sp|Q8W034|RNP1_ARATH ----> Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein 1

Intron 1 GTAACTCTAG ... CTCATCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	27.45	74	0	28
A2	25.27	68	0	23
A3	32.32	67	1	32
A4	28.38	53	1	21
A5	18.64	48	1	11
A6	28.84	385	0	156
A7	25.4	511	0	174
A8	29.57	474	2	199
A9	24.53	363	0	118
A10	23.27	422	0	128

>TRINITY_DN102137_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

AGGAGGAATGGATGGAAGAAAGAAACGGGAAATGCAAAACCCTAAAACCGAAGACATATTCGCTGGCGCCACAGAGTGAAGAATAAGAAGAATCCAGTAAAGAAGATTGGAGGGCGAAAACGAAGACAGGCATAGACAAAAACATTTTCTAAGGGTTTAGGCACATATATCTTATCTACAGCTCCCTTTATCAGTATTGG
TAGATAGGAAGAGGGATAGAGATGGATCCTGAGAAGAATGGGAATGAGAATGAGAATGGTGCAGGCTCAGGCCCAGGCTCAGGCTCAGGTTCAGTCCCTTCTAAGAAGCTAGGAAGTGAACCCAAGGACTCCAACAACGACATTGCAGGAAAAGCTTCAGGAGCAAAAATTTTCATTGGAGGGCTCTCATGGGAAACCAC
CACAGAAAAATTGGTGGAACATTTCGAGAAATATGGAGAGATAACAGATTCAGTAATAATGAAAGATCGTGGAACTGGGCACCCTCGTGGTTTTGGGTTTGTGACTTATTCGGATCCTTCAGTTGTCGATGCTGTTATTAAAGACACGCATACATTGGATGGAAGAACTGTTGAGATTAAAAGATCAATTCCAAGAGAAA
GCATGGACTTGATCAAGGGTCCAAAGACAAAGAAGCTGTTTGTTGGTGGCTTACCTCCATCTGTCGCAGATGAGGAATTAAATAATTATTTCAAGAAATATGGAAATGTTGTTGAATCACAAATTATGCAAGATCACAACACTGGACGGTCTCGAGGATTTGGATTTGTGACTTTTGATAGTGAGCAAACTGTTGAAGAC
ATCCTCACCCTAGGAAAGACTCATGAATTTGATGGCAAGGAGGTTGAAATCAAGAAAGCAGAACCTAAGAACTCCATGCAAGATTCTCGATCTGGTCGTCATGGTTCTTCGGGAAGGGGTGGCTATGGTGATGGATCAGGTAATTATGGGTATGCTGATGGCTATGGAGGTTACCCAGGTGGTGGCTATGGAGGCGGGTC
ATACAGGTCTGGTGGTGGTTATGGTGGTGGATATGGTGCTGGTGGGTATGGTGGAGGTTATGGCGGTGGTGGTTATGGAGGTGGTTTTGGTGGTGGATATGGAGGTGGGCCAATGGGGGGATATGGTGGAGGTGGTTATGGAGGTGGAGCTGGCAGTTATGATGGGGATGGGTATGGTGGAATGGGTTATGGAGGATATT
CCAGTGGGGGCTATGGAGGCTACAATTCAGGTGGAGGTTCTGGAAGTTACGGTGGTGGCCGAAGCAGTGGAAGGTATCATCCGTACAGTAGGTAGAAACATCAAGAGTAACTGGTTGAGACACCCAGTGTGCTATTACAATAGCCAAGGCTTTAAGGGGTTCCAACAATACATTGGTTGCATTTGGAGCAGTTTTGTTTT
GTTTACATGCATTTTCCTGTCTGAATGAGAATTTTTCTGAATGAATATTCAGAGGACATTTTGATAGCCAATTATGGGTCAAAGACATTACATTTCTTCAAGGTTACGTTGTTGGATGCCATTTATTTCAATATTGTTCCTTTATACAAATCCAAATGGAATTTTTTTCTATTTACAAGGATTATGCTATTACTAGATGA
AATACAATAAGCAATACAATAACCG

