sp|F4IK45|C70B2_ARATH ----> Cytochrome P450 709B2

Intron 1 GTAATTACAG ... TTTTTGGCAG

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A5	100	0	6	10
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A7	50	9	8	10
A8	61.11	14	28	16
A9	68.75	5	5	17
A10	60	17	25	26

>TRINITY_DN48127_c0_g5_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

CAAAAAACAAAACCAGAAATCATTTACCTGCTCGAACTTTGCTCCCGCTCCCGACCTATCCCGAACTTTTCTCACGCTCGAACCCTAGTGCATTTACCATCCTGAATTGTTTCTGCGATGGCCACTTGAGTGAGGAGGGCCAAGGGCTCTCGGCCATTCCAGCGTTGGGAAGGTGACGCGCCTGAGCAATGCGCAGGCTC
CATTGCAACAAGTTTGAAGCAGTGAGGTAAGTCCTTTAATTTATGGCGTTTTTGGTTGGCAATTTGTAGAGGTTAATTCATTTACCATTCTTTTCATATTTAACCTTTGTTCTCTGTTTGAATGCCGAGGGTTTCGCTGGGCGCTCTACGTTGGGGCTTGGCTTGAAGTTGAAAAAGCCCGGGTAGTGGAAGCTTGGCCC
CATTGGTCCTGGAGAGCCATTTTTCTATTGGTATGGAATCCATTGTAGGCTGTACATGTCAGAACCAGAGCTAATCAAGGAAGTTTTATCGAATAAATTCGGTCATTATGAGAAGGAGACCCCGGGCCTCTTTTATTGGCTTTGCTCGGGCGGGGACTGGTTTTTGTAGATGGATTGAGATGGGTCAAGCACAGGAGGAT
CGTGAGCCCTGTCTTCAATGTTGATACTTGATAAACTTAAGGTTTGGATTCTTGGAATGTCATACAATGGCTGTATAATAAGACTTGATAATGGATGAAGAACTAATAAGACTTGATAATGGATGAAGAACTATAACAGTTTCTTGAGTAATGAATGAAAATTTCTGGCAATTCAGAAACAATTGTCACTTTGCATGTCT
AGAACTATTGAATGTAGGTATGCTTATACAGAGCATAAAAAACACTTGAATATATGCACCAAGTTGTTATCAATCTATGCTTACAATTTGACCATATTATGCCTTTGCAGACCTCCCTAGCCATGTTACAGGGAAATGGTAGGTTGTTTAATAAATATGGAGTTAATGGCACATATATACCTAGTTATTATCAATCTATC
TTAAAAAAAATTGAAGATATAATGCTCATACAAATCTCCCAATGCCATCTAGAGTGAAAACGTGGGTGCCTAATAATTATACCTAATAAGGATACAGTTAAGCAATTTAAGAGGAAAAAGCTTTATCAGATTCATCAACAGTGAAAAGACAGACTTTTGAATTGTAGCAAATTTTATAAATGACATTGATATCTTCACCT
CAAGAGTGTTTTCCTCTATCAAGTCAAATTATATTTTATATGCTGTGAATTTGCCTACTAAACAAGGATATGCATTACCTAGACTATTTTTGGATAGTCCCCGGTAGTTGGAGTCTTTTAGAATATACCACTGGTTTTAGTTATGCTCTAATGTTTCCAATGGCAAACAATGGTGAAGATAATGGTTGCTTGCACTTCAT
CCATGCTCAAGAATTGGCTAGAGATGGTGGCTCAGACAGACTCTGACGGCAAAGAAATTGATGTTCATCAAGAGTTGAGAGCATTAACAGCAGACATCATATCGCATACCGCTTTCGGTAGCAGTTACAATGAAGGCAAAGAAGTATTCGAATTGCAGAGAGAATTACAAGAAATGGCGGCCAAAGCTGAACAATCTGTC
TTCATCCCAGGAAGCCAATATATTCCTACAGGAAAGAACAGGTATGCCTGGAAGATCGATAGAAGAATTAAAGAAATCCTGAATTCTCTAATTCAAAGTAGGTTGGAACCGAGAACAACAAAAAGAACTCACGTTGGCTATGGAAATGACCTACTTGGAATCATGATGACTGCCAACCAGACAGAATTGAGTGCGACTCA
AAGAAATCTGAGCATGACTATTGATGAAATCATGGATGAATGCAAGGAATTTTTCTTTGCAGGCCATGATACAACTTCCAATCTGTTAACCTGGGCAGTATTTTTGCTGGCGATAAATTTGGAATGGCAAGAAATATTAAGGAAAGAAGTTATCAGTATTTGTGGCACAGATATACCAGATGCAGACATGCTTACCAGGA
TGAAATCGGTGTGTATTCCATATCATTTTTTTTTTTATATTTTTAATCAACCATATTGCAGCCATCAATTTTGTTTGAAAAAATCATCATATATTTCATTAGGACTCAATACAAATGTGCCTAAAAATGTCCAGAATTCTGGTTTAGATCTATATAGGCAATTTTTATCTAAAAGCTAAAACTTCAACACTAAAACTTCT
TCCAAGTTGAATGGACTAATTACGTTACGAAAGGTTTTCGGACTTTCCATAAGAAAGAGATACAATTTACATAGTTTTTTGAATTGATGACGATAATAATGAGCTACGACATGGTTACTTCAAAGTTTAAACTCTCTATTATATTCTACACCTCTCGCCATGTAGGGC

