sp|Q9FN03|UVR8_ARATH ----> Ultraviolet-B receptor UVR8

Intron 1 GTAGCTAATG ... TGGGGTCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	38.67	23	16	13
A2	57.14	6	8	8
A3	57.14	3	6	2
A4	36.84	6	6	1
A5	42.86	12	11	7
A6	33.33	1	1	0
A7	-1	0	0	0
A8	-1	0	0	0
A9	-1	0	0	0
A10	-1	0	0	0

>TRINITY_DN120856_c2_g1_i9 from sample A2 / Example spliced isoform

GAGGAGACAGTCTCCTGGTAATAATGACAACTACAAGTGATGGCCGCTTTATAATAATAAAAGCTATTAATATTTATGGGCCCGGATTAAATTTAAACCTGCTTTTCCCGTGAGCGGTTTTGTCAAAACCGGTTTTAAATTCACATCCGGTTTTAGGTTTCAGAACCAAAAGAAAGTTATAATTCACAGAAAAAAAAACC
TGCAGAAATCAAAAGCACAGCAGCAGGAGGAGAGAGAGATCCCGGGAAACGGCAAACGCAGTAACTAATCTCGAGGCTCCAAGGCCTCTCCCCATCGACGTCACGGGTTCAAATCACCGCGCTTCGGTTTTCCTGGTGTCGTCTCCGGGTCCCTGCTAAATACGGTCCCGAGGGTTTCGAAACCCAGACATTGAGCTGGA
CTGAACGGTACACCTTTCAAATCCACGCGATGGCGACGGAAGCGGCTTCTAAGCAGGAAGAAAAGGCTCCCAAGGCGGGCGAGTTGCTGTTTTGCGGTGCAACGCAGTGGGAGTTAGTCGGCCGGAAGACCGCGGACGCAAGCGCTACAAATCTCATGTCTCCCACACGTCTGCGGCCTCTTATGGGGATCGACATATGT
TTCGTAGCAGCTGGTTCCGGTATTTACAATTCTTCACCTAATATTTATCATGATCTTTTGCGTCCGGCGCTTTGTAATGCAAATGCGGGGGATTCGAACTCTAGATCTCTTTCTTTATAGTATTTTCATGTCAGTAATGTTTTTATTCGTCGGAACTTTTCTGTACAAAGAATGTTACGGTAAAGATCAATAAGTGTTCA
GAAAATTAACCGTTTTAAGGGAATACGACTTAAGTTAACCAGCTCAGTGGAGCGACGTTATGTTAGAATTTTAAAGTATTTTCTGGGTTTGTAATATCTTGGATGTTAGCTGTTTCAAGTATTCTTGGCGGGAAGCAGTTTTGAAATTTAAATTTCGTTTGAGGTTTTTAAACGGCGTTTAGGAGGAAACAGTGGCTTGC
AGGGTGGGATTTAGATACTTCACCTTGGTCAGGTTAAATGAGTCAACCGAGTTTACATGAGCTCTCCAGCGGATTTAGGACTCTGTGTATAATAATGTTAATTTATATCAGGGTTTAAATGTGCTGAACGCTCCGGGATTCTTCAAGTAATTTTGGCGGGAAGCAGCTTATAAGTTTGAATTTCGTTTGAGGTTTTTAAA
TGGTGTTTATTCAGCGGAAAATGTTCACTTGCAGACTGGGGTTAAGGTAGCTAAAGTTGGTCGGGTCAGAGATGGCAACCTTGGTGATCACAACTTTCTAGAGGGGTTTAGGACGTGGTTCAAGCTAACCTTGTTTCCTGAGCTGCTCAGTGTCGGTGTTGAGATTGGCTTAACTGGTGACCTGCTGGTGTTAAATGTGC
ACACCTTTGTTAACCAGGTTGTCTAGAGAACTTAGAACCAATGTTTGAAAAATCGGAATCAGACTAGGAATTGAT

>TRINITY_DN120856_c2_g1_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GAGGAGACAGTCTCCTGGTAATAATGACAACTACAAGTGATGGCCGCTTTATAATAATAAAAGCTATTAATATTTATGGGCCCGGATTAAATTTAAACCTGCTTTTCCCGTGAGCGGTTTTGTCAAAACCGGTTTTAAATTCACATCCGGTTTTAGGTTTCAGAACCAAAAGAAAGTTATAATTCACAGAAAAAAAAACC
TGCAGAAATCAAAAGCACAGCAGCAGGAGGAGAGAGAGATCCCGGGAAACGGCAAACGCAGTAACTAATCTCGAGGCTCCAAGGCCTCTCCCCATCGACGTCACGGGTTCAAATCACCGCGCTTCGGTTTTCCTGGTGTCGTCTCCGGGTCCCTGCTAAATACGGTCCCGAGGGTTTCGAAACCCAGACATTGAGCTGGA
CTGAACGGTACACCTTTCAAATCCACGCGATGGCGACGGAAGCGGCTTCTAAGCAGGAAGAAAAGGCTCCCAAGGCGGGCGAGTTGCTGTTTTGCGGTGCAACGCAGTGGGAGTTAGTCGGCCGGAAGACCGCGGACGCAAGCGCTACAAATCTCATGTCTCCCACACGTCTGCGGCCTCTTATGGGGATCGACATATGT
TTCGTAGCAGCTGGTTCCGGTATTTACAATTCTTCACCTAATATTTATCATGATCTTTTGCGTCCGGCGCTTTGTAATGCAAATGCGGGGGATTCGAACTCTAGATCTCTTTCTTTATAGTATTTTCATGTCAGTAATGTTTTTATTCGTCGGAACTTTTCTGTACAAAGAATGTTACGGTAAAGATCAATAAGTGTTCA
GAAAATTAACCGTTTTAAGGGAATACGACTTAAGTTAACCAGCTCAGTGGAGCGACGTTATGTTAGAATTTTAAAGTATTTTCTGGGTTTGTAATATCTTGGATGTTAGCTGTTTCAAGTATTCTTGGCGGGAAGCAGTTTTGAAATTTAAATTTCGTTTGAGGTTTTTAAACGGCGTTTAGGAGGAAACAGTGGCTTGC
AGGGTGGGATTTAGATACTTCACCTTGGTCAGGTTAAATGAGTCAACCGAGTTTACATGAGCTCTCCAGCGGATTTAGGACTCTGTGTATAATAATGTTAATTTATATCAGGGTTTAAATGTGCTGAACTCTCCGGGATTCTTCGAGTAATTTTGGCGGGAAGCAGCTTATAAGTTTGAATTTCGTTTGAGGTTTTTAAA
TGGTGTTTATTCAGCGGAAAATGTTCACTTGCAGACTGGGGTTAAGgtagctaatgttcgtcgggtcagatatggaaaccttggtgatcagaattttccagaggatttaagacgttgttcaagctaaccttgcttcctgagctgctcagtgttggcgtcaagagattggcttaaccggtgacctgctggtcttaattgtg
caaacctttgttaactgaggtgtctagagaacataaaacctggttcaagctattttatttctcaggatgctctgggtcgttgtcaagaaattttctcaactagcgatccagtgaattctgtggaaaatggtgtttgttcagaggaaaatgttcagtagcagactggggtctagGTAGCTAAAGTTGGTCGGGTCAGAGAT
GGCAACCTTGGTGATCACAACTTTCTAGAGGGGTTTAGGACGTGGTTCAAGCTAACCTTGTTTCCTGAGCTGCTCAGTGTCGGTGTTGAGATTGGCTTAACTGGTGACCTGCTGGTGTTAAATGTGCACACCTTTGTTAACCAGGTTGTCTAGAGAACTTAGAACCAATGTTTGAAAAATCGGAATCAGACTAGGAATTG
AT

Intron 2 GTACATTAGA ... TTGTATATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.03	263	64.6	18.6
A2	22.78	174	50.8	8.8
A3	23.34	208.5	61.9	9.6
A4	25.17	173.5	57.6	9.5
A5	26.33	81	28	3.9
A6	24.54	341	107.4	15.3
A7	24.91	719.5	233.1	29.3
A8	21.48	649.1	172.1	29.4
A9	20.32	738	183.1	32.6
A10	25	512	166.4	24.1

>TRINITY_DN127121_c2_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

AAAAGAAAGTTATAATTCACAGAAAAGAAAACCTGCAGAAATCAAAAGCACAGCAGCAGGAGGAGAGAGAGATCCCGGGAAACGGCAAACGCAGTAACTAATCTCGAGGCTCCAAGGCCTCTCCCCATCGACGTCACGGGTTCAAATCACCGCGCTTCGGTTTTCCTGGTGTCGTCTCCGGGTCCCTGCTAAATACGGTC
CCGAGGGTTTCGAAACCCAGACATTGAGCTGGACTGAACGGTACACCTTTCAAATCCACGCGATGGCGACGGAAGCGGCTTCTAAGCAGGAAGAAAAGGCTCCCAAGGCGGGCGAGTTGCTGTTTTGCGGTGCAACGCAGTGGGAGTTAGTCGGCCGGAAGACCGCGGACGCAAGCGCTACAAATCTCATGTCTCCCACA
CGTCTGCGGCCTCTTATGGGGATCGACATATGTTTCGTAGCAGCTGGTTCCGTGTCAAGTCATTGTGTTGCGCTGGATGTTGATGGGCGTTGTTACACTTGGGGCCGCAATGAGAAGGGACAACTTGGACATGGGGACCTAGTACAGCGTGACATGCCAACCAGGGTACCAGGATTGTCAAACCATAGAATTGTAAAAGC
AGGAAGTGGAAGGCAGCATACAGTTGTAGTGACAGAGGATGGACTTTCTTTTGCATTTGGCTGGAACAAGCATGGGCAATTAGGTACCGGATCCACAAGAAATGAGATGGAGAGCTCTCCAGTACGGTGCCTTGTATCAGATGCCACAAATACTTACTGTGGAGCTGATTTCACTGTGTGGCTATCTACTGTACAAGGCT
CTTCTATCTTGACTGCAGGTCTTCCGCAATATGGTCAGCTTGGTCATGGATCAGATAATGAGTACAACTCAAAAGAGGGTACAGTAAAACTGGCCTATGAAGCACAGCCTCGTCCTCGAGCAATTGCTGCCTTATCAGCAAAAACAATCACTAAAATTGCATGTGGTAACAATCACACAGTTGCAGTGGACTCGGATGGA
TTTGTTTACACATGGGGATTTGGAGGGTATGGAAGGCTAGGGCATAGGGAACAGAAAGATGAGTGGAGTCCACGGGTTGTGGATACTTTTCAAAAGAGTAATCTGATTCCTCCTACAGCTGTGGTTGCAGCTGGTGCCACTTACTCTGCATGTACCGCAGGGGGTGGTCAACTTTACATGTGGGGTAAAGTGAAACCGAC
TTCTGATAATTGGATGTATCCAAAACCGGTTTTTGACTTAAGTGGGTGGCAAATACGATGCATGGATTCTGGTAATACACATAGTGTATGTGGTGCTGATGATTCAATTATTGGCTTTGGCACATCCCAATATGGAGAACTTGGATTTGGTGCATCGGGTCCAAAGTCATCGGCAAATCCGAAGAAGATTGATATTCTTG
AAGGAATGCATGCTATCAGCGTTGCGTGTGGTCTTGGGCACTCCCTTATAGTGGTTGATCGAACAAATATTGGTGAGCGACTAGAAAAGCTTGATGTATATGAAGGCAGGAGTCCCACAGAAGCTGCTATTGAGGCCGTGGAGGATATATCAAATAAAAAACAGCCTGTTAACAAATCGGGAAAGAAACGCAAAAGTGTT
TCTGACGGTGCAACTGCTGAGGCCTCTGCCAAAGCTGAGAAAAAGCCTCGCAAAAAGGTTTCAAAGAAAAAAGATTTGTCAGACACAGAGAATAGTAATGAGTCTAATGATGATGACGACGGTGATGATGACGATGATACTTATAAAGAAGGTGCAAATGGTTCATCAAAGAGTAACAGTAAGAGCCGTGGTCGTGGTCG
TGGCCGTGGTAAATCCAGTGGAAAAAATGTGGTCAAAGATCATACGAGCAGTACTGCTGCCAGAGGTCGAGGAAAAGGACGAGTTACCAAAGGTGGCAAAGCGAAATAAGAAATGCAGTTTTCCTACAGTTATTGACTTTTAGGATATATGGAAGCTATTTGTCGAGTACATCCATTTGTTTCAGAAACTAGTAACTAAT
TTTCACTATCCACTGCCCCTTGGGGCACGGGGGCACCTGTGGGAAGGTAAATTTTGTATATTTAGATTGTTATTGCAAAGGTATATTTATTACGAGCCAAGGCTTACCCTGCTACCCTGATGTATTCATTGGTTTGTAGTTTAGGCTTTATTGATTCAAAGGCATTAACCTTGTTTCCAAAACATTTGCTAATATATTTT
TCTCTGTTATTCCAAGTAGACACGGGACATACGATATTTAATGTTTGCAGTTTTACTCTAACAAGCTTGCTGATGGTGAAGTGAATGCATCCTATGGTTGAACTTAGCAAGTTCCCATTTATTATTGAACGCAACACTGTCTAGTTTGAAATTAATACTTTCACTATGTTCCATCAAGTGCGGTGTCCTTTGAAGTGTGT
TATGGTAGTGAACAAAGTGTGCTGAAACTTACTGAAAAACTCATTAATTAACTGAAGTCCTCCCGGATCTTCTCATCATAGTAGTTTTAAGACAGAATTATTTATAATATACA

>TRINITY_DN127121_c2_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AAAAGAAAGTTATAATTCACAGAAAAGAAAACCTGCAGAAATCAAAAGCACAGCAGCAGGAGGAGAGAGAGATCCCGGGAAACGGCAAACGCAGTAACTAATCTCGAGGCTCCAAGGCCTCTCCCCATCGACGTCACGGGTTCAAATCACCGCGCTTCGGTTTTCCTGGTGTCGTCTCCGGGTCCCTGCTAAATACGGTC
CCGAGGGTTTCGAAACCCAGACATTGAGCTGGACTGAACGGTACACCTTTCAAATCCACGCGATGGCGACGGAAGCGGCTTCTAAGCAGGAAGAAAAGGCTCCCAAGGCGGGCGAGTTGCTGTTTTGCGGTGCAACGCAGTGGGAGTTAGTCGGCCGGAAGACCGCGGACGCAAGCGCTACAAATCTCATGTCTCCCACA
CGTCTGCGGCCTCTTATGGGGATCGACATATGTTTCGTAGCAGCTGGTTCCGTGTCAAGTCATTGTGTTGCGCTGGATGTTGATGGGCGTTGTTACACTTGGGGCCGCAATGAGAAGGGACAACTTGGACATGGGGACCTAGTACAGCGTGACATGCCAACCAGGGTACCAGGATTGTCAAACCATAGAATTGTAAAAGC
AGGAAGTGGAAGGCAGCATACAGTTGTAGTGACAGAGGATGGACTTTCTTTTGCATTTGGCTGGAACAAGCATGGGCAATTAGGTACCGGATCCACAAGAAATGAGATGGAGAGCTCTCCAGTACGGTGCCTTGTATCAGATGCCACAAATACTTACTGTGGAGCTGATTTCACTGTGTGGCTATCTACTGTACAAGGCT
CTTCTATCTTGACTGCAGGTCTTCCGCAATATGGTCAGCTTGGTCATGGATCAGATAATGAGTACAACTCAAAAGAGGGTACAGTAAAACTGGCCTATGAAGCACAGCCTCGTCCTCGAGCAATTGCTGCCTTATCAGCAAAAACAATCACTAAAATTGCATGTGGTAACAATCACACAGTTGCAGTGGACTCGGATGGA
TTTGTTTACACATGGGGATTTGGAGGGTATGGAAGGCTAGGGCATAGGGAACAGAAAGATGAGTGGAGTCCACGGGTTGTGGATACTTTTCAAAAGAGTAATCTGATTCCTCCTACAGCTGTGGTTGCAGCTGGTGCCACTTACTCTGCATGTACCGCAGGGGGTGGTCAACTTTACATGTGGGGTAAAGTGAAACCGAC
TTCTGATAATTGGATGTATCCAAAACCGGTTTTTGACTTAAGTGGGTGGCAAATACGATGCATGGATTCTGGTAATACACATAGTGTATGTGGTGCTGATGATTCAATTATTGGCTTTGGCACATCCCAATATGGAGAACTTGGATTTGGTGCATCGGGTCCAAAGTCATCGGCAAATCCGAAGAAGATTGATATTCTTG
AAGGAATGCATGCTATCAGgtacattagattctatacatgattggtttttaatttgtctgattaagtgtatataatctgggattctggactaattgtagctttttcagtttttttctttaattaatcttctttatctataactcttgtagatatatgaatgttttcgatgattttattttcatagtcatttctctctgct
taatttatatatcctttttgctactaactgttgagaaatttgtatatagCGTTGCGTGTGGTCTTGGGCACTCCCTTATAGTGGTTGATCGAACAAATATTGGTGAGCGACTAGAAAAGCTTGATGTATATGAAGGCAGGAGTCCCACAGAAGCTGCTATTGAGGCCGTGGAGGATATATCAAATAAAAAACAGCCTGTT
AACAAATCGGGAAAGAAACGCAAAAGTGTTTCTGACGGTGCAACTGCTGAGGCCTCTGCCAAAGCTGAGAAAAAGCCTCGCAAAAAGGTTTCAAAGAAAAAAGATTTGTCAGACACAGAGAATAGTAATGAGTCTAATGATGATGACGACGGTGATGATGACGATGATACTTATAAAGAAGGTGCAAATGGTTCATCAAA
GAGTAACAGTAAGAGCCGTGGTCGTGGTCGTGGCCGTGGTAAATCCAGTGGAAAAAATGTGGTCAAAGATCATACGAGCAGTACTGCTGCCAGAGGTCGAGGAAAAGGACGAGTTACCAAAGGTGGCAAAGCGAAATAAGAAATGCAGTTTTCCTACAGTTATTGACTTTTAGGATATATGGAAGCTATTTGTCGAGTAC
ATCCATTTGTTTCAGAAACTAGTAACTAATTTTCACTATCCACTGCCCCTTGGGGCACGGGGGCACCTGTGGGAAGGTAAATTTTGTATATTTAGATTGTTATTGCAAAGGTATATTTATTACGAGCCAAGGCTTACCCTGCTACCCTGATGTATTCATTGGTTTGTAGTTTAGGCTTTATTGATTCAAAGGCATTAACC
TTGTTTCCAAAACATTTGCTAATATATTTTTCTCTGTTATTCCAAGTAGACACGGGACATACGATATTTAATGTTTGCAGTTTTACTCTAACAAGCTTGCTGATGGTGAAGTGAATGCATCCTATGGTTGAACTTAGCAAGTTCCCATTTATTATTGAACGCAACACTGTCTAGTTTGAAATTAATACTTTCACTATGTT
CCATCAAGTGCGGTGTCCTTTGAAGTGTGTTATGGTAGTGAACAAAGTGTGCTGAAACTTACTGAAAAACTCATTAATTAACTGAAGTCCTCCCGGATCTTCTCATCATAGTAGTTTTAAGACAGAATTATTTATAATATACA

