sp|P0C2F6|RNHX1_ARATH ----> Putative ribonuclease H protein At1g65750
Intron 1 GTTTGCTTTG ... TTCACAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 32.2 | 117.9 | 55.7 | 45.1 |
| A2 | 30.2 | 134.8 | 58 | 38.6 |
| A3 | 29.28 | 116.3 | 48 | 27.8 |
| A4 | 36.83 | 61.7 | 35.8 | 25.6 |
| A5 | 25.26 | 74.1 | 25 | 16.2 |
| A6 | 25.74 | 353.2 | 121.5 | 120.2 |
| A7 | 28.17 | 426.8 | 166.2 | 133.5 |
| A8 | 26.47 | 378.7 | 135.7 | 123.2 |
| A9 | 29.98 | 412.9 | 176.1 | 118.9 |
| A10 | 28.49 | 347.3 | 137.8 | 72.1 |
>TRINITY_DN126711_c0_g4_i3 from sample A1 / Example spliced isoformGTTAGTTGTTTCACTGTTCGGTTGCCCTTAAACCTGAGGTTGAAGAGGAGGATGCAGGGGGGCTGAATTTAACCCAGGAAAATGCGCCAAATTCAATCCGAGCCGGAGGGCATCTCTTGTTTCACCGTCCCTACCTCTTGGATTTTCACCGCTCTTCCTCCGCCCGAGAACAATAATTCATCCCTTGCCGTCCTTGAAAC
CTCAGCAGGATGATGTCCCAAAACCTGCTTCTTCTTTGTTATTCAGTATTTTTCCACCAGCGAAGCTGAGATCTGGTTTCTCCTTGCCGTCGCCGAAGAACAAATCCGATAAGAGGGTCATTGAATTCAAGCTTCCACTGAACCCTGCGGTGCTCATACTGGGAAAGTGCCACGGGATAACAATAATTAGGTTTTCATAT
CTGCTTTTTTTGCATTATAGCTCGAAGATCCCATGGACCCATACGGTCATGTTAGCAAGAAGGCGAGGTTAGAAGCCTTTTTTAACAGAAATGGTGGCCTGCTCAATCCCCAGGAGAGTACCATGTTCGGGGATGGCAACAGATTCAAGCTCGGTGTTCACATTCCATTGGCTGCCAGGATCAGTAGTAAGAATGGCGGG
GATGAAGTGGCAGCGTCATTGTTTTCAGGGGCAGGAGGAAGGGCGGTGCAGGGGCTAATGTTTGGCTACGTGGAGAATCTGATGACTGTGGCCAGAGGTAGGGAAATCATGGTGGAGGAGTGCAAATATGAGTGCAAAATTTACAGCAACACAATTCTGTCAGGCTATTCTTCAACTCAGAGAATCCAGAATCTATCTCA
GGATCAACTTCACTGGTCAATGGATATCAATCTCCTGGTCAAGAGAACCACATGTATATCATAGTTTCCAGCAATGATTCAATTGTTTTTCCATGCCAAGCGTCTGTCAGTTCTATCACGCAGCTTCTATCCGGTCCGCGATTTTCTACCGTCGTCTCTTCTCGAGGTTCTATCTGGTTGCAACACAACTCGACAAGCTT
GTCTCTGCAATGACGGTGCCTCTTCCACAGCATTGGCAGCAAACCAAAAAGTGGTTAGCTCACAGCTAAGCTGGCATACGAATCCATTCTCAGATCCAGTCAGGAGCAACAACAAAAACGGTGGCATTCACAGGTTTGGAAAGAGACAAAACATTTTCTTCGCTGTCCCAAGAACTGGCAGGATTGCTCGGCTGAGGACA
ACCATTGGGAGTGGCTTTCAATGGACTGTGCTTGGATTGAACTTCCAGTTTTGCCCTCTTGGAAAATATGGAAACACAGGAATTTGGTCCTGTTTGAAGATAAGTCGATAAATGCTCAAAAGATTGGAGCTTTATCCGGGGCAAGGATGATTCTAAAGTTGGAAGATCGGTTAATATACAAAAGTTGGATGGGCTGTGGC
CCTCGCTCCAACAACAAGAGTGAGATTCAAGCTCTGTTTGGTTTGCTTTCCTTAGCTAATCAATTGGGGATTTCGCACCTCTGGGTCGTGGGTGACTCGAAGGTTGTAATTGATTGGGATTCTGGTCACAACACCATCCAGGTCATGTAGCTCAAGTGATGGATGATGGGCATAAGGTCCCTTCAACAAAACTTCCAGGT
