NA ----> NA

Intron 1 GTAAGTGTTG ... TTTTTTGCAG

Found issues: Low number of reads

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	54.55	5	8	4
A2	66.67	3	8	4
A3	62.5	3	4	6
A4	45.45	3	3	2
A5	66.67	1	0	4
A6	100	0	2	0
A7	75	2	4	8
A8	57.14	3	7	1
A9	33.33	5	2	3
A10	100	0	5	2

>TRINITY_DN37632_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

AGTCAGCAGTTTCATTCATTTGCAAAGATGAACGACGAGCGTTGAGCGGAGAGCGGAGTGCAGAATTTAGTGAGTGCAGGTTTTATAGTCAGTTTTCTGTCTGTTTCTATGTGTTTTCAGTTCTTTGCAGCATGGCCATGCGCAATTGTTGTTTTTCTTTTCTTTGGATTTGTTTTCTTTTTTCTTTTTTCCTTTTTTTT
CATCATTTTTAGTCTCAAGGTTGCGAGCGACTGCAATCTAAAACAATGGCGCCTCTTTTTGTATGAGCATGGGCAGCAAAGAAGATAGGAAGAGGCAGAGGCAGAGGCCGAGGCAAGGCAAGGCAGAGCTGCATGGCTAAAGGTAGAGGCAGATTTATATTCAGAAGCAGATTCGGATTCATAGGCAGAGGCAGAGCAAT
CTTTTATTATGAAAGGTTGTCCAAGATCCTATCAGCGGAAGACAGAGCCATCTTCTCCAATTCATGCCATGCCTGCCCTTCTGTCATTCCTTTATGATCGCTCCTGGGTAATCGGACGCAGTCTGGGTTTTTAAAATTTTCGAATAGCAAGCGAGAATTCGAACCCTAATGGCTAGCTGCTCAAAGCCTGAGCTTATTCC
TACCTCGCAACCAAGCCACGGCAATTATTCCGTCGAAATGAAGAAGGTAACACGGGAATGAACTTCTTTAGCTTTTCTTCTTCATTTTGATTTAGTTTTCATTGTTTCTCTGTTTCCCTTTATTCGTTTAGGATCCTGCCTTTTTTTTATTTGGTTTTCATTGTTTCTCTGTTTCAGTTTTAACTGATTTTCGAATTTCT
ATGTTATGTTTTTGTGTTTTTGGGTTGATCTGCTTGATAAACTATTAATCTAAGGTTATGTGTGAGTGGTTTCAGTTTGGTATGAGATTAGCAAAGTTTGTATTATAGTAAATATTATCAAATTTATATCTAATATAGGAATAGATCGACGCCTTGCTATGAAGCTTATGGGAATTTGTTTTAATCTTGGTT

