sp|Q5VSA8|BBRD_ORYSJ ----> Barley B recombinant-like protein D

Intron 1 GTGGGTTTTG ... ATATCTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	47.73	23	28	14
A2	44.83	24	25	14
A3	57.8	23	46	17
A4	43.31	36	43	12
A5	46.15	7	10	2
A6	43.75	45	52	18
A7	37.35	78	67	26
A8	40.74	32	31	13
A9	42.86	68	69	33
A10	44.26	85	99	36

>TRINITY_DN97128_c0_g2_i3 from sample A4 / Example spliced isoform

CCCGGGGGAAAATCAATAGCAGAACAGCAGAGTTGCTTCATTGACGTGGGAAGAAATATGAAATCTTCTTGGGAAAACCACAAAAATTGGGATTCCAAATTTGTTCAGAAGTAAAAAGGCGAGATGGCCGAGCTCTGTCCTCGTATTCTGGCGCGTGGCGAGATTGAACAATCCTTCGGGCCAGACCAAAATTCAAAGGC
AGATCTGAGGGATTGGCTTTCAGTCTATCAAGTTGTCAAAAAGAAGTGGAGTTGGTTCAAGCTGACAAGAAGGTTTTAATGGTCTTGTTTCCACATGGAAGGTGACAGTGAACTGGACATTCGAGATTGGGGGACATGTGAAGAATCTATGAAGGACCATCCAGCATTGAAACTCATGGCTGTTATTGCAGAGCGAGATG
TAGCAATCTTAGAGAGGGACACTGCCATCGCAGAGAAGAAGGCTGCCTATGCAGAACGGGATGTTGCTCTCTTGCAAACGGAAGTTGCCATTTCAGACCGTAATTCTGCTCTTTTGGAGCGTGATGCAGCAGCAGCTGCTCTTGGATATTCTGGACACATCAATTTGAGTGGCCATAGAAGTCTATCGTGTGGAACATTA
GTTGGTATAAAGGTTCAGCCAGTAGGTCAAGCTTTTCCTGCTCCAGTTTCTGAGGCTCTGCTAGCTGAGCAACCTAAGCAGACAGAGCAGGCAGATAACATAAAAGGTCAGAAAGAGCCTCCATCAAATAAGGTATTTAATGTTTCTGAGCCTATAACTCCAGCACTTAAGATGCAACAAGAAAAAGGTGCCACAACTGG
GCAAGAAACAAATGGAGAACTTGCATTAGTCAAGTATGAAAAGAAGGATCATGATTACACAGAAAATAACATTACATTTGACGCTTCAGCTATACCCATTCCTGTGTGCTCTTGCACTGGGTTTCCTCAACAGTGTTACAGGTGGGGTAGTGGTGGCTGGCAGTCCGCCTGCTGCACCACATCTATATCTATGTATCCTC
TCCCAATGAACCCCAATAAACGGGGTGCCCGTCTGGGTGGTAGGAAAATGAGTGGAGGAGCGTTTGCAAAATTATTGGGGAGGTTAATTGCTGATGGATATAGTTTAGAATATCCGGTTGACTTGAAGAATCATTGGGCCAAGCATGGCACCAATCGGTACATCAGAATCCAGTAGATGAAGGTACTATATGGATTATGT
GGCTATCCTTTCAGCACCTGTATGTGCTAATTCTTGGAGAATGATGTAAACATACATCTAGGTGTGCTGATTCTTTGGAGATTTATGCAACCGGCATTCTAACTAGCAAATGACTCTAATTATTTGCCTTTTGTTCTAAAAAGGGGGAGAGATTGATTGCCCATGTTGGCATGAGCAAATATAATTGGTCAAAGAATGAT
ATTGTTGATTTCAATGAGCTATAGTTACAGACACTGTTGCACATTTGTTATTGGAAGATGCTTTAAGAGCTAGTTGGCCTTCCAGGGCACTCAGCAAGAAATTTGAGGCTCTTGGATGTAGTTGTGCAATTAATTAACATGACTTATATCAACTTTATTTTGACAATGTACGAGTTGAAATTCTAGGCTGTGCTTATGAC
GAATTAATTGGGGATAGCACTGCTAGTTTTGCATCAGTCTTCCCATTGTGTGCCGCACAAACAATGTGCACCAATGTGAAAAATGGAAGAATGCACAAATAAATGTGAAAAAGAGATAATGGCTTCCTCAAAACCATGTTTGTCCTTTTATCTATCAAAAGCACATGTTTATAATACAAGTTTGCGATGCCGAG

>TRINITY_DN97128_c0_g2_i5 from sample A4 / Example unspliced isoform:

