sp|Q9LXA8|BXL6_ARATH ----> Probable beta-D-xylosidase 6

Intron 1 GTAGTGTATT ... TGCTCCTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	17.86	23	5	6
A2	47.22	19	17	3
A3	50	10	10	3
A4	53.66	19	22	11
A5	100	0	4	0
A6	30	28	12	2
A7	30.56	25	11	1
A8	17.65	14	3	1
A9	34.29	23	12	4
A10	28.57	20	8	2

>TRINITY_DN121635_c0_g2_i15 from sample A2 / Example spliced isoform

GAAAAATGGACTGGGGTGATAAAAAAATCAAGCTGAAAAATGTGGGTTTGTAATAAACACACATTAACTACGTTTTGAGCCCTGATCTACCCTAGCCCAAGCCCAAAATCAAAATCATCTAGAAAGCTTCACTTACAACTTGTACCAATGTTTTATTGATGCAGGGATCCCGATCTGGCTAGAATTAGAATAGGGGTTGC
TACAGCTTTGTAAGTTCGAGCTACTAGCATTCAGTACACGTTTGCTCCATGTGTTTCCTTTTGCAGAGATCCTCGGTGGGGGCGCTGATATGAGAGCTACAGTGAGGATCCAAAAATTGCCAAGGCAATGACGGAGATTATCGTTGGCCTGCAAGGGAAGCCTCTTGACAATTTTAAATAGGGGATGCCTTTTATAGCTG
CACAGTCAAATGTTGCAGCTTGTGCTAAGCACTTTGTGGGGATGGCGGTACAACCAAGGGTATCGATGAGAATAATACTCTCATCGACTATAAAGGATTAGTCAACATCCACATGACCCCCTATTTTGATGCCATCGCCAAATGAGTCTCCACCATTATGGTTTCCTATTCTAGTTGGAATGGAATGAAGATGCATCATG
CATGCTAACCGTTTTCTCATTTCTCAAGTTCTAAAGCAGCAACTTGGCTTCAAGGGCTTTGTTATTTCAGATTGGCAAGGTATTGACATAATAACTATCCCACCGGATGCTAATTACTCTTTGTCAGTTTTTGATGGTGTGAGTGCAGGGATTGACATGGTGATGATTCCCGACAATTACAGAGAATTTATTAACGATCT
GACTTCACAAGTCAAGGGTGGTTTCATTTCCATGACCAGAATAAATGATGCAGTTCAACGAATTTTGAGAGTAAAATTCACCATGGGACTCTTTGAATATCCTATGGCCAATCCAAGCCTAGCCAACCAACTTGGCAGCAAGGAGCACAGGGAGTTGGCAAGAGAAGCTGTTAGAAAATCTCTGGTGTTGTTGAAAAATG
GAAAGTCTGCCAGCATGCCTTTGCTTCCTTTGGATAAGATTGCTCCCAAGATTCTTGTTGCAGGGACTCATCCTGACAATCTGGGTTATCAGTGTGGTGGATGGACAATGGAATGGCAAGGATCAAGTGGAAACTCAACCATAGGAACGACAATTCTTGAAGCAATTAGATTTGCTGTTAGCTCCTCTACTGAGGTTGTT
TATCAGCAAAATCCAGATGCAAATTATGTCAAAGTACAAGGGTTTTCATATGCTATTGTGGTTGTTGGTGAGACACCTTATGCAGAAACAAATGGGGATGATTTGAATTTGACAATTCCCTTAGGTGGAGGTAACACGATTAAGAACGTCTGTGGTTCCTTGAAATGTCTTGTAATCTTGATATCTGGAAGGCCTCTTGT
TATCGAACCTTACCTTCCATTGGTGGATGCTTTTGTTACGGCATGACTTCCTAGCACTGAGGGCCAAGGTGTGACGGTTGTGATTTTGGGAGATTATGGCTTTCAAGGGAACCTGCCAAGAACATGGTTCAAGAGTGTTGATCAACTGCCTGTGAATGTGGGGGCACAAGCACTATGATCCCATAAAAGCTATATTGTTT
GACACTGTGAAGTCTACACTCCATCCAGATCCACTTAGATAAAATTTTGGAACCAATGGAAAACAAAGTCCATAAAAGCTTTACTGGAAGTCTGCACTCCATCGTAAAAACTTTACTATTTAACAGCTTGAAGTCTATACTCCATCCAGATCCGATTGTGGAAGTACATTAAAAAGGTGATATAATTCTCCTCTTTATTT
AACATTGAATTCTACACTCCATCCAGA

>TRINITY_DN121635_c0_g2_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:

