sp|Q9SKZ5|FBT1_ARATH ----> Folate-biopterin transporter 1, chloroplastic

Intron 1 GTAATTATTT ... TAATGTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	23.87	170.7	76	25
A2	22.18	131.3	50	18
A3	27.41	108.7	50	24
A4	24.45	146.7	61	28
A5	22.72	70.7	26	14
A6	24.8	371.3	172	51
A7	27.2	515	265	84
A8	23.78	449	167	95
A9	23.37	501	200	83
A10	22.94	385.3	147	66

>TRINITY_DN114347_c0_g2_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

CTGCACCTTGTCTGTCTTGTGTGCTGCTTCATTCATAACGTGCCTTTTGAACATTCGTTCACCGTGGTGTTATATGGTGCACTCCTGTGGATTGTTGTTAACGTCGTGTTTGAGAAATGCTTACTTTTGAAGACTGAAATTTTCTTTATGCCATGGTCAGCAGAAGCTTTGGGTTATCTAGGTTTGAAGTTCTGGAATTT
AATATTTGATATGTCAATTGTTTTGGTTTTATTTTATTGTAGGTACTGCCGTCTCAAGGAGTCAGCCTGTTTTGAAAACTGATGAAGCTACAAGAACAGAAACTCACTGTGAACTTGGTTCGTTTAGTGAGAATATTCCACAAAACAATAGAAATATTTTCAGAACACTCAAGCTCTTTGGTGTAGAGATGTCTCCAGAT
ATTGTGGCTATTGCCATGGTCTACTTCGTTCAAGGTAGTTTGGGTTTGGCTCGCCTTGCAGTGAGTTTCTTTCTCAAAGATGACCTCCATCTTGATCCAGCAGAGACAGCAGTCATATCAGGAATATCTGCTGCTCCATGGCTTGTCAAACCTCTTTATGGATTTATCAGTGACTCTTTCCCACTGTTTGGTTACCGAAG
GAGATCATATCTTATCTTAGCTGGACTCTTAGGAGCTTTTTCATGGGGTTTAATGGCCACCTTTGTTGATGACAAGTTTGGAGCTGCAGTTTCTATTCTTCTTGGTTCTTTGTCAGTTGCCTTTTCAGATGTTGTGGTAGATTCAATGGTTGTAGAAAGAGCACGTGGGGAGTCACAGGACATCTCAGGATCTCTTCAGT
CCTTATGCTGGGGTTCATCAGCAGTTGGGGGCATTATGAGTGCTTACTTCAGTGGCTCTCTTGTGGAAGCATATGGTGTAAGGTTTGTTTTTGGCGTGACAGCATTTATGCCCTTGATGACTTCTGCGGTGTCTGTTCTTGTCCATGAACAGCCCTTTTCAAGTTCAATGCTATTTACAGGACCTGAAGACACCAGACGC
ACTTTGGGAGTATTTGAAAGTGCAAAAAGACATATACTTCAGTTATGGGGCACTGTGAGACAACCAAACATTTTTCTGCCAACGTTGTTTATATTTTTATGGCAGGCAACTCCACAATCAGATACGGCTATGTTTTTCTTCACGACAAATAAACTGGGTTTTGGTCCAGAGTTCCTTGGTCGTGTTAGGCTGGTTACATC
AGTTGCTTCATTGTTTGGTGTTTGGATATATAATGGGTTGTTAAAGAGTGTTCCTTTACAGAAAATATTCTTTTGGACAACGCTTGTTGGAGCAGGCTTGGGCTTGACACAGATCTTGCTTGTTACTGGTGTAAATCGACAATTAGGCATCAGTGATGAATGGTTTGCAATTGGGGATTCTTTGATTCTGACAGTCCTTA
GTCAGGCATCATTCATGCCTGTATTGGTACTTGCTGCAAAGTTATGCCCTTCTGGTATGGAGGCTACTCTATTTGCAACTTTGATGTCAATCAGTAATGGGGGCAGTGTAACAGGAGGTCTAATTGGAGCAGGCCTCACAAAAGTTTTGGGTGTCACAAAAGACAGCTTCACAAACCTAACACTATTATTGCTTTTATGC
AATTTGAGTTCTTTGTTTCCTTTGCCGCTTCTTGGCTTGTTGCCTAAAGAAAATAACAAAGAAGTTATAGAAGGTGACACAGAGAAACTATTTATTGATCCTGATGAGACGAAGGTAAAATGATCAATGAAAATTAAGCTGTATAAGGGGGCAGTGTAACATGAGGTCTAATTGGAGCAGGCCTCACAAAAATTTTGGGT
GCCATGAAAGACAACTCCACAAATCTAACACTATTGTTGGTTTTCTTCATTCTGAGTTCGTTGATTCCTTTGCTGCGTCTCGCCTTGTTGCCTAAAGCAAATGACAAAGAAGCTATATCAGGTGACACAAATTATTGTTTGGTCTTGATTAGAGGTAAAATACATCGATGAGAATTTGAACTGTAATAAGAAATAATTGT
AGGTATAAGCAATGATAAATTTAGTCTTGTACAGGGCTACAGCCCCAGGCTTTTAAATTAAGATTGTTAATGGAAATTGCCTTTAATCTGTCTAATCAATTTCTAGATTTTCATTTTTGGGAC