CCCGGGGGAAAATCAATAGCAGAACAGCAGAGTTGCTTCATTGACGTGGGAAGAAATATGAAATCTTCTTGGGAAAACCACAAAAATTGGGATTCCAAATTTGTTCAGAAGTAAAAAGGCGAGATGGCCGAGCTCTGTCCTCGTATTCTGGCGCGTGGCGAGATTGAACAATCCTTCGGGCCAGACCAAAATTCAAAGGC
AGATCTGAGgtgggttttgcaaggcccacattaggtatccaggatttcagctttagatattgcaagttggaattgggtatttacaaattccgcgtgttgaatattttgatgagattaggcctgcttgcagtccatattccaagtaagtttaatgtattcatgctattctgtaacaagtaatttcagcttgttttgttttt
cgtggtttttgttaatgtggctctttttatctctgatttgtattcatatactcacaactccacatacagttccacgggtcatgggctaaatatctaccaataacgtggtaccttggtgaatgcctgtcacatttgggttgaagtcccatatgcacaggtagttggtcttgagctctggagcttctcagagcctggcattt
gggttaagtcccatatctacagGGATTGGCTTTCAGTCTATCAAGTTGTCAAAAAGAAGTGGAGTTGGTTCAAGCTGACAAGAAGGTTTTAATGGTCTTGTTTCCACATGGAAGGTGACAGTGAACTGGACATTCGAGATTGGGGGACATGTGAAGAATCTATGAAGGACCATCCAGCATTGAAACTCATGGCTGTTATT
GCAGAGCGAGATGTAGCAATCTTAGAGAGGGACACTGCCATCGCAGAGAAGAAGGCTGCCTATGCAGAACGGGATGTTGCTCTCTTGCAAACGGAAGTTGCCATTTCAGACCGTAATTCTGCTCTTTTGGAGCGTGATGCAGCAGCAGCTGCTCTTGGATATTCTGGACACATCAATTTGAGTGGCCATAGAAGTCTATC
GTGTGGAACATTAGTTGGTATAAAGGTTCAGCCAGTAGGTCAAGCTTTTCCTGCTCCAGTTTCTGAGGCTCTGCTAGCTGAGCAACCTAAGCAGACAGAGCAGGCAGATAACATAAAAGGTCAGAAAGAGCCTCCATCAAATAAGGTATTTAATGTTTCTGAGCCTATAACTCCAGCACTTAAGATGCAACAAGAAAAAG
GTGCCACAACTGGGCAAGAAACAAATGGAGAACTTGCATTAGTCAAGTATGAAAAGAAGGATCATGATTACACAGAAAATAACATTACATTTGACGCTTCAGCTATACCCATTCCTGTGTGCTCTTGCACTGGGTTTCCTCAACAGTGTTACAGGTGGGGTAGTGGTGGCTGGCAGTCCGCCTGCTGCACCACATCTATA
TCTATGTATCCTCTCCCAATGAACCCCAATAAACGGGGTGCCCGTCTGGGTGGTAGGAAAATGAGTGGAGGAGCGTTTGCAAAATTATTGGGGAGGTTAATTGCTGATGGATATAGTTTAGAATATCCGGTTGACTTGAAGAATCATTGGGCCAAGCATGGCACCAATCGGTACATCAGAATCCAGTAGATGAAGGTACT
ATATGGATTATGTGGCTATCCTTTCAGCACCTGTATGTGCTAATTCTTGGAGAATGATGTAAACATACATCTAGGTGTGCTGATTCTTTGGAGATTTATGCAACCGGCATTCTAACTAGCAAATGACTCTAATTATTTGCCTTTTGTTCTAAAAAGGGGGAGAGATTGATTGCCCATGTTGGCATGAGCAAATATAATTG
GTCAAAGAATGATATTGTTGATTTCAATGAGCTATAGTTACAGACACTGTTGCACATTTGTTATTGGAAGATGCTTTAAGAGCTAGTTGGCCTTCCAGGGCACTCAGCAAGAAATTTGAGGCTCTTGGATGTAGTTGTGCAATTAATTAACATGACTTATATCAACTTTATTTTGACAATGTACGAGTTGAAATTCTAGG
CTGTGCTTATGACGAATTAATTGGGGATAGCACTGCTAGTTTTGCATCAGTCTTCCCATTGTGTGCCGCACAAACAATGTGCACCAATGTGAAAAATGGAAGAATGCACAAATAAATGTGAAAAAGAGATAATGGCTTCCTCAAAACCATGTTTGTCCTTTTATCTATCAAAAGCACATGTTTATAATACAAGTTTGCGA
TGCCGAG

Intron 2 GTAAGTTTAA ... ATATCTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	39.62	16	7	14
A2	31.58	26	10	14
A3	36.59	26	13	17
A4	45.1	14	11	12
A5	25.93	10	5	2
A6	29.51	43	18	18
A7	28.36	48	12	26
A8	36.84	12	1	13
A9	30.2	52	12	33
A10	32.93	56	19	36

