sp|O80952|PGPS1_ARATH ----> CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase 1, chloroplastic
Intron 1 GTCAATGCAA ... ATTGTTATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 42.86 | 6 | 2 | 7 |
| A2 | 39.13 | 7 | 7 | 2 |
| A3 | 38.46 | 8 | 6 | 4 |
| A4 | 47.37 | 5 | 5 | 4 |
| A5 | 63.64 | 2 | 4 | 3 |
| A6 | 42.86 | 8 | 8 | 4 |
| A7 | 42.53 | 25 | 18 | 19 |
| A8 | 42.11 | 11 | 10 | 6 |
| A9 | 40.91 | 13 | 12 | 6 |
| A10 | 40.3 | 20 | 15 | 12 |
>TRINITY_DN38677_c0_g1_i1 from sample A9 / Example spliced isoformGTTCAATGTAATAATTCGTGGCCATCTCCCAAAAGGATAGCGCGGCGTCAAAAGCCAGCAAAAATGATATACACAGCCAGAATGGCCTCCCTTTGCTGCAAGGCCTTCAGACTCAAATCTACTTTGGGGCCTTCATGCAGAGACAGTCCAGGCAATATATCCAAAGGCATCTCCAAGCCATCCAGGCATCCCGAATCATT
ATTTCATTGCAGAACTGGGCCTATTTCTCCTGTAAAGGACGTCCGTATTGGTGCCAGGGCTGTCATGGATTTAAGCAGAAGTCGGGTTAAAGCGGAGGCTTTAGGGCAGAATTGCGGTGACAGGGTTTGGGTTCACACGAATGGGGACAACAAGCGGGTAATTGTCTCTGATATGGAGTCCGAGAAGCCAAATGCAGAGG
AGAATGGCGATAAATGCAATCAGAGTTCTTCAACGCCCAAGTTTCTTACATTGCCGAATATGTTGACACTGGGGCGAGTCGCTGCAGTTCCTCTTCTAATTGCCGTGTTTTATCTTAATGGCTGGTGGGTAACTATGGCTACAACAAGTATCTTTGTGGCAGCTGCTGCCACCGATTGGCTGGATGGTTATATTGCCCGC
AGAGAATGGTGCAAGAGTAGTGGGAGTGGCCTTAAAGGCAGTCTCTTGGGCACATCCTTGCCTGAACCAGCGGTTTTCATGGATTACAGATGGGATCAGGATCTGCTTTTGGAGCATTCTTGGACCCTGTGGCTGATAAGCTTATAGTTGCCACCACTTTAGTGTTATTGTGTACCAGGCCTCCAGAAATTGCCTGGTTT
GGTGAATCTCCATGGCTATTGCCTGTGCCCGCCATTGCTATAATTAGTCGAGAGATAACAATGTCAGCAGTCCGAGAGTGGGCTGCTTCTCAGGGTGGTGATTTACGTGAGGCTGTTGCAGTAAACAACTTAGGCAAGTGGAAAACTGCTTCCCAAATGGTAGCCTTAACAATTCTATTGGCAACAAGGGATAGTAGTCA
GAATGGAGCTGCTAGTTTAGCTGCTTGTGGTGTTGCAATGCTTTATGTTGCTGCTGGTCTTGGAATGTGGTCCTTGGCAGTGTACACGAAAGGAGTTTCAAGGATATTGTTCAAATAAAATTCAATTTTATAGTCTATTATTTATCTGATTCAAGAAATGGCCTTTGGTTTGTATCTGTTTGTTTCAGATGAAATTTTTA
ATATCCTTTTCCAAGGAAAATGAAAGGCACGGAGATTGATATTTTACACTGGTTGCTTATATTTTCAGCAATGGTAATGGTCAAGTGATTTGACATATGTATTTATTGCCAAAATCTGCAATATTTTGAGGTCTTATAGTGTATATGATTCATTGGAAGTGCAAGGTGCATTTCTCTTCCAAATTTTCACTATTTCTTTT
