sp|F4JKK0|SUD1_ARATH ----> Probable E3 ubiquitin ligase SUD1
Intron 1 GTGAGGCACA ... AAATTTCAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 70.91 | 16 | 7 | 39 |
| A2 | 71.43 | 22 | 4 | 55 |
| A3 | 67.39 | 30 | 14 | 62 |
| A4 | 70.59 | 25 | 16 | 60 |
| A5 | 66 | 17 | 8 | 33 |
| A6 | 62.98 | 77 | 39 | 131 |
| A7 | 63.82 | 72 | 36 | 127 |
| A8 | 61.39 | 39 | 21 | 62 |
| A9 | 63.98 | 67 | 42 | 119 |
| A10 | 67.81 | 47 | 25 | 99 |
>TRINITY_DN47025_c3_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoformGGCAAAGTTACAATATCCAACTGTGGGCAGTTGCCCAGGTCCCACCAATGACGGGGAAATTCGAATCTACAGCCGTCTAGTCCCGAAGCGCCTCACACACGACGACGACCCGAGGTTCGGTGCCAGACCGGCCAGCTTAGCATGTGGCAGTTTATGGAAACGCCATTAATCGATGGCGGATTCAATCGAACTGTGACCAG
GGGTTGCTAATCCCGCTCGCGATCGCGAATTCTGTCCTCAATTTGGCCTTTTATTTTTGGTATGAATCGCTGGATTAGGGCTAAAAGAGGCTTCTGTTAGGAAAAAAATTCTGTAAAGAGATTGACTCCAGAGGTCCCCTTCACCCTCTAAAAGGAGAATTACTTTTTCACCATGTCGGATCATCTGGTGTTGTATGTTG
ACCGTCTGATAACGCCTTCGACCTTCGACACCCATGTCGAAATTGGGTCTCCTTCGGCGTCTGCGAAAAGCGAGGCTTCGAGCTTGAAAGAAGAAGAACTGCCCCTGATTTCAGATGGGCTTCCTTCTCAATCTACGTTTGATCGATCTGGATGTGACGATGGTGGTTCTGCGTTTAAATTGGGCGAATGCCGCATCTGC
CAAGAGGAAGACGAGGAGAATAACATGGAAAGCCCCTGTGCCTGCAGTGGAAGTTTGAAGTTTGCACATCGGAAATGCGTACAGCGATGGTGCAACGAGAAGGGAAGTATTATCTGTGAGATATGCCATCAGCCATATAGTCCTGGTTACACGGCCCCTCCTCAGCCAGCCCAGTCTGATGACATTCCCATTGATTTGAG
CGGAAGTTGGGGTGTCCCTGGAGCACAATTAGACCTGCATGATCCTCGCTTGTTAGCAATGGCTGCTGCAGAGCGTCATTTTTTGGAAGCAGAGTATGATGAATATGCAGCAGCTAATGCAAGTGGTGCTGCATTCTGCCGTTCAGCGGCATTGATTCTAATGGCACTTCTACTTCTACGACATGCTCTTGTTATAAACA
ATCCCGAAGGAGACGAAGATTCTTCAACATATTTGTCTCTTTTTTTTCTGAGAGCTGCTGGATTTCTCTTGCCGTGTTACATCATGGCATGGGCAGTAAGTATTTTGCAGCGCCGCAGGCAGAGACAGGAGGCAACTATGGCAGCTACTGAAGTTGCACTTCTTCTGCGAGCAGGACAAGGTCGAGGAATGCATTATGCA
GTAACTCCTGTTTCTTCGTCTCATCAGGAGTTGCCTTAACATTTACAGGTGTACAAGTCAGCAGCAGCCAATTTGTTTGATAATCATAATTGCTTTTTGAAAGAATGCTAATAGACTAAAGACTAACAAATCAGCTATACTTAAGGTTGCAGTAGGTACAGTGAATTTTGAACTTGAGGAATTACTTTGAAAAGAACTTG
TCGATTAAGGCCTACCATTGGAAAATCAAGTTCATTTGTTCGTAGTCTAGTTGTGATTTAACATTGGCTACCTGACAGTTGTGTCAAAGAGGATGGTAGAGAATTATTAGGTACCGAGGAATGACTCTATGCTTATGCTTGCTATGGTATATTATTATTAATCGATGAGAACTGAGAAGGTATCATCCGAAAGTAGTAAA
GATAGTTGGCGGTCCTGCGTAAATATGTTTTTAAGAAATTGGTTGCTACTTAGTTTCATTGTATTTCAAGTTTACTTAATACCGGTCTTTGATAAATATAGGAAAGTAAGCTGAGCCTT