>TRINITY_DN48127_c0_g5_i9 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CAAAAAACAAAACCAGAAATCATTTACCTGCTCGAACTTTGCTCCCGCTCCCGACCTATCCCGAACTTTTCTCACGCTCGAACCCTAGTGCATTTACCATCCTGAATTGTTTCTGCGATGGCCACTTGAGTGAGGAGGGCCAAGGGCTCTCGGCCATTCCAGCGTTGGGAAGGTGACGCGCCTGAGCAATGCGCAGGCTC
CATTGCAACAAGTTTGAAGCAGTGAGGTAAGTCCTTTAATTTATGGCGTTTTTGGTTGGCAATTTGTAGAGGTTAATTCATTTACCATTCTTTTCATATTTAACCTTTGTTCTCTGTTTGAATGCCGAGGGTTTCGCTGGGCGCTCTACGTTGGGGCTTGGCTTGAAGTTGAAAAAGCCCGGGTAGTGGAAGCTTGGCCC
CATTGGTCCTGGAGAGCCATTTTTCTATTGGTATGGAATCCATTGTAGGCTGTACATGTCAGAACCAGAGCTAATCAAGGAAGTTTTATCGAATAAATTCGGTCATTATGAGAAGGAGACCCCGGGCCTCTTTTATTGGCTTTGCTCGGGCGGGGACTGGTTTTTGTAGATGGATTGAGATGGGTCAAGCACAGGAGGAT
CGTGAGCCCTGTCTTCAATGTTGATACTTGATAAACTTAAGGTTTGGATTCTTGGAATGTCATACAATGGCTGTATAATAAGACTTGATAATGGATGAAGAACTAATAAGACTTGATAATGGATGAAGAACTATAACAGTTTCTTGAGTAATGAATGAAAATTTCTGGCAATTCAGAAACAATTGTCACTTTGCATGTCT
AGAACTATTGAATGTAGGTATGCTTATACAGAGCATAAAAAACACTTGAATATATGCACCAAGTTGTTATCAATCTATGCTTACAATTTGACCATATTATGCCTTTGCAGACCTCCCTAGCCATGTTACAGGGAAATGGTAGGTTGTTTAATAAATATGGAGTTAATGGCACATATATACCTAGTTATTATCAATCTATC
TTAAAAAAAATTGAAGATATAATGCTCATACAAATCTCCCAATGCCATCTAGAGTGAAAACGTGGGTGCCTAATAATTATACCTAATAAGGATACAGTTAAGCAATTTAAGAGGAAAAAGCTTTATCAGATTCATCAACAGTGAAAAGACAGACTTTTGAATTGTAGCAAATTTTATAAATGACATTGATATCTTCACCT
CAAGAGTGTTTTCCTCTATCAAGTCAAATTATATTTTATATGCTGTGAATTTGCCTACTAAACAAGGATATGCATTACCTAGACTATTTTTGGATAGTCCCCGGTAGTTGGAGTCTTTTAGAATATACCACTGGTTTTAGTTATGCTCTAATGTTTCCAATGGCAAACAATGGTGAAGATAATGGTTGCTTGCACTTCAT
CCATGCTCAAGAATTGGCTAGAGATGGTGGCTCAGACAGACTCTGACGGCAAAGAAATTGATGTTCATCAAGAGTTGAGAGCATTAACAGCAGACATCATATCGCATACCGCTTTCGGTAGCAGTTACAATGAAGGCAAAGAAGTATTCGAATTGCAGAGAGAATTACAAGAAATGGCGGCCAAAGCTGAACAATCTGTC
TTCATCCCAGGAAGCCAgtaattacagtatacttagctttcaattatatagttttgcatgtgactgcaagttctctagtacttcgacttctgtgctcctgttttctttttaacgtactttgtgacgtgctgtgcttaggctagtgccataatctgtagaccttttacttattcacaagggtcttcttagtgctgtacaca
gtccataaatcttctacacaatcataatgactcatagtacttataattaaggattttgtacttatattccttggatttttggcagATATATTCCTACAGGAAAGAACAGGTATGCCTGGAAGATCGATAGAAGAATTAAAGAAATCCTGAATTCTCTAATTCAAAGTAGGTTGGAACCGAGAACAACAAAAAGAACTCAC
GTTGGCTATGGAAATGACCTACTTGGAATCATGATGACTGCCAACCAGACAGAATTGAGTGCGACTCAAAGAAATCTGAGCATGACTATTGATGAAATCATGGATGAATGCAAGGAATTTTTCTTTGCAGGCCATGATACAACTTCCAATCTGTTAACCTGGGCAGTATTTTTGCTGGCGATAAATTTGGAATGGCAAGA
AATATTAAGGAAAGAAGTTATCAGTATTTGTGGCACAGATATACCAGATGCAGACATGCTTACCAGGATGAAATCGGTGTGTATTCCATATCATTTTTTTTTTTATATTTTTAATCAACCATATTGCAGCCATCAATTTTGTTTGAAAAAATCATCATATATTTCATTAGGACTCAATACAAATGTGCCTAAAAATGTCC
AGAATTCTGGTTTAGATCTATATAGGCAATTTTTATCTAAAAGCTAAAACTTCAACACTAAAACTTCTTCCAAGTTGAATGGACTAATTACGTTACGAAAGGTTTTCGGACTTTCCATAAGAAAGAGATACAATTTACATAGTTTTTTGAATTGATGACGATAATAATGAGCTACGACATGGTTACTTCAAAGTTTAAAC
TCTCTATTATATTCTACACCTCTCGCCATGTAGGGC

Intron 2 GTAAGTCCTT ... GAATGCCGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50.03	37	55	19
A2	43.35	42.6	42.2	23
A3	37.88	67.4	53.2	29
A4	36.65	44.6	39.6	12
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A6	36.67	294.4	239	102
A7	37.37	391	322.6	144
A8	41.62	265	212.8	165
A9	34.62	407.8	304	128
A10	37.42	336.6	277.6	125

