sp|B9EXZ6|BAT1_ORYSJ ----> Amino-acid permease BAT1 homolog

Intron 1 GTATATAATT ... ATGATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	13.38	97.3	6.2	24.4
A2	50.59	55.3	3.6	19.7
A3	12.41	78.7	6.7	18
A4	46.22	81.6	9.3	19.9
A5	16.5	51.3	2.2	16.7
A6	47.85	400	29.7	114.3
A7	44.62	345.8	31.6	104.1
A8	49.12	393.8	35.1	123.2
A9	50.35	328.1	26	115.4
A10	41.77	309.2	27	100.7

>TRINITY_DN45051_c0_g1_i15 from sample A6 / Example spliced isoform

CATAATCTTAGGCAAAGTAGGCGCTATCATTAGAATCGATGGAGTGGGTAACTGAAATACCATATTAAAATCCAAAGTCTAAAGCAAACAGAGAGACAACCGCACGGAAAAAACTCTGATTCGAGCAAATAAATGAAAGCAACATGCGATTTTCAAGATCCCATTCAAAGATTCTCGTGCAAAGACCTTGCGGGCAGCGA
AGTAAGCGCGCGCCTGTCCACACAGACAGAAATCAAGGTTCCTGTAGCGGTCTTTTCTTCTGCACATCAAGCTGGCGTACCCCGCGTTGAATTCTTCAAAGGATGGGTTAATATATAGCCCCCTTCTCGCTAAATCTCAGCGAGATCAATATTTCGTCATGTCTCCTAACGGTAATGCCGAGGCCGGCTCGGCCCAAAAT
GGCGAGTCCACAGGCGATGGGATCGACGCTGCGGAGCGGCGCCTCAACGAGCTCGGATACAAGCAGGAGCTCAGAAGAGAAATGACATTGTTCAAGACTATGGCGATTTCGTTCTCGACGATGACACTGTTCACAGGGATAACGCCGCTGTATGGGTCGAGTCTTCAGTATGGTGGGCCTGCGCCTCTTGTTTGGGGATG
GGTTGTGGTATCATTTTTCACGGCCTTCGTTGCCATAGCCATGTCCGAGATCTGCTCTTCGTTTCCTACCACTGGCTCCTTGTACTTCTGGGCTGCTCATCTGGCTGGTCCTAGGTGGGGTCCATTTGCATCTTGGTGTTGTGCCTGGCTGGAAACCATTGGTCTGATTGCAGGTATTGGAACACAGGCTTATGCTGGAT
CACAAACCATGCAGAGTATCATCTTATTGAGCACTGGGACACATACAGGTGGAGGTTATCTGGCTCCACATGGAGTCTTTCTGGCCATGTACATGGGGCTTACACTTATATGGGCAATTTTAAACACATTTGCTTTGGATGTGATCGCTTTCATTGATACCATCTCAATTTGGTGGCAGGTCATTGGAGGAGCAGTTATT
GTTGTGATGCTTCCATTAGTTTCACAAAGCACTCAATCTGCATCATATGTATTCACACACTTTGAGACATCTCCTGTTTCGACTGGAATACATAACCAGGCATATGCTGTAATTCTTTCTTTCCTTGTTAGTCAGTATTCTCTCTATGGTTATGATGCTGCAGCACATCTAACGGAAGAAACAAAAGGTGCAGAAATCAA
TGGTCCAATTGCCATACTCTCGAGTCTAGGAATTATATCAGTTTTTGGATGGGCCTACATCTTAGCTCTTACTTTTAGCATTCAGAACCTCACGTACCTATATGATACAAACAATGAAACAGCTGGCACATTTGTACCAGCACAGATTCTATATGATGCATTTCATGGACGGTATCACAGTTCCAGCGGTGCAATAGTTC
TGCTCTTTGTTATATGGGGTTCTTTCTTCTTTGGAGGCCTTTCAATCACAACAAGTGCTGCACGAGTGGTTTATGCATTGTCTCGAGATGGAGGTATTCCCTTTTCAAGGATTTGGCGTAAGGTACACCCAAAGTATAAGATTCCTGCAAATGCTGTATGGTTGTGTGCATTTTTATGCATGCTGTTAGGCCTTCCCATC
TTGAAAGTAAACGTGGTATTCACAGCTATCACTTCAGTCTGTACCATAGGATGGGTTGGTGGGTATGCTGTTCCTATATTTGCCAGAATGATTATGCCAAGGGAGAATTTTAAGCCAGGGCCTTTCTATCTGGGGCGTGCTAGCCGCCCTATATGTCTGATAGCATTTTTGTGGATATGTTACACCTGTTCAGTGTTCCT
GTTGCCAACTACATACCCACTTACATGGAGTACGCTTAATTATGCACCTGTTGCAGTGGGTGCAGCATTGGGAGTGATAATGCTTTGGTGGCTGGTAGATGCAAGAAAGTGGTTCAAAGGTCCTGTAAGGAACATTGGGATACAACATGACAAAGTTTAGTGATACTAAGGTTAATGTTTTGTATTGTTTTCTGAGCTAA
TTTAGCTCAAGCATTATATGCTTTCCATTTTCTCTGCATTTGAAGAGTCTGTGATCATGTGGCTATCTTAACGCCATCCATAAGGCTCTTCAGATGATCTTGTATTCATATTTTGTCAATCATATTCCAAAATTTCAGTTCAAGCTTTTGCTAGTGATAGATGTTTCAGCTCAACCTATGCCTGTATAGTGGAATTCTAG
GAGCTGTTATGGTTCTGATTAACTTCTCCATATTGCATGATTTATTCTACCTGTCATTTTATTAATGTTCAGAAAGCTCAATTCTCTCGCGA

