sp|Q69Q02|DPE2_ORYSJ ----> 4-alpha-glucanotransferase DPE2
Intron 1 GTAAGGTCAT ... CCTCTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25 | 30 | 10 | 10 |
| A2 | 10.45 | 30 | 5 | 2 |
| A3 | 22.86 | 27 | 2 | 14 |
| A4 | 20.43 | 37 | 2 | 17 |
| A5 | 26.32 | 14 | 5 | 5 |
| A6 | 21.74 | 9 | 3 | 2 |
| A7 | 22.45 | 19 | 6 | 5 |
| A8 | 18.18 | 9 | 3 | 1 |
| A9 | 19.15 | 19 | 6 | 3 |
| A10 | 21.62 | 29 | 7 | 9 |
>TRINITY_DN123934_c0_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoformGGACTGTGTACTAAATCTGGCTTTGGCAGCAGCTGTAGCCTTCTATCGCTACCAGCCTACCGCTACCTCTACCTACCAATGGCGAGTACAGGATTTGAACCCTTGCCGTTCACCCGCATCCGCAAGGTAACCTTGAGCTTCAGGCTTCCATACTTTACGCAATGGGGCCAGAATTTGATGGTCTGCGGGTCCGATCCCGC
GCTGGGAGCGTGGAAAACAAACCATGGACTGCGAATGACGCATCATCTTCAGGGCGCCGACGTTCTTGTTTGGCATGCAACCCTCACCGTTCCTCACGATTTCTCTTGCGATTACAGTTACTATGTCGTTGACGACCAGCGAAACGTACTCAGGTCGGAATCCGGCAGAGGCCATGCCTTTGCTCTCCCTCAAGGCCTCC
CCGACGGAGCCTCTGTCGAAATTCACGATCTTTGGCAGGATGGTTCGGCCCCAGAATCTCTCCTTTCTAGAAGTGCCTTTCAGAAGGCCATCTTTCACCAAGATGAGAATGAAGAGAACTTTGAGGATACCAAAAGAAATATTGAAGAAGACCATTTTCCTAAAGAGAATTTCAATCAACAAGATTCTGTTGTTGTTCGC
TTCAGAATTTGCTGCCCGCGATTGGAAAGGGGGAAAGCTGCATACTTAACTGGTAGTGCATCGGCATTAGGAAATTGGGAGTTGAAGGAAGCTGTTAAACTCTCCTCTTTTGGAGATGCTTATTGGCAGGTAGATTGCACTATAAGGAGGGATGAGTTTCCAATTAGATATAAGTATGTTCTCAAGGACAAGAGCACGAC
GGTCATTCCTGAAGTTGGTTCTGATAGAGAGCTTAGCTGCGATTCTATTTCAGGGAAGCTGGCTACAATGATTCTTGTATCAGATGGAAGCTTGAGGGAAACACCCTGGCGGGGTGCTGGAGTTGCGATTCCAGTTTTTTCTCTTAGAACACAAGACGACATTGGAGTGGGTGAATTTCTTGACTTGAAGTTACTTGTTG
ACTTATGTGTCAAGTCTGGTCTTCACTTAGTTCAGTTGCTCCCAGTGAATGATACTTCTGTTCATCAGATGTGGTGGGATTCCTACCCATACAGCTCCCTTTCCGTATTTGCGTTGCACCCATTATATTTGAGGGTACAAGCTCTATCACAAAAGATACCTGAAGAAATAAAGCAAGAGATAGAGAAAGCCAGAGAGCAC
CTTAACTTGAAGGATGTAGATTATGAAGCTACCGTGGCTACAAAACTAGCAATTGCTAAAAAGATTTTCTACTTAGAGAAAGATGAAGTGCTTAGTTCAGATGCTTTCCAGAAGTTCTTCCAGGAGAACAAGGGTAATCAGTTCTTGTGGCTGAATTTATTCCTATGCCTGGCTGGAACCGTACGCGGCATTTTGTTTTC
TCCGAGATTTTTTTGAGACATCGGATCATAGTCAATGGGGTCGCTTCTCTGAACTCTCCAAAGCAAAGTTGGAAAAGTTGGTGTCAAAGCAGAGTGAGAGTTACAACACAATTGCATTTCATTTTTATGTTCAATTCCATCTGCATTTGCAGCTTTCAGATGCTGCAGAATATGCTAGAAACAACAAAGTAGTTTTGAAA
GGAGATCTTCCGATTGGAGTGGATCGACACAGTGTGGATACATGGGTTTACCCAAATCTATTCCGGATGAACACATCAACTGGTGCACCACCAGATTATTTTGATAAGAATGGGCAGAACTGGGGCTTTCCTACTTATAACTGGGAGGAAATGTCTAAAGATAATTATGCCTGGTGGCAATCACGACTGGCGCAGATGGG
GAAATATTTCACAGCATACAGAATAGATCATATTCTGGGCTTTTTTAGAATTTGGGAGCTCCCAGAACATGCAGTAACTGGTCTCATGGGAAAATTCCGACCTTCAATTCCTCTTAGTCAGGAAGAGCTTGAAAAGAAGGGTATTTGGGACTTCAATCGTTTGAGTCAACCTTATATCGTGGAAAATATATTGCAGGATA
AGTTTGGAAGTATTTGGATGGATGTGGCTTCAATATATCTCAACAAAAACGAATATCAACGTTATGAGTTTAAGGAAGAGTATGCTACAGAGAAGAAGATCCTTTCTAAATTGAAGGAAAATGAAGAGACTCCAGAAGGGCTGCAGAAAGCAGAAAAGTTGAAGAAGTGCCTGTTTGATCTTCTACATGAGATTGTTCTA
ATCAGGGATCCAGAAGATCCAGGGAAATTCTATCCTCGATTCAGTCTTGAGGAAACTACTAGTTTCAGAGAATTAGATGATCACAGTAAAAGTGTTCTAAAAGAAATGTACTATGATTACTATTTTCATCGGCAAGAGAGCCTTTGGCGACAAAATGCATTGAAGACACTTCCTGTTCTATTAAATTCATCAGACATGTT
GGCATGTGGGGAAGATCTTGGAATGATTCCCGCTTGTGTGCATCCTGTTATGCAAGAGTTGGGTTTAATTGGTCTCCGCATTCAACGGATGCCTAGCGAGTCTGATCTAGAATTTGGTATCCCTGCAAACTATGGTTATATGACGGTGTGTGCCCCATCATGTCATGATTGTTCTACTTTACGTGCTTGGTGGGAAGAGG
ATGAGGGAAGACGCATTCGTTTCTTCAGGAATGCGCTAGGGTACAGTGAAGTACCACCTACTCAGTGCAATCCTAAGGTTTCCCGTGCAATAATCCAGCAGCACATTGAAGCTCCATCAATGTGGACAATTCTTCCACTCCAGGATCTTCTAGCATTAAAGGAAGACTATAGCAAACGCCCAGCAACTGAGGAGACTATC
AATGACCCAACAAATCCTAAACACTATTGGCGCTTTCGTGTACATGTTAGTCTGGAGTTGCTTCTGGCGGATTCTGAATTTCAGAGAATTATTAAAGATATGGTCCAGAGTAGTGGAAGAGCATACCCTCCAGGGGGAAAAGGTGATATTCAAAGTGACGCTGATGGAATCACACACTCAATAGAAAGGGCAACGCTAAT
GGATAATGGACGTGAAAATGGTTGTGCACCCTTGAATTTGACAGAAGCCCAAAAAATATCGTGAAAATTTTGAAAAAAAGGCAGTTGTTGACAACATAAGTGGAAAAGCTTTCTGAATGTAATTATTCAGAAATTTGGTATTCCAGGAACTTATTGCATCAGTAAGATTCATATTCTATGGGCACATATTTATCTTACCT
ACGATATAAGCTCATTAATAATAAATTTGAATTGAAGCAGTTACCTCCCTACAGATCAGAGGAAAGTGGAGGCTAACAGATCGGTTAGGGATAGAGAACCCCAGAGGCCGACAATGGGTTCCCTTAAATTAGGCATCAGACAAAAGCTGCGGGCGATGGAGATAGTTTTTTCCTCTAATAATTAGGAGTTTGAGACCTCC
TAACAGGGAGTTCTATTAAAGACACTATTCCAAATTTATTTATTCTGTTTGGTTGATTTGTTTATTCCAATATAATCTGATTGCGGATGTCTACTGTAAACTTATCTGCTGGATATTGGAACATAGTTATTCTATCACCAATTGCAAATATAAATTCATTGTAAACTTGAGAGCCACCTCTTGTTTAGTCTGTCGACTCA
AGTGATCATCACCAAAAGAATGTGATCATGAATCATGTGGTATCTGTTCCTTTTTATTTGCGTGCATAATATTCCTGTTAGCCTGTTCTTAACTCATTTATTTGTCTCATAAGCTGTTGTTTTCTTCCAAACGGAGGAAAAGGGAGAGGGGGCTCAACTGTTTAATATATGTGTTGC
>TRINITY_DN123934_c0_g1_i13 from sample A1 / Example unspliced isoform:GGACTGTGTACTAAATCTGGCTTTGGCAGCAGCTGTAGCCTTCTATCGCTACCAGCCTACCGCTACCTCTACCTACCAATGGCGAGTACAGGATTTGAACCCTTGCCGTTCACCCGCATCCGCAAGGTAACCTTGAGCTTCAGGCTTCCATACTTTACGCAATGGGGCCAGAATTTGATGGTCTGCGGGTCCGATCCCGC
GCTGGGAGCGTGGAAAACAAACCATGGACTGCGAATGACGCATCATCTTCAGGGCGCCGACGTTCTTGTTTGGCATGCAACCCTCACCGTTCCTCACGATTTCTCTTGCGATTACAGTTACTATGTCGTTGACGACCAGCGAAACGTACTCAGGTCGGAATCCGGCAGAGGCCATGCCTTTGCTCTCCCTCAAGGCCTCC
CCGACGGAGCCTCTGTCGAAATTCACGATCTTTGGCAGGATGGTTCGGCCCCAGAATCTCTCCTTTCTAGAAGTGCCTTTCAGAAGGCCATCTTTCACCAAGATGAGAATGAAGAGAACTTTGAGGATACCAAAAGAAATATTGAAGAAGACCATTTTCCTAAAGAGAATTTCAATCAACAAGATTCTGTTGTTGTTCGC
TTCAGAATTTGCTGCCCGCGATTGGAAAGGGGGAAAGCTGCATACTTAACTGGTAGTGCATCGGCATTAGGAAATTGGGAGTTGAAGGAAGCTGTTAAACTCTCCTCTTTTGGAGATGCTTATTGGCAGGTAGATTGCACTATAAGGAGGGATGAGTTTCCAATTAGATATAAGTATGTTCTCAAGGACAAGAGCACGAC
GGTCATTCCTGAAGTTGGTTCTGATAGAGAGCTTAGCTGCGATTCTATTTCAGGGAAGCTGGCTACAATGATTCTTGTATCAGATGGAAGCTTGAGGgtaaggtcatatgttttataacatcctttgagaaattaacttcaataaatttcaattggagaaaaataatgacaattatataaactgatgctaaacttacaga
aggcgacactttcttttcctcttgcagGAAACACCCTGGCGGGGTGCTGGAGTTGCGATTCCAGTTTTTTCTCTTAGAACACAAGACGACATTGGAGTGGGTGAATTTCTTGACTTGAAGTTACTTGTTGACTTATGTGTCAAGTCTGGTCTTCACTTAGTTCAGTTGCTCCCAGTGAATGATACTTCTGTTCATCAGAT
GTGGTGGGATTCCTACCCATACAGCTCCCTTTCCGTATTTGCGTTGCACCCATTATATTTGAGGGTACAAGCTCTATCACAAAAGATACCTGAAGAAATAAAGCAAGAGATAGAGAAAGCCAGAGAGCACCTTAACTTGAAGGATGTAGATTATGAAGCTACCGTGGCTACAAAACTAGCAATTGCTAAAAAGATTTTCT
ACTTAGAGAAAGATGAAGTGCTTAGTTCAGATGCTTTCCAGAAGTTCTTCCAGGAGAACAAGGCCTGGCTGGAACCGTACGCGGCATTTTGTTTTCTCCGAGATTTTTTTGAGACATCGGATCATAGTCAATGGGGTCGCTTCTCTGAACTCTCCAAAGCAAAGTTGGAAAAGTTGGTGTCAAAGCAGAGTGAGAGTTAC