Intron 3 GTCAGTGAGT ... ATGCTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	2.77	363	0	10
A2	2.25	268.5	0	6
A3	0.39	265.3	0	1
A4	0.65	327.8	0	2
A5	1.82	112	0	2
A6	0	263.3	0	0
A7	0	691.5	0	0
A8	0	507.5	0	0
A9	0	639.5	0	0
A10	0	576.8	0	0

>TRINITY_DN120856_c2_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

GAGGAGACAGTCTCCTGGTAATAATGACAACTACAAGTGATGGCCGCTTTATAATAATAAAAGCTATTAATATTTATGGGCCCGGATTAAATTTAAACCTGCTTTTCCCGTGAGCGGTTTTGTCAAAACCGGTTTTAAATTCACATCCGGTTTTAGGTTTCAGAACCAAAAGAAAGTTATAATTCACAGAAAAAAAAACC
TGCAGAAATCAAAAGCACAGCAGCAGGAGGAGAGAGAGATCCCGGGAAACGGCAAACGCAGTAACTAATCTCGAGGCTCCAAGGCCTCTCCCCATCGACGTCACGGGTTCAAATCACCGCGCTTCGGTTTTCCTGGTGTCGTCTCCGGGTCCCTGCTAAATACGGTCCCGAGGGTTTCGAAACCCAGACATTGAGCTGGA
CTGAACGGTACACCTTTCAAATCCACGCGATGGCGACGGAAGCGGCTTCTAAGCAGGAAGAAAAGGCTCCCAAGGCGGGCGAGTTGCTGTTTTGCGGTGCAACGCAGTGGGAGTTAGTCGGCCGGAAGACCGCGGACGCAAGCGCTACAAATCTCATGTCTCCCACACGTCTGCGGCCTCTTATGGGGATCGACATATGT
TTCGTAGCAGCTGGTTCCGTGTCAAGTCATTGTGTTGCGCTGGATGTTGATGGGCGTTGTTACACTTGGGGCCGCAATGAGAAGGGACAACTTGGACATGGGGACCTAGTACAGCGTGACATGCCAACCAGGGTACCAGGATTGTCAAACCATAGAATTGTAAAAGCAGGAAGTGGAAGGCAGCATACAGTTGTAGTGAC
AGAGGATGGACTTTCTTTTGCATTTGGCTGGAACAAGCATGGGCAATTAGGTACCGGATCCACAAGAAATGAGATGGAGAGCTCTCCAGTACGGTGCCTTGTATCAGATGCCACAAATACTTACTGTGGAGCTGATTTCACTGTGTGGCTATCTACTGTACAAGGCTCTTCTATCTTGACTGCAGGTCTTCCGCAATATG
GTCAGCTTGGTCATGGATCAGATAATGAGTACAACTCAAAAGAGGGTACAGTAAAACTGGCCTATGAAGCACAGCCTCGTCCTCGAGCAATTGCTGCCTTATCAGCAAAAACAATCACTAAAATTGCATGTGGTAACAATCACACAGTTGCAGTGGACTCGGATGGATTTGTTTACACATGGGGATTTGGAGGGTATGGA
AGGCTAGGGCATAGGGAACAGAAAGATGAGTGGAGTCCACGGGTTGTGGATACTTTTCAAAAGAGTAATCTGATTCCTCCTACAGCTGTGGTTGCAGCTGGTGCCACTTACTCTGCATGTACCGCAGGGGGTGGTCAACTTTACATGTGGGGTAAAGTGAAACCGACTTCTGATAATTGGATGTATCCAAAACCGGTTTT
TGACTTAAGTGGGTGGCAAATACGATGCATGGATTCTGGTAATACACATAGTGTATGTGGTGCTGATGATTCAATTATTGGCTTTGGCACATCCCAATATGGAGAACTTGGATTTGGTGCATCGGGTCCAAAGTCATCGGCAAATCCGAAGAAGATTGATATTCTTGAAGGAATGCATGCTATCAGCGTTGCGTGTGGTC
TTGGGCACTCCCTTATAGTGGTTGATCGAACAAATATTGGTGAGCGACTAGAAAAGCTTGATGTATATGAAGGCAGGAGTCCCACAGAAGCTGCTATTGAGGCCGTGGAGGATATATCAAATAAAAAACAGCCTGTTAACAAATCGGGAAAGAAACGCAAAAGTGTTTCTGACGGTGCAACTGCTGAGGCCTCTGCCAAA
GCTGAGAAAAAGCCTCGCAAAAAGGTTTCAAAGAAAAAAGATTTGTCAGACACAGAGAATAGTAATGAGTCTAATGATGATGACGACGGTGATGATGACGATGATACTTATAAAGAAGGTGCAAATGGTTCATCAAAGAGTAACAGTAAGAGCCGTGGTCGTGGTCGTGGCCGTGGTAAATCCAGTGGAAAAAATGTGGT
CAAAGATCATACGAGCAGTACTGCTGCCAGAGGTCGAGGAAAAGGACGAGTTACCAAAGGTGGCAAAGCGAAATAAGAAATGCAGTTTTCCTACAGTTATTGACTTTTAGGATATATGGAAGCTATTTGTCGAGTACATCCATTTGTTTCAGAAACTAGTAACTAATTTTCACTATCCACTGCCCCTTGGGGCACGGGGG
CACCTGTGGGAAGGTAAATTTTGTATATTTAGATTGTTATTGCAAAGGTATATTTATTACGAGCCAAGGCTTACCCTGCTACCCTGATGTATTCATTGGTTTGTAGTTTAGGCTTTATTGATTCAAAGGCATTAACCTTGTTTCCAAAACATTTGCTAATATATTTTTCTCTGTTATTCCAAGTAGACACGGGACATACG
ATATTTAATGTTTGCAGTTTTACTCTAACAAGCTTGCTGATGGTGAAGTGAATGCATCCTATGGTTGAACTTAGCAAGTTCCCATTTATTATTGAACGCAACACTGTCTAGTTTGAAATTAATACTTTCACTATGTTCCATCAAGTGCGGTGTCCTTTGAAGTGTGTTATGGTAGTGAACAAAGTGTGCTGAAACTTACT
GAAAAACTCATTAATTAACTGAAGTCCTCCCGGATCTTCTCATCATAGTAGTTTTAAGACAGAATTATTTATAATATACAGTTTACTAAAAGTTATGGTGGCTGCTACATTTTAGCAGCAACCTCATTTAATATTGCAAGCACGTATGCTTTTAATTTGAATTATGAGTTTATTTCACAATAAGTCCACGTATGTTATAT
CTGTCCAAGAAAGTTGGGGATTTTTTTCCTTTTGCAGGTTTTTTTCATTATTTCCCCAATTACACCACTCCTGCTTGCTGATTCTTTGCCGCCGGGTTATTGTAACATTTTCTTGAGTTCTGATTTGTTGACCCTTGCTGCGTTAATCCCGAGGTGGATTCTTTCATCATTAGAATGTTCTGATACTTTGAGGGAAGACA
AATGTAAGTTTTGCATATACCTGGTGATTATAAGATCAAATTCTAAATAATACTACTAGGTGGGTTGCTTTCTATAAACTGACGGGTATGATGTTTTGGATGTATAATATGAGTCAAAGTTCAGAATGATCTAGCCATTTTCTGTTGGTGGGCTTTTCTCTTTTCTCACTTTCCAGTGATAGCATTCTTAAGCAGCTAAA
ACCTTGTGCTTAGCGAATTTAACACAATAATACAGGTCTTCCTTTTCAG

>TRINITY_DN120856_c2_g1_i14 from sample A2 / Example unspliced isoform:

TGCATGTGGTAACAATCACACAGgtcagtgagtaatattaaacaagagatattatcattttgtttctgctactttccaacacatcttatagaacattctttttcaaaacatgacattaactgtagcacatattatgagtttatggtaattgatgtcttagttaacttagacattacattttctgatatgcttgcagTTGC
AGTGGACTCGGATGGATTTGTTTACACGTATGTAGCTTGTCTCCTTTATCCATCTCTTTAGTCAATTAAATGAATTTTTAGTAGTATATACCAAGTTGCTCTTCTTCAATTCTTGTACTTTAAGGTTAAGGATCATGTTGGTAATTTTAATTTATTTGATTTTATTCGTTATCAGTGAGTGACATGATCTGGAGGAACCC
TAAATCTTAGCTTTTGTTATGGACTGTGAAAAAGAAAACAGTTCTTGCCCAAGTCTATTGTATTGCAAAAGCCAGAAACCCCAGGGAAACTCTAAATGAGCTTACATCATAGAACACAAGTGTGGTGCACGTATTAATACAATTGATATTATGAGTAACTGGTGCAATTATTACATAGAAGTTCACATTCATACAGGTTA
CACATGGTGC

Intron 4 GCAAGTATTC ... GTGATTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	39.05	74.1	9.8	46.8
A2	34.38	70.3	5	35.8
A3	21.29	75.5	12	19
A4	26.04	36.5	2	12
A5	24.36	35.3	4	11
A6	28.62	272.3	21.8	104
A7	24.37	374.6	46	114.3
A8	30.12	577.3	54	238
A9	29.91	398.5	44	162
A10	27.34	287.6	44	99.5

>TRINITY_DN45123_c1_g1_i14 from sample A8 / Example spliced isoform

CAAAAGCACAGCAGCAGGAGGAGAGAGAGAGCCCGGGAAACGGCAAACGCAGTAACTAATCTCGAGGCTCCAAGGCCTCTCCCCATCGACGTCACGGGTTCAAATCACCGCGCTTCGGTTTTCCTGGTGTCGTCTCCGGGTCCCTGCTAAATACGGTCCCGAGGGTTTCGAAACCCAGACATTGAGCTGGACTGAACGGT
ACACCTTTCAAATCCACGCGATGGCGACGGAAGCGGCTTCTAAGCAGGAAGAAAAGGCTCCCAAGGCGGGCGAGTTGCTGTTTTGCGGTGCAACGCAGTGGGAGTTAGTCGGCCGGAAGACCGCGGACGCAAGCGCTACAAATCTCATGTCTCCCACACGTCTGCGGCCTCTTATGGGGATCGACATATGTTTCGTAGCA
GCTGGTTCCGTGTCAAGTCATTGTGTTGCGCTGGATGTTGATGGGCGTTGTTACACTTGGGGCCGCAATGAGAAGGGACAACTTGGACATGGGGACCTAGTACAGCGTGACATGCCAACCAGGGTACCAGGATTGTCAAACCATAGAATTGTAAAAGCAGGAAGTGGAAGGCAGCATACAGTTGTAGTGACAGAGGATGG
ACTTTCTTTTGCATTTGGCTGGAACAAGCATGGGCAATTAGGTACCGGATCCACAAGAAATGAGATGGAGAGCTCTCCAGTACGGTGCCTTGTATCAGATGCCACAAATACTTACTGTGGAGCTGATTTCACTGTGTGGCTATCTACTGTACAAGGCTCTTCTATCTTGACTGCAGGTCTTCCGCAATATGGTCAGCTTG
GTCATGGATCAGATAATGAGTACAACTCAAAAGAGGGTACAGTAAAACTGGCCTATGAAGCACAGCCTCGTCCTCGAGCAATTGCTGCCTTATCAGCAAAAACAATCACTAAAATTGCATGTGGTAACAATCACACAGTTGCAGTGGACTCGGATGGATTTGTTTACACATGGGGATTTGGAGGGTATGGAAGGCTAGGG
CATAGGGAACAGAAAGATGAGTGGAGTCCACGGGTTGTGGATACTTTTCAAAAGAGTAATCTGATTCCTCCTACAGCTGTGGTTGCAGCTGGTGCCACTTACTCTGCATGTACCGCAGGGGGTGGTCAACTTTACATGTGGGGTAAAGTGAAACCGACTTCTGATAATTGGATGTATCCAAAACCGGTTTTTGACTTAAG
TGGGTGGCAAATACGATGCATGGATTCTGGTAATACACATAGTGTATGTGGTGCTGATGATTCAATTATTGGCTTTGGCACATCCCAATATGGAGAACTTGGATTTGGTGCATCGGGTCCAAAGTCATCGGCAAATCCGAAGAAGATTGATATTCTTGAAGGAATGCATGCTATCAGCGTTGCGTGTGGTCTTGGGCACT
CCCTTATAGTGGTTGATCGAACAAATATTGGTGAGCGACTAGAAAAGGTATACCAGATTCTATTTGAAGTGTTGCTTGAGTTTTGTCCACCAATCAACTTCTCTACTTTCGTACGATATTTCTTCAAGGCTATCCAGTATTCAGGCTTTAAAACTTTCCCCTCCAATTTTGAATAGTCATAAGGTTGCTATGTACCTCTT
GGCATCTACACAAAATTAATTTACAGCAAGTCTTCTGTTTTCATATTGGTGAGCGACTAGAAAAGCTTGATGTATATGAAGGCAGGAGTCCCACAGAAGCTGCTATTGAGGCCGTGGAGGATATATCAAATAAAAAACAGCCTGTTAACAAATCGGGAAAGAAACGCAAAAGTGTTTCTGACGGTGCAACTGCTGAGGCC
TCTGCCAAAGCTGAGAAAAAGCCTCGCAAAAAGGTTTCAAAGAAAAAAGATTTGTCAGACACAGAGAATAGTAATGAGTCTAATGATGATGACGACGGTGATGATGACGATGATACTTATAAAGAAGGTGCAAATGGTTCATCAAAGAGTAACAGTAAGAGCCGTGGTCGTGGTCGTGGCCGTGGTAAATCCAGTGGAAA
AAATGTGGTCAAAGATCATACGAGCAGTACTGCTGCCAGAGGTCGAGGAAAAGGACGAGTTACCAAAGGTGGCAAAGCGAAATAAGAAATGCAGTTTTCCTACAGTTATTGACTTTTAGGATATATGGAAGCTATTTGTCGAGTACATCCATTTGTTTCAGAAACTAGTAACTAATTTTCACTATCCACTGCCCCTTGGG
GCACGGGGGCACCTGTGGGAAGGTAAATTTTGTATATTTAGATTGTTATTGCAAAGGTATATTTATTACGAGCCAAGGCTTACCCTGCTACCCTGATGTATTCATTGGTTTGTAGTTTAGGCTTTATTGATTCAAAGGCATTAACCTTGTTTCCAAAACATTTGCTAATATATTTTTCTCTGTTATTCCAAGTAGACACG
GGACATACGATATTTAATGTTTGCAGTTTTACTCTAACAAGCTTGCTGATGGTGAAGTGAATGCATCCTATGGTTGAACTTAGCAAGTTACCATTTATTATTGAACGCAACACTGTCTAGTTTGAAATTAATACTTTCACTATGTTCCATCAAGTGCGGTGTCCTTTGAAGTGTGTTATGGTAGTGAACAAAGTGTGCTG
AAACTTACTGAAAAACTCATTAATTAACTGAAGTCCTCCCGGATCTTCTCATCATAGTAGTTTTAAGACAGAATTATTTATAATATACAGTTTACTAAAAGTTATGGTGGCTGCTACATTTTAGCAGCAACCTCATTTAATATTGCAAGCACGTATGCTTTTAATTTGAATTATGAGTTTATTTCACAATAAGTCCACGT
ATGTTATATCTGTCCAAGAAAGTTGGGGATTTTTTTCCTTTTCCAGATTTTTTTCATTATTTCCCCAATTACACCACTCCTGCTTGCTGATTCTTTGCCGCCGGGTTATTGTAACATTTTCTTGAGTTCTGATTTGTTGACCCTTGCTGCATTAATCCCGAGGCGGATTCTTTCATCATTAGAATGTGCTGATACTTTGA
GGGAAGACAAATGTAACTGTTGCATAGTGCATTGCGAGAGTCTACACTGGGAGACACTCTTTTAGTGCGTGAAGTCTACATGAGATTGGGAGTATTATGAATCTGTATGAACAAGTTGTTTCTATTGTTGGACGTACTTTGTCTCCTTTTGAAGAGGACAATCAAATCCTGTGTTCTGGATTCGGTGATGGTTGGAAACT
ATAAAGCTTTTATCCATTGTGATTGCATGTTTCTTTTTTCTACATCATAGTTGGATCATTACTTACTATTGTGTATCTTTAGAGGCAGCATGGTGCAACAACTGCACACAATGATAATGTCTTCAACTTCTATGAAAAAAATCAACCTTGCACTGGGTTTGAACAAGTACTTGAGAGCCACAAGTTTCTGATTATGGCCA
TAAGTTTTGCTCATAGAAGAGATTTCTATGAACTAAGAGGATAGGAAGTCTTTGGTTAATTCAGTTGATGTGACAATTATGTGGTCTCGTTGAATATAACAGACAAAAATTTTAGAATCAAAATATAAATTGTTTAAATGGTGTGACATTTTTGAACAATTGAGTTTCTATACACCTTATTCGTGAAGCAACTCAAATTG
AATGACTAAATTTATGAACAATACAAAACAGGGAAGTATCGAGACTAGAAAGTGGAAAGGTGTGATGAGAAACTGTAGCATAATAATTCAAAGAATCCAGTGAGAAACAATAGGACCTCGATAGTGAAAAATCAGGGCAAAGGAGAAAAGCAGCAACATGCAGGAAGCAAATAATTATCTTCAAAAGGGG

