sp|Q9SZ96|URGT5_ARATH ----> UDP-rhamnose/UDP-galactose transporter 5

Intron 1 GTAAGTTGGG ... GGTTGTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.7	28	8	1.5
A2	27.13	25	10.5	5.3
A3	20.59	30	10.5	3.3
A4	12.86	26	4.5	6.8
A5	19.74	19	5.5	0.8
A6	13.97	98	19	13.5
A7	14.16	43	8.5	5.3
A8	13.71	45	8.5	8.3
A9	10.94	75	10.5	13.5
A10	17.86	18	5	2.3

>TRINITY_DN91262_c0_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoform

TGAGAAACTAACTTAGCTTGGCATTTTACTTGTTTTTTTAAAGTTATATATAGAGAAAAGGTGAAAAATTCCATGAGGATCATATAGGCCCAGGATAGCCATCTCCTCTTTCCATTCCCGTCCCTCGCACTGTCTAGGAGAGCCCAACGAACGATCCTCCTGCCTTCCAGGGGCGTTTACAGGGCGTAGAGGGACCTATT
ACCCCCTTGTTGCTCAATTCTATATTTCCGAGGAGCATCAGGCGAGTTGGGTCTCTGGTTTTGGGAGATTGCTGATGTGGGTCTCTCTTTGTTTTGTACATTAATCTCTTCGCTCGTTGGTACGGTGAAGATCTACGGCACTTGAGGTCATTTTTATTGATTTTTTGTACACCATAGGGCTTTTGGGCACTTTGAGTTTT
GGGGATTTAAGATCCAGATCTGATTGCGTGAATTGATGGGCTGGAAGTGATTGGATCTGTGTGTAATTTTAGAGGTTTCGTAGGCATGGCACCTGCAAGCAAGGCGGACAGGAAGAGGTCCCTTGATGTGGCAGCATGGATGTTCAATGTCAGCACATCTGTTGGGATTATTATGGTTAACAAAGGCCTCATGGTTAGAT
ATGGCTTTACTTTTGCTACAACATTAACAGGCTTGCATTTTGCCATGACGACACTCATGACAATTATTCTTCGTTGGATGGGTTATATCCAGCCTTCGCATTTACCGTTCTCCGAGCTGGCGAAATTTGTAATCTGTGCCAATTTCTCCATTGTTGGCATGAATGTCAGTCTCATGTGGAATTCTGTTGGTTTTTACCAG
ATAGCAAAGTTGAGCATGATACCTGTATCTTGCTTTTTCGAAGTCCTCTTTGACAAGATTCGTTATTCAAGAGATACCAAGTTAAGTATATTAGTAGTGCTAGTTGGTGTAGCAATATGTACTGTCACAGATGTCAGTGTCAATACCAAAGGCTTTGTAGCTGCTGCGATTGCAGTATGGAGCACTTCTATGCAACAATA
TTATGTGCACTACCTGCAGAAGAAATACTCGCTGGGTTCTTTTGATCTTCTTGGACATACTGCGCCATTACAAGCAGCTACGTTGCTCATTTTAGGGCCTTTTCTTGACTACTGGCTTGCAGAAAAAAGAGTTGATCATTATGATTATAGCGTAGCTTCTGTGCTCTTGATTACAGTCTCATGCCTGATTGCAGTCGGAA
CCAATCTTAGCCAGTTCATTTGCATTGGTCGGTTCACAGCAGTCTCATTTCAAGTTCTTGGTCATATGAAGACTATCTTTGTCCTTATATTGGGATTCATCTTTTTTGGCAAAGAAGGGTTAAATTCACAGGTAGTCTTGGGAATGTTCCTAGCTGTGCTTGGGATGATTTGGTATGGTAATGCATCCTCAAAGCCCGGT
GGTAAAGAACGGCGGATGTATCCAATTTCTAGTGAAAGGAACCTGAAAATCGGCGGATCAGAAGATGGAGTTCTTGACAAAGTTTAGCAGATTAGAATATGCTACTGCTTAGGTAGATTCTATACCTGACAACTAAGGTTCGCCCAATGATACACATTACTTGTGGACTTCATTTGGGCTGCATTTATTATTGTCATAGA
TGTTTGTCATGATTGGCATTAAATTTTAAGAGATTGTTGAGGAGAATGTGCCACAAATTTATTGGAAGAGCATGCTCTGCAATTTGTATACGGCTTCTACCCTTTGCAAGGTAGAGAAAGTACAACATAAAATTTTTAATTGGTCAGTCTTGCAGTTTTCTTTCATCCAAGCAAGACTTCTACATTATCGTCTTTTGCAT
GAACAACTCTCATTATTTTTTGTACGCTTG

