sp|F4I313|SCY2A_ARATH ----> SCY1-like protein 2 A

Intron 1 GTTATCTGCT ... TCCTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	13.13	139	0	21
A2	11.43	124	0	16
A3	12.2	144	0	20
A4	5.77	98	1	6
A5	12.31	57	0	8
A6	23.58	81	0	25
A7	19.72	171	0	42
A8	22.09	127	0	36
A9	22.65	140	0	41
A10	17.14	174	0	36

>TRINITY_DN118864_c1_g1_i13 from sample A3 / Example spliced isoform

ATGAACGCCAGAGTATCATGGTGGGATTTCCAACTCTGGCGTAAGCGCATCCTTGCCTAGTAGAGGAGAGTAGAGCAGGGCAGGGAAAGGTTCGGGATCTGGTGAACCGGTGAGCAACAACAGAGGCAGGAGCAATTGGAAGATATCGAGGCCGGGAAAATGCTGAAATTTCTGAAGGGCGTGGTAGCGGGATCCGGAGG
CGGAGGACTGAAAGAACTTCCCTACAATATCGGGGAGCCTTACTCATCTGCCTGGGGATCATGGACACACTATCGCGGAACTTCCAAGGATGATGGCAGCTTGGTATCAATATTTTCTCTGTCAGGAAGTAATGCTCAGGATGGGCACCTGATGGCTGCTCGCAATGGTGTCAAGCGTCTTCGAACTGTACGGCATCCCA
ATGTGTTATCATTTCTGCACAGTGCAGAGGTCGAAGTTGTTGAAGGTTCCACTGTCAGGCCTACTATTTATATTGTGACTGAACCTGTCATGCCTCTTTCTGAAAAGATAAAGGAGCTTGGTCTTGAAGGTACACAGAGGGATGAGTATTATGCCTGGGGACTGCATCAAATAGCTAAAGCTGTTAGCTTCCTCAACAAT
GATTGTAAGCTTGTTCATAGTAATGTATGTCTGGAGTCTGTGGTGGTAACGCCAACATTGGATTGGAAGCTTCATGCATTTGATGTTCTCTCTGAATTTGATGGGCATAATGAAGCTGCTACTGGACCCATGCTGCAATTTGAATGGCTTATAGGAGCACAATACAAGCCACTCGAGCTATTGAAGAATGATTGGGCGAC
AATCAGGAAGTCACCACCTTGGGCAGTGGATTCATGGGGCATGGGTTGCTTGATCTTTGAGTTATTTTCTGCAACTAAGCTGGCTAGAACAGAGGAGCTCCGCAATATCGGGTCTGTCCCAAAGACTTTGCTTCCAGATTATCAGAGGCTCTTGAGTTCGACACCAGCAAGGAGACTGAATACTGCAAAATTAATTGAGA
ATAGTGATTATTTTCACAATAAGCTAGTTGAAACAATTCAATTTATGGAGGTCCTTAATTTAAAAGACAGCATGGAGAAGGATTCCTTTTTTCGCAAGCTTCCAAATCTTGCTGAGCAGCTACCCCGTCAAATTGTGTTGAAGAAGTTGCTTCCAATGTTGGCATCATCATTGGAATTTGGTTCTGCGGCTGCTCCTGCT
TTAAACTCCTTGCTGAAATTGGGTTCATGGCTATCAACAGATGAGTTCAATTCAAAGGTCCTGCCAACAATTGTTAAGCTTTTTGCCTCCAGCGATCGAGCCATACGAGTTGGCCTTTTGCAACATATTGATCAGTATGGAACTTCATTATCAGCTTCGATTGTTGATGAACAAGTTTATGTTCATGTTGCAACAGGCTT
CTCAGATACCTCTGCATTTCTGCGAGAACTCACACTTAAGTCTATGCTGATTCTTATTCCAAAGGTCAGAAATTCACTCTTATTACATTTTGAGCTATGTTAGTTGAAAACAATTAAGGGAAACCGACA

>TRINITY_DN118864_c1_g1_i11 from sample A3 / Example unspliced isoform:

