NA ----> NA

Intron 1 GTGAGTCCTT ... TTCAATTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	83.77	31	226	94
A2	72.36	38	137	62
A3	79.31	33	173	80
A4	75.07	45	198	73
A5	67.16	22	66	24
A6	56.52	5	9	4
A7	35.29	11	12	0
A8	20	6	1	2
A9	50	4	8	0
A10	60	3	8	1

>TRINITY_DN48499_c0_g1_i6 from sample A7 / Example spliced isoform

GAGGACGCAGAGCACCGCGGTTGGTTCTCCGAGGACGCAGAGCACCGCGGTTGGTTTTCTGTTTGGTGTTCCTTGGTTCTTCGTTCATTAATTGCTAAACGCGCAGTTGGTGGCATGTCTGGACGGATGGTTAGAAGCGAGATTGGACGGATGGCCTGGAAAGAGGAGCTAAGAAGAGCTGTGATGGTTTCCTTGGTTCT
TTGAGGACAGAGAGTAGAGTTTAATTATGTTTGGTGTTGTTATTATTTTTTATGTTTATGCTGTTGTGATTGTTATTTTTTTCTTACTTTGAGCATGGCCATGCTGTTTTGGGGTTTGATATATTGCTTTTCTGTGTGTTTTCTCTTATTTGTTCGTTTTACATTTCTTCATTGTTTTTAATTTTTAATTTTTTCGTTTT
AATGGGTGGGAAATTAGGGCACTCCATACATCTAAGCTCAAGCAGATTTCACAGAGCAGTGACAATACAGGTGAAGTTGGAGGAGCTGTTAAAGATCTTTGTATCTTTGTGCGAGGGCAGGGTGACAATACCGGTGAAGTTGGAGGAGCTGTTAAAGATCTTTGTATCTTTGTGCGAGGGCAGATGGGTTTAGTGGGTGG
GCAAATGGAGGCAATCCCAAACAGCCCAGTTGATGCAGATTCCACAGGCACAAAGGGTGCAAGCGAAGGCTTAGAAGAAGTGGTTGGGGAAAGAAGGGCTTCTCCAGACAACCCATATCGTGGATATAAGGGCTTCTCCAGACAACCCATATCGTGGATATAGACAAGTGTAGTGGGTGAAGGTGAAGATTGAGATGTGG
TTAGGGAAATAAGGGCTTCTCCAGACAACCCATATCGTGGATATAGACAAGTGCAGTGGGTGAAGTTGAAGATTGAGATGGTGGTTGGGGAAATAAGGGCTTCTCTAGACAACCCATATTGTGGATATAGACAAGTGCAGTGGGTGAAGGTGAAGATTGAGATGGTGGTTAGGGAAATAAGGGCTTCTCCAGACAACCCT
AAAGAAATGTGGTGGTTCATCGATAAAAAACTATTGAAATATTTATGT

>TRINITY_DN48499_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GTCGGATGTCTGGACGGATGGCTAGACGTGAGGTTGGACGGATGGTTTCCTGGTTTCCTTGGTTCTTCGTTCATCAATTGTTAAACCCGCGGTTCATTAATTGTTAAACCCGCGGTTGGTCGGATGTCTGGACGGATGGCGCCGGGACGCAGAGCACCTCGGTTTTTTGTTTGTTTGGTGTTCCTATGGCACCCGAACTT
TTCTTCCTTCATTAACTGCTAAACGCGCAGTTGGTGGGATGTCTGGACGGATGGTTAGAAGCGAGATTGGACGGATGGCCTGGAAAGAGGAGCTAAGAAGAGCTGTGATGGTTTCCTTGGTTCTTTGAGGACAGAGAGTAGAGTTTAATTATGTTTGGTGTTGTTATTATTTTTTATGTTTATGCTGTTGTGATTGTTAT
TTTTTTCTTACTTTGAGCATGGCCATGCTGTTTTGGGGTTTGATATATTGCTTTTCTGTGTGTTTTCTCTTATTTGTTCGTTTTACATTTCTTCATTGTTTTTAATTTTTAATTTTTTCGTTTTAATGGGTGGGAAATTAGGGCACTCCATACATCTAAGCTCAAGCAGATTTCACAGAGCAGTGACAATACAGGTGAAG
TTGGAGGAGCTGTTAAAGATCTTTGTATCTTTGTGCGAGGGCAGGGgtgagtcctttgtttttacaaaattcaggtaatcattttcattacaaatccaattatctcctctctttacctacttagggtttacgatttgggttattggaaattaaggaagtcctaaacagctagttgatacagattccacagaggcaatgag
cacaagcgcgtgtggtttgatttaactcaatttctgttgcataattacataatgtctgtttttgaaattttgaatcaatgcaaataaataagggtggatgagctcttgaatatatttgtgtgtgatgtgcagagagaaactcatatatatatgaaattttgaagcaatgcaaataaataagggtggatgagctcttgaat
atatttgtgtgtgatgggcagagagaaactcatatatatatatctatttatttatttatttattttatttttatttttattttcaatttagTGACAATACCGGTGAAGTTGGAGGAGCTGTTAAAGATCTTTGTATCTTTGTGCGAGGGCAGATGGGT