>TRINITY_DN37632_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AGTCAGCAGTTTCATTCATTTGCAAAGATGAACGACGAGCGTTGAGCGGAGAGCGGAGTGCAGAATTTAGTGAGTGCAGGTTTTATAGTCAGTTTTCTGTCTGTTTCTATGTGTTTTCAGTTCTTTGCAGCATGGCCATGCGCAATTGTTGTTTTTCTTTTCTTTGGATTTGTTTTCTTTTTTCTTTTTTCCTTTTTTTT
CATCATTTTTAGTCTCAAGGTTGCGAGCGACTGCAATCTAAAACAATGGCGCCTCTTTTTGTATGAGCATGGGCAGCAAAGAAGATAGGAAGAGGCAGAGGCAGAGGCCGAGGCAAGGCAAGGCAGAGCTGCATGGCTAAAGGTAGAGGCAGATTTATATTCAGAAGCAGATTCGGATTCATAGGCAGAGGCAGAGCAAT
CTTTTATTATGAAAGGTTGTCCAAGATCCTATCAGCGGAAGACAGAGCCATCTTCTCCAATTCATGCCATGCCTGCCCTTCTGTCATTCCTTTATGATCGCTCCTGGGTAATCGGACGCAGgtaagtgttgattttttaatgaaattactttgatatattcttatgtttttcttgttgttctctgattccatgtcatttt
gcagtcatcctttcaacattcattgagtttatcctttaattaaatgccttctctaatgtagtcttatgattttgttattgttcctttatcccttgacattttgctgcttaatgagacagacagattttattttcttaattcaaaccctctttcttattatttatttcgaagctattttgcatatttccatggttgtggac
ctgtggtttgtatgaaaggtggattatgtgttgacaacataaacagaaccacatattttatgcattggttgtcatcgtatgatctcattaatgagtttctgccctgcatgttttgaacattataatcctttaatgcagcgaaccgacctggctttttccttttcttcttcatttgcattttattcgttttctaagattcc
agtctccgatcctatccatgttttctagtctccatttttttattcggagttccattgtttctctgttactatttcaactgattttcgaattttctaagttttatggttttttgcagTCTGGGTTTTTAAAATTTTCGAATAGCAAGCGAGAATTCGAACCCTAATGGCTAGCTGCTCAAAGCCTGAGCTTATTCCTACCT
CGCAACCAAGCCACGGCAATTATTCCGTCGAAATGAAGAAGGTAACACGGGAATGAACTTCTTTAGCTTTTCTTCTTCATTTTGATTTAGTTTTCATTGTTTCTCTGTTTCCCTTTATTCGTTTAGGATCCTGCCTTTTTTTTATTTGGTTTTCATTGTTTCTCTGTTTCAGTTTTAACTGATTTTCGAATTTCTATGTT
ATGTTTTTGTGTTTTTGGGTTGATCTGCTTGATAAACTATTAATCTAAGGTTATGTGTGAGTGGTTTCAGTTTGGTATGAGATTAGCAAAGTTTGTATTATAGTAAATATTATCAAATTTATATCTAATATAGGAATAGATCGACGCCTTGCTATGAAGCTTATGGGAATTTGTTTTAATCTTGGTT

Intron 2 GTATGCATGG ... TTGAATATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	52.65	5.1	9	2
A2	65.05	2.7	4	6
A3	0	4	0	0
A4	38.46	4	3	2
A5	38.09	3.4	2	2
A6	11.11	4	0	1
A7	23.88	9.9	3	3
A8	29.74	8.3	4	3
A9	5.44	8.7	1	0
A10	52.38	3.6	5	0

>TRINITY_DN80656_c0_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

GATGAACGACGAGCGTTGAGCGGAGAGCGGAGTGCAGAATTTAGTGAGTGCAGGTTTTATAGTCAGTTTTCTGTCTGTTTCTATGTGTTTTCAGTTCTTTGCAGCATGGCCATGCGCAATTGTTGTTTTTCTTTTCTTTGGATTTGTTTTCTTTTTTCTTTTTTCCTTTTTTTTCATCATTTTTAGTCTCAAGGTTGCGA
GCGACTGCAATCTAAAACAATGGCGCCTCTTTTTGTATGAGCATGGGCAGCAAAGAAGATAGGAAGAGGCAGAGGCAGAGGCCGAGGCAAGGCAAGGCAGAGCTGCATGGCTAAAGGTAGAGGCAGATTTATATTCAGAAGCAGATTCGGATTCATAGGCAGAGGCAGAGCAATCTTTTATTATGAAAGGTTGTCCAAGA
TCCTATCAGCGGAAGACAGAGCCATCTTCTCCAATTCATGCCATGCCTGCCCTTCTGTCATTCCTTTATGATCGCTCCTGGGTAATCGGACGCAGGTAAGTGTTGATTTTTTAATGAAATTACTTTGATATATTCTTATGTTTTTCTTGTTGTTCTCTGATTCCATGTCATTTTGCAGTCATCCTTTCAACATTCATTGA
GTTTATCCTTTAATTAAATGCCTTCTCTAATGTAGTCTTATGATTTTGTTATTGTTCCTTTATCCCTTGACATTTTGCTGCTTAATGAGACAGACAGATTTTATTTTCTTAATTCAAACCCTCTTTCTTATTATTTATTTCGAAGCTATTTTGCATATTTCCATGGTTGTGGACCTGTGGTTTGTATGAAAGGTGGATTA
TGTGTTGACAACATAAACAGAACCACATATTTTATGCATTGGTTGTCATCGTATGATCTCATTAATGAGTTTCTGCCCTGC