AACACAATTGCATTTCATTTTTATGTTCAATTCCATCTGCATTTGCAGCTTTCAGATGCTGCAGAATATGCTAGAAACAACAAAGTAGTTTTGAAAGGAGATCTTCCGATTGGAGTGGATCGACACAGTGTGGATACATGGGTTTACCCAAATCTATTCCGGATGAACACATCAACTGGTGCACCACCAGATTATTTTGA
TAAGAATGGGCAGAACTGGGGCTTTCCTACTTATAACTGGGAGGAAATGTCTAAAGATAATTATGCCTGGTGGCAATCACGACTGGCGCAGATGGGGAAATATTTCACAGCATACAGAATAGATCATATTCTGGGCTTTTTTAGAATTTGGGAGCTCCCAGAACATGCAGTAACTGGTCTCATGGGAAAATTCCGACCTT
CAATTCCTCTTAGTCAGGAAGAGCTTGAAAAGAAGGGTATTTGGGACTTCAATCGTTTGAGTCAACCTTATATCGTGGAAAATATATTGCAGGATAAGTTTGGAAGTATTTGGATGGATGTGGCTTCAATATATCTCAACAAAAACGAATATCAACGTTATGAGTTTAAGGAAGAGTATGCTACAGAGAAGAAGATCCTT
TCTAAATTGAAGGAAAATGAAGAGACTCCAGAAGGGCTGCAGAAAGCAGAAAAGTTGAAGAAGTGCCTGTTTGATCTTCTACATGAGATTGTTCTAATCAGGGATCCAGAAGATCCAGGGAAATTCTATCCTCGATTCAGTCTTGAGGAAACTACTAGTTTCAGAGAATTAGATGATCACAGTAAAAGTGTTCTAAAAGA
AATGTACTATGATTACTATTTTCATCGGCAAGAGAGCCTTTGGCGACAAAATGCATTGAAGACACTTCCTGTTCTATTAAATTCATCAGACATGTTGGCATGTGGGGAAGATCTTGGAATGATTCCCGCTTGTGTGCATCCTGTTATGCAAGAGTTGGGTTTAATTGGTCTCCGCATTCAACGGATGCCTAGCGAGTCTG
ATCTAGAATTTGGTATCCCTGCAAACTATGGTTATATGACGGTGTGTGCCCCATCATGTCATGATTGTTCTACTTTACGTGCTTGGTGGGAAGAGGATGAGGGAAGACGCATTCGTTTCTTCAGGAATGCGCTAGGGTACAGTGAAGTACCACCTACTCAGTGCAATCCTAAGGTTTCCCGTGCAATAATCCAGCAGCAC
ATTGAAGCTCCATCAATGTGGACAATTCTTCCACTCCAGGATCTTCTAGCATTAAAGGAAGACTATAGCAAACGCCCAGCAACTGAGGAGACTATCAATGACCCAACAAATCCTAAACACTATTGGCGCTTTCGTGTACATGTTAGTCTGGAGTTGCTTCTGGCGGATTCTGAATTTCAGAGAATTATTAAAGATATGGT
CCAGAGTAGTGGAAGAGCATACCCTCCAGGGGGAAAAGGTGATATTCAAAGTGACGCTGATGGAATCACACACTCAATAGAAAGGGCAACGCTAATGGATAATGGACGTGAAAATGGTTGTGCACCCTTGAATTTGACAGAAGCCCAAAAAATATCGTGAAAATTTTGAAAAAAAGGCAGTTGTTGACAACATAAGTGGA
AAAGCTTTCTGAATGTAATTATTCAGAAATTTGGTATTCCAGGAACTTATTGCATCAGTAAGATTCATATTCTATGGGCACATATTTATCTTACCTACGATATAAGCTCATTAATAATAAATTTGAATTGAAGCAGTTACCTCCCTACAGATCAGAGGAAAGTGGAGGCTAACAGATCGGTTAGGGATAGAGAACCCCAG
AGGCCGACAATGGGTTCCCTTAAATTAGGCATCAGACAAAAGCTGCGGGCGATGGAGATAGTTTTTTCCTCTAATAATTAGGAGTTTGAGACCTCCTAACAGGGAGTTCTATTAAAGACACTATTCCAAATTTATTTATTCTGTTTGGTTGATTTGTTTATTCCAATATAATCTGATTGCGGATGTCTACTGTAAACTTA
TCTGCTGGATATTGGAACATAGTTATTCTATCACCAATTGCAAATATAAATTCATTGTAAACTTGAGAGCCACCTCTTGTTTAGTCTGTCGACTCAAGTGATCATCACCAAAAGAATGTGATCATGAATCATGTGGTATCTGTTCCTTTTTATTTGCGTGCATAATATTCCTGTTAGCCTGTTCTTAACTCATTTATTTG
TCTCATAAGCTGTTGTTTTCTTCCAAACGGAGGAAAAGGGAGAGGGGGCTCAACTGTTTAATATATGTGTTGC
Intron 2 GTTAGTCTAC ... GCTATTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 15.38 | 11 | 0 | 4 |
| A2 | 26.74 | 5 | 1.7 | 2 |
| A3 | 36.84 | 6 | 4 | 3 |
| A4 | 37.5 | 5 | 2 | 4 |
| A5 | 50 | 1 | 1 | 1 |
| A6 | 0 | 2 | 0 | 0 |
| A7 | 15.38 | 11 | 1 | 3 |
| A8 | 18.52 | 11 | 3 | 2 |
| A9 | 20.69 | 23 | 2 | 10 |
| A10 | 20 | 16 | 0 | 8 |
>TRINITY_DN117212_c2_g1_i1 from sample A3 / Example spliced isoformTAGTCAATGGGGTCGCTTCTCTGAACTCTCCAAAGCAAAGTTGGAAAAGTTGGTGTCAAAGCAGAGTGAGAGTTACAACACAATTGCATTTCATTTTTATGTTCAATTCCATCTGCATTTGCAGCTTTCAGATGCTGCAGAATATGCTAGAAACAACAAAGTAGTTTTGAAAGGAGATCTTCCGATTGGAGTGGATCGAC
ACAGTGTGGATACATGGGTTTACCCAAATCTATTCCGGATGAACACGTCAACTGGTGCACCACCAGACTATTTTGATAAGAATGGGCAGAACTGGGGCTTTCCTACTTATAACTGGGAGGAAATGTCTAAAGATAATTATGCCTGGTGGCAATCACGACTGGCGCAGATGGGGAAATATTTCACAGCATACAGAATAGAT
CATATTCTGGGCTTTTTTAGAATTTGGGAGCTCCCAGAACATGCAGTAACTGGTCTCATGGGAAAATTCCGACCTTCAATTCCTCTTAGTCAGGAAGAGCTTGAAAAGAAGGGTATTTGGGACTTCAATCGTTTGAGTCAACCTTATATCGTGGAAAATATATTGCAGGATAAGTTTGGAAGTATTTGGATGGATGTGGC
TTCAATATATCTCAACAAAAACGAATATCAACGTTATGAGTTTAAGGAAGAGTATGCTACAGAGAAGAAGATCCTTTCTAAATTGAAGGAAAATGAAGAGACTCCAGAAGGGCTGCAGAAAGCAGAAAAGTTGAAGAAGTGCCTGTTTGATCTTCTACATGAGATTGTTCTAATCAGGGATCCAGAAGATCCAGGGAAAT
TCTATCCTCGATTCAGTCTTGAGGAAACTACTAGTTTCAGAGAATTAGATGATCACAGTAAAAGTGTTCTAAAAGAAATGTACTATGATTACTATTTTCATCGGCAAGAGAGCCTTTGGCGACAAAATGCATTGAAGACACTTCCTGTTCTATTAAATTCATCAGACATGTTGGCATGTGGGGAAGATCTTGGAATGATT
CCCGCTTGTGTGCATCCTGTTATGCAAGAGTTGGGTTTAATTGGTCTCCGCATTCAACGGATGCCTAGCGAGTCTGATCTAGAATTTGGTATCCCTGCAAACTATGGTTATATGACGGTGTGTGCCCCATCATGTCATGATTGTTCTACTTTACGTGCTTGGTGGGAAGAGGATGAGGGAAGACGCATTCGTTTCTTCAG
GAATGCGCTAGGGTACAGTGAAGTACCACCTACTCAGTGCAATCCTAAGATTTCCCGTGCAATAATCCAGCAGCACATTGAAGCTCCATCAATGTGGACAATTCTTCCACTCCAGGATCTTCTAGCATTAAAGGAAGACTATAGCAAACGCCCAGCAACTGAGGAGACTATCAATGACCCAACAAATCCTAAACACTATT
GGCGCTTTCGTGTACATGTTAGTCTGGAGTTGCTTCTGGCGGATTCTGAATTTCAGAGAATTATTAAAGATATGGTCCAGAGTAGTGGAAGAGCATACCCTCCAGGGGGAAAAGGTGATATTCAAAGTGACGCTGATGGAATCACATACTCAATAGAAAGGGCAACGCTAATGGATAATGGACGTGAAAATGGTTGTGCA
CCCTTGAATTTGACAGAAGCCCAAAAAATATCGTGAAAATTTTGAAAAAAAGGCAGTTGTTGACAACATAAGTGGAAAAGCTTTCTGAATGTAATTATTCAGAAATTTGGTATTCCAGGAACTTATTGCATCAGTAAGATTCATATTCTATGGGCACATATTTATCTTACCTACGATATAAGCTCATTAATAATAAATTT
GAATTGAAGCAGTTACCTCCCTACAGATCAGAGGAAAGTGGAGGCTAACAGATCGGTTAGGGATAGAGAACCCCAGAGGCCGACAATGGGTTCCCTTAAATTAGGCATCAGACAAAAGCTGCGGGCGATGGAGATAGTTTTTTCCTCTAATAATTAGGAGTTTGAGACCTCCTAACAGGGAGTTCTATTAAAGACACTAT
TCCAAATTTATTTATTCTGTTTGGTTGATTTGTTTATTCCAATATAATCTGATTGCGGATGTCTACTGTAAACTTATCTGCTGGATATTGGAACATAGTTATTCTATCACCAATTGCAAATATAAATTCATTGTAAACTTGAGAGCCACCTCTTGTTTAGTCTGTCGACTCAAGTGATCACCACCAAAAGAATGTGATCA
TGAATTATGTGGTATCTGTTCCTTTTTATTTGCGCGCG
>TRINITY_DN117212_c2_g1_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:TAGTCAATGGGGTCGCTTCTCTGAACTCTCCAAAGCAAAGTTGGAAAAGTTGGTGTCAAAGCAGAGTGAGAGTTACAACACAATTGCATTTCATTTTTATGTTCAATTCCATCTGCATTTGCAGgttagtctacattattgaagtttctttaccaaacaaatgtggtttccagaaaataaggatgcaaatatttcaacgt
tgttatgaattatataaatacctgcacatgtgatttcatttgttatggttgctattccagCTTTCAGATGCTGCAGAATATGCTAGAAACAACAAAGTAGTTTTGAAAGGAGATCTTCCGATTGGAGTGGATCGACACAGTGTGGATACATGGGTTTACCCAAATCTATTCCGGATGAACACGTCAACTGGTGCACCACC
AGACTATTTTGATAAGAATGGGCAGAACTGGGGCTTTCCTACTTATAACTGGGAGGAAATGTCTAAAGATAATTATGCCTGGTGGCAATCACGACTGGCGCAGATGGGGAAATATTTCACAGCATACAGAATAGATCATATTCTGGGCTTTTTTAGAATTTGGGAGCTCCCAGAACATGCAGTAACTGGTCTCATGGGAA
AATTCCGACCTTCAATTCCTCTTAGTCAGGAAGAGCTTGAAAAGAAGGGTATTTGGGACTTCAATCGTTTGAGTCAACCTTATATCGTGGAAAATATATTGCAGGATAAGTTTGGAAGTATTTGGATGGATGTGGCTTCAATATATCTCAACAAAAACGAATATCAACGTTATGAGTTTAAGGAAGAGTATGCTACAGAG