Intron 2 GTTCCATGCA ... TTGGATTGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	51.3	430	453	0
A2	46.02	373	318	0
A3	47.35	427	384	0
A4	53.06	360	407	0
A5	48.35	172	161	0
A6	35.59	38	21	0
A7	34.7	239	127	0
A8	47.01	177	157	0
A9	44.64	129	104	0
A10	35.86	161	90	0

>TRINITY_DN43929_c0_g1_i5 from sample A9 / Example spliced isoform

TATGTATGTATGGCTAAAGGTGGAGGTATGTATGGAAGAACGAACTTGTTTGTTACATAATTTTATGTTTCCATATTTTCATTTACTCATTTGTTGCTTCATAATTTCATCATGTACTGTTCCATGCATGTTTGTTTGTTTAAATTTAGAGGCAATGCAGGTAAAGGAAGGTAATTGGAATCTCAACACATCAACAAGAC
TTGCCTATATGGTTGAGGAAATTAAGGCTTCTCCAAACACCCATATTGTGGATATAGACAAGTGGAGTGGGTGAAGGTGAAGATTGAGGTGGTAAAGAAATGTGGTGGTTCAT

>TRINITY_DN43929_c0_g1_i21 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TATGTATGGCTAAATGAGGAGGTATGTATAGGAGAATTTACTTGTTCGTTGCTACATAATTTTATAATTTTAGGGTTCCATGTTTTCATTTAACTCATTTGATGCTTCTTAATTTTATCATGTAGATTTGTTTAATAATCAAGTATGCGGGTAAAGGAAGGTATTTGTTTAATAATCAAGTATGCGGGTAAAGGAAGGTA
TTTGTTTAACTCATTTGTCTCTTCATCTTACAATATATATCAAGTATTTGTTTAATAATAATTATGAGATTTTTTGCTTTGTATTTAGTATTTTATGGTTTGGTTGTTGTTGGGTTCACTGGTTGGGGAATTTAAGGCTTCTCCAGACATCTCATATCATGGATATAAACAAGTGCAGTGGGTGAAGGTGAAGATTGAGg
ttccatgcatgtttgttaaattatagacatcttatattatttgtcatttatttaattaatgagtccaatgcaatgtaggtaaagaaatgtggtagttcatcgataaaaaaactattgaaatatctatgtgagagatattctagtatactgtgtagaagcaaaggcgttggtgagttctctttgatttatatttttggtgt
ttacacatgtacttgtatataatattactcataagatatttggtctcacatcaaatatatatatttcggtctcataaaatatttggtgtatttaatatttaataattttagggttccatgttttcatttaactcatttggattgagGTGGTAAAGAAATGTGGTGGTTCATAAAAAACTATTGAAATATCTATGTGAGAG
ATGAGAGAATATTTTAGTATACTGTGTAGAAGCTTTAGTATACTGTATAGAAGCAAAGGCGTTGGGTGTTCTTGGTTGGCCTTGGATGCCTTTTGGTGTTACAGAGCACAGTCTATGCTTGTTATTTCTCTTTGTTTGTTTTTTTTTTGTTACTTTTATCATTTTTTGTTGTCGTTGTTTGCATCTTTTGCCAGGGTTGT
TTTTTTGTTTTTCTATTACTATGG

Intron 3 GTGAAGATTG ... TGCAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	84.18	67	345	368
A2	90.89	27	250	289
A3	89.32	36	300	302
A4	88.76	44	330	365
A5	89.78	14	129	117
A6	92	2	16	30
A7	76.3	32	101	105
A8	88.85	15	131	108
A9	76.68	26	89	82
A10	75.12	25	70	81

