NA ----> NA

Intron 1 GTAATAATCA ... ATCGATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.72	111.7	16.9	38
A2	10.92	81.4	9	11
A3	13.89	118.9	13.4	25
A4	13.88	91.3	12.5	17
A5	9.68	70.9	6.2	9
A6	9.4	1054.6	66.2	153
A7	9.6	1549.4	99.3	230
A8	11.51	1295.6	78.6	259
A9	10.76	1713.1	110.5	303
A10	9.31	1592.9	92.6	235

>TRINITY_DN116277_c8_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

GGAGGCTATCGGCTATAATTTTTATAACAGTTTTTTTTTAAAGCAGATTGAGGTGCTTACTCCTTGAAGAAGACATTTGCGATCCGAGCATTTCAATCTGTCCTCGAGAATTCTCATCCTACGGGCGTTTTCGTTCGCATCCGAGACAAAACAAGACAGTCAAGAGGAGCTGCCTTGGAATCAAGAAAACGTTGCTTCCA
GTCTTTATTTTCCTGGAAATCATACGCAATATTCGCTACTCCTGTTTGCGTCTGCTGTAACGCCGATACTTCTCATGTAAAGCAATCCAAGCACCGCGAGAGAATTATCAGCCTGCTACCATCATCCGAAGTATGTCGAGAGGCAGGCGAGTGCGGCAACAGAGGCGGAAGCTTCGAGCCATTGACGATGAAGATAACTT
CACAGGATCAGTAATTTATCAAGCCATTGGTAGTTTTATAAAGAACATATTGCTTGCAAGGGTTTTATTGGAAATAATACACAATCCAACGCCAGCGAGGGTCTCTGCTTCTTACGGGCCATCGATATATCTCTTCTCCAAAACAATGTTATGCCCGGTGCTGTTGCTGTTGTTGCGGCGGTTGGCTAATAAACGAGAAG
ATCGCTTTCTGTTGTGCGTAATCCTACTTGTCTTTCGGTTTGTGACCACCACAACATACGGTCGCTGCATTAATACGATAGACGTGGATGTCGAGTCCTCCTGCATTTTGGAATGTATCGTTACCGTTACAGCAGGGACCATTCTTTTCTTGATTCTCCTCATCTGGGCTGCAATCAAAGAAACGGGTCCGACACTGCTA
CTGTTCATCGCCCTTCTGTATTTCGCCTCCAGGGTGGTTGAATTTAGCATATACAGAGCTAAAGTGTTGGGTTACATGGTGTGGTTGAGTTTATGGATGGGGCAGAATTTGCATACCTTTCACATTGTAGATGAGCATGTTCATAACCAGCTTGAAATTATTAGATCTAAAATTACATTTTACGGGTTTTGTTCCGTCGT
GATGATCTGCTCGGTCAATTCAATAGTTACAGGACTAGCTAATCTCGAGGGTACCGGCCTATTAAGACAGACAAAGAGATTGAATATTTTTTGCTGGAGCCTGGAGGAGATTGTTTAATTGGTTTGTTCTGCAGAGGACTCAGTACCTCGGCGAATATTAAACACGGCGCTCACGAACCATGAAATATAGTCTTGTGGTC
TCTACAGTTAGGGTTTTATGTGATATTCTGATGTTTGTTATCCATTACGTGAGACTCTTCCTTTAGTTGACCAGCCATTGGATTTGTAATTAAATGGAAAGGTGAAATAAATGAAATTTTGATGTGTGTTAATATGTATTACCTTGTAGAGACTTATTTAGTAGTTGCGCAGCCATTGGATTTGTATTTAAATGGAAAGA
TGCATGGATTCTTATGTCAACTGTATTTAAATGGAAAGATGCATGGATTCTTATGTCAACTGTATTTAAATGGAAAGATGCAT

