NA ----> NA

Intron 1 GTGAACAAAT ... ACATTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	59.89	16.4	33	15.8
A2	70.02	7.5	23	11.8
A3	78.34	7	26	23.9
A4	52.39	19.7	23	19.7
A5	58.81	11.8	22	11.7
A6	54.12	16.3	18	19.7
A7	54	50.7	64	53.7
A8	57.12	24.8	31	33.4
A9	58.7	41.8	62	56.2
A10	55.81	47	73	45.2

>TRINITY_DN121038_c0_g1_i8 from sample A1 / Example spliced isoform

GGGTGAACAGTCTCTTAGAATTTGTATTCACACATTATATTTAAGACCAACTCTTCGAGAGGTGTTAGAACGCTGAAGCCCAAGGATTTTGCACAGGTGGAACCCCAGGTTGTCTCGGCTTCAAAATCAGGCAGGGGCGTCTCCTACACACAAAAATTCCAAGTCAGAGCAGCGGTAGCGGGGCTTTTACAGCACATTTA
GTAGGGGTGAAGCCGACACCGAACTTCAACCCAAACAGGCTTTCAACATGCAGGCATTGAAATTACAACAGACTGAGCAGAGATGTGAATGGGAAATTCCAGAAGATGCCCATTTCTCATCTCTCACAGAAGCTTTAAGCGTGCCTGTTTAGGAATCCACGGGAGGTTGAGCTGGTTATGGATATATGTAATTCTGCTAC
AGTGTTTGATGCTATTCTTGAGAATTATGAGATGGTATCTGTCAGAGCACAGGCTCTTCAAGAATCATGGAATAATCTGTGGATATCTCAAGAACTATTTTTAGTATCAGCTATTCCACTTATTGGTGCTTGCAAAGGCCTTGCTTCAGTATGCTGAAATTAATTCATCAATTGCAGAGGAATTGAGAATGGAAGGCATA
CATCAATTAGCAACAGAAAAACTATTCTTGGCAGAGTTGGAACAAGAACTTGTCAACAGAATCAACATTATTTGTAGCAAAGGAAGCATCCACAAGCTATGCCAAATGCCAGATTTCATCAAGTCTTTGACAAGGAAACTTGGATTGATTCAAAAGACATCCTCTGAGGCAACTACACAAAATCCTAGTAGCAATTCCTT
GAGCAAGGCTGTAGAACCTGATGAAGATGTTGACCCAATTACAGATGATGAAATGCATTGCAATCAGCAGAAGGTGGAGAAAGATTATGGCTCTACATGTGATACTCAAATTCAAGCTGGATATTCTGGAGATATGCGGACAACCTTTTCTGTAGGAGACTCCACACAGAATAACATGAAGCTAACGGTTCTGAATCACT
CTTCTTCTGCCTCAGACGAAAGACTGCCCATGGCTTTACAAAATGGACTGTTAAGTTCCCAGAAGATGCTTTCCCACAAAGACATACAGGTTGGGATTGGTGGAAAACATCTGCACTGTAAAAAAGAAAATGTCCAACATGTTCATGAATGATGCAGTGGCTTTGAAATTGCTCAGGACAAGGGATCTGCCAGCATGAAG
AATGTTGAAGAGTGTAGTGATTCACTCAATTTTAAAGAGGGAAAAAATATTTTATTCATGGAATCAATTGCAGTAGGTAGGATAGGAGCATTGTTATCATCCATAACATGATCAAGTTGATCAATTTGGTTGTGGTGCTCAAATTATCATCAGCTCTGGCTCAAAACTAAAGCAGTATTGTGACAGTCAAGTTTTAATGA
TCCAAGCTATTACTACTTAAGTCCGACCATTCTTTCTGTATTCAAATATGGCGAATTGCAGTAAACAACCATGCGGATCTTCTGGAAAAGGCAGCGTACCCTGCCTCCCCCTGCCCCCTGGGGATTGGATGATGCAGGGAATGCAGCTCTGGTGCATCATTGCTCTCTGCTTACCTGATCTCATCAATTTATAGTTAATA
TAGATAGTTTAGATAGTTTGCATTTTCTATTAAAATGATCTCCATATGACTTCATAAAAATAGTATCATGAAAATAACCCGTCTACAATTTTCCTCAATGTCTTAAGCTTTGATCCTTTCTCAACCAGTAAACGATAATAAAGTTCACTAAAGTCCAAACAAATGGGTATTTTGAGGATCAATATTCCTGTGAAGCTTGA
GCTTTTTTAAAGATGTAGAAATTACACGATTAAAGCCTTTAATGACATGAGTTAGATGGAAATTAAA