GCTTCATTTTAAGCATGCTCTCAAGTGTTTCAATTCAGAAGCAGATAGTCTTTCCAAGAAAGGCCTCCTTGAGGCAGAAGGCTGTCTTCATTTCCAGCTCTGCCATGGAGACGTAGTTCTGGCGCAGGACTCTTTCAGGTTGTTCTGAGAGTGGCTGGGATTGATGGTTGCACTCAGGGCAGGCTTTTTCCATTTTGTAT
TATGGCAGAGGACGATGATTGCTCTCTATGTTCGCTTGTACTGTTTTATATTTTGATTTTGAAGCCACGTTCTGAATTTTGCTCAGACTGATTATGATCATAAAAGTTTTTGTTTGCGATTCTGTAGGTTTGTAAAGGATCTCCACGGAACATGGTTTTAGAGTTCTCAAAAGGCCTCAGGATGTATGGATTCTGTTCCG
ATAAACATGTTTCAGTGCTTTTGTGGGCTAACAACCATTTACATTTTTACAGTTATGTACACTTTGATTAAGTTTTTGAATAACAAATGTTGTGTTTTTTTGAAAAAAAAATTGTTGAACTTACACTTAGTGAGAATAAAGCTATGATAGCGGAGGAAGTGGCGTATTG
>TRINITY_DN126711_c0_g4_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTTAGTTGTTTCACTGTTCGGTTGCCCTTAAACCTGAGGTTGAAGAGGAGGATGCAGGGGGGCTGAATTTAACCCAGGAAAATGCGCCAAATTCAATCCGAGCCGGAGGGCATCTCTTGTTTCACCGTCCCTACCTCTTGGATTTTCACTGCTATTCCTCCGCCCGAGAACAATAATTCATCCCTTGCCGTCCTTGAAAC
CTCAGCAGGATGATGTCCCAAAACCTGCTTCTTCTTTGTTATTCAGTATTTTTCCACCAGCGAAGCTGAGATCTGGTTTCTCCTTGCCGTCGCCGAAGAACAAATCCGATAAGAGGGTCATTGAATTCAAGCTTCCACTGAACCCTGCGGTGCTCATACTGGGAAAGTGCCACGGGATAACAATAATTAGGTTTTCATAT
CTGCTTTTTTTGCATTATAGCTCGAAGATCCCATGGACCCATACGGTCATGTTAGCAAGAAGGCGAGGTTAGAAGCCTTTTTTAACAGAAATGGTGGCCTGCTCAATCCCCAGGAGAGTACCATGTTCGGGGATGGCAACAGATTCAAGCTCGGTGTTCACATTCCATTGGCTGCCAGGATCAGTAGTAAGAATGGCGGG
GATGAAGTGGCAGCGTCATTGTTTTCAGGGGCAGGAGGAAGGGCGGTGCAGGGGCTAATGTTTGGCTACGTGGAGAATCTGATGACTGTGGCCAGAGGTAGGGAAATCATGGTGGAGGAGTGCAAATATGAGTGCAAAATTTACAGCAACACAATTCTGTCAGGCTATTCTTCAACTCAGAGAATCCAGAATCTATCTCA
GGATCAACTTCACTGGTCAATGGATATCAATCTCCTGGTCAAGAGAACCACATGTATATCATAGTTTCCAGCAATGATTCAATTGTTTTTCCATGCCAAGCGTCTGTCAGTTCTATCACGCAGCTTCTATCCGGTCCGCGATTTTCTACCGTCGTCTCTTCTCGAGGTTCTATCTGGTTGCAACACAACTCGACAAGCTT
GTCTCTGCAATGACGGTGCCTCTTCCACAGCATTGGCAGCAAACCAAAAAGTGGTTAGCTCACAGCTAAGCTGGCATACGAATCCATTCTCAGATCCAGTCAGGAGCAACAACAAAAACGGTGGCATTCACAGGTATGGAAATGGAAATGTCCCATTAAAATTAAGTGTTTTGGCTGGCTTCTCTTGGAGAAGAAGATCC
TCACTTGGGATAATTATATTAAAAGAGGGGGTTCTGGCCCTAACAGATGTGTGTTATGCAAGTCTGATGCGGAAAACATTAATCACCTATTTGTCAAATGTGCATTTACGAAACAGGTTTGGAAAGAGACAAAACATTTTCTTCGCTGTCCCAAGAACTGGCAGGATTGCTCGGCTGAGGACAACCATTGGGAGTGGCTT
TCAATGGACTGTGCTTGGATTGAACTTCCAGTTTTGCCCTCTTGGAAAATATGGAAACACAGGAATTTGGTCCTGTTTGAAGATAAGTTGATAAATGCTCAAAAGgtttgctttggtgacatagctgattttaataattatcactttgtgaaaaagtttttttaggatgagagaacaaattcctcccctcatagatagtt
