sp|Q9LE81|IRE_ARATH ----> Probable serine/threonine protein kinase IRE
Intron 1 GTAAGTTAAT ... CTCATGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.56 | 154 | 10 | 35 |
| A2 | 22.15 | 152.3 | 14 | 43 |
| A3 | 26.22 | 164.7 | 14 | 58 |
| A4 | 26.58 | 130.7 | 16 | 47 |
| A5 | 28.66 | 61 | 5 | 24 |
| A6 | 20.23 | 385.7 | 0 | 97 |
| A7 | 24.96 | 365.7 | 2 | 120 |
| A8 | 23.49 | 360 | 0 | 109 |
| A9 | 25.61 | 369.3 | 0 | 125 |
| A10 | 23.25 | 290.3 | 0 | 87 |
>TRINITY_DN104320_c0_g1_i1 from sample A4 / Example spliced isoformTCCATTTACCGGCGGGGCAGTACTCAAAGAACAAAAGTTACGGTGCGGACTTCACGGTTCTATATTTGTCACTTTACCGGCAATTATTTTGTTTTCGCCGTGGCAAACATTTGGGTTTAAACCCCAATATCTCTAGCCGGAAAGATTGTCGCCGTTGATCTTCATCCACCGTGGAGACCCCTTGAGATGCGCCGGCTTTA
ATGTCGAGGTCATGGTATACACAAACATAGCATAGATTTGGATTGTATTTACACAGCGCCGAGGTCTCCAAGAAAATTGTTGGTTCAATGGAATCGAATGCGTTTAAGGAAATTGGAATGACAGCGTACAGAGCGTAATTTGGTCGGCAATGACGGTGGATCGAGGCAGTACTGGGTTTTGTGAGGCGATTTGCGTTTTC
CGGTGTCTTTTTTGGTGAAGTGGGCAGGTTTCCGTGCTTAATTTGGGGCAGAGAGGGTTTTAGGGGCCAAAACTGTTGTATAATGAAGGATTTACGCGATATTCTGGGGCTTTAGCGGTTTTCTCTACGCTGCTTCTTGGGTTTTGGAAGTTTATGTGGTCAATTTTGATTTGAGAATCGCTGCGATAGGGTTTCAGTCG
TCAAAGTCCGGGGAACTGGAGATTGTAAGCAGTATTTTGACTTTCTTTTGTCAGATTTTGCAGTCCAGGCTTGTGGTTTCGACTAGTTGTGGAGACGACCATTTTGATCAGCTTGAAAATGAATCTCGTTGTTGATATAGGATGCTATTTTTAACAAGTTCAAGTTAGGCGTTTAGTTGTATACATATTTACAGGATGGA
AGCCACGAAAAGTTGGTTTCAGCAGCGATTTCAGCCAAAAACAGACAAGCATAAGGCGGCGATGGGGAAAAAGAAAGAAGGTGAAAAAGGCAAAGATTGTCCCAGACCTCCTAATGATGAAGCTCCTTCAAACGTCACTAGACAGAAAGTAGCTGCCGCCAAGCAGTACATAGAGAACCATTATAAAGCCCAAATGAAGA
ATTTGCAGGAGCGCAAAGAGAGAAGATGGGTTTTGGAACGTAAACTGGCAGATGCAGATGTGTCTGAAGAGGAGCAAAGTAATCTCCTGAAATATCTGGAGAGAAAGGAGACAGAGTACATGCGCCTTCAACGGCATAAAATGGGCGTTGATGATTTTGAGATGTTAACTATTATTGGAAGGGGTGCTTTTGGGGAGGTG
AGGTTGTGCAGAGAGAAGACAACAGGTAATGTCTATGCAATGAAAAAGTTAAAGAAGTCTGAGATGCTTCGTCGAGGCCAGGTGGAACATGTGAAGGCAGAGAGGAATCTTCTTGCCGAGGTAGACAGTAATTGCATAGTTAAACTCTATTGCTCCTTCCAAGATGAAGAACATCTGTATCTGATAATGGAGTATTTACC
TGGAGGAGATATGATGACACTGCTGATGCGGAAAGATACTTTAAAGGAGGATGAGGCAAGATTTTATGTTGGACAGACTGTTTTGGCTATTGAATCAATTCACAAGCACAATTACATTCACAGGGATATTAAACCAGATAATTTATTACTTGATAGATATGGACACATGAAGCTTTCAGATTTTGGTTTATGTAAACCAT
TGGACTGCAGTAATCTGCCCACTCTCCATGAAAATGACTTCACTGCTGGAAAAACTTTAAAAGATGTTTTGGATATGGATGGGCGTTTGAACACATCAATCACACCAAAGCGTACTCAACAGGAGCAGCTTTCACATTGGCAAAAGAACAGGCGCATGCTGGCTTATTCAACCGTTGGTACACCAGACTACATTGCCCCT
GAAGTATTATTGAAGAGAGGCTATGGAAAGGAGTGTGATTGGTGGTCACTTGGAGCGATTATGTATGAAATGCTTGTAGGTTATCCACCTTTTTATTCTGACGAGCCAATGTCAACTTGTAGGAAGATAGTGAACTGGAGAAATCACCTAAAATTTCCAGAAGAAGCAAAGTTATCAGCTGAGGCCGAAGATCTTATCCG
TAAACTTCTTTGCAATGTAGAGCAGAGGCTTGGAACGAAAGGTGCTCATGAAATAAAGGCACATCCATGGTTTAAAGATGTTCAGTGGGACAAATTATACCAGATGGAAGCAGCATTTTTGCCAGAAGTCAATAGCGAACTGGATACTCAGAATTTTGAAAAATTTGAAGAGGCTGGACCCCAAATGCAATCTTCTTCAA
GATCAGGTCCATGGAGAAAGATGCTTCCATCAAAGGATGTAAATTTTGTAGGTTATACCTACAAGAATTTTGAAATTGTCAATGATCATCACGTACCTGGTGTTGAGTTGAAGAAGAAAAATAAACCTAAGCGGCCTTCCATTAAAACCTTATTTGATGCAACTGCGGTTGGTAACCAACCTATCCAAGGAAGTTTTATG
AATTTGTTGCCAACA
>TRINITY_DN104320_c0_g1_i8 from sample A4 / Example unspliced isoform:TCCATTTACCGGCGGGGCAGTACTCAAAGAACAAAAGTTACGGTGCGGACTTCACGGTTCTATATTTGTCACTTTACCGGCAATTATTTTGTTTTCGCCGTGGCAAACATTTGGGTTTAAACCCCAATATCTCTAGCCGGAAAGATTGTCGCCGTTGATCTTCATCCACCGTGGAGACCCCTTGAGATGCGCCGGCTTTA
ATGTCGAGGTCATGGTATACACAAACATAGCATAGATTTGGATTGTATTTACACAGCGCCGAGGTCTCCAAGAAAATTGTTGGTTCAATGGAATCGAATGCGTTTAAGGAAATTGGAATGACAGCGTACAGAGCGTAATTTGGTCGGCAATGACGGTGGATCGAGGCAGTACTGGGTTTTGTGAGGCGATTTGCGTTTTC
CGGTGTCTTTTTTGGTGAAGTGGGCAGGTTTCCGTGCTTAATTTGGGGCAGAGAGGGTTTTAGGGGCCAAAACTGTTGTATAATGAAGGATTTACGCGATATTCTGGGGCTTTAGCGGTTTTCTCTACGCTGCTTCTTGGGTTTTGGAAGTTTATGTGGTCAATTTTGATTTGAGAATCGCTGCGATAGGGTTTCAGTCG
TCAAAGTCCGGGGAACTGGAGATTGTAAGCAGTATTTTGACTTTCTTTTGTCAGATTTTGCAGTCCAGGCTTGTGGTTTCGACTAGTTGTGGAGACGACCATTTTGATCAGCTTGAAAATGAATGCTATTTTAACAAGTTCAAGTTAGGCGTTTAGTTGTATACATATTTACAGGATGGAAGCCACGAAAAGTTGGTTTC
AGCAGCGATTTCAGCCAAAAACAGACAAGCATAAGGCGGCGATGGGGAAAAAGAAAGAAGGTGAAAAAGGCAAAGATTGTCCCAGACCTCCTAATGATGAAGCTCCTTCAAACGTCACTAGACAGAAAGTAGCTGCCGCCAAGCAGTACATAGAGAACCATTATAAAGCCCAAATGAAGAATTTGCAGGAGCGCAAAGAG
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AACAGGTAATGTCTATGCAATGAAAAAGTTAAAGAAGTCTGAGATGCTTCGTCGAGGCCAGGTGGAACATGTGAAGGCAGAGAGGAATCTTCTTGCCGAGGTAGACAGTAATTGCATAGTTAAACTCTATTGCTCCTTCCAAGATGAAGAACATCTGTATCTGATAATGGAGTATTTACCTGGAGGAGATATGATGACAC
TGCTGATGCGGAAAGATACTTTAAAGGAGGATGAGGCAAGATTTTATGTTGGACAGACTGTTTTGGCTATTGAATCAATTCACAAGCACAATTACATTCACAGGGATATTAAACCAGATAATTTATTACTTGATAGATATGGACACATGAAGCTTTCAGATTTTGGTTTATGTAAACCATTGGACTGCAGTAATCTGCCC
ACTCTCCATGAAAATGACTTCACTGCTGGAAAAACTTTAAAAGATGTTTTGGATATGGATGGGCGTTTGAACACATCAATCACACCAAAGCGTACTCAACAGGAGCAGCTTTCACATTGGCAAAAGAACAGGCGCATGCTGGCTTATTCAACCGTTGGTACACCAGACTACATTGCCCCTGAAGTATTATTGAAGAGAGG
CTATGGAAAGGAGTGTGATTGGTGGTCACTTGGAGCGATTATGTATGAAATGCTTGTAGGTTATCCACCTTTTTATTCTGACGAGCCAATGTCAACTTGTAGGAAGATAGTGAACTGGAGAAATCACCTAAAATTTCCAGAAGAAGCAAAGTTATCAGCTGAGGCCGAAGATCTTATCCGTAAACTTCTTTGCAATGTAG
AGCAGAGGCTTGGAACGAAAGGTGCTCATGAAATAAAGGCACATCCATGGTTTAAAGATGTTCAGTGGGACAAATTATACCAGATGGAAGCAGCATTTTTGCCAGAAGTCAATAGCGAACTGGATACTCAGAATTTTGAAAAATTTGAAGAGGTTAGCTGGTCATTTTTTTCGTTTGGTCTTTCCAACCTTTTAATTGAT
TTAGACAAGAAAATTAATATTTAACTTGTTGACTCTAGAGAGTACTAAAGATCTCACCTTTTTTTTTCAATTGCACCCAATCTTCTAATGTTTATGCTTCTAGGATTATAGGATCCATTCATAATTGGTGTGGTTAATTTCTAATTGCCATAACACACTACCCTTTTAATGTTTTTGAGAATGCTAGACCCATAACTTTA
GCCAGTGCTTGTATATCTGATATGTTATTTTAAGTGTATCCCAGATTACATGCATATTTTATTTGGATCTTCCTTCCCGCGTCTGTGATGAGTTCCTCCTATCCCTGCTCTGTTCGTATATCAATTGTTAGCATTTGTTCCTCAAGAGTTGTGGCGACTGTTGTGATTGTGTTGTTAGGAGTAGCTCCTGCAAAAGTTGT
AACTACTGTTGTACTTGTGATTAATTTATCCATCCTTGATATGTTTATTGTGGTTCTTCTTTATCTTTGCATAGACCTTTTTGGTTGGTTCGTCCCTTGTAATTGGTTCTATGGTTGACTTTTCCTACTCAGAATATTATGGCTGGCTCATCCAGCCTTTTATTTAGTGTGATGCCGTAATTGTTATTGGTTCTTGTTTG
GAAAAACTTCTGGATAGTGTCCAATAACAAATCTCCATGAGAATCCAGAAACTTCAGAAAACTTATATGTAATCTGTTCGGGATACTTTTTAATCTTAAAGATGAAGATGCTGTTACAAGCAGATATTTTTATGCCACAAGCAGATATTCTTATGCCACAAAGTTAAAAATGGTACATTGTTTTGCTAGTTGGGCTAATA
AGTTTCTTGGGCTAGTAGGTACATTGGTAGAATCAGTTTGCTCTGAAAGTTTTCCATAGTACACATTATTTCCTGTGTCATTATCTTTATGTTTTGTATACTTGTTTCTATGTAAATTAATAAATTATGGTGACATACAGTTGATTCCTTTTGTAAGATCATGACATCTTTAATCGCACGGTTGAATGCAGGCTGGACCC
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atgcagtaattatgaggaatcagatgtacactggcactgaattagttgtttttttatgagtttgaaggagttgaacttaattatggtttgcagtgttttgcaatcttcttcattttttttctttaaaacatctatatgttttttccatccattcataatgattatccttatttttcatttaagaacgaagagggcaatat
gcaataattatgaggaatcaaatgtacactggcactgaatcagttgtttttttatgagtttgaaggagttgaacttaattatggtttgcagtgttttgcaatcttgttcattttttttctttaaaacatctatatgttttttccacccattcagaatgattatccttatatttgtttggctttcatatcagatgctcttg
atctgtgttccatctgcgttttgtactgtttattactattactattattattattattactatcttttgttataattttcttctcctacccacttgaatgataattctcctaaacatttatggaattaatttttgggtttgaagtttaagttgatgtttatgttgctagggtcttgatatcatcctcaccacaaaattag
ttttgcttgatataggattatgatttctgtggatgatctattattgatagctaagagtgaagatgggaattgatttgtaatagtgttgaaaaagtcgccgatttttcggaaaaaagcggcaaaatcgcgatttttttcctctagccaatttgtatgcattagctgtaaggcatttaaatatggttctaatgttatgaatg
gcccctcactgtattgtatggggatctaattacatgctcatgtctcatggcagATGCTTCCATCAAAGGATGTAAATTTTGTAGGTTATACCTACAAGAATTTTGAAATTGTCAATGATCATCAAGTACCTGGTGTTGCAGAGTTGAAGAAGAAAAATAAACCTAAGCGGCCTTCCATTAAAACCTTATTTGATGCAACT
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TATTGTTGCTTGTGGTTGTCATGCCAATGAGCCAGACTTGAATTCAGAATCACTCAAGTGATTGCTAGGGTTGTGGTATAAGCATACATTGCTATAAGCAGTTTTCAAATTGCCTCCTATTCTATGAATGAGGAGTTCTGTATATCGGTTTAAACTACTTCAGAAATTCTTTCAAAGTTGTGTCTTATATGTTTGCAAGG
GGTCGACCATATGCATATTTATGCTTTATTCGTTTCAGACTTTATATTGCAAATTAAGTAGTCCTCGTCTTCCTTGATTTACG
Intron 2 GTTAGCTGGT ... TTGAATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.96 | 219 | 69 | 11 |
| A2 | 25.5 | 222 | 76 | 9 |
| A3 | 27.27 | 208 | 78 | 12 |
| A4 | 30.13 | 167 | 72 | 6 |
| A5 | 30.56 | 75 | 33 | 2 |
| A6 | 25.04 | 494 | 165 | 0 |
| A7 | 30.14 | 493.7 | 213 | 1 |
| A8 | 24.1 | 456.7 | 145 | 1 |
| A9 | 24.97 | 471.7 | 157 | 0 |
| A10 | 22.58 | 394.3 | 115 | 0 |
>TRINITY_DN104320_c0_g1_i1 from sample A4 / Example spliced isoformTCCATTTACCGGCGGGGCAGTACTCAAAGAACAAAAGTTACGGTGCGGACTTCACGGTTCTATATTTGTCACTTTACCGGCAATTATTTTGTTTTCGCCGTGGCAAACATTTGGGTTTAAACCCCAATATCTCTAGCCGGAAAGATTGTCGCCGTTGATCTTCATCCACCGTGGAGACCCCTTGAGATGCGCCGGCTTTA
ATGTCGAGGTCATGGTATACACAAACATAGCATAGATTTGGATTGTATTTACACAGCGCCGAGGTCTCCAAGAAAATTGTTGGTTCAATGGAATCGAATGCGTTTAAGGAAATTGGAATGACAGCGTACAGAGCGTAATTTGGTCGGCAATGACGGTGGATCGAGGCAGTACTGGGTTTTGTGAGGCGATTTGCGTTTTC
