sp|F4IXW2|BIG5_ARATH ----> Brefeldin A-inhibited guanine nucleotide-exchange protein 5

Intron 1 GTTGTTATGA ... CTTATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	4.76	46.8	11	2.7
A2	5.76	41.3	9.3	2.7
A3	15.88	32.1	8	6.3
A4	6.64	43.3	9.3	3.3
A5	9.52	28.3	10	3.3
A6	7.94	30.3	5.3	3.3
A7	9.09	45.6	7.3	6
A8	7.19	76.7	9.3	7.3
A9	7.27	41.4	8	4
A10	6.14	29.9	6.7	2.3

>TRINITY_DN120921_c0_g1_i9 from sample A3 / Example spliced isoform

ATTTTAATGTTAAATTTTGCGAAAATTTAGCCAAAGTAAGGTTTAATGTATATAGTAATATAAAAATCTTTTACTCTGCCTACAGTCCCGGATTTCCAATAATAATAAGAAAAGTCTCTAGAATCCGGACATAGGCAGTCAAAACAGTGGCTCAAATAAAACTCTTTTGCAAGTGAGAGGAGTATAAATGAATATTTCAC
TAAATTGTGATAACAGGTCGGATGCTACGGTTGAAAGTTGGCATTTCGATTATCGTTAGCAATGAACAGAGGCCTCATACGAAACACATGAAGCCTTTAGGTTGGTTTGATTGCAACACATGCATTTGAGATCGATAAGCGTCTCTCATTTATATAATACTGCCAGCGATTCTTCCGCCATCTTCCTACGCCTGCCCGGA
TCCTTTGTTTCTGCACTTCAAATTTTGGGATTCGAAGCTCGAAGGTTTCGACCGCCATGCTATAACTGTGTGGACCGGAATGGGATCGATTACCAGTGAAAAATTTGATTAGATTGTAGAGGCGTTAAATTTGGGGTTTTGGGTGTTTTGGTGGGAAACCTTAGGGCTTATACTCTGTAGATCCTTCCTTGATAATTGGC
ACTGTTTTAGTACCTGGCATTCTGCGGGAGTTATACCGATCCAGATCTCTGTGCTGGAGCTGGATTTTCGGTGGATCTGCGTGTTTGCTAGCCCCGCAATCGCGGCATCTCAGCCACCGGAGTGACTTTATATTCTATCGGGGCCTATAGTGTATGGGAGTTGAACTCTCGACCGTTAGTTGGGGAATGCTACCAATTGA
TCATGTGCTTAAACTGTTAGCCCTTGGCTGGGAATTGAGACTTACTTTTTTAACCCCTGCATTAAAGGGAAGATCACTCAATGATTCTGATTACTGGTCCATTAAAACGCCGATGGGGCGAAAGATGAGTTAAGGAGTGGAGAAAGTAATTGCCCTTGACATTGCCTATAATTTTCTGCACTCTCGAGGGTACCTCATGT
GGCACTACTATTAAAGTTCTGCTACGTATTCGGATTAAATCGCACAAGTGGGAGAACTTAGAAGTCTTCCGAAAGGATACACACGATTGTTGTGGAATATGATTAGAAGAGTCATTGCTTGCAGTGAAAGCTGCATATGTTTTTTGCAAGCGTGAAACGAACCATATTTCATGATTCCGAGGTAGGGATTGCTCTAAAAT
GTCAAGTTTTAGGATTGTTCAGTTCTACGGAATCGTAAAGCACCTAAAGATTGATTGTATACATGCCAAAGAAGATAAATGTATACCAAACAGGTGCAATCAAAGCTACAGCTACAATCTTGAGATTTGGATTTGAAAAGCCTCTGGACTATATCAATTTTCAAGTTGGATGATGAGACGGCACACTCAGAATTAGGGGC
AATGTAAAAACAACACTCCCAAGAGCAAGAGGCTGAAAATAACATTTGATTATTTTAATTCAATGGCTGGAGCTGCAGGTAGCTTTGTTACCCGGTCGTTTGAATGCATGCTGAAAGAGTCTACGGGAAAGAAGTATGGGAATCTTCAAAAGGCTCTTAAATCATACTTAGAGAGTTCGAAGGAAATAGGTCACCAGCCC
TCATCTCAACGGGACCAATCTACAACAAATATAGCAACAGATGAAAAGGATGGGGAAAATTCGACACAAGAGGAAGCAGATACCACAGCTTCTCAATCAAGCATGTCTGCTGTTACTGGAGAGGATCACCAGCCCCAAAATTTGAGTACAAGTGAAGCGATTTCAGCAACACTGTCAACTGCTGGTCATACATTAGAAGG
ATCAGAAGCAGAGCTTGTCCTTCAGCCACTCAGGCTTGCATTTGAGACAAAGAATCCAAAGCTCGTTGAACCTGCTCTTGATTGTCTTCATAAGCTTATAGCGTATGAGCATTTGGAAGGTGATGGTGGTCTAGAAGGTGGTAAGAATGGTGCAATATTTACTGACATCATAAACATGGTCTGTGGTTGCGTGGATAATG
CAGCACCGGACAGCACTGTTCTGCAAGTTTTGAAGGTGCTTCTAACTGCTGTGGCTTCAACAAAGTTCAGAGTTCATGGAGAGTGTCTGCTATGTGTGATACGCACATGCTATAATATTGCACTTAACAGCAAGAGTGCAATAAATCAGGCTACATCAAAGGCTATGCTCACTCAAATGATCAGCACTGTCTTCAGGAGG
ATGGAATCTGATGAAAAGAATCAGGGTTGTGTTCCTCTTCCTAGAGCAAACACATTCGATCTTCCCATTCATTCTGCAACTGGCCCTCCTATACAGGACAATGATTCCAACTCAGAAACATTTAAACAGGAAAGTCAAGAAATTGTGTCGGAGAGCTCCTCTGATCAAGATGGCAAAGATGCAGGAGCTATAACACTAGG
AGATGCTCTTTCCCTGGACAGATTGAGAGATGAAGCCCTTGTATCTGTAGAGGAACTCCAACATCTTGCTGGAGGTGCAGATATAAAGGGTTTGGAGGCTGCTTTAGATAAGGCTGTCAATTCAGAAGATAGTAAGAGGACAGCAGGAGGAATTGATCTGGAAAGCATGAGTGTATGGCAACAGGATGCTTTACTGGTTT
TCCGGACCCTCTGCAAGATGTCTTTGAAGGAAGAGACTGATGAGTTTGTTACAAAAATGAAGCTTATTTCACTTGAGCTGCTTCAGGGATTGTTAGAAGGTGTTAGTCCCTCTTTCACTGTCAATTTCCATTTTATTGACTCAGTCAGAACCTACCTTTCATATGCATTACTCAGGGCATGTGTTTCCCCATCTTCTTCA
ATTTTTCAGTATGCTTCTGGTATCTTCACTGTCTTATTACTGAGGTTCAGAGAAGGCTTGAAGGTAGAAATTGGCATATTTTTCCCATTGATTATTCTGCGATCCCTTGACAGTTCAGACAGTCCTCTTCATCAAAGGACATGTATTCTCAGGATGCTTGAAAAAGTCTGCAAGGACTCTCAGATGCTGGCAGATATATT
TGTGAATTATGACTGTGATCTAGAGGCTACCAATCTGTTTGAGCGAATGGTCAATGCTCTGTCGAGGATTGCACAGGGTACGCTAAATACAGATCCCAGCTCCATAACTCTTGCACAGAACACTTCCATAAAAGTATCATCACTACAGTGTCTTGTGAATGTGCTAAAATCACTAGTAATATGGGCAAATGATCGTCAAG
TATCGAAGGAGCATACGATATATTCTACACTTTCTGAAAAGGAGTCTAGCTCAGCTGGCACTGTGCCAACTGATGAACTTAGGATCAAAGACGACATACCTAGTCAATTTGAAAAGGCCAAGGCTCATAAATCAACATTGGAAGCTGCCATTGCAGAGTTCAATAGGAAGGCTAATAAAGGTGTTGACTATCTTCTGTCT
AATATGTTGGTTGAGAAGACACCCCCTGCGGTAGCACATTTTCTAAGAACAACACCTGGCCTGGATAAGGCAATGATAGGTGACTTTTTGGGTCAACATGAAGAATTCCCTCTTGCTGTTATGCATGCTTATGTAGACGCAATGAACTTTGCCGGCATGAAGTTTGATAGAGCGATTCGTGAGTTTCTTAAAGGATTTCG
TCTACCCGGTGAAGCTCAAAAGATTGATCGTATTATGGAGAAATTCGCAGAGCGGTATTGTCGGGATAATCCAGGACTCTTCAAGAATGCTGATACAGCTTACATACTTGCATATGCAGTAATAATGCTAAATACAGATGCACACAATCCTATGGTGTGGCCAAAAATGTCAAAAGCTGATTTTGTTCGGATGAACTCAA
CAAGTGATGCCGAAGAATGTGCTCCCAAGGAGCTGTTGGAAGAAATTTATGATTCTGTATTGAAAGAGGAGATAAAGATGAAAGATGACAATGTTGATTCAGGCAAAAGTAGTAAGCAAAAGCCAGATGCTGAGGAGAGAGGCCGGATTGTTACTATACTGAATTTGGCCATGCCAAGACTAAAGGCAGCAGATGACACA
AAGAAGGAAAGTGAGGAAATTGTTAAGCGCACACAAGCCTTTTTTAAGAAGGGTGGGGCAAAGAGGGGTGTATTCTACACTGCTCAACAGATGGAACTTGTGAGACCTATGCTCGAGGCTGTAGGATGGCCTTTACTTGCGGCATTTTCTGTCACAATGGAGGACAGTGATAACAAGCCTAGGGTTCTTCTTTGTATGGA
GGGATTTAGATTAGGCATCCATCTTACAATGGTGCTTGGCATGTATACCATGCGATATGCTTTCTTGACATCTTTAGTAAGGTTTACATTTCTCCATGCACCAAAAGAGATGCGGAGCAAAAATGTAGAGGCTCTACGGACCTTGCTGATATTGTGCGACAGTGAGACTGATGCATTGCAGGATACTTGGAATGCTGTCT
TAGAATGTGTTTCAAGGCTTGAGTATATCACATCAACACCTTCTATTGCTGCAACGGTTATGCATGGTTCAAATCAGATATCTAGGGATGCTTTGCTTCAGTCACTAAAAGAACTTACTGGAAAACCAACTGAACATGTATTTGTGAATAGTGTAAAGTTACCAAGTGATGCAATTGTGGAGTTTTTCACAGCTTTATGT
GGTGTTTCGGCTGAAGAACTAAAACAAACCCCTGCCCGGGTTTTTAGTCTACAAAAACTTGTTGAGATAAGTTACTACAACATGGCCCGGATACGCATGGTTTGGGCTAGAATATGGTCAGTTCTCTCACATCACTTTATCTCAGCGGGAAGCCATCATGATGAGAAGATTGCCATGTATGCAATTGACTCGCTAAGACA
GCTTGGTATGAAATATTTGGAGAGGGAAGAACTTGCTAAGTTTACCTTTCAGAATGATATCTTGAAACCATTTGTTATCCTCATGCGAAATAGTAGAAGTGCAACTATTCGTACTCTCATTGTTGACTGCATTGTTCAGGTAAAAGTATGTGTCTGTGATGCTTATTATCCAACAGCAGTGGATAGGCCTATATGTGTTC
AGAATAGTTCTAAATGGAAGTATAAGATCTTTAATTACTTTTTCCCATTTGTATGTATCTAGTAGCTATTAATATGGGAGTTACTATGCATCAGATGATCAAATCGAAGGTTGGTAGCATTAAATCTGGCTGGAGAAGTGTGTTTATGATATTTACAGCTGCAGCTGATGATGAAACAGAGTCCATTGCTGAAAGTGCAT
TTGAGAACGTGGAGCAAGTGGTCTTAGAACACTTTGATCAGGTTGTGGGGGATTGCTTTATGGACTGTGTCAACTGTCTTATTGGATTTGCTAACAATAAAAGCTGTCCCAGAATTAGCTTGAAGGCCATTGCTCTGCTTCGTATTTGTGAAGACCGGCTAGCGGAGGGCCTAATTCCAGGCGGGGCCCTGAAACCTGTG
GAAGTTATTGGCACAGATGCAGACACTGATGTAACAGAACATTATTGGTTTCCAATGCTTGCGGGATTGTCAGATTTAACCTCTGATCCTCGGACAGAAGTGAGAAACTGTGCACTTGAGGTGCTTTTTGATCTGCTGAAGGAGAGAGGTCACAAATTCTCATCAGCATTCTGGGAGAATGTATTTCATCGTGTATTGTT
CCCCATATTTGATCAAGTGAGACATGCAGGAAAGGATGGCAATCTGCCCTCTTCTGGGGATCAGTGGCTTCATGAAACATGTATTCATTCCCTTCAACTGCTTTGTGATCTCTTCAGCAGCTTCTACAAGGAGGTTTCTTTTATGCTACCATCCCTGCTGGCACTGTTGTTAGATTGTGCTAAAAAGCCAGACCAAGCTG
TAGCATCAATCTCTTGTGGTGCTTTGGTACATCTTATAAAGGTTGGAGGTCATCAATTCAATGATAAGGATTGGGATACTTTATTGACAAGCATTCGCGATGCATCCTACACAACACAACCCTTAGAACTATTGAACACACAGGGTTTTGATTATACAAGGAAAATTATGAAAGGAGATCGAACTCCATCTACAACTGCT
ACTGATGGTGCAGGGTCAGATGGAGACACTTATAGCTATGAGAACGGAAATTCATTTGCCAGTACGCAAAGAATTAGTAATAGTGTTGTTCAGAGACACCAAAATCTCTCTGGCGTGGAAGTGTGGGTTCCAGATGGCCAAGGGAGGTCAAACCTTGAGGATTCTGAAGGCATGTCATCATCATCAGTGGATGTAAGGTC
GCCCAGAGAAAATCTGTCTAAAAATCAAACCCTTGGCCAAAAAATTATGGGAAACATGATGGATACACTTCTGCTTAAGAATCTTACTTTTAAGCAAAAGGGACGCGCAGGAGATATTCTAGTTCCGACATCTCCTACTCAGCAGGTACCTGATATTGTAGAGCCATCCCCTATGGAGAGTGAAGAGAACCCTTTATTGA
CATGTATAAGAGGGAAATGCATTACTCAACTTTTATTGCTGGGTGCAATTGACTGTATCCAGAAAAACCATTGGAATAGATTACAGCGCTCTCACAAGATCGTAATAATGGATATATTGCTATCTATTTTGGACTTTGCGGCTTCTTATAATTCATCTGCAAATCTTAGGATGCGAATGCATCAGATTCCAGCTGACAGG
TTGCCTGTCAATATTCTACGTCAGGAAATTGAAGGAACACGCATCTATTTGGAAGTATTACAGAAGAGTACTGGGCAGCATAACACAAATGGTGAAGATTTAAAAAATAATATTTCAAATATAGATTATTCATCTGCAGCGAATGTATCCAATCACATGGACATCAAACAGGAAGAGGAGAAGCTCAGAGAAATAGCAGA
GCAAAAGCTAGTGTCATTTTGTGGGCAGATTTTAAAGGACACATCTGAACTTCAACCTGGTCCTGGTGAAGCTGTTGATGCTGATGTGCATCGTGTTCTTGTTTTACGCTCCCCAGTCATTGTTAAGGTGTTGAGTGGGATGTGCATTATGAATAAGAATATTTTCAAGAGACACCTTGGGGAGTTTTTTCCTTCTGTCA
CAAAACTTGTGTGCAGTGACCAGATGGATGTGCGGCGGGCATTGGGTGACCTCTTTAAGAAACAGCTAATAGGCCTTTTGCCTTGATTTCACTTTTCAATATTATTGTATCCTGGTTTCAGTTTCCATTATTATTTCATTATTTGGCCATTCTTTGGCATTAGAAGATCTGTAGTCCCTGAGAAGTGTTTTCCATATTGC
CAAGATCATTGTTGGTTCTCTAAGATAAGGACACCTTGGTGTCATTTCTTAGACGAGGATATAGCCAGTTTACATGTCTAGATAGTGTCTAGCGATGCACGCCAAGGTAGCACTTGTCCTTCAAAAGTTTTGATTACCTTCAATGGTCCTCCATTTATTTGCTTTTGTTACACATCTCTCAAAATTAGGGAACTGCAAGA
ATATGCCTTGTTTTAAGGGTGAAGAGATGCTCTAGATAGTAATTCTTTTATCTAAAATTTAAATAGGTTGTGAGGTTCTGCCTACATCATCATGGTAGTGCCAATTGTAGTTTTATGTCTTCCATCAATTACAAGCGTACCGTTCTTATTCTCAATTTGAGGCTCTCCATTTGGTTGTAAATGAATTTAGCAGTCCGTGG
TCAAATAAGAAGTTCAACATAAACTTATCTAACTGGTACTTTTGTGTTTATAAAGGCATATGTTGAAGAAGAGTTAATGTTACTTGCTAAAAGGGTAATCTCTTGAACCCCTTCATCTTGAGCTATATACTGTCTACATTTTCAGTGAGAAACAGTCGCATTGTGTTCCTCTACATGGAATTGCTAACTTGTACCTGGGA
TATGTCGTTTTTGTAAAATTGTATGTGGCTGTTTAACATATTTTTGAAGTGTCTATGTGCGAATGTAGAAGCTTTTATTTGAAACCTGGCAAGGGGAAAAACCGCATTAAGAGGTTTCATTTATGTGTTTTGCATTGAAGCTTTCACTAGCCAGTTTTTATTTATGCTCAAATATTTCCTTTGACTCCCAATATCAGAGG
CTGTTATAGGGGGTTGTATGCAAGCACAAATGATCAAGCTATGCTATCATGTCTTCAGAAATTCAATGGCATCATAATTTGTTTCTTAGGAGGGCTGACACTTGGAGGCTAAACAATTTTTCAGTATCTAGAATTGTTATTATGGCGTTTTATATTCCTATCTGGTAAAGGAAGTTCCAATATCACGAGTGATTATGAAG
GCATTGCGTCGTCTCTTGCAAAAGTGATTATTCTGTTCTTTTTGTTGGAACCTTTCAGATGGAAGGAGGAAGAATGAAGATTATAATTAAAGCTAGTCTCTGGAATTTCTAGTAGTTGATTCAATTTGTCACCAGTGTAAAATATAGCTGGAAAAATTAGAGTTCAAGGAGATAGGCTCTCTACTTGTTTTATTGTAGAT
CTCATGATTGTCTTTCTTCATTTTCTGCCATTCTGAAGTTTGCTTCTCGCTGTGAAACAAAGGGCAACTAAGAATGTTTTTCTTTCCGCTTTTTAATGTTGTGACAGTAAAGCAAGGTGAAGAGTGCCTACGCACACCACTTTATTATAAACTTGTTGATTCTTTTCTTTTGGTTATATGAATG

