NA ----> NA


Intron 1 GTTAGTACCT ... CAAGTCGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A270.6114.68.235
A373.4417.91449
A473.319.91127
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A677.951.224
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A85011.71
A981.8220.29
A1081.51.205



>TRINITY_DN108268_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform
TGGAAATATCACTTTTTTAATAGTGGAAGTACCGGAATGAACAATGTCAACTCAACAAGAACCCTTTTCACATGGCACATTGAATGACGAATTAATGGAATCACTGACACCGAGCAAACCACAATTCATCGCAGAAGAGCTTCGACGAAGGAAGGTAACTTAAAGGAAAATAGGCTGCGTGAACGAACTTTAAGCCGGTA
ATCGATGGTTCATCCGCGGGGTAAAGTCATGGATTCGCTGCGAGAGGCTCTGCATCCTTTCAGGATGTCTTTAATGGCGTTGATTATGGTCCAGGGAATTGTTTTAATCTGTACTGTCAATGGAAATATACTAGACTCACAAGTGCCTGGATTATCAAATTCTTCGTCATCGGAAAAACATGCCAAGGAATACTGCTCGA
TGTATGGTATTTGTGGAAAACGTGAAGATGGAAAAGTTCTAAATTGCCCCTATTCTGTACCAGCTGTGAAGCCTAGTAAGTTGTTTTCTTCAAAGATTCAAAGTCTCTGCCCAACTATTAC


>TRINITY_DN108268_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:
TGGAAATATCACTTTTTTAATAGTGGAAGTACCGGAATGAACAATGTCAACTCAACAAGAACCCTTTTCACATGGCACATTGAATGACGAATTAATGGAATCACTGACACCGAGCAAACCACAgttagtacctagtcattataatggcagttctatccgaatactgggcctatgtgaaggtcataacgctgccgtaacag
tgaatcaacctccattcgaccaaaataagcttacctatgcatcacttttgactaaatacaatctcggtgaaaattacgaaatgtatactattttcactagagggttgtctttccctcgagtgtcgttttaaatgtgtttgtgacaagtcgcagATTCATCGCAGAAGAGCTTCGACGAAGGAAGGTAACTTAAAGGAAAA
TAGGCTGCGTGAACGAACTTTAAGCCGGTAATCGATGGTTCATCCGCGGGGTAAAGTCATGGATTCGCTGCGAGAGGCTCTGCATCCTTTCAGGATGTCTTTAATGGCGTTGATTATGGTCCAGGGAATTGTTTTAATCTGTACTGTCAATGGAAATATACTAGACTCACAAGTGCCTGGATTATCAAATTCTTCGTCAT
CGGAAAAACATGCCAAGGAATACTGCTCGATGTATGGTATTTGTGGAAAACGTGAAGATGGAAAAGTTCTAAATTGCCCCTATTCTGTACCAGCTGTGAAGCCTAGTAAGTTGTTTTCTTCAAAGATTCAAAGTCTCTGCCCAACTATTAC



Intron 2 GTAATTATTT ... TCTGTACCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A864.71374
A969.41133524
A1069.23267839



>TRINITY_DN44393_c0_g1_i5 from sample A9 / Example spliced isoform
ATAAAATAGGACCGAGGAGCCTAACTTTTGAGTTTTGAAGAAGAGGCAACATAAAAGGAGTTGAGCCCTGAAGAAGTCCAGGCCAGTTATTGCAGGATTGGGGAGATCCGCGGGAGCATAATCATGGATTGGCTGCATCGTTCGATCATGTCATTAATGGCGCTGATTCTAGTCCAGCTGTGAAGCCTAGTGAGGCACTC
TCTTCAAAGATTCAGAGCCTCTGCCCAACAATTACAGGGAATGTTTGCTGTACGGCTGATCAATTTGATGTATTGCGTCAACAAGTGCAGCAGGCCATTCCCTTCCTTGTCGGTTGCCCAGCATGCCTACGGAATTTTTTGAATCTTTTTTGTGAAATGTCATGTTCACCAAATCAAAGCCTTTTTATGAATGTTACATC
