sp|Q940G0|TMN1_ARATH ----> Transmembrane 9 superfamily member 1
Intron 1 GTCAGTGAAT ... TGAATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 14.66 | 229.9 | 32 | 47 |
| A2 | 13.35 | 210.9 | 19 | 46 |
| A3 | 13.57 | 203.8 | 27 | 37 |
| A4 | 13.35 | 198 | 21 | 40 |
| A5 | 12.56 | 94 | 10 | 17 |
| A6 | 12.15 | 300 | 22 | 61 |
| A7 | 11.25 | 457.5 | 49 | 67 |
| A8 | 13.26 | 238.9 | 32 | 41 |
| A9 | 13.77 | 382 | 43 | 79 |
| A10 | 13.74 | 449 | 59 | 84 |
>TRINITY_DN123508_c4_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformTTTTGGACCTCACTATAAAAATGCGCCAATCCATACCCGAACAAATCTAACCATAGATATAATTCACTTCAACATAATTAATTTGTTCTGGCCTTGCAATTATATTGTATTGGTCACATGTGCTTAGACTTATGCTAATAATATCTGTAATCATTACCAACGCCTCTACTCACACACTACATTATATTATTAGGGCTCTG
ATATATCAACAGCTGCGAACGGATCCACGCGAAGGGATCCACGGATTTGACAGATTCCAACTGAGCATTATCCGGTGAGGAGAATTATGAAAAAGCCCATCAGAACGCAGCAGCGATGGCTGCTTCTGGTTCTGTTCCAGGCCATGGTGTTCCCCATATCTCATGCTTCAGAGTATGACCACAAGTATAATGTAGGTGAC
CCTGTAACTCTTTGGGTGAACAAGGTTGGTCCTTACAACAATCCTCAAGAAACGTATAACTACTACAGTCTACCTTTCTGTCATCCAGGAAACAACCCTACACATAAGTGGGGTGGGCTTGGAGAGGTTCTGGAGGGAAATGAGCTCATTGATAGTCACATTGACATTAAATTTGGAACAAATGTTGATAGAAGCAAAAT
TTGTAGCATTGAGCTTGACAGTGAGAAGGTGCAGCAATTCAAGGATGCTATTGAAAACATGTATTGGTCTGAATTCTTCATGGATGATTTGCCACTCTGGGGATTTGTGGGAGAACAGCATCAAGACAAGAAAGATGATCAAAGGAATTTGCTTTACACACATAAGAATCTTGTCGTGAAATCAAATAAGGACCAGATAA
TACATCTCAATCTTACTCAGGAAAATCCTCAACCGCTTTTACCTGGAAGCACGCTGGAGTTTACATATTCTGTCAAATGGGTTGAGACTAATATAACCTTCCCTAGGCGTTTTGATGTATATTTGGACCATCCTTTCTTTGAGCACCAGGTATAATTCAAGTACCATAAATTATGATATCACATTAAGTGGGCTTGATTT
CTCTTTGAAGCGAAGAAAAATGCTTGTATTATATGACTAGGTCCTCTATTTTCTAAACAATTTTATTGGACATATTGTTATTAAATATCAATTGAAATAGATTCCAGGATGGGGTTTCCATCTATTTTCAACAAATACTTTAACCTGAATAATATTTTAAATTTCAATGGATATTGATCTAAAAGTCCACATAGATAAAG
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GAAGTTATTACGATGAACTATCTCTCCAAAATATCTATAGTTGCCGTAGTAGTTTCATTATCATGTTCCTTTTGTGGGTACAATGAGGGCTTTTGCAATTCTACCCCAAGGAACATATTGTCTTATTTTGGAACTTCTAAGTATCCAACTAGAAATCCCAATCTCTCGTAGAATTAAGTGTTATATAAAGGGCATTTGGT
CGTTCTTGGTACAAGTCAAGATCTGAAGAACATGGTTTACCATATGCATTGGTTTTGATTTCCACATTCTGCACCTTAATGCTACTTCCCAAGTGTGTACCCATATGAGTACTAATTACAGTGAGTGCCTTCAAATGTGGACTTTCATCTTGAAGTAGCTTGAATTACCCCTTTATAGGTATTGTATTCCATTCATTATT
TGCTCGTATTATAGATAAAACTAGCATAGATCCATCTTAAAACTGAATCTGTTGAGCATTGGGAGGGATCAATGAAAACCCATGTGCAAACCCTCTTGATGCTTAAAAGATTTGGGTCTAGGATGGATCTACACTAGTTTTTAGTTTTATTTTTTTATATCTTATGGTATGGTAATGTACTTAAAAGAAATAAAAGGTCG
ATTTTTTTAATTTTTTCTTCTTTTGATATTAGACTTTGCACCTCTACCTTTTTCCATGTTAGTTTATTGGCACGTGTTGAAACGTGACAAATGTGGCACCTCTTCCACATGGCGTTGGAAGAGCATCTTGCTTCTCTCGGTGTGACAAGGGATATGCTAGACTGTTGAAGAACCATTGGTAGTATTTGAATCAGGGCAAT
TATGCATCAAAGAGGCAAAGACAAATCGTGCCAAGGGGGATGATTGTTGGGAGCCAATATTAAGGGTCATGAGTAGGTAGAATCCTTTTGAACCACAATCTTGTTTATTATTGTAGTTGGTGGAGATCACATGGGTTTAGGGTCAAAATTTGCATTTTATGGGATATGTCACCTATAGGTATCACACCTTTAAGCTGTTT
CCCATCGAAACTAGAGTGTCTTAGGCTATGGGACAGTGATTTGTAATACTAATTATCAAAAGATCACATTTTCTCTTAGATGCCTATGTATTGGGTATGCTAATTGAGGTTGTCATCCTTGAATATGGTAAACATTCGTTCTATTGGAATTATATCTATTGTCTGTTACGAGGGCAATTTTACACTGTGCATCTTCGTGT
GATCTTATTTCTCTATTATTTTTGATGATCTGCTTCATTGGATAAGTGATATGGTATGTAATATATGTTGTGTATGTCTACAAGATGGTATATTCCTAGACTATGAGACAAGGAAGCATTAAAATACTCGTAGAAAAGGCCATATGAGCATTTTGTCCATGACCTTTCACCATATTGGGGTGATGGTACCACATCTACAT
GTTAGTAGGGGTCCATAGATTACAAGAAAAGGAAAATTAAAATACTTGTAGAAAAGGCCATATGAGCATTTTGTCCATGACCTTTTGCCATATTGGGGTGGTGGTACCACATCTACGTGCTAGTAGGGGCCCATAGATTACAAGAAAAGGAAAATTAAAATACTTGTAGAAAAAGGCCATATGAGCATCTTGTCCATGAT
CTTTTGCTATAGTGGAGTGGTGGTACCACATCTACATGTCAGTAGGCCCCATAGGGGTGGCTCACCAAATAATGGGACATTGGTTGACAAGATACCTAAAGTTCGATAAACTAATACATACACCCTCCTATTATCAATCATTGTCCATTCCCTTTTTGTGCATGTGCATTCATCGTGCTATTCCCAAGTCTTTCAACATT
ATAGAGGAAGGTGGTCTGTCATTCTATTGTTGCATTGTAGTTGATAATGGAAATTTGCATTTATGAGGAGTTCATGACCACAATTATTGTTGTGTGTCTAGGACCTAACCACACCATCCTCATATGATATTAGACTTTGTACATGAGGTATCTTCTGGGTGTGCTCATGATTTTGTAATAATGTTCTAGCACTAGGCATT
TATTATTTCATATTTAAATGTTGTAAAAAGGCCATTCTATATAATAAGGGCCTGATCACTCTTATTAGTGACTTAAGCTTTAAGTTAGGGTTTGGTTAGTTTTT
>TRINITY_DN123508_c4_g1_i10 from sample A1 / Example unspliced isoform:TTTTGGACCTCACTATAAAAATGCGCCAATCCATACCCGAACAAATCTAACCATAGATATAATTCACTTCAACATAATTAATTTGTTCTGGCCTTGCAATTATATTGTATTGGTCACATGTGCTTAGACTTATGCTAATAATATCTGTAATCATTACCAACGCCTCTACTCACACACTACATTATATTATTAGGGCTCTG
ATATATCAACAGCTGCGAACGGATCCACGCGAAGGGATCCACGGATTTGACAGATTCCAACTGAGCATTATCCGGTGAGGAGAATTATGAAAAAGCCCATCAGAACGCAGCAGCGATGGCTGCTTCTGGTTCTGTTCCAGGCCATGGTGTTCCCCATATCTCATGCTTCAGAGTATGACCACAAGTATAATGTAGGTGAC
CCTGTAACTCTTTGGGTGAACAAGGTTGGTCCTTACAACAATCCTCAAGAAACGTATAACTACTACAGTCTACCTTTCTGTCATCCAGGAAACAACCCTACACATAAGTGGGGTGGGCTTGGAGAGGTTCTGGAGGGAAATGAGCTCATTGATAGTCACATTGACATTAAATTTGGAACAAATGTTGATAGAAGCAAAAT
TTGTAGCATTGAGCTTGACAGTGAGAAGGTGCAGCAATTCAAGGATGCTATTGAAAACATGTATTGGTCTGAATTCTTCATGGATGATTTGCCACTCTGGGGATTTGTGGGAGAACAGCATCAAGACAAGAAAGATGATCAAAGGAATTTGCTTTACACACATAAGAATCTTGTCGTGAAATCAAATAAGGACCAGgtca
gtgaattgtgtgctttatgaatatgcttatttcctttggcaactcagaaggggcactgattgtttctttcatacaaccttaccacggtaccaccttatcttgatgatgtggtgggcatcaaatctgttacatgtgaattgcagATAATACATCTCAATCTTACTCAGGAAAATCCTCAACCGCTTTTACCTGGAAGCACG
CTGGAGTTTACATATTCTGTCAAATGGGTTGAGACTAATATAACCTTCCCTAGGCGTTTTGATGTATATTTGGACCATCCTTTCTTTGAGCACCAGGTATAATTCAAGTACCATAAATTATGATATCACATTAAGTGGGCTTGATTTCTCTTTGAAGCGAAGAAAAATGCTTGTATTATATGACTAGGTCCTCTATTTTC
TAAACAATTTTATTGGACATATTGTTATTAAATATCAATTGAAATAGATTCCAGGATGGGGTTTCCATCTATTTTCAACAAATACTTTAACCTGAATAATATTTTAAATTTCAATGGATATTGATCTAAAAGTCCACATAGATAAAGTTTCTGTCAATATGCTGAAAATTTTAGATTCATTTGTTTAGTTTGATAATTTT
GCTAGATTCATAATTTATTGCAATACGTTTTACATTTTGGAAATGACAGTCTGTGTTAGTCGCTTTATGCGCATATATCAACTGCTAACCAGGTCACCTATCCTAGTAGTTCTTTAGGACATGCAATCACATGTGGAGTTTCTTCTTGAAGTTATTACGATGAACTATCTCTCCAAAATATCTATAGTTGCCGTAGTAGT
TTCATTATCATGTTCCTTTTGTGGGTACAATGAGGGCTTTTGCAATTCTACCCCAAGGAACATATTGTCTTATTTTGGAACTTCTAAGTATCCAACTAGAAATCCCAATCTCTCGTAGAATTAAGTGTTATATAAAGGGCATTTGGTCGTTCTTGGTACAAGTCAAGATCTGAAGAACATGGTTTACCATATGCATTGGT