>TRINITY_DN97128_c0_g2_i6 from sample A4 / Example spliced isoform

CCCGGGGGAAAATCAATAGCAGAACAGCAGAGTTGCTTCATTGACGTGGGAAGAAATATGAAATCTTCTTGGGAAAACCACAAAAATTGGGATTCCAAATTTGTTCAGAAGTAAAAAGGCGAGATGGCCGAGCTCTGTCCTCGTATTCTGGCGCGTGGCGAGATTGAACAATCCTTCGGGCCAGACCAAAATTCAAAGGC
AGATCTGAGGTGGGTTTTGCAAGGCCCACATTAGGTATCCAGGATTTCAGCTTTAGATATTGCAAGTTGGAATTGGGTATTTACAAATTCCGCGTGTTGAATATTTTGATGAGATTAGGCCTGCTTGCAGTCCATATTCCAAGGATTGGCTTTCAGTCTATCAAGTTGTCAAAAAGAAGTGGAGTTGGTTCAAGCTGACA
AGAAGGTTTTAATGGTCTTGTTTCCACATGGAAGGTGACAGTGAACTGGACATTCGAGATTGGGGGACATGTGAAGAATCTATGAAGGACCATCCAGCATTGAAACTCATGGCTGTTATTGCAGAGCGAGATGTAGCAATCTTAGAGAGGGACACTGCCATCGCAGAGAAGAAGGCTGCCTATGCAGAACGGGATGTTGC
TCTCTTGCAAACGGAAGTTGCCATTTCAGACCGTAATTCTGCTCTTTTGGAGCGTGATGCAGCAGCAGCTGCTCTTGGATATTCTGGACACATCAATTTGAGTGGCCATAGAAGTCTATCGTGTGGAACATTAGTTGGTATAAAGGTTCAGCCAGTAGGTCAAGCTTTTCCTGCTCCAGTTTCTGAGGCTCTGCTAGCTG
AGCAACCTAAGCAGACAGAGCAGGCAGATAACATAAAAGGTCAGAAAGAGCCTCCATCAAATAAGGTATTTAATGTTTCTGAGCCTATAACTCCAGCACTTAAGATGCAACAAGAAAAAGGTGCCACAACTGGGCAAGAAACAAATGGAGAACTTGCATTAGTCAAGTATGAAAAGAAGGATCATGATTACACAGAAAAT
AACATTACATTTGACGCTTCAGCTATACCCATTCCTGTGTGCTCTTGCACTGGGTTTCCTCAACAGTGTTACAGGTGGGGTAGTGGTGGCTGGCAGTCCGCCTGCTGCACCACATCTATATCTATGTATCCTCTCCCAATGAACCCCAATAAACGGGGTGCCCGTCTGGGTGGTAGGAAAATGAGTGGAGGAGCGTTTGC
AAAATTATTGGGGAGGTTAATTGCTGATGGATATAGTTTAGAATATCCGGTTGACTTGAAGAATCATTGGGCCAAGCATGGCACCAATCGGTACATCAGAATCCAGTAGATGAAGGTACTATATGGATTATGTGGCTATCCTTTCAGCACCTGTATGTGCTAATTCTTGGAGAATGATGTAAACATACATCTAGGTGTGC
TGATTCTTTGGAGATTTATGCAACCGGCATTCTAACTAGCAAATGACTCTAATTATTTGCCTTTTGTTCTAAAAAGGGGGAGAGATTGATTGCCCATGTTGGCATGAGCAAATATAATTGGTCAAAGAATGATATTGTTGATTTCAATGAGCTATAGTTACAGACACTGTTGCACATTTGTTATTGGAAGATGCTTTAAG
AGCTAGTTGGCCTTCCAGGGCACTCAGCAAGAAATTTGAGGCTCTTGGATGTAGTTGTGCAATTAATTAACATGACTTATATCAACTTTATTTTGACAATGTACGAGTTGAAATTCTAGGCTGTGCTTATGACGAATTAATTGGGGATAGCACTGCTAGTTTTGCATCAGTCTTCCCATTGTGTGCCGCACAAACAATGT
GCACCAATGTGAAAAATGGAAGAATGCACAAATAAATGTGAAAAAGAGATAATGGCTTCCTCAAAACCATGTTTGTCCTTTTATCTATCAAAAGCACATGTTTATAATACAAGTTTGCGATGCCGAG

>TRINITY_DN97128_c0_g2_i5 from sample A4 / Example unspliced isoform:

CCCGGGGGAAAATCAATAGCAGAACAGCAGAGTTGCTTCATTGACGTGGGAAGAAATATGAAATCTTCTTGGGAAAACCACAAAAATTGGGATTCCAAATTTGTTCAGAAGTAAAAAGGCGAGATGGCCGAGCTCTGTCCTCGTATTCTGGCGCGTGGCGAGATTGAACAATCCTTCGGGCCAGACCAAAATTCAAAGGC
AGATCTGAGGTGGGTTTTGCAAGGCCCACATTAGGTATCCAGGATTTCAGCTTTAGATATTGCAAGTTGGAATTGGGTATTTACAAATTCCGCGTGTTGAATATTTTGATGAGATTAGGCCTGCTTGCAGTCCATATTCCAAgtaagtttaatgtattcatgctattctgtaacaagtaatttcagcttgttttgttttt
cgtggtttttgttaatgtggctctttttatctctgatttgtattcatatactcacaactccacatacagttccacgggtcatgggctaaatatctaccaataacgtggtaccttggtgaatgcctgtcacatttgggttgaagtcccatatgcacaggtagttggtcttgagctctggagcttctcagagcctggcattt
gggttaagtcccatatctacagGGATTGGCTTTCAGTCTATCAAGTTGTCAAAAAGAAGTGGAGTTGGTTCAAGCTGACAAGAAGGTTTTAATGGTCTTGTTTCCACATGGAAGGTGACAGTGAACTGGACATTCGAGATTGGGGGACATGTGAAGAATCTATGAAGGACCATCCAGCATTGAAACTCATGGCTGTTATT
GCAGAGCGAGATGTAGCAATCTTAGAGAGGGACACTGCCATCGCAGAGAAGAAGGCTGCCTATGCAGAACGGGATGTTGCTCTCTTGCAAACGGAAGTTGCCATTTCAGACCGTAATTCTGCTCTTTTGGAGCGTGATGCAGCAGCAGCTGCTCTTGGATATTCTGGACACATCAATTTGAGTGGCCATAGAAGTCTATC
GTGTGGAACATTAGTTGGTATAAAGGTTCAGCCAGTAGGTCAAGCTTTTCCTGCTCCAGTTTCTGAGGCTCTGCTAGCTGAGCAACCTAAGCAGACAGAGCAGGCAGATAACATAAAAGGTCAGAAAGAGCCTCCATCAAATAAGGTATTTAATGTTTCTGAGCCTATAACTCCAGCACTTAAGATGCAACAAGAAAAAG
GTGCCACAACTGGGCAAGAAACAAATGGAGAACTTGCATTAGTCAAGTATGAAAAGAAGGATCATGATTACACAGAAAATAACATTACATTTGACGCTTCAGCTATACCCATTCCTGTGTGCTCTTGCACTGGGTTTCCTCAACAGTGTTACAGGTGGGGTAGTGGTGGCTGGCAGTCCGCCTGCTGCACCACATCTATA
TCTATGTATCCTCTCCCAATGAACCCCAATAAACGGGGTGCCCGTCTGGGTGGTAGGAAAATGAGTGGAGGAGCGTTTGCAAAATTATTGGGGAGGTTAATTGCTGATGGATATAGTTTAGAATATCCGGTTGACTTGAAGAATCATTGGGCCAAGCATGGCACCAATCGGTACATCAGAATCCAGTAGATGAAGGTACT
ATATGGATTATGTGGCTATCCTTTCAGCACCTGTATGTGCTAATTCTTGGAGAATGATGTAAACATACATCTAGGTGTGCTGATTCTTTGGAGATTTATGCAACCGGCATTCTAACTAGCAAATGACTCTAATTATTTGCCTTTTGTTCTAAAAAGGGGGAGAGATTGATTGCCCATGTTGGCATGAGCAAATATAATTG
GTCAAAGAATGATATTGTTGATTTCAATGAGCTATAGTTACAGACACTGTTGCACATTTGTTATTGGAAGATGCTTTAAGAGCTAGTTGGCCTTCCAGGGCACTCAGCAAGAAATTTGAGGCTCTTGGATGTAGTTGTGCAATTAATTAACATGACTTATATCAACTTTATTTTGACAATGTACGAGTTGAAATTCTAGG
CTGTGCTTATGACGAATTAATTGGGGATAGCACTGCTAGTTTTGCATCAGTCTTCCCATTGTGTGCCGCACAAACAATGTGCACCAATGTGAAAAATGGAAGAATGCACAAATAAATGTGAAAAAGAGATAATGGCTTCCTCAAAACCATGTTTGTCCTTTTATCTATCAAAAGCACATGTTTATAATACAAGTTTGCGA
TGCCGAG

Intron 3 GTAAGTTTAA ... CCACATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	43.75	9	7	3
A2	47.62	11	10	2
A3	50	13	13	2
A4	39.29	17	11	15
A5	45.45	6	5	0
A6	36.73	31	18	3
A7	50	12	12	2
A8	25	3	1	0
A9	35.29	22	12	0
A10	46.34	22	19	2