ACAGATGAGTTCAATTCAAAGgttatctgctctttatctatattgtgctatcttgtgtagccgtaaggactctacgtaggaatgttattattaaatcgctttagatttgttgctgttgctgaaaagtcatatttaggtgagagacggctgctaatcatgtcaactcgttttatatgtaaaagcttatgacagtgcttggt
tacaggtcagatatttatattttgctctgctgtgatcctgtgcagGTCCTGCCAACAATTGTTAAGCTTTTTGCCTCCAGCGATCGAGCCATACGAGTTGGCCTTTTGCAACATATTGATCAGTATGGAACTTCATTATCAGCTTCGATTGTTGATGAACAAGTTTATGTTCATGTTGCAACAGGCTTCTCAGATACCTC
TGCATTTCTGCGAGAACTCACACTTAAGTCTATGCTGATTCTTATTCCAAAGGTCAGAAATTCACTCTTATTACATTTTGAGCTATGTTAGTTGAAAACAATTAAGGGAAACCGACA

Intron 2 GTATAGACTC ... TGACATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.04	99.5	1	26
A2	22.54	84	2	23
A3	20.34	88	7	21
A4	22.95	69.5	0	20
A5	37.02	27.5	1	16
A6	17.22	75.5	4	15
A7	22.13	163	0	45
A8	24.54	131.5	1	41
A9	14.32	172	0	28
A10	18.47	149.5	0	33