ctgttccaactcgttttttttttatggtgcttcacaacagATTGGAGCTTTATCCGGGGCAAGGATGATTCTAAAGTTGGAAGATCGGTTAATATACAAAAGTTGGATGGGCTGTGGCCCTCGCTCCAACAACAAGAGTGAGATTCAAGCTCTGTTTGGTTTGCTTTCCTTAGCTAATCAATTGGGGATTTCGCACCTCT
GGGTCGTGGGTGACTCGAAGGTTGTAATTGATTGGGATTCTGGTCACAACACCATCCAGGTCATGTAGCTCAAGTGATGGATGATGGGCATAAGGTCCCTTCAACAAAACTTCCAGGTGCTTCATTTTAAGCATGCTCTCAAGTGTTTCAATTCAGAAGCAGATAGTCTTTCCAAGAAAGGCCTCCTTGAGGCAGAAGGC
TGTCTTCATTTCCAGCTCTGCCATGGAGACGTAGTTCTGGCGCAGGACTCTTTCAGGTTGTTCTGAGAGTGGCTGGGATTGATGGTTGCACTCAGGGCAGGCTTTTTCCATTTTGTATTATGGCAGAGGACGATGATTGCTCTCTATGTTCGCTTGTACTGTTTTATATTTTGATTTTGAAGCCACGTTCTGAATTTTGC
TCAGACTGATTATGATCATAAAAGTTTTTGTTTGCGATTCTGTAGGTTTGTAAAGGATCTCCACGGAACATGGTTTTAGAGTTCTCAAAAGGCCTCAGGATGTATGGATTCTGTTCCGATAAACATGTTTCAGTGCTTTTGTGGGCTAACAACCATTTACATTTTTACAGTTATGTACACTTTGATTAAGTTTTTGAATA
ACAAATGTTGTGTTTTTTTGAAAAAAAAATTGTTGAACTTACACTTAGTGAGAATAAAGCTATGATAGCGGAGGAAGTGGCGTATTG
Intron 2 GTGAGATTCA ... CACCATCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 78.64 | 77 | 327 | 240 |
| A2 | 82.59 | 48 | 277.6 | 178 |
| A3 | 82.27 | 54 | 279.1 | 222 |
| A4 | 84.73 | 34 | 230.3 | 147 |
| A5 | 84.05 | 22 | 141.9 | 90 |
| A6 | 80.65 | 248 | 1161.1 | 906.1 |
| A7 | 80.78 | 282 | 1300 | 1071 |
| A8 | 77.56 | 305 | 1136.4 | 971.6 |
| A9 | 79.42 | 256 | 1087.1 | 888.7 |
| A10 | 80.34 | 208 | 890.6 | 809 |
>TRINITY_DN126711_c0_g4_i6 from sample A1 / Example spliced isoformGTTAGTTGTTTCACTGTTCGGTTGCCCTTAAACCTGAGGTTGAAGAGGAGGATGCAGGGGGGCTGAATTTAACCCAGGAAAATGCGCCAAATTCAATCCGAGCCGGAGGGCATCTCTTGTTTCACCGTCCCTACCTCTTGGATTTTCACTGCTATTCCTCCGCCCGAGAACAATAATTCATCCCTTGCCGTCCTTGAAAC
CTCAGCAGGATGATGTCCCAAAACCTGCTTCTTCTTTGTTATTCAGTATTTTTCCACCAGCGAAGCTGAGATCTGGTTTCTCCTTGCCGTCGCCGAAGAACAAATCCGATAAGAGGGTCATTGAATTCAAGCTTCCACTGAACCCTGCGGTGCTCATACTGGGAAAGTGCCACGGGATAACAATAATTAGGTTTTCATAT
CTGCTTTTTTTGCATTATAGCTCGAAGATCCCATGGACCCATACGGTCATGTTAGCAAGAAGGCGAGGTTAGAAGCCTTTTTTAACAGAAATGGTGGCCTGCTCAATCCCCAGGAGAGTACCATGTTCGGGGATGGCAACAGATTCAAGCTCGGTGTTCACATTCCATTGGCTGCCAGGATCAGTAGTAAGAATGGCGGG
GATGAAGTGGCAGCGTCATTGTTTTCAGGGGCAGGAGGAAGGGCGGTGCAGGGGCTAATGTTTGGCTACGTGGAGAATCTGATGACTGTGGCCAGAGGTAGGGAAATCATGGTGGAGGAGTGCAAATATGAGTGCAAAATTTACAGCAACACAATTCTGTCAGGCTATTCTTCAACTCAGAGAATCCAGAATCTATCTCA