>TRINITY_DN91262_c0_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TGAGAAACTAACTTAGCTTGGCATTTTACTTGTTTTTTTAAAGTTATATATAGAGAAAAGGTGAAAAATTCCATGAGGATCATATAGGCCCAGGATAGCCATCTCCTCTTTCCATTCCCGTCCCTCGCACTGTCTAGGAGAGCCCAACGAACGATCCTCCTGCCTTCCAGGGGCGTTTACAGGGCGTAGAGGGACCTATT
ACCCCCTTGTTGCTCAATTCTATATTTCCGAGGAGCATCAGGCGAGTTGGGTCTCTGGTTTTGGGAGATTGCTGATGTGGGTCTCTCTTTGTTTTGTACATTAATCTCTTCGCTCGTTGGTACGGTGAAGATCTACGGCACTTGAGGTCATTTTTATTGATTTTTTGTACACCATAGGGCTTTTGGGCACTTTGAGTTTT
GGGGATTTAAGATCCAGATCTGATTGCGTGAATTGATGGGCTGGAAGTGATTGGATCTGTGTGTAATTTTAGAGGTTTCGTAGGCATGGCACCTGCAAGCAAGGCGGACAGGAAGAGGTCCCTTGATGTGGCAGCATGGATGTTCAATGTCAGCACATCTGTTGGGATTATTATGGTTAACAAAGGCCTCATGGTTAGAT
ATGGCTTTACTTTTGCTACAACATTAACAGGCTTGCATTTTGCCATGACGACACTCATGACAATTATTCTTCGTTGGATGGGTTATATCCAGCCTTCGCATTTACCGTTCTCCGAGCTGGCGAAATTTGTAATCTGTGCCAATTTCTCCATTGTTGGCATGAATGTCAGTCTCATGTGGAATTCTGTTGGTTTTTACCAG
ATAGCAAAGTTGAGCATGATACCTGTATCTTGCTTTTTCGAAGTCCTCTTTGACAAGATTCGTTATTCAAGAGATACCAAGTTAAGTATATTAGTAGTGCTAGTTGGTGTAGCAATATGTACTGTCACAGATGTCAGTGTCAATACCAAAGGCTTTGTAGCTGCTGCGATTGCAGTATGGAGCACTTCTATGCAACAATA
TTATGTGCACTACCTGCAGAAGAAATACTCGCTGGGTTCTTTTGATCTTCTTGGACATACTGCGCCATTACAAGCAGCTACGTTGCTCATTTTAGGGCCTTTTCTTGACTACTGGCTTGCAGAAAAAAGAGTTGATCATTATGATTATAGCGTAGCTTCTGTGgtaagttgggaaggacatcattcctagtttattttct
gtatgtcatattttttatatttgttacataagctaaatcacaggcttaaaacttgggcacatgatatatcctccaccattaggttgatgaaaattctgcaagctaatcctatgtgtgatggttgtacagCTCTTGATTACAGTCTCATGCCTGATTGCAGTCGGAACCAATCTTAGCCAGTTCATTTGCATTGGTCGGTT
CACAGCAGTCTCATTTCAAGTTCTTGGTCATATGAAGACTATCTTTGTCCTTATATTGGGATTCATCTTTTTTGGCAAAGAAGGGTTAAATTCACAGGTAGTCTTGGGAATGTTCCTAGCTGTGCTTGGGATGATTTGGTATGGTAATGCATCCTCAAAGCCCGGTGGTAAAGAACGGCGGATGTATCCAATTTCTAGTG
AAAGGAACCTGAAAATCGGCGGATCAGAAGATGGAGTTCTTGACAAAGTTTAGCAGATTAGAATATGCTACTGCTTAGGTAGATTCTATACCTGACAACTAAGGTTCGCCCAATGATACACATTACTTGTGGACTTCATTTGGGCTGCATTTATTATTGTCATAGATGTTTGTCATGATTGGCATTAAATTTTAAGAGAT
TGTTGAGGAGAATGTGCCACAAATTTATTGGAAGAGCATGCTCTGCAATTTGTATACGGCTTCTACCCTTTGCAAGGTAGAGAAAGTACAACATAAAATTTTTAATTGGTCAGTCTTGCAGTTTTCTTTCATCCAAGCAAGACTTCTACATTATCGTCTTTTGCATGAACAACTCTCATTATTTTTTGTACGCTTG

