NA ----> NA
Intron 1 GTAGATGCTG ... CTCCATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 7.53 | 86 | 7 | 2 |
| A2 | 5.78 | 163 | 10 | 3 |
| A3 | 7.32 | 114 | 9 | 1 |
| A4 | 16.67 | 80 | 16 | 5 |
| A5 | 9.33 | 68 | 7 | 3 |
| A6 | 8.11 | 646 | 57 | 0 |
| A7 | 5.64 | 452 | 27 | 1 |
| A8 | 6.94 | 362 | 27 | 4 |
| A9 | 9.9 | 273 | 30 | 0 |
| A10 | 11.01 | 291 | 36 | 0 |
>TRINITY_DN82533_c0_g1_i2 from sample A4 / Example spliced isoformCAAGCATAGAGAAGCGGCGGGGCATGGGAGCTCTGTAGTCAGAATCCGCGCCCAAATATCAAACAAACGACCGGAGATCGATTCTTGTGCGTGCCCTTACACGGATTCAGAATTTCTTGCTTTCTCTCCTCGTCGATGTGGGATTGCTCATCACTCGCCACGTCTGTCACCCTTACATATATTTAAGACATCAGAGCGTC
ACTCGATTCTGTCCCCTGATCGATCGATCCCTCGAGGGACTCTTGAGAAGATCTTTTAGTCCCGGAATTCAAGAAAGGAAAACAAGACGGAGCTCTGGACTCTCTGGGTTCTTCAATTTTGGGGTTCTGAGTTTGTCTGTTTGTTAGTAATGCTGGAGAATTCGGTTGTGACAGAAGGGGCTTGGAATCTTTAATCAGTG
GTGCTTGAGGGCTTGGAGTAAATTGCCGTGTTGCGGACTTTGCGGCTTTGATTATTTTTTGGTGGAAGAAGTTGGCTTTTGGGGTTCTTTGATCCCAATGCCAGTCTTGGTAGAGCGGATGTTGACGGTTGGCATGGTGGCTTTGAATTTGGGGGTTAATGCTGTGGTTTTGATTACAAATGCATGTTGAAAAGCCTTAA
ATCGGTCGCAGAGGACTTTTTTGGGGAGAATTTTGCAGAGCTTTCTTCTTCTTTGGGGTTTTTGTATGTCTGATCGTAATTGTCTTTCGTACAAGATGTCTAGTTGTTCAATTTATGAAATGCCTGCGTCTCATTCGACAGCTTCGTTGCGTACGAATCTGGAGTGCTTTTTGAAACGCACTACACCAAGCATGCCAGTT
CAGTATTTGTCCAAGACATGTCTTCGAGATTCTGCATTGAACAAGTGGTGGCAACCCACCGAAGCAGAGTATGCAGAGTATTTCAGCCTAGGAGATCTCTGGGATCGCTACAATGAATCAAGTGTATATGGAACAGGAGTACCGATCCGTTTGAATACCGGAGAAACTGTAATTCAATATTATGTGCCTTACCTTTCTGC
GCTTCAAATATACACCTCGAGTGACATCAGATCGTCTTCAAACTTCAGGAGTATGAAGGATGAGAGTGATGGGGATTTTGAATCGAGGGATTCGAGCAGCGATTCTTGCAGTGATAGTGAAAGTGGAAATGGTACTGAAAGATCTTTAAGCTTCAGAAGTGAATCCTGCAACTCCAGCGAAAGAGTAGGAGCATGGGATG
CCGTCTCTGAAGATTCTGGGGCCGATCCTGATCATTTATGGCATCTACGAGACCGACTTGGACACCTGTGTTTCCAGTATTTTGAGCGGGCGTTGCCTTGTGGAAGAGTCCCTCTAATGGAAAAGGTGAATGAGTTATCACGTGGATTTCCAGAATTGATGTCTTTAAGAAGCATTGATCTTTCTCCAGCAAGTTGGATG
TCAGTTGCATGGTATCCTATTTATCACATTCCAACCAGGCGCACTGTTCGGGATCTGTCGGCTTGCTTCTTAACTTATCATACATTGTCTCTCTCCTTCCAAGAGAATGAGATTGGACAAGGTGATACTGAATCTGGTTCTGGGACTGAATTTTCCAATACCAAACCTAAGGATTCCCAATGCATAAGTCTTCCACCATT
TGGGCTTGCTACATACAAATTGCAAGGAAGTCTTTGGACTTCTGGTGGGAGTGCTGATCAACAACAGCTTTTTGCTCTGTTAAGCTCTGCTGATTCCTGGTTGAAGCAACTAAGGGTCAGGCATCCAGATTTTGAGTTTTTTGCTTCTCACAATGTTTGAATGCAAGTCAAAAGCATTGTTGGAGTTATTACCTAACAAT