>TRINITY_DN48127_c0_g5_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

CAAAAAACAAAACCAGAAATCATTTACCTGCTCGAACTTTGCTCCCGCTCCCGACCTATCCCGAACTTTTCTCACGCTCGAACCCTAGTGCATTTACCATCCTGAATTGTTTCTGCGATGGCCACTTGAGTGAGGAGGGCCAAGGGCTCTCGGCCATTCCAGCGTTGGGAAGGTGACGCGCCTGAGCAATGCGCAGGCTC
CATTGCAACAAGTTTGAAGCAGTGAGGGTTTCGCTGGGCGCTCTACGTTGGGGCTTGGCTTGAAGTTGAAAAAGCCCGGGTAGTGGAAGCTTGGCCCCATTGGTCCTGGAGAGCCATTTTTCTATTGGTATGGAATCCATTGTAGGCTGTACATGTCAGAACCAGAGCTAATCAAGGAAGTTTTATCGAATAAATTCGGT
CATTATGAGAAGGAGACCCCGGGCCTCTTTTATTGGCTTTGCTCGGGCGGGGACTGGTTTTTGTAGATGGATTGAGATGGGTCAAGCACAGGAGGATCGTGAGCCCTGTCTTCAATGTTGATACTTGATAAACTTAAGGTTTGGATTCTTGGAATGTCATACAATGGCTGTATAATAAGACTTGATAATGGATGAAGAAC
TAATAAGACTTGATAATGGATGAAGAACTATAACAGTTTCTTGAGTAATGAATGAAAATTTCTGGCAATTCAGAAACAATTGTCACTTTGCATGTCTAGAACTATTGAATGTAGGTATGCTTATACAGAGCATAAAAAACACTTGAATATATGCACCAAGTTGTTATCAATCTATGCTTACAATTTGACCATATTATGCC
TTTGCAGACCTCCCTAGCCATGTTACAGGGAAATGGTAGGTTGTTTAATAAATATGGAGTTAATGGCACATATATACCTAGTTATTATCAATCTATCTTAAAAAAAATTGAAGATATAATGCTCATACAAATCTCCCAATGCCATCTAGAGTGAAAACGTGGGTGCCTAATAATTATACCTAATAAGGATACAGTTAAGC
AATTTAAGAGGAAAAAGCTTTATCAGATTCATCAACAGTGAAAAGACAGACTTTTGAATTGTAGCAAATTTTATAAATGACATTGATATCTTCACCTCAAGAGTGTTTTCCTCTATCAAGTCAAATTATATTTTATATGCTGTGAATTTGCCTACTAAACAAGGATATGCATTACCTAGACTATTTTTGGATAGTCCCCG
GTAGTTGGAGTCTTTTAGAATATACCACTGGTTTTAGTTATGCTCTAATGTTTCCAATGGCAAACAATGGTGAAGATAATGGTTGCTTGCACTTCATCCATGCTCAAGAATTGGCTAGAGATGGTGGCTCAGACAGACTCTGACGGCAAAGAAATTGATGTTCATCAAGAGTTGAGAGCATTAACAGCAGACATCATATC
GCATACCGCTTTCGGTAGCAGTTACAATGAAGGCAAAGAAGTATTCGAATTGCAGAGAGAATTACAAGAAATGGCGGCCAAAGCTGAACAATCTGTCTTCATCCCAGGAAGCCAGTAATTACAGTATACTTAGCTTTCAATTATATAGTTTTGCATGTGACTGCAAGTTCTCTAGTACTTCGACTTCTGTGCTCCTGTTT
TCTTTTTAACGTACTTTGTGACGTGCTGTGCTTAGGCTAGTGCCATAATCTGTAGACCTTTTACTTATTCACAAGGGTCTTCTTAGTGCTGTACACAGTCCATAAATCTTCTACACAATCATAATGACTCATAGTACTTATAATTAAGGATTTTGTACTTATATTCCTTGGATTTTTGGCAGATATATTCCTACAGGAAA
GAACAGGTATGCCTGGAAGATCGATAGAAGAATTAAAGAAATCCTGAATTCTCTAATTCAAAGTAGGTTGGAACCGAGAACAACAAAAAGAACTCACGTTGGCTATGGAAATGACCTACTTGGAATCATGATGACTGCCAACCAGACAGAATTGAGTGCGACTCAAAGAAATCTGAGCATGACTATTGATGAAATCATGG
ATGAATGCAAGGAATTTTTCTTTGCAGGCCATGATACAACTTCCAATCTGTTAACCTGGGCAGTATTTTTGCTGGCGATAAATTTGGAATGGCAAGAAATATTAAGGAAAGAAGTTATCAGTATTTGTGGCACAGATATACCAGATGCAGACATGCTTACCAGGATGAAATCGGTGTGTATTCCATATCATTTTTTTTTT
TATATTTTTAATCAACCATATTGCAGCCATCAATTTTGTTTGAAAAAATCATCATATATTTCATTAGGACTCAATACAAATGTGCCTAAAAATGTCCAGAATTCTGGTTTAGATCTATATAGGCAATTTTTATCTAAAAGCTAAAACTTCAACACTAAAACTTCTTCCAAGTTGAATGGACTAATTACGTTACGAAAGGT
TTTCGGACTTTCCATAAGAAAGAGATACAATTTACATAGTTTTTTGAATTGATGACGATAATAATGAGCTACGACATGGTTACTTCAAAGTTTAAACTCTCTATTATATTCTACACCTCTCGCCATGTAGGGC

>TRINITY_DN48127_c0_g5_i9 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CAAAAAACAAAACCAGAAATCATTTACCTGCTCGAACTTTGCTCCCGCTCCCGACCTATCCCGAACTTTTCTCACGCTCGAACCCTAGTGCATTTACCATCCTGAATTGTTTCTGCGATGGCCACTTGAGTGAGGAGGGCCAAGGGCTCTCGGCCATTCCAGCGTTGGGAAGGTGACGCGCCTGAGCAATGCGCAGGCTC
CATTGCAACAAGTTTGAAGCAGTGAGgtaagtcctttaatttatggcgtttttggttggcaatttgtagaggttaattcatttaccattcttttcatatttaacctttgttctctgtttgaatgccgagGGTTTCGCTGGGCGCTCTACGTTGGGGCTTGGCTTGAAGTTGAAAAAGCCCGGGTAGTGGAAGCTTGGCCC
CATTGGTCCTGGAGAGCCATTTTTCTATTGGTATGGAATCCATTGTAGGCTGTACATGTCAGAACCAGAGCTAATCAAGGAAGTTTTATCGAATAAATTCGGTCATTATGAGAAGGAGACCCCGGGCCTCTTTTATTGGCTTTGCTCGGGCGGGGACTGGTTTTTGTAGATGGATTGAGATGGGTCAAGCACAGGAGGAT
CGTGAGCCCTGTCTTCAATGTTGATACTTGATAAACTTAAGGTTTGGATTCTTGGAATGTCATACAATGGCTGTATAATAAGACTTGATAATGGATGAAGAACTAATAAGACTTGATAATGGATGAAGAACTATAACAGTTTCTTGAGTAATGAATGAAAATTTCTGGCAATTCAGAAACAATTGTCACTTTGCATGTCT
AGAACTATTGAATGTAGGTATGCTTATACAGAGCATAAAAAACACTTGAATATATGCACCAAGTTGTTATCAATCTATGCTTACAATTTGACCATATTATGCCTTTGCAGACCTCCCTAGCCATGTTACAGGGAAATGGTAGGTTGTTTAATAAATATGGAGTTAATGGCACATATATACCTAGTTATTATCAATCTATC
TTAAAAAAAATTGAAGATATAATGCTCATACAAATCTCCCAATGCCATCTAGAGTGAAAACGTGGGTGCCTAATAATTATACCTAATAAGGATACAGTTAAGCAATTTAAGAGGAAAAAGCTTTATCAGATTCATCAACAGTGAAAAGACAGACTTTTGAATTGTAGCAAATTTTATAAATGACATTGATATCTTCACCT
CAAGAGTGTTTTCCTCTATCAAGTCAAATTATATTTTATATGCTGTGAATTTGCCTACTAAACAAGGATATGCATTACCTAGACTATTTTTGGATAGTCCCCGGTAGTTGGAGTCTTTTAGAATATACCACTGGTTTTAGTTATGCTCTAATGTTTCCAATGGCAAACAATGGTGAAGATAATGGTTGCTTGCACTTCAT
CCATGCTCAAGAATTGGCTAGAGATGGTGGCTCAGACAGACTCTGACGGCAAAGAAATTGATGTTCATCAAGAGTTGAGAGCATTAACAGCAGACATCATATCGCATACCGCTTTCGGTAGCAGTTACAATGAAGGCAAAGAAGTATTCGAATTGCAGAGAGAATTACAAGAAATGGCGGCCAAAGCTGAACAATCTGTC
TTCATCCCAGGAAGCCAGTAATTACAGTATACTTAGCTTTCAATTATATAGTTTTGCATGTGACTGCAAGTTCTCTAGTACTTCGACTTCTGTGCTCCTGTTTTCTTTTTAACGTACTTTGTGACGTGCTGTGCTTAGGCTAGTGCCATAATCTGTAGACCTTTTACTTATTCACAAGGGTCTTCTTAGTGCTGTACACA
GTCCATAAATCTTCTACACAATCATAATGACTCATAGTACTTATAATTAAGGATTTTGTACTTATATTCCTTGGATTTTTGGCAGATATATTCCTACAGGAAAGAACAGGTATGCCTGGAAGATCGATAGAAGAATTAAAGAAATCCTGAATTCTCTAATTCAAAGTAGGTTGGAACCGAGAACAACAAAAAGAACTCAC
GTTGGCTATGGAAATGACCTACTTGGAATCATGATGACTGCCAACCAGACAGAATTGAGTGCGACTCAAAGAAATCTGAGCATGACTATTGATGAAATCATGGATGAATGCAAGGAATTTTTCTTTGCAGGCCATGATACAACTTCCAATCTGTTAACCTGGGCAGTATTTTTGCTGGCGATAAATTTGGAATGGCAAGA
AATATTAAGGAAAGAAGTTATCAGTATTTGTGGCACAGATATACCAGATGCAGACATGCTTACCAGGATGAAATCGGTGTGTATTCCATATCATTTTTTTTTTTATATTTTTAATCAACCATATTGCAGCCATCAATTTTGTTTGAAAAAATCATCATATATTTCATTAGGACTCAATACAAATGTGCCTAAAAATGTCC
AGAATTCTGGTTTAGATCTATATAGGCAATTTTTATCTAAAAGCTAAAACTTCAACACTAAAACTTCTTCCAAGTTGAATGGACTAATTACGTTACGAAAGGTTTTCGGACTTTCCATAAGAAAGAGATACAATTTACATAGTTTTTTGAATTGATGACGATAATAATGAGCTACGACATGGTTACTTCAAAGTTTAAAC
TCTCTATTATATTCTACACCTCTCGCCATGTAGGGC

