT
CCCGGCATTGCTGTTTAAGTAATTCAGTTCGTTAGTTGTAAGGCAATATCTGGTTTGTTTGCATAATGTTGGCTTAAATGCTAGATTGTCGTCAGGAAATGCATTTTATATTTTTGCCATTGCTGAAATTGAGGAATGCGCAAAAAACGAACTGACTGTTGTTAGTTGAGGCATTTTCACAGAATTTAGTCAGCTTGTGT
AGATGCTTAAAGAAACCCTACCTTACCTCTAGTTCGCAGCTTCAAATGTTTGCCAGCGCTTAGAGAGGAGTCAGTGTGTTCCTCTTATATCTGTAAAGATCTTAGCTCATATTGGCTGAGTGGAACTTTGAATCGCAATTTATAGAACTTGAGGATCTGGTTGTAATCATCAAGGACCGTCACGGCTCAGGATGATTTGT
CTTGAAGCTAGATCGCAACTAGTTAGAGTATTTTTGTGTTTTTGAATACGCTCCCCTATTTTGGGTCTACTTTTTAATTTTCCTTTTAACATTTTCCTCTGGTGTATATGTTAATTGGTGAACGCAGTTTGTCTTTACCACTTCCACAGTGGATGGGGTCTAACATGTTTTAATCTTGTTGACTGTCCATGTCTGTTTTA
TCAGCTGTGGTTATTCTTGTAATTTGATCTGTTTGTAGATCAGCATGCCCATAGAATTGATAGCTATCAAATACAATTTGAATCAGTAGCTATTCAACCTGGTAATTTTAAATGTTTTGGGCTTAGCATGGAAGATCTTCTTTGGTTTTGCCCAATAAGTAGTCTGTTGACATTCCGGTTCATCTGCTGTCAAGGCATCC
CTGAAATGGAGATACTATAGAATTGGACCTGATTGGCTTGCTCATTCTCATATACTAACTTGGCATTTTCCTCCAGCTAATGGTTTATCTCTTTTCGTTGTAACGTAGCTGGAGATTGGTTACAAGGACCCTACGTTTACTTTCTTTACAGCCAGTATGGTTTCGACAAGGGAGATATTGGAAGACTCTTCATTGCAGGC
TTTGGATCATCTATGTTATTTGGCACAATTGTGGGGTCATTAGCTGATAAACAGGGTCGCAAGAGGGCTTGCATAACGTACTGCATAACTTATATATTGAGTTGTATCACAAAGCATTCTCCTGAGTACAAAATATTGATGATTGGTCGTATTCTTGGAGGAATTGCCACATCTCTTCTATTTTCAGCTTTTGAATCATG
GCTTGTTGCTGAACATTTCAAGAGGGGTTTTGATTCACAATGGTTATCTTTGACCTTTTCAAAGGCAATATTCCTGGGCAATGGTCTTGTAGCCATTCTGGCTGGGTTGTTTGCTAATACCCTTGCTGACACTCTAGGCTTTGGTCCAGTTTCTCCGTTTGATGCTGCAGCATGCTTCTTAGCTATAGGGATGGCAATTA
TTTTCACTACCTGGACAGAGAACTATGGAGATCCTTCAGAGAGTAAGGATTTACTTACTCAGTTCAAGGGTGCTGCCACAGCTATTGCTTCAGgcttttccttatgttgacaactatgttgctcactttggcgagtagATGAGAAGATTGCGTTGCTGGGAGCTATACAGTCCTTATTTGAAGGTTCAATGTACACATTT
GTATTTCTTTGGACACCTGCTTTGAGCCCGAATGAACAGGATATTCCTCATGGGTTCATTTTTGCAACATTTATGCTGTCTTCAATGCTGGGAAGTTCCCTTGCCTCTAGACTCATGGCTCGTCCAGCAGTCAAGGTGGAGGGCTACATGCAGATTGTGTTCCTCGTCTCTGCTGCATCCTTCCTCCTTCCCGTCATAAC
TACTTTCCTTTTAGAGCCCAGCACAGAAAAAGGTGGAAGCATGACAGCAGGAGGGCGTCTCCAGCTTCTTGGTTTCTGTGTGTTTGAGGCCTGTGTGGGAATTTTCTGGCCCTCAATTATGAAAATGCGATCACAATACATTCCAGAGGAGGCTAGGAGCACAATTATGAACTTTTTCCGCATTCCTTTGAACATATTTG
TCTGTGTTGTGCTTTACAATGTCAATGCCTTCCCAATCACTGTCATGTTTGGCATGTGTTCCATCTTCCTCTTCATGGCCTCAGTTCTCCAGAGGCGGCTCATGGTGGTTGCAGATATTCACAAGTCAAAATCTCAAGATACTTGGGTTGTAACTAAGGAGCGGGAAACAGAGGCAGAGCCTCTCAATATCTGAAATGAA
GAAGATTTGGAGAAGGTAACTTGAAACATTTGCATGGGCTGTGAAGAGAATCATTGACAATTTGCTTGCAAATATTGTATTGCTGGGCTGGCCCATGAGCTGTTTCTGCTAAATCATCGGGTCACATAAAATAATAGGTTGTTTTATTTCATCTACTGGAGAAGGTACAGAACTTATTCATTGTAGAACTAAAATTCGAG
ATATTAATATTTCTTGTCGATCCAATTAAGATCCCTCGGTAGACAATTATTCTAAGGCATAATTTTGTTGTGGAAGTTTTTTTTCAATAGTCCTGGCTATCCAGTCATAGGACAAGTGGTATACTAACTAATAGCTTTATTCCGGGCAATGCTGATCTATGTAAGGTAAATTACCAGGCAGACTCCTTTTTGCTCAGCAG
TTTGGGTTAGAGCCAAGAGCTCTGTTTGTAACTGCATTGATTAATTGATTAACTCACCACATAGGTGTGTGGAAATATCTGTTATTGTACTTTTGATCTACTTGTTTATTTTTAGTACTTGGTTTTTGTTAATTCTTGCACTTTTAAATATTGGGACTAATAAATGCTGGC
Intron 4 GTAATAAATA ... TTTCTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.57 | 733.9 | 67.7 | 190 |
| A2 | 19.92 | 566.7 | 59.1 | 141 |
| A3 | 20.76 | 607 | 64.7 | 159 |
| A4 | 19.63 | 704 | 71 | 172 |
| A5 | 20.85 | 330.1 | 38.7 | 87 |
| A6 | 19.09 | 2063.9 | 203.3 | 487 |
| A7 | 19.97 | 1947.6 | 214.3 | 486 |
| A8 | 20.02 | 1310.1 | 130.7 | 328 |
| A9 | 17.54 | 1861.6 | 216 | 396 |
| A10 | 18.79 | 1620.1 | 181.1 | 375 |