ACTCGTCTCCAGATTCCTATGATATATGGCATTGATGTTGTGCATGGCCACAACAATGTCTATGGGGATACCATCTTCCCTCACAATATTGGGCTTGGAGCTACCAGACAAGGATCCCGATCTGGCTAGAATTAGAATAGGGGTTGCTACAGCTTTGTAAGTTCGAGCTACTAGCATTCAGTACACGTTTGCTCCATGTG
TTTCCTTTTGCAGAGATCCTCGGTGGGGGCGCTGATATGAGAGCTACAGTGAGGATCCAAAAATTGCCAAGGCAATGACGGAGATTATCGTTGGCCTGCAAGGGAAGCCTCTTGACAATTTTAAATAGGGGATGCCTTTTATAGCTGCACAGTCAAATGTTGCAGCTTGTGCTAAGCACTTTGTGGGGATGGCGGTACAA
CCAAGGGTATCGATGAGAATAATACTCTCATCGACTATAAAGGATTAGTCAACATCCACATGACCCCCTATTTTGATGCCATCGCCAAATGAGTCTCCACCATTATGGTTTCCTATTCTAGTTGGAATGGAATGAAGATGCATCATGCATGCTAACCGTTTTCTCATTTCTCAAGTTCTAAAGCAGCAACTTGGCTTCAA
GGGCTTTGTTATTTCAGATTGGCAAGGTATTGACATAATAACTATCCCACCGGATGCTAATTACTCTTTGTCAGTTTTTGATGGTGTGAGTGCAGGGATTGACATGgtagtgtatttcagaatttctctcccatactggatagtattggtcactttacaatttccctattaagttgggcttcatacctatgatagcgtat
taaatatgatacctatgagattcatgcctgactttgtctattggaaatctgctccttagGTGATGATTCCCGACAATTACATAGAATTTATTAACGATCTGACTT

Intron 2 GTATTGTTGC ... TTGGTCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20	12	3	1
A2	40	9	6	0
A3	40	12	8	6
A4	20	8	2	0
A5	33.33	2	1	0
A6	25	18	6	0
A7	35.71	18	10	0
A8	28.57	10	4	0
A9	30.89	15.7	7	0
A10	32	17	8	2

>TRINITY_DN44706_c0_g2_i7 from sample A8 / Example spliced isoform

CACTCACAGCCCCGTGCAGTGGTTTTCTTTGGCGAATGATCTTTCATTATGCCTCATGATTCGGCTATTCGCAGTCGGAGAGACAGCCTCACCACCCAAGGGTCTGCCACGCATCTGGTTCGTTTCTGCTATCAAAATCCGCAGGCGTGCAGGATATCAACAACATAAGTTTATCTTTTTGGCACTGAAATTGTTGAGGG
ATTTCAAATTGTGGTCGAATTTGAGGATTTGGGATTACATTGGTTCGATTCACAGAGTGAATATAATTTGGTCTGATTTAGGGTTTGTTAAGTAAGGGTTTTCAGGATGGCGGGTTTTGAAGAGATTCCGAGTTCGGATGGAGATGGAGAGTAGAAGGATGGCCCTCTTTATGTTTTGAAGATGGAAGCGATAACGAGGA
TGTATCGACCATCGGAACCATCTGGTCTCATTTTTCAGAGCTTCCAGTCATCGGCTCGAAATACTTTTAGCATAGATGCAGGGGACCTGAGAGGATCATTATGCAGATTAGGCTTGCAATGCCTTTGTTAAATCCAGTCGATCAACAAGGTGTTAGAAGTCCTACAACCCACCTTTTGATAATGCTTTATGTTAATTGAC
GGGAGATTTGCAGTTCTGGGACTTCCAGAATGTGTCTATAGCTGGGCACGGCCATGGCGGCAAGGTGGCGTTCAGGTTGGCCCCGGGTTAAACCTGGAAGACAACAAAGTTGAAATTCTCAGTGCTTGTGGGCGTAAATCCAGTGGATGGCATGGCTCATGGCCAGCAGACTCAGCCAGGGATTCTTACTTATAAACCCC
ATTTCTTTGTTATAGCCCTAGTTCGCCTTCGCTCACATAGTCACAGGGAAGATAGGAGTGGAAAGATCTTTGTTGATGGCGAGCATAATGGATTCAGGATGGTATTAGTTGTTTTTTGTTGTGATTTTATGCAAGCGTGCAGAAGCCATTGAGTATGCCAAGTATAAGAACCCATCTCAGCGCATCACTGCTCGTGTCAA
