sp|P0DO03|DJA8_ORYSJ ----> Chaperone protein dnaJ A8, chloroplastic


Intron 1 GTAAAGGTTT ... AAATTTACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A949.1994091
A1048.0453049



>TRINITY_DN46575_c0_g2_i7 from sample A7 / Example spliced isoform
GAAAGATATTGCTGGGATAAGATATATGAAAACTTCGTGGACAACAGTTGCTTAACTCTTGGCTGGTAGGATTTATTGAAACAGGCATGTGTAGGTCAGTTGCGAATGGGGTTGCAAAGTGGTTGAATGAAAACCTTTAGCTTCTGATCCAGGAGATGCTCTTTGTTACAATACATTGTCAAGCGTGCTAGTAATCTCAA
TCACGTGAGTTCTAGAAGTTCCTTGAAATTGTGAGGTCCTGTGTCTTGGGTGAGATTCCATGTTCATTGTAATATAGGGTTATCTGTTTAAGTAGCCTCATTAGACATCTGTGTACTGCAATTTTGGTGTTGAGGTTGCTTCTTTCGCTGTAAATTCATTCACTTATTTGTTCATTGGCAATGGATTTGCACAGAATCTT
GTCTTATATATCAATTTGTTATCAGCGCAAAGATGGTAGATGAAGTAAAATATTTTCATCATCCCAAACAATAAATGGCAGAGATGATACCGAGTCCATCTTGTTCCATGATGATATGAGCTGGAGGTTTTCTGAAAAATATCATAATGAATAAGGGTCATAATGCCTTTGTTGATTCCTTTAATTTGTCAAATTATTAA
AAAGCATAAATATAAATCACGCCTGCAATTAAAATTGCTAAAATGTATCGGATATAAGGAAATTCTGGCAAGATACTATAAGGGCACACACACTAGTATCAACATATGCTAATGAATTACCTTAATATAGTGCTGCAATTTTCGATTCGACGACCCAGTTAATGGTGCCATATTTTAATTGCATTCATAACAAAATTATA
TGGAAGATGAATGCATGCAAGCAAGCAAGCGGGACTGTATATACATGAATGGAAAGTAATTTATATATATGAGTGTGATTTCTAAAGTATAGATATAGAGGAGAGATGTAAATTGCAAATGTGTAGCGGGGTAAAAGTTTAGAAAAGTGGCATTAAAGCAAAAATCAGTAAATATTCGAGTTTTATTTCTATGCAAAATC
TCTACGATATGCTAGTGTTTAATGTATTATTTGAAGTCTGTGAAACACTGTTGTGTTTCGAAGGATTTTCTGCTATGAAAGAATATTGGAAGCTTAAGACCTTGAGGAGCTTAATATAATCAACTTGTGTCGAAGCTTATTCGATCTTAAAAACGAATATTGGCC


>TRINITY_DN46575_c0_g2_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:
GAAAGATATTGCTGGGATAAGATATATGAAAACTTCGTGGACAACAGTTGCTTAACTCTTGGCTGGTAGGATTTATTGAAACAGGCATGTGTAGgtaaaggtttttgtcagctactgacgagcttaagtagaaagtgccaataactaatcagatatacatggtccattgttgttagataggtgatatcagctaaagctgg
atttgttttatctgaattttgaagatttgttgtgacattattatgaacaaatttacag
GTCAGTTGCGAATGGGGTTGCAAAGTGGTTGAATGAAAACCTTTAGCTTCTGATCCAGGAGATGCTCTTTGTTACAATACATTGTCAAGCGTGCTAGTAATCTCAATCACGTGAGTTCTAGAAGTTCCTTGAAATTGTGAGG
TCCTGTGTCTTGGGTGAGATTCCATGTTCATTGTAATATAGGGTTATCTGTTTAAGTAGCCTCATTAGACATCTGTGTACTGCAATTTTGGTGTTGAGGTTGCTTCTTTCGCTGTAAATTCATTCACTTATTTGTTCATTGGCAATGGATTTGCACAGAATCTTGTCTTATATATCAATTTGTTATCAGCGCAAAGATGG
TAGATGAAGTAAAATATTTTCATCATCCCAAACAATAAATGGCAGAGATGATACCGAGTCCATCTTGTTCCATGATGATATGAGCTGGAGGTTTTCTGAAAAATATCATAATGAATAAGGGTCATAATGCCTTTGTTGATTCCTTTAATTTGTCAAATTATTAAAAAGCATAAATATAAATCACGCCTGCAATTAAAATT
GCTAAAATGTATCGGATATAAGGAAATTCTGGCAAGATACTATAAGGGCACACACACTAGTATCAACATATGCTAATGAATTACCTTAATATAGTGCTGCAATTTTCGATTCGACGACCCAGTTAATGGTGCCATATTTTAATTGCATTCATAACAAAATTATATGGAAGATGAATGCATGCAAGCAAGCAAGCGGGACT
GTATATACATGAATGGAAAGTAATTTATATATATGAGTGTGATTTCTAAAGTATAGATATAGAGGAGAGATGTAAATTGCAAATGTGTAGCGGGGTAAAAGTTTAGAAAAGTGGCATTAAAGCAAAAATCAGTAAATATTCGAGTTTTATTTCTATGCAAAATCTCTACGATATGCTAGTGTTTAATGTATTATTTGAAG
TCTGTGAAACACTGTTGTGTTTCGAAGGATTTTCTGCTATGAAAGAATATTGGAAGCTTAAGACCTTGAGGAGCTTAATATAATCAACTTGTGTCGAAGCTTATTCGATCTTAAAAACGAATATTGGCC