AAGAAGATCCTTTCTAAATTGAAGGAAAATGAAGAGACTCCAGAAGGGCTGCAGAAAGCAGAAAAGTTGAAGAAGTGCCTGTTTGATCTTCTACATGAGATTGTTCTAATCAGGGATCCAGAAGATCCAGGGAAATTCTATCCTCGATTCAGTCTTGAGGAAACTACTAGTTTCAGAGAATTAGATGATCACAGTAAAAG
TGTTCTAAAAGAAATGTACTATGATTACTATTTTCATCGGCAAGAGAGCCTTTGGCGACAAAATGCATTGAAGACACTTCCTGTTCTATTAAATTCATCAGACATGTTGGCATGTGGGGAAGATCTTGGAATGATTCCCGCTTGTGTGCATCCTGTTATGCAAGAGTTGGGTTTAATTGGTCTCCGCATTCAACGGATGC
CTAGCGAGTCTGATCTAGAATTTGGTATCCCTGCAAACTATGGTTATATGACGGTGTGTGCCCCATCATGTCATGATTGTTCTACTTTACGTGCTTGGTGGGAAGAGGATGAGGGAAGACGCATTCGTTTCTTCAGGAATGCGCTAGGGTACAGTGAAGTACCACCTACTCAGTGCAATCCTAAGATTTCCCGTGCAATA
ATCCAGCAGCACATTGAAGCTCCATCAATGTGGACAATTCTTCCACTCCAGGATCTTCTAGCATTAAAGGAAGACTATAGCAAACGCCCAGCAACTGAGGAGACTATCAATGACCCAACAAATCCTAAACACTATTGGCGCTTTCGTGTACATGTTAGTCTGGAGTTGCTTCTGGCGGATTCTGAATTTCAGAGAATTAT
TAAAGATATGGTCCAGAGTAGTGGAAGAGCATACCCTCCAGGGGGAAAAGGTGATATTCAAAGTGACGCTGATGGAATCACATACTCAATAGAAAGGGCAACGCTAATGGATAATGGACGTGAAAATGGTTGTGCACCCTTGAATTTGACAGAAGCCCAAAAAATATCGTGAAAATTTTGAAAAAAAGGCAGTTGTTGAC
AACATAAGTGGAAAAGCTTTCTGAATGTAATTATTCAGAAATTTGGTATTCCAGGAACTTATTGCATCAGTAAGATTCATATTCTATGGGCACATATTTATCTTACCTACGATATAAGCTCATTAATAATAAATTTGAATTGAAGCAGTTACCTCCCTACAGATCAGAGGAAAGTGGAGGCTAACAGATCGGTTAGGGAT
AGAGAACCCCAGAGGCCGACAATGGGTTCCCTTAAATTAGGCATCAGACAAAAGCTGCGGGCGATGGAGATAGTTTTTTCCTCTAATAATTAGGAGTTTGAGACCTCCTAACAGGGAGTTCTATTAAAGACACTATTCCAAATTTATTTATTCTGTTTGGTTGATTTGTTTATTCCAATATAATCTGATTGCGGATGTCT
ACTGTAAACTTATCTGCTGGATATTGGAACATAGTTATTCTATCACCAATTGCAAATATAAATTCATTGTAAACTTGAGAGCCACCTCTTGTTTAGTCTGTCGACTCAAGTGATCACCACCAAAAGAATGTGATCATGAATTATGTGGTATCTGTTCCTTTTTATTTGCGCGCG
Intron 3 GTAAGGATAC ... AACTGTCTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 14.49 | 59 | 4.3 | 10 |
| A2 | 16.39 | 51 | 7.4 | 10 |
| A3 | 25 | 24 | 5.4 | 8 |
| A4 | 20 | 36 | 8 | 9 |
| A5 | 26.67 | 11 | 0.9 | 4 |
| A6 | 6 | 47 | 2.9 | 3 |
| A7 | 15.28 | 61 | 5.1 | 11 |
| A8 | 8.22 | 67 | 2 | 6 |
| A9 | 16.13 | 52 | 3.1 | 10 |
| A10 | 7.69 | 60 | 5.3 | 5 |
>TRINITY_DN117212_c2_g1_i7 from sample A3 / Example spliced isoformTAGTCAATGGGGTCGCTTCTCTGAACTCTCCAAAGCAAAGTTGGAAAAGTTGGTGTCAAAGCAGAGTGAGAGTTACAACACAATTGCATTTCATTTTTATGTTCAATTCCATCTGCATTTGCAGCTTTCAGATGCTGCAGAATATGCTAGAAACAACAAAGTAGTTTTGAAAGGAGATCTTCCGATTGGAGTGGATCGAC
ACAGTGTGGATACATGGGTTTACCCAAATCTATTCCGGATGAACACGTCAACTGGTGCACCACCAGACTATTTTGATAAGAATGGGCAGAACTGGGGCTTTCCTACTTATAACTGGGAGGAAATGTCTAAAGATAATTATGCCTGGTGGCAATCACGACTGGCGCAGATGGGGAAATATTTCACAGCATACAGAATAGAT
CATATTCTGGGCTTTTTTAGAATTTGGGAGCTCCCAGAACATGCAGTAACTGGTCTCATGGGAAAATTCCGACCTTCAATTCCTCTTAGTCAGGAAGAGCTTGAAAAGAAGGGTATTTGGGACTTCAATCGTTTGAGTCAACCTTATATCGTGGAAAATATATTGCAGGATAAGTTTGGAAGTATTTGGATGGATGTGGC
TTCAATATATCTCAACAAAAACGAATATCAACGTTATGAGGCTGAAATTTTTAAAAAATGGCTATTTGCAGTTTAAGGAAGAGTATGCTACAGAGAAGAAGATCCTTTCTAAATTGAAGGAAAATGAAGAGACTCCAGAAGGGCTGCAGAAAGCAGAAAAGTTGAAGAAGTGCCTGTTTGATCTTCTACATGAGATTGTT
CTAATCAGGGATCCAGAAGATCCAGGGAAATTCTATCCTCGATTCAGTCTTGAGGAAACTACTAGTTTCAGAGAATTAGATGATCACAGTAAAAGTGTTCTAAAAGAAATGTACTATGATTACTATTTTCATCGGCAAGAGAGCCTTTGGCGACAAAATGCATTGAAGACACTTCCTGTTCTATTAAATTCATCAGACAT
GTTGGCATGTGGGGAAGATCTTGGAATGATTCCCGCTTGTGTGCATCCTGTTATGCAAGAGTTGGGTTTAATTGGTCTCCGCATTCAACGGATGCCTAGCGAGTCTGATCTAGAATTTGGTATCCCTGCAAACTATGGTTATATGACGGTGTGTGCCCCATCATGTCATGATTGTTCTACTTTACGTGCTTGGTGGGAAG
AGGATGAGGGAAGACGCATTCGTTTCTTCAGGAATGCGCTAGGGTACAGTGAAGTACCACCTACTCAGTGCAATCCTAAGATTTCCCGTGCAATAATCCAGCAGCACATTGAAGCTCCATCAATGTGGACAATTCTTCCACTCCAGGATCTTCTAGCATTAAAGGAAGACTATAGCAAACGCCCAGCAACTGAGGAGACT
ATCAATGACCCAACAAATCCTAAACACTATTGGCGCTTTCGTGTACATGTTAGTCTGGAGTTGCTTCTGGCGGATTCTGAATTTCAGAGAATTATTAAAGATATGGTCCAGAGTAGTGGAAGAGCATACCCTCCAGGGGGAAAAGGTGATATTCAAAGTGACGCTGATGGAATCACATACTCAATAGAAAGGGCAACGCT
AATGGATAATGGACGTGAAAATGGTTGTGCACCCTTGAATTTGACAGAAGCCCAAAAAATATCGTGAAAATTTTGAAAAAAAGGCAGTTGTTGACAACATAAGTGGAAAAGCTTTCTGAATGTAATTATTCAGAAATTTGGTATTCCAGGAACTTATTGCATCAGTAAGATTCATATTCTATGGGCACATATTTATCTTA
CCTACGATATAAGCTCATTAATAATAAATTTGAATTGAAGCAGTTACCTCCCTACAGATCAGAGGAAAGTGGAGGCTAACAGATCGGTTAGGGATAGAGAACCCCAGAGGCCGACAATGGGTTCCCTTAAATTAGGCATCAGACAAAAGCTGCGGGCGATGGAGATAGTTTTTTCCTCTAATAATTAGGAGTTTGAGACC
TCCTAACAGGGAGTTCTATTAAAGACACTATTCCAAATTTATTTATTCTGTTTGGTTGATTTGTTTATTCCAATATAATCTGATTGCGGATGTCTACTGTAAACTTATCTGCTGGATATTGGAACATAGTTATTCTATCACCAATTGCAAATATAAATTCATTGTAAACTTGAGAGCCACCTCTTGTTTAGTCTGTCGAC
TCAAGTGATCACCACCAAAAGAATGTGATCATGAATTATGTGGTATCTGTTCCTTTTTATTTGCGCGCG
>TRINITY_DN117212_c2_g1_i5 from sample A3 / Example unspliced isoform:CTAGGATATTGTATATCTGTCCTTTTATAACCTTGATTTTTTGCAAGTCTAGGTCTGTTGACATTGAGCTTTCTTCAGGTTATGCAAGAGTTGGGTTTAATTGGTCTCCGCATTCAACGGATGCCTAGCGAGTCTGATCTAGAATTTGGTATCCCTGCAAACTATGGTTATATGACGgtaaggatactatctagatttcc
ctttgtagagagatcttgtagtcgaaagtaaagtttcagttggtcttaggcaagatggtcaagtatcggtaatgattgataaaaaatttcaattgagctattttttattggcaataatgttgatgtatcgaaatttaactgtctagGTGTGTGCCCCATCATGTCATGATTGTTCTACTTTACGTGCTTGGTGGGAAGAG
GATGAGGGAAGACGCATTCGTTTCTTCAGGAATGCGCTAGGGTACAGTGAAGTACCACCTACTCAGTGCAATCCTAAGATTTCCCGTGCAATAATCCAGCAGCACATTGAAGCTCCATCAATGTGGACAATTCTTCCACTCCAGGTAAAATACCTTTTATCCATTTTCCC
Intron 4 ATATCCTTTC ... TAAAGGGCAC
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 29.17 | 34 | 14 | 3.9 |
| A2 | 28.21 | 28 | 11 | 2.2 |
| A3 | 16.33 | 41 | 8 | 3.9 |
| A4 | 33.33 | 28 | 14 | 2.9 |
| A5 | 26.32 | 14 | 5 | 1.5 |
| A6 | 33.33 | 4 | 2 | 1.4 |
| A7 | 7.41 | 25 | 2 | 2.5 |
| A8 | 0 | 4 | 0 | 0.7 |
| A9 | 34.62 | 17 | 9 | 3.3 |
| A10 | 11.76 | 30 | 4 | 2.9 |
>TRINITY_DN123934_c0_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoformGGACTGTGTACTAAATCTGGCTTTGGCAGCAGCTGTAGCCTTCTATCGCTACCAGCCTACCGCTACCTCTACCTACCAATGGCGAGTACAGGATTTGAACCCTTGCCGTTCACCCGCATCCGCAAGGTAACCTTGAGCTTCAGGCTTCCATACTTTACGCAATGGGGCCAGAATTTGATGGTCTGCGGGTCCGATCCCGC
GCTGGGAGCGTGGAAAACAAACCATGGACTGCGAATGACGCATCATCTTCAGGGCGCCGACGTTCTTGTTTGGCATGCAACCCTCACCGTTCCTCACGATTTCTCTTGCGATTACAGTTACTATGTCGTTGACGACCAGCGAAACGTACTCAGGTCGGAATCCGGCAGAGGCCATGCCTTTGCTCTCCCTCAAGGCCTCC