>TRINITY_DN45051_c0_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CATAATCTTAGGCAAAGTAGGCGCTATCATTAGAATCGATGGAGTGGGTAACTGAAATACCATATTAAAATCCAAAGTCTAAAGCAAACAGAGAGACAACCGCACGGAAAAAACTCTGATTCGAGCAAATAAATGAAAGCAACATGCGATTTTCAAGATCCCATTCAAAGATTCTCGTGCAAAGACCTTGCGGGCAGCGA
AGTAAGCGCGCGCCTGTCCACACAGACAGAAATCAAGGTTCCTGTAGCGGTCTTTTCTTCTGCACATCAAGCTGGCGTACCCCGCGTTGAATTCTTCAAAGGATGGGTTAATATATAGCCCCCTTCTCGCTAAATCTCAGCGAGATCAATATTTCGTCATGTCTCCTAACGGTAATGCCGAGGCCGGCTCGGCCCAAAAT
GGCGAGTCCACAGGCGATGGGATCGACGCTGCGGAGCGGCGCCTCAACGAGCTCGGATACAAGCAGGAGCTCAGAAGAGAAATGACATTGTTCAAGACTATGGCGATTTCGTTCTCGACGATGACACTGTTCACAGGGATAACGCCGCTGTATGGGTCGAGTCTTCAGTATGGTGGGCCTGCGCCTCTTGTTTGGGGATG
GGTTGTGGTATCATTTTTCACGGCCTTCGTTGCCATAGCCATGTCCGAGATCTGCTCTTCGTTTCCTACCACTGGCTCCTTGTACTTCTGGGCTGCTCATCTGGCTGGTCCTAGGTGGGGTCCATTTGCATCTTGGTGTTGTGCCTGGCTGGAAACCATTGGTCTGATTGCAGGTATTGGAACACAGGCTTATGCTGGAT
CACAAACCATGCAGAGTATCATCTTATTGAGCACTGGGACACATACAGGTGGAGGTTATCTGGCTCCACATGGAGTCTTTCTGGCCATGTACATGGGGCTTACACTTATATGGGCAATTTTAAACACATTTGCTTTGGATGTGATCGCTTTCATTGATACCATCTCAATTTGGTGGCAGGTCATTGGAGGAGCAGTTATT
GTTGTGATGCTTCCATTAGTTTCACAAAGCACTCAATCTGCATCATATGTATTCACACACTTTGAGACATCTCCTGTTTCGACTGGAATACATAACCAGGCATATGCTGTAATTCTTTCTTTCCTTGTTAGTCAGTATTCTCTCTATGGTTATGATGCTGCAGCACATCTAACGGAAGAAACAAAAGGTGCAGAAATCAA
TGGTCCAATTGCCATACTCTCGAGTCTAGGAATTATATCAGTTTTTGGATGGGCCTACATCTTAGCTCTTACTTTTAGCATTCAGAACCTCACGTACCTATATGATACAAACAATGAAACAGCTGGCACATTTGTACCAGCACAGATTCTATATGATGCATTTCATGGACGGTATCACAGTTCCAGCGGTGCAATAGTTC
TGCTCTTTGTTATATGGGGTTCTTTCTTCTTTGGAGGCCTTTCAATCACAACAAGTGCTGCACGAGTGgtatataatttctctttaatatccactttctttcagttgggaaaatgatttttggatgaatccattgtttcggattgcatatgcatgccattctctggctagtattatttttaatagaatttatggttctgg
caaagaggatgttttcagcctctttcttgtggtgcctttccttgggaaactataaattttgaagaatgtaaataaaaatgtccagaatatctgaatagtaatgattgcagGTTTATGCATTGTCTCGAGATGGAGGTATTCCCTTTTCAAGGATTTGGCGTAAGGTACACCCAAAGTATAAGATTCCTGCAAATGCTGTA
TGGTTGTGTGCATTTTTATGCATGCTGTTAGGCCTTCCCATCTTGAAAGTAAACGTGGTATTCACAGCTATCACTTCAGTCTGTACCATAGGATGGGTTGGTGGGTATGCTGTTCCTATATTTGCCAGAATGATTATGCCAAGGGAGAATTTTAAGCCAGGGCCTTTCTATCTGGGGCGTGCTAGCCGCCCTATATGTCT
GATAGCATTTTTGTGGATATGTTACACCTGTTCAGTGTTCCTGTTGCCAACTACATACCCACTTACATGGAGTACGCTTAATTATGCACCTGTTGCAGTGGGTGCAGCATTGGGAGTGATAATGCTTTGGTGGCTGGTAGATGCAAGAAAGTGGTTCAAAGGTCCTGTAAGGAACATTGGGATACAACATGACAAAGTTT
AGTGATACTAAGGTTAATGTTTTGTATTGTTTTCTGAGCTAATTTAGCTCAAGCATTATATGCTTTCCATTTTCTCTGCATTTGAAGAGTCTGTGATCATGTGGCTATCTTAACGCCATCCATAAGGCTCTTCAGATGATCTTGTATTCATATTTTGTCAATCATATTCCAAAATTTCAGTTCAAGCTTTTGCTAGTGAT
AGATGTTTCAGCTCAACCTATGCCTGTATAGTGGAATTCTAGGA

Intron 2 GTGATCATAT ... TTGTGAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	23.47	75	6.5	23
A2	16.67	70	9	14
A3	16.16	83	7	16
A4	20.48	66	6.5	17
A5	23.38	59	5	18
A6	13.47	212	24.5	33
A7	15.34	276	18.5	50
A8	12.42	134	12	19
A9	16.38	245	27	48
A10	17.58	286	27.5	61

>TRINITY_DN112830_c0_g1_i1 from sample A3 / Example spliced isoform

CAACCGCACGGAAAAAACTCTGATTCGAGCAAATAAATGAAAGCAACATGCGATTTTCAAGATCCCATTCAAAGATTCTCGTGCAAAGACCTTGCGGGCAGCGAAGTAAGCGCGCGCCTGTCCACACAGACAGAAATCAAGGTTCCTGTAGCGGTCTTTTCTTCTGCACATCAAGCTGGCGTACCCCGCGTTGAATTCTT
CAAAGGATGGGTTAATATATAGCCCCCTTCTCGCTAAATCTCAGCGAGATCAATATTTCGTCATGTCTCCTAACGGTAATGCCGAGGCCGGCTCGGCCCAAAATGGCGAGTCCACAGGCGATGGGATCGACGCTGCGGAGCGGCGCCTCAACGAGCTCGGATACAAGCAGGAGCTCAGAAGAGAAATGACATTGTTCAAG
ACTATGGCGATTTCGTTCTCGACGATGACACTGTTCACAGGGATAACGCCGCTGTATGGGTCGAGTCTTCAGTATGGTGGGCCTGCGCCTCTTGTTTGGGGATGGGTTGTGGTATCATTTTTCACGGCCTTCGTTGCCATAGCCATGTCCGAGATCTGCTCTTCGTTTCCTGTGAGTGCTATTTTTTTGGGGCATTCAAT
TCTTTCTTTGTTTTACAAATGTCTTGTGAGCATGAGTTCAAATTCCCATAGAGGCCTATTATATGAGTTTGTAATTTACCAGCCAGTGGTCATCAGTTCAATTGCCATATCATATTATATGCGTTTGCAATTTGCCATCGAAACGTCACGAGTTCAATTCCCATATAATACAACTTTGCAATTGGTTAATCAGAG