>TRINITY_DN114347_c0_g2_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATTTTATTTGGGGAAATTTCCTTGAGGAAATATTCATGTATGTAAGAAGTTTGTAAGTAATAAGTATAATTCAGGAAAAAATCCTTATGTATCAGTAAAGGAAGGGGCAATTTACAGATATATGTAGATTTAGTCAAAGATCTTAGAATCAATATCTTAAACAGCGGGAGAGATTTTGCAGGTTTGTTTTTGGCGTGACA
GCATTTATGCCCTTGATGACTTCTGCGGTGTCTGTTCTTGTCCATGAACAGCCCTTTTCAAGTTCAATGCTATTTACAGGACCTGAAGACACCAGACGCACTTTGGGAGTATTTGAAAGTGCAAAAAGACATATACTTCAGTTATGGGGCACTGTGAGACAACCAAACATTTTTCTGCCAACGTTGTTTATATTTTTATG
GCAGGCAACTCCACAATCAGATACGGCTATGTTTTTCTTCACGTAAGTTCTGAAAGTGATTAGTAGTTTTGGAACTAATACTGATCTGGTAAGCTTTTCTGGCTCCACAGTCTTCCTTAGGGTTCATCCTTTTTGTCTTATCCCATGCAACATATCATTCCTACAATCCATTCCTTGAATCATTTAAATAACTTGAAAAT
GTTTAAAAACAAACATCAATTCTAAACATTTTCTGGCAGTCGGTCTTACCTCTGAGTGATTCTTATTCCAAAACACAAATATGCGAAGACCACACTGATGAACAGCTTGCTTCCCTTGTTTTTCATGTCAACAGCATCTTTCTTTTCAATTTTCTGGGAATGGATCCAAATCTCTTATTTCTGCAGTTTGTAATGGACTC
TATTCCCCTCCTTTGAGTTTGAATTCCCTCCTGTTAAGCTTCTAAACATTATTTGGGAACCGATTCTTTGTGAGAGGCATTATTATATTTATCTAGAACATCCAACTCCATCTTTAAGTTACTGATCATTCTCAATATTCAAGGATACTACTTTTCAAGAAAGAGAAAAGTTTGAGTTGCCATGGGCTACTATTCTATTT
TATTCTTGGAAGTGATCACATCATCACAACCATCAAGCCAGTTCTTTTGGGTCTGAACATTGATGTGACATTGACCAAGCATGACAGTATGAAGATTATCTGTTATTGTTTAGATACCAAACTTTTGCTTCATTTTGTAAATGCTTTTATTAGAAAATCAACAGCACTGGTCACAAAATCCTTTTACTAATTTTCAGGAC
AAATAAACTGGGTTTTGGTCCAGAGTTCCTTGGTCGTGTTAGGCTGGTTACATCAGTTGCTTCATTGTTTGGTGTTTGGATATATAATGGGTTGTTAAAGAGTGTTCCTTTACAGAAAATATTCTTTTGGACAACGCTTGTTGGAGCAGGCTTGGGCTTGACACAGgtaattatttttcaaactgctaaattgtctaaaa
tgcatgtaaacaggtcacgtttcatacctcttttggaagaaacaaacatctattgataaagatggaaaattttgataatgttcagATCTTGCTTGTTACTGGTGTAAATCGACAATTAGGCATCAGTGATGAATGGTTTGCAATTGGGGATTCTTTGATTCTGACAGTCCTTAGTCAGGCATCATTCATGCCTGTATTGG
TACTTGCTGCAAAGTTATGCCCTTCTGGTATGGAGGCTACTCTATTTGCAACTTTGATGTCAATCAGTAATGGGGGCAGTGTAACAGGAGGTCTAATTGGAGCAGGCCTCACAAAAGTTTTGGGTGTCACAAAAGACAGCTTCACAAACCTAACACTATTATTGCTTTTATGCAATTTGAGTTCTTTGTTTCCTTTGCCG
CTTCTTGGCTTGTTGCCTAAAGAAAATAACAAAGAAGTTATAGAAGGTGACACAGAGAAACTATTTATTGATCCTGATGAGACGAAGGTAAAATGATCAATGAAAATTAAGCTGTATAAGGGGGCAGTGTAACATGAGGTCTAATTGGAGCAGGCCTCACAAAAATTTTGGGTGCCATGAAAGACAACTCCACAAATCTA
ACACTATTGTTGGTTTTCTTCATTCTGAGTTCGTTGATTCCTTTGCTGCGTCTCGCCTTGTTGCCTAAAGCAAATGACAAAGAAGCTATATCAGGTGACACAAATTATTGTTTGGTCTTGATTAGAGGTAAAATACATCGATGAGAATTTGAACTGTAATAAGAAATAATTGTAGGTATAAGCAATGATAAATTTAGTCT
TGTACAGGGCTACAGCCCCAGGCTTTTAAATTAAGATTGTTAATGGAAATTGCCTTTAATCTGTCTAATCAATTTCTAGATTTTCATTTTTGGGAC

Intron 2 GTAGATCAAA ... AATGATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	18.18	162	0	36
A2	13.1	146	1	22
A3	17.32	148	1.7	31
A4	16	126	0.3	24
A5	15.79	96	0	18
A6	14.16	200	0	33
A7	15.67	296	0	55
A8	19.39	158	0	38
A9	11.8	314	0	42
A10	12.46	267	0	38