GGACTTGATGGCACGAATGAATCTCGAAGAGAAGATCAGAAAGATGACCCAGATTGAAAGAGCAGACGCCACTACAGAAGTTATGAAAAATGATTATATTGGGAGTGTACTGAACGGAGGAGGTTGCGTGCCTGCACCTAAGGAATCTCTGGCTACATGGATCAATATGGTGGATGAGCTCCAGAAGGGTGCCATGTCTA
CTCGTCTCCAGATTCCTGTGATATATGGCATTGATGTTGTGCATGGTCACAACAATGTCTATGGGGATACCATCTTCCCTCACAATATTGGGCTTGGAGCTACCAGACAAGTAGAGTATCAACTCTTCCATTTTCTCTTCATGGATTTTGTTTAAACATGCGAGGCGGTTCAGTGATCTCTTCTAGATGACCGCAAAGCC
CTTCATCTCTAGATAACTGGGATGTGGTTCAACTGTAAATCTATGAAAGTTTTCTACTATTGGTACATGTTTCAGTAGTGTGTTTGGATGGAAATAACTCTTGACTCTAGATAAAAAGCTAAAGCAGTGTTATTAATTAACTTTGGACTAAGTTAATTGTTTGATGTTTTGTATTTTCATTCTTGAAATTGAATTTTTTA
TTGTAAAAATTGATTCAGCAATTTTGTATTTTTATTGTTTAAATTGCAATTGCTTTTTTTTAAGAAATAGATTCAGCCCTCTAAAACCCCTGAACCTCTGATTATGCAATTTTAACAATTCCAGCTGAATTTCGACCCAAAAAAATCACCTAAATAAGGTTCAAAACATCTAACCTTAAACTTACTCCATTGACTTTTAC
CTTCACCCTTCCAGAGATCGTGATTTGGGAAGTGCCTAGGCTGTGCCATGAATTACTATGAACAAATCCTTAGGATGCAATTATTTGGAAAGTGCCTTGGATTGTTATGAACAAATTTTAGGATATAATGATTTGGAAAGTGCCCTGTATTATTATGAGCAAAATATTTGGAGGCAATGATTTGGTAAGTGTTAAGGGTC
ACATGAATTGCTATGAGCAATATATTAGGATGAAATGGCTTGGAAAGTGTTTTAGGTAGCAAAATTTTAGGATGCAATGTTTTGTAAAGTGTTTCAGGTAGCAAAATCTTAGAGATAATGACTATTTGGAAAATGCTAGTGAACTAGATTATTTTGAGCAATATTTTAGGAGTCAATGATTTGGAAAGAACCTTGCGTCC
CCTTGAGCAAGATCTTAGGAGGCAGTGATTTGGAAAGTGCTTAGGGTCACCTTGAGAAAAATCTCAGGAGGCAATCATTTGGAAAGTGCCTACGGATCACCTTAATTGTTATGAGCAAAATCTTAGGAGGAAATGATTTGGAAAGTGCCTAGGGTCGTTTCGATTGCTATGAGAAAAATGGACTGGGGTGATAAAAAAAT
CAAGCTGAAAAATGTGGGTTTGTAATAAACACACATTAACTACGTTTTGAGCCCTGATCTACCCTAGCCCAAGCCCAAAATCAAAATCATCTAGAAAGCTTCACTTACAACTTGTACCAATGTTTTATTGATGCAGGGATCCCGATCTGGCTAGAATTAGAATAGGGGTTGCTACAGCTTTGTAAGTTCGAGCTACTAGC
ATTCAGTACACGTTTGCTCCATGTGTTTCCTTTTGCAGAGATCCTCGGTGGGGGCGCTGATATGAGAGCTACAGTGAGGATCCAAAAATTGCCAAGGCAATGACGGAGATTATCGTTGGCCTGCAAGGGAAGCCTCTTGACAATTTTAAAAAGGGGATGCCTTTTATAGCTGCACAGTCAAATGTTGCAGCTTGTGCTAA
GCACTTTGTGGGAATGGCGGTACAACCAAGGGTATCGATGAGAATAATACTCTCATCGACTATAAAGGATTAGTCAACATCCACATGACCCCCTATTTTGATGCCATCGCCAAATGAGTCTCCACCATTATGGTTTCCTATTCTAGTTGGAATGGAATGAAGATGCATCATGCATGCTAACCGTTTTCTCATTTCTCAAG
TTCTAAAGCAGCAACTTGGCTTCAAGGGCTTTGTTATTTCAGATTGGCAAGGTATTGACATAATAACTATCCCACCGGATGCTAATTACTCTTTGTCAGTTTTTGACGGCGTGG