>TRINITY_DN47025_c3_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:GGCAAAGTTACAATATCCAACTGTGGGCAGTTGCCCAGGTCCCACCAATGACGGGGAAATTCGAATCTACAGCCGTCTAGTCCCGAAGCGCCTCACACACGACGACGACCCGAGGTTCGGTGCCAGACCGGCCAGCTTAGCATgtgaggcacaacaggcctgaccatgtcctctgtctttgtttaatttgtcttcaaaag
cttctggctataattttcgctttcaaatttcaagGTGGCAGTTTATGGAAACGCCATTAATCGATGGCGGATTCAATCGAACTGTGACCAGGGGTTGCTAATCCCGCTCGCGATCGCGAATTCTGTCCTCAATTTGGCCTTTTATTTTTGGTATGAATCGCTGGATTAGGGCTAAAAGAGGCTTCTGTTAGGAAAAAAAT
TCTGTAAAGAGATTGACTCCAGAGGTCCCCTTCACCCTCTAAAAGGAGAATTACTTTTTCACCATGTCGGATCATCTGGTGTTGTATGTTGACCGTCTGATAACGCCTTCGACCTTCGACACCCATGTCGAAATTGGGTCTCCTTCGGCGTCTGCGAAAAGCGAGGCTTCGAGCTTGAAAGAAGAAGAACTGCCCCTGAT
TTCAGATGGGCTTCCTTCTCAATCTACGTTTGATCGATCTGGATGTGACGATGGTGGTTCTGCGTTTAAATTGGGCGAATGCCGCATCTGCCAAGAGGAAGACGAGGAGAATAACATGGAAAGCCCCTGTGCCTGCAGTGGAAGTTTGAAGTTTGCACATCGGAAATGCGTACAGCGATGGTGCAACGAGAAGGGAAGTA
TTATCTGTGAGATATGCCATCAGCCATATAGTCCTGGTTACACGGCCCCTCCTCAGCCAGCCCAGTCTGATGACATTCCCATTGATTTGAGCGGAAGTTGGGGTGTCCCTGGAGCACAATTAGACCTGCATGATCCTCGCTTGTTAGCAATGGCTGCTGCAGAGCGTCATTTTTTGGAAGCAGAGTATGATGAATATGCA
GCAGCTAATGCAAGTGGTGCTGCATTCTGCCGTTCAGCGGCATTGATTCTAATGGCACTTCTACTTCTACGACATGCTCTTGTTATAAACAATCCCGAAGGAGACGAAGATTCTTCAACATATTTGTCTCTTTTTTTTCTGAGAGCTGCTGGATTTCTCTTGCCGTGTTACATCATGGCATGGGCAGTAAGTATTTTGCA
GCGCCGCAGGCAGAGACAGGAGGCAACTATGGCAGCTACTGAAGTTGCACTTCTTCTGCGAGCAGGACAAGGTCGAGGAATGCATTATGCAGTAACTCCTGTTTCTTCGTCTCATCAGGAGTTGCCTTAACATTTACAGGTGTACAAGTCAGCAGCAGCCAATTTGTTTGATAATCATAATTGCTTTTTGAAAGAATGCT
AATAGACTAAAGACTAACAAATCAGCTATACTTAAGGTTGCAGTAGGTACAGTGAATTTTGAACTTGAGGAATTACTTTGAAAAGAACTTGTCGATTAAGGCCTACCATTGGAAAATCAAGTTCATTTGTTCGTAGTCTAGTTGTGATTTAACATTGGCTACCTGACAGTTGTGTCAAAGAGGATGGTAGAGAATTATTA
GGTACCGAGGAATGACTCTATGCTTATGCTTGCTATGGTATATTATTATTAATCGATGAGAACTGAGAAGGTATCATCCGAAAGTAGTAAAGATAGTTGGCGGTCCTGCGTAAATATGTTTTTAAGAAATTGGTTGCTACTTAGTTTCATTGTATTTCAAGTTTACTTAATACCGGTCTTTGATAAATATAGGAAAGTAA
GCTGAGCCTT
Intron 2 GTGATGTTGT ... GACATTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 0 | 148.3 | 5.7 | 0 |
| A2 | 4.42 | 108 | 2.3 | 5 |
| A3 | 0 | 149 | 3.3 | 0 |
| A4 | 3.03 | 96 | 3 | 3 |
| A5 | 1.23 | 80 | 4.2 | 1 |
| A6 | 0.77 | 647 | 16.2 | 5 |
| A7 | 0.46 | 643 | 20.8 | 3 |