>TRINITY_DN112830_c0_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CAACCGCACGGAAAAAACTCTGATTCGAGCAAATAAATGAAAGCAACATGCGATTTTCAAGATCCCATTCAAAGATTCTCGTGCAAAGACCTTGCGGGCAGCGAAGTAAGCGCGCGCCTGTCCACACAGACAGAAATCAAGGTTCCTGTAGCGGTCTTTTCTTCTGCACATCAAGCTGGCGTACCCCGCGTTGAATTCTT
CAAAGGATGGGTTAATATATAGCCCCCTTCTCGCTAAATCTCAGCGAGATCAATATTTCGTCATGTCTCCTAACGGTAATGCCGAGGCCGGCTCGGCCCAAAATGGCGAGTTCACTGGCGATGGGATCGACGCTGCGGAGCGGCGCCTCAACGAGCTCGGATACAAGCAGGAGCTCAGAAGAGAAATGgtgatcatatgt
tttcttgaacttcaaaatctcaaaatcctttttgggtgtagtgtattagaatgattttaatggattgagggggtgatttctctttaattttgtgagcagACATTGTTCAAGACTATGGCGATTTCGTTCTCGACGATGACACTGTTCACAGGGATAACGCCGCTGTATGGGTCGAGTCTTCAGTATGGTGGGCCTGCGCC
TCTTGTTTGGGGATGGGTTGTGGTATCATTTTTCACGGCCTTCGTTGCCATAGCCATGTCCGAGATCTGCTCTTCGTTTCCTACCACTGGCTCCTTGTACTTCTGGGCTGCTCATCTGGCTGGTCCTAGGTGGGGTCCATTTGCATCTTGGTGTTGTGCCTGGCTGGAAACCATTGGTCTGATTGCAGGTATTGGAACAC
AGGCTTATGCTGGATCACAAACCATGCAGAGTATCATCTTATTGAGCACTGGGACACATACAGGTGGAGGTTATTTGGCTCCACGTGGAGTCTTTCTGGCCATGTACATGGGGCTTACACTTATATGGGCAATTTTAAACACATTTGCTTTGGATGTGATCGCTTTCATTGATACCATCTCAATTTGGTGGCAGGTCATT
GGAGGAGCAGTTATTGTTGTGATGCTTCCATTAGTTTCACAAAGCACTCAATCTGCATCATATGTATTCACACACTTTGAGACATCTCCTGTTTCGACTGGAATACATAACCAGGCATATGCTGTAATTCTTTCTTTCCTTGTTAGTCAGTATTCTCTCTATGGTTATGATGCTGCAGCACATCTAACGGAAGAAACAAA
AGGTGCAGAAATCAATGGTCCAATTGCCATACTCTCGAGTCTAGGAATTATATCAGTTTTTGGATGGGCCTACATCTTAGCTCTTACTTTTAGCATTCAGAACCTCACGTACCTATATGATACAAACAATGAAACAGCTGGCACATTTGTACCAGCACAGATTCTATATGATGCATTTCATGGACGGTATCACAGTTCCA
GCGGTGCAATAGTTCTGCTCTTTGTTATATGGGGTTCTTTCTTCTTTGGGGGCCTTTCAGTCACAACATGTGCTGGACGAGTGATTTATGCTTTGTCTCGAGATGGAGGCATTCCCTTTTCAAGGTTTTGGCGTAAAGTACATCCAAAGTACAAGGTTCCAGCAAATGCTGTATGGTTATGTGCAGTTTTATGCATGCTG
TTAGGCCTTCCCATCTTGAAAGTAAACGTGTTATTCACAGCTATCGTTTCAGTCAGTACCATAGGATGGGTTGGTGCATATGCTGTTCCTATATTTGCCAGAATGATTATGCCAAGGGAGAATTTTAAGCCAGGGCCTTTCTACCTGGGGCGTGCTAGCCGCCCTATATGTTTGATAGCATTCCTGTGGATATCTTACAC
CTGTTTAGTGTTCCTGTTGCCAACAGTATACCCAGTTACATGGAATACACTTAATTATGCGCCTATTGCAGTGGGAGTAGTATTGGGAGTGATAATGCTTTGGT

Intron 3 GTGGGGGTTA ... TTGGTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	76.27	28	100	80
A2	76.39	17	60	50
A3	76.22	22	71	70
A4	69.33	23	65	39
A5	71.43	17	46	39
A6	68.57	124	281	260
A7	73.83	117	325	335
A8	77.3	68	247	216
A9	76.84	91	309	295
A10	74	110	299	327

