sp|Q96254|GDI1_ARATH ----> Guanosine nucleotide diphosphate dissociation inhibitor 1

Intron 1 GTATTTCCTC ... CTTTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.47	139	37	39
A2	15.28	122	18	26
A3	18.57	114	16	36
A4	23.74	106	27	39
A5	26.19	31	13	9
A6	18.48	278	63	63
A7	19.08	439	119	88
A8	17.25	523	98	120
A9	17.4	463	103	92
A10	17.09	313	64	65

>TRINITY_DN43187_c0_g1_i10 from sample A6 / Example spliced isoform

TCACAATCCACCCAGAATTGTTATTTAATACGTTAGATTACGAAAGCGCTATGCTTTCCAAAACCCATTTCACATACTAGCATTTTGTGAAGTACGGTGAATTATTGGCGTTCCTTATAGGAGTGATCCTCTAGGTCTTCAAACCCAAGAAGCCCCTGCAACAAATCCGCTGCATTTGATTGAATTTGTGGAGCCGAGCG
AATATAATGGATGAGGAGTATGATGTGATCGTCTTGGGCACAGGCCTCAAGGAATGCATTCTCAGCGGCCTTCTCTCCGTGGATCGACTAAAGGTTTTGCATATGGATAGAAATGATTATTATGGAGGAGAATCTGCTTCTCTCAATCTCAACCAGCTTTGGAAAAAGTTCAGAAGCAACAACAGCCCACCTACACATCT
TGGATCTAGCAGAGATTACAATGTTGACATGAGTCCCAAGTTTATGATGGCAAATGGAGCATTAGTTCGAGTCCTCATTCACACTGATGTCACCAAATATTTATACTTTAAAGCAGTGGATGGTAGCTATGTGTATAATAAAGGAAAGACACATAAAGTTCCAACAACTGATATGGAGGCACTGAAGTCTCCTCTTATGG
GGCTCTTTGAAAAGCGCCGTGCTAGGAAGTTCTTTATATATGTTCAAGATTATTTGGAGACAGACCCAAAAACCCATGATGGATTGGATTTGACGAGAATAACAGCAAAGGAACTGTTTACGAAATATGGACTAGATGACAACACTGTGGATTTCATTGGACATGCCTTGGCACTTTATCGAGATGATCACTATCTTAAT
GAGCCTGCCTTAGAAACAGTGAAGAGGATAAAGCTGTGTGCAGAATCTCTTGCACGCTTTCAAGGGGGCTCACCATACATATACCCATTGTATGGGTTAGGAGAACTTCCTCAGGCATTTTCACGACTCAGTGCTGTTTATGGTGGAACTTACATGCTTAACAAGCCAGATTGCAAGGTGACGTTTGATGAAGAAGGTAA
AGCGAATGGTGTGACATCAGAAGGTGAAACTGCAAGATGCAAAAAAGTTGTTTGCGATCCATCATATCTACCTAATAAGGTTAAGAAGATTGGTAAGGTTTCTCGAGCAATTTGTATCATGAGCCACCCTATTCCAAACACCAATGATTCACAATCAGTGCAGATAATTCTGCCTCAGAAGCAACTTGGACGCAGATCTG
ATATGTATGTATTTTGCTGTTCCCATTCACATAATGTTGCTCCCAAAGGAAAATACATTGCATTTGTTTCAACAGAAGCAGAGACTGACCAACCTGAGAGAGAATTACAGCCGGGAATAAATTTGCTTGGAGCGGTTGATGAAATGTTTTTTGACACTTATGATATATATGAACCTGTTAATGAACCATCTCTCGACAAT
TGCTTCATATCAAAAAGCTATGATGCAACTACACATTTTGAGACAACAGTTCAAGATGTGCTTGCTATGTACACACAAATCACTGGAAAGGTATTGGATCTAAGCGTTGATCTCAGTGCTGCAAGTGCTGCAGACGAGTAATTTCTATTGTTCCTGGCTTGATTGTCTTCAACAGTAATGCTAGGTTGCATCCATCTTCT
AGATATGGTCTAAAATGACATCATATGGCTGTAGAAGCTTTTTTTAAAATTTGTCAAGCTTATTTATGTATCAAATTATTGACAAACATTCTCAATCAGTTACCCTGATGCCTAGCAAGTATTACAAGCAAGCCAAGTCTTTTTTGCAATATATGTTAAAACAGTCTCTTTTTGATTGTTTGATCTACCTGTTTTTCTTG
CAATAACTTATCTCATAAAAGTAGTTTTCATTATGTGCAAGTTTTCAATTTCTATGCACAGGTGCATATTGCCATATTGTATATAACTACAGATTAGTAACTATGCATGTCCAACAAGATCAGGGATTTGTGGAGTGTTATTGCATAATCATTTGTATACGATAATCGGTTCTTGTCATGCTCATGATCTGGGATTACTT
ATTTTGTTATAATAGCTAACTGCTTAAACTATGTTCACACTTAATGAAATTGCAAACTTTATTAAATTGGAA

>TRINITY_DN43187_c0_g1_i6 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CAATAATTCACACCAGAGAACCATAAGACCAGACAAGGGTATCAGAGCAGGGTGGGGGAAAAATGATGGCCGCGGTGATCAGAAGATTTTCTTCCAGTTCTAGGGCCTTGAGATGCCGAATGACTTTGAACGCTGCTGTGGATCACTCGAGATTCATGGCTTTCTGTACAACGACCTCGACTTCGCCTTCGCCCTCCGTC
GCAGAGCAAAGTACAGGTCCGCTTTTGCTTTATAAATCTATGGTTAGGCAAGGGGCACTGCAGTATGATCCTCAGCAAGAAAGGGTAGCTACAGATTTACAAGATCTTTTTGGGCAGTTGCATCAGTATGACAAAAATATGGAGAAGTATCATGCTAGGCTAGGCGAGTGGGAAAGAAGGAGGAAACAACTACGACAAGA
ATTGCTGATGGAAGAGGCAGAGTCTAAGCAGCAGGGAGGTCTATGGAAAATGGTTGAAAACCGAGGTGACAGCTTGATTACGAAGTTGTTGTCACGGTGACGTTTGATGAAGAAGGTAAAGCGAATGGTGTGACATCAGAAGGTGAAACTGCAAGATGCAAAAAAGTTGTTTGCGATCCATCATATCTACCTAATAAGGT
TAAGAAGATTGGTAAGGTTTCTCGAGCAATTTGTATCATGAGCCACCCTATTCCAAACACCAATGATTCACAATCAGTGCAGATAATTCTGCCTCAGAAGCAACTTGGACGCAGATCTGATATgtatttcctctgatttcatgtcttgtcttttaaaaaagtatttacttttcagaattttggtgacacccataatgagt
tattagttaccttttaatgaacaggcaataatttattctatgatagaatttgtatcttttgtcttgtgtttttctggatgaactggaggaattcagattttgacctcattagagaccatagttttttagtaacaaagttttaccatggaaatttatgcatgagatacatgtaaatgcatcattgtaaatttatggttgga
gattacaggtttctatagtatcctctactatgtaatttacatgactttcttcaccttctttttgcagGTATGTATTTTGCTGTTCCCATTCACATAATGTTGCTCCCAAAGGAAAATACATTGCATTTGTTTCAACAGAAGCAGAGACTGACCAACCTGAGAGAGAATTACAGCCGGGAATAAATTTGCTTGGAGCGGTT
GATGAAATGTTTTTTGACACTTATGATATATATGAACCTGTTAATGAACCATCTCTCGACAATTGCTTCATATCAAAAAGCTATGATGCAACTACACATTTTGAGACAACAGTTCAAGATGTGCTTGCTATGTACACACAAATCACTGGAAAGGTATTGGATCTAAGCGTTGATCTCAGTGCTGCAAGTGCTGCAGACGA
GTAATTTCTATTGTTCCTGGCTTGATTGTCTTCAACAGTAATGCTAGGTTGCATCCATCTTCTAGATATGGTCTAAAATGACATCATATGGCTGTAGAAGCTTTTTTTAAAATTTGTCAAGCTTATTTATGTATCAAATTATTGACAAACATTCTCAATCAGTTACCCTGATGCCTAGCAAGTATTACAAGCAAGCCAAG
TCTTTTTTGCAATATATGTTAAAACAGTCTCTTTTTGATTGTTTGATCTACCTGTTTTTCTTGCAATAACTTATCTCATAAAAGTAGTTTTCATTATGTGCAAGTTTTCAATTTCTATGCACAGGTGCATATTGCCATATTGTATATACCTACACATTACTGATTAGTAACTATGCATGTCCAACAAGATCAGGGATTTG
TGGAGTGTTATTGCATAATCATTTGTATAAGATAATCAGTTCTTGTCATGCTCATGATCTGGGATTACTTATTTTGTTATAATAGCTAACTGCTTAAACTATGTTCACACTTAATGAAATTGCAAACTTTATTAAATTGGAA

Intron 2 GTATGGTTGC ... TCTCCTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	39.13	14	6	12
A2	40	12	5	11
A3	28.36	24	5	14
A4	50	8	1	15
A5	31.03	10	5	4
A6	33.33	9	2	7
A7	44.44	20	8	24
A8	38.24	21	8	18
A9	26.53	18	1	12
A10	39.13	7	5	4