| A8 | 1.4 | 422 | 9.5 | 6 |
| A9 | 0.58 | 510 | 13.3 | 3 |
| A10 | 4.11 | 467 | 12 | 20 |
>TRINITY_DN47025_c3_g1_i1 from sample A7 / Example spliced isoformGGCAAAGTTACAATATCCAACTGTGGGCAGTTGCCCAGGTCCCACCAATGACGGGGAAATTCGAATCTACAGCCGTCTAGTCCCGAAGCGCCTCACACACGACGACGACCCGAGGTTCGGTGCCAGACCGGCCAGCTTAGCATGTGAGGCACAACAGGCCTGACCATGTCCTCTGTCTTTGTTTAATTTGTCTTCAAAAG
CTTCTGGCTATAATTTTCGCTTTCAAATTTCAAGGTGGCAGTTTATGGAAACGCCATTAATCGATGGCGGATTCAATCGAACTGTGACCAGGGGTTGCTAATCCCGCTCGCGATCGCGAATTCTGTCCTCAATTTGGCCTTTTATTTTTGGTATGAATCGCTGGATTAGGGCTAAAAGAGGCTTCTGTTAGGAAAAAAAT
TCTGTAAAGAGATTGACTCCAGAGGTCCCCTTCACCCTCTAAAAGGAGAATTACTTTTTCACCATGTCGGATCATCTGGTGTTGTATGTTGACCGTCTGATAACGCCTTCGACCTTCGACACCCATGTCGAAATTGGGTCTCCTTCGGCGTCTGCGAAAAGCGAGGCTTCGAGCTTGAAAGAAGAAGAACTGCCCCTGAT
TTCAGATGGGCTTCCTTCTCAATCTACGTTTGATCGATCTGGATGTGACGATGGTGGTTCTGCGTTTAAATTGGGCGAATGCCGCATCTGCCAAGAGGAAGACGAGGAGAATAACATGGAAAGCCCCTGTGCCTGCAGTGGAAGTTTGAAGTTTGCACATCGGAAATGCGTACAGCGATGGTGCAACGAGAAGGGAAGTA
TTATCTGTGAGATATGCCATCAGCCATATAGTCCTGGTTACACGGCCCCTCCTCAGCCAGCCCAGTCTGATGACATTCCCATTGATTTGAGCGGAAGTTGGGGTGTCCCTGGAGCACAATTAGACCTGCATGATCCTCGCTTGTTAGCAATGGCTGCTGCAGAGCGTCATTTTTTGGAAGCAGAGTATGATGAATATGCA
GCAGCTAATGCAAGTGGTGCTGCATTCTGCCGTTCAGCGGCATTGATTCTAATGGCACTTCTACTTCTACGACATGCTCTTGTTATAAACAATCCCGAAGGAGACGAAGATTCTTCAACATATTTGTCTCTTTTTTTTCTGAGAGCTGCTGGATTTCTCTTGCCGTGTTACATCATGGCATGGGCAGTAAGTATTTTGCA
GCGCCGCAGGCAGAGACAGGAGGCAACTATGGCAGCTACTGAAGTTGCACTTCTTCTGCGAGCAGGACAAGGTCGAGGAATGCATTATGCAGTAACTCCTGTTTCTTCGTCTCATCAGGAGTTGCCTTAACATTTACAGGTGTACAAGTCAGCAGCAGCCAATTTGTTTGATAATCATAATTGCTTTTTGAAAGAATGCT
AATAGACTAAAGACTAACAAATCAGCTATACTTAAGGTTGCAGTAGGTACAGTGAATTTTGAACTTGAGGAATTACTTTGAAAAGAACTTGTCGATTAAGGCCTACCATTGGAAAATCAAGTTCATTTGTTCGTAGTCTAGTTGTGATTTAACATTGGCTACCTGACAGTTGTGTCAAAGAGGATGGTAGAGAATTATTA
GGTACCGAGGAATGACTCTATGCTTATGCTTGCTATGGTATATTATTATTAATCGATGAGAACTGAGAAGGTATCATCCGAAAGTAGTAAAGATAGTTGGCGGTCCTGCGTAAATATGTTTTTAAGAAATTGGTTGCTACTTAGTTTCATTGTATTTCAAGTTTACTTAATACCGGTCTTTGATAAATATAGGAAAGTAA
GCTGAGCCTT
>TRINITY_DN47025_c3_g1_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:TTATCTGTGAGATATGCCATCAGgtgatgttgtcttattccttctgctatatcatttgatttctactttcatcttgcttgtagctttatgcaatcagactgcattttgttgaatttatgttacatctaacacttttagcaacaactgcaagacaaacctaaatatacagttctggtatgatggtttgagttaccttttct