>TRINITY_DN43929_c0_g1_i25 from sample A9 / Example spliced isoform

AGACATCTCATATCATGGATATAAACAAGTGCAGTGGGTGAAGGTAAAGAAATGTGGTAGTTCATCAATAAAAAGCTATTGAAATATCTATGTGAGAGAGATTCTAGTATACTGTGTAGAAGCAAAGGCGTTGGGATTTTAGTATACTGTATAGAAGCAAAGGCGTTGGGTGTTCTTGGTTGGCCTTGGATGCCTTTTGG
TGTTACAGAGCACAGTCTATGCTTGTTATTTCTCTTTGTTTGTTTTTTTTTTGTTACTTTTATCATTTTTTGTTGTCGTTGTTTGCATCTTTTGCCAGGGTTGTTTTTTTGTTTTTCTATTACTATGG

>TRINITY_DN43929_c0_g1_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:

AGTTGAGTAGAGTTTCAAATATGCAACTTTTGGCCTTTGCGTAAGATGTACTTAATTTTGCGTAAGTGTTATGGGCTTTGCTGAATATTTCTCTTAATATATATCATGTATTTGTTTAATAATAATTAAGAGATTTTTTGCTTTGTATTTAACATTTTATGGTTTGGTTGTTGTTGGGTTTACTGGTTGGGGAATTTAAG
GCTTCTCTAGACATCTCATATCATGGATATAAACAAGTGCAGTGGGTGAAGgtgaagattgaggttccatgcatgtttgttaaattatagatatcttatattatttgtcatttatttaattaatgagtccaatgcaatgcagGTAAAGAAATGTGGTAGTTCATCAATAAAAAGCTATTGAAATATCTATGTGAGAGAGA
TTCTAGTATACTGTGTAGAAGCAAAGGCGTTGGCAACTTTTGGCCTTTGCGTAAGATTTACTTAATTTTGCATAAGTGTTATGGGCTTTGCTGAATCTTTCTCTTAATATATATCAAGTATTTGTTTAATAATAATTATGAGATTTTTTGCTTGGTATTTAATATTTTATGGTTTGGTTTTTGTTGGGTTAAGTGGTTGA
GGAAATTAAGGCTTCTCCAAGATTGAGGTGGTAAAGAAATGTGGTGGTTCATGATTTTAGTATACTGTATAGAAGCAAAGGC

Intron 4 GTGAGTCCTT ... CAAAATTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50	31	31	31
A2	42.86	38	30	27
A3	31.25	33	19	11
A4	41.56	45	41	23
A5	38.03	22	15	12
A6	50	5	5	5
A7	53.19	11	14	11
A8	40	6	4	4
A9	20	4	2	0
A10	57.14	3	4	4

>TRINITY_DN48499_c0_g1_i6 from sample A7 / Example spliced isoform

GAGGACGCAGAGCACCGCGGTTGGTTCTCCGAGGACGCAGAGCACCGCGGTTGGTTTTCTGTTTGGTGTTCCTTGGTTCTTCGTTCATTAATTGCTAAACGCGCAGTTGGTGGCATGTCTGGACGGATGGTTAGAAGCGAGATTGGACGGATGGCCTGGAAAGAGGAGCTAAGAAGAGCTGTGATGGTTTCCTTGGTTCT
TTGAGGACAGAGAGTAGAGTTTAATTATGTTTGGTGTTGTTATTATTTTTTATGTTTATGCTGTTGTGATTGTTATTTTTTTCTTACTTTGAGCATGGCCATGCTGTTTTGGGGTTTGATATATTGCTTTTCTGTGTGTTTTCTCTTATTTGTTCGTTTTACATTTCTTCATTGTTTTTAATTTTTAATTTTTTCGTTTT
AATGGGTGGGAAATTAGGGCACTCCATACATCTAAGCTCAAGCAGATTTCACAGAGCAGTGACAATACAGGTGAAGTTGGAGGAGCTGTTAAAGATCTTTGTATCTTTGTGCGAGGGCAGGGTGACAATACCGGTGAAGTTGGAGGAGCTGTTAAAGATCTTTGTATCTTTGTGCGAGGGCAGATGGGTTTAGTGGGTGG
GCAAATGGAGGCAATCCCAAACAGCCCAGTTGATGCAGATTCCACAGGCACAAAGGGTGCAAGCGAAGGCTTAGAAGAAGTGGTTGGGGAAAGAAGGGCTTCTCCAGACAACCCATATCGTGGATATAAGGGCTTCTCCAGACAACCCATATCGTGGATATAGACAAGTGTAGTGGGTGAAGGTGAAGATTGAGATGTGG
TTAGGGAAATAAGGGCTTCTCCAGACAACCCATATCGTGGATATAGACAAGTGCAGTGGGTGAAGTTGAAGATTGAGATGGTGGTTGGGGAAATAAGGGCTTCTCTAGACAACCCATATTGTGGATATAGACAAGTGCAGTGGGTGAAGGTGAAGATTGAGATGGTGGTTAGGGAAATAAGGGCTTCTCCAGACAACCCT
AAAGAAATGTGGTGGTTCATCGATAAAAAACTATTGAAATATTTATGT

