sp|Q109R6|CUTA1_ORYSJ ----> Protein CutA 1, chloroplastic

Intron 1 GCTGTAGCAG ... GGATTGAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	17.42	213.8	54.8	38.5
A2	12.51	267.8	45.5	33.5
A3	11.42	243	31.3	34
A4	12.62	198.8	30	29.5
A5	12.42	105	19.5	11
A6	9.01	1264	167.5	100.5
A7	8.62	1510.8	170.8	131.5
A8	8.94	1232.5	154.3	102
A9	7.88	1470.8	164.3	105
A10	8.94	1079.3	132.3	92

>TRINITY_DN46665_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

CCGTATAGTAATATTGTATTTATGACCCTACTTGATTCTCTACCTATACCTATAATAATGATGGTATCTTTCCCGGTGGACTACCAACGAGTCTCAGGAATTACAATCTGATTATATCAACTATTTGTATTTGCTGCAGCGGGAGGTACTGCAAACTCCATTTCCACTCGCAGTCACTTTCCAGTTCTATTCGGTGGTTC
TCGGCTCCTTCAGCTATTCCACAGGTCAAGCTTTAGCAGTCGATCAAACATACAGGGCATCTGCTCCCAAACGATGGCAGACATTTTCAGCACTGTGCCTAGTATTGTTGTTTATGTAACTGTACCAAACAAAGAAGAAGGTAAGAAGCTCGCTCAAAGCATAATCAAAGAAAAGCTTGCAAGTTGTGTTAATCAAGTGC
CAGGGATCGAGTCAATATACTGGTGGAATGATAAGATAGAGACAGAGTCAGAAATACTACTTATAATCAAGACAAGACAGTCTCTTTTAGAGGCTTTGACAGCACATGTAAAAGCTAATCATTCAAATGAAGTACCAGAAGTTATTTCTTTACCTATTACAGGAGGAAACCATGATTACCTGAAGTGGCTCAAGGAGAAC
ACTAGAGAGTGATTTGGAAATGAACCTACTGTTCAAGAAGCTGCATATTGTGTGATATATGCCACTGATATGCTGAATCCACATGTCCTGTTGATGTATCGTGCATATAAACTCTAGTTTTACTTTGATTCTATGATAATTGATAACCAAAGATCGTTAGTTTTTCCAACAACAGAAATTTGTAGATGTGACTTAATCTG
TACTTAAAGTCTTAATCTATACTTGAATTTTTTGCGGTCAACATCCACAACACAATCCATGTTTGGCGTTGATTTTCTTACATGTCTTTATTGGGACAACCGGCTTGTAGGTTCAAGAGAACTGTTTGCATTTTCGATGCTTTTAGGATAGTTAGAATAAATGAGGATGCTTCCAAGTATATAAATATAGGGAATTGCCT
AGTATGGACGGTTTATTTTGGCTTGTTTTGAATTGTTTCTTTTGTAAAAATTACTCGAAATTAAATAGTTTATAGTCAAATGGAATTTCCACGAAATTGACTTTCTGGGTCAGCTATGAGATTATTTTCACTGTTTATTCTACAAGTTGAATTCCATCTCAGAAAGTGACATACCTCTTGGTCCCGTGCTTTCTAGTGTT
TTCTTTATGTTTACTTGTTTCGGTTCATTTCCCTTTTGTTTTCCTATCAGGGTTCATGTGTATAACTTATGATTTGAACTTATGGTAGCTGAAGTGAATCCCTGGTAAGCAGAATGATCTGTTTGACGGATATGCGATGTTAAGGGATATGAGAACTAAGAGAATGGAATGACTGAGAAATTTC