>TRINITY_DN102137_c0_g1_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CATGAATTTGATGGCAAGGAGgtaactctagttctcttgttttatgtttgcattttctccccagttggcccgatattgaatacttcttggcctgatattgaatacctctcgactctcatctcagGTTGAAATCAAGAAAGCAGAACCTAAGAACTCCATGCAAGATTCTCGATCTGGTCGTCATGGTTCTTCGGGAAGGG
GTGGCTATGGTGATGGATCAGGTAATTATGGGTATGCTGATGGCTATGGAGGTTACCCAGGTGGTGGCTATGGAGGCGGGTCATACAGGTCTGGTGGTGGTTATGGTGGTGGATATGGTGCTGGTGGGTATGGTGGAGGTTATGGCGGTGGTGGTTATGGAGGTGGTTTTGGTGGTGGATATGGAGGTGGGCCAATGGGG
GGATATGGTGGAGGTGGTTATGGAGGTGGAGCTGGCAGTTATGATGGGGATGGGTATGGTGGAATGGGTTATGGAGGATATTCCAGTGGGGGCTATGGAGGCTACAATTCAGGTGGAGGTTCTGGAAGTTACGGTGGTGGCCGAAGCAGTGGAAGGTATCATCCGTACAGTAGGTAGAAACATCAAGAGTAACTGGTTGA
GACACCCAGTGTGCTATTACAATAGCCAAGGCTTTAAGGGGTTCCAACAATACATTGGTTGCATTTGGAGCAGTTTTGTTTTGTTTACATGCATTTTCCTGTCTGAATGAGAATTTTTCTGAATGAATATTCAGAGGACATTTTGATAGCCAATTATGGGTCAAAGACATTACATTTCTTCAAGGTTACGTTGTTGGATG
CCATTTATTTCAATATTGTTCCTTTATACAAATCCAAATGGAATTTTTTTCTATTTACAAGGATTATGCTATTACTAGATGAAATACAATAAGCAATACAATAACCG

Intron 2 GTAAGCATTT ... ATTGTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25.64	87	0	30
A2	28.89	64	6	26
A3	28.69	87	0	35
A4	30.3	46	8	20
A5	23.4	36	4	11
A6	26.36	257	3	92
A7	22.93	363	0	108
A8	26.3	325	5	116
A9	23.06	327	14	98
A10	26.4	276	2	99

