sp|Q9SP55|VATG_CITLI ----> V-type proton ATPase subunit G

Intron 1 GTAAGTAATT ... TCCGGACCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	64.71	12	4	22
A2	57.14	9	3	12
A3	68.57	11	1	24
A4	56.1	18	0	23
A5	53.33	7	0	8
A6	58.97	32	5	46
A7	53.93	41	4	48
A8	50	39	8	39
A9	57.02	52	4	69
A10	57.01	46	4	61

>TRINITY_DN38950_c0_g1_i6 from sample A9 / Example spliced isoform

ATGACAATACGATATCATAAGCCTTCCAAGAATACATGGCAAAGTCATTGAGCACCACGACAACGATGCTTCTCATATGCCTTTCAAGCCGAGTCAAACACCGAAAGTTGCACAATTTTAACTCGACACTTTGCTCAAGGCTCAAGCCATGCTCATGGCACAAGGCTTAAACCTGATCAAGTTATAAGGTGTTGTTGCAG
ATTCTGCGACTGCATCCTGGTCACATTTGTTTGGTTTAAGTGGACGTTGAGTATACATTGATTCACTAAGTTGATGCCAGGATTGACTGGCTTTTTTGGACCCCCCACCTCAACGTGGGTAGCTGTCAAACTTGGGCAACACTTACATTGTTCCAGTGCTCTTTGCCTGCTGGGGTTTGAACTTAGGTGGTTTGCATAGT
GTTGCCCTGTCTCAGCCACTAGACCACAGCTTGATGGACATATGATGATAGGAATGACTACTTGAGAGACACATTGAATTTCCAGGATTTTGTTTGATTGATATATAAGCACTGTATAGTTAGACTGTCATGGATTCAAACAAGGGACAGGGTGGAATTCAGTTGTTACTGGCTGCAGAGCAGGAGGCTCAACACATTGT
TGCTTCTGCTAGAACTGCAAAAATGGCTAGATTGAAACAAGCAAAAGATGAAGCTGAGAGGGAAATTGCTTCTTATCGGGCACAGAGGGAAGCTGAATTTCGGAAGAAGGTTGCAGAG

>TRINITY_DN38950_c0_g1_i5 from sample A9 / Example unspliced isoform:

ATGACAATACGATATCATAAGCCTTCCAAGAATACATGGCAAAGTCATTGAGCACCACGACAACGATGCTTCTCATATGCCTTTCAAGCCGAGTCAAACACCGAAAGTTGCACAATTTTAACTCgtaagtaattagaagggtgatgcaaaagatctagactagtttttttctttactacatgcttaatgatggatccagt
gaaatcatgagatccaatacaatgtttcaacatagataaatataagccgtccgatccaacaaagtagcctgaattttagtcaccgtagaacctatacattctctgggctgcggggaattacgattgccacttggtgttgagcaaacctatccggaccagGACACTTTGCTCAAGGCTCAAGCCATGCTCATGGCACAAGG
CTTAAACCTGATCAAGTTATAAGGTGTTGTTGCAGATTCTGCGACTGCATCCTGGTCACATTCTCCTATTTACTTGTTTGGTTTAAGTGGACGTTGAGTATACATTGATTCACTAAGTTGATGCCAGGATTGACTAGCTTTTTTGGGAGAGACACATTGAATTTCCAGGATTTTGTTTGATTGATATATAAGCACTGTAT
AGTTAGACTGTCATGGATTCAAACAAGGGACAGGGTGGAATTCAGTTGTTACTGGCTGCAGAGCAGGAGGCTCAACACATTGTTGCTTCTGCTAGAACTGCAAAAATGGCTAGATTGAAACAAGCAAAAGATGAAGCTGAGAGGGAAATTGCTTCTTATCGGGCACAGAGGGAAGCTGAATTTCGGAAGAAGGTTGCAGA
GACCAGTGGTGATTCTGGATCTAATGTTAAGCGACTTGAGGAAGAAACAATAGCAAAGATTGAGCACTTGCAAAACGAGGCATCTGAAATTTCTCCTGAAGTGGTTGCCATGCTTATGAAATATGTTACAACTGTGAGGAACTAATGCCGTTGTGGAATCGCTAGTGCTGACAATTGTGGCCCGCAGTCTTGTTATGCAA
ATTTTCGTATCTAGAGTGGTTATTCTTTTAGGCCGAATTGGTATCTTTTGTCTGATTGGCATTCTTTCAGAAGAATGCAATGGGGAAAAGATTATCGATGGTATTTTATGTCTATGAAATAAGCAGACAAAATGAGATCAACTCTGTGTACTGTGTACCTGCAGTCCAGGATACAGAATCAATTTCCTTCTATTTTGAAT
TTATTAATTTCTGGACTGAAAATGTTGTTTACTATTTGTATTCCAGTTTGAATAGAGTTATTGGAGGAGACTGATTTAAATGATTAGTGTCAAATAAATAGAATGGTTAAATTCTATGAATGTGGCTTTTCAGGTTTGGATATAGAATTTTGAGTTGTTTTAGATGCTGTAAGCCTGTATACCAGTGTGAATAGAGCTAT
TGGAGGAGACCTGATTGAAATGATTAGTGTCAAATAAAAAAACGTTGTTGTGTTTTCTGTCTATACAAGGGAGCAGTGAAAAACTTGAGTGTTGTGAACCTTGTATTTTTTTCAAATTTGTATCATTAAATGGAATTTATAGACCCA