>TRINITY_DN48499_c0_g1_i9 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GTCGGATGTCTGGACGGATGGCTAGACGTGAGGTTGGACGGATGGTTTCCTGGTTTCCTTGGTTCTTCGTTCATCAATTGTTAAACCCGCGGTTCATTAATTGTTAAACCCGCGGTTGGTCGGATGTCTGGACGGATGGCGCCGGGACGCAGAGCACCTCGGTTTTTTGTTTGTTTGGTGTTCCTATGGCACCCGAACTT
TTCTTCCTTCATTAACTGCTAAACGCGCAGTTGGTGGGATGTCTGGACGGATGGTTAGAAGCGAGATTGGACGGATGGCCTGGAAAGAGGAGCTAAGAAGAGCTGTGATGGTTTCCTTGGTTCTTTGAGGACAGAGAGTAGAGTTTAATTATGTTTGGTGTTGTTATTATTTTTTATGTTTATGCTGTTGTGATTGTTAT
TTTTTTCTTACTTTGAGCATGGCCATGCTGTTTTGGGGTTTGATATATTGCTTTTCTGTGTGTTTTCTCTTATTTGTTCGTTTTACATTTCTTCATTGTTTTTAATTTTTAATTTTTTCGTTTTAATGGGTGGGAAATTAGGGCACTCCATACATCTAAGCTCAAGCAGATTTCACAGAGCAGTGACAATACAGGTGAAG
TTGGAGGAGCTGTTAAAGATCTTTGTATCTTTGTGCGAGGGCAGGGgtgagtcctttgtttttacaaaattcagTGACAATACCGGTGAAGTTGGAGGAGCTGTTAAAGATCTTTGTATCTTTGTGCGAGGGCAGATGGGTGAGTCCTCTTTTTTTACAAAATTCAGGTTTAGTGGGTGGGCAAATGGAGGCAATCCCAA
ACAGCCCAGTTGATGCAGATTCCACAGGCACAAAGGGTGCAAGCGAAGGCTTAGAAGAAGTGGTTGGGGAAAGAAGGGCTTCTCCAGACAACCCATATCGTGGATATAAGGGCTTCTCCAGACAACCCATATCGTGGATATAGACAAGTGTAGTGGGTGAAGGTGAAGATTGAGATGTGGTTAGGGAAATAAGGGCTTCT
CCAGACAACCCATATCGTGGATATAGACAAGTGCAGTGGGTGAAGTTGAAGATTGAGATGGTGGTTGGGGAAATAAGGGCTTCTCTAGACAACCCATATTGTGGATATAGACAAGTGCAGTGGGTGAAGGTGAAGATTGAGATGTGGTTAGGGAAATAAGGGCTTCTCCAGACAACCC

Intron 5 GTAATCATTT ... TTCAATTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	90.16	31	284	94
A2	88.11	27	200	62
A3	95.82	11	252	80
A4	90.73	23	225	73
A5	87.1	12	81	24
A6	75	5	15	4
A7	50	11	11	0
A8	60	4	6	2
A9	100	0	7	0
A10	66.67	4	8	1