CGTTTCTCAGAAAAAACATAACCATAATTCAACTGTTGATGGCATTGCCTTGTATGTAACGGATGCTTTTGGCAAGGGGTTATTCAACTCTTGCAAAGATGTGAAATTTGGGGCAATGAATACTCGAGCAATCGATTTTATCGGAGGAGGTGCCAGGGACTATAGAGAATGGTTTGGATTCCTTGGCCGACAAGCAGAGC
TCGATGAGCCTGGGTCACCATATTCAATCGATTTCATAACAACAGTTCCATCTTCTTCTATGGAGCCATTGAATGTATCTGTTTTTTCATGTGGAGAAACTTTATTGGGATGTTCTTGTGGGGATTGCCCTTCCTCAAGCATCTGTGCTGACCCGTTGCCTAGTCCTGCACCAGATAAGGATGCTTCCTGCTCTATTCAC
CTTGGTTCTGCTAAGGTAAAATGTGTAGATTTTTCAATGGGTATAGTGTACATTGTACTTGTCTCTCTAATATTTGGCGGGGGTTTCTTATGCAAAACTGCCAAATCCAGCAGGACATCACTTAGCATGAGGCCCTTATTGCAGAGGACTGAAGAAGAAGAAAGTGAACATCATTATGTTAGCAAAAGTGAACACGTGAC
CCTTCCTGTCCAGGGACATGAAGAGGTGGCTATGTCACAAAAGGGAACAAATTTGCCATTTATCCAAGGTTATATCTCCAAATTCTATAGGAACCATGGAGTGTGGGTTGCTAGACATCCAAGCTTTGTGTTGGGAATCTCAATTTCAGTTGTTTTGTTGTTGTGTATGGGGTTACTTCATTTAGAAGTGGAGACAAGGC
CTGAAAAGCTGTGGGTTGGCACTGGAAGCAAGGCAGCAGAAGAAAAGGAGTTCTTTGACACCCACTTGGCTCCTTTCTACAGAATAGAACAGCTCATCTTGGCTACTATTCCTCTTTCAGAAGATAATCAAGCCCCAAGTATTGTGACAGAGAAGAACATTAAGTTATTATTTGAAATGCAGAAAAAGGTTGATGGAATT
CGAGGAAACTACTCTGGATCATTAGTATCTCTAGAGGATATTTGCATGAAGCCAGTTGGTGAAGAGTGTGCTAGTCAGACTGTTTTACAATACTATAAAATGAAACCAGAACTGTTTGATGATTACGGGGGATCTTCACATGCATTGTTTTGCTTTGAGCATTACACATCTTCAGAACCATGCCTGAGTGCATATCATGC
TCCTGTTGACCCAAGCACAATATTAGGGGGTTACACAGGAAGCAACTATTCGCAGGCTACTGCATTTGTGATCACATATCCTGTGAATAATGCTGTGGACAAGACAGGACATGAAAATGGAAAAGCCTTAGCATGGGAGAATTCTTTCATTCATTTAGCTAAGGAAGAACTTATTCCAATGGCAGAGTTGCACAATCTTA
CCCTTGCATTTTCCGCAGAAAGTTCTGTGCAAGAAGAACTTAAGAGAGAGAGCACTGCTGATGTTGTAACCATATTGATCAGCTACATTGTCATGTTTGCCTACATATCAGTTACACTGGGCGATATTTCACCACACGTATCACCTCTCTATGTTTCATCGAAGGTGTTACTTGGTTTGTCAGGGGTTCTTGTTGTTGTC
CTTTCGGTACTTGGATCTGTAGGGCTATTCAGTGCACTTGGAGTGAAGTCCACTTTAATTATTGTTGAAGTTATTCCATTTCTAGTGCTGGCGGTTGGAGTTGACAACATGTGCATCTTAGTGCACGCACTTAAACGCCAGCCAGTAGAATTGGCCTTGGAAGAGCGAGTGGGAAACACACTTGCTGAAGTGGGGCCATC
TATAACACTTTCAACCCTTTCAGAGGTTCTGGCATTTGCAGTTGGAAGCTTCATCCCTATGCCTGCATGTAGAGTGTTCTCGATGTTTGCAGCTCTTGCGGTGTTAGTGGACTTCTTACTGCAAGTGACTGCATTTGTTTCCCTTATGACATTTGATTTAATAAGAACAGAAGGAAACAGAGTCGATTGCTTTCCTTGCA
TTATAGTTAGTTCATCAGCAATTGAACTTGAACATGGTAATTTGGGCAAGAAGCACCGAAAACCTGGTCTTTTGGTACAATACATGAAGGATATCCATGCACCTATACTAAGCATACCAGCAGTGAAAGTTGCAGTCCTATTGGTGTTCAGTGGTTTTGCTTTTGCAAGCATTGCATTAACTACAAGACTTCAACCAGGT