AACTGTACTCTTCTTCCTATTTTTGATGCCCTCTGCCAGTTTAAGGCAGAGAACTGAGTTATCTAAGAGCGGCAAGTAGCTTTATTTTATGTAGGATTAACCTGTTGGAGTGCAGATAACAAAAGAGAACTTGTAGCATATGAAGGTTGTAAATGTTTTGAAAGATATTTCCTCAGGAAAGAGATCAGGATAGACTTGGC
TTTTGTAGTTTAAGTTCAACAAAATAAGCCAAAAAAGGAAAAAAAATGTAAATTGGGTTGCTTGTGCCCTGCAGTTTTAGGCTATCTGTATTGTTCATGGATGATATGGTTATCTGTGTACAGTGTTGGAACTTTTCCAAATAAACAAATTTTACACAATTGATGTTTTCTTG
>TRINITY_DN82533_c0_g1_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:CAAGCATAGAGAAGCGGCGGGGCATGGGAGCTCTGTAGTCAGAATCCGCGCCCAAATATCAAACAAACGACCGGAGATCGATTCTTGTGCGTGCCCTTACACGGATTCAGAATTTCTTGCTTTCTCTCCTCGTCGATGTGGGATTGCTCATCACTCGCCACGTCTGTCACCCTTACATATATTTAAGACATCAGAGCGTC
ACTCGATTCTGTCCCCTGATCGATCGATCCCTCGAGGGACTCTTGAGAAGATCTTTTAGTCCCGGAATTCAAGAAAGGAAAACAAGACGGAGCTCTGGACTCTCTGGGTTCTTCAATTTTGGGGTTCTGAGTTTGTCTGTTTGTTAGTAATGCTGGAGAATTCGGTTGTGACAGAAGGGGCTTGGAATCTTTAATCAGTG
GTGCTTGAGGGCTTGGAGTAAATTGCCGTGTTGCGGACTTTGCGGCTTTGATTATTTTTTGGTGGAAGAAGTTGGCTTTTGGGGTTCTTTGATCCCAATGCCAGTCTTGGTAGAGCGGATGTTGACGGTTGGCATGGTGGCTTTGAATTTGGGGGTTAATGCTGTGGTTTTGATTACAAATGCATGTTGAAAAGCCTTAA
ATCGGTCGCAGAGGACTTTTTTGGGGAGAATTTTGCAGAGCTTTCTTCTTCTTTGGGGTTTTTGTATGTCTGATCGTAATTGTCTTTCGTACAAGATGTCTAGTTGTTCAATTTATGAAATGCCTGCGTCTCATTCGACAGCTTCGTTGCGTACGAATCTGGAGTGCTTTTTGAAACGCACTACACCAAGCATGCCAGTT
CAGTATTTGTCCAAGACATGTCTTCGAGATTCTGCATTGAACAAGTGGTGGCAACCCACCGAAGCAGAGTATGCAGAGTATTTCAGCCTAGGAGATCTCTGGGATCGCTACAATGAATCAAGTGTATATGGAACAGGAGTACCGATCCGTTTGAATACCGGAGAAACTGTAATTCAATATTATGTGCCTTACCTTTCTGC
GCTTCAAATATACACCTCGAGTGACATCAGATCGTCTTCAAACTTCAGGAGTATGAAGGATGAGAGTGATGGGGATTTTGAATCGAGGGATTCGAGCAGCGATTCTTGCAGTGATAGTGAAAGTGGAAATGGTACTGAAAGATCTTTAAGCTTCAGAAGTGAATCCTGCAACTCCAGCGAAAGAGTAGGAGCATGGGATG
CCGTCTCTGAAGATTCTGGGGCCGATCCTGATCATTTATGGCATCTACGAGACCGACTTGGACACCTGTGTTTCCAGTATTTTGAGCGGGCGTTGCCTTGTGGAAGAGTCCCTCTAATGGAAAAGgtagatgctgtgctattcaagaggagcaaagccttcattgctttctaccattcttttgtttttttaattgtagag
tcctctgaaaatatctaagggaatctttcgaggcatgacaaggatgaagaaatggaacgaagatattgaatttattgcttaagattttagtagaagttaatgctcgagtagatgtcttagttggcttcttcttcagttcctttcagcataaaatctgttttattctcagtaggctgtccttttctccatgcagGTGAATG
AGTTATCACGTGGATTTCCAGAATTGATGTCTTTAAGAAGCATTGATCTTTCTCCAGCAAGTTGGATGTCAGTTGCATGGTAAGTTCTGAATCTTTTTGTGAAAATCATTTGATGGTTACTTAGGTAGCAGATTGTATCACATATGCTGAAAGCTTTCAATCTTCAACCTGAATTTTGTGGTGATATATTACCCTC