>TRINITY_DN48759_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

CAGAAATTAAGATTGCTCTAAGAAAAAGTCACTTCACCCATACAAAAATTAAGATTCCTGTAGCAGTCTTCTGCACGTCAAGCTGGCTCACCCCGCGCCTTCGCTGAACTCTTCTAGTATGGCTTAAATTTACAGCTCCTTGTCGCAAAATCTCACCGAGATCAATATTTCGTCATGTCTGCTGTTGGTAATGCCGAGGC
CAGCTTTGTCCAAGCTGGCGAATCCAGTACAGGCGATGGGGTCGACCCTGCGGAGCGGCGCCTCAACGAGCTCGGATACAAGCAGGAGCTCAGAAGAGAAATGACAATGTTCAAGACTATGGCTATTTCGTTCTCGACTATTACGGTGTTCACCGGGATAACCCCGCTCTATGGGTCGTGTCTTCAGTATGCTGGGCCTG
CGCCTCTTGTTTGGGGATGGGTTGTGGTATCATTTTTCACGGCCTTCGTTGCCATAGCCATGTCCGAGATCTGCTCTTCGTTTCCTACCACTGGCTCCTTGTACTTCTGGGCTGCTCATCTGGCTGGGCCTAAGTGGGGTCCATTTGCATCTTGGTGTTGTGCCTGGCTGGAAACCATTGGTCTGATTGCAGGTATTGGA
ACACAGGCTTATGCTGGATCACAAACCATGCAGAGTATTATCTTATTGAGCACTGGGACAAATAAAGGTCATTGGAGGAGCAGTTATTGTTGTGATGCTACCATTAGTTGCACACCGTACTCAATCTGCATCATATGTATTCTCACACTTTGAGACATCTCCTGATTCGACTGGAATACATAACCCGGCATATGCTATAA
TTATTTCTTTCCTTGTTAGTCAGTATTCTCTCTATGGTTATGATGTTGCAGCACATCTAACAGAAGAAACAAAAGGTGCAGAAATCAATGGTCCAATTGCCATACTCTCGAGTCTAGGAATTGTATCAGTTTTTGGATGGGCCTACATCTTAGCTCTTACTTTTAGCATTCAGGACCTCAATTACCTATATGATCGACAC
AATGAAACAGCTGGCATATTTGTACCCGCACAGATTATATATGATGCATTTCATGGGCGGTATCACAGTTCCAGCGGTGCAATAGTTCTGCTCTTTGTAATATGGGGTTCTTTTTTCTTTGCAGGCCTTTCAATCACAACAAGTGCTGCACGAGTGGTTTATGCATTGTCTCGAGATGGAGGTATTCCCTTTTCAAGGAT
TTGGCGTAA

>TRINITY_DN48759_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CAGAAATTAAGATTGCTCTAAGAAAAAGTCACTTCACCCATACAAAAATTAAGATTCCTGTAGCAGTCTTCTGCACGTCAAGCTGGCTCACCCCGCGCCTTCGCTGAACTCTTCTAGTATGGCTTAAATTTACAGCTCCTTGTCGCAAAATCTCACCGAGATCAATATTTCGTCATGTCTGCTGTTGGTAATGCCGAGGC
CAGCTTTGTCCAAGCTGGCGAATCCAGTACAGGCGATGGGGTCGACCCTGCGGAGCGGCGCCTCAACGAGCTCGGATACAAGCAGGAGCTCAGAAGAGAAATGACAATGTTCAAGACTATGGCTATTTCGTTCTCGACTATTACGGTGTTCACCGGGATAACCCCGCTCTATGGGTCGTGTCTTCAGTATGCTGGGCCTG
CGCCTCTTGTTTGGGGATGGGTTGTGGTATCATTTTTCACGGCCTTCGTTGCCATAGCCATGTCCGAGATCTGCTCTTCGTTTCCTACCACTGGCTCCTTGTACTTCTGGGCTGCTCATCTGGCTGGGCCTAAGTGGGGTCCATTTGCATCTTGGTGTTGTGCCTGGCTGGAAACCATTGGTCTGATTGCAGGTATTGGA
ACACAGGCTTATGCTGGATCACAAACCATGCAGAGTATTATCTTATTGAGCACTGGGACAAATAAAGgtgggggttatctggctccacctctagtctttctggctatgtacatagggcttacagttacatgggcaaaattaaacacatattccttggatgtaattgctttcattgataccatctcagtttggtggcagGT
CATTGGAGGAGCAGTTATTGTTGTGATGCTACCATTAGTTGCACACCGTACTCAATCTGCATCATATGTATTCTCACACTTTGAGACATCTCCTGATTTGACTGGAATACATAACCCGGCATATGCTATAATTATTTCTTTCCTTGTTAGTCAGTATTCTCTCTATGGTTATGATGTTGCAGCACATCTAACAGAAGAAA
CAAAAGGTGCAGAAATCAATGGTCCAATTGCCATACTCTCGAGTCTAGGAATTGTATCAGTTTTTGGATGGGCCTACATCTTAGCTCTTACTTTTAGCATTCAGGACCTCAATTACCTATATGATCGACACAATGAAACAGCTGGCATATTTGTACCCGCACAGATTATATATGATGCATTTCATGGGCGGTATCACAGT
TCCAGCGGTGCAATAGTTCTGCTCTTTGTAATATGGGGTTCTTTTTTCTTTGCAGGCCTTTCAATCACAACAAGTGCTGCACGAGTGGTTTATGCATTGTCTCGAGATGGAGGTATTCCCTTTTCAAGGATTTGGCGTAA

Intron 4 GCACGTTCAA ... AAGCAAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	62.5	3	7	3
A2	47.37	5	2	7
A3	50	1	0	2
A4	42.86	2	1	2
A5	100	0	2	0
A6	33.33	6	2	4
A7	66.67	1	2	2
A8	50	3	2	4
A9	53.33	7	3	13
A10	73.33	2	5	6