TTTGATTTCCACATTCTGCACCTTAATGCTACTTCCCAAGTGTGTACCCATATGAGTACTAATTACAGTGAGTGCCTTCAAATGTGGACTTTCATCTTGAAGTAGCTTGAATTACCCCTTTATAGGTATTGTATTCCATTCATTATTTGCTCGTATTATAGATAAAACTAGCATAGATCCATCTTAAAACTGAATCTGTT
GAGCATTGGGAGGGATCAATGAAAACCCATGTGCAAACCCTCTTGATGCTTAAAAGATTTGGGTCTAGGATGGATCTACACTAGTTTTTAGTTTTATTTTTTTATATCTTATGGTATGGTAATGTACTTAAAAGAAATAAAAGGTCGATTTTTTTAATTTTTTCTTCTTTTGATATTAGACTTTGCACCTCTACCTTTTT
CCATGTTAGTTTATTGGCACGTGTTGAAACGTGACAAATGTGGCACCTCTTCCACATGGCGTTGGAAGAGCATCTTGCTTCTCTCGGTGTGACAAGGGATATGCTAGACTGTTGAAGAACCATTGGTAGTATTTGAATCAGGGCAATTATGCATCAAAGAGGCAAAGACAAATCGTGCCAAGGGGGATGATTGTTGGGAG
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TATCAAAAGATCACATTTTCTCTTAGATGCCTATGTATTGGGTATGCTAATTGAGGTTGTCATCCTTGAATATGGTAAACATTCGTTCTATTGGAATTATATCTATTGTCTGTTACGAGGGCAATTTTACACTGTGCATCTTCGTGTGATCTTATTTCTCTATTATTTTTGATGATCTGCTTCATTGGATAAGTGATATG
GTATGTAATATATGTTGTGTATGTCTACAAGATGGTATATTCCTAGACTATGAGACAAGGAAGCATTAAAATACTCGTAGAAAAGGCCATATGAGCATTTTGTCCATGACCTTTCACCATATTGGGGTGATGGTACCACATCTACATGTTAGTAGGGGTCCATAGATTACAAGAAAAGGAAAATTAAAATACTTGTAGAA
AAGGCCATATGAGCATTTTGTCCATGACCTTTTGCCATATTGGGGTGGTGGTACCACATCTACGTGCTAGTAGGGGCCCATAGATTACAAGAAAAGGAAAATTAAAATACTTGTAGAAAAAGGCCATATGAGCATCTTGTCCATGATCTTTTGCTATAGTGGAGTGGTGGTACCACATCTACATGTCAGTAGGCCCCATA
GGGGTGGCTCACCAAATAATGGGACATTGGTTGACAAGATACCTAAAGTTCGATAAACTAATACATACACCCTCCTATTATCAATCATTGTCCATTCCCTTTTTGTGCATGTGCATTCATCGTGCTATTCCCAAGTCTTTCAACATTATAGAGGAAGGTGGTCTGTCATTCTATTGTTGCATTGTAGTTGATAATGGAAA
TTTGCATTTATGAGGAGTTCATGACCACAATTATTGTTGTGTGTCTAGGACCTAACCACACCATCCTCATATGATATTAGACTTTGTACATGAGGTATCTTCTGGGTGTGCTCATGATTTTGTAATAATGTTCTAGCACTAGGCATTTATTATTTCATATTTAAATGTTGTAAAAAGGCCATTCTATATAATAAGGGCCT
GATCACTCTTATTAGTGACTTAAGCTTTAAGTTAGGGTTTGGTTAGTTTTT
Intron 2 GTAAGCTGAA ... TCTTTGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 14.53 | 147 | 25 | 50.9 |
| A2 | 12.02 | 152 | 20.8 | 48.8 |
| A3 | 16.23 | 193 | 37.4 | 57 |
| A4 | 29.26 | 133 | 55 | 40.9 |
| A5 | 27.2 | 91 | 34 | 21.9 |
| A6 | 13.57 | 191 | 30 | 33.1 |
| A7 | 7.56 | 286 | 23.4 | 63.8 |
| A8 | 15.53 | 136 | 25 | 29.9 |
| A9 | 13.41 | 222 | 34.4 | 56.9 |
| A10 | 12.83 | 243 | 35.8 | 56 |
>TRINITY_DN123508_c4_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformTTTTGGACCTCACTATAAAAATGCGCCAATCCATACCCGAACAAATCTAACCATAGATATAATTCACTTCAACATAATTAATTTGTTCTGGCCTTGCAATTATATTGTATTGGTCACATGTGCTTAGACTTATGCTAATAATATCTGTAATCATTACCAACGCCTCTACTCACACACTACATTATATTATTAGGGCTCTG
ATATATCAACAGCTGCGAACGGATCCACGCGAAGGGATCCACGGATTTGACAGATTCCAACTGAGCATTATCCGGTGAGGAGAATTATGAAAAAGCCCATCAGAACGCAGCAGCGATGGCTGCTTCTGGTTCTGTTCCAGGCCATGGTGTTCCCCATATCTCATGCTTCAGAGTATGACCACAAGTATAATGTAGGTGAC
CCTGTAACTCTTTGGGTGAACAAGGTTGGTCCTTACAACAATCCTCAAGAAACGTATAACTACTACAGTCTACCTTTCTGTCATCCAGGAAACAACCCTACACATAAGTGGGGTGGGCTTGGAGAGGTTCTGGAGGGAAATGAGCTCATTGATAGTCACATTGACATTAAATTTGGAACAAATGTTGATAGAAGCAAAAT
TTGTAGCATTGAGCTTGACAGTGAGAAGGTGCAGCAATTCAAGGATGCTATTGAAAACATGTATTGGTCTGAATTCTTCATGGATGATTTGCCACTCTGGGGATTTGTGGGAGAACAGCATCAAGACAAGAAAGATGATCAAAGGAATTTGCTTTACACACATAAGAATCTTGTCGTGAAATCAAATAAGGACCAGATAA
TACATCTCAATCTTACTCAGGAAAATCCTCAACCGCTTTTACCTGGAAGCACGCTGGAGTTTACATATTCTGTCAAATGGGTTGAGACTAATATAACCTTCCCTAGGCGTTTTGATGTATATTTGGACCATCCTTTCTTTGAGCACCAGGTATAATTCAAGTACCATAAATTATGATATCACATTAAGTGGGCTTGATTT
CTCTTTGAAGCGAAGAAAAATGCTTGTATTATATGACTAGGTCCTCTATTTTCTAAACAATTTTATTGGACATATTGTTATTAAATATCAATTGAAATAGATTCCAGGATGGGGTTTCCATCTATTTTCAACAAATACTTTAACCTGAATAATATTTTAAATTTCAATGGATATTGATCTAAAAGTCCACATAGATAAAG
TTTCTGTCAATATGCTGAAAATTTTAGATTCATTTGTTTAGTTTGATAATTTTGCTAGATTCATAATTTATTGCAATACGTTTTACATTTTGGAAATGACAGTCTGTGTTAGTCGCTTTATGCGCATATATCAACTGCTAACCAGGTCACCTATCCTAGTAGTTCTTTAGGACATGCAATCACATGTGGAGTTTCTTCTT
GAAGTTATTACGATGAACTATCTCTCCAAAATATCTATAGTTGCCGTAGTAGTTTCATTATCATGTTCCTTTTGTGGGTACAATGAGGGCTTTTGCAATTCTACCCCAAGGAACATATTGTCTTATTTTGGAACTTCTAAGTATCCAACTAGAAATCCCAATCTCTCGTAGAATTAAGTGTTATATAAAGGGCATTTGGT
CGTTCTTGGTACAAGTCAAGATCTGAAGAACATGGTTTACCATATGCATTGGTTTTGATTTCCACATTCTGCACCTTAATGCTACTTCCCAAGTGTGTACCCATATGAGTACTAATTACAGTGAGTGCCTTCAAATGTGGACTTTCATCTTGAAGTAGCTTGAATTACCCCTTTATAGGTATTGTATTCCATTCATTATT
TGCTCGTATTATAGATAAAACTAGCATAGATCCATCTTAAAACTGAATCTGTTGAGCATTGGGAGGGATCAATGAAAACCCATGTGCAAACCCTCTTGATGCTTAAAAGATTTGGGTCTAGGATGGATCTACACTAGTTTTTAGTTTTATTTTTTTATATCTTATGGTATGGTAATGTACTTAAAAGAAATAAAAGGTCG
ATTTTTTTAATTTTTTCTTCTTTTGATATTAGACTTTGCACCTCTACCTTTTTCCATGTTAGTTTATTGGCACGTGTTGAAACGTGACAAATGTGGCACCTCTTCCACATGGCGTTGGAAGAGCATCTTGCTTCTCTCGGTGTGACAAGGGATATGCTAGACTGTTGAAGAACCATTGGTAGTATTTGAATCAGGGCAAT
TATGCATCAAAGAGGCAAAGACAAATCGTGCCAAGGGGGATGATTGTTGGGAGCCAATATTAAGGGTCATGAGTAGGTAGAATCCTTTTGAACCACAATCTTGTTTATTATTGTAGTTGGTGGAGATCACATGGGTTTAGGGTCAAAATTTGCATTTTATGGGATATGTCACCTATAGGTATCACACCTTTAAGCTGTTT
CCCATCGAAACTAGAGTGTCTTAGGCTATGGGACAGTGATTTGTAATACTAATTATCAAAAGATCACATTTTCTCTTAGATGCCTATGTATTGGGTATGCTAATTGAGGTTGTCATCCTTGAATATGGTAAACATTCGTTCTATTGGAATTATATCTATTGTCTGTTACGAGGGCAATTTTACACTGTGCATCTTCGTGT
GATCTTATTTCTCTATTATTTTTGATGATCTGCTTCATTGGATAAGTGATATGGTATGTAATATATGTTGTGTATGTCTACAAGATGGTATATTCCTAGACTATGAGACAAGGAAGCATTAAAATACTCGTAGAAAAGGCCATATGAGCATTTTGTCCATGACCTTTCACCATATTGGGGTGATGGTACCACATCTACAT
GTTAGTAGGGGTCCATAGATTACAAGAAAAGGAAAATTAAAATACTTGTAGAAAAGGCCATATGAGCATTTTGTCCATGACCTTTTGCCATATTGGGGTGGTGGTACCACATCTACGTGCTAGTAGGGGCCCATAGATTACAAGAAAAGGAAAATTAAAATACTTGTAGAAAAAGGCCATATGAGCATCTTGTCCATGAT
CTTTTGCTATAGTGGAGTGGTGGTACCACATCTACATGTCAGTAGGCCCCATAGGGGTGGCTCACCAAATAATGGGACATTGGTTGACAAGATACCTAAAGTTCGATAAACTAATACATACACCCTCCTATTATCAATCATTGTCCATTCCCTTTTTGTGCATGTGCATTCATCGTGCTATTCCCAAGTCTTTCAACATT
ATAGAGGAAGGTGGTCTGTCATTCTATTGTTGCATTGTAGTTGATAATGGAAATTTGCATTTATGAGGAGTTCATGACCACAATTATTGTTGTGTGTCTAGGACCTAACCACACCATCCTCATATGATATTAGACTTTGTACATGAGGTATCTTCTGGGTGTGCTCATGATTTTGTAATAATGTTCTAGCACTAGGCATT
TATTATTTCATATTTAAATGTTGTAAAAAGGCCATTCTATATAATAAGGGCCTGATCACTCTTATTAGTGACTTAAGCTTTAAGTTAGGGTTTGGTTAGTTTTT