>TRINITY_DN120921_c0_g1_i6 from sample A3 / Example unspliced isoform:

ATGATCAAATCGAAGGTTGGTAGCATTAAATCTGGCTGGAGAAGTGTGTTTATGATATTTACAGCTGCAGCTGATGATGAAACAGAGTCCATTGCTGAAAGTGCATTTGAGAACGTGGAGCAAGTGGTCTTAGAACACTTTGATCAGGTTGTGGGGGATTGCTTTATGGACTGTGTCAACTGTCTTATTGGATTTGCTAA
CAATAAAAGCTGTCCCAGAATTAGCTTGAAGGCCATTGCTCTGCTTCGTATTTGTGAAGACCGGCTAGCGGAGGGCCTAATTCCAGGCGGGGCCCTGAAACCTGTGGAAGTTATTGGCACAGATGCAGACACTGATGTAACAGAACATTATTGGTTTCCAATGCTTGCGGGATTGTCAGATTTAACCTCTGATCCTCGGA
CAGAAGTGAGAAACTGTGCACTTGAGGTGCTTTTTGATCTGCTGAAGGAGAGAGGTCACAAATTCTCATCAGCATTCTGGGAGAATGTATTTCATCGTGTATTGTTCCCCATATTTGATCAAGTGAGACATGCAGGAAAGGATGGCAATCTGCCCTCTTCTGGGGATCAGTGGCTTCATGAAACATGTATTCATTCCCTT
CAACTGCTTTGTGATCTCTTCAGCAGCTTCTACAAGGAGGTTTCTTTTATGCTACCATCCCTGCTGGCACTGTTGTTAGATTGTGCTAAAAAGCCAGACCAAGCTGTAGCATCAATCTCTTGTGGTGCTTTGGTACATCTTATAAAGGTTGGAGGTCATCAATTCAATGATAAGGATTGGGATACTTTATTGACAAGCAT
TCGCGATGCATCCTACACAACACAACCCTTAGAACTATTGAACACACAGGGTTTTGATTATACAAGGAAAATTATGAAAGGAGATCGAACTCCATCTACAACTGCTACTGATGGTGCAGGGTCAGATGGAGACACTTATAGCTATGAGAACGGAAATTCATTTGCCAGTACGCAAAGAATTAGTAATAGTGTTGTTCAGA
GACACCAAAATCTCTCTGGCGTGGAAGTGTGGGTTCCAGATGGCCAAGGGAGGTCAAACCTTGAGGATTCTGAAGgttgttatgaaatttcagtcgatttatttaactgtgttgttcagagtattttttatagactttctttatgttttagacttttagtaatgccttctaagtttttttaagacagaactactttcttt
tggacgaatattttaatttgttttgacttattgcagGCATGTCATCATCATCA

Intron 2 GTATGTATGG ... GGTTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	23.85	83	16	36
A2	32.41	49	13	34
A3	21.31	72	14	25
A4	30.43	48	23	19
A5	24.77	41	8	19
A6	15.38	22	2	6
A7	13.89	31	5	5
A8	26.67	22	6	10
A9	23.21	43	8	18
A10	21.88	50	2	26

>TRINITY_DN122209_c4_g1_i7 from sample A2 / Example spliced isoform

AGAAAAGTCTCTAGAATCCGGACATAGGCAGTCAAAACAGTGGCTCAAATAAAACTCTTTTGCAAGTGAGAGGAGTATAAATGAATATTTCACTAAATTGTGATAACAGGTCGGATGCTACGGTTGAAAGTTGGCATTTCGATTATCGTTAGCAATGAACAGAGGCCTCATACGAAACACATGAAGCCTTTAGGTTGGTT
TGATTGCAACACATGCATTTGAGATCGATAAGCGTCTCTCATTTATATAATACTGCCAGCGATTCTTCCGCCATCTTCCTACGCCTGCCCGGATCCTTTGTTTCTGCACTTCAAATTTTGGGATTCGAAGCTCGAAGGTTTCGACCGCCATGCTATAACTGTGTGGACCGGAATGGGATCGATTACCAGTGAAAAATTTG
ATTAGATTGTAGAGGCGTTAAATTTGGGGTTTTGGGTGTTTTGGTGGGAAACCTTAGGGCTTATACTCTGTAGATCCTTCCTTGATAATTGGCACTGTTTTAGTACCTGGCATTCTGCGGGAGTAATACCGATCCAGATCTCTGTGCTGGAGCTGGATTTTCGGTGGATCTGCGTGTTTGCTAGCCCCGCAATCGCGGCA
TCTCAGCCACCGGAGTGACTTTATATTCTATCGGGGCCTATAGTGTATGGGAGTTGAACTCTCGACCGTTAGTTGGGGAATGCTACCAATTGATCATGTGCTTAAACTGTTAGCCCTTGGCTGGGAATTGAGACTTACTTTTTTAACCCCTGCATTAAAGGGAAGATCACTCAATGATTCTGATTACTGGTCCATTAAAA
CGCCGATGGGGCGAAAGATGAGTTAAGGAGTGGAGAAAGTAATTGCCCTTGACATTGCCTATAATTTTCTGCACTCTCGAGGGTACCTCATGTGGCACTACTATTAAAGTTCTGCTACGTATTCGGATTAAATCGCACAAGTGGGAGAACTTAGAAGTCTTCCGAAAGGATACACACGATTGTTGTGGAATATGATTAGA
AGAGTCATTGCTTGCAGTGAAAGCTGCATATGTTTTTTGCAAGCGTGAAACGAACCATATTTCATGATTCCGAGGTAGGGATTGCTCTAAAATGTCAAGTTTTAGGATTGTTCAGTTCTACGGAATCGTAAAGCACCTAAAGATTGATTGTATACATGCCAAAGAAGATAAATGTATACCAAACAGGTGCAATCAAAGCT
ACAGCTACAATCTTGAGATTTGGATTTGAAAAGCCTCTGGACTATATCAATTTTCAAGTTGGATGATGAGACGGCACACTCAGAATTAGGGGCAATGTAAAAACAACACTCCCAAGAGCAAGAGGCTGAAAATAACATTTGATTATTTTAATTCAATGGCTGGAGCTGCAGGTAGCTTTGTTACCCGGTCGTTTGAATGC
ATGCTGAAAGAGTCTACGGGAAAGAAGTATGGGAATCTTCAAAAGGCTCTTAAATCATACTTAGAGAGTTCGAAGGAAATAGGTCACCAGCCCTCATCTCAACGGGACCAATCTACAACAAATATAGCAACAGATGAAAAGGATGGGGAAAATTCGACACAAGAGGAAGCAGATACCACAGCTTCTCAATCAAGCATGTC
TGCTGTTACTGGAGAGGATCACCAGCCCCAAAATTTGAGTACAAGTGAAGCGATTTCAGCAACACTGTCAACTGCTGGTCATACATTAGAAGGATCAGAAGCAGAGCTTGTCCTTCAGCCACTCAGGCTTGCATTTGAGACAAAGAATCCAAAGCTCGTTGAACCTGCTCTTGATTGTCTTCATAAGCTTATAGCGTATG
AGCATTTGGAAGGTGATGGTGGTCTAGAAGGTGGTAAGAATGGTGCAATATTTACTGACATCATAAACATGGTCTGTGGTTGCGTGGATAATGCAGCACCGGACAGCACTGTTCTGCAAGTTTTGAAGGTGCTTCTAACTGCTGTGGCTTCAACAAAGTTCAGAGTTCATGGAGAGTGTCTGCTATGTGTGATACGCACA
TGCTATAATATTGCACTTAACAGCAAGAGTGCAATAAATCAGGCTACATCAAAGGCTATGCTCACTCAAATGATCAGCACTGTCTTCAGGAGGATGGAATCTGATGAAAAGAATCAGGGTTGTGTTCCTCTTCCTAGAGCAAACACATTCGATCTTCCCATTCATTCTGCAACTGGCCCTCCTATACAGGACAATGATTC
CAACTCAGAAACATTTAAACAGGAAAGTCAAGAAATTGTGTCGGAGAGCTCCTCTGATCAAGATGGCAAAGATGCAGGAGCTATAACACTAGGAGATGCTCTTTCCCTGGACAGATTGAGAGATGAAGCCCTTGTATCTGTAGAGGAACTCCAACATCTTGCTGGAGGTGCAGATATAAAGGGTTTGGAGGCTGCTTTAG
ATAAGGCTGTCAATTCAGAAGATAGTAAGAGGACAGCAGGAGGAATTGATCTGGAAAGCATGAGTGTATGGCAACAGGATGCTTTACTGGTTTTCCGGACCCTCTGCAAGATGTCTTTGAAGGAAGAGACTGATGAGTTTGTTACAAAAATGAAGCTTATTTCACTTGAGCTGCTTCAGGGATTGTTAGAAGGTGTTAGT
CCCTCTTTCACTGTCAATTTCCATTTTATTGACTCAGTCAGAACCTACCTTTCATATGCATTACTCAGGGCATGTGTTTCCCCATCTTCTTCAATTTTTCAGTATGCTTCTGGTATCTTCACTGTCTTATTACTGAGGTTCAGAGAAGGCTTGAAGGTAGAAATTGGCATATTTTTCCCATTGATTATTCTGCGATCCCT
TGACAGTTCAGACAGTCCTCTTCATCAAAGGACATGTATTCTCAGGATGCTTGAAAAAGTCTGCAAGGACTCTCAGATGCTGGCAGATATATTTGTGAATTATGACTGTGATCTAGAGGCTACCAATCTGTTTGAGCGAATGGTCAATGCTCTGTCGAGGATTGCACAGGGTACGCTAAATACAGATCCCAGCTCCATAA
CTCTTGCACAGAACACTTCCATAAAAGTATCATCACTACAGTGTCTTGTGAATGTGCTAAAATCACTAGTAATATGGGCAAATGATCGTCAAGTATCGAAGGAGCATACGATATATTCTACACTTTCTGAAAAGGAGTCTAGCTCAGCTGGCACTGTGCCAACTGATGAACTTAGGATCAAAGACGACATACCTAGTCAA
TTTGAAAAGGCCAAGGCTCATAAATCAACATTGGAAGCTGCCATTGCAGAGTTCAATAGGAAGGCTAATAAAGGTGTTGACTATCTTCTGTCTAATATGTTGGTTGAGAAGACACCCCCTGCGGTAGCACATTTTCTAAGAACAACACCTGGCCTGGATAAGGCAATGATAGGTGACTTTTTGGGTCAACATGAAGAATT
CCCTCTTGCTGTTATGCATGCTTATGTAGACGCAATGAACTTTGCCGGCATGAAGTTTGATAGAGCGATTCGTGAGTTTCTTAAAGGATTTCGTCTACCCGGTGAAGCTCAAAAGATTGATCGTATTATGGAGAAATTCGCAGAGCGGTATTGTCGGGATAATCCAGGACTCTTCAAGAATGCTGATACAGCTTACATAC
TTGCATATGCAGTAATAATGCTAAATACAGATGCACACAATCCTATGGTGTGGCCAAAAATGTCAAAAGCTGATTTTGTTCGGATGAACTCAACAAGTGATGCCGAAGAATGTGCTCCCAAGGAGCTGTTGGAAGAAATTTATGATTCTGTATTGAAAGAGGAGATAAAGATGAAAGATGACAATGTTGATTCAGGCAAA
AGTAGTAAGCAAAAGCCAGATGCTGAGGAGAGAGGCCGGATTGTTACTATACTGAATTTGGCCATGCCAAGACTAAAGGCAGCAGATGACACAAAGAAGGAAAGTGAGGAAATTGTTAAGCGCACACAAGCCTTTTTTAAGAAGGGTGGGGCAAAGAGGGGTGTATTCTACACTGCTCAACAGATGGAACTTGTGAGACC
TATGCTCGAGGCTGTAGGATGGCCTTTACTTGCGGCATTTTCTGTCACAATGGAGGACAGTGATAACAAGCCTAGGGTTCTTCTTTGTATGGAGGGATTTAGATTAGGCATCCATCTTACAATGGTGCTTGGCATGTATACCATGCGATATGCTTTCTTGACATCTTTAGTAAGGTTTACATTTCTCCATGCACCAAAAG
AGATGCGGAGCAAAAATGTAGAGGCTCTACGGACCTTGCTGATATTGTGCGACAGTGAGACTGATGCATTGCAGGATACTTGGAATGCTGTCTTAGAATGTGTTTCAAGGCTTGAGTATATCACATCAACACCTTCTATTGCTGCAACGGTTATGCATGGTTCAAATCAGATATCTAGGGATGCTTTGCTTCAGTCACTA
AAAGAACTTACTGGAAAACCAACTGAACATGTATTTGTGAATAGTGTAAAGTTACCAAGTGATGCAATTGTGGAGTTTTTCACAGCTTTATGTGGTGTTTCGGCTGAAGAACTAAAACAAACCCCTGCCCGGGTTTTTAGTCTACAAAAACTTGTTGAGATAAGTTACTACAACATGGCCCGGATACGCATGGTAAGGAT
TCGGAGCTCATTGATATATGTTACAAAGACTTTAAATTACCGTTTGTTCTTTCTCTTCTACCTTTGTGAATTGAATAAAGCTTTTAAATTAAGTTGTGTCTTCTACATTCCTATTTTCCCCTTTTCAGGTTTGGGCTAGAATATGGTCAGTTCTCTCACATCACTTTATCTCAGCGGGAAGCCATCATGATGAGAAGATT
GCCATGTATGCAATTGACTCGCTAAGACAGCTTGGTATGAAATATTTGGAGAGGGAAGAACTTGCTAAGTTTACCTTTCAGAATGATATCTTGAAACCATTTGTTATCCTCATGCGAAATAGTAGAAGTGCAACTATTCGTACTCTCATTGTTGACTGCATTGTTCAGATGATCAAATCGAAGGTTGGTAGCATTAAATC
TGGCTGGAGAAGTGTGTTTATGATATTTACAGCTGCAGCTGATGATGAAACAGAGTCCATTGCTGAAAGTGCATTTGAGAACGTGGAGCAAGTGGTCTTAGAACACTTTGATCAGGTTGTGGGGGATTGCTTTATGGACTGTGTCAACTGTCTTATTGGATTTGCTAACAATAAAAGCTGTCCCAGAATTAGCTTGAAGG
CCATTGCTCTGCTTCGTATTTGTGAAGACCGGCTAGCGGAGGGCCTAATTCCAGGCGGGGCCCTGAAACCTGTGGAAGTTATTGGCACAGATGCAGACACTGATGTAACAGAACATTATTGGTTTCCAATGCTTGCGGGATTGTCAGATTTAACCTCTGATCCTCGGACAGAAGTGAGAAACTGTGCACTTGAGGTGCTT
TTTGATCTGCTGAAGGAGAGAGGTCACAAATTCTCATCAGCATTCTGGGAGAATGTATTTCATCGTGTATTGTTCCCCATATTTGATCAAGTGAGACATGCAGGAAAGGATGGCAATCTGCCCTCTTCTGGGGATCAGTGGCTTCATGAAACATGTATTCATTCCCTTCAACTGCTTTGTGATCTCTTCAGCAGCTTCTA
CAAGGAGGTTTCTTTTATGCTACCATCCCTGCTGGCACTGTTGTTAGATTGTGCTAAAAAGCCAGACCAAGCTGTAGCATCAATCTCTTGTGGTGCTTTGGTACATCTTATAAAGGTTGGAGGTCATCAATTCAATGATAAGGATTGGGATACTTTATTGACAAGCATTCGCGATGCATCCTACACAACACAACCCTTAG
AACTATTGAACACACAGGGTTTTGATTATACAAGGAAAATTATGAAAGGAGATCGAACTCCATCTACAACTGCTACTGATGGTGCAGGGTCAGATGGAGACACTTATAGCTATGAGAACGGAAATTCATTTGCCAGTACGCAAAGAATTAGTAATAGTGTTGTTCAGAGACACCAAAATCTCTCTGGCGTGGAAGTGTGG
GTTCCAGATGGCCAAGGGAGGTCAAACCTTGAGGATTCTGAAGGCATGTCATCATCATCAGTGGATGTAAGGTCGCCCAGAGAAAATCTGTCTAAAAATCAAACCCTTGGCCAAAAAATTATGGGAAACATGATGGATACACTTCTGCTTAAGAATCTTACTTTTAAGCAAAAGGGACGCGCAGGAGATATTCTAGTTCC
GACATCTCCTACTCAGCAGGTACCTGATATTGTAGAGCCATCCCCTATGGAGAGTGAAGAGAACCCTTTATTGACATGTATAAGAGGGAAATGCATTACTCAACTTTTATTGCTGGGTGCAATTGACTGTATCCAGAAAAACCATTGGAATAGATTACAGCGCTCTCACAAGATCGTAATAATGGATATATTGCTATCTA
TTTTGGACTTTGCGGCTTCTTATAATTCATCTGCAAATCTTAGGATGCGAATGCATCAGATTCCAGCTGACAGGTTGCCTGTCAATATTCTACGTCAGGAAATTGAAGGAACACGCATCTATTTGGAAGTATTACAGAAGAGTACTGGGCAGCATAACACAAATGGTGAAGATTTAAAAAATAATATTTCAAATATAGAT
TATTCATCTGCAGCGAATGTATCCAATCACATGGACATCAAACAGGAAGAGGAGAAGCTCAGAGAAATAGCAGAGCAAAAGCTAGTGTCATTTTGTGGGCAGATTTTAAAGGACACATCTGAACTTCAACCTGGTCCTGGTGAAGCTGTTGATGCTGATGTGCATCGTGTTCTTGTTTTACGCTCCCCAGTCATTGTTAA
GGTGTTGAGTGGGATGTGCATTATGAATAAGAATATTTTCAAGAGACACCTTGGGGAGTTTTTTCCTTCTGTCACAAAACTTGTGTGCAGTGACCAGATGGATGTGCGGCGGGCATTGGGTGACCTCTTTAAGAAACAGCTAATAGGCCTTTTGCCTTGATTTCACTTTTCAATATTATTGTATCCTGGTTTCAGTTTCC
ATTATTATTTCATTATTTGGCCATTCTTTGGCATTAGAAGATCTGTAGTCCCTGAGAAGTGTTTTCCATATTGCCAAGATCATTGTTGGTTCTCTAAGATAAGGACACCTTGGTGTCATTTCTTAGACGAGGATATAGCCAGTTTACATGTCTAGATAGTGTCTAGCGATGCACGCCAAGGTAGCACTTGTCCTTCAAAA
GTTTTGATTACCTTCAATGGTCCTCCATTTATTTGCTTTTGTTACACATCTCTCAAAATTAGGGAACTGCAAGAATATGCCTTGTTTTAAGGGTGAAGAGATGCTCTAGATAGTAATTCTTTTATCTAAAATTTAAATAGGTTGTGAGGTTCTGCCTACATCATCATGGTAGTGCCAATTGTAGTTTTATGTCTTCCATC
AATTACAAGCGTACCGTTCTTATTCTCAATTTGAGGCTCTCCATTTGGTTGTAAATGAATTTAGCAGTCCGTGGTCAAATAAGAAGTTCAACATAAACTTATCTAACTGGTACTTTTGTGTTTATAAAGGCATATGTTGAAGAAGAGTTAATGTTACTTGCTAAAAGGGTAATCTCTTGAACCCCTTCATCTTGAGCTAT
ATACTGTCTACATTTTCAGTGAGAA