>TRINITY_DN121038_c0_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGGTGAACAGTCTCTTAGAATTTGTATTCACACATTATATTTAAGACCAACTCTTCGAGAGGTGTTAGAACGCTGAAGCCCAAGGATTTTGCACAGGTGGAACCCCAGGTTGTCTCGGCTTCAAAATCAGGCAGGGGCGTCTCCTACACACAAAAATTCCAAGTCAGAGCAGCGGTAGCGGGGCTTTTACAGCACATTTA
GTAGGGGTGAAGCCGACACCGAACTTCAACCCAAACAGGCTTTCAACATGCAGGCATTGAAATTACAACAGACTGAGCAGAGATGTGAATGGGAAATTCCAGAAGATGCCCATTTCTCATCTCTCACAGAAGCTTTAAGCGTGCCTGTAAATATTTTAGTCTCATGGTTTAGGAATCCACGGGAGGTTGAGCTGGTTATG
GATATATGTAATTCTGCTACAGTGTTTGATGCTATTCTTGAGAATTATGAGATGGTATCTGTCAGAGCACAGGCTCTTCAAGAATCATGGAATAATCTGTGGATATCTCAAGAACTATTTTTAGTATCAGCTATTCCACTTATTGgtgaacaaatgtcggggattaaccgtgtaagggcttgtttattgaagaaaatgga
tgctacaattgaacatttacagGTGCTTGCAAAGGCCTTGCTTCAGTATGCTGAAATTAATTCATCAATTGCAGAGGAATTGAGAATGGAAGGCATACATCAATTAGCAACAGAAAAACTATTCTTGGCAGAGTTGGAACAAGAACTTGTCAACAGAATCAACATTATTTGTAGCAAAGGAAGCATCCACAAGCTATGCC
AAATGCCAGATTTCATCAAGTCTTTGACAAGGAAACTTGGATTGATTCAAAAGACATCCTCTGAGGCAACTACACAAAATCCTAGTAGCAATTCCTTGAGCAAGGCTGTAGAACCTGATGAAGATGTTGACCCAATTACAGATGATGAAATGCATTGCAATCAGCAGAAGGTGGAGAAAGATTATGGCTCTACATGTGAT
ACTCAAATTCAAGCTGGATATTCTGGAGATATGCGGACAACCTTTTCTGTAGGAGACTCCACACAGAATAACATGAAGCTAACGGTTCTGAATCACTCTTCTTCTGCCTCAGACGAAAGACTGCCCATGGCTTTACAAAATGGACTGTTAAGTTCCCAGAAGATGCTTTCCCACAAAGACATACAGGTTGGGATTGGTGG
AAAACATCTGCACTGTAAAAAAGAAAATGTCCAACATGTTCATGAATGATGCAGTGGCTTTGAAATTGCTCAGGACAAGGGATCTGCCAGCATGAAGAATGTTGAAGAGTGTAGTGATTCACTCAATTTTAAAGAGGGAAAAAATATTTTATTCATGGAATCAATTGCAGTAGGTAGGATAGGAGCATTGTTATCATCCA
TAACATGATCAAGTTGATCAATTTGGTTGTGGTGCTCAAATTATCATCAGCTCTGGCTCAAAACTAAAGCAGTATTGTGACAGTCAAGTTTTAATGATCCAAGCTATTACTACTTAAGTCCGACCATTCTTTCTGTATTCAAATATGGCGAATTGCAGTAAACAACCATGCGGATCTTCTGGAAAAGGCAGCGTACCCTG
CCTCCCCCTGCCCCCTGGGGATTGGATGATGCAGGGAATGCAGCTCTGGTGCATCATTGCTCTCTGCTTACCTGATCTCATCAATTTATAGTTAATATAGATAGTTTAGATAGTTTGCATTTTCTATTAAAATGATCTCCATATGACTTCATAAAAATAGTATCATGAAAATAACCCGTCTACAATTTTCCTCAATGTCT
TAAGCTTTGATCCTTTCTCAACCAGTAAACGATAATAAAGTTCACTAAAGTCCAAACAAATGGGTATTTTGAGGATCAATATTCCTGTGAAGCTTGAGCTTTTTTAAAGATGTAGAAATTACACGATTAAAGCCTTTAATGACATGAGTTAGATGGAAATTAAA