>TRINITY_DN123508_c4_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:TTTTGGACCTCACTATAAAAATGCGCCAATCCATACCCGAACAAATCTAACCATAGATATAATTCACTTCAACATAATTAATTTGTTCTGGCCTTGCAATTATATTGTATTGGTCACATGTGCTTAGACTTATGCTAATAATATCTGTAATCATTACCAACGCCTCTACTCACACACTACATTATATTATTAGGGCTCTG
ATATATCAACAGCTGCGAACGGATCCACGCGAAGGGATCCACGGATTTGACAGATTCCAACTGAGCATTATCCGGTGAGGAGAATTATGAAAAAGCCCATCAGAACGCAGCAGCGATGGCTGCTTCTGGTTCTGTTCCAGGCCATGGTGTTCCCCATATCTCATGCTTCAGAGTATGACCACAAGTATAATGTAGGTGAC
CCTGTAACTCTTTGGGTGAACAAGGTTGGTCCTTACAACAATCCTCAAGAAACGTATAACTACTACAGTCTACCTTTCTGTCATCCAGGAAACAACCCTACACATAAGTGGGGTGGGCTTGGAGAGGTTCTGGAGGGAAATGAGCTCATTGATAGTCACATTGACATTAAATTTGGAAgtaagctgaactttttcagata
ttcattcctgttgatattttcagattttggattttgataaatggtggtattcaaaaggaaagatatgcagaactaatggctccatcttttgagttttgtaatctgagtttaacttgccacagcctttatggccaaggccatgttgcttatgcaatgagataattatgattattgaacatttgacacattcaattacctaa
tgtggagtgcaacgaggggtacacatattgttattctttaatacagtaaatgaagttaaagttatatcacaagtgaagtccaatgctgccactcttaagacaagttgattctttggcagCAAATGTTGATAGAAGCAAAATTTGTAGCATTGAGCTTGACAGTGAGAAGGTGCAGCAATTCAAGGATGCTATTGAAAACA
TGTATTGGTCTGAATTCTTCATGGGTATGATCTCCTTGTTCATATTATTCAGCTGTCTGGTGCCGTAGTGAAACTTTAG
Intron 3 GTGAGTGTAT ... TTTGTCGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 30.36 | 78 | 33 | 35 |
| A2 | 28.71 | 72 | 24 | 34 |
| A3 | 31.52 | 63 | 27 | 31 |
| A4 | 27.78 | 52 | 26 | 14 |
| A5 | 26.09 | 34 | 8 | 16 |
| A6 | 24.16 | 306 | 60 | 135 |
| A7 | 24.93 | 286 | 56 | 134 |
| A8 | 26.91 | 326 | 83 | 157 |
| A9 | 25.11 | 252 | 42 | 127 |
| A10 | 28.03 | 184.4 | 48.6 | 95 |
>TRINITY_DN114218_c0_g2_i7 from sample A3 / Example spliced isoformCAAGTATTTTGGACCTCACTATAAAAATGCGCCAATCCATACCCGAACAAATCTAACCATAGATATAATTCACTTCAACATAATTAATTTGTTCTGGCCTTGCAATTATATTGTATTGGTCACATGTGCTTAGACTTATGCTAATAATATCTGTAATCATCACCAACGCCTCTACTCACACACTACATTATATTATTAGG
GCTCTGATATATCAACAGCTGCGAACGGATCCACGCGAAGGGATCCACGGATTTGACAGATTCCAACTGAGCATTATCCGGTGAGGAGAATTATGAAAAAGCCCATCAGAACGCAGCAGCGATGGCTGCTTCTGGTTCTGTTCCAGGCCATGGTGTTCCCCATATCTCATGCTTCAGAGTATGACCACAAGTATAATGTA
GGTGACCCTGTAACTCTTTGGGTGAACAAGGTTGGTCCTTACAACAATCCTCAAGAAACGTATAACTACTACAGTCTACCTTTCTGTCATCCAGGAAACAACCCTACACATAAGTGGGGTGGGCTTGGAGAGGTTCTGGAGGGAAATGAGCTCATTGATAGTCACATTGACATTAAATTTGGAAGTAAGCTGAACTTTTT
CAGATATTCATTCCTGTTGATATTTTCAGATTTTGGATTTTGATAAATGGTGGTATTCAAAAGGAAAGATATGCAGAACTAATGGCTCCATCTTTTGAGTTTTGTAATCTGAGTTTAACTTGCCACAGCCTTTATGGCCAAGGCCATGTTGCTTATGCAATGAGATAATTATGATTATTGAACATTTGACACATTCAATT
ACCTAATGTGGAGTGCAACGAGGGGTACACATATTGTTATTCTTTAATACAGTAAATGAAGTTAAAGTTATATCACAAGTGAAGTCCAATGCTGCCACTCTTAAGACAAGTTGATTCTTTGGCAGCAAATGTTGATAGAAGCAAAATTTGTAGCATTGAGCTTGACAGTGAGAAGGTGCAGCAATTCAAGGATGCTATTG
AAAACATGTATTGGTCTGAATTCTTCATGGATGATTTGCCACTCTGGGGATTTGTGGGAGAACAGCATCAAGACAAGAAAGATGATCAAAGGAATTTGCTTTACACACATAAGAATCTTGTCGTGAAATCAAATAAGGACCAGATAATACATCTCAATCTTACTCAGGAAAATCCTCAACCGCTTTTACCTGGAAGCACG
CTGGAGTTTACATATTCTGTCAAATGGGTTGAGACTAATATAACCTTCCCTAGGCGTTTTGATGTATATTTGGACCATCCTTTCTTTGAGCACCAGATCCATTGGTTTTCAATCTTCAATTCCTTCATGATGGTTATTTTCCTCGCTGGTTTAGTCTCAATGATCATGATGCGTACTTTGAGGAACGACTATGCAAAATA
TGCCCGTGAAGATGATGATCTAGAAACCCTGGAAAGAGATGGCGGTGAAGAGTCAGGCTGGAAGCTAGTTCATGGAGATGTTTTCCGGTCACCTCAAAGTCTGGTCTTGTTGTCAGCATTGGTGGGTACTGGTGCACAACTCGCTATGCTTGTGCTTCTTGTCATCGTGCTAGCAATGGTTGGCATGCTATATGTGGGCC
GTGGAGCAATTGTCACAACATTTATTGTCTGCTATGCCCTTACGTCATTTATCTCCGGTTACGTGAGTGGAGGCCTGTACTCGCGCAATGATGGTAAACATTGGGTGAAGTCGATGATACTTACAGCATCGCTCTTTCCATTTTTATGCTTTGGAATTGGTTTCACACTGAACATAGTGGCCATATTTTACCGATCACTG
GCTGCTATTCCTTTTGGCACTATGGTGGTGGTTTTTATAATGTGGGCTTTTATTTCCTTCCCTTTAGCTCTTTTGGGAACAGTTGTTGGAAGGAATTGGAGTAGAGCTTCAGATAATCCATGCCGTGTGAAGAGCATTCCTCGGCCAATTCCTGAGAAAAAGTGGTATCTTACTCCATCAGTAGTGTCTGTGATGGGGGG
TCTGCTTCCATTTGGGAGTATATTCATCGAGATGTATTTTGTTTTTACCTCATTTTGGAACTACAAGGTTTACTATGTATATGGATTTATGTTGCTGGTTTTTGTGATTCTCCTTATTGTGACCATTTGCGTCACTATAGTTGGAACGTACTTCTTGCTAAATGCTGAAAACTATCATTGGCAATGGACATCGTTCTTCT
CTGCCGCATCAACAGCAGCTTATGTTTACCTCTATTCCATATATTACTACTATATGAAAACGAAGATGTCTGGATTTTTCCAGACAACTTTCTATTTTGGTTACACACTTATGTTCTGTCTTGGTTTGGGAATACTCTGTGGAGCGGTTGGTTACTTGGGCTCCTCATTGTTTGTTAGAAGAATTTACACTAACATCAAA
TGTGACTGAGGATAAGGTGGTAGAGTTTGAAAGAGAAACGAGTTTCATTAAGTTGCACAATGATGCCAGTCTGAGCCGATGGTTGAAGGTCCATTTTCTCCTTGTGGAGTTCCAATTTATTATAGTTTTTGCAGTATCTTTTATAGCTTTCCTAATTATTGTGGTCCACATTTGCTTTCAAGGAAATTATTGCAAAGCTG
TATTTGGAGTAGTTATTAGATTTTGAATGCTCTGAATGCTTTAATGGCTACTAGAAAATGATTTTTCTTTCACAGAATCTGGAGTCACTTCCGATCTGGTCAAGTTCTCATTCATTGAGATAAAGGATCAAATTTTGGTCAGTGGGCAATGCCTAGTGACCTCAATGCATGTACCGTTCATCCTCAAAGATAGGAGGATA
ATGCTATAAAATACTCATCCAAGAAATATTTTACACGGAAATGAATGATCATTTATTTGAGCACGTTCTGTTAGTAGGGGCTTTTGGCTGTTCTTGCTTCTTTGCAGCTTAGAAGTGGAGTTCTTGTTAACCGTCGTGTATTGTACAGATTCTTTAGTATTTTTCTGATACATCTGGCACTTTTTTTTGAAATCCCATGA
CAGTGAGAATGAACGTTCTATAAACAATTTGTTGGAACAAAATCCATATTCTGTCGATCTGTATGTGTTGAAACCTGGATTGAAACCAGGACAAGGTTCCCGGCCAATGTGCTTCTCTACCACTAGCTACATGTCCCGTTCATGATGCTCACCCTTAAGTGTTGATTGCTACCTCCAACAGGCCCCTGAAGCCACACTTT
GGCTCAATCCTCCCAACCACCTTGAGCGTACTTTGTTGTGATACACCACCTTGAGCCTACTTTGTTGTGATACCAGGTTAGGAATCAAACCCGTGACTTGGTCTAGTTGCCACTGAGCTACATGGCCCTTCATAACAGACACCCTTATCAATACAATCTGAAGGTGTGGATTGCTACCTTCAAAACCCCAGCCTCAGGCA
ATGCATTGGTGCAGTGCAGTGGTTGACATTCTGGCTTGCCGGTGGTTGACATGCTGCTTTACCATTGAGCTACATACCCCTTACATGACAGGCACCCTCAA
>TRINITY_DN114218_c0_g2_i8 from sample A3 / Example unspliced isoform:CAAGTATTTTGGACCTCACTATAAAAATGCGCCAATCCATACCCGAACAAATCTAACCATAGATATAATTCACTTCAACATAATTAATTTGTTCTGGCCTTGCAATTATATTGTATTGGTCACATGTGCTTAGACTTATGCTAATAATATCTGTAATCATCACCAACGCCTCTACTCACACACTACATTATATTATTAGG
GCTCTGATATATCAACAGCTGCGAACGGATCCACGCGAAGGGATCCACGGATTTGACAGATTCCAACTGAGCATTATCCGGTGAGGAGAATTATGAAAAAGCCCATCAGAACGCAGCAGCGATGGCTGCTTCTGGTTCTGTTCCAGGCCATGGTGTTCCCCATATCTCATGCTTCAGAGTATGACCACAAGTATAATGTA
GGTGACCCTGTAACTCTTTGGGTGAACAAGGTTGGTCCTTACAACAATCCTCAAGAAACGTATAACTACTACAGTCTACCTTTCTGTCATCCAGGAAACAACCCTACACATAAGTGGGGTGGGCTTGGAGAGGTTCTGGAGGGAAATGAGCTCATTGATAGTCACATTGACATTAAATTTGGAACAAATGTTGATAGAAG