Intron 2 GTGAGTTCTA ... TAAATGGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN116613_c0_g1_i9 from sample A3 / Example spliced isoform
AGTGTGCAAGGTAATTCATACAAGGATTAATTCGATAGGAAAACACAAAGCAAAGAAGAAAATAGAGAGGAAATAAATTTTATGGAAACAATTGGTGGGTATTTTTCTATTGTTAGCGTTATCTAGATTCTAGATCCACCGATCATATGAAAAAACACAGAGCGGGAGCACTACGGAGTCCAAGTTTCCCACCAACCTAA
CAATACATATTTTTCAGACAATTCGATCCATAGAACAACAACAATGGCCATGTCTTCCGCGCCATCTTTGGCCGTTTTCCCCTGCAACAACAATGCATCAACGTCTATGCTGATGGGCGGAGTCATGGTCGGGAAAAGCAACTCAGGGGCACTTAGATTACAGTCCGAGTTTTCAAACCTAGGGTTAGATTCTTCTCAGT
TCTTCAATGGTGGGCAGGGTTTATGGAGGAACGCGAAGCTTTCATACGATTTCAATTGCAATCACAGACACAGAAGAGCGCACCGGTTCGTTTGCATGGCGGGTGATTATTACGCAACTCTGGGAGTATCGAGGTCTGCAAACACCAAGGATATCAAATCTGCTTACAGAAGACTCGCTCGCCAGTACCACCCTGATGTG
AACAAAGACCCTGGAGCAACTGAAAAATTCAAGGAGATCAGTACCGCATATGAGGTTCTGTCGGATGATGAGAAGAGGTCATTGTACGATCAATACGGTGAAGTGGGAGTTAAAGGTGCTGCAGCTAGTTCTGGTGCTTATACGACAAACCCTTTTGATTTGTTTGAGACATTCTTTGGATCAAATGTGAGAGGGTTTCC
GGGTATGGATCAAACTGGATTTGGAGCACGTAGGCGTGAGACAGTCTTTCAGGGTGATGATATTCGGTATGACATGATGTTGGAATTTTTGGAAGCGGTTTTTGGAGCAGAGAAAGAGTTTGAGGTTTTTCATTTGGAAGCATGTAAATCTTGCAATGGTACTGGAGCGAAGCTTGGCTCTAGGCCAAAGACATGCTCAG
CTTGTGGAGGCAGGGGTCAAGTGATGCGAACACAAGAGACACCTTTTGGCTTGTTTTCACAGGTGTCGATCTGTTCAGAGTGTGGAGGAGAAGGTGAAGTCGTATCAGATTATTGCCGAAAATGTGCTGGTGAAGGTCGCATTCGTGTGAAAAAGGATGTCAAGGTTAAAGTTCCTCCAGGAGTTAATAGTGGCAGCACC
CTTCGTGTTCGTGGTGAGGGTGATGCTGGACCCAAAGGGGGCCCTGCTGGAGATCTCTATGTATACCTTAACGTGAAGGAGATTCCAGGAATTGAAAGAGATGGCATCAATCTCTATTCGACTATTTCAGTTAGTTATGTTGATGCAATATTGGGAACTGTCAGTAAGGTAAAGACAGTAGAGGGAAATTCAGAACTTCA
GATTCCACCGGGCACACAGCCTGGGGATGTGCTTGTACTTTCAAAGTTAGGAGTACCCAAGATAAACAAGCCATCTGTTCGTGGGGATCATTTGTTCACTGTGAAAGTGACCATACCTACTCGGATCAGCGAAAGAGAGCGAGCATTGATTGAAGAACTTGCAAGCCTTAAAAATGGCAGGGACGATCGTGCCAGTGTGC
GTTCTGCAAGCAGGCCTCAGCGTAGCCAAAGTGAAAAAGTGACACCTGAAATAGCAATGGACTTGAAGGATCAGGATCAACAACTAAAGGAGTCCGATGGGATATGGGGAAAGTTGAAAGATATTGCTGGGTCAGTTGCGAATGGGGTTGCAAAGTGGTTGAATGAAAACCTTTAGCTTCTGATCCAGGAGATGCTCTTT
GTTACAATACATTGTCAAGCGTGCTAGTAATCTCAATCACAGATGATACCGAGTCCATCTTGCTCCATGATGATATGAGCTGGAGG