>TRINITY_DN45123_c1_g1_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CAAAAGCACAGCAGCAGGAGGAGAGAGAGAGCCCGGGAAACGGCAAACGCAGTAACTAATCTCGAGGCTCCAAGGCCTCTCCCCATCGACGTCACGGGTTCAAATCACCGCGCTTCGGTTTTCCTGGTGTCGTCTCCGGGTCCCTGCTAAATACGGTCCCGAGGGTTTCGAAACCCAGACATTGAGCTGGACTGAACGGT
ACACCTTTCAAATCCACGCGATGGCGACGGAAGCGGCTTCTAAGCAGGAAGAAAAGGCTCCCAAGGCGGGCGAGTTGCTGTTTTGCGGTGCAACGCAGTGGGAGTTAGTCGGCCGGAAGACCGCGGACGCAAGCGCTACAAATCTCATGTCTCCCACACGTCTGCGGCCTCTTATGGGGATCGACATATGTTTCGTAGCA
GCTGGTTCCGTGTCAAGTCATTGTGTTGCGCTGGATGTTGATGGGCGTTGTTACACTTGGGGCCGCAATGAGAAGGGACAACTTGGACATGGGGACCTAGTACAGCGTGACATGCCAACCAGGGTACCAGGATTGTCAAACCATAGAATTGTAAAAGCAGGAAGTGGAAGGCAGCATACAGTTGTAGTGACAGAGGATGG
ACTTTCTTTTGCATTTGGCTGGAACAAGCATGGGCAATTAGGTACCGGATCCACAAGAAATGAGATGGAGAGCTCTCCAGTACGGTGCCTTGTATCAGATGCCACAAATACTTACTGTGGAGCTGATTTCACTGTGTGGCTATCTACTGTACAAGGCTCTTCTATCTTGACTGCAGGTCTTCCGCAATATGGTCAGCTTG
GTCATGGATCAGATAATGAGTACAACTCAAAAGAGGGTACAGTAAAACTGGCCTATGAAGCACAGCCTCGTCCTCGAGCAATTGCTGCCTTATCAGCAAAAACAATCACTAAAATTGCATGTGGTAACAATCACACAGTTGCAGTGGACTCGGATGGATTTGTTTACACATGGGGATTTGGAGGGTATGGAAGGCTAGGG
CATAGGGAACAGAAAGATGAGTGGAGTCCACGGGTTGTGGATACTTTTCAAAAGAGTAATCTGATTCCTCCTACAGCTGTGGTTGCAGCTGGTGCCACTTACTCTGCATGTACCGCAGGGGGTGGTCAACTTTACATGTGGGGTAAAGTGAAACCGACTTCTGATAATTGGATGTATCCAAAACCGGTTTTTGACTTAAG
TGGGTGGCAAATACGATGCATGGATTCTGGTAATACACATAGTGTATGTGGTGCTGATGATTCAATTATTGGCTTTGGCACATCCCAATATGGAGAACTTGGATTTGGTGCATCGGGTCCAAAGTCATCGGCAAATCCGAAGAAGATTGATATTCTTGAAGGAATGCATGCTATCAGCGTTGCGTGTGGTCTTGGGCACT
CCCTTATAGTGGTTGATCGAACAAATATTGGTGAGCGACTAGAAAAGGTATACCAGATTCTATTTGAAGTGTTGCTTGAGTTTTGTCCACCAATCAACTTCTCTACTTTCGTACGATATTTCTTCAAGGCTATCCAGTATTCAGGCTTTAAAACTTTCCCCTCCAATTTTGAATAGTCATAAGGTTGCTATGTACCTCTT
GGCATCTACACAAAATTAATTTACAGCAAGTCTTCTGTTTTCATATTGGTGAGCGACTAGAAAAGCTTGATGTATATGAAGGCAGGAGTCCCACAGAAGCTGCTATTGAGGCCGTGGAGGATATATCAAATAAAAAACAGCCTGTTAACAAATCGGGAAAGAAACGCAAAAGTGTTTCTGACGGTGCAACTGCTGAGGCC
TCTGCCAAAGCTGAGAAAAAGCCTCGCAAAAAGGTTTCAAAGAAAAAAGATTTGTCAGACACAGAGAATAGTAATGAGTCTAATGATGATGACGACGGTGATGATGACGATGATACTTATAAAGAAGGTGCAAATGGTTCATCAAAGAGTAACAGTAAGAGCCGTGGTCGTGGTCGTGGCCGTGGTAAATCCAGTGGAAA
AAATGTGGTCAAAGATCATACGAGCAGTACTGCTGCCAGAGGTCGAGGAAAAGGACGAGTTACCAAAGGTGGCAAAGCGAAATAAGAAATGCAGTTTTCCTACAGTTATTGACTTTTAGGATATATGGAAGCTATTTGTCGAGTACATCCATTTGTTTCAGAAACTAGTAACTAATTTTCACTATCCACTGCCCCTTGGG
GCACGGGGGCACCTGTGGGAAGGTAAATTTTGTATATTTAGATTGTTATTGCAAAGGTATATTTATTACGAGCCAAGGCTTACCCTGCTACCCTGATGTATTCATTGGTTTGTAGTTTAGGCTTTATTGATTCAAAGGCATTAACCTTGTTTCCAAAACATTTGCTAATATATTTTTCTCTGTTATTCCAAGTAGACACG
GGACATACGATATTTAATGTTTGCAGTTTTACTCTAACAAGCTTGCTGATGGTGAAGTGAATGCATCCTATGGTTGAACTTAGCAAGTTACCATTTATTATTGAACGCAACACTGTCTAGTTTGAAATTAATACTTTCACTATGTTCCATCAAGTGCGGTGTCCTTTGAAGTGTGTTATGGTAGTGAACAAAGTGTGCTG
AAACTTACTGAAAAACTCATTAATTAACTGAAGTCCTCCCGGATCTTCTCATCATAGTAGTTTTAAGACAGAATTATTTATAATATACAGTTTACTAAAAGTTATGGTGGCTGCTACATTTTAGCAGCAACCTCATTTAATATTGCAAGCACGTATGCTTTTAATTTGAATTATGAGTTTATTTCACAATAAGTCCACGT
ATGTTATATCTGTCCAAGAAAGTTGGGGATTTTTTTCCTTTTCCAGATTTTTTTCATTATTTCCCCAATTACACCACTCCTGCTTGCTGATTCTTTGCCGCCGGGTTATTGTAACATTTTCTTGAGTTCTGATTTGTTGACCCTTGCTGCATTAATCCCGAGGCGGATTCTTTCATCATTAGAATGTGCTGATACTTTGA
GGGAAGACAAATGTAACTGTTGCATAGTGCATTGCGAGAGTCTACACTGgcaagtattctaacttgattcttggtattgaattcactaagaaaaatgaatggacgggtaatataattgagtcttatcccttagtctctcctttctagagaacaaagaaaatcagatgactaatattgaaggttggtttgactaagtgatg
caaacttcaattgttaatttcattagtcttggtgattacagGGAGACACTCTTTTAGTGCGTGAAGTCTACATGAGATTGGGAGTATTATGAATCTGTATGAACAAGTTGTTTCTATTGTTGGACGTACTTTGTCTCCTTTTGAAGAGGACAATCAAATCCTGTGTTCTGGATTCGGTGATGGTTGGAAACTATAAAGCT
TTTATCCATTGTGATTGCATGTTTCTTTTTTCTACATCATAGTTGGATCATTACTTACTATTGTGTATCTTTAGAGGCAGCATGGTGCAACAACTGCACACAATGATAATGTCTTCAACTTCTATGAAAAAAATCAACCTTGCACTGGGTTTGAACAAGTACTTGAGAGCCACAAGTTTCTGATTATGGCCATAAGTTTT
GCTCATAGAAGAGATTTCTATGAACTAAGAGGATAGGAAGTCTTTGGTTAATTCAGTTGATGTGACAATTATGTGGTCTCGTTGAATATAACAGACAAAAATTTTAGAATCAAAATATAAATTGTTTAAATGGTGTGACATTTTTGAACAATTGAGTTTCTATACACCTTATTCGTGAAGCAACTCAAATTGAATGACTA
AATTTATGAACAATACAAAACAGGGAAGTATCGAGACTAGAAAGTGGAAAGGTGTGATGAGAAACTGTAGCATAATAATTCAAAGAATCCAGTGAGAAACAATAGGACCTCGATAGTGAAAAATCAGGGCAAAGGAGAAAAGCAGCAACATGCAGGAAGCAAATAATTATCTTCAAAAGGGG

Intron 5 GTAAAATAAA ... CTATGTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	7.17	300.7	21.2	104.4
A2	8.06	232.2	19	83.2
A3	8.12	284.7	24	137.2
A4	4.53	358.5	16	134.4
A5	5.16	135.7	7	59.2
A6	0	288.6	0	138.9
A7	0.38	749.6	2.8	327.5
A8	1.66	461.5	7.2	167.6
A9	0.16	641.4	1	274.8
A10	0.39	612.2	2.2	272.8

>TRINITY_DN116393_c3_g1_i8 from sample A3 / Example spliced isoform

GGTAGTATATTTGTTATTATATTTGAATATTTTTGATAGGAGCCTCACATATTTGTGTTTACAGAAGGGACAACTTGGACACGGGGACCTAGTACAGCGTGACATGCCAACCAGGGTACCAGGATTGTCAAACCATAGAATTGTAAAAGCAGGAAGTGGAAGGCAGCATACAGTTGTAGTGACAGAGGATGGACTTTCTT
TTGCATTTGGCTGGAACAAGCATGGGCAATTAGGTACCGGATCCACAAGAAATGAGATGGAGAGCTCTCCAGTACGGTGCCTTGTATCAGATGCCACAAATACTTACTGTGGAGCTGATTTCACTGTGTGGCTATCTACTGTACAAGGCTCTTCTATCTTGACTGCAGGTCTTCCGCAATATGGTCAGCTTGGTCATGGA
TCAGATAATGAGTACAACTCAAAAGAGGGTACAGTAAAACTGGCCTATGAAGCACAGCCTCGTCCTCGAGCAATTGCTGCCTTATCAGCAAAAACAATCACTAAAATTGCATGTGGTAACAATCACACAGTTGCAGTGGACTCGGATGGATTTGTTTACACATGGGGATTTGGAGGGTATGGAAGGCTAGGGCATAGGGA
ACAGAAAGATGAGTGGAGTCCACGGGTTGTGGATACTTTTCAAAAGAGTAATCTGATTCCTCCTACAGCTGTGGTTGCAGCTGGTGCCACTTACTCTGCATGTACCGCAGGGGGTGGTCAACTTTACATGTGGGGTAAAGTGAAACCGACTTCTGATAATTGGATGTATCCAAAACCGGTTTTTGACTTAAGTGGGTGGC
AAATACGATGCATGGATTCTGGTAATACACATAGTGTATGTGGTGCTGATGATTCAATTATTGGCTTTGGCACATCCCAATATGGAGAACTTGGATTTGGTGCATCGGGTCCAAAGTCATCGGCAAATCCGAAGAAGATTGATATTCTTGAAGGAATGCATGCTATCAGCGTTGCGTGTGGTCTTGGGCACTCCCTTATA
GTGGTTGATCGAACAAATATTGGTGAGCGACTAGAAAAGCTTGATGTATATGAAGGCAGGAGTCCCACAGAAGCTGCTATTGAGGCCGTGGAGGATATATCAAATAAAAAACAGCCTGTTAACAAATCGGGAAAGAAACGCAAAAGTGTTTCTGACGGTGCAACTGCTGAGGCCTCTGCCAAAGCTGAGAAAAAGCCTCG
CAAAAAGGTTTCAAAGAAAAAAGATTTGTCAGACACAGAGAATAGTAATGAGTCTAATGATGATGACGACGGTGATGATGACGATGATACTTATAAAGAAGGTGCAAATGGTTCATCAAAGAGTAACAGTAAGAGCCGTGGTCGTGGTCGTGGCCGTGGTAAATCCAGTGGAAAAAATGTGGTCAAAGATCATACGAGCA
GTACAGCTGCCAGAGGTCGAGGAAAAGGACGAGTTACCAAAGGTGGCAAAGCGAAATAAGAAATGCAGTTTTCCTACAGTTATTGACTTTTAGGATATATGGAAGCTATTTGTCGAGTACATCCATTTGTTTCAGAAACTAGTAACTAATTTTCACTATCCACTGCCCCTTGGGGCACGGGGGCACCTGTGGGAAGGTAA
ATTTTGTATATTTAGATTGTTATTGCAAAGGTATATTTATTACGAGCCAAGGCTTACCCTGCTACCCTGATGTATTCATTGGTTTGTAGTTTAGGCTTTATTGATTCAAAGGCATTAACCTTGTTTCCAAAACATTTGCTAATATATTTTTCTCTGTTATTCCAAGTAGACACGGGACATACGATATTTAATGTTTGCAG
TTTTACTCTAACAAGCTTGCTGATGGTGAAGTGAATGCATCCTATGGTTGAACTTAGCAAGTTACCATTTATTATTGAACGCAACACTGTCTAGTTTGAAATTAATACTTTCACTATGTTCCATCAAGTGCGGTGTCCTTTGAAGTGTGTTATGGTAGTGAACAAAGTGTGCTGAAACTTACTGAAAAACTCATTAATTA
ACTGAAGTCCTCCCGGATCTTCTCATCATAGTAGTTTTAAGACAGAATTATTTATAATATACAGTTTACTAAAAGTTATGGTGGCTGCTACATTTTAGCAGCAACCTCATTTAATATTGCGAGCACGTATGCTTGTAAGTTGAATTATGAGTTTATTTCACAATAAGTCCACGTATGTTATATCTGTCCAAGAAAGTTGG
GGATTTTTTTCCTTTTGCAGGTTTTTTTCATTATTTCCCCAATTACACCACTCCTGCTTGCTGATTCTTTGCCGCCGGGTTATTGTAACATTTTCTTGAGTTCTGATTTGTTGACCCTTGCTGCATTAATCCCGAGGCGGATTCTTTCATCATTAGAATGTGCTGATACTTTGAGGGAAGACAAATGTAAGTTTTGCATA
TACCTGGTGATTATAAGATCAAATTCTAAATAATACTACTAGGTGGGTTGCTTTCTATAAACTGACGGGTATGATGTTTTGGATGTATAATATGAGTCAAAGTTCAGAATGATCTAGCCATTTTCTGTTGGTGGGCTTTCCTCTTTTCTCACTTTCCAGTGATAGCATTCTTAAGCAGCTAAAACCTTGTGCTTAGCGAA
TTTAACACAATAATACAGGTCTTCCTTTTCAGTTGTTTTTGCATTATGGCAATACGAGGTTGAAATCATTTGATGATTGCTCTTCTTACGTAGTTCACTTCAAGGGTATGTTATTCAGTTATAAACTTTCACATCAGTTTCATTAATAGAAATGGATGGTTAAGACTCTAAGAGTTATCACAGGTAACCCTCACGGTGCT
ATCAGAAGAGTGTATGCTTATGCAAATGGCCAAAGCCCTTGGAACATGATTTTCTTGTTGGAAGGTGTAATTAAATCTTTGTATATGTGGTGGTCTTTGTCCCAGTGATTTAAACAGGCTATTTTTTATCAAAAGGTGGTTGACCTGGTGAATGCTATGGCCGTTTTATTGGCTTATTTTTCCAGGGATTATAAGTTCAC
TTGTAGATGGTTTATTTTGGGATTGAAAGGTGCATAAAAGG