>TRINITY_DN105448_c0_g1_i5 from sample A2 / Example spliced isoform

AAAAATACCATGCTTTCCCTCTTATTTCACACAACACTTCCTCCACAGAAGAAAGAAGCGGATTGGCATTTGCTAACGAATTCTTAAATTTCTCGAATATTTCCAATTTGCGTCGTTTTTGGTTGAATTTTGACAAGGTAACGACAGCCCTTGCTTGTCTGGTACCGGATAGCGCTGGTGTTACACGTTGCCACAAATTC
GGACACATAATCGCGGTGATATTTGTTGTACCAATTAATATTCCACAATGGCATGCTGGCATTCCCACTTCCCATGCTCTCCCAATCTCATGCCATGGCATGTTGTCATGGATTCTGTAGCAAAACAGACCTAAGGAGGCCAGCACAAGTAGTGGCTATCCATCAATTCCAGGAAATTGGCTGTCCAGTGAAGTCTTTCG
TGGTAATTGATGACAGTAAGTGCTGCGGGGTTAAGAGGAATTTATTATTCAGGAGAAGCTTGTATACATCCATGTCAGTCCATATTCAGATGCCCGCAACCAGTAAATATCAGAAAATGGAGACAGAGCCTCCCGAGGATGTTCCTGACAGTTTTCCAAAAGGAAATTCAAAACCTTATTCAGGAAATTTTAGAAATGGT
ACTGCCGTCTCAAGGAGTCAGCCTGTTTTGAAAACTGATGAAGCTACAAGAACAGAAACTCACTGTGAACGTGGTTCGTTTAGTGAGAATATTCCACAAAACAATAGAAATATTTTCAGAACACTCAAGCTCTTTGGTGTAGAGATGTCTCCAGATATTGTGGCTATTGCCATGGTCTACTTCGTTCAAGGTAGTTTGGG
TTTGGCTCGCCTTGCAGTGAGTTTCTTTCTCAAAGATGACCTCCATCTTGATCCAGCAGAGACAGCAGTCATATCAGGAATATCTGCTGCTCCATGGCTTGTCAAACCTCTTTATGGATTTATCAGTGACTCTTTCCCACTGTTTGGTTACCGAAGGAGATCATATCTTATCTTAGCTGGACTCTTAGGAGCTTTTTCAT
GGGGTTTAATGGCCACCTTTGTTGATGACAAGTTTGGAGCTGCAGTTTCTATTCTTCTTGGTTCTTTGTCAGTTGCCTTTTCAGATGTTGTGGTAGATTCAATGGTTGTAGAAAGAGCACGTGGGGAGTCACAGGACATCTCAGGATCTCTTCAGTCCTTATGCTGGGGTTCATCAGCAGTTGGGGGCATTATGAGTGCT
TACTTCAGTGGCTCTCTTGTGGAAGCATATGGTGTAAGGTTTGTTTTTGGCGTGACAGCATTTATGCCCTTGATGACTTCTGCGGTGTCTGTTCTTGTCCATGAACAGCCCTTTTCAAGTTCAATGCTATTTACAGGACCTGAAGACACCAGACGCACTTTGGGAGTATTTGAAAGTGCAAAAAGACATATACTTCAGTT
ATGGGGCACTGTGAGACAACCAAACATTTTTCTGCCAACGTTGTTTATATTTTTATGGCAGGCAACTCCACAATCAGATACGGCTATGTTTTTCTTCACGTAAGTTCTGAAAGTGATTAGTAGTTTTGGAACTAATACTGATCTGGTAAGCTTTTCTGGCTCCACAGTCTTCCTTAGGGTTCATCCTTTTTGTCTTATCC
CATGCAACATATCATTCCTA

>TRINITY_DN105448_c0_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AAACCTCTTTATGGATTTATCAGgtagatcaaatttaaaaaatgcttcctcccatgtaatttttggttatatttttattggattttttatagtgggtgtgtcgttaagagtttttgaaatgatgcagTGACTCTTTCCCACTGTTTGGTTACCGAAGGAGATCATATCTTATCTTAGCTGGACTCTTAGGAGCTTTTTCA
TGGGGTTTAATGGCCACCTTTGTTGATGACAAGTTTGGAGCTGCAGTTTCTATTCTTCTTGGTTCTTTGTCAGTTGCCTTTTCAGATGTTGTGGTAGATTCAATGGTTGTAGAAAGAGCACGTGGGGAGTCACAGGACATCTCAGGATCTCTTCAGTCCTTATGCTGGGGTTCATCAGCAGTTGGGGGCATTATGAGTGC
TTACTTCAGTGGCTCTCTTGTGGAAGCATATGGTGTAAGGTTTGTTTTTGGCGTGACAGCATTTATGCCCTTGATGACTTCTGCGGTGTCTGTTCTTGTCCATGAACAGCCCTTTTCAAGTTCAATGCTATTTACAGGACCTGAAGACACCAGACGCACTTTGGGAGTATTTGAAAGTGCAAAAAGACATATACTTCAGT
TATGGGGCACTGTGAGACAACCAAACATTTTTCTGCCAACGTTGTTTATATTTTTATGGCAGGCAACTCCACAATCAGATACGGCTATGTTTTTCTTCACGACAAATAAACTGGGTTTTGGTCCAGAGTTCCTTGGTCGTGTTAGGCTGGTTACATCAGTTGCTTCATTGTTTGGTGTTTGGATATATAATGGGTTGTTA
AAGAGTGTTCCTTTACAGAAAATATTCTTTTGGACAACGCTTGTTGGAGCAGGCTTGGGCTTGACACAGATCTTGCTTGTTACTGGTGTAAATCGACAATTAGGCATCAGTGATGAATGGTTTGCAATTGGGGATTCTTTGATTCTGACAGTCCTTAGTCAGGCATCATTCATGCCTGTATTGGTACTTGCTGCAAAGTT
ATGCCCTTCTGGTATGGAGGCTACTCTATTTGCAACTTTGATGTCAATCAGTAATGGGGGCAATGTAACAGGAGGTCTAATTGGAGCAGGCCTCACAAAAGTTTTGGGTGTCACAAAAGACAACTTCACAAACCTAACACTATTATTGCTTTTATGCAATTTGAGTTCTTTGTTTCCTTTGCCGCTTCTTGGCTTGTTGC
CTAAAGAAAATAACAAAGAAGTTATAGAAGGTGACACAGAGAAACTATTTATTGATCCTGATGAGACGAAGGTAAAATGATCAATGAAAATTAAGCTGTATAAGGGGGCAGTGTAACATGAGGTCTAATTGGAGCAGGCCTCACAAAAATTTTGGGTGCCATGAAAGACAACTCCACAAATCTAACACTATTGTTGGTTT
TCTTCATTCTGAGTTCGTTGATTCCTTTGCTGCGTCTCGCCTTGTTGCCTAAAGCAAATGACAAAGAAGCTATAGCAGGTGACACAAATTATTGTTTGGTCTTGATTAGAGGTAAAATACATCGATGAGAATTTGAACTGTAATAAGAAATAATTGTAGGTATAAGCAATGATAAATTTAGTCTTGTACAGGGCTACAGC
CCCAGGCTTTTAAATTAAGATTGTTAATGGAAATTGCCTTTAATCTGTCTAATCAATTTCTAGATTTTCATTTTTGGGACTAATCTAAATGTTGTCACATCTCGTGAGACAAATATAAAATACTGTTTTGGATATTTGAGAATGAAGATAAATAAACTTTTGGAGATTTGAACCACA