GGATCAACTTCACTGGTCAATGGATATCAATCTCCTGGTCAAGAGAACCACATGTATATCATAGTTTCCAGCAATGATTCAATTGTTTTTCCATGCCAAGCGTCTGTCAGTTCTATCACGCAGCTTCTATCCGGTCCGCGATTTTCTACCGTCGTCTCTTCTCGAGGTTCTATCTGGTTGCAACACAACTCGACAAGCTT
GTCTCTGCAATGACGGTGCCTCTTCCACAGCATTGGCAGCAAACCAAAAAGTGGTTAGCTCACAGCTAAGCTGGCATACGAATCCATTCTCAGATCCAGTCAGGAGCAACAACAAAAACGGTGGCATTCACAGGTTTGGAAAGAGACAAAACATTTTCTTCGCTGTCCCAAGAACTGGCAGGATTGCTCGGCTGAGGACA
ACCATTGGGAGTGGCTTTCAATGGACTGTGCTTGGATTGAACTTCCAGTTTTGCCCTCTTGGAAAATATGGAAACACAGGAATTTGGTCCTGTTTGAAGATAAGTCGATAAATGCTCAAAAGATTGGAGCTTTATCCGGGGCAAGGATGATTCTAAAGTTGGAAGATCGGTTAATATACAAAAGTTGGATGGGCTGTGGC
CCTCGCTCCAACAACAAGAGTCATGTAGCTCAAGTGATGGATGATGGGCATAAGGTCCCTTCAACAAAACTTCCAGGTGCTTCATTTTAAGCATGCTCTCAAGTGTTTCAATTCAGAAGCAGATAGTCTTTCCAAGAAAGGCCTCCTTGAGGCAGAAGGCTGTCTTCATTTCCAGCTCTGCCATGGAGACGTAGTTCTGG
CGCAGGACTCTTTCAGGTTGTTCTGAGAGTGGCTGGGATTGATGGTTGCACTCAGGGCAGGCTTTTTCCATTTTGTATTATGGCAGAGGACGATGATTGCTCTCTATGTTCGCTTGTACTGTTTTATATTTTGATTTTGAAGCCACGTTCTGAATTTTGCTCAGACTGATTATGATCATAAAAGTTTTTGTTTGCGATTC
TGTAGGTTTGTAAAGGATCTCCACGGAACATGGTTTTAGAGTTCTCAAAAGGCCTCAGGATGTATGGATTCTGTTCCGATAAACATGTTTCAGTGCTTTTGTGGGCTAACAACCATTTACATTTTTACAGTTATGTACACTTTGATTAAGTTTTTGAATAACAAATGTTGTGTTTTTTTGAAAAAAAAATTGTTGAACTT
ACACTTAGTGAGAATAAAGCTATGATAGCGGAGGAAGTGGCGTATTG
>TRINITY_DN126711_c0_g4_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTTAGTTGTTTCACTGTTCGGTTGCCCTTAAACCTGAGGTTGAAGAGGAGGATGCAGGGGGGCTGAATTTAACCCAGGAAAATGCGCCAAATTCAATCCGAGCCGGAGGGCATCTCTTGTTTCACCGTCCCTACCTCTTGGATTTTCACTGCTATTCCTCCGCCCGAGAACAATAATTCATCCCTTGCCGTCCTTGAAAC
CTCAGCAGGATGATGTCCCAAAACCTGCTTCTTCTTTGTTATTCAGTATTTTTCCACCAGCGAAGCTGAGATCTGGTTTCTCCTTGCCGTCGCCGAAGAACAAATCCGATAAGAGGGTCATTGAATTCAAGCTTCCACTGAACCCTGCGGTGCTCATACTGGGAAAGTGCCACGGGATAACAATAATTAGGTTTTCATAT
CTGCTTTTTTTGCATTATAGCTCGAAGATCCCATGGACCCATACGGTCATGTTAGCAAGAAGGCGAGGTTAGAAGCCTTTTTTAACAGAAATGGTGGCCTGCTCAATCCCCAGGAGAGTACCATGTTCGGGGATGGCAACAGATTCAAGCTCGGTGTTCACATTCCATTGGCTGCCAGGATCAGTAGTAAGAATGGCGGG
GATGAAGTGGCAGCGTCATTGTTTTCAGGGGCAGGAGGAAGGGCGGTGCAGGGGCTAATGTTTGGCTACGTGGAGAATCTGATGACTGTGGCCAGAGGTAGGGAAATCATGGTGGAGGAGTGCAAATATGAGTGCAAAATTTACAGCAACACAATTCTGTCAGGCTATTCTTCAACTCAGAGAATCCAGAATCTATCTCA
GGATCAACTTCACTGGTCAATGGATATCAATCTCCTGGTCAAGAGAACCACATGTATATCATAGTTTCCAGCAATGATTCAATTGTTTTTCCATGCCAAGCGTCTGTCAGTTCTATCACGCAGCTTCTATCCGGTCCGCGATTTTCTACCGTCGTCTCTTCTCGAGGTTCTATCTGGTTGCAACACAACTCGACAAGCTT