Intron 2 GTGCTTGCAA ... AATTGCAGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	48.39	16	16	14
A2	64	9	12	20
A3	63.34	13.3	24	22
A4	62.86	13	20	24
A5	61.54	10	12	20
A6	67.86	9	20	18
A7	74.52	20	55	62
A8	65.08	20.7	34	43
A9	64.25	32	57	58
A10	70.24	22.7	46	61

>TRINITY_DN43693_c0_g3_i1 from sample A6 / Example spliced isoform

CTCACCCACACGTAATGGCGGGTGAACACTCTCTTAGAATTTGTATTCACACATTATATTTAAGACCAACTCTTCGAGAGGTGTTAGAACGCTGAAGCCCAAGGATTTTGCACAGGTGGAACCCCAGGTTGTCTCGGCTTCAAAATCAGGCAGGGGCGTCTCCTACACACAAAAATTCCAAGTCAGAGCAGCGGTAGCGG
GGCTTTTACAGCACATTTAGTAGGGGTGAAGCCGACACCGAACTTCAACCCAAACAGGCTTTCAACATGCAGGCATTGAAATTACAACAGACTGAGCAGAGATGTGAATGGGAAATTCCAGAAGATGCCCATTTCTCATCTCTCACAGAAGCTTTAAGCGTGCCTGTTTAGGAATCCACGGGAGGTTGAGCTGGTTATGG
ATATATGTAATTATGCTACAGTGTTTGATGCTATTCTTGAGAATTATGAGATGGTATCTGTCAGAGCACAGGTTCTTCAAGAATCATGGAATAATCTGTGGATATCTCGAGAACTATTTTTAGTATCAGCTATTCCACTTATTGGTGAACAAATGTCGGGGATTAACCGTGTAAGGGCTTGTTTATTGAAGAAAATGGAT
GCTACAATTGAACATTTACAGGAATTGAGAATGGAAGGCATACCTCAATTAGCAACAGAAAAACTATTCTTGGCAGAGTTGGAACAAGAACTTGTCAACAGAATCAACATTATTTGTAGCAAAGGAAGCATCCACAAGCTATGCCAAATGCCAGATTTCATCAAGTCTTTGACAAGGAAACTTGGATTGATTCAAAAGAC
ATCCTCTGAGGCAACTACACAAAATCCTAGTAGCAATTCCTTGAGCAAGGCTGTAGAACCTGATGAAGATGTTGACCCAATTACAGATGATGAAATGCATTGCAATCAGCAGAAGGTGGAGAAAGATTATGGCTCTACATGTGATACTCAAATTCAAGCTGGATATTCTGGAGATATGCGGACAACCTTTTCTGTAGGAG
ACTCCACACAGAATAACATGAAGCTAACGGTTCTGAATCACTCTTCTTCTGCCTCAGACGAAAGACTGCCCATGGCTTTACAAAATGGACTGTTAAGTTCCCAGAAGATGCTTTCCCACAAAGACATACAGGTTGGGATTGGTGGAAAACATCTGCACTGTAAAAAAGAAAATGTCCAACATGTTCATGAATGATGCAGT
GGCTTTGAAATTGCTCAGGACAAGGGATCTGCCAGCATGAAGAATGTTGAAGAGTGTAGTGATTCACTCAATTTTAAAGAGGGAAAAAATATTTTATTCATGGAATCAATTGCAGTAGGTAGGATAGGAGCATTGTTATCATCCATAACATGATCAAGTTGATCAATTTGGTTGTGGTGCTCAAATTATCATCAGCTCTG
GTTCAAAACTAAAGCAGTATTGTGACAGTCAAGTTTTAATGATCCAAGCTATTACTACTTAAGTCCGACCATTCTTTCTGTATTCAAATATGGCGAATTGCAGTAAACAACCAAGCGGATCTTCTGGAAAAGGCAGCGTACCCTGCCTCCCCCTGTCCCCTGGGGATTGGATGATGCAGGGAATGCAGCTCTGGTGCATC
ATTGCTCTCTGCTTACCTGATCTCATCAATTTATAGTTAATATAGATAGTTTAGATAGTTTGCATTTTCTATTACATGATCTCCATATGACTTCATAAAAATAGTATCATGAAAATAACCCGTCTACAATTTTCCTCAATGTCTTAAGCTTTGATCCTTTCTCAACCAGTAAACGATAATACAGTTCACTAAAGTCCAAA
CAAATGGGTATTTTGAGGATCAATATTCCTGTGAAGCTTGAGCTTTTTTAAATATGTACAAATTACGCGATTAAAGCCTTTAATGACATGAGTTAGATGGAAG