Intron 3 GTAGGGATTT ... GATTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.93	289	94	59
A2	21.9	305	126	45
A3	24.05	311	147	50
A4	21.85	313	114	61
A5	24.75	149	65	33
A6	23.69	596	257	113
A7	22.58	1046	444	166
A8	21.05	555	202	94
A9	23.69	878	369	176
A10	24.48	756	366	124

>TRINITY_DN108194_c6_g1_i1 from sample A3 / Example spliced isoform

GGTACCCAGGGTGAACCATAGATTCTTCAGGGCACAATGCCAGGTCAACAATAGGGCTCAAAGCAGTTACACCAATATACTCATTGGGAGCTCAACATGTCACTTACGAGAATAGAACTTGGGTAGGGAGGATGACACTCCATCCCACAACCTTTTGGACCAGACCCAATTGACTTGTTCAAGTCATTTAAGTTGCAGGA
TGATTCAATAGAAGCAATGTCTTGCTGTCTTGCTAGGTTTTGGATTTTTGAATGCAATTATGTACATTGTTGGTATTTTCCCTGTAATTTTGAAATTGTTTTTCTCTGATGACTACAATTTATTTTTATTGAAGATAACTGCAAAAAGGTTAGCAAGATCAAAAGATGTAATTTTAATAAACTCAAAGTTATCTTGACCA
CGCATGTTTGACTTTGTATTAGGTAGTCTGTCACATTTGACAATATACTTTTATCAATTTGCAGACAGCAGTCATATCAGGAATATCTGCTGCTCCATGGCTTGTCAAACCTCTTTATGGATTTATCAGGTAGATCAAATTTAAAAAATGCTTCCTCCCATGTAATTTTTGGTTATATTTTTATTGGATTTTTTATAGTG
GGTGTGTCGTTAAGAGTTTTTGAAATGATGCAGTGACTCTTTCCCACTGTTTGGTTACCGAAGGAGATCATATCTTATCTTAGCTGGACTCTTAGGAGCTTTTTCATGGGGTTTAATGGCCACCTTTGTTGATGACAAGTTTGGAGCTGCAGTTTCTATTCTTCTTGGTTCTTTGTCAGTTGCCTTTTCAGATGTTGTGG
TAGATTCAATGGTTGTAGAAAGAGCACGTGGGGAGTCACAGGACATCTCAGGATCTCTTCAGTCCTTATGCTGGGGTTCATCAGCAGTTGGGGGCATTATGAGTGCTTACTTCAGTGGCTCTCTTGTGGAAGCATATGGTGTAAGGTTTGTTTTTGGCGTGACAGCATTTATGCCCTTGATGACTTCTGCGGTGTCTGTT
CTTGTCCATGAACAGCCCTTTTCAAGTTCAATGCTATTTACAGGACCTGAAGACACCAGACGCACTTTGGGAGTATTTGAAAGTGCAAAAAGACATATACTTCAGTTATGGGGCACTGTGAGACAACCAAACATTTTTCTGCCAACGTTGTTTATATTTTTATGGCAGGCAACTCCACAATCAGATACGGCTATGTTTTT
CTTCACGACAAATAAACTGGGTTTTGGTCCAGAGTTCCTTGGTCGTGTTAGGCTGGTTACATCAGTTGCTTCATTGTTTGGTGTTTGGATATATAATGGGTTGTTAAAGAGTGTTCCTTTACAGAAAATATTCTTTTGGACAACGCTTGTTGGAGCAGGCTTGGGCTTGACACAGATCTTGCTTGTTACTGGTGTAAATC
GACAATTAGGCATCAGTGATGAATGGTTTGCAATTGGGGATTCTTTGATTCTGACAGTCCTTAGTCAGGCATCATTCATGCCTGTATTGGTACTTGCTGCAAAGTTATGCCCTTCTGGTATGGAGGCTACTCTATTTGCAACTTTGATGTCAATCAGTAATGGGGGCAATGTAACAGGAGGTCTAATTGGAGCAGGCCTC
ACAAAAGTTTTGGGTGTCACAAAAGACAGCTTCACAAACCTAACACTATTATTGCTTTTATGCAATTTGAGTTCTTTGTTTCCTTTGCCGCTTCTTGGCTTGTTGCCTAAAGAAAATAACAAAGAAGTTATAGAAGGTGACACAGAGAAACTATTTATTGATCCTGATGAGACGAAGGTAAAATGATCAATGAAAATTAA
GCTGTATAAGGGGGCAGTGTAACATGAGGTCTAATTGGAGCAGGCCTCACAAAAATTTTGGGTGCCATGAAAGACAACTCCACAAATCTAACACTATTGTTGGTTTTCTTCATTCTGAGTTCGTTGATTCCTTTGCTGCGTCTCGCCTTGTTGCCTAAAGCAAATGACAAAGAAGCTATAGCAGGTGACACAAATTATTG
TTTGGTCTTGATTAGAGGTAAAATACATCGATGAGAATTTGAACTGTAATAAGAAATAATTGTAGGTATAAGCAATGATAAATTTAGTCTTGTACAGGGCTACAGCCCCAGGCTTTTAAATTAAGATTGTTACTGGAAATTGCCTTTAATCTGTCTAATCAATTTCTAGATTTTCATTTTTGGGACTAATCTAAATGTTG
TCACATCTCGTGAGACAAATATAAAATACTGTTTTGGATATTTGAGAATGAAGATAAATAAACTTTTGGAG