>TRINITY_DN116613_c0_g1_i8 from sample A3 / Example unspliced isoform:
AGTGTGCAAGGTAATTCATACAAGGATTAATTCGATAGGAAAACACAAAGCAAAGAAGAAAATAGAGAGGAAATAAATTTTATGGAAACAATTGGTGGGTATTTTTCTATTGTTAGCGTTATCTAGATTCTAGATCCACCGATCATATGAAAAAACACAGAGCGGGAGCACTACGGAGTCCAAGTTTCCCACCAACCTAA
CAATACATATTTTTCAGACAATTCGATCCATAGAACAACAACAATGGCCATGTCTTCCGCGCCATCTTTGGCCGTTTTCCCCTGCAACAACAATGCATCAACGTCTATGCTGATGGGCGGAGTCATGGTCGGGAAAAGCAACTCAGGGGCACTTAGATTACAGTCCGAGTTTTCAAACCTAGGGTTAGATTCTTCTCAGT
TCTTCAATGGTGGGCAGGGTTTATGGAGGAACGCGAAGCTTTCATACGATTTCAATTGCAATCACAGACACAGAAGAGCGCACCGGTTCGTTTGCATGGCGGGTGATTATTACGCAACTCTGGGAGTATCGAGGTCTGCAAACACCAAGGATATCAAATCTGCTTACAGAAGACTCGCTCGCCAGTACCACCCTGATGTG
AACAAAGACCCTGGAGCAACTGAAAAATTCAAGGAGATCAGTACCGCATATGAGGTTCTGTCGGATGATGAGAAGAGGTCATTGTACGATCAATACGGTGAAGTGGGAGTTAAAGGTGCTGCAGCTAGTTCTGGTGCTTATACGACAAACCCTTTTGATTTGTTTGAGACATTCTTTGGATCAAATGTGAGAGGGTTTCC
GGGTATGGATCAAACTGGATTTGGAGCACGTAGGCGTGAGACAGTCTTTCAGGGTGATGATATTCGGTATGACATGATGTTGGAATTTTTGGAAGCGGTTTTTGGAGCAGAGAAAGAGTTTGAGGTTTTTCATTTGGAAGCATGTAAATCTTGCAATGGTACTGGAGCGAAGCTTGGCTCTAGGCCAAAGACATGCTCAG
CTTGTGGAGGCAGGGGTCAAGTGATGCGAACACAAGAGACACCTTTTGGCTTGTTTTCACAGGTGTCGATCTGTTCAGAGTGTGGAGGAGAAGGTGAAGTCGTATCAGATTATTGCCGAAAATGTGCTGGTGAAGGTCGCATTCGTGTGAAAAAGGATGTCAAGGTTAAAGTTCCTCCAGGAGTTAATAGTGGCAGCACC
CTTCGTGTTCGTGGTGAGGGTGATGCTGGACCCAAAGGGGGCCCTGCTGGAGATCTCTATGTATACCTTAACGTGAAGGAGATTCCAGGAATTGAAAGAGATGGCATCAATCTCTATTCGACTATTTCAGTTAGTTATGTTGATGCAATATTGGGAACTGTCAGTAAGGTAAAGACAGTAGAGGGAAATTCAGAACTTCA
GATTCCACCGGGCACACAGCCTGGGGATGTGCTTGTACTTTCAAAGTTAGGAGTACCCAAGATAAACAAGCCATCTGTTCGTGGGGATCATTTGTTCACTGTGAAAGTGACCATACCTACTCGGATCAGCGAAAGAGAGCGAGCATTGATTGAAGAACTTGCAAGCCTTAAAAATGGCAGGGACGATCGTGCCAGTGTGC
GTTCTGCAAGCAGGCCTCAGCGTAAGAAGAAAATGCAGAAAAGCCGCAAAAATACATATAGGGACTTTGCTGGGAGAAGCATTGGATAAATTCCAGGGTAGCCAAAGTGAAAAAGTGACACCTGAAATAGCAATGGACTTGAAGGATCAGGATCAACAACTAAAGGAGTCCGATGGGATATGGGGAAAGTTGAAAGATAT
TGCTGGGTCAGTTGCGAATGGGGTTGCAAAGTGGTTGAATGAAAACCTTTAGCTTCTGATCCAGGAGATGCTCTTTGTTACAATACATTGTCAAGCGTGCTAGTAATCTCAATCACgtgagttctagaagttccttgaaattgtgaggtcctgtgtcttgggtgagattccatgttcattgtaatatagggttatctgtt
taagtagcctcattagacatctgtgtactgcaattttggtgttgaggttgcttctttcgctgtaaattcattcacttatttgttcattggcaatggatttgcacagaatcttgtcttatatatcaatttgttatcagcgcaaagatggtagatgaagtaaaatattttcatcatcccaaacaataaatggcag
AGATGAT
ACCGAGTCCATCTTGTTCCATGATGATATGAGCTGGAGGTTTTCTGAAAAATATCATAATGAATACGGGTCATAATGCCTTTGTTGATTCCTTTAATTTGTCAAATTATTAAAAAGCATAAATATAAATCACGCCTGCAATTAAAATTGCTAAAATGTATCGGATATAAGGAAATTCTGGCAAGATACTATAAGGGCACA
CACACTAGTATCAACATATGCTAATGAATTACCTTAATATAGTGCTGCAATTTTCGATTCGACGACCCAGTTAAT