CCGACGGAGCCTCTGTCGAAATTCACGATCTTTGGCAGGATGGTTCGGCCCCAGAATCTCTCCTTTCTAGAAGTGCCTTTCAGAAGGCCATCTTTCACCAAGATGAGAATGAAGAGAACTTTGAGGATACCAAAAGAAATATTGAAGAAGACCATTTTCCTAAAGAGAATTTCAATCAACAAGATTCTGTTGTTGTTCGC
TTCAGAATTTGCTGCCCGCGATTGGAAAGGGGGAAAGCTGCATACTTAACTGGTAGTGCATCGGCATTAGGAAATTGGGAGTTGAAGGAAGCTGTTAAACTCTCCTCTTTTGGAGATGCTTATTGGCAGGTAGATTGCACTATAAGGAGGGATGAGTTTCCAATTAGATATAAGTATGTTCTCAAGGACAAGAGCACGAC
GGTCATTCCTGAAGTTGGTTCTGATAGAGAGCTTAGCTGCGATTCTATTTCAGGGAAGCTGGCTACAATGATTCTTGTATCAGATGGAAGCTTGAGGGAAACACCCTGGCGGGGTGCTGGAGTTGCGATTCCAGTTTTTTCTCTTAGAACACAAGACGACATTGGAGTGGGTGAATTTCTTGACTTGAAGTTACTTGTTG
ACTTATGTGTCAAGTCTGGTCTTCACTTAGTTCAGTTGCTCCCAGTGAATGATACTTCTGTTCATCAGATGTGGTGGGATTCCTACCCATACAGCTCCCTTTCCGTATTTGCGTTGCACCCATTATATTTGAGGGTACAAGCTCTATCACAAAAGATACCTGAAGAAATAAAGCAAGAGATAGAGAAAGCCAGAGAGCAC
CTTAACTTGAAGGATGTAGATTATGAAGCTACCGTGGCTACAAAACTAGCAATTGCTAAAAAGATTTTCTACTTAGAGAAAGATGAAGTGCTTAGTTCAGATGCTTTCCAGAAGTTCTTCCAGGAGAACAAGGGTAATCAGTTCTTGTGGCTGAATTTATTCCTATGCCTGGCTGGAACCGTACGCGGCATTTTGTTTTC
TCCGAGATTTTTTTGAGACATCGGATCATAGTCAATGGGGTCGCTTCTCTGAACTCTCCAAAGCAAAGTTGGAAAAGTTGGTGTCAAAGCAGAGTGAGAGTTACAACACAATTGCATTTCATTTTTATGTTCAATTCCATCTGCATTTGCAGCTTTCAGATGCTGCAGAATATGCTAGAAACAACAAAGTAGTTTTGAAA
GGAGATCTTCCGATTGGAGTGGATCGACACAGTGTGGATACATGGGTTTACCCAAATCTATTCCGGATGAACACATCAACTGGTGCACCACCAGATTATTTTGATAAGAATGGGCAGAACTGGGGCTTTCCTACTTATAACTGGGAGGAAATGTCTAAAGATAATTATGCCTGGTGGCAATCACGACTGGCGCAGATGGG
GAAATATTTCACAGCATACAGAATAGATCATATTCTGGGCTTTTTTAGAATTTGGGAGCTCCCAGAACATGCAGTAACTGGTCTCATGGGAAAATTCCGACCTTCAATTCCTCTTAGTCAGGAAGAGCTTGAAAAGAAGGGTATTTGGGACTTCAATCGTTTGAGTCAACCTTATATCGTGGAAAATATATTGCAGGATA
AGTTTGGAAGTATTTGGATGGATGTGGCTTCAATATATCTCAACAAAAACGAATATCAACGTTATGAGTTTAAGGAAGAGTATGCTACAGAGAAGAAGATCCTTTCTAAATTGAAGGAAAATGAAGAGACTCCAGAAGGGCTGCAGAAAGCAGAAAAGTTGAAGAAGTGCCTGTTTGATCTTCTACATGAGATTGTTCTA
ATCAGGGATCCAGAAGATCCAGGGAAATTCTATCCTCGATTCAGTCTTGAGGAAACTACTAGTTTCAGAGAATTAGATGATCACAGTAAAAGTGTTCTAAAAGAAATGTACTATGATTACTATTTTCATCGGCAAGAGAGCCTTTGGCGACAAAATGCATTGAAGACACTTCCTGTTCTATTAAATTCATCAGACATGTT
GGCATGTGGGGAAGATCTTGGAATGATTCCCGCTTGTGTGCATCCTGTTATGCAAGAGTTGGGTTTAATTGGTCTCCGCATTCAACGGATGCCTAGCGAGTCTGATCTAGAATTTGGTATCCCTGCAAACTATGGTTATATGACGGTGTGTGCCCCATCATGTCATGATTGTTCTACTTTACGTGCTTGGTGGGAAGAGG
ATGAGGGAAGACGCATTCGTTTCTTCAGGAATGCGCTAGGGTACAGTGAAGTACCACCTACTCAGTGCAATCCTAAGGTTTCCCGTGCAATAATCCAGCAGCACATTGAAGCTCCATCAATGTGGACAATTCTTCCACTCCAGGATCTTCTAGCATTAAAGGAAGACTATAGCAAACGCCCAGCAACTGAGGAGACTATC
AATGACCCAACAAATCCTAAACACTATTGGCGCTTTCGTGTACATGTTAGTCTGGAGTTGCTTCTGGCGGATTCTGAATTTCAGAGAATTATTAAAGATATGGTCCAGAGTAGTGGAAGAGCATACCCTCCAGGGGGAAAAGGTGATATTCAAAGTGACGCTGATGGAATCACACACTCAATAGAAAGGGCAACGCTAAT
GGATAATGGACGTGAAAATGGTTGTGCACCCTTGAATTTGACAGAAGCCCAAAAAATATCGTGAAAATTTTGAAAAAAAGGCAGTTGTTGACAACATAAGTGGAAAAGCTTTCTGAATGTAATTATTCAGAAATTTGGTATTCCAGGAACTTATTGCATCAGTAAGATTCATATTCTATGGGCACATATTTATCTTACCT
ACGATATAAGCTCATTAATAATAAATTTGAATTGAAGCAGTTACCTCCCTACAGATCAGAGGAAAGTGGAGGCTAACAGATCGGTTAGGGATAGAGAACCCCAGAGGCCGACAATGGGTTCCCTTAAATTAGGCATCAGACAAAAGCTGCGGGCGATGGAGATAGTTTTTTCCTCTAATAATTAGGAGTTTGAGACCTCC
TAACAGGGAGTTCTATTAAAGACACTATTCCAAATTTATTTATTCTGTTTGGTTGATTTGTTTATTCCAATATAATCTGATTGCGGATGTCTACTGTAAACTTATCTGCTGGATATTGGAACATAGTTATTCTATCACCAATTGCAAATATAAATTCATTGTAAACTTGAGAGCCACCTCTTGTTTAGTCTGTCGACTCA
AGTGATCATCACCAAAAGAATGTGATCATGAATCATGTGGTATCTGTTCCTTTTTATTTGCGTGCATAATATTCCTGTTAGCCTGTTCTTAACTCATTTATTTGTCTCATAAGCTGTTGTTTTCTTCCAAACGGAGGAAAAGGGAGAGGGGGCTCAACTGTTTAATATATGTGTTGC
>TRINITY_DN123934_c0_g1_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:GGACTGTGTACTAAATCTGGCTTTGGCAGCAGCTGTAGCCTTCTATCGCTACCAGCCTACCGCTACCTCTACCTACCAATGGCGAGTACAGGATTTGAACCCTTGCCGTTCACCCGCATCCGCAAGGTAACCTTGAGCTTCAGGCTTCCATACTTTACGCAATGGGGCCAGAATTTGATGGTCTGCGGGTCCGATCCCGC
GCTGGGAGCGTGGAAAACAAACCATGGACTGCGAATGACGCATCATCTTCAGGGCGCCGACGTTCTTGTTTGGCATGCAACCCTCACCGTTCCTCACGATTTCTCTTGCGATTACAGTTACTATGTCGTTGACGACCAGCGAAACGTACTCAGGTCGGAATCCGGCAGAGGCCATGCCTTTGCTCTCCCTCAAGGCCTCC
CCGACGGAGCCTCTGTCGAAATTCACGATCTTTGGCAGGATGGTTCGGCCCCAGAATCTCTCCTTTCTAGAAGTGCCTTTCAGAAGGCCATCTTTCACCAAGATGAGAATGAAGAGAACTTTGAGGATACCAAAAGAAATATTGAAGAAGACCATTTTCCTAAAGAGAATTTCAATCAACAAGATTCTGTTGTTGTTCGC
TTCAGAATTTGCTGCCCGCGATTGGAAAGGGGGAAAGCTGCATACTTAACTGGTAGTGCATCGGCATTAGGAAATTGGGAGTTGAAGGAAGCTGTTAAACTCTCCTCTTTTGGAGATGCTTATTGGCAGGTAGATTGCACTATAAGGAGGGATGAGTTTCCAATTAGatatcctttccatacggagaatcactttttgtc
ctttaaagttgggtgatatattagattaatattctatgcactactaactctgagctatgcttcgagtggtgaggtattaatgacttgtttatcatctatcttttatctgtgacaatttcaaaatccaataaatggcaacttgttgtctagcttatgccttcttatggtgtatttcacacccaaaattatcccaacaatat
atgcgtgatcgtggataaggttaacttgaatcactttatttttatgctactcttcaccttaatattttccttaattattaaaaaccacATATAAGTATGTTCTCAA
Intron 5 GTATCGGTTC ... ATGTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.26 | 19 | 4 | 6.3 |
| A2 | 17.34 | 10 | 1 | 3.3 |
| A3 | 19.38 | 25 | 5 | 7.7 |
| A4 | 14.24 | 28 | 6 | 4 |
| A5 | 0 | 13 | 0 | 0 |
| A6 | 4.76 | 3 | 0.3 | 0 |
| A7 | 6.17 | 22 | 1.7 | 1.7 |
| A8 | 7.94 | 8 | 1.7 | 0 |
| A9 | 3.45 | 13 | 0.7 | 0.3 |
| A10 | 4.76 | 15 | 1 | 0.7 |
>TRINITY_DN123934_c0_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoformGGACTGTGTACTAAATCTGGCTTTGGCAGCAGCTGTAGCCTTCTATCGCTACCAGCCTACCGCTACCTCTACCTACCAATGGCGAGTACAGGATTTGAACCCTTGCCGTTCACCCGCATCCGCAAGGTAACCTTGAGCTTCAGGCTTCCATACTTTACGCAATGGGGCCAGAATTTGATGGTCTGCGGGTCCGATCCCGC
GCTGGGAGCGTGGAAAACAAACCATGGACTGCGAATGACGCATCATCTTCAGGGCGCCGACGTTCTTGTTTGGCATGCAACCCTCACCGTTCCTCACGATTTCTCTTGCGATTACAGTTACTATGTCGTTGACGACCAGCGAAACGTACTCAGGTCGGAATCCGGCAGAGGCCATGCCTTTGCTCTCCCTCAAGGCCTCC
CCGACGGAGCCTCTGTCGAAATTCACGATCTTTGGCAGGATGGTTCGGCCCCAGAATCTCTCCTTTCTAGAAGTGCCTTTCAGAAGGCCATCTTTCACCAAGATGAGAATGAAGAGAACTTTGAGGATACCAAAAGAAATATTGAAGAAGACCATTTTCCTAAAGAGAATTTCAATCAACAAGATTCTGTTGTTGTTCGC
TTCAGAATTTGCTGCCCGCGATTGGAAAGGGGGAAAGCTGCATACTTAACTGGTAGTGCATCGGCATTAGGAAATTGGGAGTTGAAGGAAGCTGTTAAACTCTCCTCTTTTGGAGATGCTTATTGGCAGGTAGATTGCACTATAAGGAGGGATGAGTTTCCAATTAGATATAAGTATGTTCTCAAGGACAAGAGCACGAC
GGTCATTCCTGAAGTTGGTTCTGATAGAGAGCTTAGCTGCGATTCTATTTCAGGGAAGCTGGCTACAATGATTCTTGTATCAGATGGAAGCTTGAGGGAAACACCCTGGCGGGGTGCTGGAGTTGCGATTCCAGTTTTTTCTCTTAGAACACAAGACGACATTGGAGTGGGTGAATTTCTTGACTTGAAGTTACTTGTTG