>TRINITY_DN108194_c6_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TGACTCTTTCCCACTGTTTGGTTACCGAAGGAGATCATATCTTATCTTAGCTGGACTCTTAGGAGCTTTTTCATGGGGTTTAATGGCCACCTTTGTTGATGACAAGTTTGGAGCTGCAGTTTCTATTCTTCTTGGTTCTTTGTCAGTTGCCTTTTCAGATGTTGTGGTAGATTCAATGGTTGTAGAAAGAGCACGTGGGG
AGTCACAGGACATCTCAGGATCTCTTCAGTCCTTATGCTGGGGTTCATCAGCAGTTGGGGGCATTATGAGTGCTTACTTCAGTGGCTCTCTTGTGGAAGCATATGGTGTAAGgtagggattttatatttatggatattttatttggggaaatttccttgaggaaatattcatgtatgtaagaagtttgtaagtaataagt
ataattcaggaaaaaatccttatgtatcagtaaaggaaggggcaatttacagatatatgtagatttagtcaaagatcttagaatcaatatcttaaacagcgggagagattttgcagGTTTGTTTTTGGCGTGACAGCATTTATGCCCTTGATGACTTCTGCGGTGTCTGTTCTTGTCCATGAACAGCCCTTTTCAAGTTC
AATGCTATTTACAGGACCTGAAGACACCAGACGCACTTTGGGAGTATTTGAAAGTGCAAAAAGACATATACTTCAGTTATGGGGCACTGTGAGACAACCAAACATTTTTCTGCCAACGTTGTTTATATTTTTATGGCAGGCAACTCCACAATCAGATACGGCTATGTTTTTCTTCACGTAAGTTCTGAAAGTGATTAGTA
GTTTTGGAACTAATACTGATCTGGTAAGCTTTTCTGGCTCCACAGTCTTCCTTAGGGTTCATCCTTTTTGTCTTATCCCATGCAACATATCATTCCTACAATCCATTCCTTGAATCATTTAAATAACTTGAAAATGTTTAAAAACAAACATCAATTCTAAACATATTCTGGCAGTCGGTCTTACCTCTGAGTGATTCTTA
TTCCAAAACACAAATATGCGAAGACCACACTGATGAACAGCTTGCTTCCCTTGTTTTTCATGTCAACAGCATCTTTCTTTTCAATTTTCTGGGAATGGATCCAAATCTCTTATTTCTGCAGTTTGTAATGGACTCTATTCCCCTCCTTTGAGTTTGAATTCCCTCCTGTTAAGCTTCTAAGCATTATTTGGGAACCGATT
CTTTGTGAGAGGCATTATTATATTTATCTAGAACATCCAACTCCATCTTTAAGTTACTGATCATTCTCAATATTCAAGGATACTACTTTTCAAGAAAGAGAAAAGTTTGAGTTGCCATGGGCTACTATTCTATTTTATTCTTGGAAGTGATCACATCATCACAACCATCAAGCCAGTTCTTTTGGGTCTGAACATTGATG
TGACATTGACCAAGCATGACAGTATGAAGATTATCTGTTATTGTTTAGATACCAAACTTTTGCTTCATTTTGTAAATGCTTTTATTAGAAAATCAACAGCACTGGTCACAAAATCCTTTTACTAATTTTCAGGACAAATAAACTGGGTTTTGGTCCAGAGTTCCTTGGTCGTGTTAGGCTGGTTACATCAGTTGCTTCAT
TGTTTGGTGTTTGGATATATAATGGGTTGTTAAAGAGTGTTCCTTTACAGAAAATATTCTTTTGGACAACGCTTGTTGGAGCAGGCTTGGGCTTGACACAGATCTTGCTTGTTACTGGTGTAAATCGACAATTAGGCATCAGTGATGAATGGTTTGCAATTGGGGATTCTTTGATTCTGACAGTCCTTAGTCAGGCATCA
TTCATGCCTGTATTGGTACTTGCTGCAAAGTTATGCCCTTCTGGTATGGAGGCTACTCTATTTGCAACTTTGATGTCAATCAGTAATGGGGGCAATGTAACAGGAGGTCTAATTGGAGCAGGCCTCACAAAAGTTTTGGGTGTCACAAAAGACAGCTTCACAAACCTAACACTATTATTGCTTTTATGCAATTTGAGTTC
TTTGTTTCCTTTGCCGCTTCTTGGCTTGTTGCCTAAAGAAAATAACAAAGAAGTTATAGAAGGTGACACAGAGAAACTATTTATTGATCCTGATGAGACGAAGGTAAAATGATCAATGAAAATTAAGCTGTATAAGGGGGCAGTGTAACATGAGGTCTAATTGGAGCAGGCCTCACAAAAATTTTGGGTGCCATGAAAGA
CAACTCCACAAATCTAACACTATTGTTGGTTTTCTTCATTCTGAGTTCGTTGATTCCTTTGCTGCGTCTCGCCTTGTTGCCTAAAGCAAATGACAAAGAAGCTATAGCAGGTGACACAAATTATTGTTTGGTCTTGATTAGAGGTAAAATACATCGATGAGAATTTGAACTGTAATAAGAAATAATTGTAGGTATAAGCA
ATGATAAATTTAGTCTTGTACAGGGCTACAGCCCCAGGCTTTTAAATTAAGATTGTTACTGGAAATTGCCTTTAATCTGTCTAATCAATTTCTAGATTTTCATTTTTGGGACTAATCTAAATGTTGTCACATCTCGTGAGACAAATATAAAATACTGTTTTGGATATTTGAGAATGAAGATAAATAAACTTTTGGAG