>TRINITY_DN46665_c0_g1_i10 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TGTACTCTAATTTTTTTTTCTTTGCTAATTCATGAGTGATTACATACATGACCATAATTCTTAAAGCGAGTAGGAATAAATATAAGTGATTACACGAGTAGGAATAAATATACATAGAATCGTATCTAAGGGCGAGTGTGAATATTTACGGAGAATAATAGGGGTGTCATTGATAGAATGGAATAAGTACCCAGAGCATG
ACATTGATGTCATGGCTCTGAGGACTCTCACAATCTCATCATACCCTCCTCTTCATCAACTATTTGTATTTGCTGCAGCGGGAGGTACTGCAAACTCCATTTCCACTCGCAGTCACTTTCCAGTTCTATTCGGTGGTTCTCGGCTCCTTCAGCTATTCCACAGgctgtagcagcaagtccgcacagtgttttttagcatc
cgtacagcacgaggtacacacagaaatttgcagcagcttcaggcacgaatcccgaggtatttccttgcagcaaatccgtacagaaatctgctatccagattgcaggctgtactgtactatccaggcacggattgaaagGTCAAGCTTTAGCAGTCGATCAAACATACAGGGCATCTGCTCCCAAACGATGGCAGACATTT
TCAGCACTGTGCCTAGTATTGTTGTTTATGTAACTGTACCAAACAAAGAAGAAGGTAAGAAGCTCGCTCAAAGCATAATCAAAGAAAAGCTTGCAAGTTGTGTTAATCAAGTGCCAGGGATCGAGTCAATATACTGGTGGAATGATAAGATAGAGACAGAGTCAGAAATACTACTTATAATCAAGACAAGACAGTCTCTT
TTAGAGGCTTTGACAGCACATGTAAAAGCTAATCATTCAAATGAAGTACCAGAAGTTATTTCTTTACCTATTACAGGAGGAAACCATGATTACCTGAAGTGGCTCAAGGAGAACACTAGAGAGTGATTTGGAAATGAACCTACTGTTCAAGAAGCTGCATATTGTGTGATATATGCCACTGATATGCTGAATCCACATGT
CCTGTTGATGTATCGTGCATATAAACTCTAGTTTTACTTTGATTCTATGATAATTGATAACCAAAGATCGTTAGTTTTTCCAACAACAGAAATTTGTAGATGTGACTTAATCTGTACTTAAAGTCTTAATCTATACTTGAATTTTTTGCGGTCAACATCCACAACACAATCCATGTTTGGCGTTGATTTTCTTACATGTC
TTTATTGGGACAACCGGCTTGTAGGTTCAAGAGAACTGTTTGCATTTTCGATGCTTTTAGGATAGTTAGAATAAATGAGGATGCTTCCAAGTATATAAATATAGGGAATTGCCTAGTATGGACGGTTTATTTTGGCTTGTTTTGAATTGTTTCTTTTGTAAAAATTACTCGAAATTAAATAGTTTATAGTCAAATGGAAT
TTCCACGAAATTGACTTTCTGGGTCAGCTATGAGATTATTTTCACTGTTTATTCTACAAGTTGAATTCCATCTCAGAAAGTGACATACCTCTTGGTCCCGTGCTTTCTAGTGTTTTCTTTATGTTTACTTGTTTCGGTTCATTTCCCTTTTGTTTTCCTATCAGGGTTCATGTGTATAACTTATGATTTGAACTTATGGT
AGCTGAAGTGAATCCCTGGTAAGCAGAATGATCTGTTTGACGGATATGCGATGTTAAGGGATATGAGAACTAAGAGAATGGAATGACTGAGAAATTTC

Intron 2 GTTTACATGC ... TGCCTACCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	17.89	413.1	28.9	90
A2	15.07	405.8	30	72
A3	17.78	370	37.3	80
A4	11.93	265.8	22.3	36
A5	13.79	150	15	24
A6	21.57	2047.6	180.3	563
A7	18.8	2452.1	215.1	568
A8	18.03	2391.8	175.3	526
A9	17.13	2521	200.3	521
A10	20.88	1910.1	139.9	504

