NA ----> NA

Intron 1 GTGAGTTTAG ... ATTTCTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	28.3	928	3	138
A2	24.24	1428	8	171.5
A3	26.9	1572.5	3	205
A4	28.28	820.5	10	146
A5	22.65	556	8	64
A6	25.05	9695	0	1192.5
A7	24.36	12546.5	0	1400
A8	25.44	10498	0	1372
A9	24.32	15913.5	4	1577.5
A10	24.48	11269	0	1258

>TRINITY_DN36964_c0_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoform

GTAAAGTTGTCGGGTGATACCCCAAGCAACAGCGAAATACAATAAGGCGAATAACAGAAAAAGTTCCCGTCAAGCAACCCTTTTTAATATACGTCTCAACGAATCAAGGGGAAGACATATACAGTGAATATACATCCAAGAGGGTATATATAGGAGGGCATAGAGCATTGCATTTCGGCGTGGCAAGTAAGGGTTCGAGA
AAGAAGGAAAGAGTCTCTCTCAGTCTGTTCCCATACACACAGCGACCATGTCTAGCAAGCAAGGTGGAAAGGCTAAGCCCCTCAAGCAGCCAAAGAAGGATAAAGCCGAGTATGACGAGGCTGACCTAGCTCACATTCAGAAGAAAAAGGACGAGGAGAAGGCATTAAAGGAGTTGAAAACTAAGGCTGCACAGAAGGGT
AGTTTTGGTGGAACAGGGTTGAAGAAAAGTGGTAAAAAGTAGTCTGCACTATGTGCTTTATCTACATCTAGAATTCACGCCACTAAACACATACTTATGGGGACTGGTTAGGAGAGTGTTTACGCAATTACAAAGTATGTGATTACCGTAAGAATAGACCTTCCGAACGACACTTACTGATGTTTTAATGTGAATGAATA
ATTAATGTCATAATTATAATGTGATACTTCTTGGTGTTTACTCAATTGCAAATTTTGTGGTTACCGTTGAGAATGGCTCTTCTGAACCACGCACTTCTGTTTCAATGTGAATGAATATTTAATGTTGCAATTATAATCTGATATATGTTTCAAAATTTCTTGAGATATTTGAGGTGAATTGCTAATGTTGTGATGTCATA
AATATCACTTTAGGTAGAACAAATGTGAAAACCTGTGGGCTGTGTTTTGAAATTAGACGAAAACCTGTTGGCTGTGTTTTGAAATTAGACGAATTTAGGTAGATTTAATTTGCTGAGGCTTTTGTCGACTGAGTAGGAGTGTAGAGAAATGTATGTTGTTACTGTGGCAACATAATTGTGCAAGTTGAATTCGTTTCGAT
TTGAGGGTCG