>TRINITY_DN44706_c0_g2_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TCCATCGCCAAATGAGTCTCCACCATTATGGTTTCCTATTCTAGTTGGAATGGAATGAAGATGCATCATGCATGCTAACCGTTTTCTCATTTCTCAAGTTCTAAAGCAGCAACTTGGCTTCAAGgtattgttgctgtgtattcttatcatcgtgatccatcctgattttcacctttttcaaaatttatatcatgtaaaac
ttttaaccatatattatacaattatgccttcttgtattggtcacagGGCTTTGTTATTTCAGATTGG

Intron 3 GTAAGAATCT ... GCGTGATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	40	12	1	8
A2	27.78	13	0	5
A3	15.38	22	1	4
A4	42.11	11	2	8
A5	60	4	1	6
A6	15.38	11	0	2
A7	26.32	14	0	5
A8	36.84	12	1	7
A9	12.5	14	0	2
A10	22.58	24	0	7

>TRINITY_DN44706_c0_g2_i7 from sample A8 / Example spliced isoform

CACTCACAGCCCCGTGCAGTGGTTTTCTTTGGCGAATGATCTTTCATTATGCCTCATGATTCGGCTATTCGCAGTCGGAGAGACAGCCTCACCACCCAAGGGTCTGCCACGCATCTGGTTCGTTTCTGCTATCAAAATCCGCAGGCGTGCAGGATATCAACAACATAAGTTTATCTTTTTGGCACTGAAATTGTTGAGGG
ATTTCAAATTGTGGTCGAATTTGAGGATTTGGGATTACATTGGTTCGATTCACAGAGTGAATATAATTTGGTCTGATTTAGGGTTTGTTAAGTAAGGGTTTTCAGGATGGCGGGTTTTGAAGAGATTCCGAGTTCGGATGGAGATGGAGAGTAGAAGGATGGCCCTCTTTATGTTTTGAAGATGGAAGCGATAACGAGGA
TGTATCGACCATCGGAACCATCTGGTCTCATTTTTCAGAGCTTCCAGTCATCGGCTCGAAATACTTTTAGCATAGATGCAGGGGACCTGAGAGGATCATTATGCAGATTAGGCTTGCAATGCCTTTGTTAAATCCAGTCGATCAACAAGGTGTTAGAAGTCCTACAACCCACCTTTTGATAATGCTTTATGTTAATTGAC
GGGAGATTTGCAGTTCTGGGACTTCCAGAATGTGTCTATAGCTGGGCACGGCCATGGCGGCAAGGTGGCGTTCAGGTTGGCCCCGGGTTAAACCTGGAAGACAACAAAGTTGAAATTCTCAGTGCTTGTGGGCGTAAATCCAGTGGATGGCATGGCTCATGGCCAGCAGACTCAGCCAGGGATTCTTACTTATAAACCCC
ATTTCTTTGTTATAGCCCTAGTTCGCCTTCGCTCACATAGTCACAGGGAAGATAGGAGTGGAAAGATCTTTGTTGATGGCGAGCATAATGGATTCAGGATGGTATTAGTTGTTTTTTGTTGTGATTTTATGCAAGCGTGCAGAAGCCATTGAGTATGCCAAGTATAAGAACCCATCTCAGCGCATCACTGCTCGTGTCAA
GGACTTGATGGCACGAATGAATCTCGAAGAGAAGATCAGAAAGATGACCCAGATTGAAAGAGCAGACGCCACTACAGAAGTTATGAAAAATGATTATATTGGGAGTGTACTGAACGGAGGAGGTTGCGTGCCTGCACCTAAGGAATCTCTGGCTACATGGATCAATATGGTGGATGAGCTCCAGAAGGGTGCCATGTCTA
CTCGTCTCCAGATTCCTGTGATATATGGCATTGATGTTGTGCATGGTCACAACAATGTCTATGGGGATACCATCTTCCCTCACAATATTGGGCTTGGAGCTACCAGACAAGTAGAGTATCAACTCTTCCATTTTCTCTTCATGGATTTTGTTTAAACATGCGAGGCGGTTCAGTGATCTCTTCTAGATGACCGCAAAGCC
CTTCATCTCTAGATAACTGGGATGTGGTTCAACTGTAAATCTATGAAAGTTTTCTACTATTGGTACATGTTTCAGTAGTGTGTTTGGATGGAAATAACTCTTGACTCTAGATAAAAAGCTAAAGCAGTGTTATTAATTAACTTTGGACTAAGTTAATTGTTTGATGTTTTGTATTTTCATTCTTGAAATTGAATTTTTTA
TTGTAAAAATTGATTCAGCAATTTTGTATTTTTATTGTTTAAATTGCAATTGCTTTTTTTTAAGAAATAGATTCAGCCCTCTAAAACCCCTGAACCTCTGATTATGCAATTTTAACAATTCCAGCTGAATTTCGACCCAAAAAAATCACCTAAATAAGGTTCAAAACATCTAACCTTAAACTTACTCCATTGACTTTTAC
CTTCACCCTTCCAGAGATCGTGATTTGGGAAGTGCCTAGGCTGTGCCATGAATTACTATGAACAAATCCTTAGGATGCAATTATTTGGAAAGTGCCTTGGATTGTTATGAACAAATTTTAGGATATAATGATTTGGAAAGTGCCCTGTATTATTATGAGCAAAATATTTGGAGGCAATGATTTGGTAAGTGTTAAGGGTC
ACATGAATTGCTATGAGCAATATATTAGGATGAAATGGCTTGGAAAGTGTTTTAGGTAGCAAAATTTTAGGATGCAATGTTTTGTAAAGTGTTTCAGGTAGCAAAATCTTAGAGATAATGACTATTTGGAAAATGCTAGTGAACTAGATTATTTTGAGCAATATTTTAGGAGTCAATGATTTGGAAAGAACCTTGCGTCC
CCTTGAGCAAGATCTTAGGAGGCAGTGATTTGGAAAGTGCTTAGGGTCACCTTGAGAAAAATCTCAGGAGGCAATCATTTGGAAAGTGCCTACGGATCACCTTAATTGTTATGAGCAAAATCTTAGGAGGAAATGATTTGGAAAGTGCCTAGGGTCGTTTCGATTGCTATGAGAAAAATGGACTGGGGTGATAAAAAAAT
CAAGCTGAAAAATGTGGGTTTGTAATAAACACACATTAACTACGTTTTGAGCCCTGATCTACCCTAGCCCAAGCCCAAAATCAAAATCATCTAGAAAGCTTCACTTACAACTTGTACCAATGTTTTATTGATGCAGGGATCCCGATCTGGCTAGAATTAGAATAGGGGTTGCTACAGCTTTGTAAGTTCGAGCTACTAGC
ATTCAGTACACGTTTGCTCCATGTGTTTCCTTTTGCAGAGATCCTCGGTGGGGGCGCTGATATGAGAGCTACAGTGAGGATCCAAAAATTGCCAAGGCAATGACGGAGATTATCGTTGGCCTGCAAGGGAAGCCTCTTGACAATTTTAAAAAGGGGATGCCTTTTATAGCTGCACAGTCAAATGTTGCAGCTTGTGCTAA
GCACTTTGTGGGAATGGCGGTACAACCAAGGGTATCGATGAGAATAATACTCTCATCGACTATAAAGGATTAGTCAACATCCACATGACCCCCTATTTTGATGCCATCGCCAAATGAGTCTCCACCATTATGGTTTCCTATTCTAGTTGGAATGGAATGAAGATGCATCATGCATGCTAACCGTTTTCTCATTTCTCAAG
TTCTAAAGCAGCAACTTGGCTTCAAGGGCTTTGTTATTTCAGATTGGCAAGGTATTGACATAATAACTATCCCACCGGATGCTAATTACTCTTTGTCAGTTTTTGACGGCGTGG

