NA ----> NA

Intron 1 GCTGATGTTT ... TGCTTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	34.51	1635.9	842.2	874.4
A2	33.59	1399.3	640.3	718.5
A3	34.12	1371.2	687.6	721.3
A4	33.6	1417.3	700.9	728.1
A5	34.76	603.4	299.9	326.5
A6	34.93	1197.6	601.5	653.2
A7	35.07	3195.9	1569.8	1755.3
A8	34.52	2156.8	1025.6	1155.7
A9	35.21	2715.2	1342.2	1499.3
A10	34.62	2985.2	1507.9	1605.4

>TRINITY_DN126722_c3_g2_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

GCCCCGGGTAACAGTACTGCGAAATTGACGCAAGGGTCCCGGGAACTGAGATATGCAAGAAATGGGCGGAGACTGTGCCGCCGTCCTGCATAGACTAGACGGGGCTACTTTGCTTTAAGTAGCAGACTTCTGTGGATTTCTCGTGAAATACACGCATGGCTGCTCATCTCGTTAACTTCATGGGGCTCTTTAGCTCGAGC
TTTACCCATCGACCTGCATTTCACCGGGTCCCGACACTGTTAACGTAATTAAGTTCGGTTCCAGGGTTATCAGGCGATTTTTTTCGTTTGATCCACATAATTTTTGTCATTTAAACAAGTTCCGATTTGGCGAGTTTTCGGCATTGCTTTAAAATGATGCAGCTGTGCTTATCTTACTCCGAACTTCGAAGTAGCAGGAA
TTGCGCCAGAAAAGCTTTAATGCAGGTGATGTGAGGCTTAAATCAAATCTTGCAAACTGGAGCTCGAACCTGTTTTATCTCTGTAGCGGCATTGTCTTGAATTGCAGTTCTTGCTGCCTTAAACTGCGATTGGAAAGGATGGAAGTTAGATGTAATGTTAAGTGGCTTTCTGGCCTACAGTTTGGCAGTGAGAGGCCACA
AATGTCCATGAGAGCTCGTAAATTCTCGTTAATAATCTTCATAGCTTTATATTCTTCCATATTTTGTGGCAAGGTTGTCAAATCAGAGGCTTCTTCATTGAATGGATTCGGATTAGGTTTGCAGGAAGGCATCAAATTCGGAAGACCAGACGCGATCGATTTCACCTCAGGACCTTGGATGCGTGGACTTAAACAAATCT
TGCCTGTGCTTGCCACTGGGCCTGTAGCAGTTGACTTTAATACCACGGATTCAAACAGTTCGCTTATTTTGGCTGAAATTCGGACTAGGAGGCCTGATATATTGCATAAATTCAAGCGGTATAGGGGTGGATGGAATATTACCAATAAACATTACTGGGCTTCTGTTGGTTTTACTGGTGCTCCTGGTTTCATTCTTGCT
CTTCTATGGTTTACTGTATTTGGCTTGGCCTTGTACATACTTTGTTGCTGCAGACAAAGGATCAAAGGGGAACAACAAGGGTTGCTGCCTTCTTACTGGGTTTCACTTCTCTTGCTAATTGTCTTCACATTTGCTGCAGTAGTGGGATGCTCGTTGCTTTCCCTGGGGCAGGATAAATTTCATCGAGAGATATCTGATAC
TTTGAAGTTTGTGGTCAAACAGACAGACGTCGTAGTTGAGAACCTTAGGAATGTCACAGAGTACCTAGCTGATGCAAAAACTATAAGTATAGCTCAAACTGTCATCCCAGAAGACGAGCGGAACCAGATAGAGAAGGTGAATGAAAACTTGATAAGGACAGCAGATGAGCTTGAGGGAATAACAACAGACAGTGCAGACA
AAATACAGAAAGCCCTTGATATTGTGCGAGATGCCTTAATTGTGGTTGCAGGTGTGATGATTCTGCTAGCAGTTCTTGGCCTTTTACTTGCTGTTCTTGGTTACCGACATATTATTTACATATTGGTTGTCATTGGATGGTTGCTTGTGGTGGGTACATTCATTCTTTGTGGGGTATTTACTGTTCTCAACAATGCTATT
ACAGATGCATGCGTGGCAATGCAAGAGTGGGTGGATCACCCCAATGCAGATACAACCCTAGATGGTATTCTTCCTTGCGTAGATAAATCCACGACGAATCAAACCAAGTGATAACTAATGTTGCAAATGGAGGTACTGCTTATTACAACCAGACTGGTCCACAAATGCCTCAGCTTTGCAATCCATTTGATTACATGTTG
AATGATCGACAATGTTTGCCTGAAGAAGTAAATTTTACCAATGCAGCTCAGGTCTGGCAGACTTATGTCTGCACCGTTTCCAATGGTATGTGTGTTACACCGGGCAGGGTAACACCAAACATATCTGCGCAATTGGTAACAGCAGTTAATCTCAGTTATGGCTTACAGCATTATACTCCATTTCTCCTGAACCTGACTGA
CTGCACTTTTGTGCGTGAGACGTTCACAACAATCAGGCAGTCTTATTGCCCTGAACTTCAGCTACATGTGAAGTGGGTGTACATTGGGTTGGCACTTGTATCAGTTGGTATCATGCTTTCATTGATATTCTGGATCATCTACACACAGCAGATACATCACAAAGTTGAATATTTTAAGCCAATTACAACCTAAATGATGG
ACAAACCATCTGTACAAATGAAAAGCAAAGAGAAGGCCAGTGTATAGGCTTGTCATCATACACAATACCAAGTGAGCATGAGGCGCGTTCACAGCGGATAGTTTAGTGCATCAAATGGGAAATGGGTTGTCTTCATATGACAACAACATGGATGTACTGATGGTACAAGTGCAGTTCCAGTAAGTCTTGGAGCACACTAA
GTGCAAATTCTTAGCAAAATGCGCCCGGCCACTTTGGTGCTAAATAACAAATAGATTGCTTCCTACGGAAATGGCAGAAGTTTCTATTTCAATATATGTAGTACTTTCAGAAAGTGCAGGATAATTGACGAGATGTTTTTAATTTTATTTTTGCTCAATAGCCGTAAGGCATTCAATTTTCTTTCACTGTATGTCCTCCT
AATATTGAATATGCATGTGTGATTGTCACAATTTATAGATTCTCTCTATCACGGACACACACTTTCTCTCACATACATGGACATTCACTCTTTTATCTCCTGATTATTGCCATGCACTAATATTATAACAAGCATCAATACTGCTTCGATCTTTTTGGGAATGTTTAAAATCATGTTCAGAAACATCACTGCTTTGCTGC
AGAAAGGGGCGTCTTGCAAAC

>TRINITY_DN126722_c3_g2_i10 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GCAGGTGATGTGAGGTATGAAAGCTAAAGATTTGAAGTTAAGCTTGTTCTTTTTCTTGCATGTCTGCAATTTCAGCTTTCAATTACCGGTTTGTCATGATCGGTTTGGATTAACCTCATGCGAGGCTTCCCGGGGTTGAATTTACAGGCTTAAATCAAATCTTGCAAACTGGAGCTCGAACCTGTTTTATCTCTGTAGCG
GCATTGTCTTGAATTGCAGTTCTTGCTGCCTTAAACTGCGATTGGAAAGGATGGAAGTTAGATGTAATGTTAAGTGGCTTTCTGGCCTACAGTTTGGCAGTGAGAGGCCACAAATGTCCATGAGAGCTCGTAAATTCTCGTTAATAATCTTCATAGCTTTATATTCTTCCATATTTTGTGGCAAGGTTGTCAAATCAGAG
GCTTCTTCATTGAATGGATTCGGATTAGGTTTGCAGGAAGGCATCAAATTCGGAAGACCAGACGCGATCGATTTCACCTCAGGACCTTGGATGCGTGGACTTAAACAAATCTTGCCTGTGCTTGCCACTGGGCCTGTAGCAGTTGACTTTAATACCACGGATTCAAACAGTTCGCTTATTTTGGCTGAAATTCGGACTAG
GAGGCCTGATATATTGCATAAATTCAAGCGGTATAGGGGTGGATGGAATATTACCAATAAACATTACTGGGCTTCTGTTGGTTTTACTGGTGCTCCTGGTTTCATTCTTGCTCTTCTATGGTTTACTGTATTTGGCTTGGCCTTGTACATACTTTGTTGCTGCAGACAAAGGATCAAAGGGGAACAACAAGGGTTGCTGC
CTTCTTACTGGGTTTCACTTCTCTTGCTAATTGTCTTCACATTTGCTGCAGTAGTGGGATGCTCGTTGCTTTCCCTGGGGCAGGATAAATTTCATCGAGAGATATCTGATACTTTGAAGTTTGTGGTCAAACAGACAGACGTCGTAGTTGAGAACCTTAGGAATGTCACAGAGTACCTAGCTGATGCAAAAACTATAAGT
ATAGCTCAAACTGTCATCCCAGAAGACGAGCGGAACCAGATAGAGAAGGTGAATGAAAACTTGATAAGGACAGCAGATGAGCTTGAGGGAATAACAACAGACAGTGCAGACAAAATACAGAAAGCCCTTGATATTGTGCGAGATGCCTTAATTGTGGTTGCAGGTGTGATGATTCTGCTAGCAGTTCTTGGCCTTTgctg
atgtttgtgatgatgcttggcagTACTTGCTGTTCTTGGTTACCGACATATTATTTACATATTGGTTGTCATTGGATGGTTGCTTGTGGTGGGTACATTCATTCTTTGTGGGGTATTTACTGTTCTCAACAA

Intron 2 GTAAGATTTC ... GCTTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	18.43	1164	156	370
A2	18.61	864	113	282
A3	19.38	982	122	350
A4	20.69	849	155	288
A5	18.3	393	60	116
A6	20	502	71	180
A7	19.26	1534	196	536
A8	19.92	951	139	334
A9	19.87	1351	180	490
A10	19.89	1674	255	576

>TRINITY_DN126722_c3_g2_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

GCCCCGGGTAACAGTACTGCGAAATTGACGCAAGGGTCCCGGGAACTGAGATATGCAAGAAATGGGCGGAGACTGTGCCGCCGTCCTGCATAGACTAGACGGGGCTACTTTGCTTTAAGTAGCAGACTTCTGTGGATTTCTCGTGAAATACACGCATGGCTGCTCATCTCGTTAACTTCATGGGGCTCTTTAGCTCGAGC
TTTACCCATCGACCTGCATTTCACCGGGTCCCGACACTGTTAACGTAATTAAGTTCGGTTCCAGGGTTATCAGGCGATTTTTTTCGTTTGATCCACATAATTTTTGTCATTTAAACAAGTTCCGATTTGGCGAGTTTTCGGCATTGCTTTAAAATGATGCAGCTGTGCTTATCTTACTCCGAACTTCGAAGTAGCAGGAA
TTGCGCCAGAAAAGCTTTAATGCAGGTGATGTGAGGCTTAAATCAAATCTTGCAAACTGGAGCTCGAACCTGTTTTATCTCTGTAGCGGCATTGTCTTGAATTGCAGTTCTTGCTGCCTTAAACTGCGATTGGAAAGGATGGAAGTTAGATGTAATGTTAAGTGGCTTTCTGGCCTACAGTTTGGCAGTGAGAGGCCACA
AATGTCCATGAGAGCTCGTAAATTCTCGTTAATAATCTTCATAGCTTTATATTCTTCCATATTTTGTGGCAAGGTTGTCAAATCAGAGGCTTCTTCATTGAATGGATTCGGATTAGGTTTGCAGGAAGGCATCAAATTCGGAAGACCAGACGCGATCGATTTCACCTCAGGACCTTGGATGCGTGGACTTAAACAAATCT
TGCCTGTGCTTGCCACTGGGCCTGTAGCAGTTGACTTTAATACCACGGATTCAAACAGTTCGCTTATTTTGGCTGAAATTCGGACTAGGAGGCCTGATATATTGCATAAATTCAAGCGGTATAGGGGTGGATGGAATATTACCAATAAACATTACTGGGCTTCTGTTGGTTTTACTGGTGCTCCTGGTTTCATTCTTGCT
CTTCTATGGTTTACTGTATTTGGCTTGGCCTTGTACATACTTTGTTGCTGCAGACAAAGGATCAAAGGGGAACAACAAGGGTTGCTGCCTTCTTACTGGGTTTCACTTCTCTTGCTAATTGTCTTCACATTTGCTGCAGTAGTGGGATGCTCGTTGCTTTCCCTGGGGCAGGATAAATTTCATCGAGAGATATCTGATAC
TTTGAAGTTTGTGGTCAAACAGACAGACGTCGTAGTTGAGAACCTTAGGAATGTCACAGAGTACCTAGCTGATGCAAAAACTATAAGTATAGCTCAAACTGTCATCCCAGAAGACGAGCGGAACCAGATAGAGAAGGTGAATGAAAACTTGATAAGGACAGCAGATGAGCTTGAGGGAATAACAACAGACAGTGCAGACA
AAATACAGAAAGCCCTTGATATTGTGCGAGATGCCTTAATTGTGGTTGCAGGTGTGATGATTCTGCTAGCAGTTCTTGGCCTTTTACTTGCTGTTCTTGGTTACCGACATATTATTTACATATTGGTTGTCATTGGATGGTTGCTTGTGGTGGGTACATTCATTCTTTGTGGGGTATTTACTGTTCTCAACAATGCTATT
ACAGATGCATGCGTGGCAATGCAAGAGTGGGTGGATCACCCCAATGCAGATACAACCCTAGATGGTATTCTTCCTTGCGTAGATAAATCCACGACGAATCAAACCAAGTGATAACTAATGTTGCAAATGGAGGTACTGCTTATTACAACCAGACTGGTCCACAAATGCCTCAGCTTTGCAATCCATTTGATTACATGTTG
AATGATCGACAATGTTTGCCTGAAGAAGTAAATTTTACCAATGCAGCTCAGGTCTGGCAGACTTATGTCTGCACCGTTTCCAATGGTATGTGTGTTACACCGGGCAGGGTAACACCAAACATATCTGCGCAATTGGTAACAGCAGTTAATCTCAGTTATGGCTTACAGCATTATACTCCATTTCTCCTGAACCTGACTGA
CTGCACTTTTGTGCGTGAGACGTTCACAACAATCAGGCAGTCTTATTGCCCTGAACTTCAGCTACATGTGAAGTGGGTGTACATTGGGTTGGCACTTGTATCAGTTGGTATCATGCTTTCATTGATATTCTGGATCATCTACACACAGCAGATACATCACAAAGTTGAATATTTTAAGCCAATTACAACCTAAATGATGG
ACAAACCATCTGTACAAATGAAAAGCAAAGAGAAGGCCAGTGTATAGGCTTGTCATCATACACAATACCAAGTGAGCATGAGGCGCGTTCACAGCGGATAGTTTAGTGCATCAAATGGGAAATGGGTTGTCTTCATATGACAACAACATGGATGTACTGATGGTACAAGTGCAGTTCCAGTAAGTCTTGGAGCACACTAA
GTGCAAATTCTTAGCAAAATGCGCCCGGCCACTTTGGTGCTAAATAACAAATAGATTGCTTCCTACGGAAATGGCAGAAGTTTCTATTTCAATATATGTAGTACTTTCAGAAAGTGCAGGATAATTGACGAGATGTTTTTAATTTTATTTTTGCTCAATAGCCGTAAGGCATTCAATTTTCTTTCACTGTATGTCCTCCT
AATATTGAATATGCATGTGTGATTGTCACAATTTATAGATTCTCTCTATCACGGACACACACTTTCTCTCACATACATGGACATTCACTCTTTTATCTCCTGATTATTGCCATGCACTAATATTATAACAAGCATCAATACTGCTTCGATCTTTTTGGGAATGTTTAAAATCATGTTCAGAAACATCACTGCTTTGCTGC
AGAAAGGGGCGTCTTGCAAAC