>TRINITY_DN122209_c4_g1_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CTTTTTCCCATTTGTATGTATCTAGTAGCTATTAATATGGGAGTTACTATGCATCAGATGATCAAATCGAAGGTTGGTAGCATTAAATCTGGCTGGAGAAGTGTGTTTATGATATTTACAGCTGCAGCTGATGATGAAACAGAGTCCATTGCTGAAAGTGCATTTGAGAACGTGGAGCAAGgtatgtatggtagtttctt
gtaatagtatttgattcatgcaataaagtagtttgtatgaattcagacctatgagttggcttgagataccatttttcactggagtgcacttaccatgaagtgtgatgcatattgatcttgtttgaaattttaatggcctttgtgccttagcttatggaacatcattaatcatatctttttagttagaagacactaacatg
tgggttttgcagTGGTCTTAGAACACTTTGATCAGGTTGTGGGGGATTGCTTTATGGACTGTGTCAACTGTCTTATTGGATTTGCTAACAATAAAAGCTGTCCCAGAATTAGCTTGAAGGCCATTGCTCTGCTTCGTATTTGTGAAGACCGGCTAGCGGAGGGCCTAATTCCAGGCGGGGCCCTGAAACCTGTGGAAGTT
ATTGGCACAGATGCAGACACTGATGTAACAGAACATTATTGGTTTCCAATGCTTGCGGGATTGTCAGATTTAACCTCTGATCCTCGGACAGAAGTGAGAAACTGTGCACTTGAGGTGCTTTTTGATCTGCTGAAGGAGAGAGGTCACAAATTCTCATCAGCATTCTGGGAGAATGTATTTCATCGTGTATTGTTCCCCAT
ATTTGATCAAGTGAGACATGCAGGAAAGGATGGCAATCTGCCCTCTTCTGGGGATCAGTGGCTTCATGAAACATGTATTCATTCCCTTCAACTGCTTTGTGATCTCTTCAGCAGCTTCTACAAGGAGGTTTCTTTTATGCTACCATCCCTGCTGGCACTGTTGTTAGATTGTGCTAAAAAGCCAGACCAAGCTGTAGCAT
CAATCTCTTGTGGTGCTTTGGTACATCTTATAAAGGTTGGAGGTCATCAATTCAATGATAAGGATTGGGATACTTTATTGACAAGCATTCG

Intron 3 GTATACTCTC ... TCTGTTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	12.43	74	11	10
A2	15.62	54	6	14
A3	4.41	65	0	6
A4	14.08	61	7	13
A5	1.64	30	0	1
A6	11.11	4	0	1
A7	8.11	17	0	3
A8	40	3	1	3
A9	11.11	8	1	1
A10	0	11	0	0

>TRINITY_DN110027_c3_g1_i21 from sample A4 / Example spliced isoform

ATTCTGTGGAAATTTTACAGATGCCAATTTTGTGACAGGAAACAGTGTTCCATTATCCTTTTTTATCATCTCATGTTTCTGAGTTAGTATGCTCCTACTGGACTGGTTCATTAGGAATACATCATGTAAAATATTAAAGATTTGAGTGGGTTTTATATTTCATTTCACTATATTTAACAATTGAATTTATCTATTTCCCT
TGTGTAGGTTGGATGATGAGACGGCACACTCAGAATTAGGGGCAATGTAAAAACAACACTCCCAAGAGCAAGAGGCTGAAAATAACATTTGATTATTTTAATTCAATGGCTGGAGCTGCAGGTAGCTTTGTTACCCGGTCGTTTGAATGCATGCTGAAAGAGTCTACGGGAAAGAAGTATGGGAATCTTCAAAAGGCTCT
TAAATCATACTTAGAGAGTTCGAAGGAAATAGGTCACCAGCCCTCATCTCAACGGGACCAATCTACAACAAATATAGCAACAGATGAAAAGGATGGGGAAAATTCGACACAAGAGGAAGCAGATACCACAGCTTCTCAATCAAGCATGTCTGCTGTTACTGGAGAGGATCACCAGCCCCAAAATTTGAGTACAAGTGAAG
CGATTTCAGCAACACTGTCAACTGCTGGTCATACATTAGAAGGATCAGAAGCAGAGCTTGTCCTTCAGCCACTCAGGCTTGCATTTGAGACAAAGAATCCAAAGCTCGTTGAACCTGCTCTTGATTGTCTTCATAAGCTTATAGCGTATGAGCATTTGGAAGGTGATGGTGGTCTAGAAGGTGGTAAGAATGGTGCAATA
TTTACTGACATCATAAACATGGTCTGTGGTTGCGTGGATAATGCAGCACCGGACAGCACTGTTCTGCAAGTTTTGAAGGTGCTTCTAACTGCTGTGGCTTCAACAAAGTTCAGAGTTCATGGAGAGTGTCTGCTATGTGTGATACGCACATGCTATAATATTGCACTTAACAGCAAGAGTGCAATAAATCAGGCTACATC
AAAGGCTATGCTCACTCAAATGATCAGCACTGTCTTCAGGAGGATGGAATCTGATGAAAAGAATCAGGGTTGTGTTCCTCTTCCTAGAGCAAACACATTCGATCTTCCCATTCATTCTGCAACTGGCCCTCCTATACAGGACAATGATTCCAACTCAGAAACATTTAAACAGGAAAGTCAAGAAATTGTGTCGGAGAGCT
CCTCTGATCAAGATGGCAAAGATGCAGGAGCTATAACACTAGGAGATGCTCTTTCCCTGGACAGATTGAGAGATGAAGCCCTTGTATCTGTAGAGGAACTCCAACATCTTGCTGGAGGTGCAGATATAAAGGGTTTGGAGGCTGCTTTAGATAAGGCTGTCAATTCAGAAGATAGTAAGAGGACAGCAGGAGGAATTGAT
CTGGAAAGCATGAGTGTATGGCAACAGGATGCTTTGCTGGTTTTCCGGACCCTCTGCAAGATGTCTTTGAAGGAAGAGACTGATGAGTTTGTTACAAAAATGAAGCTTATTTCACTTGAGCTGCTTCAGGGATTGTTAGAAGGTGTTAGTCCCTCTTTCACTGTCAATTTCCATTTTATTGACTCAGTCAGAACCTACCT
TTCATATGCATTACTCAGGGCATGTGTTTCCCCATCTTCTTCAATTTTTCAGTATGCTTCTGGTATCTTCACTGTCTTATTACTGAGGTTCAGAGAAGGCTTGAAGGTAGAAATTGGCATATTTTTCCCATTGATTATTCTGCGATCCCTTGACAGTTCAGACAGTCCTCTTCATCAAAGGACATGTATTCTCAGGATGC
TTGAAAAAGTCTGCAAGGACTCTCAGATGCTGGCAGATATATTTGTGAATTATGACTGTGATCTAGAGGCTACCAATCTGTTTGAGCGAATGGTCAATGCTCTGTCGAGGATTGCACAGGGTACGCTAAATACAGATCCCAGCTCCATAACTCTTGCACAGAACACTTCCATAAAAGTATCATCACTACAGTGTCTTGTG
AATGTGCTAAAATCACTAGTAATATGGGCAAATGATCGTCAAGTATCGAAGGAGCATACGATATATTCTACACTTTCTGAAAAGGAGTCTAGCTCAGCTGGCACTGTGCCAACTGATGAACTTAGGATCAAAGACGACATACCTAGTCAATTTGAAAAGGCCAAGGCTCATAAATCAACATTGGAAGCTGCCATTGCAGA
GTTCAATAGGAAGGCTAATAAAGGTGTTGACTATCTTCTGTCTAATATGTTGGTTGAGAAGACACCCCCTGCGGTAGCACATTTTCTAAGAACAACACCTGGCCTGGATAAGGCAATGATAGGTGACTTTTTGGGTCAACATGAAGAATTCCCTCTTGCTGTTATGCATGCTTATGTAGACGCAATGAACTTTGCCGGCA
TGAAGTTTGATAGAGCGATTCGTGAGTTTCTTAAAGGATTTCGTCTACCCGGTGAAGCTCAAAAGATTGATCGTATTATGGAGAAATTCGCAGAGCGGTATTGTCGGGATAATCCAGGACTCTTCAAGAATGCTGATACAGCTTACATACTTGCATATGCAGTAATAATGCTAAATACAGATGCACACAATCCTATGGTG
TGGCCAAAAATGTCAAAAGCTGATTTTGTTCGGATGAACTCAACAAGTGATGCCGAAGAATGTGCTCCCAAGGAGCTGTTGGAAGAAATTTATGATTCTGTATTGAAAGAGGAGATAAAGATGAAAGATGACAATGTTGATTCAGGCAAAAGTAGTAAGCAAAAGCCAGATGCTGAGGAGAGAGGCCGGATTGTTACTAT
ACTGAATTTGGCCATGCCAAGACTAAAGGCAGCAGATGACACAAAGAAGGAAAGTGAGGAAATTGTTAAGCGCACACAAGCCTTTTTTAAGAAGGGTGGGGCAAAGAGGGGTGTATTCTACACTGCTCAACAGATGGAACTTGTGAGACCTATGCTCGAGGCTGTAGGATGGCCTTTACTTGCGGCATTTTCTGTCACAA
TGGAGGACAGTGATAACAAGCCTAGGGTTCTTCTTTGTATGGAGGGATTTAGATTAGGCATCCATCTTACAATGGTGCTTGGCATGTATACCATGCGATATGCTTTCTTGACATCTTTAGTAAGGTTTACATTTCTCCATGCACCAAAAGAGATGCGGAGCAAAAATGTAGAGGCTCTACGGACCTTGCTGATATTGTGC
GACAGTGAGACTGATGCATTGCAGGATACTTGGAATGCTGTCTTAGAATGTGTTTCAAGGCTTGAGTATATCACATCAACACCTTCTATTGCTGCAACGGTTATGCATGGTTCAAATCAGATATCTAGGGATGCTTTGCTTCAGTCACTAAAAGAACTTACTGGAAAACCAACTGAACATGTATTTGTGAATAGTGTAAA
GTTACCAAGTGATGCAATTGTGGAGTTTTTCACAGCTTTATGTGGTGTTTCGGCTGAAGAACTAAAACAAACCCCTGCCCGGGTTTTTAGTCTACAAAAACTTGTTGAGATAAGTTACTACAACATGGCCCGGATACGCATGGTTTGGGCTAGAATATGGTCAGTTCTCTCACATCACTTTATCTCAGCGGGAAGCCATC
ATGATGAGAAGATTGCCATGTATGCAATTGACTCGCTAAGACAGCTTGGTATGAAATATTTGGAGAGGGAAGAACTTGCTAAGTTTACCTTTCAGAATGATATCTTGAAACCATTTGTTATCCTCATGCGAAATAGTAGAAGTGCAACTATTCGTACTCTCATTGTTGACTGCATTGTTCAGATGATCAAATCGAAGGTT
GGTAGCATTAAATCTGGCTGGAGAAGTGTGTTTATGATATTTACAGCTGCAGCTGATGATGAAACAGAGTCCATTGCTGAAAGTGCATTTGAGAACGTGGAGCAAGTGGTCTTAGAACACTTTGATCAGGTTGTGGGGGATTGCTTTATGGACTGTGTCAACTGTCTTATTGGATTTGCTAACAATAAAAGCTGTCCCAG
AATTAGCTTGAAGGCCATTGCTCTGCTTCGTATTTGTGAAGACCGGCTAGCGGAGGGCCTAATTCCAGGCGGGGCCCTGAAACCTGTGGAAGTTATTGGCACAGATGCAGACACTGATGTAACAGAACATTATTGGTTTCCAATGCTTGCGGGATTGTCAGATTTAACCTCTGATCCTCGGACAGAAGTGAGAAACTGTG
CACTTGAGGTGCTTTTTGATCTGCTGAAGGAGAGAGGTCACAAATTCTCATCAGCATTCTGGGAGAATGTATTTCATCGTGTATTGTTCCCCATATTTGATCAAGTGAGACATGCAGGAAAGGATGGCAATCTGCCCTCTTCTGGGGATCAGTGGCTTCATGAAACATGTATTCATTCCCTTCAACTGCTTTGTGATCTC
TTCAGCAGCTTCTACAAGGAGGTTTCTTTTATGCTACCATCCCTGCTGGCACTGTTGTTAGATTGTGCTAAAAAGCCAGACCAAGCTGTAGCATCAATCTCTTGTGGTGCTTTGGTACATCTTATAAAGGTTGGAGGTCATCAATTCAATGATAAGGATTGGGATACTTTATTGACAAGCATTCGGTATGAATTACATAT
TTTCTGTCCATGCATCAATGGTTATCGAGGATTACTCTTTGTTTGGGCCATATATAATTTTCAACTTGAATAATTTTTGTTTTAATCCTGTGACCTACTTGTCTGTCATAATGGGCAGCGATGCATCC

>TRINITY_DN110027_c3_g1_i12 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GAAAATGGCAACAAATTCTCACACGCGTCTTTGGTAAAATTGTTGCAGTTCATGGAGAGTGTCTGCTATGTGTGATACGCACATGCTATAATATTGCACTTAACAGgtatactctctgtatgtctcagcatatctctatctgaaccttacaatgctcgagcaaaattttgaatgtctcaagtttctgttaaagttatgat
atgtaactgtttaaactctccgtattgtatctgttttagCAAGAGTGCAATAAATCAGGCTACATCAAAGGCTATGCTCACTCAAATGATCAGCACTGTCTTCAGGAGGATGGAATCTGATGAAAAGAATCAGGGTTGTGTTCCTCTTCCTAGAGCAAACACATTCGATCTTCCCATTCATTCTGCAACTGGCCCTCCTA
TACAGGACAATGATTCCAACTCAGAAACATTTAAACAGGAAAGTCAAGAAATTGTGTCGGAGAGCTCCTCTGATCAAGATGGCAAAGATGCAGGAGCTATAACACTAGGAGATGCTCTTTCCCTGGACAGATTGAGAGATGAAGCCCTTGTATCTGTAGAGGAACTCCAACATCTTGCTGGAGGTGCAGATATAAAGGGT
TTGGAGGCTGCTTTAGATAAGGCTGTCAATTCAGAAGATAGTAAGAGGACAGCAGGAGGAATTGATCTGGAAAGCATGAGTGTATGGCAACAGGATGCTTTGCTGGTTTTCCGGACCCTCTGCAAGATGTCTTTGAAGGAAGAGACTGATGAGTTTGTTACAAAAATGAAGCTTATTTCACTTGAGCTGCTTCAGGGATT
GTTAGAAGGTGTTAGTCCCTCTTTCACTGTCAATTTCCATTTTATTGACTCAGTCAGAACCTACCTTTCATATGCATTACTCAGGGCATGTGTTTCCCCATCTTCTTCAATTTTTCAGTATGCTTCTGGTATCTTCACTGTCTTATTACTGAGGTTCAGAGAAGGCTTGAAGGTAGAAATTGGCATATTTTTCCCATTGA
TTATTCTGCGATCCCTTGACAGTTCAGACAGTCCTCTTCATCAAAGGACATGTATTCTCAGGATGCTTGAAAAAGTCTGCAAGGACTCTCAGATGCTGGCAGATATATTTGTGAATTATGACTGTGATCTAGAGGCTACCAATCTGTTTGAGCGAATGGTCAATGCTCTGTCGAGGATTGCACAGGGTACGCTAAATACA
GATCCCAGCTCCATAACTCTTGCACAGAACACTTCCATAAAAGTATCATCACTACAGTGTCTTGTGAATGTGCTAAAATCACTAGTAATATGGGCAAATGATCGTCAAGTATCGAAGGAGCATACGATATATTCTACACTTTCTGAAAAGGAGTCTAGCTCAGCTGGCACTGTGCCAACTGATGAACTTAGGATCAAAGA
CGACATACCTAGTCAATTTGAAAAGGCCAAGGCTCATAAATCAACATTGGAAGCTGCCATTGCAGAGTTCAATAGGAAGGCTAATAAAGGTGTTGACTATCTTCTGTCTAATATGTTGGTTGAGAAGACACCCCCTGCGGTAGCACATTTTCTAAGAACAACACCTGGCCTGGATAAGGCAATGATAGGTGACTTTTTGG
GTCAACATGAAGAATTCCCTCTTGCTGTTATGCATGCTTATGTAGACGCAATGAACTTTGCCGGCATGAAGTTTGATAGAGCGATTCGTGAGTTTCTTAAAGGATTTCGTCTACCCGGTGAAGCTCAAAAGATTGATCGTATTATGGAGAAATTCGCAGAGCGGTATTGTCGGGATAATCCAGGACTCTTCAAGAATGCT
GATACAGCTTACATACTTGCATATGCAGTAATAATGCTAAATACAGATGCACACAATCCTATGGTGTGGCCAAAAATGTCAAAAGCTGATTTTGTTCGGATGAACTCAACAAGTGATGCCGAAGAATGTGCTCCCAAGGAGCTGTTGGAAGAAATTTATGATTCTGTATTGAAAGAGGAGATAAAGATGAAAGATGACAA
TGTTGATTCAGGCAAAAGTAGTAAGCAAAAGCCAGATGCTGAGGAGAGAGGCCGGATTGTTACTATACTGAATTTGGCCATGCCAAGACTAAAGGCAGCAGATGACACAAAGAAGGAAAGTGAGGAAATTGTTAAGCGCACACAAGCCTTTTTTAAGAAGGGTGGGGCAAAGAGGGGTGTATTCTACACTGCTCAACAGA
TGGAACTTGTGAGACCTATGCTCGAGGCTGTAGGATGGCCTTTACTTGCGGCATTTTCTGTCACAATGGAGGACAGTGATAACAAGCCTAGGGTTCTTCTTTGTATGGAGGGATTTAGATTAGGCATCCATCTTACAATGGTGCTTGGCATGTATACCATGCGATATGCTTTCTTGACATCTTTAGTAAGGTTTACATTT
CTCCATGCACCAAAAGAGATGCGGAGCAAAAATGTAGAGGCTCTACGGACCTTGCTGATATTGTGCGACAGTGAGACTGATGCATTGCAGGATACTTGGAATGCTGTCTTAGAATGTGTTTCAAGGCTTGAGTATATCACATCAACACCTTCTATTGCTGCAACGGTTATGCATGGTTCAAATCAGATATCTAGGGATGC
TTTGCTTCAGTCACTAAAAGAACTTACTGGAAAACCAACTGAACATGTATTTGTGAATAGTGTAAAGTTACCAAGTGATGCAATTGTGGAGTTTTTCACAGCTTTATGTGGTGTTTCGGCTGAAGAACTAAAACAAACCCCTGCCCGGGTTTTTAGTCTACAAAAACTTGTTGAGATAAGTTACTACAACATGGCCCGGA
TACGCATGGTTTGGGCTAGAATATGGTCAGTTCTCTCACATCACTTTATCTCAGCGGGAAGCCATCATGATGAGAAGATTGCCATGTATGCAATTGACTCGCTAAGACAGCTTGGTATGAAATATTTGGAGAGGGAAGAACTTGCTAAGTTTACCTTTCAGAATGATATCTTGAAACCATTTGTTATCCTCATGCGAAAT
AGTAGAAGTGCAACTATTCGTACTCTCATTGTTGACTGCATTGTTCAGATGATCAAATCGAAGGTTGGTAGCATTAAATCTGGCTGGAGAAGTGTGTTTATGATATTTACAGCTGCAGCTGATGATGAAACAGAGTCCATTGCTGAAAGTGCATTTGAGAACGTGGAGCAAGTGGTCTTAGAACACTTTGATCAGGTTGT
GGGGGATTGCTTTATGGACTGTGTCAACTGTCTTATTGGATTTGCTAACAATAAAAGCTGTCCCAGAATTAGCTTGAAGGCCATTGCTCTGCTTCGTATTTGTGAAGACCGGCTAGCGGAGGGCCTAATTCCAGGCGGGGCCCTGAAACCTGTGGAAGTTATTGGCACAGATGCAGACACTGATGTAACAGAACATTATT
GGTTTCCAATGCTTGCGGGATTGTCAGATTTAACCTCTGATCCTCGGACAGAAGTGAGAAACTGTGCACTTGAGGTGCTTTTTGATCTGCTGAAGGAGAGAGGTCACAAATTCTCATCAGCATTCTGGGAGAATGTATTTCATCGTGTATTGTTCCCCATATTTGATCAAGTGAGACATGCAGGAAAGGATGGCAATCTG
CCCTCTTCTGGGGATCAGTGGCTTCATGAAACATGTATTCATTCCCTTCAACTGCTTTGTGATCTCTTCAGCAGCTTCTACAAGGAGGTTTCTTTTATGCTACCATCCCTGCTGGCACTGTTGTTAGATTGTGCTAAAAAGCCAGACCAAGCTGTAGCATCAATCTCTTGTGGTGCTTTGGTACATCTTATAAAGGTTGG
AGGTCATCAATTCAATGATAAGGATTGGGATACTTTATTGACAAGCATTCGCGATGCATCCTACACAACACAACCCTTAGAACTATTGAACACACAGGGTTTTGATTATACAAGGAAAATTATGAAAGGAGATCGAACTCCATCTACAACTGCTACTGATGGTGCAGGGTCAGATGGAGACACTTATAGCTATGAGAACG
GAAATTCATTTGCCAGTACGCAAAGAATTAGTAATAGTGTTGTTCAGAGACACCAAAATCTCTCTGGCGTGGAAGTGTGGGTTCCAGATGGCCAAGGGAGGTCAAACCTTGAGGATTCTGAAGGCATGTCATCATCATCAGTGGATGTAAGGTCGCCCAGAGAAAATCTGTCTAAAAATCAAACCCTTGGCCAAAAAA

