sp|Q9LET7|CI111_ARATH ----> Calmodulin-interacting protein 111

Intron 1 GTAATTCTGC ... GCTCCTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	73.67	13.7	42	33
A2	79.31	11	49.2	34
A3	86.75	6.3	50	32
A4	80	9.3	48	23
A5	58.43	12	13	20
A6	79.49	11	39	46
A7	73.13	14	33	43
A8	78.99	12.7	62	30
A9	67.68	19.7	39	43
A10	77.58	14	56	40

>TRINITY_DN109037_c0_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

AAAATTTCGAGTATAAATCAATGTGTGTTGACTTATTTGTGCTGTGAATCTACAATATATATGGGCAGGAAATAGTTATTTCAACTCATAGTTTTCAGGTCATATACAAGTCTGATATAATGTACATGTTGCAGGTGTGCCATCTCCAAGTCAAAGATTTGAAATACTGCAGGCAATTCTTCATCGAATGAATCATTCCC
TTACAAATCGAGACCTGCAGTCACTTGCTTCAAATACACATGGGTTTGTGGGTGCTGATCTAACTGCTCTTTGTAATGAGGCAGCCATGTCTGCTCTTCGGAGATATATAAGCATGCATTCTATGCAATATGTATCTGGTCTTCTTTCAGACATGAGTATTTGTTCTGATAATACACAGAAACAGTTAGGGGATTGCACT
CCCATTACCAATGCATATGGAGATGGAAGGGATAAATCATCAGAAGCTATTTGCACCAGATTAAAAGAGTCTGCATTTCTGAAAGTGACAATAGATGACTTTGAAGTAGCAAAGATGAAAGTGAGGCCAAGTGCCATGCGGGAGGTTATGTTGGAAATTCCCAAGGTATGCTGGAGTGATATTGGGGGACAAGCTGAAGT
GAAACAGCAATTAAAGGAAGCTGTGGAGTGGCCACAGAAGCATCAGCATGCTTTTCTACGTATTGGGACCCATCCACCCAGAGGTGTATTGATGTTTGGTCCACCGGGTTGCAGTAAAACACTAATGGCTCGTGCTGTAGCTTCAGAAGCAGGTCTTAATTTCCTATCCGTGAAGGGCCCAGAGCTTTTTAGCAAATGGG
TTGGTGAATCAGAAAAAGCTATACGGTCTTTATTTGCAAAAGCAAGAGCAGCAGCTCCCTCAATTATTTTTTTCGATGAGATAGATGGTCTAGCTGTAGCACGGGAACATGGAAGTGGTGCAATATCTGTAGGAGACAGGGTTATGAGCCAGCTACTTGTGGAAATGGATGGTTTAAATCCAAGGATTGGTGTGACTGTG
ATTGCTGCAACCAATCGTCCAGATAAGATAGATGTGGCACTGCTGCGTCCAGGACGCTTTGATCGGCTGGTATATGTTGGTCCGCCAAACCAAGCTGACAGGAAAGAAATATTTGATATTCACATGCGGAAGATGCGTTGTGGGTCTGATTTAACAATGCTTGAACTTGCTTCTCTTACCGATGGGTATACTGGAGCTGA
TATTTCTTCTGTATGTCGTGAAGCAGCTATGACGGCACTGGAGGAGAACATTGGCATTCAGGAGGTATCAATGCGTCATTTTAAACTTGCACTGGCTCGAGTTCAGCCTTCTGATCTCTCAGCTTATGAAAACTTGTCTGCTAAATTCCAAAGGCTGACTACAAGTGGAGTTAGAGATGTGACTACAGCTTAATTTTGAT
TTCATTGTCTACACTTTTCTTCTTTTGTTCATTCATCAATTTTTTTCATCTGAACTGAAGTGTAGAATGTTTTATGTATAGCATTCTGTACATCAGCTTGTGCATTTCTCTTTTCACTTATGAAACAGTGAGTGCAGCATGTTAACGGCATTGCATAATTTTAGATTATCAGCTAAACTGTTGTGATTGACCATAAAGGT
GTTGCTAACTTGTGTGCCCTAAAGTGTAGAATATTGTGTATAGTATTCTGTACATGAGTCTGTGCCTCTCTTTTCGCATGTGAAACATCGAGTGCAGCATGTTAATTGTGTGCCCTACTATTCTGTTGGCTTGCGTCACATTCATTATTATTCATATTACCATGTAATGTGTACTTGTGTTGT