>TRINITY_DN116393_c3_g1_i23 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CATTGATTAGTTATAATTGCAGTTGATGCCTGATATTCATTTGATTTTTGTTCAAGAATAATGTTTGTATATTATTTTCTGGTGTTTACTATACTCTGTAGTTTACCATCAAGGATGGGAGATTTTATTGGTTATGGAGCTTAATTGTTGTCTCTGTTTGGTTGGTGTGCATGTACAGATGGGGATTTGGAGGGTATGGA
AGgtaaaataaatttcgagattgctttacattactgcacttcatacatgtgcactggcaactgaaaaatttgcacgcttctttttattaatatatagttttttgagaaacctgttcattaggctagtgggccaagacattttatttgcaatattattattttcctagttgatgttcctttttcaatgtcaatgttctatg
tacagGCTAGGGCATAGGGAACAGAAAGATGAGTGGAGTCCACGGGTTGTGGATACTTTTCAAAAGAGTAATCTGATTCCTCCTACAGCTGTGGTTGCAGCTGGTGCCACTTACTCTGCATGTACCGCAGGCAAGTGACACTGTCTTTGTTTTTATCTACTTTAAAAGGTCTTTGATATTTTGTAAGTATTAGAGAAGCT
ATTGATT

Intron 6 GTTACGAGTT ... GCACACGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	90.48	2	15	23
A2	80.65	3	11	14
A3	92.59	1	12	13
A4	78.57	3	9	13
A5	100	0	6	3
A6	60	5	10	5
A7	44.44	10	5	11
A8	63.64	8	8	20
A9	68.42	3	7	6
A10	67.74	5	12	9

>TRINITY_DN46060_c0_g4_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

GTGATGGGCGCTTTATGATAATAAAAGCTATTAATATTTATGGGCCCGGATTAAATTTAAACCTGCTTTTCCCGTGAGCGGTTTTGTCAAAACCGGTTTTAAATTCACATCCGGTTTTAGGTTTCAGAACCAAAAGAAAGTTATAATTCACAGAAAAAAAAACCTGCAGAAATCAAAAGCACAGCAGCAGGAGGAGAGAG
AGAGCCCGGGAAACGGCAAACGCAGTAACTAATCTCGAGGCTCCAAGGCCTCTCCCCATCGACGTCACGGGTTCAAATCACCGCGCTTCGGTTTTCCTGGTGTCGTCTCCGGGTCCCTGCTAAATACGGTCCCGAGGGTTTCGAAACCCAGACATTGAGCTGGACTGAACGGTACACCTTTCAAATCCACGCGATGGCGA
CGGAAGCGGCTTCTAAGCAGGAAGAAAAGGCTCCCAAGGCGGGCGAGTTGCTGTTTTGCGGTGCAACGCAGTGGGAGTTAGTCGGCCGGAAGACCGCGGACGCAAGCGCTACAAATCTCATGTCTCCCACACGTCTGCGGCCTCTTATGGGGATCGACATATGTTTCGTAGCAGCTGGTTCCGTGTCAAGTCATTGTGTT
GCGCTGGATGTTGATGGGCGTTGTTACACTTGGGGCCGCAATGAGAAGGGACAACTTGGACATGGGGACCTAGTACAGCGTGACATGCCAACCAGGGTACCAGGATTGTCAAACCATAGAATTGTAAAAGCAGGAAGTGGAAGGCAGCATACAGTTGTAGTGACAGAGGATGGACTTTCTTTTGCATTTGGCTGGAACAA
GCATGGGCAATTAGGTACCGGATCCACAAGAAATGAGATGGAGAGCTCTCCAGTACGGTGCCTTGTATCAGATGCCACAAATACTTACTGTGGAGCTGATTTCACTGTGTGGCTATCTACTGTACAAGGCTCTTCTATCTTGACTGCAGGTCTTCCGCAATATGGTCAGCTTGGTCATGGATCAGATAATGAGTACAACT
CAAAAGAGGGTACAGTAAAACTGGCCTATGAAGCACAGCCTCGTCCTCGAGCAATTGCTGCCTTATCAGCAAAAACAATCACTAAAATTGCATGTGGTAACAATCACACAGTTGCAGTGGACTCGGATGGATTTGTTTACACTGACTCAGGCAAGCTTTGTGCCTCTTCTGCACCTGATTATGGGCTCTGACAGTAATTC
CTACAGATTTGCGAAAAACCCTTAGCCTACAGATGGAAATCTGCAGATGCCTGTAGATGTTTATGACGTCTTGCAAGCAATACTCTGTCTTCCTTGCAGCTACAATTTTTGTACTCTTTTGTGGCAGCAAACAGAAACCCGTATGGAGATGTTAACTATCCTTCACCTTAATTCAGATGTGAACTAAACAATAATTTCCT
GCTATGAGTTTTTGCAGTAGAATGGTCTTTCTTCAATGGATATCTGAACTGAAATGGCCAGAGGTCCCTTTGTGTTGAAAGGCCCGTAGATAGAAAAACCTTGAAAATTGTGTGGGGCAAGGGCCAGAATCAGCTGAAACTGTGTGATACAAATGTAATGAATAATCCAACACAACAAGGACAAATAGTTGAAATCCATA
TTGGATGGATAAGATATATATTTGATAATTGAATGAATGAGAAGATTTTACAATGAGCATAAAC

>TRINITY_DN46060_c0_g4_i7 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GTGATGGGCGCTTTATGATAATAAAAGCTATTAATATTTATGGGCCCGGATTAAATTTAAACCTGCTTTTCCCGTGAGCGGTTTTGTCAAAACCGGTTTTAAATTCACATCCGGTTTTAGGTTTCAGAACCAAAAGAAAGTTATAATTCACAGAAAAAAAAACCTGCAGAAATCAAAAGCACAGCAGCAGGAGGAGAGAG
AGAGCCCGGGAAACGGCAAACGCAGTAACTAATCTCGAGGCTCCAAGGCCTCTCCCCATCGACGTCACGGGTTCAAATCACCGCGCTTCGGTTTTCCTGGTGTCGTCTCCGGGTCCCTGCTAAATACGGTCCCGAGGGTTTCGAAACCCAGACATTGAGCTGGACTGAACGGTACACCTTTCAAATCCACGCGATGGCGA
CGGAAGCGGCTTCTAAGCAGGAAGAAAAGGCTCCCAAGGCGGGCGAGTTGCTGTTTTGCGGTGCAACGCAGTGGGAGTTAGTCGGCCGGAAGACCGCGGACGCAAGCGCTACAAATCTCATGTCTCCCACACGTCTGCGGCCTCTTATGGGGATCGACATATGTTTCGTAGCAGCTGGTTCCGTGTCAAGTCATTGTGTT
GCGCTGGATGTTGATGGGCGTTGTTACACTTGGGGCCGCAATGAGAAGGGACAACTTGGACATGGGGACCTAGTACAGCGTGACATGCCAACCAGGGTACCAGGATTGTCAAACCATAGAATTGTAAAAGCAGGAAGTGGAAGGCAGCATACAGTTGTAGTGACAGAGGATGGACTTTCTTTTGCATTTGGCTGGAACAA
GCATGGGCAATTAGGTACCGGATCCACAAGAAATGAGATGGAGAGCTCTCCAGTACGGTGCCTTGTATCAGATGCCACAAATACTTACTGTGGAGCTGATTTCACTGTGTGGCTATCTACTGTACAAGGCTCTTCTATCTTGACTGCAGGTCTTCCGCAATATGGTCAGCTTGGTCATGGATCAGATAATGAGTACAACT
CAAAAGAGGGTACAGTAAAACTGGCCTATGAAGCACAGCCTCGTCCTCGAGCAATTGCTGCCTTATCAGCAAAAACAATCACTAAAATTGCATGTGGTAACAATCACACAGTTGCAGTGGACTCGGATGGATTTGTTTACACTGACTCAGGCAAGCTTTGTGCCTCTTCTGCACCTGATTATGGGCTCTGACAGTAATTC
CTACAgttacgagttgctctgtagatttgatctctgtgttttcttttctcttctgacagagatacagtgttttaattcttgttttgcaattatgcaacgagatacaggattgttcctcacatacatgcccctgcttgacgtgcacacgcagGATTTGCGAAAAACCCTTAGCCTACAGATGGAAATCTGCAGATGCCTGT
AGATGTTTATGACGTCTTGCAAGCAATACTCTGTCTTCCTTGCAGCTACAATTTTTGTACTCTTTTGTGGCAGCAAACAGAAACCCGTATGGAGATGTTAACTATCCTTCACCTTAATTCAGATGTGAACTAAACAATAATTTCCTGCTATGAGTTTTTGCAGTAGAATGGTCTTTCTTCAATGGATATCTGAACTGAAA
TGGCCAGAGGTCCCTTTGTGTTGAAAGGCCCGTAGATAGAAAAACCTTGAAAATTGTGTGGGGCAAGGGCCAGAATCAGCTGAAACTGTGTGATACAAATGTAATGAATAATCCAACACAACAAGGACAAATAGTTGAAATCCATATTGGATGGATAAGATATATATTTGATAATTGAATGAATGAGAAGATTTTACAAT
GAGCATAAAC

Intron 7 GTAATGATTC ... GTTTCTGAAG

Found issues: Low number of reads

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50	1	1	1
A2	80	1	4	4
A3	28.57	5	2	2
A4	55.56	2	3	2
A5	50	4	4	4
A6	-1	0	0	0
A7	-1	0	0	0
A8	-1	0	0	0
A9	-1	0	0	0
A10	-1	0	0	0

>TRINITY_DN116393_c3_g1_i16 from sample A3 / Example spliced isoform

GAAATCAAAAGCACAGCAGCAGGAGGAGAGAGAGATCCCGGGAAACGGCAAACGCAGTAACTAATCTCGAGGCTCCAAGGCCTCTCCCCATCGACGTCACGGGTTCAAATCACCGCGCTTCGGTTTTCCTGGTGTCGTCTCCGGGTCCCTGCTAAATACGGTCCCGAGGGTTTCGAAACCCAGACATTGAGCTGGACTGA
ACGGTACACCTTTCAAATCCACGCGATGGCGACGGAAGCGGCTTCTAAGCAGGAAGAAAAGGCTCCCAAGGCGGGCGAGTTGCTGTTTTGCGGTGCAACGCAGTGGGAGTTAGTCGGCCGGAAGACCGCGGACGCAAGCGCTACAAATCTCATGTCTCCCACACGTCTGCGGCCTCTTATGGGGATCGACATATGTTTCG
TAGCAGCTGGTTCCGTGTCAAGTCATTGTGTTGCGCTGGATGTTGATGGGCGTTGTTACACTTGGGGCCGCAATGAGAAGGGACAACTTGGACATGGGGACCTAGTACAGCGTGACATGCCAACCAGGGTACCAGGATTGTCAAACCATAGAATTGTAAAAGCAGGAAGTGGAAGGCAGCATACAGTTGTAGTGACAGAG
GATGGACTTTCTTTTGCATTTGGCTGGAACAAGCATGGGCAATTAGGTACCGGATCCACAAGAAATGAGATGGAGAGCTCTCCAGTACGGTGCCTTGTATCAGATGCCACAAATACTTACTGTGGAGCTGATTTCACTGTGTGGCTATCTACTGTACAAGGCTCTTCTATCTTGACTGCAGGTCTTCCGCAATATGGTCA
GCTTGGTCATGGATCAGATAATGAGTACAACTCAAAAGAGGGTACAGTAAAACTGGCCTATGAAGCACAGCCTCGTCCTCGAGCAATTGCTGCCTTATCAGCAAAAACAATCACTAAAATTGCATGTGGTAACAATCACACAGTTGCAGTGGACTCGGATGGATTTGTTTACACATGGGGATTTGGAGGGTATGGAAGGC
TAGGGCATAGGGAACAGAAAGATGAGTGGAGTCCACGGGTTGTGGATACTTTTCAAAAGAGTAATCTGATTCCTCCTACAGCTGTGGTTGCAGCTGGTGCCACTTACTCTGCATGTACCGCAGGGGGTGGTCAACTTTACATGTGGGGTAAAGTGAAACCGACTTCTGATAATTGGATGTATCCAAAACCGGTTTTTGAC
TTAAGTGGGTGGCAAATACGATGCATGGATTCTGGTAATACACATAGTGTATGTGGTGCTGATGATTCAATTATTGGCTTTGGCACATCCCAATATGGAGAACTTGGATTTGGTGCATCGGGTCCAAAGTCATCGGCAAATCCGAAGAAGATTGATATTCTTGAAGGAATGCATGCTATCAGCGTTGCGTGTGGTCTTGG
GCACTCCCTTATAGTGGTTGATCGAACAAATATTGGTGAGCGACTAGAAAAGCTTGATGTATATGAAGGCAGGAGTCCCACAGAAGCTGCTATTGAGGCCGTGGAGGATATATCAAATAAAAAACAGCCTGTTAACAAATCGGGAAAGAAACGCAAAAGTGTTTCTGACGGTGCAACTGCTGAGGCCTCTGCCAAAGCTG
AGAAAAAGCCTCGCAAAAAGGTTTCAAAGAAAAAAGATTTGTCAGACACAGAGAATAGTAATGAGTCTAATGATGATGACGACGGTGATGATGACGATGATACTTATAAAGAAGGTGCAAATGGTTCATCAAAGAGTAACAGTAAGAGCCGTGGTCGTGGTCGTGGCCGTGGTAAATCCAGTGGAAAAAATGTGGTCAAA
GATCATACGAGCAGTACAGCTGCCAGAGGTCGAGGAAAAGGACGAGTTACCAAAGGTGGCAAAGCGAAATAAGAAATGCAGTTTTCCTACAGTTATTGACTTTTAGGATATATGGAAGCTATTTGTCGAGTACATCCATTTGTTTCAGAAACTAGTAACTAATTTTCACTATCCACTGCCCCTTGGGGCACGGGGGCACC
TGTGGGAAGGTAAATTTTGTATATTTAGATTGTTATTGCAAAGGTATATTTATTACGAGCCAAGGCTTACCCTGCTACCCTGATGTATTCATTGGTTTGTAGTTTAGGCTTTATTGATTCAAAGGCATTAACCTTGTTTCCAAAACATTTGCTAATATATTTTTCTCTGTTATTCCAAGTAGACACGGGACATACGATAT
TTAATGTTTGCAGTTTTACTCTAACAAGCTTGCTGATGGTGAAGTGAATGCATCCTATGGTTGAACTTAGCAAGTTACCATTTATTATTGAACGCAACACTGTCTAGTTTGAAATTAATACTTTCACTATGTTCCATCAAGTGCGGTGTCCTTTGAAGTGTGTTATGGTAGTGAACAAAGTGTGCTGAAACTTACTGAAA
AACTCATTAATTAACTGAAGTCCTCCCGGATCTTCTCATCATAGTAGTTTTAAGACAGAATTATTTATAATATACAGTTTACTAAAAGTTATGGTGGCTGCTACATTTTAGCAGCAACCTCATTTAATATTGCGAGCACGTATGCTTGTAAGTTGAATTATGAGTTTATTTCACAATAAGTCCACGTATGTTATATCTGT
CCAAGAAAGTTGGGGATTTTTTTCCTTTTGCAGGTTTTTTTCATTATTTCCCCAATTACACCACTCCTGCTTGCTGATTCTTTGCCGCCGGGTTATTGTAACATTTTCTTGAGTTCTGATTTGTTGACCCTTGCTGCATTAATCCCGAGGCGGATTCTTTCATCATTAGAATGTGCTGATACTTTGAGGGAAGACAAATG
TAAGTTTTGCATATACCTGGTGATTATAAGATCAAATTCTAAATAATACTACTAGGTGGGTTGCTTTCTATAAACTGACGGGTATGATGTTTTGGATGTATAATATGAGTCAAAGTTCAGAATGATCTAGCCATTTTCTGTTGGTGGGCTTTCCTCTTTTCTCACTTTCCAGTGATAGCATTCTTAAGCAGCTAAAACCT
TGTGCTTAGCGAATTTAACACAATAATACAGGTCTTCCTTTTCAGTTGTTTTTGCATTATGGCAATACGAGGTTGAAATCATTTGATGATTGCTCTTCTTACGTAGTTCACTTCAAGGGTATGTTATTCAGTTATAAACTTTCACATCAGTTTCATTAATAGAAATGGATGGTTAAGACTCTAAGAGTTATCACAGGTAA
CCCTCACGGTGCTATCAGAAGAGTGTATGCTTATGCAAATGGCCAAAGCCCTTGGAACATGATTTTCTTGTTGGAAGGTGTAATTAAATCTTTGTATATGTGGTGGTCTTTGTCCCAGTGATTTAAACAGGCTATTTTTTATCAAAAGGTGGTTGACCTGGTGAATGCTATGGCCGTTTTATTGGCTTATTTTTCCAGGG
ATTATAAGTTCACTTGTAGATGGTTTATTTTGGGATTGAAAGGTGCATAAAAGGGAGAGAACTATATAGATCAAGGCTGTTTTGCTTCATAGAATAATTTCCCATATACCAATGACCTTTAATAGTGAGAGATTATGATATTGTGCTAAATCTAAGGT