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TCAAAGTCCGGGGAACTGGAGATTGTAAGCAGTATTTTGACTTTCTTTTGTCAGATTTTGCAGTCCAGGCTTGTGGTTTCGACTAGTTGTGGAGACGACCATTTTGATCAGCTTGAAAATGAATCTCGTTGTTGATATAGGATGCTATTTTTAACAAGTTCAAGTTAGGCGTTTAGTTGTATACATATTTACAGGATGGA
AGCCACGAAAAGTTGGTTTCAGCAGCGATTTCAGCCAAAAACAGACAAGCATAAGGCGGCGATGGGGAAAAAGAAAGAAGGTGAAAAAGGCAAAGATTGTCCCAGACCTCCTAATGATGAAGCTCCTTCAAACGTCACTAGACAGAAAGTAGCTGCCGCCAAGCAGTACATAGAGAACCATTATAAAGCCCAAATGAAGA
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AGGTTGTGCAGAGAGAAGACAACAGGTAATGTCTATGCAATGAAAAAGTTAAAGAAGTCTGAGATGCTTCGTCGAGGCCAGGTGGAACATGTGAAGGCAGAGAGGAATCTTCTTGCCGAGGTAGACAGTAATTGCATAGTTAAACTCTATTGCTCCTTCCAAGATGAAGAACATCTGTATCTGATAATGGAGTATTTACC
TGGAGGAGATATGATGACACTGCTGATGCGGAAAGATACTTTAAAGGAGGATGAGGCAAGATTTTATGTTGGACAGACTGTTTTGGCTATTGAATCAATTCACAAGCACAATTACATTCACAGGGATATTAAACCAGATAATTTATTACTTGATAGATATGGACACATGAAGCTTTCAGATTTTGGTTTATGTAAACCAT
TGGACTGCAGTAATCTGCCCACTCTCCATGAAAATGACTTCACTGCTGGAAAAACTTTAAAAGATGTTTTGGATATGGATGGGCGTTTGAACACATCAATCACACCAAAGCGTACTCAACAGGAGCAGCTTTCACATTGGCAAAAGAACAGGCGCATGCTGGCTTATTCAACCGTTGGTACACCAGACTACATTGCCCCT
GAAGTATTATTGAAGAGAGGCTATGGAAAGGAGTGTGATTGGTGGTCACTTGGAGCGATTATGTATGAAATGCTTGTAGGTTATCCACCTTTTTATTCTGACGAGCCAATGTCAACTTGTAGGAAGATAGTGAACTGGAGAAATCACCTAAAATTTCCAGAAGAAGCAAAGTTATCAGCTGAGGCCGAAGATCTTATCCG
TAAACTTCTTTGCAATGTAGAGCAGAGGCTTGGAACGAAAGGTGCTCATGAAATAAAGGCACATCCATGGTTTAAAGATGTTCAGTGGGACAAATTATACCAGATGGAAGCAGCATTTTTGCCAGAAGTCAATAGCGAACTGGATACTCAGAATTTTGAAAAATTTGAAGAGGCTGGACCCCAAATGCAATCTTCTTCAA
GATCAGGTCCATGGAGAAAGATGCTTCCATCAAAGGATGTAAATTTTGTAGGTTATACCTACAAGAATTTTGAAATTGTCAATGATCATCACGTACCTGGTGTTGAGTTGAAGAAGAAAAATAAACCTAAGCGGCCTTCCATTAAAACCTTATTTGATGCAACTGCGGTTGGTAACCAACCTATCCAAGGAAGTTTTATG
AATTTGTTGCCAACA
>TRINITY_DN104320_c0_g1_i8 from sample A4 / Example unspliced isoform:TCCATTTACCGGCGGGGCAGTACTCAAAGAACAAAAGTTACGGTGCGGACTTCACGGTTCTATATTTGTCACTTTACCGGCAATTATTTTGTTTTCGCCGTGGCAAACATTTGGGTTTAAACCCCAATATCTCTAGCCGGAAAGATTGTCGCCGTTGATCTTCATCCACCGTGGAGACCCCTTGAGATGCGCCGGCTTTA
ATGTCGAGGTCATGGTATACACAAACATAGCATAGATTTGGATTGTATTTACACAGCGCCGAGGTCTCCAAGAAAATTGTTGGTTCAATGGAATCGAATGCGTTTAAGGAAATTGGAATGACAGCGTACAGAGCGTAATTTGGTCGGCAATGACGGTGGATCGAGGCAGTACTGGGTTTTGTGAGGCGATTTGCGTTTTC
CGGTGTCTTTTTTGGTGAAGTGGGCAGGTTTCCGTGCTTAATTTGGGGCAGAGAGGGTTTTAGGGGCCAAAACTGTTGTATAATGAAGGATTTACGCGATATTCTGGGGCTTTAGCGGTTTTCTCTACGCTGCTTCTTGGGTTTTGGAAGTTTATGTGGTCAATTTTGATTTGAGAATCGCTGCGATAGGGTTTCAGTCG
TCAAAGTCCGGGGAACTGGAGATTGTAAGCAGTATTTTGACTTTCTTTTGTCAGATTTTGCAGTCCAGGCTTGTGGTTTCGACTAGTTGTGGAGACGACCATTTTGATCAGCTTGAAAATGAATGCTATTTTAACAAGTTCAAGTTAGGCGTTTAGTTGTATACATATTTACAGGATGGAAGCCACGAAAAGTTGGTTTC
AGCAGCGATTTCAGCCAAAAACAGACAAGCATAAGGCGGCGATGGGGAAAAAGAAAGAAGGTGAAAAAGGCAAAGATTGTCCCAGACCTCCTAATGATGAAGCTCCTTCAAACGTCACTAGACAGAAAGTAGCTGCCGCCAAGCAGTACATAGAGAACCATTATAAAGCCCAAATGAAGAATTTGCAGGAGCGCAAAGAG
AGAAGATGGGTTTTGGAACGTAAACTGGCAGATGCAGATGTGTCTGAAGAGGAGCAAAGTAATCTCCTGAAATATCTGGAGAGAAAGGAGACAGAGTACATGCGCCTTCAACGGCATAAAATGGGCGTTGATGATTTTGAGATGTTAACTATTATTGGAAGGGGTGCTTTTGGGGAGGTGAGGTTGTGCAGAGAGAAGAC
AACAGGTAATGTCTATGCAATGAAAAAGTTAAAGAAGTCTGAGATGCTTCGTCGAGGCCAGGTGGAACATGTGAAGGCAGAGAGGAATCTTCTTGCCGAGGTAGACAGTAATTGCATAGTTAAACTCTATTGCTCCTTCCAAGATGAAGAACATCTGTATCTGATAATGGAGTATTTACCTGGAGGAGATATGATGACAC
TGCTGATGCGGAAAGATACTTTAAAGGAGGATGAGGCAAGATTTTATGTTGGACAGACTGTTTTGGCTATTGAATCAATTCACAAGCACAATTACATTCACAGGGATATTAAACCAGATAATTTATTACTTGATAGATATGGACACATGAAGCTTTCAGATTTTGGTTTATGTAAACCATTGGACTGCAGTAATCTGCCC
ACTCTCCATGAAAATGACTTCACTGCTGGAAAAACTTTAAAAGATGTTTTGGATATGGATGGGCGTTTGAACACATCAATCACACCAAAGCGTACTCAACAGGAGCAGCTTTCACATTGGCAAAAGAACAGGCGCATGCTGGCTTATTCAACCGTTGGTACACCAGACTACATTGCCCCTGAAGTATTATTGAAGAGAGG
CTATGGAAAGGAGTGTGATTGGTGGTCACTTGGAGCGATTATGTATGAAATGCTTGTAGGTTATCCACCTTTTTATTCTGACGAGCCAATGTCAACTTGTAGGAAGATAGTGAACTGGAGAAATCACCTAAAATTTCCAGAAGAAGCAAAGTTATCAGCTGAGGCCGAAGATCTTATCCGTAAACTTCTTTGCAATGTAG
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agtttcttgggctagtaggtacattggtagaatcagtttgctctgaaagttttccatagtacacattatttcctgtgtcattatctttatgttttgtatacttgtttctatgtaaattaataaattatggtgacatacagttgattccttttgtaagatcatgacatctttaatcgcacggttgaatgcagGCTGGACCC
CAAATGCAATCTTCTTCAAGATCAGGTCCATGGAGAAAGGTAAGTTAATGGTTCCTCATGGAACATGCACATCTTTTTGTCATATAAGCATCTAGCTATAAGTTTATTGATCTCAATCTTTAAAAGTAGTACAATCTTCCTACCATTGAGTTCTGGAGTTTTTAGTCACAATGTTTTCCTTTAAGAACGAAGAGGGCAAT
ATGCAGTAATTATGAGGAATCAGATGTACACTGGCACTGAATTAGTTGTTTTTTTATGAGTTTGAAGGAGTTGAACTTAATTATGGTTTGCAGTGTTTTGCAATCTTCTTCATTTTTTTTCTTTAAAACATCTATATGTTTTTTCCATCCATTCATAATGATTATCCTTATTTTTCATTTAAGAACGAAGAGGGCAATAT
GCAATAATTATGAGGAATCAAATGTACACTGGCACTGAATCAGTTGTTTTTTTATGAGTTTGAAGGAGTTGAACTTAATTATGGTTTGCAGTGTTTTGCAATCTTGTTCATTTTTTTTCTTTAAAACATCTATATGTTTTTTCCACCCATTCAGAATGATTATCCTTATATTTGTTTGGCTTTCATATCAGATGCTCTTG
ATCTGTGTTCCATCTGCGTTTTGTACTGTTTATTACTATTACTATTATTATTATTATTACTATCTTTTGTTATAATTTTCTTCTCCTACCCACTTGAATGATAATTCTCCTAAACATTTATGGAATTAATTTTTGGGTTTGAAGTTTAAGTTGATGTTTATGTTGCTAGGGTCTTGATATCATCCTCACCACAAAATTAG
TTTTGCTTGATATAGGATTATGATTTCTGTGGATGATCTATTATTGATAGCTAAGAGTGAAGATGGGAATTGATTTGTAATAGTGTTGAAAAAGTCGCCGATTTTTCGGAAAAAAGCGGCAAAATCGCGATTTTTTTCCTCTAGCCAATTTGTATGCATTAGCTGTAAGGCATTTAAATATGGTTCTAATGTTATGAATG
GCCCCTCACTGTATTGTATGGGGATCTAATTACATGCTCATGTCTCATGGCAGATGCTTCCATCAAAGGATGTAAATTTTGTAGGTTATACCTACAAGAATTTTGAAATTGTCAATGATCATCAAGTACCTGGTGTTGCAGAGTTGAAGAAGAAAAATAAACCTAAGCGGCCTTCCATTAAAACCTTATTTGATGCAACT
GCGGTTGGTAACCAACCTATCCAAGGAAGTTTTATGAATTTGTTGCCAACACAAATTGAAACATCTGAGAGTCCAGAACCTTCTCCACCAGGTAGTATGTCTTCACCAACTCGTTTGTGTAACTTCCAGCAACAACCTTTGCGCCCAAGATGATTCTGTTATGATCTGCTTTGGTAGTGTTGCCATGCATTGGTGACAGT
GTTGCAGTGTAAGTTGCATGTCCATATTTGTACTGAAGTTGGATTCTTGGGTAATCCATTTGGGAACCTGAGGGCCAACTTTGTGCCATAATGTTGATATTATTAGTTTTTTTGATAAAGTTTCCTGATTTCTTAGAAGACCAAAATCTTGCAATAAATGTGCCTGCCTTTAGTCACAGGAGGCAGTCTTACTGGATTTT
TATTGTTGCTTGTGGTTGTCATGCCAATGAGCCAGACTTGAATTCAGAATCACTCAAGTGATTGCTAGGGTTGTGGTATAAGCATACATTGCTATAAGCAGTTTTCAAATTGCCTCCTATTCTATGAATGAGGAGTTCTGTATATCGGTTTAAACTACTTCAGAAATTCTTTCAAAGTTGTGTCTTATATGTTTGCAAGG
GGTCGACCATATGCATATTTATGCTTTATTCGTTTCAGACTTTATATTGCAAATTAAGTAGTCCTCGTCTTCCTTGATTTACG
Intron 3 GTTAGCTGGT ... TTGAATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 24.96 | 209.7 | 69 | 11 |
| A2 | 26.22 | 215 | 76 | 9 |
| A3 | 27.92 | 202.1 | 78 | 12 |
| A4 | 30.99 | 161.3 | 72 | 6 |
| A5 | 31.37 | 72.6 | 33 | 2.6 |
| A6 | 26.17 | 471.4 | 165 | 0 |
| A7 | 31.17 | 474.4 | 213 | 1 |
| A8 | 25.27 | 434.7 | 145 | 1 |
| A9 | 26 | 451.4 | 157 | 0 |
| A10 | 23.48 | 378.3 | 115 | 0 |
>TRINITY_DN121038_c0_g1_i8 from sample A2 / Example spliced isoformACAAAAGTTACGGTGCGGACTTCACGGTTCTATATTTGTCACTTTACCGGCAATTATTTTGTTTTCGCCCTGGCAAACATTTGGGTTTAAACCCCAATATCTCTAGCCGGAAAGATTGTCGCCGTTGATCTTCATCCACCGTGGAGACCCCTTGAGATGCGCCGGCTTTAATGTCGAGGTCATGGTATACACAAACATAG
CATAGATTTGGATTGTATTTACACAGCGCCGAGGTCTCCAAGAAAATTGTTGGTTCAATGGAATCGAATGCGTTTAAGGAAATTGGAATGACAGCGTACAGAGCGTAATTTGGTCGGCAATGACGGTGGATCGAGGCAGTACTGGGTTTTGTGAGGCGATTTGCGTTTTCCGGTGTCTTTTTTGGTGAAGTGGGCAGGTT
TCCGTGCTTAATTTGGGGCAGAGAGGGTTTTAGGGGCCAAAACTGTTGTATAATGAAGGATTTACGCGATATTCTGGGGCTTTAGCGGTTTTCTCTACGCTGCTTCTTGGGTTTTGGAAGTTTATGTGGTCAATTTTGATTTGAGAATCGCTGCGATAGGGTTTCAGTCGTCAAAGTCCGGGGAACTGGAGATTGTAAGC
AGTATTTTGACTTTCTTTTGTCAGATTTTGCAGTCCAGGCTTGTGGTTTCGACTAGTTGTGGAGACGACCATTTTGATCAGCTTGAAAATGAATCTCGTTGTTGATATAGGATGCTATTTTTAACAAGTTCAAGTTAGGCGTTTAGTTGTATACATATTTACAGGATGGAAGCCACGAAAAGTTGGTTTCAGCAGCGATT
TCAGCCAAAAACAGACAAGCATAAGGCGGCGATGGGGAAAAAGAAAGAAGGTGAAAAAGGCAAAGATTGTCCCAGACCTCCTAATGATGAAGCTCCTTCAAACGTCACTAGACAGAAAGTAGCTGCCGCCAAGCAGTACATAGAGAACCATTATAAAGCCCAAATGAAGAATTTGCAGGAGCGCAAAGAGAGAAGATGGG
TTTTGGAACGTAAACTGGCAGATGCAGATGTGTCTGAAGAGGAGCAAAATAATCTCCTGAAATATCTGGAGAGAAAGGAGACAGAGTACATGCGCCTTCAACGGCATAAAATGGGCGTTGATGATTTTGAGATGTTAACTATTATTGGAAGGGGTGCTTTTGGGGAGGTGAGGTTGTGCAGAGAGAAGACAACAGGTAAT
GTCTATGCAATGAAAAAGTTAAAGAAGTCTGAGATGCTTCGTCGAGGCCAGGTGGAACATGTGAAGGCAGAGAGGAATCTTCTTGCCGAGGTAGACAGTAATTGCATAGTTAAACTCTATTGCTCCTTCCAAGATGAAGAACATCTGTATCTGATAATGGAGTATTTACCTGGAGGAGATATGATGACACTGCTGATGCG
GAAAGATACTTTAAAGGAGGATGAGGCAAGATTTTATGTTGGACAGACTGTTTTGGCTATTGAATCAATTCACAAGCACAATTACATTCACAGGGATATTAAACCAGATAATTTATTACTTGATAGATATGGACACATGAAGCTTTCAGATTTTGGTTTATGTAAACCATTGGACTGCAGTAATCTGCCCACTCTCCATG
AAAATGACTTCACTGCTGGAAAAACTTTAAAAGATGTTTTGGATATGGATGGGCGTTTGAACACATCAATCACACCAAAGCGTACTCAACAGGAGCAGCTTTCACATTGGCAAAAGAACAGGCGCATGCTGGCTTATTCAACCGTTGGTACACCAGACTACATTGCCCCTGAAGTATTATTGAAGAGAGGCTATGGAAAG
GAGTGTGATTGGTGGTCACTTGGAGCGATTATGTATGAAATGCTTGTAGGTTATCCACCTTTTTATTCTGACGAGCCAATGTCAACTTGTAGGAAGATAGTGAACTGGAGAAATCACCTAAAATTTCCAGAAGAAGCAAAGTTATCAGCTGAGGCCGAAGATCTTATCCGTAAACTTCTTTGCAATGTAGAGCAGAGGCT