Intron 3 GTGAGTTCTA ... TTGTTATCAG

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>TRINITY_DN116613_c0_g1_i5 from sample A3 / Example spliced isoform
AGTGTGCAAGGTAATTCATACAAGGATTAATTCGATAGGAAAACACAAAGCAAAGAAGAAAATAGAGAGGAAATAAATTTTATGGAAACAATTGGTGGGTATTTTTCTATTGTTAGCGTTATCTAGATTCTAGATCCACCGATCATATGAAAAAACACAGAGCGGGAGCACTACGGAGTCCAAGTTTCCCACCAACCTAA
CAATACATATTTTTCAGACAATTCGATCCATAGAACAACAACAATGGCCATGTCTTCCGCGCCATCTTTGGCCGTTTTCCCCTGCAACAACAATGCATCAACGTCTATGCTGATGGGCGGAGTCATGGTCGGGAAAAGCAACTCAGGGGCACTTAGATTACAGTCCGAGTTTTCAAACCTAGGGTTAGATTCTTCTCAGT
TCTTCAATGGTGGGCAGGGTTTATGGAGGAACGCGAAGCTTTCATACGATTTCAATTGCAATCACAGACACAGAAGAGCGCACCGGTTCGTTTGCATGGCGGGTGATTATTACGCAACTCTGGGAGTATCGAGGTCTGCAAACACCAAGGATATCAAATCTGCTTACAGAAGACTCGCTCGCCAGTACCACCCTGATGTG
AACAAAGACCCTGGAGCAACTGAAAAATTCAAGGAGATCAGTACCGCATATGAGGTTCTGTCGGATGATGAGAAGAGGTCATTGTACGATCAATACGGTGAAGTGGGAGTTAAAGGTGCTGCAGCTAGTTCTGGTGCTTATACGACAAACCCTTTTGATTTGTTTGAGACATTCTTTGGATCAAATGTGAGAGGGTTTCC
GGGTATGGATCAAACTGGATTTGGAGCACGTAGGCGTGAGACAGTCTTTCAGGGTGATGATATTCGGTATGACATGATGTTGGAATTTTTGGAAGCGGTTTTTGGAGCAGAGAAAGAGTTTGAGGTTTTTCATTTGGAAGCATGTAAATCTTGCAATGGTACTGGAGCGAAGCTTGGCTCTAGGCCAAAGACATGCTCAG
CTTGTGGAGGCAGGGGTCAAGTGATGCGAACACAAGAGACACCTTTTGGCTTGTTTTCACAGGTGTCGATCTGTTCAGAGTGTGGAGGAGAAGGTGAAGTCGTATCAGATTATTGCCGAAAATGTGCTGGTGAAGGTCGCATTCGTGTGAAAAAGGATGTCAAGGTTAAAGTTCCTCCAGGAGTTAATAGTGGCAGCACC
CTTCGTGTTCGTGGTGAGGGTGATGCTGGACCCAAAGGGGGCCCTGCTGGAGATCTCTATGTATACCTTAACGTGAAGGAGATTCCAGGAATTGAAAGAGATGGCATCAATCTCTATTCGACTATTTCAGTTAGTTATGTTGATGCAATATTGGGAACTGTCAGTAAGGTAAAGACAGTAGAGGGAAATTCAGAACTTCA
GATTCCACCGGGCACACAGCCTGGGGATGTGCTTGTACTTTCAAAGTTAGGAGTACCCAAGATAAACAAGCCATCTGTTCGTGGGGATCATTTGTTCACTGTGAAAGTGACCATACCTACTCGGATCAGCGAAAGAGAGCGAGCATTGATTGAAGAACTTGCAAGCCTTAAAAATGGCAGGGACGATCGTGCCAGTGTGC
GTTCTGCAAGCAGGCCTCAGCGTAAGAAGAAAATGCAGAAAAGCCGCAAAAATACATATAGGGACTTTGCTGGGAGAAGCATTGGATAAATTCCAGGGTAGCCAAAGTGAAAAAGTGACACCTGAAATAGCAATGGACTTGAAGGATCAGGATCAACAACTAAAGGAGTCCGATGGGATATGGGGAAAGTTGAAAGATAT
TGCTGGGTCAGTTGCGAATGGGGTTGCAAAGTGGTTGAATGAAAACCTTTAGCTTCTGATCCAGGAGATGCTCTTTGTTACAATACATTGTCAAGCGTGCTAGTAATCTCAATCACCGCAAAGATGGTAGATGAAGTAAAATATTTTCATCATCCCAAACAATAAATGGCAGAGATGATACCGAGTCCATCTTGTTCCAT
GATGATATGAGCTGGAGGTTTTCTGAAAAATATCATAATGAATACGGGTCATAATGCCTTTGTTGATTCCTTTAATTTGTCAAATTATTAAAAAGCATAAATATAAATCACGCCTGCAATTAAAATTGCTAAAATGTATCGGATATAAGGAAATTCTGGCAAGATACTATAAGGGCACACACACTAGTATCAACATATGC
TAATGAATTACCTTAATATAGTGCTGCAATTTTCGATTCGACGACCCAGTTAAT