>TRINITY_DN48499_c0_g1_i9 from sample A7 / Example spliced isoform

GTCGGATGTCTGGACGGATGGCTAGACGTGAGGTTGGACGGATGGTTTCCTGGTTTCCTTGGTTCTTCGTTCATCAATTGTTAAACCCGCGGTTCATTAATTGTTAAACCCGCGGTTGGTCGGATGTCTGGACGGATGGCGCCGGGACGCAGAGCACCTCGGTTTTTTGTTTGTTTGGTGTTCCTATGGCACCCGAACTT
TTCTTCCTTCATTAACTGCTAAACGCGCAGTTGGTGGGATGTCTGGACGGATGGTTAGAAGCGAGATTGGACGGATGGCCTGGAAAGAGGAGCTAAGAAGAGCTGTGATGGTTTCCTTGGTTCTTTGAGGACAGAGAGTAGAGTTTAATTATGTTTGGTGTTGTTATTATTTTTTATGTTTATGCTGTTGTGATTGTTAT
TTTTTTCTTACTTTGAGCATGGCCATGCTGTTTTGGGGTTTGATATATTGCTTTTCTGTGTGTTTTCTCTTATTTGTTCGTTTTACATTTCTTCATTGTTTTTAATTTTTAATTTTTTCGTTTTAATGGGTGGGAAATTAGGGCACTCCATACATCTAAGCTCAAGCAGATTTCACAGAGCAGTGACAATACAGGTGAAG
TTGGAGGAGCTGTTAAAGATCTTTGTATCTTTGTGCGAGGGCAGGGGTGAGTCCTTTGTTTTTACAAAATTCAGTGACAATACCGGTGAAGTTGGAGGAGCTGTTAAAGATCTTTGTATCTTTGTGCGAGGGCAGATGGGTGAGTCCTCTTTTTTTACAAAATTCAGGTTTAGTGGGTGGGCAAATGGAGGCAATCCCAA
ACAGCCCAGTTGATGCAGATTCCACAGGCACAAAGGGTGCAAGCGAAGGCTTAGAAGAAGTGGTTGGGGAAAGAAGGGCTTCTCCAGACAACCCATATCGTGGATATAAGGGCTTCTCCAGACAACCCATATCGTGGATATAGACAAGTGTAGTGGGTGAAGGTGAAGATTGAGATGTGGTTAGGGAAATAAGGGCTTCT
CCAGACAACCCATATCGTGGATATAGACAAGTGCAGTGGGTGAAGTTGAAGATTGAGATGGTGGTTGGGGAAATAAGGGCTTCTCTAGACAACCCATATTGTGGATATAGACAAGTGCAGTGGGTGAAGGTGAAGATTGAGATGTGGTTAGGGAAATAAGGGCTTCTCCAGACAACCC

>TRINITY_DN48499_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GTCGGATGTCTGGACGGATGGCTAGACGTGAGGTTGGACGGATGGTTTCCTGGTTTCCTTGGTTCTTCGTTCATCAATTGTTAAACCCGCGGTTCATTAATTGTTAAACCCGCGGTTGGTCGGATGTCTGGACGGATGGCGCCGGGACGCAGAGCACCTCGGTTTTTTGTTTGTTTGGTGTTCCTATGGCACCCGAACTT
TTCTTCCTTCATTAACTGCTAAACGCGCAGTTGGTGGGATGTCTGGACGGATGGTTAGAAGCGAGATTGGACGGATGGCCTGGAAAGAGGAGCTAAGAAGAGCTGTGATGGTTTCCTTGGTTCTTTGAGGACAGAGAGTAGAGTTTAATTATGTTTGGTGTTGTTATTATTTTTTATGTTTATGCTGTTGTGATTGTTAT
TTTTTTCTTACTTTGAGCATGGCCATGCTGTTTTGGGGTTTGATATATTGCTTTTCTGTGTGTTTTCTCTTATTTGTTCGTTTTACATTTCTTCATTGTTTTTAATTTTTAATTTTTTCGTTTTAATGGGTGGGAAATTAGGGCACTCCATACATCTAAGCTCAAGCAGATTTCACAGAGCAGTGACAATACAGGTGAAG
TTGGAGGAGCTGTTAAAGATCTTTGTATCTTTGTGCGAGGGCAGGGGTGAGTCCTTTGTTTTTACAAAATTCAGgtaatcattttcattacaaatccaattatctcctctctttacctacttagggtttacgatttgggttattggaaattaaggaagtcctaaacagctagttgatacagattccacagaggcaatgag
cacaagcgcgtgtggtttgatttaactcaatttctgttgcataattacataatgtctgtttttgaaattttgaatcaatgcaaataaataagggtggatgagctcttgaatatatttgtgtgtgatgtgcagagagaaactcatatatatatgaaattttgaagcaatgcaaataaataagggtggatgagctcttgaat
atatttgtgtgtgatgggcagagagaaactcatatatatatatctatttatttatttatttattttatttttatttttattttcaatttagTGACAATACCGGTGAAGTTGGAGGAGCTGTTAAAGATCTTTGTATCTTTGTGCGAGGGCAGATGGGT

