NA ----> NA

Intron 1 GTGTAGAAGT ... CCAAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	57.57	21.5	30	28
A2	61.54	10	10	22
A3	75.02	7.5	24	21
A4	74.14	8.5	21	24
A5	58.13	6.5	8	10
A6	36.86	36	22	20
A7	32.03	69	24	41
A8	26.18	70.5	19	31
A9	44.19	48	32	44
A10	30.6	39	19	15

>TRINITY_DN44460_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

TAAAAAGGGAAATTTGAATTCTTTGACAGAAAATTTAGGAGGAGCGACATTTGTTAGCATCGTTGGGAGAAAGCAAAGATAGAGAGATAGAAGGAGAAGCCGAGCAGCAGATTTTAGGGTTTGTAAGATGCAATGTTTGGCAGATTTTAGGGTCTTCAGTTTTGGGAGAAGGAAGTTCAAGAAGATCCACATAAGTCAGC
AGATATTAGGGTCTGCTTAGCTCCGGTAGAAGAAACGATGGAGAGATAAAGGGTGGAGCCGTGCAGTAAATCTTAGGGTTTGTTGGCTTGGCCGGAGTAAATTTTAATGCGTTGGGAGTAGAAAGTTGAAGAAGACCCACATGTGTTGGCTTGGCCGGAGCCAAACCAAGAAAATATCGCGGAGTAACACTTTTGTTGGG
ATCGAAAAGGATGATGAGAAATTAAAAATATCCAGAAGTGGGCATCACTATGTGGCTAATTGGGAAGAGCTGTAGCTATGGGAGCAATAATTAGGTGCAGAAATCACAGATGGGAGCAATAATTAGGTGCAGAAATCACAGATGCTGCAGAATTTTGGGATTGCGGGTGGGTTTTTATGTTCAAAGGCTTATATATGTGT
TTGCAGTTTTTATTTACCCTCTTCAAAAACAATTTCATATGAGGTTTTGTTTTTCTTTTCTGTAATCTTCAACAACACTGGC

>TRINITY_DN44460_c0_g1_i12 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TAAAAAGGGAAATTTGAATTCTTTGACAGAAAATTTAGGAGGAGCGACATTTGTTAGCATCGTTGGGAGAAAGCAAAGATAGAGAGATAGAAGGAGAAGCCGAGCAGCAGATTTTAGGGTTTGTAAGATGCAATGTTTGGCAGATTTTAGGGTCTTCAGTTTTGGGAGAAGGAAGTTCAAGAAGATCCACATAAGTCAGC
AGATATTAGGGTCTGCTTAGCTCCGGTAGAAGAAACGATGGAGAGATAAAGGGTGGAGCCGTGCAGTAAATCTTAGGGTTTGTTGGCTTGGCCGGAGTAAATTTTAATGCGTTGGGAGTAGAAAGTTGAAGAAGACCCACATGTGTTGGCTTGGCCGGAGCCAAACCAAGAAAATATCGCGGAGTAACACTGTTTGTATT
TCTTTCTTTTGCTTCGACCATGGCAACGCTTACTTAATCTCACTTTTCATTCTGGTGGATTTCTTTTTTCCATTTTTCTTTTTCTTTTAAATCTTTATTTTCTTAAGTTTTGCTTTGTTCAGCTCTGTTTTTTTTCTTTCTAACTATTTCATTTTTGTTTGCTTGTTCATTCTGTTTCGAGTCTAGTTTGTTGGGATCGA
AAAGGATGATGAGAAATTAAAAATATCCAGAAGTGGGCATCACTATGTGGCTAATTGGGAAGgtgtagaagtcttatactcttaataaatatttaaaattttgaatgggaataatccattacatcataattgcatcatttcatcatgttctgtcttgtccccaaatgcagAGCTGTAGCTATGGGAGCAATAATTAGGTG
CAGAAATCACAGATGGGAGCAATAATTAGGTGCAGAAATCACAGATGCTGCAGAATTTTGGGATTGCGGGTGGGTTTTTATGTTCAAAGGCTTATATATGTGTTTGCAGTTTTTATTTACCCTCTTCAAAAACAATTTCATATGAGGTTTTGTTTTTCTTTTCTGTAATCTTCAACAACACTGGCTTTAGTGATGTATGA
GACAGACATGTGTTGCTCAAAATCCAATTCCATTTGAGGGTCTAATTTTGTTTTTATAATTTTCATGGCAACTGGCCTTTGTGATATATATATTTTTATATGTTAGTGGAATTCATTGTTTGTGGGTTTATAGGGTTTTAGTTTCATGGCACTGTTTCGGTTCAATCAGCAGGTGTACCATAAATCACCTTAATCTCATA
TTTCTTAATCTTTTGAATGTTTTAAATAATGTTACAGTTTAGAAGTAGGAGTTACCTTGAATCCACCTCAAGGTGAGATTTCTATATCTCTTAACTTTGTTAGTGTTTTTAAAAACACCTCAAGCCCA