>TRINITY_DN116613_c0_g1_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:
AGTGTGCAAGGTAATTCATACAAGGATTAATTCGATAGGAAAACACAAAGCAAAGAAGAAAATAGAGAGGAAATAAATTTTATGGAAACAATTGGTGGGTATTTTTCTATTGTTAGCGTTATCTAGATTCTAGATCCACCGATCATATGAAAAAACACAGAGCGGGAGCACTACGGAGTCCAAGTTTCCCACCAACCTAA
CAATACATATTTTTCAGACAATTCGATCCATAGAACAACAACAATGGCCATGTCTTCCGCGCCATCTTTGGCCGTTTTCCCCTGCAACAACAATGCATCAACGTCTATGCTGATGGGCGGAGTCATGGTCGGGAAAAGCAACTCAGGGGCACTTAGATTACAGTCCGAGTTTTCAAACCTAGGGTTAGATTCTTCTCAGT
TCTTCAATGGTGGGCAGGGTTTATGGAGGAACGCGAAGCTTTCATACGATTTCAATTGCAATCACAGACACAGAAGAGCGCACCGGTTCGTTTGCATGGCGGGTGATTATTACGCAACTCTGGGAGTATCGAGGTCTGCAAACACCAAGGATATCAAATCTGCTTACAGAAGACTCGCTCGCCAGTACCACCCTGATGTG
AACAAAGACCCTGGAGCAACTGAAAAATTCAAGGAGATCAGTACCGCATATGAGGTTCTGTCGGATGATGAGAAGAGGTCATTGTACGATCAATACGGTGAAGTGGGAGTTAAAGGTGCTGCAGCTAGTTCTGGTGCTTATACGACAAACCCTTTTGATTTGTTTGAGACATTCTTTGGATCAAATGTGAGAGGGTTTCC
GGGTATGGATCAAACTGGATTTGGAGCACGTAGGCGTGAGACAGTCTTTCAGGGTGATGATATTCGGTATGACATGATGTTGGAATTTTTGGAAGCGGTTTTTGGAGCAGAGAAAGAGTTTGAGGTTTTTCATTTGGAAGCATGTAAATCTTGCAATGGTACTGGAGCGAAGCTTGGCTCTAGGCCAAAGACATGCTCAG
CTTGTGGAGGCAGGGGTCAAGTGATGCGAACACAAGAGACACCTTTTGGCTTGTTTTCACAGGTGTCGATCTGTTCAGAGTGTGGAGGAGAAGGTGAAGTCGTATCAGATTATTGCCGAAAATGTGCTGGTGAAGGTCGCATTCGTGTGAAAAAGGATGTCAAGGTTAAAGTTCCTCCAGGAGTTAATAGTGGCAGCACC
CTTCGTGTTCGTGGTGAGGGTGATGCTGGACCCAAAGGGGGCCCTGCTGGAGATCTCTATGTATACCTTAACGTGAAGGAGATTCCAGGAATTGAAAGAGATGGCATCAATCTCTATTCGACTATTTCAGTTAGTTATGTTGATGCAATATTGGGAACTGTCAGTAAGGTAAAGACAGTAGAGGGAAATTCAGAACTTCA
GATTCCACCGGGCACACAGCCTGGGGATGTGCTTGTACTTTCAAAGTTAGGAGTACCCAAGATAAACAAGCCATCTGTTCGTGGGGATCATTTGTTCACTGTGAAAGTGACCATACCTACTCGGATCAGCGAAAGAGAGCGAGCATTGATTGAAGAACTTGCAAGCCTTAAAAATGGCAGGGACGATCGTGCCAGTGTGC
GTTCTGCAAGCAGGCCTCAGCGTAGCCAAAGTGAAAAAGTGACACCTGAAATAGCAATGGACTTGAAGGATCAGGATCAACAACTAAAGGAGTCCGATGGGATATGGGGAAAGTTGAAAGATATTGCTGGGTCAGTTGCGAATGGGGTTGCAAAGTGGTTGAATGAAAACCTTTAGCTTCTGATCCAGGAGATGCTCTTT
GTTACAATACATTGTCAAGCGTGCTAGTAATCTCAATCACgtgagttctagaagttccttgaaattgtgaggtcctgtgtcttgggtgagattccatgttcattgtaatatagggttatctgtttaagtagcctcattagacatctgtgtactgcaattttggtgttgaggttgcttctttcgctgtaaattcattcact
tatttgttcattggcaatggatttgcacagaatcttgtcttatatatcaatttgttatcag
CGCAAAGATGGTAGATGAAGTAAAATATTTTCATCATCCCAAACAATAAATGGCAGAGATGATACCGAGTCCATCTTGTTCCATGATGATATGAGCTGGAGGTTTTCTGAAAAATATCATAATGAATACGGGTCATAAT
GCCTTTGTTGATTCCTTTAATTTGTCAAATTATTAAAAAGCATAAATATAAATCACGCCTGCAATTAAAATTGCTAAAATGTATCGGATATAAGGAAATTCTGGCAAGATACTATAAGGGCACACACACTAGTATCAACATATGCTAATGAATTACCTTAATATAGTGCTGCAATTTTCGATTCGACGACCCAGTTAAT