Intron 6 GTGAGTCCTC ... CAAAATTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	51.57	77	56	108
A2	46.9	77	46	90
A3	41.5	105	41	108
A4	49.32	74	47	97
A5	33.88	40	6	35
A6	48.15	7	5	8
A7	48.39	16	10	20
A8	33.33	14	5	9
A9	38.46	8	4	6
A10	30.77	9	1	7

>TRINITY_DN48499_c0_g1_i13 from sample A7 / Example spliced isoform

GTCGGATGTCTGGACGGATGGCTAGACGTGAGGTTGGACGGATGGTTTCCTGGTTTCCTTGGTTCTTCGTTCATCAATTGTTAAACCCGCGGTTCATTAATTGTTAAACCCGCGGTTGGTCGGATGTCTGGACGGATGGCGCCGGGACGCAGAGCACCTCGGTTTTTTGTTTGTTTGGTGTTCCTATGGCACCCGAACTT
TTCTTCCTTCATTAACTGCTAAACGCGCAGTTGGTGGGATGTCTGGACGGATGGTTAGAAGCGAGATTGGACGGATGGCCTGGAAAGAGGAGCTAAGAAGAGCTGTGATGGTTTCCTTGGTTCTTTGAGGACAGAGAGTAGAGTTTAATTATGTTTGGTGTTGTTATTATTTTTTATGTTTATGCTGTTGTGATTGTTAT
TTTTTTCTTACTTTGAGCATGGCCATGCTGTTTTGGGGTTTGATATATTGCTTTTCTGTGTGTTTTCTCTTATTTGTTCGTTTTACATTTCTTCATTGTTTTTAATTTTTAATTTTTTCGTTTTAATGGGTGGGAAATTAGGGCACTCCATACATCTAAGCTCAAGCAGATTTCACAGAGCAGTGACAATACAGGTGAAG
TTGGAGGAGCTGTTAAAGATCTTTGTATCTTTGTGCGAGGGCAGGGTGACAATACCGGTGAAGTTGGAGGAGCTGTTAAAGATCTTTGTATCTTTGTGCGAGGGCAGATGGGTTTAGTGGGTGGGCAAATGGAGGCAATCCCAAACAGCCCAGTTGATGCAGATTCCACAGGCACAAAGGGTGCAAGCGAAGGCTTAGAA
GAAGTGGTTGGGGAAAGAAGGGCTTCTCCAGACAACCCATATCGTGGATATAAGGGCTTCTCCAGACAACCCATATCGTGGATATAGACAAGTGTAGTGGGTGAAGGTGAAGATTGAGATGTGGTTAGGGAAATAAGGGCTTCTCCAGACAACCCATATCGTGGATATAGACAAGTGCAGTGGGTGAAGTTGAAGATTGA
GATGGTGGTTGGGGAAATAAGGGCTTCTCTAGACAACCCATATTGTGGATATAGACAAGTGCAGTGGGTGAAGGTGAAGATTGAGATGTGGTTAGGGAAATAAGGGCTTCTCCAGACAACCC