CAAAATTTGTAGCATTGAGCTTGACAGTGAGAAGGTGCAGCAATTCAAGGATGCTATTGAAAACATGTATTGGTCTGAATTCTTCATGGATGATTTGCCACTCTGGGGATTTGTGGGAGAACAGCATCAAGACAAGAAAGATGATCAAAGGAATTTGCTTTACACACATAAGAATCTTGTCGTGAAATCAAATAAGGACC
AGATAATACATCTCAATCTTACTCAGGAAAATCCTCAACCGCTTTTACCTGGAAGCACGCTGGAGTTTACATATTCTGTCAAATGGGTTGAGACTAATATAACCTTCCCTAGGCGTTTTGATGTATATTTGGACCATCCTTTCTTTGAGCACCAGATCCATTGGTTTTCAATCTTCAATTCCTTCATGATGGTTATTTTC
CTCGCTGGTTTAGTCTCAATGATCATGATGCGTACTTTGAGGAACGACTATGCAAAATATGCCCGTGAAGATGATGATCTAGAAACCCTGGAAAGAGATGGCGGTGAAGAGTCAGGCTGGAAGCTAGTTCATGGAGATGTTTTCCGGTCACCTCAAAGTCTGGTCTTGTTGTCAGCATTGGTGGGTACTGGTGCACAACT
CGCTATGCTTGTGCTTCTTGTCATCGTGCTAGCAATGGTTGGCATGCTATATGTGGGCCGTGGAGCAATTGTCACAACATTTATTGTCTGCTATGCCCTTACGTCATTTATCTCCGGTTACGTGAGTGGAGGCCTGTACTCGCGCAATGATGGTAAACATTGGGTGAAGTCGATGATACTTACAGCATCGCTCTTTCCAT
TTTTATGCTTTGGAATTGGTTTCACACTGAACATAGTGGCCATATTTTACCGATCACTGGCTGCTATTCCTTTTGGCACTATGGTGGTGGTTTTTATAATGTGGGCTTTTATTTCCTTCCCTTTAGCTCTTTTGGGAACAGTTGTTGGAAGGAATTGGAGTAGAGCTTCAGATAATCCATGCCGTGTGAAGAGCATTCCT
CGGCCAATTCCTGAGAAAAAGTGGTATCTTACTCCATCAGTAGTGTCTGTGATGGGGGGTCTGCTTCCATTTGGGAGTATATTCATCGAGATGTATTTTGTTTTTACCTCATTTTGGAACTACAAGGTTTACTATGTATATGGATTTATGTTGCTGGTTTTTGTGATTCTCCTTATTGTGACCATTTGCGTCACTATAGT
TGGAACGTACTTCTTGCTAAATGCTGAAAACTATCATTGGCAATGGACATCGTTCTTCTCTGCCGCATCAACAGCAGCTTATGTTTACCTCTATTCCATATATTACTACTATATGAAAACGAAGATGTCTGGATTTTTCCAGACAACTTTCTATTTTGGTTACACACTTATGTTCTGTCTTGGTTTGGGAATACTCTGTG
gtgagtgtatatctctcctttgtttgcattttgccattttcaaatgggaactgaatgttctgccgcacttatagaaaataattttgtgaattttcttttgtcgcagGAGCGGTTGGTTACTTGGGCTCCTCATTGTTTGTTAGAAGAATTTACACTAACATCAAATGTGACTGAGGATAAGGTGGTAGAGTTTGAAAGAG
AAACGAGTTTCATTAAGTTGCACAATGATGCCAGTCTGAGCCGATGGTTGAAGGTCCATTTTCTCCTTGTGGAGTTCCAATTTATTATAGTTTTTGCAGTATCTTTTATAGCTTTCCTAATTATTGTGGTCCACATTTGCTTTCAAGGAAATTATTGCAAAGCTGTATTTGGAGTAGTTATTAGATTTTGAATGCTCTGA
ATGCTTTAATGGCTACTAGAAAATGATTTTTCTTTCACAGAATCTGGAGTCACTTCCGATCTGGTCAAGTTCTCATTCATTGAGATAAAGGATCAAATTTTGGTCAGTGGGCAATGCCTAGTGACCTCAATGCATGTACCGTTCATCCTCAAAGATAGGAGGATAATGCTATAAAATACTCATCCAAGAAATATTTTACA
CGGAAATGAATGATCATTTATTTGAGCACGTTCTGTTAGTAGGGGCTTTTGGCTGTTCTTGCTTCTTTGCAGCTTAGAAGTGGAGTTCTTGTTAACCGTCGTGTATTGTACAGATTCTTTAGTATTTTTCTGATACATCTGGCACTTTTTTTTGAAATCCCATGACAGTGAGAATGAACGTTCTATAAACAATTTGTTGG
AACAAAATCCATATTCTGTCGATCTGTATGTGTTGAAACCTGGATTGAAACCAGGACAAGGTTCCCGGCCAATGTGCTTCTCTACCACTAGCTACATGTCCCGTTCATGATGCTCACCCTTAAGTGTTGATTGCTACCTCCAACAGGCCCCTGAAGCCACACTTTGGCTCAATCCTCCCAACCACCTTGAGCGTACTTTG
TTGTGATACACCACCTTGAGCCTACTTTGTTGTGATACCAGGTTAGGAATCAAACCCGTGACTTGGTCTAGTTGCCACTGAGCTACATGGCCCTTCATAACAGACACCCTTATCAATACAATCTGAAGGTGTGGATTGCTACCTTCAAAACCCCAGCCTCAGGCAATGCATTGGTGCAGTGCAGTGGTTGACATTCTGGC
TTGCCGGTGGTTGACATGCTGCTTTACCATTGAGCTACATACCCCTTACATGACAGGCACCCTCAA
Intron 4 GTAAATATCA ... TCTTTTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 28.67 | 139.5 | 18 | 56 |
| A2 | 29.47 | 96 | 0 | 40 |
| A3 | 32.26 | 164 | 5 | 78 |
| A4 | 29.98 | 135.5 | 3 | 58 |
| A5 | 20.31 | 78.5 | 0 | 20 |
| A6 | 28.25 | 386.5 | 6 | 152 |
| A7 | 28.88 | 461 | 15 | 187 |
| A8 | 25.48 | 281 | 6 | 96 |
| A9 | 28.64 | 414 | 1 | 166 |
| A10 | 28.75 | 352.5 | 10 | 142 |
>TRINITY_DN42062_c0_g2_i5 from sample A8 / Example spliced isoformGTTTGTGCTTCTACCAAAGCTGATGTGAAGTGCGCCTTTGCCTTTGTGTTTGTGCTTCTACCAAAGCTGAGGTGAAGTCCAGGTCTGATGTGGAGTTCAACTTTCAATTTGATCACGCTTCTTATTTTTAATGTCATAAATTTAATCTCTACAACTTTATCTGTTGATGTTGGTTCAGCCGTGGAGCAATTGTCACAACA
TTTATTGTCTGCTATGCCCTTACGTCATTTATCTCCGGTTACGTGAGTGGAGGCCTGTACTCGCGCAATGATGGTAAACATTGGGTGAAGTCGATGATACTTACAGCATCGCTCTTTCCATTTTTATGCTTTGGAATTGGTTTCACACTGAACATAGTGGCCATATTTTACCGATCACTGGCTGCTATTCCTTTTGGCAC
TATGGTGGTGGTTTTTATAATGTGGGCTTTTATTTCCTTCCCTTTAGCTCTTTTGGGAACAGTTGTTGGAAGGAATTGGAGTAGAGCTTCAGATAATCCATGCCGTGTGAAGAGCATTCCTCGGCCAATTCCTGAGAAAAAGTGGTATCTTACTCCATCAGTAGTGTCTGTGATGGGGGGTCTGCTTCCATTTGGGAGTA
TATTCATCGAGATGTATTTTGTTTTTACCTCATTTTGGAACTACAAGGTTTACTATGTATATGGATTTATGTTGCTGGTTTTTGTGATTCTCCTTATTGTGACCATTTGCGTCACTATAGTTGGAACGTACTTCTTGCTAAATGCTGAAAACTATCATTGGCAATGGACATCGTTCTTCTCTGCCGCATCAACAGCAGCT
TATGTTTACCTCTATTCCATATATTACTACTATATGAAAACGAAGATGTCTGGATTTTTCCAGACAACTTTCTATTTTGGTTACACACTTATGTTCTGTCTTGGTTTGGGAATACTCTGTGGAGCGGTTGGTTACTTGGGCTCCTCATTGTTTGTTAGAAGAATTTACACTAACATCAAATGTGACTGAGGATAAGGTGG
TAGAGTTTGAAAGAGAAACGAGTTTCATTAAGTTGCACAATGATGCCAGTCTGAGCCGATGGTTGAAGGTCCATTTTCTCCTTGTGGAGTTCCAATTTATTATAGTTTTTGCAGTATCTTTTATAGCTTTCCTAATTATTGTGGTCCACATTTGCTTTCAAGGAAATTATTGCAAAGCTGTATTTGGAGTAGTTATTAGA
TTTTGAATGCTCTGAATGCTTTAATGGCTACTAGAAAATGATTTTTCTTTCACAGAATCTGGAGTCACTTCCGATCTGGTCAAGTTCTCATTCATTGAGATAAAGGATCAAATTTTGGTCAGTGGGCAATGCCTAGTGACCTCAATGCATGTACCGTTCATCCTCAAAGATAGGAGGATAATGCTATAAAATACTCATCC
AAGAAATATTTTACACGGAAATGAATGATCATTTATTTGAGCACGTTCTGTTAGTAGGGGCTTTTGGCTGTTCTTGCTTCTTTGCAGCTTAGAAGTGGAGTTCTTGTTAACCGTCGTGTATTGTACAGATTCTTTAGTATTTTTCTGATACATCTGGCACTTTTTTTTGAAATCCCATGACAGTGAGAATGAACGTTCTA
TAAACAATTTGTTGGAACAAAATCCATATTCTGTCGATCTGTATGTGTTGAAACCTGGATTGAAACCAGGACAAGGTTCCCGGCCAATGTGCTTCTCTACCACTAGCTACATGTCCCGTTCATGATGCTCACCCTTAAGTGTTGATTGCTACCTCCAACAGGCCCCTGAAGCCACACTTTGGCTCAATCCTC
>TRINITY_DN42062_c0_g2_i6 from sample A8 / Example unspliced isoform:GTTTGTGCTTCTACCAAAGCTGATGTGAAGTGCGCCTTTGCCTTTGTGTTTGTGCTTCTACCAAAGCTGAGGTGAAGTCCAGGTCTGATGTGGAGTTCAACTTTCAATTTGATCACGCTTCTTATTTTTAATGTCATAAATTTAATCTCTACAACTTTATCTGTTGATGTTGGTTCAGCCGTGGAGCAATTGTCACAACA
TTTATTGTCTGCTATGCCCTTACGTCATTTATCTCCGGTTACGTGAGTGGAGGCCTGTACTCGCGCAATGATGgtaaatatcattctgacaatgaaaactatattgtaatttgcaaatttcaagttcgatatcatgatttttggtggaatgtgcaagttttgtccagcatgtgcggcattttgtgatgtttagctttctt
tctttacatgctttaatttcctgtttcttttacagGTAAACATTGGGTGAAGTCGATGATACTTACAGCATCGCTCTTTCCATTTTTATGCTTTGGAATTGGTTTCACACTGAACATAGTGGCCATATTTTACCGATCACTGGCTGCTATTCCTTTTGGCACTATGGTGGTGGTTTTTATAATGTGGGCTTTTATTTCCT