Intron 2 GTAACGCTGT ... TCGAGTCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	46.34	11	4	15
A2	63.16	7	7	17
A3	58.33	10	13	15
A4	51.11	11	9	14
A5	70	3	8	6
A6	32.76	39	14	24
A7	30.72	53	17	30
A8	31.79	59	19	36
A9	23.3	79	18	30
A10	13.7	63	6	14

>TRINITY_DN44460_c0_g1_i7 from sample A8 / Example spliced isoform

TAAAAAGGGAAATTTGAATTCTTTGACAGAAAATTTAGGAGGAGCGACATTTGTTAGCATCGTTGGGAGAAAGCAAAGATAGAGAGATAGAAGGAGAAGCCGAGCAGCAGATTTTAGGGTTTGTAAGATGCAATGTTTGGCAGATTTTAGGGTCTTCAGTTTTGGGAGAAGGAAGTTCAAGAAGATCCACATAAGTCAGC
AGATATTAGGGTCTTCTTAGCTCCGGTAGAAGAAACGATGGAGAGATAAAGGGTGGAGCCGAGCAGTAAATCTTAGGGTTTGTAAGATGCAGTAAATTTTAATGCGTTGGGAGTAGAAAGTTGGGAGCAGTAAATCTTAGGGTGGAGCCGAGCAGTAAATTTTAATGCGTTGGGAGTAGAAAGTTGAAGAATACCCACAT
CTGTTGGCTTGGCCGGAGACAAACCAAGAAAATATCGCAGATTTGTTGGGATCGAAAAGGATGATGAGAAATTAAAAATATCCAGAGAGCCATAGCTATGGGAGCAATAATTAGGTGCAGAAATCACAGATGGGAGCAATAATTAGGTGCAGAAATCACAGATGCTGCAGAATTTTGGGATTGCGGGTGGGTTTTTATAA
TGGGAGCAATAATTAGGTGCAAAAATCACAGATGCTGCGGAATTTCGGGATTGCGGGTGGGTTTTTAGGTTCAAAGGCTTATATATGTGTTTGCAGTTTTTATTTACCCTCTTCAAAAACAATTTCATATGAGGTTTTGTTTTTCTTTTCTGTAATCTTCAACAACACTGGC

>TRINITY_DN44460_c0_g1_i5 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TACCCACATCTGTTGGCTTGGCCGGAGACAAACCAAGAAAATATCGCAGAgtaacgctgtttgtatttctttcttttgcttcgaccatggcaacgcttacttaatctcacttttcattctggtggatttcttttttccatttttctttttcttttaaatctttattttcttaagttttgctttgttcagctctgtttttt
ttctttctaactatttcatttttgtttgcttgttcattctgtttcgagtctagTTTGTTGGGATCGAAAAGGATGATGAGAAATTAAAAATATCCAGAAGTGGGCATCACTATGTGGCTAATTGGGAAGGTGTAGAAGTCTTATACGCTCTTAATAAATATTTAAAATTTTGAATGGGAATAATCCATTACATCATAATT
GCATCATTTCATCATGTTCTGTCTTGTCCCCGAATGCAGAGCCATAGCTATGGGAGCAATAATTAGGTGCAGAAATCACAGATGGGAGCAATAATTAGGTGCAGAAATCACAGATGCTGCAGAATTTTGGGATTGCGGGTGGGTTTTTATAATGGGAGCAATAATTAGGTGCAAAAATCACAGATGCTGCGGAATTTCGG
GATTGCGGGTGGGTTTTTAGGTTCAAAGGCTTATATATGTGTTTGCAGTTTTTATTTACCCTCTTCAAAAACAATTTCATATGAGGTTTTGTTTTTCTTTTCTGTAATCTTCAACAACACTGGC