>TRINITY_DN48499_c0_g1_i9 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GTCGGATGTCTGGACGGATGGCTAGACGTGAGGTTGGACGGATGGTTTCCTGGTTTCCTTGGTTCTTCGTTCATCAATTGTTAAACCCGCGGTTCATTAATTGTTAAACCCGCGGTTGGTCGGATGTCTGGACGGATGGCGCCGGGACGCAGAGCACCTCGGTTTTTTGTTTGTTTGGTGTTCCTATGGCACCCGAACTT
TTCTTCCTTCATTAACTGCTAAACGCGCAGTTGGTGGGATGTCTGGACGGATGGTTAGAAGCGAGATTGGACGGATGGCCTGGAAAGAGGAGCTAAGAAGAGCTGTGATGGTTTCCTTGGTTCTTTGAGGACAGAGAGTAGAGTTTAATTATGTTTGGTGTTGTTATTATTTTTTATGTTTATGCTGTTGTGATTGTTAT
TTTTTTCTTACTTTGAGCATGGCCATGCTGTTTTGGGGTTTGATATATTGCTTTTCTGTGTGTTTTCTCTTATTTGTTCGTTTTACATTTCTTCATTGTTTTTAATTTTTAATTTTTTCGTTTTAATGGGTGGGAAATTAGGGCACTCCATACATCTAAGCTCAAGCAGATTTCACAGAGCAGTGACAATACAGGTGAAG
TTGGAGGAGCTGTTAAAGATCTTTGTATCTTTGTGCGAGGGCAGGGGTGAGTCCTTTGTTTTTACAAAATTCAGTGACAATACCGGTGAAGTTGGAGGAGCTGTTAAAGATCTTTGTATCTTTGTGCGAGGGCAGATGGgtgagtcctctttttttacaaaattcagGTTTAGTGGGTGGGCAAATGGAGGCAATCCCAA
ACAGCCCAGTTGATGCAGATTCCACAGGCACAAAGGGTGCAAGCGAAGGCTTAGAAGAAGTGGTTGGGGAAAGAAGGGCTTCTCCAGACAACCCATATCGTGGATATAAGGGCTTCTCCAGACAACCCATATCGTGGATATAGACAAGTGTAGTGGGTGAAGGTGAAGATTGAGATGTGGTTAGGGAAATAAGGGCTTCT
CCAGACAACCCATATCGTGGATATAGACAAGTGCAGTGGGTGAAGTTGAAGATTGAGATGGTGGTTGGGGAAATAAGGGCTTCTCTAGACAACCCATATTGTGGATATAGACAAGTGCAGTGGGTGAAGGTGAAGATTGAGATGTGGTTAGGGAAATAAGGGCTTCTCCAGACAACCC

Intron 7 GTACATAATT ... AAATTTAGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.27	689.5	134	0
A2	21.06	544	145	0
A3	18.95	607.5	142	0
A4	19.78	584	144	0
A5	20.95	260.5	69	0
A6	10.42	69	8	0
A7	10.34	338.5	39	0
A8	6.5	288.5	20	0
A9	7.01	186	14	0
A10	10.79	240	29	0

>TRINITY_DN48466_c0_g1_i13 from sample A10 / Example spliced isoform

AACACATCAACAAGACTTTCCTGTAGTTGAGTAGAGTTTCAAATGTGCGACTTTTGGTCTTTGCAGAAGATGTACTTAATTCTGCGTAAGTGTTCTGGGTTTTGTTGAATATTTTTTGTTTGGGTTCAATTGGTGCGGAAATTAAGGTAGGCCTTGGCAAGCCATATTGTGGGCATATGGCTAATGAAGATTCCACCAGT
ATGTATGTATGGCTAAAGGCGGAGGCAGTGCGGGTAAAGGAAGGTAATTGGAATCTCAACACATCAACAAGACTTGCCTATATGGTTGAGGAATTTAAGGCTTCTCCAAACAACCATATCGTGGATATAGACAAGTGCAGTGGGTGAAGGTGAAGATTGAGATGCATATCGTGGATATAGACAAGTGCAGTGGGTGAAGG
TGAAGATTGAGATG

>TRINITY_DN48466_c0_g1_i1 from sample A10 / Example unspliced isoform:

GGGAGAATTTACTTGTTCGTTGCTACATAATTTTATAATTTTAGGGTTCCTTGTTTTCCTTTATCTTAGTTGTTGCTTCTTAATTTTATCATGTATGTTTGTTTAAATTTAGAGGCAATGCGGGTAAAGGAAGGTAATTGGAATCTCAACACATCAACAAGACTTTCCTGTAGTTGAGTAGAGTTTCAAATGTGCGACTT
TTGGTCTTTGCAGAAGATGTACTTAATTCTGCGTAAGTGTTCTGGGTTTTGTTGAATATTTTTTGTTTGGGTTCAATTGGTGCGGAAATTAAGGTAGGCCTTGGCAAGCCATATTGTGGGCATATGGCTAATGAAGATTCCACCAGTATGTATGTATGGCTAAAGGCGGAGgtacataattttataattttagggttcca
tgttgcttcttaattttatcatgtatgtttgtttaaatttagagGCAGTGCGGGTAAAGGAAGGTAATTGGAATGCAGGAAAAACAAGGTATTTGGAATCTCAACGATATCTCAACACATCAACAAGACTTGCCTATAGTTGAGTAGAGTTTCAAATATGTGACTTTTGGTCTTTGCATAAGATGTACTTAATTCTGCTG
GTTGAGGAAATTA