ACTTATGTGTCAAGTCTGGTCTTCACTTAGTTCAGTTGCTCCCAGTGAATGATACTTCTGTTCATCAGATGTGGTGGGATTCCTACCCATACAGCTCCCTTTCCGTATTTGCGTTGCACCCATTATATTTGAGGGTACAAGCTCTATCACAAAAGATACCTGAAGAAATAAAGCAAGAGATAGAGAAAGCCAGAGAGCAC
CTTAACTTGAAGGATGTAGATTATGAAGCTACCGTGGCTACAAAACTAGCAATTGCTAAAAAGATTTTCTACTTAGAGAAAGATGAAGTGCTTAGTTCAGATGCTTTCCAGAAGTTCTTCCAGGAGAACAAGGGTAATCAGTTCTTGTGGCTGAATTTATTCCTATGCCTGGCTGGAACCGTACGCGGCATTTTGTTTTC
TCCGAGATTTTTTTGAGACATCGGATCATAGTCAATGGGGTCGCTTCTCTGAACTCTCCAAAGCAAAGTTGGAAAAGTTGGTGTCAAAGCAGAGTGAGAGTTACAACACAATTGCATTTCATTTTTATGTTCAATTCCATCTGCATTTGCAGCTTTCAGATGCTGCAGAATATGCTAGAAACAACAAAGTAGTTTTGAAA
GGAGATCTTCCGATTGGAGTGGATCGACACAGTGTGGATACATGGGTTTACCCAAATCTATTCCGGATGAACACATCAACTGGTGCACCACCAGATTATTTTGATAAGAATGGGCAGAACTGGGGCTTTCCTACTTATAACTGGGAGGAAATGTCTAAAGATAATTATGCCTGGTGGCAATCACGACTGGCGCAGATGGG
GAAATATTTCACAGCATACAGAATAGATCATATTCTGGGCTTTTTTAGAATTTGGGAGCTCCCAGAACATGCAGTAACTGGTCTCATGGGAAAATTCCGACCTTCAATTCCTCTTAGTCAGGAAGAGCTTGAAAAGAAGGGTATTTGGGACTTCAATCGTTTGAGTCAACCTTATATCGTGGAAAATATATTGCAGGATA
AGTTTGGAAGTATTTGGATGGATGTGGCTTCAATATATCTCAACAAAAACGAATATCAACGTTATGAGTTTAAGGAAGAGTATGCTACAGAGAAGAAGATCCTTTCTAAATTGAAGGAAAATGAAGAGACTCCAGAAGGGCTGCAGAAAGCAGAAAAGTTGAAGAAGTGCCTGTTTGATCTTCTACATGAGATTGTTCTA
ATCAGGGATCCAGAAGATCCAGGGAAATTCTATCCTCGATTCAGTCTTGAGGAAACTACTAGTTTCAGAGAATTAGATGATCACAGTAAAAGTGTTCTAAAAGAAATGTACTATGATTACTATTTTCATCGGCAAGAGAGCCTTTGGCGACAAAATGCATTGAAGACACTTCCTGTTCTATTAAATTCATCAGACATGTT
GGCATGTGGGGAAGATCTTGGAATGATTCCCGCTTGTGTGCATCCTGTTATGCAAGAGTTGGGTTTAATTGGTCTCCGCATTCAACGGATGCCTAGCGAGTCTGATCTAGAATTTGGTATCCCTGCAAACTATGGTTATATGACGGTGTGTGCCCCATCATGTCATGATTGTTCTACTTTACGTGCTTGGTGGGAAGAGG
ATGAGGGAAGACGCATTCGTTTCTTCAGGAATGCGCTAGGGTACAGTGAAGTACCACCTACTCAGTGCAATCCTAAGGTTTCCCGTGCAATAATCCAGCAGCACATTGAAGCTCCATCAATGTGGACAATTCTTCCACTCCAGGATCTTCTAGCATTAAAGGAAGACTATAGCAAACGCCCAGCAACTGAGGAGACTATC
AATGACCCAACAAATCCTAAACACTATTGGCGCTTTCGTGTACATGTTAGTCTGGAGTTGCTTCTGGCGGATTCTGAATTTCAGAGAATTATTAAAGATATGGTCCAGAGTAGTGGAAGAGCATACCCTCCAGGGGGAAAAGGTGATATTCAAAGTGACGCTGATGGAATCACACACTCAATAGAAAGGGCAACGCTAAT
GGATAATGGACGTGAAAATGGTTGTGCACCCTTGAATTTGACAGAAGCCCAAAAAATATCGTGAAAATTTTGAAAAAAAGGCAGTTGTTGACAACATAAGTGGAAAAGCTTTCTGAATGTAATTATTCAGAAATTTGGTATTCCAGGAACTTATTGCATCAGTAAGATTCATATTCTATGGGCACATATTTATCTTACCT
ACGATATAAGCTCATTAATAATAAATTTGAATTGAAGCAGTTACCTCCCTACAGATCAGAGGAAAGTGGAGGCTAACAGATCGGTTAGGGATAGAGAACCCCAGAGGCCGACAATGGGTTCCCTTAAATTAGGCATCAGACAAAAGCTGCGGGCGATGGAGATAGTTTTTTCCTCTAATAATTAGGAGTTTGAGACCTCC
TAACAGGGAGTTCTATTAAAGACACTATTCCAAATTTATTTATTCTGTTTGGTTGATTTGTTTATTCCAATATAATCTGATTGCGGATGTCTACTGTAAACTTATCTGCTGGATATTGGAACATAGTTATTCTATCACCAATTGCAAATATAAATTCATTGTAAACTTGAGAGCCACCTCTTGTTTAGTCTGTCGACTCA
AGTGATCATCACCAAAAGAATGTGATCATGAATCATGTGGTATCTGTTCCTTTTTATTTGCGTGCATAATATTCCTGTTAGCCTGTTCTTAACTCATTTATTTGTCTCATAAGCTGTTGTTTTCTTCCAAACGGAGGAAAAGGGAGAGGGGGCTCAACTGTTTAATATATGTGTTGC
>TRINITY_DN123934_c0_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:AGCTATCATTAGGATTCTGAGTTTATTATTTTGTTGCACAGACTTTTCTGCTAAATGAGATGGTTGCATGATGAAGATTTTGGTTAAAACAATAGATAAGATTAGCACAAACAAGTTTTTAGCAAGAGCTTTCACTAAATTAACTTCACTAACTCTCAAGTGCCTTTAAATGGTTTCCGATTGGGTGGAATTTGCAGCTC
CCTTTCCGTATTTGCGTTGCACCCATTATATTTGAGGGTACAAGCTCTATCACAAAAGATACCTGAAGAAATAAAGgtatcggttctttaaactttaaagttcttagtgaaattcctggtcatgcttgaggctgcaagaattgccatatagttggttgttaacaagatatttcaaattacacagagccttatcttctgat
gtaagtgcttgtataagagaaaaaatagtttaacatgtctctcatgtttgcagCAAGAGATAGAGAAAGCCAGAGAGCACCTTAACTTGAAGGTCAGTTTGAGTAAATGGTGTTTTAATGTCAGGACGTAACTCTAGTCTGCAGGTGTCTGATTGTTGATTTCTGGGATGTATTCTTTAT
Intron 6 GCTGAAATTT ... CTATTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 16.67 | 20 | 5 | 3 |
| A2 | 23.53 | 13 | 5 | 3 |
| A3 | 32 | 17 | 8 | 8 |
| A4 | 21.88 | 25 | 7 | 7 |
| A5 | 24.14 | 11 | 7 | 0 |
| A6 | 10.34 | 13 | 2 | 1 |
| A7 | 21.31 | 24 | 10 | 3 |
| A8 | 20.83 | 19 | 4 | 6 |
| A9 | 18.37 | 20 | 3 | 6 |
| A10 | 17.39 | 19 | 6 | 2 |
>TRINITY_DN117212_c2_g1_i4 from sample A3 / Example spliced isoformTAGTCAATGGGGTCGCTTCTCTGAACTCTCCAAAGCAAAGTTGGAAAAGTTGGTGTCAAAGCAGAGTGAGAGTTACAACACAATTGCATTTCATTTTTATGTTCAATTCCATCTGCATTTGCAGGTTAGTCTACATTATTGAAGTTTCTTTACCAAACAAATGTGGTTTCCAGAAAATAAGGATGCAAATATTTCAACGT
TGTTATGAATTATATAAATACCTGCACATGTGATTTCATTTGTTATGGTTGCTATTCCAGCTTTCAGATGCTGCAGAATATGCTAGAAACAACAAAGTAGTTTTGAAAGGAGATCTTCCGATTGGAGTGGATCGACACAGTGTGGATACATGGGTTTACCCAAATCTATTCCGGATGAACACGTCAACTGGTGCACCACC
AGACTATTTTGATAAGAATGGGCAGAACTGGGGCTTTCCTACTTATAACTGGGAGGAAATGTCTAAAGATAATTATGCCTGGTGGCAATCACGACTGGCGCAGATGGGGAAATATTTCACAGCATACAGAATAGATCATATTCTGGGCTTTTTTAGAATTTGGGAGCTCCCAGAACATGCAGTAACTGGTCTCATGGGAA
AATTCCGACCTTCAATTCCTCTTAGTCAGGAAGAGCTTGAAAAGAAGGGTATTTGGGACTTCAATCGTTTGAGTCAACCTTATATCGTGGAAAATATATTGCAGGATAAGTTTGGAAGTATTTGGATGGATGTGGCTTCAATATATCTCAACAAAAACGAATATCAACGTTATGAGTTTAAGGAAGAGTATGCTACAGAG
AAGAAGATCCTTTCTAAATTGAAGGAAAATGAAGAGACTCCAGAAGGGCTGCAGAAAGCAGAAAAGTTGAAGAAGTGCCTGTTTGATCTTCTACATGAGATTGTTCTAATCAGGGATCCAGAAGATCCAGGGAAATTCTATCCTCGATTCAGTCTTGAGGAAACTACTAGTTTCAGAGAATTAGATGATCACAGTAAAAG
TGTTCTAAAAGAAATGTACTATGATTACTATTTTCATCGGCAAGAGAGCCTTTGGCGACAAAATGCATTGAAGACACTTCCTGTTCTATTAAATTCATCAGACATGTTGGCATGTGGGGAAGATCTTGGAATGATTCCCGCTTGTGTGCATCCTGTTATGCAAGAGTTGGGTTTAATTGGTCTCCGCATTCAACGGATGC
CTAGCGAGTCTGATCTAGAATTTGGTATCCCTGCAAACTATGGTTATATGACGGTGTGTGCCCCATCATGTCATGATTGTTCTACTTTACGTGCTTGGTGGGAAGAGGATGAGGGAAGACGCATTCGTTTCTTCAGGAATGCGCTAGGGTACAGTGAAGTACCACCTACTCAGTGCAATCCTAAGATTTCCCGTGCAATA
ATCCAGCAGCACATTGAAGCTCCATCAATGTGGACAATTCTTCCACTCCAGGATCTTCTAGCATTAAAGGAAGACTATAGCAAACGCCCAGCAACTGAGGAGACTATCAATGACCCAACAAATCCTAAACACTATTGGCGCTTTCGTGTACATGTTAGTCTGGAGTTGCTTCTGGCGGATTCTGAATTTCAGAGAATTAT
TAAAGATATGGTCCAGAGTAGTGGAAGAGCATACCCTCCAGGGGGAAAAGGTGATATTCAAAGTGACGCTGATGGAATCACATACTCAATAGAAAGGGCAACGCTAATGGATAATGGACGTGAAAATGGTTGTGCACCCTTGAATTTGACAGAAGCCCAAAAAATATCGTGAAAATTTTGAAAAAAAGGCAGTTGTTGAC
AACATAAGTGGAAAAGCTTTCTGAATGTAATTATTCAGAAATTTGGTATTCCAGGAACTTATTGCATCAGTAAGATTCATATTCTATGGGCACATATTTATCTTACCTACGATATAAGCTCATTAATAATAAATTTGAATTGAAGCAGTTACCTCCCTACAGATCAGAGGAAAGTGGAGGCTAACAGATCGGTTAGGGAT