>TRINITY_DN80656_c0_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GATGAACGACGAGCGTTGAGCGGAGAGCGGAGTGCAGAATTTAGTGAGTGCAGGTTTTATAGTCAGTTTTCTGTCTGTTTCTATGTGTTTTCAGTTCTTTGCAGCATGGCCATGCGCAATTGTTGTTTTTCTTTTCTTTGGATTTGTTTTCTTTTTTCTTTTTTCCTTTTTTTTCATCATTTTTAGTCTCAAGGTTGCGA
GCGACTGCAATCTAAAACAATGGCGCCTCTTTTTGTATGAGCATGGGCAGCAAAGAAGgtatgcatggtgcgtttttttatttgttatttgttaattaattttttggttcttagtttgtttttttaagctctgacaaatgtttttatattgaatatagATAGGAAGAGGCAGAGGCAGAGGCCGAGGCAAGGCAAGGCAG
AGCTGCATGGCTAAAGGTAGAGGCAGATTTATATTCAGAAGCAGATTCGGATTCATAGGCAGAGGCAGAGCAATCTTTTATTATGAAAGGTTGTCCAAGATCCTATCAGCGGAAGACAGAGCCATCTTCTCCAATTCATGCCATGCCTGCCCTTCTGTCATTCCTTTATGATCGCTCCTGGGTAATCGGACGCAGTCTGG
GTTTTTAAAATTTTCGAATAGCAAGCGAGAATTCGAACCCTAATGGCTAGCTGCTCAAAGCCTGAGCTTATTCCTACCTCGCAACCAAGCCACG

Intron 3 GTGAGTGCAG ... TAGTCTCAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	18	12.8
A2	84.36	1	5	5.8
A3	66.5	3	6.4	5.6
A4	100	0	10.1	14.2
A5	100	0	6	5.8
A6	44.36	3	2	2.8
A7	73.88	3.2	2.2	16
A8	53.11	8	8	10.2
A9	33.2	9	2	7.4
A10	78.95	2	7	8

>TRINITY_DN37632_c0_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

AGTCAGCAGTTTCATTCATTTGCAAAGATGAACGACGAGCGTTGAGCGGAGAGCGGAGTGCAGAATTTAGTTGCGAGCGACTGCAATCTAAAACAATGGCGCCTCTTTTTGTATGAGCATGGGCAGCAAAGAAGATAGGAAGAGGCAGAGGCAGAGGCCGAGGCAAGGCAAGGCAGAGCTGCATGGCTAAAGGTAGAGGC
AGATTTATATTCAGAAGCAGATTCGGATTCATAGGCAGAGGCAGAGCAATCTTTTATTATGAAAGGTTGTCCAAGATCCTATCAGCGGAAGACAGAGCCATCTTCTCCAATTCATGCCATGCCTGCCCTTCTGTCATTCCTTTATGATCGCTCCTGGGTAATCGGACGCAGGTAAGTGTTGATTTTTTAATGAAATTACT
TTGATATATTCTTATGTTTTTCTTGTTGTTCTCTGATTCCATGTCATTTTGCAGTCATCCTTTCAACATTCATTGAGTTTATCCTTTAATTAAATGCCTTCTCTAATGTAGTCTTATGATTTTGTTATTGTTCCTTTATCCCTTGACATTTTGCTGCTTAATGAGACAGACAGATTTTATTTTCTTAATTCAAACCCTCT
TTCTTATTATTTATTTCGAAGCTATTTTGCATATTTCCATGGTTGTGGACCTGTGGTTTGTATGAAAGGTGGATTATGTGTTGACAACATAAACAGAACCACATATTTTATGCATTGGTTGTCATCGTATGATCTCATTAATGAGTTTCTGCCCTGCATGTTTTGAACATTATAATCCTTTAATGCAGCGAACCGACCTG
GCTTTTTCCTTTTCTTCTTCATTTGCATTTTATTCGTTTTCTAAGATTCCAGTCTCCGATCCTATCCATGTTTTCTAGTCTCCATTTTTTTATTCGGAGTTCCATTGTTTCTCTGTTACTATTTCAACTGATTTTCGAATTTTCTAAGTTTTATGGTTTTTTGCAGTCTGGGTTTTTAAAATTTTCGAATAGCAAGCGAG
AATTCGAACCCTAATGGCTAGCTGCTCAAAGCCTGAGCTTATTCCTACCTCGCAACCAAGCCACGGCAATTATTCCGTCGAAATGAAGAAGGTAACACGGGAATGAACTTCTTTAGCTTTTCTTCTTCATTTTGATTTAGTTTTCATTGTTTCTCTGTTTCCCTTTATTCGTTTAGGATCCTGCCTTTTTTTTATTTGGT
TTTCATTGTTTCTCTGTTTCAGTTTTAACTGATTTTCGAATTTCTATGTTATGTTTTTGTGTTTTTGGGTTGATCTGCTTGATAAACTATTAATCTAAGGTTATGTGTGAGTGGTTTCAGTTTGGTATGAGATTAGCAAAGTTTGTATTATAGTAAATATTATCAAATTTATATCTAATATAGGAATAGATCGACGCCTT
GCTATGAAGCTTATGGGAATTTGTTTTAATCTTGGTT