gtaaaattaaccgaaattttctcatctgtaggttcatggctgcttaattacaagtaaatctaataaaggatagttcatagcacgagtctttattgcatttaatttcggagatcgtgtttagatttcaaaataaaaagctgtgtgaattggattaagcattttataagcataaactgtttggattgctttgtttgctgcat
gattctattttgatgaactcatgtaatcctttattgacaaaggaagcttcataaattgaacttcgctttgatagatatttttcatgttgacatttcagCCATATAGTCCTGGTTACACGGCCCCTCCTCAGCCAGCCCAGTCTGATGACATTCCCATTGATTTGAGGTATTGTATTTCCCCAAGGAAATAATTGAAGTCA
AGATATCCGAAGATACAAAATACAGTGAGAGGTGTCAGAAGTTATTAAGCACATGATTTCAGTTTTCGAAAATTATCCAGTACCCATTCGATGTCTTTATAAATAATTTTTTAATTACCGCAAAAGAATTGTACCAAATGTCAAATACCATTTTAGTAAAGCTACAAAACTAGATTAGCATATTTTGCCTGGGTTCAGTG
GACTTTTAGGATATTTGTGTTAATAAACATTTGGATCTTATACACAAGAATAATTTCTCACATATGTGGAATCATAAATGGTGGATTCTTAGATTGTACATTTGTCCCACTAATATCTGCTTGGAATTTTGTTGTAGCGGAAGTTGGGGTGTCCCTGGAGCACAATTAGACCTGCATGATCCTCGCTTGTTAGCAATGGC
TGCTGCAGAGCGTCATTTTTTGGAAGCAGAGTATGATGAATATGCAGCAGCTAATGCAAGTGGTGCTGCATTCTGCCGTTCAGCGGCATTGATTCTAATGGCACTTCTACTTCTACGACATGCTCTTGTTATAAACAATCCCGAAGGAGACGAAGATTCTTCAACATATTTGTCTCTTTTTTTTCTGAGAGCTGCTGGAT
TTCTCTTGCCGTGTTACATCATGGCATGGGCAGTAAGTATTTTGCAGCGCCGCAGGCAGAGACAGGAGGCAACTATGGCAGCTACTGAAGTTGCACTTCTTCTGCGAGCAGGACAAGGTCGAGGAATGCATTATGCAGTAACTCCTGTTTCTTCGTCTCATCAGGAGTTGCCTTAACATTTACAGGTGTACAAGTCAGCA
GCAGCCAATTTGTTTGATAATCATAATTGCTTTTTGAAAGAATGCTAATAGACTAAAGACTAACAAATCAGCTATACTTAAGGTTGCAGTAGGTACAGTGAATTTTGAACTTGAGGAATTACTTTGAAAAGAACTTGTCGATTAAGGCCTACCATTGGAAAATCAAGTTCATTTGTTCGTAGTCTAGTTGTGATTTAACA
TTGGCTACCTGACAGTTGTGTCAAAGAGGATGGTAGAGAATTATTAGGTACCGAGGAATGACTCTATGCTTATGCTTGCTATGGTATATTATTATTAATCGATGAGAACTGAGAAGGTATCATCCGAAAGTAGTAAAGATAGTTGGCGGTCCTGCGTAAATATGTTTTTAAGAAATTGGTTGCTACTTAGTTTCATTGTA
TTTCAAGTTTACTTAATACCGGTCTTTGATAAATATAGGAAAGTAAGCTGAGCCTT
Intron 3 GTAAGTGCTG ... TATTCAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 2 | 98 | 1 | 3 |
| A2 | 0.62 | 80 | 1 | 0 |
| A3 | 1.96 | 100 | 2 | 2 |
| A4 | 3.8 | 76 | 2 | 4 |
| A5 | 4.62 | 31 | 0 | 3 |
| A6 | 1.06 | 467 | 1 | 9 |
| A7 | 2.17 | 429 | 11 | 8 |
| A8 | 1.69 | 465 | 7 | 9 |
| A9 | 0.97 | 356.8 | 2 | 5 |
| A10 | 3.2 | 318.4 | 7 | 14 |
>TRINITY_DN47025_c3_g1_i1 from sample A7 / Example spliced isoformGGCAAAGTTACAATATCCAACTGTGGGCAGTTGCCCAGGTCCCACCAATGACGGGGAAATTCGAATCTACAGCCGTCTAGTCCCGAAGCGCCTCACACACGACGACGACCCGAGGTTCGGTGCCAGACCGGCCAGCTTAGCATGTGAGGCACAACAGGCCTGACCATGTCCTCTGTCTTTGTTTAATTTGTCTTCAAAAG