Intron 3 GTTTGTATTT ... TCGAGTCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	78.72	10	37	17
A2	61.4	22	35	16.5
A3	74.36	10	29	15.5
A4	71.15	15	37	14
A5	72	7	18	6
A6	57.89	56	77	30
A7	65.8	66	127	42.5
A8	53.73	93	108	56.5
A9	57.23	71	95	35.5
A10	65.84	55	106	21.5

>TRINITY_DN44460_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

TAAAAAGGGAAATTTGAATTCTTTGACAGAAAATTTAGGAGGAGCGACATTTGTTAGCATCGTTGGGAGAAAGCAAAGATAGAGAGATAGAAGGAGAAGCCGAGCAGCAGATTTTAGGGTTTGTAAGATGCAATGTTTGGCAGATTTTAGGGTCTTCAGTTTTGGGAGAAGGAAGTTCAAGAAGATCCACATAAGTCAGC
AGATATTAGGGTCTGCTTAGCTCCGGTAGAAGAAACGATGGAGAGATAAAGGGTGGAGCCGTGCAGTAAATCTTAGGGTTTGTTGGCTTGGCCGGAGTAAATTTTAATGCGTTGGGAGTAGAAAGTTGAAGAAGACCCACATGTGTTGGCTTGGCCGGAGCCAAACCAAGAAAATATCGCGGAGTAACACTTTTGTTGGG
ATCGAAAAGGATGATGAGAAATTAAAAATATCCAGAAGTGGGCATCACTATGTGGCTAATTGGGAAGAGCTGTAGCTATGGGAGCAATAATTAGGTGCAGAAATCACAGATGGGAGCAATAATTAGGTGCAGAAATCACAGATGCTGCAGAATTTTGGGATTGCGGGTGGGTTTTTATGTTCAAAGGCTTATATATGTGT
TTGCAGTTTTTATTTACCCTCTTCAAAAACAATTTCATATGAGGTTTTGTTTTTCTTTTCTGTAATCTTCAACAACACTGGC

>TRINITY_DN44460_c0_g1_i12 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TAAAAAGGGAAATTTGAATTCTTTGACAGAAAATTTAGGAGGAGCGACATTTGTTAGCATCGTTGGGAGAAAGCAAAGATAGAGAGATAGAAGGAGAAGCCGAGCAGCAGATTTTAGGGTTTGTAAGATGCAATGTTTGGCAGATTTTAGGGTCTTCAGTTTTGGGAGAAGGAAGTTCAAGAAGATCCACATAAGTCAGC
AGATATTAGGGTCTGCTTAGCTCCGGTAGAAGAAACGATGGAGAGATAAAGGGTGGAGCCGTGCAGTAAATCTTAGGGTTTGTTGGCTTGGCCGGAGTAAATTTTAATGCGTTGGGAGTAGAAAGTTGAAGAAGACCCACATGTGTTGGCTTGGCCGGAGCCAAACCAAGAAAATATCGCGGAGTAACACTgtttgtatt
tctttcttttgcttcgaccatggcaacgcttacttaatctcacttttcattctggtggatttcttttttccatttttctttttcttttaaatctttattttcttaagttttgctttgttcagctctgttttttttctttctaactatttcatttttgtttgcttgttcattctgtttcgagtctagTTTGTTGGGATCGA
AAAGGATGATGAGAAATTAAAAATATCCAGAAGTGGGCATCACTATGTGGCTAATTGGGAAGGTGTAGAAGTCTTATACTCTTAATAAATATTTAAAATTTTGAATGGGAATAATCCATTACATCATAATTGCATCATTTCATCATGTTCTGTCTTGTCCCCAAATGCAGAGCTGTAGCTATGGGAGCAATAATTAGGTG
CAGAAATCACAGATGGGAGCAATAATTAGGTGCAGAAATCACAGATGCTGCAGAATTTTGGGATTGCGGGTGGGTTTTTATGTTCAAAGGCTTATATATGTGTTTGCAGTTTTTATTTACCCTCTTCAAAAACAATTTCATATGAGGTTTTGTTTTTCTTTTCTGTAATCTTCAACAACACTGGCTTTAGTGATGTATGA
GACAGACATGTGTTGCTCAAAATCCAATTCCATTTGAGGGTCTAATTTTGTTTTTATAATTTTCATGGCAACTGGCCTTTGTGATATATATATTTTTATATGTTAGTGGAATTCATTGTTTGTGGGTTTATAGGGTTTTAGTTTCATGGCACTGTTTCGGTTCAATCAGCAGGTGTACCATAAATCACCTTAATCTCATA
TTTCTTAATCTTTTGAATGTTTTAAATAATGTTACAGTTTAGAAGTAGGAGTTACCTTGAATCCACCTCAAGGTGAGATTTCTATATCTCTTAACTTTGTTAGTGTTTTTAAAAACACCTCAAGCCCA