>TRINITY_DN116393_c3_g1_i6 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GAAATCAAAAGCACAGCAGCAGGAGGAGAGAGAGATCCCGGGAAACGGCAAACGCAGTAACTAATCTCGAGGCTCCAAGGCCTCTCCCCATCGACGTCACGGGTTCAAATCACCGCGCTTCGGTTTTCCTGGTGTCGTCTCCGGGTCCCTGCTAAATACGGTCCCGAGGGTTTCGAAACCCAGACATTGAGCTGGACTGA
ACGGTACACCTTTCAAATCCACGCGATGGCGACGGAAGCGGCTTCTAAGCAGGAAGAAAAGGCTCCCAAGGCGGGCGAGTTGCTGTTTTGCGGTGCAACGCAGTGGGAGTTAGTCGGCCGGAAGACCGCGGACGCAAGCGCTACAAATCTCATGTCTCCCACACGTCTGCGGCCTCTTATGGGGATCGACATATGTTTCG
TAGCAGCTGGTTCCGTGTCAAGTCATTGTGTTGCGCTGGATGTTGATGGGCGTTGTTACACTTGGGGCCGCAATGAGAAGGGACAACTTGGACATGGGGACCTAGTACAGCGTGACATGCCAACCAGGGTACCAGGATTGTCAAACCATAGAATTGTAAAAGCAGGAAGTGGAAGGCAGCATACAGTTGTAGTGACAGAG
GATGGACTTTCTTTTGCATTTGGCTGGAACAAGCATGGGCAATTAGGTACCGGATCCACAAGAAATGAGATGGAGAGCTCTCCAGTACGGTGCCTTGTATCAGATGCCACAAATACTTACTGTGGAGCTGATTTCACTGTGTGGCTATCTACTGTACAAGGCTCTTCTATCTTGACTGCAGGTCTTCCGCAATATGGTCA
GCTTGGTCATGGATCAGATAATGAGTACAACTCAAAAGAGGGTACAGTAAAACTGGCCTATGAAGCACAGCCTCGTCCTCGAGCAATTGCTGCCTTATCAGCAAAAACAATCACTAAAATTGCATGTGGTAACAATCACACAGTTGCAGTGGACTCGGATGGATTTGTTTACACATGGGGATTTGGAGGGTATGGAAGGC
TAGGGCATAGGGAACAGAAAGATGAGTGGAGTCCACGGGTTGTGGATACTTTTCAAAAGAGTAATCTGATTCCTCCTACAGCTGTGGTTGCAGCTGGTGCCACTTACTCTGCATGTACCGCAGGGGGTGGTCAACTTTACATGTGGGGTAAAGTGAAACCGACTTCTGATAATTGGATGTATCCAAAACCGGTTTTTGAC
TTAAGTGGGTGGCAAATACGATGCATGGATTCTGGTAATACACATAGTGTATGTGGTGCTGATGATTCAATTATTGGCTTTGGCACATCCCAATATGGAGAACTTGGATTTGGTGCATCGGGTCCAAAGTCATCGGCAAATCCGAAGAAGATTGATATTCTTGAAGGAATGCATGCTATCAGCGTTGCGTGTGGTCTTGG
GCACTCCCTTATAGTGGTTGATCGAACAAATATTGGTGAGCGACTAGAAAAGCTTGATGTATATGAAGGCAGGAGTCCCACAGAAGCTGCTATTGAGGCCGTGGAGGATATATCAAATAAAAAACAGCCTGTTAACAAATCGGGAAAGAAACGCAAAAGTGTTTCTGACGGTGCAACTGCTGAGGCCTCTGCCAAAGCTG
AGAAAAAGCCTCGCAAAAAGGTTTCAAAGAAAAAAGATTTGTCAGACACAGAGAATAGTAATGAGTCTAATGATGATGACGACGGTGATGATGACGATGATACTTATAAAGAAGGTGCAAATGGTTCATCAAAGAGTAACAGTAAGAGCCGTGGTCGTGGTCGTGGCCGTGGTAAATCCAGTGGAAAAAATGTGGTCAAA
GATCATACGAGCAGTACAGCTGCCAGAGGTCGAGGAAAAGGACGAGTTACCAAAGGTGGCAAAGCGAAATAAGAAATGCAGTTTTCCTACAGTTATTGACTTTTAGGATATATGGAAGCTATTTGTCGAGTACATCCATTTGTTTCAGAAACTAGTAACTAATTTTCACTATCCACTGCCCCTTGGGGCACGGGGGCACC
TGTGGGAAGGTAAATTTTGTATATTTAGATTGTTATTGCAAAGGTATATTTATTACGAGCCAAGGCTTACCCTGCTACCCTGATGTATTCATTGGTTTGTAGTTTAGGCTTTATTGATTCAAAGGCATTAACCTTGTTTCCAAAACATTTGCTAATATATTTTTCTCTGTTATTCCAAGTAGACACGGGACATACGATAT
TTAATGTTTGCAGTTTTACTCTAACAAGCTTGCTGATGGTGAAGTGAATGCATCCTATGGTTGAACTTAGCAAGTTACCATTTATTATTGAACGCAACACTGTCTAGTTTGAAATTAATACTTTCACTATGTTCCATCAAGTGCGGTGTCCTTTGAAGTGTGTTATGGTAGTGAACAAAGTGTGCTGAAACTTACTGAAA
AACTCATTAATTAACTGAAGTCCTCCCGGATCTTCTCATCATAGTAGTTTTAAGACAGAATTATTTATAATATACAGTTTACTAAAAGTTATGGTGGCTGCTACATTTTAGCAGCAACCTCATTTAATATTGCGAGCACGTATGCTTGTAAGTTGAATTATGAGTTTATTTCACAATAAGTCCACGTATGTTATATCTGT
CCAAGAAAGTTGGGGATTTTTTTCCTTTTGCAGGTTTTTTTCATTATTTCCCCAATTACACCACTCCTGCTTGCTGATTCTTTGCCGCCGGGTTATTGTAACATTTTCTTGAGTTCTGATTTGTTGACCCTTGCTGCATTAATCCCGAGGCGGATTCTTTCATCATTAGAATGTGCTGATACTTTGAGGGAAGACAAATG
TAAGTTTTGCATATACCTGGTGATTATAAGATCAAATTCTAAATAATACTACTAGGTGGGTTGCTTTCTATAAACTGACGGGTATGATGTTTTGGATGTATAATATGAGTCAAAGTTCAGAATGATCTAGCCATTTTCTGTTGGTGGGCTTTCCTCTTTTCTCACTTTCCAGTGATAGCATTCTTAAGCAGCTAAAACCT
TGTGCTTAGCGAATTTAACACAATAATACAGGTCTTCCTTTTCAGTTGTTTTTGCATTATGGCAATACGAGGTTGAAATCATTTGATGATTGCTCTTCTTACGTAGTTCACTTCAAGGGTATGTTATTCAGTTATAAACTTTCACATCAGTTTCATTAATAGAAATGGATGGTTAAGACTCTAAGAGTTATCACAGGTAA
CCCTCACGGTGCTATCAGAAGAGTGTATGCTTATGCAAATGGCCAAAGCCCTTGGAACATGATTTTCTTGTTGGAAGGTGTAATTAAATCTTTGTATATGTGGTGGTCTTTGTCCCAGTGATTTAAACAGGCTATTTTTTATCAAAAGGTGGTTGACCTGGTGAATGCTATGGCCGTTTTATTGGCTTATTTTTCCAGGG
ATTATAAGTTCACTTGTAGATGGTTTATTTTGGGATTGAAAGGTGCATAAAAGgtaatgattccctcaggtttctgaagGGAGAGAACTATATAGATCAAGGCTGTTTTGCTTCATAGAATAATTTCTCATATACCAATG

Intron 8 GTATTCCAAC ... GTGTTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	26.11	450	0	159
A2	23.97	352	2	111
A3	27.77	502	0	193
A4	23.75	411	1	128
A5	21.82	215	3	60
A6	27.16	295	0	110
A7	27.48	826	0	313
A8	29.98	327	0	140
A9	28.3	684	0	270
A10	28.69	855	0	344

>TRINITY_DN104448_c2_g1_i11 from sample A5 / Example spliced isoform

GGGGGTTTCAGAAACAAAAGAAAGTTATAATTCACAGAAAAGAAAACCTGCAGAAATCAAAAGCACAGCAGCAGGAGGAGAGAGAGATCCCGGGAAACGGCAAACGCAGTAACTAATCTCGAGGCTCCAAGGCCTCTCCCCATCGACGTCACGGGTTCAAATCACCGCGCTTCGGTTTTCCTGGTGTCGTCTCCGGGTCC
CTGCTAAATACGGTCCCGAGGGTTTCGAAACCCAGACATTGAGCTGGACTGAACGGTACACCTTTCAAATCCACGCGATGGCGACGGAAGCGGCTTCTAAGCAGGAAGAAAAGGCTCCCAAGGCGGGCGAGTTGCTGTTTTGCGGTGCAACGCAGTGGGAGTTAGTCGGCCGGAAGACCGCGGACGCAAGCGCTACAAAT
CTCATGTCTCCCACACGTCTGCGGCCTCTTATGGGGATCGACATATGTTTCGTAGCAGCTGGTTCCGTGTCAAGTCATTGTGTTGCGCTGGATGTTGATGGGCGTTGTTACACTTGGGGCCGCAATGAGAAGGGACAACTTGGACATGGGGACCTAGTACAGCGTGACATGCCAACCAGGGTACCAGGATTGTCAAACCA
TAGAATTGTAAAAGCAGGAAGTGGAAGGCAGCATACAGTTGTAGTGACAGAGGATGGACTTTCTTTTGCATTTGGCTGGAACAAGCATGGGCAATTAGGTACCGGATCCACAAGAAATGAGATGGAGAGCTCTCCAGTACGGTGCCTTGTATCAGATGCCACAAATACTTACTGTGGAGCTGATTTCACTGTGTGGCTAT
CTACTGTACAAGGCTCTTCTATCTTGACTGCAGGTCTTCCGCAATATGGTCAGCTTGGTCATGGATCAGATAATGAGTACAACTCAAAAGAGGGTACAGTAAAACTGGCCTATGAAGCACAGCCTCGTCCTCGAGCAATTGCTGCCTTATCAGCAAAAACAATCACTAAAATTGCATGTGGTAACAATCACACAGTTGCA
GTGGACTCGGATGGATTTGTTTACACATGGGGATTTGGAGGGTATGGAAGGCTAGGGCATAGGGAACAGAAAGAAAGTTCCCACTAGACCATGGACTAACAGACTTTTTCTTAAGAATCATTGAGCAGATTATATGCAACTCTTTTTGGTAATAACTTTGTATAAGTTTTGTTGCAAAAAGCAGATTGTTTCATTGATTA
GTTATAATTGCAGTTGATGCCTGATATTCATTTGATTTTTGTTCAAGAATAATGTTTGTATATTATTTTCTGGTGTTTACTATACTCTGTAGTTTACCATCAAGGATGGGAGATTTTATTGGTTATGGAGCTTAATTGTTGTCTCTGTTTGGTTGGTGTGCATGTACAGATGGGGATTTGGAGGGTATGGAAGGTAAAAT
AAATTTCGAGATTGCTTTACATTACTGCACTTCATACATGTGCACTGGCAACTGAAAAATTTGCATGCTTCTTTTTATTAATATATAGTTTTTTGAGAAACCTGTTCATTAGGCTAGTGGGCCAAGACATTTTATTTGCAATATTATTATTTTCCTAGTTGATGTTCCTTTTTCAATGTCAATGTTCTATGTACAGGCTA
GGGCATAGGGAACAGAAAGATGAGTGGAGTCCACGGGTTGTGGATACTTTTCAAAAGAGTAATCTGATTCCTCCTACAGCTGTGGTTGCAGCTGGTGCCACTTACTCTGCATGTACCGCAGGTGGTGGTCAACTTTACATGTGGGGTAAAGTGAAGCCGACTTCTGATAATTGGATGTATCCAAAACCGGTTTTTGACTT
AAGTGGGTGGCAAATACGATGCATGGATTCTGGTAATACACATAGTGTATGTGGTGCTGATGATTCAATTATTGGCTTTGGCACATCCCAATATGGAGAACTTGGATTTGGTGCATCGGGTCCAAAGTCATCGGCAAATCCGAAGAAGATTGATATTCTTGAAGGAATGCATGCTATCAGCGTTGCGTGTGGTCTTGGGC
ACTCCCTTATAGTGGTTGATCGAACAAATATTGGTGAGCGACTAGAAAAGCTTGATGTATATGAAGGCAGGAGTCCCACAGAAGCTGCTATTGAGGCCGTGGAGGATATATCAAATAAAAAACAGCCTGTTAACAAATCGGGAAAGAAACGCAAAAGTGTTTCTGACGGTGCAACTGCTGAGGCCTCTGCCAAAGCTGAG
AAAAAGCCTCGCAAAAAGGTTTCAAAGAAAAAAGATTTGTCAGACACAGAGAATAGTAATGAGTCTAATGATGATGACGACGGTGATGATGACGATGATACTTATAAAGAAGGTGCAAATGGTTCATCAAAGAGTAACAGTAAGAGCCGTGGTCGTGGTCGTGGCCGTGGTAAATCCAGTGGAAAAAATGTGGTCAAAGA
TCATACGAGCAGTACTGCTGCCAGAGGTCGAGGAAAAGGACGAGTTACCAAAGGTGGCAAAGCGAAATAAGAAATGCAGTTTTCCTACAGTTATTGACTTTTAGGATATATGGAAGCTATTTGTCGAGTACATCCATTTGTTTCAGAAACTAGTAACTAATTTTCACTATCCACTGCCCCTTGGGGCACGGGGGCACCTG
TGGGAAGGTAAATTTTGTATATTTAGATTGTTATTGCAAAGGTATATTTATTACGAGCCAAGGCTTACCCTGCTACCCTGATGTATTCATTGGTTTGTAGTTTAGGCTTTATTGATTCAAAGGCATTAACCTTGTTTCCAAAACATTTGCTAATATATTTTTCTCTGTTATTCCAAGTAGACACGGGACATACGATATTT
AATGTTTGCAGTTTTACTCTAACAAGCTTGCTGATGGTGAAGTGAATGCATCCTATGGTTGAACTTAGCAAGTTCCCATTTATTATTGAACG

>TRINITY_DN104448_c2_g1_i14 from sample A5 / Example unspliced isoform:

GTTACACTTGGGGCCGCAATGAGgtattccaacttttttctttgggtagtatatttgttattatatttgaatatttttgataggagcctcacatatttgtgtttacagAAGGGACAACTTGGACACGGGGACCTAGTACAGCGTGACATGCCAACCAGGGTACCAGGATTGTCAAACCATAGAATTGTAAAAGCAGGAAG
TGGAAGGCAGCATACAGTTGTAGTGACAGAGGATGGACTTTCTTTTGCATTTGGCTGGAACAAGCATGGGCAATTAGGTACCGGATCCACAAGAAATGAGATGGAGAGCTCTCCAGTACGGTGCCTTGTATCAGATGCCACAAATACTTACTGTGGAGCTGATTTCACTGTGTGGCTATCTACTGTACAAGGCTCTTCTA
TCTTGACTGCAGGTCTTCCGCAATATGGTCAGCTTGGTCATGGATCAGATAATGAGTACAACTCAAAAGAGGGTACAGTAAAACTGGCCTATGAAGCACAGCCTCGTCCTCGAGCAATTGCTGCCTTATCAGCAAAAACAATCACTAAAATTGCATGTGGTAACAATCACACAGTTGCAGTGGACTCGGATGGATTTGTT
TACACATGGGGATTTGGAGGGTATGGAAGGCTAGGGCATAGGGAACAGAAAGAAAGTTCCCACTAGACCATGGACTAACAGACTTTTTCTTAAGAATCATTGAGCAGATTATATGCAACTCTTTTTGGTAATAACTTTGTATAAGTTTTGTTGCAAAAAGCAGATTGTTTCATTGATTAGTTATAATTGCAGTTGATGCC
TGATATTCATTTGATTTTTGTTCAAGAATAATGTTTGTATATTATTTTCTGGTGTTTACTATACTCTGTAGTTTACCATCAAGGATGGGAGATTTTATTGGTTATGGAGCTTAATTGTTGTCTCTGTTTGGTTGGTGTGCATGTACAGATGGGGATTTGGAGGGTATGGAAGGTAAAATAAATTTCGAGATTGCTTTACA
TTACTGCACTTCATACATGTGCACTGGCAACTGAAAAATTTGCATGCTTCTTTTTATTAATATATAGTTTTTTGAGAAACCTGTTCATTAGGCTAGTGGGCCAAGACATTTTATTTGCAATATTATTATTTTCCTAGTTGATGTTCCTTTTTCAATGTCAATGTTCTATGTACAGGCTAGGGCATAGGGAACAGAAAGAT
GAGTGGAGTCCACGGGTTGTGGATACTTTTCAAAAGAGTAATCTGATTCCTCCTACAGCTGTGGTTGCAGCTGGTGCCACTTACTCTGCATGTACCGCAGGTGGTGGTCAACTTTACATGTGGGGTAAAGTGAAGCCGACTTCTGATAATTGGATGTATCCAAAACCGGTTTTTGACTTAAGTGGGTGGCAAATACGATG
CATGGATTCTGGTAATACACATAGTGTATGTGGTGCTGATGATTCAATTATTGGCTTTGGCACATCCCAATATGGAGAACTTGGATTTGGTGCATCGGGTCCAAAGTCATCGGCAAATCCGAAGAAGATTGATATTCTTGAAGGAATGCATGCTATCAGCGTTGCGTGTGGTCTTGGGCACTCCCTTATAGTGGTTGATC
GAACAAATATTGGTGAGCGACTAGAAAAGCTTGATGTATATGAAGGCAGGAGTCCCACAGAAGCTGCTATTGAGGCCGTGGAGGATATATCAAATAAAAAACAGCCTGTTAACAAATCGGGAAAGAAACGCAAAAGTGTTTCTGACGGTGCAACTGCTGAGGCCTCTGCCAAAGCTGAGAAAAAGCCTCGCAAAAAGGTT
TCAAAGAAAAAAGATTTGTCAGACACAGAGAATAGTAATGAGTCTAATGATGATGACGACGGTGATGATGACGATGATACTTATAAAGAAGGTGCAAATGGTTCATCAAAGAGTAACAGTAAGAGCCGTGGTCGTGGTCGTGGCCGTGGTAAATCCAGTGGAAAAAATGTGGTCAAAGATCATACGAGCAGTACTGCTGC
CAGAGGTCGAGGAAAAGGACGAGTTACCAAAGGTGGCAAAGCGAAATAAGAAATGCAGTTTTCCTACAGTTATTGACTTTTAGGATATATGGAAGCTATTTGTCGAGTACATCCATTTGTTTCAGAAACTAGTAACTAATTTTCAGTATCCACTGCCCTTTGGGGCACGGGGGCACCTGTGGGAAGGTAACTGCTTCATA
GTGCATTGCGAGAGTCTACACTGGGAGACACTCTTTTAGTGCGTGAAGTCTACATGAGATTGGGAGTATTATGAATCTGTATGAACAAGTTGTTTCTATTGTTGGACGTACTTTGTCTCCTTTTGAAGAGGACAATCAAATCCTGTGTTCTGGATTCGGTGATGGTTGGAAACTATAAAGCTTTTATCCATTGTGATTGC
ATGTTTCTTTTTTCTACATCATAGTTGGATCATTACTTACTATTGTGTATCTTTAGAGGCAGCATGGTGCAACAACTGCACACAATGATAATGTCTTCAACTTCTATGAAAAAAATCAACCTTGCACTGGGTTTGAACAAGTACTTGAGAGCCACAAGTTTCTGATTATGGCCATAAGTTTTGCTCATAGAAGAGATTTC
TATGAACTAAGAGGATAGGAAGTCTTTGGTTAATTCAGTTGATGTGACAATTATGTGGTCTCGTTGAATATAACAGACAAAAATTTTAGAATCAAAATATAAATTGTTTAAATGGCGTGAA

Intron 9 GTAATAACTT ... TACTCTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	88.96	3	12	36.3
A2	84	2	9	12
A3	55.75	7	4	13.7
A4	70.37	4	4	15
A5	100	0	1	16
A6	36.51	2	1	1.3
A7	72.62	1	2	3.3
A8	74.19	4	8	15
A9	100	0	4	6
A10	34.57	8	3	5.7

>TRINITY_DN44710_c1_g1_i4 from sample A9 / Example spliced isoform

AATAGAAGTTCAACTCTGAACAATAAACATCTTATTGGGGATCCGTTGACGACCGGAACTCTAAAGGCCCTCGAGGAGACAGTCTCCTGGTAATAATGACAACTACAAGTGATGGCCGCTTTATAATAATAAAAGCTATTAATATTTATGGGCCCGGATTAAATTTAAACCTGCTTTTCCCGTGAGCGGTTTTGTCAAAA
CCGGTTTTAAATTCACATCCGGTTTTAGGTTTCAGAAACAAAAGAAAGTTATAATTCACAGAAAAGAAAACCTGCAGAAATCAAAAGCACAGCAGCAGGAGGAGAGAGAGATCCCGGGAAACGGCAAACGCAGTAACTAATCTCGAGGCTCCAAGGCCTCTCCCCATCGACGTCACGGGTTCAAATCACCGCGCTTCGGT
TTTCCTGGTGTCGTCTCCGGGTCCCTGCTAAATACGGTCCCGAGGGTTTCGAAACCCAGACATTGAGCTGGACTGAACGGTACACCTTTCAAATCCACGCGATGGCGACGGAAGCGGCTTCTAAGCAGGAAGAAAAGGCTCCCAAGGCGGGCGAGTTGCTGTTTTGCGGTGCAACGCAGTGGGAGTTAGTCGGCCGGAAG
ACCGCGGACGCAAGCGCTACAAATCTCATGTCTCCCACACGTCTGCGGCCTCTTATGGGGATCGACATATGTTTCGTAGCAGCTGGTTCCGTGTCAAGTCATTGTGTTGCGCTGGATGTTGATGGGCGTTGTTACACTTGGGGCCGCAATGAGAAGGGACAACTTGGACATGGGGACCTAGTACAGCGTGACATGCCAAC
CAGGGTACCAGGATTGTCAAACCATAGAATTGTAAAAGCAGGAAGTGGAAGGCAGCATACAGTTGTAGTGACAGAGGATGGACTTTCTTTTGCATTTGGCTGGAACAAGCATGGGCAATTAGGTACCGGATCCACAAGAAATGAGATGGAGAGCTCTCCAGTACGGTGCCTTGTATCAGATGCCACAAATACTTACTGTG
GAGCTGATTTCACTGTGTGGCTATCTACTGTACAAGGCTCTTCTATCTTGACTGCAGGTCTTCCGCAATATGGTCAGCTTGGTCATGGATCAGATAATGAGTACAACTCAAAAGAGGGTACAGTAAAACTGGCCTATGAAGCACAGCCTCGTCCTCGAGCAATTGCTGCCTTATCAGCAAAAACAATCACTAAAATTGCA
TGTGGTAACAATCACACAGTTGCAGTGGACTCGGATGGATTTGTTTACACTGACTCAGGCAAGCTTTGTGCCTCTTCTGCACCTGATTATGGGCTCTGACAGTAATTCCTACAGTTACGAGTTGCTCTGTAGATTTGATCTCTGTGTTTTCTTTTCTCTTCTGACAGAGATACAGTGTTTTAATTCTTGTTTTGCAATTA
TGCAACGAGATACAGGATTGTTCCTCACATACATGCCCCTGCTTGACGTGCACACGCAGGATTTGCGAAAAACCCTTAGCCTACAGATGGAAATCTGCAGATGCCTGTAGATGTTTATGACGTCTTGCAAGCAATACTCTGTCTTCCTTGCAGCTACAATTTTTGTACTCTTTTGTGGCAGCAAACAGAAACCCGTATGG
AGATGTTAACTATCCTTCACCTTAATTCAGATGTGAACTAAACAATAATTTCCTGCTATGAGTTTTTGCAGTAGAATGGTCTTTCTTCAATGGATATCTGAACTGAAATGGCCAGAGGTCCCTTTGTGTTGAAAGGCCCGTAGATAGAAAAACCTTGAAAATTGTGTGGGGCAAGGGCCAGAATCAGCTGAAACTGTGTG
ATACAAATGTAATGAATAATCCAACACAACAAGGACAAATAGTTGAAATCCATATTGGATGGATAAGATATATATTTGATAATTGAATGAATGAGAAGATTTTACAATGAGCATAAACATTGACTGGACACGATGGTAGAGAGTTGTGTCTATTAGTTTCTTATTTTATTATTACTCTTATGTTATGTTTATTTATGTAT
TTTATACTTGTTACAATCTGCGTATCTTTTTAAAGGGAAGCTAGCTTGTATTTTGGATGGTAAACACATAAAATCCAAGTCCCACACAATGCAATCGTCGTAGCTACGGGGTGAGATTGCTAGTAATCAGCCAATTCGGATTAAATTAATTTTCGCCAATACTGCTCCCAAGGATATGAAATAGTATGCAAATCATTATA
ATTGGACCTATTTAACAAGGGTGGAGTGAATCCAAATGCTGGAAGGCTGCAATAATAGCCACAATCGGCAGGCCACATACAGTCAAGGGGAATGCTTGCCAAGATTTGAACCTGGGTCTTCATCACAACAAGTGATCCAAGTTCCCACTAGACCATGGACTAACAGACTTTTTCTTAAGAATCATTGAGCAGATTATATG
CAACTCTTTTTGTTTACCATCAAGGATGGGAGATTTTATTGGTTATGGAGCTTAATTGTTGTCTCTGTTTGGTTGGTGTGCGTGTGCAGATGGGGATTTGGAGGGTATGGAAGGCTAGGGCATAGGGAACAGAAAGATGAGTGGAGTCCACGGGTTGTGGATACTTTTCAAAAGAGTAATCTGATTCCTCCTACAGCTGT
GGTTGCAGCTGGTGCCACTTACTCTGCATGTACCGCAGGTGGTGGTCAACTTTACATGTGGGGTAAAGTGAAACCGACTTCTGATAATTGGATGTATCCAAAACCGGTTTTTGACTTAAGTGGGTGGCAAATACGATGCATGGATTCTGGTAATACACATAGTGTATGTGGTGCTGATGATTCAATTATTGGCTTTGGCA
CATCCCAATATGGAGAACTTGGATTTGGTGCATCGGGTCCAAAGTCATCGGCAAATCCGAAGAAGATTGATATTCTTGAAGGAATGCATGCTATCAGCGTTGCGTGTGGTCTTGGGCACTCCCTTATAGTGGTTGATCGAACAAATATTGGTGAGCGACTAGAAAAGCTTGATGTATATGAAGGCAGGAGTCCCACAGAA
GCTGCTATTGAGGCCGTGGAGGATATATCAAATAAAAAACAGCCTGTTAACAAATCGGGAAAGAAACGCAAAAGTGTTTCTGACGGTGCAACTGCTGAGGCCTCTGCCAAAGCTGAGAAAAAGCCTCGCAAAAAGGTTTCAAAGAAAAAAGATTTGTCAGACACAGAGAATAGTAATGAGTCTAATGATGATGACGACGG
TGATGATGACGATGATACTTATAAAGAAGGTGCAAATGGTTCATCAAAGAGTAACAGTAAGAGCCGTGGTCGTGGTCGTGGCCGTGGTAAATCCAGTGGAAAAAATGTGGTCAAAGATCATACGAGCAGTACTGCTGCCAGAGGTCGAGGAAAAGGACGAGTTACCAAAGGTGGCAAAGCGAAATAAGAAATGCAGTTTT
CCTACAGTTATTGACTTTTAGGATATATGGAAGCTATTTGTCGAGTACATCCATTTGTTTCAGAAACTAGTAACTAATTTTCAGTATCCACTGCCCTTTGGGGCACGGGGGCACCTGTGGGAAGGTAACTGCTTCATAGTGCATTGCGAGAGTCTACACTGGGAGACACTCTTTTAGTGCGTGAAGTCTACATGAGATTG
GGAGTATTATGAATCTGTATGAACAAGTTGTTTCTATTGTTGGACGTACTTTGTCTCCTTTTGAAGAGGACAATCAAATCCTGTGTTCTGGATTCGGTGATGGTTGGAAACTATAAAG

>TRINITY_DN44710_c1_g1_i9 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TGGATTTGTTTACACATTTTCAAGCGGTGGACCTTAAGTAATTATTCAAAGAGTCCTGATGGTCAACGAAGTTGTTCGAAGATGATTGCATCTGCGTGACTGTGAATGCAAAATTAATTGTCTATATTTCTGAACTCGTTTGACTTATATTTGTTAGCGTATGTGACTTTTTGTTGCAATCGGTTACTCTGCAGTGACTC
AGGCAAGCTTTGTGCCTCTTCTGCACCTGATTATGGGCTCTGACAGTAATTCCTACAGTTACGAGTTGCTCTGTAGATTTGATCTCTGTGTTTTCTTTTCTCTTCTGACAGAGATACAGTGTTTTAATTCTTGTTTTGCAATTATGCAACGAGATACAGGATTGTTCCTCACATACATGCCCCTGCTTGACGTGCACACG
CAGGATTTGCGAAAAACCCTTAGCCTACAGATGGAAATCTGCAGATGCCTGTAGATGTTTATGACGTCTTGCAAGCAATACTCTGTCTTCCTTGCAGCTACAATTTTTGTACTCTTTTGTGGCAGCAAACAGAAACCCGTATGGAGATGTTAACTATCCTTCACCTTAATTCAGATGTGAACTAAACAATAATTTCCTGC
TATGAGTTTTTGCAGTAGAATGGTCTTTCTTCAATGGATATCTGAACTGAAATGGCCAGAGGTCCCTTTGTGTTGAAAGGCCCGTAGATAGAAAAACCTTGAAAATTGTGTGGGGCAAGGGCCAGAATCAGCTGAAACTGTGTGATACAAATGTAATGAATAATCCAACACAACAAGGACAAATAGTTGAAATCCATATT
GGATGGATAAGATATATATTTGATAATTGAATGAATGAGAAGATTTTACAATGAGCATAAACATTGACTGGACACGATGGTAGAGAGTTGTGTCTATTAGTTTCTTATTTTATTATTACTCTTATGTTATGTTTATTTATGTATTTTATACTTGTTACAATCTGCGTATCTTTTTAAAGGGAAGCTAGCTTGTATTTTGG
ATGGTAAACACATAAAATCCAAGTCCCACACAATGCAATCGTCGTAGCTACGGGGTGAGATTGCTAGTAATCAGCCAATTCGGATTAAATTAATTTTCGCCAATACTGCTCCCAAGGATATGAAATAGTATGCAAATCATTATAATTGGACCTATTTAACAAGGGTGGAGTGAATCCAAATGCTGGAAGGCTGCAATAAT
AGCCACAATCGGCAGGCCACATACAGTCAAGGGGAATGCTTGCCAAGATTTGAACCTGGGTCTTCATCACAACAAGTGATCCAAGTTCCCACTAGACCATGGACTAACAGACTTTTTCTTAAGAATCATTGAGCAGATTATATGCAACTCTTTTTGgtaataactttgtataagttttgttgcaaaaagcagattgtttc
attgattagttataattgcagttgatgcctgatattcatttgacttttgttcaagaataatgtttgtatattattttctggtgtttactatactctgtagTTTACCATCAAGGATGGGAGATTTTATTGGTTATGGAGCTTAATTGTTGTCTCTGTTTGGTTGGTGTGCGTGTGCAGATGGGGATTTGGAGGGTATGGAA
GGTAAAATAAATTTCGAGATTGCTTTACATTACTGCACTTCATACATGTGCACTGGCAACTGAAAAATTTGCACGCTTCTTTTTATTAATATATAGTTTTTTGAGAAACCTGTTCATTAGGCTAGTGGGCCAAGACATTTTATTTGCAATATTATTATTTTCCTAGTTGATGTTCCTTTTTCAATGTCAATGTTCTATGT
ACAGGCTAGGGCATAGGGAAC