>TRINITY_DN41260_c0_g3_i5 from sample A9 / Example spliced isoform

TTTTCTAAACTTCTTATATAGATTCGGTATTTGTATGTCAAATCAAACTTATGTATCATGTTCTATATTCGTATTCAACATGCATTTTACAGTATGAGTTATTTGGTGTTTTGTCATTTGTTCTTCTAGTCACTATTTAATATTTGCCTATAAGTTTTTAGCAAGTGTTTCATTGAACTTACAGCTGACTAATTTGACAT
AAAAATGCCACTGGGAGGGAAATCACTACATTTCACACAACATGCTTTGACTTGTTCTGTTTTTTCAGGTATGCTTTCTTCTAGGATGGTATGCAGAAGGAAATATTCACTAAATTCATTACAAAACTGGAGCAAAATTGTCAAAGGGTACTGGTTGGATGCGAAACTGACTACCGTCGTGTGATAGCCCATTCAAATTT
TGATAAGGAACATTTCTTTTGGCCTTTGGATTCTCAATCACGTTCCAAATTTGAGAGAAGATGGCAGGACATCACAAGCCAACGTGGTGGCTTAATTACTCCAATGACTATACCCGTCATGTTTGGAAGGTTATTTGAGGTTCCTGAGAGTTGCAATGGGGTAGCACGCTTCACATTTAATCAGCTTTGTGGTCTTCCGG
TGGGTGCAGCAGATTACATTGCAATAGCTCAAAATTATCATACTGTATTTATTGCGGACATTCCCACAATGAGCATGCGAATTAGTGATAAGGCAAGAAGGTTTATTACCTTAGTGGATGAACTCTACAACCATCACTGTTGCCTTATTTGCACTGCAGCTTCATCTATTGATGATCTATTTCTGGGAGCAGATGAAGGA
ACACTATTTGACTTGGAGAGCTTTCAGTTTGAAACAGAGATGGAGGAAACAAAACTCCGCCGAGATGTGTTATCACCAGGTGATGTGGCACCTGTTGCATCAACTAATGAAGCTCGAGCAAGCATCCAATCTCTTCTTTCTGGGCGTGAGGAGATGTTTGCTTTTCGACGAGCGGTGTCAAGGTTGATAGAGATGCAGAC
ACCAGGCTATCTTCAAGGAGTGAGGTTTCATCCTCGATTTGAAAGACTAGTATAAAATTATTAAAGATTGAATTCTTTTAAATATTCCTTGTACAAAAATTCTTTGTTGCGTCAAAAATAGACCGTTGGGTTGCTACACACACACAACTGTTGTATGTGTATGTGTTTCATATTTATGGGACCGAGGTTAGATCTTCTGT
TTTGAGGATCATAACGCAGACTTGTGAGACTAATTCTTTCAATTAATATTGACCATTATATTCCTTGATTGTGTAGTTCCAAGAAAACTGTAGCTACATTGCTCTGTTCTTTTACCATCACATCCATAGATACTACTTCATCCTTTGTCCCAGAGATCATAATTTAAGAAAGATTTTAATTCAGTTAATAATGTTATTGT
CATTCTTATATTTTCATGGCCGCAAAAAAATTCTTTAATCTGAGTACTCACAAG

>TRINITY_DN41260_c0_g3_i10 from sample A9 / Example unspliced isoform:

CTGACTAATTTGACATAAAAATGCCACTGGGAGGGAAATCACTACATTTCACACAACATGCTTTGACTTGTTCTGTTTTTTCAGGTATGCTTTCTTCTAGgtatggttgcagagtaattctgtaaattctatcttgtcataaaaaactactcttaatggttttcccttaattgcctagttggatagattgtatggatata
acatgactgaatagttaggcgaaaacatattcaatttttactatccagtcatcttcattactgtgtacatttgtagataatgccattcatgcattcatttcacatctggattagtatcacgatccttcaaatttctctcctgtagGATGGTATGCAGAAGGAAATATTCACTAAATTCATTACAAAACTGGAGCAAAATT
GTCAAAGGGTACTGGTTGGATGCGAAACTGACTACCGTCGTGTGATAGCCCATTCAAATTTTGATAAGGAACATTTCTTTTGGCCTTTGGATTCTCAATCACGTTCCAAATTTGAGAGAAGATGGCAGGACATCACAAGCCAACGTGGTGGCTTAATTACTCCAATGACTATACCCGTCATGTTTGGAAGGTTATTTGAG
GTTCCTGAGAGTTGCAATGGGGTAGCACGCTTCACATTTAATCAGCTTTGTGGTCTTCCGGTGGGTGCAGCAGATTACATTGCAATAGCTCAAAATTATCATACTGTATTTATTGCGGACATTCCCACAATGAGCATGCGAATTAGTGATAAGGCAAGAAGGTTTATTACCTTAGTGGATGAACTCTACAACCATCACTG
TTGCCTTATTTGCACTGCAGCTTCATCTATTGATGATCTATTTCTGGGAGCAGATGAAGGAACACTATTTGACTTGGAGAGCTTTCAGTTTGAAACAGAGATGGAGGAAACAAAACTCCGCCGAGATGTGTTATCACCAGGTGATGTGGCACCTGTTGCATCAACTAATGAAGCTCGAGCAAGCATCCAATCTCTTCTTT
CTGGGCGTGAGGAGATGTTTGCTTTTCGACGAGCGGTGTCAAGGTTGATAGAGATGCAGACACCAGGCTATCTTCAAGGAGTGAGGTTTCATCCTCGATTTGAAAGACTAGTATAAAATTATTAAAGATTGAATTCTTTTAAATATTCCTTGTACAAAAATTCTTTGTTGCGTCAAAAATAGACCGTTGGGTTGCTACAC
ACACACAACTGTTGTATGTGTATGTGTTTCATATTTATGGGACCGAGGTTAGATCTTCTGTTTTGAGGATCATAACGCAGACTTGTGAGACTAATTCTTTCAATTAATATTGACCATTATATTCCTTGATTGTGTAGTTCCAAGAAAACTGTAGCTACATTGCTCTGTTCTTTTACCATCACATCCATAGATACTACTTC
ATCCTTTGTCCCAGAGATCATAATTTAAGAAAGATTTTAATTCAGTTAATAATGTTATTGTCATTCTTATATTTTCATGGCCGCAAAAAAATTCTTTAATCTGAGTACTCACAAG

Intron 3 GTACGCTTAT ... TCCTTAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25	15	4	6
A2	31.58	13	6	6
A3	33.33	13	7	6
A4	42.86	4	4	2
A5	33.33	1	0	1
A6	24.39	62	14	26
A7	25.97	67	21	26
A8	27.27	104	40	38
A9	28.35	91	39	33
A10	21.9	41	12	11

>TRINITY_DN113904_c0_g2_i13 from sample A2 / Example spliced isoform

AAATAATATGGACAATTTTGTCCTGATACTAATATGTCCAAAAAATAATATGGACAATTTTGTCCTGATACTAATATGTCCAAAAAATAATATGGACAATTTTGTCCAATATTTTTATACAGGTTGGTAATAGGTATTCATCAAGTACTGATAATACAAGTTGTGTTTCAATACTATTCTCTTAGGAACATTTCTTTTGG
CCTTTGGATTCTCAATCACGTTCCAAATTTGAGAGAAGATGGCAGGACATCACAAGCCAACGTGGTGGCTTAATTACTCCAATGACTATACCCGTCATGTTTGGAAGGTTATTTGAGGTTCCTGAGAGTTGCAATGGGGTAGCACGCTTCACATTTAATCAGCTTTGTGGTCTTCCGGTGGGTGCAGCAGATTACATTGC
AATAGCTCAAAATTATCATACTGTATTTATTGCGGACATTCCCACAATGAGCATGCGAATTAGTGATAAGGCAAGAAGGTTTATTACCTTAGTGGATGAACTCTACAACCATCACTGTTGCCTTATTTGCACTGCAGCTTCATCTATTGATGATCTATTTCTGGGAGCAGATGAAGGAACACTATTTGACTTGGAGAGCT
TTCAGTTTGAAACAGAGATGGAGGAAACAAAACTCCGCCGAGATGTGTTATCACCAGGTGATGTGGCACCTGTTGCATCAACTAATGAAGCTCGAGCAAGCATCCAATCTCTTCTTTCTGGGCGTGAGGAGATGTTTGCTTTTCGACGAGCGGTGTCAAGGTTGATAGAGATGCAGACACCAGGCTATCTTCAAGGAGTG
AGGTTTCATCCTCGATTTGAAAGACTAGTATAAAATTATTAAAGATTGAATTCTTTTAAATATTCCTTGTACAAAAATTCTTTGTTGCGTCAAAAATAGACCGTTGGGTTGCTACACACACACAACTGTTGTATGTGTATGTGTTTCATATTTATGGGACCGAGGTTAGATCTTCTGTTTTGAGGATCATAACGCAGACT
TGTGAGACTAATTCTTTCAATTAATATTGACCATTATATTCCTTGATTGTGTAGTTCCAAGAAAACTGTAGCTACATTGCTCTGTTCTTTTACCATCACATCCATAGATACTACTTCATCCTTTGTCCCAGAGATCATAATTTAAGAAAGATTTTAATTCAGTTAATAATGTTATTGTCATTCTTATATTTTCATGGCCG
CAAAAAAATTCTTTAATCTGAGTACTCACAAG

>TRINITY_DN113904_c0_g2_i11 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AAATAATATGGACAATTTTGTCCTGATACTAATATGTCCAAAAAATAATATGGACAATTTTGTCCTGATACTAATATGTCCAAAAAATAATATGGACAATTTTGTCCAATATTTTTATACAGGTTGGTAATAGGTATTCATCAAGTACTGATAATACAAGTTGTGTTTCAATACTATTCTCTTAGGAACATTTCTTTTGG
CCTTTGGATTCTCAATCACGTTCCAAATTTGAGAGAAGATGGCAGGACATCACAAGCCAACGTGGTGGCTTAATTACTCCAATGACTATACCCGTCATGTTTGGAAGGTTATTTGAGGTTCCTGAGAGTTGCAATGGGGTAGCACGCTTCACATTTAATCAGCTTTGTGGTCTTCCGGTGGGTGCAGCAGATTACATTGC
AATAGCTCAAAATTATCATACTGTATTTATTGCGGACATTCCCACAATGAGCATGCGAATTAGTGATAAGGCAAGAAGGTTTATTACCTTAGTGGATGAACTCTACAACCATCACTGTTGCCTTATTTGCACTGCAGCTTCATCTATTGATGATCTATTTCTGGGAGCAGATGAAGGAACACTATTTGACTTGGAGAGCT
TTCAGTTTGAAACAGAGATGGAGGAAACAAAACTCCGCCGAGATGTGTTATCACCAGGTGATGTGGCACCTGTTGCATCAACTAATGAAGCTCGAGCAAGCATCCAATCTCTTCTTTCTGGGCGTGAGGAGATGTTTGCTTTTCGACGAGCGgtacgcttatttccctcagacttccagtattgttgataggtgacaatt
tatgaaatcttcagctatatatttagaaataggtccttggatcattgaaattgatcactccattccttaacagGTGTCAAGGTTGATAGAGATGCAGACACCAGGCTATCTTCAAGGAGTGAGGTTTCATCCTCGATTTGAAAGACTAGTATAAAATTATTAAAGATTGAATTCTTTTAAATATTCCTTGTACAAAAATT
CTTTGTTGCGTCAAAAATAGACCGTTGGGTTGCTACACACACACAACTGTTGTATGTGTATGTGTTTCATATTTATGGGACCGAGGTTAGATCTTCTGTTTTGAGGATCATAACGCAGACTTGTGAGACTAATTCTTTCAATTAATATTGACCATTATATTCCTTGATTGTGTAGTTCCAAGAAAACTGTAGCTACATTG
CTCTGTTCTTTTACCATCACATCCATAGATACTACTTCATCCTTTGTCCCAGAGATCATAATTTAAGAAAGATTTTAATTCAGTTAATAATGTTATTGTCATTCTTATATTTTCATGGCCGCAAAAAAATTCTTTAATCTGAGTACTCACAAG