>TRINITY_DN36964_c0_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GGATAAAGCCGAGTATGACGAGgtgagtttagttattttatttagttccaaaactttattctatcaggtttccattgaaaagccctgaccataataaataagtaaataaattgcattagcattagtaaagccctagaaaattctggacacagaccatccaaattatagacaagactgatttacactgcatctgtatagaa
tactgttgaaactagaaaatctgtttttatcttcactatggcgtaagaagctttaatttgacttttagcgaatctaacttatcccccagtggaagttccgcttcacgcaacttgataaactatataaactggatcaaaagacgtcgaggttaaataaattgactagtttacattatgtcttatattgactttacttctac
gcaaccttgaggtgcatatccgtcatgcgttagatgggtttgggcttgtgtagtttagcaattactttcatctagtaattatattattcggattcaatagatcaacagaatttaatattaaggattccattgttgtgggaatatggagtttattaacaaaaaataaacttgaagatcctactattgttgggatatggagt
cctatccgctttcataatgttctagttagaccattgttacatggggttgtgcttcctcatgctttccatgtttctgggatgtggaaactcagtgggggacctggaggatgtttcccaagaaatggtggcatgaaactttggctgacgaaccttgcaaattagaatcacagctattcctgaacgaccattgtgctgtaagc
tagtaataggataatatcagttgtcaatttgtcatttgctaggcgctgtggaacacaattcaatcaagtgaagtggttttctatggctgtagatgaagaaatgtgttccagaaaggtaggcactctcagaactttacaaggcagctaaaattcctgtcctttgggaacagggaaaaaattagagttgctttgattagttt
cctatagctgtagatgaagagatatattccagaattgtacccattgccaggcagctaaaacccctgccctcttgacacaagggaaatttccagttccttatttggtatgaattcatgatcatttaggtttgaaggcagctaaaattcctgtcctttgggcatagggaaaaaattagagctgcttatttgttttgattagt
ttcctatagctgtagatgaagagatatattccagaattgtacccaatgctaggcagctaaaaccccgtcctcttgacacaagggaaatttctagttccttatttggtatgaattcatgatcatttaggttttctgtttgttaattttgattgtgattgtcattttgagtaagacgacagcaaatgttcttaagcccagtg
ccactatgcaccaaaggcaaaaattcttgtgctgctcatatagtatttagatatacaatcagttcatgttggttgtctcattaaatgaagttattttactatgcatgttgaatttgcagggctttcgtaatgaatttggttaatgtagcgattgtgtgtgttttgactctgtagtcctgcccactgatcatcttttcttc
agtcattttttataaacttatcatttatccaagtcatgttttacagactcatcaaagggaagcatttgctagttgtggctcagtaagaaatcttacaggaatcatgttttggcctgaattgcgtgttctttatggaatgtatatgaatttcccagctaaatttgttgtgcacatgctagttgtggttcagtgagaaattt
tacaagaatcatgttttggcctgaatttcttgttctttatggaataaataggaagttcccagttaaattagttgattgatatacttctctttttatgatttgtttcaactatacaaaaaagagattccagcagtagatgaattattgtgtatctacacgttttaaaagaaatactgaggccttctggtcttttgtttttg
tgatttctttagGCTGACCTAGCTCACATTCAGAAGAAAAAGGACGAGGAGAAGGCATTAAAGGAGTTGAAAACTAAGGCTGCACAGAAGGGTAGTTTTGGTGGAACAGGGTTGAAGAAAAGTGGTAAAAAGTAGTCTGCACTATGTGCTTTATCTACATCTAGAATTCACGCCACTAAACACATACTTATGGGGACTGG
TTAGGAGAGTGTTTACGCAATTACAAAGTATGTGATTACCGTAAGAATAGACCTTCCGAACGACACTTACTGATGTTTTAATGTGAATGAATAATTAATGTCATAATTATAATGTGATACTTCTTGGTGTTTACTCAATTGCAAATTTTGTGGTTACCGTTGAGAATGGCTCTTCTGAACCACGCACTTCTGTTTCAATG
TGAATGAATATTTAATGTTGCAATTATAATCTGATATATGTTTCAAAATTTCTTGAGATATTTGAGGTGAATTGCTAATGTTGTGATGTCATAAATATCACTTTAGGTAGAACAAATGTGAAAACCTGTGGGCTGTGTTTTGAAATTAGACGAAAACCTGTTGGCTGTGTTTTGAAATTAGACGAATTTAGGTAGATTTA
ATTTGCTGAGGCTTTTGTCGACTGAGTAGGAGTGTAGAGAAATGTATGTTGTTACTGTGGCAACATAATTGTGCAAGTTGAATTCGTTTCGATTTGAGGGTCG

Intron 2 GTAATGGATT ... TTTGTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	44.91	157	0	128
A2	46.26	237	11	204
A3	45.57	258	0	216
A4	45.5	103	2	86
A5	47.67	135	4	123
A6	44.46	1605	42	1285
A7	45.56	2000	27	1674
A8	45.69	1696	22	1427
A9	45.94	2443	27	2076
A10	46.63	1906	21	1665

>TRINITY_DN88154_c0_g1_i3 from sample A4 / Example spliced isoform

CCCATACACACAGCGACCATGTCGAGCAAGCAAGGTAACGAGTTTGATGCCTGTTCCCCTTTTATTTTCTTTCCGCGTTTTCTAGGGTTTCACTTCTATCATGTAGGGCTAGGTCAAGATTTGCAGCAATTTTCTCTCTTACCGTGGATTTAACTTATAAGCCACGGTGGAAAGGCTAAGCCCCTCAAGCAGCCAAAGAA
GGATAAAGCCGAGTATGACGAGGCTGACCTAGCTCACATTCAGAAGAAAAAGGACGAGGAGAAGGCATTAAAGGAGTTGAAAACTAAGGCTGCACAGAAGGGTAGTTTTGGTGGAACAGGGTTGAAGAAAAGTGGTAAAAAGTAGTCTGCACTATGTGCTTTATCTACATCTAGAATTCACGCCACTAAACACATACTTA
TGGGGACTGGTTAGGAGAGTGTTTACGCAATTACAAAGTATGTGATTACCGTAAGAATAGACCTTCCGAACGACACTTACTGATGTTTTAATGTGAATGAATAATTAATGTCATAATTATAATGTGATACTTCTTGGTGTTTACTCAATTGCAAATTTTGTGGTTACCGTTGAGAATGGCTCTTCTGAACCACGCACTTC
TGTTTCAATGTGAATGAATATTTAATGTTGCAATTATAATCTGATATATGTTTCAAAATTTCTTGAGA