Intron 2 GTAATTCCAT ... TTTGTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 55 | 9 | 6 | 11 |
| A2 | 47.37 | 10 | 3 | 9 |
| A3 | 62.5 | 3 | 2 | 5 |
| A4 | 60 | 8 | 0 | 12 |
| A5 | 47.62 | 11 | 5 | 10 |
| A6 | 50.65 | 38 | 1 | 39 |
| A7 | 50.75 | 33 | 5 | 34 |
| A8 | 51.79 | 27 | 0 | 29 |
| A9 | 51.16 | 21 | 0 | 22 |
| A10 | 50 | 12 | 0 | 12 |
>TRINITY_DN89636_c0_g1_i1 from sample A5 / Example spliced isoformAAGCATAGAGAAGCGGCGGGGCATGGGAGCTCTGTAGTCAGAATCCGCGCCCAAATATCAAACAAACGACCGGAGATCGATTCTTGTGCGTGCCCTTACACGGATTCAGAATTTCTTGCTTTCTCTCCTCGTCGATGTGGGATTGCTCATCACTCGCCACGTCTGTCACCCTTACATATATTTAAGACATCAGAGCGTCA
CTCGATTCTGTCCCCTGATCGATCGATCCCTCGAGGGACTCTTGAGAAGATCTTTTAGTCCCGGAATTCAAGAAAGGAAAACAAGACGGAGCTCTGGACTCTCTGGGTTCTTCAATTTTGGGGTTCTGAGTTTGTCTGTTTGTTAGTAATGCTGGAGAATTCGGTTGTGACAGAAGGGGCTTGGAATCTTTAATCAGTGG
TGCTTGAGGGCTTGGAGTAAATTGCCGTGTTGCGGACTTTGCGGCTTTGATTATTTTTTGGTGGAAGAAGTTGGCTTTTGGGGTTCTTTGATCCCAATGCCAGTCTTGGTAGAGCGGATGTTGACGGTTGGCATGGTGGCTTTGAATTTGGGGGTTAATGCTGTGGTTTTGATTACAAATGCATGTTGAAAAGCCTTAAA
TCGGTCGCAGAGGACTTTTTTGGGGAGAATTTTGCAGAGCTTTCTTCTTCTTTGGGGTTTTTGTATGTCTGATCGTAATTGTCTTTCGTACAAGATGTCTAGTTGTTCAATTTATGAAATGCCTGCGTCTCATTCGACAGCTTCGTTGCGTACGAATCTGGAGTGCTTTTTGAAACGCACTACACCAAGCATGCCAGTTC
AGTATTTGTCCAAGACATGTCTTCGAGATTCTGCATTGAACAAGTGGTGGCAACCCACCGAAGCAGAGTATGCAGAGTATTTCAGCCTAGGAGATCTCTGGGATCGCTACAATGAATCAAGTGTATATGGAACAGGAGTACCGATCCGTTTGAATACCGGAGAAACTGTAATTCAATATTATGTGCCTTACCTTTCTGCG
CTTCAAATATACACCTCGAGTGACATCAGATCGTCTTCAAACTTCAGGAGTATGAAGGATGAGAGTGATGGGGATTTTGAATCGAGGGATTCGAGCAGCGATTCTTGCAGTGATAGTGAAAGTGGAAATGGTACTGAAAGATCTTTAAGCTTCAGAAGTGAATCCTGCAACTCCAGCGAAAGAGTAGGAGCATGGGATGC
CGTCTCTGAAGATTCTGGGGCCGATCCTGATCATTTATGGCATCTACGAGACCGACTTGGACACCTGTGTTTCCAGTATTTTGAGCGGGCGTTGCCTTGTGGAAGAGTCCCTCTAATGGAAAAGGTGAATGAGTTATCACGTGGATTTCCAGAATTGATGTCTTTAAGAAGCATTGATCTTTCTCCAGCAAGTTGGATGT
CAGTTGCATGGTATCCTATTTATCACATTCCAACCAGGCGCACTGTTCGGGATCTGTCGGCTTGCTTCTTAACTTATCATACATTGTCTCTCTCCTTCCAAGGTATGTGTGTGATTGATACTGTATTTTGAAATAATTATTTTGCCGATTTAATTTGTTCAGAGAATGAGATTGGACAAGGTGATACTGAATCTGGTTCT
GGGACTGAATTTTCCAATACCAAACCTAAGGATTCCCAATGCATAAGTCTTCCACCATTTGGGCTTGCTACATACAAATTGCAAGGAAGTCTTTGGACTTCTGGTGGGAGTGCTGATCAACAACAGCTTTTTGCTCTGTTAAGCTCTGCTGATTCCTGGTTGAAGCAACTAAGGGTCAGGCATCCAGATTTTGAGTTTTT