Intron 4 GTATGCATCT ... TGTAGGCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	36.11	46	24	28
A2	34.62	17	3	15
A3	32.2	20	7	12
A4	35.29	11	7	5
A5	70	3	6	8
A6	15.38	22	5	3
A7	12.5	49	5	9
A8	20.37	43	5	17
A9	23.64	42	10	16
A10	20.97	49	15	11

>TRINITY_DN108999_c0_g1_i9 from sample A3 / Example spliced isoform

ACCAATAATTCACACCAGAGAACCATAAGACCAGACAAGGGTATCAGAGCAGGGTGGGGGAAAAATGATGGCCGCGGTGATCAGAAGATTTTCTTCCAGTTCTAGGGCCTTGAGATGCCGAATGACTTTGAACGCTGCTGTGGATCACTCGAGATTCATGGCTTTCTGTACAACGACCTCGACTTCGCCTTCGCCCTCCG
TCGCAGAGCAAAGTACAGGTCCGCTTTTGCTTTATAAATCTATGGTTAGGCAAGGGGCACTGCAGTATGATCCTCAGCAAGAAAGGGTAGCTACAGATTTACAAGATCTTTTTGGGCAGTTGCATCAGTATGACAAAAATATGGAGAAGTATCATGCTAGGCGAGTGGGAAAGAAGGAGGAAACAACTACGACAAGAATT
GCTGATGGAAGAGGCAGAGTCTAAGCAGCAGGGAGGTCTATGGAAAATGGTTGAAAACCGAGGTGACAGCTTGATTACGAAGTTGTTGTCACGGAAGAAAAATGCGCGGGCAGAACCAGGTACAGGAAGAATGGTATCATACCTTAAGAGAGAGAAAAAGCTAGATTCGTTTGTTGGTCCTCGTCCAGTTGCACCACCTC
CTCCTAAAGGACTATACCTGTATGGAAATGTTGGCTGTGGAAAGACAATGCTAATGGACATGTTTTATAATGCTACGGAGGGAGTTGTTAAACATCGATATAGATTGCACTTTCATGCGGCCATGCTTGATGTGCATGATCGGATGCATAAAATCTGGAAGCACCAAAGTACTGAAAAATCCTTACAGGCAAGACTTTCC
GGTTGGATTGCAAACCTTCCTGTTGAAGGAACTGTGAAAGAATGGCTAGCTGCACAGGAGAGATATGAGCAAGAGCTACATCTGGAAAATATTTTGCCTATTGTAGCAGATAGTCTTCTTAATATTGGAGAAGATAGTCACGAGGCAGGGGCAACCATTCTCTGTTTTGATGAAATTCAGGCAGTTGATGTATTCACAGT
CGTGGCCCTTTCTGGAATTATAACTAGACTACTGAACAGGGGAACTGTGTTAGTAGCAACCAGTAATCGAGCTCCAGGAGATCTGAACCAGGTTTTCTAAACTTCTTATATAGATTCGGTATTTGTATGTCAAATCAAACTTATGTATCATGTTCTATATTCGTATTCAACATGCATTTTACAGTATGAGTTATTTGGTG
TTTTGTCATTTGTTCTTCTAGTCACTATTTAATATTTGCCTATAAGTTTTTAGCAAGTGTTTCATTGAACTTACAGCTGACTAATTTGACATAAAAATGCCACTGGGAGGGAAATCACTACATTTCACACAACATGCTTTGACTTGTTCTGTTTTTTCAGGATGGTATGCAGAAGGAAATATTCACTAAATTCATTACAA
AACTGGAGCAAAATTGTCAAAGGGTACTGGTTGGATGCGAAACTGACTACCGTCGTGTGATAGCCCATTCAAATTTTGATAAGGAACATTTCTTTTGGCCTTTGGATTCTCAATCACGTTCCAAATTTGAGAGAAGATGGCAGGACATCACAAGCCAACGTGGTGGCTTAATTACTCCAATGACTATACCCGTCATGTTT
GGAAGGTTATTTGAGGTTCCTGAGAGTTGCAATGGGGTAGCACGCTTCACATTTAATCAGCTTTGTGGTCTTCCGGTGGGTGCAGCAGATTACATTGCAATAGCTCAAAATTATCATACTGTATTTATTGCGGACATTCCCACAATGAGCATGCGAATTAGTGATAAGGCAAGAAGGTTTATTACCTTAGTGGATGAACT
CTACAACCATCACTGTTGCCTTATTTGCACTGCAGCTTCATCTATTGATGATCTATTTCTGGGAGCAGATGAAGGAACACTATTTGACTTGGAGAGCTTTCAGTTTGAAACAGAGATGGAGGAAACAAAACTCCGCCGAGATGTGTTATCACCAGGTGATGTGGCACCTGTTGCATCAACTAATGAAGCTCGAGCAAGCA
TCCAATCTCTTCTTTCTGGGCGTGAGGAGATGTTTGCTTTTCGACGAGCGGTGTCAAGGTTGATAGAGATGCAGACACCAGGCTATCTTCAAGGAGTGAGGTTTCATCCTCGATTTGAAAGACTAGTATAAAATTATTAAAGATTGAATTCTTTTAAATATTCCTTGTACAAAAATTCTTTGTTGCGTCAAAAATAGACC
GTTGGGTTGCTACACACACC

>TRINITY_DN108999_c0_g1_i13 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CTTGGGATAGGTCTTGGGTTCAATTCTTAGCCCGTCCAATGTTTACCGTTCCAGCTTTTTGCACAAAGTCATTGAAGATCCATGCATAATTGATTCAAACAATGCATTGGAATCTTTCTTATAGTGTAGTTGGCAGTCAATACAAAAGAGGTATGGATATCTGAATTGGCTATGAATAGCCTCCAATGTCGACAGATTTA
TTCAAAGATGCAGCGATCACTTTTTTTTTGGATAAGTTGTCTTTTCAATTTCGTGTTATATCTCTGGAAGTCCACAGATCTTGGGTACTGTTTCAGGGTTATAAAACTTTTTTATTTACTGTTATCTAGGCTGGCTAAAGTAAATGCTTGCCATCTCAGTAACATCAATTCAAATATAGTTTTCTCAACAATTAGCATAT
GGTGATTAGTTTCCAAGAAATTTGAAATCCTGTTAAACTATTTTTTTTCCCTCATATCCTTTTGTTTTCATTCCCTGTTATGTTACCGAAGTTCTTATAAATTGTTTAAAAAAAAAATTCTGTACCAGGTCCGCTTTTGCTTTATAAATCTATGGTTAGGCAAGGGGCACTGCAGTATGATCCTCAGCAAGAAAGGGTAG
CTACAGATTTACAAGATCTTTTTGGGCAGTTGCATCAGTATGACAAAAATATGGAGAAGTATCATgtatgcatctcacaatcatctcatttgcaagaggtgttctgtaagttgaaccgtgaatttgcagtatgcatgcttttcttctggaatcatgttttttctttttgtaggctagGCTAGGCGAGTGGGAAAGAAGGA
GGAAACAACTACGACAAGAATTGCTGATGGAAGAGGCAGAGTCTAAGCAGCAGGGAGGTCTATGGAAAATGGTTGAAAACCGAGGTGACAGCTTGATTACGAAGTTGTTGTCACGGTAATTACTATTCTCTTATATGCATGAGAATTGTCAAATGGTTTTGGTTGGAGGTAGAGATGTATAATTACTAATTTCTAGAGCA
ATACATTCTACTTCCTGTTGGTTTGGCTTTAATATTGCAGTAATTAATTATATTGCTATTGAAGTGTTGGGAAACAAGGCTATTGAGCAAAGCATTGTTGTCTTCATTCATGATGGAAGGTTTTACTCTTTGTTTCTAATTGGAGCAGTACATATATATTTATTAATTGCTGGATTGTGTTTACAATTACATGCACAATG
GCACATATACAAGTGCTGGGTAATGCCATCACTTATTATTGCTTTGAGTTTTGATGATTAGTGAATAGATGGAGTGGCTATCATTTAAACACATGAGGAGATATTCATTGTCTTTTTTAAATCAAGAAACCATTAAAACCAGTATTGTTGTGGAATCAAGTGCTCTATAAAGCTTGGTGTGGGGCAGCCTTGATACTTGG
CTACCATAGTTCAGAGCAAGAGACCAATGAACCAATTGAGAACAAAGCCTTTCTTTTCTGCTTGTTGATGGATGGAGGTAGAGCCATTTCTGATATGACTAACAACAAAGGTTCTTAAACTCAGGGACCTGTTGGCCAGTATTGTTGTGGAATCAAGTGCTCTATAAAGCTTGGTGTGGGGCAGCCTTGATACTTGGCTA
CCATAGTTCAGAGCAAGAGACCAATGAACCAATTGACAACAAATCCTTTCTTTTCTGCTTGTTGATGGATGGAGGTAGAGCCATTTCTGATATGACTAACAACAAAGGTTCTTAAACTCAGGGACCTGTTGGTCATTGCATTTTAACTTGTTGCTTGTGTGCAGGTTACACAGATAAAGGAACATAAGTCTTGAAGCCAA
TAACTTGAACCCAATGGGGATCTCACTGCTATTGTAGAGTCCAACTCGTAGTTTTGGTCTTAAATTTTACACCAAGTTCAGAAGCCGAGGTAGCC