Intron 3 GTTTGGATTC ... AATGGTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	84.38	5	27	6
A2	81.97	11	50	2
A3	73.68	10	28	9
A4	72.73	3	8	5
A5	92.31	1	12	0
A6	84.09	63	333	10
A7	81.39	59	258	19
A8	83.81	80	414	9
A9	81.66	73	325	4
A10	85.31	31	180	15

>TRINITY_DN48127_c0_g5_i5 from sample A7 / Example spliced isoform

CAAAAAACAAAACCAGAAATCATTTACCTGCTCGAACTTTGCTCCCGCTCCCGACCTATCCCGAACTTTTCTCACGCTCGAACCCTAGTGCATTTACCATCCTGAATTGTTTCTGCGATGGCCACTTGAGTGAGGAGGGCCAAGGGCTCTCGGCCATTCCAGCGTTGGGAAGGTGACGCGCCTGAGCAATGCGCAGGCTC
CATTGCAACAAGTTTGAAGCAGTGAGGTAAGTCCTTTAATTTATGGCGTTTTTGGTTGGCAATTTGTAGAGGTTAATTCATTTACCATTCTTTTCATATTTAACCTTTGTTCTCTGTTTGAATGCCGAGGGTTTCGCTGGGCGCTCTACGTTGGGGCTTGGCTTGAAGTTGAAAAAGCCCGGGTAGTGGAAGCTTGGCCC
CATTGGTCCTGGAGAGCCATTTTTCTATTGGTATGGAATCCATTGTAGGCTGTACATGTCAGAACCAGAGCTAATCAAGGAAGTTTTATCGAATAAATTCGGTCATTATGAGAAGGAGACCCCGGGCCTCTTTTATTGGCTTTGCTCGGGCGGGGACTGGTTTTTGTAGATGGATTGAGATGGGTCAAGCACAGGAGGAT
CGTGAGCCCTGTCTTCAATGTTGATACTTGATAAACTTAAGATAATGGTTGCTTGCACTTCATCCATGCTCAAGAATTGGCTAGAGATGGTGGCTCAGACAGACTCTGACGGCAAAGAAATTGATGTTCATCAAGAGTTGAGAGCATTAACAGCAGACATCATATCGCATACCGCTTTCGGTAGCAGTTACAATGAAGGC
AAAGAAGTATTCGAATTGCAGAGAGAATTACAAGAAATGGCGGCCAAAGCTGAACAATCTGTCTTCATCCCAGGAAGCCAGTAATTACAGTATACTTAGCTTTCAATTATATAGTTTTGCATGTGACTGCAAGTTCTCTAGTACTTCGACTTCTGTGCTCCTGTTTTCTTTTTAACGTACTTTGTGACGTGCTGTGCTTA
GGCTAGTGCCATAATCTGTAGACCTTTTACTTATTCACAAGGGTCTTCTTAGTGCTGTACACAGTCCATAAATCTTCTACACAATCATAATGACTCATAGTACTTATAATTAAGGATTTTGTACTTATATTCCTTGGATTTTTGGCAGATATATTCCTACAGGAAAGAACAGGTATGCCTGGAAGATCGATAGAAGAATT
AAAGAAATCCTGAATTCTCTAATTCAAAGTAGGTTGGAACCGAGAACAACAAAAAGAACTCACGTTGGCTATGGAAATGACCTACTTGGAATCATGATGACTGCCAACCAGACAGAATTGAGTGCGACTCAAAGAAATCTGAGCATGACTATTGATGAAATCATGGATGAATGCAAGGAATTTTTCTTTGCAGGCCATGA
TACAACTTCCAATCTGTTAACCTGGGCAGTATTTTTGCTGGCGATAAATTTGGAATGGCAAGAAATATTAAGGAAAGAAGTTATCAGTATTTGTGGCACAGATATACCAGATGCAGACATGCTTACCAGGATGAAATCGGTGTGTATTCCATATCATTTTTTTTTTTATATTTTTAATCAACCATATTGCAGCCATCAAT
TTTGTTTGAAAAAATCATCATATATTTCATTAGGACTCAATACAAATGTGCCTAAAAATGTCCAGAATTCTGGTTTAGATCTATATAGGCAATTTTTATCTAAAAGCTAAAACTTCAACACTAAAACTTCTTCCAAGTTGAATGGACTAATTACGTTACGAAAGGTTTTCGGACTTTCCATAAGAAAGAGATACAATTTA
CATAGTTTTTTGAATTGATGACGATAATAATGAGCTACGACATGGTTACTTCAAAGTTTAAACTCTCTATTATATTCTACACCTCTCGCCATGTAGGGC