TTAGAGCAACAAGTTGTACTTCCACGAGACTCTTATCTCCAGGGCTATTTCAAGAACATATCTGAGTACCTTCGCGTTGGACCACCACTTTACTTTGTTGTAAAAAACTTCAATTACAGCTTGGAATCAAACAACACAAATTTATTGTGCTCTATCAGTGGATGTGAATCAAACTCTTTATTGAATGAGATATCGAGGTC
TGCTTTAACACCAGAGTTCAGCTACATTGCAAGTCCAGCTGCGTCTTGGCTGGATGACTTTCTTGTATGGTTATCACCAGAAGCTTTTGGGTGCTGCCGCAAATTTCCCAATGGGACCTACTGTCCCCCTGATGATCAGCCACCTTGTTGTGCATCTGGAGATGGCTTCTGTGGAATAAGTGAGACTTGCCAGGACTGCA
CAACGTGTTTCTTGCATTCAGATCTGATTGGAGACCGTCCATCTACAACACAATTCAGAGAGAAACTACCATGGTTTTTTACTGCATTGCCATCTGCAGATTGTTCAAAAGGGGGTTATGGTGCTTACACCAACAGCGTGGATCTGAAAGGATATGAGAATGGAGTAATTCAAGCATCAGAATTCCGTACATATCATACA
CCCTTAAACACACAGAAAGATTTTGTAAATGCAATGAAAGCTGCAAGGGAATTCGCTGCAAGAGTTTCAGATTCTTTAAAGATTTCAGTTTTCCCCTATTCAGTGTTCTATATTTTCTTTGAGCAATACCTGGACATTTGGAGGACGACGTTTGTGAGTCTTTCAGTGGCACTTGGGGCTGTGTTTATCGTTTGCCTTGT
CATTACTTGCAGTTTATGGGCTTCAGCAATAATTTTGCTCGTACTGGCAATGATTGTACTGGATATCATGGGTTTGATGGCGCTGCTGGGTATTCAATTAAATGCAATCTCCGTCGTGAATCTTGTAATGTCAATTGGCATTGCAGTTGAGTTTTGTGTGCATATTACACACGCATTCTCTGTGAGTGAAGGAGACAGGG
CACAGCGCTCAAAAGAGGCACTTACAACCATGGGGGCTTCTGTCTTCAGTGGAATAACAATTACAAAATTTGTTGGTGTGCTTGTTCTATGCTTTGCACGGTCAGAAATATTTGAGGTCTACTATTTTCGAATGTACCTTGCCCTTGTGATACTGGGGTTCTTGCATGGTCTTATTTTTCTACCAGTTTTGTTGAGTGTC
TGTGGTCCCCCATCCATCAAGTCTTTGTTAGATAATGATAAACAGAACCGATCTAGAACCCACCCAAATCAGCATGATTTGGGATTGTATAAAATGGGAAATGAGTCCTCGGATTGATATTGTTCCAACGTTATTTTCTGTAAGTTTAAAACATTTGGCATTCAGTTAGGTTTGGTGACTCTTATTTGTAAATAGTTGCA
GTGAATTCCAACAGCCACAAACTTTATGCCCTGTTGAAATTTGAGATTATATAACAAAATGTATTTAATGCATTTATTGATCCAATAAGACATGGCCAAGAAAAAGTGCAAATGGAAGTTAATAATATTGATTAGCTAGCTATCACTTCCAAATACAAAACATCTGGCAATGTGGAACCTAATTGCCATAGAGCTTTTTT
CGCATCCTCGGATATATTCGAGACACACAATTTAGTTGTAGCTACACGATTACTCTGCTATTTTTCTAATAGCACAAAGTACCATTTCGAGATTATAGTATGCAATTTGATGTGTTAGCAATGAACGAGTGTTCAAGCAAAAATGTTGATCATGTGATAGATTCGTATGCTGACTCACCTCATTGAAATGTGTAAAATTA
GTTGGTTTTCAGAAAAGATAGTAGTAAAACCATTTGAACGAGTGGTAAAATAGTTGCCATATGGCTAAATAAATAAGGATGAGATAAATGTTAAAAGCTATTCCGTTATATTGTCAATATGTTCCTATGAGATGCCCACAAGATTGAATCTAATTTTCCGGAATATTCTGGAAGAATTTCATTGGTTTAGGGAAAATCAG
ATAATAATTAAAACGATTTCCAGATAATAGAAATTATCATTTCAAAGTGTCCTGTAACCTTGAACCAATTCTGTGCTTCATTGTAATTGCTCGGAGCAAGTGCTATAAGTAGTTTGTTCCCAATACTCAG


>TRINITY_DN44393_c0_g1_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:
ATAAAATAGGACCGAGGAGCCTAACTTTTGAGTTTTGAAGAAGAGGCAACATAAAAGGAGTTGAGCCCTGAAGAAGTCCAGGCCAGTTATTGCAGGATTGGGGAGATCCGCGGGAGCATAATCATGGATTGGCTGCATCGTTCGATCATGTCATTAATGGCGCTGATTCTAGTCCAGgtaattattttgatcagtgctgt