Intron 2 GTGGTGAACT ... GAACAAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.24	205	39.8	31.3
A2	16.37	299.7	58.7	42.5
A3	12.92	333.7	49.5	45.6
A4	22.07	261.3	74	29
A5	16.46	127.7	25.2	13.7
A6	9.85	1710.3	186.8	256.3
A7	9.85	2171.7	237.3	342.9
A8	10.22	1788.7	203.5	287.5
A9	11.09	2253.3	281	354.4
A10	9.96	1743.7	192.8	260.4

>TRINITY_DN43325_c0_g1_i7 from sample A6 / Example spliced isoform

GAGCAAACCTATCCGGACCAGATTCTGCGACTGCATCCTGGTCACATTTGTTTGGTTTAAGTGGACGTTGAGTATACATTGATTCACTAAGTTGATGCCAGGATTGACTGGCTTTTTTGGACCCCCCACCTCAACGTGGGTAGCTGTCAAACTTGGGCAACACTTACATTGTTCCAGTGCTCTTTGCCTGCTGGGGTTTG
AACTTAGGTGGTTTGCATAGTGTTGCCCTGTCTCAGCCACTAGACCACAGCTTGATGGACATATGATGATAGGAATGACTACTTGAGAGACACATTGAATTTCCAGGATTTTGTTTGATTGATATATAAGCACTGTATAGTTAGACTGTCATGGATTCAAACAAGGGACAGGGTGGAATTCAGTTGTTACTGGCTGCAGA
GCAGGAGGCTCAACACATTGTTGCTTCTGCTAGAACTGCAAAAATGGCTAGATTGAAACAAGCAAAAGATGAAGCTGAGAGGGAAATTGCTTCTTATCGGGCACAGAGGGAAGCTGAATTTCGGAAGAAGGTTGCAGAGACCAGTGGTGATTCTGGATCTAATGTTAAGCGACTTGAGGAAGAAACAATAGCAAAGATTG
AGCACTTGCAAAACGAGGCATCTGAAGTTTCTCCTGAAGTGGTTGCCATGCTTATGAAATATGTTACAACTGTGAGGAACTAATGCCGTTGTGGAATCGCTAGTGCTGACAATTGTGGCCCGCAGTCTTGTTATGCAAATTTTCGTATCTAGAGTGGTTATTCTTTTAGGCCGAATTGGTATCTTTTGTCTGATTGGCAT
TCTTTCAGAAGAATGCAATGGGGAAAAGATTATCGATGGTATTTTATGTCTATGAAATAAGCAGACAAAATGAGATCGACTGTGTGTACTGTGTACCTGCAGTCCCGGATACAGAATCAATTTCCTTCTATTTTGAATTTATTAATTTCTGGACTGAAAATGTTGTTTACTATTTGTATTCCAGTTTGAATAGAGTTATT
GGAGGAGACTGATTTAAATGATTAGTGTCAAATAAATAGAATGGTTAAATTCTATGAATGTGGCTTTTCAGGTTTGGATATAGAATTTTGAGTTGTTTTAGATGCTGTAAGCCTGTATACCAGTGTGAATAGAGCTATTGGAGGAGACTGATTGAAATGATTAGTGTCAAATAAAAAAACGTTGTTGTGTTTTCTGTCTA