>TRINITY_DN48127_c0_g5_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CAAAAAACAAAACCAGAAATCATTTACCTGCTCGAACTTTGCTCCCGCTCCCGACCTATCCCGAACTTTTCTCACGCTCGAACCCTAGTGCATTTACCATCCTGAATTGTTTCTGCGATGGCCACTTGAGTGAGGAGGGCCAAGGGCTCTCGGCCATTCCAGCGTTGGGAAGGTGACGCGCCTGAGCAATGCGCAGGCTC
CATTGCAACAAGTTTGAAGCAGTGAGGGTTTCGCTGGGCGCTCTACGTTGGGGCTTGGCTTGAAGTTGAAAAAGCCCGGGTAGTGGAAGCTTGGCCCCATTGGTCCTGGAGAGCCATTTTTCTATTGGTATGGAATCCATTGTAGGCTGTACATGTCAGAACCAGAGCTAATCAAGGAAGTTTTATCGAATAAATTCGGT
CATTATGAGAAGGAGACCCCGGGCCTCTTTTATTGGCTTTGCTCGGGCGGGGACTGGTTTTTGTAGATGGATTGAGATGGGTCAAGCACAGGAGGATCGTGAGCCCTGTCTTCAATGTTGATACTTGATAAACTTAAGgtttggattcttggaatgtcatacaatggctgtataataagacttgataatggatgaagaac
taataagacttgataatggatgaagaactataacagtttcttgagtaatgaatgaaaatttctggcaattcagaaacaattgtcactttgcatgtctagaactattgaatgtaggtatgcttatacagagcataaaaaacacttgaatatatgcaccaagttgttatcaatctatgcttacaatttgaccatattatgcc
tttgcagacctccctagccatgttacagggaaatggtaggttgtttaataaatatggagttaatggcacatatatacctagttattatcaatctatcttaaaaaaaattgaagatataatgctcatacaaatctcccaatgccatctagagtgaaaacgtgggtgcctaataattatacctaataaggatacagttaagc
aatttaagaggaaaaagctttatcagattcatcaacagtgaaaagacagacttttgaattgtagcaaattttataaatgacattgatatcttcacctcaagagtgttttcctctatcaagtcaaattatattttatatgctgtgaatttgcctactaaacaaggatatgcattacctagactatttttggatagtccccg
gtagttggagtcttttagaatataccactggttttagttatgctctaatgtttccaatggcaaacaatggtgaagATAATGGTTGCTTGCACTTCATCCATGCTCAAGAATTGGCTAGAGATGGTGGCTCAGACAGACTCTGACGGCAAAGAAATTGATGTTCATCAAGAGTTGAGAGCATTAACAGCAGACATCATATC
GCATACCGCTTTCGGTAGCAGTTACAATGAAGGCAAAGAAGTATTCGAATTGCAGAGAGAATTACAAGAAATGGCGGCCAAAGCTGAACAATCTGTCTTCATCCCAGGAAGCCAGTAATTACAGTATACTTAGCTTTCAATTATATAGTTTTGCATGTGACTGCAAGTTCTCTAGTACTTCGACTTCTGTGCTCCTGTTT
TCTTTTTAACGTACTTTGTGACGTGCTGTGCTTAGGCTAGTGCCATAATCTGTAGACCTTTTACTTATTCACAAGGGTCTTCTTAGTGCTGTACACAGTCCATAAATCTTCTACACAATCATAATGACTCATAGTACTTATAATTAAGGATTTTGTACTTATATTCCTTGGATTTTTGGCAGATATATTCCTACAGGAAA
GAACAGGTATGCCTGGAAGATCGATAGAAGAATTAAAGAAATCCTGAATTCTCTAATTCAAAGTAGGTTGGAACCGAGAACAACAAAAAGAACTCACGTTGGCTATGGAAATGACCTACTTGGAATCATGATGACTGCCAACCAGACAGAATTGAGTGCGACTCAAAGAAATCTGAGCATGACTATTGATGAAATCATGG
ATGAATGCAAGGAATTTTTCTTTGCAGGCCATGATACAACTTCCAATCTGTTAACCTGGGCAGTATTTTTGCTGGCGATAAATTTGGAATGGCAAGAAATATTAAGGAAAGAAGTTATCAGTATTTGTGGCACAGATATACCAGATGCAGACATGCTTACCAGGATGAAATCGGTGTGTATTCCATATCATTTTTTTTTT
TATATTTTTAATCAACCATATTGCAGCCATCAATTTTGTTTGAAAAAATCATCATATATTTCATTAGGACTCAATACAAATGTGCCTAAAAATGTCCAGAATTCTGGTTTAGATCTATATAGGCAATTTTTATCTAAAAGCTAAAACTTCAACACTAAAACTTCTTCCAAGTTGAATGGACTAATTACGTTACGAAAGGT
TTTCGGACTTTCCATAAGAAAGAGATACAATTTACATAGTTTTTTGAATTGATGACGATAATAATGAGCTACGACATGGTTACTTCAAAGTTTAAACTCTCTATTATATTCTACACCTCTCGCCATGTAGGGC

Intron 4 GTTTGGATTC ... TTTTTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	77.14	8	27	10
A2	89.29	6	50	8
A3	90.32	3	28	2
A4	88.89	1	8	6
A5	92.31	1	12	10
A6	85.6	56	333	6
A7	85.43	44	258	10
A8	85.36	71	414	16
A9	82.28	70	325	17
A10	82.57	38	180	26

>TRINITY_DN44252_c1_g2_i5 from sample A9 / Example spliced isoform

AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAAAAAGAAAAAAAAAAACAAAAAACAAAAAACAAAACCAGAAATCATTTACCTGCTCGAACTTTGCTCCCGCTCCCGACCTATCCCGAACTTTTCTCACGCTCGAACCCTAGTGCATTTACCATCCTGGATTGTTTCTGCGATGGCCACTTGAGTGAGGAGGGCCAAGGGCTC
TCGGCCATTCCAGCGTTGGGAAGGTGACGCGCCTGAGCAATGCGCAGGCTCCATTGCAACAAGTTTGAAGCAGTGAGGGTTTCGCTGGGCGCTCTACGTTGGGGCTTGGCTTGAAGTTGAAAAAGCCCGGGTAGTGGAAGCTTGGCCCCATTGGTCCTGGAGAGCCATTTTTCTATTGGTATGGAATCCATTGTAGGCTG
TACATGTCAGAACCAGAGCTAATCAAGGAAGTTTTATCGAATAAATTCGGTCATTATGAGAAGGAGACCCCGGGCCTCTTTTATTGGCTTTGCTCGGGCGGGGACTGGTTTTTGTAGATGGATTGAGATGGGTCAAGCACAGGAGGATCGTGAGCCCTGTCTTCAATGTTGATACTTGATAAACTTAAGATATATTCCTA
CAGGAAAGAACAGGTATGCCTGGAAGATCGATAGAAGAATTAAAGAAATCCTGAATTCTCTAATTCAAAGTAGGTTGGAACCGAGAACAACAAAAAGAACTCACGTTGGCTATGGAAATGACCTACTTGGAATCATGATGACTGCCAACCAGA

>TRINITY_DN44252_c1_g2_i7 from sample A9 / Example unspliced isoform:

AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAAAAAGAAAAAAAAAAACAAAAAACAAAAAACAAAACCAGAAATCATTTACCTGCTCGAACTTTGCTCCCGCTCCCGACCTATCCCGAACTTTTCTCACGCTCGAACCCTAGTGCATTTACCATCCTGGATTGTTTCTGCGATGGCCACTTGAGTGAGGAGGGCCAAGGGCTC
TCGGCCATTCCAGCGTTGGGAAGGTGACGCGCCTGAGCAATGCGCAGGCTCCATTGCAACAAGTTTGAAGCAGTGAGGTAAGTCCTTTAATTTATGGCGTTTTTGGTTGGCAATTTGTAGAGGTTAATTCATTTACCATTCTTTTCATATTTAACCTTTGTTCTCTGTTTGAATGCCGAGGGTTTCGCTGGGCGCTCTAC
GTTGGGGCTTGGCTTGAAGTTGAAAAAGCCCGGGTAGTGGAAGCTTGGCCCCATTGGTCCTGGAGAGCCATTTTTCTATTGGTATGGAATCCATTGTAGGCTGTACATGTCAGAACCAGAGCTAATCAAGGAAGTTTTATCGAATAAATTCGGTCATTATGAGAAGGAGACCCCGGGCCTCTTTTATTGGCTTTGCTCGG
GCGGGGACTGGTTTTTGTAGATGGATTGAGATGGGTCAAGCACAGGAGGATCGTGAGCCCTGTCTTCAATGTTGATACTTGATAAACTTAAGgtttggattcttggaatgtcatacaatggctgtataataagacttgataatggatgaagaactaataagacttgataatggatgaagaactataacagtttcttgagt
aatgaatgaaaatttctggcaattcagaaacaattgtcactttgcatgtctagaactattgaatgtaggtatgcttatacagagcataaaaaacacttgaatatatgcaccaagttgttatcaatctatgcttacaatttgaccatattatgcctttgcagacctccctagccatgttacagggaaatggtaggttgttt
aataaatatggagttaatggcacatatatacctagttattatcaatctatcttaaaaaaaattgaagatataatgctcatacaaatctcccaatgccatctagagtgaaaacgtgggtgcctaataattatacctaataaggatacagttaagcaatttaagaggaaaaagctttatcagattcatcaacagtgaaaaga
cagacttttgaattgtagcaaattttataaatgacattgatatcttcacctcaagagtgttttcctctatcaagtcaaattatattttatatgctgtgaatttgcctactaaacaaggatatgcattacctagactatttttggatagtccccggtagttggagtcttttagaatataccactggttttagttatgctct
aatgtttccaatggcaaacaatggtgaagataatggttgcttgcacttcatccatgctcaagaattggctagagatggtggctcagacagactctgacggcaaagaaattgatgttcatcaagagttgagagcattaacagcagacatcatatcgcataccgctttcggtatcagttacaatgaaggcaaagaagtattc
gaattgcagagagaattacaagaaatggcggccaaagctgaacaatctgtcttcatcccaggaagccagtaattacagtatacttagctttcaattatatagttttgcatgtgactgcaagttctctagtacttcgacttctgtgctcctgttttctttttaacgtactttgtgacgtgctgtgcttaggctagtgccat
aatctgtagaccttttacttattcacaagggtcttcttagtgctgtacacagtccataaatcttctacacaatcataatgactcatagtacttataattaaggattttgtacttatattccttggatttttggcagATATATTCCTACAGGAAAGAACAGGTATGCCTGGAAGATCGATAGAAGAATTAAAGAAATCCTG
AATTCTCTAATTCAAAGTAGGTTGGAACCGAGAACAACAAAAAGAACTCACGTTGGCTATGGAAATGACCTACTTGGAATCATGATGACTGCCAACCAGACAGAATTGAGTGCGACTCAAAGAAATCTGAGCATGACTATTGATGAAATCATGGATGAATGCAAGGAATTTTTCTTTGCAGGCCATGATACAACTTCCAA
TCTGTTAACCTGGGCAGTATTTTTGCTGGCGATAAATTTGGAATGGCAAGAAATATTAAGGAAAGAAGTTATCAGTATTTGTGGCACAGATATACCAGATGCAGACATGCTTACCAGGATGAAATCGGTGTGTATTCCATATCATTTTTTTTTAATATTTTTAATCAACCATATTGCAGCCATCAATTTTGTTTGAAAAA
ATCATCATATATTTCATTAGGACTCAAT

Intron 5 GTTTGGATTC ... CATGCTCAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	84.38	5	27	6
A2	83.33	10	50	6
A3	84.85	5	28	9
A4	66.67	4	8	6
A5	92.31	1	12	0
A6	84.73	60	333	11
A7	82.96	53	258	15
A8	83.98	79	414	17
A9	82.28	70	325	4
A10	83.72	35	180	19

>TRINITY_DN48127_c0_g5_i7 from sample A7 / Example spliced isoform

CAAAAAACAAAACCAGAAATCATTTACCTGCTCGAACTTTGCTCCCGCTCCCGACCTATCCCGAACTTTTCTCACGCTCGAACCCTAGTGCATTTACCATCCTGAATTGTTTCTGCGATGGCCACTTGAGTGAGGAGGGCCAAGGGCTCTCGGCCATTCCAGCGTTGGGAAGGTGACGCGCCTGAGCAATGCGCAGGCTC
CATTGCAACAAGTTTGAAGCAGTGAGGTAAGTCCTTTAATTTATGGCGTTTTTGGTTGGCAATTTGTAGAGGTTAATTCATTTACCATTCTTTTCATATTTAACCTTTGTTCTCTGTTTGAATGCCGAGGGTTTCGCTGGGCGCTCTACGTTGGGGCTTGGCTTGAAGTTGAAAAAGCCCGGGTAGTGGAAGCTTGGCCC
CATTGGTCCTGGAGAGCCATTTTTCTATTGGTATGGAATCCATTGTAGGCTGTACATGTCAGAACCAGAGCTAATCAAGGAAGTTTTATCGAATAAATTCGGTCATTATGAGAAGGAGACCCCGGGCCTCTTTTATTGGCTTTGCTCGGGCGGGGACTGGTTTTTGTAGATGGATTGAGATGGGTCAAGCACAGGAGGAT
CGTGAGCCCTGTCTTCAATGTTGATACTTGATAAACTTAAGAATTGGCTAGAGATGGTGGCTCAGACAGACTCTGACGGCAAAGAAATTGATGTTCATCAAGAGTTGAGAGCATTAACAGCAGACATCATATCGCATACCGCTTTCGGTAGCAGTTACAATGAAGGCAAAGAAGTATTCGAATTGCAGAGAGAATTACAA
GAAATGGCGGCCAAAGCTGAACAATCTGTCTTCATCCCAGGAAGCCAGTAATTACAGTATACTTAGCTTTCAATTATATAGTTTTGCATGTGACTGCAAGTTCTCTAGTACTTCGACTTCTGTGCTCCTGTTTTCTTTTTAACGTACTTTGTGACGTGCTGTGCTTAGGCTAGTGCCATAATCTGTAGACCTTTTACTTA
TTCACAAGGGTCTTCTTAGTGCTGTACACAGTCCATAAATCTTCTACACAATCATAATGACTCATAGTACTTATAATTAAGGATTTTGTACTTATATTCCTTGGATTTTTGGCAGATATATTCCTACAGGAAAGAACAGGTATGCCTGGAAGATCGATAGAAGAATTAAAGAAATCCTGAATTCTCTAATTCAAAGTAGG
TTGGAACCGAGAACAACAAAAAGAACTCACGTTGGCTATGGAAATGACCTACTTGGAATCATGATGACTGCCAACCAGACAGAATTGAGTGCGACTCAAAGAAATCTGAGCATGACTATTGATGAAATCATGGATGAATGCAAGGAATTTTTCTTTGCAGGCCATGATACAACTTCCAATCTGTTAACCTGGGCAGTATT
TTTGCTGGCGATAAATTTGGAATGGCAAGAAATATTAAGGAAAGAAGTTATCAGTATTTGTGGCACAGATATACCAGATGCAGACATGCTTACCAGGATGAAATCGGTGTGTATTCCATATCATTTTTTTTTTTATATTTTTAATCAACCATATTGCAGCCATCAATTTTGTTTGAAAAAATCATCATATATTTCATTAG
GACTCAATACAAATGTGCCTAAAAATGTCCAGAATTCTGGTTTAGATCTATATAGGCAATTTTTATCTAAAAGCTAAAACTTCAACACTAAAACTTCTTCCAAGTTGAATGGACTAATTACGTTACGAAAGGTTTTCGGACTTTCCATAAGAAAGAGATACAATTTACATAGTTTTTTGAATTGATGACGATAATAATGA
GCTACGACATGGTTACTTCAAAGTTTAAACTCTCTATTATATTCTACACCTCTCGCCATGTAGGGC