ccatggatttttactagacccagatatgtttagaacatcaaattcttcatccgtggaaaaacatggcaaagaatactgttccatgtatggcatttgtggacaaagcgaggatggaaaagttctaaactgcccatattctgtaccagCTGTGAAGCCTAGTGAGGCACTCTCTTCAAAGATTCAGAGCCTCTGCCCAACAA
TTACAGGGAATGTTTGCTGTACGGCTGATCAATTTGATGTATTGCGTCAACAAGTGCAGCAGGCCATTCCCTTCCTTGTCGGTTGCCCAGCATGCCTACGGAATTTTTTGAATCTTTTTTGTGAAATGTCATGTTCACCAAATCAAAGCCTTTTTATGAATGTTACATCCGTTTCTCAGAAAAAACATAACCATAATTCA
ACTGTTGATGGCATTGCCTTGTATGTAACGGATGCTTTTGGCAAGGGGTTATTCAACTCTTGCAAAGATGTGAAATTTGGGGCAATGAATACTCGAGCAATCGATTTTATCGGAGGAGGTGCCAGGGACTATAGAGAATGGTTTGGATTCCTTGGCCGACAAGCAGAGCTCGATGAGCCTGGGTCACCATATTCAATCGA
TTTCATAACAACAGTTCCATCTTCTTCTATGGAGCCATTGAATGTATCTGTTTTTTCATGTGGAGAAACTTTATTGGGATGTTCTTGTGGGGATTGCCCTTCCTCAAGCATCTGTGCTGACCCGTTGCCTAGTCCTGCACCAGATAAGGATGCTTCCTGCTCTATTCACCTTGGTTCTGCTAAGGTAAAATGTGTAGATT
TTTCAATGGGTATAGTGTACATTGTACTTGTCTCTCTAATATTTGGCGGGGGTTTCTTATGCAAAACTGCCAAATCCAGCAGGACATCACTTAGCATGAGGCCCTTATTGCAGAGGACTGAAGAAGAAGAAAGTGAACATCATTATGTTAGCAAAAGTGAACACGTGACCCTTCCTGTCCAGGGACATGAAGAGGTGGCT
ATGTCACAAAAGGGAACAAATTTGCCATTTATCCAAGGTTATATCTCCAAATTCTATAGGAACCATGGAGTGTGGGTTGCTAGACATCCAAGCTTTGTGTTGGGAATCTCAATTTCAGTTGTTTTGTTGTTGTGTATGGGGTTACTTCATTTAGAAGTGGAGACAAGGCCTGAAAAGCTGTGGGTTGGCACTGGAAGCAA
GGCAGCAGAAGAAAAGGAGTTCTTTGACACCCACTTGGCTCCTTTCTACAGAATAGAACAGCTCATCTTGGCTACTATTCCTCTTTCAGAAGATAATCAAGCCCCAAGTATTGTGACAGAGAAGAACATTAAGTTATTATTTGAAATGCAGAAAAAGGTTGATGGAATTCGAGGAAACTACTCTGGATCATTAGTATCTC
TAGAGGATATTTGCATGAAGCCAGTTGGTGAAGAGTGTGCTAGTCAGACTGTTTTACAATACTATAAAATGAAACCAGAACTGTTTGATGATTACGGGGGATCTTCACATGCATTGTTTTGCTTTGAGCATTACACATCTTCAGAACCATGCCTGAGTGCATATCATGCTCCTGTTGACCCAAGCACAATATTAGGGGGT
TACACAGGAAGCAACTATTCGCAGGCTACTGCATTTGTGATCACATATCCTGTGAATAATGCTGTGGACAAGACAGGACATGAAAATGGAAAAGCCTTAGCATGGGAGAATTCTTTCATTCATTTAGCTAAGGAAGAACTTATTCCAATGGCAGAGTTGCACAATCTTACCCTTGCATTTTCCGCAGAAAGTTCTGTGCA
AGAAGAACTTAAGAGAGAGAGCACTGCTGATGTTGTAACCATATTGATCAGCTACATTGTCATGTTTGCCTACATATCAGTTACACTGGGCGATATTTCACCACACGTATCACCTCTCTATGTTTCATCGAAGGTGTTACTTGGTTTGTCAGGGGTTCTTGTTGTTGTCCTTTCGGTACTTGGATCTGTAGGGCTATTCA
GTGCACTTGGAGTGAAGTCCACTTTAATTATTGTTGAAGTTATTCCATTTCTAGTGCTGGCGGTTGGAGTTGACAACATGTGCATCTTAGTGCACGCACTTAAACGCCAGCCAGTAGAATTGGCCTTGGAAGAGCGAGTGGGAAACACACTTGCTGAAGTGGGGCCATCTATAACACTTTCAACCCTTTCAGAGGTTCTG