>TRINITY_DN44706_c0_g2_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:

ACACGTTTGCTCCATGTGTTTCCgtaagaatcttgcgttgagtgtgcttgatgaaagtttatttaaaatgagaggaaagttcgcattgcttacagtgttttgtttgtgttttgtttggcgtgatcagTTTTGCAGAGATCCTCGGTGGGGGCGCTGATATGAGAGCTACAGTGAGGATCCAAAAATTGCCAAGGCAATGA
CGGAGATTATCGTTGGCCTGCAAGGGAAGCCTCTTGACAATTTTAAAAAGGGGATGCCTTTTATAGCTGCACAGTCAAATGTTGCAGCTTGTGCTAAGCACTTTGTGGGAATGGCGGTACAACCAAGGGTATCGATGAGAATAATACTCTCATCGACTATAAAGGATTAGTCAACATCCACATGACCCCCTATTTTGATG
CCATCGCCAAATGAGTCTCCACCATTATGGTTTCCTATTCTAGTTGGAATGGAATGAAGATGCATCATGCATGCTAACCGTTTTCTCATTTCTCAAGTTCTAAAGCAGCAACTTGGCTTCAAGGGCTTTGTTATTTCAGATTGGCAAGGTATTGACATAATAACTATCCCACCGGATGCTAATTACTCTTTGTCAGTTTT
TGACGGCGTGG

Intron 4 GTAGAGTATC ... ATTGATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	57.89	4	7	4
A2	36.36	14	6	10
A3	30.91	19	10	7
A4	42.86	6	7	2
A5	50	4	8	0
A6	61.54	5	11	5
A7	57.45	10	13	14
A8	61.29	6	11	8
A9	72.09	6	17	14
A10	63.64	4	4	10

>TRINITY_DN42916_c0_g3_i2 from sample A9 / Example spliced isoform

TTTTCTTTGGCGAATGATCTTTCATTATGCCTCATGATTCGGCTATTCGCAGTCGGAGAGACAGCCTCACCACCCAAGGGTCTGCCACGCATCTGGTTCGTTTCTGCTATCAAAATCCGCAGGCGTGCAGGATATCAACAACATAAGTTTATCTTTTTGGCACTGAAATTGTTGAGGGATTTCAAATTGTGGTCGAATTT
GAGGATTTGGGATTACATTGGTTCGATTCACAGAGTGAATATAATTTGGTCTGATTTAGGGTTTGTTAAGTAAGGGTTTTCAGGATGGCGGGTTTTTAAGAGATTCTGAGTTCGGATGGAGATGGAGAGTAGAAGGATGGCCCTCTTTATGTTTTGAAGATGGAAGCGATAACGAGGATGTATCGACCATCGGAACCATC
TGGTCTCATTTTTCAGAGCTTCCAGTCATCGGCTCGAAATACTTTTAGCATAGATGCAGGGGACCTGAGAGGATCATTATGCAGATTAGGCTTGCAATGCCTTTGTTAAATCCAGTCGATCAACAAGGTGTTAGAAGTCCTACAACCCACCTTTTGATAATGCTTTATGTTAATTGACGGGAGATTTGCAGTTCTGGGAC
TTCCAGAATGTGTCTATAGCTGGGCACGGCCATGGCGGCAAGGTGGCGTTCAGGTTGGCCCCGGGTTAAACCTGGAAGACAACAAAGTTGAAATTCTCAGTGCTTGTGGGCGTAAATCCAGTGGATGGCATGGCTCATGGCCAGCAGACTCAGCCAGGGATTCTTACTTATAAACCCCATTTCTTTGTTATAGCCCTAGT
TCGCCTTCGCTCACATAGTCACAGGGAAGATAGGAGTGGAAAGATCTTTGTTGATGGCGAGCATAATGGATTCAGGATGGTATTAGTTGTTTTTTGTTGTGATTTTATGCAAGCGTGCAGAAGCCATTGAGTATGCCAAGTATAAGAACCCATCTCAGCGCATCACTGCTCGTGTCAAGGACTTGATGGCACGAATGAAT
CTCGAAGAGAAGATCAGAAAGATGACCCAGATTGAAAGAGCAGACGCCACTACAGAAGTTATGAAAAATGATTATATTGGGAGTGTACTGAACGGAGGAGGTTGCGTGCCTGCACCTAAGGAATCTCTGGCTACATGGATCAATATGGTGGATGAGCTCCAGAAGGGTGCCATGTCTACTCGTCTCCAGATTCCTGTGAT
ATATGGCATTGATGTTGTGCATGGTCACAACAATGTCTATGGGGATACCATCTTCCCTCACAATATTGGGCTTGGAGCTACCAGACAAGGATCCCGATCTGGCTAGAATTAGAATAGGGGTTGCTACAGCTTTGTAAGTTCGAGCTACTAGCATTCAGTACACGTTTGCTCCATGTGTTTCCTTTTGCAGAGATCCTCGG
TGGGGGCGCTGATATGAGAGCTACAGTGAGGATCCAAAAATTGCCAAGGCAATGACGGAGATTATCGTTGGCCTGCAAGGGAAGCCTCTTGACAATTTTAAATAGGGGATGCCTTTTATAGCTGCACAGTCAAATGTTGCAGCTTGTGCTAAGCACTTTGTGGGGATGGCGGTACAACCAAGGGTATCGATGAGAATAAT
ACTCTCATCGACTATAAAGGATTAGTCAACATCCACATGACCC