Intron 2 GTCATTTTTA ... GTAATTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	75	9	17	37
A2	68.24	27	62	54
A3	68.79	22	49	48
A4	80.49	12	48	51
A5	57.14	42	40	72
A6	64.52	44	66	94
A7	62.24	27	36	53
A8	59.52	17	20	30
A9	61.81	38	51	72
A10	58.27	29	42	39

>TRINITY_DN36473_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

CCATGAGGATCATATAGGCCCAGGATAGCCATCTCCTCTTTCCATTCCCGTCCCTCGCACTGTCTAGGAGAGCCCAACGAACGATCCTCCTGCCTTCCAGGGGCGTTTACAGGGCGTAGAGGGACCTATTACCCCCTTGTTGCTCAATTCTATATTTCCGAGGAGCATCAGGCGAGTTGGGTCTCTGGTTTTGGGAGATT
GCTGATGTGGGTCTCTCTTTGTTTTGTACATTAATCTCTTCGCTCGTTGGTACGGTGAAGATCTACGGCACTTGAGAGGTTTCGTAGGCATGGCACCTGCAAGCAAGGCGGACAGGAAGAGGTCCCTTGATGTGGCAGCATGGATGTTCAATGTCAGCACATCTGTTGGGATTATTATGGTTAACAAAGGCCTCATGGTT
AGATATGGCTTTACTTTTGCTACAACATTAACAGGCTTGCATTTTGCCATGACGACACTCATGACAATTATTCTTCGTTGGATGGGTTATATCCAGCCTTCGCATTTACCGTTCTCCGAGCTGGCGAAATTTGTAATCTGTGCCAATTTCTCCATTGTTGGCATGAATGTCAGTCTCATGTGGAATTCTGTTGGTTTTTA
CCAGATAGCAAAGTTGAGCATGATACCTGTATCTTGCTTTTTCGAAGTCCTCTTTGACAAGATTCGTTATTCAAGAGATACCAAGTTAAGTATATTAGTAGTGCTAGTTGGTGTAGCAATATGTACTGTCACAGATGTCAGTGTCAATACCAAAGGCTTTGTAGCTGCTGCGATTGCAGTATGGAGCACTTCTATGCAAC
AATATTATGTGCACTACCTGCAGAAGAAATACTCGCTGGGTTCTTTTGATCTTCTTGGACATACTGCGCCATTACAAGCAGCTACGTTGCTCATTTTAGGGCCTTTTCTTGACTACTGGCTTGCAGAAAAAAGAGTTGATCATTATGATTATAGCGTAGCTTCTGTGCTCTTGATTACAGTCTCATGCCTGATTGCAGTC
GGAACCAATCTTAGCCAGTTCATTTGCATTGGTCGGTTCACAGCAGTCTCATTTCAAGTTCTTGGTCATATGAAGACTATCTTTGTCCTTATATTGGGATTCATCTTTTTTGGCAAAGAAGGGTTAAATTCACAGGTAGTCTTGGGAATGTTCCTAGCTGTGCTTGGGATGATTTGGTATGGTAATGCATCCTCAAAGCC
CGGTGGTAAAGAACGGCGGATGTATCCAATTTCTAGTGAAAGGAACCTGAAAATCGGCGGATCAGAAGATGGAGTTCTTGACAAAGTTTAGCAGATTAGAATATGCTACTGCTTAGGTAGATTCTATACCTGACAACTAAGGTTCGCCCAATGATACACATTACTTGTGGACTTCATTTGGGCTGCATTTATTATTGTCA
TAGATGTTTGTCATGATTGGCATTAAATTTTAAGAGATTGTTGAGGAGAATGTGCCACAAATTTATTGGAAGAGCATGCTCTGCAATTTGTATACGGCTTCTACCCTTTGCAAGGTAGAGAAAGTACAACATAAAATTTTTAATTGGTCAGTCTTGCAGTTTTCTTTCATCCAAGCAAGACTTCTACATTATCGTCTTTT
GCATGAACAACTCTCATTATTTTTTGTACGCTTGTCACTTCTCAGTTAAAAATTAAAATTAGAGATTTGAGTCTCTTTTATCAGAATTCCAGGAAAGTGTATGCATATTGGTTTCTTTCTTGTTCTGACATAATATGTGCTTGCCAATTCATTCTCTGC