TGGAACGAAAGGTGCTCATGAAATAAAGGCACATCCATGGTTTAAAGATGTTCAGTGGGACAAATTATACCAGATGGAAGCAGCATTTTTGCCAGAAGTCAATAGCGAACTGGATACTCAGAATTTTGAAAAATTTGAAGAGGCTGGACCCCAAATGCAATCTTCTTCAAGATCAGGTCCATGGAGAAAGATGCTTCCAT
CAAAGGATGTAAATTTTGTAGGTTATACCTACAAGAATTTTGAAATTGTCAATGATCATCACGTACCTGGTGTTGCAGAGTTGAAGAAGAAAAATAAACCTAAGCGGCCTTCCATTAAAACCTTATTTGATGCAACGGCGGTTGGTAACCAACCTATCCAAGGAAGTTTTATGAATTTGTTGCCAACACAAATTGAAACA
TCTGAGAGTCCAGAACCTTCTCCACCAGGTAGTATGTCTTCACCAACTCGTTTGTGTAACTTCCAGCAACAACCTTTGCGCCCAAGATGATTATGTTATGATCTGCTTTGGTAGTGTTGCCATGCATTGGTGACAGTGTTGCAGTGTAAGTTGCATGTCCATATTTGTACTGAAGTTGGATTCTTGGGTAATCCATTTGG
GAACCTGAGGGTCAACTTTGTGCCATAATGTTGATATTATTAGTTTTTTTTGATAAAGTTTCCTGATTTCTTAGAAGACCAAAATCTTGCAATAAATGTGCCTGCCTTTAGTCACAGGAGGCAGTCTTACTGGATTTTTATTGTTGCTTGTGGTTGTCATGCCAATGAGCCAGACTTGAATTCAGAATCACTCAAGTGAT
TGCTAGGGTTGTGGTATAAGCATACATTGCTATAAGCAGTTTTCAAATTGCCTCCTATTCTATGAATGAGGAGTTCTGTATATCGGTTTAAACTACTTCAGAAATTCTTTCAAAGTTGTGTCTTATATGTTTGCAAGGGGTCGATAAGGTTTCCTGATTTCTTAGAAGAACAATGTCTTCTCAGAAATCAGGCAAAATCA
TGTTGTCCTTATCATTGATTAAGTTGCC
>TRINITY_DN121038_c0_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:ACAAAAGTTACGGTGCGGACTTCACGGTTCTATATTTGTCACTTTACCGGCAATTATTTTGTTTTCGCCCTGGCAAACATTTGGGTTTAAACCCCAATATCTCTAGCCGGAAAGATTGTCGCCGTTGATCTTCATCCACCGTGGAGACCCCTTGAGATGCGCCGGCTTTAATGTCGAGGTCATGGTATACACAAACATAG
CATAGATTTGGATTGTATTTACACAGCGCCGAGGTCTCCAAGAAAATTGTTGGTTCAATGGAATCGAATGCGTTTAAGGAAATTGGAATGACAGCGTACAGAGCGTAATTTGGTCGGCAATGACGGTGGATCGAGGCAGTACTGGGTTTTGTGAGGCGATTTGCGTTTTCCGGTGTCTTTTTTGGTGAAGTGGGCAGGTT
TCCGTGCTTAATTTGGGGCAGAGAGGGTTTTAGGGGCCAAAACTGTTGTATAATGAAGGATTTACGCGATATTCTGGGGCTTTAGCGGTTTTCTCTACGCTGCTTCTTGGGTTTTGGAAGTTTATGTGGTCAATTTTGATTTGAGAATCGCTGCGATAGGGTTTCAGTCGTCAAAGTCCGGGGAACTGGAGATTGTAAGC
AGTATTTTGACTTTCTTTTGTCAGATTTTGCAGTCCAGGCTTGTGGTTTCGACTAGTTGTGGAGACGACCATTTTGATCAGCTTGAAAATGAATGCTATTTTAACAAGTTCAAGTTAGGCGTTTAGTTGTATACATATTTACAGGATGGAAGCCACGAAAAGTTGGTTTCAGCAGCGATTTCAGCCAAAAACAGACAAGC
ATAAGGCGGCGATGGGGAAAAAGAAAGAAGGTGAAAAAGGCAAAGATTGTCCCAGACCTCCTAATGATGAAGCTCCTTCAAACGTCACTAGACAGAAAGTAGCTGCCGCCAAGCAGTACATAGAGAACCATTATAAAGCCCAAATGAAGAATTTGCAGGAGCGCAAAGAGAGAAGATGGGTTTTGGAACGTAAACTGGCA
GATGCAGATGTGTCTGAAGAGGAGCAAAATAATCTCCTGAAATATCTGGAGAGAAAGGAGACAGAGTACATGCGCCTTCAACGGCATAAAATGGGCGTTGATGATTTTGAGATGTTAACTATTATTGGAAGGGGTGCTTTTGGGGAGGTGAGGTTGTGCAGAGAGAAGACAACAGGTAATGTCTATGCAATGAAAAAGTT
AAAGAAGTCTGAGATGCTTCGTCGAGGCCAGGTGGAACATGTGAAGGCAGAGAGGAATCTTCTTGCCGAGGTAGACAGTAATTGCATAGTTAAACTCTATTGCTCCTTCCAAGATGAAGAACATCTGTATCTGATAATGGAGTATTTACCTGGAGGAGATATGATGACACTGCTGATGCGGAAAGATACTTTAAAGGAGG
ATGAGGCAAGATTTTATGTTGGACAGACTGTTTTGGCTATTGAATCAATTCACAAGCACAATTACATTCACAGGGATATTAAACCAGATAATTTATTACTTGATAGATATGGACACATGAAGCTTTCAGATTTTGGTTTATGTAAACCATTGGACTGCAGTAATCTGCCCACTCTCCATGAAAATGACTTCACTGCTGGA
AAAACTTTAAAAGATGTTTTGGATATGGATGGGCGTTTGAACACATCAATCACACCAAAGCGTACTCAACAGGAGCAGCTTTCACATTGGCAAAAGAACAGGCGCATGCTGGCTTATTCAACCGTTGGTACACCAGACTACATTGCCCCTGAAGTATTATTGAAGAGAGGCTATGGAAAGGAGTGTGATTGGTGGTCACT
TGGAGCGATTATGTATGAAATGCTTGTAGGTTATCCACCTTTTTATTCTGACGAGCCAATGTCAACTTGTAGGAAGATAGTGAACTGGAGAAATCACCTAAAATTTCCAGAAGAAGCAAAGTTATCAGCTGAGGCCGAAGATCTTATCCGTAAACTTCTTTGCAATGTAGAGCAGAGGCTTGGAACGAAAGGTGCTCATG
AAATAAAGGCACATCCATGGTTTAAAGATGTTCAGTGGGACAAATTATACCAGATGGAAGCAGCATTTTTGCCAGAAGTCAATAGCGAACTGGATACTCAGAATTTTGAAAAATTTGAAGAGgttagctggtcatttttttcgtttggtctttccaaccttttaatttatttagacaagaaaattaatatttaacttgtt
gactctagagagtactaaagatctcaccttttttttcaattgcacccaatcttctaatgtttatgcttctaggattataggatccattcataattggtgtggttaatttctaattgccataacacactacccttttaatctttttgagaatgctagacccagaactttagccagtgcttgtatatctgatatgttatttt
aattgtatcccagattacatgcatattttatttggatcttccttcccgcgtctgtgatgagttcctcctatccctgctctgttcgtatatcaattgttagcatttgttcctcaagagttgtggctactgttgtgattgtgttgttaggagtagctcctgcaaaagttgtaactactgttgtacttgtgattaatttatcc
atccttgatatgtttattgtggttcatctttatctttgcatagacctttttggttggttcgtcccttgtaattggttctatggttgacttttcctactcagaatattatggctggctcatccagccttttatttagtgtgatgccgtaattgttattggttcttgtttggaaaaacttctggatagtgtccaataacaaa
tctccatgagaatccagaaacttcagaaaacttatatgtaatctgttcgggatactttttaatcttaaagatgaagatgctgttacaagcagatatttttatgccacaagcagatattcttatgccacaaagttaaaaatggtacattgttttgctagttgggctaataagtttcttgggctagtaggtacattggtaga
atcagtttgctctgaaagttttccatagtacacattatttcctgtgtcattatctttatgttttgtatacttgtttctatgtaaattaataaattatggtgacatatggttgattccttttgtaagatcatgacatctttaatcgcacggttgaatgcagGCTGGACCCCAAATGCAATCTTCTTCAAGATCAGGTCCAT
GGAGAAAGGTAAGTTAATGGTTCCTCATGGAACATGCACATCTTTTTGTCGTATAAGCATCTAGCTATAAGTTTATTGATCTCAATCTTTAAAAGTAGTACAATCTTCCTACCAGTGAGTTCTGGAGTTTTTAGTCACAATGTTTTCCTTTAAGAACGAAGAGGGCAATATGCAGTAATTATGAGGAATCAGATGTACAC
TGGCACTGAATTAGTTGTTTTTTTATGAGTTTGAAGGAGTTGAACTTAATTATGGTTTGCAGTGTTTTGCAATCTTGTTCATTTTTTTTCTTTAAAACATCTATATGTTTTTTCCATCCATTCATAATGATTATCCTTATTTTTCCTTTAAGAACGAAGAGGGCAATATGCAATAATTATGAGGAATCAAATGTACACTG
GCACTGAATCAGTTGTTTTTTTATGAGTTTGAAGGAGTTGAACTTAATTATGGTTTGCAGTGTTTTGCAATCTTGTTCATTTTTTTTCTTTAAAACATCTATATGTTTTTTCCATCCATTCATAATGATTATCCTTATTTTTCCTTTAAGAACGAAGAGGGCAATATGCAATAATTATGAGGAATCAAATGTACACTGGC
ACTGAATCAGT
Intron 4 GTATGTCTTC ... TGATTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 15.6 | 92 | 0 | 17 |
| A2 | 21.14 | 97 | 2 | 26 |
| A3 | 25.17 | 113 | 0 | 38 |
| A4 | 15.53 | 87 | 0 | 16 |
| A5 | 26.83 | 30 | 0 | 11 |
| A6 | 19.3 | 393 | 0 | 94 |
| A7 | 22.5 | 310 | 0 | 90 |
| A8 | 19.96 | 397 | 0 | 99 |
| A9 | 18.02 | 332 | 0 | 73 |
| A10 | 18.32 | 263 | 0 | 59 |
>TRINITY_DN121038_c0_g1_i6 from sample A2 / Example spliced isoformACTTTTGTATTTTTTTTGAAAGCATTAAATGCATAGTTACTGGACTTTTGGACAGTATATAGTGCTATTGTTCTCTTAATCTGATCATAATTGGTTTCTTTATTCAGCAGAGTTGAAGAAGAAAAATAAACCTAAGCGGCCTTCCATTAAAACCTTATTTGATGCAACGGCGGTTGGTAACCAACCTATCCAAGGAAGTT
TTATGAATTTGTTGCCAACACAAATTGAAACATCTGAGAGTCCAGAACCTTCTCCACCAGGTAGTATGTCTTCACCAACTCGTTTGTGTAACTTCCAGCAACAACCTTTGCGCCCAAGATGATTATGTTATGATCTGCTTTGGTAGTGTTGCCATGCATTGGTGACAGTGTTGCAGTGTAAGTTGCATGTCCATATTTGT
ACTGAAGTTGGATTCTTGGGTAATCCATTTGGGAACCTGAGGGTCAACTTTGTGCCATAATGTTGATATTATTAGTTTTTTTGATAAAGTTTCCTGATTTCTTAGAAGACCAAAATCTTGCAATAAATGTGCCTGCCTTTAGTCACAGGAGGCAGTCTTACTGGATTTTTATTGTTGCTTGTGGTTGTCATGCCAATGAG
CCAGACTTGAATTCAGAATCACTCAAGTGATTGCTAGGGTTGTGGTATAAGCATACATTGCTATAAGCAGTTTTCAAATTGCCTCCTATTCTATGAATGAGGAGTTCTGTATATCGGTTTAAACTACTTCAGAAATTCTTTCAAAGTTGTGTCTTATATGTTTGCAAGGGGTCG
>TRINITY_DN121038_c0_g1_i14 from sample A2 / Example unspliced isoform:TTAAAACCTTATTTGgtatgtcttctttcattgcagtcattatatcggcatgttaaatatcttccattttatacccataactataaattgcttaatgatttgcagATGCAACGGCGGTTGGTAACCAACCTATCCAAGGAAGTTTTATGAATTTGTTGCCAACACAAATTGAAACATCTGAGAGTCCAGAACCTTCTCCA
CCAGGTAGTATGTCTTCACCAACTCGTTTGTGTAACTTCCAGCAACAACCTTTGCGCCCAAGATGATTATGTTATGATCTGCTTTGGTAGTGTTGCCATGCATTGGTGACAGTGTTGCAGTGTAAGTTGCATGTCCATATTTGTACTGAAGTTGGATTCTTGGGTAATCCATTTGGGAACCTGAGGGTCAACTTTGTGCC
ATAATGTTGATATTATTAGTTTTTTTGATAAAGTTTCCTGATTTCTTAGAAGACCAAAATCTTGCAATAAATGTGCCTGCCTTTAGTCACAGGAGGCAGTCTTACTGGATTTTTATTGTTGCTTGTGGTTGTCATGCCAATGAGCCAGACTTGAATTCAGAATCACTCAAGTGATTGCTAGGGTTGTGGTATAAGCATAC
ATTGCTATAAGCAGTTTTCAAATTGCCTCCTATTCTATGAATGAGGAGTTCTGTATATCGGTTTAAACTACTTCAGAAATTCTTTCAAAGTTGTGTCTTATATGTTTGCAAGGGGTCG
Intron 5 GTAAGTTAAT ... CTCATGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.56 | 154 | 10 | 35 |
| A2 | 22.15 | 152.3 | 14 | 43 |
| A3 | 26.22 | 164.7 | 14 | 58 |
| A4 | 26.58 | 130.7 | 16 | 47 |
| A5 | 28.66 | 61 | 5 | 24 |
| A6 | 20.23 | 385.7 | 0 | 97 |
| A7 | 24.96 | 365.7 | 2 | 120 |
| A8 | 23.49 | 360 | 0 | 109 |
| A9 | 25.61 | 369.3 | 0 | 125 |
| A10 | 23.25 | 290.3 | 0 | 87 |
>TRINITY_DN104320_c0_g1_i1 from sample A4 / Example spliced isoformTCCATTTACCGGCGGGGCAGTACTCAAAGAACAAAAGTTACGGTGCGGACTTCACGGTTCTATATTTGTCACTTTACCGGCAATTATTTTGTTTTCGCCGTGGCAAACATTTGGGTTTAAACCCCAATATCTCTAGCCGGAAAGATTGTCGCCGTTGATCTTCATCCACCGTGGAGACCCCTTGAGATGCGCCGGCTTTA
ATGTCGAGGTCATGGTATACACAAACATAGCATAGATTTGGATTGTATTTACACAGCGCCGAGGTCTCCAAGAAAATTGTTGGTTCAATGGAATCGAATGCGTTTAAGGAAATTGGAATGACAGCGTACAGAGCGTAATTTGGTCGGCAATGACGGTGGATCGAGGCAGTACTGGGTTTTGTGAGGCGATTTGCGTTTTC
CGGTGTCTTTTTTGGTGAAGTGGGCAGGTTTCCGTGCTTAATTTGGGGCAGAGAGGGTTTTAGGGGCCAAAACTGTTGTATAATGAAGGATTTACGCGATATTCTGGGGCTTTAGCGGTTTTCTCTACGCTGCTTCTTGGGTTTTGGAAGTTTATGTGGTCAATTTTGATTTGAGAATCGCTGCGATAGGGTTTCAGTCG
TCAAAGTCCGGGGAACTGGAGATTGTAAGCAGTATTTTGACTTTCTTTTGTCAGATTTTGCAGTCCAGGCTTGTGGTTTCGACTAGTTGTGGAGACGACCATTTTGATCAGCTTGAAAATGAATCTCGTTGTTGATATAGGATGCTATTTTTAACAAGTTCAAGTTAGGCGTTTAGTTGTATACATATTTACAGGATGGA
AGCCACGAAAAGTTGGTTTCAGCAGCGATTTCAGCCAAAAACAGACAAGCATAAGGCGGCGATGGGGAAAAAGAAAGAAGGTGAAAAAGGCAAAGATTGTCCCAGACCTCCTAATGATGAAGCTCCTTCAAACGTCACTAGACAGAAAGTAGCTGCCGCCAAGCAGTACATAGAGAACCATTATAAAGCCCAAATGAAGA
ATTTGCAGGAGCGCAAAGAGAGAAGATGGGTTTTGGAACGTAAACTGGCAGATGCAGATGTGTCTGAAGAGGAGCAAAGTAATCTCCTGAAATATCTGGAGAGAAAGGAGACAGAGTACATGCGCCTTCAACGGCATAAAATGGGCGTTGATGATTTTGAGATGTTAACTATTATTGGAAGGGGTGCTTTTGGGGAGGTG