Intron 5 GTTTTCTAAA ... TCTCCTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	57.58	7	7	12
A2	53.85	12	17	11
A3	50	10	6	14
A4	51.22	10	6	15
A5	36.84	6	3	4
A6	28.3	19	8	7
A7	43.36	32	25	24
A8	45	22	18	18
A9	37.25	16	7	12
A10	41.18	10	10	4

>TRINITY_DN108999_c0_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoform

TTTGAAACTATTCGGCTGTTTCCTACATTTGTATCTCACAATGCATTTTTAAGCTGTATACAAATCTTGGTTTCATGTTTCAAAGTTTAATTCTCTTGCCTTGAAAATTGAAGGAAAACTATTAGGCTAATAGATTTCTTCTCCTTATCTGGATGTGATTTTCTTGAGTCAGGAAGAAAAATGCGCGGGCAGAACCAGGT
ACAGGAAGAATGGTATCATACCTTAAGAGAGAGAAAAAGCTAGATTCGTTTGTTGGTCCTCGTCCAGTTGCACCACCTCCTCCTAAAGGACTATACCTGTATGGAAATGTTGGCTGTGGAAAGACAATGCTAATGGACATGTTTTATAATGCTACGGAGGGAGTTGTTAAACATCGATATAGATTGCACTTTCATGCGGC
CATGCTTGATGTGCATGATCGGATGCATAAAATCTGGAAGCACCAAAGTACTGAAAAATCCTTACAGGCAAGACTTTCCGGTTGGATTGCAAACCTTCCTGTTGAAGGAACTGTGAAAGAATGGCTAGCTGCACAGGAGAGATATGAGCAAGAGCTACATCTGGAAAATATTTTGCCTATTGTAGCAGATAGTCTTCTTA
ATATTGGAGAAGATAGTCACGAGGCAGGGGCAACCATTCTCTGTTTTGATGAAATTCAGGCAGTTGATGTATTCACAGTCGTGGCCCTTTCTGGAATTATAACTAGACTACTGAACAGGGGAACTGTGTTAGTAGCAACCAGTAATCGAGCTCCAGGAGATCTGAACCAGGATGGTATGCAGAAGGAAATATTCACTAAA
TTCATTACAAAACTGGAGCAAAATTGTCAAAGGGTACTGGTTGGATGCGAAACTGACTACCGTCGTGTGATAGCCCATTCAAATTTTGATAAGGAACATTTCTTTTGGCCTTTGGATTCTCAATCACGTTCCAAATTTGAGAGAAGATGGCAGGACATCACAAGCCAACGTGGTGGCTTAATTACTCCAATGACTATACC
CGTCATGTTTGGAAGGTTATTTGAGGTTCCTGAGAGTTGCAATGGGGTAGCACGCTTCACATTTAATCAGCTTTGTGGTCTTCCGGT

>TRINITY_DN108999_c0_g1_i8 from sample A3 / Example unspliced isoform:

ACCAATAATTCACACCAGAGAACCATAAGACCAGACAAGGGTATCAGAGCAGGGTGGGGGAAAAATGATGGCCGCGGTGATCAGAAGATTTTCTTCCAGTTCTAGGGCCTTGAGATGCCGAATGACTTTGAACGCTGCTGTGGATCACTCGAGATTCATGGCTTTCTGTACAACGACCTCGACTTCGCCTTCGCCCTCCG
TCGCAGAGCAAAGTACAGGTCCGCTTTTGCTTTATAAATCTATGGTTAGGCAAGGGGCACTGCAGTATGATCCTCAGCAAGAAAGGGTAGCTACAGATTTACAAGATCTTTTTGGGCAGTTGCATCAGTATGACAAAAATATGGAGAAGTATCATGCTAGGCTAGGCGAGTGGGAAAGAAGGAGGAAACAACTACGACAA
GAATTGCTGATGGAAGAGGCAGAGTCTAAGCAGCAGGGAGGTCTATGGAAAATGGTTGAAAACCGAGGTGACAGCTTGATTACGAAGTTGTTGTCACGGAAAGACAATGCTAATGGACATGTTTTATAATGCTACGGAGGGAGTTGTTAAACATCGATATAGATTGCACTTTCATGCGGCCATGCTTGATGTGCATGATC
GGATGCATAAAATCTGGAAGCACCAAAGTACTGAAAAATCCTTACAGGCAAGACTTTCCGGTTGGATTGCAAACCTTCCTGTTGAAGGAACTGTGAAAGAATGGCTAGCTGCACAGGAGAGATATGAGCAAGAGCTACATCTGGAAAATATTTTGCCTATTGTAGCAGATAGTCTTCTTAATATTGGAGAAGATAGTCAC
GAGGCAGGGGCAACCATTCTCTGTTTTGATGAAATTCAGGCAGTTGATGTATTCACAGTCGTGGCCCTTTCTGGAATTATAACTAGACTACTGAACAGGGGAACTGTGTTAGTAGCAACCAGTAATCGAGCTCCAGGAGATCTGAACCAGgttttctaaacttcttatatagattcggtatttgtatgtcaaatcaaact
tatgtatcatgttctatattcgtattcaacatgcattttacagtatgagttatttggtgttttgtcatttgttcttctagtcactatttaatatttgcctataagtttttagcaagtgtttcattgaacttacagctgactaatttgacataaaaatgccactgggagggaaatcactacatttcacacaacatgctttg
acttgttctgttttttcaggtatgctttcttctaggtatggttgcagagtaattctgtaaattctatcttgtcataaaaaactactcttaatggttttcccttaattgcctagttggatagattgtatggatataacatgactgaatagttaggcgaaaacatattcaatttttactatccagtcatcttcattactgtg
tacatttgtagataatgccattcatgcattcatttcacatctggattagtatcacgatccttcaaatttctctcctgtagGATGGTATGCAGAAGGAAATATTCACTAAATTCATTACAAAACTGGAGCAAAATTGTCAAAGGGTACTGGTTGGATGCGAAACTGACTACCGTCGTGTGATAGCCCATTCAAATTTTGAT
AAGGAACATTTCTTTTGGCCTTTGGATTCTCAATCACGTTCCAAATTTGAGAGAAGATGGCAGGACATCACAAGCCAACGTGGTGGCTTAATTACTCCAATGACTATACCCGTCATGTTTGGAAGGTTATTTGAGGTTCCTGAGAGTTGCAATGGGGTAGCACGCTTCACATTTAATCAGCTTTGTGGTCTTCCGGTGGG
TGCAGCAGATTACATTGCAATAGCTCAAAATTATCATACTGTATTTATTGCGGACATTCCCACAATGAGCATGCGAATTAGTGATAAGGCAAGAAGGTTTATTACCTTAGTGGATGAACTCTACAACCATCACTGTTGCCTTATTTGCACTGCAGCTTCATCTATTGATGATCTATTTCTGGGAGCAGATGAAGGAACAC
TATTTGACTTGGAGAGCTTTCAGTTTGAAACAGAGATGGAGGAAACAAAACTCCGCCGAGATGTGTTATCACCAGGTGATGTGGCACCTGTTGCATCAACTAATGAAGCTCGAGCAAGCATCCAATCTCTTCTTTCTGGGCGTGAGGAGATGTTTGCTTTTCGACGAGCGGTGTCAAGGTTGATAGAGATGCAGACACCA
GGCTATCTTCAAGGAGTGAGGTTTCATCCTCGATTTGAAAGACTAGTATAAAATTATTAAAGATTGAATTCTTTTAAATATTCCTTGTACAAAAATTCTTTGTTGCGTCAAAAATAGACCGTTGGGTTGCTACACACACC

Intron 6 GCAAGAAGGT ... TGCACTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	82.22	8	33	41
A2	81.82	3	15	12
A3	77.78	3	9	12
A4	85.19	4	23	23
A5	84.62	1	6	5
A6	71.2	18	52	37
A7	83.33	10	52	48
A8	66.3	31	61	61
A9	70.86	22	54	53
A10	71.96	15	41	36