>TRINITY_DN97128_c0_g2_i1 from sample A4 / Example spliced isoform

CCCGGGGGAAAATCAATAGCAGAACAGCAGAGTTGCTTCATTGACGTGGGAAGAAATATGAAATCTTCTTGGGAAAACCACAAAAATTGGGATTCCAAATTTGTTCAGAAGTAAAAAGGCGAGATGGCCGAGCTCTGTCCTCGTATTCTGGCGCGTGGCGAGATTGAACAATCCTTCGGGCCAGACCAAAATTCAAAGGC
AGATCTGAGGTGGGTTTTGCAAGGCCCACATTAGGTATCCAGGATTTCAGCTTTAGATATTGCAAGTTGGAATTGGGTATTTACAAATTCCGCGTGTTGAATATTTTGATGAGATTAGGCCTGCTTGCAGTCCATATTCCAATTCCACGGGTCATGGGCTAAATATCTACCAATAACGTGGTACCTTGGTGAATGCCTGT
CACATTTGGGTTGAAGTCCCATATGCACAGGTAGTTGGTCTTGAGCTCTGGAGCTTCTCAGAGCCTGGCATTTGGGTTAAGTCCCATATCTACAGGTAGTTGGTCTTGACCTCTGTAGCTCCTCACAGCCTGGACCAGGACATAACTAGGCCAATGAAATCAGAAGGACCTGTTTCATCTCTCATTTGTCGGGATTGGCT
TTCAGTCTATCAAGTTGTCAAAAAGAAGTGGAGTTGGTTCAAGCTGACAAGAAGGTTTTAATGGTCTTGTTTCCACATGGAAGGTGACAGTGAACTGGACATTCGAGATTGGGGGACATGTGAAGAATCTATGAAGGACCATCCAGCATTGAAACTCATGGCTGTTATTGCAGAGCGAGATGTAGCAATCTTAGAGAGGG
ACACTGCCATCGCAGAGAAGAAGGCTGCCTATGCAGAACGGGATGTTGCTCTCTTGCAAACGGAAGTTGCCATTTCAGACCGTAATTCTGCTCTTTTGGAGCGTGATGCAGCAGCAGCTGCTCTTGGATATTCTGGACACATCAATTTGAGTGGCCATAGAAGTCTATCGTGTGGAACATTAGTTGGTATAAAGGTTCAG
CCAGTAGGTCAAGCTTTTCCTGCTCCAGTTTCTGAGGCTCTGCTAGCTGAGCAACCTAAGCAGACAGAGCAGGCAGATAACATAAAAGGTCAGAAAGAGCCTCCATCAAATAAGGTATTTAATGTTTCTGAGCCTATAACTCCAGCACTTAAGATGCAACAAGAAAAAGGTGCCACAACTGGGCAAGAAACAAATGGAGA
ACTTGCATTAGTCAAGTATGAAAAGAAGGATCATGATTACACAGAAAATAACATTACATTTGACGCTTCAGCTATACCCATTCCTGTGTGCTCTTGCACTGGGTTTCCTCAACAGTGTTACAGGTGGGGTAGTGGTGGCTGGCAGTCCGCCTGCTGCACCACATCTATATCTATGTATCCTCTCCCAATGAACCCCAATA
AACGGGGTGCCCGTCTGGGTGGTAGGAAAATGAGTGGAGGAGCGTTTGCAAAATTATTGGGGAGGTTAATTGCTGATGGATATAGTTTAGAATATCCGGTTGACTTGAAGAATCATTGGGCCAAGCATGGCACCAATCGGTACATCAGAATCCAGTAGATGAAGGTACTATATGGATTATGTGGCTATCCTTTCAGCACC
TGTATGTGCTAATTCTTGGAGAATGATGTAAACATACATCTAGGTGTGCTGATTCTTTGGAGATTTATGCAACCGGCATTCTAACTAGCAAATGACTCTAATTATTTGCCTTTTGTTCTAAAAAGGGGGAGAGATTGATTGCCCATGTTGGCATGAGCAAATATAATTGGTCAAAGAATGATATTGTTGATTTCAATGAG
CTATAGTTACAGACACTGTTGCACATTTGTTATTGGAAGATGCTTTAAGAGCTAGTTGGCCTTCCAGGGCACTCAGCAAGAAATTTGAGGCTCTTGGATGTAGTTGTGCAATTAATTAACATGACTTATATCAACTTTATTTTGACAATGTACGAGTTGAAATTCTAGGCTGTGCTTATGACGAATTAATTGGGGATAGC
ACTGCTAGTTTTGCATCAGTCTTCCCATTGTGTGCCGCACAAACAATGTGCACCAATGTGAAAAATGGAAGAATGCACAAATAAATGTGAAAAAGAGATAATGGCTTCCTCAAAACCATGTTTGTCCTTTTATCTATCAAAAGCACATGTTTATAATACAAGTTTGCGATGCCGAG

>TRINITY_DN97128_c0_g2_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:

CCCGGGGGAAAATCAATAGCAGAACAGCAGAGTTGCTTCATTGACGTGGGAAGAAATATGAAATCTTCTTGGGAAAACCACAAAAATTGGGATTCCAAATTTGTTCAGAAGTAAAAAGGCGAGATGGCCGAGCTCTGTCCTCGTATTCTGGCGCGTGGCGAGATTGAACAATCCTTCGGGCCAGACCAAAATTCAAAGGC
AGATCTGAGGTGGGTTTTGCAAGGCCCACATTAGGTATCCAGGATTTCAGCTTTAGATATTGCAAGTTGGAATTGGGTATTTACAAATTCCGCGTGTTGAATATTTTGATGAGATTAGGCCTGCTTGCAGTCCATATTCCAAgtaagtttaatgtattcatgctattctgtaacaagtaatttcagcttgttttgttttt
cgtggtttttgttaatgtggctctttttatctctgatttgtattcatatactcacaactccacatacagTTCCACGGGTCATGGGCTAAATATCTACCAATAACGTGGTACCTTGGTGAATGCCTGTCACATTTGGGTTGAAGTCCCATATGCACAGGTAGTTGGTCTTGAGCTCTGGAGCTTCTCAGAGCCTGGCATTT
GGGTTAAGTCCCATATCTACAGGTAGTTGGTCTTGACCTCTGTAGCTCCTCACAGCCTGGACCAGGACATAACTAGGCCAATGAAATCAGAAGGACCTGTTTCATCTCTCATTTGTCGGGATTGGCTTTCAGTCTATCAAGTTGTCAAAAAGAAGTGGAGTTGGTTCAAGCTGACAAGAAGGTTTTAATGGTCTTGTTTC
CACATGGAAGGTGACAGTGAACTGGACATTCGAGATTGGGGGACATGTGAAGAATCTATGAAGGACCATCCAGCATTGAAACTCATGGCTGTTATTGCAGAGCGAGATGTAGCAATCTTAGAGAGGGACACTGCCATCGCAGAGAAGAAGGCTGCCTATGCAGAACGGGATGTTGCTCTCTTGCAAACGGAAGTTGCCAT
TTCAGACCGTAATTCTGCTCTTTTGGAGCGTGATGCAGCAGCAGCTGCTCTTGGATATTCTGGACACATCAATTTGAGTGGCCATAGAAGTCTATCGTGTGGAACATTAGTTGGTATAAAGGTTCAGCCAGTAGGTCAAGCTTTTCCTGCTCCAGTTTCTGAGGCTCTGCTAGCTGAGCAACCTAAGCAGACAGAGCAGG
CAGATAACATAAAAGGTCAGAAAGAGCCTCCATCAAATAAGGTATTTAATGTTTCTGAGCCTATAACTCCAGCACTTAAGATGCAACAAGAAAAAGGTGCCACAACTGGGCAAGAAACAAATGGAGAACTTGCATTAGTCAAGTATGAAAAGAAGGATCATGATTACACAGAAAATAACATTACATTTGACGCTTCAGCT
ATACCCATTCCTGTGTGCTCTTGCACTGGGTTTCCTCAACAGTGTTACAGGTGGGGTAGTGGTGGCTGGCAGTCCGCCTGCTGCACCACATCTATATCTATGTATCCTCTCCCAATGAACCCCAATAAACGGGGTGCCCGTCTGGGTGGTAGGAAAATGAGTGGAGGAGCGTTTGCAAAATTATTGGGGAGGTTAATTGC
TGATGGATATAGTTTAGAATATCCGGTTGACTTGAAGAATCATTGGGCCAAGCATGGCACCAATCGGTACATCAGAATCCAGTAGATGAAGGTACTATATGGATTATGTGGCTATCCTTTCAGCACCTGTATGTGCTAATTCTTGGAGAATGATGTAAACATACATCTAGGTGTGCTGATTCTTTGGAGATTTATGCAAC
CGGCATTCTAACTAGCAAATGACTCTAATTATTTGCCTTTTGTTCTAAAAAGGGGGAGAGATTGATTGCCCATGTTGGCATGAGCAAATATAATTGGTCAAAGAATGATATTGTTGATTTCAATGAGCTATAGTTACAGACACTGTTGCACATTTGTTATTGGAAGATGCTTTAAGAGCTAGTTGGCCTTCCAGGGCACT
CAGCAAGAAATTTGAGGCTCTTGGATGTAGTTGTGCAATTAATTAACATGACTTATATCAACTTTATTTTGACAATGTACGAGTTGAAATTCTAGGCTGTGCTTATGACGAATTAATTGGGGATAGCACTGCTAGTTTTGCATCAGTCTTCCCATTGTGTGCCGCACAAACAATGTGCACCAATGTGAAAAATGGAAGAA
TGCACAAATAAATGTGAAAAAGAGATAATGGCTTCCTCAAAACCATGTTTGTCCTTTTATCTATCAAAAGCACATGTTTATAATACAAGTTTGCGATGCCGAG

Intron 4 GTGGGTTTTG ... ATATCTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	47.73	23	28	14
A2	44.83	24	25	14
A3	57.8	23	46	17
A4	43.31	36	43	12
A5	46.15	7	10	2
A6	43.75	45	52	18
A7	37.35	78	67	26
A8	40.74	32	31	13
A9	42.86	68	69	33
A10	44.26	85	99	36