Intron 10 GTAAGTACAG ... TTGTGTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.8	520	159	131
A2	22.28	368	95	116
A3	23.98	382	129	112
A4	22.63	417	129	115
A5	22.44	235	57	79
A6	19.65	325	55	104
A7	22.52	812	196	276
A8	22.89	433	111	146
A9	21.29	747	162	242
A10	22.55	790	177	283

>TRINITY_DN127121_c2_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

AAAAGAAAGTTATAATTCACAGAAAAGAAAACCTGCAGAAATCAAAAGCACAGCAGCAGGAGGAGAGAGAGATCCCGGGAAACGGCAAACGCAGTAACTAATCTCGAGGCTCCAAGGCCTCTCCCCATCGACGTCACGGGTTCAAATCACCGCGCTTCGGTTTTCCTGGTGTCGTCTCCGGGTCCCTGCTAAATACGGTC
CCGAGGGTTTCGAAACCCAGACATTGAGCTGGACTGAACGGTACACCTTTCAAATCCACGCGATGGCGACGGAAGCGGCTTCTAAGCAGGAAGAAAAGGCTCCCAAGGCGGGCGAGTTGCTGTTTTGCGGTGCAACGCAGTGGGAGTTAGTCGGCCGGAAGACCGCGGACGCAAGCGCTACAAATCTCATGTCTCCCACA
CGTCTGCGGCCTCTTATGGGGATCGACATATGTTTCGTAGCAGCTGGTTCCGTGTCAAGTCATTGTGTTGCGCTGGATGTTGATGGGCGTTGTTACACTTGGGGCCGCAATGAGAAGGGACAACTTGGACATGGGGACCTAGTACAGCGTGACATGCCAACCAGGGTACCAGGATTGTCAAACCATAGAATTGTAAAAGC
AGGAAGTGGAAGGCAGCATACAGTTGTAGTGACAGAGGATGGACTTTCTTTTGCATTTGGCTGGAACAAGCATGGGCAATTAGGTACCGGATCCACAAGAAATGAGATGGAGAGCTCTCCAGTACGGTGCCTTGTATCAGATGCCACAAATACTTACTGTGGAGCTGATTTCACTGTGTGGCTATCTACTGTACAAGGCT
CTTCTATCTTGACTGCAGGTCTTCCGCAATATGGTCAGCTTGGTCATGGATCAGATAATGAGTACAACTCAAAAGAGGGTACAGTAAAACTGGCCTATGAAGCACAGCCTCGTCCTCGAGCAATTGCTGCCTTATCAGCAAAAACAATCACTAAAATTGCATGTGGTAACAATCACACAGTTGCAGTGGACTCGGATGGA
TTTGTTTACACATGGGGATTTGGAGGGTATGGAAGGCTAGGGCATAGGGAACAGAAAGATGAGTGGAGTCCACGGGTTGTGGATACTTTTCAAAAGAGTAATCTGATTCCTCCTACAGCTGTGGTTGCAGCTGGTGCCACTTACTCTGCATGTACCGCAGGTAAGTGACACTGTCTTTGTTTTTATCTACTTTAAAAGGT
CTTTGATATTTTGTAAGTATTAGAGAAGCTATTGATTAGATTATCTTGTGTGGTTTGAAAATCAGTTTTTAGGATGTGATCAAGCTATCTCAAATATTTACCTGCCATAGACAAACTTACAGAAATATCAGTCCTTTGTCTTTATCATTTGGCTAACTAATTCCAGGAAATGTACATGTGGTATACCGATATTTAGTTGT
GCAATTTCTTCCTAATTGGCAGGCTTACAAATAGTGCTATTCTCTTGTGCAATTTCCTTATTGTGGACTGGATAGGAATTGTTTTTCTATTGCACGTTTCGAATTTTAAATGCTATCCAGTTATATACATGTTGATGACTAACTGCAATTATTGATGACGTTAATATATTCCCATTTGAGCTTAACCTTAAGATGCATCA
AGAGGTTAGTTATGTGAGTATGTGTGTTCATGCTCGGAGAGCAGCATTTGTAATTGCTTAATAGTTTATATATATATAGGCCATCTCCAATATTTACTTACAATAGACAAACCTGTTGATTAAGTTGTCATTGATGCCAACAGTGCCTGGCCATTGATGCCAACAGTTGCGTCTTGGTGCCCCTTGTGGAGCCCGTGAGG
GTTAGTGTTTGGT

>TRINITY_DN127121_c2_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AAAAGAAAGTTATAATTCACAGAAAAGAAAACCTGCAGAAATCAAAAGCACAGCAGCAGGAGGAGAGAGAGATCCCGGGAAACGGCAAACGCAGTAACTAATCTCGAGGCTCCAAGGCCTCTCCCCATCGACGTCACGGGTTCAAATCACCGCGCTTCGGTTTTCCTGGTGTCGTCTCCGGGTCCCTGCTAAATACGGTC
CCGAGGGTTTCGAAACCCAGACATTGAGCTGGACTGAACGGTACACCTTTCAAATCCACGCGATGGCGACGGAAGCGGCTTCTAAGCAGGAAGAAAAGGCTCCCAAGGCGGGCGAGTTGCTGTTTTGCGGTGCAACGCAGTGGGAGTTAGTCGGCCGGAAGACCGCGGACGCAAGCGCTACAAATCTCATGTCTCCCACA
CGTCTGCGGCCTCTTATGGGGATCGACATATGTTTCGTAGCAGCTGGTTCCGTGTCAAGTCATTGTGTTGCGCTGGATGTTGATGGGCGTTGTTACACTTGGGGCCGCAATGAGAAGGGACAACTTGGACATGGGGACCTAGTACAGCGTGACATGCCAACCAGGGTACCAGGATTGTCAAACCATAGAATTGTAAAAGC
AGGAAGTGGAAGGCAGCATACAGTTGTAGTGACAGAGGATGGACTTTCTTTTGCATTTGGCTGGAACAAGCATGGGCAATTAGGTACCGGATCCACAAGAAATGgtaagtacagaaatgtttgtactttgttgtggtattctttggaaattttctcaaaacaagttgtcataagttattcgggccacttattcctctctt
tattgttgtattctataattttcatcttgacttgattattatgtaattcaatctttaatgcttatatgtttaaactttaatgtcacctttatttctgttgttctcaaatttacatccggacatactgttttatctggttctatttataatggatcattgtgttcagAGATGGAGAGCTCTCCAGTACGGTGCCTTGTATC
AGATGCCACAAATACTTACTGTGGAGCTGATTTCACTGTGTGGCTATCTACTGTACAAGGCTCTTCTATCTTGACTGCAGGTCTTCCGCAATATGGTCAGCTTGGTCATGGATCAGATAATGAGTACAACTCAAAAGAGGGTACAGTAAAACTGGCCTATGAAGCACAGCCTCGTCCTCGAGCAATTGCTGCCTTATCAG
CAAAAACAATCACTAAAATTGCATGTGGTAACAATCACACAGTTGCAGTGGACTCGGATGGATTTGTTTACAC

Intron 11 GTGCGTTACT ... AAATTGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	15.64	259	4	48
A2	17.13	179	0	37
A3	12.96	215	2	32
A4	20.96	132	0	35
A5	12.78	116	1	17
A6	15.23	412	2	74
A7	13.93	760	5	123
A8	15.18	799	7	143
A9	16.5	744	0	147
A10	16.03	571	0	109

>TRINITY_DN116393_c3_g1_i1 from sample A3 / Example spliced isoform

CATGTGTTAAACACCCCTCTTTTTGTGTGAAACATTTCACAATGCGTTTCGCCTTTTGGGTACACTGCAAAATGTTTTGCATAGAGTTTTGCCATCCCGGGCATGTGGGGAGTGCATCCCACTCTGATACTGAATGTTATCATCCAGAGCATTGTTAATATTAGTTTTTCCTTTTTCAGATTGATAGCTAACACAGCTTT
TATCAAATTCTGTTTTTATCAGTCTTTTTAAGATTAAGTAACTTAAAAGAAGCTGATGTTTAAAATTGTGACTCTGGTCAGTGGGTGGCAAATACGATGCATGGATTCTGGTAATACACATAGTGTATGTGGTGCTGATGATTCAATTATTGGCTTTGGCACATCCCAATATGGAGAACTTGGATTTGGTGCATCGGGTC
CAAAGTCATCGGCAAATCCGAAGAAGATTGATATTCTTGAAGGAATGCATGCTATCAGCGTTGCGTGTGGTCTTGGGCACTCCCTTATAGTGGTTGATCGAACAAATATTGGTGAGCGACTAGAAAAGCTTGATGTATATGAAGGCAGGAGTCCCACAGAAGCTGCTATTGAGGCCGTGGAGGATATATCAAATAAAAAA
CAGCCTGTTAACAAATCGGGAAAGAAACGCAAAAGTGTTTCTGACGGTGCAACTGCTGA

>TRINITY_DN116393_c3_g1_i14 from sample A3 / Example unspliced isoform:

AATATTATTAATTTATTCTGTTTGCAGTACAAACTGACTTTTATTAACATGTTATTGTAGCTTGATGTATATGAAGGCAGGAGTCCCACAGAAGgtgcgttacttgattgaatcatgaaatgcaagtttagttacataacatctcatcttgaacacatctggtttgttctgcgaatataattatggtatgctatttataa
agtgagattttagaaactagtttttgtccatatttatctcatataagaagtgaaaattgacagCTGCTATTGAGGCCGTGGAGGATATATCAAATAAAAAACAGCCTGTTAACAAATCGGGAAAGAAACGCAAAAGTGTTTCTGACGGTGCAACTGCTGAAGCTTCTGCCAAAGCTGAGAAAAAGCC

Intron 12 GTATGAATTC ... AAAAATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.41	312	93	67
A2	21.07	236	74	52
A3	19.26	241	70	45
A4	19.73	240	75	43
A5	19.25	86	32	9
A6	18.94	351	93	71
A7	18.97	739	158	188
A8	18.67	675	158	152
A9	20.45	774	170	228
A10	17.78	541	103	131

>TRINITY_DN104448_c2_g1_i11 from sample A5 / Example spliced isoform

GGGGGTTTCAGAAACAAAAGAAAGTTATAATTCACAGAAAAGAAAACCTGCAGAAATCAAAAGCACAGCAGCAGGAGGAGAGAGAGATCCCGGGAAACGGCAAACGCAGTAACTAATCTCGAGGCTCCAAGGCCTCTCCCCATCGACGTCACGGGTTCAAATCACCGCGCTTCGGTTTTCCTGGTGTCGTCTCCGGGTCC
CTGCTAAATACGGTCCCGAGGGTTTCGAAACCCAGACATTGAGCTGGACTGAACGGTACACCTTTCAAATCCACGCGATGGCGACGGAAGCGGCTTCTAAGCAGGAAGAAAAGGCTCCCAAGGCGGGCGAGTTGCTGTTTTGCGGTGCAACGCAGTGGGAGTTAGTCGGCCGGAAGACCGCGGACGCAAGCGCTACAAAT
CTCATGTCTCCCACACGTCTGCGGCCTCTTATGGGGATCGACATATGTTTCGTAGCAGCTGGTTCCGTGTCAAGTCATTGTGTTGCGCTGGATGTTGATGGGCGTTGTTACACTTGGGGCCGCAATGAGAAGGGACAACTTGGACATGGGGACCTAGTACAGCGTGACATGCCAACCAGGGTACCAGGATTGTCAAACCA
TAGAATTGTAAAAGCAGGAAGTGGAAGGCAGCATACAGTTGTAGTGACAGAGGATGGACTTTCTTTTGCATTTGGCTGGAACAAGCATGGGCAATTAGGTACCGGATCCACAAGAAATGAGATGGAGAGCTCTCCAGTACGGTGCCTTGTATCAGATGCCACAAATACTTACTGTGGAGCTGATTTCACTGTGTGGCTAT
CTACTGTACAAGGCTCTTCTATCTTGACTGCAGGTCTTCCGCAATATGGTCAGCTTGGTCATGGATCAGATAATGAGTACAACTCAAAAGAGGGTACAGTAAAACTGGCCTATGAAGCACAGCCTCGTCCTCGAGCAATTGCTGCCTTATCAGCAAAAACAATCACTAAAATTGCATGTGGTAACAATCACACAGTTGCA
GTGGACTCGGATGGATTTGTTTACACATGGGGATTTGGAGGGTATGGAAGGCTAGGGCATAGGGAACAGAAAGAAAGTTCCCACTAGACCATGGACTAACAGACTTTTTCTTAAGAATCATTGAGCAGATTATATGCAACTCTTTTTGGTAATAACTTTGTATAAGTTTTGTTGCAAAAAGCAGATTGTTTCATTGATTA
GTTATAATTGCAGTTGATGCCTGATATTCATTTGATTTTTGTTCAAGAATAATGTTTGTATATTATTTTCTGGTGTTTACTATACTCTGTAGTTTACCATCAAGGATGGGAGATTTTATTGGTTATGGAGCTTAATTGTTGTCTCTGTTTGGTTGGTGTGCATGTACAGATGGGGATTTGGAGGGTATGGAAGGTAAAAT
AAATTTCGAGATTGCTTTACATTACTGCACTTCATACATGTGCACTGGCAACTGAAAAATTTGCATGCTTCTTTTTATTAATATATAGTTTTTTGAGAAACCTGTTCATTAGGCTAGTGGGCCAAGACATTTTATTTGCAATATTATTATTTTCCTAGTTGATGTTCCTTTTTCAATGTCAATGTTCTATGTACAGGCTA
GGGCATAGGGAACAGAAAGATGAGTGGAGTCCACGGGTTGTGGATACTTTTCAAAAGAGTAATCTGATTCCTCCTACAGCTGTGGTTGCAGCTGGTGCCACTTACTCTGCATGTACCGCAGGTGGTGGTCAACTTTACATGTGGGGTAAAGTGAAGCCGACTTCTGATAATTGGATGTATCCAAAACCGGTTTTTGACTT
AAGTGGGTGGCAAATACGATGCATGGATTCTGGTAATACACATAGTGTATGTGGTGCTGATGATTCAATTATTGGCTTTGGCACATCCCAATATGGAGAACTTGGATTTGGTGCATCGGGTCCAAAGTCATCGGCAAATCCGAAGAAGATTGATATTCTTGAAGGAATGCATGCTATCAGCGTTGCGTGTGGTCTTGGGC
ACTCCCTTATAGTGGTTGATCGAACAAATATTGGTGAGCGACTAGAAAAGCTTGATGTATATGAAGGCAGGAGTCCCACAGAAGCTGCTATTGAGGCCGTGGAGGATATATCAAATAAAAAACAGCCTGTTAACAAATCGGGAAAGAAACGCAAAAGTGTTTCTGACGGTGCAACTGCTGAGGCCTCTGCCAAAGCTGAG
AAAAAGCCTCGCAAAAAGGTTTCAAAGAAAAAAGATTTGTCAGACACAGAGAATAGTAATGAGTCTAATGATGATGACGACGGTGATGATGACGATGATACTTATAAAGAAGGTGCAAATGGTTCATCAAAGAGTAACAGTAAGAGCCGTGGTCGTGGTCGTGGCCGTGGTAAATCCAGTGGAAAAAATGTGGTCAAAGA
TCATACGAGCAGTACTGCTGCCAGAGGTCGAGGAAAAGGACGAGTTACCAAAGGTGGCAAAGCGAAATAAGAAATGCAGTTTTCCTACAGTTATTGACTTTTAGGATATATGGAAGCTATTTGTCGAGTACATCCATTTGTTTCAGAAACTAGTAACTAATTTTCACTATCCACTGCCCCTTGGGGCACGGGGGCACCTG
TGGGAAGGTAAATTTTGTATATTTAGATTGTTATTGCAAAGGTATATTTATTACGAGCCAAGGCTTACCCTGCTACCCTGATGTATTCATTGGTTTGTAGTTTAGGCTTTATTGATTCAAAGGCATTAACCTTGTTTCCAAAACATTTGCTAATATATTTTTCTCTGTTATTCCAAGTAGACACGGGACATACGATATTT
AATGTTTGCAGTTTTACTCTAACAAGCTTGCTGATGGTGAAGTGAATGCATCCTATGGTTGAACTTAGCAAGTTCCCATTTATTATTGAACG