>TRINITY_DN43693_c0_g3_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GGATTCCAAAAATTTAATAATTGCTGGTGACGTCTCCTACACACAAAAAATTCCAAGTCAGAGCAGTGGTCGCGGGGCTTTTACAGCACATTTAGTAGGGGTGAAGCCGACACCGAACTTCAACCCAAACAGGTAAGGTTTAGGAATCCACGGGAGGTTGAGCTGGTTATGGATATATGTAATTATGCTACAGTGTTTGA
TGCTATTCTTGAGAATTATGAGATGGTATCTGTCAGAGCACAGGTTCTTCAAGAATCATGGAATAATCTGTGGATATCTCGAGAACTATTTTTAGTATCAGCTATTCCACTTATTGGTGAACAAATGTCGGGGATTAACCGTGTAAGGGCTTGTTTATTGAAGAAAATGGATGCCACAATTGAACATTTACAGgtgcttg
caaaggccttgcttcagtatgctgaaattaattcatcaattgcagagGAATTGAGAATGGAAGGCATACCTCAATTAGCAACAGAAAAACTATTCTTGGCAGAGTTGGAACAAGAACTTGTCAACAGAATCAACATTATTTGTAGCAAAGGAAGCATCCACAAGCTATGCCAAATGCCAGATTTCATCAAGTCTTTGACA
AGGAAACTTGGATTGATTCAAAAGACATCCTCTGAGGCAACTACACAAAATCCTAGTAGCAATTCCTTGAGCAAGGCTGTAGAACCTGATGAAGATGTTGACCCAATTACAGATGATGAAATGCATTGCAATCAGCAGAAGGTGGAGAAAGATTATGGCTCTACATGTGATACTCAAATTCAAGCTGGATATTCTGGAGA
TATGCGGACAACCTTTTCTGTAGGAGACTCCACACAGAATAACATGAAGCTAACGGTTCTGAATCACTCTTCTTCTGCCTCAGACGAAAGACTGCCCATGGCTTTACAAAATGGACTGTTAAGTTCCCAGAAGATGCTTTCCCACAAAGACATACAGGTTGGGATTGGTGGAAAACATCTGCACTGTAAAAAAGAAAATG
TCCAACATGTTCATGAATGATGCAGTGGCTTTGAAATTGCTCAGGACAAGGGATCTGCCAGCATGAAGAATGTTGAAGAGTGTAGTGATTCACTCAATTTTAAAGAGGGAAAAAATATTTTATTCATGGAATCAATTGCAGTAGGTAGGATAGGAGCATTGTTATCATCCATAACATGATCAAGTTGATCAATTTGGTTG
TGGTGCTCAAATTATCATCAGCTCTGGTTCAAAACTAAAGCAGTATTGTGACAGTCAAGTTTTAATGATCCAAGCTATTACTACTTAAGTCCGACCATTCTTTCTGTATTCAAATATGGCGAATTGCAGTAAACAACCAAGCGGATCTTCTGGAAAAGGCAGCGTACCCTGCCTCCCCCTGTCCCCTGGGGATTGGATGA
TGCAGGGAATGCAGCTCTGGTGCATCATTGCTCTCTGCTTACCTGATCTCATCAATTTATAGTTAATATAGATAGTTTAGATAGTTTGCATTTTCTATTACATGATCTCCATATGACTTCATAAAAATAGTATCATGAAAATAACCCGTCTACAATTTTCCTCAATGTCTTAAGCTTTGATCCTTTCTCAACCAGTAAAC
GATAATACAGTTCACTAAAGTCCAAACAAATGGGTATTTTGAGGATCAATATTCCTGTGAAGCTTGAGCTTTTTTAAATATGTACAAATTACGCGATTAAAGCCTTTAATGACATGAGTTAGATGGAAG

Intron 3 GTAATGGCGG ... TTTTGCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	55.56	12	0	15
A2	66.67	7	2	14
A3	59.71	10.1	2	15
A4	53.33	7	0	8
A5	61.54	5	1	8
A6	50	7	0	7
A7	53.97	29	8	34
A8	57.78	19	1	26
A9	55.77	23	1	29
A10	58	21	6	29