>TRINITY_DN117895_c3_g2_i3 from sample A3 / Example spliced isoform

GGGAAAATCAATAGCAGAACAGCAGAGTTGCTTCATTGACGTGGGAAGAAATATGAAATCTTCTTGGGAAAACCACAAAAATTGGGATTCCAAATTTGTTCAGAAGTAAAAAGGCGAGATGGCCGAGCTCTGTCCTCGTATTCTGGCGCGTGGCGAGATTGAACAATCCTTCGGGCCAGACCAAAATTCAAAGGCAGATC
TGAGGGATTGGCTTTCAGTCTATCAAGTTGTCAAAAAGAAGTGGAGTTGGTTCAAGCTGACAAGAAGGTTTTAATGGTCTTGTTTCCACATGGAAGGTGACAGTGAACTGGACATTCGAGATTGGGGGACATGTGAAGAATCTATGAAGGACCATCCAGCATTGAAACTCATGGCTGTTATTGCAGAGCGAGATGTAGCA
ATCTTAGAGAGGGACACTGCCATCGCAGAGAAGAAGGCTGCCTATGCAGAACGGGATGTTGCTCTCTTGCAAACGGAAGTTGCCATTTCAGACCGTAATTCTGCTCTTTTGGAGCGTGATGCAGCAGCAGCTGCTCTTGGATATTCTGGACACATCAATTTGAGTGGCCATAGAAGTCTATCGTGTGGAACATTAGTTGG
TATAAAGGTTCAGCCAGTAGGTCAAGCTTTTCCTGCTCCAGTTTCTGAGGCTCTGCTAGCTGAGCAACCTAAGCAGACAGAGCAGGCAGATAACATAAAAGGTCAGAAAGAGCCTCCATCAAATAAGGTATTTAATGTTTCTGAGCCTATAACTCCAGCACTTAAGATGCAACAAGAAAAAGGTGCCACAACTGGGCAAG
AAACAAATGGAGAACTTGCATTAGTCAAGTATGAAAAGAAGGATCATGATTACACAGAAAATAACATTACATTTGACGCTTCAGCTATACCCATTCCTGTGTGCTCTTGCACTGGGTTTCCTCAACAGTGTTACAGGTGGGGTAGTGGTGGCTGGCAGTCCGCCTGCTGCACCACATCTATATCTATGTATCCTCTCCCA
ATGAACCCCAATAAACGGGGTGCCCGTCTGGGTGGTAGGAAAATGAGTGGAGGAGCGTTTGCAAAATTATTGGGGAGGTTAATTGCTGATGGATATAGTTTAGAATATCCGGTTGACTTGAAGAATCATTGGGCCAAGCATGGCACCAATCGGTACATCAGAATCCAGTAGATGAAGGTACTATATGGATTATGTGGCTA
TCCTTTCAGCACCTGTATGTGCTAATTCTTGGAGAATGATGTAAACATACATCTAGGTGTGCTGATTCTTTGGAGATTTATGCAACTGGCATTCTAACTAGCAAATGACTCTAATTATTTGCCTTTTGTTCTAAAAAGGGGGAGAGATTGATTGCCCATGTTGGCATGAGCAAATATAATTGGTCAAAGAATGATATTGT
TGATTTCAATGAGCTATAGTTACAGACACTGTTGCACATTTGTTATTGGAAGATGCTTTAAGAGCTAGTTGGCCTTCCAGGGCACTCAGCAAGAAATTTGAGGCTCTTGGATGTAGTTGTGCAATTAATTAACATGACTTATATCAACTTTATTTTGACAATGTACGAGTTGAAATTCTAGGCTGTGCTTATGACGAATT
AATTGGGGATAGCACTGCTAGTTTTGCATCAGTCTTCCCATTGTGTGCCGCACAAACAATGTGCACCAATGTGAAAAATGGAAGAATGCACAAATAAATGTGAAAAAGAGATAATGGCTTCCTCAAAACCATGTTTGTCCTTTTATCTATCAAAAGCACATGTTTATAATACAAGTTTGCGATGCCGAGGAGAAGGATAT
ATCTTCAACATATTATAAAACTAGTCTTGAATAGACTATATACCAAAAACAACTTTTCACACAAATATGAGTTAAAAATAGTTAATATATAAAATATTAAAATAGATAATTGTTATTGGTAAGAAATGACTAAAAATAGATTAAACCCCATCTCTCATCTTTTCTTCTCTGTTTAGAGGAAATTATCCCCAATTTTTGTT
GCTCAGAAATGACTAAAAATAGATTAAACCCCATCTCTCATCTTTTCTTCTCTGTTTAGAGGAAATTATCCCCAATTTTTGTTGCTCAGAAATGACTAAAAATAGATTAA