>TRINITY_DN109037_c0_g1_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AAAATTTCGAGTATAAATCAATGTGTGTTGACTTATTTGTGCTGTGAATCTACAATATATATGGGCAGGAAATAGTTATTTCAACTCATAGTTTTCAGGTCATATACAAGTCTGATATAATGTACATGTTGCAGGTGTGCCATCTCCAAGTCAAAGATTTGAAATACTGCAGGCAATTCTTCATCGAATGAATCATTCCC
TTACAAATCGAGACCTGCAGTCACTTGCTTCAAATACACATGGGTTTGTGGGTGCTGATCTAACTGCTCTTTGTAATGAGGCAGCCATGTCTGCTCTTCGGAGATATATAAGCATGCgtaattctgctaatcctaatgaaatttatcattgcaaacaacaggagcctcttgaaaatggacatcttagtatgaaggatata
agaaacacttatggctcacaaaattccattgctccttcagATTCTATGCAATATGTATCTGGTCTTCTTTCAGACATGAGTATTTGTTCTGATAATACACAGAAACAGTTAGGGGATTGCACTCCCATTACCAATGCATATGGAGATGGAAGGGATAAATCATCAGAAGCTATTTGCACCAGATTAAAAGAGTCTGCATT
TCTGAAAGTGACAATAGATGACTTTGAAGTAGCAAAGATGAAAGTGAGGCCAAGTGCCATGCGGGAGGTTATGTTGGAAATTCCCAAGGTATGCTGGAGTGATATTGGGGGACAAGCTGAAGTGAAACAGCAATTAAAGGAAGCTGTGGAGTGGCCACAGAAGCATCAGCATGCTTTTCTACGTATTGGGACCCATCCAC
CCAGAGGTGTATTGATGTTTGGTCCACCGGGTTGCAGTAAAACACTAATGGCTCGTGCTGTAGCTTCAGAAGCAGGTCTTAATTTCCTATCCGTGAAGGGCCCAGAGCTTTTTAGCAAATGGGTTGGTGAATCAGAAAAAGCTATACGGTCTTTATTTGCAAAAGCAAGAGCAGCAGCTCCCTCAATTATTTTTTTCGAT
GAGATAGATGGTCTAGCTGTAGCACGGGAACATGGAAGTGGTGCAATATCTGTAGGAGACAGGGTTATGAGCCAGCTACTTGTGGAAATGGATGGTTTAAATCCAAGGATTGGTGTGACTGTGATTGCTGCAACCAATCGTCCAGATAAGATAGATGTGGCACTGCTGCGTCCAGGACGCTTTGATCGGCTGGTATATGT
TGGTCCGCCAAACCAAGCTGACAGGAAAGAAATATTTGATATTCACATGCGGAAGATGCGTTGTGGGTCTGATTTAACAATGCTTGAACTTGCTTCTCTTACCGATGGGTATACTGGAGCTGATATTTCTTCTGTATGTCGTGAAGCAGCTATGACGGCACTGGAGGAGAACATTGGCATTCAGGAGGTATCAATGCGTC
ATTTTAAACTTGCACTGGCTCGAGTTCAGCCTTCTGATCTCTCAGCTTATGAAAACTTGTCTGCTAAATTCCAAAGGCTGACTACAAGTGGAGTTAGAGATGTGACTACAGCTTAATTTTGATTTCATTGTCTACACTTTTCTTCTTTTGTTCATTCATCAATTTTTTTCATCTGAACTGAAGTGTAGAATGTTTTATGT
ATAGCATTCTGTACATCAGCTTGTGCATTTCTCTTTTCACTTATGAAACAGTGAGTGCAGCATGTTAACGGCATTGCATAATTTTAGATTATCAGCTAAACTGTTGTGATTGACCATAAAGGTGTTGCTAACTTGTGTGCCCTAAAGTGTAGAATATTGTGTATAGTATTCTGTACATGAGTCTGTGCCTCTCTTTTCGC
ATGTGAAACATCGAGTGCAGCATGTTAATTGTGTGCCCTACTATTCTGTTGGCTTGCGTCACATTCATTATTATTCATATTACCATGTAATGTGTACTTGTGTTGT