>TRINITY_DN42916_c0_g3_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TTTTCTTTGGCGAATGATCTTTCATTATGCCTCATGATTCGGCTATTCGCAGTCGGAGAGACAGCCTCACCACCCAAGGGTCTGCCACGCATCTGGTTCGTTTCTGCTATCAAAATCCGCAGGCGTGCAGGATATCAACAACATAAGTTTATCTTTTTGGCACTGAAATTGTTGAGGGATTTCAAATTGTGGTCGAATTT
GAGGATTTGGGATTACATTGGTTCGATTCACAGAGTGAATATAATTTGGTCTGATTTAGGGTTTGTTAAGTAAGGGTTTTCAGGATGGCGGGTTTTTAAGAGATTCTGAGTTCGGATGGAGATGGAGAGTAGAAGGATGGCCCTCTTTATGTTTTGAAGATGGAAGCGATAACGAGGATGTATCGACCATCGGAACCATC
TGGTCTCATTTTTCAGAGCTTCCAGTCATCGGCTCGAAATACTTTTAGCATAGATGCAGGGGACCTGAGAGGATCATTATGCAGATTAGGCTTGCAATGCCTTTGTTAAATCCAGTCGATCAACAAGGTGTTAGAAGTCCTACAACCCACCTTTTGATAATGCTTTATGTTAATTGACGGGAGATTTGCAGTTCTGGGAC
TTCCAGAATGTGTCTATAGCTGGGCACGGCCATGGCGGCAAGGTGGCGTTCAGGTTGGCCCCGGGTTAAACCTGGAAGACAACAAAGTTGAAATTCTCAGTGCTTGTGGGCGTAAATCCAGTGGATGGCATGGCTCATGGCCAGCAGACTCAGCCAGGGATTCTTACTTATAAACCCCATTTCTTTGTTATAGCCCTAGT
TCGCCTTCGCTCACATAGTCACAGGGAAGATAGGAGTGGAAAGATCTTTGTTGATGGCGAGCATAATGGATTCAGGATGGTATTAGTTGTTTTTTGTTGTGATTTTATGCAAGCGTGCAGAAGCCATTGAGTATGCCAAGTATAAGAACCCATCTCAGCGCATCACTGCTCGTGTCAAGGACTTGATGGCACGAATGAAT
CTCGAAGAGAAGATCAGAAAGATGACCCAGATTGAAAGAGCAGACGCCACTACAGAAGTTATGAAAAATGATTATATTGGGAGTGTACTGAACGGAGGAGGTTGCGTGCCTGCACCTAAGGAATCTCTGGCTACATGGATCAATATGGTGGATGAGCTCCAGAAGGGTGCCATGTCTACTCGTCTCCAGATTCCTGTGAT
ATATGGCATTGATGTTGTGCATGGTCACAACAATGTCTATGGGGATACCATCTTCCCTCACAATATTGGGCTTGGAGCTACCAGACAAgtagagtatcaactcttccattttctcttcatggattttgtttaaacatgcgaggcggttcagtgatctcttctagatgaccgcaaagcccttcatctctagataactggga
tgtggttcaactgtaaatctatgaaagttttctactattggtacatgtttcagtagtgtgtttggatggaaataactcttgactctagataaaaagctaaagcagtgttattaattaactttggactaagttaattgtttgatgttttgtattttcattcttgaaattgaattttttattgtaaaaattgattcagcaat
tttgtatttttattgtttaaattgcaattgcttttttttaagaaatagattcagccctctaaaacccctgaacctctgattatgcaattttaacaattccagctgaatttcgacccaaaaaaatcacctaaataaggttcaaaacatctaaccttaaacttactccattgacttttaccttcacccttccagagatcgtg
atttgggaagtgcctaggctgtgccatgaattactatgaacaaatccttaggatgcaattatttggaaagtgccttggattgttatgaacaaattttaggatataatgatttggaaagtgccctgtattattatgagcaaaatatttggaggcaatgatttggtaagtgttaagggtcacatgaattgctatgagcaata
tattaggatgaaatggcttggaaagtgttttaggtagcaaaattttaggatgcaatgttttgtaaagtgtttcaggtagcaaaatcttagagataatgactatttggaaaatgctagtgaactagattattttgagcaatattttaggagtcaatgatttggaaagaaccttgcgtccccttgagcaagatcttaggagg
cagtgatttggaaagtgcttagggtcaccttgagaaaaatctcaggaggcaatcatttggaaagtgcctacggatcaccttaattgttatgagcaaaatcttaggaggaaatgatttggaaagtgcctagggtcgtttcgattgctatgagaaaaatggactggggtgataaaaaaatcaagctgaaaaatgtgggtttg
taataaacacacattaactacgttttgagccctgatctaccctagcccaagcccaaaatcaaaatcatctagaaagcttcacttacaacttgtaccaatgttttattgatgcagGGATCCCGATCTGGCTAGAATTAGAATAGGGGTTGCTACAGCTTTGTAAGTTCGAGCTACTAGCATTCAGTACACGTTTGCTCCAT
GTGTTTCCTTTTGCAGAGATCCTCGGTGGGGGCGCTGATATGAGAGCTACAGTGAGGATCCAAAAATTGCCAAGGCAATGACGGAGATTATCGTTGGCCTGCAAGGGAAGCCTCTTGACAATTTTAAATAGGGGATGCCTTTTATAGCTGCACAGTCAAATGTTGCAGCTTGTGCTAAGCACTTTGTGGGGATGGCGGTA
CAACCAAGGGTATCGATGAGAATAATACTCTCATCGACTATAAAGGATTAGTCAACATCCACATGACCC