>TRINITY_DN118864_c1_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

ATGAACGCCAGAGTATCATGGTGGGATTTCCAACTCTGGCGTAAGCGCATCCTTGCCTAGTAGAGGAGAGTAGAGCAGGGCAGGGAAAGGTTCGGGATCTGGTGAACCGGTGAGCAACAACAGAGGCAGGAGCAATTGGAAGATATCGAGGCCGGGAAAATGCTGAAATTTCTGAAGGGCGTGGTAGCGGGATCCGGAGG
CGGAGGACTGAAAGAACTTCCCTACAATATCGGGGAGCCTTACTCATCTGCCTGGGGATCATGGACACACTATCGCGGAACTTCCAAGGATGATGGCAGCTTGGTATCAATATTTTCTCTGTCAGGAAGTAATGCTCAGGATGGGCACCTGATGGCTGCTCGCAATGGTGTCAAGCGTCTTCGAACTGTACGGCATCCCA
ATGTGTTATCATTTCTGCACAGTGCAGAGGTCGAAGTTGTTGAAGGTTCCACTGTCAGGCCTACTATTTATATTGTGACTGAACCTGTCATGCCTCTTTCTGAAAAGATAAAGGAGCTTGGTCTTGAAGGTACACAGAGGGATGAGTATTATGCCTGGGGACTGCATCAAATAGCTAAAGCTGTTAGCTTCCTCAACAAT
GATTGTAAGCTTGTTCATAGTAATGTATGTCTGGAGTCTGTGGTGGTAACGCCAACATTGGATTGGAAGCTTCATGCATTTGATGTTCTCTCTGAATTTGATGGGCATAATGAAGCTGCTACTGGACCCATGCTGCAATTTGAATGGCTTATAGGAGCACAATACAAGCCACTCGAGCTATTGAAGAATGATTGGGCGAC
AATCAGGAAGTCACCACCTTGGGCAGTGGATTCATGGGGCATGGGTTGCTTGATCTTTGAGTTATTTTCTGCAACTAAGCTGGCTAGAACAGAGGAGCTCCGCAATATCGGGTCTGTCCCAAAGACTTTGCTTCCAGATTATCAGAGGCTCTTGAGTTCGACACCAGCAAGGAGACTGAATACTGCAAAATTAATTGAGA
ATAGTGATTATTTTCACAATAAGCTAGTTGAAACAATTCAATTTATGGAGGTCCTTAATTTAAAAGACAGCATGGAGAAGGATTCCTTTTTTCGCAAGCTTCCAAATCTTGCTGAGCAGCTACCCCGTCAAATTGTGTTGAAGAAGTTGCTTCCAATGTTGGCATCATCATTGGAATTTGGTTCTGCGGCTGCTCCTGCT
TTAAACTCCTTGCTGAAATTGGGTTCATGGCTATCAACAGATGAGTTCAATTCAAAGGTCCTGCCAACAATTGTTAAGCTTTTTGCCTCCAGCGATCGAGCCATACGAGTTGGCCTTTTGCAACATATTGATCAGTATGGAACTTCATTATCAGCTTCGATTGTTGATGAACAAGTTTATGTTCATGTTGCAACAGGCTT
CTCAGATACCTCTGCATTTCTGCGAGAACTCACACTTAAGTCTATGCTGATTCTTATTCCAAAGCATAACTCAACTTGGTGAATCAACCTTTGTATTGCTCGGCATAACTTGTTGGCACCGTGATCCTTTCCAGATGCAGAATGTTTACAGATTTATCCCAACGCACTATCACGGGATCATTGTTAAAGTACCTTTCTAA
GCTACAGGTGGATGAAGAGCCAGCAATAAGAACGAACACAACAATATTGCTTGGAAACATTGCTAGCTATCTTAATGAGGGGACAAGGAGGCGGGTTTTGATAAATGCATTTACTGTCCGTGCACTTCGGGATGGATTTGCACCAGCACGAGCAGCAGGATTGATGGCTCTAAGCGCAACTAGTTCATATTATGACCCTG
CAGAGATTGCAACTCGCATCTTACCTAACGTTGTTGTGCTGACTGTTGATCCAGACAGCAATGTGAGATGTAAAGCTTTCGAGGCAATTGATTTGTTTTTGCAAAGTGTGAAACAGCATCATGAGAAGTTGAATGTTGGAGATGCAGCTACAGACAATGGAGGGCTACCAAGAGTTGGCAGTGCAAGTTTGCTTGGTTGG
GCAATGAGCTCTTTGACATTAAAGGGGAAGGGGTCTGAACAAATTCTAGCTTCATCTTCCAATTCTGTTGTAGCTTCAGCACAGCAAGTAACCACATCTTCTAATAACTCAGCATTATATGTTTCAGATACTCCAGCAACAAATCTTTCATCCGCAATTGACCATATTGATCATCCTCCTCCATCACCGACCTCAACAGA
TGGGTGGGGAGAGATTGATGAGAACGGAGTGCAAGAAGAGGAAAGTGACAAGGATGGGTGGGATGATTTAGAAGTAATGGAAGAGAAAAAACCACCTGCTGCTCTTGCAAATATACATGCTGCACAGCAAAGGCCCATTGTCCAGCCTAAATTACCAGGTGCAAACAGTTTACCTTCTAGACATCAAAGCAGAGTATCTA
AGGTTGTGACCAAGGTAAGTGATGATGAAGATCCCTGGGCTGCAATCGCTGCCCCTCAACCTACAACTAAGGCAAAATCTCTTTCTGTAACATCAGCAAGTTCCCGTGATGATGATGATCCATGGGCTTCCATTGCTGCCCCTCCACCTTCCACCACAATAAAACCCCTTTCTGCAACAACTGCACGTATCAGGTCATCT
TCAGAGAACAGCAATAGATCAAATTCAGCAAATATTCATCCTTCAGGTTCTGGAAGAGGTCGTGGTAGTAAGACTGCTCCCATGAAATTGGGTGCACAGCGGTTGAATCGCAACTCTGACCCATGAACGAAAAGATGGTTAGATTAATCTCCTGAGTGATTGGTTTGCTAATTTTCAGATATATGTATAACATTCTTTAT
GAATATTAGAAATAAAGTTCTTGTTCCACCTGTAAGCATAACAAAACGTTATCTTTCCCAGCTTAAGTGATGTCTAGTTGATTCGATTTGTATTACTGAGTATGTTGTGCAGTCTATCAGAGATTTTCTTCATTAAATGTATTCTAGCAGTGATTCTTCCTTCTTTTGATTCTAAGCAAGAAGTGCATGGGCATGCCCTA
CAGTAATCAAAGTTTTACTTTGTCTTGAACAGTATCTACATCAGCATATGCAACAAGATGTGTATTTGCATATCTATGTAACATGTCTGTATGCAGTTCAAATTGGGCTACAATTGCACTTGTATATTACCTTTTTATCATGATATCACTGATGGTAACCATGCATAATCCTTAATGAAATCC

>TRINITY_DN118864_c1_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:

ATGAACGCCAGAGTATCATGGTGGGATTTCCAACTCTGGCGTAAGCGCATCCTTGCCTAGTAGAGGAGAGTAGAGCAGGGCAGGGAAAGGTTCGGGATCTGGTGAACCGGTGAGCAACAACAGAGGCAGGAGCAATTGGAAGATATCGAGGCCGGGAAAATGCTGAAATTTCTGAAGGGCGTGGTAGCGGGATCCGGAGG
CGGAGGACTGAAAGAACTTCCCTACAATATCGGGGAGCCTTACTCATCTGCCTGGGGATCATGGACACACTATCGCGGAACTTCCAAGGATGATGGCAGCTTGGTATCAATATTTTCTCTGTCAGGAAGTAATGCTCAGGATGGGCACCTGATGGCTGCTCGCAATGGTGTCAAGCGTCTTCGAACTGTACGGCATCCCA
ATGTGTTATCATTTCTGCACAGTGCAGAGGTCGAAGTTGTTGAAGGTTCCACTGTCAGGCCTACTATTTATATTGTGACTGAACCTGTCATGCCTCTTTCTGAAAAGATAAAGGAGCTTGGTCTTGAAGGTACACAGAGGGATGAGTATTATGCCTGGGGACTGCATCAAATAGCTAAAGCTGTTAGCTTCCTCAACAAT
GATTGTAAGCTTGTTCATAGTAATGTATGTCTGGAGTCTGTGGTGGTAACGCCAACATTGGATTGGAAGCTTCATGCATTTGATGTTCTCTCTGAATTTGATGGGCATAATGAAGCTGCTACTGGACCCATGCTGCAATTTGAATGGCTTATAGGAGCACAATACAAGCCACTCGAGCTATTGAAGAATGATTGGGCGAC
AATCAGGAAGTCACCACCTTGGGCAGTGGATTCATGGGGCATGGGTTGCTTGATCTTTGAGTTATTTTCTGCAACTAAGCTGGCTAGAACAGAGGAGCTCCGCAATATCGGGTCTGTCCCAAAGACTTTGCTTCCAGATTATCAGAGGCTCTTGAGTTCGACACCAGCAAGGAGACTGAATACTGCAAAATTAATTGAGA
ATAGTGATTATTTTCACAATAAGCTAGTTGAAACAATTCAATTTATGGAGGTCCTTAATTTAAAAGACAGCATGGAGAAGGATTCCTTTTTTCGCAAGCTTCCAAATCTTGCTGAGCAGCTACCCCGTCAAATTGTGTTGAAGAAGTTGCTTCCAATGTTGGCATCATCATTGGAATTTGGTTCTGCGGCTGCTCCTGCT
TTAAACTCCTTGCTGAAATTGGGTTCATGGCTATCAACAGATGAGTTCAATTCAAAGGTCCTGCCAACAATTGTTAAGCTTTTTGCCTCCAGCGATCGAGCCATACGAGTTGGCCTTTTGCAACATATTGATCAGTATGGAACTTCATTATCAGCTTCGATTGTTGATGAACAAGTTTATGTTCATGTTGCAACAGGCTT
CTCAGATACCTCTGCATTTCTGCGAGAACTCACACTTAAGTCTATGCTGATTCTTATTCCAAAGCATAACTCAACTTGGTGAATCAACCTTTGTATTGCTCGGCATAACTTGTTGGCACCGTGATCCTTTCCAGATGCAGAATGTTTACAGATGTGTAGATTTTTCTCATCAATCAAGTAGTTGCTTATTATTTTATTGA
GTTAGTGAAGATATGAATAGTTGGAAAACTATTTTGGGCTCAATAAATGGTAGTCCTTACGCTTTGAGCATGATTGATTGCAGTTATCCCAACGCACTATCACGGGATCATTGTTAAAGTACCTTTCTAAGCTACAGgtatagactctttgcaatttcaaatgattctcaaaagttttgtggcaagatgggcctttcttt