Intron 2 GTACTGTTTT ... GTGCTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	18.67	61	16	12
A2	18.03	50	21	1
A3	20.63	50	19	7
A4	18.87	43	12	8
A5	26.09	34	17	7
A6	20.15	212	68	39
A7	16.83	173	37	33
A8	19.29	228	53	56
A9	16.22	204	53	26
A10	17.09	131	34	20

>TRINITY_DN41680_c0_g1_i5 from sample A6 / Example spliced isoform

TCTTCGGAGATATATAAGCATGCATTCTATGCAATATGTATCTGGTCTTCTTTCAGACATGAGTATTTGTTCTGATAATACACAGAAACAGTTAGGGGATTGCACTCCCATTACCAATGCATATGGAGATGGAAGGGATAAATCATCAGAAGCTATTTGCACCAGATTAAAAGAGTCTGCATTTCTGAAAGTGACAATAG
ATGACTTTGAAGTAGCAAAGATGAAAGTGAGGCCAAGTGCCATGCGGGAGGTTATGTTGGAAATTCCCAAGGTATGCTGGAGTGATATTGGGGGACAAGCTGAAGTGAAACAGCAATTAAAGGAAGCTGTGGAGTGGCCACAGAAGCATCAGCATGCTTTTCTACGTATTGGGACCCATCCACCCAGAGGTGTATTGATG
TTTGGTCCACCGGGTTGCAGTAAAACACTAATGGCTCGTGCTGTAGCTTCAGAAGCAGGTCTTAATTTCCTATCCGTGAAGGGCCCAGAGCTTTTTAGCAAATGGGTTGGTGAATCAGAAAAAGCTATACGGTCTTTATTTGCAAAAGCAAGAGCAGCAGCTCCCTCAATTATTTTTTTCGATGAGATAGATGGTCTAGC
TGTAGCACGGGAACATGGAAGTGGTGCAATATCTGTAGGAGACAGGGTTATGAGCCAGCTACTTGTGGAAATGGATGGTTTAAATCCAAGGATTGGTGTGACTGTGATTGCTGCAACCAATCGTCCAGATAAGATAGATGTGGCACTGCTGCGTCCAGGACGCTTTGATCGGCTGGTATATGTTGGTCCGCCAAACCAAG
CTGACAGGAAAGAAATATTTGATATTCACATGCGGAAGATGCGTTGTGGGTCTGATTTAACAATGCTTGAACTTGCTTCTCTTACCGATGGGTATACTGGAGCTGATATTTCTTCTGTATGTCGTGAAGCAGCTATGACGGCACTGGAGGAGAACATTGGCATTCAGGAGGTATCAATGCGTCATTTTAAACTTGCACTG
GCTCGAGTTCAGCCTTCTGATCTCTCAGCTTATGAAAACTTGTCTGCTAAATTCCAAAGGCTGACTACAAGTGGAGTTAGAGATGTGACTACAGCTTAATTTTGATTTCATTGTCTACACTTTTCTTCTTTTGTTCATTCATCAATTTTTTTCATCTGAACTGAAGTGTAGAATGTTTTATGTATAGCATTCTGTACATC
AGCTTGTGCATTTCTCTTTTCACTTATGAAACAGTGAGTGCAGCATGTTAACGGCATTGCATAATTTTAGATTATCAGCTAAACTGTTGTGATTGACCATAAAGGTGTTGCTAACTTGTGTGCCCTAAAGTGTAGAATATTGTGTATAGTATTCTGTACATGAGTCTGTGCCTCTCTTTTCGCATGTGAAACATCGAGTG
CAGCATGTTAATTGTGTGCCCTACTATTCTGTTGGCTTGCGTCACATTCATTATTATTCATATTACCATGTAATGTGTACTTGTGTTGATTCTGGCTGTTTATCAGTTTTCAGTTTCTTGTGGTAAGCAGTCCATATTTGCTGAATTTGTGTGATTTTATTATACCTGCCTCTGGAAATTATATT