>TRINITY_DN88154_c0_g1_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:

CCCATACACACAGCGACCATGTCGAGCAAGCAAGGTAACGAGTTTGATGCCTGTTCCCCTTTTATTTTCTTTCCGCGTTTTCTAGGGTTTCACTTCTATCATGTAGGGCTAGGTCAAGATTTGCAGCAATTTTCTCTCTTACCGTGGATTTAACTTATAAGCCACGgtaatggatttaaattacaagccacggcaatcca
tagttgtcggttaaatttattgcttttagagaagcatatcttcctctgtaattccgttgatctgtaaaataataaatttatattgatctgtattcagttcttttgggggtctttaaatttcttgtacattctgaatcgttgttgatagcgtttatcttaggatttgattttacgtgttcttattttggggttttgtttca
gGTGGAAAGGCTAAGCCCCTCAAGCAGCCAAAGAAGGATAAAGCCGAGTATGACGAGGCTGACCTAGCTCACATTCAGAAGAAAAAGGACGAGGAGAAGGCATTAAAGGAGTTGAAAACTAAGGCTGCACAGAAGGGTAGTTTTGGTGGAACAGGGTTGAAGAAAAGTGGTAAAAAGTAGTCTGCACTATGTGCTTTATC
TACATCTAGAATTCACGCCACTAAACACATACTTATGGGGACTGGTTAGGAGAGTGTTTACGCAATTACAAAGTATGTGATTACCGTAAGAATAGACCTTCCGAACGACACTTACTGATGTTTTAATGTGAATGAATAATTAATGTCATAATTATAATGTGATACTTCTTGGTGTTTACTCAATTGCAAATTTTGTGGTT
ACCGTTGAGAATGGCTCTTCTGAACCACGCACTTCTGTTTCAATGTGAATGAATATTTAATGTTGCAATTATAATCTGATATATGTTTCAAAATTTCTTGAGA

Intron 3 GTAATGTTTT ... TTGGTGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	27.2	1338.6	3.4	479
A2	27.12	1765.2	4.6	627
A3	27.41	1976.8	7.4	712
A4	25.3	1101.6	0	359
A5	26.35	672.8	0	227
A6	27.28	12409.4	2.6	4440
A7	26.03	14992.4	2	4976
A8	28.25	14063.4	2	5321
A9	26.32	18099	2.6	6076
A10	26.47	13544.8	9	4599

>TRINITY_DN102541_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

GCGAAATACAATAAGGCGAATAACAGAAAAAGTTCCCGTCAAGCAACCCTTTTTAATATACGTCTCAACGAATCAAGGGGAAGACATATACAGTGAATATACATCCAAGAGGGTATATATAGGAGGGCATAGAGCATTGCATTTCGGCGTGGCAAGTAAGGGTTCGAGAAAGAAGGAAAGAGTCTCTCTCAGTCTGTTCC
CATACACACAGCGACCATGTCTAGCAAGCAAGGTGGAAAGGCTAAGCCCCTCAAGCAGCCAAAGAAGGATAAAGCCGAGTATGACGAGGCTGACCTAGCTCACATTCAGAAGAAAAAGGACGAGGAGAAGGCATTAAAGGAGTTGAAAACTAAGGCTGCACAGAAGGGTAGTTTTGGTGGAACAGGGTTGAAGAAAAGTG
GTAAAAAGTAGTCTGCACTATGTGCTTTATCTACATCTAGAATTCACGCCACTAAACACATACTTATGGGGACTGGTTAGGAGAGTGTTTACGCAATTACAAAGTATGTGATTACCGTAAGAATAGACCTTCCGAACGACACTTACTGATGTTTTAATGTGAATGAATAATTAATGTCATAATTATAATGTGATACTTCT
TGGTGTTTACTCAATTGCAAATTTTGTGGTTACCGTTGAGAATGGCTCTTCTGAACCACGCACTTCTGTTTCAATGTGAATGAATATTTAATGTTGCAATTATAATCTGATATATGTTTCAAAATTTCTTGAGATATTTGAGGTGAATTGCTAATGTTGTGATGTCATAAATATCACTTTAGGTAGAACAAATGTGAAAA
CCTGTGGGCTGTGTTTTGAAATTAGACGAAAACCTGTTGGCTGTGTTTTGAAATTAGACGAATTTAGGTAGATTTAATTTGCTGAGGCTTTTGTCGACTGAGTAGGAG