Intron 4 GTATTTTTCA ... GAAATTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	28.77	26	18	3
A2	33.33	16	11	5
A3	30.86	28	18	7
A4	53.49	10	12	11
A5	31.58	13	8	4
A6	-1	0	0	0
A7	0	1	0	0
A8	-1	0	0	0
A9	0	1	0	0
A10	57.14	3	4	4

>TRINITY_DN122209_c4_g1_i10 from sample A2 / Example spliced isoform

AGAAAAGTCTCTAGAATCCGGACATAGGCAGTCAAAACAGTGGCTCAAATAAAACTCTTTTGCAAGTGAGAGGAGTATAAATGAATATTTCACTAAATTGTGATAACAGGTCGGATGCTACGGTTGAAAGTTGGCATTTCGATTATCGTTAGCAATGAACAGAGGCCTCATACGAAACACATGAAGCCTTTAGGTTGGTT
TGATTGCAACACATGCATTTGAGATCGATAAGCGTCTCTCATTTATATAATACTGCCAGCGATTCTTCCGCCATCTTCCTACGCCTGCCCGGATCCTTTGTTTCTGCACTTCAAATTTTGGGATTCGAAGCTCGAAGGTTTCGACCGCCATGCTATAACTGTGTGGACCGGAATGGGATCGATTACCAGTGAAAAATTTG
ATTAGATTGTAGAGGCGTTAAATTTGGGGTTTTGGGTGTTTTGGTGGGAAACCTTAGGGCTTATACTCTGTAGATCCTTCCTTGATAATTGGCACTGTTTTAGTACCTGGCATTCTGCGGGAGTAATACCGATCCAGATCTCTGTGCTGGAGCTGGATTTTCGGTGGATCTGCGTGTTTGCTAGCCCCGCAATCGCGGCA
TCTCAGCCACCGGAGTGACTTTATATTCTATCGGGGCCTATAGTGTATGGGAGTTGAACTCTCGACCGTTAGTTGGGGAATGCTACCAATTGATCATGTGCTTAAACTGTTAGCCCTTGGCTGGGAATTGAGACTTACTTTTTTAACCCCTGCATTAAAGGGAAGATCACTCAATGATTCTGATTACTGGTCCATTAAAA
CGCCGATGGGGCGAAAGATGAGTTAAGGAGTGGAGAAAGTAATTGCCCTTGACATTGCCTATAATTTTCTGCACTCTCGAGGGTACCTCATGTGGCACTACTATTAAAGTTCTGCTACGTATTCGGATTAAATCGCACAAGTGGGAGAACTTAGAAGTCTTCCGAAAGGATACACACGATTGTTGTGGAATATGATTAGA
AGAGTCATTGCTTGCAGTGAAAGCTGCATATGTTTTTTGCAAGCGTGAAACGAACCATATTTCATGATTCCGAGGTAGGGATTGCTCTAAAATGTCAAGTTTTAGGATTGTTCAGTTCTACGGAATCGTAAAGCACCTAAAGATTGATTGTATACATGCCAAAGAAGATAAATGTATACCAAACAGGTGCAATCAAAGCT
ACAGCTACAATCTTGAGATTTGGATTTGAAAAGCCTCTGGACTATATCAATTTTCAAGTTGGATGATGAGACGGCACACTCAGAATTAGGGGCAATGTAAAAACAACACTCCCAAGAGCAAGAGGCTGAAAATAACATTTGATTATTTTAATTCAATGGCTGGAGCTGCAGGTAGCTTTGTTACCCGGTCGTTTGAATGC
ATGCTGAAAGAGTCTACGGGAAAGAAGTATGGGAATCTTCAAAAGGCTCTTAAATCATACTTAGAGAGTTCGAAGGAAATAGGTCACCAGCCCTCATCTCAACGGGACCAATCTACAACAAATATAGCAACAGATGAAAAGGATGGGGAAAATTCGACACAAGAGGAAGCAGATACCACAGCTTCTCAATCAAGCATGTC
TGCTGTTACTGGAGAGGATCACCAGCCCCAAAATTTGAGTACAAGTGAAGCGATTTCAGCAACACTGTCAACTGCTGGTCATACATTAGAAGGATCAGAAGCAGAGCTTGTCCTTCAGCCACTCAGGCTTGCATTTGAGACAAAGAATCCAAAGCTCGTTGAACCTGCTCTTGATTGTCTTCATAAGCTTATAGCGTATG
AGCATTTGGAAGGTGATGGTGGTCTAGAAGGTGGTAAGAATGGTGCAATATTTACTGACATCATAAACATGGTCTGTGGTTGCGTGGATAATGCAGCACCGGACAGCACTGTTCTGCAAGTTTTGAAGGTGCTTCTAACTGCTGTGGCTTCAACAAAGTTCAGAGTTCATGGAGAGTGTCTGCTATGTGTGATACGCACA
TGCTATAATATTGCACTTAACAGCAAGAGTGCAATAAATCAGGCTACATCAAAGGCTATGCTCACTCAAATGATCAGCACTGTCTTCAGGAGGATGGAATCTGATGAAAAGAATCAGGGTTGTGTTCCTCTTCCTAGAGCAAACACATTCGATCTTCCCATTCATTCTGCAACTGGCCCTCCTATACAGGACAATGATTC
CAACTCAGAAACATTTAAACAGGAAAGTCAAGAAATTGTGTCGGAGAGCTCCTCTGATCAAGATGGCAAAGATGCAGGAGCTATAACACTAGGAGATGCTCTTTCCCTGGACAGATTGAGAGATGAAGCCCTTGTATCTGTAGAGGAACTCCAACATCTTGCTGGAGGTGCAGATATAAAGGGTTTGGAGGCTGCTTTAG
ATAAGGCTGTCAATTCAGAAGATAGTAAGAGGACAGCAGGAGGAATTGATCTGGAAAGCATGAGTGTATGGCAACAGGATGCTTTACTGGTTTTCCGGACCCTCTGCAAGATGTCTTTGAAGGAAGAGACTGATGAGTTTGTTACAAAAATGAAGCTTATTTCACTTGAGCTGCTTCAGGGATTGTTAGAAGGTGTTAGT
CCCTCTTTCACTGTCAATTTCCATTTTATTGACTCAGTCAGAACCTACCTTTCATATGCATTACTCAGGGCATGTGTTTCCCCATCTTCTTCAATTTTTCAGTATGCTTCTGGTATCTTCACTGTCTTATTACTGAGGTTCAGAGAAGGCTTGAAGGTAGAAATTGGCATATTTTTCCCATTGATTATTCTGCGATCCCT
TGACAGTTCAGACAGTCCTCTTCATCAAAGGACATGTATTCTCAGGATGCTTGAAAAAGTCTGCAAGGACTCTCAGATGCTGGCAGATATATTTGTGAATTATGACTGTGATCTAGAGGCTACCAATCTGTTTGAGCGAATGGTCAATGCTCTGTCGAGGATTGCACAGGGTACGCTAAATACAGATCCCAGCTCCATAA
CTCTTGCACAGAACACTTCCATAAAAGTATCATCACTACAGTGTCTTGTGAATGTGCTAAAATCACTAGTAATATGGGCAAATGATCGTCAAGTATCGAAGGAGCATACGATATATTCTACACTTTCTGAAAAGGAGTCTAGCTCAGCTGGCACTGTGCCAACTGATGAACTTAGGATCAAAGACGACATACCTAGTCAA
TTTGAAAAGGCCAAGGCTCATAAATCAACATTGGAAGCTGCCATTGCAGAGTTCAATAGGAAGGCTAATAAAGGTGTTGACTATCTTCTGTCTAATATGTTGGTTGAGAAGACACCCCCTGCGGTAGCACATTTTCTAAGAACAACACCTGGCCTGGATAAGGCAATGATAGGTGACTTTTTGGGTCAACATGAAGAATT
CCCTCTTGCTGTTATGCATGCTTATGTAGACGCAATGAACTTTGCCGGCATGAAGTTTGATAGAGCGATTCGTGAGTTTCTTAAAGGATTTCGTCTACCCGGTGAAGCTCAAAAGATTGATCGTATTATGGAGAAATTCGCAGAGCGGTATTGTCGGGATAATCCAGGACTCTTCAAGAATGCTGATACAGCTTACATAC
TTGCATATGCAGTAATAATGCTAAATACAGATGCACACAATCCTATGGTGTGGCCAAAAATGTCAAAAGCTGATTTTGTTCGGATGAACTCAACAAGTGATGCCGAAGAATGTGCTCCCAAGGAGCTGTTGGAAGAAATTTATGATTCTGTATTGAAAGAGGAGATAAAGATGAAAGATGACAATGTTGATTCAGGCAAA
AGTAGTAAGCAAAAGCCAGATGCTGAGGAGAGAGGCCGGATTGTTACTATACTGAATTTGGCCATGCCAAGACTAAAGGCAGCAGATGACACAAAGAAGGAAAGTGAGGAAATTGTTAAGCGCACACAAGCCTTTTTTAAGAAGGGTGGGGCAAAGAGGGGTGTATTCTACACTGCTCAACAGATGGAACTTGTGAGACC
TATGCTCGAGGCTGTAGGATGGCCTTTACTTGCGGCATTTTCTGTCACAATGGAGGACAGTGATAACAAGCCTAGGGTTCTTCTTTGTATGGAGGGATTTAGATTAGGCATCCATCTTACAATGGTGCTTGGCATGTATACCATGCGATATGCTTTCTTGACATCTTTAGTAAGGTTTACATTTCTCCATGCACCAAAAG
AGATGCGGAGCAAAAATGTAGAGGCTCTACGGACCTTGCTGATATTGTGCGACAGTGAGACTGATGCATTGCAGGATACTTGGAATGCTGTCTTAGAATGTGTTTCAAGGCTTGAGTATATCACATCAACACCTTCTATTGCTGCAACGGTTATGCATGGTTCAAATCAGATATCTAGGGATGCTTTGCTTCAGTCACTA
AAAGAACTTACTGGAAAACCAACTGAACATGTATTTGTGAATAGTGTAAAGTTACCAAGTGATGCAATTGTGGAGTTTTTCACAGCTTTATGTGGTGTTTCGGCTGAAGAACTAAAACAAACCCCTGCCCGGGTTTTTAGTCTACAAAAACTTGTTGAGATAAGTTACTACAACATGGCCCGGATACGCATGGTTTGGGC
TAGAATATGGTCAGTTCTCTCACATCACTTTATCTCAGCGGGAAGCCATCATGATGAGAAGATTGCCATGTATGCAATTGACTCGCTAAGACAGCTTGGTATGAAATATTTGGAGAGGGAAGAACTTGCTAAGTTTACCTTTCAGAATGATATCTTGAAACCATTTGTTATCCTCATGCGAAATAGTAGAAGTGCAACTA
TTCGTACTCTCATTGTTGACTGCATTGTTCAGATGATCAAATCGAAGGTTGGTAGCATTAAATCTGGCTGGAGAAGTGTGTTTATGATATTTACAGCTGCAGCTGATGATGAAACAGAGTCCATTGCTGAAAGTGCATTTGAGAACGTGGAGCAAGTGGTCTTAGAACACTTTGATCAGGTTGTGGGGGATTGCTTTATG
GACTGTGTCAACTGTCTTATTGGATTTGCTAACAATAAAAGCTGTCCCAGAATTAGCTTGAAGGCCATTGCTCTGCTTCGTATTTGTGAAGACCGGCTAGCGGAGGGCCTAATTCCAGGCGGGGCCCTGAAACCTGTGGAAGTTATTGGCACAGATGCAGACACTGATGTAACAGAACATTATTGGTTTCCAATGCTTGC
GGGATTGTCAGATTTAACCTCTGATCCTCGGACAGAAGTGAGAAACTGTGCACTTGAGGTGCTTTTTGATCTGCTGAAGGAGAGAGGTCACAAATTCTCATCAGCATTCTGGGAGAATGTATTTCATCGTGTATTGTTCCCCATATTTGATCAAGTGAGACATGCAGGAAAGGATGGCAATCTGCCCTCTTCTGGGGATC
AGTGGCTTCATGAAACATGTATTCATTCCCTTCAACTGCTTTGTGATCTCTTCAGCAGCTTCTACAAGGAGGTTTCTTTTATGCTACCATCCCTGCTGGCACTGTTGTTAGATTGTGCTAAAAAGCCAGACCAAGCTGTAGCATCAATCTCTTGTGGTGCTTTGGTACATCTTATAAAGGTTGGAGGTCATCAATTCAAT
GATAAGGATTGGGATACTTTATTGACAAGCATTCGCGATGCATCCTACACAACACAACCCTTAGAACTATTGAACACACAGGGTTTTGATTATACAAGGAAAATTATGAAAGGAGATCGAACTCCATCTACAACTGCTACTGATGGTGCAGGGTCAGATGGAGACACTTATAGCTATGAGAACGGAAATTCATTTGCCAG
TACGCAAAGAATTAGTAATAGTGTTGTTCAGAGACACCAAAATCTCTCTGGCGTGGAAGTGTGGGTTCCAGATGGCCAAGGGAGGTCAAACCTTGAGGATTCTGAAGGCATGTCATCATCATCAGTGGATGTAAGGTCGCCCAGAGAAAATCTGTCTAAAAATCAAACCCTTGGCCAAAAAATTATGGGAAACATGATGG
ATACACTTCTGCTTAAGAATCTTACTTTTAAGCAAAAGGGACGCGCAGGAGATATTCTAGTTCCGACATCTCCTACTCAGCAGGTACCTGATATTGTAGAGCCATCCCCTATGGAGAGTGAAGAGAACCCTTTATTGACATGTATAAGAGGGAAATGCATTACTCAACTTTTATTGCTGGGTGCAATTGACTGTATCCAG
AAAAACCATTGGAATAGATTACAGCGCTCTCACAAGATCGTAATAATGGATATATTGCTATCTATTTTGGACTTTGCGGCTTCTTATAATTCATCTGCAAATCTTAGGATGCGAATGCATCAGATTCCAGCTGACAGGTTGCCTGTCAATATTCTACGTCAGGAAATTGAAGGAACACGCATCTATTTGGAAGTATTACA
GAAGAGTACTGGGCAGCATAACACAAATGGTGAAGATTTAAAAAATAATATTTCAAATATAGATTATTCATCTGCAGCGAATGTATCCAATCACATGGACATCAAACAGGAAGAGGAGAAGCTCAGAGAAATAGCAGAGCAAAAGCTAGTGTCATTTTGTGGGCAGATTTTAAAGGACACATCTGAACTTCAACCTGGTC
CTGGTGAAGCTGTTGATGCTGATGTGCATCGTGTTCTTGTTTTACGCTCCCCAGTCATTGTTAAGGTGTTGAGTGGGATGTGCATTATGAATAAGAATATTTTCAAGAGACACCTTGGGGAGTTTTTTCCTTCTGTCACAAAACTTGTGTGCAGTGACCAGATGGATGTGCGGCGGGCATTGGGTGACCTCTTTAAGAAA
CAGCTAATAGGCCTTTTGCCTTGATTTCACTTTTCAATATTATTAGGCTGTTATAGGGGGTTGTATGCAAGCACAAATGATCAAGCTATGCTATCATGTCTTCAGAAATTCAATGGCATCATAATTTGTTTCTTAGGAGGGCTGACACTTGGAGGCTAAACAATTTTTCAGTATCTAGAATTGTTATTATGGCGTTTTAT
ATTCCTATCTGGTAAAGGAAGTTCCAATATCACGAGTGATTATGAAGGCATTGCGTCGTCTCTTGCAAAAGTGATTATTCTGTTCTTTTTGTTGGAACCTTTCAGATGGAAGGAGGAAGAATGAAGATTATAATTAAAGCTAGTCTCTGGAATTTCTAGTAGTTGATTCAATTTGTCACCAGTGTAAAATATAGCTGGAA
AAATTAGAGTTCAAGGAGATAGGCTCTCTACTTGTTTTATTGTAGATCTCATGATTGTCTTTCTTCATTTTCTGCCATTCTGAAGTTTGCTTCTCGCTGTGAAACAAAGGGCAACTAAGAATGTTTTTCTTTCCGCTTTTTAATGTTGTGACAGTAAAGCAAGGTGAAGAGTGCCTACGCACACCACTTTATTATAAACT
TGTTGATTCTTTTCTTTTGGTTATATGGATGTCCTAAAGTTTTCTGAGCTAGATTCTTTTCGTACGGATACTTATCAGGAACGATGTTTTTTCCTGGAATTACGATGTAAGAAATGATCAAATTCTTTTGTTTTTGTGAACAAAGAATGTGAAGAAATTTGGACTGTTAAACTTATCCATGCAAACAATTGTATAATTCT
GGGTATATCCTTTTATATTTGTTAGATGCTTAAGCACAGACAGACAAGCAAAGAGT