>TRINITY_DN117895_c3_g2_i7 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GGGAAAATCAATAGCAGAACAGCAGAGTTGCTTCATTGACGTGGGAAGAAATATGAAATCTTCTTGGGAAAACCACAAAAATTGGGATTCCAAATTTGTTCAGAAGTAAAAAGGCGAGATGGCCGAGCTCTGTCCTCGTATTCTGGCGCGTGGCGAGATTGAACAATCCTTCGGGCCAGACCAAAATTCAAAGGCAGATC
TGAGgtgggttttgcaaggcccacattaggtatccaggatttcagctttagatattgcaagttggaattgggtatttacaaattccgcgtgttgaatattttgatgagattaggcctgcttgcagtccatattccaattccacgggtcatgggctaaatatctaccaataacgtggtaccttggtgaatgcctgtcacat
ttgggttgaagtcccatatgcacaggtagttggtcttgagctctggagcttctcagagcctggcatttgggttaagtcccatatctacagGGATTGGCTTTCAGTCTATCAAGTTGTCAAAAAGAAGTGGAGTTGGTTCAAGCTGACAAGAAGGTTTTAATGGTCTTGTTTCCACATGGAAGGTGACAGTGAACTGGACA
TTCGAGATTGGGGGACATGTGAAGAATCTATGAAGGACCATCCAGCATTGAAACTCATGGCTGTTATTGCAGAGCGAGATGTAGCAATCTTAGAGAGGGACACTGCCATCGCAGAGAAGAAGGCTGCCTATGCAGAACGGGATGTTGCTCTCTTGCAAACGGAAGTTGCCATTTCAGACCGTAATTCTGCTCTTTTGGAG
CGTGATGCAGCAGCAGCTGCTCTTGGATATTCTGGACACATCAATTTGAGTGGCCATAGAAGTCTATCGTGTGGAACATTAGTTGGTATAAAGGTTCAGCCAGTAGGTCAAGCTTTTCCTGCTCCAGTTTCTGAGGCTCTGCTAGCTGAGCAACCTAAGCAGACAGAGCAGGCAGATAACATAAAAGGTCAGAAAGAGCC
TCCATCAAATAAGGTATTTAATGTTTCTGAGCCTATAACTCCAGCACTTAAGATGCAACAAGAAAAAGGTGCCACAACTGGGCAAGAAACAAATGGAGAACTTGCATTAGTCAAGTATGAAAAGAAGGATCATGATTACACAGAAAATAACATTACATTTGACGCTTCAGCTATACCCATTCCTGTGTGCTCTTGCACTG
GGTTTCCTCAACAGTGTTACAGGTGGGGTAGTGGTGGCTGGCAGTCCGCCTGCTGCACCACATCTATATCTATGTATCCTCTCCCAATGAACCCCAATAAACGGGGTGCCCGTCTGGGTGGTAGGAAAATGAGTGGAGGAGCGTTTGCAAAATTATTGGGGAGGTTAATTGCTGATGGATATAGTTTAGAATATCCGGTT
GACTTGAAGAATCATTGGGCCAAGCATGGCACCAATCGGTACATCAGAATCCAGTAGATGAAGGTACTATATGGATTATGTGGCTATCCTTTCAGCACCTGTATGTGCTAATTCTTGGAGAATGATGTAAACATACATCTAGGTGTGCTGATTCTTTGGAGATTTATGCAACTGGCATTCTAACTAGCAAATGACTCTAA
TTATTTGCCTTTTGTTCTAAAAAGGGGGAGAGATTGATTGCCCATGTTGGCATGAGCAAATATAATTGGTCAAAGAATGATATTGTTGATTTCAATGAGCTATAGTTACAGACACTGTTGCACATTTGTTATTGGAAGATGCTTTAAGAGCTAGTTGGCCTTCCAGGGCACTCAGCAAGAAATTTGAGGCTCTTGGATGT
AGTTGTGCAATTAATTAACATGACTTATATCAACTTTATTTTGACAATGTACGAGTTGAAATTCTAGGCTGTGCTTATGACGAATTAATTGGGGATAGCACTGCTAGTTTTGCATCAGTCTTCCCATTGTGTGCCGCACAAACAATGTGCACCAATGTGAAAAATGGAAGAATGCACAAATAAATGTGAAAAAGAGATAA
TGGCTTCCTCAAAACCATGTTTGTCCTTTTATCTATCAAAAGCACATGTTTATAATACAAGTTTGCGATGCCGAGGAGAAGGATATATCTTCAACATATTATAAAACTAGTCTTGAATAGACTATATACCAAAAACAACTTTTCACACAAATATGAGTTAAAAATAGTTAATATATAAAATATTAAAATAGATAATTGTT
ATTGGTAAGAAATGACTAAAAATAGATTAAACCCCATCTCTCATCTTTTCTTCTCTGTTTAGAGGAAATTATCCCCAATTTTTGTTGCTCAGAAATGACTAAAAATAGATTAAACCCCATCTCTCATCTTTTCTTCTCTGTTTAGAGGAAATTATCCCCAATTTTTGTTGCTCAGAAATGACTAAAAATAGATTAA