>TRINITY_DN44655_c0_g1_i13 from sample A9 / Example spliced isoform

GTATAAATCAGCTTATCACTAACAAAATTCAATGAAGATGAACAGTATAAATCAGCTTACAGAAACCCTTTAACTTGACCCGAGGTGCGGAACTGCAATCATCTCAGGTCAAGGCGTATTTCGATGACTATCAAACCCAATGACATGGATTTCAACTTTAAAAAACCAACTTGAATCATCACCCTCAAGAACTATTCAAC
CAAAACAATATAAACAAAATTATAAGTGTTAAAAATAATTGCAAAGCCATTAACACGACCAGCCAAAATTCACTGCGCCAATGACAGGCCCCTTTTATTTTATACCTTTTGGTTGAAGAAATTTCTGCTCAGAGACTGATTCCACATAATGGAAAGCAACATTCCGGCAAGACTCTCGTGCAAAGACCTTACGATCACCG
AGGTAAGCGCGCGCCTGTCCCACACATACAGAAATCAAGATTCCTGTAGCGGTCTTCTCTTCTCCACATCAAGCTGGCGTACGCCACGCCTTCGCTGAATTCTTCGAGTGATGGGCTAATGTATAGCCCCCTTCTCGCTGAATCTCACAGCGATCAATATTTCGTCATGACTGCTGACGGTAAGGCCGAGGCCGGTTCGG
CCCAAACTGGCGAATCCACAGGCAATGGGATCGACGCGGCGGAGCGGCGCCTCAACGAACTCGGATACAAGCAGGAGCTCAGAAGAGAAATGACACTGTTCAAGACACTGGCAATTACGTTCTCGACGATGACGCTCTTCACAGGGATAACGCCGCTCTATGGGTTGAGTCTTCAGGCTGCTGGGCCCGCGCCTCTTGTT
TGGGGATGGATTGTGGTCTCGTTTTTCTCGGCCTTCGTTGCAATTGCCATGGCTGAGATCTGCTCTTCTTTTCCTACCACTGGTTCCTTGTACTTCTGGTCGGCTCATCTGTCTGGGCCTAGGTGGGGTCCATTTGCATGTTGGTGTTGTGCCTGGCTGGAAACCATTGGTGTGATTGCAGGCGTTGGAACTCAGGCTTA
TGCTGGATCACAAATCATGCAAAGTATTATCTTATTGAGCACTGGGACAAATAAAGGTGGAGGTTATCTGGCTCCACATGGAGTCTTTCTGGCCATGTACATGGGGCTTACAGTTATATGGGCATTTTTAAACACATTTGCTTTGGGTGTGATTGGTTTCATCGACACCATCTCAATTTGGTGGCAGGTCATTGGAGGAG
CAGTTATTGTTGTGATGCTTCCATTAGTTGCACGCAGTACTCAATCTGCATCATATGTATTCTCACACTTTGAGACATCTCCTGATTCAACTGGAATACATTACAAGGCATATGCTATAATTCTTTCTTTCCTTGTTAGTCAGTATTCTCTCTATGGTTACGATTCTGCAGCACATCTAACAGAAGAAACAAAAGGGGCA
GAAATCAATGGTCCAATTGCCATACTCTCGAGTCTAGGAATTGTATCAGTTTTTGGATGGGCTTACCTCTTAGCTCTTACTTTTAGCATTCAGGACCTGAAATACCTATATGATCCAAACAATGAAACAGCTGGCACATTTGTACCAGCACAGATTCTATATGATGCATTTCATGGGCGGTATCACAGTTCCAGCGGTGC
AATAGTTCTGCTCTTTGTTATATGGGGTTCTTTCTTCTTTGGAGGGCCTTTCAGCCACAACATGTGCTGGACGAGTTGGCCTTTCAATCACAACAAGTGCTGCACGAGTGGTGTATGTAACTTCTCTTCAATATTCACTTTCTTTTGTTAGGAAAATGATTTTTAGCTGAACAAACATATGCCTAACTTAATGCATATAG
GTTTGAGAATCATCTTTATCCGTAGATTTGGATTGCATATGCATGCCGTTCTCTGGCTAGTATTATTTTCAATAGAATTTATGGCTCTGACAAAAAGGATGTTTTCAGACTCTTTCTTGTGGTTCCTATCCTTGGTAAACTGAAAATTTTGAAGAATGTAAAATAAAAATGTCTAGAATATCTGACTAGTAATGATTGCA
GATTTATGCTTTGTCTCGAGATGGAGGCATTCCCTTTTCAAGGTTTTGGCGTAAAGTACATCCAACGTACAAGGTTCCAGCAAATGCTGTATGGTTATGTGCAGTTTTATGCATGCTGTTAGGCCTTCCCATCTTGAAAGTAAACGTGTTATTCACAGCTATCGTTTCAGTCAGTACCATAGGATGGGTTGGTGCATATG
CTGTTCCTATATTTGCCAGAATGATTATGCCAAGGGAGAATTTTAAGCCAGGGCCTTTCTATCTGGGACGTGCTAGCCGCCCTATATGTTTGATAGCATTCCTGTGGATATCTTACACCTGTTTAGTGTTCCTGTTGCCAACAGTATACCCAGTTACATGGAATACACTTAATTATGCGCCTATTGCAGTGGGAGTAGTA
TTGGGAGTGATAATGATTTGGTGGCTTGTAGATGCAAGAACGTGGTTCAAAGGTCCTGTAAGGAACATTAGGACACAGCAAGACAAAGTTTAGCAATGCTAAGTTTAGTATTTCGTACTGCTTTCAGAGCTAGTTTAGCTCAAGCAATTTATGATTTTCATTTTCTTTGCATTTCAAGAGTTTGTGATCATGTTGCTAAT
TTAACGCTATCCATAAGGTTCTTCAATGATCTTGTGTTCATATTCCAAAAAATCAGTTCAAGCCATTGCTAGTGGCAGAAGATATTTCAGCTCAATCTATGCCTGTATAGTGGAATTCTAGGATTTATTATGGTTCCAAACTTGTCGATATTATATGATTTATTCTATCCTGTCATTGTATTTATCAGTGTATATTCATA
AAGTTCCATTCTTGTGTATTATTCCCTCG