>TRINITY_DN111377_c0_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

GAGTAATGCAATGGTCAACCACTTGGCTCAAGCAAACTCTTTTTGTAGAATTCATCATAAGCGCTCACCCACACGTGGAACCCCAGGTTGTCTCGGCTTCAAAATCAGGCAGGGGCGTCTCCTACACACAAAAATTCCAAGTCAGAGCAGCGGTAGCGGGGCTTTTACAGCACATTTAGTAGGGGTGAAGCCGACACCGA
ACTTCAACCCAAACAGGTAAGGTTTAGGAATCCACGGGAGGTTGAGCTGGTTATGGATATATGTAATTCTGCTACAGTGTTTGATGCTATTCTTGAGAATTATGAGATGGTATCTGTCAGAGCACAGGTTCTTCAAGAATCATGGAATAATCTGTGGATATCTCGAGAACTATTTTTAGTATCAGCTATTCCACTTATTG
GTGAACAAATGTCGGGGATTAACCGTGTAAGGGCTTGTTTATTGAAGAAAATGGATGCCACAATTGAACATTTACAGGTGCTTGCAAAGGCCTTGCTTCAGTATGCTGAAATTAATTCATCAATTGCAGAGGAATTGAGAATGGAAGGCATACATCAATTAGCAACAGAAAAACTATTCTTGGCAGAGTTGGAACAAGAA
CTTGTCAACAGAATCAACATTATTTGTAGCAAAGGAAGCATCCACAAGCTATGCCAAATGCCAGATTTCATCAAGTCTTTGACAAGGAAACTTGGATTGATTCAAAAGACATCCTCTGAGGCAACTACACAAAATCCTAGTAGCAATTCCTTGAGCAAGGCTGTAGAACCTGATGAAGATGTTGACCCAATTACAGATGA
TGAAATGCATTGCAATCAGCAGAAGGTGGAGAAAGATTATGGCTCTACATGTGATACTCAAATTCAAGCTGGATATTCTGGAGATATGCGGACAACCTTTTCTGTAGGAGACTCCACACAGAATAACATGAAGCTAACGGTTCTGAATCACTCTTCTTCTGCCTCAGACGAAAGACTGCCCATGGCTTTACAAAATGGAC
TGTTAAGTTCCCAGAAGATGCTTTCCCACAAAGACATACAGGTTGGGATTGGTGGAAAACATCTGCACTGTAAAAAAGAAAATGTCCAACATGTTCATGAATGATGCAGTGGCTTTGAAATTGCTCAGGACAAGGGATCTGCCAGCATGAAGAATGTTGAAGAGTGTAGTGATTCACTCAATTTTAAAGAGGGAAAAAAT
ATTTTATTCATGGAATCAATTGCAGTAGGTAGGATAGGAGCATTGTTATCATCCATAACATGATCAAGTTGATCAATTTGGTTGTGGTGCTCAAATTATCATCAGCTCTGGTTCAAAACTAAAGCAGTATTGTGACAGTCAAGTTTTAATGATCCAAGCTATTACTACTTAAGTCCGACCATTCTTTCTGTATTCAAATA
TGGCGAATTGCAGTAAACAACCATGCGGATCTTCTGGAAAAGGCAGCGTACCCTGCCTCCCCCTGCCCCCTGGGGATTGGATGATGCAGGGAATGCATCTCTGGTGC