>TRINITY_DN43187_c0_g1_i8 from sample A6 / Example spliced isoform

CAATAATTCACACCAGAGAACCATAAGACCAGACAAGGGTATCAGAGCAGGGTGGGGGAAAAATGATGGCCGCGGTGATCAGAAGATTTTCTTCCAGTTCTAGGGCCTTGAGATGCCGAATGACTTTGAACGCTGCTGTGGATCACTCGAGATTCATGGCTTTCTGTACAACGACCTCGACTTCGCCTTCGCCCTCCGTC
GCAGAGCAAAGTACAGGTCCGCTTTTGCTTTATAAATCTATGGTTAGGCAAGGGGCACTGCAGTATGATCCTCAGCAAGAAAGGGTAGCTACAGATTTACAAGATCTTTTTGGGCAGTTGCATCAGTATGACAAAAATATGGAGAAGTATCATGCTAGGCTAGGCGAGTGGGAAAGAAGGAGGAAACAACTACGACAAGA
ATTGCTGATGGAAGAGGCAGAGTCTAAGCAGCAGGGAGGTCTATGGAAAATGGTTGAAAACCGAGGTGACAGCTTGATTACGAAGTTGTTGTCACGGAAGAAAAATGCGCGGGCAGAACCAGGTACAGGAAGAATGGTATCATACCTTAAGAGAGAGAAAAAGCTAGATTCGTTTGTTGGTCCTCGTCCAGTTGCACCAC
CTCCTCCTAAAGGACTATACCTGTATGGAAATGTTGGCTGTGGAAAGACAATGCTAATGGACATGTTTTATAATGCTACGGAGGGAGTTGTTAAACATCGATATAGATTGCACTTTCATGCGGCCATGCTTGATGTGCATGATCGGATGCATAAAATCTGGAAGCACCAAAGTACTGAAAAATCCTTACAGGCAAGACTT
TCCGGTTGGATTGCAAACCTTCCTGTTGAAGGAACTGTGAAAGAATGGCTAGCTGCACAGGAGAGATATGAGCAAGAGCTACATCTGGAAAATATTTTGCCTATTGTAGCAGATAGTCTTCTTAATATTGGAGAAGATAGTCACGAGGCAGGGGCAACCATTCTCTGTTTTGATGAAATTCAGGCAGTTGATGTATTCAC
AGTCGTGGCCCTTTCTGGAATTATAACTAGACTACTGAACAGGGGAACTGTGTTAGTAGCAACCAGTAATCGAGCTCCAGGAGATCTGAACCAGGATGGTATGCAGAAGGAAATATTCACTAAATTCATTACAAAACTGGAGCAAAATTGTCAAAGGGTACTGGTTGGATGCGAAACTGACTACCGTCGTGTGATAGCCC
ATTCAAATTTTGATAAGGAACATTTCTTTTGGCCTTTGGATTCTCAATCACGTTCCAAATTTGAGAGAAGATGGCAGGACATCACAAGCCAACGTGGTGGCTTAATTACTCCAATGACTATACCCGTCATGTTTGGAAGGTTATTTGAGGTTCCTGAGAGTTGCAATGGGGTAGCACGCTTCACATTTAATCAGCTTTGT
GGTCTTCCGGTGGGTGCAGCAGATTACATTGCAATAGCTCAAAATTATCATACTGTATTTATTGCGGACATTCCCACAATGAGCATGCGAATTAGTGATAAGCTTCATCTATTGATGATCTATTTCTGGGAGCAGATGAAGGAACACTATTTGACTTGGAGAGCTTTCAGTTTGAAACAGAGATGGAGGAAACAAAACTC
CGCCGAGATGTGTTATCACCAGGTGATGTGGCACCTGTTGCATCAACTAATGAAGCTCGAGCAAGCATCCAATCTCTTCTTTCTGGGCGTGAGGAGATGTTTGCTTTTCGACGAGCGGTGTCAAGGTTGATAGAGATGCAGACACCAGGCTATCTTCAAGGAGTGAGGTTTCATCCTCGATTTGAAAGACTAGTATAAAA
TTATTAAAGATTGAATTCTTTTAAATATTCCTTGTACAAAAATTCTTTGTTGCGTCAAAAATAGACCGTTGGGTTGCTACACACACACAACTGTTGTATGTGTATGTGTTTCATATTTATGGGACCGAGGTTAGATCTTCTGTTTTGAGGATCATAACGCAGACTTGTGAGACTAATTCTTTCAATTAATATTGACCATT
ATATTCCTTGATTGTGTAGTTCCAAGAAAACTGTAGCTACATTGCTCTGTTCTTTTACCATCACATCCATAGATACTACTTCATCCTTTGTCCCAGAGATCATAATTTAAGAAAGATTTTAATTCAGTTAATAATGTTATTGTCATTCTTATATTTTCATGGCCGCAAAAAAATTCTTTAATCTGAGTACTCACAAGCTA
TACTTGCCATCTCATTTCTTTCTGCATTGGGATGGTTAATTTGCTTTGATTTTCTACAATATAACAAACATTTAATGCTG

>TRINITY_DN43187_c0_g1_i9 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CAATAATTCACACCAGAGAACCATAAGACCAGACAAGGGTATCAGAGCAGGGTGGGGGAAAAATGATGGCCGCGGTGATCAGAAGATTTTCTTCCAGTTCTAGGGCCTTGAGATGCCGAATGACTTTGAACGCTGCTGTGGATCACTCGAGATTCATGGCTTTCTGTACAACGACCTCGACTTCGCCTTCGCCCTCCGTC
GCAGAGCAAAGTACAGGTCCGCTTTTGCTTTATAAATCTATGGTTAGGCAAGGGGCACTGCAGTATGATCCTCAGCAAGAAAGGGTAGCTACAGATTTACAAGATCTTTTTGGGCAGTTGCATCAGTATGACAAAAATATGGAGAAGTATCATGCTAGGCTAGGCGAGTGGGAAAGAAGGAGGAAACAACTACGACAAGA
ATTGCTGATGGAAGAGGCAGAGTCTAAGCAGCAGGGAGGTCTATGGAAAATGGTTGAAAACCGAGGTGACAGCTTGATTACGAAGTTGTTGTCACGGAAGAAAAATGCGCGGGCAGAACCAGGTACAGGAAGAATGGTATCATACCTTAAGAGAGAGAAAAAGCTAGATTCGTTTGTTGGTCCTCGTCCAGTTGCACCAC
CTCCTCCTAAAGGACTATACCTGTATGGAAATGTTGGCTGTGGAAAGACAATGCTAATGGACATGTTTTATAATGCTACGGAGGGAGTTGTTAAACATCGATATAGATTGCACTTTCATGCGGCCATGCTTGATGTGCATGATCGGATGCATAAAATCTGGAAGCACCAAAGTACTGAAAAATCCTTACAGGCAAGACTT
TCCGGTTGGATTGCAAACCTTCCTGTTGAAGGAACTGTGAAAGAATGGCTAGCTGCACAGGAGAGATATGAGCAAGAGCTACATCTGGAAAATATTTTGCCTATTGTAGCAGATAGTCTTCTTAATATTGGAGAAGATAGTCACGAGGCAGGGGCAACCATTCTCTGTTTTGATGAAATTCAGGCAGTTGATGTATTCAC
AGTCGTGGCCCTTTCTGGAATTATAACTAGACTACTGAACAGGGGAACTGTGTTAGTAGCAACCAGTAATCGAGCTCCAGGAGATCTGAACCAGGTTTTCTAAACTTCTTATATAGATTCGGTATTTGTATGTCAAATCAAACTTATGTATCATGTTCTATATTCGTATTCAACATGCATTTTACAGTATGAGTTATTTG
GTGTTTTGTCATTTGTTCTTCTAGTCACTATTTAATATTGGCCTATAAGTTTTTAGCAAGTGTTTCATTGAACTTACAGCTGACTAATTTGACATAAAAATGCCACTGGGAGGGAAATCACTACATTTCACACAACATGCTTTGACTTGTTCTGTTTTTTCAGGATGGTATGCAGAAGGAAATATTCACTAAATTCATTA
CAAAACTGGAGCAAAATTGTCAAAGGGTACTGGTTGGATGCGAAACTGACTACCGTCGTGTGATAGCCCATTCAAATTTTGATAAGGAACATTTCTTTTGGCCTTTGGATTCTCAATCACGTTCCAAATTTGAGAGAAGATGGCAGGACATCACAAGCCAACGTGGTGGCTTAATTACTCCAATGACTATACCCGTCATG
TTTGGAAGGTTATTTGAGGTTCCTGAGAGTTGCAATGGGGTAGCACGCTTCACATTTAATCAGCTTTGTGGTCTTCCGGTGGGTGCAGCAGATTACATTGCAATAGCTCAAAATTATCATACTGTATTTATTGCGGACATTCCCACAATGAGCATGCGAATTAGTGATAAGgcaagaaggtttattaccttagtggatga
actctacaaccatcactgttgccttatttgcactgcagCTTCATCTATTGATGATCTATTTCTGGGAGCAGATGAAGGAACACTATTTGACTTGGAGAGCTTTCAGTTTGAAACAGAGATGGAGGAAACAAAACTCCGCCGAGATGTGTTATCACCAGGTGATGTGGCACCTGTTGCATCAACTAATGAAGCTCGAGCAA
GCATCCAATCTCTTCTTTCTGGGCGTGAGGAGATGTTTGCTTTTCGACGAGCGGTGTCAAGGTTGATAGAGATGCAGACACCAGGCTATCTTCAAGGAGTGAGGTTTCATCCTCGATTTGAAAGACTAGTATAAAATTATTAAAGATTGAATTCTTTTAAATATTCCTTGTACAAAAATTCTTTGTTGCGTCAAAAATAG
ACCGTTGGGTTGCTACACACACACAACTGTTGTATGTGTATGTGTTTCATATTTATGGGACCGAGGTTAGATCTTCTGTTTTGAGGATCATAACGCAGACTTGTGAGACTAATTCTTTCAATTAATATTGACCATTATATTCCTTGATTGTGTAGTTCCAAGAAAACTGTAGCTACATTGCTCTGTTCTTTTACCATCAC
ATCCATAGATACTACTTCATCCTTTGTCCCAGAGATCATAATTTAAGAAAGATTTTAATTCAGTTAATAATGTTATTGTCATTCTTATATTTTCATGGCCGCAAAAAAATTCTTTAATCTGAGTACTCACAAGCTATACTTGCCATCTCATTTCTTTCTGCATTGGGATGGTTAATTTGCTTTGATTTTCTACAATATAA
CAAACATTTAATGCTG

Intron 7 GTTTTCTAAA ... GAACTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	54.04	10	6.7	16.9
A2	51.41	10.2	16.2	5.5
A3	51.17	8	6	11.1
A4	72.21	2	5.7	4.7
A5	31.06	6	3	2.5
A6	65.84	4	7.5	8
A7	41.63	17	22.5	2
A8	46.43	13	16.1	6.7
A9	58.51	5	6.7	7.5
A10	56.71	5	9.2	4