CTTCTGGCTATAATTTTCGCTTTCAAATTTCAAGGTGGCAGTTTATGGAAACGCCATTAATCGATGGCGGATTCAATCGAACTGTGACCAGGGGTTGCTAATCCCGCTCGCGATCGCGAATTCTGTCCTCAATTTGGCCTTTTATTTTTGGTATGAATCGCTGGATTAGGGCTAAAAGAGGCTTCTGTTAGGAAAAAAAT
TCTGTAAAGAGATTGACTCCAGAGGTCCCCTTCACCCTCTAAAAGGAGAATTACTTTTTCACCATGTCGGATCATCTGGTGTTGTATGTTGACCGTCTGATAACGCCTTCGACCTTCGACACCCATGTCGAAATTGGGTCTCCTTCGGCGTCTGCGAAAAGCGAGGCTTCGAGCTTGAAAGAAGAAGAACTGCCCCTGAT
TTCAGATGGGCTTCCTTCTCAATCTACGTTTGATCGATCTGGATGTGACGATGGTGGTTCTGCGTTTAAATTGGGCGAATGCCGCATCTGCCAAGAGGAAGACGAGGAGAATAACATGGAAAGCCCCTGTGCCTGCAGTGGAAGTTTGAAGTTTGCACATCGGAAATGCGTACAGCGATGGTGCAACGAGAAGGGAAGTA
TTATCTGTGAGATATGCCATCAGCCATATAGTCCTGGTTACACGGCCCCTCCTCAGCCAGCCCAGTCTGATGACATTCCCATTGATTTGAGCGGAAGTTGGGGTGTCCCTGGAGCACAATTAGACCTGCATGATCCTCGCTTGTTAGCAATGGCTGCTGCAGAGCGTCATTTTTTGGAAGCAGAGTATGATGAATATGCA
GCAGCTAATGCAAGTGGTGCTGCATTCTGCCGTTCAGCGGCATTGATTCTAATGGCACTTCTACTTCTACGACATGCTCTTGTTATAAACAATCCCGAAGGAGACGAAGATTCTTCAACATATTTGTCTCTTTTTTTTCTGAGAGCTGCTGGATTTCTCTTGCCGTGTTACATCATGGCATGGGCAGTAAGTATTTTGCA
GCGCCGCAGGCAGAGACAGGAGGCAACTATGGCAGCTACTGAAGTTGCACTTCTTCTGCGAGCAGGACAAGGTCGAGGAATGCATTATGCAGTAACTCCTGTTTCTTCGTCTCATCAGGAGTTGCCTTAACATTTACAGGTGTACAAGTCAGCAGCAGCCAATTTGTTTGATAATCATAATTGCTTTTTGAAAGAATGCT
AATAGACTAAAGACTAACAAATCAGCTATACTTAAGGTTGCAGTAGGTACAGTGAATTTTGAACTTGAGGAATTACTTTGAAAAGAACTTGTCGATTAAGGCCTACCATTGGAAAATCAAGTTCATTTGTTCGTAGTCTAGTTGTGATTTAACATTGGCTACCTGACAGTTGTGTCAAAGAGGATGGTAGAGAATTATTA
GGTACCGAGGAATGACTCTATGCTTATGCTTGCTATGGTATATTATTATTAATCGATGAGAACTGAGAAGGTATCATCCGAAAGTAGTAAAGATAGTTGGCGGTCCTGCGTAAATATGTTTTTAAGAAATTGGTTGCTACTTAGTTTCATTGTATTTCAAGTTTACTTAATACCGGTCTTTGATAAATATAGGAAAGTAA
GCTGAGCCTT
>TRINITY_DN47025_c3_g1_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:CTGGAAATTTGCTAATTTGTAAGATTCGCCAAGGTTTCTACACTTTAAGAAAATTATGGATCCTTAAAATTTTCCTTGAAGCCTTTATATAGTCTGGTTAACATTGCTGCTTGATTGACTGTATCTGTAACTTTTGCATTATCACTCCTGGCAGCTAATGGCACTTCTACTTCTACGACATGCTCTTGTTATAAACAATC
CCGAAGGAGACGAAGATTCTTCAACATATTTGTCTgtaagtgctgctttatgaatgctgtgttttctattcttaaatagtgttacatctattggaaatttaggtcacttgttcattcctcagaaaattttggaaggcataaaacagtattaattaataatgtatataatttttttttgttggtcttggaatatattttct