>TRINITY_DN111377_c0_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GAGTAATGCAATGGTCAACCACTTGGCTCAAGCAAACTCTTTTTGTAGAATTCATCATAAGCGCTCACCCACACgtaatggcgggtgaacactctcttagaatttgtattcacacattatatttaagaccaactcttcgagaggtgttagaacgctgaagcccaaggattttgcacagGTGGAACCCCAGGTTGTCTCGG
CTTCAAAATCAGGCAGGGGCGTCTCCTACACACAAAAATTCCAAGTCAGAGCAGCGGTAGCGGGGCTTTTACAGCACATTTAGTAGGGGTGAAGCCGACACCGAACTTCAACCCAAACAGGTAAGGTTTAGGAATCCACGGGAGGTTGAGCTGGTTATGGATATATGTAATTCTGCTACAGTGTTTGATGCTATTCTTGA
GAATTATGAGATGGTATCTGTCAGAGCACAGGTTCTTCAAGAATCATGGAATAATCTGTGGATATCTCGAGAACTATTTTTAGTATCAGCTATTCCACTTATTGGTGAACAAATGTCGGGGATTAACCGTGTAAGGGCTTGTTTATTGAAGAAAATGGATGCCACAATTGAACATTTACAGGTGCTTGCAAAGGCCTTGC
TTCAGTATGCTGAAATTAATTCATCAATTGCAGAGGAATTGAGAATGGAAGGCATACATCAATTAGCAACAGAAAAACTATTCTTGGCAGAGTTGGAACAAGAACTTGTCAACAGAATCAACATTATTTGTAGCAAAGGAAGCATCCACAAGCTATGCCAAATGCCAGATTTCATCAAGTCTTTGACAAGGAAACTTGGA
TTGATTCAAAAGACATCCTCTGAGGCAACTACACAAAATCCTAGTAGCAATTCCTTGAGCAAGGCTGTAGAACCTGATGAAGATGTTGACCCAATTACAGATGATGAAATGCATTGCAATCAGCAGAAGGTGGAGAAAGATTATGGCTCTACATGTGATACTCAAATTCAAGCTGGATATTCTGGAGATATGCGGACAAC
CTTTTCTGTAGGAGACTCCACACAGAATAACATGAAGCTAACGGTTCTGAATCACTCTTCTTCTGCCTCAGACGAAAGACTGCCCATGGCTTTACAAAATGGACTGTTAAGTTCCCAGAAGATGCTTTCCCACAAAGACATACAGGTTGGGATTGGTGGAAAACATCTGCACTGTAAAAAAGAAAATGTCCAACATGTTC
ATGAATGATGCAGTGGCTTTGAAATTGCTCAGGACAAGGGATCTGCCAGCATGAAGAATGTTGAAGAGTGTAGTGATTCACTCAATTTTAAAGAGGGAAAAAATATTTTATTCATGGAATCAATTGCAGTAGGTAGGATAGGAGCATTGTTATCATCCATAACATGATCAAGTTGATCAATTTGGTTGTGGTGCTCAAAT
TATCATCAGCTCTGGTTCAAAACTAAAGCAGTATTGTGACAGTCAAGTTTTAATGATCCAAGCTATTACTACTTAAGTCCGACCATTCTTTCTGTATTCAAATATGGCGAATTGCAGTAAACAACCATGCGGATCTTCTGGAAAAGGCAGCGTACCCTGCCTCCCCCTGCCCCCTGGGGATTGGATGATGCAGGGAATGC
ATCTCTGGTGC

Intron 4 GCTTTCAACA ... ACATTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	70.49	9	27	16
A2	75.61	5	19	12
A3	74.29	9	28	24
A4	70.49	9	23	20
A5	48.28	15	16	12
A6	65.96	8	11	20
A7	66.67	30	65	55
A8	64.71	18	32	34
A9	59.78	36	50	57
A10	61.54	30	50	46

>TRINITY_DN104369_c0_g1_i6 from sample A5 / Example spliced isoform

CACACGTAATGGCGGGTGAACACTCTCTTAGAATTTGTATTCACACATTATATTTAAGACCAACTCTTCGAGAGGTGTTAGAACGCTGAAGCCCAAGGATTTTGCACAGGTGGAACCCCAGGTTGTCTCGGCTTCAAAATCAGGCAGGGGCGTCTCCTACACACAAAAATTCCAAGTCAGAGCAGCGGTAGCGGGGCTTT
TACAGCACATTTAGTAGGGGTGAAGCCGACACCGAACTTCAACCCAAACAGGTGCTTGCAAAGGCCTTGCTTCAGTATGCTGAAATTAATTCATCAATTGCAGAGGAATTGAGAATGGAAGGCATACCTCAATTAGCAACAGAAAAACTATTCTTGGCAGAGTTGGAACAAGAACTTGTCAACAGAATCAACATTATTTG
TAGCAAAGGAAGCATCCACAAGCTATGCCAAATGCCAGATTTCATCAAGTCTTTGACAAGGAAACTTGGATTGATTCAAAAGACATCCTCTGAGGCAACTACACAAAATCCTAGTAGCAATTCCTTGAGCAAGGCTGTAGAACCTGATGAAGATGTTGACCCAATTACAGATGATGAAATGCATTGCAATCAGCAGAAGG
TGGAGAAAGATTATGGCTCTACATGTGATACTCAAATTCAAGCTGGATATTCTGGAGATATGCGGACAACCTTTTCTGTAGGAGACTCCACACAGAATAACATGAAGCTAACGGTTCTGAATCACTCTTCTTCTGCCTCAGACGAAAGACTGCCCATGGCTTTACAAAATGGACTGTTAAGTTCCCAGAAGATGCTTTCC
CACAAAGACATACAGGTTGGGATTGGTGGAAAACATCTGCACTGTAAAAAAGAAAATGTCCAACATGTTCATGAATGATGCAGTGGCTTTGAAATTGCTCAGGACAAGGGATCTGCCAGCATGAAGAATGTTGAAGAGTGTAGTGATTCACTCAATTTTAAAGAGGGAAAAAATATTTTATTCATGGAATCAATTGCAGT
AGGTAGGATAGGAGCATTGTTATCATCCATAACATGATCAAGTTGATCAATTTGGTTGTGGTGCTCAAATTATCATCAGCTCTGGTTCAAAACTAAAGCAGTATTGTGACAGTCAAGTTTTAATTATCCAAGCTATTACTACTTAAGTCCGACCATTCTTTCTGTATTCAAATATGGCGAATTGCAGTAAACAACCATGC
GGATCTTCTGGAAAAGGCAGCGTACCCTGCCTCCCCCTGCCCCC