TGCTTCTCACAATGTTTGAATGCAAGTCAAAAGCATTGTTGGAGTTATTACCTAACAATAACTGTACTCTTCTTCCTATTTTTGATGCCCTCTGCCAGTTTAAGGCAGAGAACTGAGTTATCTAAGAGCGGCAAGTAGCTTTATTTTATGTAGGATTAACCTGTTGGAGTGCAGATAACAAAAGAGAACTTGTAGCATAT
GAAGGTTGTAAATGTTTTGAAAGATATTTCCTCAGGAAAGAGATCAGGATAGACTTGGCTTTTGTAGTTTAAGTTCAACAAAATAAGCCAAAAAAGGAAAAAAAATGTAAATTGGGTTGCTTGTGCCCTGCAGTTTTAGGCTATCTGTATTGTTCATGGATGATATGGTTATCTGTGTACAGTGTTGGAACTTTTCCAAA
TAAACAAATTTTACACAATTGATGTTTTCTTG
>TRINITY_DN89636_c0_g1_i3 from sample A5 / Example unspliced isoform:AAGCATAGAGAAGCGGCGGGGCATGGGAGCTCTGTAGTCAGAATCCGCGCCCAAATATCAAACAAACGACCGGAGATCGATTCTTGTGCGTGCCCTTACACGGATTCAGAATTTCTTGCTTTCTCTCCTCGTCGATGTGGGATTGCTCATCACTCGCCACGTCTGTCACCCTTACATATATTTAAGACATCAGAGCGTCA
CTCGATTCTGTCCCCTGATCGATCGATCCCTCGAGGGACTCTTGAGAAGATCTTTTAGTCCCGGAATTCAAGAAAGGAAAACAAGACGGAGCTCTGGACTCTCTGGGTTCTTCAATTTTGGGGTTCTGAGTTTGTCTGTTTGTTAGTAATGCTGGAGAATTCGGTTGTGACAGAAGGGGCTTGGAATCTTTAATCAGTGG
TGCTTGAGGGCTTGGAGTAAATTGCCGTGTTGCGGACTTTGCGGCTTTGATTATTTTTTGGTGGAAGAAGTTGGCTTTTGGGGTTCTTTGATCCCAATGCCAGTCTTGGTAGAGCGGATGTTGACGGTTGGCATGGTGGCTTTGAATTTGGGGGTTAATGCTGTGGTTTTGATTACAAATGCATGTTGAAAAGCCTTAAA
TCGGTCGCAGAGGACTTTTTTGGGGAGAATTTTGCAGAGCTTTCTTCTTCTTTGGGGTTTTTGTATGTCTGATCGTAATTGTCTTTCGTACAAGATGTCTAGTTGTTCAATTTATGAAATGCCTGCGTCTCATTCGACAGCTTCGTTGCGTACGAATCTGGAGTGCTTTTTGAAACGCACTACACCAAGCATGCCAGTTC
AGTATTTGTCCAAGACATGTCTTCGAGATTCTGCATTGAACAAGTGGTGGCAACCCACCGAAGCAGAGTATGCAGAGTATTTCAGCCTAGGAGATCTCTGGGATCGCTACAATGAATCAAGTGTATATGGAACAGGAGTACCGATCCGTTTGAATACCGGAGAAACTGTAATTCAATATTATGTGCCTTACCTTTCTGCG
CTTCAAATATACACCTCGAGTGACATCAGATCGTCTTCAAACTTCAGGAGTATGAAGGATGAGAGTGATGGGGATTTTGAATCGAGGGATTCGAGCAGCGATTCTTGCAGTGATAGTGAAAGTGGAAATGGTACTGAAAGATCTTTAAGCTTCAGAAGTGAATCCTGCAACTCCAGCGAAAGAGTAGGAGCATGGGATGC
CGTCTCTGAAGATTCTGGGGCCGATCCTGATCATTTATGGCATCTACGAGACCGACTTGGACACCTGTGTTTCCAGTATTTTGAGCGGGCGTTGCCTTGTGGAAGAGTCCCTCTAATGGAAAAGGTGAATGAGTTATCACGTGGATTTCCAGAATTGATGTCTTTAAGAAGCATTGATCTTTCTCCAGCAAGTTGGATGT
CAGTTGCATGGTATCCTATTTATCACATTCCAACCAGGCGCACTGTTCGGGATCTGTCGGCTTGCTTCTTAACTTATCATACATTGTCTCTCTCCTTCCAAGGTATGTGTGTGATTGATACTGTATTTTGAAATAATTATTTTGCCGATTTAATTTGTTCAGgtaattccattctgttcaatatgatatcagaagcttgt