TTCAGTCTCAAATTGTAGTTCTCATGTTGAATCAACATATGCAATTAAATATATGTAAACATGACAACGTGAGCATACATCAGAGTATAAGCACATTAGTTGTGCCCATGGGGCATGCACTTCCCACAAAATCCCAATATAATGCAATTCCAGTGAAACCTTCCATAATATGACTGCAGTTTTATTTTGGATGTTAACAA
GCATTCAAAACGTGTTTCTCCCTTGTAGCCACAAACATTACTTTAGAGACCCTGACGATCATTTAACGACATGGACTATTGTTTTACAACTCCTAAATATGATGCTTGGAATTGTTTCGGAGTAAAGTTGCTGCTTATTTGA
>TRINITY_DN38677_c0_g1_i5 from sample A9 / Example unspliced isoform:GTTCAATGTAATAATTCGTGGCCATCTCCCAAAAGGATAGCGCGGCGTCAAAAGCCAGCAAAAATGATATACACAGCCAGAATGGCCTCCCTTTGCTGCAAGGCCTTCAGACTCAAATCTACTTTGGGGCCTTCATGCAGAGACAGTCCAGGCAATATATCCAAAGGCATCTCCAAGCCATCCAGGCATCCCGAATCATT
ATTTCATTGCAGAACTGGGCCTATTTCTCCTGTAAAGGACGTCCGTATTGGTGCCAGGGCTGTCATGGATTTAAGCAGAAGTCGGGTTAAAGCGGAGGCTTTAGGGCAGAATTGCGGTGACAGGGTTTGGGTTCACACGAATGGGGACAACAAGCGGGTAATTGTCTCTGATATGGAGTCCGAGAAGCCAAATGCAGAGG
AGAATGGCGATAAATGCAATCAGAGTTCTTCAACGCCCAAGTTTCTTACATTGCCGAATATGTTGACACTGGGGCGAGTCGCTGCAGTTCCTCTTCTAATTGCCGTGTTTTATCTTAATGGCTGGTGGGTAACTATGGCTACAACAAGTATCTTTGTGGCAGCTGCTGCCACCGATTGGCTGGATGGTTATATTGCCCGC
AGAgtcaatgcaaatattgttatagGAATGGTGCAAGAGTAGTGGGAGTGGCCTTAAAGGCAGTCTCTTGGGCACATCCTTGCCTGAACCAGCGGTTTTCATGGATTACAGATGGGATCAGGATCTGCTTTTGGAGCATTCTTGGACCCTGTGGCTGATAAGCTTATAGTTGCCACCACTTTAGTGTTATTGTGTACCAG
GCCTCCAGAAATTGCCTGGTTTGGTGAATCTCCATGGCTATTGCCTGTGCCCGCCATTGCTATAATTAGTCGAGAGATAACAATGTCAGCAGTCCGAGAGTGGGCTGCTTCTCAGGGTGGTGATTTACGTGAGGCTGTTGCAGTAAACAACTTAGGCAAGTGGAAAACTGCTTCCCAAATGGTAGCCTTAACAATTCTAT
TGGCAACAAGGGATAGTAG
Intron 2 GTATGTAATC ... ATTGTTATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 45.72 | 5.2 | 3 | 5 |
| A2 | 46.15 | 7 | 10 | 2 |
| A3 | 43.29 | 7.7 | 8 | 3.7 |
| A4 | 56.52 | 5 | 8 | 5 |
| A5 | 70.66 | 1.8 | 4 | 4.7 |
| A6 | 62.27 | 7.5 | 16 | 8.5 |
| A7 | 39.31 | 23.5 | 16 | 14.3 |
| A8 | 49.03 | 10.7 | 13 | 7.5 |
| A9 | 44.81 | 12.8 | 16 | 4.8 |
| A10 | 44.93 | 19.2 | 21 | 10.2 |