>TRINITY_DN41680_c0_g1_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CTCGGAAGGTCTGCTGACAACTTACGCAGTGGAATCCAAGTGCCCATGGCTGTTAACTCTGAATCCGTGAATTGAAGGTTGAAAGAAAAAATGCCTCAGAAGTCAAGAAAATCGTCATCCTCATCAGCTGGCAATGCCTATCAAAAAACGCCCAGAGGCTCAGCTGGAAAAGGAGCACGGACCCCTGTGCCAGGCAGCAG
CAGCAACGGAATGTCTCCCAGAGGGGACAATAAAGAAGAAGAAACCATAAGGAGGGATGCCCTGCACAAAGCGAGCGTTAAATACCCGGCCTTCATTTCAAGGGACGCGTTCGAGGGCTCTATTGTGGAGGTGGAAGCCAAGGAGAAGCCCACAGGTGCAGGGACATGGGCAACTATATGGATGTCGGAGGCAGCCATGT
TTACTCATTCTTTCTCTCCAGGCATAGCAGTGGCGGTCTCTGTGGCTGTATCTGTGAGTAATTTCTCCTCCGATACTTTTCCGCTCGAGTCGTTAGCAAGCCTCTGCAGCAAGCACTATAATATTGAACCTGAGGATGCTATGATTGATGAAGTTGGGACTTATTTTGCAGTTGCCATTCTTTGGCCCTCTCGCAAGCTT
CTTAAGAACGAAGTAAGGTTATCCAGGCACCTGTCATGTACCATGGGCAATCCTTCTCTTGGCAGAACTGTTTATGTATATCCTCTTAACATTTCCACTACCTCACAACTTGCAAAGAAAATTGCAAAACTGCCAACTTTAATCAATAGTGAGATGTGTCAAATATCATCGTGTGAATGCACTGAACTTCAGCTGAAATG
GCTGGTCCCAAAGAACACTTCAGGAATATCTAGCGAGCATTCTTCTTTGGACCATACAGGTAGCAATTGCTTTGAAAATGGACAGTTTTCATCTCCAAAGACACCTTCTGGATACAGATCCAGTGCTTTTTCTTCTGATGATGTTATTAGGAGCAGATCACCTTTAGTAGAGTCAGTAGCAGTCAATGATCCACTACAAA
GTCAGAGAAGTGAAACTGCGGTTTTTGATGCAGACAGTGCAGAAAGAACACAGTCATTGGGTCATCCTAATCGGGATGCAGTCAGGGTGGTTTTGGAAGACAAGAAGCTGAAAGAGCTTCTTCAAAGATATGGTGTCCGCTGGCTTAGCTCTCGCATTTTACTAAAGGGTAATTGTGTCACAATTCCAGTATGTGGTCAG
ATGTGTGTTTTTCACGTGAAGGATGCCAAAATTTCTGCAGAGGAGATGTCTAAAATGCAGCAGACTTCAGAATTTGCAAGTTTCTGTAGCTCGAGTAACCTGTTACCTGAAGAGGAGAGAAATGAGCTGGATTCCAGAACACCATCTCTTGTCTCTATTAGTTTTCTCGTGGGATGTGGAACAAATATTAACTTCCTTCC
ACCTGCGAATCTTGCGTTGAATTCACAACACAAGGATAGTTCGTCAACAGAGATCGGAGACAAAAATTGTACAGACAACAAACCTGTAAAACTTTTTCCAACTTCTGAGGGGATGGGAGTTTCTGCCTTGGGGGGTCTGTCTGAGCATGTTGCTGCTCTAAAGGAAATTATCAATTTCTCATTACTACGTCCACATACTT
TAGCAAGATTAGGACTACAGCCAACAAGGGGAGTCCTTCTGTATGGCCCTCCTGGCACAGGGAAAACCTCCTTAGCATCTGCTTGCACTTACGAAGCTGGGGTTAACATGTTTTCGATCAATGGTCCTGAGATTGTTAGTGAGTATTATGGAGAAAGTGAGCAAGCTCTCCGTGCAGTTTTCAAATCGGCTGAGCTTTCT
GCTCCTTCAGTGGTGTTTATAGATGAATTGGATGCAATTGCCCCAACACGCAAGGATGGAGGTGAAGAGCTCTCACAACGGATGGTGGCTGCATTATTGGCCTTAATAGATGGAGTAAATAAAAATCATCAAATTCTTGTGATTGCAGCAACAAATCGTCCTGAATCCATTGACCCTGCATTGAGAAGACCTGGACGATT