>TRINITY_DN36473_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CCATGAGGATCATATAGGCCCAGGATAGCCATCTCCTCTTTCCATTCCCGTCCCTCGCACTGTCTAGGAGAGCCCAACGAACGATCCTCCTGCCTTCCAGGGGCGTTTACAGGGCGTAGAGGGACCTATTACCCCCTTGTTGCTCAATTCTATATTTCCGAGGAGCATCAGGCGAGTTGGGTCTCTGGTTTTGGGAGATT
GCTGATGTGGGTCTCTCTTTGTTTTGTACATTAATCTCTTCGCTCGTTGGTACGGTGAAGATCTACGGCACTTGAGgtcatttttattgattttttgtacaccatagggcttttgggcactttgagttttggggatttaagatccagatctgattgcgtgaattgatgggctggaagtgattggatctgtgtgtaatttt
agAGGTTTCGTAGGCATGGCACCTGCAAGCAAGGCGGACAGGAAGAGGTCCCTTGATGTGGCAGCATGGATGTTCAATGTCAGCACATCTGTTGGGATTATTATGGTTAACAAAGGCCTCATGGTTAGATATGGCTTTACTTTTGCTACAACATTAACAGGCTTGCATTTTGCCATGACGACACTCATGACAATTATTCT
TCGTTGGATGGGTTATATCCAGCCTTCGCATTTACCGTTCTCCGAGCTGGCGAAATTTGTAATCTGTGCCAATTTCTCCATTGTTGGCATGAATGTCAGTCTCATGTGGAATTCTGTTGGTTTTTACCAGATAGCAAAGTTGAGCATGATACCTGTATCTTGCTTTTTCGAAGTCCTCTTTGACAAGATTCGTTATTCAA
GAGATACCAAGTTAAGTATATTAGTAGTGCTAGTTGGTGTAGCAATATGTACTGTCACAGATGTCAGTGTCAATACCAAAGGCTTTGTAGCTGCTGCGATTGCAGTATGGAGCACTTCTATGCAACAATATTATGTGCACTACCTGCAGAAGAAATACTCGCTGGGTTCTTTTGATCTTCTTGGACATACTGCGCCATTA
CAAGCAGCTACGTTGCTCATTTTAGGGCCTTTTCTTGACTACTGGCTTGCAGAAAAAAGAGTTGATCATTATGATTATAGCGTAGCTTCTGTGCTCTTGATTACAGTCTCATGCCTGATTGCAGTCGGAACCAATCTTAGCCAGTTCATTTGCATTGGTCGGTTCACAGCAGTCTCATTTCAAGTTCTTGGTCATATGAA
GACTATCTTTGTCCTTATATTGGGATTCATCTTTTTTGGCAAAGAAGGGTTAAATTCACAGGTAGTCTTGGGAATGTTCCTAGCTGTGCTTGGGATGATTTGGTATGGTAATGCATCCTCAAAGCCCGGTGGTAAAGAACGGCGGATGTATCCAATTTCTAGTGAAAGGAACCTGAAAATCGGCGGATCAGAAGATGGAG
TTCTTGACAAAGTTTAGCAGATTAGAATATGCTACTGCTTAGGTAGATTCTATACCTGACAACTAAGGTTCGCCCAATGATACACATTACTTGTGGACTTCATTTGGGCTGCATTTATTATTGTCATAGATGTTTGTCATGATTGGCATTAAATTTTAAGAGATTGTTGAGGAGAATGTGCCACAAATTTATTGGAAGAG
CATGCTCTGCAATTTGTATACGGCTTCTACCCTTTGCAAGGTAGAGAAAGTACAACATAAAATTTTTAATTGGTCAGTCTTGCAGTTTTCTTTCATCCAAGCAAGACTTCTACATTATCGTCTTTTGCATGAACAACTCTCATTATTTTTTGTACGCTTGTCACTTCTCAGTTAAAAATTAAAATTAGAGATTTGAGTCT
CTTTTATCAGAATTCCAGGAAAGTGTATGCATATTGGTTTCTTTCTTGTTCTGACATAATATGTGCTTGCCAATTCATTCTCTGC

Intron 3 GTAAGTTGGG ... CTGATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	40.43	14	13	6
A2	47.17	14	17	8
A3	36.59	26	21	9
A4	42.86	14	9	12
A5	44	7	10	1
A6	35.56	77	38	47
A7	37.08	28	17	16
A8	39.62	32	17	25
A9	35.8	52	21	37
A10	32.35	23	10	12