AGAGAACCCCAGAGGCCGACAATGGGTTCCCTTAAATTAGGCATCAGACAAAAGCTGCGGGCGATGGAGATAGTTTTTTCCTCTAATAATTAGGAGTTTGAGACCTCCTAACAGGGAGTTCTATTAAAGACACTATTCCAAATTTATTTATTCTGTTTGGTTGATTTGTTTATTCCAATATAATCTGATTGCGGATGTCT
ACTGTAAACTTATCTGCTGGATATTGGAACATAGTTATTCTATCACCAATTGCAAATATAAATTCATTGTAAACTTGAGAGCCACCTCTTGTTTAGTCTGTCGACTCAAGTGATCACCACCAAAAGAATGTGATCATGAATTATGTGGTATCTGTTCCTTTTTATTTGCGCGCG
>TRINITY_DN117212_c2_g1_i7 from sample A3 / Example unspliced isoform:TAGTCAATGGGGTCGCTTCTCTGAACTCTCCAAAGCAAAGTTGGAAAAGTTGGTGTCAAAGCAGAGTGAGAGTTACAACACAATTGCATTTCATTTTTATGTTCAATTCCATCTGCATTTGCAGCTTTCAGATGCTGCAGAATATGCTAGAAACAACAAAGTAGTTTTGAAAGGAGATCTTCCGATTGGAGTGGATCGAC
ACAGTGTGGATACATGGGTTTACCCAAATCTATTCCGGATGAACACGTCAACTGGTGCACCACCAGACTATTTTGATAAGAATGGGCAGAACTGGGGCTTTCCTACTTATAACTGGGAGGAAATGTCTAAAGATAATTATGCCTGGTGGCAATCACGACTGGCGCAGATGGGGAAATATTTCACAGCATACAGAATAGAT
CATATTCTGGGCTTTTTTAGAATTTGGGAGCTCCCAGAACATGCAGTAACTGGTCTCATGGGAAAATTCCGACCTTCAATTCCTCTTAGTCAGGAAGAGCTTGAAAAGAAGGGTATTTGGGACTTCAATCGTTTGAGTCAACCTTATATCGTGGAAAATATATTGCAGGATAAGTTTGGAAGTATTTGGATGGATGTGGC
TTCAATATATCTCAACAAAAACGAATATCAACGTTATGAGgctgaaatttttaaaaaatggctatttgcagTTTAAGGAAGAGTATGCTACAGAGAAGAAGATCCTTTCTAAATTGAAGGAAAATGAAGAGACTCCAGAAGGGCTGCAGAAAGCAGAAAAGTTGAAGAAGTGCCTGTTTGATCTTCTACATGAGATTGTT
CTAATCAGGGATCCAGAAGATCCAGGGAAATTCTATCCTCGATTCAGTCTTGAGGAAACTACTAGTTTCAGAGAATTAGATGATCACAGTAAAAGTGTTCTAAAAGAAATGTACTATGATTACTATTTTCATCGGCAAGAGAGCCTTTGGCGACAAAATGCATTGAAGACACTTCCTGTTCTATTAAATTCATCAGACAT
GTTGGCATGTGGGGAAGATCTTGGAATGATTCCCGCTTGTGTGCATCCTGTTATGCAAGAGTTGGGTTTAATTGGTCTCCGCATTCAACGGATGCCTAGCGAGTCTGATCTAGAATTTGGTATCCCTGCAAACTATGGTTATATGACGGTGTGTGCCCCATCATGTCATGATTGTTCTACTTTACGTGCTTGGTGGGAAG
AGGATGAGGGAAGACGCATTCGTTTCTTCAGGAATGCGCTAGGGTACAGTGAAGTACCACCTACTCAGTGCAATCCTAAGATTTCCCGTGCAATAATCCAGCAGCACATTGAAGCTCCATCAATGTGGACAATTCTTCCACTCCAGGATCTTCTAGCATTAAAGGAAGACTATAGCAAACGCCCAGCAACTGAGGAGACT
ATCAATGACCCAACAAATCCTAAACACTATTGGCGCTTTCGTGTACATGTTAGTCTGGAGTTGCTTCTGGCGGATTCTGAATTTCAGAGAATTATTAAAGATATGGTCCAGAGTAGTGGAAGAGCATACCCTCCAGGGGGAAAAGGTGATATTCAAAGTGACGCTGATGGAATCACATACTCAATAGAAAGGGCAACGCT
AATGGATAATGGACGTGAAAATGGTTGTGCACCCTTGAATTTGACAGAAGCCCAAAAAATATCGTGAAAATTTTGAAAAAAAGGCAGTTGTTGACAACATAAGTGGAAAAGCTTTCTGAATGTAATTATTCAGAAATTTGGTATTCCAGGAACTTATTGCATCAGTAAGATTCATATTCTATGGGCACATATTTATCTTA
CCTACGATATAAGCTCATTAATAATAAATTTGAATTGAAGCAGTTACCTCCCTACAGATCAGAGGAAAGTGGAGGCTAACAGATCGGTTAGGGATAGAGAACCCCAGAGGCCGACAATGGGTTCCCTTAAATTAGGCATCAGACAAAAGCTGCGGGCGATGGAGATAGTTTTTTCCTCTAATAATTAGGAGTTTGAGACC
TCCTAACAGGGAGTTCTATTAAAGACACTATTCCAAATTTATTTATTCTGTTTGGTTGATTTGTTTATTCCAATATAATCTGATTGCGGATGTCTACTGTAAACTTATCTGCTGGATATTGGAACATAGTTATTCTATCACCAATTGCAAATATAAATTCATTGTAAACTTGAGAGCCACCTCTTGTTTAGTCTGTCGAC
TCAAGTGATCACCACCAAAAGAATGTGATCATGAATTATGTGGTATCTGTTCCTTTTTATTTGCGCGCG
Intron 7 GTTGCATTGT ... ATGTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 26.32 | 21 | 9 | 6 |
| A2 | 31.96 | 33 | 20 | 11 |
| A3 | 39.29 | 17 | 13 | 9 |
| A4 | 34.55 | 18 | 11 | 8 |
| A5 | 25.37 | 4 | 2.8 | 0 |
| A6 | 0 | 3 | 0 | 0 |
| A7 | 19.15 | 19 | 4 | 5 |
| A8 | 15.38 | 22 | 7 | 1 |
| A9 | 26.98 | 23 | 6 | 11 |
| A10 | 20 | 12 | 4 | 2 |
>TRINITY_DN121531_c0_g1_i15 from sample A2 / Example spliced isoformGTGTACTAAATCTGGCTTTGGCAGCAGCTGTAGCCTTCTATCGCTACCAGCCTACCGCTACCTCTACCTACCAATGGCGAGTACAGGATTTGAACCCTTGCCGTTCACCCGCATCCGCAAGGTAACCTTGAGCTTCAGGCTTCCATACTTTACGCAATGGGGCCAGAATTTGATGGTCTGCGGGTCCGATCCCGCGCTGG
GAGCGTGGAAAACAAACCATGGACTGCGAATGACGCATCATCTTCAGGGCGCCGACGTTCTTGTTTGGCATGCAACCCTCACCGTTCCTCACGATTTCTCTTGCGATTACAGTTACTATGTCGTTGACGACCAGCGAAACGTACTCAGGTCGGAATCCGGCAGAGGCCATGCCTTTGCTCTCCCTCAAGGCCTCCCCGAC
GGAGCCTCTGTCGAAATTCACGATCTTTGGCAGGATGGTTCGGCCCCAGAATCTCTCCTTTCTAGAAGTGCCTTTCAGAAGGCCATCTTTCACCAAGATGAGAATGAAGAGAACTTTGAGGATACCAAAAGAAATATTGAAGAAGACCATTTTCCTAAAGAGAATTTCAATCAACAAGATTCTGTTGTTGTTCGCTTCAG
AATTTGCTGCCCGCGATTGGAAAGGGGGAAAGCTGCATACTTAACTGGTAGTGCATCGGCATTAGGAAATTGGGAGTTGAAGGAAGCTGTTAAACTCTCCTCTTTTGGAGATGCTTATTGGCAGGTAGATTGCACTATAAGGAGGGATGAGTTTCCAATTAGATATAAGTATGTTCTCAAGGACAAGAGCACGACGGTCA
TTCCTGAAGTTGGTTCTGATAGAGAGCTTAGCTGCGATTCTATTTCAGGGAAGCTGGCTACAATGATTCTTGTATCAGATGGAAGCTTGAGGGAAACACCCTGGCGGGGTGCTGGAGTTGCGATTCCAGTTTTTTCTCTTAGAACACAAGACGACATTGGAGTGGGTGAATTTCTTGACTTGAAGTTACTTGTTGACTTA
TGTGTCAAGTCTGGTCTTCACTTAGTTCAGTTGCTCCCAGTGAATGATACTTCTGTTCATCAGATGTGGTGGGATTCCTACCCATACAGCTCCCTTTCCGTATTTGCGTTGCACCCATTATATTTGAGGGTACAAGCTCTATCACAAAAGATACCTGAAGAAATAAAGCAAGAGATAGAGAAAGCCAGAGAGCACCTTAA
CTTGAAGGATGTAGATTATGAAGCTACCGTGGCTACAAAACTAGCAATTGCTAAAAAGATTTTCTACTTAGAGAAAGATGAAGTGCTTAGTTCAGATGCTTTCCAGAAGTTCTTCCAGGAGAACAAGGCCTGGCTGGAACCGTACGCGGCATTTTGTTTTCTCCGAGATTTTTTTGAGACATCGGATCATAGTCAATGGG
GTCGCTTCTCTGAACTCTCCAAAGCAAAGTTGGAAAAGTTGGTGTCAAAGCAGAGTGAGAGTTACAACACAATTGCATTTCATTTTTATGTTCAATTCCATCTGCATTTGCAGCTTTCAGATGCTGCAGAATATGCTAGAAACAACAAAGTAGTTTTGAAAGGAGATCTTCCGATTGGAGTGGATCGACACAGTGTGGAT
ACATGGGTTTACCCAAATCTATTCCGGATGAACACGTCAACTGGTGCACCACCAGACTATTTTGATAAGAATGGGCAGAACTGGGGCTTTCCTACTTATAACTGGGAGGAAATGTCTAAAGATAATTATGCCTGGTGGCAATCACGACTGGCGCAGATGGGGAAATATTTCACAGCATACAGAATAGATCATATTCTGGG
CTTTTTTAGAATTTGGGAGCTCCCAGAACATGCAGTAACTGGTCTCATGGGAAAATTCCGACCTTCAATTCCTCTTAGTCAGGAAGAGCTTGAAAAGAAGGGTATTTGGGACTTCAATCGTTTGAGTCAACCTTATATCGTGGAAAATATATTGCAGGATAAGTTTGGAAGTATTTGGATGGATGTGGCTTCAATATATC
TCAACAAAAACGAATATCAACGTTATGAGTTTAAGGAAGAGTATGCTACAGAGAAGAAGATCCTTTCTAAATTGAAGGAAAATGAAGAGACTCCAGAAGGGCTGCAGAAAGCAGAAAAGTTGAAGAAGTGCCTGTTTGATCTTCTACATGAGATTGTTCTAATCAGGGATCCAGAAGATCCAGGGAAATTCTATCCTCGA
TTCAGTCTTGAGGAAACTACTAGTTTCAGAGAATTAGATGATCACAGTAAAAGTGTTCTAAAAGAAATGTACTATGATTACTATTTTCATCGGCAAGAGAGCCTTTGGCGACAAAATGCATTGAAGACACTTCCTGTTCTATTAAATTCATCAGACATGTTGGCATGTGGGGAAGATCTTGGAATGATTCCCGCTTGTGT
GCATCCTGTTATGCAAGAGTTGGGTTTAATTGGTCTCCGCATTCAACGGATGCCTAGCGAGTCTGATCTAGAATTTGGTATCCCTGCAAACTATGGTTATATGACGGTGTGTGCCCCATCATGTCATGATTGTTCTACTTTACGTGCTTGGTGGGAAGAGGATGAGGGAAGACGCATTCGTTTCTTCAGGAATGCGCTAG