GCATTTGCAGTTGGAAGCTTCATCCCTATGCCTGCATGTAGAGTGTTCTCGATGTTTGCAGCTCTTGCGGTGTTAGTGGACTTCTTACTGCAAGTGACTGCATTTGTTTCCCTTATGACATTTGATTTAATAAGAACAGAAGGAAACAGAGTCGATTGCTTTCCTTGCATTATAGTTAGTTCATCAGCAATTGAACTTGA
ACATGGTAATTTGGGCAAGAAGCACCGAAAACCTGGTCTTTTGGTACAATACATGAAGGATATCCATGCACCTATACTAAGCATACCAGCAGTGAAAGTTGCAGTCCTATTGGTGTTCAGTGGTTTTGCTTTTGCAAGCATTGCATTAACTACAAGACTTCAACCAGGTTTAGAGCAACAAGTTGTACTTCCACGAGACT
CTTATCTCCAGGGCTATTTCAAGAACATATCTGAGTACCTTCGCGTTGGACCACCACTTTACTTTGTTGTAAAAAACTTCAATTACAGCTTGGAATCAAACAACACAAATTTATTGTGCTCTATCAGTGGATGTGAATCAAACTCTTTATTGAATGAGATATCGAGGTCTGCTTTAACACCAGAGTTCAGCTACATTGCA
AGTCCAGCTGCGTCTTGGCTGGATGACTTTCTTGTATGGTTATCACCAGAAGCTTTTGGGTGCTGCCGCAAATTTCCCAATGGGACCTACTGTCCCCCTGATGATCAGCCACCTTGTTGTGCATCTGGAGATGGCTTCTGTGGAATAAGTGAGACTTGCCAGGACTGCACAACGTGTTTCTTGCATTCAGATCTGATTGG
AGACCGTCCATCTACAACACAATTCAGAGAGAAACTACCATGGTTTTTTACTGCATTGCCATCTGCAGATTGTTCAAAAGGGGGTTATGGTGCTTACACCAACAGCGTGGATCTGAAAGGATATGAGAATGGAGTAATTCAAGCATCAGAATTCCGTACATATCATACACCCTTAAACACACAGAAAGATTTTGTAAATG
CAATGAAAGCTGCAAGGGAATTCGCTGCAAGAGTTTCAGATTCTTTAAAGATTTCAGTTTTCCCCTATTCAGTGTTCTATATTTTCTTTGAGCAATACCTGGACATTTGGAGGACGACGTTTGTGAGTCTTTCAGTGGCACTTGGGGCTGTGTTTATCGTTTGCCTTGTCATTACTTGCAGTTTATGGGCTTCAGCAATA
ATTTTGCTCGTACTGGCAATGATTGTACTGGATATCATGGGTTTGATGGCGCTGCTGGGTATTCAATTAAATGCAATCTCCGTCGTGAATCTTGTAATGTCAATTGGCATTGCAGTTGAGTTTTGTGTGCATATTACACACGCATTCTCTGTGAGTGAAGGAGACAGGGCACAGCGCTCAAAAGAGGCACTTACAACCAT
GGGGGCTTCTGTCTTCAGTGGAATAACAATTACAAAATTTGTTGGTGTGCTTGTTCTATGCTTTGCACGGTCAGAAATATTTGAGGTCTACTATTTTCGAATGTACCTTGCCCTTGTGATACTGGGGTTCTTGCATGGTCTTATTTTTCTACCAGTTTTGTTGAGTGTCTGTGGTCCCCCATCCATCAAGTCTTTGTTAG
ATAATGATAAACAGAACCGATCTAGAACCCACCCAAATCAGCATGATTTGGGATTGTATAAAATGGGAAATGAGTCCTCGGATTGATATTGTTCCAACGTTATTTTCTGTAAGTTTAAAACATTTGGCATTCAGTTAGGTTTGGTGACTCTTATTTGTAAATAGTTGCAGTGAATTCCAACAGCCACAAACTTTATGCCC
TGTTGAAATTTGAGATTATATAACAAAATGTATTTAATGCATTTATTGATCCAATAAGACATGGCCAAGAAAAAGTGCAAATGGAAGTTAATAATATTGATTAGCTAGCTATCACTTCCAAATACAAAACATCTGGCAATGTGGAACCTAATTGCCATAGAGCTTTTTTCGCATCCTCGGATATATTCGAGACACACAAT
TTAGTTGTAGCTACACGATTACTCTGCTATTTTTCTAATAGCACAAAGTACCATTTCGAGATTATAGTATGCAATTTGATGTGTTAGCAATGAACGAGTGTTCAAGCAAAAATGTTGATCATGTGATAGATTCGTATGCTGACTCACCTCATTGAAATGTGTAAAATTAGTTGGTTTTCAGAAAAGATAGTAGTAAAACC