>TRINITY_DN39312_c0_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoformGTGGTTTACAGTCTCATGATGGGTTAGTTCTCGGATTTGTACGGTCGTATTTTGTTTTCGGAGCTTTTGTAAGTTAAATCTGGTTTCAAATTGTAGAGCATTGGCGTGTTTGAGGGTGCAATTAGGGTTCGAAGGAGCTTAATTAGATCTGGAAAATTTGACATGTTTGCTGTAGTTTTGTAGTGCAATCGGCTATGTAA
AATTGTGTTATTCGGAATTTTTTTAATGTAGAGGTTTTAATGTGCCGGCAGTTTGAATTTCTCTCGGAGAAACGAGATCTGAGGGTCTTAGTACGAGATCTGGGGATTAGAATGCTCTATTCTCAAATGCCTGTTATAGTTACTCCCGGCATTGCTGTTTAAGTAATTCAGTTCGTTAGTTGTAAGGCAATATCTGGTTT
GTTTGCATAATGTTGGCTTAAATGCTAGATTGTCGTCAGGAAATGCATTTTATATTTTTGCCATTGCTGAAATTGAGGAATGCGCAAAAAACGAACTGACTGTTGTTAGTTGAGGCATTTTCACAGAATTTAGTCAGCTTGTGTAGATGCTTAAAGAAACCCTACCTTACCTCTAGTTCGCAGCTTCAAATGTTTGCCAG
CGCTTAGAGAGGAGTCAGTGTGTTCCTCTTATATCTGTAAAGATCTTAGCTCATATTGGCTGAGTGGAACTTTGAATCGCAATTTATAGAACTTGAGGATCTGGTTGTAATCATCAAGGACCGTCACGGCTCAGGATGATTTGTCTTGAAGCTAGATCGCAACTAGTTAGAGTATTTTTGTGTTTTTGAATACGCTCCCC
TATTTTGGGTCTACTTTTTAATTTTACTTTTAACATTTTCCTCTGGTGTATATGTTAATTGGTGAACGCAGTTTGTCTTTACCACTTCCACAGTGGATGGGGTCTAACATGTTTTAATCTTGTTGACTGTCCATGTCTGTTTTATCAGCTGTGGTTATTCTTGTAATTTGATCTGTTTGTAGATCAGCATGCCCATAGAA
TTGATAGCTATCAAATACAATTTGAATCAGTAGCTATTCAACCTGGTAATTTTAAATGTTTTGGGCTTAGCATGGAAGATCTTCTTTGGTTTTGCCCAATAAGTAGTCTGTTGACATTCCGGTTCATCTGCTGTCAAGGCATCCCTGAAATGGAGATACTATAGAATTGGACCTGATTGGCTTGCTCATTCTCATATACT
AACTTGGCATTTTCCTCCAGCTAATGGTTTATCTCTTTTCGTTGTAACGTAGCTGGAGATTGGTTACAAGGACCCTACGTTTACTTTCTTTACAGCCAGTATGGTTTCGACAAGGGAGATATTGGAAGACTCTTCATTGCAGGCTTTGGATCATCTATGTTATTTGGCACAATTGTGGGGTCATTAGCTGATAAACAGGG
TCGCAAGAGGGCTTGCATAACGTACTGCATAACTTATATATTGAGTTGTATCACAAAGCATTCTCCTGAGTACAAAATATTGATGATTGGTCGTATTCTTGGAGGAATTGCCACATCTCTTCTATTTTCAGCTTTTGAATCATGGCTTGTTGCTGAACATTTCAAGAGGGGTTTTGATTCACAATGGTTATCTTTGACCT
TTTCAAAGGCAATATTCCTGGGCAATGGTCTTGTAGCCATTCTGGCTGGGTTGTTTGCTAATACCCTTGCTGACACTCTAGGCTTTGGTCCAGTTTCTCCGTTTGATGCTGCAGCATGCTTCTTAGCTATAGGGATGGCAATTATTTTCACTACCTGGACAGAGAACTATGGAGATCCTTCAGAGAGTAAGGATTTACTT
ACTCAGTTCAAGGGTGCTGCCACAGCTATTGCTTCAGATGAGAAGATTGCGTTGCTGGGAGCTATACAGTCCTTATTTGAAGGTTCAATGTACACATTTGTATTTCTTTGGACACCTGCTTTGAGCCCGAATGAACAGGATATTCCTCATGGGTTCATTTTTGCAACATTTATGCTGTCTTCAATGCTGGGAAGTTCCCT
TGCCTCTAGACTCATGGCTCGTCCAGCAGTCAAGGTGGAGGGCTACATGCAGATTGTGTTCCTCGTCTCTGCTGCATCCTTCCTCCTTCCCGTCATAACTACTTTCCTTTTAGAGCCCAGCACAGAAAAAGGTGGAAGCATGACAGCAGGAGGGCGTCTCCAGCTTCTTGGTTTCTGTGTGTTTGAGGCCTGTGTGGGAA
TTTTCTGGCCCTCAATTATGAAAATGCGATCACAATACATTCCAGAGGAGGCTAGGAGCACAATTATGAACTTTTTCCGCATTCCTTTGAACATATTTGTCTGTGTTGTGCTTTACAATGTCAATGCCTTCCCAATCACTGTCATGTTTGGCATGTGTTCCATCTTCCTCTTCATGGCCTCAGTTCTCCAGAGGCGGCTC
ATGGTGGTTGCAGATATTCACAAGTCAAAATCTCAAGATACTTGGGTTGTAACTAAGGAGCGGGAAACAGAGGCAGAGCCTCTCAATATCTGAAATGAAGAAGATTTGGAGAAGGTAACTTGAAACATTTGCATGGGCTGTGAAGAGAATCATTGACAATTTGCTTGCAAATATTGTATTGCTGGGCTGGCCCATGAGCT
GTTTCTGCTAAATCATCGGGTCACATAAAATAATAGGTTGTTTTATTTCATCTACTGGAGAAGGTACAGAACTTATTCATTGTAGAACTAAAATTCGAGATATTAATATTTCTTGTCGATCCAATTAAGATCCCTCGGTAGACAATTATTCTAAGGCATAATTTTGTTGTGGAAGTTTTTTTTCAATAGTCCTGGCTATC
CAGTCATAGGACAAGTGGTATACTAACTAATAGCTTTATTCCGGGCAATGCTGATCTATGTAAGGTAAATTACCAGGCAGACTCCTTTTTGCTCAGCAGTTTGGGTTAGAGCCAAGAGCTCTGTTTGTAACTGCATTGATTAATTGATTAACTCACCACATAGGTGTGTGGAAATATCTGTTATTGTACTTTTGATCTAC
TTGTTTATTTTTAGTACTTGGTTTTTGTTAATTCTTGCACTTTTAAATATTGGGACTAATAAATGTTGGCAAGATTGGAATAGCAAATGTTGGTAGTTGTTATTAGGCTCGACTTGCATGCCAGTTATCAAGATTGTGTATAGGTATATTTGTATTTTATGCTTAATGATACAATGAGTTTCTTTCTCGGAA
>TRINITY_DN39312_c0_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:GGCTTGTTGCTGAACATTTCAAGgtaataaatattcaatatccatcttacacagaatgttgtggttgtttgtgcctgtttacaccaaaatgaagatacgtgcagcttgatacctggtgcatttagaatgattttgtgtggcatgtagttgccctcacccattaatatgttgttggacttgacctgcaatccattgacaac