AGGTTGTGCAGAGAGAAGACAACAGGTAATGTCTATGCAATGAAAAAGTTAAAGAAGTCTGAGATGCTTCGTCGAGGCCAGGTGGAACATGTGAAGGCAGAGAGGAATCTTCTTGCCGAGGTAGACAGTAATTGCATAGTTAAACTCTATTGCTCCTTCCAAGATGAAGAACATCTGTATCTGATAATGGAGTATTTACC
TGGAGGAGATATGATGACACTGCTGATGCGGAAAGATACTTTAAAGGAGGATGAGGCAAGATTTTATGTTGGACAGACTGTTTTGGCTATTGAATCAATTCACAAGCACAATTACATTCACAGGGATATTAAACCAGATAATTTATTACTTGATAGATATGGACACATGAAGCTTTCAGATTTTGGTTTATGTAAACCAT
TGGACTGCAGTAATCTGCCCACTCTCCATGAAAATGACTTCACTGCTGGAAAAACTTTAAAAGATGTTTTGGATATGGATGGGCGTTTGAACACATCAATCACACCAAAGCGTACTCAACAGGAGCAGCTTTCACATTGGCAAAAGAACAGGCGCATGCTGGCTTATTCAACCGTTGGTACACCAGACTACATTGCCCCT
GAAGTATTATTGAAGAGAGGCTATGGAAAGGAGTGTGATTGGTGGTCACTTGGAGCGATTATGTATGAAATGCTTGTAGGTTATCCACCTTTTTATTCTGACGAGCCAATGTCAACTTGTAGGAAGATAGTGAACTGGAGAAATCACCTAAAATTTCCAGAAGAAGCAAAGTTATCAGCTGAGGCCGAAGATCTTATCCG
TAAACTTCTTTGCAATGTAGAGCAGAGGCTTGGAACGAAAGGTGCTCATGAAATAAAGGCACATCCATGGTTTAAAGATGTTCAGTGGGACAAATTATACCAGATGGAAGCAGCATTTTTGCCAGAAGTCAATAGCGAACTGGATACTCAGAATTTTGAAAAATTTGAAGAGGCTGGACCCCAAATGCAATCTTCTTCAA
GATCAGGTCCATGGAGAAAGATGCTTCCATCAAAGGATGTAAATTTTGTAGGTTATACCTACAAGAATTTTGAAATTGTCAATGATCATCACGTACCTGGTGTTGAGTTGAAGAAGAAAAATAAACCTAAGCGGCCTTCCATTAAAACCTTATTTGATGCAACTGCGGTTGGTAACCAACCTATCCAAGGAAGTTTTATG
AATTTGTTGCCAACA
>TRINITY_DN104320_c0_g1_i5 from sample A4 / Example unspliced isoform:TCCATTTACCGGCGGGGCAGTACTCAAAGAACAAAAGTTACGGTGCGGACTTCACGGTTCTATATTTGTCACTTTACCGGCAATTATTTTGTTTTCGCCGTGGCAAACATTTGGGTTTAAACCCCAATATCTCTAGCCGGAAAGATTGTCGCCGTTGATCTTCATCCACCGTGGAGACCCCTTGAGATGCGCCGGCTTTA
ATGTCGAGGTCATGGTATACACAAACATAGCATAGATTTGGATTGTATTTACACAGCGCCGAGGTCTCCAAGAAAATTGTTGGTTCAATGGAATCGAATGCGTTTAAGGAAATTGGAATGACAGCGTACAGAGCGTAATTTGGTCGGCAATGACGGTGGATCGAGGCAGTACTGGGTTTTGTGAGGCGATTTGCGTTTTC
CGGTGTCTTTTTTGGTGAAGTGGGCAGGTTTCCGTGCTTAATTTGGGGCAGAGAGGGTTTTAGGGGCCAAAACTGTTGTATAATGAAGGATTTACGCGATATTCTGGGGCTTTAGCGGTTTTCTCTACGCTGCTTCTTGGGTTTTGGAAGTTTATGTGGTCAATTTTGATTTGAGAATCGCTGCGATAGGGTTTCAGTCG
TCAAAGTCCGGGGAACTGGAGATTGTAAGCAGTATTTTGACTTTCTTTTGTCAGATTTTGCAGTCCAGGCTTGTGGTTTCGACTAGTTGTGGAGACGACCATTTTGATCAGCTTGAAAATGAATGCTATTTTAACAAGTTCAAGTTAGGCGTTTAGTTGTATACATATTTACAGGATGGAAGCCACGAAAAGTTGGTTTC
AGCAGCGATTTCAGCCAAAAACAGACAAGCATAAGGCGGCGATGGGGAAAAAGAAAGAAGGTGAAAAAGGCAAAGATTGTCCCAGACCTCCTAATGATGAAGCTCCTTCAAACGTCACTAGACAGAAAGTAGCTGCCGCCAAGCAGTACATAGAGAACCATTATAAAGCCCAAATGAAGAATTTGCAGGAGCGCAAAGAG
AGAAGATGGGTTTTGGAACGTAAACTGGCAGATGCAGATGTGTCTGAAGAGGAGCAAAGTAATCTCCTGAAATATCTGGAGAGAAAGGAGACAGAGTACATGCGCCTTCAACGGCATAAAATGGGCGTTGATGATTTTGAGATGTTAACTATTATTGGAAGGGGTGCTTTTGGGGAGGTGAGGTTGTGCAGAGAGAAGAC
AACAGGTAATGTCTATGCAATGAAAAAGTTAAAGAAGTCTGAGATGCTTCGTCGAGGCCAGGTGGAACATGTGAAGGCAGAGAGGAATCTTCTTGCCGAGGTAGACAGTAATTGCATAGTTAAACTCTATTGCTCCTTCCAAGATGAAGAACATCTGTATCTGATAATGGAGTATTTACCTGGAGGAGATATGATGACAC
TGCTGATGCGGAAAGATACTTTAAAGGAGGATGAGGCAAGATTTTATGTTGGACAGACTGTTTTGGCTATTGAATCAATTCACAAGCACAATTACATTCACAGGGATATTAAACCAGATAATTTATTACTTGATAGATATGGACACATGAAGCTTTCAGATTTTGGTTTATGTAAACCATTGGACTGCAGTAATCTGCCC
ACTCTCCATGAAAATGACTTCACTGCTGGAAAAACTTTAAAAGATGTTTTGGATATGGATGGGCGTTTGAACACATCAATCACACCAAAGCGTACTCAACAGGAGCAGCTTTCACATTGGCAAAAGAACAGGCGCATGCTGGCTTATTCAACCGTTGGTACACCAGACTACATTGCCCCTGAAGTATTATTGAAGAGAGG
CTATGGAAAGGAGTGTGATTGGTGGTCACTTGGAGCGATTATGTATGAAATGCTTGTAGGTTATCCACCTTTTTATTCTGACGAGCCAATGTCAACTTGTAGGAAGATAGTGAACTGGAGAAATCACCTAAAATTTCCAGAAGAAGCAAAGTTATCAGCTGAGGCCGAAGATCTTATCCGTAAACTTCTTTGCAATGTAG
AGCAGAGGCTTGGAACGAAAGGTGCTCATGAAATAAAGGCACATCCATGGTTTAAAGATGTTCAGTGGGACAAATTATACCAGATGGAAGCAGCATTTTTGCCAGAAGTCAATAGCGAACTGGATACTCAGAATTTTGAAAAATTTGAAGAGGTTAGCTGGTCATTTTTTTCGTTTGGTCTTTCCAACCTTTTAATTGAT
TTAGACAAGAAAATTAATATTTAACTTGTTGACTCTAGAGAGTACTAAAGATCTCACCTTTTTTTTCAATTGCACCCAATCTTCTAATGTTTATGCTTCTAGGATTATAGGATCCATTCATAATTGGTGTGGTTAATTTCTAATTGCCATAACACACTACCCTTTTAATGTTTTTGAGAATGCTAGACCCATAACTTTAG
CCAGTGCTTGTATATCTGATATGTTATTTTAAGTGTATCCCAGATTACATGCATATTTTATTTGGATCTTCCTTCCCGCGTCTGTGATGAGTTCCTCCTATCCCTGCTCTGTTCGTATATCAATTGTTAGCATTTGTTCCTCAAGAGTTGTGGCGACTGTTGTGATTGTGTTGTTAGGAGTAGCTCCTGCAAAAGTTGTA
ACTACTGTTGTACTTGTGATTAATTTATCCATCCTTGATATGTTTATTGTGGTTCTTCTTTATCTTTGCATAGACCTTTTTGGTTGGTTCGTCCCTTGTAATTGGTTCTATGGTTGACTTTTCCTACTCAGAATATTATGGCTGGCTCATCCAGCCTTTTATTTAGTGTGATGCCGTAATTGTTATTGGTTCTTGTTTGG
AAAAACTTCTGGATAGTGTCCAATAACAAATCTCCATGAGAATCCAGAAACTTCAGAAAACTTATATGTAATCTGTTCGGGATACTTTTTAATCTTAAAGATGAAGATGCTGTTACAAGCAGATATTTTTATGCCACAAGCAGATATTCTTATGCCACAAAGTTAAAAATGGTACATTGTTTTGCTAGTTGGGCTAATAA
GTTTCTTGGGCTAGTAGGTACATTGGTAGAATCAGTTTGCTCTGAAAGTTTTCCATAGTACACATTATTTCCTGTGTCATTATCTTTATGTTTTGTATACTTGTTTCTATGTAAATTAATAAATTATGGTGACATATGGTTGATTCCTTTTGTAAGATCATGACATCTTTAATCGCACGGTTGAATGCAGGCTGGACCCC
AAATGCAATCTTCTTCAAGATCAGGTCCATGGAGAAAGgtaagttaatggttcctcatggaacatgcacatctttttgtcatataagcatctagctataagtttattgatctcaatctttaaaagtagtacaatcttcctaccattgagttctggagtttttagtcacaatgttttcctttaagaacgaagagggcaata
tgcagtaattatgaggaatcagatgtacactggcactgaattagttgtttttttataattatgaggaatcaaatgtacactggcactgaatcagttgttttttcatgagtttgaaggagttgaacttaattatggtttgcagtgttttgcaatcttcttcattttttttctttaaaacatctatatgttttttccatcca
ttcataatgattatccttatttttcatttaagaacgaagagggcaatatgcaataattatgaggaatcaaatgtacactggcactgaatcagttgtttttttatgagtttgaaggagttgaacttaattatggtttgcagtgttttgcaatcttgttcattttttttctttaaaacatctatatgttttttccacccatt
cagaatgattatccttatatttgtttggctttcatatcagatgctcttgatctgtgttccatctgcgttttgtactgtttattactattactattattattattattactatcttttgttataattttcttctcctacccacttgaatgataattctcctaaacatttatggaattaatttttgggtttgaagtttaagt
tgatgtttatgttgctagggtcttgatatcatcctcaccacaaaattagttttgcttgatataggattatgatttctgtggatgatctattattgatagctaagagtgaagatgggaattgatttgtaatagtgttgaaaaagtcgccgatttttcggaaaaaagcggcaaaatcgcgattttttcctctagccaatttg
tatgcattagctgtaaggcatttaaatatggttctaatgttatgaatggcccctcactgtattgtatggggatctaattacatgctcatgtctcatggcagATGCTTCCATCAAAGGATGTAAATTTTGTAGGTTATACCTACAAGAATTTTGAAATTGTCAATGATCATCAAGTACCTGGTGTTGCAGAGTTGAAGAAG
AAAAATAAACCTAAGCGGCCTTCCATTAAAACCTTATTTGATGCAACTGCGGTTGGTAACCAACCTATCCAAGGAAGTTTTATGAATTTGTTGCCAACACAAATTGAAACATCTGAGAGTCCAGAACCTTCTCCACCAGGTAGTATGTCTTCACCAACTCGTTTGTGTAACTTCCAGCAACAACCTTTGCGCCCAAGATG
ATTCTGTTATGATCTGCTTTGGTAGTGTTGCCATGCATTGGTGACAGTGTTGCAGTGTAAGTTGCATGTCCATATTTGTACTGAAGTTGGATTCTTGGGTAATCCATTTGGGAACCTGAGGGCCAACTTTGTGCCATAATGTTGATATTATTAGTTTTTTTGATAAAGTTTCCTGATTTCTTAGAAGACCAAAATCTTGC
AATAAATGTGCCTGCCTTTAGTCACAGGAGGCAGTCTTACTGGATTTTTATTGTTGCTTGTGGTTGTCATGCCAATGAGCCAGACTTGAATTCAGAATCACTCAAGTGATTGCTAGGGTTGTGGTATAAGCATACATTGCTATAAGCAGTTTTCAAATTGCCTCCTATTCTATGAATGAGGAGTTCTGTATATCGGTTTA
AACTACTTCAGAAATTCTTTCAAAGTTGTGTCTTATATGTTTGCAAGGGGTCGACCATATGCATATTTATGCTTTATTCGTTTCAGACTTTATATTGCAAATTAAGTAGTCCTCGTCTTCCTTGATTTACG
Intron 6 GTATTGCCTC ... ATTCGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.38 | 413.2 | 12.4 | 119 |
| A2 | 24.8 | 306.6 | 6.4 | 101 |
| A3 | 24.69 | 398.4 | 6.6 | 130.5 |
| A4 | 21.37 | 287.5 | 3.7 | 78 |
| A5 | 23.63 | 190.8 | 5 | 59 |
| A6 | 20.87 | 360.4 | 0.6 | 95 |
| A7 | 23.33 | 684 | 3.9 | 208 |
| A8 | 23.57 | 312.1 | 0.6 | 96 |
| A9 | 23.42 | 566.3 | 6.6 | 173 |
| A10 | 23.13 | 648.9 | 4.8 | 195 |
>TRINITY_DN130399_c2_g1_i9 from sample A1 / Example spliced isoformCGGTTCTATATTTGTCACTTTACCGGCAATTATTTTGTTTTCGCCCTGGCAAACATTTGGGTTTAAACCCCAATATCTCTAGCCGGAAAGATTGTCGCCGTTGATCTTCATCCACCGTGGAGACCCCTTGAGATGCGCCGGCTTTAATGTCGAGGTCATGGTATACACAAACATAGCATAGATTTGGATTGTATTTACAC
AGCGCCGAGGTCTCCAAGAAAATTGTTGGTTCAATGGAATCGAATGCGTTTAAGGAAATTGGAATGACAGCGTACAGAGCGTAATTTGGTCGGCAATGACGGTGGATCGAGGCAGTACTGGGTTTTGTGAGGCGATTGGCGTTTTCCGGTGTCTTTTTTGGTGAAGTGGGCAGGTTTCCGTGCTTAATTTGGGGCAGAGA
GGGTTTTAGGGGCTAAAACTGTTGTATAATGAAGGATTTACGCGATATTCTGGGGCTTTAGCGGTTTTCTCTACGCTGCTTCTTGGGTTTTGGAAGTTTATGTGGTCAATTTTGATTTGAGAATCGCTGCGATAGGGTTTCAGTCGTCAAAGTCCGGGGAACTGGAGATTGTAAGCAGTATTTTGACTTTCTTTTGTCAG
ATTTTGCAGTCCAGGCTTGTGGTTTCGACTAGTTGTGGAGACGACCATTTTGATCAGCTTGAAAATGAATGCTATTTTAACAAGTTCAAGTTAGGCGTTTAGTTGTATACATATTTACAGGATGGAAGCCACGAAAAGTTGGTTTCAGCAGCGATTTCAGCCAAAAACAGACAAGCATAAGGCGGCGATGGGGAAAAAGA
AAGAAGGTGAAAAAGGCAAAGATTGTCCCAGACCTCCTAATGATGAAGCTCCTTCAAACGTCACTAGACAGAAAGTAGCTGCCGCCAAGCAGTACATAGAGAACCATTATAAAGCCCAAATGAAGAATTTGCAGGAGCGCAAAGAGAGAAGATGGGTTTTGGAACGTAAACTGGCAGATGCAGATGTGTCTGAAGAGGAG
CAAAATAATCTCCTGAAATATCTGGAGAGAAAGGAGACAGAGTACATGCGCCTTCAACGGCATAAAATGGGCGTTGATGATTTTGAGATGTTAACTATTATTGGAAGGGGTGCTTTTGGGGAGGTGAGGTTGTGCAGAGAGAAGACAACAGGTAATGTCTATGCAATGAAAAAGTTAAAGAAGTCTGAGATGCTTCGTCG
AGGCCAGGTGGAACATGTGAAGGCAGAGAGGAATCTTCTTGCCGAGGTAGACAGTAATTGCATAGTTAAACTCTATTGCTCCTTCCAAGATGAAGAACATCTGTATCTGATAATGGAGTATTTACCTGGAGGAGATATGATGACACTGCTGATGCGGAAAGATACTTTAAAGGAGGATGAGGCAAGATTTTATGTTGGAC