GGATCGTGAATTTGAAATTGGTGTGCCATCTCCAAGTCAAAGATTTGAAATACTGCAGGCAATTCTTCATCGAATGAATCATTCCCTTACAAATCGAGACCTGCAGTCACTTGCTTCAAATACACATGGGTTTGTGGGTGCTGATCTAACTGCTCTTTGTAATGAGGCAGCCATGTCTGCTCTTCGGAGATATATAAGCA
TGCGTAATTCTGCTAATCCTAATGAAATTTATCATTGCAAACAACAGGAGCCTCTTGAAAATGGACATCTTAGTATGAAGGATATAAGAAACACTTATGGCTCACAAAATTCCATTGCTCCTTCAGATTCTATGCAATATGTATCTGGTCTTCTTTCAGACATGAGTATTTGTTCTGATAATACACAGAAACAGTTAGGG
GATTGCACTCCCATTACCAATGCATATGGAGATGGAAGGGATAAATCATCAGAAGCTATTTGCACCAGATTAAAAGAGTCTGCATTTCTGAAAGTGACAATAGATGACTTTGAAGTAGCAAAGATGAAAGTGAGGCCAAGTGCCATGCGGGAGGTTATGTTGGAAATTCCCAAGGTATGCTGGAGTGATATTGGGGGACA
AGCTGAAGTGAAACAGCAATTAAAGGAAGCTGTGGAGTGGCCACAGAAGCATCAGCATGCTTTTCTACGTATTGGGACCCATCCACCCAGAGGTGTATTGATGTTTGGTCCACCGGGTTGCAGTAAAACACTAATGGCTCGTGCTGTAGCTTCAGAAGCAGGTCTTAATTTCCTATCCGTGAAGGGCCCAGAGCTTTTTA
GCAAATGGGTTGGTGAATCAGAAAAAGCTATACGGTCTTTATTTGCAAAAGCAAGAGCAGCAGCTCCCTCAATTATTTTTTTCGATGAGATAGATGGTCTAGCTGTAGCACGGGAACATGGAAGTGGTGCAATATCTGTAGGAGACAGGGTTATGAGCCAGCTACTTGTGGAAATGGATGGTTTAAATCCAAGGATTGGT
GTGACTGTGATTGCTGCAACCAATCGTCCAGATAAGATAGATGTGGCACTGCTGCGTCCAGgtactgttttggctctatatttttgtgcattctaaggctttagctaatattccgtcttggataagtttttattttgagcaattgaaatgtgcttgcagGACGCTTTGATCGGCTGGTATATGTTGGTCCGCCAAACCAA
GCTGACAGGAAAGAAATATTTGATATTCACATGCGGAAGATGCGTTGTGGGTCTGATTTAACAATGCTTGAACTTGCTTCTCTTACCGATGGGTATACTGGAGCTGATATTTCTTCTGTATGTCGTGAAGCAGCTATGACGGCACTGGAGGAGAACATTGGCATTCAGGAGGTATCAATGCGTCATTTTAAACTTGCACT
GGCTCGAGTTCAGCCTTCTGATCTCTCAGCTTATGAAAACTTGTCTGCTAAATTCCAAAGGCTGACTACAAGTGGAGTTAGAGATGTGACTACAGCTTAATTTTGATTTCATTGTCTACACTTTTCTTCTTTTGTTCATTCATCAATTTTTTTCATCTGAACTGAAGTGTAGAATGTTTTATGTATAGCATTCTGTACAT
CAGCTTGTGCATTTCTCTTTTCACTTATGAAACAGTGAGTGCAGCATGTTAACGGCATTGCATAATTTTAGATTATCAGCTAAACTGTTGTGATTGACCATAAAGGTGTTGCTAACTTGTGTGCCCTAAAGTGTAGAATATTGTGTATAGTATTCTGTACATGAGTCTGTGCCTCTCTTTTCGCATGTGAAACATCGAGT
GCAGCATGTTAATTGTGTGCCCTACTATTCTGTTGGCTTGCGTCACATTCATTATTATTCATATTACCATGTAATGTGTACTTGTGTTGATTCTGGCTGTTTATCAGTTTTCAGTTTCTTGTGGTAAGCAGTCCATATTTGCTGAATTTGTGTGATTTTATTATACCTGCCTCTGGAAATTATATT