>TRINITY_DN46665_c0_g1_i10 from sample A7 / Example spliced isoform

TGTACTCTAATTTTTTTTTCTTTGCTAATTCATGAGTGATTACATACATGACCATAATTCTTAAAGCGAGTAGGAATAAATATAAGTGATTACACGAGTAGGAATAAATATACATAGAATCGTATCTAAGGGCGAGTGTGAATATTTACGGAGAATAATAGGGGTGTCATTGATAGAATGGAATAAGTACCCAGAGCATG
ACATTGATGTCATGGCTCTGAGGACTCTCACAATCTCATCATACCCTCCTCTTCATCAACTATTTGTATTTGCTGCAGCGGGAGGTACTGCAAACTCCATTTCCACTCGCAGTCACTTTCCAGTTCTATTCGGTGGTTCTCGGCTCCTTCAGCTATTCCACAGGCTGTAGCAGCAAGTCCGCACAGTGTTTTTTAGCATC
CGTACAGCACGAGGTACACACAGAAATTTGCAGCAGCTTCAGGCACGAATCCCGAGGTATTTCCTTGCAGCAAATCCGTACAGAAATCTGCTATCCAGATTGCAGGCTGTACTGTACTATCCAGGCACGGATTGAAAGGTCAAGCTTTAGCAGTCGATCAAACATACAGGGCATCTGCTCCCAAACGATGGCAGACATTT
TCAGCACTGTGCCTAGTATTGTTGTTTATGTAACTGTACCAAACAAAGAAGAAGGTAAGAAGCTCGCTCAAAGCATAATCAAAGAAAAGCTTGCAAGTTGTGTTAATCAAGTGCCAGGGATCGAGTCAATATACTGGTGGAATGATAAGATAGAGACAGAGTCAGAAATACTACTTATAATCAAGACAAGACAGTCTCTT
TTAGAGGCTTTGACAGCACATGTAAAAGCTAATCATTCAAATGAAGTACCAGAAGTTATTTCTTTACCTATTACAGGAGGAAACCATGATTACCTGAAGTGGCTCAAGGAGAACACTAGAGAGTGATTTGGAAATGAACCTACTGTTCAAGAAGCTGCATATTGTGTGATATATGCCACTGATATGCTGAATCCACATGT
CCTGTTGATGTATCGTGCATATAAACTCTAGTTTTACTTTGATTCTATGATAATTGATAACCAAAGATCGTTAGTTTTTCCAACAACAGAAATTTGTAGATGTGACTTAATCTGTACTTAAAGTCTTAATCTATACTTGAATTTTTTGCGGTCAACATCCACAACACAATCCATGTTTGGCGTTGATTTTCTTACATGTC
TTTATTGGGACAACCGGCTTGTAGGTTCAAGAGAACTGTTTGCATTTTCGATGCTTTTAGGATAGTTAGAATAAATGAGGATGCTTCCAAGTATATAAATATAGGGAATTGCCTAGTATGGACGGTTTATTTTGGCTTGTTTTGAATTGTTTCTTTTGTAAAAATTACTCGAAATTAAATAGTTTATAGTCAAATGGAAT
TTCCACGAAATTGACTTTCTGGGTCAGCTATGAGATTATTTTCACTGTTTATTCTACAAGTTGAATTCCATCTCAGAAAGTGACATACCTCTTGGTCCCGTGCTTTCTAGTGTTTTCTTTATGTTTACTTGTTTCGGTTCATTTCCCTTTTGTTTTCCTATCAGGGTTCATGTGTATAACTTATGATTTGAACTTATGGT
AGCTGAAGTGAATCCCTGGTAAGCAGAATGATCTGTTTGACGGATATGCGATGTTAAGGGATATGAGAACTAAGAGAATGGAATGACTGAGAAATTTC

>TRINITY_DN46665_c0_g1_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CCGTATAGTAATATTGTATTTATGACCCTACTTGATTCTCTACCTATACCTATAATAATGATGGTATCTTTCCCGGTGGACTACCAACGAGTCTCAGGAATTACAATCTGATTATATCAACTATTTGTATTTGCTGCAGCGGGAGGTACTGCAAACTCCATTTCCACTCGCAGTCACTTTCCAGTTCTATTCGGTGGTTC
TCGGCTCCTTCAGCTATTCCACAGGTCAAGCTTTAGCAGTCGATCAAACATACAGGGCATCTGCTCCCAAACGATGGCAGACATTTTCAGCACTGTGCCTAGTATTGTTGTTTATGTAACTGTACCAAACAAAGAAGAAGGTAAGAAGCTCGCTCAAAGCATAATCAAAGAAAAGCTTGCAAGTTGTGTTAATCAAGTGC
CAGGGATCGAGTCAATATACTGGTGGAATGATAAGgtttacatgcaatgttactaagcacttatatttctgcctaccagATAGAGACAGAGTCAGAAATACTACTTATAATCAAGACAAGACAGTCTCTTTTAGAGGCTTTGACAGCACATGTAAAAGCTAATCATTCAAATGAAGTACCAGAAGTTATTTCTTTACCTA
TTACAGGAGGAAACCATGATTACCTGAAGTGGCTCAAGGAGAACACTAGAGAGTGATTTGGAAATGAACCTACTGTTCAAGAAGCTGCATATTGTGTGATATATGCCACTGATATGCTGAATCCACATGTCCTGTTGATGTATCGTGCATATAAACTCTAGTTTTACTTTGATTCTATGATAATTGATAACCAAAGATCG
TTAGTTTTTCCAACAACAGAAATTTGTAGATGTGACTTAATCTGTACTTAAAGTCTTAATCTATACTTGAATTTTTTGCGGTCAACATCCACAACACAATCCATGTTTGGCGTTGATTTTCTTACATGTCTTTATTGGGACAACCGGCTTGTAGGTTCAAGAGAACTGTTTGCATTTTCGATGCTTTTAGGATAGTTAGA
ATAAATGAGGATGCTTCCAAGTATATAAATATAGGGAATTGCCTAGTATGGACGGTTTATTTTGGCTTGTTTTGAATTGTTTCTTTTGTAAAAATTACTCGAAATTAAATAGTTTATAGTCAAATGGAATTTCCACGAAATTGACTTTCTGGGTCAGCTATGAGATTATTTTCACTGTTTATTCTACAAGTTGAATTCCA
TCTCAGAAAGTGACATACCTCTTGGTCCCGTGCTTTCTAGTGTTTTCTTTATGTTTACTTGTTTCGGTTCATTTCCCTTTTGTTTTCCTATCAGGGTTCATGTGTATAACTTATGATTTGAACTTATGGTAGCTGAAGTGAATCCCTGGTAAGCAGAATGATCTGTTTGACGGATATGCGATGTTAAGGGATATGAGAAC
TAAGAGAATGGAATGACTGAGAAATTTC