>TRINITY_DN102541_c0_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

ATTATGTCTTATATTGACTTTACTTCTACGCAACCTTGAGGTGCATATCCGTCATGCGTTAGATGGGTTTGGGCTTGTGTAGTTTAGCAATTACTTTCATCTAGTAATTATATTATTCGGATTCAATAGATCAACAGAATTTAATATTAAGGATTCCATTGTTGTGGGAATATGGAGTTTATTAACAAAAAATAAACTTG
AAGATCCTACTATTGTTGGGATATGGAGTCCTATCCGCTTTCATAATGTTCTAGTTAGACCATTGTTACATGGGGTTGTGCTTCCTCATGCTTTCCATGTTTCTGGGATGTGGAAACTCAGTGGGGGACCTGGAGGATGTTTCCCAAGAAATGGTGGCATGAAACTTTGGCTGACGAACCTTGCAAATTAGAATCACAGC
TATTCCTGAACGACCATTGTGCTGTAAGCTAGTAATAGGATAATATCAGTTGTCAATTTGTCATTTGCTAGGCGCTGTGGAACACAATTCAATCAAGTGAAGTGGTTTTCTATGGCTGTAGATGAAGAAATGTGTTCCAGAAAGGTAGGCACTCTCAGAACTTTACAAGGCAGCTAAAATTCCTGTCCTTTGGGCATAGG
GAAAAAATTAGAGCTGCTTATTTGTTTTGATTAGTTTCCTATAGCTGTAGATGAAGAGATATATTCCAGAATTGTACCCAATGCTAGGCAGCTAAAACCCCGTCCTCTTGACACAAGGGAAATTTCTAGTTCCTTATTTGGTATGAATTCATGATCATTTAGGTTTTCTGTTTGTTAATTTTGATTGTGATTGTCATTTT
GAGTAAGACGACAGCAAATGTTCTTAAGCCCAGTGCCACTATGCACCAAAGGCAAAAATTCTTGTGCTGCTCATATAGTATTTAGATATACAATCAGTTCATGTTGGTTGTCTCATTAAATGAAGTTATTTTACTATGCATGTTGAATTTGCAGGGCTTTCGTAATGAATTTGGTTAATGTAGCGATTGTGTGTGTTTTG
ACTCTGTAGTCCTGCCCACTGATCATCTTTTCTTCAGTCATTTTTTATAAACTTATCATTTATCCAAGTCATGTTTTACAGACTCATCAAAGGGAAGCATTTGCTAGTTGTGGCTCAGTAAGAAATCTTACAGGAATCATGTTTTGGCCTGAATTGCGTGTTCTTTATGGAATGTATATGAATTTCCCAGCTAAATTTGT
TGTGCACATGCTAGTTGTGGTTCAGTGAGAAATTTTACAAGAATCATGTTTTGGCCTGAATTTCTTGTTCTTTATGGAATAAATAGGAAGTTCCCAGTTAAATTAGTTGATTGATATACTTCTCTTTTTATGATTTGTTTCAACTATAAAAAAAAGAGATTCCAGCAGTAGATGAATTATTGTGTATCTACACGTTTTAA
AAGAAATACTGAGGCCTTCTGGTCTTTTGTTTTTGTGATTTCTTTAGGCTGACCTAGCTCACATTCAGAAGAAAAAGGACGAGGAGAAGgtaatgttttcatattattttcttgaattttagtattattttgagaaaagatcattttattttctggatgtatttttatttcagaagggttttatatacagtttattttct
ttactcttggtgacagGCATTAAAGGAGTTGAAAACTAAGGCTGCACAGAAGGGTAGTTTTGGTGGAACAGGGTTGAAGAAAAGTGGTAAAAAGTAGTCTGCACTATGTGCTTTATCTACATCTAGAATTCACGCCACTAAACACATACTTATGGGGACTGGTTAGGAGAGTGTTTACGCAATTACAAAGTATGTGATTA
CCGTAAGAATAGACCTTCCGAACGACACTTACTGATGTTTTAATGTGAATGAATAATTAATGTCATAATTATAATGTGATACTTCTTGGTGTTTACTCAATTGCAAATTTTGTGGTTACCGTTGAGAATGGCTCTTCTGAACCACGCACTTCTGTTTCAATGTGAATGAATATTTAATGTTGCAATTATAATCTGATATA
TGTTTCAAAATTTCTTGAGATATTTGAGGTGAATTGCTAATGTTGTGATGTCATAAATATCACTTTAGGTAGAACAAATGTGAAAACCTGTGGGCTGTGTTTTGAAATTAGACGAAAACCTGTTGGCTGTGTTTTGAAATTAGACGAATTTAGGTAGATTTAATTTGCTGAGGCTTTTGTCGACTGAGTAGGAG