>TRINITY_DN126272_c2_g1_i17 from sample A1 / Example spliced isoform

TGAGGAAAGCATCCTGTACTACCAATAATTCACACCAGAGAACCATAAGACCAGACAAGGGTATCAGAGCAGGGTGGGGGAAAAATGATGGCCGCGGTGATCAGAAGATTTTCTTCCAGTTCTAGGGCCTTGAGATGCCGAATGACTTTGAACGCTGCTGTGGATCACTCGAGATTCATGGCTTTCTGTACAACGACCTC
GACTTCGCCTTCGCCCTCCGTCGCAGAGCAAAGTACAGGTCCGCTTTTGCTTTATAAATCTATGGTTAGGCAAGGGGCACTGCAGTATGATCCTCAGCAAGAAAGGGTAGCTACAGATTTACAAGATCTTTTTGGGCAGTTGCATCAGTATGACAAAAATATGGAGAAGTATCATGCTAGGCTAGGCGAGTGGGAAAGAA
GGAGGAAACAACTACGACAAGAATTGCTGATGGAAGAGGCAGAGTCTAAGCAGCAGGGAGGTCTATGGAAAATGGTTGAAAACCGAGGTGACAGCTTGATTACGAAGTTGTTGTCACGGAAAGACAATGCTAATGGACATGTTTTATAATGCTACGGAGGGAGTTGTTAAACATCGATATAGATTGCACTTTCATGCGGC
CATGCTTGATGTGCATGATCGGATGCATAAAATCTGGAAGCACCAAAGTACTGAAAAATCCTTACAGGCAAGACTTTCCGGTTGGATTGCAAACCTTCCTGTTGAAGGAACTGTGAAAGAATGGCTAGCTGCACAGGAGAGATATGAGCAAGAGCTACATCTGGAAAATATTTTGCCTATTGTAGCAGATAGTCTTCTTA
ATATTGGAGAAGATAGTCACGAGGCAGGGGCAACCATTCTTTGTTTTGATGAAATTCAGGCAGTTGATGTATTCACAGTCGTGGCCCTTTCTGGAATTATAACTAGACTACTGAACAGGGGAACTGTGTTAGTAGCAACCAGTAATCGAGCTCCAGGAGATCTGAACCAGCTGACTAATTTGACATAAAAATGCCACTGG
GAGGGAAATCACTACATTTCACACAACATGCTTTGACTTGTTCTGTTTTTTTCAGGATGGTATGCAGAAGGAAATATTCACTAAATTCATTACAAAACTGGAGCAAAATTGTCAAAGGGTACTGGTTGGATGCGAAACTGACTACCGTCGTGTGATAGCCCATTCAAATTTTGATAAGGAACATTTCTTTTGGCCTTTGG
ATTCTCAATCACGTTCCAAATTTGAGAGAAGATGGCAGGACATCACAAGCCAACGTGGTGGCTTAATTACTCCAATGACTATACCCGTCATGTTTGGAAGGTTATTTGAGGTTCCTGAGAGTTGCAATGGGGTAGCACGCTTCACATTTAATCAGCTTTGTGGTCTTCCGGCAGTTGATGTATTCACAGTCGTGGCCCTT
TCTGGAATTATAACTAGACTACTGAACAGGGGAACTGTGTTAGTAGCAACCAGTAATCGAGCTCCAGGAGATCTGAACCAGGTTTTCTAAACTTCTTATATAGATTCGGTATTTGTATGTCAAATCAAACTTATGTATCATGTTCTATATTCGTATTCAACATGCATTTTACAGTATGAGTTATTTGGTGTTTTGTCATT
TGTTCTTCTAGTCACTATTTAATATTGGCCTATAAGTTTTTAGCAAGTGTTTCATTGAACTTACAGCTGACTAATTTGACATAAAAATGCCACTGGGAGGGAAATCACTACATTTCACACAACATGCTTTGACTTGTTCTGTTTTTTTCAGGATGGTATGCAGAA

>TRINITY_DN126272_c2_g1_i17 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TGAGGAAAGCATCCTGTACTACCAATAATTCACACCAGAGAACCATAAGACCAGACAAGGGTATCAGAGCAGGGTGGGGGAAAAATGATGGCCGCGGTGATCAGAAGATTTTCTTCCAGTTCTAGGGCCTTGAGATGCCGAATGACTTTGAACGCTGCTGTGGATCACTCGAGATTCATGGCTTTCTGTACAACGACCTC
GACTTCGCCTTCGCCCTCCGTCGCAGAGCAAAGTACAGGTCCGCTTTTGCTTTATAAATCTATGGTTAGGCAAGGGGCACTGCAGTATGATCCTCAGCAAGAAAGGGTAGCTACAGATTTACAAGATCTTTTTGGGCAGTTGCATCAGTATGACAAAAATATGGAGAAGTATCATGCTAGGCTAGGCGAGTGGGAAAGAA
GGAGGAAACAACTACGACAAGAATTGCTGATGGAAGAGGCAGAGTCTAAGCAGCAGGGAGGTCTATGGAAAATGGTTGAAAACCGAGGTGACAGCTTGATTACGAAGTTGTTGTCACGGAAAGACAATGCTAATGGACATGTTTTATAATGCTACGGAGGGAGTTGTTAAACATCGATATAGATTGCACTTTCATGCGGC
CATGCTTGATGTGCATGATCGGATGCATAAAATCTGGAAGCACCAAAGTACTGAAAAATCCTTACAGGCAAGACTTTCCGGTTGGATTGCAAACCTTCCTGTTGAAGGAACTGTGAAAGAATGGCTAGCTGCACAGGAGAGATATGAGCAAGAGCTACATCTGGAAAATATTTTGCCTATTGTAGCAGATAGTCTTCTTA
ATATTGGAGAAGATAGTCACGAGGCAGGGGCAACCATTCTTTGTTTTGATGAAATTCAGGCAGTTGATGTATTCACAGTCGTGGCCCTTTCTGGAATTATAACTAGACTACTGAACAGGGGAACTGTGTTAGTAGCAACCAGTAATCGAGCTCCAGGAGATCTGAACCAGCTGACTAATTTGACATAAAAATGCCACTGG
GAGGGAAATCACTACATTTCACACAACATGCTTTGACTTGTTCTGTTTTTTTCAGGATGGTATGCAGAAGGAAATATTCACTAAATTCATTACAAAACTGGAGCAAAATTGTCAAAGGGTACTGGTTGGATGCGAAACTGACTACCGTCGTGTGATAGCCCATTCAAATTTTGATAAGGAACATTTCTTTTGGCCTTTGG
ATTCTCAATCACGTTCCAAATTTGAGAGAAGATGGCAGGACATCACAAGCCAACGTGGTGGCTTAATTACTCCAATGACTATACCCGTCATGTTTGGAAGGTTATTTGAGGTTCCTGAGAGTTGCAATGGGGTAGCACGCTTCACATTTAATCAGCTTTGTGGTCTTCCGGCAGTTGATGTATTCACAGTCGTGGCCCTT
TCTGGAATTATAACTAGACTACTGAACAGGGGAACTGTGTTAGTAGCAACCAGTAATCGAGCTCCAGGAGATCTGAACCAGgttttctaaacttcttatatagattcggtatttgtatgtcaaatcaaacttatgtatcatgttctatattcgtattcaacatgcattttacagtatgagttatttggtgttttgtcatt
tgttcttctagtcactatttaatattggcctataagtttttagcaagtgtttcattgaacttacagCTGACTAATTTGACATAAAAATGCCACTGGGAGGGAAATCACTACATTTCACACAACATGCTTTGACTTGTTCTGTTTTTTTCAGGATGGTATGCAGAA

Intron 8 GTATGCTTTC ... TCTCCTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	45.53	14.4	3.5	12
A2	47.1	12.4	4	11
A3	37.2	23.6	4.4	14
A4	65.22	8	1	15
A5	28.57	10	3.5	4
A6	43.75	9	0	7
A7	56.2	18.7	7	24
A8	47.84	19.6	8.6	18
A9	41.04	17.3	1.7	12
A10	44.44	5	5	4

>TRINITY_DN126272_c2_g1_i11 from sample A1 / Example spliced isoform

AACAGAGTAGGTTAACATTGTGCTTTTCAAATTTGAAAAGAATTTAAATTCGGAGGTGACGTTAATTTCAAGGCTTTTATGAAGCGGCCGTAAGTCAAAGAAGCAGAGCCTTCTTGAACACCATGTACTTCTCTATAGGTATATACCCTGTAAATTTGGAAATTAGATTTGCTAGTATTAATTGGTTCAGCTTTATGCAC
AATCCATCCATCATAAACATAGAACACCTACTAGCACTGCAGAAGACAAATGGGAATCGGGCTTAGCTCACAGGAGTCTACAATCGATATGGCTTTCTGCCAAGAGTAATTGAAGAGCCGCACATAGCTGATTTGAACAATGCAAAGGGTTGGAAAATAATTCCACACTCCGAACAAGATTGCCCATCATCCGGTGGGCA
TGTAGTTCAGAGGTAGAGCAGCCCACCAGCTTGGGATAGGTCTTGGGTTCAATTCTTAGCCCGTCCAATGTTTACCGTTCCAGCTTTTTGCACAAAGTCATTGAAGATCCATGCATAATTGATTCAAACAATGCATTGGAATCTTTCTTATAGTGTAGTTGGCAGTCAATACAAAAGAGGTATGGATATCTGAATTGGCT
ATGAATAGCCTCCAATGTCGACAGATTTATTCAAAGATGCAGCGATCACTTTTTTTTTGGATAAGTTGTCTTTTCAATTTCGTGTTATATCTCTGGAAGTCCACAGATCTTGGGTACTGTTTCAGGGTTATAAAACTTTTTTATTTACTGTTATCTAGGCTGGCTAAAGTAAATGCTTGCCATCTCAGTAACATCAATTC
AAATATAGTTTTCTCAACAATTAGCATATGGTGATTAGTTTCCAAGAAATTTGAAATCCTGTTAAACTATTTTTTTTCCCTCATATCCTTTTGTTTTCATTCCCTGTTATGTTACCGAAGTTCTTATAAATTGTTTAAAAAAAAAATTCTGTACCAGGTCCGCTTTTGCTTTATAAATCTATGGTTAGGCAAGGGGCACT
GCAGTATGATCCTCAGCAAGAAAGGGTAGCTACAGATTTACAAGATCTTTTTGGGCAGTTGCATCAGTATGACAAAAATATGGAGAAGTATCATGTATGCATCTCACAATCATCTCATTTGCAAGAGGTGTTCTGTAAGTTGAACCGTGAATTTGCAGTATGCATGCTTTTCTTCTGGAATCATGTTTTTTCTTTTTGTA
GGCTAGGCTAGGCGAGTGGGAAAGAAGGAGGAAACAACTACGACAAGAATTGCTGATGGAAGAGGCAGAGTCTAAGCAGCAGGGAGGTCTATGGAAAATGGTTGAAAACCGAGGTGACAGCTTGATTACGAAGTTGTTGTCACGGCCATGCTTGATGTGCATGATCGGATGCATAAAATCTGGAAGCACCAAAGTACTGA
AAAATCCTTACAGGCAAGACTTTCCGGTTGGATTGCAAACCTTCCTGTTGAAGGAACTGTGAAAGAATGGCTAGCTGCACAGGAGAGATATGAGCAAGAGCTACATCTGGAAAATATTTTGCCTATTGTAGCAGATAGTCTTCTTAATATTGGAGAAGATAGTCACGAGGCAGGGGCAACCATTCTTTGTTTTGATGAAA
TTCAGGCAGTTGATGTATTCACAGTCGTGGCCCTTTCTGGAATTATAACTAGACTACTGAACAGGGGAACTGTGTTAGTAGCAACCAGTAATCGAGCTCCAGGAGATCTGAACCAGCTGACTAATTTGACATAAAAATGCCACTGGGAGGGAAATCACTACATTTCACACAACATGCTTTGACTTGTTCTGTTTTTTCAG