>TRINITY_DN122209_c4_g1_i15 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AGAAAAGTCTCTAGAATCCGGACATAGGCAGTCAAAACAGTGGCTCAAATAAAACTCTTTTGCAAGTGAGAGGAGTATAAATGAATATTTCACTAAATTGTGATAACAGGTCGGATGCTACGGTTGAAAGTTGGCATTTCGATTATCGTTAGCAATGAACAGAGGCCTCATACGAAACACATGAAGCCTTTAGGTTGGTT
TGATTGCAACACATGCATTTGAGATCGATAAGCGTCTCTCATTTATATAATACTGCCAGCGATTCTTCCGCCATCTTCCTACGCCTGCCCGGATCCTTTGTTTCTGCACTTCAAATTTTGGGATTCGAAGgtatttttcactctcccggctcttctcttttcgcaattcaattttcttgcttgatcttcgagttcttcct
gtacttttcttccccctgaaatttcagCTCGAAGGTTTCGACCGCCATGCTATAACTGTGTGGACCGGAATGGGATCGATTACCAGTGAAAAATTTGATTAGATTGTAGAGGCGTTAAATTTGGGGTTTTGGGTGTTTTGGTGGGAAACCTTAGGGCTTATACTCTGTAGATCCTTCCTTGATAATTGGCACTGTTTTAG
TACCTGGCATTCTGCGGGAGTAATACCGATCCAGATCTCTGTGCTGGAGCTGGATTTTCGGTGGATCTGCGTGTTTGCTAGCCCCGCAATCGCGGCATCTCAGCCACCGGAGTGACTTTATATTCTATCGGGGCCTATAGTGTATGGGAGTTGAACTCTCGACCGTTAGTTGGGGAATGCTACCAATTGATCATGTGCTT
AAACTGTTAGCCCTTGGCTGGGAATTGAGACTTACTTTTTTAACCCCTGCATTAAAGGGAAGATCACTCAATGATTCTGATTACTGGTCCATTAAAACGCCGATGGGGCGAAAGATGAGTTAAGGAGTGGAGAAAGTAATTGCCCTTGACATTGCCTATAATTTTCTGCACTCTCGAGGGTACCTCATGTGGCACTACTA
TTAAAGTTCTGCTACGTATTCGGATTAAATCGCACAAGTGGGAGAACTTAGAAGTCTTCCGAAAGGATACACACGATTGTTGTGGAATATGATTAGAAGAGTCATTGCTTGCAGTGAAAGCTGCATATGTTTTTTGCAAGCGTGAAACGAACCATATTTCATGATTCCGAGGTAGGGATTGCTCTAAAATGTCAAGTTTT
AGGATTGTTCAGTTCTACGGAATCGTAAAGCACCTAAAGATTGATTGTATACATGCCAAAGAAGATAAATGTATACCAAACAGGTGCAATCAAAGCTACAGCTACAATCTTGAGATTTGGATTTGAAAAGCCTCTGGACTATATCAATTTTCAAGTTGGATGATGAGACGGCACACTCAGAATTAGGGGCAATGTAAAAA
CAACACTCCCAAGAGCAAGAGGCTGAAAATAACATTTGATTATTTTAATTCAATGGCTGGAGCTGCAGGTAGCTTTGTTACCCGGTCGTTTGAATGCATGCTGAAAGAGTCTACGGGAAAGAAGTATGGGAATCTTCAAAAGGCTCTTAAATCATACTTAGAGAGTTCGAAGGAAATAGGTCACCAGCCCTCATCTCAAC
GGGACCAATCTACAACAAATATAGCAACAGATGAAAAGGATGGGGAAAATTCGACACAAGAGGAAGCAGATACCACAGCTTCTCAATCAAGCATGTCTGCTGTTACTGGAGAGGATCACCAGCCCCAAAATTTGAGTACAAGTGAAGCGATTTCAGCAACACTGTCAACTGCTGGTCATACATTAGAAGGATCAGAAGCA
GAGCTTGTCCTTCAGCCACTCAGGCTTGCATTTGAGACAAAGAATCCAAAGCTCGTTGAACCTGCTCTTGATTGTCTTCATAAGCTTATAGCGTATGAGCATTTGGAAGGTGATGGTGGTCTAGAAGGTGGTAAGAATGGTGCAATATTTACTGACATCATAAACATGGTCTGTGGTTGCGTGGATAATGCAGCACCGGA
CAGCACTGTTCTGCAAGTTTTGAAGGTGCTTCTAACTGCTGTGGCTTCAACAAAGTTCAGAGTTCATGGAGAGTGTCTGCTATGTGTGATACGCACATGCTATAATATTGCACTTAACAGCAAGAGTGCAATAAATCAGGCTACATCAAAGGCTATGCTCACTCAAATGATCAGCACTGTCTTCAGGAGGATGGAATCTG
ATGAAAAGAATCAGGGTTGTGTTCCTCTTCCTAGAGCAAACACATTCGATCTTCCCATTCATTCTGCAACTGGCCCTCCTATACAGGACAATGATTCCAACTCAGAAACATTTAAACAGGAAAGTCAAGAAATTGTGTCGGAGAGCTCCTCTGATCAAGATGGCAAAGATGCAGGAGCTATAACACTAGGAGATGCTCTT
TCCCTGGACAGATTGAGAGATGAAGCCCTTGTATCTGTAGAGGAACTCCAACATCTTGCTGGAGGTGCAGATATAAAGGGTTTGGAGGCTGCTTTAGATAAGGCTGTCAATTCAGAAGATAGTAAGAGGACAGCAGGAGGAATTGATCTGGAAAGCATGAGTGTATGGCAACAGGATGCTTTACTGGTTTTCCGGACCCT
CTGCAAGATGTCTTTGAAGGAAGAGACTGATGAGTTTGTTACAAAAATGAAGCTTATTTCACTTGAGCTGCTTCAGGGATTGTTAGAAGGTGTTAGTCCCTCTTTCACTGTCAATTTCCATTTTATTGACTCAGTCAGAACCTACCTTTCATATGCATTACTCAGGGCATGTGTTTCCCCATCTTCTTCAATTTTTCAGT
ATGCTTCTGGTATCTTCACTGTCTTATTACTGAGGTTCAGAGAAGGCTTGAAGGTAGAAATTGGCATATTTTTCCCATTGATTATTCTGCGATCCCTTGACAGTTCAGACAGTCCTCTTCATCAAAGGACATGTATTCTCAGGATGCTTGAAAAAGTCTGCAAGGACTCTCAGATGCTGGCAGATATATTTGTGAATTAT
GACTGTGATCTAGAGGCTACCAATCTGTTTGAGCGAATGGTCAATGCTCTGTCGAGGATTGCACAGGGTACGCTAAATACAGATCCCAGCTCCATAACTCTTGCACAGAACACTTCCATAAAAGTATCATCACTACAGTGTCTTGTGAATGTGCTAAAATCACTAGTAATATGGGCAAATGATCGTCAAGTATCGAAGGA
GCATACGATATATTCTACACTTTCTGAAAAGGAGTCTAGCTCAGCTGGCACTGTGCCAACTGATGAACTTAGGATCAAAGACGACATACCTAGTCAATTTGAAAAGGCCAAGGCTCATAAATCAACATTGGAAGCTGCCATTGCAGAGTTCAATAGGAAGGCTAATAAAGGTGTTGACTATCTTCTGTCTAATATGTTGG
TTGAGAAGACACCCCCTGCGGTAGCACATTTTCTAAGAACAACACCTGGCCTGGATAAGGCAATGATAGGTGACTTTTTGGGTCAACATGAAGAATTCCCTCTTGCTGTTATGCATGCTTATGTAGACGCAATGAACTTTGCCGGCATGAAGTTTGATAGAGCGATTCGTGAGTTTCTTAAAGGATTTCGTCTACCCGGT
GAAGCTCAAAAGATTGATCGTATTATGGAGAAATTCGCAGAGCGGTATTGTCGGGATAATCCAGGACTCTTCAAGAATGCTGATACAGCTTACATACTTGCATATGCAGTAATAATGCTAAATACAGATGCACACAATCCTATGGTGTGGCCAAAAATGTCAAAAGCTGATTTTGTTCGGATGAACTCAACAAGTGATGC
CGAAGAATGTGCTCCCAAGGAGCTGTTGGAAGAAATTTATGATTCTGTATTGAAAGAGGAGATAAAGATGAAAGATGACAATGTTGATTCAGGCAAAAGTAGTAAGCAAAAGCCAGATGCTGAGGAGAGAGGCCGGATTGTTACTATACTGAATTTGGCCATGCCAAGACTAAAGGCAGCAGATGACACAAAGAAGGAAA
GTGAGGAAATTGTTAAGCGCACACAAGCCTTTTTTAAGAAGGGTGGGGCAAAGAGGGGTGTATTCTACACTGCTCAACAGATGGAACTTGTGAGACCTATGCTCGAGGCTGTAGGATGGCCTTTACTTGCGGCATTTTCTGTCACAATGGAGGACAGTGATAACAAGCCTAGGGTTCTTCTTTGTATGGAGGGATTTAGA
TTAGGCATCCATCTTACAATGGTGCTTGGCATGTATACCATGCGATATGCTTTCTTGACATCTTTAGTAAGGTTTACATTTCTCCATGCACCAAAAGAGATGCGGAGCAAAAATGTAGAGGCTCTACGGACCTTGCTGATATTGTGCGACAGTGAGACTGATGCATTGCAGGATACTTGGAATGCTGTCTTAGAATGTGT
TTCAAGGCTTGAGTATATCACATCAACACCTTCTATTGCTGCAACGGTTATGCATGGTTCAAATCAGATATCTAGGGATGCTTTGCTTCAGTCACTAAAAGAACTTACTGGAAAACCAACTGAACATGTATTTGTGAATAGTGTAAAGTTACCAAGTGATGCAATTGTGGAGTTTTTCACAGCTTTATGTGGTGTTTCGG
CTGAAGAACTAAAACAAACCCCTGCCCGGGTTTTTAGTCTACAAAAACTTGTTGAGATAAGTTACTACAACATGGCCCGGATACGCATGGTTTGGGCTAGAATATGGTCAGTTCTCTCACATCACTTTATCTCAGCGGGAAGCCATCATGATGAGAAGATTGCCATGTATGCAATTGACTCGCTAAGACAGCTTGGTATG
AAATATTTGGAGAGGGAAGAACTTGCTAAGTTTACCTTTCAGAATGATATCTTGAAACCATTTGTTATCCTCATGCGAAATAGTAGAAGTGCAACTATTCGTACTCTCATTGTTGACTGCATTGTTCAGATGATCAAATCGAAGGTTGGTAGCATTAAATCTGGCTGGAGAAGTGTGTTTATGATATTTACAGCTGCAGC
TGATGATGAAACAGAGTCCATTGCTGAAAGTGCATTTGAGAACGTGGAGCAAGTGGTCTTAGAACACTTTGATCAGGTTGTGGGGGATTGCTTTATGGACTGTGTCAACTGTCTTATTGGATTTGCTAACAATAAAAGCTGTCCCAGAATTAGCTTGAAGGCCATTGCTCTGCTTCGTATTTGTGAAGACCGGCTAGCGG
AGGGCCTAATTCCAGGCGGGGCCCTGAAACCTGTGGAAGTTATTGGCACAGATGCAGACACTGATGTAACAGAACATTATTGGTTTCCAATGCTTGCGGGATTGTCAGATTTAACCTCTGATCCTCGGACAGAAGTGAGAAACTGTGCACTTGAGGTGCTTTTTGATCTGCTGAAGGAGAGAGGTCACAAATTCTCATCA
GCATTCTGGGAGAATGTATTTCATCGTGTATTGTTCCCCATATTTGATCAAGTGAGACATGCAGGAAAGGATGGCAATCTGCCCTCTTCTGGGGATCAGTGGCTTCATGAAACATGTATTCATTCCCTTCAACTGCTTTGTGATCTCTTCAGCAGCTTCTACAAGGAGGTTTCTTTTATGCTACCATCCCTGCTGGCACT
GTTGTTAGATTGTGCTAAAAAGCCAGACCAAGCTGTAGCATCAATCTCTTGTGGTGCTTTGGTACATCTTATAAAGGTTGGAGGTCATCAATTCAATGATAAGGATTGGGATACTTTATTGACAAGCATTCGCGATGCATCCTACACAACACAACCCTTAGAACTATTGAACACACAGGGTTTTGATTATACAAGGAAAA
TTATGAAAGGAGATCGAACTCCATCTACAACTGCTACTGATGGTGCAGGGTCAGATGGAGACACTTATAGCTATGAGAACGGAAATTCATTTGCCAGTACGCAAAGAATTAGTAATAGTGTTGTTCAGAGACACCAAAATCTCTCTGGCGTGGAAGTGTGGGTTCCAGATGGCCAAGGGAGGTCAAACCTTGAGGATTCT
GAAGGCATGTCATCATCATCAGTGGATGTAAGGTCGCCCAGAGAAAATCTGTCTAAAAATCAAACCCTTGGCCAAAAAATTATGGGAAACATGATGGATACACTTCTGCTTAAGAATCTTACTTTTAAGCAAAAGGGACGCGCAGGAGATATTCTAGTTCCGACATCTCCTACTCAGCAGGTACCTGATATTGTAGAGCC
ATCCCCTATGGAGAGTGAAGAGAACCCTTTATTGACATGTATAAGAGGGAAATGCATTACTCAACTTTTATTGCTGGGTGCAATTGACTGTATCCAGAAAAACCATTGGAATAGATTACAGCGCTCTCACAAGATCGTAATAATGGATATATTGCTATCTATTTTGGACTTTGCGGCTTCTTATAATTCATCTGCAAATC
TTAGGATGCGAATGCATCAGATTCCAGCTGACAGGTTGCCTGTCAATATTCTACGTCAGGAAATTGAAGGAACACGCATCTATTTGGAAGTATTACAGAAGAGTACTGGGCAGCATAACACAAATGGTGAAGATTTAAAAAATAATATTTCAAATATAGATTATTCATCTGCAGCGAATGTATCCAATCACATGGACATC
AAACAGGAAGAGGAGAAGCTCAGAGAAATAGCAGAGCAAAAGCTAGTGTCATTTTGTGGGCAGATTTTAAAGGACACATCTGAACTTCAACCTGGTCCTGGTGAAGCTGTTGATGCTGATGTGCATCGTGTTCTTGTTTTACGCTCCCCAGTCATTGTTAAGGTGTTGAGTGGGATGTGCATTATGAATAAGAATATTTT
CAAGAGACACCTTGGGGAGTTTTTTCCTTCTGTCACAAAACTTGTGTGCAGTGACCAGATGGATGTGCGGCGGGCATTGGGTGACCTCTTTAAGAAACAGCTAATAGGCCTTTTGCCTTGATTTCACTTTTCAATATTATTGTATCCTGGTTTCAGTTTCCATTATTATTTCATTATTTGGCCATTCTTTGGCATTAGAA
GATCTGTAGTCCCTGAGAAGTGTTTTCCATATTGCCAAGATCATTGTTGGTTCTCTAAGATAAGGACACCTTGGTGTCATTTCTTAGACGAGGATATAGCCAGTTTACATGTCTAGATAGTGTCTAGCGATGCACGCCAAGGTAGCACTTGTCCTTCAAAAGTTTTGATTACCTTCAATGGTCCTCCATTTATTTGCTTT
TGTTACACATCTCTCAAAATTAGGGAACTGCAAGAATATGCCTTGTTTTAAGGGTGAAGAGATGCTCTAGATAGTAATTCTTTTATCTAAAATTTAAATAGGTTGTGAGGTTCTGCCTACATCATCATGGTAGTGCCAATTGTAGTTTTATGTCTTCCATCAATTACAAGCGTACCGTTCTTATTCTCAATTTGAGGCTC
TCCATTTGGTTGTAAATGAATTTAGCAGTCCGTGGTCAAATAAGAAGTTCAACATAAACTTATCTAACTGGTACTTTTGTGTTTATAAAGGCATATGTTGAAGAAGAGTTAATGTTACTTGCTAAAAGGGTAATCTCTTGAACCCCTTCATCTTGAGCTATATACTGTCTACATTTTCAGTGAGAA

Intron 5 GTAAAAGTAT ... TATGCATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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A7	20	42	11	10
A8	14.29	18	2	4
A9	18.18	36	6	10
A10	11.54	23	3	3