>TRINITY_DN126722_c3_g2_i13 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AAAATGTCGAAATGTTGCCTAAAGCGTTTGATGTAGGGTTATTTTTGTTGTATAAATGTTTCTTAAACGCTTTTCAATGGTTGTTTGAATGTATTGGAAGGCTGATGTGTAAGGTTAGAATAACTCTGAATAGCTGGTTAGCTTTAAGCCCACAGAAATTTATAATGGATCCCTCCGTTTGTATTGCACGGATTTAAATT
TTTTTGTCTTCGTGAGTCTCAAGGACAAAATTCACGCCGTTCCCAGTTCTAATGCGATGATGCTTTCTGATGATAAAAGGGCTAGAAGTATAGCTGCAATGAAACTTGTAATATTGTGACATTTTGAGAGTTGTCCTTCATTCCCAATGTCGAAAACTGCTGCGGAATTTTTAGTCATTCTGCCGAAGCAAAATTGATAA
ATCGATTTGCTAACTGATGGTAGATTTGTTGTGTAGGAAGACCAGACGCGATCGATTTCACCTCAGGACCTTGGATGCGTGGACTTAAACAAATCTTGCCTGTGCTTGCCACTGGGCCTGTAGCAGTTGACTTTAATACCACGGATTCAAACAGTTCGCTTATTTTGGCTGAAATTCGGACTAGGAGGCCTGATATATTG
CATAAATTCAAGCGGTATAGGGGTGGATGGAATATTACCAATAAACATTACTGGGCTgtaagatttccaaacattctcgtgcaactataatctgcttgcaacttttgaaaaataaattaaaatactaagcacagaaataggagtagccagtaagattttggctgttgccagaggccacccactatttttagaccaaacct
aaaccagtcttacacttgcagagatatatatttatgaaatgttttatttcagatttcttatagctctggtaggttatctgtgcaactcaagcaatttacttttttctagctgaaatctgtgaaactttgagaaatttcctctttcacctaggcaattatgatttgtcatttggtagcaaaaagcacttcctggcttgata
taagccctttaaacgttcttctgaggctttaaacatattgcctgtttggggccatggtcaatgtcaaccaggaacctcaaacttatatcaaaattgtcagccatggttcgcaatgaagaacaagtaagtggttgactgcaaatgttatgagccaaaacttggaatcttaagtgttaacaacagcaaacaacataaataaa
accagcagtaataattgtaaaaattagcaatagattctgcactaagaacaggaattccagcaattatctagcagtagatttgatagcagattctatactactatagcgttaacggcagacgagaaaccaacagtaactactagtaacaacagctgaatgctcaaaatcctcagcacataaagtttgaaaccttcctgaga
aggtatggatgcaagttcatgccaagttcaaggcagtatcaactctgttttattttccaggcttcctggaatagcacacttccccaaaacctttgcttttatggccaagagcccattttatagccaatttacatactagagaaatccaagaaaagaggatgtacaaccttcgatgattgacgctcatgagtaagaattac
taaacactaaaagtaaacatagacggagaatcggaaatacaaggatctcaccagtgatagggacatcaagagcccattttatagccaatttacagacaagaggaatccacgataagaggaggcacaaccttcgacgattgacactcatgagtaagaattactaaacactaaatatagatggagaatcgaaaatacaagga
tctcaccagtgatagggacactaatgtgataatggcagccattaatgattaatgtgagtatgcagtagcaactctttatgctaagaaaagaaccaacaaagttatcctattttaaggctgccatccagcctataaaactcggtggtcgattatgtttttaactgttgtctcttgagcatgataataacacttctaagctg
gaaacactgaacaatacatattccgaggtactataacagaaaagctgtatttcagcagtttggttttgagaagcattttcagttatagtccatccttaagtgtgaacagcagcaagaatctttttgtaattatatatgttatttttttcaccttgatttatttgaactgtttttaacccttttttggttctattcttttt
tcctttttttaagctgaacatggtcacaatgatactcaaataggtagctgacttttcttttttgcttttgcagTCTGTTGGTTTTACTGGTGCTCCTGGTTTCATTCTTGCTCTTCTATGGTTTACTGTATTTGGCTTGGCCTTGTACATACTTTGTTGCTGCAGACAAAGGATCAAAGGGGAACAACAAGGGTTGCTGC
CTTCTTACTGGGTTTCACTTCTCTTGCTAATTGTCTTCACATTTGCTGCAGTGTAACTTTCTATGCTCTATTCCTTTGTTATTTCCTTTATTACTTGTAGTATCTAAATCTAAATTTGTGGGTCTTTGACATGCTCATAAATTATATGTTAATGGACATGGGTTCTAAATCTTCAGATTTTTACTGGACAGTTATCTCGC
TTGATGAAATATCATAAAAAATATTATACTTTAGAGTTATTTGGCATGATGCAAACTTGGATGGCTGTGCCAGAGTTTGCATTATTTAGTGCTATTGATGCTGTCTGATTTCTTTTGTAAATCTTAACATGCCAACTTGCCAGATCTTTGAGTTGATACAGACAGTTGAACTTTGTGTCACTTCTATTTCCAAGGATGCC
TTTGTTTCTTCCTTATCAACATTTATCTTGTAGTTTATTTGTTTTGATGCAAAATTGAAATTTGCTTTGACTTGTTCCTCATTTGGATCTGATTCTCTCCATGCAGAGT

Intron 3 GCGAGATGCC ... GTGGTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	46.56	1526.2	1417	1216.3
A2	47.05	1140.9	1050.2	958
A3	46.23	1329.6	1207.9	1065.1
A4	46.99	1259.4	1167.5	1046.2
A5	46.78	545.3	496.4	457.3
A6	48.01	928.4	871.1	824.9
A7	47.8	2533.6	2328.8	2221.5
A8	47.05	1745.1	1565.8	1487.5
A9	47.18	2196.6	1985.5	1889.9
A10	47.77	2507.1	2334.8	2186.8

>TRINITY_DN110127_c0_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

GAAAAAGAACTCTTCGTTTACCGTGTGAAGTTTTGTACTTTCGTGCCGCACACGTTTACACGTTCGCAACGCGCTTTAGTTGAAGAAAACTGTTGTTTTACCACGTTAACCAAAGGGTTATAACCATCGTATGTACGACGTATTGCAGACACCGTCCTGTATTGAAAGAACGCGCGTCCACGTGGCACAGAATTGTTTTT
CTTAAACCGTGCTGAGCTACGCTGCAAATAAGGGTCACAGTACTGCGAAATTGACGCAAGGGTCCCGGGAACTGAGATATGCAAGAAATGGGCGGAGACTGTGCCGCCGTCCTGCATAGACTAGACGGGGCTACTTTGCTTTAAGTAGCAGACTTCTGTGGATTTCTCGTGAAATACACGCATGGCTGCTCATCTCGTTA
ACTTCATGGGGCTCTTTAGCTCGAGCTTTACCCATCGACCTGCATTTCACCGGGTCCCGACACTGTTAACGTAATTAAGTTCGGTTCCAGGGTTATCAGGCGATTTTTTTCGTTTGATCCACATAATTTTTGTCATTTAAACAAGTTCCGATTTGGCGAGTTTTCGGCATTGCTTTAAAATGATGCAGCTGTGCTTATCT
TACTCCGAACTTCGAAGTAGCAGGAATTGCGCCAGAAAAGCTTTAATGCAGGTGATGTGAGGCTTAAATCAAATCTTGCAAACTGGAGCTCGAACCTGTTTTATCTCTGTAGCGGCATTGTCTTGAATTGCAGTTCTTGCTGCCTTAAACTGCGATTGGAAAGGATGGAAGTTAGATGTAATGTTAAGTGGCTTTCTGGC
CTACAGTTTGGCAGTGAGAGGCCACAAATGTCCATGAGAGCTCGTAAATTCTCGTTAATAATCTTCATAGCTTTATATTCTTCCATATTTTGTGGCAAGGTTGTCAAATCAGAGGCTTCTTCATTGAATGGATTCGGATTAGGTTTGCAGGAAGGCATCAAATTCGGAAGACCAGACGCGATCGATTTCACCTCAGGACC
TTGGATGCGTGGACTTAAACAAATCTTGCCTGTGCTTGCCACTGGGCCTGTAGCAGTTGACTTTAATACCACGGATTCAAACAGTTCGCTTATTTTGGCTGAAATTCGGACTAGGAGGCCTGATATATTGCATAAATTCAAGCGGTATAGGGGTGGATGGAATATTACCAATAAACATTACTGGGCTTCTGTTGGTTTTA
CTGGTGCTCCTGGTTTCATTCTTGCTCTTCTATGGTTTACTGTATTTGGCTTGGCCTTGTACATACTTTGTTGCTGCAGACAAAGGATCAAAGGGGAACAACAAGGGTTGCTGCCTTCTTACTGGGTTTCACTTCTCTTGCTAATTGTCTTCACATTTGCTGCAGTAGTGGGATGCTCGTTGCTTTCCCTGGGGCAGGAT
AAATTTCATCGAGAGATATCTGATACTTTGAAGTTTGTGGTCAAACAGACAGACGTCGTAGTTGAGAACCTTAGGAATGTCACAGAGTACCTAGCTGATGCAAAAACTATAAGTATAGCTCAAACTGTCATCCCAGAAGACGAGCGGAACCAGATAGAGAAGGTGAATGAAAACTTGATAAGGACAGCAGATGAGCTTGA
GGGAATAACAACAGACAGTGCAGACAAAATACAGAAAGCCCTTGATATTGTGTGTGATGATTCTGCTAGCAGTTCTTGGCCTTTTACTTGCTGTTCTTGGTTACCGACATATTATTTACATATTGGTTGTCATTGGATGGTTGCTTGTGGTGGGTACATTCATTCTTTGTGGGGTATTTACTGTTCTCAACAATGCTATT
ACAGATGCATGCGTGGCAATGCAAGAGTGGGTGGATCACCCCAATGCAGATACAACCCTAGATGGTATTCTTCCTTGCGTAGATAAATCCACGACGAATCAAACGTTGTATAAAAGCAAAGAAGTAACGAGTGACTTGGTGAATGTTACAAACCAAGTGATAACTAATGTTGCAAATGGAGGTACTGCTTATTACAACCA
GACTGGTCCACAAATGCCTCAGCTTTGCAATCCATTTGATTACATGTTGAATGATCGACAATGTTTGCCTGAAGAAGTAAATTTTACCAATGCAGCTCAGGTCTGGCAGACTTATGTCTGCACCGTTTCCAATGGTATGTGTGTTACACCGGGCAGGGTAACACCAAACATATCTGCGCAATTGGTAACAGCAGTTAATC
TCAGTTATGGCTTACAGCATTATACTCCATTTCTCCTGAACCTGACTGACTGCACTTTTGTGCGTGAGACGTTCACAACAATCAGGCAGTCTTATTGCCCTGAACTTCAGCTACATGTGAAGTGGGTGTACATTGGGTTGGCACTTGTATCAGTTGGTATCATGCTTTCATTGATATTCTGGATCATCTACACACAGCAG
ATACATCACAAAGTTGAATATTTTAAGCCAATTACAACCTAAATGATGGACAAACCATCTGTACAAATGAAAAGCAAAGAGAAGGCCAGTGTATAGGCTTGTCATCATACACAATACCAAGTGAGCATGAGGCGCGTTCACAGCGGATAGTTTAGTGCATCAAATGGGAAATGGGTTGTCTTCATATGACAACAACATGG
ATGTACTGATGGTACAAGTGCAGTTCCAGTAAGTCTTGGAGCACACTAAGTGCAAATTCTTAGCAAAATGCGCCCGGCCACTTTGGTGCTAAATAACAAATAGATTGCTTCCTACGGAAATGGCAGAAGTTTCTATTTCAATATATGTAGTACTTTCAGAAAGTGCAGGATAATTGACGAGATGTTTTTAATTTTATTTT
TGCTCAATAGCCGTAAGGCATTCAATTTTCTTTCACTGTATGTCCTCCTAATATTGAATATGCATGTGTGATTGTCACAATTTATAGATTATCTCTATCACGGACACACACTTTCTCT

>TRINITY_DN110127_c0_g1_i7 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GAAAAAGAACTCTTCGTTTACCGTGTGAAGTTTTGTACTTTCGTGCCGCACACGTTTACACGTTCGCAACGCGCTTTAGTTGAAGAAAACTGTTGTTTTACCACGTTAACCAAAGGGTTATAACCATCGTATGTACGACGTATTGCAGACACCGTCCTGTATTGAAAGAACGCGCGTCCACGTGGCACAGAATTGTTTTT
CTTAAACCGTGCTGAGCTACGCTGCAAATAAGGGTCACAGTACTGCGAAATTGACGCAAGGGTCCCGGGAACTGAGATATGCAAGAAATGGGCGGAGACTGTGCCGCCGTCCTGCATAGACTAGACGGGGCTACTTTGCTTTAAGTAGCAGACTTCTGTGGATTTCTCGTGAAATACACGCATGGCTGCTCATCTCGTTA
ACTTCATGGGGCTCTTTAGCTCGAGCTTTACCCATCGACCTGCATTTCACCGGGTCCCGACACTGTTAACGTAATTAAGTTCGGTTCCAGGGTTATCAGGCGATTTTTTTCGTTTGATCCACATAATTTTTGTCATTTAAACAAGTTCCGATTTGGCGAGTTTTCGGCATTGCTTTAAAATGATGCAGCTGTGCTTATCT
TACTCCGAACTTCGAAGTAGCAGGAATTGCGCCAGAAAAGCTTTAATGCAGGTGATGTGAGGCTTAAATCAAATCTTGCAAACTGGAGCTCGAACCTGTTTTATCTCTGTAGCGGCATTGTCTTGAATTGCAGTTCTTGCTGCCTTAAACTGCGATTGGAAAGGATGGAAGTTAGATGTAATGTTAAGTGGCTTTCTGGC
CTACAGTTTGGCAGTGAGAGGCCACAAATGTCCATGAGAGCTCGTAAATTCTCGTTAATAATCTTCATAGCTTTATATTCTTCCATATTTTGTGGCAAGGTTGTCAAATCAGAGGCTTCTTCATTGAATGGATTCGGATTAGGTTTGCAGGAAGGCATCAAATTCGGAAGACCAGACGCGATCGATTTCACCTCAGGACC
TTGGATGCGTGGACTTAAACAAATCTTGCCTGTGCTTGCCACTGGGCCTGTAGCAGTTGACTTTAATACCACGGATTCAAACAGTTCGCTTATTTTGGCTGAAATTCGGACTAGGAGGCCTGATATATTGCATAAATTCAAGCGGTATAGGGGTGGATGGAATATTACCAATAAACATTACTGGGCTTCTGTTGGTTTTA
CTGGTGCTCCTGGTTTCATTCTTGCTCTTCTATGGTTTACTGTATTTGGCTTGGCCTTGTACATACTTTGTTGCTGCAGACAAAGGATCAAAGGGGAACAACAAGGGTTGCTGCCTTCTTACTGGGTTTCACTTCTCTTGCTAATTGTCTTCACATTTGCTGCAGTAGTGGGATGCTCGTTGCTTTCCCTGGGGCAGGAT
AAATTTCATCGAGAGATATCTGATACTTTGAAGTTTGTGGTCAAACAGACAGACGTCGTAGTTGAGAACCTTAGGAATGTCACAGAGTACCTAGCTGATGCAAAAACTATAAGTATAGCTCAAACTGTCATCCCAGAAGACGAGCGGAACCAGATAGAGAAGGTGAATGAAAACTTGATAAGGACAGCAGATGAGCTTGA
GGGAATAACAACAGACAGTGCAGACAAAATACAGAAAGCCCTTGATATTGTgcgagatgccttaattgtggttgcagGTGTGATGATTCTGCTAGCAGTTCTTGGCCTTTTACTTGCTGTTCTTGGTTACCGACATATTATTTACATATTGGTTGTCATTGGATGGTTGCTTGTGGTGGGTACATTCATTCTTTGTGGGG
TATTTACTGTTCTCAACAATGCTATTACAGATGCATGCGTGGCAATGCAAGAGTGGGTGGATCACCCCAATGCAGATACAACCCTAGATGGTATTCTTCCTTGCGTAGATAAATCCACGACGAATCAAACGTTGTATAAAAGCAAAGAAGTAACGAGTGACTTGGTGAATGTTACAAACCAAGTGATAACTAATGTTGCA
AATGGAGGTACTGCTTATTACAACCAGACTGGTCCACAAATGCCTCAGCTTTGCAATCCATTTGATTACATGTTGAATGATCGACAATGTTTGCCTGAAGAAGTAAATTTTACCAATGCAGCTCAGGTCTGGCAGACTTATGTCTGCACCGTTTCCAATGGTATGTGTGTTACACCGGGCAGGGTAACACCAAACATATC
TGCGCAATTGGTAACAGCAGTTAATCTCAGTTATGGCTTACAGCATTATACTCCATTTCTCCTGAACCTGACTGACTGCACTTTTGTGCGTGAGACGTTCACAACAATCAGGCAGTCTTATTGCCCTGAACTTCAGCTACATGTGAAGTGGGTGTACATTGGGTTGGCACTTGTATCAGTTGGTATCATGCTTTCATTGA
TATTCTGGATCATCTACACACAGCAGATACATCACAAAGTTGAATATTTTAAGCCAATTACAACCTAAATGATGGACAAACCATCTGTACAAATGAAAAGCAAAGAGAAGGCCAGTGTATAGGCTTGTCATCATACACAATACCAAGTGAGCATGAGGCGCGTTCACAGCGGATAGTTTAGTGCATCAAATGGGAAATGG
GTTGTCTTCATATGACAACAACATGGATGTACTGATGGTACAAGTGCAGTTCCAGTAAGTCTTGGAGCACACTAAGTGCAAATTCTTAGCAAAATGCGCCCGGCCACTTTGGTGCTAAATAACAAATAGATTGCTTCCTACGGAAATGGCAGAAGTTTCTATTTCAATATATGTAGTACTTTCAGAAAGTGCAGGATAAT
TGACGAGATGTTTTTAATTTTATTTTTGCTCAATAGCCGTAAGGCATTCAATTTTCTTTCACTGTATGTCCTCCTAATATTGAATATGCATGTGTGATTGTCACAATTTATAGATTATCTCTATCACGGACACACACTTTCTCT