GATGGTATGCAGAAGGAAATATTCACTAAATTCATTACAAAACTGGAGCAAAATTGTCAAAGGGTACTGGTTGGATGCGAAACTGACTACCGTCGTGTGATAGCCCATTCAAATTTTGATAAGGAACATTTCTTTTGGCCTTTGGATTCTCAATCACGTTCCAAATTTGAGAGAAGATGGCAGGACATCACAAGCCAACG
TGGTGGCTTAATTACTCCAATGACTATACCCGTCATGTTTGGAAGGTTATTTGAGGTTCCTGAGAGTTGCAATGGGGTAGCACGCTTCACATTTAATCAGCTTTGTGGTCTTCCGGTGGGTGCAGCAGATTACATTGCAATAGCTCAAAATTATCATACTGTATTTATTGCGGACATTCCCACAATGAGCATGCGAATTA
GTGATAAGGCAAGAAGGTTTATTACCTTAGTGGATGAACTCTACAACCATCACTGTTGCCTTATTTGCACTGCAGCTTCATCTATTGATGATCTATTTCTGGGAGCAGATGAAGGAACACTATTTGACTTGGAGAGCTTTCAGTTTGAAACAGAGATGGAGGAAACAAAACTCCGCCGAGATGTGTTATCACCAGGTGAT
GTGGCACCTGTTGCATCAACTAATGAAGCTCGAGCAAGCATCCAATCTCTTCTTTCTGGGCGTGAGGAGATGTTTGCTTTTCGACGAGCGGTGTCAAGGTTGATAGAGATGCAGACACCAGGCTATCTTCAAGGAGTGAGGTTTCATCCTCGATTTGAAAGACTAGTATAAAATTATTAAAGATTGAATTCTTTTAAATA
TTCCTTGTACAAAAATTCTTTGTTGCGTCAAAAATAGACCGTTGGGTTGCTACACACACACAACTGTTGTATGTGTATGTGTTTCATATTTATGGGACCGAGGTTAGATCTTCTGTTTTGAGGATCATAACGCAGACTTGTGAGACTAATTCTTTCAATTAATATTGACCATTATATTCCTTGATTGTGTAGTTCCAAGA
AAACTGTAGCTACATTGCTCTGTTCTTTTACCATCACATCCATAGATACTACTTCATCCTTTGTCCCAGAGATCATAATTTAAGAAAGATTTTAATTCAGTTAATAATGTTATTGTCATTCTTATATTTTCATGGCCGCAAAAAAATTCTTTAATCTGAGTACTCACAAGCTATACTTGCCATCTCATTTCTTTCTGCAT
TGGGATGGTTAATTTGCTTTGATTTTCTACAATATAACAAACATTTAATGCTGTGTTTTGGACATGCTTTGATTCTTTTTTAAAATCAACCATTTAATTTCATCATTCACAAATGCAATTTGAGCGCAAGTGCTATA

>TRINITY_DN126272_c2_g1_i13 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GCCTATAAGTTTTTAGCAAGTGTTTCATTGAACTTACAGCTGACTAATTTGACATAAAAATGCCACTGGGAGGGAAATCACTACATTTCACACAACATGCTTTGACTTGTTCTGTTTTTTCAGgtatgctttcttctaggtatggttgcagagtaattctgtaaattctatcttgtcataaaaaactactcttaatggtt
ttcccttaattgcctagttggatagattgtatggatataacatgactgaatagttaggcgaaaacatattcaatttttactatccagtcatcttcattactgtgtacatttgtagataatgccattcatgcattcatttcacatctggattagtatcacgatccttcaaatttctctcctgtagGATGGTATGCAGAAGG
AAATATTCACTAAATTCATTACAAAACTGGAGCAAAATTGTCAAAGGGTACTGGTTGGATGCGAAACTGACTACCGTCGTGTGATAGCCCATTCAAATTTTGATAAGGTGCACCTTTAATTATTCAACGTCTGGCTACTTGTTTCAAATGATCTCCAGTAAATGTTTTAGTGCTGATCAATAATTCTGTAAGCAGCAGAA
TATGTTTTTTTGAGATGTCTTGTTTATAATCTTTTTCTTTGTAAGCAAGTGTTTGAGGGCTTCTAGATGCCTGGAGTGGGGAACTCTGTCTTAGTTTGCTTTGGTTGTTGGGACACTGGAGTTTGACATTAATGAAATATTGTAGGCCTGTAAATTAAGCACACGCCCATGAAACAATACTTGCATCCAAAGTTCCCTAA
AGGAAAAATTTATCCCGCTTTGCTGTTGTGCCACGAACAATATTTCACAAAATGTGGTGCCCATATGACTTAACCAGACACTGAAAGCTTGAGGAATATGCTAGAGGATATTTGTGAGATGGATTTGAAAACCCTCCAGATGCTGATCACGATGAGCCTTCTGTCACTGGAGTGTCTAGACTCTAAACAATATTCAAGAT
CTCTCTAGTCATACACCGTGCATTCTCTTTGAGCAGTCGATTAGTCATTCCAAGCGATGCTCACCAGTTTGC

Intron 9 GTATGCATCT ... CTTTTTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	35.66	46	24	27
A2	34.62	17	3	15
A3	32.26	21	7	13
A4	37.14	11	7	6
A5	70	3	6	8
A6	16	21	5	3
A7	11.93	48	5	8
A8	18.28	38	5	12
A9	23.36	41	10	15
A10	20.66	48	15	10

>TRINITY_DN126272_c2_g1_i19 from sample A1 / Example spliced isoform

TGAGGAAAGCATCCTGTACTACCAATAATTCACACCAGAGAACCATAAGACCAGACAAGGGTATCAGAGCAGGGTGGGGGAAAAATGATGGCCGCGGTGATCAGAAGATTTTCTTCCAGTTCTAGGGCCTTGAGATGCCGAATGACTTTGAACGCTGCTGTGGATCACTCGAGATTCATGGCTTTCTGTACAACGACCTC
GACTTCGCCTTCGCCCTCCGTCGCAGAGCAAAGTACAGGTCCGCTTTTGCTTTATAAATCTATGGTTAGGCAAGGGGCACTGCAGTATGATCCTCAGCAAGAAAGGGTAGCTACAGATTTACAAGATCTTTTTGGGCAGTTGCATCAGTATGACAAAAATATGGAGAAGTATCATGCTAGGCTAGGCGAGTGGGAAAGAA
GGAGGAAACAACTACGACAAGAATTGCTGATGGAAGAGGCAGAGTCTAAGCAGCAGGGAGGTCTATGGAAAATGGTTGAAAACCGAGGTGACAGCTTGATTACGAAGTTGTTGTCACGGAAAGACAATGCTAATGGACATGTTTTATAATGCTACGGAGGGAGTTGTTAAACATCGATATAGATTGCACTTTCATGCGGC
CATGCTTGATGTGCATGATCGGATGCATAAAATCTGGAAGCACCAAAGTACTGAAAAATCCTTACAGGCAAGACTTTCCGGTTGGATTGCAAACCTTCCTGTTGAAGGAACTGTGAAAGAATGGCTAGCTGCACAGGAGAGATATGAGCAAGAGCTACATCTGGAAAATATTTTGCCTATTGTAGCAGATAGTCTTCTTA
ATATTGGAGAAGATAGTCACGAGGCAGGGGCAACCATTCTTTGTTTTGATGAAATTCAGGTAAATACAATTCTGAAACATGTATGGATGCTACTTATCATACATAAACTTTCAATTGCTTCATGACTATGCAGTATTCCACGGGGATGCGTTCCGCAGGGTCAAGGACGTGCCCCACACCCCTGGG