>TRINITY_DN103067_c0_g1_i1 from sample A3 / Example spliced isoformTTTCAATGTAATAATTCGTGGCCATCTCCCAAAAGGATAGCGCGGCGTCAAAAGCCAGCAAAAATGATATACACAGCCAGAATGGCCTCCCTTTGCTGCAAGGCCTTCAGACTCAAATCTACTTTGGGGCCTTCATGCAGAGACAGTCCAGGCAATATATCCAAAGGCATCTCCAAGCCATCCAGGCATCCCGAATCATT
ATTTCATTGCAGAACTGGGCCTATTTCTCCTGTAAAGGACGTCCGTATTGGTGCCAGGGCTGTCATGGATTTAAGCAGAAGTCGGGTTAAAGCGGAGGCTTTAGGGCAGAATTGCGGTGACAGGGTTTGGGTTCACACGAATGGGGACAACAAGCGGGTAATTGTCTCTGATATGGAGTCCGAGAAGCCAAATGCAGAGG
AGAATGGCGATAAATGCAATCAGAGTTCTTCGACGCCCAAGTTTCTTACATTGCCGAATATGTTGACACTGGGGCGAGTCGCTGCAGTTCCTCTTCTAATTGCCGTGTTTTATCTTAATGGCTGGTGGGTAACTATGGCTACAACAAGTATCTTTGTGGCAGCTGCTGCCACCGATTGGCTGGATGGTTATATTGCCCGC
AGAGAATGGTGCAAGAGTAGTGGGAGTGGCCTTAAAGGCAGTCTCTTGGGCACATCCTTGCCTGAACCAGCGGTTTTCATGGATTACAGATGGGATCAGGATCTGCTTTTGGAGCATTCTTGGACCCTGTGGCTGATAAGCTTATAGTTGCCACCACTTTAGTGTTATTGTGTACCAGGCCTCCAGAAATTGCCTGGTTT
GGTGAATCTCCATGGCTATTGCCTGTGCCCGCCATTGCTATAATTAGTCGAGAG
>TRINITY_DN103067_c0_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:TTTCAATGTAATAATTCGTGGCCATCTCCCAAAAGGATAGCGCGGCGTCAAAAGCCAGCAAAAATGATATACACAGCCAGAATGGCCTCCCTTTGCTGCAAGGCCTTCAGACTCAAATCTACTTTGGGGCCTTCATGCAGAGACAGTCCAGGCAATATATCCAAAGGCATCTCCAAGCCATCCAGGCATCCCGAATCATT
ATTTCATTGCAGAACTGGGCCTATTTCTCCTGTAAAGGACGTCCGTATTGGTGCCAGGGCTGTCATGGATTTAAGCAGAAGTCGGGTTAAAGCGGAGGCTTTAGGGCAGAATTGCGGTGACAGGGTTTGGGTTCACACGAATGGGGACAACAAGCGGGTAATTGTCTCTGATATGGAGTCCGAGAAGCCAAATGCAGAGG
AGAATGGCGATAAATGCAATCAGAGTTCTTCGACGCCCAAGTTTCTTACATTGCCGAATATGTTGACACTGGGGCGAGTCGCTGCAGTTCCTCTTCTAATTGCCGTGTTTTATCTTAATGGCTGGTGGGTAACTATGGCTACAACAAGTATCTTTGTGGCAGCTGCTGCCACCGATTGGCTGGATGGTTATATTGCCCGC
AGAgtatgtaatccattatattccagaatgttgtttcctctagctggccttctttttaaattaatcatacggcactcatctcttgtctgtaagaaggtcaatgcaaatattgttatagGAATGGTGCAAGAGTAGTGGGAGTGGCCTTAAAGGCAGTCTCTTGGGCACATCCTTGCCTGAACCAGCGGTTTTCATGGATT
ACAGATGGGATCAGGATCTGCTTTTGGAGCATTCTTGGACCCTGTGGCTGATAAGCTTATAGTTGCCACCACTTTAGTGTTATTGTGTACCAGGCCTCCAGAAATTGCCTGGTTTGGTGAATCTCCATGGCTATTGCCTGTGCCCGCCATTGCTATAATTAGTCGAGAG
Intron 3 GTCAATGCAA ... TGGATTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 38.46 | 8 | 2 | 8 |