>TRINITY_DN98288_c1_g1_i2 from sample A4 / Example spliced isoform

CGCAATTTCAAGTTCTATTTATACGGAGGAATGGATGGAAGAAAGAAACGGGAAATGCAAAACCCTAAAACCGAAGACATATTCGCTGGCGCCACAGAGTGAAGAATAAGAAGAATCCAGTAAAGAAGATTGGAGGGCGAAAACGAAGACAGGCATAGACAAAAACATTTTCTAAGGGTTTAGGCACATATATCTTATCT
ACAGCTCCCTTTATCAGTATTGGTAGATAGGAAGAGGGATAGAGATGGATCCTGAGAAGAATGGGAATGAGAATGAGAATGGTGCAGGCTCAGGCCCAGGCTCAGGCTCAGGTTCAGTCCCTTCTAAGAAGCTAGGAAGTGAACCCAAGGACTCCAACAACGACATTGCAGGAAAAGCTTCAGGGTTAGTCAGATCAGAT
CACATGGGCTACTGTAGTGTTAGTTTTAGTTTTAGTTTTACCCCTAGTTTTAGCAGTTATGTATTTTTCGTAGATAGAATAGCCAGTCTGCTTTTGGTTTTAGAGTTGGTTGGGTCGGCAGCCTTCAGCTAGCTAACACAAATTCCCTCGCTTCTTAATATAGAGCAAAAATTTTCATTGGAGGGCTCTCATGGGAAACC
ACCACAGAAAAATTGGTGGAACATTTCGAGAAATATGGAGAGATAACAGATTCAGTAATAATGAAAGATCGTGGAACTGGGCACCCTCGTGGTTTTGGGTTTGTGACTTATTCGGATCCTTCAGTTGTCGATGCTGTTATTAAAGACACGCATACATTGGATGGAAGAACTGTTGAGATTAAAAGATCAATTCCAAGAGA
AAGCATGGACTTGATCAAGGGTCCAAAGACAAAGAAGCTGTTTGTTGGTGGCTTACCTCCATCTGTCGCAGATGAGGAATTAAATAATTATTTCAAGAAATATGGAAATGTTGTTGAATCACAAATTATGCAAGATCACAACACTGGACGGTCTCGAGGATTTGGATTTGTGACTTTTGATAGTGAGCAAACTGTTGAAG
ACATCCTCACCCTAGGAAAGACTCATGAATTTGATGGCAAGGAGGTTGAAATCAAGAAAGCAGAACCTAAGAACTCCATGCAAGATTCTCGATCTGGTCGTCATGGTTCTTCGGGAAGGGGTGGCTATGGTGATGGATCAGGTAATTATGGGTATGCTGATGGCTATGGAGGTTACCCAGGTGGTGGCTATGGAGGCGGG
TCATACAGGTCTGGTGGTGGTTATGGTGGTGGATATGGTGCTGGTGGGTATGGTGGAGGTTATGGAGGTGGTTATGGAGGTGGAGCTGGCAGTTATGATGGGGATGGGTATGGTGGAATGGGTTATGGAGGATATTCCAGTGGGGGCTATGGAGGCTACAATTCAGGTGGAGGTTCTGGAAGTTACGGTGGTGGCCGAAG
CAGTGGAAGGTATCATCCGTACAGTAGGTAGAAACATCAAGAGTAACTGGTTGAGACACCCAGTGTGCTATTACAATAGCCAAGGCTTTAAGGGGTTCCAACAATACATTGGTTGCATTTGGAGCAGTTTTGTTTTGTTTACATGCATTTTCCTGTCTGAATGAGAATTTTTCTGAATGAATATTCAGAGGACATTTTGA
TAGCCAATTATGGGTCAAAGACATTACATTTCTTCAAGGTTACGTTGTTGGATGCCATTTATTTCAATATTGTTCCTTTATACAAATCCAAATGGAATTTTTTTCTATTTACAAGGATTATGCTATTACTAGATGAAATACAATAAGCAATACAATAACCGTTTCATTTCTTGTAAGTTATTACTGAAGTGGGAAGGGGT
GGATTTTGCCTTGATTGGAGTTTGCCACAGGTACAGTTCAACAAAGTGGGATTGCCAACTTCTTTTGCAGCGGATAATTGGATTTTTAAAATGTTGGATTGTTAAATAGCATCTGTGCGCATGCTCATAAATAAGCTAGTTATGCTTGGTCAAATATATATTTTATTCAACCAATGGATTTATTATCCTATAGAGTGAAT
GAGTCTCTTTGAGAACAGCTGGGCAGAA

>TRINITY_DN98288_c1_g1_i6 from sample A4 / Example unspliced isoform:

CCCATGATTTTGCACTTGCAGTAACTGTTAACTAAATAATTCATTGTATTTGATTTTTTTTTGTGTATCAGAATCTTGACACTGTTTAAGAAATAAGTATTTAAGATATAGAATTGTCTTCTGTTATATGGGTTTTGCTTACAGGTTGAGATTAAAAGATCAATTCCAAGAGAAAGCATGGACTTGATCAAGGGTCCAAA
GACAAAGAAGCTGTTTGTTGGTGGCTTACCTCCATCTGTCGCAGATGgtaagcatttcatttgctttatggtttaaacattaagaaaaaagtatctacttgtattatgggttatctttttaattgcggcagaagaacaaagtgtgaacttgtttaatgggttctctttttaattgtggcagAGGAATTAAATAATTATTT
CAAGAAATATGGAAATGTTGTTGAATCACAAATTATGCAAGATCACAACACTGGACGGTCTCGAGGATTTGGATTTGTGACTTTTGATAGTGAGCAAACTGTTGAAGACATCCTCACCCTAGGAAAGACTCATGAATTTGATGGCAAGGAGGTTGAAATCAAGAAAGCAGAACCTAAGAACTCCATGCAAGATTCTCGAT
CTGGTCGTCATGGTTCTTCGGGAAGGGGTGGCTATGGTGATGGATCAGGTAATTATGGGTATGCTGATGGCTATGGAGGTTACCCAGGTGGTGGCTATGGAGGCGGGTCATACAGGTCTGGTGGTGGTTATGGTGGTGGATATGGTGCTGGTGGGTATGGTGGAGGTTATGGCGGTGGTGGTTATGGAGGTGGTTTTGGT
GGTGGATATGGAGGTGGGCCAATGGGGGGATATGGTGGAGGTGGTTATGGAGGTGGAGCTGGCAGTTATGATGGGGATGGGTATGGTGGAATGGGTTATGGAGGATATTCCAGTGGGGGCTATGGAGGCTACAATTCAGGTGGAGGTTCTGGAAGTTACGGTGGTGGCCGAAGCAGTGGAAGGTATCATCCGTACAGTAG
GTAGAAACATCAAGAGTAACTGGTTGAGACACCCAGTGTGCTATTACAATAGCCAAGGCTTTAAGGGGTTCCAACAATACATTGGTTGCATTTGGAGCAGTTTTGTTTTGTTTACATGCATTTTCCTGTCTGAATGAGAATTTTTCTGAATGAATATTCAGAGGACATTTTGATAGCCAATTATGGGTCAAAGACATTAC
ATTTCTTCAAGGTTACGTTGTTGGATGCCATTTATTTCAATATTGTTCCTTTATACAAATCCAAATGGAATTTTTTTCTATTTACAAGGATTATGCTATTACTAGATGAAATACAATAAGCAATACAATAACCGTTTCATTTCTTGTAAGTTATTACTGAAGTGGGAAGGGGTGGATTTTGCCTTGATTGGAGTTTGCCA
CAGGTACAGTTCAACAAAGTGGGATTGCCAACTTCTTTTGCAGCGGATAATTGGATTTTTAAAATGTTGGATTGTTAAATAGCATCTGTGCGCATGCTCATAAATAAGCTAGTTATGCTTGGTCAAATATATATTTTATTCAACCAATGGATTTATTATCCTATAGAGTGAATGAGTCTCTTTGAGAACAGCTGGGCAGA
A

Intron 3 GTTAGTCAGA ... CTTAATATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	34.04	62	37	27
A2	31.49	62	37	20
A3	29.78	79	53	14
A4	30.91	38	23	11
A5	28.89	32	19	7
A6	26.46	182	98	33
A7	23.56	326	147	54
A8	25.79	177	88	35
A9	24.96	263	109	66
A10	25.25	302	155	49