>TRINITY_DN91262_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

TGAGAAACTAACTTAGCTTGGCATTTTACTTGTTTTTTTAAAGTTATATATAGAGAAAAGGTGAAAAATTCCATGAGGATCATATAGGCCCAGGATAGCCATCTCCTCTTTCCATTCCCGTCCCTCGCACTGTCTAGGAGAGCCCAACGAACGATCCTCCTGCCTTCCAGGGGCGTTTACAGGGCGTAGAGGGACCTATT
ACCCCCTTGTTGCTCAATTCTATATTTCCGAGGAGCATCAGGCGAGTTGGGTCTCTGGTTTTGGGAGATTGCTGATGTGGGTCTCTCTTTGTTTTGTACATTAATCTCTTCGCTCGTTGGTACGGTGAAGATCTACGGCACTTGAGGTCATTTTTATTGATTTTTTGTACACCATAGGGCTTTTGGGCACTTTGAGTTTT
GGGGATTTAAGATCCAGATCTGATTGCGTGAATTGATGGGCTGGAAGTGATTGGATCTGTGTGTAATTTTAGAGGTTTCGTAGGCATGGCACCTGCAAGCAAGGCGGACAGGAAGAGGTCCCTTGATGTGGCAGCATGGATGTTCAATGTCAGCACATCTGTTGGGATTATTATGGTTAACAAAGGCCTCATGGTTAGAT
ATGGCTTTACTTTTGCTACAACATTAACAGGCTTGCATTTTGCCATGACGACACTCATGACAATTATTCTTCGTTGGATGGGTTATATCCAGCCTTCGCATTTACCGTTCTCCGAGCTGGCGAAATTTGTAATCTGTGCCAATTTCTCCATTGTTGGCATGAATGTCAGTCTCATGTGGAATTCTGTTGGTTTTTACCAG
ATAGCAAAGTTGAGCATGATACCTGTATCTTGCTTTTTCGAAGTCCTCTTTGACAAGATTCGTTATTCAAGAGATACCAAGTTAAGTATATTAGTAGTGCTAGTTGGTGTAGCAATATGTACTGTCACAGATGTCAGTGTCAATACCAAAGGCTTTGTAGCTGCTGCGATTGCAGTATGGAGCACTTCTATGCAACAATA
TTATGTGCACTACCTGCAGAAGAAATACTCGCTGGGTTCTTTTGATCTTCTTGGACATACTGCGCCATTACAAGCAGCTACGTTGCTCATTTTAGGGCCTTTTCTTGACTACTGGCTTGCAGAAAAAAGAGTTGATCATTATGATTATAGCGTAGCTTCTGTGTCGGAACCAATCTTAGCCAGTTCATTTGCATTGGTCG
GTTCACAGCAGTCTCATTTCAAGTTCTTGGTCATATGAAGACTATCTTTGTCCTTATATTGGGATTCATCTTTTTTGGCAAAGAAGGGTTAAATTCACAGGTAGTCTTGGGAATGTTCCTAGCTGTGCTTGGGATGATTTGGTATGGTAATGCATCCTCAAAGCCCGGTGGTAAAGAACGGCGGATGTATCCAATTTCTA
GTGAAAGGAACCTGAAAATCGGCGGATCAGAAGATGGAGTTCTTGACAAAGTTTAGCAGATTAGAATATGCTACTGCTTAGGTAGATTCTATACCTGACAACTAAGGTTCGCCCAATGATACACATTACTTGTGGACTTCATTTGGGCTGCATTTATTATTGTCATAGATGTTTGTCATGATTGGCATTAAATTTTAAGA
GATTGTTGAGGAGAATGTGCCACAAATTTATTGGAAGAGCATGCTCTGCAATTTGTATACGGCTTCTACCCTTTGCAAGGTAGAGAAAGTACAACATAAAATTTTTAATTGGTCAGTCTTGCAGTTTTCTTTCATCCAAGCAAGACTTCTACATTATCGTCTTTTGCATGAACAACTCTCATTATTTTTTGTACGCTTG