Intron 4 GTGGATTTCT ... TCGAGTCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	46.88	17	11.8	15
A2	59.43	10.3	9.5	15
A3	61.3	9.3	15	14.8
A4	64.37	6.5	17	12.3
A5	67.5	3	9.8	6.3
A6	46.85	33.5	27	29.8
A7	37.87	77.5	38.5	47.5
A8	44.44	71.5	46.5	58
A9	52.13	35.3	28	38
A10	28.74	65	30.5	26.8

>TRINITY_DN110119_c3_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

GGGTGGAGCCGTGCAGTAAATCTTAGGGTTTGTTGGCTTGGCCGGAGTAAATTTTAATGCGTTGGGAGTAGAAAGTTGAAGAAGACCCACATGTGTTGGCTTGGCCGGAGCCAAACCAAGAAAATATCGCGGAGTAACACTGTTTGTATTTCTTTCTTTTGCTTCGACCATGGCAACGCTTACTTAATCTCACTTTTCAT
TCTGTTTGTTGGGATCGAAAAGGATGATGAGAAATTAAAAATATCCAGAAGTGGGCATCACTATGTGGCTAATTGGGAAGAGCCGTAGCTATGGGAGCAATAATTAGGTGCAGAAATCACAGATGGGAGCAATAATTAGGTGCAAAAATCACAGATGCTGCGGAATTTCGGGATTGCGGGTGGGTTTTTAGGTTCAAAGG
CTTATATATGTGTTTGCAGTTTTTATTTACCCTCTTCAAAAACAATTTCATATGAGGTTTTGTTTTTCTTTTCTATAATCTTCAACAAAACTGGATTTAGTGATGTATGAGACAGACATGTGTTGCTCAAAATCCAATTCCATTTGAGGGTCTAATTTTGTTTTTATAATTTTCATGGCAACTGGCCTTTGTGATATATA
TATTTTTATATGTTAGTGGAATTCATTGTTTGTGGGTTTATAGGGTTTTAGTTTCATGGCACTGTTTCGGTTCAATCAGCAGGTGTACCATAAATCACCTTAATCTCATATTTCTTAATCTTTTGAATGTTTTAAATAATGTTAGAGTTTAGAAGTAGTAGTTACCTTGAATCCACCTCAAGGTGAGAGTTTTATATCTC
TTAACTTTGTCAGTGTTTTTAAAAACACCTCAAGCCCAAATCTCTGATTCCTGTGAGTGGATGAGAATTCAAATCTATATTAGGTTTTTTCCTTTTCTTTAATTTTATTTTATTTATTTCCATTCTAAATATGAATACAACATATGGGTATGGGAATTTGTTACTGCATAATTCTTATTGTCCAAGATAATAGGACTGGA
TGCACAACATCTCTGTCAGCAAAAGAATCAAAAGGACTAGATTAACTAGGTTTCTAGACTCGATTAACTAGGTTTCTGGAGGATAAACAATTATATTTTGATATGTTTCCATTATTCATTATTGAAACGGTATATTTCCGATAACTCATTGAAATGGTGTGACTAAAACATGCTACGGAATTATAATTCTTGCCATGATT
TTTTGTTCGTTTTCTGTAGACAACCAGTTGCTTTTCTTTTCTCCTCTAATGGATAGCTCAAACAAATAAAATTCGTGTAAACACAAGTTCTTGATATCCTCCCGTAGTTTGCTGTAACAAAAAATTCCAGCTATGATGTTCTAACACGATCCAGTACTGAACATCATCTCATCCCATAATTTGGTCAAACAGAAAATATG
GTTCCATGTAAATATGGTTTGTTAGATATCACCATCTATTCGTAATCCCTGTGGGATGTTTGATTTTTAAAAAATAGTGATCGAAAAATTTATATGAAAGAAATTATTTTCCACACCAAATCTAACTATCTCTAACGAGCGTTTTGAGCCATTTCCTTTTGACAATGTTTTTCTTTGATTTTTTTTAATTGTTGTTTAAT
GTACTATGC