gaaaatcaattttctaatacagaaagcctgatgctgactcttggatctcaaatttgttgcagAGAATGAGATTGGACAAGGTGATACTGAATCTGGTTCTGGGACTGAATTTTCCAATACCAAACCTAAGGATTCCCAATGCATAAGTCTTCCACCATTTGGGCTTGCTACATACAAATTGCAAGGAAGTCTTTGGACTT
CTGGTGGGAGTGCTGATCAACAACAGCTTTTTGCTCTGTTAAGCTCTGCTGATTCCTGGTTGAAGCAACTAAGGGTCAGGCATCCAGATTTTGAGTTTTTTGCTTCTCACAATGTTTGAATGCAAGTCAAAAGCATTGTTGGAGTTATTACCTAACAATAACTGTACTCTTCTTCCTATTTTTGATGCCCTCTGCCAGTT
TAAGGCAGAGAACTGAGTTATCTAAGAGCGGCAAGTAGCTTTATTTTATGTAGGATTAACCTGTTGGAGTGCAGATAACAAAAGAGAACTTGTAGCATATGAAGGTTGTAAATGTTTTGAAAGATATTTCCTCAGGAAAGAGATCAGGATAGACTTGGCTTTTGTAGTTTAAGTTCAACAAAATAAGCCAAAAAAGGAAA
AAAAATGTAAATTGGGTTGCTTGTGCCCTGCAGTTTTAGGCTATCTGTATTGTTCATGGATGATATGGTTATCTGTGTACAGTGTTGGAACTTTTCCAAATAAACAAATTTTACACAATTGATGTTTTCTTG
Intron 3 GTATGTGTGT ... ATTTGTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 17.54 | 94 | 31 | 9 |
| A2 | 14.61 | 76 | 16 | 10 |
| A3 | 6.85 | 68 | 7 | 3 |
| A4 | 10.3 | 74 | 9 | 8 |
| A5 | 20.93 | 34 | 7 | 11 |
| A6 | 12.14 | 322 | 51 | 38 |
| A7 | 16.57 | 214 | 52 | 33 |
| A8 | 12.32 | 185 | 25 | 27 |
| A9 | 11.72 | 162 | 22 | 21 |
| A10 | 11.33 | 133 | 22 | 12 |
>TRINITY_DN89636_c0_g1_i2 from sample A5 / Example spliced isoformAAGCATAGAGAAGCGGCGGGGCATGGGAGCTCTGTAGTCAGAATCCGCGCCCAAATATCAAACAAACGACCGGAGATCGATTCTTGTGCGTGCCCTTACACGGATTCAGAATTTCTTGCTTTCTCTCCTCGTCGATGTGGGATTGCTCATCACTCGCCACGTCTGTCACCCTTACATATATTTAAGACATCAGAGCGTCA
CTCGATTCTGTCCCCTGATCGATCGATCCCTCGAGGGACTCTTGAGAAGATCTTTTAGTCCCGGAATTCAAGAAAGGAAAACAAGACGGAGCTCTGGACTCTCTGGGTTCTTCAATTTTGGGGTTCTGAGTTTGTCTGTTTGTTAGTAATGCTGGAGAATTCGGTTGTGACAGAAGGGGCTTGGAATCTTTAATCAGTGG
TGCTTGAGGGCTTGGAGTAAATTGCCGTGTTGCGGACTTTGCGGCTTTGATTATTTTTTGGTGGAAGAAGTTGGCTTTTGGGGTTCTTTGATCCCAATGCCAGTCTTGGTAGAGCGGATGTTGACGGTTGGCATGGTGGCTTTGAATTTGGGGGTTAATGCTGTGGTTTTGATTACAAATGCATGTTGAAAAGCCTTAAA
TCGGTCGCAGAGGACTTTTTTGGGGAGAATTTTGCAGAGCTTTCTTCTTCTTTGGGGTTTTTGTATGTCTGATCGTAATTGTCTTTCGTACAAGATGTCTAGTTGTTCAATTTATGAAATGCCTGCGTCTCATTCGACAGCTTCGTTGCGTACGAATCTGGAGTGCTTTTTGAAACGCACTACACCAAGCATGCCAGTTC
AGTATTTGTCCAAGACATGTCTTCGAGATTCTGCATTGAACAAGTGGTGGCAACCCACCGAAGCAGAGTATGCAGAGTATTTCAGCCTAGGAGATCTCTGGGATCGCTACAATGAATCAAGTGTATATGGAACAGGAGTACCGATCCGTTTGAATACCGGAGAAACTGTAATTCAATATTATGTGCCTTACCTTTCTGCG
CTTCAAATATACACCTCGAGTGACATCAGATCGTCTTCAAACTTCAGGAGTATGAAGGATGAGAGTGATGGGGATTTTGAATCGAGGGATTCGAGCAGCGATTCTTGCAGTGATAGTGAAAGTGGAAATGGTACTGAAAGATCTTTAAGCTTCAGAAGTGAATCCTGCAACTCCAGCGAAAGAGTAGGAGCATGGGATGC