tcttaccttctgtaaaaagaactataagaaaaattaggaagacctatgctacaatactaagatttttttgctttcttgcagAGGGGTTTTGATTCACAATGGTTATCTTTGACCTTTTCAAAGGCAATATTCCTGGGCAATGGTCTTGTAGCCATTCTGGCTGGGTTGTTTGCTAATACCCTTGCTGACACTCTAGGCTT
TGGTCCAGTTTCTCCGTTTGATGCTGCAGCATGCTTCTTAGCTATAGGGATGGCAATTATTTTCACTACCTGGACAGAGAACTATGGAGATCCTTCAGAGAGTAAGGATTTACTTACTCAGTTCAAGGGTGCTGCCACAGCTATTGCTTCAGATGAGAAGATTGCGTTGCTGGGAGCTATACAGTCCTTATTTGAAGGTT
CAATGTACACATTTGTATTTCTTTGGACACCTGCTTTGAGCCCGAATGAACAGGATATTCCTCATGGGTTCATTTTTGCAACATTTATGCTGTCTTCAATGCTGGGAAGTTCCCTTGCCTCTAGACTCATGGCTCGTCCAGCAGTCAAGGTGGAGGGCTACATGCAGATTGTGTTCCTCGTCTCTGCTGCATCCTTCCTC
CTTCCCGTCATAACTACTTTCCTTTTAGAGCCCAGCACAGAAAAAGGTGGAAGCATGACAGCAGGAGGGCGTCTCCAGCTTCTTGGTTTCTGTGTGTTTGAGGCCTGTGTGGGAATTTTCTGGCCCTCAATTATGAAAATGCGATCACAATACATTCCAGAGGAGGCTAGGAGCACAATTATGAACTTTTTCCGCATTCC
TTTGAACATATTTGTCTGTGTTGTGCTTTACAATGTCAATGCCTTCCCAATCACTGTCATGTTTGGCATGTGTTCCATCTTCCTCTTCATGGCCTCAGTTCTCCAGAGGCGGCTCATGGTGGTTGCAGATATTCACAAGTCAAAATCTCAAGATACTTGGGTTGTAACTAAGGAGCGGGAAACAGAGGCAGAGCCTCTCA
ATATCTGAAATGAAGAAGATTTGGAGAAGGTAACTTGAAACATTTGCATGGGCTGTGAAGAGAATCATTGACAATTTGCTTGCAAATATTGTATTGCTGGGCTGGCCCATGAGCTGTTTCTGCTAAATCATCGGGTCACATAAAATAATAGGTTGTTTTATTTCATCTACTGGAGAAGGTACAGAACTTATTCATTGTAG
AACTAAAATTCGAGATATTAATATTTCTTGTCGATCCAATTAAGATCCCTCGGTAGACAATTATTCTAAGGCATAATTTTGTTGTGGAAGTTTTTTTTCAATAGTCCTGGCTATCCAGTCATAGGACAAGTGGTATACTAACTAATAGCTTTATTCCGGGCAATGCTGATCTATGTAAGGTAAATTACCAGGCAGACTCC
TTTTTGCTCAGCAGTTTGGGTTAGAGCCAAGAGCTCTGTTTGTAACTGCATTGATTAATTGATTAACTCACCACATAGGTGTGTGGAAATATCTGTTATTGTACTTTTGATCTACTTGTTTATTTTTAGTACTTGGTTTTTGTTAATTCTTGCACTTTTAAATATTGGGACTAATAAATGTTGGCAAGATTGGAATAGCA
AATGTTGGTAGTTGTTATTAGGCTCGACTTGCATGCCAGTTATCAAGATTGTGTATAGGTATATTTGTATTTTATGCTTAATGATACAATGAGTTTCTTTCTCGGAA
Intron 5 GTAAGTCTTA ... TTTTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 17.74 | 811.5 | 5.6 | 175 |
| A2 | 20.44 | 552.5 | 0.5 | 142 |
| A3 | 17.95 | 626.2 | 2.1 | 137 |
| A4 | 17.12 | 498.7 | 3.3 | 103 |
| A5 | 20.41 | 292.5 | 0 | 75 |
| A6 | 21.16 | 5273.7 | 19.6 | 1415 |
| A7 | 21.83 | 3874.3 | 14.7 | 1082 |
| A8 | 21.25 | 5013 | 24.5 | 1353 |
| A9 | 20.64 | 3967.5 | 11.5 | 1032 |
| A10 | 20.4 | 2622.2 | 13.5 | 672 |
>TRINITY_DN38945_c0_g2_i5 from sample A8 / Example spliced isoformTAGAAATATACCCTAGGTTAGGTTGAGTTTTCACCCAGGTGTAAAATTTCATACTCAACAAATTTTACCTGATAAACTTCCGCCGTGGCGCTGCAGAATCTCTATATTTTCAGTCCTCCGCTCGACTGAGCCCTCATCCTTCACTGTCTTCCTGACATTGTGGCAATTCTCTGCATAGATCGACCCGCGCTCTTGTCGGA
TTAACATTCTTCGCAATTTTCCCGATCGATTCCACTGTTTTTTGGCCGCGGAGGTAACGGCTGTGCGGATATTTGAGCACCGAGGGTTTTAAATCTTCAAAGGAATTGAAGATCTGCAAAGGCTGGGCCTAGAATGGAGCTCTTTTACTATGTCGTTTTTGGAGTACTGTCGGCCATTGTTGCAGTGTTTGAGCTCAGCA
AGAACAACAAGGATCGAATTTCGACTTCTTTATCGTTCAATTCGTTCAAGAACAATTATCTCGTGGTTTACAGTCTCATGATGGGTTAGTTCTCGGATTTGTACGGTCGTATTTTGTTTTCGGAGCTTTTGTAAGTTAAATCTGGTTTCAAATTGTAGAGCATTGGCGTGTTTGAGGGTGCAATTAGGGTTCGAAGGAGC
TTAATTAGATCTGGAAAATTTGACATGTTTGCTGTAGTTTTGTAGTGCAATCGGCTATGTAAAATTGTGTTATTCGGAATTTTTTTAATGTAGAGGTTTTAATGTGCCGGCAGTTTGAATTTCTCTCGGAGAAACGAGATCTGAGGGTCTTAGTACGAGATCTGGGGATTAGAATGCTCTATTCTCAAATGCCTGTTATA
GTTACTCCCGGCATTGCTGTTTAAGTAATTCAGTTCGTTAGTTGTAAGGCAATATCTGGTTTGTTTGCATAATGTTGGCTTAAATGCTAGATTGTCGTCAGGAAATGCATTTTATATTTTTGCCATTGCTGAAATTGAGGAATGCGCAAAAAACGAACTGACTGTTGTTAGTTGAGGCATTTTCACAGAATTTAGTCAGC