| A2 | 19.3 | 23 | 7 | 4 |
| A3 | 25.71 | 13 | 6 | 3 |
| A4 | 29.73 | 13 | 5 | 6 |
| A5 | 33.33 | 19 | 4 | 15 |
| A6 | 20.2 | 79 | 8 | 32 |
| A7 | 30.34 | 62 | 18 | 36 |
| A8 | 25 | 57 | 10 | 28 |
| A9 | 26.53 | 72 | 12 | 40 |
| A10 | 28.46 | 44 | 15 | 20 |
>TRINITY_DN38677_c0_g1_i4 from sample A9 / Example spliced isoformGTTCAATGTAATAATTCGTGGCCATCTCCCAAAAGGATAGCGCGGCGTCAAAAGCCAGCAAAAATGATATACACAGCCAGAATGGCCTCCCTTTGCTGCAAGGCCTTCAGACTCAAATCTACTTTGGGGCCTTCATGCAGAGACAGTCCAGGCAATATATCCAAAGGCATCTCCAAGCCATCCAGGCATCCCGAATCATT
ATTTCATTGCAGAACTGGGCCTATTTCTCCTGTAAAGGACGTCCGTATTGGTGCCAGGGCTGTCATGGATTTAAGCAGAAGTCGGGTTAAAGCGGAGGCTTTAGGGCAGAATTGCGGTGACAGGGTTTGGGTTCACACGAATGGGGACAACAAGCGGGTAATTGTCTCTGATATGGAGTCCGAGAAGCCAAATGCAGAGG
AGAATGGCGATAAATGCAATCAGAGTTCTTCAACGCCCAAGTTTCTTACATTGCCGAATATGTTGACACTGGGGCGAGTCGCTGCAGTTCCTCTTCTAATTGCCGTGTTTTATCTTAATGGCTGGTGGGTAACTATGGCTACAACAAGTATCTTTGTGGCAGCTGCTGCCACCGATTGGCTGGATGGTTATATTGCCCGC
AGAATGGGATCAGGATCTGCTTTTGGAGCATTCTTGGACCCTGTGGCTGATAAGCTTATAGTTGCCACCACTTTAGTGTTATTGTGTACCAGGCCTCCAGAAATTGCCTGGTTTGGTGAATCTCCATGGCTATTGCCTGTGCCCGCCATTGCTATAATTAGTCGAGAGATAACAATGTCAGCAGTCCGAGAGTGGGCTGC
TTCTCAGGGTGGTGATTTACGTGAGGCTGTTGCAGTAAACAACTTAGGCAAGTGGAAAACTGCTTCCCAAATGGTAGCCTTAACAATTCTATTGGCAACAAGGGATAGTAGTCAGAATGGAGCTGCTAGTTTAGCTGCTTGTGGTGTTGCAATGCTTTATGTTGCTGCTGGTCTTGGAATGTGGTCCTTGGCAGTGTACA
CGAAAGGAGTTTCAAGGATATTGTTCAAATAAAATTCAATTTTATAGTCTATTATTTATCTGATTCAAGAAATGGCCTTTGGTTTGTATCTGTTTGTTTCAGATGAAATTTTTAATATCCTTTTCCAAGGAAAATGAAAGGCACGGAGATTGATATTTTACACTGGTTGCTTATATTTTCAGCAATGGTAATGGTCAAGT
GATTTGACATATGTATTTATTGCCAAAATCTGCAATATTTTGAGGTCTTATAGTGTATATGATTCATTGGAAGTGCAAGGTGCATTTCTCTTCCAAATTTTCACTATTTCTTTTTTCAGTCTCAAATTGTAGTTCTCATGTTGAATCAACATATGCAATTAAATATATGTAAACATGACAACGTGAGCATACATCAGAGT
ATAAGCACATTAGTTGTGCCCATGGGGCATGCACTTCCCACAAAATCCCAATATAATGCAATTCCAGTGAAACCTTCCATAATATGACTGCAGTTTTATTTTGGATGTTAACAAGCATTCAAAACGTGTTTCTCCCTTGTAGCCACAAACATTACTTTAGAGACCCTGACGATCATTTAACGACATGGACTATTGTTTTA