AGACTGTTTTGGCTATCGAATCAATTCACAAGCACAATTACATTCACAGGGATATTAAACCAGATAATTTATTACTTGATAGATATGGACACATGAAGCTTTCAGATTTTGGTTTATGTAAACCATTGGACTGCAGTAATCTGCCCACTCTCCATGAAAATGACTTCACTGCTGGAAAAACTTTAAAAGATGTTTTGGAT
ATGGATGGGCGTTTGAACACATCAATCACACCAAAGCGTACTCAACAGGAGCAGCTTTCACATTGGCAAAAGAACAGGCGCATGCTGGCTTATTCAACCGTTGGTACACCAGACTACATTGCCCCTGAAGTATTATTGAAGAGAGGCTATGGAAAGGAGTGTGATTGGTGGTCACTTGGAGCGATTATGTATGAAATGCT
TGTAGGTTATCCACCTTTTTATTCTGACGAGCCAATGTCAACTTGTAGGAAGATAGTGAACTGGAGAAATCACCTAAAATTTCCAGAAGAAGCAAAGTTATCAGCTGAGGCCGAAGATCTTATCCGTAAACTTCTTTGCAATGTAGAGCAGAGGCTTGGAACGAAAGGTGCTCATGAAATAAAGGCACATCCATGGTTTA
AAGATGTTCAGTGGGACAAATTATACCAGATGGAAGCAGCATTTTTGCCAGAAGTCAATAGCGAACTGGATACTCAGAATTTTGAAAAATTTGAAGAGGCTGGACCCCAAATGCAATCTTCTTCAAGATCAGGTCCATGGAGAAAGATGCTTCCATCAAAGGATGTAAATTTTGTAGGTTATACCTACAAGAATTTTGAA
ATTGTCAATGATCATCACGTACCTGGTGTTGCAGAGTTGAAGAAGAAAAATAAACCTAAGCGGCCTTCCATTAAAACCTTATTTGATGCAACGGCGGTTGGTAACCAACCTATCCAAGGAAGTTTTATGAATTTGTTGCCAACACAAATTGAAACATCTGAGAGTCCAGAACCTTCTCCACCAGGTAGTATGTCTTCACC
AACTCGTTTGTGTAACTTCCAGCAACAACCTTTGCGCCCAAGATGATTATGTTATGATCTGCTTTGGTAGTGTTGCCATGCATTGGTGACAGTGTTGCAGTGTAAGTTGCATGTCCATATTTGTACTGAAGTTGGATTCTTGGGTAATCCATTTGGGAACCTGAGGGTCAACTTTGTGCCATAATGTTGATATTATTAGT
TTTTTTGATAAAGTTTCCTGATTTCTTAGAAGACCAAAATCTTGCAATAAATGTGCCTGCCTTTAGTCACAGGAGGCAGTCTTACTGGATTTTTATTGTTGCTTGTGGTTGTCATGCCAATGAGCCAGACTTGAATTCAGAATCACTCAAGTGATTGCTAGGGTTGTGGTATAAGCATACATTGCTATAAGCAGTTTTCA
AATTGCCTCCTATTCTATGAATGAGGAGTTCTGTATATCGGTTTAAACTACTTCAGAAATTCTTTCAAAGTTGTGTCTTATATGTTTGCAAGGGGTCGACCATATGCATATTTATGCTTTATTCGTTTCAGACTTTATATTGCAAATTAAGTAGTCCTCC
>TRINITY_DN130399_c2_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:GGGGAGGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCGTGACACAGAAATGTGTACTTGCTTGCCTTGCATTGCATTGACTCTTAAGCTTTTATTACAGTACTCAGTGTTTCTACAGATGCATGTTTATGTATCTATTGTGTGCAAATTTTGCACTAAATGTGAATTTCTGTTGCTTTTCATCTGTAAAAGAG
GTTTAGTTGTCATTGGTGACCTTGGTATTCCTGTTAAAATTTCATATTATGATTGTTGCCCACGCAAATACATTCTCCCAATGGTGGGATATCTTTTGGATGCTTTTGGCTATTGTAAAGTGGGGCTTCTTGGCTGAATATGAATATTGGAGATCAGGTGGGAGCAGTATTAAAGAACATAATATAGGCTGTTTCCTGAA
TGGGTTGAGTTGAGAGTTGATATAATTTAACATGCTTATTGGGAGATAATAGTTATGTTGATAATCTTTTAGGCTTATTTACAGTTTTTCTTACACATCTGATGAGTTGTTTGAGGTATCTAAATAGTTCTTAATGCATACCTTGAAAAATACCAATTTTGTTCTCTTGCAGGTGAGGTTGTGCAGAGAGAAGACAACAG
GTAATGTCTATGCAATGAAAAAGTTAAAGAAGTCTGAGATGCTTCGTCGAGGCCAGgtattgcctctaatgtacacatgctgcctctaatgtacatttgcatacatactgattgtgcatacctggtgctatgtttgattccacatcatccaattcgtgcagGTGGAACATGTGAAGGCAGAGAGGAATCTTCTTGCCGAG
GTAGACAGTAATTGCATAGTTAAACTCTATTGCTCCTTCCAAGATGAAGAACATCTGTATCTGATAATGGAGTATTTACCTGGAGGAGATATGATGACACTGCTGATGCGGAAAGATACTTTAAAGGAGGATGAGGCAAGATTTTATGTTGGACAGACTGTTTTGGCTATCGAATCAATTCACAAGCACAATTACATTCA
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AGGAGCAGCTTTCACATTGGCAAAAGAACAGGCGCATGCTGGTATATATTTCTTATATTTTCTTCTTTTTGTGGAAAATGCTATATGTACTAAATAGCACATGACATGGAAAAAGAGGGAATGCTTCCTCAAAGACGAAAGGCAATGCCCTTGTTTCCTCTCCATATTTTTAGGCAGAAATAGTGCGCATATTATGGATA
TTATTTTCAAAGTTAGTGCTTGACAAGGCTTATTAGGTAATGCTACAGTCCTTTTCCTACCCAAATAGTTCCTTTTAATCATTATTTGGAAATTTCTAAATATATTATTTTAGATGATAATAATACAAACAAACCTTTCTGCCTGACCTTTGTGTATTAAGAGTTAAATGCATGGGAAATTGAAAGCATCCTATACTGGC
ATCTAAGAGGGAATCAGGACAGTCTCTGCTTTTTTGATAGACCAAATTCGAATGAGAAGGGCATATGGGCATCAATTTTTGTTTTGTTTTTGAAAATGCAGCTGATTTTTCATTACTGAACAATGTAAAAGTGCATCAAGAATAGTATTAATACGTCATGAAGCCAAAGTGTGGTCACACAGGTACCCACTCCCTTAATA
GGCGACGGGGACAAACATCTGCTTTAGCCCTGACCTTGAGAGAATCTACATTTTCCCTAAACATCTCCATTCTAGCTGAGTTCTGCTTAGCTAACTCTGATCTAAAATCTGTTAATTCTTCAAATGGAATGGATGAAAGGTTGCTTGATGTCATCTTTTCCATAAGAAGGGGATACCTATCAGACAGATCACTTCCCATT
CTCTTTGCCTGTCAGATGATCCATTTATCCTTGGAAAACAACTGCTTTCGATGAAGACAGGCGACAAAGAGAGTATTGTACTTGGAACTATCCATACACCAAAACATTAGCAACCCTGCAGTTCCACATAACATGCTTAACCATTCTGCTTTTTGGAAACAACACGACATCCATTGCTAAAGCCAGTACATTGTTATTGA
GCCTTAACTGCTAGACTATCATGAAGAATTAGCCACCCAAGCAATATAGACTTGCAGGAAGAGTGGC
Intron 7 GTAAGTTAAT ... CTCATGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.56 | 154 | 10 | 35 |
| A2 | 22.15 | 152.3 | 14 | 43 |
| A3 | 26.22 | 164.7 | 14 | 58 |
| A4 | 26.58 | 130.7 | 16 | 47 |
| A5 | 28.66 | 61 | 5 | 24 |
| A6 | 20.23 | 385.7 | 0 | 97 |
| A7 | 24.96 | 365.7 | 2 | 120 |
| A8 | 23.49 | 360 | 0 | 109 |
| A9 | 25.61 | 369.3 | 0 | 125 |
| A10 | 23.25 | 290.3 | 0 | 87 |
>TRINITY_DN104320_c0_g1_i1 from sample A4 / Example spliced isoformTCCATTTACCGGCGGGGCAGTACTCAAAGAACAAAAGTTACGGTGCGGACTTCACGGTTCTATATTTGTCACTTTACCGGCAATTATTTTGTTTTCGCCGTGGCAAACATTTGGGTTTAAACCCCAATATCTCTAGCCGGAAAGATTGTCGCCGTTGATCTTCATCCACCGTGGAGACCCCTTGAGATGCGCCGGCTTTA
ATGTCGAGGTCATGGTATACACAAACATAGCATAGATTTGGATTGTATTTACACAGCGCCGAGGTCTCCAAGAAAATTGTTGGTTCAATGGAATCGAATGCGTTTAAGGAAATTGGAATGACAGCGTACAGAGCGTAATTTGGTCGGCAATGACGGTGGATCGAGGCAGTACTGGGTTTTGTGAGGCGATTTGCGTTTTC
CGGTGTCTTTTTTGGTGAAGTGGGCAGGTTTCCGTGCTTAATTTGGGGCAGAGAGGGTTTTAGGGGCCAAAACTGTTGTATAATGAAGGATTTACGCGATATTCTGGGGCTTTAGCGGTTTTCTCTACGCTGCTTCTTGGGTTTTGGAAGTTTATGTGGTCAATTTTGATTTGAGAATCGCTGCGATAGGGTTTCAGTCG
TCAAAGTCCGGGGAACTGGAGATTGTAAGCAGTATTTTGACTTTCTTTTGTCAGATTTTGCAGTCCAGGCTTGTGGTTTCGACTAGTTGTGGAGACGACCATTTTGATCAGCTTGAAAATGAATCTCGTTGTTGATATAGGATGCTATTTTTAACAAGTTCAAGTTAGGCGTTTAGTTGTATACATATTTACAGGATGGA
AGCCACGAAAAGTTGGTTTCAGCAGCGATTTCAGCCAAAAACAGACAAGCATAAGGCGGCGATGGGGAAAAAGAAAGAAGGTGAAAAAGGCAAAGATTGTCCCAGACCTCCTAATGATGAAGCTCCTTCAAACGTCACTAGACAGAAAGTAGCTGCCGCCAAGCAGTACATAGAGAACCATTATAAAGCCCAAATGAAGA
ATTTGCAGGAGCGCAAAGAGAGAAGATGGGTTTTGGAACGTAAACTGGCAGATGCAGATGTGTCTGAAGAGGAGCAAAGTAATCTCCTGAAATATCTGGAGAGAAAGGAGACAGAGTACATGCGCCTTCAACGGCATAAAATGGGCGTTGATGATTTTGAGATGTTAACTATTATTGGAAGGGGTGCTTTTGGGGAGGTG
AGGTTGTGCAGAGAGAAGACAACAGGTAATGTCTATGCAATGAAAAAGTTAAAGAAGTCTGAGATGCTTCGTCGAGGCCAGGTGGAACATGTGAAGGCAGAGAGGAATCTTCTTGCCGAGGTAGACAGTAATTGCATAGTTAAACTCTATTGCTCCTTCCAAGATGAAGAACATCTGTATCTGATAATGGAGTATTTACC
TGGAGGAGATATGATGACACTGCTGATGCGGAAAGATACTTTAAAGGAGGATGAGGCAAGATTTTATGTTGGACAGACTGTTTTGGCTATTGAATCAATTCACAAGCACAATTACATTCACAGGGATATTAAACCAGATAATTTATTACTTGATAGATATGGACACATGAAGCTTTCAGATTTTGGTTTATGTAAACCAT
TGGACTGCAGTAATCTGCCCACTCTCCATGAAAATGACTTCACTGCTGGAAAAACTTTAAAAGATGTTTTGGATATGGATGGGCGTTTGAACACATCAATCACACCAAAGCGTACTCAACAGGAGCAGCTTTCACATTGGCAAAAGAACAGGCGCATGCTGGCTTATTCAACCGTTGGTACACCAGACTACATTGCCCCT
GAAGTATTATTGAAGAGAGGCTATGGAAAGGAGTGTGATTGGTGGTCACTTGGAGCGATTATGTATGAAATGCTTGTAGGTTATCCACCTTTTTATTCTGACGAGCCAATGTCAACTTGTAGGAAGATAGTGAACTGGAGAAATCACCTAAAATTTCCAGAAGAAGCAAAGTTATCAGCTGAGGCCGAAGATCTTATCCG
TAAACTTCTTTGCAATGTAGAGCAGAGGCTTGGAACGAAAGGTGCTCATGAAATAAAGGCACATCCATGGTTTAAAGATGTTCAGTGGGACAAATTATACCAGATGGAAGCAGCATTTTTGCCAGAAGTCAATAGCGAACTGGATACTCAGAATTTTGAAAAATTTGAAGAGGCTGGACCCCAAATGCAATCTTCTTCAA
GATCAGGTCCATGGAGAAAGATGCTTCCATCAAAGGATGTAAATTTTGTAGGTTATACCTACAAGAATTTTGAAATTGTCAATGATCATCACGTACCTGGTGTTGAGTTGAAGAAGAAAAATAAACCTAAGCGGCCTTCCATTAAAACCTTATTTGATGCAACTGCGGTTGGTAACCAACCTATCCAAGGAAGTTTTATG
AATTTGTTGCCAACA
>TRINITY_DN104320_c0_g1_i12 from sample A4 / Example unspliced isoform:TCCATTTACCGGCGGGGCAGTACTCAAAGAACAAAAGTTACGGTGCGGACTTCACGGTTCTATATTTGTCACTTTACCGGCAATTATTTTGTTTTCGCCGTGGCAAACATTTGGGTTTAAACCCCAATATCTCTAGCCGGAAAGATTGTCGCCGTTGATCTTCATCCACCGTGGAGACCCCTTGAGATGCGCCGGCTTTA
ATGTCGAGGTCATGGTATACACAAACATAGCATAGATTTGGATTGTATTTACACAGCGCCGAGGTCTCCAAGAAAATTGTTGGTTCAATGGAATCGAATGCGTTTAAGGAAATTGGAATGACAGCGTACAGAGCGTAATTTGGTCGGCAATGACGGTGGATCGAGGCAGTACTGGGTTTTGTGAGGCGATTTGCGTTTTC
CGGTGTCTTTTTTGGTGAAGTGGGCAGGTTTCCGTGCTTAATTTGGGGCAGAGAGGGTTTTAGGGGCCAAAACTGTTGTATAATGAAGGATTTACGCGATATTCTGGGGCTTTAGCGGTTTTCTCTACGCTGCTTCTTGGGTTTTGGAAGTTTATGTGGTCAATTTTGATTTGAGAATCGCTGCGATAGGGTTTCAGTCG
TCAAAGTCCGGGGAACTGGAGATTGTAAGCAGTATTTTGACTTTCTTTTGTCAGATTTTGCAGTCCAGGCTTGTGGTTTCGACTAGTTGTGGAGACGACCATTTTGATCAGCTTGAAAATGAATGCTATTTTAACAAGTTCAAGTTAGGCGTTTAGTTGTATACATATTTACAGGATGGAAGCCACGAAAAGTTGGTTTC
AGCAGCGATTTCAGCCAAAAACAGACAAGCATAAGGCGGCGATGGGGAAAAAGAAAGAAGGTGAAAAAGGCAAAGATTGTCCCAGACCTCCTAATGATGAAGCTCCTTCAAACGTCACTAGACAGAAAGTAGCTGCCGCCAAGCAGTACATAGAGAACCATTATAAAGCCCAAATGAAGAATTTGCAGGAGCGCAAAGAG
AGAAGATGGGTTTTGGAACGTAAACTGGCAGATGCAGATGTGTCTGAAGAGGAGCAAAGTAATCTCCTGAAATATCTGGAGAGAAAGGAGACAGAGTACATGCGCCTTCAACGGCATAAAATGGGCGTTGATGATTTTGAGATGTTAACTATTATTGGAAGGGGTGCTTTTGGGGAGGTGAGGTTGTGCAGAGAGAAGAC
AACAGGTAATGTCTATGCAATGAAAAAGTTAAAGAAGTCTGAGATGCTTCGTCGAGGCCAGGTGGAACATGTGAAGGCAGAGAGGAATCTTCTTGCCGAGGTAGACAGTAATTGCATAGTTAAACTCTATTGCTCCTTCCAAGATGAAGAACATCTGTATCTGATAATGGAGTATTTACCTGGAGGAGATATGATGACAC
TGCTGATGCGGAAAGATACTTTAAAGGAGGATGAGGCAAGATTTTATGTTGGACAGACTGTTTTGGCTATTGAATCAATTCACAAGCACAATTACATTCACAGGGATATTAAACCAGATAATTTATTACTTGATAGATATGGACACATGAAGCTTTCAGATTTTGGTTTATGTAAACCATTGGACTGCAGTAATCTGCCC