>TRINITY_DN40842_c0_g3_i1 from sample A7 / Example spliced isoform

GAGGAATGGATGGAAGAAAGAAACGGGAAATGCAAAACCCTAAAACCGAAGACATATTCGCTGGCGCCACAGAGTGAAGAATAAGAAGAATCCAGTAAAGAAGATTGGAGGGCGAAAACGAAGACAGGCATAGACAAAAACATTTTCTAAGGGTTTAGGCACATATATCTTATCTACAGCTCCCTTTATCAGTATTGGTA
GATAGGAAGAGGGATAGAGATGGATCCTGAGAAGAATGGGAATGAGAATGAGAATGGTGCAGGCTCAGGCCCAGGCTCAGGCTCAGGTTCAGTCCCTTCTAAGAAGCTAGGAAGTGAACCCAAGGACTCCAACAACGACATTGCAGGAAAAGCTTCAGGAGCAAAAATTTTCATTGGAGGGCTCTCATGGGAAACCACCA
CAGAAAAATTGGTGGAACATTTCGAGAAATATGGAGAGATAACAGATTCAGTAATAATGAAAGATCGTGGAACTGGGCACCCTCGTGGTTTTGGGTTTGTGACTTATTCGGATCCTTCAGTTGTCGATGCTGTTATTAAAGACACGCATACATTGGATGGAAGAACTGTTGAGATTAAAAGATCAATTCCAAGAGAAAGC
ATGGACTTGATCAAGGGTCCAAAGACAAAGAAGCTGTTTGTTGGTGGCTTACCTCCATCTGTCGCAGATGAGGAATTAAATAATTATTTCAAGAAATATGGAAATGTTGTTGAATCACAAATTATGCAAGATCACAACACTGGACGGTCTCGAGGATTTGGATTTGTGACTTTTGATAGTGAGCAAACTGTTGAAGACAT
CCTCACCCTAGGAAAGACTCATGAATTTGATGGCAAGGAGGTTGAAATCAAGAAAGCAGAACCTAAGAACTCCATGCAAGATTCTCGATCTGGTCGTCATGGTTCTTCGGGAAGGGGTGGCTATGGTGATGGATCAGGTAATTATGGGTATGCTGATGGCTATGGAGGTTACCCAGGTGGTGGCTATGGAGGCGGGTCAT
ACAGGTCTGGTGGTGGTTATGGTGGTGGATATGGTGCTGGTGGGTATGGTGGAGGTTATGGCGGTGGTGGTTATGGAGGTGGTTTTGGTGGTGGATATGGAGGTGGGCCAATGGGGGGATATGGTGGAGGTGGTTATGGAGGTGGAGCTGGCAGTTATGATGGGGATGGATATGGTGGAGGTGGTTATGGAGGTGGAGCT
GGCAGTTATGATGGGGATGGGTATGGTGGAATGGGTTATGGAGGATATTCCAGTGGGGGCTATGGAGGCTACAATTCAGGTGGAGGTTCTGGAAGTTACGGTGGTGGCCGAAGCAGTGGAAGGTATCATCCGTACAGTAGGTAGAAACATCAAGAGTAACTGGTTGAGACACCCAGTGTGCTATTACAATAGCCAAGGCT
TTAAGGGGTTCCAACAATACATTGGTTGCATTTGGAGCAGTTTTGTTTTGTTTACATGCATTTTCCTGTCTGAATGAGAATTTTTCTGAATGAATATTCAGAGGACATTTTGATAGCCAATTATGGGTCAAAGACATTACATTTCTTCAAGGTTACGTTGTTGGATGCCATTTATTTCAATATTGTTCCTTTATACAAAT
CCAAATGGAATTTTTTTCTATTTACAAGGATTATGCTATTACTAGATGAAATACAATAAGCAATACAATAACCGTTTCATTTCTTGTAAGTTATTACTGAAGTGGGAAGGGGTGGATTTTGCCTTGATTGGAGTTTGCCACAGGTACAGTTCAACAAAGTGGGATTGCCAACTTCTTTTGCAGCGGATAATTGGATTTTT
AAAATGTTGGATTGTTAAATAGCATCTGTGCGCATGCTCATAAATAAGCTAGTTATGCTTGGTCAAATATATATTTTATTCAACCAATGGATTTATTATCCTATAGAGTGAATGAGTCTCTTTGAGAACAGCTGGGCAGAAATGGTTTTGATCCTTGTGGCCTTTCAGGTTTCAAAGTGGATAATCTTTATTAATGCAAT
GCAGAGATGCATTTTATCCTTTGTGAAGTTGGTATTAGGGAACCAATCTTGCAACATAATGTGAGCAGTTCCTGCTTAACAGAGCCAAAAGACTACATAAAATAGTTCATCACCATATTCAGCATATTACAAGAAGAGCACCCAGATTGCCCATCTTTATCCAATCCGTTTATTGTTTTTTATCTAATATACAAAATATG
TATGTTAATAGAGATATATATACATTGTCTGTATTTTTGTGTGGAAAAAGGAATTTGTTTAAAAGACTAATTTCAAGGTTTGAACAAAACAGATCAACTGGTCAGAGATTGAATTTGCTCTGCCTATTAGTGTCTTTCTAATATAAATCCGACTTACAGATCAACTAACATGATG