Intron 4 GTATGTGCCT ... TCATGATTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	9.53	973.8	122.9	32.6
A2	9.65	745.6	95.9	14.4
A3	10.92	797.6	114.7	20.9
A4	10.16	816.3	110.6	13.6
A5	10.59	348.3	49.6	10
A6	10.68	701	99.2	23
A7	9.63	1826.7	233.3	22.6
A8	9.79	1192.2	154.1	19.2
A9	9.91	1556.4	202.7	31.4
A10	9.47	1752.9	222.6	29.6

>TRINITY_DN126722_c3_g2_i10 from sample A1 / Example spliced isoform

GCAGGTGATGTGAGGTATGAAAGCTAAAGATTTGAAGTTAAGCTTGTTCTTTTTCTTGCATGTCTGCAATTTCAGCTTTCAATTACCGGTTTGTCATGATCGGTTTGGATTAACCTCATGCGAGGCTTCCCGGGGTTGAATTTACAGGCTTAAATCAAATCTTGCAAACTGGAGCTCGAACCTGTTTTATCTCTGTAGCG
GCATTGTCTTGAATTGCAGTTCTTGCTGCCTTAAACTGCGATTGGAAAGGATGGAAGTTAGATGTAATGTTAAGTGGCTTTCTGGCCTACAGTTTGGCAGTGAGAGGCCACAAATGTCCATGAGAGCTCGTAAATTCTCGTTAATAATCTTCATAGCTTTATATTCTTCCATATTTTGTGGCAAGGTTGTCAAATCAGAG
GCTTCTTCATTGAATGGATTCGGATTAGGTTTGCAGGAAGGCATCAAATTCGGAAGACCAGACGCGATCGATTTCACCTCAGGACCTTGGATGCGTGGACTTAAACAAATCTTGCCTGTGCTTGCCACTGGGCCTGTAGCAGTTGACTTTAATACCACGGATTCAAACAGTTCGCTTATTTTGGCTGAAATTCGGACTAG
GAGGCCTGATATATTGCATAAATTCAAGCGGTATAGGGGTGGATGGAATATTACCAATAAACATTACTGGGCTTCTGTTGGTTTTACTGGTGCTCCTGGTTTCATTCTTGCTCTTCTATGGTTTACTGTATTTGGCTTGGCCTTGTACATACTTTGTTGCTGCAGACAAAGGATCAAAGGGGAACAACAAGGGTTGCTGC
CTTCTTACTGGGTTTCACTTCTCTTGCTAATTGTCTTCACATTTGCTGCAGTAGTGGGATGCTCGTTGCTTTCCCTGGGGCAGGATAAATTTCATCGAGAGATATCTGATACTTTGAAGTTTGTGGTCAAACAGACAGACGTCGTAGTTGAGAACCTTAGGAATGTCACAGAGTACCTAGCTGATGCAAAAACTATAAGT
ATAGCTCAAACTGTCATCCCAGAAGACGAGCGGAACCAGATAGAGAAGGTGAATGAAAACTTGATAAGGACAGCAGATGAGCTTGAGGGAATAACAACAGACAGTGCAGACAAAATACAGAAAGCCCTTGATATTGTGCGAGATGCCTTAATTGTGGTTGCAGGTGTGATGATTCTGCTAGCAGTTCTTGGCCTTTGCTG
ATGTTTGTGATGATGCTTGGCAGTACTTGCTGTTCTTGGTTACCGACATATTATTTACATATTGGTTGTCATTGGATGGTTGCTTGTGGTGGGTACATTCATTCTTTGTGGGGTATTTACTGTTCTCAACAA

>TRINITY_DN126722_c3_g2_i15 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GCAGGTGATGTGAGGTATGAAAGCTAAAGATTTGAAGTTAAGCTTGTTCTTTTTCTTGCATGTCTGCAATTTCAGCTTTCAATTACCGGTTTGTCATGATCGGTTTGGATTAACCTCATGCGAGGCTTCCCGGGGTTGAATTTACAGGCTTAAATCAAATCTTGCAAACTGGAGCTCGAACCTGTTTTATCTCTGTAGCG
GCATTGTCTTGAATTGCAGTTCTTGCTGCCTTAAACTGCGATTGGAAAGGATGGAAGTTAGATGTAATGTTAAGTGGCTTTCTGGCCTACAGTTTGGCAGTGAGAGGCCACAAATGTCCATGAGAGCTCGTAAATTCTCGTTAATAATCTTCATAGCTTTATATTCTTCCATATTTTGTGGCAAGGTTGTCAAATCAGAG
GCTTCTTCATTGAATGGATTCGGATTAGGTTTGCAGGAAGGCATCAAATTCGGAAGACCAGACGCGATCGATTTCACCTCAGGACCTTGGATGCGTGGACTTAAACAAATCTTGCCTGTGCTTGCCACTGGGCCTGTAGCAGTTGACTTTAATACCACGGATTCAAACAGTTCGCTTATTTTGGCTGAAATTCGGACTAG
GAGGCCTGATATATTGCATAAATTCAAGCGGTATAGGGGTGGATGGAATATTACCAATAAACATTACTGGGCTTCTGTTGGTTTTACTGGTGCTCCTGGTTTCATTCTTGCTCTTCTATGGTTTACTGTATTTGGCTTGGCCTTGTACATACTTTGTTGCTGCAGACAAAGGATCAAAGGGGAACAACAAGGGTTGCTGC
CTTCTTACTGGGTTTCACTTCTCTTGCTAATTGTCTTCACATTTGCTGCAGTAGTGGGATGCTCGTTGCTTTCCCTGGGGCAGGATAAATTTCATCGAGAGATATCTGATACTTTGAAGTTTGTGGTCAAACAGACAGACGTCGTAGTTGAGAACCTTAGGAATGTCACAGAGTACCTAGCTGATGCAAAAACTATAAGT
ATAGCTCAAACTGTCATCCCAGAAGACGAGCGGAACCAGATAGAGAAGGTGAATGAAAACTTGATAAGGACAGCAGATGAGCTTGAGGGAATAACAACAGACAGTGCAGACAAAATACAGAAAGCCCTTGATATTGTGTATGTTTTATCTGCAACTTTGCTAACCTAATTAAAAATTATTTGCTGTGACCTTTTTCATTA
ATATGAGCTTTCTGTCAACTAAAGCATGTGGGATTTGTGATACCAGGCGAGATGCCTTAATTGTGGTTGCAGGTGTGATGATTCTGCTAGCAGTTCTTGGCCTTTgtatgtgcctctctctctctctcgctctctctctcacacacacacatacatataacacctacccacacccaccctgtaacactcacccacaccca
cacccacacccaccctgttatctgaagttctgatttgcatttacagaatcatttagtatggagaataattatgcaattgtcgttcaattacttatcataatataatgttctcaaaggtttatttgttgcaccaactcttacccacatttcaaatggcaagtgcatcaagtgtttataataaagatttcctaatcctctaa
aaaattcctggaatattccttttgaaatcttttttttacagactgaaaatctcttaccctttatattgccaataccagcaaccctaatttctttgtttcctacttccatgttccttgttggtgttggaaaattttcatgattagGCTGATGTTTGTGATGATGCTTGGCAGTACTTGCTGTTCTTGGTTACCGACATATT
ATTTACATGTAAGTTCCATTCATTAAGAAGTGTTTTTGTTGGTCCTTTGACAAATTCGATATGCCTGAAGTCGACTATTATGAAAAAAAAGATATTCTTTTCAGTTTCTTAACTCCATGTCTGTTTCTAGCAGATTGGTTGTCATTGGATGGTTGCTTGTGGTGGGTACATTCATTCTTTGTGGGGTATTTACTGTTCTC
AACAAGTAAGTGGTCATTTTCTTTAAATTTGGCCTATCATATAATTGCCATTTTTTTCTTAAAGCAATGTAGCCATTCCTGTTTTTCATATACTTGTGTTCACTGTTCCTCTGAAATTTACATCTGCAATTTACCTGTGTGCTTACTCTGGCCTTTATCATGCAGTGGCACTAGCGTTTTTCAATAAAAAAAGGGTGACA
AAAGTAAATGGCTGCAACATAGGTTCCTAAAGATGCATAGTTAAATGTCTTCTATATGACCAATATTGTAAAAGACTAAATGGGATCAATAGGATCACTAGTATAATATTTCAATTGCATAAAATCAATAGGATCACTAGAAGAAAGACAAAACACGG

Intron 5 GTATGTTTTA ... GTGATACCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	23.71	1507.9	456.5	31.4
A2	17.89	1129.7	235.3	17
A3	21.85	1282.4	349.7	21.8
A4	19.78	1247.7	297.7	24.2
A5	21.24	529.3	138.7	16
A6	16.75	937.5	180.8	17.7
A7	14.98	2506.3	422.4	35.6
A8	18.03	1688	354.5	24.9
A9	16.89	2136.7	415.9	35.1
A10	16.65	2499	481.9	28.5

>TRINITY_DN126722_c3_g2_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

GCCCCGGGTAACAGTACTGCGAAATTGACGCAAGGGTCCCGGGAACTGAGATATGCAAGAAATGGGCGGAGACTGTGCCGCCGTCCTGCATAGACTAGACGGGGCTACTTTGCTTTAAGTAGCAGACTTCTGTGGATTTCTCGTGAAATACACGCATGGCTGCTCATCTCGTTAACTTCATGGGGCTCTTTAGCTCGAGC
TTTACCCATCGACCTGCATTTCACCGGGTCCCGACACTGTTAACGTAATTAAGTTCGGTTCCAGGGTTATCAGGCGATTTTTTTCGTTTGATCCACATAATTTTTGTCATTTAAACAAGTTCCGATTTGGCGAGTTTTCGGCATTGCTTTAAAATGATGCAGCTGTGCTTATCTTACTCCGAACTTCGAAGTAGCAGGAA
TTGCGCCAGAAAAGCTTTAATGCAGGTGATGTGAGGCTTAAATCAAATCTTGCAAACTGGAGCTCGAACCTGTTTTATCTCTGTAGCGGCATTGTCTTGAATTGCAGTTCTTGCTGCCTTAAACTGCGATTGGAAAGGATGGAAGTTAGATGTAATGTTAAGTGGCTTTCTGGCCTACAGTTTGGCAGTGAGAGGCCACA
AATGTCCATGAGAGCTCGTAAATTCTCGTTAATAATCTTCATAGCTTTATATTCTTCCATATTTTGTGGCAAGGTTGTCAAATCAGAGGCTTCTTCATTGAATGGATTCGGATTAGGTTTGCAGGAAGGCATCAAATTCGGAAGACCAGACGCGATCGATTTCACCTCAGGACCTTGGATGCGTGGACTTAAACAAATCT
TGCCTGTGCTTGCCACTGGGCCTGTAGCAGTTGACTTTAATACCACGGATTCAAACAGTTCGCTTATTTTGGCTGAAATTCGGACTAGGAGGCCTGATATATTGCATAAATTCAAGCGGTATAGGGGTGGATGGAATATTACCAATAAACATTACTGGGCTTCTGTTGGTTTTACTGGTGCTCCTGGTTTCATTCTTGCT
CTTCTATGGTTTACTGTATTTGGCTTGGCCTTGTACATACTTTGTTGCTGCAGACAAAGGATCAAAGGGGAACAACAAGGGTTGCTGCCTTCTTACTGGGTTTCACTTCTCTTGCTAATTGTCTTCACATTTGCTGCAGTAGTGGGATGCTCGTTGCTTTCCCTGGGGCAGGATAAATTTCATCGAGAGATATCTGATAC
TTTGAAGTTTGTGGTCAAACAGACAGACGTCGTAGTTGAGAACCTTAGGAATGTCACAGAGTACCTAGCTGATGCAAAAACTATAAGTATAGCTCAAACTGTCATCCCAGAAGACGAGCGGAACCAGATAGAGAAGGTGAATGAAAACTTGATAAGGACAGCAGATGAGCTTGAGGGAATAACAACAGACAGTGCAGACA
AAATACAGAAAGCCCTTGATATTGTGCGAGATGCCTTAATTGTGGTTGCAGGTGTGATGATTCTGCTAGCAGTTCTTGGCCTTTTACTTGCTGTTCTTGGTTACCGACATATTATTTACATATTGGTTGTCATTGGATGGTTGCTTGTGGTGGGTACATTCATTCTTTGTGGGGTATTTACTGTTCTCAACAATGCTATT
ACAGATGCATGCGTGGCAATGCAAGAGTGGGTGGATCACCCCAATGCAGATACAACCCTAGATGGTATTCTTCCTTGCGTAGATAAATCCACGACGAATCAAACCAAGTGATAACTAATGTTGCAAATGGAGGTACTGCTTATTACAACCAGACTGGTCCACAAATGCCTCAGCTTTGCAATCCATTTGATTACATGTTG
AATGATCGACAATGTTTGCCTGAAGAAGTAAATTTTACCAATGCAGCTCAGGTCTGGCAGACTTATGTCTGCACCGTTTCCAATGGTATGTGTGTTACACCGGGCAGGGTAACACCAAACATATCTGCGCAATTGGTAACAGCAGTTAATCTCAGTTATGGCTTACAGCATTATACTCCATTTCTCCTGAACCTGACTGA
CTGCACTTTTGTGCGTGAGACGTTCACAACAATCAGGCAGTCTTATTGCCCTGAACTTCAGCTACATGTGAAGTGGGTGTACATTGGGTTGGCACTTGTATCAGTTGGTATCATGCTTTCATTGATATTCTGGATCATCTACACACAGCAGATACATCACAAAGTTGAATATTTTAAGCCAATTACAACCTAAATGATGG
ACAAACCATCTGTACAAATGAAAAGCAAAGAGAAGGCCAGTGTATAGGCTTGTCATCATACACAATACCAAGTGAGCATGAGGCGCGTTCACAGCGGATAGTTTAGTGCATCAAATGGGAAATGGGTTGTCTTCATATGACAACAACATGGATGTACTGATGGTACAAGTGCAGTTCCAGTAAGTCTTGGAGCACACTAA
GTGCAAATTCTTAGCAAAATGCGCCCGGCCACTTTGGTGCTAAATAACAAATAGATTGCTTCCTACGGAAATGGCAGAAGTTTCTATTTCAATATATGTAGTACTTTCAGAAAGTGCAGGATAATTGACGAGATGTTTTTAATTTTATTTTTGCTCAATAGCCGTAAGGCATTCAATTTTCTTTCACTGTATGTCCTCCT
AATATTGAATATGCATGTGTGATTGTCACAATTTATAGATTCTCTCTATCACGGACACACACTTTCTCTCACATACATGGACATTCACTCTTTTATCTCCTGATTATTGCCATGCACTAATATTATAACAAGCATCAATACTGCTTCGATCTTTTTGGGAATGTTTAAAATCATGTTCAGAAACATCACTGCTTTGCTGC
AGAAAGGGGCGTCTTGCAAAC