gtattcaattggtgtgtgtcatcataagggagcacactagtaatttcctatcattctcatctttttattaattctaacaatttcaacctttgatattgaaacaaagtaatgatataataattagaagctgggaaatttctccactaggctgaatatagctcatgtttgtggggtgcttttgacatacagGTGGATGAAGA
GCCAGCAATAAGAACGAACACAACAATATTGCTTGGAAACATTGCTAGCTATCTTAATGAGGGGACAAGGAGGCGGGTTTTGATAAATGCATTTACTGTCCGTGCACTTCGGGATGGATTTGCACCAGCACGAGCAGCAGGATTGATGGCTCTAAGCGCAACTAGTTCATATTATGACCCTGCAGAGATTGCAACTCGCA
TCTTACCTAACGTTGTTGTGCTGACTGTTGATCCAGACAGCAATGTGAGATGTAAAGCTTTCGAGGCAATTGATTTGTTTTTGCAAAGTGTGAAACAGCATCATGAGAAGTTGAATGTTGGAGATGCAGCTACAGACAATGGAGGGCTACCAAGAGTTGGCAGTGCAAGTTTGCTTGGTTGGGCAATGAGCTCTTTGACA
TTAAAGGGGAAGGGGTCTGAACAAATTCTAGCTTCATCTTCCAATTCTGTTGTAGCTTCAGCACAGCAAGTAACCACATCTTCTAATAACTCAGCATTATATGTTTCAGATACTCCAGCAACAAATCTTTCATCCGCAATTGACCATATTGATCATCCTCCTCCATCACCGACCTCAACAGATGGGTGGGGAGAGATTGA
TGAGAACGGAGTGCAAGAAGAGGAAAGTGACAAGGATGGGTGGGATGATTTAGAAGTAATGGAAGAGAAAAAACCACCTGCTGCTCTTGCAAATATACATGCTGCACAGCAAAGGCCCATTGTCCAGCCTAAATTACCAGGTGCAAACAGTTTACCTTCTAGACATCAAAGCAGAGTATCTAAGGTTGTGACCAAGGTAA
GTGATGATGAAGATCCCTGGGCTGCAATCGCTGCCCCTCAACCTACAACTAAGGCAAAATCTCTTTCTGTAACATCAGCAAGTTCCCGTGATGATGATGATCCATGGGCTTCCATTGCTGCCCCTCCACCTTCCACCACAATAAAACCCCTTTCTGCAACAACTGCACGTATCAGGTCATCTTCAGAGAACAGCAATAGA
TCAAATTCAGCAAATATTCATCCTTCAGGTTCTGGAAGAGGTCGTGGTAGTAAGACTGCTCCCATGAAATTGGGTGCACAGCGGTTGAATCGCAACTCTGACCCATGAACGAAAAGATGGTTAGATTAATCTCCTGAGTGATTGGTTTGCTAATTTTCAGATATATGTATAACATTCTTTATGAATATTAGAAATAAAGT
TCTTGTTCCACCTGTAAGCATAACAAAACGTTATCTTTCCCAGCTTAAGTGATGTCTAGTTGATTCGATTTGTATTACTGAGTATGTTGTGCAGTCTATCAGAGATTTTCTTCATTAAATGTATTCTAGCAGTGATTCTTCCTTCTTTTGATTCTAAGCAAGAAGTGCATGGGCATGCCCTACAGTAATCAAAGTTTTAC
TTTGTCTTGAACAGTATCTACATCAGCATATGCAACAAGATGTGTATTTGCATATCTATGTAACATGTCTGTATGCAGTTCAAATTGGGCTACAATTGCACTTGTATATTACCTTTTTATCATGATATCACTGATGGTAACCATGCATAATCCTTAATGAAATCC