ATTTGAACGAGTGGTAAAATAGTTGCCATATGGCTAAATAAATAAGGATGAGATAAATGTTAAAAGCTATTCCGTTATATTGTCAATATGTTCCTATGAGATGCCCACAAGATTGAATCTAATTTTCCGGAATATTCTGGAAGAATTTCATTGGTTTAGGGAAAATCAGATAATAATTAAAACGATTTCCAGATAATAGA
AATTATCATTTCAAAGTGTCCTGTAACCTTGAACCAATTCTGTGCTTCATTGTAATTGCTCGGAGCAAGTGCTATAAGTAGTTTGTTCCCAATACTCAG



Intron 3 GTGCTACTCT ... TTGCTTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A118.7539117
A218.8743614
A316.1944107
A48.574863
A511.763053
A69.09510
A75.881611
A833.33211
A916.132637
A1020.632594



>TRINITY_DN134406_c0_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoform
ATATTGGGAATGAAGGCGTTACCTACACAATCTTTTCAAGATCGTTGGAAATATCACTTATTTAATAGTGGAAGTACCACAATGAACAATGTCAACTCAACAAGAACCCTTTTCACATGGCACATTGAATGACGAATTATGGAATCACTGACACCGAGCAAACCACAGTTAGTACCTAGTCATTACAATGGCAGTTCTAT
CCGAATACTGGGCCTATGTGAAGGTCATAACGCTGCCGTAACAGTGAATCAACCTCCATTCGACCAAAATAAGCTTACCTATGCATCACTTTTGACTAAATACAATCTCGGTGAAAATTACGAAATGTATACTATTTTCACTAGAGGGTTGTCTTTCCCTCGAGTGTCGTTTTAAATGTGTTTGTGACAAGTCGCAGATT
CATCGCAGAAGAGCTTCGACGAAGGAAGGTAACTTAAAGGAAAATAGGCTGCGTGAACGAACTTTAAGCCGGTAATCGATGGTTCATCCGCGGGGTAAAGTCATGGATTCGCTGCGAGAGGCTCTGCATCCTTTCAGGATGTCTTTAATGGCGTTGATTATGGTCCAGGGAATTGTTTTAATCTGTACTGTCAATGGAAA
TATACTAGACTCACAAGTGCCTGGATTATCAAATTCTTCGTCATCGGAAAAACATGCCAAGGAATACTGCTCGATGTATGGTATTTGTGGAAAACGTGAAGATGGAAAAGTTCTAAATTGCCCCTATTCTGTACCAGCTGTGAAGCCTAGTAAGTTGTTTTCTTCAAAGATTCAAAGTCTCTGCCCAACTATTACGGGGA
ATGTTTGTTGCACCACTGATCAATTTGATGTATTACGCCAACAAGTGCAACAGGCTGTTCCCTTTCTTGTTGGTTGTCCTGCATGCCTACGGAATTTTTTGAATCTTTTTTGTGAGCTGGCATGTTCACCAAATCAAAGTCTTTTTATGAATGTTACATCAATTTCTCAGGTAAACAATAATTCCACTGTTGATGGCATT
GCCTTGTATGTAACGAATACTTATGGTGAGGAGTTATTTAACTCTTGCAAAGAGGTCAAATTTGCTGCGATGAATACTCGAGCAATTGATTTTGTGGGAGGTGGTGCAAGGGACTATAAAGAATGGTTTGCTTTCCTTGGTCGACAAGCACCGCTTAATGAACCTGGGTCACCATATTCAATGGATTTCAGTACAACAGT
TCCACCATCTTCTTCCATGGAGCCAATGAATATATCTGTTTTTTCATGTGGAGATACTTCATTGGGATGCTCTTGTGGGGATTGCCCTTCTGCAAGCATATGTGCTGACTCATTGCCTCCTGTACCACATAAGAATGGTTCCTGCTCTATTCACCTGGGTTCTGCTAAGGTGAAATGTGTAGATTTTGCAATGGCTATTG
TGTACATTGTACTTGTTTCTCTAATATTTGGCTGGGGTTTGTTGTGCAAAACTGCGAAATCCAACAAGGCATCACCTAGGATGAGGCCCTTATTGCACATTGAAGAAGAAAGTGAACTCCGTTCTGTGAGCAAAAGTGAACATGTGACCCTTCCTGTCCAGGGAGATGAAAAGGTGCCTATTACAGAAAAGGGAACACAT
TTACCCTTCATCCAAGGCTATATCTCCAAATACTATAGGAAGCATGGAATGTGGGTTGCTAGACATGCAAGTCTTGTGTTGGGAATCTCAATTGCAGTTGTTCTTTTGTTGTGTTTGGGGCTACTCCACTTAGAAGTGGAAACAAGACCTGAAAAGCTGTGGGTTGGCCCTGGAAGCAAGGCAGCAGAAGAAAAGGAGTT