>TRINITY_DN40842_c0_g3_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GAGGAATGGATGGAAGAAAGAAACGGGAAATGCAAAACCCTAAAACCGAAGACATATTCGCTGGCGCCACAGAGTGAAGAATAAGAAGAATCCAGTAAAGAAGATTGGAGGGCGAAAACGAAGACAGGCATAGACAAAAACATTTTCTAAGGGTTTAGGCACATATATCTTATCTACAGCTCCCTTTATCAGTATTGGTA
GATAGGAAGAGGGATAGAGATGGATCCTGAGAAGAATGGGAATGAGAATGAGAATGGTGCAGGCTCAGGCCCAGGCTCAGGCTCAGGTTCAGTCCCTTCTAAGAAGCTAGGAAGTGAACCCAAGGACTCCAACAACGACATTGCAGGAAAAGCTTCAGGgttagtcagatcagatcacatgggctactgtagtgttagtt
ttagttttagtttttacccctagttttagcagttatgtatttttcgtagatagaatagccagtctgcttttggttttagagttggttgggtcggcagccttcagctagctaacacaaattccctcgcttcttaatatagAGCAAAAATTTTCATTGGAGGGCTCTCATGGGAAACCACCACAGAAAAATTGGTGGAACAT
TTCGAGAAATATGGAGAGATAACAGATTCAGTAATAATGAAAGATCGTGGAACTGGGCACCCTCGTGGTTTTGGGTTTGTGACTTATTCGGATCCTTCAGTTGTCGATGCTGTTATTAAAGACACGCATACATTGGATGGAAGAACTGTTGAGATTAAAAGATCAATTCCAAGAGAAAGCATGGACTTGATCAAGGGTCC
AAAGACAAAGAAGCTGTTTGTTGGTGGCTTACCTCCATCTGTCGCAGATGAGGAATTAAATAATTATTTCAAGAAATATGGAAATGTTGTTGAATCACAAATTATGCAAGATCACAACACTGGACGGTCTCGAGGATTTGGATTTGTGACTTTTGATAGTGAGCAAACTGTTGAAGACATCCTCACCCTAGGAAAGACTC
ATGAATTTGATGGCAAGGAGGTTGAAATCAAGAAAGCAGAACCTAAGAACTCCATGCAAGATTCTCGATCTGGTCGTCATGGTTCTTCGGGAAGGGGTGGCTATGGTGATGGATCAGGTAATTATGGGTATGCTGATGGCTATGGAGGTTACCCAGGTGGTGGCTATGGAGGCGGGTCATACAGGTCTGGTGGTGGTTAT
GGTGGTGGATATGGTGCTGGTGGGTATGGTGGAGGTTATGGCGGTGGTGGTTATGGAGGTGGTTTTGGTGGTGGATATGGAGGTGGGCCAATGGGGGGATATGGTGGAGGTGGTTATGGAGGTGGAGCTGGCAGTTATGATGGGGATGGATATGGTGGAGGTGGTTATGGAGGTGGAGCTGGCAGTTATGATGGGGATGG
GTATGGTGGAATGGGTTATGGAGGATATTCCAGTGGGGGCTATGGAGGCTACAATTCAGGTGGAGGTTCTGGAAGTTACGGTGGTGGCCGAAGCAGTGGAAGGTATCATCCGTACAGTAGGTAGAAACATCAAGAGTAACTGGTTGAGACACCCAGTGTGCTATTACAATAGCCAAGGCTTTAAGGGGTTCCAACAATAC
ATTGGTTGCATTTGGAGCAGTTTTGTTTTGTTTACATGCATTTTCCTGTCTGAATGAGAATTTTTCTGAATGAATATTCAGAGGACATTTTGATAGCCAATTATGGGTCAAAGACATTACATTTCTTCAAGGTTACGTTGTTGGATGCCATTTATTTCAATATTGTTCCTTTATACAAATCCAAATGGAATTTTTTTCTA
TTTACAAGGATTATGCTATTACTAGATGAAATACAATAAGCAATACAATAACCGTTTCATTTCTTGTAAGTTATTACTGAAGTGGGAAGGGGTGGATTTTGCCTTGATTGGAGTTTGCCACAGGTACAGTTCAACAAAGTGGGATTGCCAACTTCTTTTGCAGCGGATAATTGGATTTTTAAAATGTTGGATTGTTAAAT
AGCATCTGTGCGCATGCTCATAAATAAGCTAGTTATGCTTGGTCAAATATATATTTTATTCAACCAATGGATTTATTATCCTATAGAGTGAATGAGTCTCTTTGAGAACAGCTGGGCAGAAATGGTTTTGATCCTTGTGGCCTTTCAGGTTTCAAAGTGGATAATCTTTATTAATGCAATGCAGAGATGCATTTTATCCT
TTGTGAAGTTGGTATTAGGGAACCAATCTTGCAACATAATGTGAGCAGTTCCTGCTTAACAGAGCCAAAAGACTACATAAAATAGTTCATCACCATATTCAGCATATTACAAGAAGAGCACCCAGATTGCCCATCTTTATCCAATCCGTTTATTGTTTTTTATCTAATATACAAAATATGTATGTTAATAGAGATATATA
TACATTGTCTGTATTTTTGTGTGGAAAAAGGAATTTGTTTAAAAGACTAATTTCAAGGTTTGAACAAAACAGATCAACTGGTCAGAGATTGAATTTGCTCTGCCTATTAGTGTCTTTCTAATATAAATCCGACTTACAGATCAACTAACATGATG