ACTCTCCATGAAAATGACTTCACTGCTGGAAAAACTTTAAAAGATGTTTTGGATATGGATGGGCGTTTGAACACATCAATCACACCAAAGCGTACTCAACAGGAGCAGCTTTCACATTGGCAAAAGAACAGGCGCATGCTGGCTTATTCAACCGTTGGTACACCAGACTACATTGCCCCTGAAGTATTATTGAAGAGAGG
CTATGGAAAGGAGTGTGATTGGTGGTCACTTGGAGCGATTATGTATGAAATGCTTGTAGGTTATCCACCTTTTTATTCTGACGAGCCAATGTCAACTTGTAGGAAGATAGTGAACTGGAGAAATCACCTAAAATTTCCAGAAGAAGCAAAGTTATCAGCTGAGGCCGAAGATCTTATCCGTAAACTTCTTTGCAATGTAG
AGCAGAGGCTTGGAACGAAAGGTGCTCATGAAATAAAGGCACATCCATGGTTTAAAGATGTTCAGTGGGACAAATTATACCAGATGGAAGCAGCATTTTTGCCAGAAGTCAATAGCGAACTGGATACTCAGAATTTTGAAAAATTTGAAGAGGTTAGCTGGTCATTTTTTTCGTTTGGTCTTTCCAACCTTTTAATTGAT
TTAGACAAGAAAATTAATATTTAACTTGTTGACTCTAGAGAGTACTAAAGATCTCACCTTTTTTTTCAATTGCACCCAATCTTCTAATGTTTATGCTTCTAGGATTATAGGATCCATTCATAATTGGTGTGGTTAATTTCTAATTGCCATAACACACTACCCTTTTAATGTTTTTGAGAATGCTAGACCCATAACTTTAG
CCAGTGCTTGTATATCTGATATGTTATTTTAAGTGTATCCCAGATTACATGCATATTTTATTTGGATCTTCCTTCCCGCGTCTGTGATGAGTTCCTCCTATCCCTGCTCTGTTCGTATATCAATTGTTAGCATTTGTTCCTCAAGAGTTGTGGCGACTGTTGTGATTGTGTTGTTAGGAGTAGCTCCTGCAAAAGTTGTA
ACTACTGTTGTACTTGTGATTAATTTATCCATCCTTGATATGTTTATTGTGGTTCTTCTTTATCTTTGCATAGACCTTTTTGGTTGGTTCGTCCCTTGTAATTGGTTCTATGGTTGACTTTTCCTACTCAGAATATTATGGCTGGCTCATCCAGCCTTTTATTTAGTGTGATGCCGTAATTGTTATTGGTTCTTGTTTGG
AAAAACTTCTGGATAGTGTCCAATAACAAATCTCCATGAGAATCCAGAAACTTCAGAAAACTTATATGTAATCTGTTCGGGATACTTTTTAATCTTAAAGATGAAGATGCTGTTACAAGCAGATATTTTTATGCCACAAGCAGATATTCTTATGCCACAAAGTTAAAAATGGTACATTGTTTTGCTAGTTGGGCTAATAA
GTTTCTTGGGCTAGTAGGTACATTGGTAGAATCAGTTTGCTCTGAAAGTTTTCCATAGTACACATTATTTCCTGTGTCATTATCTTTATGTTTTGTATACTTGTTTCTATGTAAATTAATAAATTATGGTGACATATGGTTGATTCCTTTTGTAAGATCATGACATCTTTAATCGCACGGTTGAATGCAGGCTGGACCCC
AAATGCAATCTTCTTCAAGATCAGGTCCATGGAGAAAGgtaagttaatggttcctcatggaacatgcacatctttttgtcatataagcatctagctataagtttattgatctcaatctttaaaagtagtacaatcttcctaccattgagttctggagtttttagtcacaatgttttcctttaagaacgaagagggcaata
tgcagtaattatgaggaatcagatgtacactggcactgaattagttgtttttttatgagtttgaaggagttgaacttaattatggtttgcagtgttttgcaatcttcttcattttttttctttaaaacatctatatgttttttccatccattcataatgattatccttatttttcatttaagaacgaagagggcaatatg
caataattatgaggaatcaaatgtacactggcactgaatcagttgtttttttatgagtttgaaggagttgaacttaattatggtttgcagtgttttgcaatcttgttcattttttttctttaaaacatctatatgttttttccacccattcagaatgattatccttatatttgtttggctttcatatcagatgctcttga
tctgtgttccatctgcgttttgtactgtttattactattactattattattattattactatcttttgttataattttcttctcctacccacttgaatgataattctcctaaacatttatggaattaatttttgggtttgaagtttaagttgatgtttatgttgctagggtcttgatatcatcctcaccacaaaattagt
tttgcttgatataggattatgatttctgtggatgatctattattgatagctaagagtgaagatgggaattgatttgtaatagtgttgaaaaagtcgccgatttttcggaaaaaagcggcaaaatcgcgattttttcctctagccaatttgtatgcattagctgtaaggcatttaaatatggttctaatgttatgaatggc
ccctcactgtattgtatggggatctaattacatgctcatgtctcatggcagATGCTTCCATCAAAGGATGTAAATTTTGTAGGTTATACCTACAAGAATTTTGAAATTGTCAATGATCATCAAGTACCTGGTGTTGCAGAGTTGAAGAAGAAAAATAAACCTAAGCGGCCTTCCATTAAAACCTTATTTGATGCAACTGC
GGTTGGTAACCAACCTATCCAAGGAAGTTTTATGAATTTGTTGCCAACACAAATTGAAACATCTGAGAGTCCAGAACCTTCTCCACCAGGTAGTATGTCTTCACCAACTCGTTTGTGTAACTTCCAGCAACAACCTTTGCGCCCAAGATGATTCTGTTATGATCTGCTTTGGTAGTGTTGCCATGCATTGGTGACAGTGT
TGCAGTGTAAGTTGCATGTCCATATTTGTACTGAAGTTGGATTCTTGGGTAATCCATTTGGGAACCTGAGGGCCAACTTTGTGCCATAATGTTGATATTATTAGTTTTTTTGATAAAGTTTCCTGATTTCTTAGAAGACCAAAATCTTGCAATAAATGTGCCTGCCTTTAGTCACAGGAGGCAGTCTTACTGGATTTTTA
TTGTTGCTTGTGGTTGTCATGCCAATGAGCCAGACTTGAATTCAGAATCACTCAAGTGATTGCTAGGGTTGTGGTATAAGCATACATTGCTATAAGCAGTTTTCAAATTGCCTCCTATTCTATGAATGAGGAGTTCTGTATATCGGTTTAAACTACTTCAGAAATTCTTTCAAAGTTGTGTCTTATATGTTTGCAAGGGG
TCGACCATATGCATATTTATGCTTTATTCGTTTCAGACTTTATATTGCAAATTAAGTAGTCCTCGTCTTCCTTGATTTACG
Intron 8 GTAAGTTGAA ... GTTGCATCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 9.01 | 211.6 | 25.3 | 25 |
| A2 | 8.97 | 162.5 | 12 | 25 |
| A3 | 9.85 | 200.9 | 19.3 | 30.7 |
| A4 | 9.4 | 147 | 21.3 | 14 |
| A5 | 18.13 | 78.2 | 15.3 | 20.7 |
| A6 | 8.24 | 246.1 | 18.7 | 35.3 |
| A7 | 8.17 | 369.3 | 29.7 | 48.7 |
| A8 | 7.84 | 320.4 | 26.7 | 37.7 |
| A9 | 8.42 | 309.4 | 26.3 | 42 |
| A10 | 7.11 | 294.6 | 16 | 39.3 |
>TRINITY_DN130399_c2_g1_i9 from sample A1 / Example spliced isoformCGGTTCTATATTTGTCACTTTACCGGCAATTATTTTGTTTTCGCCCTGGCAAACATTTGGGTTTAAACCCCAATATCTCTAGCCGGAAAGATTGTCGCCGTTGATCTTCATCCACCGTGGAGACCCCTTGAGATGCGCCGGCTTTAATGTCGAGGTCATGGTATACACAAACATAGCATAGATTTGGATTGTATTTACAC
AGCGCCGAGGTCTCCAAGAAAATTGTTGGTTCAATGGAATCGAATGCGTTTAAGGAAATTGGAATGACAGCGTACAGAGCGTAATTTGGTCGGCAATGACGGTGGATCGAGGCAGTACTGGGTTTTGTGAGGCGATTGGCGTTTTCCGGTGTCTTTTTTGGTGAAGTGGGCAGGTTTCCGTGCTTAATTTGGGGCAGAGA
GGGTTTTAGGGGCTAAAACTGTTGTATAATGAAGGATTTACGCGATATTCTGGGGCTTTAGCGGTTTTCTCTACGCTGCTTCTTGGGTTTTGGAAGTTTATGTGGTCAATTTTGATTTGAGAATCGCTGCGATAGGGTTTCAGTCGTCAAAGTCCGGGGAACTGGAGATTGTAAGCAGTATTTTGACTTTCTTTTGTCAG
ATTTTGCAGTCCAGGCTTGTGGTTTCGACTAGTTGTGGAGACGACCATTTTGATCAGCTTGAAAATGAATGCTATTTTAACAAGTTCAAGTTAGGCGTTTAGTTGTATACATATTTACAGGATGGAAGCCACGAAAAGTTGGTTTCAGCAGCGATTTCAGCCAAAAACAGACAAGCATAAGGCGGCGATGGGGAAAAAGA
AAGAAGGTGAAAAAGGCAAAGATTGTCCCAGACCTCCTAATGATGAAGCTCCTTCAAACGTCACTAGACAGAAAGTAGCTGCCGCCAAGCAGTACATAGAGAACCATTATAAAGCCCAAATGAAGAATTTGCAGGAGCGCAAAGAGAGAAGATGGGTTTTGGAACGTAAACTGGCAGATGCAGATGTGTCTGAAGAGGAG
CAAAATAATCTCCTGAAATATCTGGAGAGAAAGGAGACAGAGTACATGCGCCTTCAACGGCATAAAATGGGCGTTGATGATTTTGAGATGTTAACTATTATTGGAAGGGGTGCTTTTGGGGAGGTGAGGTTGTGCAGAGAGAAGACAACAGGTAATGTCTATGCAATGAAAAAGTTAAAGAAGTCTGAGATGCTTCGTCG
AGGCCAGGTGGAACATGTGAAGGCAGAGAGGAATCTTCTTGCCGAGGTAGACAGTAATTGCATAGTTAAACTCTATTGCTCCTTCCAAGATGAAGAACATCTGTATCTGATAATGGAGTATTTACCTGGAGGAGATATGATGACACTGCTGATGCGGAAAGATACTTTAAAGGAGGATGAGGCAAGATTTTATGTTGGAC
AGACTGTTTTGGCTATCGAATCAATTCACAAGCACAATTACATTCACAGGGATATTAAACCAGATAATTTATTACTTGATAGATATGGACACATGAAGCTTTCAGATTTTGGTTTATGTAAACCATTGGACTGCAGTAATCTGCCCACTCTCCATGAAAATGACTTCACTGCTGGAAAAACTTTAAAAGATGTTTTGGAT
ATGGATGGGCGTTTGAACACATCAATCACACCAAAGCGTACTCAACAGGAGCAGCTTTCACATTGGCAAAAGAACAGGCGCATGCTGGCTTATTCAACCGTTGGTACACCAGACTACATTGCCCCTGAAGTATTATTGAAGAGAGGCTATGGAAAGGAGTGTGATTGGTGGTCACTTGGAGCGATTATGTATGAAATGCT
TGTAGGTTATCCACCTTTTTATTCTGACGAGCCAATGTCAACTTGTAGGAAGATAGTGAACTGGAGAAATCACCTAAAATTTCCAGAAGAAGCAAAGTTATCAGCTGAGGCCGAAGATCTTATCCGTAAACTTCTTTGCAATGTAGAGCAGAGGCTTGGAACGAAAGGTGCTCATGAAATAAAGGCACATCCATGGTTTA
AAGATGTTCAGTGGGACAAATTATACCAGATGGAAGCAGCATTTTTGCCAGAAGTCAATAGCGAACTGGATACTCAGAATTTTGAAAAATTTGAAGAGGCTGGACCCCAAATGCAATCTTCTTCAAGATCAGGTCCATGGAGAAAGATGCTTCCATCAAAGGATGTAAATTTTGTAGGTTATACCTACAAGAATTTTGAA
ATTGTCAATGATCATCACGTACCTGGTGTTGCAGAGTTGAAGAAGAAAAATAAACCTAAGCGGCCTTCCATTAAAACCTTATTTGATGCAACGGCGGTTGGTAACCAACCTATCCAAGGAAGTTTTATGAATTTGTTGCCAACACAAATTGAAACATCTGAGAGTCCAGAACCTTCTCCACCAGGTAGTATGTCTTCACC
AACTCGTTTGTGTAACTTCCAGCAACAACCTTTGCGCCCAAGATGATTATGTTATGATCTGCTTTGGTAGTGTTGCCATGCATTGGTGACAGTGTTGCAGTGTAAGTTGCATGTCCATATTTGTACTGAAGTTGGATTCTTGGGTAATCCATTTGGGAACCTGAGGGTCAACTTTGTGCCATAATGTTGATATTATTAGT
TTTTTTGATAAAGTTTCCTGATTTCTTAGAAGACCAAAATCTTGCAATAAATGTGCCTGCCTTTAGTCACAGGAGGCAGTCTTACTGGATTTTTATTGTTGCTTGTGGTTGTCATGCCAATGAGCCAGACTTGAATTCAGAATCACTCAAGTGATTGCTAGGGTTGTGGTATAAGCATACATTGCTATAAGCAGTTTTCA
AATTGCCTCCTATTCTATGAATGAGGAGTTCTGTATATCGGTTTAAACTACTTCAGAAATTCTTTCAAAGTTGTGTCTTATATGTTTGCAAGGGGTCGACCATATGCATATTTATGCTTTATTCGTTTCAGACTTTATATTGCAAATTAAGTAGTCCTCC
>TRINITY_DN130399_c2_g1_i12 from sample A1 / Example unspliced isoform:GGAACATGTGAAGGCAGAGAGGAATCTTCTTGCCGAGGTAGACAGTAATTGCATAGTTAAACTCTATTGCTCCTTCCAAGATGAAGAACATCTGTATCTGATAATGGAGTATTTACCTGGAGGAGATATGATGACACTGCTGATGCGGAAAGATACTTTAAAGGAGGATGAGGCAAGATTTTATGTTGGACAGACTGTTT
TGGCTATCGAATCAATTCACAAGCACAATTACATTCACAGGGATATTAAACCAGATAATTTATTACTTGATAGATATGGACACATGAAGCTTTCAGATTTTGGTTTATGTAAACCATTGGACTGCAGTAATCTGCCCACTCTCCATGAAAATGACTTCACTGCTGGAAAAACTTTAAAAGATGTTTTGGATATGGATGGG
CGTTTGAACACATCAATCACACCAAAGCGTACTCAACAGGAGCAGCTTTCACATTGGCAAAAGAACAGGCGCATGCTGGCTTATTCAACCGTTGGTACACCAGACTACATTGCCCCTGAAGTATTATTGAAGAGAGGCTATGGAAAGGAGTGTGATTGgtaagttgaagttcttatgattgaattaggctccttttgaca
atttattcaagccttcttttgaaaacgtttctagttttaactcatcgttgttgcatcagGTGGTCACTTGGAGCGATTATGTATGAAATGCTTGTAGGTTATCCACCTTTTTATTCTGACGAGCCAATGTCAACTTGTAGGAAGATAGTGAACTGGAGAAATCACCTAAAATTTCCAGAAGAAGCAAAGTTATCAGCTGA
GGCCGAAGATCTTATCCGTAAACTTCTTTGCAATGTAGAGCAGAGGCTTGGAACGAAAGGTGCTCATGAAATAAAGGCACATCCATGGTTTAAAGATGTTCAGTGGGACAAATTATACCAGATGGAAGCAGCATTTTTGCCAGAAGTCAATAGCGAACTGGATACTCAGAATTTTGAAAAATTTGAAGAGGCTGGACCCC
AAATGCAATCTTCTTCAAGATCAGGTCCATGGAGAAAGATGCTTCCATCAAAGGATGTAAATTTTGTAGGTTATACCTACAAGAATTTTGAAATTGTCAATGATCATCACGTACCTGGTGTTGGTTAGTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAAGACACATGATGCACA
Intron 9 GTCTCTCTTT ... TCTCTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.71 | 314 | 57.3 | 106.9 |
| A2 | 20.28 | 217 | 44.1 | 61.1 |
| A3 | 21.5 | 271 | 39.6 | 85.5 |
| A4 | 20.05 | 263 | 55.6 | 74.2 |
| A5 | 26.73 | 108 | 11 | 44.2 |