>TRINITY_DN44655_c0_g1_i14 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GTATAAATCAGCTTATCACTAACAAAATTCAATGAAGATGAACAGTATAAATCAGCTTACAGAAACCCTTTAACTTGACCCGAGGTGCGGAACTGCAATCATCTCAGGTCAAGGCGTATTTCGATGACTATCAAACCCAATGACATGGATTTCAACTTTAAAAAACCAACTTGAATCATCACCCTCAAGAACTATTCAAC
CAAAACAATATAAACAAAATTATAAGTGTTAAAAATAATTGCAAAGCCATTAACACGACCAGCCAAAATTCACTGCGCCAATGACAGGCCCCTTTTATTTTATACCTTTTGGTTGAAGAAATTTCTGCTCAGgcacgttcaaattctgctcaatttcttttattttcataaaaagatccaaaatcttaggcaaagaaggc
gctaaatttccttttattttactaaaaataatcaagaatcgtagacaaagaagaccctaaatggaaataagaaaatgagatactgtattaaaatccaaactccaaagcaaacagAGACTGATTCCACATAATGGAAAGCAACATTCCGGCAAGACTCTCGTGCAAAGACCTTACGATCACCGAGGTAAGCGCGCGCCTGT
CCCACACATACAGAAATCAAGATTCCTGTAGCGGTCTTCTCTTCTCCACATCAAGCTGGCGTACGCCACGCCTTCGCTGAATTCTTCGAGTGATGGGCTAATGTATAGCCCCCTTCTCGCTGAATCTCACAGCGATCAATATTTCGTCATGACTGCTGACGGTAAGGCCGAGGCCGGTTCGGCCCAAACTGGCGAATCCA
CAGGCAATGGGATCGACGCGGCGGAGCGGCGCCTCAACGAACTCGGATACAAGCAGGAGCTCAGAAGAGAAATGACACTGTTCAAGACACTGGCAATTACGTTCTCGACGATGACGCTCTTCACAGGGATAACGCCGCTCTATGGGTTGAGTCTTCAGGCTGCTGGGCCCGCGCCTCTTGTTTGGGGATGGATTGTGGTC
TCGTTTTTCTCGGCCTTCGTTGCAATTGCCATGGCTGAGATCTGCTCTTCTTTTCCTACCACTGGTTCCTTGTACTTCTGGTCGGCTCATCTGTCTGGGCCTAGGTGGGGTCCATTTGCATGTTGGTGTTGTGCCTGGCTGGAAACCATTGGTGTGATTGCAGGCGTTGGAACTCAGGCTTATGCTGGATCACAAATCAT
GCAAAGTATTATCTTATTGAGCACTGGGACAAATAAAGGTGGAGGTTATCTGGCTCCACATGGAGTCTTTCTGGCCATGTACATGGGGCTTACAGTTATATGGGCATTTTTAAACACATTTGCTTTGGGTGTGATTGGTTTCATCGACACCATCTCAATTTGGTGGCAGGTCATTGGAGGAGCAGTTATTGTTGTGATGC
TTCCATTAGTTGCACGCAGTACTCAATCTGCATCATATGTATTCTCACACTTTGAGACATCTCCTGATTCAACTGGAATACATTACAAGGCATATGCTATAATTCTTTCTTTCCTTGTTAGTCAGTATTCTCTCTATGGTTACGATTCTGCAGCACATCTAACAGAAGAAACAAAAGGGGCAGAAATCAATGGTCCAATT
GCCATACTCTCGAGTCTAGGAATTGTATCAGTTTTTGGATGGGCTTACCTCTTAGCTCTTACTTTTAGCATTCAGGACCTGAAATACCTATATGATCCAAACAATGAAACAGCTGGCACATTTGTACCAGCACAGATTCTATATGATGCATTTCATGGGCGGTATCACAGTTCCAGCGGTGCAATAGTTCTGCTCTTTGT
TATATGGGGTTCTTTCTTCTTTGGAGGGCCTTTCAGCCACAACATGTGCTGGACGAGTTGGCCTTTCAATCACAACAAGTGCTGCACGAGTGGTGTATGTAACTTCTCTTCAATATTCACTTTCTTTTGTTAGGAAAATGATTTTTAGCTGAACAAACATATGCCTAACTTAATGCATATAGGTTTGAGAATCATCTTTA
TCCGTAGATTTGGATTGCATATGCATGCCGTTCTCTGGCTAGTATTATTTTCAATAGAATTTATGGCTCTGACAAAAAGGATGTTTTCAGACTCTTTCTTGTGGTTCCTATCCTTGGTAAACTGAAAATTTTGAAGAATGTAAAATAAAAATGTCTAGAATATCTGACTAGTAATGATTGCAGATTTATGCTTTGTCTCG
AGATGGAGGCATTCCCTTTTCAAGGTTTTGGCGTAAAGTACATCCAACGTACAAGGTTCCAGCAAATGCTGTATGGTTATGTGCAGTTTTATGCATGCTGTTAGGCCTTCCCATCTTGAAAGTAAACGTGTTATTCACAGCTATCGTTTCAGTCAGTACCATAGGATGGGTTGGTGCATATGCTGTTCCTATATTTGCCA
GAATGATTATGCCAAGGGAGAATTTTAAGCCAGGGCCTTTCTATCTGGGACGTGCTAGCCGCCCTATATGTTTGATAGCATTCCTGTGGATATCTTACACCTGTTTAGTGTTCCTGTTGCCAACAGTATACCCAGTTACATGGAATACACTTAATTATGCGCCTATTGCAGTGGGAGTAGTATTGGGAGTGATAATGATT
TGGTGGCTTGTAGATGCAAGAACGTGGTTCAAAGGTCCTGTAAGGAACATTAGGACACAGCAAGACAAAGTTTAGCAATGCTAAGTTTAGTATTTCGTACTGCTTTCAGAGCTAGTTTAGCTCAAGCAATTTATGATTTTCATTTTCTTTGCATTTCAAGAGTTTGTGATCATGTTGCTAATTTAACGCTATCCATAAGG
TTCTTCAATGATCTTGTGTTCATATTCCAAAAAATCAGTTCAAGCCATTGCTAGTGGCAGAAGATATTTCAGCTCAATCTATGCCTGTATAGTGGAATTCTAGGATTTATTATGGTTCCAAACTTGTCGATATTATATGATTTATTCTATCCTGTCATTGTATTTATCAGTGTATATTCATAAAGTTCCATTCTTGTGTA
TTATTCCCTCG

Intron 5 GTATGTAACT ... ATGATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	35.82	43	1	24
A2	26	37	0	13
A3	27.59	42	1	16
A4	16.67	40	0	8
A5	27.91	31	0	12
A6	21.8	208	1	58
A7	20.8	179	0	47
A8	24.14	220	5	70
A9	22.22	203	2	58
A10	25.85	175	13	61