CTTTGACACCCACTTGGCTCCTTTCTACAGAATAGAACAGCTCATCTTGGCTACTATTCCTCTTTCGGAAGATAGTCCAGCTCCAAGCATTGTGACAGATAAAAACATCAAGTTGTTATTTAAAATGCAGGAAAAGGTAGACGGAATTCGTGGAAACTACTCTGGATCATTTGTATCTCTAAAGGATATTTGCATGAAGC
CAGTTGGCGAAGACTGCGCCAGTGAGACTGTTTTACAATACTATAAAATGAAACCAGAACTGTTTGATGATTACGGGGAATCTTCACATGCAATGTTTTGCTTCGAGCATTACACGTCTTCAGAGCCATGCCTTAGTGCATTTCAGGCTCCTGTTGACCCGAGCACAATATTAGGTGGTTACACAGGAAGCAATTATTCA
CAGGCTACTGCATTTGTGATCACATATCCTGTGAATAACGCTGTGGACAAGGCAGGAAATGAAAATGGAAAAGCTTTAGCATGGGAGAATTCTTTCATTCGTCTAGCTAAGGAAGAGCTTATTCCAATGGCAGAGTCACACAATCTTACTCTTGCATTTTCGGCAGAAAGTTCTATCCAGGAAGAACTCAAGAGAGAGAG
TACTGCTGATATAATAACTATATTGATCAGCTACGTTGTCATGTTTGCCTACATATCAGTGACACTAGGTGATATTTCACCGCAAGTATCACCTGTCTATGTTTCGTCAAAGGTGTTACTCGGTTTATCAGGAGTTCTTGTTGTCCTTCTTTCTGTACTTGGATCAGTTGGGCTATTTAGTATGCTTGGCGTGAAGTCCA
CTCTAATCATTGCGGAAGTTATTCCATTTCTAGTGCTGGCGGTGGGAGTTGACAACATGTGTATCTTAGTGCATGCACTTAAACGCCAGCCGGTAGATATGGCCATGGAAGATCGAGTGGGAAACACACTTGCTGAAGTTGGGCCGTCTATAACACTTTCAACACTCTCAGAGGTTCTGGCATTTGCAGTTGGAAGCTTC
ATCCCTATGCCTGCATGTAGAGTGTTCTCGATGTTTGCAGCTCTCGCCGTGTTATTGGACTTCTTACTGCAAGTGACTGCATTT


>TRINITY_DN134406_c0_g1_i21 from sample A1 / Example unspliced isoform:
ATATTGGGAATGAAGGCGTTACCTACACAATCTTTTCAAGATCGTTGGAAATATCACTTATTTAATAGTGGAAGTACCACAATGAACAATGTCAACTCAACAAGAACCCTTTTCACATGGCACATTGAATGACGAATTATGGAATCACTGACACCGAGCAAACCACAGTTAGTACCTAGTCATTACAATGGCAGTTCTAT
CCGAATACTGGGCCTATGTGAAGGTCATAACGCTGCCGTAACAGTGAATCAACCTCCATTCGACCAAAATAAGCTTACCTATGCATCACTTTTGACTAAATACAATCTCGGTGAAAATTACGAAATGTATACTATTTTCACTAGAGGGTTGTCTTTCCCTCGAGTGTCGTTTTAAATGTGTTTGTGACAAGTCGCAGATT
CATCGCAGAAGAGCTTCGACGAAGGAAGGTAACTTAAAGGAAAATAGGCTGCGTGAACGAACTTTAAGCCGGTAATCGATGGTTCATCCGCGGGGTAAAGTCATGGATTCGCTGCGAGAGGCTCTGCATCCTTTCAGGATGTCTTTAATGGCGTTGATTATGGTCCAGGGAATTGTTTTAATCTGTACTGTCAATGGAAA
TATACTAGACTCACAAGTGCCTGGATTATCAAATTCTTCGTCATCGGAAAAACATGCCAAGGAATACTGCTCGATGTATGGTATTTGTGGAAAACGTGAAGATGGAAAAGTTCTAAATTGCCCCTATTCTGTACCAGCTGTGAAGCCTAGTAAGTTGTTTTCTTCAAAGATTCAAAGTCTCTGCCCAACTATTACGGGGA
ATGTTTGTTGCACCACTGATCAATTTGATGTATTACGCCAACAAGTGCAACAGGCTGTTCCCTTTCTTGTTGGTTGTCCTGCATGCCTACGGAATTTTTTGAATCTTTTTTGTGAGCTGGCATGTTCACCAAATCAAAGTCTTTTTATGAATGTTACATCAATTTCTCAGGTAAACAATAATTCCACTGTTGATGGCATT