>TRINITY_DN126722_c3_g2_i15 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GCAGGTGATGTGAGGTATGAAAGCTAAAGATTTGAAGTTAAGCTTGTTCTTTTTCTTGCATGTCTGCAATTTCAGCTTTCAATTACCGGTTTGTCATGATCGGTTTGGATTAACCTCATGCGAGGCTTCCCGGGGTTGAATTTACAGGCTTAAATCAAATCTTGCAAACTGGAGCTCGAACCTGTTTTATCTCTGTAGCG
GCATTGTCTTGAATTGCAGTTCTTGCTGCCTTAAACTGCGATTGGAAAGGATGGAAGTTAGATGTAATGTTAAGTGGCTTTCTGGCCTACAGTTTGGCAGTGAGAGGCCACAAATGTCCATGAGAGCTCGTAAATTCTCGTTAATAATCTTCATAGCTTTATATTCTTCCATATTTTGTGGCAAGGTTGTCAAATCAGAG
GCTTCTTCATTGAATGGATTCGGATTAGGTTTGCAGGAAGGCATCAAATTCGGAAGACCAGACGCGATCGATTTCACCTCAGGACCTTGGATGCGTGGACTTAAACAAATCTTGCCTGTGCTTGCCACTGGGCCTGTAGCAGTTGACTTTAATACCACGGATTCAAACAGTTCGCTTATTTTGGCTGAAATTCGGACTAG
GAGGCCTGATATATTGCATAAATTCAAGCGGTATAGGGGTGGATGGAATATTACCAATAAACATTACTGGGCTTCTGTTGGTTTTACTGGTGCTCCTGGTTTCATTCTTGCTCTTCTATGGTTTACTGTATTTGGCTTGGCCTTGTACATACTTTGTTGCTGCAGACAAAGGATCAAAGGGGAACAACAAGGGTTGCTGC
CTTCTTACTGGGTTTCACTTCTCTTGCTAATTGTCTTCACATTTGCTGCAGTAGTGGGATGCTCGTTGCTTTCCCTGGGGCAGGATAAATTTCATCGAGAGATATCTGATACTTTGAAGTTTGTGGTCAAACAGACAGACGTCGTAGTTGAGAACCTTAGGAATGTCACAGAGTACCTAGCTGATGCAAAAACTATAAGT
ATAGCTCAAACTGTCATCCCAGAAGACGAGCGGAACCAGATAGAGAAGGTGAATGAAAACTTGATAAGGACAGCAGATGAGCTTGAGGGAATAACAACAGACAGTGCAGACAAAATACAGAAAGCCCTTGATATTGTgtatgttttatctgcaactttgctaacctaattaaaaattatttgctgtgacctttttcatta
atatgagctttctgtcaactaaagcatgtgggatttgtgataccagGCGAGATGCCTTAATTGTGGTTGCAGGTGTGATGATTCTGCTAGCAGTTCTTGGCCTTTGTATGTGCCTCTCTCTCTCTCTCGCTCTCTCTCTCACACACACACATACATATAACACCTACCCACACCCACCCTGTAACACTCACCCACACCCA
CACCCACACCCACCCTGTTATCTGAAGTTCTGATTTGCATTTACAGAATCATTTAGTATGGAGAATAATTATGCAATTGTCGTTCAATTACTTATCATAATATAATGTTCTCAAAGGTTTATTTGTTGCACCAACTCTTACCCACATTTCAAATGGCAAGTGCATCAAGTGTTTATAATAAAGATTTCCTAATCCTCTAA
AAAATTCCTGGAATATTCCTTTTGAAATCTTTTTTTTACAGACTGAAAATCTCTTACCCTTTATATTGCCAATACCAGCAACCCTAATTTCTTTGTTTCCTACTTCCATGTTCCTTGTTGGTGTTGGAAAATTTTCATGATTAGGCTGATGTTTGTGATGATGCTTGGCAGTACTTGCTGTTCTTGGTTACCGACATATT
ATTTACATGTAAGTTCCATTCATTAAGAAGTGTTTTTGTTGGTCCTTTGACAAATTCGATATGCCTGAAGTCGACTATTATGAAAAAAAAGATATTCTTTTCAGTTTCTTAACTCCATGTCTGTTTCTAGCAGATTGGTTGTCATTGGATGGTTGCTTGTGGTGGGTACATTCATTCTTTGTGGGGTATTTACTGTTCTC
AACAAGTAAGTGGTCATTTTCTTTAAATTTGGCCTATCATATAATTGCCATTTTTTTCTTAAAGCAATGTAGCCATTCCTGTTTTTCATATACTTGTGTTCACTGTTCCTCTGAAATTTACATCTGCAATTTACCTGTGTGCTTACTCTGGCCTTTATCATGCAGTGGCACTAGCGTTTTTCAATAAAAAAAGGGTGACA
AAAGTAAATGGCTGCAACATAGGTTCCTAAAGATGCATAGTTAAATGTCTTCTATATGACCAATATTGTAAAAGACTAAATGGGATCAATAGGATCACTAGTATAATATTTCAATTGCATAAAATCAATAGGATCACTAGAAGAAAGACAAAACACGG

Intron 6 GTATGTTTTA ... GTGGTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	29.78	1250.1	457.7	12
A2	24.12	915.5	236.1	5
A3	26.47	1105.2	350.5	16
A4	25.57	1026.3	298.1	14
A5	26.19	450.3	139	4
A6	22.87	748.1	181.2	7.1
A7	21.12	2016.2	423.5	13.9
A8	24.36	1389.2	355.3	10
A9	22.65	1762.8	417	14
A10	22.44	2027.6	483.2	7

>TRINITY_DN110127_c0_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

GAAAAAGAACTCTTCGTTTACCGTGTGAAGTTTTGTACTTTCGTGCCGCACACGTTTACACGTTCGCAACGCGCTTTAGTTGAAGAAAACTGTTGTTTTACCACGTTAACCAAAGGGTTATAACCATCGTATGTACGACGTATTGCAGACACCGTCCTGTATTGAAAGAACGCGCGTCCACGTGGCACAGAATTGTTTTT
CTTAAACCGTGCTGAGCTACGCTGCAAATAAGGGTCACAGTACTGCGAAATTGACGCAAGGGTCCCGGGAACTGAGATATGCAAGAAATGGGCGGAGACTGTGCCGCCGTCCTGCATAGACTAGACGGGGCTACTTTGCTTTAAGTAGCAGACTTCTGTGGATTTCTCGTGAAATACACGCATGGCTGCTCATCTCGTTA
ACTTCATGGGGCTCTTTAGCTCGAGCTTTACCCATCGACCTGCATTTCACCGGGTCCCGACACTGTTAACGTAATTAAGTTCGGTTCCAGGGTTATCAGGCGATTTTTTTCGTTTGATCCACATAATTTTTGTCATTTAAACAAGTTCCGATTTGGCGAGTTTTCGGCATTGCTTTAAAATGATGCAGCTGTGCTTATCT
TACTCCGAACTTCGAAGTAGCAGGAATTGCGCCAGAAAAGCTTTAATGCAGGTGATGTGAGGCTTAAATCAAATCTTGCAAACTGGAGCTCGAACCTGTTTTATCTCTGTAGCGGCATTGTCTTGAATTGCAGTTCTTGCTGCCTTAAACTGCGATTGGAAAGGATGGAAGTTAGATGTAATGTTAAGTGGCTTTCTGGC
CTACAGTTTGGCAGTGAGAGGCCACAAATGTCCATGAGAGCTCGTAAATTCTCGTTAATAATCTTCATAGCTTTATATTCTTCCATATTTTGTGGCAAGGTTGTCAAATCAGAGGCTTCTTCATTGAATGGATTCGGATTAGGTTTGCAGGAAGGCATCAAATTCGGAAGACCAGACGCGATCGATTTCACCTCAGGACC
TTGGATGCGTGGACTTAAACAAATCTTGCCTGTGCTTGCCACTGGGCCTGTAGCAGTTGACTTTAATACCACGGATTCAAACAGTTCGCTTATTTTGGCTGAAATTCGGACTAGGAGGCCTGATATATTGCATAAATTCAAGCGGTATAGGGGTGGATGGAATATTACCAATAAACATTACTGGGCTTCTGTTGGTTTTA
CTGGTGCTCCTGGTTTCATTCTTGCTCTTCTATGGTTTACTGTATTTGGCTTGGCCTTGTACATACTTTGTTGCTGCAGACAAAGGATCAAAGGGGAACAACAAGGGTTGCTGCCTTCTTACTGGGTTTCACTTCTCTTGCTAATTGTCTTCACATTTGCTGCAGTAGTGGGATGCTCGTTGCTTTCCCTGGGGCAGGAT
AAATTTCATCGAGAGATATCTGATACTTTGAAGTTTGTGGTCAAACAGACAGACGTCGTAGTTGAGAACCTTAGGAATGTCACAGAGTACCTAGCTGATGCAAAAACTATAAGTATAGCTCAAACTGTCATCCCAGAAGACGAGCGGAACCAGATAGAGAAGGTGAATGAAAACTTGATAAGGACAGCAGATGAGCTTGA
GGGAATAACAACAGACAGTGCAGACAAAATACAGAAAGCCCTTGATATTGTGTGTGATGATTCTGCTAGCAGTTCTTGGCCTTTTACTTGCTGTTCTTGGTTACCGACATATTATTTACATATTGGTTGTCATTGGATGGTTGCTTGTGGTGGGTACATTCATTCTTTGTGGGGTATTTACTGTTCTCAACAATGCTATT
ACAGATGCATGCGTGGCAATGCAAGAGTGGGTGGATCACCCCAATGCAGATACAACCCTAGATGGTATTCTTCCTTGCGTAGATAAATCCACGACGAATCAAACGTTGTATAAAAGCAAAGAAGTAACGAGTGACTTGGTGAATGTTACAAACCAAGTGATAACTAATGTTGCAAATGGAGGTACTGCTTATTACAACCA
GACTGGTCCACAAATGCCTCAGCTTTGCAATCCATTTGATTACATGTTGAATGATCGACAATGTTTGCCTGAAGAAGTAAATTTTACCAATGCAGCTCAGGTCTGGCAGACTTATGTCTGCACCGTTTCCAATGGTATGTGTGTTACACCGGGCAGGGTAACACCAAACATATCTGCGCAATTGGTAACAGCAGTTAATC
TCAGTTATGGCTTACAGCATTATACTCCATTTCTCCTGAACCTGACTGACTGCACTTTTGTGCGTGAGACGTTCACAACAATCAGGCAGTCTTATTGCCCTGAACTTCAGCTACATGTGAAGTGGGTGTACATTGGGTTGGCACTTGTATCAGTTGGTATCATGCTTTCATTGATATTCTGGATCATCTACACACAGCAG
ATACATCACAAAGTTGAATATTTTAAGCCAATTACAACCTAAATGATGGACAAACCATCTGTACAAATGAAAAGCAAAGAGAAGGCCAGTGTATAGGCTTGTCATCATACACAATACCAAGTGAGCATGAGGCGCGTTCACAGCGGATAGTTTAGTGCATCAAATGGGAAATGGGTTGTCTTCATATGACAACAACATGG
ATGTACTGATGGTACAAGTGCAGTTCCAGTAAGTCTTGGAGCACACTAAGTGCAAATTCTTAGCAAAATGCGCCCGGCCACTTTGGTGCTAAATAACAAATAGATTGCTTCCTACGGAAATGGCAGAAGTTTCTATTTCAATATATGTAGTACTTTCAGAAAGTGCAGGATAATTGACGAGATGTTTTTAATTTTATTTT
TGCTCAATAGCCGTAAGGCATTCAATTTTCTTTCACTGTATGTCCTCCTAATATTGAATATGCATGTGTGATTGTCACAATTTATAGATTATCTCTATCACGGACACACACTTTCTCT

>TRINITY_DN110127_c0_g1_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GAAAAAGAACTCTTCGTTTACCGTGTGAAGTTTTGTACTTTCGTGCCGCACACGTTTACACGTTCGCAACGCGCTTTAGTTGAAGAAAACTGTTGTTTTACCACGTTAACCAAAGGGTTATAACCATCGTATGTACGACGTATTGCAGACACCGTCCTGTATTGAAAGAACGCGCGTCCACGTGGCACAGAATTGTTTTT
CTTAAACCGTGCTGAGCTACGCTGCAAATAAGGGTCACAGTACTGCGAAATTGACGCAAGGGTCCCGGGAACTGAGATATGCAAGAAATGGGCGGAGACTGTGCCGCCGTCCTGCATAGACTAGACGGGGCTACTTTGCTTTAAGTAGCAGACTTCTGTGGATTTCTCGTGAAATACACGCATGGCTGCTCATCTCGTTA
ACTTCATGGGGCTCTTTAGCTCGAGCTTTACCCATCGACCTGCATTTCACCGGGTCCCGACACTGTTAACGTAATTAAGTTCGGTTCCAGGGTTATCAGGCGATTTTTTTCGTTTGATCCACATAATTTTTGTCATTTAAACAAGTTCCGATTTGGCGAGTTTTCGGCATTGCTTTAAAATGATGCAGCTGTGCTTATCT
TACTCCGAACTTCGAAGTAGCAGGAATTGCGCCAGAAAAGCTTTAATGCAGGTGATGTGAGGCTTAAATCAAATCTTGCAAACTGGAGCTCGAACCTGTTTTATCTCTGTAGCGGCATTGTCTTGAATTGCAGTTCTTGCTGCCTTAAACTGCGATTGGAAAGGATGGAAGTTAGATGTAATGTTAAGTGGCTTTCTGGC
CTACAGTTTGGCAGTGAGAGGCCACAAATGTCCATGAGAGCTCGTAAATTCTCGTTAATAATCTTCATAGCTTTATATTCTTCCATATTTTGTGGCAAGGTTGTCAAATCAGAGGCTTCTTCATTGAATGGATTCGGATTAGGTTTGCAGGAAGGCATCAAATTCGGAAGACCAGACGCGATCGATTTCACCTCAGGACC
TTGGATGCGTGGACTTAAACAAATCTTGCCTGTGCTTGCCACTGGGCCTGTAGCAGTTGACTTTAATACCACGGATTCAAACAGTTCGCTTATTTTGGCTGAAATTCGGACTAGGAGGCCTGATATATTGCATAAATTCAAGCGGTATAGGGGTGGATGGAATATTACCAATAAACATTACTGGGCTTCTGTTGGTTTTA
CTGGTGCTCCTGGTTTCATTCTTGCTCTTCTATGGTTTACTGTATTTGGCTTGGCCTTGTACATACTTTGTTGCTGCAGACAAAGGATCAAAGGGGAACAACAAGGGTTGCTGCCTTCTTACTGGGTTTCACTTCTCTTGCTAATTGTCTTCACATTTGCTGCAGTAGTGGGATGCTCGTTGCTTTCCCTGGGGCAGGAT
AAATTTCATCGAGAGATATCTGATACTTTGAAGTTTGTGGTCAAACAGACAGACGTCGTAGTTGAGAACCTTAGGAATGTCACAGAGTACCTAGCTGATGCAAAAACTATAAGTATAGCTCAAACTGTCATCCCAGAAGACGAGCGGAACCAGATAGAGAAGGTGAATGAAAACTTGATAAGGACAGCAGATGAGCTTGA
GGGAATAACAACAGACAGTGCAGACAAAATACAGAAAGCCCTTGATATTGTgtatgttttatctgcaactttgctaacctaattaaaaattatttgctgtgacctttttcattaatatgagctttctgtcaactaaagcatgtgggatttgtgataccaggcgagatgccttaattgtggttgcagGTGTGATGATTCTG
CTAGCAGTTCTTGGCCTTTGTATGTGCCTCTCTCTCTCTCTCGCTCTCTCTCACACACACACACATACATATAACACCTACCCACACCCACCCTGTAACACTCACCCACACCCACACCCACACCCACCCTGTTATCTGAAGTTCTGATTTGCATTTACAGAATCATTTAG

Intron 7 GTAAGTTATT ... TGTTGTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	22.63	1176	421	267
A2	23.42	824	328	176
A3	23.18	996	415	186
A4	23.19	891	357	181
A5	22.46	347	112	89
A6	21.7	386	133	81
A7	23.38	993	408	198
A8	22.86	582	218	127
A9	23.37	964	403	185
A10	21.52	1253	415	272