>TRINITY_DN110119_c3_g1_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GGGTGGAGCCGTGCAGTAAATCTTAGGGTTTGTTGGCTTGGCCGGAGTAAATTTTAATGCGTTGGGAGTAGAAAGTTGAAGAAGACCCACATGTGTTGGCTTGGCCGGAGCCAAACCAAGAAAATATCGCGGAGTAACACTGTTTGTATTTCTTTCTTTTGCTTCGACCATGGCAACGCTTACTTAATCTCACTTTTCAT
TCTGgtggatttcttttttccatttttctttttcttttaaatctttattttcttaagttttgctttgttcagctctgttttttttctttctaactatttcatttttgtttgcttgttcattctgtttcgagtctagTTTGTTGGGATCGAAAAGGATGATGAGAAATTAAAAATATCCAGAAGTGGGCATCACTATGTGG
CTAATTGGGAAGAGCCGTAGCTATGGGAGCAATAATTAGGTGCAGAAATCACAGATGGGAGCAATAATTAGGTGCAAAAATCACAGATGCTGCGGAATTTCGGGATTGCGGGTGGGTTTTTAGGTTCAAAGGCTTATATATGTGTTTGCAGTTTTTATTTACCCTCTTCAAAAACAATTTCATATGAGGTTTTGTTTTTC
TTTTCTATAATCTTCAACAAAACTGGATTTAGTGATGTATGAGACAGACATGTGTTGCTCAAAATCCAATTCCATTTGAGGGTCTAATTTTGTTTTTATAATTTTCATGGCAACTGGCCTTTGTGATATATATATTTTTATATGTTAGTGGAATTCATTGTTTGTGGGTTTATAGGGTTTTAGTTTCATGGCACTGTTTC
GGTTCAATCAGCAGGTGTACCATAAATCACCTTAATCTCATATTTCTTAATCTTTTGAATGTTTTAAATAATGTTAGAGTTTAGAAGTAGTAGTTACCTTGAATCCACCTCAAGGTGAGAGTTTTATATCTCTTAACTTTGTCAGTGTTTTTAAAAACACCTCAAGCCCAAATCTCTGATTCCTGTGAGTGGATGAGAAT
TCAAATCTATATTAGGTTTTTTCCTTTTCTTTAATTTTATTTTATTTATTTCCATTCTAAATATGAATACAACATATGGGTATGGGAATTTGTTACTGCATAATTCTTATTGTCCAAGATAATAGGACTGGATGCACAACATCTCTGTCAGCAAAAGAATCAAAAGGACTAGATTAACTAGGTTTCTAGACTCGATTAAC
TAGGTTTCTGGAGGATAAACAATTATATTTTGATATGTTTCCATTATTCATTATTGAAACGGTATATTTCCGATAACTCATTGAAATGGTGTGACTAAAACATGCTACGGAATTATAATTCTTGCCATGATTTTTTGTTCGTTTTCTGTAGACAACCAGTTGCTTTTCTTTTCTCCTCTAATGGATAGCTCAAACAAATA
AAATTCGTGTAAACACAAGTTCTTGATATCCTCCCGTAGTTTGCTGTAACAAAAAATTCCAGCTATGATGTTCTAACACGATCCAGTACTGAACATCATCTCATCCCATAATTTGGTCAAACAGAAAATATGGTTCCATGTAAATATGGTTTGTTAGATATCACCATCTATTCGTAATCCCTGTGGGATGTTTGATTTTT
AAAAAATAGTGATCGAAAAATTTATATGAAAGAAATTATTTTCCACACCAAATCTAACTATCTCTAACGAGCGTTTTGAGCCATTTCCTTTTGACAATGTTTTTCTTTGATTTTTTTTAATTGTTGTTTAATGTACTATGC