>TRINITY_DN37632_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AGTCAGCAGTTTCATTCATTTGCAAAGATGAACGACGAGCGTTGAGCGGAGAGCGGAGTGCAGAATTTAgtgagtgcaggttttatagtcagttttctgtctgtttctatgtgttttcagttctttgcagcatggccatgcgcaattgttgtttttcttttctttggatttgttttcttttttcttttttcctttttttt
catcatttttagtctcaagGTTGCGAGCGACTGCAATCTAAAACAATGGCGCCTCTTTTTGTATGAGCATGGGCAGCAAAGAAGATAGGAAGAGGCAGAGGCAGAGGCCGAGGCAAGGCAAGGCAGAGCTGCATGGCTAAAGGTAGAGGCAGATTTATATTCAGAAGCAGATTCGGATTCATAGGCAGAGGCAGAGCAAT
CTTTTATTATGAAAGGTTGTCCAAGATCCTATCAGCGGAAGACAGAGCCATCTTCTCCAATTCATGCCATGCCTGCCCTTCTGTCATTCCTTTATGATCGCTCCTGGGTAATCGGACGCAGGTAAGTGTTGATTTTTTAATGAAATTACTTTGATATATTCTTATGTTTTTCTTGTTGTTCTCTGATTCCATGTCATTTT
GCAGTCATCCTTTCAACATTCATTGAGTTTATCCTTTAATTAAATGCCTTCTCTAATGTAGTCTTATGATTTTGTTATTGTTCCTTTATCCCTTGACATTTTGCTGCTTAATGAGACAGACAGATTTTATTTTCTTAATTCAAACCCTCTTTCTTATTATTTATTTCGAAGCTATTTTGCATATTTCCATGGTTGTGGAC
CTGTGGTTTGTATGAAAGGTGGATTATGTGTTGACAACATAAACAGAACCACATATTTTATGCATTGGTTGTCATCGTATGATCTCATTAATGAGTTTCTGCCCTGCATGTTTTGAACATTATAATCCTTTAATGCAGCGAACCGACCTGGCTTTTTCCTTTTCTTCTTCATTTGCATTTTATTCGTTTTCTAAGATTCC
AGTCTCCGATCCTATCCATGTTTTCTAGTCTCCATTTTTTTATTCGGAGTTCCATTGTTTCTCTGTTACTATTTCAACTGATTTTCGAATTTTCTAAGTTTTATGGTTTTTTGCAGTCTGGGTTTTTAAAATTTTCGAATAGCAAGCGAGAATTCGAACCCTAATGGCTAGCTGCTCAAAGCCTGAGCTTATTCCTACCT
CGCAACCAAGCCACGGCAATTATTCCGTCGAAATGAAGAAGGTAACACGGGAATGAACTTCTTTAGCTTTTCTTCTTCATTTTGATTTAGTTTTCATTGTTTCTCTGTTTCCCTTTATTCGTTTAGGATCCTGCCTTTTTTTTATTTGGTTTTCATTGTTTCTCTGTTTCAGTTTTAACTGATTTTCGAATTTCTATGTT
ATGTTTTTGTGTTTTTGGGTTGATCTGCTTGATAAACTATTAATCTAAGGTTATGTGTGAGTGGTTTCAGTTTGGTATGAGATTAGCAAAGTTTGTATTATAGTAAATATTATCAAATTTATATCTAATATAGGAATAGATCGACGCCTTGCTATGAAGCTTATGGGAATTTGTTTTAATCTTGGTT