>TRINITY_DN43325_c0_g1_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:

ACAATTTTAACTCGTAAGTAATTAGAAGGGTGATACAAAAGATCTAGACTAGTTTTTTCTTTACTACATGCCTAATGATGGATCCAGTGAAATCATGAGATCCAATACAATGTCTCAACATAGATAAATATAAGCCGTCCGATCCAACAAAGTAGCCTGAATTTTAGTCACCGTAGAACCTATACATTCTCTGGCCTGCG
GGGAATTACGATTGCCACTTGGTGTTGAGCAAACCTATCCGGACCAGGACACTTTGCTCAAGGCTCAAGCCATGCTCATGGCACAAGGCTTAAACCTGATCAAGTTATAAGGTGTTGTTGCAGATTCTGCGACTGCATCCTGGTCACATTTGTTTGGTTTAAGTGGACGTTGAGTATACATTGATTCACTAAGTTGATGC
CAGGATTGACTGGCTTTTTTGGACCCCCCACCTCAACGTGGGTAGCTGTCAAACTTGGGCAACACTTACATTGTTCCAGTGCTCTTTGCCTGCTGGGGTTTGAACTTAGGTGGTTTGCATAGTGTTGCCCTGTCTCAGCCACTAGACCACAGCTTGATGGACATATGATGATAGGAATGACTACTTGAGAGACACATTGA
ATTTCCAGGATTTTGTTTGATTGATATATAAGCACTGTATAGTTAGACTGTCATGGATTCAAACAAGGGACAGGGTGGAATTCAGTTGTTACTGGCTGCAGAGCAGGAGGCTCAACACATTGTTGCTTCTGCTAGAACTGCAAAAATGGCTAGATTGAAACAAGCAAAAGATGAAGCTGAGAGGGAAATTGCTTCTTATC
GGGCACAGAGGGAAGCTGAATTTCGGAAGAAGGTTGCAGAGgtggtgaacttattcccagattgattgtgcttatttttcgtaagttattataacaattttgttattgtaaatattgactttgttgtgctgatcaaagtctcattgggttcaactttgaacaaacagACCAGTGGTGATTCTGGATCTAATGTTAAGCGA
CTTGAGGAAGAAACAATAGCAAAGATTGAGCACTTGCAAAACGAGGCATCTGAAGTTTCTCCTGAAGTGGTTGCCATGCTTATGAAATATGTTACAACTGTGAGGAACTAATGCCGTTGTGGAATCGCTAGTGCTGACAATTGTGGCCCGCAGTCTTGTTATGCAAATTTTCGTATCTAGAGTGGTTATTCTTTTAGGCC
GAATTGGTATCTTTTGTCTGATTGGCATTCTTTCAGAAGAATGCAATGGGGAAAAGATTATCGATGGTATTTTATGTCTATGAAATAAGCAGACAAAATGAGATCGACTGTGTGTACTGTGTACCTGCAGTCCCGGATACAGAATCAATTTCCTTCTATTTTGAATTTATTAATTTCTGGACTGAAAATGTTGTTTACTA
TTTGTATTCCAGTTTGAATAGAGTTATTGGAGGAGACTGATTTAAATGATTAGTGTCAAATAAATAGAATGGTTAAATTCTATGAATGTGGCTTTTCAGGTTTGGATATAGAATTTTGAGTTGTTTTAGATGCTGTAAGCCTGTATACCAGTGTGAATAGAGCTATTGGAGGAGACTGATTGAAATGATTAGTGTCAAAT
AAAAAAACGTTGTTGTGTTTTCTGTCTA

Intron 3 GTAAGTAATT ... TTTGGGTAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	54.04	74	5	87
A2	51.61	135	3	144
A3	51.13	152	1	159
A4	53.66	95	0	110
A5	52.15	100	0	109
A6	51.58	584	5	622
A7	51.67	794	4	849
A8	50.72	510	8	525
A9	51.44	878	5	930
A10	51.33	802	4	846