GGTACAGTGAAGTACCACCTACTCAGTGCAATCCTAAGATTTCCCGTGCAATAATCCAGCAGCACATTGAAGCTCCATCAATGTGGACAATTCTTCCACTCCAGGATCTTCTAGCATTAAAGGAAGACTATAGCAAACGCCCAGCAACTGAGGAGACTATCAATGACCCAACAAATCCTAAACACTATTGGCGCTTTCGT
GTACATGTTAGTCTGGAGTTGCTTCTGGCGGATTCTGAATTTCAGAGAATTATTAAAGATATGGTCCAGAGTAGTGGAAGAGCATACCCTCCAGGGGGAAAAGGTGATATTCAAAGTGACGCTGATGGAATCACATACTCAATAGAAAGGGCAACGCTAATGGATAATGGACGTGAAAATGGTTGTGCACCCTTGAATTT
GACAGAAGCCCAAAAAATATCGTGAAAATTTTGAAAAAAAGGCAGTTATTGACAACATAAGTGGAAAAGCTTTCTGAATGTAATTATTCAGAAATTTGGTATTCCAGGAACTTATTGCATCAGTAAGATTCATATTCTATGGGCACATATTTATCTTACCTACGATATAAGCTCATTAATAATAAATTTGAATTGAAGCA
GTTACCTCCCTACAGATCAGAGGAAAGTGGAGGCTAACAGATCGGTTAGGGATAGAGAACCCCAGAGGCCGACAATGGGTTCCCTTAAATTAGGCATCAGACAAAAGCTGCGGGCGATGGAGATAGTTTTTTCCTCTAATAATTAGGAGTTTGAGACCTCCTAACAGGGAGTTCTATTAAAGACACTATTCCAAATTTAT
TTATTCTGTTTGGTTGATTTGTTTATTCCAATATAATCTGATTGCGGATGTCTACTGTAAACTTATCTGCCGG
>TRINITY_DN121531_c0_g1_i18 from sample A2 / Example unspliced isoform:GTGTACTAAATCTGGCTTTGGCAGCAGCTGTAGCCTTCTATCGCTACCAGCCTACCGCTACCTCTACCTACCAATGGCGAGTACAGGATTTGAACCCTTGCCGTTCACCCGCATCCGCAAGGTAACCTTGAGCTTCAGGCTTCCATACTTTACGCAATGGGGCCAGAATTTGATGGTCTGCGGGTCCGATCCCGCGCTGG
GAGCGTGGAAAACAAACCATGGACTGCGAATGACGCATCATCTTCAGGGCGCCGACGTTCTTGTTTGGCATGCAACCCTCACCGTTCCTCACGATTTCTCTTGCGATTACAGTTACTATGTCGTTGACGACCAGCGAAACGTACTCAGGTCGGAATCCGGCAGAGGCCATGCCTTTGCTCTCCCTCAAGGCCTCCCCGAC
GGAGCCTCTGTCGAAATTCACGATCTTTGGCAGGATGGTTCGGCCCCAGAATCTCTCCTTTCTAGAAGTGCCTTTCAGAAGGCCATCTTTCACCAAGATGAGAATGAAGAGAACTTTGAGGATACCAAAAGAAATATTGAAGAAGACCATTTTCCTAAAGAGAATTTCAATCAACAAGATTCTGTTGTTGTTCGCTTCAG
AATTTGCTGCCCGCGATTGGAAAGGGGGAAAGCTGCATACTTAACTGGTAGTGCATCGGCATTAGGAAATTGGGAGTTGAAGGAAGCTGTTAAACTCTCCTCTTTTGGAGATGCTTATTGGCAGGTAGATTGCACTATAAGGAGGGATGAGTTTCCAATTAGATATAAGTATGTTCTCAAGGACAAGAGCACGACGGTCA
TTCCTGAAGTTGGTTCTGATAGAGAGCTTAGCTGCGATTCTATTTCAGGGAAGCTGGCTACAATGATTCTTGTATCAGATGGAAGCTTGAGGGAAACACCCTGGCGGGGTGCTGGAGTTGCGATTCCAGTTTTTTCTCTTAGAACACAAGACGACATTGGAGTGGGTGAATTTCTTGACTTGAAGTTACTTGTTGACTTA
TGTGTCAAGTCTGGTCTTCACTTAGTTCAGTTGCTCCCAGTGAATGATACTTCTGTTCATCAGATGTGGTGGGATTCCTACCCATACAGCTCCCTTTCCGTATTTGCGTTGCACCCATTATATTTGAGGGTACAAGCTCTATCACAAAAGATACCTGAAGAAATAAAGCAAGAGATAGAGAAAGCCAGAGAGCACCTTAA
CTTGAAGGATGTAGATTATGAAGCTACCGTGGCTACAAAACTAGCAATTGCTAAAAAGATTTTCTACTTAGAGAAAGATGAAGTGCTTAGTTCAGATGCTTTCCAGAAGTTCTTCCAGGAGAACAAGGCCTGGCTGGAACCGTACGCGGCATTTTGTTTTCTCCGAGATTTTTTTGAGACATCGGATCATAGTCAATGGG
GTCGCTTCTCTGAACTCTCCAAAGCAAAGTTGGAAAAGTTGGTGTCAAAGCAGAGTGAGAGTTACAACACAATTGCATTTCATTTTTATGTTCAATTCCATCTGCATTTGCAGCTTTCAGATGCTGCAGAATATGCTAGAAACAACAAAGTAGTTTTGAAAGGAGATCTTCCGATTGGAGTGGATCGACACAGTGTGGAT
ACATGGGTTTACCCAAATCTATTCCGGATGAACACGTCAACTGGTGCACCACCAGACTATTTTGATAAGAATGGGCAGAACTGGGGCTTTCCTACTTATAACTGGGAGGAAATGTCTAAAGATAATTATGCCTGGTGGCAATCACGACTGGCGCAGgttgcattgttttggtttctgatatatattggatacattactag
caattttacaaatattacaacatatatcatactcgtcttgactggtttcagcttcatttcttaactctggagatgcatccttcatttcaaaaatatttttgtaaaatatatttacaggacaaagcatttatttttgcgtgctacaaacattgatgtttgcagATGGGGAAATATTTCACAGCATACAGAATAGATCATAT
TCTGGGCTTTTTTAGAATTTGGGAGCTCCCAGAACATGCAGTAACTGGTCTCATGGGAAAATTCCGACCTTCAATTCCTCTTAGTCAGGAAGAGCTTGAAAAGAAGGGTATTTGGGACTTCAATCGTTTGAGTCAACCTTATATCGTGGAAAATATATTGCAGGATAAGTTTGGAAGTATTTGGATGGATGTGGCTTCAA
TATATCTCAACAAAAACGAATATCAACGTTATGAGTTTAAGGAAGAGTATGCTACAGAGAAGAAGATCCTTTCTAAATTGAAGGAAAATGAAGAGACTCCAGAAGGGCTGCAGAAAGCAGAAAAGTTGAAGAAGTGCCTGTTTGATCTTCTACATGAGATTGTTCTAATCAGGGATCCAGAAGATCCAGGGAAATTCTAT
CCTCGATTCAGTCTTGAGGAAACTACTAGTTTCAGAGAATTAGATGATCACAGTAAAAGTGTTCTAAAAGAAATGTACTATGATTACTATTTTCATCGGCAAGAGAGCCTTTGGCGACAAAATGCATTGAAGACACTTCCTGTTCTATTAAATTCATCAGACATGTTGGCATGTGGGGAAGATCTTGGAATGATTCCCGC
TTGTGTGCATCCTGTTATGCAAGAGTTGGGTTTAATTGGTCTCCGCATTCAACGGATGCCTAGCGAGTCTGATCTAGAATTTGGTATCCCTGCAAACTATGGTTATATGACGGTGTGTGCCCCATCATGTCATGATTGTTCTACTTTACGTGCTTGGTGGGAAGAGGATGAGGGAAGACGCATTCGTTTCTTCAGGAATG
CGCTAGGGTACAGTGAAGTACCACCTACTCAGTGCAATCCTAAGATTTCCCGTGCAATAATCCAGCAGCACATTGAAGCTCCATCAATGTGGACAATTCTTCCACTCCAGGATCTTCTAGCATTAAAGGAAGACTATAGCAAACGCCCAGCAACTGAGGAGACTATCAATGACCCAACAAATCCTAAACACTATTGGCGC
TTTCGTGTACATGTTAGTCTGGAGTTGCTTCTGGCGGATTCTGAATTTCAGAGAATTATTAAAGATATGGTCCAGAGTAGTGGAAGAGCATACCCTCCAGGGGGAAAAGGTGATATTCAAAGTGACGCTGATGGAATCACATACTCAATAGAAAGGGCAACGCTAATGGATAATGGACGTGAAAATGGTTGTGCACCCTT
GAATTTGACAGAAGCCCAAAAAATATCGTGAAAATTTTGAAAAAAAGGCAGTTATTGACAACATAAGTGGAAAAGCTTTCTGAATGTAATTATTCAGAAATTTGGTATTCCAGGAACTTATTGCATCAGTAAGATTCATATTCTATGGGCACATATTTATCTTACCTACGATATAAGCTCATTAATAATAAATTTGAATT
GAAGCAGTTACCTCCCTACAGATCAGAGGAAAGTGGAGGCTAACAGATCGGTTAGGGATAGAGAACCCCAGAGGCCGACAATGGGTTCCCTTAAATTAGGCATCAGACAAAAGCTGCGGGCGATGGAGATAGTTTTTTCCTCTAATAATTAGGAGTTTGAGACCTCCTAACAGGGAGTTCTATTAAAGACACTATTCCAA
ATTTATTTATTCTGTTTGGTTGATTTGTTTATTCCAATATAATCTGATTGCGGATGTCTACTGTAAACTTATCTGCCGG
Intron 8 GTATTTCAAC ... GATCTTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 24.14 | 22 | 9 | 5 |
| A2 | 14.81 | 23 | 8 | 0 |
| A3 | 21.95 | 16 | 7 | 2 |
| A4 | 27.66 | 17 | 5 | 8 |
| A5 | 50 | 1 | 1 | 1 |
| A6 | 20 | 4 | 2 | 0 |
| A7 | 19.3 | 23 | 6 | 5 |
| A8 | 15.38 | 11 | 3 | 1 |
| A9 | 18.92 | 15 | 6 | 1 |
| A10 | 11.76 | 15 | 3 | 1 |
>TRINITY_DN108140_c0_g1_i12 from sample A4 / Example spliced isoformCAGAACTCGCTCTTCAAAGCTTGAGGTGGACTGTGTACTAAATCTGGCTTTGGCAGCAGCTGTAGCCTTCTATCGCTACCAGCCTACCGCTACCTCTACCTACCAATGGCGAGTACAGGATTTGAACCCTTGCCGTTCACCCGCATCCGCAAGGTAACCTTGAGCTTCAGGCTTCCATACTTTACGCAATGGGGCCAGAA
TTTGATGGTCTGCGGGTCCGATCCCGCGCTGGGGGCGTGGAAAACAAACCAGGGACTGCGAATGACGCATCATCTTCAGGGCGCCGACGTTCTTGTTTGGCATGCAACCCTCACCGTTCCTCACGATTTCTCTTGCGATTACAGTTACTATGTCGTTGACGACCAGCGAAACGTACTCAGGTCGGAATCCGGCAGAGGCC
ATGCCTTTGCTCTCCCTCAAGGCCTCCCCGACGGAGCCTCTGTCGAAATTCACGATCTTTGGCAGGATGGTTCGGCCCCAGAATCTCTCCTTTCTAGAAGTGCCTTTCAGAAGGCCATCTTTCACCAAGATGAGAATGAAGAGAACTTTGAGGATACCAAAAGAAATATTGAAGAAGACCATTTTCCTAAAGAGAATTTC
AATCAACAAGATTCTGTTTTTGTTCGCTTCAGAATTTGCTGCCCGCGATTGGAAAGGGGGAAAGCTGCATACTTAACTGGTAGTGCATCGGCATTAGGAAATTGGGAGTTGAAGGAAGCTGTTAAACTCTCCTCTTTTGGAGATGCTTATTGGCAGGTAGATTGCACTATAAGGAGGGATGAGTTTCCAATTAGATATAA