Intron 8 GTATGTATGG ... AAATTTAGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	62.65	703	659	1699
A2	61.11	562	481	1285
A3	60.42	606	499	1351
A4	60.35	584	485	1293
A5	55.3	268	200	463
A6	57.38	65	50	125
A7	51.11	342	163	552
A8	48.65	304	143	433
A9	50.67	183	92	284
A10	41.43	246	86	262

>TRINITY_DN48466_c0_g1_i13 from sample A10 / Example spliced isoform

AACACATCAACAAGACTTTCCTGTAGTTGAGTAGAGTTTCAAATGTGCGACTTTTGGTCTTTGCAGAAGATGTACTTAATTCTGCGTAAGTGTTCTGGGTTTTGTTGAATATTTTTTGTTTGGGTTCAATTGGTGCGGAAATTAAGGTAGGCCTTGGCAAGCCATATTGTGGGCATATGGCTAATGAAGATTCCACCAGT
ATGTATGTATGGCTAAAGGCGGAGGCAGTGCGGGTAAAGGAAGGTAATTGGAATCTCAACACATCAACAAGACTTGCCTATATGGTTGAGGAATTTAAGGCTTCTCCAAACAACCATATCGTGGATATAGACAAGTGCAGTGGGTGAAGGTGAAGATTGAGATGCATATCGTGGATATAGACAAGTGCAGTGGGTGAAGG
TGAAGATTGAGATG

>TRINITY_DN48466_c0_g1_i7 from sample A10 / Example unspliced isoform:

AACACATCAACAAGACTTTCCTGTAGTTGAGTAGAGTTTCAAATGTGCGACTTTTGGTCTTTGCAGAAGATGTACTGCTAATGAAGATTCCACCAGTATGTATGTATGGCTAAAGGCGGAGgtatgtatgggagaatttacttgttcgttgcgacataattttataattttagggttccatgttttcatttaactcagtt
gttgcttcttaattttatcatgtatgtttgtttaaatttagagGCAGTGCGGGTAAAGGAAGGTAATTGGAATCTCAACACATCAACAAGACTTGCCTATATGGTTGAGGAATTTAAGGCTTCTCCAAACAACCCATATCGTGGATATAGACAA

Intron 9 GTATGTATGG ... TGCAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	44.28	385	392	220
A2	41.06	351	313	176
A3	47.87	324	373	222
A4	43.69	377	358	227
A5	46.19	173	189	108
A6	37.31	21	15	10
A7	24.43	99	46	18
A8	23.32	74	28	17
A9	24.73	70	28	18
A10	18.6	70	19	13

>TRINITY_DN107974_c0_g3_i8 from sample A4 / Example spliced isoform

GGAGGCAATCCCAAACAGCCCAGTTGATGCAGATTCCACAGGCACAGAGGGTGCAAGCGAAGGCTTAGAAGAAGTGGTTGGGGAAAGAAGGGCTTCTCCAGACAACCCATATCGTGGATATAAGGGCTTCTCCAGACAACCCATATCGTGGATATAGACAAGTGTAGTGGGTGAAGGTGAAGATTGAGATGTGGTTAGGG
AAATAAGGGCTTCTCCAGACAACCCATATCGTGGATATAGACAAGTGCAGTGGGTGAAGGTGAAGATTGAGATGGTAAATAAATGTGGTGGTTCATTGATAAAAAACTATTGAAATATTTATGTGAGAGAGATTTTAGTATACTATGCAGT

>TRINITY_DN107974_c0_g3_i9 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GGAGGCAATCCCAAACAGCCCAGTTGATGCAGATTCCACAGGCACAGAGGGTGCAAGCGAAGGCTTAGAAGAAGTGGTTGGGGAAAGAAGGGCTTCTCCAGACAACCCATATCGTGGATATAAGGGCTTCTCCAGACAACCCATATCGTGGATATAGACAAGTGTAGTGGGTGAAGGTGAAGATTGAGATGTGGTTAGGG
AAATAAGGGCTTCTCCAGACAACCCATATCGTGGATATAGACAAGTGCAGTGGGTGAAGGTGAAGATTGAGATGgtatgtatggttccatgcatgtttcttaaattatagacgtcttacattatttgtcatttatttaattattgagtccaatgcaatgcagGTAAATAAATGTGGTGGTTCATTGATAAAAAAACTATT
GAAATATC