Intron 3 GTGTAGATTT ... TTGATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	26.09	53	5	26
A2	32.79	24	1	17.5
A3	37.78	32	5	24
A4	25.89	27	0	14.5
A5	44.93	9	2	8.5
A6	30.13	35	1	19.5
A7	26.61	60	9	31
A8	28.82	42	3	26.5
A9	25.63	97	4	51
A10	26.75	53	0	30.5

>TRINITY_DN118864_c1_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

ATGAACGCCAGAGTATCATGGTGGGATTTCCAACTCTGGCGTAAGCGCATCCTTGCCTAGTAGAGGAGAGTAGAGCAGGGCAGGGAAAGGTTCGGGATCTGGTGAACCGGTGAGCAACAACAGAGGCAGGAGCAATTGGAAGATATCGAGGCCGGGAAAATGCTGAAATTTCTGAAGGGCGTGGTAGCGGGATCCGGAGG
CGGAGGACTGAAAGAACTTCCCTACAATATCGGGGAGCCTTACTCATCTGCCTGGGGATCATGGACACACTATCGCGGAACTTCCAAGGATGATGGCAGCTTGGTATCAATATTTTCTCTGTCAGGAAGTAATGCTCAGGATGGGCACCTGATGGCTGCTCGCAATGGTGTCAAGCGTCTTCGAACTGTACGGCATCCCA
ATGTGTTATCATTTCTGCACAGTGCAGAGGTCGAAGTTGTTGAAGGTTCCACTGTCAGGCCTACTATTTATATTGTGACTGAACCTGTCATGCCTCTTTCTGAAAAGATAAAGGAGCTTGGTCTTGAAGGTACACAGAGGGATGAGTATTATGCCTGGGGACTGCATCAAATAGCTAAAGCTGTTAGCTTCCTCAACAAT
GATTGTAAGCTTGTTCATAGTAATGTATGTCTGGAGTCTGTGGTGGTAACGCCAACATTGGATTGGAAGCTTCATGCATTTGATGTTCTCTCTGAATTTGATGGGCATAATGAAGCTGCTACTGGACCCATGCTGCAATTTGAATGGCTTATAGGAGCACAATACAAGCCACTCGAGCTATTGAAGAATGATTGGGCGAC
AATCAGGAAGTCACCACCTTGGGCAGTGGATTCATGGGGCATGGGTTGCTTGATCTTTGAGTTATTTTCTGCAACTAAGCTGGCTAGAACAGAGGAGCTCCGCAATATCGGGTCTGTCCCAAAGACTTTGCTTCCAGATTATCAGAGGCTCTTGAGTTCGACACCAGCAAGGAGACTGAATACTGCAAAATTAATTGAGA
ATAGTGATTATTTTCACAATAAGCTAGTTGAAACAATTCAATTTATGGAGGTCCTTAATTTAAAAGACAGCATGGAGAAGGATTCCTTTTTTCGCAAGCTTCCAAATCTTGCTGAGCAGCTACCCCGTCAAATTGTGTTGAAGAAGTTGCTTCCAATGTTGGCATCATCATTGGAATTTGGTTCTGCGGCTGCTCCTGCT
TTAAACTCCTTGCTGAAATTGGGTTCATGGCTATCAACAGATGAGTTCAATTCAAAGGTCCTGCCAACAATTGTTAAGCTTTTTGCCTCCAGCGATCGAGCCATACGAGTTGGCCTTTTGCAACATATTGATCAGTATGGAACTTCATTATCAGCTTCGATTGTTGATGAACAAGTTTATGTTCATGTTGCAACAGGCTT
CTCAGATACCTCTGCATTTCTGCGAGAACTCACACTTAAGTCTATGCTGATTCTTATTCCAAAGCATAACTCAACTTGGTGAATCAACCTTTGTATTGCTCGGCATAACTTGTTGGCACCGTGATCCTTTCCAGATGCAGAATGTTTACAGATTTATCCCAACGCACTATCACGGGATCATTGTTAAAGTACCTTTCTAA
GCTACAGGTGGATGAAGAGCCAGCAATAAGAACGAACACAACAATATTGCTTGGAAACATTGCTAGCTATCTTAATGAGGGGACAAGGAGGCGGGTTTTGATAAATGCATTTACTGTCCGTGCACTTCGGGATGGATTTGCACCAGCACGAGCAGCAGGATTGATGGCTCTAAGCGCAACTAGTTCATATTATGACCCTG
CAGAGATTGCAACTCGCATCTTACCTAACGTTGTTGTGCTGACTGTTGATCCAGACAGCAATGTGAGATGTAAAGCTTTCGAGGCAATTGATTTGTTTTTGCAAAGTGTGAAACAGCATCATGAGAAGTTGAATGTTGGAGATGCAGCTACAGACAATGGAGGGCTACCAAGAGTTGGCAGTGCAAGTTTGCTTGGTTGG
GCAATGAGCTCTTTGACATTAAAGGGGAAGGGGTCTGAACAAATTCTAGCTTCATCTTCCAATTCTGTTGTAGCTTCAGCACAGCAAGTAACCACATCTTCTAATAACTCAGCATTATATGTTTCAGATACTCCAGCAACAAATCTTTCATCCGCAATTGACCATATTGATCATCCTCCTCCATCACCGACCTCAACAGA
TGGGTGGGGAGAGATTGATGAGAACGGAGTGCAAGAAGAGGAAAGTGACAAGGATGGGTGGGATGATTTAGAAGTAATGGAAGAGAAAAAACCACCTGCTGCTCTTGCAAATATACATGCTGCACAGCAAAGGCCCATTGTCCAGCCTAAATTACCAGGTGCAAACAGTTTACCTTCTAGACATCAAAGCAGAGTATCTA
AGGTTGTGACCAAGGTAAGTGATGATGAAGATCCCTGGGCTGCAATCGCTGCCCCTCAACCTACAACTAAGGCAAAATCTCTTTCTGTAACATCAGCAAGTTCCCGTGATGATGATGATCCATGGGCTTCCATTGCTGCCCCTCCACCTTCCACCACAATAAAACCCCTTTCTGCAACAACTGCACGTATCAGGTCATCT
TCAGAGAACAGCAATAGATCAAATTCAGCAAATATTCATCCTTCAGGTTCTGGAAGAGGTCGTGGTAGTAAGACTGCTCCCATGAAATTGGGTGCACAGCGGTTGAATCGCAACTCTGACCCATGAACGAAAAGATGGTTAGATTAATCTCCTGAGTGATTGGTTTGCTAATTTTCAGATATATGTATAACATTCTTTAT
GAATATTAGAAATAAAGTTCTTGTTCCACCTGTAAGCATAACAAAACGTTATCTTTCCCAGCTTAAGTGATGTCTAGTTGATTCGATTTGTATTACTGAGTATGTTGTGCAGTCTATCAGAGATTTTCTTCATTAAATGTATTCTAGCAGTGATTCTTCCTTCTTTTGATTCTAAGCAAGAAGTGCATGGGCATGCCCTA
CAGTAATCAAAGTTTTACTTTGTCTTGAACAGTATCTACATCAGCATATGCAACAAGATGTGTATTTGCATATCTATGTAACATGTCTGTATGCAGTTCAAATTGGGCTACAATTGCACTTGTATATTACCTTTTTATCATGATATCACTGATGGTAACCATGCATAATCCTTAATGAAATCC