ggagaacccgtcgggcacttcccttcattttgaggatggtacccagggtaaactggtttctgtagaagcttgaggttttgtcaacaatatattcaaaatgagctcaacatgtcacttgcagaaattgaacctgagtggggaggataactctcctcttaaccactcggctagacccaattaagaattaatgatgtgtatta
tgaactgttgtttgttgttttaaatttgcttccccttttccagtacattgttattaagtactgaatcctatattcaacagCTTTTTTTTCTGAGAGCTGCTGGATTTCTCTTGCCGTGTTACATCATGGCATGGGCAGTAAGTATTTTGCAGCGCCGCAGGCAGAGACAGGTATCTTCCAATATCCATATTCTAAATTGG
GATTCTGTGCACATTAAATGGCTTCACGGTATTTTGTAGTATTGAATGCATGGTCAATGTTAATATAGTTCCCAAAGTAGTTTCTTGATTTTATTAAAATGGGAACATCGCAAGATTTAATTATCAGGTAGACATGAAAATGATATGAATGAAACTGTGTTAATGACAAATGTCCATAGTCATCTCATAGAATGATTATA
GATGTTGCTTTCTAACTATTCGGGTAAACAGCTCTCATACTCGTTTGCCTCACCGCAGGAGGCAACTATGGCAGCTACTGAAGTTGCACTTCTTCTGCGAGCAGGACAAGGTCGAGGAATGCATTATGCAGTAACTCCTGTTTCTTCGTCTCATCAGGAGTTGCCTTAACATTTACAGGTGTACAAGTCAGCAGCAGCCA
ATTTGTTTGATAATCATAATTGCTTTTTGAAAGAATGCTAATAGACTAAAGACTAACAAATCAGCTATACTTAAGGTTGCAGTAGGTACAGTGAATTTTGAACTTGAGGAATTACTTTGAAAAGAACTTGTCGATTAAGGCCTACCATTGGAAAATCAAGTTCATTTGTTCGTAGTCTAGTTGTGATTTAACATTGGCTA
CCTGACAGTTGTGTCAAAGAGGATGGTAGAGAATTATTAGGTACCGAGGAATGACTCTATGCTTATGCTTGCTATGGTATATTATTATTAATCGATGAGAACTGAGAAGGTATCATCCGAAAGTAGTAAAGATAGTTGGCGGTCCTGCGTAAATATGTTTTTAAGAAATTGGTTGCTACTTAGTTTCATTGTATTTCAAG
TTTACTTAATACCGGTCTTTGATAAATATAGGAAAGTAAGCTGAGCCTT
Intron 4 GTATTGTATT ... TTTGTTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.23 | 157 | 1.8 | 35 |
| A2 | 15.83 | 101 | 0.8 | 19 |
| A3 | 17.65 | 126 | 0 | 27 |
| A4 | 21.93 | 89 | 0.8 | 25 |
| A5 | 15.28 | 61 | 0.8 | 11 |
| A6 | 12.31 | 527 | 0 | 74 |
| A7 | 13.09 | 484.8 | 6.9 | 73 |
| A8 | 19.12 | 406 | 3.8 | 96 |
| A9 | 13.61 | 433 | 5.1 | 68.2 |
| A10 | 14.08 | 366 | 13.3 | 60 |
>TRINITY_DN120043_c3_g2_i1 from sample A1 / Example spliced isoformGGAAATTCGAATCTACAGCCGTCTAGTCCCGAAGCGCCTCACACACGACGACGACCCGAGGTTCGGTGCCAGACCGGCCAGCTTAGCATGTGAGGCACAACAGGCCTGACCATGTCCTCTGTCTTTGTTTAATTTGTCTTAAAAGGCTTCTGGCTATAATTTTCGCTTTCAAATTCCAAGGTGGCAGTTTATGGAAACGC
CATTAATCGATGGCGGATTCAATCGAACTGTGACCAGGGGTTGCTAATCCCGCTCGCGATCGCGAATTCTGTCCTCAATTTGGCCTTTTATTTTTGGTATGAATCGCTGGATTAGGGCTAAAAGAGGCTTCTGTTAGGAAAAAAATTCTGTAAAGAGATTGACTCCAGAGGTCCCCTTCACCCTCTAAAAGGAGAATTAC
TTTTTCACCATGTCGGATCATCTGGTGTTGTATGTTGACCGTCTGATAACGCCTTCGACCTTCGACACCCATGTCGAAATTGGGTCTCCTTCGGCGTCTGCGAAAAGCGAGGCTTCGAGCTTGAAAGAAGAAGAACTGCCCCTGATTTCAGATGGGCTTCCTTCTCAATCTACGTTTGATCGATCTGGATGTGACGATGG