>TRINITY_DN44666_c0_g1_i8 from sample A8 / Example spliced isoform

AAAGAAATGGTCAGCAACTCCACGATATCATAAGCCCTCAATACATGGCAAAGCCATTGAGCACCATGACAATACGATATCATAAGCCTTCCAAGAATACATGGCAAAGTCATTGAGCACCACGACAACGATGCTTCTCATATGCCTTTCAAGCCGAGTCAAACACCGAAAGTTGCTCAATTTTAACTCGAGAGACACAT
TGAATTTCCAGGATTTTGTTTGATTGATATATAAGCACTGTATAGTTAGACTGTCATGGATTCAAACAAGGGACAGGGTGGAATTCAGTTGTTACTGGCTGCAGAGCAGGAGGCTCAACACATTGTTGCTTCTGCTAGAACTGCAAAAATGGCTAGATTGAAACAAGCAAAAGATGAAGCTGAGAGGGAAATTGCTTCTT
ATCGGGCACAGAGGGAAGCTGAATTTCGGAAGAAGGTTGCAGAGACCAGTGGTGATTCTGGATCTAATGTTAAGCGACTTGAGGAAGAAACAATAGCAAAGATTGAGCACTTGCAAAACGAGGCATCTGAAATTTCTCCTGAAGTGGTTGCCATGCTTATGAAATATGTTACAACTGTGAGGAACTAATGCCGTTGTGGA
ATCGCTAGTGCTGACAATTGTGGCCCGCAGTCTTGTTATGCAAATTTTCGTATCTAGAGTGGTTATTCTTTTAGGCCGAATTGGTATCTTTTGTCTGATTGGCATTCTTTCAGAAGAATGCAATGGGGAAAAGATTATCGATGGTATTTTATGTCTATGAAATAAGCAGACAAAATGAGATCGACTGTGTGTACTGTGTA
CCTGCAGTCCCGGATACAGAATCAATTTCCTTCTATTTTGAATTTATTAATTTCTGGACTGAAAATGTTGTTTACTATTTGTATTCCAGTTTGAATAGAGTTATTGGAGGAGACTGATTTAAATGATTAGTGTCAAATAAATAGAATGGTTAAATTCTATGAATGTGGCTTTTCAGGTTTGGATATAGAATTTTGAGTTG
TTTTAGATGCTGTAAGCCTGTATACCAGTGTGAATAGAGCTATTGGAGGAGACTGATTGAAATGATTAGTGTCAAATAAAAAAACGTTGTTGTGTTTTCTGTCTATACAAGGGAGCAGTGAAAAACTTGAGTGTTGTGAACCTTGTATTTTTTTCAAATTTGTATCATTAAATGGAATTTATAGACCCAATGTTGAAGGG
AG

>TRINITY_DN44666_c0_g1_i13 from sample A8 / Example unspliced isoform:

AAAGAAATGGTCAGCAACTCCACGATATCATAAGCCCTCAATACATGGCAAAGCCATTGAGCACCATGACAATACGATATCATAAGCCTTCCAAGAATACATGGCAAAGTCATTGAGCACCACGACAACGATGCTTCTCATATGCCTTTCAAGCCGAGTCAAACACCGAAAGTTGCTCAATTTTAACTCgtaagtaatta
gaagggtgatgcaaaagatctagactagttttttctttactacatgcctaatgatggatccagtgaaatcatgagatccaatacaatgtctcaacatagataaatataagccgtccgatccaacaaagtagcctgaattttagtcaccgtagaacctatacattctctggcctgcggggaattacgattgccacttggtg
ttgagcaaacctatccggaccaggacactttgctcaaggctcaagccatgctcatggcacaaggcttaaacctgatcaagttataaggtgttgttgcagattctgcgactgcatcctggtcacattctcctatttacttgtttggtttaagtggacgttgagtatacattgattcactaagttgatgccaggattgacta
gcttttttgggtaagGAGAGACACATTGAATTTCCAGGATTTTGTTTGATTGATATATAAGCACTGTATAGTTAGACTGTCATGGATTCAAACAAGGGACAGGGTGGAATTCAGTTGTTACTGGCTGCAGAGCAGGAGGCTCAACACATTGTTGCTTCTGCTAGAACTGCAAAAATGGCTAGATTGAAACAAGCAAAAGA
TGAAGCTGAGAGGGAAATTGCTTCTTATCGGGCACAGAGGGAAGCTGAATTTCGGAAGAAGGTTGCAGAGGTGGTGAACTTATTCCCAGATTGATTGTGCTTATTTTTCACCAGTGGTGATTCTGGATCTAATGTTAAGCGACTTGAGGAAGAAACAATAGCAAAGATTGAGCACTTGCAAAACGAGGCATCTGAAATTT
CTCCTGAAGTGGTTGCCATGCTTATGAAATATGTTACAACTGTGAGGAACTAATGCCGTTGTGGAATCGCTAGTGCTGACAATTGTGGCCCGCAGTCTTGTTATGCAAATTTTCGTATCTAGAGTGGTTATTCTTTTAGGCCGAATTGGTATCTTTTGTCTGATTGGCATTCTTTCAGAAGAATGCAATGGGGAAAAGAT
TATCGATGGTATTTTATGTCTATGAAATAAGCAGACAAAATGAGATCGACTGTGTGTACTGTGTACCTGCAGTCCCGGATACAGAATCAATTTCCTTCTATTTTGAATTTATTAATTTCTGGACTGAAAATGTTGTTTACTATTTGTATTCCAGTTTGAATAGAGTTATTGGAGGAGACTGATTTAAATGATTAGTGTCA
AATAAATAGAATGGTTAAATTCTATGAATGTGGCTTTTCAGGTTTGGATATAGAATTTTGAGTTGTTTTAGATGCTGTAAGCCTGTATACCAGTGTGAATAGAGCTATTGGAGGAGACTGATTGAAATGATTAGTGTCAAATAAAAAAACGTTGTTGTGTTTTCTGTCTATACAAGGGAGCAGTGAAAAACTTGAGTGTT
GTGAACCTTGTATTTTTTTCAAATTTGTATCATTAAATGGAATTTATAGACCCAATGTTGAAGGGAG

Intron 4 GTAAGGTAGA ... ATTATAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	14.29	12	0	2
A2	9.09	10	0	1
A3	5.88	16	0	1
A4	25	18	0	6
A5	0	1	0	0
A6	12.5	21	2	3
A7	25	36	1	12
A8	16.67	35	0	7
A9	12.7	55	0	8
A10	11.11	40	0	5

>TRINITY_DN46236_c0_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

GAGCAAACCTATCCGGACCAGGACACTTTGCTCAAGGCTCAAGCCATGCTCATGGCACAAGGCTTAAACCTGATCAAGTTATAAGGTGTTGTTGCAGATTCTGCGACTGCATCCTGGTCACATTTGTTTGGTTTAAGTGGACGTTGAGTATACATTGATTCACTAAGTTGATGCCAGGATTGACTGGCTTTTTTGGACCC
CCCACCTCAACGTGGGTAGCTGTCAAACTTGGGCAACACTTACATTGTTCCAGTGCTCTTTGCCTGCTGGGGTTTGAACTTAGGTGGTTTGCATAGTGTTGCCCTGTCTCAGCCACTAGACCACAGCTTGATGGACATATGATGATAGGAATGACTACTTGAGAGACACATTGAATTTCCAGGATTTTGTTTGATTGATA
TATAAGCACTGTATAGTTAGACTGTCATGGATTCAAACAAGGGACAGGGTGGAATTCAGTTGTTACTGGCTGCAGAGCAGGAGGCTCAACACATTGTTGCTTCTGCTAGAACTGCAAAAATGGCTAGATTGAAACAAGCAAAAGATGAAGCTGAGAGGGAAATTGCTTCTTATCGGGCACAGAGGGAAGCTGAATTTCGG
AAGAAGGTTGCAGAGACCAGTGGTGATTCTGGATCTAATGTTAAGCGACTTGAGGAAGAAACAATAGCAAAGATTGAGCACTTGCAAAACGAGGCATCTGAAATTTCTCCTGAAGTGGTTGCCATGCTTATGAAATATGTTACAACTGTGAGGAACTAATGCCGTTGTGGAATCGCTAGTGCTGACAATTGTGGCCCGCA
GTCTTGTTATGCAAATTTTCGTATCTAGAGTGGTTATTCTTTTAGGCCGAATTGGTATCTTTTGTCTGATTGGCATTCTTTCAGAAGAATGCAATGGGGAAAAGATTATCGATGGTATTTTATGTCTATGAAATAAGCAGACAAAATGAGATCGACTGTGTGTACTGTGTACCTGCAGTCCCGGATACAGAATCAATTTC
CTTCTATTTTGAATTTATTAATTTCTGGACTGAAAATGTTGTTTACTATTTGTATTCCAGTTTGAATAGAGTTATTGGAGGAGACTGATTTAAATGATTAGTGTCAAATAAATAGAATGGTTAAATTCTATGAATGTGGCTTTTCAGGTTTGGATATAGAATTTTGAGTTGTTTTAGATGCTGTAAGCCTGTATACCAGT
GTGAATAGAGCTATTGGAGGAGACTGATTGAAATGATTAGTGTCAAATAAAAAAACGTTGTTGTGTTTTCTGTCTATACAAGGGAGCAGTGAAAAACTTGAGTGTTGTGAACCTTGTATTTTTTTCAAATTTGTATCATTAAATGGAATTTAT