Intron 3 GCAAGTGCTA ... GGATCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50	16	0	16
A2	50	10	0	10
A3	46.94	26	1	23
A4	50	13	2	13
A5	52.38	10	2	11
A6	49.53	54	2	53
A7	46.05	41	0	35
A8	47.37	50	0	45
A9	47.37	80	0	72
A10	50	30	0	30

>TRINITY_DN102773_c0_g1_i1 from sample A5 / Example spliced isoform

CTTGGAGTAAGGTGCTAGGGTTCATGAGGGAACCTGTCTATATTTGTAATGTTTAAATCCAAGGATTGGTGTGACTGTGATTGCTGCAACCAATCGTCCAGATAAGATAGATGTGGCACTGCTGCGTCCAGGACGCTTTGATCGGCTGGTATATGTTGGTCCGCCAAACCAAGCTGACAGGAAAGAAATATTTGATATTC
ACATGCGGAAGATGCGTTGTGGGTCTGATTTAACAATGCTTGAACTTGCTTCTCTTACCGATGGGTATACTGGAGCTGATATTTCTTCTGTATGTCGTGAAGCAGCTATGACGGCACTGGAGGTTAGTGAGTGTGCATAAGCCTGCTA

>TRINITY_DN102773_c0_g1_i5 from sample A5 / Example unspliced isoform:

CTTGGAGTAAGGTGCTAGGGTTCATGAGGGAACCTGTCTATATTTGTAATgcaagtgctaagaaggctctagaatgattttcattcacttgattgactctaaaatggttttacttttatttggtaatccttactacatttcgggatctgcagGTTTAAATCCAAGGATTGGTGTGACTGTGATTGCTGCAACCAATCGTC
CAGATAAGATAGATGTGGCACTGCTGCGTCCAGGACGCTTTGATCGGCTGGTATATGTTGGTCCGCCAAACCAAGCTGACAGGAAAGAAATATTTGATATTCACATGCGGAAGATGCGTTGTGGGTCTGATTTAACAATGCTTGAACTTGCTTCTCTTACCGATGGGTATACTGGAGCTGATATTTCTTCTGTATGTCGT
GAAGCAGCTATGACGGCACTGGAGGTTAGTGAGTGTGCATAAGCCTGCATCTGTGTTATCCTTTCAGCTGTTTCAGCTTGGTTTCTTAGTGTTTGTTTCTTGTTTTGACAA