>TRINITY_DN48127_c0_g5_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CAAAAAACAAAACCAGAAATCATTTACCTGCTCGAACTTTGCTCCCGCTCCCGACCTATCCCGAACTTTTCTCACGCTCGAACCCTAGTGCATTTACCATCCTGAATTGTTTCTGCGATGGCCACTTGAGTGAGGAGGGCCAAGGGCTCTCGGCCATTCCAGCGTTGGGAAGGTGACGCGCCTGAGCAATGCGCAGGCTC
CATTGCAACAAGTTTGAAGCAGTGAGGGTTTCGCTGGGCGCTCTACGTTGGGGCTTGGCTTGAAGTTGAAAAAGCCCGGGTAGTGGAAGCTTGGCCCCATTGGTCCTGGAGAGCCATTTTTCTATTGGTATGGAATCCATTGTAGGCTGTACATGTCAGAACCAGAGCTAATCAAGGAAGTTTTATCGAATAAATTCGGT
CATTATGAGAAGGAGACCCCGGGCCTCTTTTATTGGCTTTGCTCGGGCGGGGACTGGTTTTTGTAGATGGATTGAGATGGGTCAAGCACAGGAGGATCGTGAGCCCTGTCTTCAATGTTGATACTTGATAAACTTAAGgtttggattcttggaatgtcatacaatggctgtataataagacttgataatggatgaagaac
taataagacttgataatggatgaagaactataacagtttcttgagtaatgaatgaaaatttctggcaattcagaaacaattgtcactttgcatgtctagaactattgaatgtaggtatgcttatacagagcataaaaaacacttgaatatatgcaccaagttgttatcaatctatgcttacaatttgaccatattatgcc
tttgcagacctccctagccatgttacagggaaatggtaggttgtttaataaatatggagttaatggcacatatatacctagttattatcaatctatcttaaaaaaaattgaagatataatgctcatacaaatctcccaatgccatctagagtgaaaacgtgggtgcctaataattatacctaataaggatacagttaagc
aatttaagaggaaaaagctttatcagattcatcaacagtgaaaagacagacttttgaattgtagcaaattttataaatgacattgatatcttcacctcaagagtgttttcctctatcaagtcaaattatattttatatgctgtgaatttgcctactaaacaaggatatgcattacctagactatttttggatagtccccg
gtagttggagtcttttagaatataccactggttttagttatgctctaatgtttccaatggcaaacaatggtgaagataatggttgcttgcacttcatccatgctcaagAATTGGCTAGAGATGGTGGCTCAGACAGACTCTGACGGCAAAGAAATTGATGTTCATCAAGAGTTGAGAGCATTAACAGCAGACATCATATC
GCATACCGCTTTCGGTAGCAGTTACAATGAAGGCAAAGAAGTATTCGAATTGCAGAGAGAATTACAAGAAATGGCGGCCAAAGCTGAACAATCTGTCTTCATCCCAGGAAGCCAGTAATTACAGTATACTTAGCTTTCAATTATATAGTTTTGCATGTGACTGCAAGTTCTCTAGTACTTCGACTTCTGTGCTCCTGTTT
TCTTTTTAACGTACTTTGTGACGTGCTGTGCTTAGGCTAGTGCCATAATCTGTAGACCTTTTACTTATTCACAAGGGTCTTCTTAGTGCTGTACACAGTCCATAAATCTTCTACACAATCATAATGACTCATAGTACTTATAATTAAGGATTTTGTACTTATATTCCTTGGATTTTTGGCAGATATATTCCTACAGGAAA
GAACAGGTATGCCTGGAAGATCGATAGAAGAATTAAAGAAATCCTGAATTCTCTAATTCAAAGTAGGTTGGAACCGAGAACAACAAAAAGAACTCACGTTGGCTATGGAAATGACCTACTTGGAATCATGATGACTGCCAACCAGACAGAATTGAGTGCGACTCAAAGAAATCTGAGCATGACTATTGATGAAATCATGG
ATGAATGCAAGGAATTTTTCTTTGCAGGCCATGATACAACTTCCAATCTGTTAACCTGGGCAGTATTTTTGCTGGCGATAAATTTGGAATGGCAAGAAATATTAAGGAAAGAAGTTATCAGTATTTGTGGCACAGATATACCAGATGCAGACATGCTTACCAGGATGAAATCGGTGTGTATTCCATATCATTTTTTTTTT
TATATTTTTAATCAACCATATTGCAGCCATCAATTTTGTTTGAAAAAATCATCATATATTTCATTAGGACTCAATACAAATGTGCCTAAAAATGTCCAGAATTCTGGTTTAGATCTATATAGGCAATTTTTATCTAAAAGCTAAAACTTCAACACTAAAACTTCTTCCAAGTTGAATGGACTAATTACGTTACGAAAGGT
TTTCGGACTTTCCATAAGAAAGAGATACAATTTACATAGTTTTTTGAATTGATGACGATAATAATGAGCTACGACATGGTTACTTCAAAGTTTAAACTCTCTATTATATTCTACACCTCTCGCCATGTAGGGC

Intron 6 GTTTGGATTC ... AATGGTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	84.38	5	27	6
A2	81.97	11	50	2
A3	73.68	10	28	9
A4	72.73	3	8	5
A5	92.31	1	12	0
A6	84.09	63	333	10
A7	81.39	59	258	19
A8	83.81	80	414	9
A9	81.66	73	325	4
A10	85.31	31	180	15