>TRINITY_DN91262_c0_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TGAGAAACTAACTTAGCTTGGCATTTTACTTGTTTTTTTAAAGTTATATATAGAGAAAAGGTGAAAAATTCCATGAGGATCATATAGGCCCAGGATAGCCATCTCCTCTTTCCATTCCCGTCCCTCGCACTGTCTAGGAGAGCCCAACGAACGATCCTCCTGCCTTCCAGGGGCGTTTACAGGGCGTAGAGGGACCTATT
ACCCCCTTGTTGCTCAATTCTATATTTCCGAGGAGCATCAGGCGAGTTGGGTCTCTGGTTTTGGGAGATTGCTGATGTGGGTCTCTCTTTGTTTTGTACATTAATCTCTTCGCTCGTTGGTACGGTGAAGATCTACGGCACTTGAGGTCATTTTTATTGATTTTTTGTACACCATAGGGCTTTTGGGCACTTTGAGTTTT
GGGGATTTAAGATCCAGATCTGATTGCGTGAATTGATGGGCTGGAAGTGATTGGATCTGTGTGTAATTTTAGAGGTTTCGTAGGCATGGCACCTGCAAGCAAGGCGGACAGGAAGAGGTCCCTTGATGTGGCAGCATGGATGTTCAATGTCAGCACATCTGTTGGGATTATTATGGTTAACAAAGGCCTCATGGTTAGAT
ATGGCTTTACTTTTGCTACAACATTAACAGGCTTGCATTTTGCCATGACGACACTCATGACAATTATTCTTCGTTGGATGGGTTATATCCAGCCTTCGCATTTACCGTTCTCCGAGCTGGCGAAATTTGTAATCTGTGCCAATTTCTCCATTGTTGGCATGAATGTCAGTCTCATGTGGAATTCTGTTGGTTTTTACCAG
ATAGCAAAGTTGAGCATGATACCTGTATCTTGCTTTTTCGAAGTCCTCTTTGACAAGATTCGTTATTCAAGAGATACCAAGTTAAGTATATTAGTAGTGCTAGTTGGTGTAGCAATATGTACTGTCACAGATGTCAGTGTCAATACCAAAGGCTTTGTAGCTGCTGCGATTGCAGTATGGAGCACTTCTATGCAACAATA
TTATGTGCACTACCTGCAGAAGAAATACTCGCTGGGTTCTTTTGATCTTCTTGGACATACTGCGCCATTACAAGCAGCTACGTTGCTCATTTTAGGGCCTTTTCTTGACTACTGGCTTGCAGAAAAAAGAGTTGATCATTATGATTATAGCGTAGCTTCTGTGgtaagttgggaaggacatcattcctagtttattttct
gtatgtcatattttttatatttgttacataagctaaatcacaggcttaaaacttgggcacatgatatatcctccaccattaggttgatgaaaattctgcaagctaatcctatgtgtgatggttgtacagctcttgattacagtctcatgcctgattgcagTCGGAACCAATCTTAGCCAGTTCATTTGCATTGGTCGGTT
CACAGCAGTCTCATTTCAAGTTCTTGGTCATATGAAGACTATCTTTGTCCTTATATTGGGATTCATCTTTTTTGGCAAAGAAGGGTTAAATTCACAGGTAGTCTTGGGAATGTTCCTAGCTGTGCTTGGGATGATTTGGTATGGTAATGCATCCTCAAAGCCCGGTGGTAAAGAACGGCGGATGTATCCAATTTCTAGTG
AAAGGAACCTGAAAATCGGCGGATCAGAAGATGGAGTTCTTGACAAAGTTTAGCAGATTAGAATATGCTACTGCTTAGGTAGATTCTATACCTGACAACTAAGGTTCGCCCAATGATACACATTACTTGTGGACTTCATTTGGGCTGCATTTATTATTGTCATAGATGTTTGTCATGATTGGCATTAAATTTTAAGAGAT
TGTTGAGGAGAATGTGCCACAAATTTATTGGAAGAGCATGCTCTGCAATTTGTATACGGCTTCTACCCTTTGCAAGGTAGAGAAAGTACAACATAAAATTTTTAATTGGTCAGTCTTGCAGTTTTCTTTCATCCAAGCAAGACTTCTACATTATCGTCTTTTGCATGAACAACTCTCATTATTTTTTGTACGCTTG

Intron 4 GTCAGTTTCT ... TCCTATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	15.6	46	7	10
A2	16.42	56	14	8
A3	15.32	47	7	10
A4	13.37	81	15	10
A5	23.31	51	20	11
A6	14.7	119	30	11
A7	17.71	79	24	10
A8	16.33	41	15	1
A9	15.56	95	22	13
A10	18.42	62	22	6