>TRINITY_DN110127_c0_g1_i6 from sample A2 / Example spliced isoform

GAAAAAGAACTCTTCGTTTACCGTGTGAAGTTTTGTACTTTCGTGCCGCACACGTTTACACGTTCGCAACGCGCTTTAGTTGAAGAAAACTGTTGTTTTACCACGTTAACCAAAGGGTTATAACCATCGTATGTACGACGTATTGCAGACACCGTCCTGTATTGAAAGAACGCGCGTCCACGTGGCACAGAATTGTTTTT
CTTAAACCGTGCTGAGCTACGCTGCAAATAAGGGTCACAGTACTGCGAAATTGACGCAAGGGTCCCGGGAACTGAGATATGCAAGAAATGGGCGGAGACTGTGCCGCCGTCCTGCATAGACTAGACGGGGCTACTTTGCTTTAAGTAGCAGACTTCTGTGGATTTCTCGTGAAATACACGCATGGCTGCTCATCTCGTTA
ACTTCATGGGGCTCTTTAGCTCGAGCTTTACCCATCGACCTGCATTTCACCGGGTCCCGACACTGTTAACGTAATTAAGTTCGGTTCCAGGGTTATCAGGCGATTTTTTTCGTTTGATCCACATAATTTTTGTCATTTAAACAAGTTCCGATTTGGCGAGTTTTCGGCATTGCTTTAAAATGATGCAGCTGTGCTTATCT
TACTCCGAACTTCGAAGTAGCAGGAATTGCGCCAGAAAAGCTTTAATGCAGGTGATGTGAGGCTTAAATCAAATCTTGCAAACTGGAGCTCGAACCTGTTTTATCTCTGTAGCGGCATTGTCTTGAATTGCAGTTCTTGCTGCCTTAAACTGCGATTGGAAAGGATGGAAGTTAGATGTAATGTTAAGTGGCTTTCTGGC
CTACAGTTTGGCAGTGAGAGGCCACAAATGTCCATGAGAGCTCGTAAATTCTCGTTAATAATCTTCATAGCTTTATATTCTTCCATATTTTGTGGCAAGGTTGTCAAATCAGAGGCTTCTTCATTGAATGGATTCGGATTAGGTTTGCAGGAAGGCATCAAATTCGGAAGACCAGACGCGATCGATTTCACCTCAGGACC
TTGGATGCGTGGACTTAAACAAATCTTGCCTGTGCTTGCCACTGGGCCTGTAGCAGTTGACTTTAATACCACGGATTCAAACAGTTCGCTTATTTTGGCTGAAATTCGGACTAGGAGGCCTGATATATTGCATAAATTCAAGCGGTATAGGGGTGGATGGAATATTACCAATAAACATTACTGGGCTTCTGTTGGTTTTA
CTGGTGCTCCTGGTTTCATTCTTGCTCTTCTATGGTTTACTGTATTTGGCTTGGCCTTGTACATACTTTGTTGCTGCAGACAAAGGATCAAAGGGGAACAACAAGGGTTGCTGCCTTCTTACTGGGTTTCACTTCTCTTGCTAATTGTCTTCACATTTGCTGCAGTAGTGGGATGCTCGTTGCTTTCCCTGGGGCAGGAT
AAATTTCATCGAGAGATATCTGATACTTTGAAGTTTGTGGTCAAACAGACAGACGTCGTAGTTGAGAACCTTAGGAATGTCACAGAGTACCTAGCTGATGCAAAAACTATAAGTATAGCTCAAACTGTCATCCCAGAAGACGAGCGGAACCAGATAGAGAAGGTGAATGAAAACTTGATAAGGACAGCAGATGAGCTTGA
GGGAATAACAACAGACAGTGCAGACAAAATACAGAAAGCCCTTGATATTGTGTATGTTTTATCTGCAACTTTGCTAACCTAATTAAAAATTATTTGCTGTGACCTTTTTCATTAATATGAGCTTTCTGTCAACTAAAGCATGTGGGATTTGTGATACCAGGCGAGATGCCTTAATTGTGGTTGCAGGTGTGATGATTCTG
CTAGCAGTTCTTGGCCTTTGTATGTGCCTCTCTCTCTCTCTCGCTCTCTCTCACACACACACACATACATATAACACCTACCCACACCCACCCTGTAACACTCACCCACACCCACACCCACACCCACCCTGTTATCTGAAGTTCTGATTTGCATTTACAGAATCATTTAG

>TRINITY_DN110127_c0_g1_i8 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GAAAAAGAACTCTTCGTTTACCGTGTGAAGTTTTGTACTTTCGTGCCGCACACGTTTACACGTTCGCAACGCGCTTTAGTTGAAGAAAACTGTTGTTTTACCACGTTAACCAAAGGGTTATAACCATCGTATGTACGACGTATTGCAGACACCGTCCTGTATTGAAAGAACGCGCGTCCACGTGGCACAGAATTGTTTTT
CTTAAACCGTGCTGAGCTACGCTGCAAATAAGGGTCACAGTACTGCGAAATTGACGCAAGGGTCCCGGGAACTGAGATATGCAAGAAATGGGCGGAGACTGTGCCGCCGTCCTGCATAGACTAGACGGGGCTACTTTGCTTTAAGTAGCAGACTTCTGTGGATTTCTCGTGAAATACACGCATGGCTGCTCATCTCGTTA
ACTTCATGGGGCTCTTTAGCTCGAGCTTTACCCATCGACCTGCATTTCACCGGGTCCCGACACTGTTAACGTAATTAAGTTCGGTTCCAGGGTTATCAGGCGATTTTTTTCGTTTGATCCACATAATTTTTGTCATTTAAACAAGTTCCGATTTGGCGAGTTTTCGGCATTGCTTTAAAATGATGCAGCTGTGCTTATCT
TACTCCGAACTTCGAAGTAGCAGGAATTGCGCCAGAAAAGCTTTAATGCAGGTGATGTGAGGCTTAAATCAAATCTTGCAAACTGGAGCTCGAACCTGTTTTATCTCTGTAGCGGCATTGTCTTGAATTGCAGTTCTTGCTGCCTTAAACTGCGATTGGAAAGGATGGAAGTTAGATGTAATGTTAAGTGGCTTTCTGGC
CTACAGTTTGGCAGTGAGAGGCCACAAATGTCCATGAGAGCTCGTAAATTCTCGTTAATAATCTTCATAGCTTTATATTCTTCCATATTTTGTGGCAAGGTTGTCAAATCAGAGGCTTCTTCATTGAATGGATTCGGATTAGGTTTGCAGGAAGGCATCAAATTCGgtaagttattgtgttaatcatattgatttcctta
aagctgcaaggttctttaaaaattcggttcaagaatgtcaattctaaaaaccttcataaaagtttgcctaaaaaatggttcaagaacgccaattctaaaaaaatcatgaagttcttttttaaggattggcgttcttgaaaacatttattgcgttcttgaaagcagttattggcgttcttacaagctgccttaaaatttat
ctgatgttacatgatatttgctttaaagttgactatttcagtgaggtttgatttgatatttactaaaaactggttgaaaaatgtcgaaatgttgcctaaagcgtttgatgtagggttatttttgttgtataaatgtttcttaaacgcttttcaatggttgtttgaatgtattggaaggctgatgtgtaaggttagaataa
ctctgaatagctggttagctttaagcccacagaaatttataatggatccctccgtttgtattgcacggatttaaatttttttgtcttcgtgagtctcaaggacaaaattcacgccgttcccagttctaatgcgatgatgctttctgatgataaaagggctagaagtatagctgcaatgaaacttgtaatattgtgacatt
ttgagagttgtccttcattcccaatgtcgaaaactgctgcggaatttttagtcattctgccgaagcaaaattgataaatcgatttgctaactgatggtagatttgttgtgtagGAAGACCAGACGCGATCGATTTCACCTCAGGACCTTGGATGCGTGGACTTAAACAAATCTTGCCTGTGCTTGCCACTGGGCCTGTAG
CAGTTGACTTTAATACCACGGATTCAAACAGTTCGCTTATTTTGGCTGAAATTCGGACTAGGAGGCCTGATATATTGCATAAATTCAAGCGGTATAGGGGTGGATGGAATATTACCAATAAACATTACTGGGCTGTAAGATTTCCAAACATTCTCGTGCAACTATAATCTGCTTGCAACTTTTGAAAAATAAATTAAAAT
ACTAAGCACAGAAATAGGAGTAGCCAGTAAGATTTTGGCTGTTGCCAGAGGCCACCCACTATTTTTAGACCAAACCTAAACCAGTCTTACACTTGCAGAGATATATATTTATGAAATGTTTTATTTCAGATTTCTTATAGCTCTGGTAGGTTATCTGTGCAACTCAAGCAATTTACTTTTTTCTAGCTGAAATCTGTGAA
ACTTTGAGAAATTTCCTCTTTCACCTAGGCAATTATGATTTGTCATTTGGTAGCAAAAAGCACTTCCTGGCTTGATATAAGCCCTTTAAACGTTCTTCTGAGGCTTTAAACATATTGCCTGTTTGGGGCCATGGTCAATGTCAACCAGGAACCTCAAACTTATATCAAAATTGTCAGCCATGGTTCGCAATGAAGAACAA
GTAAGTGGTTGACTGCAAATGTTATGAGCCAAAACTTGGAATCTTAAGTGTTAACAACAGCAAACAACATAAATAAAACCAGCAGTAATAATTGTAAAAATTAGCAATAGATTCTGCACTAAGAACAGGAATTCCAGCAATTATCTAGCAGTAGATTTGATAGCAGATTCTATACTACTATAGCGTTAACGGCAGACGAG
AAACCAACAGTAACTACTAGTAACAACAGCTGAATGCTCAAAATCCTCAGCACATAAAGTTTGAAACCTTCCTGAGAAGGTATGGATGCAAGTTCATGCCAAGTTCAAGGCAGTATCAACTCTGTTTTATTTTCCAGGCTTCCTGGAATAGCACACTTCCCCAAAACCTTTGCTTTTATGGCCAAGAGCCCATTTTATAG
CCAATTTACATACTAGAGAAATCCAAGAAAAGAGGATGTACAACCTTCGATGATTGACGCTCATGAGTAAGAATTACTAAACACTAAAAGTAAACATAGACGGAGAATCGGAAATACAAGGATCTCACCAGTGATAGGGACA

Intron 8 GTATTTGCCT ... TTCCTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	22.03	1299	356	378
A2	21.72	739	166	244
A3	22.1	853	189	295
A4	21.14	828	190	254
A5	20.54	267	47	91
A6	22.78	1005	202	391
A7	22.4	2053	371	814
A8	22.12	2343	480	851
A9	22.7	2007	359	820
A10	22.07	1681	283	669

>TRINITY_DN40242_c6_g1_i5 from sample A9 / Example spliced isoform

ATTGAAAGAACGCGCGTCCACGTGGCACAGATTGTTTTTCTTAAACCGTGCTGAGCTACGCTGCAAATAAGGGTAACAGTACTGCGAAATTGACGCAAGGGTCCCGGGAACTGAGATATGCAAGAAATGGGCGGAGACTGTGCCGCCGTCCTGCATAGACTAGACGGGGCTACTTTGCTTTAAGTAGCAGACTTCTGTGG
ATTTCTCGTGAAATACACGCATGGCTGCTCATCTCGTTAACTTCATGGGGCTCTTTAGCTCGAGCTTTACCCATCGACCTGCATTTCACCGGGTCCCGACACTGTTAACGTAATTAAGTTCGGTTCCAGGGTTATCAGGCGATTTTTTTCGTTTGATCCACATAATTTTTGTCATTTAAACAAGTTCCGATTTGGCGAGT
TTTCGGCATTGCTTTAAAATGATGCAGCTGTGCTTATCTTACTCCGAACTTCGAAGTAGCAGGAATTGCGCCAGAAAAGCTTTAATGCAGGTGATGTGAGGCTTAAATCAAATCTTGCAAACTGGAGCTCGAACCTGTTTTATCTCTGTAGCGGCATTGTCTTGAATTGCAGTTCTTGCTGCCTTAAACTGCGATTGGAA
AGGATGGAAGTTAGATGTAATGTTAAGTGGCTTTCTGGCCTACAGTTTGGCAGTGAGAGGCCACAAATGTCCATGAGAGCTCGTAAATTCTCGTTAATAATCTTCATAGCTTTATATTCTTCCATATTTTGTGGCAAGGTTGTCAAATCAGAGGCTTCTTCATTGAATGGATTCGGATTAGGTTTGCAGGAAGGCATCAA
ATTCGTCTGTTGGTTTTACTGGTGCTCCTGGTTTCATTCTTGCTCTTCTATGGTTTACTGTATTTGGCTTGGCCTTGTACATACTTTGTTGCTGCAGACAAAGGATCAAAGGGGAACAACAAGGGTTGCTGCCTTCTTACTGGGTTTCACTTCTCTTGCTAATTGTCTTCACATTTGCTGCAGTAGTGGGATGCTCGTTG
CTTTCCCTGGGGCAGGATAAATTTCATCGAGAGATATCTGATACTTTGAAGTTTGTGGTCAAACAGACAGACGTCGTAGTTGAGAACCTTAGGAATGTCACAGAGTACCTAGCTGATGCAAAAACTATAAGTATAGCTCAAACTGTCATCCCAGAAGACGAGCGGAACCAGATAGAGAAGGTGAATGAAAACTTGATAAG
GACAGCAGATGAGCTTGAGGGAATAACAACAGACAGTGCAGACAAAATACAGAAAGCCCTTGATATTGTGTATGTTTTATCTGCAACTTTGCTAACCTAATTAAAAATTATTTGCTGTGACCTTTTTCATTAATATGAGCTTTCTGTCAACTAAAGCATGTGGGATTTGTGATACCAGGCGAGATGCCTTAATTGTGGTT
GCAGGTGTGATGATTCTGCTAGCAGTTCTTGGCCTTTGTATGTGCCTCTCTCTCTCTCTCGCTCTCTCTCACACACACACACATACATATAACACCTACCCACACCCACCCTGTAACACTCACCCACACCCACACCCACACCCACCCTGTTATCTGAAGTTCTGATTTGCATTTACAGAATCATTTAGTATGGAGAATAA
TTATGCAATTGTCGTTCAATTACTTATCATAATATAATGTTCTCAAAGGTTTATTTGTTGCACCAACTCTTACCCACATTTCAAATGGCAAGTGCATCAAGTGTTTATAATAAAGATTTCCTAATCCTCTAAAAAATTCCTGGAATATTCCTTTTGAAATCTTTTTTTTACAGACTGAAAATCTCTTACCCTTTATATTG
CCAATACCAGCAACCCTAATTTCTTTGTTTCCTACTTCCATGTTCCTTGTTGGTGTTGGAAAATTTTCATGATTAGGCTGATGTTTGTGATGATGCTTGGCAGTACTTGCTGTTCTTGGTTACCGACATATTATTTACATATTGGTTGTCATTGGATGGTTGCTTGTGGTGGGTACATTCATTCTTTGTGGGGTATTTAC
TGTTCTCAACAATGCTATTACAGATGCATGCGTGGCAATGCAAGAGTGGGTGGATCACCCCAATGCAGATACAACCCTAGATGGTATTCTTCCTTGCGTAGATAAATCCACGACGAATCAAACGTTGTATAAAAGCAAAGAAGTAACGAGTGACTTGGTGAATGTTACAAACCAAGTGATAACTAATGTTGCAAATGGAG
GTACTGCTTATTACAACCAGACTGGTCCACAAATGCCTCAGCTTTGCAATCCATTTGATTACATGTTGAATGATCGACAATGTTTGCCTGAAGAAGTAAATTTTACCAATGCAGCTCAGGTCTGGCAGACTTATGTCTGCACCGTTTCCAATGGTATGTGTGTTACACCGGGCAGGGTAACACCAAACATATCTGCGCAA
TTGGTAACAGCAGTTAATCTCAGTTATGGCTTACAGCATTATACTCCATTTCTCCTGAACCTGACTGACTGCACTTTTGTGCGTGAGACGTTCACAACAATCAGGCAGTCTTATTGCCCTGAACTTCAGCTACATGTGAAGTGGGTGTACATTGGGTTGGCACTTGTATCAGTTGGTATCATGCTTTCATTGATATTCTG
GATCATCTACACACAGCAGATACATCACAAAGTTGAATATTTTAAGCCAATTACAACCTAAATGATGGACAAACCATCTGTACAAATGAAAAGCAAAGAGAAGGCCAGTGTATAGGCTTGTCATCATACACAATACCAAGTGAGCATGAGGCGCGTTCACAGCGGATAGTTTAGTGCATCAAATGGGAAATGGGTTGTCT
TCATATGACAACAACATGGATGTACTGATGGTACAAGTGCAGTTCCAGTAAGTCTTGGAGCACACTAAGTGCAAATTCTTAGCAAAATGCGCCCGGCCACTTTGGTGCTAAATAACAAATAGATTGCTTCCTACGGAAATGGCAGAAGTTTCTATTTCAATATATGTAGTACTTTCAGAAAGTGCAGGATAATTGACGAG
ATGTTTTTAATTTTATTTTTGCTCAATAGCCGTAAGGCATTCAATTTTCTTTCACTGTATGTCCTCCTAATATTGAATATGCATGTGTGATTGTCACAATTTATAGATTCTCTCTATCACGGACACACACTTTCTCTCACATACATGGACATTCACTCTTTTATCTCCTGATTATTGCCATGCACTAATATTATAACAAG
CATCAATACTGCTTCGATCTTTTTGGGAATGTTTAAAATCATGTTCAGAA

>TRINITY_DN40242_c6_g1_i4 from sample A9 / Example unspliced isoform:

ATTGAAAGAACGCGCGTCCACGTGGCACAGATTGTTTTTCTTAAACCGTGCTGAGCTACGCTGCAAATAAGGGTAACAGTACTGCGAAATTGACGCAAGGGTCCCGGGAACTGAGATATGCAAGAAATGGGCGGAGACTGTGCCGCCGTCCTGCATAGACTAGACGGGGCTACTTTGCTTTAAGTAGCAGACTTCTGTGG
ATTTCTCGTGAAATACACGCATGGCTGCTCATCTCGTTAACTTCATGGGGCTCTTTAGCTCGAGCTTTACCCATCGACCTGCATTTCACCGGGTCCCGACACTGTTAACGTAATTAAGTTCGGTTCCAGGGTTATCAGGCGATTTTTTTCGTTTGATCCACATAATTTTTGTCATTTAAACAAGTTCCGATTTGGCGAGT
TTTCGGCATTGCTTTAAAATGATGCAGCTGTGCTTATCTTACTCCGAACTTCGAAGTAGCAGGAATTGCGCCAGAAAAGCTTTAATGCAGGTGATGTGAGGCTTAAATCAAATCTTGCAAACTGGAGCTCGAACCTGTTTTATCTCTGTAGCGGCATTGTCTTGAATTGCAGTTCTTGCTGCCTTAAACTGCGATTGGAA
AGGATGGAAGTTAGATGTAATGTTAAGTGGCTTTCTGGCCTACAGTTTGGCAGTGAGAGGCCACAAATGTCCATGAGAGCTCGTAAATTCTCGTTAATAATCTTCATAGCTTTATATTCTTCCATATTTTGTGGCAAGGTTGTCAAATCAGAGGCTTCTTCATTGAATGGATTCGGATTAGGTTTGCAGGAAGGCATCAA
ATTCGGAAGACCAGACGCGATCGATTTCACCTCAGGACCTTGGATGCGTGGACTTAAACAAATCTTGCCTGTGCTTGCCACTGGGCCTGTAGCAGTTGACTTTAATACCACGGATTCAAACAGTTCGCTTATTTTGGCTGAAATTCGGACTAGGAGGCCTGATATATTGCATAAATTCAAGCGGTATAGGGGTGGATGGA
ATATTACCAATAAACATTACTGGGCTTCTGTTGGTTTTACTGGTGCTCCTGGTTTCATTCTTGCTCTTCTATGGTTTACTGTATTTGGCTTGGCCTTGTACATACTTTGTTGCTGCAGACAAAGGATCAAAGGGGAACAACAAGGGTTGCTGCCTTCTTACTGGGTTTCACTTCTCTTGCTAATTGTCTTCACATTTGCT
GCAGTAGTGGGATGCTCGTTGCTTTCCCTGGGGCAGGATAAATTTCATCGAGAGATATCTGATACTTTGAAGTTTGTGGTCAAACAGACAGACGTCGTAGTTGAGAACCTTAGGAATGTCACAGAGTACCTAGCTGATGCAAAAACTATAAGTATAGCTCAAACTGTCATCCCAGAAGACGAGCGGAACCAGATAGAGAA
GGTGAATGAAAACTTGATAAGGACAGCAGATGAGCTTGAGGGAATAACAACAGACAGTGCAGACAAAATACAGAAAGCCCTTGATATTGTGCGAGATGCCTTAATTGTGGTTGCAGGTGTGATGATTCTGCTAGCAGTTCTTGGCCTTTTACTTGCTGTTCTTGGTTACCGACATATTATTTACATATTGGTTGTCATTG
GATGGTTGCTTGTGGTGGGTACATTCATTCTTTGTGGGGTATTTACTGTTCTCAACAATGCTATTACAGATGCATGCGTGGCAATGCAAGAGTGGGTGGATCACCCCAATGCAGATACAACCCTAGATGGTATTCTTCCTTGCGTAGATAAATCCACGACGAATCAAACGTTGTATAAAAGCAAAGAAGTAACGAGTGAC
TTGGTGAATGTTACAAACCAAGTGATAACTAATGTTGCAAATGGAGGTACTGCTTATTACAACCAGACTGGTCCACAAATGCCTCAGCTTTGCAATCCATTTGATTACATGTTGAATGATCGACAATGTTTGCCTGAAGAAGTAAATTTTACCAATGCAGCTCAGgtatttgcctcacacttgtatctaacatgagtcag
catgtgttttccaatgtagttgagtctgatgaatgcggatgttccttgcagGTCTGGCAGACTTATGTCTGCACCGTTTCCAATGGTATGTGTGTTACACCGGGCAGGGTAACACCAAACATATCTGCGCAATTGGTAACAGCAGTTAATCTCAGTTATGGCTTACAGCATTATACTCCATTTCTCCTGAACCTGACTGA
CTGCACTTTTGTGCGTGAGACGTTCACAACAATCAGGCAGTCTTATTGCCCTGAACTTCAGCTACATGTGAAGTGGGTGTACATTGGGTTGGCACTTGTATCAGTTGGTATCATGCTTTCATTGATATTCTGGATCATCTACACACAGCAGATACATCACAAAGTTGAATATTTTAAGCCAATTACAACCTAAATGATGG
ACAAACCATCTGTACAAATGAAAAGCAAAGAGAAGGCCAGTGTATAGGCTTGTCATCATACACAATACCAAGTGAGCATGAGGCGCGTTCACAGCGGATAGTTTAGTGCATCAAATGGGAAATGGGTTGTCTTCATATGACAACAACATGGATGTACTGATGGTACAAGTGCAGTTCCAGTACACCGGTGTAGTATGGAT
CATCGTAATTTAATTTTCTTTTGTAAGTATCAAAACTTCTTTTCCCTGCACTGTATAAACTTAAAGAAGATCTATTTACTATTACTGGTTGTCGTGTAAGAGAGTAAAGTTCTTTTCATGAAAATTGATACTTGAATTAAGATTGATAGTCTGCCTCGACATGATATCTCTTAACCGGGACAGTATCATCAGGTTTTGCG
ATGAATTACAAAGCTTCCCGTCGTATCCATTGCGATATGATCATGACCCTATGTTAATGATGTAACTATCACTGTAACAACTTGTTTGTATCATGTTTATTGTCTGCATATAGTGACGTTTGCGTTATGTGATATATTGTCAACTATTACCGGTGATTATTGCTGTGTTCACGTGTTATTAGCATGAGTTGGAGTTGTGA
CGCCTCTAGTGATGTTCCATTATATTCATCTATGTTTCAAGGTCCAACGTCCACTTAGTATTATTGTTTAACTTATGTAATCTAACTCGGTCTTGGTTTTAATCTATGTTCATGGTATGGACATGTAGATGAGTTTATATTTAGACATCATGACAATAAATATTGTTATTCTCATTGTTGATTGTTCACCATAGTATTGG
GAGATTTATGGTAATTAGAACTTATATAAAAATATTGTATCC

Intron 9 GTAAGTTCCA ... TTTCTAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	9.94	1400.3	11.8	181
A2	9.17	1180.4	3.6	138.3
A3	9.89	1164.3	2.6	146
A4	9.69	1161.5	3.5	144.3
A5	6.98	472.7	0	40.1
A6	9.21	1003	3.5	118.2
A7	8.52	2644.4	2.6	285.7
A8	9.95	1897.8	3.7	246.5
A9	9.5	2339.7	2.7	287.9
A10	7.78	2414.8	0.9	235.7

>TRINITY_DN126722_c3_g2_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

GCCCCGGGTAACAGTACTGCGAAATTGACGCAAGGGTCCCGGGAACTGAGATATGCAAGAAATGGGCGGAGACTGTGCCGCCGTCCTGCATAGACTAGACGGGGCTACTTTGCTTTAAGTAGCAGACTTCTGTGGATTTCTCGTGAAATACACGCATGGCTGCTCATCTCGTTAACTTCATGGGGCTCTTTAGCTCGAGC
TTTACCCATCGACCTGCATTTCACCGGGTCCCGACACTGTTAACGTAATTAAGTTCGGTTCCAGGGTTATCAGGCGATTTTTTTCGTTTGATCCACATAATTTTTGTCATTTAAACAAGTTCCGATTTGGCGAGTTTTCGGCATTGCTTTAAAATGATGCAGCTGTGCTTATCTTACTCCGAACTTCGAAGTAGCAGGAA
TTGCGCCAGAAAAGCTTTAATGCAGGTGATGTGAGGCTTAAATCAAATCTTGCAAACTGGAGCTCGAACCTGTTTTATCTCTGTAGCGGCATTGTCTTGAATTGCAGTTCTTGCTGCCTTAAACTGCGATTGGAAAGGATGGAAGTTAGATGTAATGTTAAGTGGCTTTCTGGCCTACAGTTTGGCAGTGAGAGGCCACA
AATGTCCATGAGAGCTCGTAAATTCTCGTTAATAATCTTCATAGCTTTATATTCTTCCATATTTTGTGGCAAGGTTGTCAAATCAGAGGCTTCTTCATTGAATGGATTCGGATTAGGTTTGCAGGAAGGCATCAAATTCGGAAGACCAGACGCGATCGATTTCACCTCAGGACCTTGGATGCGTGGACTTAAACAAATCT
TGCCTGTGCTTGCCACTGGGCCTGTAGCAGTTGACTTTAATACCACGGATTCAAACAGTTCGCTTATTTTGGCTGAAATTCGGACTAGGAGGCCTGATATATTGCATAAATTCAAGCGGTATAGGGGTGGATGGAATATTACCAATAAACATTACTGGGCTTCTGTTGGTTTTACTGGTGCTCCTGGTTTCATTCTTGCT
CTTCTATGGTTTACTGTATTTGGCTTGGCCTTGTACATACTTTGTTGCTGCAGACAAAGGATCAAAGGGGAACAACAAGGGTTGCTGCCTTCTTACTGGGTTTCACTTCTCTTGCTAATTGTCTTCACATTTGCTGCAGTAGTGGGATGCTCGTTGCTTTCCCTGGGGCAGGATAAATTTCATCGAGAGATATCTGATAC
TTTGAAGTTTGTGGTCAAACAGACAGACGTCGTAGTTGAGAACCTTAGGAATGTCACAGAGTACCTAGCTGATGCAAAAACTATAAGTATAGCTCAAACTGTCATCCCAGAAGACGAGCGGAACCAGATAGAGAAGGTGAATGAAAACTTGATAAGGACAGCAGATGAGCTTGAGGGAATAACAACAGACAGTGCAGACA
AAATACAGAAAGCCCTTGATATTGTGCGAGATGCCTTAATTGTGGTTGCAGGTGTGATGATTCTGCTAGCAGTTCTTGGCCTTTTACTTGCTGTTCTTGGTTACCGACATATTATTTACATATTGGTTGTCATTGGATGGTTGCTTGTGGTGGGTACATTCATTCTTTGTGGGGTATTTACTGTTCTCAACAATGCTATT
ACAGATGCATGCGTGGCAATGCAAGAGTGGGTGGATCACCCCAATGCAGATACAACCCTAGATGGTATTCTTCCTTGCGTAGATAAATCCACGACGAATCAAACCAAGTGATAACTAATGTTGCAAATGGAGGTACTGCTTATTACAACCAGACTGGTCCACAAATGCCTCAGCTTTGCAATCCATTTGATTACATGTTG
AATGATCGACAATGTTTGCCTGAAGAAGTAAATTTTACCAATGCAGCTCAGGTCTGGCAGACTTATGTCTGCACCGTTTCCAATGGTATGTGTGTTACACCGGGCAGGGTAACACCAAACATATCTGCGCAATTGGTAACAGCAGTTAATCTCAGTTATGGCTTACAGCATTATACTCCATTTCTCCTGAACCTGACTGA
CTGCACTTTTGTGCGTGAGACGTTCACAACAATCAGGCAGTCTTATTGCCCTGAACTTCAGCTACATGTGAAGTGGGTGTACATTGGGTTGGCACTTGTATCAGTTGGTATCATGCTTTCATTGATATTCTGGATCATCTACACACAGCAGATACATCACAAAGTTGAATATTTTAAGCCAATTACAACCTAAATGATGG
ACAAACCATCTGTACAAATGAAAAGCAAAGAGAAGGCCAGTGTATAGGCTTGTCATCATACACAATACCAAGTGAGCATGAGGCGCGTTCACAGCGGATAGTTTAGTGCATCAAATGGGAAATGGGTTGTCTTCATATGACAACAACATGGATGTACTGATGGTACAAGTGCAGTTCCAGTAAGTCTTGGAGCACACTAA
GTGCAAATTCTTAGCAAAATGCGCCCGGCCACTTTGGTGCTAAATAACAAATAGATTGCTTCCTACGGAAATGGCAGAAGTTTCTATTTCAATATATGTAGTACTTTCAGAAAGTGCAGGATAATTGACGAGATGTTTTTAATTTTATTTTTGCTCAATAGCCGTAAGGCATTCAATTTTCTTTCACTGTATGTCCTCCT
AATATTGAATATGCATGTGTGATTGTCACAATTTATAGATTCTCTCTATCACGGACACACACTTTCTCTCACATACATGGACATTCACTCTTTTATCTCCTGATTATTGCCATGCACTAATATTATAACAAGCATCAATACTGCTTCGATCTTTTTGGGAATGTTTAAAATCATGTTCAGAAACATCACTGCTTTGCTGC
AGAAAGGGGCGTCTTGCAAAC

>TRINITY_DN126722_c3_g2_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GCCCCGGGTAACAGTACTGCGAAATTGACGCAAGGGTCCCGGGAACTGAGATATGCAAGAAATGGGCGGAGACTGTGCCGCCGTCCTGCATAGACTAGACGGGGCTACTTTGCTTTAAGTAGCAGACTTCTGTGGATTTCTCGTGAAATACACGCATGGCTGCTCATCTCGTTAACTTCATGGGGCTCTTTAGCTCGAGC
TTTACCCATCGACCTGCATTTCACCGGGTCCCGACACTGTTAACGTAATTAAGTTCGGTTCCAGGGTTATCAGGCGATTTTTTTCGTTTGATCCACATAATTTTTGTCATTTAAACAAGTTCCGATTTGGCGAGTTTTCGGCATTGCTTTAAAATGATGCAGCTGTGCTTATCTTACTCCGAACTTCGAAGTAGCAGGAA
TTGCGCCAGAAAAGCTTTAATGCAGGTGATGTGAGGCTTAAATCAAATCTTGCAAACTGGAGCTCGAACCTGTTTTATCTCTGTAGCGGCATTGTCTTGAATTGCAGTTCTTGCTGCCTTAAACTGCGATTGGAAAGGATGGAAGTTAGATGTAATGTTAAGTGGCTTTCTGGCCTACAGTTTGGCAGTGAGAGGCCACA
AATGTCCATGAGAGCTCGTAAATTCTCGTTAATAATCTTCATAGCTTTATATTCTTCCATATTTTGTGGCAAGGTTGTCAAATCAGAGGCTTCTTCATTGAATGGATTCGGATTAGGTTTGCAGGAAGGCATCAAATTCGTCTGTTGGTTTTACTGGTGCTCCTGGTTTCATTCTTGCTCTTCTATGGTTTACTGTATTT
GGCTTGGCCTTGTACATACTTTGTTGCTGCAGACAAAGGATCAAAGGGGAACAACAAGGGTTGCTGCCTTCTTACTGGGTTTCACTTCTCTTGCTAATTGTCTTCACATTTGCTGCAGTAGTGGGATGCTCGTTGCTTTCCCTGGGGCAGGATAAATTTCATCGAGAGATATCTGATACTTTGAAGTTTGTGGTCAAACA
GACAGACGTCGTAGTTGAGAACCTTAGGAATGTCACAGAGTACCTAGCTGATGCAAAAACTATAAGTATAGCTCAAACTGTCATCCCAGAAGACGAGCGGAACCAGATAGAGAAGGTGAATGAAAACTTGATAAGGACAGCAGATGAGCTTGAGGGAATAACAACAGACAGTGCAGACAAAATACAGAAAGCCCTTGATA
TTGTGTATGTTTTATCTGCAACTTTGCTAACCTAATTAAAAATTATTTGCTGTGACCTTTTTCATTAATATGAGCTTTCTGTCAACTAAAGCATGTGGGATTTGTGATACCAGGCGAGATGCCTTAATTGTGGTTGCAGGTGTGATGATTCTGCTAGCAGTTCTTGGCCTTTGTATGTGCCTCTCTCTCTCTCTCGCTCT
CTCTCTCACACACACACATACATATAACACCTACCCACACCCACCCTGTAACACTCACCCACACCCACACCCACACCCACCCTGTTATCTGAAGTTCTGATTTGCATTTACAGAATCATTTAGTATGGAGAATAATTATGCAATTGTCGTTCAATTACTTATCATAATATAATGTTCTCAAAGGTTTATTTGTTGCACCA
ACTCTTACCCACATTTCAAATGGCAAGTGCATCAAGTGTTTATAATAAAGATTTCCTAATCCTCTAAAAAATTCCTGGAATATTCCTTTTGAAATCTTTTTTTTACAGACTGAAAATCTCTTACCCTTTATATTGCCAATACCAGCAACCCTAATTTCTTTGTTTCCTACTTCCATGTTCCTTGTTGGTGTTGGAAAATT
TTCATGATTAGGCTGATGTTTGTGATGATGCTTGGCAGTACTTGCTGTTCTTGGTTACCGACATATTATTTACATgtaagttccattcattaagaagtgtttttgttggtcctttgacaaattcgatatgcctgaagtcgactattatgaaaaaaaagatattcttttcagtttcttaactccatgtctgtttctagcag