Intron 4 GTGAGTTCTA ... ATTTGCACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A1761035.328
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A491.0434318
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A786.3239278214
A881.1872314307
A982.3149243213
A1091.9711130122



>TRINITY_DN112739_c0_g1_i5 from sample A2 / Example spliced isoform
AGAAGAAAATGCAGAAAAGCCGCAAAAATACATATAGGGACTTTGCTGGGAGAAGCATTGGATAAATTCCAGGGTAACTTATCAGATTTGTCTCTGGTCAGTTGCGAATGGGGTTGCAAAGTGGTTGAATGAAAACCTTTAGCTTCTTATCCAGGAGATGCTCTTTGTTACAATACATTGTCAAGCGTGCTAGTAATCTC

AATCAC
AATCTTGTCTTATATATCAATTTGTTATCAGCGCAAAGATGGTAGATGAACTAAAATATTTTCATCATCCCAAACAATAAATGGCAGAGATGATACCGAGTCCATCTTGTTCCATGATGATATGAGCTGGAGGTTTTCTGAAAAATATCATAATGAATAAGGGTCATAATGCCTTTGTTGATTCCTTTAATTTG
TCAAATTATTAAAAAGCATAAATATAAATCACGCCTGCAATTAAAATTGCTAAAATGTATCGGATACAAGGAAATTCTGGCAAGATACCATAAGGGCG


>TRINITY_DN112739_c0_g1_i7 from sample A2 / Example unspliced isoform:
GGAAACAATTGGTGGGTATTTTTCTATTGTTAGCGTTATCTAGATTCTAGATCCACCGATCATATGAAAAAACACAGAGCGGGAGCACTACGGAGTCCAAGTTTCCCACCAACCTAACAATACATATTTTTCAGACAATTCGATCCATAGAACAACAACAATGGCCATGTCTTCCGCGCCATCTTTGGCCGTTTTCCCCT
GCAACAACAATGCATCAACGTCTATGCTGATGGGCGGAGTCATGGTCGGGAAAAGCAACTCAGGGGCACTTAGATTACAGTCCGAGTTTTCAAACCTAGGGTTAGATTCTTCTCAGTTCTTCAATGGTGGGCAGGGTTTATGGAGGAACGCGAAGCTTTCATACGATTTCAATTGCAATCACAGACACAGAAGAGCGCAC
CGGTTCGTTTGCATGGCGGGTGATTATTACGCAACTCTGGGAGTATCGAGGTCTGCAAACACCAAGGATATCAAATCTGCTTACAGAAGACTCGCTCGCCAGTACCACCCTGATGTGAACAAAGACCCTGGAGCAACTGAAAAATTCAAGGAGATCAGTACCGCATATGAGGTTCTGTCGGATGATGAGAAGAGGTCATT
GTACGATCAATACGGTGAAGTGGGAGTTAAAGGTGCTGCAGCTAGTTCTGGTGCTTATACGACAAACCCTTTTGATTTGTTTGAGACATTCTTTGGATCAAATGTGAGAGGGTTTCCGGGTATGGATCAAACTGGATTTGGAGCACGTAGGCGTGAGACAGTCTTTCAGGGTGATGATATTCGGTATGACATGATGTTGG
AATTTTTGGAAGCGGTTTTTGGAGCAGAGAAAGAGTTTGAGGTTTTTCATTTGGAAGCATGTAAATCTTGCAATGGTACTGGAGCGAAGCTTGGCTCTAGGCCAAAGACATGCTCAGCTTGTGGAGGCAGGGGTCAAGTGATGCGAACACAAGAGACACCTTTTGGCTTGTTTTCACAGGTGTCGATCTGTTCAGAGTGT
GGAGGAGAAGGTGAAGTCGTATCAGATTATTGCCGAAAATGTGCTGGTGAAGGTCGCATTCGTGTGAAAAAGGATGTCAAGGTTAAAGTTCCTCCAGGAGTTAATAGTGGCAGCACCCTTCGTGTTCGTGGTGAGGGTGATGCTGGACCCAAAGGGGGCCCTGCTGGAGATCTCTATGTATACCTTAACGTGAAGGAGAT
TCCAGGAATTGAAAGAGATGGCATCAATCTCTATTCGACTATTTCAGTTAGTTATGTTGATGCAATATTGGGAACTGTCAGTAAGGTAAAGACAGTAGAGGGAAATTCAGAACTTCAGATTCCACCGGGCACACAGCCTGGGGATGTGCTTGTACTTTCAAAGTTAGGAGTACCCAAGATAAACAAGCCATCTGTTCGTG
GGGATCATTTGTTCACTGTGAAAGTGACCATACCTACTCGGATCAGCGAAAGAGAGCGAGCATTGATTGAAGAACTTGCAAGCCTTAAAAATGGCAGGGACGATCGTGCCAGTGTGCGTTCTGCAAGCAGGCCTCAGCGTAGCCAAAGTGAAAAAGTGACACCTGAAATAGCAATGGACTTGAAGGATCAGGATCAACAA
CTAAAGGAGTCCGATGGGATATGGGGAAAGTTGAAAGATATTGCTGGGTCAGTTGCGAATGGGGTTGCAAAGTGGTTGAATGAAAACCTTTAGCTTCTTATCCAGGAGATGCTCTTTGTTACAATACATTGTCAAGCGTGCTAGTAATCTCAATCACgtgagttctagaagttccttgaaattgtgaggtcctgtgtctt
gggtgagattccatgttcattgtaatatagggttatctgtttaagtagcctcattagacatctgtgtactgcaattttggtgttgaggttgcttctttcgctgtaaattcattcacttatttgttcattggcaatggatttgcacag
AATCTTGTCTTATATATCAATTTGTTATCAGCGCAAAGATGGTAGATGAACTA
AAATATTTTCATCATCCCAAACAATAAATGGCAGAGATGATACCGAGTCCATCTTGTTCCATGATGATATGAGCTGGAGGTTTTCTGAAAAATATCATAATGAATAAGGGTCATAATGCCTTTGTTGATTCCTTTAATTTGTCAAATTATTAAAAAGCATAAATATAAATCACGCCTGCAATTAAAATTGCTAAAATGTA
TCGGATACAAGGAAATTCTGGCAAGATACCATAAGGGCG