GCCTTGTATGTAACGAATACTTATGGTGAGGAGTTATTTAACTCTTGCAAAGAGGTCAAATTTGCTGCGATGAATACTCGAGCAATTGATTTTGTGGGAGGTGGTGCAAGGGACTATAAAGAATGGTTTGCTTTCCTTGGTCGACAAGCACCGCTTAATGAACCTGGGTCACCATATTCAATGGATTTCAGTACAACAGT
TCCACCATCTTCTTCCATGGAGCCAATGAATATATCTGTTTTTTCATGTGGAGATACTTCATTGGGATGCTCTTGTGGGGATTGCCCTTCTGCAAGCATATGTGCTGACTCATTGCCTCCTGTACCACATAAGAATGGTTCCTGCTCTATTCACCTGGGTTCTGCTAAGGTGAAATGTGTAGATTTTGCAATGGCTATTG
TGTACATTGTACTTGTTTCTCTAATATTTGGCTGGGGTTTGTTGTGCAAAACTGCGAAATCCAACAAGGCATCACCTAGGATGAGGCCCTTATTGCACATTGAAGAAGAAAGTGAACTCCGTTCTGTGAGCAAAAGTGAACATGTGACCCTTCCTGTCCAGGGAGATGAAAAGGTGCCTATTACAGAAAAGGGAACACAT
TTACCCTTCATCCAAGGCTATATCTCCAAATACTATAGgtgctactcttaccttatgcgagtatgttttatcccctctgctagcttagtgatcaaagattagtggagctcactcttttttattgcttgcagGAAGCATGGAATGTGGGTTGCTAGACATGCAAGTCTTGTGTTGGGAATCTCAATTGCAGTTGTTCTTTT
GTTGTGTTTGGGGCTACTCCACTTAGAAGTGGAAACAAGACCTGAAAAGCTGTGGGTTGGCCCTGGAAGCAAGGCAGCAGAAGAAAAGGAGTTCTTTGACACCCACTTGGCTCCTTTCTACAGAATAGAACAGCTCATCTTGGCTACTGTTCCTCTTTCGGAAGATAGTCCAGCTCCAAGCATTGTGACAGATAAAAACA
TCAAGTTGTTATTTGAAATGCAGAAAAAGGTAGACGGAATTCGTGGA



Intron 4 GTAATCTCTA ... CATATGACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A161.7182916.4
A243.14292211.6
A347.6211109.1
A447.8312118.3
A516.67511.7
A64513210876.6
A739.491187796.3
A839.07248159159.9
A936.08186105115.7
A1035.96573252.4



>TRINITY_DN134406_c0_g1_i15 from sample A1 / Example spliced isoform
ATTGGTATAACCCATCAATAAAATAGGACCGAGGAGCCTAACTTTTGAGTTTTGAAGAAGAGGCAACATAAAAGGAGTTGAGCCCTGAAGAAGTCCAGGCCAGTTATTGCAGGATTGGGGAGATCCGCGGGAGCATAATCATGGATTGGCTGCATCGTTCGATCATGTCATTAATGGCGCTGATTCTAGTCCAGGTAATT
ATTTTGATCAGTGCTGTCCATGGATTTTTACTAGACCCAGATATGTTTAGAACATCAAATTCTTCATCCGTGGAAAAACATGGCAAAGAATACTGTTCCATGTATGGCATTTGTGGACAAAGCGAGGATGGAAAAGTTCTAAACTGCCCATATTCTGTACCAGCTGTGAAGCCTAGTGAGGCACTCTCTTCAAAGATTCA
GAGCCTCTGCCCAACAATTACAGGGAATGTTTGCTGTACGGCTGATCAATTTGATGTATTGCGTCAACAAGTGCAGCAGGCCATTCCCTTCCTTGTCGGTTGCCCAGCATGCCTACGGAATTTTTTGAATCTTTTTTGTGAAATGTCATGTTCACCAAATCAAAGCCTTTTTATGAATGTTACATCCGTTTCTCAGAAAA
AACATAACCATAATTCAACTGTTGATGGCATTGCCTTGTATGTAACGGATGCTTTTGGCAAGGGGTTATTCAACTCTTGCAAAGATGTGAAATTTGGGGCAATGAATACTCGAGCAATCGATTTTATCGGAGGAGGTGCCAGGGACTATAGAGAATGGTTTGGATTCCTTGGCCGACAAGCAGAGCTCGATGAGCCTGGG
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>TRINITY_DN134406_c0_g1_i18 from sample A1 / Example unspliced isoform:
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