>TRINITY_DN44655_c0_g1_i15 from sample A9 / Example spliced isoform

GTATAAATCAGCTTATCACTAACAAAATTCAATGAAGATGAACAGTATAAATCAGCTTACAGAAACCCTTTAACTTGACCCGAGGTGCGGAACTGCAATCATCTCAGGTCAAGGCGTATTTCGATGACTATCAAACCCAATGACATGGATTTCAACTTTAAAAAACCAACTTGAATCATCACCCTCAAGAACTATTCAAC
CAAAACAATATAAACAAAATTATAAGTGTTAAAAATAATTGCAAAGCCATTAACACGACCAGCCAAAATTCACTGCGCCAATGACAGGCCCCTTTTATTTTATACCTTTTGGTTGAAGAAATTTCTGCTCAGGCACGTTCAAATTCTGCTCAATTTCTTTTATTTTCATAAAAAGATCCAAAATCTTAGGCAAAGAAGGC
GCTAAATTTCCTTTTATTTTACTAAAAATAATCAAGAATCGTAGACAAAGAAGACCCTAAATGGAAATAAGAAAATGAGATACTGTATTAAAATCCAAACTCCAAAGCAAACAGAGACTGATTCCACATAATGGAAAGCAACATTCCGGCAAGACTCTCGTGCAAAGACCTTACGATCACCGAGGTAAGCGCGCGCCTGT
CCCACACATACAGAAATCAAGATTCCTGTAGCGGTCTTCTCTTCTCCACATCAAGCTGGCGTACGCCACGCCTTCGCTGAATTCTTCGAGTGATGGGCTAATGTATAGCCCCCTTCTCGCTGAATCTCACAGCGATCAATATTTCGTCATGACTGCTGACGGTAAGGCCGAGGCCGGTTCGGCCCAAACTGGCGAATCCA
CAGGCAATGGGATCGACGCGGCGGAGCGGCGCCTCAACGAACTCGGATACAAGCAGGAGCTCAGAAGAGAAATGACACTGTTCAAGACACTGGCAATTACGTTCTCGACGATGACGCTCTTCACAGGGATAACGCCGCTCTATGGGTTGAGTCTTCAGGCTGCTGGGCCCGCGCCTCTTGTTTGGGGATGGATTGTGGTC
TCGTTTTTCTCGGCCTTCGTTGCAATTGCCATGGCTGAGATCTGCTCTTCTTTTCCTACCACTGGTTCCTTGTACTTCTGGTCGGCTCATCTGTCTGGGCCTAGGTGGGGTCCATTTGCATGTTGGTGTTGTGCCTGGCTGGAAACCATTGGTGTGATTGCAGGCGTTGGAACTCAGGCTTATGCTGGATCACAAATCAT
GCAAAGTATTATCTTATTGAGCACTGGGACAAATAAAGGTGGAGGTTATCTGGCTCCACATGGAGTCTTTCTGGCCATGTACATGGGGCTTACAGTTATATGGGCATTTTTAAACACATTTGCTTTGGGTGTGATTGGTTTCATCGACACCATCTCAATTTGGTGGCAGGTCATTGGAGGAGCAGTTATTGTTGTGATGC
TTCCATTAGTTGCACGCAGTACTCAATCTGCATCATATGTATTCTCACACTTTGAGACATCTCCTGATTCAACTGGAATACATTACAAGGCATATGCTATAATTCTTTCTTTCCTTGTTAGTCAGTATTCTCTCTATGGTTACGATTCTGCAGCACATCTAACAGAAGAAACAAAAGGGGCAGAAATCAATGGTCCAATT
GCCATACTCTCGAGTCTAGGAATTGTATCAGTTTTTGGATGGGCTTACCTCTTAGCTCTTACTTTTAGCATTCAGGACCTGAAATACCTATATGATCCAAACAATGAAACAGCTGGCACATTTGTACCAGCACAGATTCTATATGATGCATTTCATGGGCGGTATCACAGTTCCAGCGGTGCAATAGTTCTGCTCTTTGT
TATATGGGGTTCTTTCTTCTTTGGAGGGCCTTTCAGCCACAACATGTGCTGGACGAGTTGGCCTTTCAATCACAACAAGTGCTGCACGAGTGGTATTTATGCTTTGTCTCGAGATGGAGGCATTCCCTTTTCAAGGTTTTGGCGTAAAGTACATCCAACGTACAAGGTTCCAGCAAATGCTGTATGGTTATGTGCAGTTT
TATGCATGCTGTTAGGCCTTCCCATCTTGAAAGTAAACGTGTTATTCACAGCTATCGTTTCAGTCAGTACCATAGGATGGGTTGGTGCATATGCTGTTCCTATATTTGCCAGAATGATTATGCCAAGGGAGAATTTTAAGCCAGGGCCTTTCTATCTGGGACGTGCTAGCCGCCCTATATGTTTGATAGCATTCCTGTGG
ATATCTTACACCTGTTTAGTGTTCCTGTTGCCAACAGTATACCCAGTTACATGGAATACACTTAATTATGCGCCTATTGCAGTGGGAGTAGTATTGGGAGTGATAATGATTTGGTGGCTTGTAGATGCAAGAACGTGGTTCAAAGGTCCTGTAAGGAACATTAGGACACAGCAAGACAAAGTTTAGCAATGCTAAGTTTA
GTATTTCGTACTGCTTTCAGAGCTAGTTTAGCTCAAGCAATTTATGATTTTCATTTTCTTTGCATTTCAAGAGTTTGTGATCATGTTGCTAATTTAACGCTATCCATAAGGTTCTTCAATGATCTTGTGTTCATATTCCAAAAAATCAGTTCAAGCCATTGCTAGTGGCAGAAGATATTTCAGCTCAATCTATGCCTGTA
TAGTGGAATTCTAGGATTTATTATGGTTCCAAACTTGTCGATATTATATGATTTATTCTATCCTGTCATTGTATTTATCAGTGTATATTCATAAAGTTCCATTCTTGTGTATTATTCCCTCG