CGTCTCTGAAGATTCTGGGGCCGATCCTGATCATTTATGGCATCTACGAGACCGACTTGGACACCTGTGTTTCCAGTATTTTGAGCGGGCGTTGCCTTGTGGAAGAGTCCCTCTAATGGAAAAGGTGAATGAGTTATCACGTGGATTTCCAGAATTGATGTCTTTAAGAAGCATTGATCTTTCTCCAGCAAGTTGGATGT
CAGTTGCATGGTATCCTATTTATCACATTCCAACCAGGCGCACTGTTCGGGATCTGTCGGCTTGCTTCTTAACTTATCATACATTGTCTCTCTCCTTCCAAGAGAATGAGATTGGACAAGGTGATACTGAATCTGGTTCTGGGACTGAATTTTCCAATACCAAACCTAAGGATTCCCAATGCATAAGTCTTCCACCATTT
GGGCTTGCTACATACAAATTGCAAGGAAGTCTTTGGACTTCTGGTGGGAGTGCTGATCAACAACAGCTTTTTGCTCTGTTAAGCTCTGCTGATTCCTGGTTGAAGCAACTAAGGGTCAGGCATCCAGATTTTGAGTTTTTTGCTTCTCACAATGTTTGAATGCAAGTCAAAAGCATTGTTGGAGTTATTACCTAACAATA
ACTGTACTCTTCTTCCTATTTTTGATGCCCTCTGCCAGTTTAAGGCAGAGAACTGAGTTATCTAAGAGCGGCAAGTAGCTTTATTTTATGTAGGATTAACCTGTTGGAGTGCAGATAACAAAAGAGAACTTGTAGCATATGAAGGTTGTAAATGTTTTGAAAGATATTTCCTCAGGAAAGAGATCAGGATAGACTTGGCT
TTTGTAGTTTAAGTTCAACAAAATAAGCCAAAAAAGGAAAAAAAATGTAAATTGGGTTGCTTGTGCCCTGCAGTTTTAGGCTATCTGTATTGTTCATGGATGATATGGTTATCTGTGTACAGTGTTGGAACTTTTCCAAATAAACAAATTTTACACAATTGATGTTTTCTTG
>TRINITY_DN89636_c0_g1_i1 from sample A5 / Example unspliced isoform:AAGCATAGAGAAGCGGCGGGGCATGGGAGCTCTGTAGTCAGAATCCGCGCCCAAATATCAAACAAACGACCGGAGATCGATTCTTGTGCGTGCCCTTACACGGATTCAGAATTTCTTGCTTTCTCTCCTCGTCGATGTGGGATTGCTCATCACTCGCCACGTCTGTCACCCTTACATATATTTAAGACATCAGAGCGTCA
CTCGATTCTGTCCCCTGATCGATCGATCCCTCGAGGGACTCTTGAGAAGATCTTTTAGTCCCGGAATTCAAGAAAGGAAAACAAGACGGAGCTCTGGACTCTCTGGGTTCTTCAATTTTGGGGTTCTGAGTTTGTCTGTTTGTTAGTAATGCTGGAGAATTCGGTTGTGACAGAAGGGGCTTGGAATCTTTAATCAGTGG
TGCTTGAGGGCTTGGAGTAAATTGCCGTGTTGCGGACTTTGCGGCTTTGATTATTTTTTGGTGGAAGAAGTTGGCTTTTGGGGTTCTTTGATCCCAATGCCAGTCTTGGTAGAGCGGATGTTGACGGTTGGCATGGTGGCTTTGAATTTGGGGGTTAATGCTGTGGTTTTGATTACAAATGCATGTTGAAAAGCCTTAAA
TCGGTCGCAGAGGACTTTTTTGGGGAGAATTTTGCAGAGCTTTCTTCTTCTTTGGGGTTTTTGTATGTCTGATCGTAATTGTCTTTCGTACAAGATGTCTAGTTGTTCAATTTATGAAATGCCTGCGTCTCATTCGACAGCTTCGTTGCGTACGAATCTGGAGTGCTTTTTGAAACGCACTACACCAAGCATGCCAGTTC
AGTATTTGTCCAAGACATGTCTTCGAGATTCTGCATTGAACAAGTGGTGGCAACCCACCGAAGCAGAGTATGCAGAGTATTTCAGCCTAGGAGATCTCTGGGATCGCTACAATGAATCAAGTGTATATGGAACAGGAGTACCGATCCGTTTGAATACCGGAGAAACTGTAATTCAATATTATGTGCCTTACCTTTCTGCG