TGGTTCTGCGTTTAAATTGGGCGAATGCCGCATCTGCCAAGAGGAAGACGAGGAGAATAACATGGAAAGCCCCTGTGCCTGCAGTGGAAGTTTGAAGTTTGCACATCGGAAATGCGTACAGCGATGGTGCAACGAGAAGGGAAGTATTATCTGTGAGATATGCCATCAGCCATATAGTCCTGGTTACACGGCCCCTCCTC
AGCCAGCTCAGTCTGATGACATTCCCATTGATTTGAGCGGAAGTTGGGGTGTCCCTGGAGCACAATTAGACCTGCATGATCCTCGCTTGTTAGCAATGGCTGCTGCAGAGCGTCATTTTTTGGAAGCAGAGTATGATGAATATGCAGCAGCTAATGCAAGTGGTGCTGCATTCTGCCGTTCAGCGGCATTGATTCTAATG
GCACTTCTACTTCTACGACATGCTCTTGTTATAAACAATCCCGAAGGAGACGAAGATTCTTCAACATATTTGTCTCTTTTTTTTCTGAGAGCTGCTGGATTTCTCTTGCCGTGTTACATCATGGCATGGGCAGTAAGTATTTTGCAGCGCCGCAGGCAGAGACAGGAGGCAACTATGGCAGCTACTGAAGTTGCACTTCT
TCTGCGAGCAGGACAAGGTCGAGGAATGCATTATGCAGTAACTCCTGTTTCTTCGTCTCATCAGGAGTTGCCTTAACATTTACAGGTGTACAAGTCAGCAGCAGCCAATTTGTTTGATAATCATAATTGCTTTTTGAAAGAATGCTAATAGACTAAAGACTAACAAATCAGCTATACTTAAGGTTGCAGTAGGTACAGTG
AATTTTGAACTTGAGGAATTACTTTGAAAAGAACTTGTCGATTAAGGCCTACCATTGGAAAATCAAGTTCATTTGTTCGTAGTCTAGTTGTGATTTAACATTGGCTACCTGACAGTTGTGTCAAAGAGGATGGTAGAGAATTATTAGGTACCGAGGAATGACTCTATGCTTATGCTTGCTATGGTATATTATTATTAATC
GATGAGAACTGAGAAGGTATCATCCGAAAGTAGTAAAGATAGTTGGCGGTCCTGCGTAAATATGTTTTTAAGAAATTGGTTGCTACTTAA
>TRINITY_DN120043_c3_g2_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:GATGACATTCCCATTGATTTGAGgtattgtatttccccaaggaaataattgaagtcaagatatccgaagatacaaaatacagtgagaggtgtcagaagttattaagcacatgatttcagttttcgaaaattatccagtacccattcgatgtctttataaataattttttaattaccgcaaaagaattgtaccaaatgtca
aataccattttagtaaagctacaaaactagattagcatattttgcctgggttcagtggacttttaggatatttgtgttaataaacatttggatcttatacacaagaataatttctcacatatgtggaatcataaatggtggattcttagattgtacatttgtcccactaatatctgcttggaattttgttgtagCGGAAG
TTGGGGTGTCCCTGGAGCACAATTAGACCTGCATGATCCTCGCTTGTTAGCAATGGCTGCTGCAGAGCGTCATTTTTTGGAAGCAGAGTATGATGAATATGCAGCAGCTAATGCAAGTGGTGCTGCATTCTGCCGTTCAGCGGCATTGATTCTAATGGCACTTCTACTTCTACGACATGCTCTTGTTATAAACAATCCCG
AAGGAGACGAAGATTCTTCAACATATTTGTCTCTTTTTTTTCTGAGAGCTGCTGGATTTCTCTTGCCGTGTTACATCATGGCATGGGCAGTAAGTATTTTGCAGCGCCGCAGGCAGAGACAGGAGGCAACTATGGCAGCTACTGAAGTTGCACTTCTTCTGCGAGCAGGACAAGGTCGAGGAATGCATTATGCAGTAACT
CCTGTTTCTTCGTCTCATCAGGAGTTGCCTTAACATTTACAGGTGTACAAGTCAGCAGCAGCCAATTTGTTTGATAATCATAATTGCTTTTTGAAAGAATGCTAATAGACTAAAGACTAACAAATCAGCTATACTTAAGGTTGCAGTAGGTACAGTGAATTTTGAACTTGAGGAATTACTTTGAAAAGAACTTGTCGATT