TCCCTTTAGCTCTTTTGGGAACAGTTGTTGGAAGGAATTGGAGTAGAGCTTCAGATAATCCATGCCGTGTGAAGAGCATTCCTCGGCCAATTCCTGAGAAAAAGTGGTATCTTACTCCATCAGTAGTGTCTGTGATGGGGGGTCTGCTTCCATTTGGGAGTATATTCATCGAGATGTATTTTGTTTTTACCTCATTTTGG
AACTACAAGGTTTACTATGTATATGGATTTATGTTGCTGGTTTTTGTGATTCTCCTTATTGTGACCATTTGCGTCACTATAGTTGGAACGTACTTCTTGCTAAATGCTGAAAACTATCATTGGCAATGGACATCGTTCTTCTCTGCCGCATCAACAGCAGCTTATGTTTACCTCTATTCCATATATTACTACTATATGAA
AACGAAGATGTCTGGATTTTTCCAGACAACTTTCTATTTTGGTTACACACTTATGTTCTGTCTTGGTTTGGGAATACTCTGTGGAGCGGTTGGTTACTTGGGCTCCTCATTGTTTGTTAGAAGAATTTACACTAACATCAAATGTGACTGAGGATAAGGTGGTAGAGTTTGAAAGAGAAACGAGTTTCATTAAGTTGCAC
AATGATGCCAGTCTGAGCCGATGGTTGAAGGTCCATTTTCTCCTTGTGGAGTTCCAATTTATTATAGTTTTTGCAGTATCTTTTATAGCTTTCCTAATTATTGTGGTCCACATTTGCTTTCAAGGAAATTATTGCAAAGCTGTATTTGGAGTAGTTATTAGATTTTGAATGCTCTGAATGCTTTAATGGCTACTAGAAAA
TGATTTTTCTTTCACAGAATCTGGAGTCACTTCCGATCTGGTCAAGTTCTCATTCATTGAGATAAAGGATCAAATTTTGGTCAGTGGGCAATGCCTAGTGACCTCAATGCATGTACCGTTCATCCTCAAAGATAGGAGGATAATGCTATAAAATACTCATCCAAGAAATATTTTACACGGAAATGAATGATCATTTATTT
GAGCACGTTCTGTTAGTAGGGGCTTTTGGCTGTTCTTGCTTCTTTGCAGCTTAGAAGTGGAGTTCTTGTTAACCGTCGTGTATTGTACAGATTCTTTAGTATTTTTCTGATACATCTGGCACTTTTTTTTGAAATCCCATGACAGTGAGAATGAACGTTCTATAAACAATTTGTTGGAACAAAATCCATATTCTGTCGAT
CTGTATGTGTTGAAACCTGGATTGAAACCAGGACAAGGTTCCCGGCCAATGTGCTTCTCTACCACTAGCTACATGTCCCGTTCATGATGCTCACCCTTAAGTGTTGATTGCTACCTCCAACAGGCCCCTGAAGCCACACTTTGGCTCAATCCTC
Intron 5 GTCCATTTTC ... TCTTTCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 80 | 20 | 140 | 20 |
| A2 | 71.45 | 22.2 | 86 | 25 |
| A3 | 71.08 | 24 | 84 | 34 |
| A4 | 73.33 | 20.6 | 73 | 40 |
| A5 | 68.57 | 11 | 35 | 13 |
| A6 | 73.73 | 155 | 580 | 290 |
| A7 | 72.37 | 143 | 555 | 194 |
| A8 | 72 | 190.1 | 625 | 353 |
| A9 | 71.14 | 139.6 | 505 | 183 |
| A10 | 72.18 | 74 | 274 | 110 |
>TRINITY_DN101942_c0_g1_i3 from sample A4 / Example spliced isoformTGTGGAGCGGTTGGTTACTTGGCTCCTCATTGTTTGTTAGAAGAATTTACACTAACATCAAATGTGACTGAGGATAAGGTGGTAGAGTTTGAAAGAGAAACGAGTTTCATTAAGTTGCACAATGATGCCAGTCTGAGCCGATGGTTGAAGAATCTGGAGTCACTTCCGATCTGGTCAAGTTCTCATTCATTGAGATAAAG
GATCAAATTTTGGTCAGTGGGCAATGCCTAGTGACCTCAATGCATGTACCGTTCATCCTCAAAGATAGGAGGATAATGCTATAAAATACTCATCCAAGAAATATTTTACACGGAAATGAATGATCATTTATTTGAGCACGTTCTGTTAGTAGGGGCTTTTGGCTGTTCTTGCTTCTTTGCAGCTTAGAAGTGGAGTTCTT
GTTAACCGTCGTGTATTGTACAGATTCTTTAGTATTTTTCTGATACATCTGGCACTTTTTTTTGAAATCCCA
>TRINITY_DN101942_c0_g1_i5 from sample A4 / Example unspliced isoform:TATAATTCACTTCAACATAATTAATTTGTTCTGGCCTTGCAATTATATTGTATTGGTCACATGTGCTTAGACTTATGCTAATAATATCTGTAATCATTACCAACGCCTCTACTCACACACTACATTATATTATTAGGGCTCTGATATATCAACAGCTGCGAACGGATCCACGCGAAGGGATCCACGGATTTGACAGATTC
CAACTGAGCATTATCCGGTGAGGAGAATTATGAAAAAGCCCATCAGAACGCAGCAGCGATGGCTGCTTCTGGTTCTGTTCCAGGCCATGGTGTTCCCCATATCTCATGCTTCAGAGTATGACCACAAGTATAATGTAGGTGACCCTGTAACTCTTTGGGTGAACAAGGTTGGTCCTTACAACAATCCTCAAGAAACGTAT
AACTACTACAGTCTACCTTTCTGTCATCCAGGAAACAACCCTACACATAAGTGGGGTGGGCTTGGAGAGGTTCTGGAGGGAAATGAGCTCATTGATAGTCACATTGACATTAAATTTGGAACAAATGTTGATAGAAGCAAAATTTGTAGCATTGAGCTTGACAGTGAGAAGGTGCAGCAATTCAAGGATGCTATTGAAAA
CATGTATTGGTCTGAATTCTTCATGGATGATTTGCCACTCTGGGGATTTGTGGGAGAACAGCATCAAGACAAGAAAGATGATCAAAGGAATTTGCTTTACACACATAAGAATCTTGTCGTGAAATCAAATAAGGACCAGATAATACATCTCAATCTTACTCAGGAAAATCCTCAACCGCTTTTACCTGGAAGCACGCTGG
AGTTTACATATTCTGTCAAATGGGTTGAGACTAATATAACCTTCCCTAGGCGTTTTGATGTATATTTGGACCATCCTTTCTTTGAGCACCAGATCCATTGGTTTTCAATCTTCAATTCCTTCATGATGGTTATTTTCCTCGCTGGTTTAGTCTCAATGATCATGATGCGTACTTTGAGGAACGACTATGCAAAATATGCC
CGTGAAGATGATGATCTAGAAACCCTGGAAAGAGATGGCGGTGAAGAGTCAGGCTGGAAGCTAGTTCATGGAGATGTTTTCCGGTCACCTCAAAGTCTGGTCTTGTTGTCAGCATTGGTGGGTACTGGTGCACAACTCGCTATGCTTGTGCTTCTTGTCATCGTGCTAGCAATGGTTGGCATGCTATATGTGGGCCGTGG
AGCAATTGTCACAACATTTATTGTCTGCTATGCCCTTACGTCATTTATCTCCGGTTACGTGAGTGGAGGCCTGTACTCGCGCAATGATGGTAAACATTGGGTGAAGTCGATGATACTTACAGCATCGCTCTTTCCATTTTTATGCTTTGGAATTGGTTTCACACTGAACATAGTGGCCATATTTTACCGATCACTGGCTG
CTATTCCTTTTGGCACTATGGTGGTGGTTTTTATAATGTGGGCTTTTATTTCCTTCCCTTTAGCTCTTTTGGGAACAGTTGTTGGAAGGAATTGGAGTAGAGCTTCAGATAATCCATGCCGTGTGAAGAGCATTCCTCGGCCAATTCCTGAGAAAAAGTGGTATCTTACTCCATCAGTAGTGTCTGTGATGGGGGGTCTG
CTTCCATTTGGGAGTATATTCATCGAGATGTATTTTGTTTTTACCTCATTTTGGAACTACAAGGTTTACTATGTATATGGATTTATGTTGCTGGTTTTTGTGATTCTCCTTATTGTGACCATTTGCGTCACTATAGTTGGAACGTACTTCTTGCTAAATGCTGAAAACTATCATTGGCAATGGACATCGTTCTTCTCTGC
CGCATCAACAGCAGCTTATGTTTACCTCTATTCCATATATTACTACTATATGAAAACGAAGATGTCTGGATTTTTCCAGACAACTTTCTATTTTGGTTACACACTTATGTTCTGTCTTGGTTTGGGAATACTCTGTGGAGCGGTTGGTTACTTGGGCTCCTCATTGTTTGTTAGAAGAATTTACACTAACATCAAATGTG
ACTGAGGATAAGGTGGTAGAGTTTGAAAGAGAAACGAGTTTCATTAAGTTGCACAATGATGCCAGTCTGAGCCGATGGTTGAAGgtccattttctccttgtggagttccaatttattatagtttttgcagtatcttttatagctttcctaattattgtggtccacatttgctttcaaggaaattattgcaaagctgtatt
tggagtagttattagattttgaatgctctgaatgctttaatggctactagaaaatgatttttctttcacagAATCTGGAGTCACTTCCGATCTGGTCAAGTTCTCATTCATTGAGATAAAGGATCAAATTTTGGTCAGTGGGCAATGCCTAGTGACCTCAATGCATGTACCGTTCATCCTCAAAGATAGGAGGATAATGC
TATAAAATACTCATCCAAGAAATATTTTACACGGAAATGAATGATCATTTATTTGAGCACGTTCTGTTAGTAGGGGCTTTTGGCTGTTCTTGCTTCTTTGCAGCTTAGAAGTGGAGTTCTTGTTAACCGTCGTGTATTGTACAGATTCTTTAGTATTTTTCTGATACATCTGGCACTTTTTTTTGAAATCCCA
Intron 6 GTAAGAGATG ... TATCCTGAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.06 | 178 | 64 | 31 |
| A2 | 22.84 | 152 | 55 | 35 |
| A3 | 23.92 | 159 | 72 | 28 |
| A4 | 20.63 | 150 | 54 | 24 |
| A5 | 21.11 | 71 | 23 | 15 |
| A6 | 18.31 | 531 | 117 | 121 |
| A7 | 20.97 | 488 | 135 | 124 |
| A8 | 19.21 | 551 | 155 | 107 |
| A9 | 17.93 | 421 | 101 | 83 |
| A10 | 18.66 | 327 | 85 | 65 |
>TRINITY_DN123508_c4_g1_i15 from sample A1 / Example spliced isoformCCAATACTGATTCATCCCCCCTCTCAGTATTGGTGAATATTCCAACAGTAACTAGAAGTGAAGATTACCATCATTTCAACAAAAACTTCATAACTACCTGCCTTTATTTGGCGATCTTGTTCAAACCTCGTGTTTGGCATGCTGCTAAGGTCCCCATTCTTTGTCACCAAGATTGTCAATAACAGAAAGGTGGATTTGCG
TGGAACTAATGCTGCACTCGATGAAAGTCCAAGTCAAAGAACTCACCATAAATACTCAAGTATTGTTCTCATGTGTTGGATGCCTACAAGGGTTCTGTATGGGGAATAACATTGGTTCTAATCTATTGTGCATTTTATATTTATTGATGTTTAATAGAAGGGGCAAACATCTATTAATTGACCAAAAGAAGAGATTTCTT