>TRINITY_DN46236_c0_g1_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CTCCTATTTACTTGTTTGGTTTAAGTGGACGTTGAGTATACATTGATTCACTAAGTTGATGCCAGGATTGACTGGCTTTTTTGGgtaaggtagactctttttttctcttttttttcttctttttttatctgtgtggactatgaacttcaattctgcattatagcagACCCCCCACCTCAACGTGGGTAGCTGTCAAACTT
GGGCAACACTTACATTGTTCCAGTGCTCTTTGCCTGCTGGGGTTTGAACTTAGGTGGTTTGCATAGTGTTGCCCTGTCTCAGCCACTAGACCACAGCTTGATGGACATATGATGATAGGAATGACTACTTGTAAGAAACCCCTTTATCCTTTACATTGCCACAGTTATTTGTGGTTTTCAATAGTTCTTGTAGAGACATG
TTTATTGTACCAGCAAAGTAAGGTCCGGTCTCTCAATATTGATATAATTTTACATAGAATGATTTGTTT

Intron 5 GTGAGCTGCC ... AATATTTCAG

Found issues: Low number of reads

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	37.93	9	7	4
A2	71.43	1	4	1
A3	71.43	2	7	3
A4	100	0	4	3
A5	62.5	3	6	4
A6	66.67	1	2	2
A7	33.33	2	2	0
A8	60	2	3	3
A9	71.43	2	4	6
A10	100	0	3	3

>TRINITY_DN44666_c0_g1_i4 from sample A8 / Example spliced isoform

GGGAAGGCCTCCGAGAGAGGTTCATTTCCAGAGTTGGATGCCTGATTTTGGAGACTACGAAATGGAGGAGAAGCCGAATCATCTTTTCTTACAATGTGTTATAGAGTGTAAAAATCAGTATACAAATCTCGGAGCTTGTTCATAGTGAACGTTTATTCTTATAGATCCAGAAACGTAAAGCCTCAACAAGGACGGAGTCA
GTACAGAGCTCCTTGCTGAGATAAAAACCTCGGTGTAAATATATTGGTTTAGCTCTGCGAATCCCAAACTAGGGGAACGGGAAAACTTAAATGCTGGATTCTAGCTTTAGAACGTGTTAAACTATTACTGGGTTAGATCCCTGCACTATCTTAAACACCAGCCTCTCCGTGTGAGTTTCAAACTACAGATATTACTTCTT
GGAGCATAAGAAGGAATGCGATTTTCTCTTACTTGGGCTGAATCACTATTTCCTTTTTATTTATATCTTTACTGAATAAT