>TRINITY_DN104369_c0_g1_i5 from sample A5 / Example unspliced isoform:

CACACGTAATGGCGGGTGAACACTCTCTTAGAATTTGTATTCACACATTATATTTAAGACCAACTCTTCGAGAGGTGTTAGAACGCTGAAGCCCAAGGATTTTGCACAGGTGGAACCCCAGGTTGTCTCGGCTTCAAAATCAGGCAGGGGCGTCTCCTACACACAAAAATTCCAAGTCAGAGCAGCGGTAGCGGGGCTTT
TACAGCACATTTAGTAGGGGTGAAGCCGACACCGAACTTCAACCCAAACAGgctttcaacatgcaggcattgaaattacaacagactgagcagagatgtgaatgggaaattccagaagatgcccatttctcatctctcacagaagctttaagcgtgcctgtaaatattttagtctcatggtttaggaatccacgggaggt
tgagctggttatggatatatgtaattctgctacagtgtttgatgctattcttgagaattatgagatggtatctgtcagagcacaggttcttcaagaatcatggaataatctgtggatatctcgagaactatttttagtatcagctattccacttattggtgaacaaatgtcggggattaaccgtgtaagggcttgtttat
tgaagaaaatggatgctacaattgaacatttacagGTGCTTGCAAAGGCCTTGCTTCAGTATGCTGAAATTAATTCATCAATTGCAGAGGAATTGAGAATGGAAGGCATACCTCAATTAGCAACAGAAAAACTATTCTTGGCAGAGTTGGAACAAGAACTTGTCAACAGAATCAACATTATTTGTAGCAAAGGAAGCATC
CACAAGCTATGCCAAATGCCAGATTTCATCAAGTCTTTGACAAGGAAACTTGGATTGATTCAAAAGACATCCTCTGAGGCAACTACACAAAATCCTAGTAGCAATTCCTTGAGCAAGGCTGTAGAACCTGATGAAGATGTTGACCCAATTACAGATGATGAAATGCATTGCAATCAGCAGAAGGTGGAGAAAGATTATGG
CTCTACATGTGATACTCAAATTCAAGCTGGATATTCTGGAGATATGCGGACAACCTTTTCTGTAGGAGACTCCACACAGAATAACATGAAGCTAACGGTTCTGAATCACTCTTCTTCTGCCTCAGACGAAAGACTGCCCATGGCTTTACAAAATGGACTGTTAAGTTCCCAGAAGATGCTTTCCCACAAAGACATACAGG
TTGGGATTGGTGGAAAACATCTGCACTGTAAAAAAGAAAATGTCCAACATGTTCATGAATGATGCAGTGGCTTTGAAATTGCTCAGGACAAGGGATCTGCCAGCATGAAGAATGTTGAAGAGTGTAGTGATTCACTCAATTTTAAAGAGGGAAAAAATATTTTATTCATGGAATCAATTGCAGTAGGTAGGATAGGAGCA
TTGTTATCATCCATAACATGATCAAGTTGATCAATTTGGTTGTGGTGCTCAAATTATCATCAGCTCTGGTTCAAAACTAAAGCAGTATTGTGACAGTCAAGTTTTAATTATCCAAGCTATTACTACTTAAGTCCGACCATTCTTTCTGTATTCAAATATGGCGAATTGCAGTAAACAACCATGCGGATCTTCTGGAAAAG
GCAGCGTACCCTGCCTCCCCCTGCCCCC