ATTGGTTGTCATTGGATGGTTGCTTGTGGTGGGTACATTCATTCTTTGTGGGGTATTTACTGTTCTCAACAAGTAAGTGGTCATTTTCTTTAAATTTGGCCTATCATATAATTGCCATTTTTTTCTTAAAGCAATGTAGCCATTCCTGTTTTTCATATACTTGTGTTCACTGTTCCTCTGAAATTTACATCTGCAATTTA
CCTGTGTGCTTACTCTGGCCTTTATCATGCAGTGGCACTAGCGTTTTTCAATAAAAAAAGGGTGACAAAAGTAAATGGCTGCAACATAGGTTCCTAAAGATGCATAGTTAAATGTCTTCTATATGACCAATATTGTAAAAGACTAAATGGGATCAATAGGATCACTAGTATAATATTTCAATTGCATAAAATCAATAGGA
TCACTAGAAGAAAGACAAAACACGG

Intron 10 GTAAGATTTT ... GCTTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	43.84	474	15	370
A2	43.59	365	21	282
A3	43.64	452	9	350
A4	43.7	371	8	288
A5	46.96	131	2	116
A6	44.23	227	2	180
A7	44.04	681	1	536
A8	43.21	439	0	334
A9	44.63	608	0	490
A10	43.7	742	0	576

>TRINITY_DN126722_c3_g2_i12 from sample A1 / Example spliced isoform

AAAATGTCGAAATGTTGCCTAAAGCGTTTGATGTAGGGTTATTTTTGTTGTATAAATGTTTCTTAAACGCTTTTCAATGGTTGTTTGAATGTATTGGAAGGCTGATGTGTAAGGTTAGAATAACTCTGAATAGCTGGTTAGCTTTAAGCCCACAGAAATTTATAATGGATCCCTCCGTTTGTATTGCACGGATTTAAATT
TTTTTGTCTTCGTGAGTCTCAAGGACAAAATTCACGCCGTTCCCAGTTCTAATGCGATGATGCTTTCTGATGATAAAAGGGCTAGAAGTATAGCTGCAATGAAACTTGTAATATTGTGACATTTTGAGAGTTGTCCTTCATTCCCAATGTCGAAAACTGCTGCGGAATTTTTAGTCATTCTGCCGAAGCAAAATTGATAA
ATCGATTTGCTAACTGATGGTAGATTTGTTGTGTAGGAAGACCAGACGCGATCGATTTCACCTCAGGACCTTGGATGCGTGGACTTAAACAAATCTTGCCTGTGCTTGCCACTGGGCCTGTAGCAGTTGACTTTAATACCACGGATTCAAACAGTTCGCTTATTTTGGCTGAAATTCGGACTAGGAGGCCTGATATATTG
CATAAATTCAAGCGGTATAGGGGTGGATGGAATATTACCAATAAACATTACTGGGCTGTAAGATTTCCAAACATTCTCGTGCAACTATAATCTGCTTGCAACTTTTGAAAAATAAATTAAAATACTAAGCACAGAAATAGGAGTAGCCATCTGTTGGTTTTACTGGTGCTCCTGGTTTCATTCTTGCTCTTCTATGGTTT
ACTGTATTTGGCTTGGCCTTGTACATACTTTGTTGCTGCAGACAAAGGATCAAAGGGGAACAACAAGGGTTGCTGCCTTCTTACTGGGTTTCACTTCTCTTGCTAATTGTCTTCACATTTGCTGCAGT

>TRINITY_DN126722_c3_g2_i13 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AAAATGTCGAAATGTTGCCTAAAGCGTTTGATGTAGGGTTATTTTTGTTGTATAAATGTTTCTTAAACGCTTTTCAATGGTTGTTTGAATGTATTGGAAGGCTGATGTGTAAGGTTAGAATAACTCTGAATAGCTGGTTAGCTTTAAGCCCACAGAAATTTATAATGGATCCCTCCGTTTGTATTGCACGGATTTAAATT
TTTTTGTCTTCGTGAGTCTCAAGGACAAAATTCACGCCGTTCCCAGTTCTAATGCGATGATGCTTTCTGATGATAAAAGGGCTAGAAGTATAGCTGCAATGAAACTTGTAATATTGTGACATTTTGAGAGTTGTCCTTCATTCCCAATGTCGAAAACTGCTGCGGAATTTTTAGTCATTCTGCCGAAGCAAAATTGATAA
ATCGATTTGCTAACTGATGGTAGATTTGTTGTGTAGGAAGACCAGACGCGATCGATTTCACCTCAGGACCTTGGATGCGTGGACTTAAACAAATCTTGCCTGTGCTTGCCACTGGGCCTGTAGCAGTTGACTTTAATACCACGGATTCAAACAGTTCGCTTATTTTGGCTGAAATTCGGACTAGGAGGCCTGATATATTG
CATAAATTCAAGCGGTATAGGGGTGGATGGAATATTACCAATAAACATTACTGGGCTGTAAGATTTCCAAACATTCTCGTGCAACTATAATCTGCTTGCAACTTTTGAAAAATAAATTAAAATACTAAGCACAGAAATAGGAGTAGCCAgtaagattttggctgttgccagaggccacccactatttttagaccaaacct
aaaccagtcttacacttgcagagatatatatttatgaaatgttttatttcagatttcttatagctctggtaggttatctgtgcaactcaagcaatttacttttttctagctgaaatctgtgaaactttgagaaatttcctctttcacctaggcaattatgatttgtcatttggtagcaaaaagcacttcctggcttgata
taagccctttaaacgttcttctgaggctttaaacatattgcctgtttggggccatggtcaatgtcaaccaggaacctcaaacttatatcaaaattgtcagccatggttcgcaatgaagaacaagtaagtggttgactgcaaatgttatgagccaaaacttggaatcttaagtgttaacaacagcaaacaacataaataaa
accagcagtaataattgtaaaaattagcaatagattctgcactaagaacaggaattccagcaattatctagcagtagatttgatagcagattctatactactatagcgttaacggcagacgagaaaccaacagtaactactagtaacaacagctgaatgctcaaaatcctcagcacataaagtttgaaaccttcctgaga
aggtatggatgcaagttcatgccaagttcaaggcagtatcaactctgttttattttccaggcttcctggaatagcacacttccccaaaacctttgcttttatggccaagagcccattttatagccaatttacatactagagaaatccaagaaaagaggatgtacaaccttcgatgattgacgctcatgagtaagaattac
taaacactaaaagtaaacatagacggagaatcggaaatacaaggatctcaccagtgatagggacatcaagagcccattttatagccaatttacagacaagaggaatccacgataagaggaggcacaaccttcgacgattgacactcatgagtaagaattactaaacactaaatatagatggagaatcgaaaatacaagga
tctcaccagtgatagggacactaatgtgataatggcagccattaatgattaatgtgagtatgcagtagcaactctttatgctaagaaaagaaccaacaaagttatcctattttaaggctgccatccagcctataaaactcggtggtcgattatgtttttaactgttgtctcttgagcatgataataacacttctaagctg
gaaacactgaacaatacatattccgaggtactataacagaaaagctgtatttcagcagtttggttttgagaagcattttcagttatagtccatccttaagtgtgaacagcagcaagaatctttttgtaattatatatgttatttttttcaccttgatttatttgaactgtttttaacccttttttggttctattcttttt
tcctttttttaagctgaacatggtcacaatgatactcaaataggtagctgacttttcttttttgcttttgcagTCTGTTGGTTTTACTGGTGCTCCTGGTTTCATTCTTGCTCTTCTATGGTTTACTGTATTTGGCTTGGCCTTGTACATACTTTGTTGCTGCAGACAAAGGATCAAAGGGGAACAACAAGGGTTGCTGC
CTTCTTACTGGGTTTCACTTCTCTTGCTAATTGTCTTCACATTTGCTGCAGTGTAACTTTCTATGCTCTATTCCTTTGTTATTTCCTTTATTACTTGTAGTATCTAAATCTAAATTTGTGGGTCTTTGACATGCTCATAAATTATATGTTAATGGACATGGGTTCTAAATCTTCAGATTTTTACTGGACAGTTATCTCGC
TTGATGAAATATCATAAAAAATATTATACTTTAGAGTTATTTGGCATGATGCAAACTTGGATGGCTGTGCCAGAGTTTGCATTATTTAGTGCTATTGATGCTGTCTGATTTCTTTTGTAAATCTTAACATGCCAACTTGCCAGATCTTTGAGTTGATACAGACAGTTGAACTTTGTGTCACTTCTATTTCCAAGGATGCC
TTTGTTTCTTCCTTATCAACATTTATCTTGTAGTTTATTTGTTTTGATGCAAAATTGAAATTTGCTTTGACTTGTTCCTCATTTGGATCTGATTCTCTCCATGCAGAGT

Intron 11 GTATGTGCCT ... TGCTTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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A2	17.32	1389.4	133.6	309
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A5	18.23	599.3	68.4	142.3
A6	18.25	1187.3	135.5	281.8
A7	17.93	3177.6	323.7	740.3
A8	17.65	2145.8	213.1	489.6
A9	17.69	2697.6	279	617.2
A10	17.54	2960.7	312.3	670.9

>TRINITY_DN126722_c3_g2_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

GCCCCGGGTAACAGTACTGCGAAATTGACGCAAGGGTCCCGGGAACTGAGATATGCAAGAAATGGGCGGAGACTGTGCCGCCGTCCTGCATAGACTAGACGGGGCTACTTTGCTTTAAGTAGCAGACTTCTGTGGATTTCTCGTGAAATACACGCATGGCTGCTCATCTCGTTAACTTCATGGGGCTCTTTAGCTCGAGC
TTTACCCATCGACCTGCATTTCACCGGGTCCCGACACTGTTAACGTAATTAAGTTCGGTTCCAGGGTTATCAGGCGATTTTTTTCGTTTGATCCACATAATTTTTGTCATTTAAACAAGTTCCGATTTGGCGAGTTTTCGGCATTGCTTTAAAATGATGCAGCTGTGCTTATCTTACTCCGAACTTCGAAGTAGCAGGAA
TTGCGCCAGAAAAGCTTTAATGCAGGTGATGTGAGGCTTAAATCAAATCTTGCAAACTGGAGCTCGAACCTGTTTTATCTCTGTAGCGGCATTGTCTTGAATTGCAGTTCTTGCTGCCTTAAACTGCGATTGGAAAGGATGGAAGTTAGATGTAATGTTAAGTGGCTTTCTGGCCTACAGTTTGGCAGTGAGAGGCCACA
AATGTCCATGAGAGCTCGTAAATTCTCGTTAATAATCTTCATAGCTTTATATTCTTCCATATTTTGTGGCAAGGTTGTCAAATCAGAGGCTTCTTCATTGAATGGATTCGGATTAGGTTTGCAGGAAGGCATCAAATTCGGAAGACCAGACGCGATCGATTTCACCTCAGGACCTTGGATGCGTGGACTTAAACAAATCT
TGCCTGTGCTTGCCACTGGGCCTGTAGCAGTTGACTTTAATACCACGGATTCAAACAGTTCGCTTATTTTGGCTGAAATTCGGACTAGGAGGCCTGATATATTGCATAAATTCAAGCGGTATAGGGGTGGATGGAATATTACCAATAAACATTACTGGGCTTCTGTTGGTTTTACTGGTGCTCCTGGTTTCATTCTTGCT
CTTCTATGGTTTACTGTATTTGGCTTGGCCTTGTACATACTTTGTTGCTGCAGACAAAGGATCAAAGGGGAACAACAAGGGTTGCTGCCTTCTTACTGGGTTTCACTTCTCTTGCTAATTGTCTTCACATTTGCTGCAGTAGTGGGATGCTCGTTGCTTTCCCTGGGGCAGGATAAATTTCATCGAGAGATATCTGATAC
TTTGAAGTTTGTGGTCAAACAGACAGACGTCGTAGTTGAGAACCTTAGGAATGTCACAGAGTACCTAGCTGATGCAAAAACTATAAGTATAGCTCAAACTGTCATCCCAGAAGACGAGCGGAACCAGATAGAGAAGGTGAATGAAAACTTGATAAGGACAGCAGATGAGCTTGAGGGAATAACAACAGACAGTGCAGACA
AAATACAGAAAGCCCTTGATATTGTGCGAGATGCCTTAATTGTGGTTGCAGGTGTGATGATTCTGCTAGCAGTTCTTGGCCTTTTACTTGCTGTTCTTGGTTACCGACATATTATTTACATATTGGTTGTCATTGGATGGTTGCTTGTGGTGGGTACATTCATTCTTTGTGGGGTATTTACTGTTCTCAACAATGCTATT
ACAGATGCATGCGTGGCAATGCAAGAGTGGGTGGATCACCCCAATGCAGATACAACCCTAGATGGTATTCTTCCTTGCGTAGATAAATCCACGACGAATCAAACCAAGTGATAACTAATGTTGCAAATGGAGGTACTGCTTATTACAACCAGACTGGTCCACAAATGCCTCAGCTTTGCAATCCATTTGATTACATGTTG
AATGATCGACAATGTTTGCCTGAAGAAGTAAATTTTACCAATGCAGCTCAGGTCTGGCAGACTTATGTCTGCACCGTTTCCAATGGTATGTGTGTTACACCGGGCAGGGTAACACCAAACATATCTGCGCAATTGGTAACAGCAGTTAATCTCAGTTATGGCTTACAGCATTATACTCCATTTCTCCTGAACCTGACTGA
CTGCACTTTTGTGCGTGAGACGTTCACAACAATCAGGCAGTCTTATTGCCCTGAACTTCAGCTACATGTGAAGTGGGTGTACATTGGGTTGGCACTTGTATCAGTTGGTATCATGCTTTCATTGATATTCTGGATCATCTACACACAGCAGATACATCACAAAGTTGAATATTTTAAGCCAATTACAACCTAAATGATGG
ACAAACCATCTGTACAAATGAAAAGCAAAGAGAAGGCCAGTGTATAGGCTTGTCATCATACACAATACCAAGTGAGCATGAGGCGCGTTCACAGCGGATAGTTTAGTGCATCAAATGGGAAATGGGTTGTCTTCATATGACAACAACATGGATGTACTGATGGTACAAGTGCAGTTCCAGTAAGTCTTGGAGCACACTAA
GTGCAAATTCTTAGCAAAATGCGCCCGGCCACTTTGGTGCTAAATAACAAATAGATTGCTTCCTACGGAAATGGCAGAAGTTTCTATTTCAATATATGTAGTACTTTCAGAAAGTGCAGGATAATTGACGAGATGTTTTTAATTTTATTTTTGCTCAATAGCCGTAAGGCATTCAATTTTCTTTCACTGTATGTCCTCCT
AATATTGAATATGCATGTGTGATTGTCACAATTTATAGATTCTCTCTATCACGGACACACACTTTCTCTCACATACATGGACATTCACTCTTTTATCTCCTGATTATTGCCATGCACTAATATTATAACAAGCATCAATACTGCTTCGATCTTTTTGGGAATGTTTAAAATCATGTTCAGAAACATCACTGCTTTGCTGC
AGAAAGGGGCGTCTTGCAAAC