>TRINITY_DN116277_c8_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GTAAGTATGTATGTATAGCCTTATAGCTCTCAGTAACTTGATGAATGTTTTGTCACGTTATATGCAGCTAATGGACGGACGTGGATGCAGTGCTGTTGCTGTTGTTGCGGCGGTTGGCTAATAAACGAGAAGATCGCTTTCTGTTGTGCGTAATCCTACTTGTCTTTCGGTTTGTGACCACCACAACATACGgtaataat
cattcaacttccttgctctcaaatgaatgggctgaagcattgttgtcagttgacaagcttatataccgcattcatcgatacagGTCGCTGCATTAATACGATAGACGTGGATGTCGAGTCCTCCTGCATTTTGGAATGTATCGTTACCGTTACAGCAGGGACCATTCTTTTCTTGATTCTCCTCATCTGGGCTGCAATCA
AAGAAACGGGTCCGACACTGCTACTGTTCATCGCCCTTCTGTATTTCGCCTCCAGGGTGGTTGAATTTAGCATATACAGAGCTAAAGTGTTGGGTTACATGGTGTGGTTGAGTTTATGGATGGGGCAGAATTTGCATACCTTTCACATTGTAGATGAGCATGTTCATAACCAGCTTGAAATTATTAGATCTAAAATTACA
TTTTACGGGTTTTGTTCCGTCGTGATGATCTGCTCGGTCAATTCAATAGTTACAGGACTAGCTAATCTCGAGGGTACCGGCCTATTAAGACAGACAAAGAGATTGAATATTTTTTGCTGGAGCCTGGAGGAGATTGTTTAATTGGTTTGTTCTGCAGAGGACTCAGTACCTCGGCGAATATTAAACACGGCGCTCACGAA
CCATGAAATATAGTCTTGTGGTCTCTACAGTTAGGGTTTTATGTGATATTCTGATGTTTGTTATCCATTACGTGAGACTCTTCCTTTAGTTGACCAGCCATTGGATTTGTAATTAAATGGAAAGGTGAAATAAATGAAATTTTGATGTGTGTTAATATGTATTACCTTGTAGAGACTTATTTAGTAGTTGCGCAGCCATT
GGATTTGTATTTAAATGGAAAGATGCATGGATTCTTATGTCAACTGTATTTAAATGGAAAGATGCATGGATTCTTATGTCAACTGTATTTAAATGGAAAGATGCAT

Intron 2 GTAAGTATGT ... GTGGATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	6.48	97.7	14.4	7.1
A2	15.32	64.4	10.1	12
A3	15.17	82.3	12.6	15
A4	12.24	78.4	16.1	11.4
A5	11.25	39.8	3.5	5.3
A6	9.51	501.6	79	56.9
A7	9.3	713.8	88.1	79.9
A8	6.26	697.8	106	51.3
A9	11.61	891.3	158.3	123.3
A10	9.93	789.6	118.1	94

>TRINITY_DN105655_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

TAAATTCCTATTTAAAGAGGTGGAGCTGGTGTTCAAAGAGGCTATCGGCTATAATTTTTATAACAGTTTTTTTTTAAAGCAGATTGAGGTGCTTACTCCTTGAAGAAGACATTTGCGATCCGAGCATTTCAATCTGTCCTCGAGAATTCTCATCCTACGGGCGTTTTCGTTCGCATCCGAGACAAAACAAGACAGTCAAG
AGGAGCTGCCTTGGAATCAAGAAAACGTTGCTTCCAGTCTTTATTTTCCTGGAAATCATACGCAATATTCGCTACTCCTGTTTGCGTCTGCTGTAACGCCGATACTTCTCATGTAAAGCAATCCAAGCACCGCGAGAGAATTATCAGCCTGCTACCATCATCCGAAGTATGTCGAGAGGCAGGCGAGTGCGGCAACAGAG
GCGGAAGCTTCGAGCCATTGACGATGAAGATAACTTCACAGGATCAGTAATTTATCAAGCCATTGGTAGTTTTATAAAGAACATATTGCTTGCAAGGGTTTTATTGGAAATAATACACAATCCAACGCCAGCGAGGGTCTCTGCTTCTTACGGGCCATCGATATATCTCTTCTCCAAAACAATGTTATGCCCGGTGCTGT

TGCTGTTGTTGCGGCGGTTGGCTAATAAACGAGAAGATCGCTTTCTGTTGTGCGTAATCCTACTTGTCTTTCGGTTTGTGACCACCACAACATACGGTCGCTGCATTAATACGATAGACGTGGATGTCGAGTCCTCCTGCATTTTGGAATGTATCGTTACCGTTACAGCAGGGACCATTCTTTTCTTGATTCTCCTCATC
TGGGCTGCAATCAAAGAAACGGGTCCGACACTGCTACTGTTCATCGCCCTTCTGTATTTCGCCTCCAGGGTGGTTGAATTTAGCATATACAGAGCTAAAGTGTTGGGTTACATGGTGTGGTTGAGTTTATGGATGGGGCAGAATTTGCATACCTTTCACATTGTAGATGAGCATGTTCATAACCAGCTTGAAATTATTAG
ATCTAAAATTACATTTTACGGGTTTTGTTCCGTCGTGATGATCTGCTCGGTCAATTCAATAGTTACAGGACTAGCTAATCTCGAGGGTACCGGCCTATTAGGACAGACAAAGAGATTGAATATTTTTTGCTGGAGCCTGGAGGAGATTGTTTAATTGGTTTGTTCTGCAGAGGACTCAGTACCTCGGCGAATATTAAACA
CGGCGCTCACGAACCATGAAATATAGTCTTGTGGTCTATACAGTTAGGGTTTTATGTGATATTCTGATGTTTGTTATCCATTACGTGAGACTCTTCCTTTAGTTGACCAGCCATTGGATTTGTAATTAAATGGAAAGGTGAAATAAATGAAATTTTGATGTGTGTTAATATGTAAAAAAA