>TRINITY_DN44655_c0_g1_i14 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GTATAAATCAGCTTATCACTAACAAAATTCAATGAAGATGAACAGTATAAATCAGCTTACAGAAACCCTTTAACTTGACCCGAGGTGCGGAACTGCAATCATCTCAGGTCAAGGCGTATTTCGATGACTATCAAACCCAATGACATGGATTTCAACTTTAAAAAACCAACTTGAATCATCACCCTCAAGAACTATTCAAC
CAAAACAATATAAACAAAATTATAAGTGTTAAAAATAATTGCAAAGCCATTAACACGACCAGCCAAAATTCACTGCGCCAATGACAGGCCCCTTTTATTTTATACCTTTTGGTTGAAGAAATTTCTGCTCAGGCACGTTCAAATTCTGCTCAATTTCTTTTATTTTCATAAAAAGATCCAAAATCTTAGGCAAAGAAGGC
GCTAAATTTCCTTTTATTTTACTAAAAATAATCAAGAATCGTAGACAAAGAAGACCCTAAATGGAAATAAGAAAATGAGATACTGTATTAAAATCCAAACTCCAAAGCAAACAGAGACTGATTCCACATAATGGAAAGCAACATTCCGGCAAGACTCTCGTGCAAAGACCTTACGATCACCGAGGTAAGCGCGCGCCTGT
CCCACACATACAGAAATCAAGATTCCTGTAGCGGTCTTCTCTTCTCCACATCAAGCTGGCGTACGCCACGCCTTCGCTGAATTCTTCGAGTGATGGGCTAATGTATAGCCCCCTTCTCGCTGAATCTCACAGCGATCAATATTTCGTCATGACTGCTGACGGTAAGGCCGAGGCCGGTTCGGCCCAAACTGGCGAATCCA
CAGGCAATGGGATCGACGCGGCGGAGCGGCGCCTCAACGAACTCGGATACAAGCAGGAGCTCAGAAGAGAAATGACACTGTTCAAGACACTGGCAATTACGTTCTCGACGATGACGCTCTTCACAGGGATAACGCCGCTCTATGGGTTGAGTCTTCAGGCTGCTGGGCCCGCGCCTCTTGTTTGGGGATGGATTGTGGTC
TCGTTTTTCTCGGCCTTCGTTGCAATTGCCATGGCTGAGATCTGCTCTTCTTTTCCTACCACTGGTTCCTTGTACTTCTGGTCGGCTCATCTGTCTGGGCCTAGGTGGGGTCCATTTGCATGTTGGTGTTGTGCCTGGCTGGAAACCATTGGTGTGATTGCAGGCGTTGGAACTCAGGCTTATGCTGGATCACAAATCAT
GCAAAGTATTATCTTATTGAGCACTGGGACAAATAAAGGTGGAGGTTATCTGGCTCCACATGGAGTCTTTCTGGCCATGTACATGGGGCTTACAGTTATATGGGCATTTTTAAACACATTTGCTTTGGGTGTGATTGGTTTCATCGACACCATCTCAATTTGGTGGCAGGTCATTGGAGGAGCAGTTATTGTTGTGATGC
TTCCATTAGTTGCACGCAGTACTCAATCTGCATCATATGTATTCTCACACTTTGAGACATCTCCTGATTCAACTGGAATACATTACAAGGCATATGCTATAATTCTTTCTTTCCTTGTTAGTCAGTATTCTCTCTATGGTTACGATTCTGCAGCACATCTAACAGAAGAAACAAAAGGGGCAGAAATCAATGGTCCAATT
GCCATACTCTCGAGTCTAGGAATTGTATCAGTTTTTGGATGGGCTTACCTCTTAGCTCTTACTTTTAGCATTCAGGACCTGAAATACCTATATGATCCAAACAATGAAACAGCTGGCACATTTGTACCAGCACAGATTCTATATGATGCATTTCATGGGCGGTATCACAGTTCCAGCGGTGCAATAGTTCTGCTCTTTGT
TATATGGGGTTCTTTCTTCTTTGGAGGGCCTTTCAGCCACAACATGTGCTGGACGAGTTGGCCTTTCAATCACAACAAGTGCTGCACGAGTGGTgtatgtaacttctcttcaatattcactttcttttgttaggaaaatgatttttagctgaacaaacatatgcctaacttaatgcatataggtttgagaatcatcttta
tccgtagatttggattgcatatgcatgccgttctctggctagtattattttcaatagaatttatggctctgacaaaaaggatgttttcagactctttcttgtggttcctatccttggtaaactgaaaattttgaagaatgtaaaataaaaatgtctagaatatctgactagtaatgattgcagATTTATGCTTTGTCTCG
AGATGGAGGCATTCCCTTTTCAAGGTTTTGGCGTAAAGTACATCCAACGTACAAGGTTCCAGCAAATGCTGTATGGTTATGTGCAGTTTTATGCATGCTGTTAGGCCTTCCCATCTTGAAAGTAAACGTGTTATTCACAGCTATCGTTTCAGTCAGTACCATAGGATGGGTTGGTGCATATGCTGTTCCTATATTTGCCA
GAATGATTATGCCAAGGGAGAATTTTAAGCCAGGGCCTTTCTATCTGGGACGTGCTAGCCGCCCTATATGTTTGATAGCATTCCTGTGGATATCTTACACCTGTTTAGTGTTCCTGTTGCCAACAGTATACCCAGTTACATGGAATACACTTAATTATGCGCCTATTGCAGTGGGAGTAGTATTGGGAGTGATAATGATT
TGGTGGCTTGTAGATGCAAGAACGTGGTTCAAAGGTCCTGTAAGGAACATTAGGACACAGCAAGACAAAGTTTAGCAATGCTAAGTTTAGTATTTCGTACTGCTTTCAGAGCTAGTTTAGCTCAAGCAATTTATGATTTTCATTTTCTTTGCATTTCAAGAGTTTGTGATCATGTTGCTAATTTAACGCTATCCATAAGG
TTCTTCAATGATCTTGTGTTCATATTCCAAAAAATCAGTTCAAGCCATTGCTAGTGGCAGAAGATATTTCAGCTCAATCTATGCCTGTATAGTGGAATTCTAGGATTTATTATGGTTCCAAACTTGTCGATATTATATGATTTATTCTATCCTGTCATTGTATTTATCAGTGTATATTCATAAAGTTCCATTCTTGTGTA
TTATTCCCTCG