Intron 5 GTAGGTTTAT ... GGAATAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	65.38	9	0	17
A2	50	13	0	13
A3	35.71	9	0	5
A4	71.43	2	0	5
A5	83.33	1	0	5
A6	42.11	11	0	8
A7	51.72	14	1	15
A8	50	7	0	7
A9	54.55	10	1	12
A10	30.56	25	3	11

>TRINITY_DN121635_c0_g2_i14 from sample A2 / Example spliced isoform

GGTGAAGCGTGTTCTGTTTTTCGTTCATTGGCAGTTTCTTAGGTTGAATTGTTAATACCCATGCTGTTATATATTTGACGATGTTGGTTTTCTCATAAATAGGGCTCAGCATTTTAGCTGTCTTTAAAAGCATATTTTCCACAGCAACAAACCGCATGTGTTCTGTCTTTTCTACTCTTCTGCTGAATTTTACTTTTCAA
CATTTGTACGGAGCACAGGGAGTTGGCAAGAGAAGTTGTTAGAAAATATCCGGTGTTGTTGAAAAATGGAAAGTTTGCCAGCAAGCCTTTGCTTCCTTTGGATAAGATTGCTCCCAAGATTCTTGTTGCAGGGACTCAGCCTGACAATATGGCTTATCAGTGTGGTGGATGGACAATGGAATGGCAAGGTTTAAGTGGAA
ACTCAACCATAGGAACGACAATTCTTGAAGCAATTAGATTTGCTGTTAGCCCCTCTATTGAGTTTGTTTATCGGCAAAATCCAGATGCAAATTATGTCAAAGTACAAGGGTTTTCATATGCTATTGTGGTTGTTGGTGAGACACCTTATGCAGAAACAAATGGGGACAATCTGAATTTGATAATTCCCTTAGGTAGAGGT
AACACGATTAAGAACGTCTGTGGTTCCTTGAAATGTCTTGTAATCTTGATATCTGGAAGGCCTCTTGTTATCGAACCTTACCTTCCATTGGTGGATGCTTTTGTTACGGCATGACTTCCTAGCACTGAGGGCCAAGGTGTGACGGTTGTGATTTTGGGAGATTATGGCTTTCAAGGGAACCTGCCAAGAACATGGTTCAA
GAGTGTTGATCAACTGCCTGTGAATGTGGGGGCACAAGCACTATGATCCCATAAAAGCTATATTGTTTGACACTGTGAAGTCTACACTCCATCCAGATCCACTTAGATAAAATTTTGGAACCAATGGAAAACAAAGTCCATAAAAGCTTTACTGGAAGTCTGCACTCCATCGTAAAAACTTTACTATTTAACAGCTTGAA
GTCTATACTCCATCCAGATCCGATTGTGGAAGTACATTAAAAAGGTGATATAATTCTCCTCTTTATTTAACATTGAATTCTACACTCCATCCAGA

>TRINITY_DN121635_c0_g2_i9 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CAACATTTGTACGgtaggtttatcaaaatctagtctgaagatatagataagtaatcatgaataaaaaaaattaattaaaatatcccatagctttcatatggataaatgctagtgggagcatagagcttgccttgcaatgctttgttttcgtgccatctaactatcatttttggaataacagGAGCACAGGGAGTTGGCAA
GAGAAGTTGTTAGAAAATATCCGGTGTTGTTGAAAAATGGAAAGTTTGCCAGCAAACCTTTGCTTCCTTTGGATAGGAATGCTCCCAAGATTCTTGTTGCAGGGACTCATCCTGACAATATGGGTTATCAGTGTGGTGGATGGGCAATGGAATGGCAAGGATCAAGTGGAAACTCAACCATAGGAACGACAATTCTTGAA
GCAATTAGATTTGCTGTTAGCCCCTCTATTGAGTTTGTTTATCGGCAAAATCCAGATGCAAATTATGTCAAAGTACAAGGGTTTTCATATGCTATTGTGGTTGTTGGTGAGACACCTTATGCAGAAACAAATGGGGACAATCTGAATTTGATAATTCCCTTAGGTAGAGGTAACACGATTAAGAACGTCTGTGGTTCCTT
GAAATGTCTTGTAATCTTGATATCTGGAAGGCCTCTTGTTATCGAACCTTACCTTCCATTGGTGGATGCTTTTGTTACGGCATGACTTCCTAGCACTGAGGGCCAAGGTGTGACGGTTGTGATTTTGGGAGATTATGGCTTTCAAGGGAACCTGCCAAGAACATGGTTCAAGAGTGTTGATCAACTGCCTGTGAATGTGG
GGGCACAAGCACTATGATCCCATAAAAGCTATATTGTTTGACACTGTGAAGTCTACACTCCATCCAGATCCACTTAGATAAAATTTTGGAACCAATGGAAAACAAAGTCCATAAAAGCTTTACTGGAAGTCTGCACTCCATCGTAAAAACTTTACTATTTAACAGCTTGAAGTCTATACTCCATCCAGATCCGATTGTGG
AAGTACATTAAAAAGGTGATATAATTCTCCTCTTTATTTAACATTGAATTCTACACTCCATCCAGA