| A6 | 20.29 | 253 | 35.3 | 77.3 |
| A7 | 19.81 | 456.4 | 69.4 | 131 |
| A8 | 16.58 | 248 | 39.4 | 56.9 |
| A9 | 21.56 | 362 | 51.2 | 113.9 |
| A10 | 20.47 | 485 | 61.2 | 145.2 |
>TRINITY_DN121038_c0_g1_i8 from sample A2 / Example spliced isoformACAAAAGTTACGGTGCGGACTTCACGGTTCTATATTTGTCACTTTACCGGCAATTATTTTGTTTTCGCCCTGGCAAACATTTGGGTTTAAACCCCAATATCTCTAGCCGGAAAGATTGTCGCCGTTGATCTTCATCCACCGTGGAGACCCCTTGAGATGCGCCGGCTTTAATGTCGAGGTCATGGTATACACAAACATAG
CATAGATTTGGATTGTATTTACACAGCGCCGAGGTCTCCAAGAAAATTGTTGGTTCAATGGAATCGAATGCGTTTAAGGAAATTGGAATGACAGCGTACAGAGCGTAATTTGGTCGGCAATGACGGTGGATCGAGGCAGTACTGGGTTTTGTGAGGCGATTTGCGTTTTCCGGTGTCTTTTTTGGTGAAGTGGGCAGGTT
TCCGTGCTTAATTTGGGGCAGAGAGGGTTTTAGGGGCCAAAACTGTTGTATAATGAAGGATTTACGCGATATTCTGGGGCTTTAGCGGTTTTCTCTACGCTGCTTCTTGGGTTTTGGAAGTTTATGTGGTCAATTTTGATTTGAGAATCGCTGCGATAGGGTTTCAGTCGTCAAAGTCCGGGGAACTGGAGATTGTAAGC
AGTATTTTGACTTTCTTTTGTCAGATTTTGCAGTCCAGGCTTGTGGTTTCGACTAGTTGTGGAGACGACCATTTTGATCAGCTTGAAAATGAATCTCGTTGTTGATATAGGATGCTATTTTTAACAAGTTCAAGTTAGGCGTTTAGTTGTATACATATTTACAGGATGGAAGCCACGAAAAGTTGGTTTCAGCAGCGATT
TCAGCCAAAAACAGACAAGCATAAGGCGGCGATGGGGAAAAAGAAAGAAGGTGAAAAAGGCAAAGATTGTCCCAGACCTCCTAATGATGAAGCTCCTTCAAACGTCACTAGACAGAAAGTAGCTGCCGCCAAGCAGTACATAGAGAACCATTATAAAGCCCAAATGAAGAATTTGCAGGAGCGCAAAGAGAGAAGATGGG
TTTTGGAACGTAAACTGGCAGATGCAGATGTGTCTGAAGAGGAGCAAAATAATCTCCTGAAATATCTGGAGAGAAAGGAGACAGAGTACATGCGCCTTCAACGGCATAAAATGGGCGTTGATGATTTTGAGATGTTAACTATTATTGGAAGGGGTGCTTTTGGGGAGGTGAGGTTGTGCAGAGAGAAGACAACAGGTAAT
GTCTATGCAATGAAAAAGTTAAAGAAGTCTGAGATGCTTCGTCGAGGCCAGGTGGAACATGTGAAGGCAGAGAGGAATCTTCTTGCCGAGGTAGACAGTAATTGCATAGTTAAACTCTATTGCTCCTTCCAAGATGAAGAACATCTGTATCTGATAATGGAGTATTTACCTGGAGGAGATATGATGACACTGCTGATGCG
GAAAGATACTTTAAAGGAGGATGAGGCAAGATTTTATGTTGGACAGACTGTTTTGGCTATTGAATCAATTCACAAGCACAATTACATTCACAGGGATATTAAACCAGATAATTTATTACTTGATAGATATGGACACATGAAGCTTTCAGATTTTGGTTTATGTAAACCATTGGACTGCAGTAATCTGCCCACTCTCCATG
AAAATGACTTCACTGCTGGAAAAACTTTAAAAGATGTTTTGGATATGGATGGGCGTTTGAACACATCAATCACACCAAAGCGTACTCAACAGGAGCAGCTTTCACATTGGCAAAAGAACAGGCGCATGCTGGCTTATTCAACCGTTGGTACACCAGACTACATTGCCCCTGAAGTATTATTGAAGAGAGGCTATGGAAAG
GAGTGTGATTGGTGGTCACTTGGAGCGATTATGTATGAAATGCTTGTAGGTTATCCACCTTTTTATTCTGACGAGCCAATGTCAACTTGTAGGAAGATAGTGAACTGGAGAAATCACCTAAAATTTCCAGAAGAAGCAAAGTTATCAGCTGAGGCCGAAGATCTTATCCGTAAACTTCTTTGCAATGTAGAGCAGAGGCT
TGGAACGAAAGGTGCTCATGAAATAAAGGCACATCCATGGTTTAAAGATGTTCAGTGGGACAAATTATACCAGATGGAAGCAGCATTTTTGCCAGAAGTCAATAGCGAACTGGATACTCAGAATTTTGAAAAATTTGAAGAGGCTGGACCCCAAATGCAATCTTCTTCAAGATCAGGTCCATGGAGAAAGATGCTTCCAT
CAAAGGATGTAAATTTTGTAGGTTATACCTACAAGAATTTTGAAATTGTCAATGATCATCACGTACCTGGTGTTGCAGAGTTGAAGAAGAAAAATAAACCTAAGCGGCCTTCCATTAAAACCTTATTTGATGCAACGGCGGTTGGTAACCAACCTATCCAAGGAAGTTTTATGAATTTGTTGCCAACACAAATTGAAACA
TCTGAGAGTCCAGAACCTTCTCCACCAGGTAGTATGTCTTCACCAACTCGTTTGTGTAACTTCCAGCAACAACCTTTGCGCCCAAGATGATTATGTTATGATCTGCTTTGGTAGTGTTGCCATGCATTGGTGACAGTGTTGCAGTGTAAGTTGCATGTCCATATTTGTACTGAAGTTGGATTCTTGGGTAATCCATTTGG
GAACCTGAGGGTCAACTTTGTGCCATAATGTTGATATTATTAGTTTTTTTTGATAAAGTTTCCTGATTTCTTAGAAGACCAAAATCTTGCAATAAATGTGCCTGCCTTTAGTCACAGGAGGCAGTCTTACTGGATTTTTATTGTTGCTTGTGGTTGTCATGCCAATGAGCCAGACTTGAATTCAGAATCACTCAAGTGAT
TGCTAGGGTTGTGGTATAAGCATACATTGCTATAAGCAGTTTTCAAATTGCCTCCTATTCTATGAATGAGGAGTTCTGTATATCGGTTTAAACTACTTCAGAAATTCTTTCAAAGTTGTGTCTTATATGTTTGCAAGGGGTCGATAAGGTTTCCTGATTTCTTAGAAGAACAATGTCTTCTCAGAAATCAGGCAAAATCA
TGTTGTCCTTATCATTGATTAAGTTGCC
>TRINITY_DN121038_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:GGAAGGGGTGCTTTTGGGGAGgtctctctttctctctctctgtgacacagaaatgtgtacttgcttgccttgcattgcattgactcttaagcttttattacagtactcagtgtttctacagatgcatgtttatgtatctattgtgtgcaaattttgcactaaatgtgaatttctgttgcttttcatctgtaaaagaggtt
tagttgtcattggtgaccttggtattcctgttaaaatttcatattatgattgttgcccacgcaaatacattctcccaatggtgggatatcttttggatgcttttggctattgtaaagtggggcttcttggctgaatatgaatattggagatcaggtgggagcagtattaaagaacataatataggctgtttcctgaatgg
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ATGTCTATGCAATGAAAAAGTTAAAGAAGTCTGAGATGCTTCGTCGAGGCCAGGTATTGCCTCTAATGTACACATGCTGCCTCTAATGTACATTTGCATACATACTCATTGTGCATACCTGGTGCTATGTTTGATTCCACATCATCCAATTCGTGCAGGTGGAACATGTGAAGGCAGAGAGGAATCTTCTTGCCGAGGTA
GACAGTAATTGCATAGTTAAACTCTATTGCTCCTTCCAAGATGAAGAACATCTGTATCTGATAATGGAGTATTTACCTGGAGGAGATATGATGACACTGCTGATGCGGAAAGATACTTTAAAGGAGGATGAGGCAAGATTTTATGTTGGACAGACTGTTTTGGCTATTGAATCAATTCACAAGCACAATTACATTCACAG
GGATATTAAACCAGATAATTTATTACTTGATAGATATGGACACATGAAGCTTTCAGATTTTGGTTTATGTAAACCATTGGACTGCAGTAATCTGCCCACTCTCCATGAAAATGACTTCACTGCTGGAAAAACTTTAAAAGATGTTTTGGATATGGATGGGCGTTTGAACACATCAATCACACCAAAGCGTACTCAACAGG
AGCAGCTTTCACATTGGCAAAAGAACAGGCGCATGCTGGCTTATTCAACCGTTGGTACACCAGACTACATTGCCCCTGAAGTATTATTGAAGAGAGGCTATGGAAAGGAGTGTGATTGGTGGTCACTTGGAGCGATTATGTATGAAATGCTTGTAGGTTATCCACCTTTTTATTCTGACGAGCCAATGTCAACTTGTAGG
AAGATAGTGAACTGGAGAAATCACCTAAAATTTCCAGAAGAAGCAAAGTTATCAGCTGAGGCCGAAGATCTTATCCGTAAACTTCTTTGCAATGTAGAGCAGAGGCTTGGAACGAAAGGTGCTCATGAAATAAAGGCACATCCATGGTTTAAAGATGTTCAGTGGGACAAATTATACCAGATGGAAGCAGCATTTTTGCC
AGAAGTCAATAGCGAACTGGATACTCAGAATTTTGAAAAATTTGAAGAGGCTGGACCCCAAATGCAATCTTCTTCAAGATCAGGTCCATGGAGAAAGATGCTTCCATCAAAGGATGTAAATTTTGTAGGTTATACCTACAAGAATTTTGAAATTGTCAATGATCATCAAGTACCTGGTGTTGCAGAGTTGAAGAAGAAAA
ATAAACCTAAGCGGCCTTCCATTAAAACCTTATTTGATGCAACTGCGGTTGGTAACCAACCTATCCAAGGAAGTTTTATGAATTTGTTGCCAACACAAATTGAAACATCTGAGAGTCCAGAACCTTCTCCACCAGGTAGTATGTCTTCACCAACTCGTTTGTGTAACTTCCAGCAACAACCTTTGCGCCCAAGATGATTA
TGTTATGATCTGCTTTGGTAGTGTTGCCATGCATTGGTGACAGTGTTGCAGTGTAAGTTGCATGTCCATATTTGTACTGAAGTTGGATTCTTGGGTAATCCATTTGGGAACCTGAGGGTCAACTTTGTGCCATAATGTTGATATTATTAGTTTTTTTGATAAAGTTTCCTGATTTCTTAGAAGACCAAAATCTTGCAATA
AATGTGCCTGCCTTTAGTCACAGGAGGCAGTCTTACTGGATTTTTATTGTTGCTTGTGGTTGTCATGCCAATGAGCCAGACTTGAATTCAGAATCACTCAAGTGATTGCTAGGGTTGTGGTATAAGCATACATTGCTATAAGCAGTTTTCAAATTGCCTCCTATTCTATGAATGAGGAGTTCTGTATATCGGTTTAAACT
ACTTCAGAAATTCTTTCAAAGTTGTGTCTTATATGTTTGCAAGGGGTCG
Intron 10 GTAAGTTAAT ... CTCATGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25.36 | 139.3 | 57 | 35 |
| A2 | 30.78 | 133 | 71 | 43 |
| A3 | 31.66 | 145.2 | 73 | 58 |
| A4 | 30.58 | 119 | 56 | 47 |
| A5 | 31.76 | 53.8 | 25 | 24 |
| A6 | 23.97 | 342 | 113 | 97 |
| A7 | 25.18 | 325 | 94 | 120 |
| A8 | 25.76 | 317.3 | 106 | 109 |
| A9 | 25.99 | 324.2 | 97 | 125 |
| A10 | 24.75 | 258 | 79 | 87 |
>TRINITY_DN119844_c0_g1_i21 from sample A3 / Example spliced isoformGTTTTTTTTTTGAGATGGGATTAAAGCTAATTTTTGATCATCTCAGCCTTCTCATTGATAAGTAGACTGTTTTGAAATGGTTTAAATGATTTTTTTTTTCCATTGGCAAGATATGTCATAATCATGGTCATTTTGTTTAAACTCGTTATGTGTTATACTAGTTTGTTTCATTTCTTTGGGCCAGCCATATAATATACTAT
CAATGATCTTGCATGCAAAGCTGAAACTTTCCTTGATTAGATTTACTGAGATACGGATGCCTTTTTGTTTTCAAATATACAAAGAGAGTGGCCACCCAAATAGATGTACATATAAAAGAAATAGCAGCCATAGAAAACTTAACTATGCACTCTGCTTGAATCCTGTAGAAGTTATTATCTGTTTTCTTTTAGCTGGGTAT
TTAACATTGAACTTTATCTCCTCTGTCTGAAAATATATAGGCTTATTCAACCGTTGGTACACCAGACTACATTGCCCCTGAAGTATTATTGAAGAGAGGCTATGGAAAGGAGTGTGATTGGTGGTCACTTGGAGCGATTATGTATGAAATGCTTGTAGGTTATCCACCTTTTTATTCTGACGAGCCAATGTCAACTTGTA
GGAAGATAGTGAACTGGAGAAATCACCTAAAATTTCCAGAAGAAGCAAAGTTATCAGCTGAGGCCGAAGATCTTATCCGTAAACTTCTTTGCAATGTAGAGCAGAGGCTTGGAACGAAAGGTGCTCATGAAATAAAGGCACATCCATGGTTTAAAGATGTTCAGTGGGACAAATTATACCAGATGGAAGCAGCATTTTTG
CCAGAAGTCAATAGCGAACTGGATACTCAGAATTTTGAAAAATTTGAAGAGGCTGGACCCCAAATGCAATCTTCTTCAAGATCAGGTCCATGGAGAAAGATGCTTCCATCAAAGGATGTAAATTTTGTAGGTTATACCTACAAGAATTTTGAAATTGTCAATGATCATCACGTACCTGGTGTTGGTTAGTCCTCTCTCTC
TCTCTCTCTCAAGACACATGATGCACACACATGTTGTTTGTGTGCATATGCACCTAGATACACACACAATGCACATTTGCTGACATGCATTGGACAAGGTATCGGCCTTTTACCTGTGGTCCACATTACTTCCTTTGCTAATATTAAGGCGACGACAAGCAGGTTAGTTTCGAACATATTTTTCCCAAAAATGTATTGTG
TCCTCTGTCTACTCTTTTTTTCCAAAGGAAATAATTTCAGCCCACCCTCACACACTTGAGCAAAGAAAGGGCCTAAATTGATCTGAAAGTTTTGGTGCATCCTTTATGGCATAGTTACTATTTTAGATTGGCTAGAGTTTCTATTACCATGGATGAGCAAACAGTTTCCAAGGCAGATAATAAGAAATGTATTTCCTTTA
AACATTGAGTGGAAGGAAAAGGAGTTTTTCTTCCACTTTGTTATTTTTATTTTTATTTTTACTTTATATTTCTAGTCTATTGGGTATGATATCATTATCCTACTCTATTCTGATTTATCATTCCAACTAGCTAAAAAGCTAAAACGTGAATTCAAAGTTTACACATTTTGAATTTAGACAGTGTCATAAAATATGATGTT
TATAGGTTTTAATACTAATTATTCTGGTTTGATATGGAATGGAAGCATTTTGATTGACATTTCATTGTCAAGTCAAGTTCCAAGAGTCTGGAAGAAACACTTAGGCCAAGGTTGCCAGAGCATGGGAGCGAAGCGGGAGCGCGGATGCGCATTTTTAAAAAAATGGTCAGAAGCGAAGCGTCTCGGGAGC
>TRINITY_DN119844_c0_g1_i23 from sample A3 / Example unspliced isoform:GACACAAATAAAGAAATTGCCGACCACGTGACATTTCACCCTCTCGCCCTTCTCTGGTTGGCCCGTTGACCGGACTACTCTCGTGTGTATATCGGCGGGACCGGTTCAAAAGCCGCGTCGAGCTGGACAGGTGGCAGTTAGCGATAGATTTCCAAGAGGAGAGGTAAAGGTCCATTTACCGGCGGGGCAGTACTCAAAGA
ACAAAAGTTACGGTGCGGACTTCACGGTTCTATATTTGTCACTTTACCGGCAATTATTTTGTTTTCGCCGTGGCAAACATTTGGGTTTAAACCCCAATATCTCTAGCCGGAAAGATTGTCGCCGTTGATCTTCATCCACCGTGGAGACCCCTTGAGATGCGCCGGCTTTAATGTCGAGGTCATGGTATACACAAACATAG