>TRINITY_DN120921_c0_g1_i5 from sample A3 / Example spliced isoform

ATTTTAATGTTAAATTTTGCGAAAATTTAGCCAAAGTAAGGTTTAATGTATATAGTAATATAAAAATCTTTTACTCTGCCTACAGTCCCGGATTTCCAATAATAATAAGAAAAGTCTCTAGAATCCGGACATAGGCAGTCAAAACAGTGGCTCAAATAAAACTCTTTTGCAAGTGAGAGGAGTATAAATGAATATTTCAC
TAAATTGTGATAACAGGTCGGATGCTACGGTTGAAAGTTGGCATTTCGATTATCGTTAGCAATGAACAGAGGCCTCATACGAAACACATGAAGCCTTTAGGTTGGTTTGATTGCAACACATGCATTTGAGATCGATAAGCGTCTCTCATTTATATAATACTGCCAGCGATTCTTCCGCCATCTTCCTACGCCTGCCCGGA
TCCTTTGTTTCTGCACTTCAAATTTTGGGATTCGAAGCTCGAAGGTTTCGACCGCCATGCTATAACTGTGTGGACCGGAATGGGATCGATTACCAGTGAAAAATTTGATTAGATTGTAGAGGCGTTAAATTTGGGGTTTTGGGTGTTTTGGTGGGAAACCTTAGGGCTTATACTCTGTAGATCCTTCCTTGATAATTGGC
ACTGTTTTAGTACCTGGCATTCTGCGGGAGTTATACCGATCCAGATCTCTGTGCTGGAGCTGGATTTTCGGTGGATCTGCGTGTTTGCTAGCCCCGCAATCGCGGCATCTCAGCCACCGGAGTGACTTTATATTCTATCGGGGCCTATAGTGTATGGGAGTTGAACTCTCGACCGTTAGTTGGGGAATGCTACCAATTGA
TCATGTGCTTAAACTGTTAGCCCTTGGCTGGGAATTGAGACTTACTTTTTTAACCCCTGCATTAAAGGGAAGATCACTCAATGATTCTGATTACTGGTCCATTAAAACGCCGATGGGGCGAAAGATGAGTTAAGGAGTGGAGAAAGTAATTGCCCTTGACATTGCCTATAATTTTCTGCACTCTCGAGGGTACCTCATGT
GGCACTACTATTAAAGTTCTGCTACGTATTCGGATTAAATCGCACAAGTGGGAGAACTTAGAAGTCTTCCGAAAGGATACACACGATTGTTGTGGAATATGATTAGAAGAGTCATTGCTTGCAGTGAAAGCTGCATATGTTTTTTGCAAGCGTGAAACGAACCATATTTCATGATTCCGAGGTAGGGATTGCTCTAAAAT
GTCAAGTTTTAGGATTGTTCAGTTCTACGGAATCGTAAAGCACCTAAAGATTGATTGTATACATGCCAAAGAAGATAAATGTATACCAAACAGGTGCAATCAAAGCTACAGCTACAATCTTGAGATTTGGATTTGAAAAGCCTCTGGACTATATCAATTTTCAAGTTGGATGATGAGACGGCACACTCAGAATTAGGGGC
AATGTAAAAACAACACTCCCAAGAGCAAGAGGCTGAAAATAACATTTGATTATTTTAATTCAATGGCTGGAGCTGCAGGTAGCTTTGTTACCCGGTCGTTTGAATGCATGCTGAAAGAGTCTACGGGAAAGAAGTATGGGAATCTTCAAAAGGCTCTTAAATCATACTTAGAGAGTTCGAAGGAAATAGGTCACCAGCCC
TCATCTCAACGGGACCAATCTACAACAAATATAGCAACAGATGAAAAGGATGGGGAAAATTCGACACAAGAGGAAGCAGATACCACAGCTTCTCAATCAAGCATGTCTGCTGTTACTGGAGAGGATCACCAGCCCCAAAATTTGAGTACAAGTGAAGCGATTTCAGCAACACTGTCAACTGCTGGTCATACATTAGAAGG
ATCAGAAGCAGAGCTTGTCCTTCAGCCACTCAGGCTTGCATTTGAGACAAAGAATCCAAAGCTCGTTGAACCTGCTCTTGATTGTCTTCATAAGCTTATAGCGTATGAGCATTTGGAAGGTGATGGTGGTCTAGAAGGTGGTAAGAATGGTGCAATATTTACTGACATCATAAACATGGTCTGTGGTTGCGTGGATAATG
CAGCACCGGACAGCACTGTTCTGCAAGTTTTGAAGGTGCTTCTAACTGCTGTGGCTTCAACAAAGTTCAGAGTTCATGGAGAGTGTCTGCTATGTGTGATACGCACATGCTATAATATTGCACTTAACAGCAAGAGTGCAATAAATCAGGCTACATCAAAGGCTATGCTCACTCAAATGATCAGCACTGTCTTCAGGAGG
ATGGAATCTGATGAAAAGAATCAGGGTTGTGTTCCTCTTCCTAGAGCAAACACATTCGATCTTCCCATTCATTCTGCAACTGGCCCTCCTATACAGGACAATGATTCCAACTCAGAAACATTTAAACAGGAAAGTCAAGAAATTGTGTCGGAGAGCTCCTCTGATCAAGATGGCAAAGATGCAGGAGCTATAACACTAGG
AGATGCTCTTTCCCTGGACAGATTGAGAGATGAAGCCCTTGTATCTGTAGAGGAACTCCAACATCTTGCTGGAGGTGCAGATATAAAGGGTTTGGAGGCTGCTTTAGATAAGGCTGTCAATTCAGAAGATAGTAAGAGGACAGCAGGAGGAATTGATCTGGAAAGCATGAGTGTATGGCAACAGGATGCTTTACTGGTTT
TCCGGACCCTCTGCAAGATGTCTTTGAAGGAAGAGACTGATGAGTTTGTTACAAAAATGAAGCTTATTTCACTTGAGCTGCTTCAGGGATTGTTAGAAGGTGTTAGTCCCTCTTTCACTGTCAATTTCCATTTTATTGACTCAGTCAGAACCTACCTTTCATATGCATTACTCAGGGCATGTGTTTCCCCATCTTCTTCA
ATTTTTCAGTATGCTTCTGGTATCTTCACTGTCTTATTACTGAGGTTCAGAGAAGGCTTGAAGGTAGAAATTGGCATATTTTTCCCATTGATTATTCTGCGATCCCTTGACAGTTCAGACAGTCCTCTTCATCAAAGGACATGTATTCTCAGGATGCTTGAAAAAGTCTGCAAGGACTCTCAGATGCTGGCAGATATATT
TGTGAATTATGACTGTGATCTAGAGGCTACCAATCTGTTTGAGCGAATGGTCAATGCTCTGTCGAGGATTGCACAGGGTACGCTAAATACAGATCCCAGCTCCATAACTCTTGCACAGAACACTTCCATAAAAGTATCATCACTACAGTGTCTTGTGAATGTGCTAAAATCACTAGTAATATGGGCAAATGATCGTCAAG
TATCGAAGGAGCATACGATATATTCTACACTTTCTGAAAAGGAGTCTAGCTCAGCTGGCACTGTGCCAACTGATGAACTTAGGATCAAAGACGACATACCTAGTCAATTTGAAAAGGCCAAGGCTCATAAATCAACATTGGAAGCTGCCATTGCAGAGTTCAATAGGAAGGCTAATAAAGGTGTTGACTATCTTCTGTCT
AATATGTTGGTTGAGAAGACACCCCCTGCGGTAGCACATTTTCTAAGAACAACACCTGGCCTGGATAAGGCAATGATAGGTGACTTTTTGGGTCAACATGAAGAATTCCCTCTTGCTGTTATGCATGCTTATGTAGACGCAATGAACTTTGCCGGCATGAAGTTTGATAGAGCGATTCGTGAGTTTCTTAAAGGATTTCG
TCTACCCGGTGAAGCTCAAAAGATTGATCGTATTATGGAGAAATTCGCAGAGCGGTATTGTCGGGATAATCCAGGACTCTTCAAGAATGCTGATACAGCTTACATACTTGCATATGCAGTAATAATGCTAAATACAGATGCACACAATCCTATGGTGTGGCCAAAAATGTCAAAAGCTGATTTTGTTCGGATGAACTCAA
CAAGTGATGCCGAAGAATGTGCTCCCAAGGAGCTGTTGGAAGAAATTTATGATTCTGTATTGAAAGAGGAGATAAAGATGAAAGATGACAATGTTGATTCAGGCAAAAGTAGTAAGCAAAAGCCAGATGCTGAGGAGAGAGGCCGGATTGTTACTATACTGAATTTGGCCATGCCAAGACTAAAGGCAGCAGATGACACA
AAGAAGGAAAGTGAGGAAATTGTTAAGCGCACACAAGCCTTTTTTAAGAAGGGTGGGGCAAAGAGGGGTGTATTCTACACTGCTCAACAGATGGAACTTGTGAGACCTATGCTCGAGGCTGTAGGATGGCCTTTACTTGCGGCATTTTCTGTCACAATGGAGGACAGTGATAACAAGCCTAGGGTTCTTCTTTGTATGGA
GGGATTTAGATTAGGCATCCATCTTACAATGGTGCTTGGCATGTATACCATGCGATATGCTTTCTTGACATCTTTAGTAAGGTTTACATTTCTCCATGCACCAAAAGAGATGCGGAGCAAAAATGTAGAGGCTCTACGGACCTTGCTGATATTGTGCGACAGTGAGACTGATGCATTGCAGGATACTTGGAATGCTGTCT
TAGAATGTGTTTCAAGGCTTGAGTATATCACATCAACACCTTCTATTGCTGCAACGGTTATGCATGGTTCAAATCAGATATCTAGGGATGCTTTGCTTCAGTCACTAAAAGAACTTACTGGAAAACCAACTGAACATGTATTTGTGAATAGTGTAAAGTTACCAAGTGATGCAATTGTGGAGTTTTTCACAGCTTTATGT
GGTGTTTCGGCTGAAGAACTAAAACAAACCCCTGCCCGGGTTTTTAGTCTACAAAAACTTGTTGAGATAAGTTACTACAACATGGCCCGGATACGCATGGTTTGGGCTAGAATATGGTCAGTTCTCTCACATCACTTTATCTCAGCGGGAAGCCATCATGATGAGAAGATTGCCATGTATGCAATTGACTCGCTAAGACA
GCTTGGTATGAAATATTTGGAGAGGGAAGAACTTGCTAAGTTTACCTTTCAGAATGATATCTTGAAACCATTTGTTATCCTCATGCGAAATAGTAGAAGTGCAACTATTCGTACTCTCATTGTTGACTGCATTGTTCAGATGATCAAATCGAAGGTTGGTAGCATTAAATCTGGCTGGAGAAGTGTGTTTATGATATTTA
CAGCTGCAGCTGATGATGAAACAGAGTCCATTGCTGAAAGTGCATTTGAGAACGTGGAGCAAGTGGTCTTAGAACACTTTGATCAGGTTGTGGGGGATTGCTTTATGGACTGTGTCAACTGTCTTATTGGATTTGCTAACAATAAAAGCTGTCCCAGAATTAGCTTGAAGGCCATTGCTCTGCTTCGTATTTGTGAAGAC
CGGCTAGCGGAGGGCCTAATTCCAGGCGGGGCCCTGAAACCTGTGGAAGTTATTGGCACAGATGCAGACACTGATGTAACAGAACATTATTGGTTTCCAATGCTTGCGGGATTGTCAGATTTAACCTCTGATCCTCGGACAGAAGTGAGAAACTGTGCACTTGAGGTGCTTTTTGATCTGCTGAAGGAGAGAGGTCACAA
ATTCTCATCAGCATTCTGGGAGAATGTATTTCATCGTGTATTGTTCCCCATATTTGATCAAGTGAGACATGCAGGAAAGGATGGCAATCTGCCCTCTTCTGGGGATCAGTGGCTTCATGAAACATGTATTCATTCCCTTCAACTGCTTTGTGATCTCTTCAGCAGCTTCTACAAGGAGGTTTCTTTTATGCTACCATCCC
TGCTGGCACTGTTGTTAGATTGTGCTAAAAAGCCAGACCAAGCTGTAGCATCAATCTCTTGTGGTGCTTTGGTACATCTTATAAAGGTTGGAGGTCATCAATTCAATGATAAGGATTGGGATACTTTATTGACAAGCATTCGCGATGCATCCTACACAACACAACCCTTAGAACTATTGAACACACAGGGTTTTGATTAT
ACAAGGAAAATTATGAAAGGAGATCGAACTCCATCTACAACTGCTACTGATGGTGCAGGGTCAGATGGAGACACTTATAGCTATGAGAACGGAAATTCATTTGCCAGTACGCAAAGAATTAGTAATAGTGTTGTTCAGAGACACCAAAATCTCTCTGGCGTGGAAGTGTGGGTTCCAGATGGCCAAGGGAGGTCAAACCT
TGAGGATTCTGAAGGCATGTCATCATCATCAGTGGATGTAAGGTCGCCCAGAGAAAATCTGTCTAAAAATCAAACCCTTGGCCAAAAAATTATGGGAAACATGATGGATACACTTCTGCTTAAGAATCTTACTTTTAAGCAAAAGGGACGCGCAGGAGATATTCTAGTTCCGACATCTCCTACTCAGCAGGTACCTGATA
TTGTAGAGCCATCCCCTATGGAGAGTGAAGAGAACCCTTTATTGACATGTATAAGAGGGAAATGCATTACTCAACTTTTATTGCTGGGTGCAATTGACTGTATCCAGAAAAACCATTGGAATAGATTACAGCGCTCTCACAAGATCGTAATAATGGATATATTGCTATCTATTTTGGACTTTGCGGCTTCTTATAATTCA
TCTGCAAATCTTAGGATGCGAATGCATCAGATTCCAGCTGACAGGTTGCCTGTCAATATTCTACGTCAGGAAATTGAAGGAACACGCATCTATTTGGAAGTATTACAGAAGAGTACTGGGCAGCATAACACAAATGGTGAAGATTTAAAAAATAATATTTCAAATATAGATTATTCATCTGCAGCGAATGTATCCAATCA
CATGGACATCAAACAGGAAGAGGAGAAGCTCAGAGAAATAGCAGAGCAAAAGCTAGTGTCATTTTGTGGGCAGATTTTAAAGGACACATCTGAACTTCAACCTGGTCCTGGTGAAGCTGTTGATGCTGATGTGCATCGTGTTCTTGTTTTACGCTCCCCAGTCATTGTTAAGGTGTTGAGTGGGATGTGCATTATGAATA
AGAATATTTTCAAGAGACACCTTGGGGAGTTTTTTCCTTCTGTCACAAAACTTGTGTGCAGTGACCAGGTATTTTCTTCAATTTTGCATTTAATAATGTTTTCTGTTTTCATTTAGATCTTAAGGGAATTTTCACTCATTTTTTTTTGCTGTGGTTGTTTATTACTGTACTCATTGTC

>TRINITY_DN120921_c0_g1_i9 from sample A3 / Example unspliced isoform:

ATTTTAATGTTAAATTTTGCGAAAATTTAGCCAAAGTAAGGTTTAATGTATATAGTAATATAAAAATCTTTTACTCTGCCTACAGTCCCGGATTTCCAATAATAATAAGAAAAGTCTCTAGAATCCGGACATAGGCAGTCAAAACAGTGGCTCAAATAAAACTCTTTTGCAAGTGAGAGGAGTATAAATGAATATTTCAC
TAAATTGTGATAACAGGTCGGATGCTACGGTTGAAAGTTGGCATTTCGATTATCGTTAGCAATGAACAGAGGCCTCATACGAAACACATGAAGCCTTTAGGTTGGTTTGATTGCAACACATGCATTTGAGATCGATAAGCGTCTCTCATTTATATAATACTGCCAGCGATTCTTCCGCCATCTTCCTACGCCTGCCCGGA
TCCTTTGTTTCTGCACTTCAAATTTTGGGATTCGAAGCTCGAAGGTTTCGACCGCCATGCTATAACTGTGTGGACCGGAATGGGATCGATTACCAGTGAAAAATTTGATTAGATTGTAGAGGCGTTAAATTTGGGGTTTTGGGTGTTTTGGTGGGAAACCTTAGGGCTTATACTCTGTAGATCCTTCCTTGATAATTGGC
ACTGTTTTAGTACCTGGCATTCTGCGGGAGTTATACCGATCCAGATCTCTGTGCTGGAGCTGGATTTTCGGTGGATCTGCGTGTTTGCTAGCCCCGCAATCGCGGCATCTCAGCCACCGGAGTGACTTTATATTCTATCGGGGCCTATAGTGTATGGGAGTTGAACTCTCGACCGTTAGTTGGGGAATGCTACCAATTGA
TCATGTGCTTAAACTGTTAGCCCTTGGCTGGGAATTGAGACTTACTTTTTTAACCCCTGCATTAAAGGGAAGATCACTCAATGATTCTGATTACTGGTCCATTAAAACGCCGATGGGGCGAAAGATGAGTTAAGGAGTGGAGAAAGTAATTGCCCTTGACATTGCCTATAATTTTCTGCACTCTCGAGGGTACCTCATGT
GGCACTACTATTAAAGTTCTGCTACGTATTCGGATTAAATCGCACAAGTGGGAGAACTTAGAAGTCTTCCGAAAGGATACACACGATTGTTGTGGAATATGATTAGAAGAGTCATTGCTTGCAGTGAAAGCTGCATATGTTTTTTGCAAGCGTGAAACGAACCATATTTCATGATTCCGAGGTAGGGATTGCTCTAAAAT
GTCAAGTTTTAGGATTGTTCAGTTCTACGGAATCGTAAAGCACCTAAAGATTGATTGTATACATGCCAAAGAAGATAAATGTATACCAAACAGGTGCAATCAAAGCTACAGCTACAATCTTGAGATTTGGATTTGAAAAGCCTCTGGACTATATCAATTTTCAAGTTGGATGATGAGACGGCACACTCAGAATTAGGGGC
AATGTAAAAACAACACTCCCAAGAGCAAGAGGCTGAAAATAACATTTGATTATTTTAATTCAATGGCTGGAGCTGCAGGTAGCTTTGTTACCCGGTCGTTTGAATGCATGCTGAAAGAGTCTACGGGAAAGAAGTATGGGAATCTTCAAAAGGCTCTTAAATCATACTTAGAGAGTTCGAAGGAAATAGGTCACCAGCCC
TCATCTCAACGGGACCAATCTACAACAAATATAGCAACAGATGAAAAGGATGGGGAAAATTCGACACAAGAGGAAGCAGATACCACAGCTTCTCAATCAAGCATGTCTGCTGTTACTGGAGAGGATCACCAGCCCCAAAATTTGAGTACAAGTGAAGCGATTTCAGCAACACTGTCAACTGCTGGTCATACATTAGAAGG
ATCAGAAGCAGAGCTTGTCCTTCAGCCACTCAGGCTTGCATTTGAGACAAAGAATCCAAAGCTCGTTGAACCTGCTCTTGATTGTCTTCATAAGCTTATAGCGTATGAGCATTTGGAAGGTGATGGTGGTCTAGAAGGTGGTAAGAATGGTGCAATATTTACTGACATCATAAACATGGTCTGTGGTTGCGTGGATAATG
CAGCACCGGACAGCACTGTTCTGCAAGTTTTGAAGGTGCTTCTAACTGCTGTGGCTTCAACAAAGTTCAGAGTTCATGGAGAGTGTCTGCTATGTGTGATACGCACATGCTATAATATTGCACTTAACAGCAAGAGTGCAATAAATCAGGCTACATCAAAGGCTATGCTCACTCAAATGATCAGCACTGTCTTCAGGAGG
ATGGAATCTGATGAAAAGAATCAGGGTTGTGTTCCTCTTCCTAGAGCAAACACATTCGATCTTCCCATTCATTCTGCAACTGGCCCTCCTATACAGGACAATGATTCCAACTCAGAAACATTTAAACAGGAAAGTCAAGAAATTGTGTCGGAGAGCTCCTCTGATCAAGATGGCAAAGATGCAGGAGCTATAACACTAGG
AGATGCTCTTTCCCTGGACAGATTGAGAGATGAAGCCCTTGTATCTGTAGAGGAACTCCAACATCTTGCTGGAGGTGCAGATATAAAGGGTTTGGAGGCTGCTTTAGATAAGGCTGTCAATTCAGAAGATAGTAAGAGGACAGCAGGAGGAATTGATCTGGAAAGCATGAGTGTATGGCAACAGGATGCTTTACTGGTTT
TCCGGACCCTCTGCAAGATGTCTTTGAAGGAAGAGACTGATGAGTTTGTTACAAAAATGAAGCTTATTTCACTTGAGCTGCTTCAGGGATTGTTAGAAGGTGTTAGTCCCTCTTTCACTGTCAATTTCCATTTTATTGACTCAGTCAGAACCTACCTTTCATATGCATTACTCAGGGCATGTGTTTCCCCATCTTCTTCA
ATTTTTCAGTATGCTTCTGGTATCTTCACTGTCTTATTACTGAGGTTCAGAGAAGGCTTGAAGGTAGAAATTGGCATATTTTTCCCATTGATTATTCTGCGATCCCTTGACAGTTCAGACAGTCCTCTTCATCAAAGGACATGTATTCTCAGGATGCTTGAAAAAGTCTGCAAGGACTCTCAGATGCTGGCAGATATATT
TGTGAATTATGACTGTGATCTAGAGGCTACCAATCTGTTTGAGCGAATGGTCAATGCTCTGTCGAGGATTGCACAGGGTACGCTAAATACAGATCCCAGCTCCATAACTCTTGCACAGAACACTTCCATAAAAGTATCATCACTACAGTGTCTTGTGAATGTGCTAAAATCACTAGTAATATGGGCAAATGATCGTCAAG
TATCGAAGGAGCATACGATATATTCTACACTTTCTGAAAAGGAGTCTAGCTCAGCTGGCACTGTGCCAACTGATGAACTTAGGATCAAAGACGACATACCTAGTCAATTTGAAAAGGCCAAGGCTCATAAATCAACATTGGAAGCTGCCATTGCAGAGTTCAATAGGAAGGCTAATAAAGGTGTTGACTATCTTCTGTCT
AATATGTTGGTTGAGAAGACACCCCCTGCGGTAGCACATTTTCTAAGAACAACACCTGGCCTGGATAAGGCAATGATAGGTGACTTTTTGGGTCAACATGAAGAATTCCCTCTTGCTGTTATGCATGCTTATGTAGACGCAATGAACTTTGCCGGCATGAAGTTTGATAGAGCGATTCGTGAGTTTCTTAAAGGATTTCG
TCTACCCGGTGAAGCTCAAAAGATTGATCGTATTATGGAGAAATTCGCAGAGCGGTATTGTCGGGATAATCCAGGACTCTTCAAGAATGCTGATACAGCTTACATACTTGCATATGCAGTAATAATGCTAAATACAGATGCACACAATCCTATGGTGTGGCCAAAAATGTCAAAAGCTGATTTTGTTCGGATGAACTCAA
CAAGTGATGCCGAAGAATGTGCTCCCAAGGAGCTGTTGGAAGAAATTTATGATTCTGTATTGAAAGAGGAGATAAAGATGAAAGATGACAATGTTGATTCAGGCAAAAGTAGTAAGCAAAAGCCAGATGCTGAGGAGAGAGGCCGGATTGTTACTATACTGAATTTGGCCATGCCAAGACTAAAGGCAGCAGATGACACA
AAGAAGGAAAGTGAGGAAATTGTTAAGCGCACACAAGCCTTTTTTAAGAAGGGTGGGGCAAAGAGGGGTGTATTCTACACTGCTCAACAGATGGAACTTGTGAGACCTATGCTCGAGGCTGTAGGATGGCCTTTACTTGCGGCATTTTCTGTCACAATGGAGGACAGTGATAACAAGCCTAGGGTTCTTCTTTGTATGGA
GGGATTTAGATTAGGCATCCATCTTACAATGGTGCTTGGCATGTATACCATGCGATATGCTTTCTTGACATCTTTAGTAAGGTTTACATTTCTCCATGCACCAAAAGAGATGCGGAGCAAAAATGTAGAGGCTCTACGGACCTTGCTGATATTGTGCGACAGTGAGACTGATGCATTGCAGGATACTTGGAATGCTGTCT
TAGAATGTGTTTCAAGGCTTGAGTATATCACATCAACACCTTCTATTGCTGCAACGGTTATGCATGGTTCAAATCAGATATCTAGGGATGCTTTGCTTCAGTCACTAAAAGAACTTACTGGAAAACCAACTGAACATGTATTTGTGAATAGTGTAAAGTTACCAAGTGATGCAATTGTGGAGTTTTTCACAGCTTTATGT
GGTGTTTCGGCTGAAGAACTAAAACAAACCCCTGCCCGGGTTTTTAGTCTACAAAAACTTGTTGAGATAAGTTACTACAACATGGCCCGGATACGCATGGTTTGGGCTAGAATATGGTCAGTTCTCTCACATCACTTTATCTCAGCGGGAAGCCATCATGATGAGAAGATTGCCATGTATGCAATTGACTCGCTAAGACA
GCTTGGTATGAAATATTTGGAGAGGGAAGAACTTGCTAAGTTTACCTTTCAGAATGATATCTTGAAACCATTTGTTATCCTCATGCGAAATAGTAGAAGTGCAACTATTCGTACTCTCATTGTTGACTGCATTGTTCAGgtaaaagtatgtgtctgtgatgcttattatccaacagcagtggataggcctatatgtgttc
agaatagttctaaatggaagtataagatctttaattactttttcccatttgtatgtatctagtagctattaatatgggagttactatgcatcagATGATCAAATCGAAGGTTGGTAGCATTAAATCTGGCTGGAGAAGTGTGTTTATGATATTTACAGCTGCAGCTGATGATGAAACAGAGTCCATTGCTGAAAGTGCAT
TTGAGAACGTGGAGCAAGTGGTCTTAGAACACTTTGATCAGGTTGTGGGGGATTGCTTTATGGACTGTGTCAACTGTCTTATTGGATTTGCTAACAATAAAAGCTGTCCCAGAATTAGCTTGAAGGCCATTGCTCTGCTTCGTATTTGTGAAGACCGGCTAGCGGAGGGCCTAATTCCAGGCGGGGCCCTGAAACCTGTG
GAAGTTATTGGCACAGATGCAGACACTGATGTAACAGAACATTATTGGTTTCCAATGCTTGCGGGATTGTCAGATTTAACCTCTGATCCTCGGACAGAAGTGAGAAACTGTGCACTTGAGGTGCTTTTTGATCTGCTGAAGGAGAGAGGTCACAAATTCTCATCAGCATTCTGGGAGAATGTATTTCATCGTGTATTGTT
CCCCATATTTGATCAAGTGAGACATGCAGGAAAGGATGGCAATCTGCCCTCTTCTGGGGATCAGTGGCTTCATGAAACATGTATTCATTCCCTTCAACTGCTTTGTGATCTCTTCAGCAGCTTCTACAAGGAGGTTTCTTTTATGCTACCATCCCTGCTGGCACTGTTGTTAGATTGTGCTAAAAAGCCAGACCAAGCTG
TAGCATCAATCTCTTGTGGTGCTTTGGTACATCTTATAAAGGTTGGAGGTCATCAATTCAATGATAAGGATTGGGATACTTTATTGACAAGCATTCGCGATGCATCCTACACAACACAACCCTTAGAACTATTGAACACACAGGGTTTTGATTATACAAGGAAAATTATGAAAGGAGATCGAACTCCATCTACAACTGCT
ACTGATGGTGCAGGGTCAGATGGAGACACTTATAGCTATGAGAACGGAAATTCATTTGCCAGTACGCAAAGAATTAGTAATAGTGTTGTTCAGAGACACCAAAATCTCTCTGGCGTGGAAGTGTGGGTTCCAGATGGCCAAGGGAGGTCAAACCTTGAGGATTCTGAAGGCATGTCATCATCATCAGTGGATGTAAGGTC
GCCCAGAGAAAATCTGTCTAAAAATCAAACCCTTGGCCAAAAAATTATGGGAAACATGATGGATACACTTCTGCTTAAGAATCTTACTTTTAAGCAAAAGGGACGCGCAGGAGATATTCTAGTTCCGACATCTCCTACTCAGCAGGTACCTGATATTGTAGAGCCATCCCCTATGGAGAGTGAAGAGAACCCTTTATTGA
CATGTATAAGAGGGAAATGCATTACTCAACTTTTATTGCTGGGTGCAATTGACTGTATCCAGAAAAACCATTGGAATAGATTACAGCGCTCTCACAAGATCGTAATAATGGATATATTGCTATCTATTTTGGACTTTGCGGCTTCTTATAATTCATCTGCAAATCTTAGGATGCGAATGCATCAGATTCCAGCTGACAGG
TTGCCTGTCAATATTCTACGTCAGGAAATTGAAGGAACACGCATCTATTTGGAAGTATTACAGAAGAGTACTGGGCAGCATAACACAAATGGTGAAGATTTAAAAAATAATATTTCAAATATAGATTATTCATCTGCAGCGAATGTATCCAATCACATGGACATCAAACAGGAAGAGGAGAAGCTCAGAGAAATAGCAGA
GCAAAAGCTAGTGTCATTTTGTGGGCAGATTTTAAAGGACACATCTGAACTTCAACCTGGTCCTGGTGAAGCTGTTGATGCTGATGTGCATCGTGTTCTTGTTTTACGCTCCCCAGTCATTGTTAAGGTGTTGAGTGGGATGTGCATTATGAATAAGAATATTTTCAAGAGACACCTTGGGGAGTTTTTTCCTTCTGTCA
CAAAACTTGTGTGCAGTGACCAGATGGATGTGCGGCGGGCATTGGGTGACCTCTTTAAGAAACAGCTAATAGGCCTTTTGCCTTGATTTCACTTTTCAATATTATTGTATCCTGGTTTCAGTTTCCATTATTATTTCATTATTTGGCCATTCTTTGGCATTAGAAGATCTGTAGTCCCTGAGAAGTGTTTTCCATATTGC
CAAGATCATTGTTGGTTCTCTAAGATAAGGACACCTTGGTGTCATTTCTTAGACGAGGATATAGCCAGTTTACATGTCTAGATAGTGTCTAGCGATGCACGCCAAGGTAGCACTTGTCCTTCAAAAGTTTTGATTACCTTCAATGGTCCTCCATTTATTTGCTTTTGTTACACATCTCTCAAAATTAGGGAACTGCAAGA
ATATGCCTTGTTTTAAGGGTGAAGAGATGCTCTAGATAGTAATTCTTTTATCTAAAATTTAAATAGGTTGTGAGGTTCTGCCTACATCATCATGGTAGTGCCAATTGTAGTTTTATGTCTTCCATCAATTACAAGCGTACCGTTCTTATTCTCAATTTGAGGCTCTCCATTTGGTTGTAAATGAATTTAGCAGTCCGTGG
TCAAATAAGAAGTTCAACATAAACTTATCTAACTGGTACTTTTGTGTTTATAAAGGCATATGTTGAAGAAGAGTTAATGTTACTTGCTAAAAGGGTAATCTCTTGAACCCCTTCATCTTGAGCTATATACTGTCTACATTTTCAGTGAGAAACAGTCGCATTGTGTTCCTCTACATGGAATTGCTAACTTGTACCTGGGA
TATGTCGTTTTTGTAAAATTGTATGTGGCTGTTTAACATATTTTTGAAGTGTCTATGTGCGAATGTAGAAGCTTTTATTTGAAACCTGGCAAGGGGAAAAACCGCATTAAGAGGTTTCATTTATGTGTTTTGCATTGAAGCTTTCACTAGCCAGTTTTTATTTATGCTCAAATATTTCCTTTGACTCCCAATATCAGAGG
CTGTTATAGGGGGTTGTATGCAAGCACAAATGATCAAGCTATGCTATCATGTCTTCAGAAATTCAATGGCATCATAATTTGTTTCTTAGGAGGGCTGACACTTGGAGGCTAAACAATTTTTCAGTATCTAGAATTGTTATTATGGCGTTTTATATTCCTATCTGGTAAAGGAAGTTCCAATATCACGAGTGATTATGAAG
GCATTGCGTCGTCTCTTGCAAAAGTGATTATTCTGTTCTTTTTGTTGGAACCTTTCAGATGGAAGGAGGAAGAATGAAGATTATAATTAAAGCTAGTCTCTGGAATTTCTAGTAGTTGATTCAATTTGTCACCAGTGTAAAATATAGCTGGAAAAATTAGAGTTCAAGGAGATAGGCTCTCTACTTGTTTTATTGTAGAT
CTCATGATTGTCTTTCTTCATTTTCTGCCATTCTGAAGTTTGCTTCTCGCTGTGAAACAAAGGGCAACTAAGAATGTTTTTCTTTCCGCTTTTTAATGTTGTGACAGTAAAGCAAGGTGAAGAGTGCCTACGCACACCACTTTATTATAAACTTGTTGATTCTTTTCTTTTGGTTATATGAATG

Intron 6 GTGGTGATTT ... TTGTGCACAG

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>TRINITY_DN122209_c4_g1_i7 from sample A2 / Example spliced isoform