GTATGTTCTCAAGGACAAGAGCACGACGGTCATTCCTGAAGTTGGTTCTGATAGAGAGCTTAGCTGCGATTCTATTTCAGGGAAGCTGGCTACAATGATTCTTGTATCAGATGGAAGCTTGAGGGAAACACCCTGGCGGGGTGCTGGAGTTGCGATTCCAGTTTTTTCTCTTAGAACACAAGACGACATTGGAGTGGGTG
AATTTCTTGACTTGAAGTTACTTGTTGACTTATGTGTCAAGTCTGGTCTTCACTTAGTTCAGTTGCTCCCAGTGAACGATACTTCTGTTCATCAGATGTGGTGGGATTCCTACCCATACAGCTCCCTTTCCGTATTTGCGTTGCACCCATTATATTTGAGGGTACAAGCTCTATCACAAAAGATACCTGAAGAAATAAAG
CAAGAGATAGAGAAAGCCAGAGAGCACCTTAACTTGAAGGATGTAGATTATGAAGCTACCGTGGCTACAAAACTAGCAATTGCTAAAAAGATTTTCTACTTAGAGAAAGATGAAGTGCTTAGTTCAGATGCTTTCCAGAAGTTCTTCCAGGAGAACAAGGCCTGGCTGGAACCGTACGCGGCATTTTGTTTTCTCCGAGA
TTTTTTTGAGACATCGGATCATAGTCAATGGGGTCGCTTCTCTGAACTCTCCAAAGCAAAGTTGGAAAAGTTGGTGTCAAAGCAGAGTGAGAGTTACAACACAATTGCATTTCATTTTTATGTTCAATTCCATCTGCATTTGCAGCTTTCAGATGCTGCAGAATATGCTAGAAACAACAAAGTAGTTTTGAAAGGAGATC
TTCCGATTGGAGTGGATCGACACAGTGTGGATACATGGGTTTACCCAAATCTATTCCGGATGAACACATCAACTGGTGCACCACCAGATTATTTTGATAAGAATGGGCAGAACTGGGGCTTTCCTACTTATAACTGGGAGGAAATGTCTAAAGATAATTATGCCTGGTGGCAATCACGACTGGCGCAGATGGGGAAATAT
TTCACAGCATACAGAATAGATCATATTCTGGGCTTTTTTAGAATTTGGGAGCTCCCAGAACATGCAGTAACTGGTCTCATGGGAAAATTCCGACCTTCAATTCCTCTTAGTCAGGAAGAGCTTGAAAAGAAGGGTATTTGGGATTTCAATCGTTTGAGTCAACCTTATATCGTGGAAAATATATTGCAGGATAAGTTTGG
AAGTATTTGGATGGATGTGGCTTCAATATATCTCAACAAAAACGAATATCAACGTTATGAGTTTAAGGAAGAGTATGCTACAGAGAAGAAGATCCTTTCTAAATTGAAGGAAAATGAAGAGACTCCAGAAGGGCTGCAGAAAGCAGAAAAGTTGAAGAAGTGCCTGTTTGATCTTCTACATGAGATTGTTCTAATCAGGG
ATCCAGAAGATCCAGGGAAATTCTATCCTCGATTCAGTCTTGAGGAAACTACTAGTTTCAGAGAATTAGATGATCACAGTAAAAGTGTTCTAAAAGAAATGTACTATGATTACTATTTTCATCGGCAAGAGAGCCTTTGGCGACAAAATGCATTGAAGACACTTCCTGTTCTATTAAATTCATCAGACATGTTGGCATGT
GGGGAAGATCTTGGAATGATTCCCGCTTGTGTGCATCCTGTTATGCAAGAGTTGGGTTTAATTGGTCTCCGCATTCAACGGATGCCTAGCGAGTCTGATCTAGAATTTGGTATCCCTGCAAACTATGGTTATATGACGGTGTGTGCCCCATCATGTCATGATTGTTCTACTTTACGTGCTTGGTGGGAAGAGGATGAGGG
AAGACGCATTCGTTTCTTCAGGAATGCGCTAGGGTACAGTGAAGTACCACCTACTCAGTGCAATCCTAAGATTTCCCGTGCAATAATCCAGCAGCACATTGAAGCTCCATCAATGTGGACAATTCTTCCACTCCAGGATCTTCTAGCATTAAAGGAAGACTATAGCAAACGCCCAGCAACTGAGGAGACTATCAATGACC
CAACAAATCCTAAACACTATTGGCGCTTTCGTGTACATGTTAGTCTGGAGTTGCTTCTGGCGGATTCTGAATTTCAGAGAATTATTAAAGATATGGTCCAGAGTAGTGGAAGAGCATACCCTCCAGGGGGAAAAGGTGATATTCAAAGTGACGCTGATGGAATCACATACTCAATAGAAAGGGCAACGCTAATGGATAAT
GGACGTGAAAATGGTTGTGCACCCTTGAATTTGACAGAAGCCCAAAAAATATCGTGAAAATTTTGAAAAAAAGGCAGTTATTGACAACATAAGTGGAAAAGCTTTCTGAATGTAATTATTCAGAAATTTGGTATTCCAGGAACTTATTGCATCAGTAAGATTCATATTCTATGGGCACATATTTATCTTACCTACGATAT
AAGCTCATTAATAATAAATTTGAATTGAAGCAGTTACCTCCCTACAGATCAGAGGAAAGTGGAGGCTAACAGATCGGTTAGGGATAGAGAACCCCAGAGGCCGACAATGGGTTCCCTTAAATTAGGCATCAGACAAAAGCTGCGGGCGATGGAGATAGTTTTTTCCTCTAATAATTAGGAGTTTGAGACCTCCTAACAGG
GAGTTCTATTAAAGACACTATTCCAAATTTATTTATTCTGTTTGGTTGATTTGTTTATTCCAATATAATCTGATTGCGGATGTCTACTGTAAACTTATCTGCTGGATATTGGAACATAGTTATTCTATCACCAATTGCAAATATAAATTCATTGTAAACTTGAGAGCCACCTCTTGTTTAGTCTGTCGACTCAAGTGATC
ACCACCAAAAGAATGTGATCATGAATTATGTGGTATCTGTTCCTTTTTATTTGCGTGCATAATATTCCTGTTAGC
>TRINITY_DN108140_c0_g1_i5 from sample A4 / Example unspliced isoform:CAGAACTCGCTCTTCAAAGCTTGAGGTGGACTGTGTACTAAATCTGGCTTTGGCAGCAGCTGTAGCCTTCTATCGCTACCAGCCTACCGCTACCTCTACCTACCAATGGCGAGTACAGGATTTGAACCCTTGCCGTTCACCCGCATCCGCAAGGTAACCTTGAGCTTCAGGCTTCCATACTTTACGCAATGGGGCCAGAA
TTTGATGGTCTGCGGGTCCGATCCCGCGCTGGGGGCGTGGAAAACAAACCAGGGACTGCGAATGACGCATCATCTTCAGGGCGCCGACGTTCTTGTTTGGCATGCAACCCTCACCGTTCCTCACGATTTCTCTTGCGATTACAGTTACTATGTCGTTGACGACCAGCGAAACGTACTCAGGTCGGAATCCGGCAGAGGCC
ATGCCTTTGCTCTCCCTCAAGGCCTCCCCGACGGAGCCTCTGTCGAAATTCACGATCTTTGGCAGGATGGTTCGGCCCCAGAATCTCTCCTTTCTAGAAGTGCCTTTCAGAAGGCCATCTTTCACCAAGATGAGAATGAAGAGAACTTTGAGGATACCAAAAGAAATATTGAAGAAGACCATTTTCCTAAAGAGAATTTC
AATCAACAAGATTCTGTTTTTGTTCGCTTCAGAATTTGCTGCCCGCGATTGGAAAGGGGGAAAGCTGCATACTTAACTGGTAGTGCATCGGCATTAGGAAATTGGGAGTTGAAGGAAGCTGTTAAACTCTCCTCTTTTGGAGATGCTTATTGGCAGGTAGATTGCACTATAAGGAGGGATGAGTTTCCAATTAGATATAA
GTATGTTCTCAAGGACAAGAGCACGACGGTCATTCCTGAAGTTGGTTCTGATAGAGAGCTTAGCTGCGATTCTATTTCAGGGAAGCTGGCTACAATGATTCTTGTATCAGATGGAAGCTTGAGGGAAACACCCTGGCGGGGTGCTGGAGTTGCGATTCCAGTTTTTTCTCTTAGAACACAAGACGACATTGGAGTGGGTG
AATTTCTTGACTTGAAGTTACTTGTTGACTTATGTGTCAAGTCTGGTCTTCACTTAGTTCAGTTGCTCCCAGTGAACGATACTTCTGTTCATCAGATGTGGTGGGATTCCTACCCATACAGCTCCCTTTCCGTATTTGCGTTGCACCCATTATATTTGAGGGTACAAGCTCTATCACAAAAGATACCTGAAGAAATAAAG
CAAGAGATAGAGAAAGCCAGAGAGCACCTTAACTTGAAGGATGTAGATTATGAAGCTACCGTGGCTACAAAACTAGCAATTGCTAAAAAGATTTTCTACTTAGAGAAAGATGAAGTGCTTAGTTCAGATGCTTTCCAGAAGTTCTTCCAGGAGAACAAGGCCTGGCTGGAACCGTACGCGGCATTTTGTTTTCTCCGAGA
TTTTTTTGAGACATCGGATCATAGTCAATGGGGTCGCTTCTCTGAACTCTCCAAAGCAAAGTTGGAAAAGTTGGTGTCAAAGCAGAGTGAGAGTTACAACACAATTGCATTTCATTTTTATGTTCAATTCCATCTGCATTTGCAGGTTAGTCTACATTATTGAAGTTTCTTTACCAAACAAATGTGGTTTCCAGAAAATA
AGGATGCAAATATTTCAACGTTGTTATGAATTATATAAATACCTGCACATGTGATTTCATTTGTTATGGTTGCTATTCCAGCTTTCAGATGCTGCAGAATATGCTAGAAACAACAAAGTAGTTTTGAAAGGAGATCTTCCGATTGGAGTGGATCGACACAGTGTGGATACATGGGTTTACCCAAATCTATTCCGGATGAA
CACATCAACTGGTGCACCACCAGATTATTTTGATAAGAATGGGCAGAACTGGGGCTTTCCTACTTATAACTGGGAGGAAATGTCTAAAGATAATTATGCCTGGTGGCAATCACGACTGGCGCAGGTTGCATTGTTTTGGTTTCTGATATATATTGGATACATTACTAGCAATTTTACAAATATTACAACATATATCATAC
TCGTCTTGACTGGTTTCAGCTTCATTTCTTAACTCTGGAGACGCATCCTTCATTTCAAAAATATTTTTGTAAAATATATTTACAGGACAAAGCATTTATTTTTGCGTGCTACAAACATTGATGTTTGCAGATGGGGAAATATTTCACAGCATACAGAATAGATCATATTCTGGGCTTTTTTAGAATTTGGGAGCTCCCAG
AACATGCAGTAACTGGTCTCATGGGAAAATTCCGACCTTCAATTCCTCTTAGTCAGgtatttcaacttgcatttggttaggtcttttgatgacgaggaatttatttacatagtgaaagaagctctctactagctgtccccagtagggagaaattaaatttcgagcatcacacttttagttattttacgcttttcaattta
tgttcacattgtatagcatttaaatatttatgttaggcatccttattgatcgttttctttctcttgtggaataaaatacttgtcagttaaatttgtttctttggctattgggtctggagcttaattagtaatgtttatctgtttgttagctctgaagtttcactggaagcgttcccttgtgacactttaactctcagggt
ttcagcacattcatgccaaatatttgagaaatatataaaagccttgtctatgatattgcatttgaagcaggttaccctctattcatatttccattaaatgcctgtgtgatgatgtccattgaatatatgtgatcttgtagGAAGAGCTTGAAAAGAAGGGTATTTGGGATTTCAATCGTTTGAGTCAACCTTATATCGTG
GAAAATATATTGCAGGATAAGTTTGGAAGTATTTGGATGGATGTGGCTTCAATATATCTCAACAAAAACGAATATCAACGTTATGAGGTGTGTTGGATAATCGTTTGTTTTTTATTATGTAATTCGGTGGAGTTATATTTTTAATTTATATTAAATGGC