CAACTCCTAAATATGATGCTTGGAATTGTTTCGGAGTAAAGTTGCTGCTTATTTGA
>TRINITY_DN38677_c0_g1_i5 from sample A9 / Example unspliced isoform:GTTCAATGTAATAATTCGTGGCCATCTCCCAAAAGGATAGCGCGGCGTCAAAAGCCAGCAAAAATGATATACACAGCCAGAATGGCCTCCCTTTGCTGCAAGGCCTTCAGACTCAAATCTACTTTGGGGCCTTCATGCAGAGACAGTCCAGGCAATATATCCAAAGGCATCTCCAAGCCATCCAGGCATCCCGAATCATT
ATTTCATTGCAGAACTGGGCCTATTTCTCCTGTAAAGGACGTCCGTATTGGTGCCAGGGCTGTCATGGATTTAAGCAGAAGTCGGGTTAAAGCGGAGGCTTTAGGGCAGAATTGCGGTGACAGGGTTTGGGTTCACACGAATGGGGACAACAAGCGGGTAATTGTCTCTGATATGGAGTCCGAGAAGCCAAATGCAGAGG
AGAATGGCGATAAATGCAATCAGAGTTCTTCAACGCCCAAGTTTCTTACATTGCCGAATATGTTGACACTGGGGCGAGTCGCTGCAGTTCCTCTTCTAATTGCCGTGTTTTATCTTAATGGCTGGTGGGTAACTATGGCTACAACAAGTATCTTTGTGGCAGCTGCTGCCACCGATTGGCTGGATGGTTATATTGCCCGC
AGAgtcaatgcaaatattgttataggaatggtgcaagagtagtgggagtggccttaaaggcagtctcttgggcacatccttgcctgaaccagcggttttcatggattacagATGGGATCAGGATCTGCTTTTGGAGCATTCTTGGACCCTGTGGCTGATAAGCTTATAGTTGCCACCACTTTAGTGTTATTGTGTACCAG
GCCTCCAGAAATTGCCTGGTTTGGTGAATCTCCATGGCTATTGCCTGTGCCCGCCATTGCTATAATTAGTCGAGAGATAACAATGTCAGCAGTCCGAGAGTGGGCTGCTTCTCAGGGTGGTGATTTACGTGAGGCTGTTGCAGTAAACAACTTAGGCAAGTGGAAAACTGCTTCCCAAATGGTAGCCTTAACAATTCTAT
TGGCAACAAGGGATAGTAG
Intron 4 GTATGTAATC ... CCGTAAGAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 50 | 2 | 3 | 1 |
| A2 | 50 | 7 | 10 | 4 |
| A3 | 45.45 | 6 | 8 | 2 |
| A4 | 56.52 | 5 | 8 | 5 |
| A5 | 52.94 | 4 | 4 | 5 |
| A6 | 60.98 | 8 | 16 | 9 |
| A7 | 44.62 | 18 | 16 | 13 |
| A8 | 51.22 | 10 | 13 | 8 |
| A9 | 45.45 | 12 | 16 | 4 |
| A10 | 47.37 | 15 | 21 | 6 |
>TRINITY_DN38677_c0_g1_i5 from sample A9 / Example spliced isoformGTTCAATGTAATAATTCGTGGCCATCTCCCAAAAGGATAGCGCGGCGTCAAAAGCCAGCAAAAATGATATACACAGCCAGAATGGCCTCCCTTTGCTGCAAGGCCTTCAGACTCAAATCTACTTTGGGGCCTTCATGCAGAGACAGTCCAGGCAATATATCCAAAGGCATCTCCAAGCCATCCAGGCATCCCGAATCATT
ATTTCATTGCAGAACTGGGCCTATTTCTCCTGTAAAGGACGTCCGTATTGGTGCCAGGGCTGTCATGGATTTAAGCAGAAGTCGGGTTAAAGCGGAGGCTTTAGGGCAGAATTGCGGTGACAGGGTTTGGGTTCACACGAATGGGGACAACAAGCGGGTAATTGTCTCTGATATGGAGTCCGAGAAGCCAAATGCAGAGG