Intron 5 GTGAGGTCCT ... ATTTGCACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A160192928
A277.2293625
A358.7193420
A463.04174018
A589.471116
A663.3683142145
A761.35143240214
A863.9159256307
A963.8122217213
A1064.6762106121



>TRINITY_DN41182_c0_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoform
GCCAAAGTGAAAAAGTGACACCTGAAATAGCAATGGACTTGAAGGATCAGGATCAACAACTAAAGGAGTCCGATGGGATATGGGGAAAGTTGAAAGATATTGCTGGGTCAGTTGCGAATGGGGTTGCAAAGTGGTTGAATGAAAACCTTTAGCTTCTGATCCAGGAGATGCTCTTTGTTACAATACATTGTCAAGCGTGC
TAGTAATCTCAATCACGTGAGTTCTAGAAGTTCCTTGAAATTAATCTTGTCTTATATATCAATTTGTTATCAGCGCAAAGATGGTAGATGAAGTAAAATATTTTCATCATCCCAAACAATAAATGGCAGAGATGATACCGAGTCCATCTTGTTCCATGATGATATGAGCTGGAGGTTTTCTGAAAAATATCATAATGAAT
AAGGGTCATAATGCCTTTGTTGATTCCTTTAATTTGTCAAATTATTAAAAAGCATAAATATAAATCACGCCTGCAATTAAAATTGCTAAAATGTATCGGATACAAGGAAATTCTGGCAAGATACCATAAGGGCACACACACTAGTATCAACATATGCTAATGAATTACCTTAATATAGTGCTGCAATTTTCGATTCGACG
ACCCAGTTAATGGTGCCATATTTTAATTGCATTCATAACAAAATTATATGGAAGATGAATGCATGCAAGCAAGCAAGCGGGACTGTATATACATGAATGGAAAGTAAT