TGATTGTTTCCTGCTATTGTATCTGTCCATGGAAGTAGTATTTCAAGTTTCCGTGTCTCTTTTCCCTGTTGCAACAATCAATTGGCAAGTACTGGTTTTCTAGTAGTTCTGTCTAGTCCAGTTGATAAGATTAGACCATGTTAAAAATTGCAGTTTCTGTCAGTCAAATCCCTGACACTAAAAGGACAATGATTTTATGG
GTTTTGAAGATCATTATTGTAATGAAAGGTCATGCAATGCATCTTTGTACCTTCATAATGTTTCATCTGAGTGCTCCTTTGTATCTTCATGTTTGTCATGTTGAACCACAAATTGTGTAAATGCGATGCTTATGCCCATTCCCTAGTTGGTTAGCTTAGACATACTAGAAAGGAAGATAATTAGTGTGAATGGATTTAAG
TTGAAATATTCATAATGCCCTTTGAATCAAGTTATCAACATGGCTATCTTTGTATAAAGGTCTGCTAGTTTCTTCATTCTATCTAAGTAAACTAGTGACCAGAGTACACTATCTAATTAATCAACTTATACAACCTTAAATTTGGAGATGAGTTTGAATTCTGCATGGTTGTAGACTCTAGTTACTTTGTATTCTACTAC
TGCAAGTCTATTATCAGATCTAATATTGCTTCCATGTTCCCAACCATTGGTATCTAGTGTTTCTCACAATTGGAGCACCATCAATATCACAAAGATTAAATTCCACAAGGATTGGGAATTTCTGAGTGTATGCTCTTCTCAATGCTTAAGTTAACCTGGATTTTATCAGCTCAGGCCCGATCAGTAGCCCAAATTTTCTT
CATAATTTGAAGATTCACCATCATCAACCCTAGTGAGCAAGAGTTCGATGCAGTGATTAACATTTATTAGTTGTAGGCAAGGTTACACAAACTGTGAGTGTGGATGGGTGCCGGTGTAGCAGCCTTCCTGAATTTATAAATAGGTGCAGGTCGCCTTGATTTAAAAATAAATATTTAAATTTTATATCCAAAATAAGCAG
AAAATTCAGGGAGACAATCAGAAGATTCAGAATTCTAGATTGTAAACATTTAGATATCAATTACCTGAATGCATTTTGCTGCCTATTAATATGATCCCTCTTCGAATTTCTCTTCTGTGTCAAAGTCAACTTACATGTTGAAGTCTAAAGACAGTAATGCTTGATGAACCAAATAAACTTGTCTGAATGCAAGTCAACAC
ATTCTAAGCAAATTTAAAGATCTCACTCCGTATTGAATGTTTATATTTGATAGCTTGTAATAGTTCCCCAGTTTCTTTGTTTAGTTTAATATCCTTCATTTCTGTTAGCATCATAAATTTAACAGCAGGTCAAACCTCATCCATCTCTCAGTGAGTCAGTGCAATTCAAAAAGTATTTCACAAGAAAGTTGACCTCATCG
TATTCTTGATAATGAAAATGAAGACCATCATTATTGACGTATGCTATAACTATTGTAAAATGATGACAATCCAGATGTGACCTTTGTGTACAAATCTTCCCAATAAGGGCATTATTTATTCTTCATTAAAAATGCAAATTATTTCTTACTGACTCTTGCATGAGAGGACAACCAGGTTGGTGAAAGAGGGGGTGGCTTTT
TAGCCCCTGCAAGGGTTTGATTCCTCAAAGAAAGTTGTCTATGCATTTCTGCAAGGGAGCTGTTGATAAGGAGTTGAGCTATCATGGCCATTAAGTCAGAGAGGGTAGTTACACAAAAAATTGTGTAATTGGTTTCCCACTTTCCATAGGTGGTGGATACTCAACACTTAATAGAGTCAAAGGAGGCTTTCAAGACTCAC
GGACTCGTGGAAAAATGGTTGATAATGTGATGAATTTTATATACTGTTTTGCTTGACTATGGCCATTATTTTTCATAAGTTCAATTATATTCACTACTGTGTGAATTCCAAGCAATCCAAAATTCTTAAACTCGCCCCACACTGAGGAGTTCTGTCAAGTTTGGTAAAAACATCAATTAGCAGTGATAAGCAAACAAAAT
CCCCAAAGACAAATCAGAGTAAACAAATTTCAATTTTTACTTAAAATAACTTCAAAAGGGCTTGATGAACTTCCAAACTTGTTTTGATATTTTTGAATTTTTCTGTAAGTGGTTTTAAAGCATGGTACTGCATTTTAATTTTTACCGACATGCATAGGCTCTTTTTTATCTGACTTTTTGTTACAGGTCGCATTTGTTTC
CTGTAACTGGAAATGGTTACTGAAAATCAGGAACTGTTTCCAGTTAAGGAAACAAATCCGACATGAAAAAAACACTTAGATAAAAAAGAGCCTGTAACTGTTTAGATCTGTCAAAACTGTTTAGGTTCTGACCAAAACCCCCTCAAATTCTGGTGTTTCTGAAATGAATCCCCACTTCCACAGTTCCGATCTGCACCAAA
TATGGGTTTGGCACCCTACCTAGGCAATTCTGGTAACTGTGGTTGTAGGTGATACAATAGTAAGACAACCTAAAGTGGCATTTTAAACAATCACCATTAACAAACGGTAGCTGCAAGTTCAAACAACCTGGTCTACATGGCGTATTTTCATCTTAGTTAAAAGAGTTTCAAGGACACTAATTCTTGCTATTGTAAACAGA
TCCATTGGTTTTCAATCTTCAATTCCTTCATGATGGTTATTTTCCTCGCTGGTTTAGTCTCAATGATCATGATGCGTACTTTGAGGAACGACTATGCAAAATATGCCCGTGAAGATGATGATCTAGAAACCCTGGAAAGAGATGGCGGTGAAGAGTCAGGCTGGAAGCTAGTTCATGGAGATGTTTTCCGGTCACCTCAA
AGTCTGGTCTTGTTGTCAGCATTGGTGGGTACTGGTGCACAACTCGCTATGCTTGTGCTTCTTGTCATCGTGCTAGCAATGGTTGGCATGCTATATGTGGGCCGTGGAGCAATTGTCACAACATTTATTGTCTGCTATGCCCTTACGTCATTTATCTCCGGTTACGTGAGTGGAGGCCTGTACTCGCGCAATGATGGTAA
ACATTGGGTGAAGTCGATGATACTTACAGCATCGCTCTTTCCATTTTTATGCTTTGGAATTGGTTTCACACTGAACATAGTGGCCATATTTTACCGATCACTGGCTGCTATTCCTTTTGGCACTATGGTGGTGGTTTTTATAATGTGGGCTTTTATTTCCTTCCCTTTAGCTCTTTTGGGAACAGTTGTTGGAAGGAATT
GGAGTAGAGCTTCAGATAATCCATGCCGTGTGAAGAGCATTCCTCGGCCAATTCCTGAGAAAAAGTGGTATCTTACTCCATCAGTAGTGTCTGTGATGGGGGGTCTGCTTCCATTTGGGAGTATATTCATCGAGATGTATTTTGTTTTTACCTCATTTTGGAACTACAAGGTTTACTATGTATATGGATTTATGTTGCTG
GTTTTTGTGATTCTCCTTATTGTGACCATTTGCGTCACTATAGTTGGAACGTACTTCTTGCTAAATGCTGAAAACTATCATTGGCAATGGACATCGTTCTTCTCTGCCGCATCAACAGCAGCTTATGTTTACCTCTATTCCATATATTACTACTATATGAAAACGAAGATGTCTGGATTTTTCCAGACAACTTTCTATTT
TGGTTACACACTTATGTTCTGTCTTGGTTTGGGAATACTCTGTGGAGCGGTTGGTTACTTGGGCTCCTCATTGTTTGTTAGAAGAATTTACACTAACATCAAATGTGACTGAGGATAAGGTGGTAGAGTTTGAAAGAGAAACGAGTTTCATTAAGTTGCACAATGATGCCAGTCTGAGCCGATGGTTGAAGGTCCATTTT
CTCCTTGTGGAGTTCCAATTTATTATAGTTTTTGCAGTATCTTTTATAGCTTTCCTAATTATTGTGGTCCACATTTGCTTTCAAGGAAATTATTGCAAAGCTGTATTTGGAGTAGTTATTAGATTTTGAATGCTCTGAATGCTTTAATGGCTACTAGAAAATGATTTTTCTTTCACAGAATCTGGAGTCACTTCCGATCT
GGTCAAGTTCTCATTCATTGAGATAAAGGATCAAATTTTGGTCAGTGGGCAATGCCTAGTGACCTCAATGCATGTACCGTTCATCCTCAAAGATAGGAGGATAATGCTATAAAATACTCATCCAAGAAATATTTTACACGGAAATGAATGATCATTTATTTGAGCACGTTCTGTTAGTAGGGGCTTTTGGCTGTTCTTGC
TTCTTTGCAGCTTAGAAGTGGAGTTCTTGTTAACCGTCGTGTATTGTACAGATTCTTTAGTATTTTTCTGATACATCTGGCACTTTTTTTTGAAATCCCATGACAGTGAGAATGAACGTTCTATAAACAATTTGTTGGAACAAAATCCATATTCTGTCGATCTGTATGTGTTGAAACCTGGATTGAAACCAGGACAAGGT
TCCCGGCCAATGTGCTTCTCTACCACTAGCTACA
>TRINITY_DN123508_c4_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:CCAATACTGATTCATCCCCCCTCTCAGTATTGGTGAATATTCCAACAGTAACTAGAAGTGAAGATTACCATCATTTCAACAAAAACTTCATAACTACCTGCCTTTATTTGGCGATCTTGTTCAAACCTCGTGTTTGGCATGCTGCTAAGGTCCCCATTCTTTGTCACCAAGATTGTCAATAACAGAAAGGTGGATTTGCG
TGGAACTAATGCTGCACTCGATGAAAGTCCAAGTCAAAGAACTCACCATAAATACTCAAGTATTGTTCTCATGTGTTGGATGCCTACAAGGGTTCTGTATGGGGAATAACATTGGTTCTAATCTATTGTGCATTTTATATTTATTGATGTTTAATAGAAGGGGCAAACATCTATTAATTGACCAAAAGAAGAGATTTCTT
TGATTGTTTCCTGCTATTGTATCTGTCCATGGAAGTAGTATTTCAAGTTTCCGTGTCTCTTTTCCCTGTTGCAACAATCAATTGGCAAGTACTGGTTTTCTAGTAGTTCTGTCTAGTCCAGTTGATAAGATTAGACCATGTTAAAAATTGCAGTTTCTGTCAGTCAAATCCCTGACACTAAAAGGACAATGATTTTATGG
GTTTTGAAGATCATTATTGTAATGAAAGGTCATGCAATGCATCTTTGTACCTTCATAATGTTTCATCTGAGTGCTCCTTTGTATCTTCATGTTTGTCATGTTGAACCACAAATTGTGTAAATGCGATGCTTATGCCCATTCCCTAGTTGGTTAGCTTAGACATACTAGAAAGGAAGATAATTAGTGTGAATGGATTTAAG
TTGAAATATTCATAATGCCCTTTGAATCAAGTTATCAACATGGCTATCTTTGTATAAAGGTCTGCTAGTTTCTTCATTCTATCTAAGTAAACTAGTGACCAGAGTACACTATCTAATTAATCAACTTATACAACCTTAAATTTGGAGATGAGTTTGAATTCTGCATGGTTGTAGACTCTAGTTACTTTGTATTCTACTAC
TGCAAGTCTATTATCAGATCTAATATTGCTTCCATGTTCCCAACCATTGGTATCTAGTGTTTCTCACAATTGGAGCACCATCAATATCACAAAGATTAAATTCCACAAGGATTGGGAATTTCTGAGTGTATGCTCTTCTCAATGCTTAAGTTAACCTGGATTTTATCAGCTCAGGCCCGATCAGTAGCCCAAATTTTCTT