AGAATGGCGATAAATGCAATCAGAGTTCTTCAACGCCCAAGTTTCTTACATTGCCGAATATGTTGACACTGGGGCGAGTCGCTGCAGTTCCTCTTCTAATTGCCGTGTTTTATCTTAATGGCTGGTGGGTAACTATGGCTACAACAAGTATCTTTGTGGCAGCTGCTGCCACCGATTGGCTGGATGGTTATATTGCCCGC
AGAGTCAATGCAAATATTGTTATAGGAATGGTGCAAGAGTAGTGGGAGTGGCCTTAAAGGCAGTCTCTTGGGCACATCCTTGCCTGAACCAGCGGTTTTCATGGATTACAGATGGGATCAGGATCTGCTTTTGGAGCATTCTTGGACCCTGTGGCTGATAAGCTTATAGTTGCCACCACTTTAGTGTTATTGTGTACCAG
GCCTCCAGAAATTGCCTGGTTTGGTGAATCTCCATGGCTATTGCCTGTGCCCGCCATTGCTATAATTAGTCGAGAGATAACAATGTCAGCAGTCCGAGAGTGGGCTGCTTCTCAGGGTGGTGATTTACGTGAGGCTGTTGCAGTAAACAACTTAGGCAAGTGGAAAACTGCTTCCCAAATGGTAGCCTTAACAATTCTAT
TGGCAACAAGGGATAGTAG
>TRINITY_DN38677_c0_g1_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:GTTCAATGTAATAATTCGTGGCCATCTCCCAAAAGGATAGCGCGGCGTCAAAAGCCAGCAAAAATGATATACACAGCCAGAATGGCCTCCCTTTGCTGCAAGGCCTTCAGACTCAAATCTACTTTGGGGCCTTCATGCAGAGACAGTCCAGGCAATATATCCAAAGGCATCTCCAAGCCATCCAGGCATCCCGAATCATT
ATTTCATTGCAGAACTGGGCCTATTTCTCCTGTAAAGGACGTCCGTATTGGTGCCAGGGCTGTCATGGATTTAAGCAGAAGTCGGGTTAAAGCGGAGGCTTTAGGGCAGAATTGCGGTGACAGGGTTTGGGTTCACACGAATGGGGACAACAAGCGGGTAATTGTCTCTGATATGGAGTCCGAGAAGCCAAATGCAGAGG
AGAATGGCGATAAATGCAATCAGAGTTCTTCAACGCCCAAGTTTCTTACATTGCCGAATATGTTGACACTGGGGCGAGTCGCTGCAGTTCCTCTTCTAATTGCCGTGTTTTATCTTAATGGCTGGTGGGTAACTATGGCTACAACAAGTATCTTTGTGGCAGCTGCTGCCACCGATTGGCTGGATGGTTATATTGCCCGC
AGAgtatgtaatccattatattccagaatgttgtttcctctagctggccttctttttaaattaatcatacggcactcatctcttgtccgtaagaagGTCAATGCAAATATTGTTATAGGAATGGTGCAAGAGTAGTGGGAGTGGCCTTAAAGGCAGTCTCTTGGGCACATCCTTGCCTGAACCAGCGGTTTTCATGGATT
ACAGATGGGATCAGGATCTGCTTTTGGAGCATTCTTGGACCCTGTGGCTGATAAGCTTATAGTTGCCACCACTTTAGTGTTATTGTGTACCAGGCCTCCAGAAATTGCCTGGTTTGGTGAATCTCCATGGCTATTGCCTGTGCCCGCCATTGCTATAATTAGTCGAGAGATAACAATGTCAGCAGTCCGAGAGTGGGCTG
CTTCTCAGGGTGGTGATTTACGTGAGGCTGTTGCAGTAAACAACTTAGGCAAGTGGAAAACTGCTTCCCAAATGGTAGCCTTAACAATTCTATTGGCAACAAGGGATAGTAGTCAGAATGGAGCTGCTAGTTTAGCTGCTTGTGGTGTTGCAATGCTTTATGTTGCTGCTGGTCTTGGAATGTGGTCCTTGGCAGTGTAC