GTCTCTGCAATGACGGTGCCTCTTCCACAGCATTGGCAGCAAACCAAAAAGTGGTTAGCTCACAGCTAAGCTGGCATACGAATCCATTCTCAGATCCAGTCAGGAGCAACAACAAAAACGGTGGCATTCACAGGTATGGAAATGGAAATGTCCCATTAAAATTAAGTGTTTTGGCTGGCTTCTCTTGGAGAAGAAGATCC
TCACTTGGGATAATTATATTAAAAGAGGGGGTTCTGGCCCTAACAGATGTGTGTTATGCAAGTCTGATGCGGAAAACATTAATCACCTATTTGTCAAATGTGCATTTACGAAACAGGTTTGGAAAGAGACAAAACATTTTCTTCGCTGTCCCAAGAACTGGCAGGATTGCTCGGCTGAGGACAACCATTGGGAGTGGCTT
TCAATGGACTGTGCTTGGATTGAACTTCCAGTTTTGCCCTCTTGGAAAATATGGAAACACAGGAATTTGGTCCTGTTTGAAGATAAGTTGATAAATGCTCAAAAGGTTTGCTTTGGTGACATAGCTGATTTTAATAATTATCACTTTGTGAAAAAGTTTTTTTAGGATGAGAGAACAAATTCCTCCCCTCATAGATAGTT
CTGTTCCAACTCGTTTTTTTTTTATGGTGCTTCACAACAGATTGGAGCTTTATCCGGGGCAAGGATGATTCTAAAGTTGGAAGATCGGTTAATATACAAAAGTTGGATGGGCTGTGGCCCTCGCTCCAACAACAAGAgtgagattcaagctctgtttggtttgctttccttagctaatcaattggggatttcgcacctct
gggtcgtgggtgactcgaaggttgtaattgattgggattctggtcacaacaccatccagGTCATGTAGCTCAAGTGATGGATGATGGGCATAAGGTCCCTTCAACAAAACTTCCAGGTGCTTCATTTTAAGCATGCTCTCAAGTGTTTCAATTCAGAAGCAGATAGTCTTTCCAAGAAAGGCCTCCTTGAGGCAGAAGGC
TGTCTTCATTTCCAGCTCTGCCATGGAGACGTAGTTCTGGCGCAGGACTCTTTCAGGTTGTTCTGAGAGTGGCTGGGATTGATGGTTGCACTCAGGGCAGGCTTTTTCCATTTTGTATTATGGCAGAGGACGATGATTGCTCTCTATGTTCGCTTGTACTGTTTTATATTTTGATTTTGAAGCCACGTTCTGAATTTTGC
TCAGACTGATTATGATCATAAAAGTTTTTGTTTGCGATTCTGTAGGTTTGTAAAGGATCTCCACGGAACATGGTTTTAGAGTTCTCAAAAGGCCTCAGGATGTATGGATTCTGTTCCGATAAACATGTTTCAGTGCTTTTGTGGGCTAACAACCATTTACATTTTTACAGTTATGTACACTTTGATTAAGTTTTTGAATA
ACAAATGTTGTGTTTTTTTGAAAAAAAAATTGTTGAACTTACACTTAGTGAGAATAAAGCTATGATAGCGGAGGAAGTGGCGTATTG
Intron 3 GTATGGAAAT ... TACGAAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 29.43 | 241 | 103 | 98 |
| A2 | 26.22 | 197 | 62 | 78 |
| A3 | 27.96 | 238 | 105 | 79.7 |
| A4 | 28.63 | 167 | 59 | 75 |
| A5 | 26.92 | 76 | 29 | 27 |
| A6 | 27.28 | 321.5 | 119.2 | 122 |
| A7 | 26.74 | 527 | 218 | 166.7 |
| A8 | 28.83 | 274 | 102 | 120 |
| A9 | 29.35 | 432 | 165 | 194 |
| A10 | 27.53 | 490.2 | 176 | 196.5 |
>TRINITY_DN126711_c0_g4_i3 from sample A1 / Example spliced isoformGTTAGTTGTTTCACTGTTCGGTTGCCCTTAAACCTGAGGTTGAAGAGGAGGATGCAGGGGGGCTGAATTTAACCCAGGAAAATGCGCCAAATTCAATCCGAGCCGGAGGGCATCTCTTGTTTCACCGTCCCTACCTCTTGGATTTTCACCGCTCTTCCTCCGCCCGAGAACAATAATTCATCCCTTGCCGTCCTTGAAAC