TTGTGTAGATGCTTAAAGAAACCCTACCTTACCTCTAGTTCGCAGCTTCAAATGTTTGCCAGCGCTTAGAGAGGAGTCAGTGTGTTCCTCTTATATCTGTAAAGATCTTAGCTCATATTGGCTGAGTGGAACTTTGAATCGCAATTTATAGAACTTGAGGATCTGGTTGTAATCATCAAGGACCGTCACGGCTCAGGATG
ATTTGTCTTGAAGCTAGATCGCAACTAGTTAGAGTATTTTTGTGTTTTTGAATACGCTCCCCTATTTTGGGTCTACTTTTTAATTTTACTTTTAACATTTTCCTCTGGTGTATATGTTAATTGGTGAACGCAGTTTGTCTTTACCACTTCCACAGTGGATGGGGTCTAACATGTTTTAATCTTGTTGACTGTCCATGTCT
GTTTTATCAGCTGTGGTTATTCTTGTAATTTGATCTGTTTGTAGATCAGCATGCCCATAGAATTGATAGCTATCAAATACAATTTGAATCAGTAGCTATTCAACCTGGTAATTTTAAATGTTTTGGGCTTAGCATGGAAGATCTTCTTTGGTTTTGCCCAATAAGTAGTCTGTTGACATTCCGGTTCATCTGCTGTCAAG
GCATCCCTGAAATGGAGATACTATAGAATTGGACCTGATTGGCTTGCTCATTCTCATATACTAACTTGGCATTTTCCTCCAGCTAATGGTTTATCTCTTTTCGTTGTAACGTAGCTGGAGATTGGTTACAAGGACCCTACGTTTACTTTCTTTACAGCCAGTATGGTTTCGACAAGGGAGATATTGGAAGACTCTTCATT
GCAGGCTTTGGATCATCTATGTTATTTGGCACAATTGTGGGGTCATTAGCTGATAAACAGGGTCGCAAGAGGGCTTGCATAACGTACTGCATAACTTATATATTGAGTTGTATCACAAAGCATTCTCCTGAGTACAAAATATTGATGATTGGTCGTATTCTTGGAGGAATTGCCACATCTCTTCTATTTTCAGCTTTTGA
ATCATGGCTTGTTGCTGAACATTTCAAGAGGGGTTTTGATTCACAATGGTTATCTTTGACCTTTTCAAAGGCAATATTCCTGGGCAATGGTCTTGTAGCCATTCTGGCTGGGTTGTTTGCTAATACCCTTGCTGACACTCTAGGCTTTGGTCCAGTTTCTCCGTTTGATGCTGCAGCATGCTTCTTAGCTATAGGGATGG
CAATTATTTTCACTACCTGGACAGAGAACTATGGAGATCCTTCAGAGAGTAAGGATTTACTTACTCAGTTCAAGGGTGCTGCCACAGCTATTGCTTCAGATGAGAAGATTGCGTTGCTGGGAGCTATACAGTCCTTATTTGAAGGTTCAATGTACACATTTGTATTTCTTTGGACACCTGCTTTGAGCCCGAATGAACAG
GATATTCCTCATGGGTTCATTTTTGCAACATTTATGCTGTCTTCAATGCTGGGAAGTTCCCTTGCCTCTAGACTCATGGCTCGTCCAGCAGTCAAGGTGGAGGGCTACATGCAGATTGTGTTCCTCGTCTCTGCTGCATCCTTCCTCCTTCCCGTCATAACTACTTTCCTTTTAGAGCCCAGCACAGAAAAAGGTGGAAG
CATGACAGCAGGAGGGCGTCTCCAGCTTCTTGGTTTCTGTGTGTTTGAGGCCTGTGTGGGAATTTTCTGGCCCTCAATTATGAAAATGCGATCACAATACATTCCAGAGGAGGCTAGGAGCACAATTATGAACTTTTTCCGCATTCCTTTGAACATATTTGTCTGTGTTGTGCTTTACAATGTAAGACCACCAGACCTTC
AAATTTCTTCTTTTGGCATAGAAATTACTGTTAGAAGCATTTTATTGCATATAAATCGTGATTAATAAGTCTTAACCAAGAAACTCTTTGTTTTAGTATGTTTTATGGAGTTTTTGGAACTAAATTACTCAGTGTTTTGAAAAATCACTCTCAAGCTTTTGTTTCATTTCTTCTTTATGAAAGGTCAATGCCTTCCCAAT
CACTGTCATGTTTGGCATGTGTTCCATCTTCCTCTTCATGGCCTCAGTTCTCCAGAGGCGGCTCATGGTGGTTGCAGATATTCACAAGTCAAAATCTCAAGATACTTGGGTTGTAACTAAGGAGCGGGAAACAGAGGCAGAGCCTCTCAATATCTGAAATGAAGAAGATTTGGAGAAGGTAACTTGAAACATTTGCATGG
GCTGTGAAGAGAATCATTGACAATTTGCTTGCAAATATTGTATTGCTGGGCTGGCCCATGAGCTGTTTCTGCTAAATCATCGGGTCACATAAAATAATAGGTTGTTTTATTTCATCTACTGGAGAAGGTACAGAACTTATTCATTGTAGAACTAAAATTCGAGATATTAATATTTCTTGTCGATCCAATTAAGATCCCTC
GGTAGACAATTATTCTAAGGCATAATTTTGTTGTGGAAGTTTTTTTTCAATAGTCCTGGCTATCCAGTCATAGGACAAGTGGTATACTAACTAATAGCTTTATTCCGGGCAATGCTGATCTATGTAAGGTAAATTACCAGGCAGACTCCTTTTTGCTCAGCAGTTTGGGTTAGAGCCAAGAGCTCTGTTTGTAACTGCAT
TGATTAATTGATTAACTCACCACATAGGTGTGTGGAAATATCTGTTATTGTACTTTTGATCTACTTGTTTATTTTTAGTACTTGGTTTTTGTTAATTCTTGCACTTTTAAATATTGGGACTAATAAATGTTGGCAAGATTGGAATAGCAAATGTTGGTAGTTGTTATTAGGCTCGACTTGCATGCCAGTTATCAAGATTG
TGTATAGGTATATTTGTATTTTATGCTTAATGATACAATGAGTTTCTTTCTCGGAGCTTATCTATATTGCATCTCCACATATTGGAGAAACTCTGCAGATGTATCAAAATGATTTGAAACAAAAACTATTATATTGTTTTTCACCAAAGTAATATGTACATTTCTGCTAAGTCCATTAAAAACTGTGAACATGGCTGTCC
ATAAGTCGCAGGGATTGTCTGGTTTGTGAGAATGAAGGTGAACATGGTCATAATCAATAGACTCTCAGTGTGAG
>TRINITY_DN38945_c0_g2_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:CAGATATTCACAAGTCAAgtaagtcttacaaacatctgtcatttaactgatgttaaactgagtcacatgtcaagtaaaagttggacacttctccgtaatctaacggatgttaattcagtggaaagccttcattttttattttgctatggctttgagcttctttctgggttttttatcaatgtgtttatacagttccttaa