>TRINITY_DN126722_c3_g2_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GCCCCGGGTAACAGTACTGCGAAATTGACGCAAGGGTCCCGGGAACTGAGATATGCAAGAAATGGGCGGAGACTGTGCCGCCGTCCTGCATAGACTAGACGGGGCTACTTTGCTTTAAGTAGCAGACTTCTGTGGATTTCTCGTGAAATACACGCATGGCTGCTCATCTCGTTAACTTCATGGGGCTCTTTAGCTCGAGC
TTTACCCATCGACCTGCATTTCACCGGGTCCCGACACTGTTAACGTAATTAAGTTCGGTTCCAGGGTTATCAGGCGATTTTTTTCGTTTGATCCACATAATTTTTGTCATTTAAACAAGTTCCGATTTGGCGAGTTTTCGGCATTGCTTTAAAATGATGCAGCTGTGCTTATCTTACTCCGAACTTCGAAGTAGCAGGAA
TTGCGCCAGAAAAGCTTTAATGCAGGTGATGTGAGGCTTAAATCAAATCTTGCAAACTGGAGCTCGAACCTGTTTTATCTCTGTAGCGGCATTGTCTTGAATTGCAGTTCTTGCTGCCTTAAACTGCGATTGGAAAGGATGGAAGTTAGATGTAATGTTAAGTGGCTTTCTGGCCTACAGTTTGGCAGTGAGAGGCCACA
AATGTCCATGAGAGCTCGTAAATTCTCGTTAATAATCTTCATAGCTTTATATTCTTCCATATTTTGTGGCAAGGTTGTCAAATCAGAGGCTTCTTCATTGAATGGATTCGGATTAGGTTTGCAGGAAGGCATCAAATTCGTCTGTTGGTTTTACTGGTGCTCCTGGTTTCATTCTTGCTCTTCTATGGTTTACTGTATTT
GGCTTGGCCTTGTACATACTTTGTTGCTGCAGACAAAGGATCAAAGGGGAACAACAAGGGTTGCTGCCTTCTTACTGGGTTTCACTTCTCTTGCTAATTGTCTTCACATTTGCTGCAGTAGTGGGATGCTCGTTGCTTTCCCTGGGGCAGGATAAATTTCATCGAGAGATATCTGATACTTTGAAGTTTGTGGTCAAACA
GACAGACGTCGTAGTTGAGAACCTTAGGAATGTCACAGAGTACCTAGCTGATGCAAAAACTATAAGTATAGCTCAAACTGTCATCCCAGAAGACGAGCGGAACCAGATAGAGAAGGTGAATGAAAACTTGATAAGGACAGCAGATGAGCTTGAGGGAATAACAACAGACAGTGCAGACAAAATACAGAAAGCCCTTGATA
TTGTGTATGTTTTATCTGCAACTTTGCTAACCTAATTAAAAATTATTTGCTGTGACCTTTTTCATTAATATGAGCTTTCTGTCAACTAAAGCATGTGGGATTTGTGATACCAGGCGAGATGCCTTAATTGTGGTTGCAGGTGTGATGATTCTGCTAGCAGTTCTTGGCCTTTgtatgtgcctctctctctctctcgctct
ctctctcacacacacacatacatataacacctacccacacccaccctgtaacactcacccacacccacacccacacccaccctgttatctgaagttctgatttgcatttacagaatcatttagtatggagaataattatgcaattgtcgttcaattacttatcataatataatgttctcaaaggtttatttgttgcacca
actcttacccacatttcaaatggcaagtgcatcaagtgtttataataaagatttcctaatcctctaaaaaattcctggaatattccttttgaaatcttttttttacagactgaaaatctcttaccctttatattgccaataccagcaaccctaatttctttgtttcctacttccatgttccttgttggtgttggaaaatt
ttcatgattaggctgatgtttgtgatgatgcttggcagTACTTGCTGTTCTTGGTTACCGACATATTATTTACATGTAAGTTCCATTCATTAAGAAGTGTTTTTGTTGGTCCTTTGACAAATTCGATATGCCTGAAGTCGACTATTATGAAAAAAAAGATATTCTTTTCAGTTTCTTAACTCCATGTCTGTTTCTAGCAG
ATTGGTTGTCATTGGATGGTTGCTTGTGGTGGGTACATTCATTCTTTGTGGGGTATTTACTGTTCTCAACAAGTAAGTGGTCATTTTCTTTAAATTTGGCCTATCATATAATTGCCATTTTTTTCTTAAAGCAATGTAGCCATTCCTGTTTTTCATATACTTGTGTTCACTGTTCCTCTGAAATTTACATCTGCAATTTA
CCTGTGTGCTTACTCTGGCCTTTATCATGCAGTGGCACTAGCGTTTTTCAATAAAAAAAGGGTGACAAAAGTAAATGGCTGCAACATAGGTTCCTAAAGATGCATAGTTAAATGTCTTCTATATGACCAATATTGTAAAAGACTAAATGGGATCAATAGGATCACTAGTATAATATTTCAATTGCATAAAATCAATAGGA
TCACTAGAAGAAAGACAAAACACGG

Intron 12 GTAACTTTCT ... CTCCATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.92	1123	332	262
A2	21.65	778.2	245	185
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A4	20.54	819.8	252	172
A5	19.57	407	79	119
A6	22.12	581	167	163
A7	20.43	1550.5	379	417
A8	22.34	949	257	289
A9	19.5	1513.3	367	366
A10	18.75	1454	327	344

>TRINITY_DN43737_c0_g2_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

CTGCGAAATTGACGCAAGGGTCCCGGGAACTGAGATATGCAAGAAATGGGCGGAGACTGTGCCGCCGTCCTGCATAGACTAGACGGGGCTACTTTGCTTTAAGTAGCAGACTTCTGTGGATTTCTCGTGAAATACACGCATGGCTGCTCATCTCGTTAACTTCATGGGGCTCTTTAGCTCGAGCTTTACCCATCGACCTG
CATTTCACCGGGTCCCGACACTGTTAACGTAATTAAGTTCGGTTCCAGGGTTATCAGGCGATTTTTTTCGTTTGATCCACATAATTTTTGTCATTTAAACAAGTTCCGATTTGGCGAGTTTTCGGCATTGCTTTAAAATGATGCAGCTGTGCTTATCTTACTCCGAACTTCGAAGTAGCAGGAATTGCGCCAGAAAAGCT
TTAATGCAGGTGATGTGAGGCTTAAATCAAATCTTGCAAACTGGAGCTCGAACCTGTTTTATCTCTGTAGCGGCATTGTCTTGAATTGCAGTTCTTGCTGCCTTAAACTGCGATTGGAAAGGATGGAAGTTAGATGTAATGTTAAGTGGCTTTCTGGCCTACAGTTTGGCAGTGAGAGGCCACAAATGTCCATGAGAGCT
CGTAAATTCTCGTTAATAATCTTCATAGCTTTATATTCTTCCATATTTTGTGGCAAGGTTGTCAAATCAGAGGCTTCTTCATTGAATGGATTCGGATTAGGTTTGCAGGAAGGCATCAAATTCGGAAGACCAGACGCGATCGATTTCACCTCAGGACCTTGGATGCGTGGACTTAAACAAATCTTGCCTGTGCTTGCCAC
TGGGCCTGTAGCAGTTGACTTTAATACCACGGATTCAAACAGTTCGCTTATTTTGGCTGAAATTCGGACTAGGAGGCCTGATATATTGCATAAATTCAAGCGGTATAGGGGTGGATGGAATATTACCAATAAACATTACTGGGCTTCTGTTGGTTTTACTGGTGCTCCTGGTTTCATTCTTGCTCTTCTATGGTTTACTG
TATTTGGCTTGGCCTTGTACATACTTTGTTGCTGCAGACAAAGGATCAAAGGGGAACAACAAGGGTTGCTGCCTTCTTACTGGGTTTCACTTCTCTTGCTAATTGTCTTCACATTTGCTGCAGTAGTGGGATGCTCGTTGCTTTCCCTGGGGCAGGATAAATTTCATCGAGAGATATCTGATACTTTGAAGTTTGTGGTC
AAACAGACAGACGTCGTAGTTGAGAACCTTAGGAATGTCACAGAGTACCTAGCTGATGCAAAAACTATAAGTATAGCTCAAACTGTCATCCCAGAAGACGAGCGGAACCAGATAGAGAAGGTGAATGAAAACTTGATAAGGACAGCAGATGAGCTTGAGGGAATAACAACAGACAGTGCAGACAAAATACAGAAAGCCCT
TGATATTGTGCGAGATGCCTTAATTGTGGTTGCAGGTGTGATGATTCTGCTAGCAGTTCTTGGCCTTTGTATGTGCCTCTCTCTCTCTCTCGCTCTCTCTCACACACACACACATACATATAACACCTACCCACACCCACCCTGTAACACTCACCCACACCCACACCCACACCCACCCTGTTATCTGAAGTTCTGATTTG
CATTTACAGAATCATTTAGTATGGAGAATAATTATGCAATTGTCGTTCAATTACTTATCATAATATAATGTTCTCAAAGGTTTATTTGTTGCACCAACTCTTACCCACATTTCAAATGGCAAGTGCATCAAGTGTTTATAATAAAGATTTCCTAATCCTCTAAAAAATTCCTGGAATATTCCTTTTGAAATCTTTTTTTT
ACAGACTGAAAATCTCTTACCCTTTATATTGCCAATACCAGCAACCCTAATTTCTTTGTTTCCTACTTCCATGTTCCTTGTTGGTGTTGGAAAATTTTCATGATTAGGCTGATGTTTGTGATGATGCTTGGCAGTACTTGCTGTTCTTGGTTACCGACATATTATTTACATGTAAGTTCCATTCATTAAGAAGTGTTTTT
GTTGGTCCTTTGACAAATTCGATATGCCTGAAGTCGACTATTATGAAAAAAAAGATATTCTTTTCAGTTTCTTAACTCCATGTCTGTTTCTAGCAGATTGGTTGTCATTGGATGGTTGCTTGTGGTGGGTACATTCATTCTTTGTGGGGTATTTACTGTTCTCAACAATGCTATTACAGATGCATGCGTGGCAATGCAAG
AGTGGGTGGATCACCCCAATGCAGATACAACCCTAGATGGTATTCTTCCTTGCGTAGATAAATCCACGACGAATCAAACGTTGTATAAAAGCAAAGAAGTAACGAGTGACTTGGTGAATGTTACAAACCAAGTGATAACTAATGTTGCAAATGGAGGTACTGCTTATTACAACCAGACTGGTCCACAAATGCCTCAGCTT
TGCAATCCATTTGATTACATGTTGAATGATCGACAATGTTTGCCTGAAGAAGTAAATTTTACCAATGCAGCTCAGGTCTGGCAGACTTATGTCTGCACCGTTTCCAATGGTATGTGTGTTACACCGGGCAGGGTAACACCAAACATATCTGCGCAATTGGTAACAGCAGTTAATCTCAGTTATGGCTTACAGCATTATAC
TCCATTTCTCCTGAACCTGACTGACTGCACTTTTGTGCGTGAGACGTTCACAACAATCAGGCAGTCTTATTGCCCTGAACTTCAGCTACATGTGAAGTGGGTGTACATTGGGTTGGCACTTGTATCAGTTGGTATCATGCTTTCATTGATATTCTGGATCATCTACACACAGCAGATACATCACAAAGTTGAATATTTTA
AGCCAATTACAACCTAAATGATGGACAAACCATCTGTACAAATGAAAAGCAAAGAGAAGGCCAGTGTATAGGCTTGTCATCATACACAATACCAAGTGAGCATGAGGCGCGTTCACAGCGGATAGTTTAGTGCATCAAATGGGAAATGGGTTGTCTTCATATGACAACAACATGGATGTACTGATGGTACAAGTGCAGTT
CCAGTA

>TRINITY_DN43737_c0_g2_i10 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CTGCGAAATTGACGCAAGGGTCCCGGGAACTGAGATATGCAAGAAATGGGCGGAGACTGTGCCGCCGTCCTGCATAGACTAGACGGGGCTACTTTGCTTTAAGTAGCAGACTTCTGTGGATTTCTCGTGAAATACACGCATGGCTGCTCATCTCGTTAACTTCATGGGGCTCTTTAGCTCGAGCTTTACCCATCGACCTG
CATTTCACCGGGTCCCGACACTGTTAACGTAATTAAGTTCGGTTCCAGGGTTATCAGGCGATTTTTTTCGTTTGATCCACATAATTTTTGTCATTTAAACAAGTTCCGATTTGGCGAGTTTTCGGCATTGCTTTAAAATGATGCAGCTGTGCTTATCTTACTCCGAACTTCGAAGTAGCAGGAATTGCGCCAGAAAAGCT
TTAATGCAGGTGATGTGAGGCTTAAATCAAATCTTGCAAACTGGAGCTCGAACCTGTTTTATCTCTGTAGCGGCATTGTCTTGAATTGCAGTTCTTGCTGCCTTAAACTGCGATTGGAAAGGATGGAAGTTAGATGTAATGTTAAGTGGCTTTCTGGCCTACAGTTTGGCAGTGAGAGGCCACAAATGTCCATGAGAGCT
CGTAAATTCTCGTTAATAATCTTCATAGCTTTATATTCTTCCATATTTTGTGGCAAGGTTGTCAAATCAGAGGCTTCTTCATTGAATGGATTCGGATTAGGTTTGCAGGAAGGCATCAAATTCGTCTGTTGGTTTTACTGGTGCTCCTGGTTTCATTCTTGCTCTTCTATGGTTTACTGTATTTGGCTTGGCCTTGTACA
TACTTTGTTGCTGCAGACAAAGGATCAAAGGGGAACAACAAGGGTTGCTGCCTTCTTACTGGGTTTCACTTCTCTTGCTAATTGTCTTCACATTTGCTGCAGTgtaactttctatgctctattcctttgttatttcctttattacttgtagtatctaaatctaaatttgtgggtctttgacatgctcataaattatatgt
taatggacatgggttctaaatcttcagatttttactggacagttatctcgcttgatgaaatatcataaaaaatattatactttagagttatttggcatgatgcaaacttggatggctgtgccagagtttgcattatttagtgctattgatgctgtctgatttcttttgtaaatcttaacatgccaacttgccagatcttt
gagttgatacagacagttgaactttgtgtcacttctatttccaaggatgcctttgtttcttccttatcaacatttatcttgtagtttatttgttttgatgcaaaattgaaatatgctttgacttgttcctcatttggatctgattctctccatgcagAGTGGGATGCTCGTTGCTTTCCCTGGGGCAGGATAAATTTCAT
CGAGAGATATCTGATACTTTGAAGTTTGTGGTCAAACAGACAGACGTCGTAGTTGAGAACCTTAGGAATGTCACAGAGTACCTAGCTGATGCAAAAACTATAAGTATAGCTCAAACTGTCATCCCAGAAGACGAGCGGAACCAGATAGAGAAGGTGAATGAAAACTTGATAAGGACAGCAGATGAGCTTGAGGGAATAAC
AACAGACAGTGCAGACAAAATACAGAAAGCCCTTGATATTGTGTATGTTTTATCTGCAACTTTGCTAACCTAATTAAAAATTATTTGCTGTGACCTTTTTCATTAATATGAGCTTTCTGTCAACTAAAGCATGTGGGATTTGTGATACCAGGCGAGATGCCTTAATTGTGGTTGCAGGTGTGATGATTCTGCTAGCAGTT
CTTGGCCTTTGTATGTGCCTCTCTCTCTCTCTCGCTCTCTCTCACACACACACACATACATATAACACCTACCCACACCCACCCTGTAACACTCACCCACACCCACACCCACACCCACCCTGTTATCTGAAGTTCTGATTTGCATTTACAGAATCATTTAGTATGGAGAATAATTATGCAATTGTCGTTCAATTACTTAT
CATAATATAATGTTCTCAAAGGTTTATTTGTTGCACCAACTCTTACCCACATTTCAAATGGCAAGTGCATCAAGTGTTTATAATAAAGATTTCCTAATCCTCTAAAAAATTCCTGGAATATTCCTTTTGAAATCTTTTTTTTACAGACTGAAAATCTCTTACCCTTTATATTGCCAATACCAGCAACCCTAATTTCTTTG
TTTCCTACTTCCATGTTCCTTGTTGGTGTTGGAAAATTTTCATGATTAGGCTGATGTTTGTGATGATGCTTGGCAGTACTTGCTGTTCTTGGTTACCGACATATTATTTACATGTAAGTTCCATTCATTAAGAAGTGTTTTTGTTGGTCCTTTGACAAATTCGATATGCCTGAAGTCGACTATTATGAAAAAAAAGATAT
TCTTTTCAGTTTCTTAACTCCATGTCTGTTTCTAGCAGATTGGTTGTCATTGGATGGTTGCTTGTGGTGGGTACATTCATTCTTTGTGGGGTATTTACTGTTCTCAACAATGCTATTACAGATGCATGCGTGGCAATGCAAGAGTGGGTGGATCACCCCAATGCAGATACAACCCTAGATGGTATTCTTCCTTGCGTAGA
TAAATCCACGACGAATCAAACGTTGTATAAAAGCAAAGAAGTAACGAGTGACTTGGTGAATGTTACAAACCAAGTGATAACTAATGTTGCAAATGGAGGTACTGCTTATTACAACCAGACTGGTCCACAAATGCCTCAGCTTTGCAATCCATTTGATTACATGTTGAATGATCGACAATGTTTGCCTGAAGAAGTAAATT
TTACCAATGCAGCTCAGGTCTGGCAGACTTATGTCTGCACCGTTTCCAATGGTATGTGTGTTACACCGGGCAGGGTAACACCAAACATATCTGCGCAATTGGTAACAGCAGTTAATCTCAGTTATGGCTTACAGCATTATACTCCATTTCTCCTGAACCTGACTGACTGCACTTTTGTGCGTGAGACGTTCACAACAATC
AGGCAGTCTTATTGCCCTGAACTTCAGCTACATGTGAAGTGGGTGTACATTGGGTTGGCACTTGTATCAGTTGGTATCATGCTTTCATTGATATTCTGGATCATCTACACACAGCAGATACATCACAAAGTTGAATATTTTAAGCCAATTACAACCTAAATGATGGACAAACCATCTGTACAAATGAAAAGCAAAGAGAA
GGCCAGTGTATAGGCTTGTCATCATACACAATACCAAGTGAGCATGAGGCGCGTTCACAGCGGATAGTTTAGTGCATCAAATGGGAAATGGGTTGTCTTCATATGACAACAACATGGATGTACTGATGGTACAAGTGCAGTTCCAGTA