Intron 4 GTAAGTTCTG ... TAATTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.7	216	81.5	53
A2	14.41	190	66.4	32
A3	21.15	164	59.1	44
A4	16.13	130	55.9	25
A5	17.24	96	31.4	20
A6	16.97	440.3	151.5	90
A7	17.56	521	149.4	111
A8	19.03	366	113.3	86
A9	19.76	528	143.8	130
A10	22.67	464	135	136

>TRINITY_DN114347_c0_g2_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

CTGCACCTTGTCTGTCTTGTGTGCTGCTTCATTCATAACGTGCCTTTTGAACATTCGTTCACCGTGGTGTTATATGGTGCACTCCTGTGGATTGTTGTTAACGTCGTGTTTGAGAAATGCTTACTTTTGAAGACTGAAATTTTCTTTATGCCATGGTCAGCAGAAGCTTTGGGTTATCTAGGTTTGAAGTTCTGGAATTT
AATATTTGATATGTCAATTGTTTTGGTTTTATTTTATTGTAGGTACTGCCGTCTCAAGGAGTCAGCCTGTTTTGAAAACTGATGAAGCTACAAGAACAGAAACTCACTGTGAACTTGGTTCGTTTAGTGAGAATATTCCACAAAACAATAGAAATATTTTCAGAACACTCAAGCTCTTTGGTGTAGAGATGTCTCCAGAT
ATTGTGGCTATTGCCATGGTCTACTTCGTTCAAGGTAGTTTGGGTTTGGCTCGCCTTGCAGTGAGTTTCTTTCTCAAAGATGACCTCCATCTTGATCCAGCAGAGACAGCAGTCATATCAGGAATATCTGCTGCTCCATGGCTTGTCAAACCTCTTTATGGATTTATCAGTGACTCTTTCCCACTGTTTGGTTACCGAAG
GAGATCATATCTTATCTTAGCTGGACTCTTAGGAGCTTTTTCATGGGGTTTAATGGCCACCTTTGTTGATGACAAGTTTGGAGCTGCAGTTTCTATTCTTCTTGGTTCTTTGTCAGTTGCCTTTTCAGATGTTGTGGTAGATTCAATGGTTGTAGAAAGAGCACGTGGGGAGTCACAGGACATCTCAGGATCTCTTCAGT
CCTTATGCTGGGGTTCATCAGCAGTTGGGGGCATTATGAGTGCTTACTTCAGTGGCTCTCTTGTGGAAGCATATGGTGTAAGGTTTGTTTTTGGCGTGACAGCATTTATGCCCTTGATGACTTCTGCGGTGTCTGTTCTTGTCCATGAACAGCCCTTTTCAAGTTCAATGCTATTTACAGGACCTGAAGACACCAGACGC
ACTTTGGGAGTATTTGAAAGTGCAAAAAGACATATACTTCAGTTATGGGGCACTGTGAGACAACCAAACATTTTTCTGCCAACGTTGTTTATATTTTTATGGCAGGCAACTCCACAATCAGATACGGCTATGTTTTTCTTCACGACAAATAAACTGGGTTTTGGTCCAGAGTTCCTTGGTCGTGTTAGGCTGGTTACATC
AGTTGCTTCATTGTTTGGTGTTTGGATATATAATGGGTTGTTAAAGAGTGTTCCTTTACAGAAAATATTCTTTTGGACAACGCTTGTTGGAGCAGGCTTGGGCTTGACACAGATCTTGCTTGTTACTGGTGTAAATCGACAATTAGGCATCAGTGATGAATGGTTTGCAATTGGGGATTCTTTGATTCTGACAGTCCTTA
GTCAGGCATCATTCATGCCTGTATTGGTACTTGCTGCAAAGTTATGCCCTTCTGGTATGGAGGCTACTCTATTTGCAACTTTGATGTCAATCAGTAATGGGGGCAGTGTAACAGGAGGTCTAATTGGAGCAGGCCTCACAAAAGTTTTGGGTGTCACAAAAGACAGCTTCACAAACCTAACACTATTATTGCTTTTATGC
AATTTGAGTTCTTTGTTTCCTTTGCCGCTTCTTGGCTTGTTGCCTAAAGAAAATAACAAAGAAGTTATAGAAGGTGACACAGAGAAACTATTTATTGATCCTGATGAGACGAAGGTAAAATGATCAATGAAAATTAAGCTGTATAAGGGGGCAGTGTAACATGAGGTCTAATTGGAGCAGGCCTCACAAAAATTTTGGGT
GCCATGAAAGACAACTCCACAAATCTAACACTATTGTTGGTTTTCTTCATTCTGAGTTCGTTGATTCCTTTGCTGCGTCTCGCCTTGTTGCCTAAAGCAAATGACAAAGAAGCTATATCAGGTGACACAAATTATTGTTTGGTCTTGATTAGAGGTAAAATACATCGATGAGAATTTGAACTGTAATAAGAAATAATTGT
AGGTATAAGCAATGATAAATTTAGTCTTGTACAGGGCTACAGCCCCAGGCTTTTAAATTAAGATTGTTAATGGAAATTGCCTTTAATCTGTCTAATCAATTTCTAGATTTTCATTTTTGGGAC