>TRINITY_DN106632_c0_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

ATCATATAGGCCCAGGATAGCCATCTCCTCTTTCCATTCCCGTCCCTCGCACTGTCTAGGAGAGCCCAACGAACGATCCTCCTGCCTTCCAGGGGCGTTTACAGGGCGTAGAGGGACCTATTACCCCCTTGTTGCTCAATTCTATATTTCCGAGGAGCATCAGGCGAGTTGGGTCTCTGGTTTTGGGAGATTGCTGATGT
GGGTCTCTCTTTGTTTTGTACATTAATCTCTTCGCTCGTTGGTACGGTGAAGATCTACGGCACTTGAGGTCATTTTTATTGATTTTTTGTACACCATAGGGCTTTTGGGCACTTTGAGTTTTGGGGATTTAAGATCCAGATCTGATTGCGTGAATTGATGGGCTGGAAGTGATTGGATCTGTGTGTAATTTTAGAGGTTT
CGTAGGCATGGCACCTGCAAGCAAGGCGGACAGGAAGAGGTCCCTTGATGTGGCAGCATGGATGTTCAATGTCAGCACATCTGTTGGGATTATTATGGTTAACAAAGGCCTCATGGTTAGATATGGCTTTACTTTTGCTACAACATTAACAGGCTTGCATTTTGCCATGACGACACTCATGACAATTATTCTTCGTTGGA
TGGGTTATATCCAGCCTTCGCATTTACCGTTCTCCGAGCTGGCGAAATTTGTAATCTGTGCCAATTTCTCCATTGTTGGCATGAATGTCAGTCTCATGTGGAATTCTGTTGGTTTTTACCAGATAGCAAAGTTGAGCATGATACCTGTATCTTGCTTTTTCGAAGTCCTCTTTGACAAGATTCGTTATTCAAGAGATACC
AAGTTAAGTATATTAGTAGTGCTAGTTGGTGTAGCAATATGTACTGTCACAGATGTCAGTGTCAATACCAAAGGCTTTGTAGCTGCTGCGATTGCAGTATGGAGCACTTCTATGCAACAATATTATGTGCACTACCTGCAGAAGAAATACTCGCTGGGTTCTTTTGATCTTCTTGGACATACTGCGCCATTACAAGCAGC
TACGTTGCTCATTTTAGGGCCTTTTCTTGACTACTGGCTTGCAGAAAAAAGAGTTGATCATTATGATTATAGCGTAGCTTCTGTGCTCTTGATTACAGTCTCATGCCTGATTGCAGTCGGAACCAATCTTAGCCAGTTCATTTGCATTGGTCGGTTCACAGCAGTCTCATTTCAAGTTCTTGGTCATATGAAGACTATCT
TTGTCCTTATATTGGGATTCATCTTTTTTGGCAAAGAAGGGTTAAATTCACAGGTAGTCTTGGGAATGTTCCTAGCTGTGCTTGGGATGATTTGGTATGGTAATGCATCCTCAAAGCCCGGTGGTAAAGAACGGCGGATGTATCCAATTTCTAGTGAAAGGAACCTGAAAATCGGCGGATCAGAAGATGGAGTTCTTGAC
AAAGTTTAGCAGATTAGAATATGCTACTGCTTAGGTAGATTCTATACCTGACAACTAAGGTTCGCCCAATGATACACATTACTTGTGGACTTCATTTGGGCTGCATTTATTATTGTCATAGATGTTTGTCATGATTGGCATTAAATTTTAAGAGATTGTTGAGGAGAATGTGCCACAAATTTATTGGAAGAGCATGCTCT
GCAATTTGTATACGGCTTCTACCCTTTGCAAGGTAGAGAAAGTACAACATAAAATTTTTAATTGGTCAGTCTTGCAGTTTTCTTTCATCCAAGCAAGACTTCTACATTATCGTCTTTTGCATGAACAACTCTCATTATTTTTTGTACGCTTGTCACT

>TRINITY_DN106632_c0_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:

ATCATATAGGCCCAGGATAGCCATCTCCTCTTTCCATTCCCGTCCCTCGCACTGTCTAGGAGAGCCCAACGAACGATCCTCCTGCCTTCCAGGGGCGTTTACAGGGCGTAGAGGGACCTATTACCCCCTTGTTGCTCAATTCTATATTTCCGAGGAGCATCAGGCGAGTTGGGTCTCTGGTTTTGGGAGATTGCTGATGT
GGGTCTCTCTTTGTTTTGTACATTAATCTCTTCGCTCGTTGGTACGGTGAAGATCTACGGCACTTGAGGTCATTTTTATTGATTTTTTGTACACCATAGGGCTTTTGGGCACTTTGAGTTTTGGGGATTTAAGATCCAGATCTGATTGCGTGAATTGATGGGCTGGAAGTGATTGGATCTGTGTGTAATTTTAGAGGTTT
CGTAGGCATGGCACCTGCAAGCAAGGCGGACAGGAAGAGGTCCCTTGATGTGGCAGCATGGATGTTCAATGTCAGCACATCTGTTGGGATTATTATGGTTAACAAAGGCCTCATGGTTAGATATGGCTTTACTTTTGgtcagtttctcctcccgtgaatctccttatttttaattttatcagattggaaccatttcaatt
tcagagtttttagttatttgttctctggttagatgactcattaagcttgaaaccttttctctgatgcggaatgtagatacagatacatttgtgtgtgtgtgagtgatttgtatttatttctattctaaatcataatactgcttataatttggggaaatgggcaaattctctgatttctgatgtggtgttattattttctt
cctatgcagCTACAACATTAACAGGCTTGCATTTTGCCATGACGACACTCATGACAATTATTCTTCGTTGGATGGGTTATATCCAGCCTTCGCATTTACCGTTCTCCGAGCTGGCGAAATTTGTAATCTGTGCCAATTTCTCCATTGTTGGCATGAATGTCAGTCTCATGTGGAATTCTGTTGGTTTTTACCAGATAGCA
AAGTTGAGCATGATACCTGTATCTTGCTTTTTCGAAGTCCTCTTTGACAAGATTCGTTATTCAAGAGATACCAAGTTAAGTATATTAGTAGTGCTAGTTGGTGTAGCAATATGTACTGTCACAGATGTCAGTGTCAATACCAAAGGCTTTGTAGCTGCTGCGATTGCAGTATGGAGCACTTCTATGCAACAATATTATGT
GCACTACCTGCAGAAGAAATACTCGCTGGGTTCTTTTGATCTTCTTGGACATACTGCGCCATTACAAGCAGCTACGTTGCTCATTTTAGGGCCTTTTCTTGACTACTGGCTTGCAGAAAAAAGAGTTGATCATTATGATTATAGCGTAGCTTCTGTGCTCTTGATTACAGTCTCATGCCTGATTGCAGTCGGAACCAATC
TTAGCCAGTTCATTTGCATTGGTCGGTTCACAGCAGTCTCATTTCAAGTTCTTGGTCATATGAAGACTATCTTTGTCCTTATATTGGGATTCATCTTTTTTGGCAAAGAAGGGTTAAATTCACAGGTAGTCTTGGGAATGTTCCTAGCTGTGCTTGGGATGATTTGGTATGGTAATGCATCCTCAAAGCCCGGTGGTAAA
GAACGGCGGATGTATCCAATTTCTAGTGAAAGGAACCTGAAAATCGGCGGATCAGAAGATGGAGTTCTTGACAAAGTTTAGCAGATTAGAATATGCTACTGCTTAGGTAGATTCTATACCTGACAACTAAGGTTCGCCCAATGATACACATTACTTGTGGACTTCATTTGGGCTGCATTTATTATTGTCATAGATGTTTG
TCATGATTGGCATTAAATTTTAAGAGATTGTTGAGGAGAATGTGCCACAAATTTATTGGAAGAGCATGCTCTGCAATTTGTATACGGCTTCTACCCTTTGCAAGGTAGAGAAAGTACAACATAAAATTTTTAATTGGTCAGTCTTGCAGTTTTCTTTCATCCAAGCAAGACTTCTACATTATCGTCTTTTGCATGAACAA
CTCTCATTATTTTTTGTACGCTTGTCACT

Intron 5 GTAAGTCCTA ... CTTGTACCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.33	20	2	10
A2	25	48	0	16
A3	25.71	26	0	9
A4	13.95	37	1	6
A5	15.69	43	1	8
A6	20.74	107	0	28
A7	15.91	37	1	7
A8	30.77	36	0	16
A9	11.21	103	0	13
A10	16.42	56	0	11

>TRINITY_DN37030_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

GTGTGTTGAGAAACTAACTTAGCTTGGCATTTTACTTGTTTTTTTAAAGTTATATATAGAGAAAAGGTGAAAAATTCCATGAGGATCATATAGGCCCAGGATAGCCATCTCCTCTTTCCATTCCCGTCCCTCGCACTGTCTAGGAGAGCCCAACGAACGATCCTCCTGCCTTCCAGGGGCGTTTACAGGGCGTAGAGGGA
CCTATTACCCCCTTGTTGCTCAATTCTATATTTCCGAGGAGCATCAGGCGAGTTGGGTCTCTGGTTTTGGGAGATTGCTGATGTGGGTCTCTCTTTGTTTTGTACATTAATCTCTTCGCTCGTTGGTACGGTGAAGATCTACGGCACTTGAGGTCATTTTTATTGATTTTTTGTACACCATAGGGCTTTTGGGCACTTTG
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>TRINITY_DN37030_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GGAGCACTTCTATGCAACAATATgtaagtcctaaatcatccatagactacatttttctatgtttcactgattgcagagacataaaatattttgttgttgtttgcaattgatgtacttcaattttgttgactaggctagtaaatgtttctctatcttctgatacaaagctcttttgtgcttttgtacttgtaccagTATGT
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