Intron 4 GTTAGTCAGA ... CTTAATATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	34.39	62	38	27
A2	31.49	62	37	20
A3	29.78	79	53	14
A4	30.91	38	23	11
A5	28.89	32	19	7
A6	26.46	182	98	33
A7	23.56	326	147	54
A8	25.79	177	88	35
A9	24.96	263	109	66
A10	25.25	302	155	49

>TRINITY_DN102137_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

AGGAGGAATGGATGGAAGAAAGAAACGGGAAATGCAAAACCCTAAAACCGAAGACATATTCGCTGGCGCCACAGAGTGAAGAATAAGAAGAATCCAGTAAAGAAGATTGGAGGGCGAAAACGAAGACAGGCATAGACAAAAACATTTTCTAAGGGTTTAGGCACATATATCTTATCTACAGCTCCCTTTATCAGTATTGG
TAGATAGGAAGAGGGATAGAGATGGATCCTGAGAAGAATGGGAATGAGAATGAGAATGGTGCAGGCTCAGGCCCAGGCTCAGGCTCAGGTTCAGTCCCTTCTAAGAAGCTAGGAAGTGAACCCAAGGACTCCAACAACGACATTGCAGGAAAAGCTTCAGGAGCAAAAATTTTCATTGGAGGGCTCTCATGGGAAACCAC
CACAGAAAAATTGGTGGAACATTTCGAGAAATATGGAGAGATAACAGATTCAGTAATAATGAAAGATCGTGGAACTGGGCACCCTCGTGGTTTTGGGTTTGTGACTTATTCGGATCCTTCAGTTGTCGATGCTGTTATTAAAGACACGCATACATTGGATGGAAGAACTGTTGAGATTAAAAGATCAATTCCAAGAGAAA
GCATGGACTTGATCAAGGGTCCAAAGACAAAGAAGCTGTTTGTTGGTGGCTTACCTCCATCTGTCGCAGATGAGGAATTAAATAATTATTTCAAGAAATATGGAAATGTTGTTGAATCACAAATTATGCAAGATCACAACACTGGACGGTCTCGAGGATTTGGATTTGTGACTTTTGATAGTGAGCAAACTGTTGAAGAC
ATCCTCACCCTAGGAAAGACTCATGAATTTGATGGCAAGGAGGTTGAAATCAAGAAAGCAGAACCTAAGAACTCCATGCAAGATTCTCGATCTGGTCGTCATGGTTCTTCGGGAAGGGGTGGCTATGGTGATGGATCAGGTAATTATGGGTATGCTGATGGCTATGGAGGTTACCCAGGTGGTGGCTATGGAGGCGGGTC
ATACAGGTCTGGTGGTGGTTATGGTGGTGGATATGGTGCTGGTGGGTATGGTGGAGGTTATGGCGGTGGTGGTTATGGAGGTGGTTTTGGTGGTGGATATGGAGGTGGGCCAATGGGGGGATATGGTGGAGGTGGTTATGGAGGTGGAGCTGGCAGTTATGATGGGGATGGGTATGGTGGAATGGGTTATGGAGGATATT