CATAGATTTGGATTGTATTTACACAGCGCCGAGGTCTCCAAGAAAATTGTTGGTTTAATGGAATCGAATGCGTTTAAGGAAATTGGAATGACAGCGTACAGAGCGTAATTTGGTCGGCAATGACGGTGGATCGAGGCAGTACTGGGTTTTGTGAGGCGATTGGCGTTTTCCGGTGTCTTTTTTGGTGAAGTGGGCAGGTT
TCCGTGCTTAATTTGGGGCAGAGAGGGTTTTAGGGGCCAAAACTGTTGTATAATGAAGGATTTACGCGATATTCTGGGGCTTTAGCGGTTTTCTCTACGCTGCTTCTTGGGTTTTGGAAGTTTATGTGGTCAATTTTGATTTGAGAATCGCTGCGATAGGGTTTCAGTCGTCAAAGTCCGGGGAACTGGAGATTGTAAGC
AGTATTTTGACTTTCTTTTGTCAGATTTTGCAGTCCAGGCTTGTGGTTTCGACTAGTTGTGGAGACGACCATTTTGATCAGCTTGAAAATGAATCTCGTTGTTGATATAGGATGCTATTTTTAACAAGTTCAAGTTAGGCGTTTAGTTGTATACATATTTACAGGATGGAAGCCACGAAAAGTTGGTTTCAGCAGCGATT
TCAGCCGAAAACAGACAAGCATAAGGCGGCGATGGGGAAAAAGAAAGAAGGGGAAAAAGGCAAAGATTGTCCCAGACCTCCTAATGATGAAGCTCCTTCAAACGTCACTAGACAGAAAGTAGCTGCCGCCAAGCAGTACATAGAGAACCATTATAAAGCCCAAATGAAGAATTTGCAGGAGCGCAAAGAGAGAAGATGGG
TTTTGGAACGTAAACTGGCAGATGCAGATGTGTCTGAAGAGGAGCAAAGTAATCTCCTGAAATATCTGGAGAGAAAGGAGACAGAGTACATGCGCCTTCAACGGCATAAAATGGGCGTTGATGATTTTGAGATGTTAACTATTATTGGAAGGGGTGCTTTTGGGGAGGTGAGGTTGTGCAGAGAGAAGACAACAGGTAAT
GTCTATGCAATGAAAAAGTTAAAGAAGTCTGAGATGCTTCGTCGAGGCCAGGTGGAACATGTGAAGGCAGAGAGGAATCTTCTTGCCGAGGTAGACAGTAATTGCATAGTTAAACTCTATTGCTCCTTCCAAGATGAAGAACATCTGTATCTGATAATGGAGTATTTACCTGGAGGAGATATGATGACACTGCTGATGCG
GAAAGATACTTTAAAGGAGGATGAGGCAAGATTTTATGTTGGACAGACTGTTTTGGCTATTGAATCAATTCACAAGCACAATTACATTCACAGGGATATTAAACCAGATAATTTATTACTTGATAGATATGGACACATGAAGCTTTCAGATTTTGGTTTATGTAAACCATTGGACTGCAGTAATCTGCCCACTCTCCATG
AAAATGACTTCACTGCTGGAAAAACTTTAAAAGATGTTTTGGATATGGATGGGCGTTTGAACACATCAATCACACCAAAGCGTACTCAACAGGAGCAGCTTTCACATTGGCAAAAGAACAGGCGCATGCTGGCTTATTCAACCGTTGGTACACCAGACTACATTGCCCCTGAAGTATTATTGAAGAGAGGCTATGGAAAG
GAGTGTGATTGGTGGTCACTTGGAGCGATTATGTATGAAATGCTTGTAGGTTATCCACCTTTTTATTCTGACGAGCCAATGTCAACTTGTAGGAAGATAGTGAACTGGAGAAATCACCTAAAATTTCCAGAAGAAGCAAAGTTATCAGCTGAGGCCGAAGATCTTATCCGTAAACTTCTTTGCAATGTAGAGCAGAGGCT
TGGAACGAAAGGTGCTCATGAAATAAAGGCACATCCATGGTTTAAAGATGTTCAGTGGGACAAATTATACCAGATGGAAGCAGCATTTTTGCCAGAAGTCAATAGCGAACTGGATACTCAGAATTTTGAAAAATTTGAAGAGGCTGGACCCCAAATGCAATCTTCTTCAAGATCAGGTCCATGGAGAAAGgtaagttaat
ggttcctcatggaacatgcacatctttttgtcatataagcatctagctataagtttattgatctcaatctttaaaagtagtacaatcttcctaccattgagttctggagtttttagtcacaatgttttcctttaagaacgaagagggcaatatgcagtaattatgaggaatcagatgtacactggcactgaattagttgt
ttttttatgagtttgaaggagttgaacttaattatggtttgcagtgttttgcaatcttgttcattttttttctttaaaacatctatgttttttccacccattcagaatgattatccttatatttgtttggctttcatatcagatgctcttgatctgtgttccatctgcgttttggactgtttattactattactattatt
attattattactatcttttgttataattttcttctcctacccacttgaatgataattctcctaaacatttatggaattaatttttgggtttgaagtttaagttgatgtttatgttgctagggtcttgatatcatcctcaccacaaaattagttttgcttgatataggattatgatttctgtggatgatctattattgata
gctaagagtgaagatgggaattgatttgtaatagtgttgaaaaagtcgccgatttttcggaaaaaagcggcaaaatcgcgatttttttcctctagccaatttgtatgcattagctgtaaggcatttaaatatggttctaatgttatgaatggcccctcactgtattgtatggggatctaattacatgctcatgtctcatg
gcagATGCTTCCATCAAAGGATGTAAATTTTGTAGGTTATACCTACAAGAATTTTGAAATTGTCAATGATCATCAAGTACCTGGTGTTGCAGAGTTGAAGAAGAAAAATAAACCTAAGCGGCCTTCCATTAAAACCTTATTTGATGCAACGGCGGTTGGTAACCAACCTATCCAAGGAAGTTTTATGAATTTGTTGCCAA
CACAAATTGAAACATCTGAGAGTCCAGAACCTTCTCCACCAGGTAGTATGTCTTCACCAACTCGTTTGTGTAACTTCCAGCAACAACCTTTGCGCCCAAGATGATTATGTTATGATCTGCTTTGGTAGTGTTGCCATGCATTGGTGACAGTGTTGCAGTGTAAGTTGCATGTCCATATTTGTACTGAAGTTGGATTCTTG
GGTAATCCATTTGGGAACCTGAGGGTCAACTTTGTGCCATAATGTTGATATTATTAGTTTTTTTGATAAAGTTTCCTGATTTCTTAGAAGACCAAAATCTTGCAATAAATGTGCCTGCCTTTAGTCACAGGAGGCAGTCTTACTGGATTTCTATTGTTGCTTGTGGTTGTCATGCCAATGAGCCAGACTTGAATTCAGAA
TCACTCAAGTGATTGCTAGGGTTGTGGTATAAGCATACATTGCTATAAGCAGTTTTCAAATTGCCTCCTATTCTATGAATGAGGAGTTCTGTATATCGGTTTAAACTACTTCAGAAATTCTTTCAAAGTTGTGTCTTATATGTTTGCAAGGGGTCGACCATATGCATATTTATGCTTTATTCGTTTCAGACTTTATATTG
CAAATTAAGTAGTCCTCGTCTTCCTTGATTTACAGTTGCCTTGTTGGCATGGAAATATTTTCATCTCGGTGCTTCCATTATGATTATGTTTGTGTACCATGCATGTTGTAGCATAGATATGTAAAACCGAC
Intron 11 GTAAGTTAAT ... CTCATGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 7.26 | 139.3 | 10 | 11 |
| A2 | 7.68 | 133 | 14 | 7 |
| A3 | 8.5 | 145.2 | 14 | 12 |
| A4 | 10.06 | 119 | 16 | 10 |
| A5 | 6.28 | 53.8 | 5 | 2 |
| A6 | 0 | 342 | 0 | 0 |
| A7 | 0.79 | 325 | 2 | 3 |
| A8 | 0.32 | 317.3 | 0 | 2 |
| A9 | 0 | 324.2 | 0 | 0 |
| A10 | 1.77 | 258 | 0 | 9 |
>TRINITY_DN119844_c0_g1_i21 from sample A3 / Example spliced isoformGTTTTTTTTTTGAGATGGGATTAAAGCTAATTTTTGATCATCTCAGCCTTCTCATTGATAAGTAGACTGTTTTGAAATGGTTTAAATGATTTTTTTTTTCCATTGGCAAGATATGTCATAATCATGGTCATTTTGTTTAAACTCGTTATGTGTTATACTAGTTTGTTTCATTTCTTTGGGCCAGCCATATAATATACTAT
CAATGATCTTGCATGCAAAGCTGAAACTTTCCTTGATTAGATTTACTGAGATACGGATGCCTTTTTGTTTTCAAATATACAAAGAGAGTGGCCACCCAAATAGATGTACATATAAAAGAAATAGCAGCCATAGAAAACTTAACTATGCACTCTGCTTGAATCCTGTAGAAGTTATTATCTGTTTTCTTTTAGCTGGGTAT
TTAACATTGAACTTTATCTCCTCTGTCTGAAAATATATAGGCTTATTCAACCGTTGGTACACCAGACTACATTGCCCCTGAAGTATTATTGAAGAGAGGCTATGGAAAGGAGTGTGATTGGTGGTCACTTGGAGCGATTATGTATGAAATGCTTGTAGGTTATCCACCTTTTTATTCTGACGAGCCAATGTCAACTTGTA
GGAAGATAGTGAACTGGAGAAATCACCTAAAATTTCCAGAAGAAGCAAAGTTATCAGCTGAGGCCGAAGATCTTATCCGTAAACTTCTTTGCAATGTAGAGCAGAGGCTTGGAACGAAAGGTGCTCATGAAATAAAGGCACATCCATGGTTTAAAGATGTTCAGTGGGACAAATTATACCAGATGGAAGCAGCATTTTTG
CCAGAAGTCAATAGCGAACTGGATACTCAGAATTTTGAAAAATTTGAAGAGGCTGGACCCCAAATGCAATCTTCTTCAAGATCAGGTCCATGGAGAAAGATGCTTCCATCAAAGGATGTAAATTTTGTAGGTTATACCTACAAGAATTTTGAAATTGTCAATGATCATCACGTACCTGGTGTTGGTTAGTCCTCTCTCTC
TCTCTCTCTCAAGACACATGATGCACACACATGTTGTTTGTGTGCATATGCACCTAGATACACACACAATGCACATTTGCTGACATGCATTGGACAAGGTATCGGCCTTTTACCTGTGGTCCACATTACTTCCTTTGCTAATATTAAGGCGACGACAAGCAGGTTAGTTTCGAACATATTTTTCCCAAAAATGTATTGTG
TCCTCTGTCTACTCTTTTTTTCCAAAGGAAATAATTTCAGCCCACCCTCACACACTTGAGCAAAGAAAGGGCCTAAATTGATCTGAAAGTTTTGGTGCATCCTTTATGGCATAGTTACTATTTTAGATTGGCTAGAGTTTCTATTACCATGGATGAGCAAACAGTTTCCAAGGCAGATAATAAGAAATGTATTTCCTTTA
AACATTGAGTGGAAGGAAAAGGAGTTTTTCTTCCACTTTGTTATTTTTATTTTTATTTTTACTTTATATTTCTAGTCTATTGGGTATGATATCATTATCCTACTCTATTCTGATTTATCATTCCAACTAGCTAAAAAGCTAAAACGTGAATTCAAAGTTTACACATTTTGAATTTAGACAGTGTCATAAAATATGATGTT
TATAGGTTTTAATACTAATTATTCTGGTTTGATATGGAATGGAAGCATTTTGATTGACATTTCATTGTCAAGTCAAGTTCCAAGAGTCTGGAAGAAACACTTAGGCCAAGGTTGCCAGAGCATGGGAGCGAAGCGGGAGCGCGGATGCGCATTTTTAAAAAAATGGTCAGAAGCGAAGCGTCTCGGGAGC
>TRINITY_DN119844_c0_g1_i17 from sample A3 / Example unspliced isoform:GAGTTGTGGCGACTGTTGTGATTGTGTTGTTAGGAGTAGCTCCTGCAAAAGTTGTAACTACTGTTGTACTTGTGATTAATTTATCCATCCTTGATATGTTTATTGTGGTTCTTCTTTATCTTTGCATAGACCTTTTTGGTTGGTTCGTCCCTTGTAATTGGTTCTATGGTTGACTTTTCCTACTCAGAATATTATGGCTG
GCTCATCCAGCCTTTTATTTAGTGTGATGCCGTAATTGTTATTGGTTCTTGTTTGGAAAAACTTCTGGATAGTGTCCAATAACAAATCTCCATGAGAATCCAGAAACTTCAGAAAACTTATATGTAATCTGTTCGGGATACTTTTTAATCTTAAAGATGAAGATGCTGTTACAAGCAGATATTTTTATGCCACAAGCAGA
TATTCTTATGCCACAAAGTTAAAAATGGTACATTGTTTTGCTAGTTGGGCTAATAAGTTTCTTGGGCTAGTAGGTACATTGGTAGAATCAGTTTGCTCTGAAAGTTTTCCATAGTACACATTATTTCCTGTGTCATTATCTTTATGTTTTGTATACTTGTTTCTATGTAAATTAATAAATTATGGTGACATACAGTTGAT
TCCTTTTGTAAGATCATGACATCTTTAATCGCACGGTTGAATGCAGGCTGGACCCCAAATGCAATCTTCTTCAAGATCAGGTCCATGGAGAAAGgtaagttaatggttcctcatggaacatgcacatctttttgtcatataagcatctagctataagtttattgatctcaatctttaaaagtagtacaatcttcctacca
ttgagttctggagtttttagtcacaatgttttcctttaagaacgaagagggcaatatgcagtaattatgaggaatcagatgtacactggcactgaattagttgtttttttatgagtttgaaggagttgaacttaattatggtttgcagtgttttgcaatcttgttcattttttttctttaaaacatctatgttttttcca
cccattcagaatgattatccttatatttgtttggctttcatatcagatgctcttgatctgtgttccatctgcgttttggactgtttattactattactattattattattattactatcttttgttataattttcttctcctacccacttgaatgataattctcctaaacatttatggaattaatttttgggtttgaagt
ttaagttgatgtttatgttgctagggtcttgatatcatcctcaccacaaaattagttttgcttgatataggattatgatttctgtggatgatctattgatagctaagagtgaagatgggaattgatttgtaatagtgttgaaaaagtcgccgatttttcggaaaaaagcggcaaaatcgcgattttttcctctagccaat
ttgtatgcattagctgtaaggcatttaaatatggttctaatgttatgaatggcccctcactgtattgtatggggatctaattacatgctcatgtctcatggcagATGCTTCCATCAAAGGATGTAAATTTTGTAGGTTATACCTACAAGAATTTTGAAATTGTCAATGATCATCACGTACCTGGTGTTGGTTAGTCCTCT
CTCTCTCTCTCTCTCAAGACACATGATGCACACACATGTTGTTTGTGTGCATATGCACCTAGATACACACACAATGCACATTTGCTGACATGCATTGGACAAGGTATCGGCCTTTTACCTGTGGTCCACATTACTTCCTTTGCTAATATTAAGGCGACGACAAGCAGGTTAGTTTCGAACATATTTTTCCCAAAAATGTA
TTGTGTCCTCTGTCTACTCTTTTTTTCCAAAGGAAATAATTTCAGCCCACCCTCACACACTTGAGCAAAGAAAGGGCCTAAATTGATCTGAAAGTTTTGGTGCATCCTTTATGGCATAGTTACTATTTTAGATTGGCTAGAGTTTCTATTACCATGGATGAGCAAACAGTTTCCAAGGCAGATAATAAGAAATGTATTTC
CTTTAAACATTGAGTGGAAGGAAAAGGAGTTTTTCTTCCACTTTGTTATTTTTATTTTTATTTTTACTTTATATTTCTAGTCTATTGGGTATGATATCATTATCCTACTCTATTCTGATTTATCATTCCAACTAGCTAAAAAGCTAAAACGTGAATTCAAAGTTTACACATTTTGAATTTAGACAGTGTCATAAAATATG
ATGTTTATAGGTTTTAATACTAATTATTCTGGTTTGATATGGAATGGAAGCATTTTGATTGACATTTCATTGTCAAGTCAAGTTCCAAGAGTCTGGAAGAAACACTTAGGCCAAGGTTGCCAGAGCATGGGAGCGAAGCGGGAGCGCGGATGCGCATTTTTAAAAAAATGGTCAGAAGCGAAGCGTCTCGGGAGC