Intron 6 GTATTGTTGT ... TTGGTCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	11.76	15	2	2
A2	20	14	6	1
A3	46.94	13	13	10
A4	16	21	2	6
A5	33.33	2	1	1
A6	18.75	26	7	5
A7	24	19	11	1
A8	21.05	15	5	3
A9	15.25	25	9	0
A10	25.81	23	10	6

>TRINITY_DN114833_c0_g2_i5 from sample A3 / Example spliced isoform

AGGCAGTGATTTTGAAAGTGCTTAGGGTCACCTTGAGAAAAATCTCAGGAGGCAATGATTTGGAAAGTGCCTACGGATCACCTTAATTGTTATGAGCAAAATCTTAGGAGGAAATGATTTGGAAAGTGCCTAGGGTCGTTTCGATTGCTATGAGAAAAATGGACTGGGGTGATAAAAAAATCAAGCTGAAAAATGTGGGT
TTGTAATAAACACACATTAACTACGTTTTGAGCCCTGATCTACCCTAGCCCAAGCCCAAAATCAAAATCATCTAGAAAGCTTCACTTACAACTTGTACCAATGTTTTATTGATGCAGGGATCCCGATCTGGCTAGAATTAGAATAGGGGTTGCTACAGCTTTGTAAGTTCGAGCTACTAGCATTCAGTACACGTTTGCTC
CATGTGTTTCCTTTTGCAGAGATCCTCGGTGGGGGCGCTGATATGAGAGCTACAGTGAGGATCCAAAAATTGCCAAGGCAATGACGGAGATTATCGTTGGCCTGCAAGGGAAGCCTCTTGACAATTTTAAATAGGGGATGCCTTTTATAGCTGCACAGTCAAATGTTGCAGCTTGTGCTAAGCACTTTGTGGGGATGGCG
GTACAACCAAGGGTATCGATGAGAATAATACTCTCATCGACTATAAAGGATTAGTCAACATCCACATGACCCCCTATTTTGATGCCATCGCCAAATGAGTCTCCACCATTATGGTTTCCTATTCTAGTTGGAATGGAATGAAGATGCATCATGCATGCTAACCGTTTTCTCATTTCTCAAGTTCTAAAGCAGCAACTTGG
CTTCAAGGGCTTTGTTATTTCAGATTGGCAAGGTATTGACATAATAACTATCCCACCGGATGCTAATTACTCTTTGTCAGTTTTTGATGGTGTGAGTGCAGGGATTGACATGGTGATGGTTCCCTACAATTTTACAGACTTTATTAACAATCTGACTTCCCAAGTCAAGAGTGGTTTCATCTCTATGAATAGAATAAATG
ACGCAGTTCGAAGAATTTTGAG

>TRINITY_DN114833_c0_g2_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:

AGGCAGTGATTTTGAAAGTGCTTAGGGTCACCTTGAGAAAAATCTCAGGAGGCAATGATTTGGAAAGTGCCTACGGATCACCTTAATTGTTATGAGCAAAATCTTAGGAGGAAATGATTTGGAAAGTGCCTAGGGTCGTTTCGATTGCTATGAGAAAAATGGACTGGGGTGATAAAAAAATCAAGCTGAAAAATGTGGGT
TTGTAATAAACACACATTAACTACGTTTTGAGCCCTGATCTACCCTAGCCCAAGCCCAAAATCAAAATCATCTAGAAAGCTTCACTTACAACTTGTACCAATGTTTTATTGATGCAGGGATCCCGATCTGGCTAGAATTAGAATAGGGGTTGCTACAGCTTTGTAAGTTCGAGCTACTAGCATTCAGTACACGTTTGCTC
CATGTGTTTCCTTTTGCAGAGATCCTCGGTGGGGGCGCTGATATGAGAGCTACAGTGAGGATCCAAAAATTGCCAAGGCAATGACGGAGATTATCGTTGGCCTGCAAGGGAAGCCTCTTGACAATTTTAAATAGGGGATGCCTTTTATAGCTGCACAGTCAAATGTTGCAGCTTGTGCTAAGCACTTTGTGGGGATGGCG
GTACAACCAAGGGTATCGATGAGAATAATACTCTCATCGACTATAAAGGATTAGTCAACATCCACATGACCCCCTATTTTGATGCCATCGCCAAATGAGTCTCCACCATTATGGTTTCCTATTCTAGTTGGAATGGAATGAAGATGCATCATGCATGCTAACCGTTTTCTCATTTCTCAAGTTCTAAAGCAGCAACTTGG
CTTCAAGgtattgttgttgtgtattcttatcatcgtgacccatcctgattttcatctttttcaaatttatatcatgtaaacttttaaccatatattatacaattatgccttcttgtattggtcacagGGCTTTGTTATTTCAGATTGGCAAGGTATTGACATAATAACTATCCCACCGGATGCTAATTACTCTTTGTCAG
TTTTTGATGGTGTGAGTGCAGGGATTGACATGGTAGTGTATTTCTCTCCCATACTGGATAGTATTGGTCACTTTGCAGTTTCCCTAATTAAGTAGGGCGTCATACCTATGATAGCGTATTAAATATGATACCTATGAGATTCATGCCTGACTTTGTCTATTGGAAATCTGCTCCTTAGGTGATGATTCCCGACAATTACA
GAGAATTTATTAACGATCTGACTTCACAAGTCAAGGGTGG