>TRINITY_DN44252_c1_g2_i16 from sample A9 / Example spliced isoform

AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAAAAAGAAAAAAAAAAACAAAAAACAAAAAACAAAACCAGAAATCATTTACCTGCTCGAACTTTGCTCCCGCTCCCGACCTATCCCGAACTTTTCTCACGCTCGAACCCTAGTGCATTTACCATCCTGGATTGTTTCTGCGATGGCCACTTGAGTGAGGAGGGCCAAGGGCTC
TCGGCCATTCCAGCGTTGGGAAGGTGACGCGCCTGAGCAATGCGCAGGCTCCATTGCAACAAGTTTGAAGCAGTGAGGGTTTCGCTGGGCGCTCTACGTTGGGGCTTGGCTTGAAGTTGAAAAAGCCCGGGTAGTGGAAGCTTGGCCCCATTGGTCCTGGAGAGCCATTTTTCTATTGGTATGGAATCCATTGTAGGCTG
TACATGTCAGAACCAGAGCTAATCAAGGAAGTTTTATCGAATAAATTCGGTCATTATGAGAAGGAGACCCCGGGCCTCTTTTATTGGCTTTGCTCGGGCGGGGACTGGTTTTTGTAGATGGATTGAGATGGGTCAAGCACAGGAGGATCGTGAGCCCTGTCTTCAATGTTGATACTTGATAAACTTAAGATAATGGTTGC
TTGCACTTCATCCATGCTCAAGAATTGGCTAGAGATGGTGGCTCAGACAGACTCTGACGGCAAAGAAATTGATGTTCATCAAGAGTTGAGAGCATTAACAGCAGACATCATATCGCATACCGCTTTCGGTATCAGTTACAATGAAGGCAAAGAAGTATTCGAATTGCAGAGAGAATTACAAGAAATGGCGGCCAAAGCTG
AACAATCTGTCTTCATCCCAGGAAGCCAGTAATTACAGTATACTTAGCTTTCAATTATATAGTTTTGCATGTGACTGCAAGTTCTCTAGTACTTCGACTTCTGTGCTCCTGTTTTCTTTTTAACGTACTTTGTGACGTGCTGTGCTTAGGCTAGTGCCATAATCTGTAGACCTTTTACTTATTCACAAGGGTCTTCTTAG
TGCTGTACACAGTCCATAAATCTTCTACACAATCATAATGACTCATAGTACTTATAATTAAGGATTTTGTACTTATATTCCTTGGATTTTTGGCAGATATATTCCTACAGGAAAGAACAGGTATGCCTGGAAGATCGATAGAAGAATTAAAGAAATCCTGAATTCTCTAATTCAAAGTAGGTTGGAACCGAGAACAACAA
AAAGAACTCACGTTGGCTATGGAAATGACCTACTTGGAATCATGATGACTGCCAACCAGACAGAATTGAGTGCGACTCAAAGAAATCTGAGCATGACTATTGATGAAATCATGGATGAATGCAAGGAATTTTTCTTTGCAGGCCATGATACAACTTCCAATCTGTTAACCTGGGCAGTATTTTTGCTGGCGATAAATTTG
GAATGGCAAGAAATATTAAGGAAAGAAGTTATCAGTATTTGTGGCACAGATATACCAGATGCAGACATGCTTACCAGGATGAAATCGGTGTGTATTCCATATCATTTTTTTTTAATATTTTTAATCAACCATATTGCAGCCATCAATTTTGTTTGAAAAAATCATCATATATTTCATTAGGACTCAAT

>TRINITY_DN44252_c1_g2_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GGGCATTCCAGCGTTGGGAAGGTGATGCGCCTAAGCAATGCGCAAGCTCCATTGCAGCAACGTTTGAAGCTATGAGGTAAGTCCTGTAACTTATGACGTTTTTGGTTGGAAATTTGTAGAGGTCAATTCATTTACCATTCTTTTCATATTTAACCTTTGTTCTCTGTTTGAATGCCGAGGGTTTCGCTGGGCGCTCTACG
TTGGGGCTTGGCTTGAAGTTGAAAAAGCCCGGGTAGTGGAAGCTTGGCCCCATTGGTCCTGGAGAGCCATTTTTCTATTGGTATGGAATCCATTGTAGGCTGTACATGTCAGAACCAGAGCTAATCAAGGAAGTTTTATCGAATAAATTCGGTCATTATGAGAAGGAGACCCCGGGCCTCTTTTATTGGCTTTGCTCGGG
CGGGGACTGGTTTTTGTAGATGGATTGAGATGGGTCAAGCACAGGAGGATCGTGAGCCCTGTCTTCAATGTTGATACTTGATAAACTTAAGgtttggattcttggaatgtcatacaatggctgtataataagacttgataatggatgaagaactaataagacttgataatggatgaagaactataacagtttcttgagta
atgaatgaaaatttctggcaattcagaaacaattgtcactttgcatgtctagaactattgaatgtaggtatgcttatacagagcataaaaaacacttgaatatatgcaccaagttgttatcaatctatgcttatgatttgaccatattatgcctgtgcagacctccctaacgatgtttacagggaaatggtaggttgttt
aataaatatggagttaatggcacatatatacctagttattatcaatctatcttaaaaaaaattgaagatataatgctcatacaaatctcccaatgccatctagagtgaaaacgtgggtgcctaataattatacctaataaggatacagttaagcaatttaagaggaaaaagctttatcagattcatcaacagtgaaaaga
cagacttttgaattgtagcaaattttataaatgacattgatatcttcacctcaagagtgttttcctctatcaagtcaaattatattttatatgctgtgaatttgcctactaaacaaggatatgcattacctagactatttttggatagtccccggtagttggagtcttttagaatataccactggttttagttatgctct
aatgtttccaatggcaaacaatggtgaagATAATGGTTGCTTGCACTTCATCCATGCTCAAGAATTGGCTAGAGATGGTGGCTCAGACAGACTCTGACGGCAAAGAAATTGATGTTCATCAAGAGTTGAGAGCATTAACAGCAGACATCATATCGCATACCGCTTTCGGTATCAGTTACAATGAAGGCAAAGAAGTATTC
GAATTGCAGAGAGAATTACAAGAAATGGCGGCCAAAGCTGAACAATCTGTCTTCATCCCAGGAAGCCAGTAATTACAGTATACTTAGCTTTCAATTATATAGTTTTGCATGTGACTGCAAGTTCTCTAGTACTTCGACTTCTGTGCTCCTGTTTTCTTTTTAACGTACTTTGTGACGTGCTGTGCTTAGGCTAGTGCCAT
AATCTGTAGACCTTTTACTTATTCACAAGGGTCTTCTTAGTGCTGTACACAGTCCATAAATCTTCTACACAATCATAATGACTCATAGTACTTATAATTAAGGATTTTGTACTTATATTCCTTGGATTTTTGGCAGATA