Intron 3 GCCAAGTTTC ... AAAGAAGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	67.98	97.4	174.4	244
A2	70.03	105.8	221.8	278.4
A3	68.43	109.4	201	278.2
A4	68.74	89.8	180.8	217.8
A5	70.44	40.6	67	128.6
A6	68.59	474.4	803.8	1302
A7	67.13	719	1261.2	1706.6
A8	66.13	703.6	1121.2	1660.2
A9	66.51	726.2	1166.8	1749
A10	66.8	572.4	1027.2	1296.8

>TRINITY_DN124262_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

CACGAGTAGGAATAAATATACATAGAATCGTATCTAAGGGCGAGTGTGAATATTTACGGAGAATAATAGGGGTGTCATTGATAGAATGGAATAAGTACCCAGAGCATGACATTGATGTCATGGCTCTGAGGACTCTCACAATCTCATCATACCCTCCTCTTCATCAACTATTTGTATTTGCTGCAGCGGGAGGTACCGCA
AACTCCATCTTAACTCGCACTCGCTTTCCAGCTATTCTCGGTGGTTCTCGGCTCCTTCAACTATTCCACAGGTAAGAAGCTTGCGCAAAGCATAATCAAAGAAAAGCTTGCAGCTTGTGTTAATCAAGTACCGGGTATTGAGTCAACTTACTGGTGGAATGATAAGATAGAGACAGATTCAGAAGAGCTACTTATAATCA
AGACACGGGAGTCTCTTTTAGAGGCTTTGACAGCACATGTAAAAGCTAATCATCCATATGAAGTACCAGAAGTTATTTCTTTACCTATTACAGGAGGAAACCATGATTACCTGAAGTGGCTCAAGGAGAACACTAGAGAGTGATATGGAGATAAGGCTACTGTTCAAGAAGCTGAATATTGTGTGATATATGCCACTGAT
ATGCTGAATCCACATCTCCTGTAGATGTATCGTGCATATAAACTCTAGTTTTACATTGATTCTATGATAACTAAAGATCGTTAGTTTTTCCAACAACAGAAATTTTTGGATGTGGCTTAATCTGTACTTTTGTGGCCAACATCTACAACACAGTCTACTTACATGTCTTTATTGGGACAACCAGCTCGTAGGTTCAAGAA
AACTGTTTGCATGTTCGATGCTTTTAGGATAGTTGGAAATGGAATAAATGAGGATGCTTACAAGTATATAAATATAAAGTAAGGGATTGGCTAGTATGGACGGTTTATTTTGGCTTGTTTTGAATTGTTTTTCTTTGTGCAATTTTTTCGAAATCAAATTAGTTTATAGTCAAATGGAATTTCCACGAAATTGACTTTCT
GGGTCAGCTATGAGATTCTTTTCATTGTTTATTCCACAAGCTGAATTCCATCTCAGAAAGTGACATACCTCTTGGTCCCGTGCTTTCTAGTGTTTTCTTTATTTTTAATTGTTTCGGTTCATTTCCCTTTTGTTTTCCTATCAGGGTTCATGTG

>TRINITY_DN124262_c0_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CACGAGTAGGAATAAATATACATAGAATCGTATCTAAGGGCGAGTGTGAATATTTACGGAGAATAATAGGGGTGTCATTGATAGAATGGAATAAGTACCCAGAGCATGACATTGATGTCATGGCTCTGAGGACTCTCACAATCTCATCATACCCTCCTCTTCATCAACTATTTGTATTTGCTGCAGCGGGAGGTACCGCA
AACTCCATCTTAACTCGCACTCGCTTTCCAGCTATTCTCGGTGGTTCTCGGCTCCTTCAACTATTCCACAGgccaagtttcagcactagatcaaacacacagggcatccggtcccaaacaatggcagacatttccagcactgtgcctagtattgtcgtttatgtaactgtaccaaacaaagaagaagGTAAGAAGCTTGC
GCAAAGCATAATCAAAGAAAAGCTTGCAGCTTGTGTTAATCAAGTACCGGGTATGTGTAGTAAAACCAACTCTGGATTGAAGATGTAGACGCTTTTAGAATAGTGCTATGGTTTTGCAGCCACAGATTTCATTGCAAAAAATAATTTAACACTATGCATTATAATGATGTTTCTTTGGTATCCTTTTGGATTTCAGCTAG
CAATCTGATATCTAACATGTATATTCTTCTAAGAAAACTGATCTCAAGCATTGGGCAAAACTCTGTTGTCTGGAATGC