AAGGCCTACCATTGGAAAATCAAGTTCATTTGTTCGTAGTCTAGTTGTGATTTAACATTGGCTACCTGACAGTTGTGTCAAAGAGGATGGTAGAGAATTATTAGGTACCGAGGAATGACTCTATGCTTATGCTTGCTATGGTATATTATTATTAATCGATGAGAACTGAGAAGGTATCATCCGAAAGTAGTAAAGATAGT
TGGCGGTCCTGCGTAAATATGTTTTTAAGAAATTGGTTGCTACTTAA
Intron 5 GTATCTTCCA ... CTCACCGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 32.34 | 106.8 | 9.4 | 51 |
| A2 | 31.13 | 82.2 | 5.5 | 37 |
| A3 | 31 | 78 | 6.4 | 35 |
| A4 | 21.11 | 60.3 | 8 | 16 |
| A5 | 26.96 | 29.8 | 2.8 | 11 |
| A6 | 25.06 | 494.1 | 33.2 | 165 |
| A7 | 26.62 | 392 | 29.6 | 142 |
| A8 | 25.12 | 510.4 | 33.5 | 171 |
| A9 | 23.95 | 394.3 | 32.5 | 124 |
| A10 | 25.58 | 306.4 | 26.2 | 105 |
>TRINITY_DN120043_c3_g2_i5 from sample A1 / Example spliced isoformGATGACATTCCCATTGATTTGAGGTATTGTATTTCCCCAAGGAAATAATTGAAGTCAAGATATCCGAAGATACAAAATACAGTGAGAGGTGTCAGAAGTTATTAAGCACATGATTTCAGTTTTCGAAAATTATCCAGTACCCATTCGATGTCTTTATAAATAATTTTTTAATTACCGCAAAAGAATTGTACCAAATGTCA
AATACCATTTTAGTAAAGCTACAAAACTAGATTAGCATATTTTGCCTGGGTTCAGTGGACTTTTAGGATATTTGTGTTAATAAACATTTGGATCTTATACACAAGAATAATTTCTCACATATGTGGAATCATAAATGGTGGATTCTTAGATTGTACATTTGTCCCACTAATATCTGCTTGGAATTTTGTTGTAGCGGAAG
TTGGGGTGTCCCTGGAGCACAATTAGACCTGCATGATCCTCGCTTGTTAGCAATGGCTGCTGCAGAGCGTCATTTTTTGGAAGCAGAGTATGATGAATATGCAGCAGCTAATGCAAGTGGTGCTGCATTCTGCCGTTCAGCGGCATTGATTCTAATGGCACTTCTACTTCTACGACATGCTCTTGTTATAAACAATCCCG
AAGGAGACGAAGATTCTTCAACATATTTGTCTCTTTTTTTTCTGAGAGCTGCTGGATTTCTCTTGCCGTGTTACATCATGGCATGGGCAGTAAGTATTTTGCAGCGCCGCAGGCAGAGACAGGAGGCAACTATGGCAGCTACTGAAGTTGCACTTCTTCTGCGAGCAGGACAAGGTCGAGGAATGCATTATGCAGTAACT
CCTGTTTCTTCGTCTCATCAGGAGTTGCCTTAACATTTACAGGTGTACAAGTCAGCAGCAGCCAATTTGTTTGATAATCATAATTGCTTTTTGAAAGAATGCTAATAGACTAAAGACTAACAAATCAGCTATACTTAAGGTTGCAGTAGGTACAGTGAATTTTGAACTTGAGGAATTACTTTGAAAAGAACTTGTCGATT
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TGGCGGTCCTGCGTAAATATGTTTTTAAGAAATTGGTTGCTACTTAA
>TRINITY_DN120043_c3_g2_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:GGAAATTCGAATCTACAGCCGTCTAGTCCCGAAGCGCCTCACACACGACGACGACCCGAGGTTCGGTGCCAGACCGGCCAGCTTAGCATGTGAGGCACAACAGGCCTGACCATGTCCTCTGTCTTTGTTTAATTTGTCTTAAAAGGCTTCTGGCTATAATTTTCGCTTTCAAATTCCAAGGTGGCAGTTTATGGAAACGC
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