CTCAGCAGGATGATGTCCCAAAACCTGCTTCTTCTTTGTTATTCAGTATTTTTCCACCAGCGAAGCTGAGATCTGGTTTCTCCTTGCCGTCGCCGAAGAACAAATCCGATAAGAGGGTCATTGAATTCAAGCTTCCACTGAACCCTGCGGTGCTCATACTGGGAAAGTGCCACGGGATAACAATAATTAGGTTTTCATAT
CTGCTTTTTTTGCATTATAGCTCGAAGATCCCATGGACCCATACGGTCATGTTAGCAAGAAGGCGAGGTTAGAAGCCTTTTTTAACAGAAATGGTGGCCTGCTCAATCCCCAGGAGAGTACCATGTTCGGGGATGGCAACAGATTCAAGCTCGGTGTTCACATTCCATTGGCTGCCAGGATCAGTAGTAAGAATGGCGGG
GATGAAGTGGCAGCGTCATTGTTTTCAGGGGCAGGAGGAAGGGCGGTGCAGGGGCTAATGTTTGGCTACGTGGAGAATCTGATGACTGTGGCCAGAGGTAGGGAAATCATGGTGGAGGAGTGCAAATATGAGTGCAAAATTTACAGCAACACAATTCTGTCAGGCTATTCTTCAACTCAGAGAATCCAGAATCTATCTCA
GGATCAACTTCACTGGTCAATGGATATCAATCTCCTGGTCAAGAGAACCACATGTATATCATAGTTTCCAGCAATGATTCAATTGTTTTTCCATGCCAAGCGTCTGTCAGTTCTATCACGCAGCTTCTATCCGGTCCGCGATTTTCTACCGTCGTCTCTTCTCGAGGTTCTATCTGGTTGCAACACAACTCGACAAGCTT
GTCTCTGCAATGACGGTGCCTCTTCCACAGCATTGGCAGCAAACCAAAAAGTGGTTAGCTCACAGCTAAGCTGGCATACGAATCCATTCTCAGATCCAGTCAGGAGCAACAACAAAAACGGTGGCATTCACAGGTTTGGAAAGAGACAAAACATTTTCTTCGCTGTCCCAAGAACTGGCAGGATTGCTCGGCTGAGGACA
ACCATTGGGAGTGGCTTTCAATGGACTGTGCTTGGATTGAACTTCCAGTTTTGCCCTCTTGGAAAATATGGAAACACAGGAATTTGGTCCTGTTTGAAGATAAGTCGATAAATGCTCAAAAGATTGGAGCTTTATCCGGGGCAAGGATGATTCTAAAGTTGGAAGATCGGTTAATATACAAAAGTTGGATGGGCTGTGGC
CCTCGCTCCAACAACAAGAGTGAGATTCAAGCTCTGTTTGGTTTGCTTTCCTTAGCTAATCAATTGGGGATTTCGCACCTCTGGGTCGTGGGTGACTCGAAGGTTGTAATTGATTGGGATTCTGGTCACAACACCATCCAGGTCATGTAGCTCAAGTGATGGATGATGGGCATAAGGTCCCTTCAACAAAACTTCCAGGT
GCTTCATTTTAAGCATGCTCTCAAGTGTTTCAATTCAGAAGCAGATAGTCTTTCCAAGAAAGGCCTCCTTGAGGCAGAAGGCTGTCTTCATTTCCAGCTCTGCCATGGAGACGTAGTTCTGGCGCAGGACTCTTTCAGGTTGTTCTGAGAGTGGCTGGGATTGATGGTTGCACTCAGGGCAGGCTTTTTCCATTTTGTAT
TATGGCAGAGGACGATGATTGCTCTCTATGTTCGCTTGTACTGTTTTATATTTTGATTTTGAAGCCACGTTCTGAATTTTGCTCAGACTGATTATGATCATAAAAGTTTTTGTTTGCGATTCTGTAGGTTTGTAAAGGATCTCCACGGAACATGGTTTTAGAGTTCTCAAAAGGCCTCAGGATGTATGGATTCTGTTCCG
ATAAACATGTTTCAGTGCTTTTGTGGGCTAACAACCATTTACATTTTTACAGTTATGTACACTTTGATTAAGTTTTTGAATAACAAATGTTGTGTTTTTTTGAAAAAAAAATTGTTGAACTTACACTTAGTGAGAATAAAGCTATGATAGCGGAGGAAGTGGCGTATTG
>TRINITY_DN126711_c0_g4_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTTAGTTGTTTCACTGTTCGGTTGCCCTTAAACCTGAGGTTGAAGAGGAGGATGCAGGGGGGCTGAATTTAACCCAGGAAAATGCGCCAAATTCAATCCGAGCCGGAGGGCATCTCTTGTTTCACCGTCCCTACCTCTTGGATTTTCACTGCTATTCCTCCGCCCGAGAACAATAATTCATCCCTTGCCGTCCTTGAAAC