ttttttgcagAATCTCAAGATACTTGGGTTGTAACTAAGGAGCGGGAAACAGAGGCAGAGCCTCTCAATATCTGAAATGAAGAAGATTTGGAGAAGGTAACTTGAAACATTTGCATGGGCTGTGAAGAGAATCATTGACAATTTGCTTGCAAATATTGTATTGCTGGGCTGGCCCATGAGCTGTTTCTGCTAAATCATCG
GGTCACATAAAATAATAGGTTGTTTTATTTCATCTACTGGAGAAGGTACAGAACTTATTCATTGTAGAACTAAAATTCGAGATATTAATATTTCTTGTCGATCCAATTAAGATCCCTCGGTAGACAATTATTCTAAGGCATAATTTTGTTGTGGAAGTTTTTTTTCAATAGTCCTGGCTATCCAGTCATAGGACAAGTGG
TATACTAACTAATAGCTTTATTCCGGGCAATGCTGATCTATGTAAGGTAAATTACCAGGCAGACTCCTTTTTGCTCAGCAGTTTGGGTTAGAGCCAAGAGCTCTGTTTGTAACTGCATTGATTAATTGATTAACTCACCACATAGGTGTGTGGAAATATCTGTTATTGTACTTTTGATCTACTTGTTTATTTTTAGTACT
TGGTTTTTGTTAATTCTTGCACTTTTAAATATTGGGACTAATAAATGTTGGCAAGATTGGAATAGCAAATGTTGGTAGTTGTTATTAGGCTCGACTTGCATGCCAGTTATCAAGATTGTGTATAGGTATATTTGTATTTTATGCTTAATGATACAATGAGTTTCTTTCTCGGAGCTTATCTATATTGCATCTCCACATAT
TGGAGAAACTCTGCAGATGTATCAAAATGATTTGAAACAAAAACTATTATATTGTTTTTCACCAAAGTAATATGTACATTTCTGCTAAGTCCATTAAAAACTGTGAACATGGCTGTCCATAAGTCGCAGGGATTGTCTGGTTTGTGAGAATGAAGGTGAACATGGTCATAATCAATAGACTCTCAGTGTGAG
Intron 6 GTAAGATATT ... CTATTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.35 | 1339.5 | 398 | 373 |
| A2 | 23.58 | 897.5 | 263 | 291 |
| A3 | 23.44 | 1166.5 | 354 | 360 |
| A4 | 24.12 | 1137.5 | 369 | 354 |
| A5 | 24.78 | 598 | 196 | 198 |
| A6 | 23.65 | 4029.5 | 1077 | 1419 |
| A7 | 23.36 | 3786.5 | 1020 | 1288 |
| A8 | 23.73 | 1935.5 | 525 | 679 |
| A9 | 23.82 | 3437 | 970 | 1180 |
| A10 | 24.41 | 3288.5 | 966 | 1158 |
>TRINITY_DN111482_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformAATATACCCTAGGTTAGGTTGAGTTTTCACCCAGGTGTAAAATTTCATACTCAACAAATTTTACCTGATAAACTTCCGCCGTGGCGCTGCAGAATCTCTATATTTTCAGTCCTCCGCTCGACTGAGCCCTCATCCTTCACTGTCTTCCTGACATTGTGGCAATTCTCTGCATAGATCGACCCGCGCTCTTGTCGGATTAA
CATTCTTCGCAATTTTCCCGATCGATTCCACTGTTTTTTGGCCGCGGAGGTAACGGCTGTGCGGATATTTGAGCACCGAGGGTTTTAAATCTTCAAAGGAATTGAAGATCTGCAAAGGCTGGGCCTAGAATGGAGCTCTTTTACTATGTCGTTTTTGGAGTACTGTCGGCCATTGTTGCAGTGTTTGAGCTCAGCAAGAA
CAACAAGGATCGAATTTCGACTTCTTTATCGTTCAATTCGTTCAAGAACAATTATCTCGTGGTTTACAGTCTCATGATGGCTGGAGATTGGTTACAAGGACCCTACGTTTACTTTCTTTACAGCCAGTATGGTTTCGACAAGGGAGATATTGGAAGACTCTTCATTGCAGGCTTTGGATCATCTATGTTATTTGGCACAA
TTGTGGGGTCATTAGCTGATAAACAGGGTCGCAAGAGGGCTTGCATAACGTACTGCATAACTTATATATTGAGTTGTATCACAAAGCATTCTCCTGAGTACAAAATATTGATGATTGGTCGTATTCTTGGAGGAATTGCCACATCTCTTCTATTTTCAGCTTTTGAATCATGGCTTGTTGCTGAACATTTCAAGAGGGGT
TTTGATTCACAATGGTTATCTTTGACCTTTTCAAAGGCAATATTCCTGGGCAATGGTCTTGTAGCCATTCTGGCTGGGTTGTTTGCTAATACCCTTGCTGACACTCTAGGCTTTGGTCCAGTTTCTCCGTTTGATGCTGCAGCATGCTTCTTAGCTATAGGGATGGCAATTATTTTCACTACCTGGACAGAGAACTATGG
AGATCCTTCAGAGAGTAAGGATTTACTTACTCAGTTCAAGGGTGCTGCCACAGCTATTGCTTCAGATGAGAAGATTGCGTTGCTGGGAGCTATACAGTCCTTATTTGAAGGTTCAATGTACACATTTGTATTTCTTTGGACACCTGCTTTGAGCCCGAATGAACAGGATATTCCTCATGGGTTCATTTTTGCAACATTTA
TGCTGTCTTCAATGCTGGGAAGTTCCCTTGCCTCTAGACTCATGGCTCGTCCAGCAGTCAAGGTGGAGGGCTACATGCAGATTGTGTTCCTCGTCTCTGCTGCATCCTTCCTCCTTCCCGTCATAACTACTTTCCTTTTAGAGCCCAGCACAGAAAAAGGTGGAAGCATGACAGCAGGAGGGCGTCTCCAGCTTCTTGGT
TTCTGTGTGTTTGAGGCCTGTGTGGGAATTTTCTGGCCCTCAATTATGAAAATGCGATCACAATACATTCCAGAGGAGGCTAGGAGCACAATTATGAACTTTTTCCGCATTCCTTTGAACATATTTGTCTGTGTTGTGCTTTACAATGTCAATGCCTTCCCAATCACTGTCATGTTTGGCATGTGTTCCATCTTCCTCTT
CATGGCCTCAGTTCTCCAGAGGCGGCTCATGGTGGTTGCAGATATTCACAAGTCAAAATCTCAAGATACTTGGGTTGTAACTAAGGAGCGGGAAACAGAGGCAGAGCCTCTCAATATCTGAAATGAAGAAGATTTGGAGAAGGTAACTTGAAACATTTGCATGGGCTGTGAAGAGAATCATTGACAATTTGCTTGCAAAT