CTTCAAATATACACCTCGAGTGACATCAGATCGTCTTCAAACTTCAGGAGTATGAAGGATGAGAGTGATGGGGATTTTGAATCGAGGGATTCGAGCAGCGATTCTTGCAGTGATAGTGAAAGTGGAAATGGTACTGAAAGATCTTTAAGCTTCAGAAGTGAATCCTGCAACTCCAGCGAAAGAGTAGGAGCATGGGATGC
CGTCTCTGAAGATTCTGGGGCCGATCCTGATCATTTATGGCATCTACGAGACCGACTTGGACACCTGTGTTTCCAGTATTTTGAGCGGGCGTTGCCTTGTGGAAGAGTCCCTCTAATGGAAAAGGTGAATGAGTTATCACGTGGATTTCCAGAATTGATGTCTTTAAGAAGCATTGATCTTTCTCCAGCAAGTTGGATGT
CAGTTGCATGGTATCCTATTTATCACATTCCAACCAGGCGCACTGTTCGGGATCTGTCGGCTTGCTTCTTAACTTATCATACATTGTCTCTCTCCTTCCAAGgtatgtgtgtgattgatactgtattttgaaataattattttgccgatttaatttgttcagAGAATGAGATTGGACAAGGTGATACTGAATCTGGTTCT
GGGACTGAATTTTCCAATACCAAACCTAAGGATTCCCAATGCATAAGTCTTCCACCATTTGGGCTTGCTACATACAAATTGCAAGGAAGTCTTTGGACTTCTGGTGGGAGTGCTGATCAACAACAGCTTTTTGCTCTGTTAAGCTCTGCTGATTCCTGGTTGAAGCAACTAAGGGTCAGGCATCCAGATTTTGAGTTTTT
TGCTTCTCACAATGTTTGAATGCAAGTCAAAAGCATTGTTGGAGTTATTACCTAACAATAACTGTACTCTTCTTCCTATTTTTGATGCCCTCTGCCAGTTTAAGGCAGAGAACTGAGTTATCTAAGAGCGGCAAGTAGCTTTATTTTATGTAGGATTAACCTGTTGGAGTGCAGATAACAAAAGAGAACTTGTAGCATAT
GAAGGTTGTAAATGTTTTGAAAGATATTTCCTCAGGAAAGAGATCAGGATAGACTTGGCTTTTGTAGTTTAAGTTCAACAAAATAAGCCAAAAAAGGAAAAAAAATGTAAATTGGGTTGCTTGTGCCCTGCAGTTTTAGGCTATCTGTATTGTTCATGGATGATATGGTTATCTGTGTACAGTGTTGGAACTTTTCCAAA
TAAACAAATTTTACACAATTGATGTTTTCTTG
Intron 4 GTATGTGTGT ... TTTGTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 10.48 | 94 | 23.9 | 11 |
| A2 | 10.59 | 76 | 14.4 | 9 |
| A3 | 6.85 | 68 | 5 | 5 |
| A4 | 13.95 | 74 | 6.7 | 12 |
| A5 | 22.73 | 34 | 7.4 | 10 |
| A6 | 10.8 | 322 | 36.7 | 39 |
| A7 | 13.71 | 214 | 39.3 | 34 |
| A8 | 13.55 | 185 | 17.9 | 29 |
| A9 | 11.96 | 162 | 15.7 | 22 |
| A10 | 8.28 | 133 | 15.7 | 12 |
>TRINITY_DN104158_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformGTGGCCACCCACCAAGGTTCGATTCCCCCACCAAGGTTCGATTCCCCTTGTTGGGGTTGGGGATTTTGAGGGAAAAGCGCGTCATTCAGCAGTGTCACAAGTTTCAGTAGTATCATTTTGTGAAACGATTCGCATGCATTGCATCTTAGTTAATTCGTAGTTAATAATATGTATATTTTTTTGGCTTTCCTTTCGTTTAG
CGGTTTGACTGTTTGATTTTCTAAAAACACTTTGATAAACAGACATGTCTTCGAGATTCTGCATTGAACAAGTGGTGGCAACCCACCGAAGCAGAGTATGCAGAGTATTTCAGCCTAGGAGATCTCTGGGATCGCTACAATGAATCAAGTGTATATGGAACAGGAGTACCGATCCGTTTGAATACCGGAGAAACTGTAAT
TCAATATTATGTGCCTTACCTTTCTGCGCTTCAAATATACACCTCGAGTGACATCAGATCGTCTTCAAACTTCAGGAGTATGAAGGATGAGAGTGATGGGGATTTTGAATCGAGGGATTCGAGCAGCGATTCTTGCAGTGATAGTGAAAGTGGAAATGGTACTGAAAGATCTTTAAGCTTCAGAAGTGAATCCTGCAACT