ACGAAAGGAGTTTCAAGGATATTGTTCAAATAAAATTCAATTTTATAGTCTATTATTTATCTGATTCAAGAAATGGCCTTTGGTTTGTATCTGTTTGTTTCAGATGAAATTTTTAATATCCTTTTCCAAGGAAAATGAAAGGCACGGAGATTGATATTTTACACTGGTTGCTTATATTTTCAGCAATGGTAATGGTCAAG
TGATTTGACATATGTATTTATTGCCAAAATCTGCAATATTTTGAGGTCTTATAGTGTATATGATTCATTGGAAGTGCAAGGTGCATTTCTCTTCCAAATTTTCACTATTTCTTTTTTCAGTCTCAAATTGTAGTTCTCATGTTGAATCAACATATGCAATTAAATATATGTAAACATGACAACGTGAGCATACATCAGAG
TATAAGCACATTAGTTGTGCCCATGGGGCATGCACTTCCCACAAAATCCCAATATAATGCAATTCCAGTGAAACCTTCCATAATATGACTGCAGTTTTATTTTGGATGTTAACAAGCATTCAAAACGTGTTTCTCCCTTGTAGCCACAAACATTACTTTAGAGACCCTGACGATCATTTAACGACATGGACTATTGTTTT
ACAACTCCTAAATATGATGCTTGGAATTGTTTCGGAGTAAAGTTGCTGCTTATTTGA
Intron 5 GTATGTAATC ... TGGATTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 40.21 | 8 | 3 | 7.8 |
| A2 | 23.19 | 23 | 10 | 3.9 |
| A3 | 29.73 | 13 | 8 | 3 |
| A4 | 33.73 | 13 | 8 | 5.3 |
| A5 | 31.75 | 19 | 4 | 13.9 |
| A6 | 21.9 | 79 | 16 | 28.8 |
| A7 | 28.66 | 62 | 16 | 34.2 |
| A8 | 24.88 | 57 | 13 | 25.2 |
| A9 | 26.3 | 72 | 16 | 36.1 |
| A10 | 30.78 | 44 | 21 | 18.3 |
>TRINITY_DN105640_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoformATTTCAATGTAATAATTCGTGGCCATCTCCCAAAAGGATAGCGCGGCGTCAAAAGCCAGCAAAAATGATATACACAGCCAGAATGGCCTCCCTTTGCTGCAAGGCCTTCAGACTCAAATCTACTTTGGGGCCTTCATGCAGAGACAGTCCAGGCAATATATCCAAAGGCATCTCCAAGCCATCCAGGCATCCCGAATCAT
TATTTCATTGCAGAACTGGGCCTATTTCTCCTGTAAAGGACGTCCGTATTGGTGCCAGGGCTGTCATGGATTTAAGCAGAAGTCGGGTTAAAGCGGAGGCTTTAGGGCAGAATTGCGGTGACAGGGTTTGGGTTCACACGAATGGGGACAACAAGCGGGTAATTGTCTCTGATATGGAGTCCGAGAAGCCAAATGCAGAG
GAGAATGGCGATAAATGCAATCAGAGTTCTTCAACGCCCAAGTTTCTTACATTGCCGAATATGTTGACACTGGGGCGAGTCGCTGCAGTTCCTCTTCTAATTGCCGTGTTTTATCTTAATGGCTGGTGGGTAACTATGGCTACAACAAGTATCTTTGTGGCAGCTGCTGCCACCGATTGGCTGGATGGTTATATTGCCCG
CAGAATGGGATCAGGATCTGCTTTTGGAGCATTCTTGGACCCTGTGGCTGATAAGCTTATAGTTGCCACCACTTTAGTGTTATTGTGTACCAGGCCTCCAGAAATTGCCTGGTTTGGTGAATCTCCATGGCTATTGCCTGTGCCCGCCATTGCTATAATTAGTCGAGAGATAACAATGTCAGCAGTCCGAGAGTGGGCTG