ATTGTATTGCTGGGCTGGCCCATGAGCTGTTTCTGCTAAATCATCGGGTCACATAAAATAATAGGTTGTTTTATTTCATCTACTGGAGAAGGTACAGAACTTATTCATTGTAGAACTAAAATTCGAGATATTAATATTTCTTGTCGATCCAATTAAGATCCCTCGGTAGACAATTATTCTAAGGCATAATTTTGTTGTGG
AAGTTTTTTTTCAATAGTCCTGGCTATCCAGTCATAGGACAAGTGGTATACTAACTAATAGCTTTATTCCGGGCAATGCTGATCTATGTAAGGTAAATTACCAGGCAGACTCCTTTTTGCTCAGCAGTTTGGGTTAGAGCCAAGAGCTCTGTTTGTAACTGCATTGATTAATTGATTAACTCACCACATAGGTGTGTGGA
AATATCTGTTATTGTACTTTTGATCTACTTGTTTATTTTTAGTACTTGGTTTTTGTTAATTCTTGCACTTTTAAATATTGGGACTAATAAATGTTGGCAAGATTGGAATAGCAAATGTTGGTAGTTGTTATTAGGCTCGACTTGCATGCCAGTTATCAAGATTGTGTATAGGTATATTTGTATTTTATGCTTAATGATAC
AATGAGTTTCTTTCTCGGAGCTTATCTATATTGCATCTCCACATATTGGAGAAACTCTGCAGATGTATCAAAATGATTTGAAACAAAAACTATTATATTGTTTTTCACCAAAGTAATATGTACATTTCTGCTAAGTCCATTAAAAACTGTGAACATGGCTGTCCATAAGTCGCAGGGATTGTCTGGTTTGTGAGAATGAA
GGTGAACATGGTCATAATCAATAGACTCTCAGTGTGAGCATATTTGTGAACTCACATGTTTTTTTTGGTATATAGCTAGATCACATAATTTTTGAAGGAAAGAAAGTATCAAGCAAAATACATATTTTAAGGAATAGATGGTAGGTTTTGTAGAATGTGGAAATTTCTTCTTCCCAATATTTAATGCATAAAAGGGAAAA
AATTT
>TRINITY_DN111482_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:CGTGGTTTACAGTCTCATGATGGGTTAGTTCTCGGATTTGTACGGTCGTATTTTGTTTTCGGAGCTTTTGTAAGTTAAATCTGGTTTCAAATTGTAGAGCATTGGCGTGTTTGAGGGTGCAATTAGGGTTCGAAGGAGCTTAATTAGATCTGGAAAATTTGACATGTTTGCTGTAGTTTTGTAGTGCAATCGGCTATGTA
AAATTGTGTTATTCGGAATTTTTTTAATGTAGAGGTTTTAATGTGCCGGCAGTTTGAATTTCTCTCGGAGAAACGAGATCTGAGGGTCTTAGTACGAGATCTGGGGATTAGAATGCTCTATTCTCAAATGCCTGTTATAGTTACTCCCGGCATTGCTGTTTAAGTAATTCAGTTCGTTAGTTGTAAGGCAATATCTGGTT
TGTTTGCATAATGTTGGCTTAAATGCTAGATTGTCGTCAGGAAATGCATTTTATATTTTTGCCATTGCTGAAATTGAGGAATGCGCAAAAAACGAACTGACTGTTGTTAGTTGAGGCATTTTCACAGAATTTAGTCAGCTTGTGTAGATGCTTAAAGAAACCCTACCTTACCTCTAGTTCGCAGCTTCAAATGTTTGCCA
GCGCTTAGAGAGGAGTCAGTGTGTTCCTCTTATATCTGTAAAGATCTTAGCTCATATTGGCTGAGTGGAACTTTGAATCGCAATTTATAGAACTTGAGGATCTGGTTGTAATCATCAAGGACCGTCACGGCTCAGGATGATTTGTCTTGAAGCTAGATCGCAACTAGTTAGAGTATTTTTGTGTTTTTGAATACGCTCCC
CTATTTTGGGTCTACTTTTTAATTTTCCTTTTAACATTTTCCTCTGGTGTATATGTTAATTGGTGAACGCAGTTTGTCTTTACCACTTCCACAGTGGATGGGGTCTAACATGTTTTAATCTTGTTGACTGTCCATGTCTGTTTTATCAGCTGTGGTTATTCTTGTAATTTGATCTGTTTGTAGATCAGCATGCCCATAGA
ATTGATAGCTATCAAATACAATTTGAATCAGTAGCTATTCAACCTGGTAATTTTAAATGTTTTGGGCTTAGCATGGAAGATCTTCTTTGGTTTTGCCCAATAAGTAGTCTGTTGACATTCCGGTTCATCTGCTGTCAAGGCATCCCTGAAATGGAGATACTATAGAATTGGACCTGATTGGCTTGCTCATTCTCATATAC
TAACTTGGCATTTTCCTCCAGCTAATGGTTTATCTCTTTTCGTTGTAACGTAGCTGGAGATTGGTTACAAGGACCCTACGTTTACTTTCTTTACAGCCAGTATGGTTTCGACAAGGGAGATATTGGAAGACTCTTCATTGCAGGCTTTGGATCATCTATGTTATTTGGCACAATTGTGGGGTCATTAGCTGATAAACAgt
aagatatttacactccatatgtctattggcagtgcagttggattgtggcatatactgagaacaaaataattaataatatagatctattctaacgtgttgttctatttgcagGGGTCGCAAGAGGGCTTGCATAACGTACTGCATAACTTATATATTGAGTTGTATCACAAAGCATTCTCCTGAGTACAAAATATTGATGA
TTGGTCGTATTCTTGGAGGAATTGCCACATCTCTTCTATTTTCAGCTTTTGAATCATGGCTTGTTGCTGAACATTTCAAGAGGGGTTTTGATTCACAATGGTTATCTTTGACCTTTTCAAAGGCAATATTCCTGGGCAATGGTCTTGTAGCCATTCTGGCTGGGTTGTTTGCTAATACCCTTGCTGACACTCTAGGCTTT
GGTCCAGTTTCTCCGTTTGATGCTGCAGCATGCTTCTTAGCTATAGGGATGGCAATTATTTTCACTACCTGGACAGAGAACTATGGAGATCCTTCAGAGAGTAAGGATTTACTTACTCAGTTCAAGGGTGCTGCCACAGCTATTGCTTCAGATGAGAAGATTGCGTTGCTGGGAGCTATACAGTCCTTATTTGAAGGTTC
AATGTACACATTTGTATTTCTTTGGACACCTGCTTTGAGCCCGAATGAACAGGATATTCCTCATGGGTTCATTTTTGCAACATTTATGCTGTCTTCAATGCTGGGAAGTTCCCTTGCCTCTAGACTCATGGCTCGTCCAGCAGTCAAGGTGGAGGGCTACATGCAGATTGTGTTCCTCGTCTCTGCTGCATCCTTCCTCC