CTCAGCAGGATGATGTCCCAAAACCTGCTTCTTCTTTGTTATTCAGTATTTTTCCACCAGCGAAGCTGAGATCTGGTTTCTCCTTGCCGTCGCCGAAGAACAAATCCGATAAGAGGGTCATTGAATTCAAGCTTCCACTGAACCCTGCGGTGCTCATACTGGGAAAGTGCCACGGGATAACAATAATTAGGTTTTCATAT
CTGCTTTTTTTGCATTATAGCTCGAAGATCCCATGGACCCATACGGTCATGTTAGCAAGAAGGCGAGGTTAGAAGCCTTTTTTAACAGAAATGGTGGCCTGCTCAATCCCCAGGAGAGTACCATGTTCGGGGATGGCAACAGATTCAAGCTCGGTGTTCACATTCCATTGGCTGCCAGGATCAGTAGTAAGAATGGCGGG
GATGAAGTGGCAGCGTCATTGTTTTCAGGGGCAGGAGGAAGGGCGGTGCAGGGGCTAATGTTTGGCTACGTGGAGAATCTGATGACTGTGGCCAGAGGTAGGGAAATCATGGTGGAGGAGTGCAAATATGAGTGCAAAATTTACAGCAACACAATTCTGTCAGGCTATTCTTCAACTCAGAGAATCCAGAATCTATCTCA
GGATCAACTTCACTGGTCAATGGATATCAATCTCCTGGTCAAGAGAACCACATGTATATCATAGTTTCCAGCAATGATTCAATTGTTTTTCCATGCCAAGCGTCTGTCAGTTCTATCACGCAGCTTCTATCCGGTCCGCGATTTTCTACCGTCGTCTCTTCTCGAGGTTCTATCTGGTTGCAACACAACTCGACAAGCTT
GTCTCTGCAATGACGGTGCCTCTTCCACAGCATTGGCAGCAAACCAAAAAGTGGTTAGCTCACAGCTAAGCTGGCATACGAATCCATTCTCAGATCCAGTCAGGAGCAACAACAAAAACGGTGGCATTCACAGgtatggaaatggaaatgtcccattaaaattaagtgttttggctggcttctcttggagaagaagatcc
tcacttgggataattatattaaaagagggggttctggccctaacagatgtgtgttatgcaagtctgatgcggaaaacattaatcacctatttgtcaaatgtgcatttacgaaacagGTTTGGAAAGAGACAAAACATTTTCTTCGCTGTCCCAAGAACTGGCAGGATTGCTCGGCTGAGGACAACCATTGGGAGTGGCTT
TCAATGGACTGTGCTTGGATTGAACTTCCAGTTTTGCCCTCTTGGAAAATATGGAAACACAGGAATTTGGTCCTGTTTGAAGATAAGTTGATAAATGCTCAAAAGGTTTGCTTTGGTGACATAGCTGATTTTAATAATTATCACTTTGTGAAAAAGTTTTTTTAGGATGAGAGAACAAATTCCTCCCCTCATAGATAGTT
CTGTTCCAACTCGTTTTTTTTTTATGGTGCTTCACAACAGATTGGAGCTTTATCCGGGGCAAGGATGATTCTAAAGTTGGAAGATCGGTTAATATACAAAAGTTGGATGGGCTGTGGCCCTCGCTCCAACAACAAGAGTGAGATTCAAGCTCTGTTTGGTTTGCTTTCCTTAGCTAATCAATTGGGGATTTCGCACCTCT
GGGTCGTGGGTGACTCGAAGGTTGTAATTGATTGGGATTCTGGTCACAACACCATCCAGGTCATGTAGCTCAAGTGATGGATGATGGGCATAAGGTCCCTTCAACAAAACTTCCAGGTGCTTCATTTTAAGCATGCTCTCAAGTGTTTCAATTCAGAAGCAGATAGTCTTTCCAAGAAAGGCCTCCTTGAGGCAGAAGGC
TGTCTTCATTTCCAGCTCTGCCATGGAGACGTAGTTCTGGCGCAGGACTCTTTCAGGTTGTTCTGAGAGTGGCTGGGATTGATGGTTGCACTCAGGGCAGGCTTTTTCCATTTTGTATTATGGCAGAGGACGATGATTGCTCTCTATGTTCGCTTGTACTGTTTTATATTTTGATTTTGAAGCCACGTTCTGAATTTTGC
TCAGACTGATTATGATCATAAAAGTTTTTGTTTGCGATTCTGTAGGTTTGTAAAGGATCTCCACGGAACATGGTTTTAGAGTTCTCAAAAGGCCTCAGGATGTATGGATTCTGTTCCGATAAACATGTTTCAGTGCTTTTGTGGGCTAACAACCATTTACATTTTTACAGTTATGTACACTTTGATTAAGTTTTTGAATA