CCAGCGAAAGAGTAGGAGCATGGGATGCCGTCTCTGAAGATTCTGGGGCCGATCCTGATCATTTATGGCATCTACGAGACCGACTTGGACACCTGTGTTTCCAGTATTTTGAGCGGGCGTTGCCTTGTGGAAGAGTCCCTCTAATGGAAAAGGTGAATGAGTTATCACGTGGATTTCCAGAATTGATGTCTTTAAGAAGC
ATTGATCTTTCTCCAGCAAGTTGGATGTCAGTTGCATGGTATCCTATTTATCACATTCCAACCAGGCGCACTGTTCGGGATCTGTCGGCTTGCTTCTTAACTTATCATACATTGTCTCTCTCCTTCCAAGAGAATGAGATTGGACAAGGTGATACTGAATCTGGTTCTGGGACTGAATTTTCCAATACCAAACCTAAGGA
TTCCCAATGCATAAGTCTTCCACCATTTGGGCTTGCTACATACAAATTGCAAGGAAGTCTTTGGACTTCTGGTGGGAGTGCTGATCAACAACAGCTTTTTGCTCTGTTAAGCTCTGCTGATTCCTGGTTGAAGCAACTAAGGGTCAGGCATCCAGATTTTGAGTTTTTTGCTTCTCACAATGTTTGAATGCAAGTCAAAA
GCATTGTTGGAGTTATTACCTAACAATAACTGTACTCTTCTTCCTATTTTTGATGCCCTCTGCCAGTTTAAGGCAGAGAACTGAGTTATCTAAGAGCGGCAAGTAGCTTTATTTTATGTAGGATTAACCTGTTGGAGTGCAGATAACAAAAGAGAACTTGTAGCATATGAAGGTTGTAAATGTTTTGAAAGATATTTCCT
CAGGAAAGAGATCAGGATAGACTTGGCTTTTGTAGTTTAAGTTCAACAAAATAAGCCAAAAAAGGAAAAAAAATGTAAATTGGGTTGCTTGTGCCCTGCAGTTTTAGGCTATCTGTATTGTTCATGGATGATATGGTTATCTGTGTACAGTGTTGGAACTTTTCCAAATAAACAAATTTTACACAATTGATGTTTTCTTG
ATATCTGATTTAGTTGACTTTTACTATGTGCTTGGTTTTCTTGATATCTTATTTTGTTGACTTATACGATGTGTTTGGTTTGAACTTTGTACATATAGAAA
>TRINITY_DN104158_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:TCGTGAAACACCAAGCATAGAGAAGCGGCGGGGCATGGGAGCTCTGTAGTCAGAATCCGCGCCCAAATATCAAACAAACGACCGGAGATCGATTCTTGTGCGTGCCCTTACACGGATTCAGAATTTCTTGCTTTCTCTCCTCGTCGATGTGGGATTGCTCATCACTCGCCACGTCTGTCACCCTTACATATATTTAAGAC
ATCAGAGCGTCACTCGATTCTGTCCCCTGATCGATCGATCCCTCGAGGGACTCTTGAGAAGATCTTTTAGTCCCGGAATTCAAGAAAGGAAAACAAGACGGAGCTCTGGACTCTCTGGGTTCTTCAATTTTGGGGTTCTGAGTTTGTCTGTTTGTTAGTAATGCTGGAGAATTCGGTTGTGACAGAAGGGGCTTGGAATC
TTTAATCAGTGGTGCTTGAGGGCTTGGAGTAAATTGCCGTGTTGCGGACTTTGCGGCTTTGATTATTTTTTGGTGGAAGAAGTTGGCTTTTGGGGTTCTTTGATCCCAATGCCAGTCTTGGTAGAGCGGATGTTGACGGTTGGCATGGTGGCTTTGAATTTGGGGGTTAATGCTGTGGTTTTGATTACAAATGCATGTTG
AAAAGCCTTAAATCGGTCGCAGAGGACTTTTTTGGGGAGAATTTTGCAGAGCTTTCTTCTTCTTTGGGGTTTTTGTATGTCTGATCGTAATTGTCTTTCGTACAAGATGTCTAGTTGTTCAATTTATGAAATGCCTGCGTCTCATTCGACAGCTTCGTTGCGTACGAATCTGGAGTGCTTTTTGAAACGCACTACACCAA
GCATGCCAGTTCAGTATTTGTCCAAGACATGTCTTCGAGATTCTGCATTGAACAAGTGGTGGCAACCCACCGAAGCAGAGTATGCAGAGTATTTCAGCCTAGGAGATCTCTGGGATCGCTACAATGAATCAAGTGTATATGGAACAGGAGTACCGATCCGTTTGAATACCGGAGAAACTGTAATTCAATATTATGTGCCT
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