>TRINITY_DN105655_c0_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TAAATTCCTATTTAAAGAGGTGGAGCTGGTGTTCAAAGAGGCTATCGGCTATAATTTTTATAACAGTTTTTTTTTAAAGCAGATTGAGGTGCTTACTCCTTGAAGAAGACATTTGCGATCCGAGCATTTCAATCTGTCCTCGAGAATTCTCATCCTACGGGCGTTTTCGTTCGCATCCGAGACAAAACAAGACAGTCAAG
AGGAGCTGCCTTGGAATCAAGAAAACGTTGCTTCCAGTCTTTATTTTCCTGGAAATCATACGCAATATTCGCATACTCCTGTTTGCGTCTGCTGTAACGCCGATACTTCTCATGTAAAGCAATCCAAGCACCGCGAGACAATTAGCAGCCTGCTACCATCATCCGAAGTATGTCGAGAGGCAGGCGAGTGCGGCAACAGA
GGCGGAAGCTTCGAGCCATTGACGATGAAGATAACTTCACAGGATCAGTAATTTATCAAGCCATTGGTAGTTTTATAAAGAACATATTGCTTGCAAGGGTTTTATTGGAAATAATACACAATCCAACGCCAGCGAGGGTCTCTGCTTCTTACGGGCCATCGATATATCTCTTCTCCAAAACAATGTTATGCCCGGgtaag
tatgtatgtatagccttatagctctcagtaacttgatgaatgttttgtcacgttatatgcagctaatggacggacgtggatgcagTGCTGTTGCTGTTGTTGCGGCGGTTGGCTAATAAACGAGAAGATCGCTTTCTGTTGTGCGTAATCCTACTTGTCTTTCGGTTTGTGACCACCACAACATACGGTCGCTGCATTAA
TACGATAGACGTGGATGTCGAGTCCTCCTGCATTTTGGAATGTATCGTTACCGTTACAGCAGGGACCATTCTTTTCTTGATTCTCCTCATCTGGGCTGCAATCAAAGAAACGGGTCCGACACTGCTACTGTTCATCGCCCTTCTGTATTTCGCCTCCAGGGTGGTTGAATTTAGCATATACAGAGCTAAAGTGTTGGGTT
ACATGGTGTGGTTGAGTTTATGGATGGGGCAGAATTTGCATACCTTTCACATTGTAGATGAGCATGTTCATAACCAGCTTGAAATTATTAGATCTAAAATTACATTTTACGGGTTTTGTTCCGTCGTGATGATCTGCTCGGTCAATTCAATAGTTACAGGACTAGCTAATCTCGAGGGTACCGGCCTATTAGGACAGACA
AAGAGATTGAATATTTTTTGCTGGAGCCTGGAGGAGATTGTTTAATTGGTTTGTTCTGCAGAGGACTCAGTACCTCGGCGAATATTAAACACGGCGCTCACGAACCATGAAATATAGTCTTGTGGTCTATACAGTTAGGGTTTTATGTGATATTCTGATGTTTGTTATCCATTACGTGAGACTCTTCCTTTAGTTGACCA
GCCATTGGATTTGTAATTAAATGGAAAGGTGAAATAAATGAAATTTTGATGTGTGTTAATATGTAAAAAAA

Intron 3 GTAAACATTG ... ATCGCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	13.95	68	12	15.9
A2	5.71	64	4	16.8
A3	12.79	60	9.3	13.1
A4	14.67	39	7.3	3.7
A5	9.72	41	4.7	4.7
A6	12.72	805	126	176.3
A7	12.71	1111.9	172.9	227.7
A8	13.27	1148.9	188.8	249.5
A9	11.98	1283	186.4	242.9
A10	14.04	1023	179.7	252.1