CATAATTTGAAGATTCACCATCATCAACCCTAGTGAGCAAGAGTTCGATGCAGTGATTAACATTTATTAGTTGTAGGCAAGGTTACACAAACTGTGAGTGTGGATGGGTGCCGGTGTAGCAGCCTTCCTGAATTTATAAATAGGTGCAGGTCGCCTTGATTTAAAAATAAATATTTAAATTTTATATCCAAAATAAGCAG
AAAATTCAGGGAGACAATCAGAAGATTCAGAATTCTAGATTGTAAACATTTAGATATCAATTACCTGAATGCATTTTGCTGCCTATTAATATGATCCCTCTTCGAATTTCTCTTCTGTGTCAAAGTCAACTTACATGTTGAAGTCTAAAGACAGTAATGCTTGATGAACCAAATAAACTTGTCTGAATGCAAGTCAACAC
ATTCTAAGCAAATTTAAAGATCTCACTCCGTATTGAATGTTTATATTTGATAGCTTGTAATAGTTCCCCAGTTTCTTTGTTTAGTTTAATATCCTTCATTTCTGTTAGCATCATAAATTTAACAGCAGGTCAAACCTCATCCATCTCTCAGTGAGTCAGTGCAATTCAAAAAGTATTTCACAAGAAAGTTGACCTCATCG
TATTCTTGATAATGAAAATGAAGACCATCATTATTGACGTATGCTATAACTATTGTAAAATGATGACAATCCAGATGTGACCTTTGTGTACAAATCTTCCCAATAAGGGCATTATTTATTCTTCATTAAAAATGCAAATTATTTCTTACTGACTCTTGCATGAGAGGACAACCAGGTTGGTGAAAGAGGGGGTGGCTTTT
TAGCCCCTGCAAGGGTTTGATTCCTCAAAGAAAGTTGTCTATGCATTTCTGCAAGGGAGCTGTTGATAAGGAGTTGAGCTATCATGGCCATTAAGTCAGAGAGGGTAGTTACACAAAAAATTGTGTAATTGGTTTCCCACTTTCCATAGGTGGTGGATACTCAACACTTAATAGAGTCAAAGGAGGCTTTCAAGACTCAC
GGACTCGTGGAAAAATGGTTGATAATGTGATGAATTTTATATACTGTTTTGCTTGACTATGGCCATTATTTTTCATAAGTTCAATTATATTCACTACTGTGTGAATTCCAAGCAATCCAAAATTCTTAAACTCGCCCCACACTGAGGAGTTCTGTCAAGTTTGGTAAAAACATCAATTAGCAGTGATAAGCAAACAAAAT
CCCCAAAGACAAATCAGAGTAAACAAATTTCAATTTTTACTTAAAATAACTTCAAAAGGGCTTGATGAACTTCCAAACTTGTTTTGATATTTTTGAATTTTTCTGTAAGTGGTTTTAAAGCATGGTACTGCATTTTAATTTTTACCGACATGCATAGGCTCTTTTTTATCTGACTTTTTGTTACAGGTCGCATTTGTTTC
CTGTAACTGGAAATGGTTACTGAAAATCAGGAACTGTTTCCAGTTAAGGAAACAAATCCGACATGAAAAAAACACTTAGATAAAAAAGAGCCTGTAACTGTTTAGATCTGTCAAAACTGTTTAGGTTCTGACCAAAACCCCCTCAAATTCTGGTGTTTCTGAAATGAATCCCCACTTCCACAGTTCCGATCTGCACCAAA
TATGGGTTTGGCACCCTACCTAGGCAATTCTGGTAACTGTGGTTGTAGGTGATACAATAGTAAGACAACCTAAAGTGGCATTTTAAACAATCACCATTAACAAACGGTAGCTGCAAGTTCAAACAACCTGGTCTACATGGCGTATTTTCATCTTAGTTAAAAGAGTTTCAAGGACACTAATTCTTGCTATTGTAAACAGA
TCCATTGGTTTTCAATCTTCAATTCCTTCATGATGGTTATTTTCCTCGCTGGTTTAGTCTCAATGATCATGATGCGTACTTTGAGGAACGACTATGCAAAATATGCCCGTGAAGATGATGATCTAGAAACCCTGGAAAGAGATGGCGGTGAAGAGTCAGGCTGGAAGCTAGTTCATGGAGATGTTTTCCGGTCACCTCAA
AGTCTGGTCTTGTTGTCAGCATTGGTGGGTACTGGTGCACAACTCGCTATGCTTGTGCTTCTTGTCATCGTGCTAGCAATGGTTGGCATGCTATATGTGGGCCGTGGAGCAATTGTCACAACATTTATTGTCTGCTATGCCCTTACGTCATTTATCTCCGGTTACGTGAGTGGAGGCCTGTACTCGCGCAATGATGGTAA
ACATTGGGTGAAGTCGATGATACTTACAGCATCGCTCTTTCCATTTTTATGCTTTGGAATTGGTTTCACACTGAACATAGTGGCCATATTTTACCGATCACTGGCTGCTATTCCTTTTGGCACTATGGTGGTGGTTTTTATAATGTGGGCTTTTATTTCCTTCCCTTTAGCTCTTTTGGGAACAGTTGTTGGAAGGAATT
GGAGTAGAGCTTCAGATAATCCATGCCGTGTGAAGAGCATTCCTCGGCCAATTCCTGAGAAAAAGTGGTATCTTACTCCATCAGTAGTGTCTGTGATGGGGGGTCTGCTTCCATTTGGGAGTATATTCATCGAGATGTATTTTGTTTTTACCTCATTTTGGAACTACAAGgtaagagatgatctgtaaataagattgtct
gtgcatttcaagggcgcagattaaccattattgttttccattacttaattggacatctctatttgtcttttgctgtgtcatcgtattgggtggtgttgttcgatttgcaaactaggaaaataggagtagcttatcattccaagaattactttattgctgtaggttcttttgtaactgatgaaaaactgttttattctttg
tttccctttttgattgcttcgaagtttcagccaccttcatctaacgttattgctctggttttatcctgaagGTTTACTATGTATATGGATTTATGTTGCTGGTTTTTGTGATTCTCCTTATTGTGACCATTTGCGTCACTATAGTTGGAACGTACTTCTTGCTAAATGCTGAAAACTATCATTGGCAATGGACATCGTTC
TTCTCTGCCGCATCAACAGCAGCTTATGTTTACCTCTATTCCATATATTACTACTATATGAAAACGAAGATGTCTGGATTTTTCCAGACAACTTTCTATTTTGGTTACACACTTATGTTCTGTCTTGGTTTGGGAATACTCTGTGG
Intron 7 GTACAGTACC ... TCTAATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 29.35 | 142 | 59 | 0 |
| A2 | 31.43 | 96 | 44 | 0 |
| A3 | 29.88 | 169 | 72 | 1 |
| A4 | 31.75 | 137 | 63.8 | 3 |
| A5 | 25 | 57 | 19 | 2 |
| A6 | 26.94 | 377 | 139 | 0 |
| A7 | 28.87 | 473 | 192 | 0 |
| A8 | 28.82 | 331 | 134 | 0 |
| A9 | 28.21 | 425 | 167 | 2 |
| A10 | 27.95 | 330 | 128 | 0 |
>TRINITY_DN101942_c0_g1_i7 from sample A4 / Example spliced isoformTATAATTCACTTCAACATAATTAATTTGTTCTGGCCTTGCAATTATATTGTATTGGTCACATGTGCTTAGACTTATGCTAATAATATCTGTAATCATTACCAACGCCTCTACTCACACACTACATTATATTATTAGGGCTCTGATATATCAACAGCTGCGAACGGATCCACGCGAAGGGATCCACGGATTTGACAGATTC
CAACTGAGCATTATCCGGTGAGGAGAATTATGAAAAAGCCCATCAGAACGCAGCAGCGATGGCTGCTTCTGGTTCTGTTCCAGGCCATGGTGTTCCCCATATCTCATGCTTCAGAGTATGACCACAAGTATAATGTAGGTGACCCTGTAACTCTTTGGGTGAACAAGGTTGGTCCTTACAACAATCCTCAAGAAACGTAT
AACTACTACAGTCTACCTTTCTGTCATCCAGGAAACAACCCTACACATAAGTGGGGTGGGCTTGGAGAGGTTCTGGAGGGAAATGAGCTCATTGATAGTCACATTGACATTAAATTTGGAACAAATGTTGATAGAAGCAAAATTTGTAGCATTGAGCTTGACAGTGAGAAGGTGCAGCAATTCAAGGATGCTATTGAAAA
CATGTATTGGTCTGAATTCTTCATGGATGATTTGCCACTCTGGGGATTTGTGGGAGAACAGCATCAAGACAAGAAAGATGATCAAAGGAATTTGCTTTACACACATAAGAATCTTGTCGTGAAATCAAATAAGGACCAGGTCAGTGAATTGTGTGCTTTATGAATATGCTTATTTCCTTTGGCAACTCAGAAGGGGCACT
GATTGTTTCTTTCATACAACCTTACCACGGTACCACCTTATCTTGATGATGTGGTGGGCATCAAATCTGTTACATGTGAATTGCAGATAATACATCTCAATCTTACTCAGGAAAATCCTCAACCGCTTTTACCTGGAAGCACGCTGGAGTTTACATATTCTGTCAAATGGGTTGAGACTAATATAACCTTCCCTAGGCGT
TTTGATGTATATTTGGACCATCCTTTCTTTGAGCACCAGATCCATTGGTTTTCAATCTTCAATTCCTTCATGATGGTTATTTTCCTCGCTGGTTTAGTCTCAATGATCATGATGCGTACTTTGAGGAACGACTATGCAAAATATGCCCGTGAAGATGATGATCTAGAAACCCTGGAAAGAGATGGCGGTGAAGAGTCAGG
CTGGAAGCTAGTTCATGGAGATGTTTTCCGGTCACCTCAAAGTCTGGTCTTGTTGTCAGCATTGGTGGGTACTGGTGCACAACTCGCTATGCTTGTGCTTCTTGTCATCGTGCTAGCAATGGTTGGCATGCTATATGTGGGCCGTGGAGCAATTGTCACAACATTTATTGTCTGCTATGCCCTTACGTCATTTATCTCCG
GTTACGTGAGTGGAGGCCTGTACTCGCGCAATGATGGTAAACATTGGGTGAAGTCGATGATACTTACAGCATCGCTCTTTCCATTTTTATGCTTTGGAATTGGTTTCACACTGAACATAGTGGCCATATTTTACCGATCACTGGCTGCTATTCCTTTTGGCACTATGGTGGTGGTTTTTATAATGTGGGCTTTTATTTCC
TTCCCTTTAGCTCTTTTGGGAACAGTTGTTGGAAGGAATTGGAGTAGAGCTTCAGATAATCCATGCCGTGTGAAGAGCATTCCTCGGCCAATTCCTGAGAAAAAGTGGTATCTTACTCCATCAGTAGTGTCTGTGATGGGGGGTCTGCTTCCATTTGGGAGTATATTCATCGAGATGTATTTTGTTTTTACCTCATTTTG
GAACTACAAGGTTTACTATGTATATGGATTTATGTTGCTGGTTTTTGTGATTCTCCTTATTGTGACCATTTGCGTCACTATAGTTGGAACGTACTTCTTGCTAAATGCTGAAAACTATCATTGGCAATGGACATCGTTCTTCTCTGCCGCATCAACAGCAGCTTATGTTTACCTCTATTCCATATATTACTACTATATGA