ACAAATGTTGTGTTTTTTTGAAAAAAAAATTGTTGAACTTACACTTAGTGAGAATAAAGCTATGATAGCGGAGGAAGTGGCGTATTG
Intron 4 GTTTGCTTTG ... TTCACAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 31.5 | 119.6 | 54.8 | 37.6 |
| A2 | 29.87 | 136.8 | 58 | 29.6 |
| A3 | 29.04 | 117.6 | 48 | 22 |
| A4 | 35.81 | 62.6 | 34.8 | 21.8 |
| A5 | 25.12 | 74.6 | 25 | 14.2 |
| A6 | 24.99 | 359.2 | 119 | 96.4 |
| A7 | 27.83 | 433.8 | 166.4 | 102.8 |
| A8 | 26.15 | 383.8 | 135.4 | 97.8 |
| A9 | 29.62 | 418 | 175.4 | 97.8 |
| A10 | 28.16 | 351.6 | 137.4 | 54.2 |
>TRINITY_DN102757_c0_g1_i5 from sample A4 / Example spliced isoformTGCCCTTAAACCTGAGGTTGAAGAGGAGGATGCAGGGGGGCTGAATTTAACCCAGGAAAATGCGCCAAATTCAATCCGAGCCGGAGGGCATCTCTTGTTTCACCGTCCCTACCTCTTGGATTTTCACCGCTCTTCCTCCGCCCGAGAACAATAATTCATCCCTTGCCGTCCTTGAAACCTCAGCAGGATGATGTCCCAAA
ACCTGCTTCTTCTTTGTTATTCAGTATTTTTCCACCAGCGAAGCTGAGATCTGGTTTCTCCTTGCCGTCGCCGAAGAACAAATCCGATAAGAGGGTCATTGAATTCAAGCTTCCACTGAACCCTGCGGTGCTCATACTGGGAAAGTGCCACGGGATAACAATAATTAGGTTTTCATATCTGCTTTTTTTGCATTATAGCT
CGAAGATCCCATGGACCCATACGGTCATGTTAGCAAGAAGGCGAGGTTAGAAGCCTTTTTTAACAGAAATGGTGGCCTGCTCAATCCCCAGGAGAGTACCATGTTCGGGGATGGCAACAGATTCAAGCTCGGTGTTCACATTCCATTGGCTGCCAGGATCAGTAGTAAGAATGGCGGGGATGAAGTGGCAGCGTCATTGT
TTTCAGGGGCAGGAGGAAGGGCGGTGCAGGGGCTAATGTTTGGCTACGTGGAGAATCTGATGACTGTGGCCAGAGGTAGGGAAATCATGGTGGAGGAGTGCAAATATGAGTGCAAAATTTACAGCAACACAATTCTGTCAGGCTATTCTTCAACTCAGAGAATCCAGAATCTATCTCAGGATCAACTTCACTGGTCAATG
GATATCAATCTCCTGGTCAAGAGAACCACATGTATATCATAGTTTCCAGCAATGATTCAATTGTTTTTCCATGCCAAGCGTCTGTCAGTTCTATCACGCAGCTTCTATCCGGTCCGTGATTTTCTACCGTCGTCTCTTCTCGAGGTTCTATCTGGTTGCAACACAACTCGACAAGCTTGTCTCTGCAATGACGGTGCCTC
TTCCACAGCATTGGCAGCAAACCAAAAAGTGGTTAGCTCACAGCTAAGCTGGCATACGAATCCATTCTCAGATCCAGTCAGGAGCAACAACAAAAACGGTGGCATTCACAGGTTTGGAAAGAGACAAAACATTTTCTCCGCTGTCCCAAGAACTGGCAGGATTGCTCGGCTGAGGACAACCATTGGGAGTGGCTTTCAAT
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TGATAGCGGGA
>TRINITY_DN102757_c0_g1_i3 from sample A4 / Example unspliced isoform:TGCCCTTAAACCTGAGGTTGAAGAGGAGGATGCAGGGGGGCTGAATTTAACCCAGGAAAATGCGCCAAATTCAATCCGAGCCGGAGGGCATCTCTTGTTTCACCGTCCCTACCTCTTGGATTTTCACCGCTCTTCCTCCGCCCGAGAACAATAATTCATCCCTTGCCGTCCTTGAAACCTCAGCAGGATGATGTCCCAAA
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