>TRINITY_DN114347_c0_g2_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATTTTATTTGGGGAAATTTCCTTGAGGAAATATTCATGTATGTAAGAAGTTTGTAAGTAATAAGTATAATTCAGGAAAAAATCCTTATGTATCAGTAAAGGAAGGGGCAATTTACAGATATATGTAGATTTAGTCAAAGATCTTAGAATCAATATCTTAAACAGCGGGAGAGATTTTGCAGGTTTGTTTTTGGCGTGACA
GCATTTATGCCCTTGATGACTTCTGCGGTGTCTGTTCTTGTCCATGAACAGCCCTTTTCAAGTTCAATGCTATTTACAGGACCTGAAGACACCAGACGCACTTTGGGAGTATTTGAAAGTGCAAAAAGACATATACTTCAGTTATGGGGCACTGTGAGACAACCAAACATTTTTCTGCCAACGTTGTTTATATTTTTATG
GCAGGCAACTCCACAATCAGATACGGCTATGTTTTTCTTCACgtaagttctgaaagtgattagtagttttggaactaatactgatctggtaagcttttctggctccacagtcttccttagggttcatcctttttgtcttatcccatgcaacatatcattcctacaatccattccttgaatcatttaaataacttgaaaat
gtttaaaaacaaacatcaattctaaacattttctggcagtcggtcttacctctgagtgattcttattccaaaacacaaatatgcgaagaccacactgatgaacagcttgcttcccttgtttttcatgtcaacagcatctttcttttcaattttctgggaatggatccaaatctcttatttctgcagtttgtaatggactc
tattcccctcctttgagtttgaattccctcctgttaagcttctaaacattatttgggaaccgattctttgtgagaggcattattatatttatctagaacatccaactccatctttaagttactgatcattctcaatattcaaggatactacttttcaagaaagagaaaagtttgagttgccatgggctactattctattt
tattcttggaagtgatcacatcatcacaaccatcaagccagttcttttgggtctgaacattgatgtgacattgaccaagcatgacagtatgaagattatctgttattgtttagataccaaacttttgcttcattttgtaaatgcttttattagaaaatcaacagcactggtcacaaaatccttttactaattttcagGAC
AAATAAACTGGGTTTTGGTCCAGAGTTCCTTGGTCGTGTTAGGCTGGTTACATCAGTTGCTTCATTGTTTGGTGTTTGGATATATAATGGGTTGTTAAAGAGTGTTCCTTTACAGAAAATATTCTTTTGGACAACGCTTGTTGGAGCAGGCTTGGGCTTGACACAGGTAATTATTTTTCAAACTGCTAAATTGTCTAAAA
TGCATGTAAACAGGTCACGTTTCATACCTCTTTTGGAAGAAACAAACATCTATTGATAAAGATGGAAAATTTTGATAATGTTCAGATCTTGCTTGTTACTGGTGTAAATCGACAATTAGGCATCAGTGATGAATGGTTTGCAATTGGGGATTCTTTGATTCTGACAGTCCTTAGTCAGGCATCATTCATGCCTGTATTGG
TACTTGCTGCAAAGTTATGCCCTTCTGGTATGGAGGCTACTCTATTTGCAACTTTGATGTCAATCAGTAATGGGGGCAGTGTAACAGGAGGTCTAATTGGAGCAGGCCTCACAAAAGTTTTGGGTGTCACAAAAGACAGCTTCACAAACCTAACACTATTATTGCTTTTATGCAATTTGAGTTCTTTGTTTCCTTTGCCG
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ACACTATTGTTGGTTTTCTTCATTCTGAGTTCGTTGATTCCTTTGCTGCGTCTCGCCTTGTTGCCTAAAGCAAATGACAAAGAAGCTATATCAGGTGACACAAATTATTGTTTGGTCTTGATTAGAGGTAAAATACATCGATGAGAATTTGAACTGTAATAAGAAATAATTGTAGGTATAAGCAATGATAAATTTAGTCT
TGTACAGGGCTACAGCCCCAGGCTTTTAAATTAAGATTGTTAATGGAAATTGCCTTTAATCTGTCTAATCAATTTCTAGATTTTCATTTTTGGGAC

Intron 5 GTAAGTTCTG ... TCCTTTACAG

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>TRINITY_DN114347_c0_g2_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