TTCCCGTCATAACTACTTTCCTTTTAGAGCCCAGCACAGAAAAAGGTGGAAGCATGACAGCAGGAGGGCGTCTCCAGCTTCTTGGTTTCTGTGTGTTTGAGGCCTGTGTGGGAATTTTCTGGCCCTCAATTATGAAAATGCGATCACAATACATTCCAGAGGAGGCTAGGAGCACAATTATGAACTTTTTCCGCATTCCT
TTGAACATATTTGTCTGTGTTGTGCTTTACAATGTCAATGCCTTCCCAATCACTGTCATGTTTGGCATGTGTTCCATCTTCCTCTTCATGGCCTCAGTTCTCCAGAGGCGGCTCATGGTGGTTGCAGATATTCACAAGTCAAAATCTCAAGATACTTGGGTTGTAACTAAGGAGCGGGAAACAGAGGCAGAGCCTCTCAA
TATCTGAAATGAAGAAGATTTGGAGAAGGTAACTTGAAACATTTGCATGGGCTGTGAAGAGAATCATTGACAATTTGCTTGCAAATATTGTATTGCTGGGCTGGCCCATGAGCTGTTTCTGCTAAATCATCGGGTCACATAAAATAATAGGTTGTTTTATTTCATCTACTGGAGAAGGTACAGAACTTATTCATTGTAGA
ACTAAAATTCGAGATATTAATATTTCTTGTCGATCCAATTAAGATCCCTCGGTAGACAATTATTCTAAGGCATAATTTTGTTGTGGAAGTTTTTTTTCAATAGTCCTGGCTATCCAGTCATAGGACAAGTGGTATACTAACTAATAGCTTTATTCCGGGCAATGCTGATCTATGTAAGGTAAATTACCAGGCAGACTCCT
TTTTGCTCAGCAGTTTGGGTTAGAGCCAAGAGCTCTGTTTGTAACTGCATTGATTAATTGATTAACTCACCACATAGGTGTGTGGAAATATCTGTTATTGTACTTTTGATCTACTTGTTTATTTTTAGTACTTGGTTTTTGTTAATTCTTGCACTTTTAAATATTGGGACTAATAAATGTTGGCAAGATTGGAATAGCAA
ATGTTGGTAGTTGTTATTAGGCTCGACTTGCATGCCAGTTATCAAGATTGTGTATAGGTATATTTGTATTTTATGCTTAATGATACAATGAGTTTCTTTCTCGGAGCTTATCTATATTGCATCTCCACATATTGGAGAAACTCTGCAGATGTATCAAAATGATTTGAAACAAAAACTATTATATTGTTTTTCACCAAAGT
AATATGTACATTTCTGCTAAGTCCATTAAAAACTGTGAACATGGCTGTCCATAAGTCGCAGGGATTGTCTGGTTTGTGAGAATGAAGGTGAACATGGTCATAATCAATAGACTCTCAGTGTGAGCATATTTGTGAACTCACATGTTTTTTTTGGTATATAGCTAGATCACATAATTTTTGAAGGAAAGAAAGTATCAAGC
AAAATACATATTTTAAGGAATAGATGGTAGGTTTTGTAGAATGTGGAAATTTCTTCTTCCCAATATTTAATGCATAAAAGGGAAAAAATTT
Intron 7 GTAAGTTAAA ... TGTAACGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 56.72 | 293 | 15 | 384 |
| A2 | 57.21 | 175 | 20 | 234 |
| A3 | 55.68 | 230 | 17 | 289 |
| A4 | 55.83 | 250 | 20 | 316 |
| A5 | 52.85 | 124 | 5 | 139 |
| A6 | 55.43 | 632 | 9 | 786 |
| A7 | 56.36 | 590 | 41 | 762 |
| A8 | 56.44 | 335 | 19 | 434 |
| A9 | 54.78 | 587 | 20 | 711 |
| A10 | 53.59 | 621 | 35 | 717 |
>TRINITY_DN41386_c1_g1_i5 from sample A10 / Example spliced isoformTATACCCTAGGTTAGGTTGAGTTTTCACCCAGGTGTAAAATTTCATACTCAACAAATTTTACCTGATAAACTTCCGCCGTGGCGCTGCAGAATCTCTATATTTTCAGTCCTCCGCTCGACTGAGCCCTCATCCTTCACTGTCTTCCTGACATTGTGGCAATTCTCTGCATAGATCGACCCGCGCTCTTGTCGGATTAACA
TTCTTCGCAATTTTCCCGATCGATTCCACTGTTTTTTGGCCGCGGAGGTAACGGCTGTGCGGATATTTGAGCACCGAGGGTTTTAAATCTTCAAAGGAATTGAAGATCTGCAAAGGCTGGGCCTAGAATGGAGCTCTTTTACTATGTCGTTTTTGGAGTACTGTCGGCCATTGTTGCAGTGTTTGAGCTCAGCAAGAACA
ACAAGGATCGAATTTCGACTTCTTTATCGTTCAATTCGTTCAAGAACAATTATCTCGTGGTTTACAGTCTCATGATGGGTTAGTTCTCGGATTTGTACGGTCGTATTTTGTTTTCGGAGCTTTTCTGGAGATTGGTTACAAGGACCCTACGTTTACTTTCTTTACAGCCAGTATGGTTTCGACAAGGGAGATATTGGAAG
ACTCTTCATTGCAGGCTTTGGATCATCTATGTTATTTGGCACAATTGTGGGGTCATTAGCTGATAAACAGGGTCGCAAGAGGGCTTGCATAACGTACTGCATAACTTATATATTGAGTTGTATCACAAAGCATTCTCCTGAGTACAAAATATTGATGATTGGTCGTATTCTTGGAGGAATTGCCACATCTCTTCTATTTT
CAGCTTTTGAATCATGGCTTGTTGCTGAACATTTCAAGGTAATAAATATTCAATATCCATCTTACACAGAATGTTGTGGTTGTTTGTGCCTGTTTACACCAAAATGAAGATACGTGCAGCTTGATACCTGGTGCATTTAGAATGATTTTGTGTGGCATGTAGTTGCCCTCACCCATTAATATGTTGTTGGACTTGACCTG
CAATCCATTGACAACTCTTACCTTCTGTAAAAAGAACTATAAGAAAAATTAGGAAGAC
>TRINITY_DN41386_c1_g1_i4 from sample A10 / Example unspliced isoform:TATACCCTAGGTTAGGTTGAGTTTTCACCCAGGTGTAAAATTTCATACTCAACAAATTTTACCTGATAAACTTCCGCCGTGGCGCTGCAGAATCTCTATATTTTCAGTCCTCCGCTCGACTGAGCCCTCATCCTTCACTGTCTTCCTGACATTGTGGCAATTCTCTGCATAGATCGACCCGCGCTCTTGTCGGATTAACA