>TRINITY_DN105655_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

TAAATTCCTATTTAAAGAGGTGGAGCTGGTGTTCAAAGAGGCTATCGGCTATAATTTTTATAACAGTTTTTTTTTAAAGCAGATTGAGGTGCTTACTCCTTGAAGAAGACATTTGCGATCCGAGCATTTCAATCTGTCCTCGAGAATTCTCATCCTACGGGCGTTTTCGTTCGCATCCGAGACAAAACAAGACAGTCAAG
AGGAGCTGCCTTGGAATCAAGAAAACGTTGCTTCCAGTCTTTATTTTCCTGGAAATCATACGCAATATTCGCTACTCCTGTTTGCGTCTGCTGTAACGCCGATACTTCTCATGTAAAGCAATCCAAGCACCGCGAGAGAATTATCAGCCTGCTACCATCATCCGAAGTATGTCGAGAGGCAGGCGAGTGCGGCAACAGAG
GCGGAAGCTTCGAGCCATTGACGATGAAGATAACTTCACAGGATCAGTAATTTATCAAGCCATTGGTAGTTTTATAAAGAACATATTGCTTGCAAGGGTTTTATTGGAAATAATACACAATCCAACGCCAGCGAGGGTCTCTGCTTCTTACGGGCCATCGATATATCTCTTCTCCAAAACAATGTTATGCCCGGTGCTGT
TGCTGTTGTTGCGGCGGTTGGCTAATAAACGAGAAGATCGCTTTCTGTTGTGCGTAATCCTACTTGTCTTTCGGTTTGTGACCACCACAACATACGGTCGCTGCATTAATACGATAGACGTGGATGTCGAGTCCTCCTGCATTTTGGAATGTATCGTTACCGTTACAGCAGGGACCATTCTTTTCTTGATTCTCCTCATC
TGGGCTGCAATCAAAGAAACGGGTCCGACACTGCTACTGTTCATCGCCCTTCTGTATTTCGCCTCCAGGGTGGTTGAATTTAGCATATACAGAGCTAAAGTGTTGGGTTACATGGTGTGGTTGAGTTTATGGATGGGGCAGAATTTGCATACCTTTCACATTGTAGATGAGCATGTTCATAACCAGCTTGAAATTATTAG
ATCTAAAATTACATTTTACGGGTTTTGTTCCGTCGTGATGATCTGCTCGGTCAATTCAATAGTTACAGGACTAGCTAATCTCGAGGGTACCGGCCTATTAGGACAGACAAAGAGATTGAATATTTTTTGCTGGAGCCTGGAGGAGATTGTTTAATTGGTTTGTTCTGCAGAGGACTCAGTACCTCGGCGAATATTAAACA
CGGCGCTCACGAACCATGAAATATAGTCTTGTGGTCTATACAGTTAGGGTTTTATGTGATATTCTGATGTTTGTTATCCATTACGTGAGACTCTTCCTTTAGTTGACCAGCCATTGGATTTGTAATTAAATGGAAAGGTGAAATAAATGAAATTTTGATGTGTGTTAATATGTAAAAAAA

>TRINITY_DN105655_c0_g1_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CTTCTGTATTTCGCCTCCAGGgtaaacattggtttgatataattgttctttatttacactgcagccattagaacgttgccctgcatgatttgacatatatgatttaatcgctgcagGTGGTTGAATTTAGCATATACAGAGCTAAAGTGTTGGGTTACATGGTGTGGTTGAGTTTATGGATGGGGCAGAATTTGCATACC
TTTCACATTGTAGATGAGCATGTTCATAACCAGCTTGAAATTATTAGATCTAAAATTACATTTTACGGGTTTTGTTCCGTCGTGATGATCTGCTCGGTCAATTCAATAGTTACAGGACTAGCTAATCTCGAGGGTACCGGCCTATTAGGACAGACAAAGAGATTGAATATTTTTTGCTGGAGCCTGGAGGAGATTGTTTA
ATTGGTTTGTTCTGCAGAGGACTCAGTACCTCGGCGAATATTAAACACGGCGCTCACGAACCATGAAATATAGTCTTGTGGTCTATACAGTTAGGGTTTTATGTGATATTCTGATGTTTGTTATCCATTACGTGAGACTCTTCCTTTAGTTGACCAGCCATTGGATTTGTAATTAAATGGAAAGGTGAAATAAATGAAAT
TTTGATGTGTGTTAATATGTAAAAAAA