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TTTGGTTGAATTTTGACAAGGTAACGACAGCCCTTGCTTGTCTGGTACCGGATAGCGCTGGTGTTACACGTTGCCACAAATTCGGACACATAATCGCGGTGATATTTGTTGTACCAATTAATATTCCACAATGGCATGCTGGCATTCCCACTTCCCATGCTCTCCCAATCTCATGCCATGGCATGTTGTCATGGATTCTG
TAGCAAAACAGACCTAAGGAGGCCAGCACAAGTAGTGGCTATCCATCAATTCCAGGAAATTGGCTGTCCAGTGAAGTCTTTCGTGGTAATTGATGACAGTAAGTGCTGCGGGGTTAAGAGGAATTTATTATTCAGGAGAAGCTTGTATACATCCATGTCAGTCCATATTCAGATGCCCGCAACCAGTAAATATCAGAAAA
TGGAGACAGAGCCTCCCGAGGATGTTCCTGACAGTTTTCCAAAAGGAAATTCAAAACCTTATTCAGGAAATTTTAGAAATGGTACTGCCGTCTCAAGGAGTCAGCCTGTTTTGAAAACTGATGAAGCTACAAGAACAGAAACTCACTGTGAACTTGGTTCGTTTAGTGAGAATATTCCACAAAACAATAGAAATATTTTC
AGAACACTCAAGCTCTTTGGTGTAGAGATGTCTCCAGATATTGTGGCTATTGCCATGGTCTACTTCGTTCAAGGTAGTTTGGGTTTGGCTCGCCTTGCAGTGAGTTTCTTTCTCAAAGATGACCTCCATCTTGATCCAGCAGAGACAGCAGTCATATCAGGAATATCTGCTGCTCCATGGCTTGTCAAACCTCTTTATGG
ATTTATCAGTGACTCTTTCCCACTGTTTGGTTACCGAAGGAGATCATATCTTATCTTAGCTGGACTCTTAGGAGCTTTTTCATGGGGTTTAATGGCCACCTTTGTTGATGACAAGTTTGGAGCTGCAGTTTCTATTCTTCTTGGTTCTTTGTCAGTTGCCTTTTCAGATGTTGTGGTAGATTCAATGGTTGTAGAAAGAG
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AGTTCAATGCTATTTACAGGACCTGAAGACACCAGACGCACTTTGGGAGTATTTGAAAGTGCAAAAAGACATATACTTCAGTTATGGGGCACTGTGAGACAACCAAACATTTTTCTGCCAACGTTGTTTATATTTTTATGGCAGGCAACTCCACAATCAGATACGGCTATGTTTTTCTTCACAAAATATTCTTTTGGACA
ACGCTTGTTGGAGCAGGCTTGGGCTTGACACAGATCTTGCTTGTTACTGGTGTAAATCGACAATTAGGCATCAGTGATGAATGGTTTGCAATTGGGGATTCTTTGATTCTGACAGTCCTTAGTCAGGCATCATTCATGCCTGTATTGGTACTTGCTGCAAAGTTATGCCCTTCTGGTATGGAGGCTACTCTATTTGCAAC
TTTGATGTCAATCAGTAATGGGGGCAGTGTAACAGGAGGTCTAATTGGAGCAGGCCTCACAAAAGTTTTGGGTGTCACAAAAGACAGCTTCACAAACCTAACACTATTATTGCTTTTATGCAATTTGAGTTCTTTGTTTCCTTTGCCGCTTCTTGGCTTGTTGCCTAAAGAAAATAACAAAGAAGTTATAGAAGGTGACA
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TCGCCTTGTTGCCTAAAGCAAATGACAAAGAAGCTATATCAGGTGACACAAATTATTGTTTGGTCTTGATTAGAGGTAAAATACATCGATGAGAATTTGAACTGTAATAAGAAATAATTGTAGGTATAAGCAATGATAAATTTAGTCTTGTACAGGGCTACAGCCCCAGGCTTTTAAATTAAGATTGTTAATGGAAATTG
CCTTTAATCTGTCTAATCAATTTCTAGATTTTCATTTTTGGGAC

>TRINITY_DN114347_c0_g2_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATTTTATTTGGGGAAATTTCCTTGAGGAAATATTCATGTATGTAAGAAGTTTGTAAGTAATAAGTATAATTCAGGAAAAAATCCTTATGTATCAGTAAAGGAAGGGGCAATTTACAGATATATGTAGATTTAGTCAAAGATCTTAGAATCAATATCTTAAACAGCGGGAGAGATTTTGCAGGTTTGTTTTTGGCGTGACA
GCATTTATGCCCTTGATGACTTCTGCGGTGTCTGTTCTTGTCCATGAACAGCCCTTTTCAAGTTCAATGCTATTTACAGGACCTGAAGACACCAGACGCACTTTGGGAGTATTTGAAAGTGCAAAAAGACATATACTTCAGTTATGGGGCACTGTGAGACAACCAAACATTTTTCTGCCAACGTTGTTTATATTTTTATG
GCAGGCAACTCCACAATCAGATACGGCTATGTTTTTCTTCACgtaagttctgaaagtgattagtagttttggaactaatactgatctggtaagcttttctggctccacagtcttccttagggttcatcctttttgtcttatcccatgcaacatatcattcctacaatccattccttgaatcatttaaataacttgaaaat
gtttaaaaacaaacatcaattctaaacattttctggcagtcggtcttacctctgagtgattcttattccaaaacacaaatatgcgaagaccacactgatgaacagcttgcttcccttgtttttcatgtcaacagcatctttcttttcaattttctgggaatggatccaaatctcttatttctgcagtttgtaatggactc
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tattcttggaagtgatcacatcatcacaaccatcaagccagttcttttgggtctgaacattgatgtgacattgaccaagcatgacagtatgaagattatctgttattgtttagataccaaacttttgcttcattttgtaaatgcttttattagaaaatcaacagcactggtcacaaaatccttttactaattttcaggac
aaataaactgggttttggtccagagttccttggtcgtgttaggctggttacatcagttgcttcattgtttggtgtttggatatataatgggttgttaaagagtgttcctttacagAAAATATTCTTTTGGACAACGCTTGTTGGAGCAGGCTTGGGCTTGACACAGGTAATTATTTTTCAAACTGCTAAATTGTCTAAAA
TGCATGTAAACAGGTCACGTTTCATACCTCTTTTGGAAGAAACAAACATCTATTGATAAAGATGGAAAATTTTGATAATGTTCAGATCTTGCTTGTTACTGGTGTAAATCGACAATTAGGCATCAGTGATGAATGGTTTGCAATTGGGGATTCTTTGATTCTGACAGTCCTTAGTCAGGCATCATTCATGCCTGTATTGG
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ACACTATTGTTGGTTTTCTTCATTCTGAGTTCGTTGATTCCTTTGCTGCGTCTCGCCTTGTTGCCTAAAGCAAATGACAAAGAAGCTATATCAGGTGACACAAATTATTGTTTGGTCTTGATTAGAGGTAAAATACATCGATGAGAATTTGAACTGTAATAAGAAATAATTGTAGGTATAAGCAATGATAAATTTAGTCT
TGTACAGGGCTACAGCCCCAGGCTTTTAAATTAAGATTGTTAATGGAAATTGCCTTTAATCTGTCTAATCAATTTCTAGATTTTCATTTTTGGGAC