>TRINITY_DN44666_c0_g1_i11 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GGGAAGGCCTCCGAGAGAGGTTCATTTCCAGAGTTGGATGCCTGATTTTGGAGACTACGAAATGGAGGAGAAGCCGAATCATCTTTTCTTACAATGTGTTATAGAGgtgagctgcctatcggattagcgcaatatttcagTGTAAAAATCAGTATACAAATCTCGGAGCTTGTTCATAGTGAACGTTTATTCTTATAGAT
CCAGAAACGTAAAGCCTCAACAAGGACGGAGTCAGTACAGAGCTCCTTGCTGAGATAAAAACCTCGGTGTAAATATATTGGTTTAGCTCTGCGAATCCCAAACTAGGGGAACGGGAAAACTTAAATGCTGGATTCTAGCTTTAGAACGTGTTAAACTATTACTGGGTTAGATCCCTGCACTATCTTAAACACCAGCCTCT
CCGTGTGAGTTTCAAACTACAGATATTACTTCTTGGAGCATAAGAAGGAATGCGATTTTCTCTTACTTGGGCTGAATCACTATTTCCTTTTTATTTATATCTTTACTGAATAAT

Intron 6 GTAAGTAATT ... TCCGGACCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	52.87	74	5	83
A2	51.44	135	3	143
A3	51.28	152	1	160
A4	52.26	95	0	104
A5	50.98	100	0	104
A6	52.21	584	5	638
A7	51.38	794	4	839
A8	50.39	510	8	518
A9	51.73	878	5	941
A10	51.66	802	4	857

>TRINITY_DN118987_c0_g2_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

ATACATGGCAAAGCCATTGAGCACCATGACAATACGATATCATAAGCCTTCCAAGAATACATGGCAAAGTCATTGAGCACCACGACAACGATGCTTCTCATATGCCTTTCAAGCCGAGTCAAACACCGAAAGTTGCTCAATTTTAACTCGAGAGACACATTGAATTTCCAGGATTTTGTTTGATTGATATATAAGCACTG
TATAGTTAGACTGTCATGGATTCAAACAAGGGACAGGGTGGAATTCAGTTGTTACTGGCTGCAGAGCAGGAGGCTCAACACATTGTTGCTTCTGCTAGAACTGCAAAAATGGCTAGATTGAAACAAGCAAAAGATGAAGCTGAGAGGGAAATTGCTTCTTATCGGGCACAGAGGGAAGCTGAATTTCGGAAGAAGGTTGC
AGAGGTGGTGAACTTATTCCCAGATTGATTGTGCTTATTTTTCACCAGTGGTGATTCTGGATCTAATGTTAAGCGACTTGAGGAAGAAACAATAGCAAAGATTGAGCACTTGCAAAACGAGGCATCTGAAATTTCTCCTGAAGTGGTTGCCATGCTTATGAAATATGTTACAACTGTGAGGAACTAATGCCGTTGTGGAA
TCGCTAGTGCTGACAATTGTGGCCCGCAGTCTTGTTATGCAAATTTTCGTATCTAGAGTGGTTATTCTTTTAGGCCGAATTGGTATCTTTTGTCTGATTGGCATTCTTTCAGAAGAATGCAATGGGGAAAAGATTATCGATGGTATTTTATGTCTATGAAATAAGCAGACAAAATGAGATCGACTGTGTGTACTGTGTAC
CTGCAGTCCCGGATACAGAATCAATTTCCTTCTATTTTGAATTTATTAATTTCTGGACTGAAAATGTTGTTTACTATTTGTATTCCAGTTTGAATAGAGTTATTGGAGGAGACTGATTTAAATGATTAGTGTCAAATAAATAGAATGGTTAAATTCTATGAATGTGGCTTTTCAGGTTTGGATATAGAATTTTGAGTTGT
TTTAGATGCTGTAAGCCTGTATACCAGCGTGAATAGAGCTATTGGAGGAGACCTGATTGAAATGATTAGTGTCAAATAAAAAAACGTTGTGGTGTTTTCTGTCTATACAAGGGAGCAGTGAAAAACTTGAGTGTGTTGTGAACCTCGTATTTTTTTCAAATTTGTATCATTAAATGGAATTTATAGACCCAATGTTGAAG
GGAAATGATGTTTATCCTTTCCATATTTTCCCATGGCATTTGTAGAGGGG