CCAGTGGGGGCTATGGAGGCTACAATTCAGGTGGAGGTTCTGGAAGTTACGGTGGTGGCCGAAGCAGTGGAAGGTATCATCCGTACAGTAGGTAGAAACATCAAGAGTAACTGGTTGAGACACCCAGTGTGCTATTACAATAGCCAAGGCTTTAAGGGGTTCCAACAATACATTGGTTGCATTTGGAGCAGTTTTGTTTT
GTTTACATGCATTTTCCTGTCTGAATGAGAATTTTTCTGAATGAATATTCAGAGGACATTTTGATAGCCAATTATGGGTCAAAGACATTACATTTCTTCAAGGTTACGTTGTTGGATGCCATTTATTTCAATATTGTTCCTTTATACAAATCCAAATGGAATTTTTTTCTATTTACAAGGATTATGCTATTACTAGATGA
AATACAATAAGCAATACAATAACCG

>TRINITY_DN102137_c0_g1_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AGGAGGAATGGATGGAAGAAAGAAACGGGAAATGCAAAACCCTAAAACCGAAGACATATTCGCTGGCGCCACAGAGTGAAGAATAAGAAGAATCCAGTAAAGAAGATTGGAGGGCGAAAACGAAGACAGGCATAGACAAAAACATTTTCTAAGGGTTTAGGCACATATATCTTATCTACAGCTCCCTTTATCAGTATTGG
TAGATAGGAAGAGGGATAGAGATGGATCCTGAGAAGAATGGGAATGAGAATGAGAATGGTGCAGGCTCAGGCCCAGGCTCAGGCTCAGGTTCAGTCCCTTCTAAGAAGCTAGGAAGTGAACCCAAGGACTCCAACAACGACATTGCAGGAAAAGCTTCAGGgttagtcagatcagatcacatgggctactgtagtgttag
ttttagttttagttttacccctagttttagcagttatgtatttttcgtagatagaatagccagtctgcttttggttttagagttggttgggtcggcagccttcagctagctaacacaaattccctcgcttcttaatatagAGCAAAAATTTTCATTGGAGGGCTCTCATGGGAAACCACCACAGAAAAATTGGTGGAACA
TTTCGAGAAATATGGAGAGATAACAGATTCAGTAATAATGAAAGATCGTGGAACTGGGCACCCTCGTGGTTTTGGGTTTGTGACTTATTCGGATCCTTCAGTTGTCGATGCTGTTATTAAAGACACGCATACATTGGATGGAAGAACTGTTGAGATTAAAAGATCAATTCCAAGAGAAAGCATGGACTTGATCAAGGGTC
CAAAGACAAAGAAGCTGTTTGTTGGTGGCTTACCTCCATCTGTCGCAGATGGTAAGCATTTCATTTGCTTTATGGTTTAAACATTAAGAAAAAAGTATCTACTTGTATTATGGGTTATCTTTTTAATTGCGGCAGAAGAACAAAGTGTGAACTTGTTTAATGGGTTCTCTTTTTAATTGTGGCAGT