>TRINITY_DN118864_c1_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:

ATGAACGCCAGAGTATCATGGTGGGATTTCCAACTCTGGCGTAAGCGCATCCTTGCCTAGTAGAGGAGAGTAGAGCAGGGCAGGGAAAGGTTCGGGATCTGGTGAACCGGTGAGCAACAACAGAGGCAGGAGCAATTGGAAGATATCGAGGCCGGGAAAATGCTGAAATTTCTGAAGGGCGTGGTAGCGGGATCCGGAGG
CGGAGGACTGAAAGAACTTCCCTACAATATCGGGGAGCCTTACTCATCTGCCTGGGGATCATGGACACACTATCGCGGAACTTCCAAGGATGATGGCAGCTTGGTATCAATATTTTCTCTGTCAGGAAGTAATGCTCAGGATGGGCACCTGATGGCTGCTCGCAATGGTGTCAAGCGTCTTCGAACTGTACGGCATCCCA
ATGTGTTATCATTTCTGCACAGTGCAGAGGTCGAAGTTGTTGAAGGTTCCACTGTCAGGCCTACTATTTATATTGTGACTGAACCTGTCATGCCTCTTTCTGAAAAGATAAAGGAGCTTGGTCTTGAAGGTACACAGAGGGATGAGTATTATGCCTGGGGACTGCATCAAATAGCTAAAGCTGTTAGCTTCCTCAACAAT
GATTGTAAGCTTGTTCATAGTAATGTATGTCTGGAGTCTGTGGTGGTAACGCCAACATTGGATTGGAAGCTTCATGCATTTGATGTTCTCTCTGAATTTGATGGGCATAATGAAGCTGCTACTGGACCCATGCTGCAATTTGAATGGCTTATAGGAGCACAATACAAGCCACTCGAGCTATTGAAGAATGATTGGGCGAC
AATCAGGAAGTCACCACCTTGGGCAGTGGATTCATGGGGCATGGGTTGCTTGATCTTTGAGTTATTTTCTGCAACTAAGCTGGCTAGAACAGAGGAGCTCCGCAATATCGGGTCTGTCCCAAAGACTTTGCTTCCAGATTATCAGAGGCTCTTGAGTTCGACACCAGCAAGGAGACTGAATACTGCAAAATTAATTGAGA
ATAGTGATTATTTTCACAATAAGCTAGTTGAAACAATTCAATTTATGGAGGTCCTTAATTTAAAAGACAGCATGGAGAAGGATTCCTTTTTTCGCAAGCTTCCAAATCTTGCTGAGCAGCTACCCCGTCAAATTGTGTTGAAGAAGTTGCTTCCAATGTTGGCATCATCATTGGAATTTGGTTCTGCGGCTGCTCCTGCT
TTAAACTCCTTGCTGAAATTGGGTTCATGGCTATCAACAGATGAGTTCAATTCAAAGGTCCTGCCAACAATTGTTAAGCTTTTTGCCTCCAGCGATCGAGCCATACGAGTTGGCCTTTTGCAACATATTGATCAGTATGGAACTTCATTATCAGCTTCGATTGTTGATGAACAAGTTTATGTTCATGTTGCAACAGGCTT
CTCAGATACCTCTGCATTTCTGCGAGAACTCACACTTAAGTCTATGCTGATTCTTATTCCAAAGCATAACTCAACTTGGTGAATCAACCTTTGTATTGCTCGGCATAACTTGTTGGCACCGTGATCCTTTCCAGATGCAGAATGTTTACAGATgtgtagatttttctcatcaatcaagtagttgcttattattttattga
gttagtgaagatatgaatagttggaaaactattttgggctcaataaatggtagtccttacgctttgagcatgattgattgcagTTATCCCAACGCACTATCACGGGATCATTGTTAAAGTACCTTTCTAAGCTACAGGTATAGACTCTTTGCAATTTCAAATGATTCTCAAAAGTTTTGTGGCAAGATGGGCCTTTCTTT