AAACGAAGATGTCTGGATTTTTCCAGACAACTTTCTATTTTGGTTACACACTTATGTTCTGTCTTGGTTTGGGAATACTCTGTGGAGCGGTTGGTTACTTGGGCTCCTCATTGTTTGTTAGAAGAATTTACACTAACATCAAATGTGACTGAGGATAAGGTGGTAGAGTTTGAAAGAGAAACGAGTTTCATTAAGTTGCA
CAATGATGCCAGTCTGAGCCGATGGTTGAAGGTCCATTTTCTCCTTGTGGAGTTCCAATTTATTATAGTTTTTGCAGTATCTTTTATAGCTTTCCTAATTATTGTGGTCCACATTTGCTTTCAAGGAAATTATTGCAAAGCTGTATTTGGAGTAGTTATTAGATTTTGAATGCTCTGAATGCTTTAATGGCTACTAGAAA
ATGATTTTTCTTTCACAGAATCTGGAGTCACTTCCGATCTGGTCAAGTTCTCATTCATTGAGATAAAGGATCAAATTTTGGTCAGTGGGCAATGCCTAGTGACCTCAATGCATGTACCGTTCATCCTCAAAGATAGGAGGATAATGCTATAAAATACTCATCCAAGAAATATTTTACACGGAAATGAATGATCATTTATT
TGAGCACGTTCTGTTAGTAGGGGCTTTTGGCTGTTCTTGCTTCTTTGCAGCTTAGAAGTGGAGTTCTTGTTAACCGTCGTGTATTGTACAGATTCTTTAGTATTTTTCTGATACATCTGGCACTTTTTTTTGAAATCCCA
>TRINITY_DN101942_c0_g1_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:GTGAAGTGCGCCTTTGCCTTTGTGTTTGTGCTTCTACCAAAGCTGAGGTGAAGTCCAGGTCTGATGTGGAGTTCAACTTTCAATTTGATCACGCTTCTTATTTTTAATGTCATAAATTTAATCTCTACAACTTTATCTGTTGATGTTGGTTCAGCCGTGGAGCAATTGTCACAACATTTATTGTCTGCTATGCCCTTACG
TCATTTATCTCCGGTTACGTGAGTGGAGGCCTGTACTCGCGCAATGATGGTAAACATTGGGTGAAGTCGATGATACTTACAGCATCGCTCTTTCCATTTTTATGCTTTGGAATTGGTTTCACACTGAACATAGTGGCCATATTTTACCGATCACTGGCTGCTATTCCTTTTGGCACTATGgtacagtaccgtgccgttag
aacactttaaaatgattgtgttctttcttccgtctcatatgtgaatatttttgtttgtttcccttcatctaatgcagGTGGTGGTTTTTATAATGTAG
Intron 8 GTATGATCTC ... ATTGTCCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 16.74 | 169.1 | 5.5 | 34 |
| A2 | 12.48 | 134 | 5.2 | 19 |
| A3 | 14.69 | 163.3 | 7.5 | 28 |
| A4 | 19.62 | 135.5 | 11.4 | 33 |
| A5 | 22.89 | 60.6 | 1.8 | 18 |
| A6 | 17.17 | 145.8 | 0.5 | 30 |
| A7 | 12.47 | 274.8 | 1.8 | 39 |
| A8 | 19.78 | 138.6 | 1.4 | 34 |
| A9 | 17.12 | 218.4 | 0.9 | 45 |
| A10 | 22.26 | 231.4 | 0 | 66 |
>TRINITY_DN114218_c0_g2_i7 from sample A3 / Example spliced isoformCAAGTATTTTGGACCTCACTATAAAAATGCGCCAATCCATACCCGAACAAATCTAACCATAGATATAATTCACTTCAACATAATTAATTTGTTCTGGCCTTGCAATTATATTGTATTGGTCACATGTGCTTAGACTTATGCTAATAATATCTGTAATCATCACCAACGCCTCTACTCACACACTACATTATATTATTAGG
GCTCTGATATATCAACAGCTGCGAACGGATCCACGCGAAGGGATCCACGGATTTGACAGATTCCAACTGAGCATTATCCGGTGAGGAGAATTATGAAAAAGCCCATCAGAACGCAGCAGCGATGGCTGCTTCTGGTTCTGTTCCAGGCCATGGTGTTCCCCATATCTCATGCTTCAGAGTATGACCACAAGTATAATGTA
GGTGACCCTGTAACTCTTTGGGTGAACAAGGTTGGTCCTTACAACAATCCTCAAGAAACGTATAACTACTACAGTCTACCTTTCTGTCATCCAGGAAACAACCCTACACATAAGTGGGGTGGGCTTGGAGAGGTTCTGGAGGGAAATGAGCTCATTGATAGTCACATTGACATTAAATTTGGAAGTAAGCTGAACTTTTT
CAGATATTCATTCCTGTTGATATTTTCAGATTTTGGATTTTGATAAATGGTGGTATTCAAAAGGAAAGATATGCAGAACTAATGGCTCCATCTTTTGAGTTTTGTAATCTGAGTTTAACTTGCCACAGCCTTTATGGCCAAGGCCATGTTGCTTATGCAATGAGATAATTATGATTATTGAACATTTGACACATTCAATT
ACCTAATGTGGAGTGCAACGAGGGGTACACATATTGTTATTCTTTAATACAGTAAATGAAGTTAAAGTTATATCACAAGTGAAGTCCAATGCTGCCACTCTTAAGACAAGTTGATTCTTTGGCAGCAAATGTTGATAGAAGCAAAATTTGTAGCATTGAGCTTGACAGTGAGAAGGTGCAGCAATTCAAGGATGCTATTG
AAAACATGTATTGGTCTGAATTCTTCATGGATGATTTGCCACTCTGGGGATTTGTGGGAGAACAGCATCAAGACAAGAAAGATGATCAAAGGAATTTGCTTTACACACATAAGAATCTTGTCGTGAAATCAAATAAGGACCAGATAATACATCTCAATCTTACTCAGGAAAATCCTCAACCGCTTTTACCTGGAAGCACG
CTGGAGTTTACATATTCTGTCAAATGGGTTGAGACTAATATAACCTTCCCTAGGCGTTTTGATGTATATTTGGACCATCCTTTCTTTGAGCACCAGATCCATTGGTTTTCAATCTTCAATTCCTTCATGATGGTTATTTTCCTCGCTGGTTTAGTCTCAATGATCATGATGCGTACTTTGAGGAACGACTATGCAAAATA
TGCCCGTGAAGATGATGATCTAGAAACCCTGGAAAGAGATGGCGGTGAAGAGTCAGGCTGGAAGCTAGTTCATGGAGATGTTTTCCGGTCACCTCAAAGTCTGGTCTTGTTGTCAGCATTGGTGGGTACTGGTGCACAACTCGCTATGCTTGTGCTTCTTGTCATCGTGCTAGCAATGGTTGGCATGCTATATGTGGGCC
GTGGAGCAATTGTCACAACATTTATTGTCTGCTATGCCCTTACGTCATTTATCTCCGGTTACGTGAGTGGAGGCCTGTACTCGCGCAATGATGGTAAACATTGGGTGAAGTCGATGATACTTACAGCATCGCTCTTTCCATTTTTATGCTTTGGAATTGGTTTCACACTGAACATAGTGGCCATATTTTACCGATCACTG
GCTGCTATTCCTTTTGGCACTATGGTGGTGGTTTTTATAATGTGGGCTTTTATTTCCTTCCCTTTAGCTCTTTTGGGAACAGTTGTTGGAAGGAATTGGAGTAGAGCTTCAGATAATCCATGCCGTGTGAAGAGCATTCCTCGGCCAATTCCTGAGAAAAAGTGGTATCTTACTCCATCAGTAGTGTCTGTGATGGGGGG
TCTGCTTCCATTTGGGAGTATATTCATCGAGATGTATTTTGTTTTTACCTCATTTTGGAACTACAAGGTTTACTATGTATATGGATTTATGTTGCTGGTTTTTGTGATTCTCCTTATTGTGACCATTTGCGTCACTATAGTTGGAACGTACTTCTTGCTAAATGCTGAAAACTATCATTGGCAATGGACATCGTTCTTCT
CTGCCGCATCAACAGCAGCTTATGTTTACCTCTATTCCATATATTACTACTATATGAAAACGAAGATGTCTGGATTTTTCCAGACAACTTTCTATTTTGGTTACACACTTATGTTCTGTCTTGGTTTGGGAATACTCTGTGGAGCGGTTGGTTACTTGGGCTCCTCATTGTTTGTTAGAAGAATTTACACTAACATCAAA
TGTGACTGAGGATAAGGTGGTAGAGTTTGAAAGAGAAACGAGTTTCATTAAGTTGCACAATGATGCCAGTCTGAGCCGATGGTTGAAGGTCCATTTTCTCCTTGTGGAGTTCCAATTTATTATAGTTTTTGCAGTATCTTTTATAGCTTTCCTAATTATTGTGGTCCACATTTGCTTTCAAGGAAATTATTGCAAAGCTG
TATTTGGAGTAGTTATTAGATTTTGAATGCTCTGAATGCTTTAATGGCTACTAGAAAATGATTTTTCTTTCACAGAATCTGGAGTCACTTCCGATCTGGTCAAGTTCTCATTCATTGAGATAAAGGATCAAATTTTGGTCAGTGGGCAATGCCTAGTGACCTCAATGCATGTACCGTTCATCCTCAAAGATAGGAGGATA
ATGCTATAAAATACTCATCCAAGAAATATTTTACACGGAAATGAATGATCATTTATTTGAGCACGTTCTGTTAGTAGGGGCTTTTGGCTGTTCTTGCTTCTTTGCAGCTTAGAAGTGGAGTTCTTGTTAACCGTCGTGTATTGTACAGATTCTTTAGTATTTTTCTGATACATCTGGCACTTTTTTTTGAAATCCCATGA
CAGTGAGAATGAACGTTCTATAAACAATTTGTTGGAACAAAATCCATATTCTGTCGATCTGTATGTGTTGAAACCTGGATTGAAACCAGGACAAGGTTCCCGGCCAATGTGCTTCTCTACCACTAGCTACATGTCCCGTTCATGATGCTCACCCTTAAGTGTTGATTGCTACCTCCAACAGGCCCCTGAAGCCACACTTT
GGCTCAATCCTCCCAACCACCTTGAGCGTACTTTGTTGTGATACACCACCTTGAGCCTACTTTGTTGTGATACCAGGTTAGGAATCAAACCCGTGACTTGGTCTAGTTGCCACTGAGCTACATGGCCCTTCATAACAGACACCCTTATCAATACAATCTGAAGGTGTGGATTGCTACCTTCAAAACCCCAGCCTCAGGCA
ATGCATTGGTGCAGTGCAGTGGTTGACATTCTGGCTTGCCGGTGGTTGACATGCTGCTTTACCATTGAGCTACATACCCCTTACATGACAGGCACCCTCAA
>TRINITY_DN114218_c0_g2_i9 from sample A3 / Example unspliced isoform:GTATTGGTCTGAATTCTTCATGGgtatgatctccttgttcatattattcagctgtctggtgccgtagtgaaactttaggatgctaatagtgtttgcaatggcttccatgttcactgacttatgttttggttttatggcaatggtgtgccatgttggatggattgtcccagATGATTTGCCACTCTGGGGATTTGTGGGAG
AACAGCATCAAGACAAGAAAGATGATCAAAGGAATTTGCTTTACACACATAAGAATCTTGTCGTGAAATCAAATAAGGACCAGATAATACATCTCAATCTTACTCAGGAAAATCCTCAACCGCTTTTACCTGGAAGCACGCTGGAGTTTACATATTCTGTCAAATGGGTTGAGACTAATATAACCTTCCCTAGGCGTTTT
GATGTATATTTGGACCATCCTTTCTTTGAGCAC