Intron 5 GTTTAGGAAT ... ACATTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	70	9	26	16
A2	75	5	18	12
A3	68.97	9	16	24
A4	68.97	9	20	20
A5	50	15	18	12
A6	64.44	8	9	20
A7	64.29	30	53	55
A8	62.89	18	27	34
A9	61.5	36	58	57
A10	63.19	30	57	46

>TRINITY_DN104369_c0_g1_i6 from sample A5 / Example spliced isoform

CACACGTAATGGCGGGTGAACACTCTCTTAGAATTTGTATTCACACATTATATTTAAGACCAACTCTTCGAGAGGTGTTAGAACGCTGAAGCCCAAGGATTTTGCACAGGTGGAACCCCAGGTTGTCTCGGCTTCAAAATCAGGCAGGGGCGTCTCCTACACACAAAAATTCCAAGTCAGAGCAGCGGTAGCGGGGCTTT
TACAGCACATTTAGTAGGGGTGAAGCCGACACCGAACTTCAACCCAAACAGGTGCTTGCAAAGGCCTTGCTTCAGTATGCTGAAATTAATTCATCAATTGCAGAGGAATTGAGAATGGAAGGCATACCTCAATTAGCAACAGAAAAACTATTCTTGGCAGAGTTGGAACAAGAACTTGTCAACAGAATCAACATTATTTG
TAGCAAAGGAAGCATCCACAAGCTATGCCAAATGCCAGATTTCATCAAGTCTTTGACAAGGAAACTTGGATTGATTCAAAAGACATCCTCTGAGGCAACTACACAAAATCCTAGTAGCAATTCCTTGAGCAAGGCTGTAGAACCTGATGAAGATGTTGACCCAATTACAGATGATGAAATGCATTGCAATCAGCAGAAGG
TGGAGAAAGATTATGGCTCTACATGTGATACTCAAATTCAAGCTGGATATTCTGGAGATATGCGGACAACCTTTTCTGTAGGAGACTCCACACAGAATAACATGAAGCTAACGGTTCTGAATCACTCTTCTTCTGCCTCAGACGAAAGACTGCCCATGGCTTTACAAAATGGACTGTTAAGTTCCCAGAAGATGCTTTCC
CACAAAGACATACAGGTTGGGATTGGTGGAAAACATCTGCACTGTAAAAAAGAAAATGTCCAACATGTTCATGAATGATGCAGTGGCTTTGAAATTGCTCAGGACAAGGGATCTGCCAGCATGAAGAATGTTGAAGAGTGTAGTGATTCACTCAATTTTAAAGAGGGAAAAAATATTTTATTCATGGAATCAATTGCAGT
AGGTAGGATAGGAGCATTGTTATCATCCATAACATGATCAAGTTGATCAATTTGGTTGTGGTGCTCAAATTATCATCAGCTCTGGTTCAAAACTAAAGCAGTATTGTGACAGTCAAGTTTTAATTATCCAAGCTATTACTACTTAAGTCCGACCATTCTTTCTGTATTCAAATATGGCGAATTGCAGTAAACAACCATGC
GGATCTTCTGGAAAAGGCAGCGTACCCTGCCTCCCCCTGCCCCC

>TRINITY_DN104369_c0_g1_i2 from sample A5 / Example unspliced isoform:

CACACGTAATGGCGGGTGAACACTCTCTTAGAATTTGTATTCACACATTATATTTAAGACCAACTCTTCGAGAGGTGTTAGAACGCTGAAGCCCAAGGATTTTGCACAGGTGGAACCCCAGGTTGTCTCGGCTTCAAAATCAGGCAGGGGCGTCTCCTACACACAAAAATTCCAAGTCAGAGCAGCGGTAGCGGGGCTTT
TACAGCACATTTAGTAGGGGTGAAGCCGACACCGAACTTCAACCCAAACAGgtttaggaatccacgggaggttgagctggttatggatatatgtaattctgctacagtgtttgatgctattcttgagaattatgagatggtatctgtcagagcacaggttcttcaagaatcatggaataatctgtggatatctcgagaac
tatttttagtatcagctattccacttattggtgaacaaatgtcggggattaaccgtgtaagggcttgtttattgaagaaaatggatgctacaattgaacatttacagGTGCTTGCAAAGGCCTTGCTTCAGTATGCTGAAATTAATTCATCAATTGCAGAGGAATTGAGAATGGAAGGCATACCTCAATTAGCAACAGAA
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