>TRINITY_DN104448_c2_g1_i6 from sample A5 / Example unspliced isoform:

GGGGGTTTCAGAAACAAAAGAAAGTTATAATTCACAGAAAAGAAAACCTGCAGAAATCAAAAGCACAGCAGCAGGAGGAGAGAGAGATCCCGGGAAACGGCAAACGCAGTAACTAATCTCGAGGCTCCAAGGCCTCTCCCCATCGACGTCACGGGTTCAAATCACCGCGCTTCGGTTTTCCTGGTGTCGTCTCCGGGTCC
CTGCTAAATACGGTCCCGAGGGTTTCGAAACCCAGACATTGAGCTGGACTGAACGGTACACCTTTCAAATCCACGCGATGGCGACGGAAGCGGCTTCTAAGCAGGAAGAAAAGGCTCCCAAGGCGGGCGAGTTGCTGTTTTGCGGTGCAACGCAGTGGGAGTTAGTCGGCCGGAAGACCGCGGACGCAAGCGCTACAAAT
CTCATGTCTCCCACACGTCTGCGGCCTCTTATGGGGATCGACATATGTTTCGTAGCAGCTGGTTCCGTGTCAAGTCATTGTGTTGCGCTGGATGTTGATGGGCGTTGTTACACTTGGGGCCGCAATGAGAAGGGACAACTTGGACATGGGGACCTAGTACAGCGTGACATGCCAACCAGGGTACCAGGATTGTCAAACCA
TAGAATTGTAAAAGCAGGAAGTGGAAGGCAGCATACAGTTGTAGTGACAGAGGATGGACTTTCTTTTGCATTTGGCTGGAACAAGCATGGGCAATTAGGTACCGGATCCACAAGAAATGAGATGGAGAGCTCTCCAGTACGGTGCCTTGTATCAGATGCCACAAATACTTACTGTGGAGCTGATTTCACTGTGTGGCTAT
CTACTGTACAAGGCTCTTCTATCTTGACTGCAGGTCTTCCGCAATATGGTCAGCTTGGTCATGGATCAGATAATGAGTACAACTCAAAAGAGGGTACAGTAAAACTGGCCTATGAAGCACAGCCTCGTCCTCGAGCAATTGCTGCCTTATCAGCAAAAACAATCACTAAAATTGCATGTGGTAACAATCACACAGTTGCA
GTGGACTCGGATGGATTTGTTTACACATGGGGATTTGGAGGGTATGGAAGGCTAGGGCATAGGGAACAGAAAGAAAGTTCCCACTAGACCATGGACTAACAGACTTTTTCTTAAGAATCATTGAGCAGATTATATGCAACTCTTTTTGGTAATAACTTTGTATAAGTTTTGTTGCAAAAAGCAGATTGTTTCATTGATTA
GTTATAATTGCAGTTGATGCCTGATATTCATTTGATTTTTGTTCAAGAATAATGTTTGTATATTATTTTCTGGTGTTTACTATACTCTGTAGTTTACCATCAAGGATGGGAGATTTTATTGGTTATGGAGCTTAATTGTTGTCTCTGTTTGGTTGGTGTGCATGTACAGATGGGGATTTGGAGGGTATGGAAGGTAAAAT
AAATTTCGAGATTGCTTTACATTACTGCACTTCATACATGTGCACTGGCAACTGAAAAATTTGCATGCTTCTTTTTATTAATATATAGTTTTTTGAGAAACCTGTTCATTAGGCTAGTGGGCCAAGACATTTTATTTGCAATATTATTATTTTCCTAGTTGATGTTCCTTTTTCAATGTCAATGTTCTATGTACAGGCTA
GGGCATAGGGAACAGAAAGATGAGTGGAGTCCACGGGTTGTGGATACTTTTCAAAAGAGTAATCTGATTCCTCCTACAGCTGTGGTTGCAGCTGGTGCCACTTACTCTGCATGTACCGCAGGTGGTGGTCAACTTTACATGTGGGGTAAAGTGAAGCCGACTTCTGATAATTGGATGTATCCAAAACCGGTTTTTGACTT
AAGTGGGTGGCAAATACGATGCATGGATTCTGGTAATACACATAGTGTATGTGGTGCTGATGATTCAATTATTGGCTTTGGCACATCCCAATATGGAGAACTTGGATTTGGTGCATCGGGTCCAAAgtatgaattctgactacttgattgcatcccttttcacttcttgattagctagtcatgcttaaatgcttcatgca
ggatgtaagcattaactatgtaccatttttgaagttttgttaagtttatctgagtttttctggttcttgaaatgttttctcacttttgatatatattatttgaaaattgtagcccttcacattatgactttttgtgacattgaaaaatacagGTCATCGGCAAATCCGAAGAAGATTGATATTCTTGAAGGAATGCATGC
TATCAGCGTTGCGTGTGGTCTTGGGCACTCCCTTATAGTGGTTGATCGAACAAATATTGGTGAGCGACTAGAAAAGCTTGATGTATATGAAGGCAGGAGTCCCACAGAAGCTGCTATTGAGGCCGTGGAGGATATATCAAATAAAAAACAGCCTGTTAACAAATCGGGAAAGAAACGCAAAAGTGTTTCTGACGGTGCAA
CTGCTGAGGCCTCTGCCAAAGCTGAGAAAAAGCCTCGCAAAAAGGTTTCAAAGAAAAAAGATTTGTCAGACACAGAGAATAGTAATGAGTCTAATGATGATGACGACGGTGATGATGACGATGATACTTATAAAGAAGGTGCAAATGGTTCATCAAAGAGTAACAGTAAGAGCCGTGGTCGTGGTCGTGGCCGTGGTAAA
TCCAGTGGAAAAAATGTGGTCAAAGATCATACGAGCAGTACTGCTGCCAGAGGTCGAGGAAAAGGACGAGTTACCAAAGGTGGCAAAGCGAAATAAGAAATGCAGTTTTCCTACAGTTATTGACTTTTAGGATATATGGAAGCTATTTGTCGAGTACATCCATTTGTTTCAGAAACTAGTAACTAATTTTCACTATCCAC
TGCCCCTTGGGGCACGGGGGCACCTGTGGGAAGGTAAATTTTGTATATTTAGATTGTTATTGCAAAGGTATATTTATTACGAGCCAAGGCTTACCCTGCTACCCTGATGTATTCATTGGTTTGTAGTTTAGGCTTTATTGATTCAAAGGCATTAACCTTGTTTCCAAAACATTTGCTAATATATTTTTCTCTGTTATTCC
AAGTAGACACGGGACATACGATATTTAATGTTTGCAGTTTTACTCTAACAAGCTTGCTGATGGTGAAGTGAATGCATCCTATGGTTGAACTTAGCAAGTTCCCATTTATTATTGAACG

Intron 13 GTTACGAGTT ... CGAGATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	80.33	6	18	31
A2	94.29	1	16	17
A3	89.47	2	13	21
A4	93.1	1	12	15
A5	89.47	1	9	8
A6	41.67	7	6	4
A7	42.86	6	0	9
A8	57.14	9	9	15
A9	87.5	1	5	9
A10	74.19	4	9	14

>TRINITY_DN44710_c1_g1_i6 from sample A9 / Example spliced isoform

AATAGAAGTTCAACTCTGAACAATAAACATCTTATTGGGGATCCGTTGACGACCGGAACTCTAAAGGCCCTCGAGGAGACAGTCTCCTGGTAATAATGACAACTACAAGTGATGGCCGCTTTATAATAATAAAAGCTATTAATATTTATGGGCCCGGATTAAATTTAAACCTGCTTTTCCCGTGAGCGGTTTTGTCAAAA
CCGGTTTTAAATTCACATCCGGTTTTAGGTTTCAGAAACAAAAGAAAGTTATAATTCACAGAAAAGAAAACCTGCAGAAATCAAAAGCACAGCAGCAGGAGGAGAGAGAGATCCCGGGAAACGGCAAACGCAGTAACTAATCTCGAGGCTCCAAGGCCTCTCCCCATCGACGTCACGGGTTCAAATCACCGCGCTTCGGT
TTTCCTGGTGTCGTCTCCGGGTCCCTGCTAAATACGGTCCCGAGGGTTTCGAAACCCAGACATTGAGCTGGACTGAACGGTACACCTTTCAAATCCACGCGATGGCGACGGAAGCGGCTTCTAAGCAGGAAGAAAAGGCTCCCAAGGCGGGCGAGTTGCTGTTTTGCGGTGCAACGCAGTGGGAGTTAGTCGGCCGGAAG
ACCGCGGACGCAAGCGCTACAAATCTCATGTCTCCCACACGTCTGCGGCCTCTTATGGGGATCGACATATGTTTCGTAGCAGCTGGTTCCGTGTCAAGTCATTGTGTTGCGCTGGATGTTGATGGGCGTTGTTACACTTGGGGCCGCAATGAGAAGGGACAACTTGGACATGGGGACCTAGTACAGCGTGACATGCCAAC
CAGGGTACCAGGATTGTCAAACCATAGAATTGTAAAAGCAGGAAGTGGAAGGCAGCATACAGTTGTAGTGACAGAGGATGGACTTTCTTTTGCATTTGGCTGGAACAAGCATGGGCAATTAGGTACCGGATCCACAAGAAATGAGATGGAGAGCTCTCCAGTACGGTGCCTTGTATCAGATGCCACAAATACTTACTGTG
GAGCTGATTTCACTGTGTGGCTATCTACTGTACAAGGCTCTTCTATCTTGACTGCAGGTCTTCCGCAATATGGTCAGCTTGGTCATGGATCAGATAATGAGTACAACTCAAAAGAGGGTACAGTAAAACTGGCCTATGAAGCACAGCCTCGTCCTCGAGCAATTGCTGCCTTATCAGCAAAAACAATCACTAAAATTGCA
TGTGGTAACAATCACACAGTTGCAGTGGACTCGGATGGATTTGTTTACACTGACTCAGGCAAGCTTTGTGCCTCTTCTGCACCTGATTATGGGCTCTGACAGTAATTCCTACAGATTGTTCCTCACATACATGCCCCTGCTTGACGTGCACACGCAGGATTTGCGAAAAACCCTTAGCCTACAGATGGAAATCTGCAGAT
GCCTGTAGATGTTTATGACGTCTTGCAAGCAATACTCTGTCTTCCTTGCAGCTACAATTTTTGTACTCTTTTGTGGCAGCAAACAGAAACCCGTATGGAGATGTTAACTATCCTTCACCTTAATTCAGATGTGAACTAAACAATAATTTCCTGCTATGAGTTTTTGCAGTAGAATGGTCTTTCTTCAATGGATATCTGAA
CTGAAATGGCCAGAGGTCCCTTTGTGTTGAAAGGCCCGTAGATAGAAAAACCTTGAAAATTGTGTGGGGCAAGGGCCAGAATCAGCTGAAACTGTGTGATACAAATGTAATGAATAATCCAACACAACAAGGACAAATAGTTGAAATCCATATTGGATGGATAAGATATATATTTGATAATTGAATGAATGAGAAGATTT
TACAATGAGCATAAACATTGACTGGACACGATGGTAGAGAGTTGTGTCTATTAGTTTCTTATTTTATTATTACTCTTATGTTATGTTTATTTATGTATTTTATACTTGTTACAATCTGCGTATCTTTTTAAAGGGAAGCTAGCTTGTATTTTGGATGGTAAACACATAAAATCCAAGTCCCACACAATGCAATCGTCGTA
GCTACGGGGTGAGATTGCTAGTAATCAGCCAATTCGGATTAAATTAATTTTCGCCAATACTGCTCCCAAGGATATGAAATAGTATGCAAATCATTATAATTGGACCTATTTAACAAGGGTGGAGTGAATCCAAATGCTGGAAGGCTGCAATAATAGCCACAATCGGCAGGCCACATACAGTCAAGGGGAATGCTTGCCAA
GATTTGAACCTGGGTCTTCATCACAACAAGTGATCCAAGTTCCCACTAGACCATGGACTAACAGACTTTTTCTTAAGAATCATTGAGCAGATTATATGCAACTCTTTTTGGTAATAACTTTGTATAAGTTTTGTTGCAAAAAGCAGATTGTTTCATTGATTAGTTATAATTGCAGTTGATGCCTGATATTCATTTGACTT
TTGTTCAAGAATAATGTTTGTATATTATTTTCTGGTGTTTACTATACTCTGTAGTTTACCATCAAGGATGGGAGATTTTATTGGTTATGGAGCTTAATTGTTGTCTCTGTTTGGTTGGTGTGCGTGTGCAGATGGGGATTTGGAGGGTATGGAAGGTAAAATAAATTTCGAGATTGCTTTACATTACTGCACTTCATACA
TGTGCACTGGCAACTGAAAAATTTGCACGCTTCTTTTTATTAATATATAGTTTTTTGAGAAACCTGTTCATTAGGCTAGTGGGCCAAGACATTTTATTTGCAATATTATTATTTTCCTAGTTGATGTTCCTTTTTCAATGTCAATGTTCTATGTACAGGCTAGGGCATAGGGAAC

>TRINITY_DN44710_c1_g1_i9 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TGGATTTGTTTACACATTTTCAAGCGGTGGACCTTAAGTAATTATTCAAAGAGTCCTGATGGTCAACGAAGTTGTTCGAAGATGATTGCATCTGCGTGACTGTGAATGCAAAATTAATTGTCTATATTTCTGAACTCGTTTGACTTATATTTGTTAGCGTATGTGACTTTTTGTTGCAATCGGTTACTCTGCAGTGACTC
AGGCAAGCTTTGTGCCTCTTCTGCACCTGATTATGGGCTCTGACAGTAATTCCTACAgttacgagttgctctgtagatttgatctctgtgttttcttttctcttctgacagagatacagtgttttaattcttgttttgcaattatgcaacgagatacagGATTGTTCCTCACATACATGCCCCTGCTTGACGTGCACACG
CAGGATTTGCGAAAAACCCTTAGCCTACAGATGGAAATCTGCAGATGCCTGTAGATGTTTATGACGTCTTGCAAGCAATACTCTGTCTTCCTTGCAGCTACAATTTTTGTACTCTTTTGTGGCAGCAAACAGAAACCCGTATGGAGATGTTAACTATCCTTCACCTTAATTCAGATGTGAACTAAACAATAATTTCCTGC
TATGAGTTTTTGCAGTAGAATGGTCTTTCTTCAATGGATATCTGAACTGAAATGGCCAGAGGTCCCTTTGTGTTGAAAGGCCCGTAGATAGAAAAACCTTGAAAATTGTGTGGGGCAAGGGCCAGAATCAGCTGAAACTGTGTGATACAAATGTAATGAATAATCCAACACAACAAGGACAAATAGTTGAAATCCATATT
GGATGGATAAGATATATATTTGATAATTGAATGAATGAGAAGATTTTACAATGAGCATAAACATTGACTGGACACGATGGTAGAGAGTTGTGTCTATTAGTTTCTTATTTTATTATTACTCTTATGTTATGTTTATTTATGTATTTTATACTTGTTACAATCTGCGTATCTTTTTAAAGGGAAGCTAGCTTGTATTTTGG
ATGGTAAACACATAAAATCCAAGTCCCACACAATGCAATCGTCGTAGCTACGGGGTGAGATTGCTAGTAATCAGCCAATTCGGATTAAATTAATTTTCGCCAATACTGCTCCCAAGGATATGAAATAGTATGCAAATCATTATAATTGGACCTATTTAACAAGGGTGGAGTGAATCCAAATGCTGGAAGGCTGCAATAAT
AGCCACAATCGGCAGGCCACATACAGTCAAGGGGAATGCTTGCCAAGATTTGAACCTGGGTCTTCATCACAACAAGTGATCCAAGTTCCCACTAGACCATGGACTAACAGACTTTTTCTTAAGAATCATTGAGCAGATTATATGCAACTCTTTTTGGTAATAACTTTGTATAAGTTTTGTTGCAAAAAGCAGATTGTTTC
ATTGATTAGTTATAATTGCAGTTGATGCCTGATATTCATTTGACTTTTGTTCAAGAATAATGTTTGTATATTATTTTCTGGTGTTTACTATACTCTGTAGTTTACCATCAAGGATGGGAGATTTTATTGGTTATGGAGCTTAATTGTTGTCTCTGTTTGGTTGGTGTGCGTGTGCAGATGGGGATTTGGAGGGTATGGAA
GGTAAAATAAATTTCGAGATTGCTTTACATTACTGCACTTCATACATGTGCACTGGCAACTGAAAAATTTGCACGCTTCTTTTTATTAATATATAGTTTTTTGAGAAACCTGTTCATTAGGCTAGTGGGCCAAGACATTTTATTTGCAATATTATTATTTTCCTAGTTGATGTTCCTTTTTCAATGTCAATGTTCTATGT
ACAGGCTAGGGCATAGGGAAC