>TRINITY_DN118987_c0_g2_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATACATGGCAAAGCCATTGAGCACCATGACAATACGATATCATAAGCCTTCCAAGAATACATGGCAAAGTCATTGAGCACCACGACAACGATGCTTCTCATATGCCTTTCAAGCCGAGTCAAACACCGAAAGTTGCTCAATTTTAACTCgtaagtaattagaagggtgatgcaaaagatctagactagttttttctttac
tacatgcttaatgatggatccagtgaaatcatgagatccaatacaatgtctcaacatagataaatataagccgtccgatccaacaaagtagcctgaattttagtcaccgtagaacctatacattctctggcctgcggggaattacgattgccacttggtgttgagcaaacctatccggaccagGAGAGACACATTGAATT
TCCAGGATTTTGTTTGATTGATATATAAGCACTGTATAGTTAGACTGTCATGGATTCAAACAAGGGACAGGGTGGAATTCAGTTGTTACTGGCTGCAGAGCAGGAGGCTCAACACATTGTTGCTTCTGCTAGAACTGCAAAAATGGCTAGATTGAAACAAGCAAAAGATGAAGCTGAGAGGGAAATTGCTTCTTATCGGG
CACAGAGGGAAGCTGAATTTCGGAAGAAGGTTGCAGAGACCAGTGGTGATTCTGGATCTAATGTTAAGCGACTTGAGGAAGAAACAATAGCAAAGATTGAGCACTTGCAAAACGAGGCATCTGAAATTTCTCCTGAAGTGGTTGCCATGCTTATGAAATATGTTACAACTGTGAGGAACTAATGCCGTTGTGGAATCGCT
AGTGCTGACAATTGTGGCCCGCAGTCTTGTTATGCAAATTTTCGTATCTAGAGTGGTTATTCTTTTAGGCCGAATTGGTATCTTTTGTCTGATTGGCATTCTTTCAGAAGAATGCAATGGGGAAAAGATTATCGATGGTATTTTATGTCTATGAAATAAGCAGACAAAATGAGATCGACTGTGTGTACTGTGTACCTGCA
GTCCCGGATACAGAATCAATTTCCTTCTATTTTGAATTTATTAATTTCTGGACTGAAAATGTTGTTTACTATTTGTATTCCAGTTTGAATAGAGTTATTGGAGGAGACTGATTTAAATGATTAGTGTCAAATAAATAGAATGGTTAAATTCTATGAATGTGGCTTTTCAGGTTTGGATATAGAATTTTGAGTTGTTTTAG
ATGCTGTAAGCCTGTATACCAGCGTGAATAGAGCTATTGGAGGAGACCTGATTGAAATGATTAGTGTCAAATAAAAAAACGTTGTGGTGTTTTCTGTCTATACAAGGGAGCAGTGAAAAACTTGAGTGTGTTGTGAACCTCGTATTTTTTTCAAATTTGTATCATTAAATGGAATTTATAGACCCAATGTTGAAGGGAAA
TGATGTTTATCCTTTCCATATTTTCCCATGGCATTTGTAGAGGGG

Intron 7 GTAAGTTATT ... GAACAAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	6.31	74.3	5	37.5
A2	2.73	71.5	2	50.3
A3	0	109.3	0	54.3
A4	4.6	62.3	3	35.3
A5	5.37	35.3	2	17
A6	2.89	554.5	16.5	310.8
A7	3.82	653.8	26	412.3
A8	3.43	598.6	21.3	343.8
A9	3.64	766.5	29	427
A10	2.19	582	13	313.3

>TRINITY_DN43325_c0_g1_i9 from sample A6 / Example spliced isoform

GGCAAAGTCATTGAGCACCACGACAACGATGCTTCTCATATGCCTTTCAAGCCGAGTCAAACACCGAAAGTTGCACAATTTTAACTCGTAAGTAATTAGAAGGGTGATACAAAAGATCTAGACTAGTTTTTTCTTTACTACATGCCTAATGATGGATCCAGTGAAATCATGAGATCCAATACAATGTCTCAACATAGATA
AATATAAGCCGTCCGATCCAACAAAGTAGCCTGAATTTTAGTCACCGTAGAACCTATACATTCTCTGGCCTGCGGGGAATTACGATTGCCACTTGGTGTTGAGCAAACCTATCCGGACCAGGAGAGACACATTGAATTTCCAGGATTTTGTTTGATTGATATATAAGCACTGTATAGTTAGACTGTCATGGATTCAAACA
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>TRINITY_DN43325_c0_g1_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:

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