>TRINITY_DN126272_c2_g1_i24 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AACAGAGTAGGTTAACATTGTGCTTTTCAAATTTGAAAAGAATTTAAATTCGGAGGTGACGTTAATTTCAAGGCTTTTATGAAGCGGCCGTAAGTCAAAGAAGCAGAGCCTTCTTGAACACCATGTACTTCTCTATAGGTATATACCCTGTAAATTTGGAAATTAGATTTGCTAGTATTAATTGGTTCAGCTTTATGCAC
AATCCATCCATCATAAACATAGAACACCTACTAGCACTGCAGAAGACAAATGGGAATCGGGCTTAGCTCACAGGAGTCTACAATCGATATGGCTTTCTGCCAAGAGTAATTGAAGAGCCGCACATAGCTGATTTGAACAATGCAAAGGGTTGGAAAATAATTCCACACTCCGAACAAGATTGCCCATCATCCGGTGGGCA
TGTAGTTCAGAGGTAGAGCAGCCCACCAGCTTGGGATAGGTCTTGGGTTCAATTCTTAGCCCGTCCAATGTTTACCGTTCCAGCTTTTTGCACAAAGTCATTGAAGATCCATGCATAATTGATTCAAACAATGCATTGGAATCTTTCTTATAGTGTAGTTGGCAGTCAATACAAAAGAGGTATGGATATCTGAATTGGCT
ATGAATAGCCTCCAATGTCGACAGATTTATTCAAAGATGCAGCGATCACTTTTTTTTTGGATAAGTTGTCTTTTCAATTTCGTGTTATATCTCTGGAAGTCCACAGATCTTGGGTACTGTTTCAGGGTTATAAAACTTTTTTATTTACTGTTATCTAGGCTGGCTAAAGTAAATGCTTGCCATCTCAGTAACATCAATTC
AAATATAGTTTTCTCAACAATTAGCATATGGTGATTAGTTTCCAAGAAATTTGAAATCCTGTTAAACTATTTTTTTTCCCTCATATCCTTTTGTTTTCATTCCCTGTTATGTTACCGAAGTTCTTATAAATTGTTTAAAAAAAAAATTCTGTACCAGGTCCGCTTTTGCTTTATAAATCTATGGTTAGGCAAGGGGCACT
GCAGTATGATCCTCAGCAAGAAAGGGTAGCTACAGATTTACAAGATCTTTTTGGGCAGTTGCATCAGTATGACAAAAATATGGAGAAGTATCATgtatgcatctcacaatcatctcatttgcaagaggtgttctgtaagttgaaccgtgaatttgcagtatgcatgcttttcttctggaatcatgttttttctttttgta
gGCTAGGCTAGGCGAGTGGGAAAGAAGGAGGAAACAACTACGACAAGAATTGCTGATGGAAGAGGCAGAGTCTAAGCAGCAGGGAGGTCTATGGAAAATGGTTGAAAACCGAGGTGACAGCTTGATTACGAAGTTGTTGTCACGGTAATTACTATTCTCTTATATGCATGAGAATTGTCAAATGGTTTTGGTTGGAGGTA
GAGATGTATAATTACTAATTTCTAGAGCAATACATTCTACTTCCTGTTGGTTTGGCTTTAATATTGCAGTAATTAATTATATTGCTATTGAAGTGTTGGGAAACAAGGCTATTGAGCAAAGCATTGTTGTCTTCATTCATGATGGAAGGTTTTACTCTTTGTTTCTAATTGGAGCAGTACATATATATTTATTAATTGCT
GGATTGTGTTTACAATTACATGCACAATGGCACATATACAAGTGCTGGGTAATGCCATCACTTATTATTGCTTTGAGTTTTGATGATTAGTGAATAGATGGAGTGGCTATCATTTAAACACATGAGGAGATATTCATTGTCTTTTTTAAATCAAGAAACCATTAAAACCAGTATTGTTGTGGAATCAAGTGCTCTATAAA
GCTTGGTGTGGGGCAGCCTTGATACTTGGCTACCATAGTTCAGAGCAAGAGACCAATGAACCAATTGAGAACAAAGCCTTTCTTTTCTGCTTGTTGATGGATGGAGGTAGAGCCATTTCTGATATGACTAACAACAAAGGTTCTTAAACTCAGGGACCTGTTGGCCAGTATTGTTGTGGAATCAAGTGCTCTATAAAGCT
TGGTGTGGGGCAGCCTTGATACTTGGCTACCATAGTTCAGAGCAAGAGACCAATGAACCAATTGACAACAAATCCTTTCTTTTCTGCTTGTTGATGGATGGAGGTAGAGCCATTTCTGATATGACTAACAACAAAGGTTCTTAAACTCAGGGACCTGTTGGTCATTGCATTTTAACTTGTTGCTTGTGTGCAGGTTACAC
AGATAAAGGAACATAAGTCT

Intron 10 GTTTTCTAAA ... GTTTTTTCAG

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>TRINITY_DN113904_c0_g2_i6 from sample A2 / Example spliced isoform

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TTGCTGATGGAAGAGGCAGAGTCTAAGCAGCAGGGAGGTCTATGGAAAATGGTTGAAAACCGAGGTGACAGCTTGATTACGAAGTTGTTGTCACGGAAGAAAAATGCGCGGGCAGAACCAGGTACAGGAAGAATGGTATCATACCTTAAGAGAGAGAAAAAGCTAGATTCGTTTGTTGGTCCTCGTCCAGTTGCACCACC
TCCTCCTAAAGGACTATACCTGTATGGAAATGTTGGCTGTGGAAAGACAATGCTAATGGACATGTTTTATAATGCTACGGAGGGAGTTGTTAAACATCGATATAGATTGCACTTTCATGCGGCCATGCTTGATGTGCATGATCGGATGCATAAAATCTGGAAGCACCAAAGTACTGAAAAATCCTTACAGGCAAGACTTT
CCGGTTGGATTGCAAACCTTCCTGTTGAAGGAACTGTGAAAGAATGGCTAGCTGCACAGGAGAGATATGAGCAAGAGCTACATCTGGAAAATATTTTGCCTATTGTAGCAGATAGTCTTCTTAATATTGGAGAAGATAGTCACGAGGCAGGGGCAACCATTCTCTGTTTTGATGAAATTCAGGCAGTTGATGTATTCACA
GTCGTGGCCCTTTCTGGAATTATAACTAGACTACTGAACAGGGGAACTGTGTTAGTAGCAACCAGTAATCGAGCTCCAGGAGATCTGAACCAGGATGGTATGCAGAAGGAAATATTCACTAAATTCATTACAAAACTGGAGCAAAATTGTCAAAGGGTACTGGTTGGATGCGAAACTGACTACCGTCGTGTGATAGCCCA
TTCAAATTTTGATAAGGAACATTTCTTTTGGCCTTTGGATTCTCAATCACGTTCCAAATTTGAGAGAAGATGGCAGGACATCACAAGCCAACGTGGTGGCTTAATTACTCCAATGACTATACCCGTCATGTTTGGAAGGTTATTTGAGGTTCCTGAGAGTTGCAATGGGGTAGCACGCTTCACATTTAATCAGCTTTGTG
GTCTTCCGGTGGGTGCAGCAGATTACATTGCAATAGCTCAAAATTATCATACTGTATTTATTGCGGACATTCCCACAATGAGCATGCGAATTAGTGATAAGGCAAGAAGGTTTATTACCTTAGTGGATGAACTCTACAACCATCACTGTTGCCTTATTTGCACTGCAGCTTCATCTATTGATGATCTATTTCTGGGAGCA
GATGAAGGAACACTATTTGACTTGGAGAGCTTTCAGTTTGAAACAGAGATGGAGGAAACAAAACTCCGCCGAGATGTGTTATCACCAGGTGATGTGGCACCTGTTGCATCAACTAATGAAGCTCGAGCAAGCATCCAATCTCTTCTTTCTGGGCGTGAGGAGATGTTTGCTTTTCGACGAGCGGT

>TRINITY_DN113904_c0_g2_i14 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AATAATTCACACCAGAGAACCATAAGACCAGACAAGGGTATCAGAGCAGGGTGGGGGAAAAATGATGGCCGCGGTGATCAGAAGATTTTCTTCCAGTTCTAGGGCCTTGAGATGCCGAATGACTTTGAACGCTGCTGTGGATCACTCGAGATTCATGGCTTTCTGTACAACGACCTCGACTTCGCCTTCGCCCTCCGTCG
CAGAGCAAAGTACAGGTCCGCTTTTGCTTTATAAATCTATGGTTAGGCAAGGGGCACTGCAGTATGATCCTCAGCAAGAAAGGGTAGCTACAGATTTACAAGATCTTTTTGGGCAGTTGCATCAGTATGACAAAAATATGGAGAAGTATCATGCTAGGCTAGGCGAGTGGGAAAGAAGGAGGAAACAACTACGACAAGAA
TTGCTGATGGAAGAGGCAGAGTCTAAGCAGCAGGGAGGTCTATGGAAAATGGTTGAAAACCGAGGTGACAGCTTGATTACGAAGTTGTTGTCACGGAAGAAAAATGCGCGGGCAGAACCAGGTACAGGAAGAATGGTATCATACCTTAAGAGAGAGAAAAAGCTAGATTCGTTTGTTGGTCCTCGTCCAGTTGCACCACC
TCCTCCTAAAGGACTATACCTGTATGGAAATGTTGGCTGTGGAAAGACAATGCTAATGGACATGTTTTATAATGCTACGGAGGGAGTTGTTAAACATCGATATAGATTGCACTTTCATGCGGCCATGCTTGATGTGCATGATCGGATGCATAAAATCTGGAAGCACCAAAGTACTGAAAAATCCTTACAGGCAAGACTTT
CCGGTTGGATTGCAAACCTTCCTGTTGAAGGAACTGTGAAAGAATGGCTAGCTGCACAGGAGAGATATGAGCAAGAGCTACATCTGGAAAATATTTTGCCTATTGTAGCAGATAGTCTTCTTAATATTGGAGAAGATAGTCACGAGGCAGGGGCAACCATTCTCTGTTTTGATGAAATTCAGGCAGTTGATGTATTCACA
GTCGTGGCCCTTTCTGGAATTATAACTAGACTACTGAACAGGGGAACTGTGTTAGTAGCAACCAGTAATCGAGCTCCAGGAGATCTGAACCAGgttttctaaacttcttatatagattcggtatttgtatgtcaaatcaaacttatgtatcatgttctatattcgtattcaacatgcattttacagtatgagttatttgg
tgttttgtcatttgttcttctagtcactatttaatatttgcctataagtttttagcaagtgtttcattgaacttacagctgactaatttgacataaaaatgccactgggagggaaatcactacatttcacacaacatgctttgacttgttctgttttttcagGATGGTATGCAGAAGGAAATATTCACTAAATTCATTAC
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TTGGAAGGTTATTTGAGGTTCCTGAGAGTTGCAATGGGGTAGCACGCTTCACATTTAATCAGCTTTGTGGTCTTCCGGTGGGTGCAGCAGATTACATTGCAATAGCTCAAAATTATCATACTGTATTTATTGCGGACATTCCCACAATGAGCATGCGAATTAGTGATAAGGCAAGAAGGTTTATTACCTTAGTGGATGAA
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