>TRINITY_DN41182_c0_g1_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:
GAGGAAATAAATTTTATGGAAACAATTGGTGGGTATTTTTCTATTGTTAGCGTTATCTAGATTCTAGATCCACCGATCATATGAAAAAACACAGAGCGGGAGCACTACCGAGTCCAAGTTTCCCACCAACCTAACAATAAATATTTTTCAGACAATTCGATCCATAGAACAACAACAATGGCCATGTCTTCCGCGCCATC
TTTGGCCGTTTTCCCCTGCAACAACAATGCATCAACGTCTATGCTGATGGGCGGAGTCATGGTCGGGAAAAGCAACTCAGGGGCACTTAGATTACAGTCCGAGTTTTCAAACCTAGGGTTAGATTCTTCTCAGTTCTTCAATGGTGGGCAGGGTTTATGGAGGAACGCGAAGCTTTCATACGATTTCAATTGCAATCACA
GACACAGAAGAGCGCACCGGTTCGTTTGCATGGCGGGTGATTATTACGCAACTCTGGGAGTATCGAGGTCTGCAAACACCAAGGATATCAAATCTGCTTACAGAAGACTCGCTCGCCAGTACCACCCTGATGTGAACAAAGACCCTGGAGCAACTGAAAAATTCAAGGAGATCAGTACCGCATATGAGGTTCTGTCGGAT
GATGAGAAGAGGTCATTGTACGATCAATACGGTGAAGTGGGAGTTAAAGGTGCTGCAGCTAGTTCTGGTGCTTATACGACAAACCCTTTTGATTTGTTTGAGACATTCTTTGGATCAAATGTGAGAGGGTTTCCGGGTATGGATCAAACTGGATTTGGAGCACGTAGGCGTGAGACAGTCTTTCAGGGTGATGATATTCG
GTATGACATGATGTTGGAATTTTTGGAAGCGGTTTTTGGAGCAGAGAAAGAGTTTGAGGTTTTTCATTTGGAAGCATGTAAATCTTGCAATGGTACTGGAGCGAAGCTTGGCTCTAGGCCAAAGACATGCTCAGCTTGTGGAGGCAGGGGTCAAGTGATGCGAACACAAGAGACACCTTTTGGCTTGTTTTCACAGGTGT
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Intron 6 GTTTGAAAAA ... TAAGCAATAG

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>TRINITY_DN133816_c2_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform
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GATGCTGGACCCAAAGGGGGCCCTGCTGGAGATCTCTATGTATACCTTAACGTGAAGGAGATTCCAGGAATTGAAAGAGATGGCATCAATCTCTATTCGACTATTTCAGTTAGTTATGTTGATGCAATATTGGGAACTGTCAGTAAGGTAAAGACAGTAGAGGGAAATTCAGAACTTCAGATTCCACCGGGCACACAGCC
TGGGGATGTGCTTGTACTTTCAAAGTTAGGAGTACCCAAGATAAACAAGCCATCTGTTCGTGGGGATCATTTGTTCACTGTGAAAGTGACCATACCTACTCGGATCAGCGAAAGAGAGCGAGCATTGATTGAAGAACTTGCAAGCCTTAAAAATGGCAGGGACGATCGTGCCAGTGTGCGTTCTGCAAGCAGGCCTCAGC
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TGCTAGTAATCTCAATCACGTGAGTTCTAGAAGTTCCTTGAAATTGTGAGGTCCTGTGTCTTGGGTGAGATTCCATGTTCATTGTAATATAGGGTTATCTGTTTAAGTAGCCTCATTAGACATCTGTGTACTGCAATTTTGGTGTTGAGGTTGCTTCTTTCGCAGTAAATTCATTCACTTATTTGTTCATTGGCAATGGA
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TTGTCAAATTATTAAAAAGCATAAATATAAATCACGCCTGCAATTAAAATTGCTAAAATGTATCGGATATAAGGAAATTCTGGCAAGATACTATAAGGGCACACACACTAGTATCAACATATGCTAATGAATTACCTTAATATAGTGCTGCAATTTTCGATTCGACGACCCAGTTAATGGTGCCATATTTTAATTGCATT
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>TRINITY_DN133816_c2_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:
GTTTGTTTGGATTTTCTCATTCTTAGAGGAGTTTGAGTTGACATGCATGCCAAAATTATTTCTGGTCAAATCAGCGTTTCTGATAATGTTGAAATGGTAAGTTTCCATTATGAAGTATAATTATGGGTAGATAAATAAAGACATTTTCAGGTTCTGTCGGATGATGAGAAGAGGTCATTGTACGATCAATACGGTGAAGT
GGGAGTTAAAGGTGCTGCAGCCAGTTCTGGTGCTTATACGACAAACCCTTTTGATTTGTTTGAGACATTCTTTGGATCAAATGTGAGAGGGTTTCCGGGTATGGATCAAACTGGATTTGGAGCACGTAGGCGTGAGACAGTCTTTCAGGGTGATGATATTCGGTATGACATGATGTTGGAATTTTTGGAAGCGGTTTTTG
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GTGTCGATCTGTTCAGAGTGTGGAGGAGAAGGTGAAGTCGTATCAGATTATTGCCGAAAATGTGCTGGTGAAGGT
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TGTTGATGCAATATTGGGAACTGTCAGTAAGGTAAAGACAGTAGAGGGAAATTCAGAACTTCAGATTCCACCGGGCACACAGCCTGGGGATGTGCTTGTACTTTCAAAGTTAGGAGTACCCAAGATAAACAAGCCATCTGTTCGTGGGGATCATTTGTTCACTGTGAAAGTGACCATACCTACTCGGATCAGCGAAAGAG
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