CTTCTCAGGGTGGTGATTTACGTGAGGCTGTTGCAGTAAACAACTTAGGCAAGTGGAAAACTGCTTCCCAAATGGTAGCCTTAACAATTCTATTGGCAACAAGGGATAGTAGTCAGAATGGAGCTGCTAGTTTAGCTGCTTGTGGTGTTGCAATGCTTTATGTTGCTGCTGGTCTTGGAATGTGGTCCTTGGCAGTGTAC
ACGAAAGGAGTTTCAAGGATATTGTTCAAATAAAATTCAATTTTATAGTCTATTATTTATCTGATTCAAGAAATGGCCTTTGGTTTGTATCTGTTTGTTTCAGATGAAATTTTTAATATCCTTTTCCAAGGAAAATGAAAGGCACGGAGATTGATATTTTACACTGGTTGCTTATATTTTCAGCAATGGTAATGGTCAAG
TGATTTGACATATGTATTTATTGCCAAAATCTGCAATATTTTGAGGTCTTATAGTGTATATGATTCATTGGAAG
>TRINITY_DN105640_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:ATTTCAATGTAATAATTCGTGGCCATCTCCCAAAAGGATAGCGCGGCGTCAAAAGCCAGCAAAAATGATATACACAGCCAGAATGGCCTCCCTTTGCTGCAAGGCCTTCAGACTCAAATCTACTTTGGGGCCTTCATGCAGAGACAGTCCAGGCAATATATCCAAAGGCATCTCCAAGCCATCCAGGCATCCCGAATCAT
TATTTCATTGCAGAACTGGGCCTATTTCTCCTGTAAAGGACGTCCGTATTGGTGCCAGGGCTGTCATGGATTTAAGCAGAAGTCGGGTTAAAGCGGAGGCTTTAGGGCAGAATTGCGGTGACAGGGTTTGGGTTCACACGAATGGGGACAACAAGCGGGTAATTGTCTCTGATATGGAGTCCGAGAAGCCAAATGCAGAG
GAGAATGGCGATAAATGCAATCAGAGTTCTTCAACGCCCAAGTTTCTTACATTGCCGAATATGTTGACACTGGGGCGAGTCGCTGCAGTTCCTCTTCTAATTGCCGTGTTTTATCTTAATGGCTGGTGGGTAACTATGGCTACAACAAGTATCTTTGTGGCAGCTGCTGCCACCGATTGGCTGGATGGTTATATTGCCCG
CAGAgtatgtaatccattatattccagaatgttgtttcctctagctggccttctttttaaattaatcatacggcactcatctcttgtccgtaagaaggtcaatgcaaatattgttataggaatggtgcaagagtagtgggagtggccttaaaggcagtctcttgggcacatccttgcctgaaccagcggttttcatggat
tacagATGGGATCAGGATCTGCTTTTGGAGCATTCTTGGACCCTGTGGCTGATAAGGTAAGATGGATTACATTTGCTTGAAAATAAGTTTACTTATTTTTTGTCGACTTGACTGTTGCTGCTGCTTCCTTTTCATATGTTAGGTTGTGGAAAGCTTTTTATTGTTAGTCTCATCTTATTTTTTTATATTGTTGTGGGTGA
GTAAGATGGGGGGCAGAAATAAATTGTGTTAATTTTACAAGAAGTTTAAAAAATCAACTGGCCGTCTACTGTGGCTTGCTTGTTTACACAAATTCCCTTTCATCTCAGGTCGCTCTTCCTTTGTTTCTATTCACATCCCACTTTGATTTAGTGCTGTACATTATGCCATACATCCTAACAAATTAATTTATACAACATAC
TCTATGAACCAGCTATCCATCCTGCATCTGGACAATTTTAAAAAGGATCCAATGTTATGCCCTCTGGCTTACCAGGCCAACAACAGGTGCACACTAGGCAGTCTAAAGCACACTGAGAAGAC