TTCTTCGCAATTTTCCCGATCGATTCCACTGTTTTTTGGCCGCGGAGGTAACGGCTGTGCGGATATTTGAGCACCGAGGGTTTTAAATCTTCAAAGGAATTGAAGATCTGCAAAGGCTGGGCCTAGAATGGAGCTCTTTTACTATGTCGTTTTTGGAGTACTGTCGGCCATTGTTGCAGTGTTTGAGCTCAGCAAGAACA
ACAAGGATCGAATTTCGACTTCTTTATCGTTCAATTCGTTCAAGAACAATTATCTCGTGGTTTACAGTCTCATGATGGGTTAGTTCTCGGATTTGTACGGTCGTATTTTGTTTTCGGAGCTTTTgtaagttaaatctggtttcaaattgtagagcattggcgtgtttgagggtgcaattagggttcgaaggagcttaatt
agatctggaaaatttgacatgtttgctgtagttttgtagtgcaatcggctatgtaaaattgtgttattcggaatttttttaatgtagaggttttaatgtgccggcagtttgaatttctctcggagaaacgagatctgagggtcttagtacgagatctggggattagaatgctctattctcaaatgcctgttatagttact
cccggcattgctgtttaagtaattcagttcgttagttgtaaggcaatatctggtttgtttgcataatgttggcttaaatgctagattgtcgtcaggaaatgcattttatatttttgccattgctgaaattgaggaatgcgcaaaaaacgaactgactgttgttagttgaggcattttcacagaatttagtcagcttgtgt
agatgcttaaagaaaccctaccttacctctagttcgcagcttcaaatgtttgccagcgcttagagaggagtcagtgtgttcctcttatatctgtaaagatcttagctcatattggctgagtggaactttgaatcgcaatttatagaacttgaggatctggttgtaatcatcaaggaccgtcacggctcaggatgatttgt
cttgaagctagatcgcaactagttagagtatttttgtgtttttgaatacgctcccctattttgggtctactttttaattttccttttaacattttcctctggtgtatatgttaattggtgaacgcagtttgtctttaccacttccacagtggatggggtctaacatgttttaatcttgttgactgtccatgtctgtttta
tcagctgtggttattcttgtaatttgatctgtttgtagatcagcatgcccatagaattgatagctatcaaatacaatttgaatcagtagctattcaacctggtaattttaaatgttttgggcttagcatggaagatcttctttggttttgcccaataagtagtctgttgacattccggttcatctgctgtcaaggcatcc
ctgaaatggagatactatagaattggacctgattggcttgctcattctcatatactaacttggcattttcctccagctaatggtttatctcttttcgttgtaacgtagCTGGAGATTGGTTACAAGGACCCTACGTTTACTTTCTTTACAGCCAGTATGGTTTCGACAAGGGAGATATTGGAAGACTCTTCATTGCAGGC
TTTGGATCATCTATGTTATTTGGCACAATTGTGGGGTCATTAGCTGATAAACAGGGTCGCAAGAGGGCTTGCATAACGTACTGCATAACTTATATATTGAGTTGTATCACAAAGCATTCTCCTGAGTACAAAATATTGATGATTGGTCGTATTCTTGGAGGAATTGCCACATCTCTTCTATTTTCAGCTTTTGAATCATG
GCTTGTTGCTGAACATTTCAAGAGGGGTTTTGATTCACAATGGTTATCTTTGACCTTTTCAAAGGCAATATTCCTGGGCAATGGTCTTGTAGCCATTCTGGCTGGGTTGTTTGCTAATACCCTTGCTGACACTCTAGGCTTTGGTCCAGTTTCTCCGTTTGATGCTGCAGCATGCTTCTTAGCTATAGGGATGGCAATTA
TTTTCACTACCTGGACAGAGAACTATGGAGATCCTTCAGAGAGTAAGGATTTACTTACTCAGTTCAAGGGTGCTGCCACAGCTATTGCTTCAGATGAGAAGATTGCGTTGCTGGGAGCTATACAGTCCTTATTTGAAGGTTCAATGTACACATTTGTATTTCTTTGGACACCTGCTTTGAGCCCGAATGAACAGGATATT
CCTCATGGGTTCATTTTTGCAACATTTATGCTGTCTTCAATGCTGGGAAGTTCCCTTGCCTCTAGACTCATGGCTCGTCCAGCAGTCAAGGTGGAGGGCTACATGCAGATTGTGTTCCTCGTCTCTGCTGCATCCTTCCTCCTTCCCGTCATAACTACTTTCCTTTTAGAGCCCAGCACAGAAAAAGGTGGAAGCATGAC
AGCAGGAGGGCGTCTCCAGCTTCTTGGTTTCTGTGTGTTTGAGGCCTGTGTGGGAATTTTCTGGCCCTCAATTATGAAAATGCGATCACAATACATTCCAGAGGAGGCTAGGAGCACAATTATGAACTTTTTCCGCATTCCTTTGAACATATTTGTCTGTGTTGTGCTTTACAATGTCAATGCCTTCCCAATCACTGTCA
TGTTTGGCATGTGTTCCATCTTCCTCTTCATGGCCTCAGTTCTCCAGAGGCGGCTCATGGTGGTTGCAGATATTCACAAGTCAAAATCTCAAGATACTTGGGTTGTAACTAAGGAGCGGGAAACAGAGGCAGAGCCTCTCAATATCTGAAATGAAGAAGATTTGGAGAAGGTAACTTGAAACATTTGCATGGGCTGTGAA
GAGAATCATTGACAATTTGCTTGCAAATATTGTATTGCTGGGCTGGCCCATGAGCTGTTTCTGCTAAATCATCGGGTCACATAAAATAATAGGTTGTTTTATTTCATCTACTGGAGAAGGTACAGAACTTATTCATTGTAGAACTAAAATTCGAGATATTAATATTTCTTGTCGATCCAATTAAGATCCCTCGGTAGACA
ATTATTCTAAGGCATAATTTTGTTGTGGAAGTTTTTTTTCAATAGTCCTGGCTATCCAGTCATAGGACAAGTGGTATACTAACTAATAGCTTTATTCCGGGCAATGCTGATCTATGTAAGGTAAATTACCAGGCAGACTCCTTTTTGCTCAGCAGTTTGGGTTAGAGCCAAGAGCTCTGTTTGTAACTGCATTGATTAAT
TGATTAACTCACCACATAGGTGTGTGGAAATATCTGTTATTGTACTTTTGATCTACTTGTTTATTTTTAGTACTTGGTTTTTGTTAATTCTTGCACTTTTAAATATTGGGACTAATAAATGCTGGC