GTATTCAATTGGTGTGTGTCATCATAAGGGAGCACACTAGTAATTTCCTATCATTCTCATCTTTTTATTAATTCTAACAATTTCAACCTTTGATATTGAAACAAAGTAATGATATAATAATTAGAAGCTGGGAAATTTCTCCACTAGGCTGAATATAGCTCATGTTTGTGGGGTGCTTTTGACATACAGGTGGATGAAGA
GCCAGCAATAAGAACGAACACAACAATATTGCTTGGAAACATTGCTAGCTATCTTAATGAGGGGACAAGGAGGCGGGTTTTGATAAATGCATTTACTGTCCGTGCACTTCGGGATGGATTTGCACCAGCACGAGCAGCAGGATTGATGGCTCTAAGCGCAACTAGTTCATATTATGACCCTGCAGAGATTGCAACTCGCA
TCTTACCTAACGTTGTTGTGCTGACTGTTGATCCAGACAGCAATGTGAGATGTAAAGCTTTCGAGGCAATTGATTTGTTTTTGCAAAGTGTGAAACAGCATCATGAGAAGTTGAATGTTGGAGATGCAGCTACAGACAATGGAGGGCTACCAAGAGTTGGCAGTGCAAGTTTGCTTGGTTGGGCAATGAGCTCTTTGACA
TTAAAGGGGAAGGGGTCTGAACAAATTCTAGCTTCATCTTCCAATTCTGTTGTAGCTTCAGCACAGCAAGTAACCACATCTTCTAATAACTCAGCATTATATGTTTCAGATACTCCAGCAACAAATCTTTCATCCGCAATTGACCATATTGATCATCCTCCTCCATCACCGACCTCAACAGATGGGTGGGGAGAGATTGA
TGAGAACGGAGTGCAAGAAGAGGAAAGTGACAAGGATGGGTGGGATGATTTAGAAGTAATGGAAGAGAAAAAACCACCTGCTGCTCTTGCAAATATACATGCTGCACAGCAAAGGCCCATTGTCCAGCCTAAATTACCAGGTGCAAACAGTTTACCTTCTAGACATCAAAGCAGAGTATCTAAGGTTGTGACCAAGGTAA
GTGATGATGAAGATCCCTGGGCTGCAATCGCTGCCCCTCAACCTACAACTAAGGCAAAATCTCTTTCTGTAACATCAGCAAGTTCCCGTGATGATGATGATCCATGGGCTTCCATTGCTGCCCCTCCACCTTCCACCACAATAAAACCCCTTTCTGCAACAACTGCACGTATCAGGTCATCTTCAGAGAACAGCAATAGA
TCAAATTCAGCAAATATTCATCCTTCAGGTTCTGGAAGAGGTCGTGGTAGTAAGACTGCTCCCATGAAATTGGGTGCACAGCGGTTGAATCGCAACTCTGACCCATGAACGAAAAGATGGTTAGATTAATCTCCTGAGTGATTGGTTTGCTAATTTTCAGATATATGTATAACATTCTTTATGAATATTAGAAATAAAGT
TCTTGTTCCACCTGTAAGCATAACAAAACGTTATCTTTCCCAGCTTAAGTGATGTCTAGTTGATTCGATTTGTATTACTGAGTATGTTGTGCAGTCTATCAGAGATTTTCTTCATTAAATGTATTCTAGCAGTGATTCTTCCTTCTTTTGATTCTAAGCAAGAAGTGCATGGGCATGCCCTACAGTAATCAAAGTTTTAC
TTTGTCTTGAACAGTATCTACATCAGCATATGCAACAAGATGTGTATTTGCATATCTATGTAACATGTCTGTATGCAGTTCAAATTGGGCTACAATTGCACTTGTATATTACCTTTTTATCATGATATCACTGATGGTAACCATGCATAATCCTTAATGAAATCC