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TGATTGCAACACATGCATTTGAGATCGATAAGCGTCTCTCATTTATATAATACTGCCAGCGATTCTTCCGCCATCTTCCTACGCCTGCCCGGATCCTTTGTTTCTGCACTTCAAATTTTGGGATTCGAAGCTCGAAGGTTTCGACCGCCATGCTATAACTGTGTGGACCGGAATGGGATCGATTACCAGTGAAAAATTTG
ATTAGATTGTAGAGGCGTTAAATTTGGGGTTTTGGGTGTTTTGGTGGGAAACCTTAGGGCTTATACTCTGTAGATCCTTCCTTGATAATTGGCACTGTTTTAGTACCTGGCATTCTGCGGGAGTAATACCGATCCAGATCTCTGTGCTGGAGCTGGATTTTCGGTGGATCTGCGTGTTTGCTAGCCCCGCAATCGCGGCA
TCTCAGCCACCGGAGTGACTTTATATTCTATCGGGGCCTATAGTGTATGGGAGTTGAACTCTCGACCGTTAGTTGGGGAATGCTACCAATTGATCATGTGCTTAAACTGTTAGCCCTTGGCTGGGAATTGAGACTTACTTTTTTAACCCCTGCATTAAAGGGAAGATCACTCAATGATTCTGATTACTGGTCCATTAAAA
CGCCGATGGGGCGAAAGATGAGTTAAGGAGTGGAGAAAGTAATTGCCCTTGACATTGCCTATAATTTTCTGCACTCTCGAGGGTACCTCATGTGGCACTACTATTAAAGTTCTGCTACGTATTCGGATTAAATCGCACAAGTGGGAGAACTTAGAAGTCTTCCGAAAGGATACACACGATTGTTGTGGAATATGATTAGA
AGAGTCATTGCTTGCAGTGAAAGCTGCATATGTTTTTTGCAAGCGTGAAACGAACCATATTTCATGATTCCGAGGTAGGGATTGCTCTAAAATGTCAAGTTTTAGGATTGTTCAGTTCTACGGAATCGTAAAGCACCTAAAGATTGATTGTATACATGCCAAAGAAGATAAATGTATACCAAACAGGTGCAATCAAAGCT
ACAGCTACAATCTTGAGATTTGGATTTGAAAAGCCTCTGGACTATATCAATTTTCAAGTTGGATGATGAGACGGCACACTCAGAATTAGGGGCAATGTAAAAACAACACTCCCAAGAGCAAGAGGCTGAAAATAACATTTGATTATTTTAATTCAATGGCTGGAGCTGCAGGTAGCTTTGTTACCCGGTCGTTTGAATGC
ATGCTGAAAGAGTCTACGGGAAAGAAGTATGGGAATCTTCAAAAGGCTCTTAAATCATACTTAGAGAGTTCGAAGGAAATAGGTCACCAGCCCTCATCTCAACGGGACCAATCTACAACAAATATAGCAACAGATGAAAAGGATGGGGAAAATTCGACACAAGAGGAAGCAGATACCACAGCTTCTCAATCAAGCATGTC
TGCTGTTACTGGAGAGGATCACCAGCCCCAAAATTTGAGTACAAGTGAAGCGATTTCAGCAACACTGTCAACTGCTGGTCATACATTAGAAGGATCAGAAGCAGAGCTTGTCCTTCAGCCACTCAGGCTTGCATTTGAGACAAAGAATCCAAAGCTCGTTGAACCTGCTCTTGATTGTCTTCATAAGCTTATAGCGTATG
AGCATTTGGAAGGTGATGGTGGTCTAGAAGGTGGTAAGAATGGTGCAATATTTACTGACATCATAAACATGGTCTGTGGTTGCGTGGATAATGCAGCACCGGACAGCACTGTTCTGCAAGTTTTGAAGGTGCTTCTAACTGCTGTGGCTTCAACAAAGTTCAGAGTTCATGGAGAGTGTCTGCTATGTGTGATACGCACA
TGCTATAATATTGCACTTAACAGCAAGAGTGCAATAAATCAGGCTACATCAAAGGCTATGCTCACTCAAATGATCAGCACTGTCTTCAGGAGGATGGAATCTGATGAAAAGAATCAGGGTTGTGTTCCTCTTCCTAGAGCAAACACATTCGATCTTCCCATTCATTCTGCAACTGGCCCTCCTATACAGGACAATGATTC
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CTCTTGCACAGAACACTTCCATAAAAGTATCATCACTACAGTGTCTTGTGAATGTGCTAAAATCACTAGTAATATGGGCAAATGATCGTCAAGTATCGAAGGAGCATACGATATATTCTACACTTTCTGAAAAGGAGTCTAGCTCAGCTGGCACTGTGCCAACTGATGAACTTAGGATCAAAGACGACATACCTAGTCAA
TTTGAAAAGGCCAAGGCTCATAAATCAACATTGGAAGCTGCCATTGCAGAGTTCAATAGGAAGGCTAATAAAGGTGTTGACTATCTTCTGTCTAATATGTTGGTTGAGAAGACACCCCCTGCGGTAGCACATTTTCTAAGAACAACACCTGGCCTGGATAAGGCAATGATAGGTGACTTTTTGGGTCAACATGAAGAATT
CCCTCTTGCTGTTATGCATGCTTATGTAGACGCAATGAACTTTGCCGGCATGAAGTTTGATAGAGCGATTCGTGAGTTTCTTAAAGGATTTCGTCTACCCGGTGAAGCTCAAAAGATTGATCGTATTATGGAGAAATTCGCAGAGCGGTATTGTCGGGATAATCCAGGACTCTTCAAGAATGCTGATACAGCTTACATAC
TTGCATATGCAGTAATAATGCTAAATACAGATGCACACAATCCTATGGTGTGGCCAAAAATGTCAAAAGCTGATTTTGTTCGGATGAACTCAACAAGTGATGCCGAAGAATGTGCTCCCAAGGAGCTGTTGGAAGAAATTTATGATTCTGTATTGAAAGAGGAGATAAAGATGAAAGATGACAATGTTGATTCAGGCAAA
AGTAGTAAGCAAAAGCCAGATGCTGAGGAGAGAGGCCGGATTGTTACTATACTGAATTTGGCCATGCCAAGACTAAAGGCAGCAGATGACACAAAGAAGGAAAGTGAGGAAATTGTTAAGCGCACACAAGCCTTTTTTAAGAAGGGTGGGGCAAAGAGGGGTGTATTCTACACTGCTCAACAGATGGAACTTGTGAGACC
TATGCTCGAGGCTGTAGGATGGCCTTTACTTGCGGCATTTTCTGTCACAATGGAGGACAGTGATAACAAGCCTAGGGTTCTTCTTTGTATGGAGGGATTTAGATTAGGCATCCATCTTACAATGGTGCTTGGCATGTATACCATGCGATATGCTTTCTTGACATCTTTAGTAAGGTTTACATTTCTCCATGCACCAAAAG
AGATGCGGAGCAAAAATGTAGAGGCTCTACGGACCTTGCTGATATTGTGCGACAGTGAGACTGATGCATTGCAGGATACTTGGAATGCTGTCTTAGAATGTGTTTCAAGGCTTGAGTATATCACATCAACACCTTCTATTGCTGCAACGGTTATGCATGGTTCAAATCAGATATCTAGGGATGCTTTGCTTCAGTCACTA
AAAGAACTTACTGGAAAACCAACTGAACATGTATTTGTGAATAGTGTAAAGTTACCAAGTGATGCAATTGTGGAGTTTTTCACAGCTTTATGTGGTGTTTCGGCTGAAGAACTAAAACAAACCCCTGCCCGGGTTTTTAGTCTACAAAAACTTGTTGAGATAAGTTACTACAACATGGCCCGGATACGCATGGTAAGGAT
TCGGAGCTCATTGATATATGTTACAAAGACTTTAAATTACCGTTTGTTCTTTCTCTTCTACCTTTGTGAATTGAATAAAGCTTTTAAATTAAGTTGTGTCTTCTACATTCCTATTTTCCCCTTTTCAGGTTTGGGCTAGAATATGGTCAGTTCTCTCACATCACTTTATCTCAGCGGGAAGCCATCATGATGAGAAGATT
GCCATGTATGCAATTGACTCGCTAAGACAGCTTGGTATGAAATATTTGGAGAGGGAAGAACTTGCTAAGTTTACCTTTCAGAATGATATCTTGAAACCATTTGTTATCCTCATGCGAAATAGTAGAAGTGCAACTATTCGTACTCTCATTGTTGACTGCATTGTTCAGATGATCAAATCGAAGGTTGGTAGCATTAAATC
TGGCTGGAGAAGTGTGTTTATGATATTTACAGCTGCAGCTGATGATGAAACAGAGTCCATTGCTGAAAGTGCATTTGAGAACGTGGAGCAAGTGGTCTTAGAACACTTTGATCAGGTTGTGGGGGATTGCTTTATGGACTGTGTCAACTGTCTTATTGGATTTGCTAACAATAAAAGCTGTCCCAGAATTAGCTTGAAGG
CCATTGCTCTGCTTCGTATTTGTGAAGACCGGCTAGCGGAGGGCCTAATTCCAGGCGGGGCCCTGAAACCTGTGGAAGTTATTGGCACAGATGCAGACACTGATGTAACAGAACATTATTGGTTTCCAATGCTTGCGGGATTGTCAGATTTAACCTCTGATCCTCGGACAGAAGTGAGAAACTGTGCACTTGAGGTGCTT
TTTGATCTGCTGAAGGAGAGAGGTCACAAATTCTCATCAGCATTCTGGGAGAATGTATTTCATCGTGTATTGTTCCCCATATTTGATCAAGTGAGACATGCAGGAAAGGATGGCAATCTGCCCTCTTCTGGGGATCAGTGGCTTCATGAAACATGTATTCATTCCCTTCAACTGCTTTGTGATCTCTTCAGCAGCTTCTA
CAAGGAGGTTTCTTTTATGCTACCATCCCTGCTGGCACTGTTGTTAGATTGTGCTAAAAAGCCAGACCAAGCTGTAGCATCAATCTCTTGTGGTGCTTTGGTACATCTTATAAAGGTTGGAGGTCATCAATTCAATGATAAGGATTGGGATACTTTATTGACAAGCATTCGCGATGCATCCTACACAACACAACCCTTAG
AACTATTGAACACACAGGGTTTTGATTATACAAGGAAAATTATGAAAGGAGATCGAACTCCATCTACAACTGCTACTGATGGTGCAGGGTCAGATGGAGACACTTATAGCTATGAGAACGGAAATTCATTTGCCAGTACGCAAAGAATTAGTAATAGTGTTGTTCAGAGACACCAAAATCTCTCTGGCGTGGAAGTGTGG
GTTCCAGATGGCCAAGGGAGGTCAAACCTTGAGGATTCTGAAGGCATGTCATCATCATCAGTGGATGTAAGGTCGCCCAGAGAAAATCTGTCTAAAAATCAAACCCTTGGCCAAAAAATTATGGGAAACATGATGGATACACTTCTGCTTAAGAATCTTACTTTTAAGCAAAAGGGACGCGCAGGAGATATTCTAGTTCC
GACATCTCCTACTCAGCAGGTACCTGATATTGTAGAGCCATCCCCTATGGAGAGTGAAGAGAACCCTTTATTGACATGTATAAGAGGGAAATGCATTACTCAACTTTTATTGCTGGGTGCAATTGACTGTATCCAGAAAAACCATTGGAATAGATTACAGCGCTCTCACAAGATCGTAATAATGGATATATTGCTATCTA
TTTTGGACTTTGCGGCTTCTTATAATTCATCTGCAAATCTTAGGATGCGAATGCATCAGATTCCAGCTGACAGGTTGCCTGTCAATATTCTACGTCAGGAAATTGAAGGAACACGCATCTATTTGGAAGTATTACAGAAGAGTACTGGGCAGCATAACACAAATGGTGAAGATTTAAAAAATAATATTTCAAATATAGAT
TATTCATCTGCAGCGAATGTATCCAATCACATGGACATCAAACAGGAAGAGGAGAAGCTCAGAGAAATAGCAGAGCAAAAGCTAGTGTCATTTTGTGGGCAGATTTTAAAGGACACATCTGAACTTCAACCTGGTCCTGGTGAAGCTGTTGATGCTGATGTGCATCGTGTTCTTGTTTTACGCTCCCCAGTCATTGTTAA
GGTGTTGAGTGGGATGTGCATTATGAATAAGAATATTTTCAAGAGACACCTTGGGGAGTTTTTTCCTTCTGTCACAAAACTTGTGTGCAGTGACCAGATGGATGTGCGGCGGGCATTGGGTGACCTCTTTAAGAAACAGCTAATAGGCCTTTTGCCTTGATTTCACTTTTCAATATTATTGTATCCTGGTTTCAGTTTCC
ATTATTATTTCATTATTTGGCCATTCTTTGGCATTAGAAGATCTGTAGTCCCTGAGAAGTGTTTTCCATATTGCCAAGATCATTGTTGGTTCTCTAAGATAAGGACACCTTGGTGTCATTTCTTAGACGAGGATATAGCCAGTTTACATGTCTAGATAGTGTCTAGCGATGCACGCCAAGGTAGCACTTGTCCTTCAAAA
GTTTTGATTACCTTCAATGGTCCTCCATTTATTTGCTTTTGTTACACATCTCTCAAAATTAGGGAACTGCAAGAATATGCCTTGTTTTAAGGGTGAAGAGATGCTCTAGATAGTAATTCTTTTATCTAAAATTTAAATAGGTTGTGAGGTTCTGCCTACATCATCATGGTAGTGCCAATTGTAGTTTTATGTCTTCCATC
AATTACAAGCGTACCGTTCTTATTCTCAATTTGAGGCTCTCCATTTGGTTGTAAATGAATTTAGCAGTCCGTGGTCAAATAAGAAGTTCAACATAAACTTATCTAACTGGTACTTTTGTGTTTATAAAGGCATATGTTGAAGAAGAGTTAATGTTACTTGCTAAAAGGGTAATCTCTTGAACCCCTTCATCTTGAGCTAT
ATACTGTCTACATTTTCAGTGAGAA

>TRINITY_DN122209_c4_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:

TTTATTCCTAGTCCTGTAAATGTGTCTGCTACAAGGTCCCATTCTTGTACCATACTTGGGGTCTTCCTTTCCTCTGCTATTTGTTACTGACGTCCCCTTTTTGGTAGTAAGTTTGTAACTTGCCATTTTTGAATTTGAGTAACTTCATGATATGCCTAATAATTCTAGATGGAATTAATGGGGGCAATTTAGATGGTTTT
GAACTTGAAGTCCTAACACATGAAAACAACGGTTCTTATTTGTAATTGATGAAAGTATATATTTTAATGTGCTTCTCCAAGATTGTATTCAAAGAATAGTGGTATTGACAGGGATGGGGAAAATTCGACACAAGAGGAAGCAGATACCACAGCTTCTCAATCAAGCATGTCTGCTGTTACTGGAGAGGATCACCAGCCCC
AAAATTTGAGTACAAGTGAAGCGATTTCAGCAACACTGTCAACTGCTGGTCATACATTAGAAGGATCAGAAGCAGAGCTTGTCCTTCAGCCACTCAGGCTTGCATTTGAGACAAAGAATCCAAAGCTCGTTGAACCTGCTCTTGATTGTCTTCATAAGCTTATAGCGTATGAGCATTTGGAAGGTGATGGTGGTCTAGAA
GGTGGTAAGAATGGTGCAATATTTACTGACATCATAAACATGGTCTGTGGTTGCGTGGATAATGCAGCACCGGACAGCACTGTTCTGCAAGTTTTGAAGGTGCTTCTAACTGCTGTGGCTTCAACAAAGTTCAGAGTTCATGGAGAGTGTCTGCTATGTGTGATACGCACATGCTATAATATTGCACTTAACAGCAAGAG
TGCAATAAATCAGGCTACATCAAAGGCTATGCTCACTCAAATGATCAGCACTGTCTTCAGGAGGATGGAATCTGATGAAAAGgtggtgatttttccttctattttactggatatctgctgtgttgtctattttgtcaagtttgatattttgttatcaatggttcttgatatttagttctttgtgcacagAATCAGGGTTG
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AGAAGGCTTGAAGGTAGAAATTGGCATATTTTTCCCATTGATTATTCTGCGATCCCTTGACAGTTCAGACAGTCCTCTTCATCAAAGGACATGTATTCTCAGGATGCTTGAAAAAGTCTGCAAGGACTCTCAGATGCTGGCAGATATATTTGTGAATTATGACTGTGATCTAGAGGCTACCAATCTGTTTGAGCGAATGG
TCAATGCTCTGTCGAGGATTGCACAGGGTACGCTAAATACAGATCCCAGCTCCATAACTCTTGCACAGAACACTTCCATAAAAGTATCATCACTA

Intron 7 GTATCCTGGT ... CCAATATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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A10	76.28	37	119	4

>TRINITY_DN120921_c0_g1_i20 from sample A3 / Example spliced isoform

ATTTTAATGTTAAATTTTGCGAAAATTTAGCCAAAGTAAGGTTTAATGTATATAGTAATATAAAAATCTTTTACTCTGCCTACAGTCCCGGATTTCCAATAATAATAAGAAAAGTCTCTAGAATCCGGACATAGGCAGTCAAAACAGTGGCTCAAATAAAACTCTTTTGCAAGTGAGAGGAGTATAAATGAATATTTCAC
TAAATTGTGATAACAGGTCGGATGCTACGGTTGAAAGTTGGCATTTCGATTATCGTTAGCAATGAACAGAGGCCTCATACGAAACACATGAAGCCTTTAGGTTGGTTTGATTGCAACACATGCATTTGAGATCGATAAGCGTCTCTCATTTATATAATACTGCCAGCGATTCTTCCGCCATCTTCCTACGCCTGCCCGGA
TCCTTTGTTTCTGCACTTCAAATTTTGGGATTCGAAGCTCGAAGGTTTCGACCGCCATGCTATAACTGTGTGGACCGGAATGGGATCGATTACCAGTGAAAAATTTGATTAGATTGTAGAGGCGTTAAATTTGGGGTTTTGGGTGTTTTGGTGGGAAACCTTAGGGCTTATACTCTGTAGATCCTTCCTTGATAATTGGC
ACTGTTTTAGTACCTGGCATTCTGCGGGAGTTATACCGATCCAGATCTCTGTGCTGGAGCTGGATTTTCGGTGGATCTGCGTGTTTGCTAGCCCCGCAATCGCGGCATCTCAGCCACCGGAGTGACTTTATATTCTATCGGGGCCTATAGTGTATGGGAGTTGAACTCTCGACCGTTAGTTGGGGAATGCTACCAATTGA
TCATGTGCTTAAACTGTTAGCCCTTGGCTGGGAATTGAGACTTACTTTTTTAACCCCTGCATTAAAGGGAAGATCACTCAATGATTCTGATTACTGGTCCATTAAAACGCCGATGGGGCGAAAGATGAGTTAAGGAGTGGAGAAAGTAATTGCCCTTGACATTGCCTATAATTTTCTGCACTCTCGAGGGTACCTCATGT
GGCACTACTATTAAAGTTCTGCTACGTATTCGGATTAAATCGCACAAGTGGGAGAACTTAGAAGTCTTCCGAAAGGATACACACGATTGTTGTGGAATATGATTAGAAGAGTCATTGCTTGCAGTGAAAGCTGCATATGTTTTTTGCAAGCGTGAAACGAACCATATTTCATGATTCCGAGGTAGGGATTGCTCTAAAAT
GTCAAGTTTTAGGATTGTTCAGTTCTACGGAATCGTAAAGCACCTAAAGATTGATTGTATACATGCCAAAGAAGATAAATGTATACCAAACAGGTGCAATCAAAGCTACAGCTACAATCTTGAGATTTGGATTTGAAAAGCCTCTGGACTATATCAATTTTCAAGTTGGATGATGAGACGGCACACTCAGAATTAGGGGC
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TCATCTCAACGGGACCAATCTACAACAAATATAGCAACAGATGAAAAGGATGGGGAAAATTCGACACAAGAGGAAGCAGATACCACAGCTTCTCAATCAAGCATGTCTGCTGTTACTGGAGAGGATCACCAGCCCCAAAATTTGAGTACAAGTGAAGCGATTTCAGCAACACTGTCAACTGCTGGTCATACATTAGAAGG
ATCAGAAGCAGAGCTTGTCCTTCAGCCACTCAGGCTTGCATTTGAGACAAAGAATCCAAAGCTCGTTGAACCTGCTCTTGATTGTCTTCATAAGCTTATAGCGTATGAGCATTTGGAAGGTGATGGTGGTCTAGAAGGTGGTAAGAATGGTGCAATATTTACTGACATCATAAACATGGTCTGTGGTTGCGTGGATAATG
CAGCACCGGACAGCACTGTTCTGCAAGTTTTGAAGGTGCTTCTAACTGCTGTGGCTTCAACAAAGTTCAGAGTTCATGGAGAGTGTCTGCTATGTGTGATACGCACATGCTATAATATTGCACTTAACAGCAAGAGTGCAATAAATCAGGCTACATCAAAGGCTATGCTCACTCAAATGATCAGCACTGTCTTCAGGAGG
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TCCGGACCCTCTGCAAGATGTCTTTGAAGGAAGAGACTGATGAGTTTGTTACAAAAATGAAGCTTATTTCACTTGAGCTGCTTCAGGGATTGTTAGAAGGTGTTAGTCCCTCTTTCACTGTCAATTTCCATTTTATTGACTCAGTCAGAACCTACCTTTCATATGCATTACTCAGGGCATGTGTTTCCCCATCTTCTTCA
ATTTTTCAGTATGCTTCTGGTATCTTCACTGTCTTATTACTGAGGTTCAGAGAAGGCTTGAAGGTAGAAATTGGCATATTTTTCCCATTGATTATTCTGCGATCCCTTGACAGTTCAGACAGTCCTCTTCATCAAAGGACATGTATTCTCAGGATGCTTGAAAAAGTCTGCAAGGACTCTCAGATGCTGGCAGATATATT
TGTGAATTATGACTGTGATCTAGAGGCTACCAATCTGTTTGAGCGAATGGTCAATGCTCTGTCGAGGATTGCACAGGGTACGCTAAATACAGATCCCAGCTCCATAACTCTTGCACAGAACACTTCCATAAAAGTATCATCACTACAGTGTCTTGTGAATGTGCTAAAATCACTAGTAATATGGGCAAATGATCGTCAAG
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AATATGTTGGTTGAGAAGACACCCCCTGCGGTAGCACATTTTCTAAGAACAACACCTGGCCTGGATAAGGCAATGATAGGTGACTTTTTGGGTCAACATGAAGAATTCCCTCTTGCTGTTATGCATGCTTATGTAGACGCAATGAACTTTGCCGGCATGAAGTTTGATAGAGCGATTCGTGAGTTTCTTAAAGGATTTCG
TCTACCCGGTGAAGCTCAAAAGATTGATCGTATTATGGAGAAATTCGCAGAGCGGTATTGTCGGGATAATCCAGGACTCTTCAAGAATGCTGATACAGCTTACATACTTGCATATGCAGTAATAATGCTAAATACAGATGCACACAATCCTATGGTGTGGCCAAAAATGTCAAAAGCTGATTTTGTTCGGATGAACTCAA
CAAGTGATGCCGAAGAATGTGCTCCCAAGGAGCTGTTGGAAGAAATTTATGATTCTGTATTGAAAGAGGAGATAAAGATGAAAGATGACAATGTTGATTCAGGCAAAAGTAGTAAGCAAAAGCCAGATGCTGAGGAGAGAGGCCGGATTGTTACTATACTGAATTTGGCCATGCCAAGACTAAAGGCAGCAGATGACACA
AAGAAGGAAAGTGAGGAAATTGTTAAGCGCACACAAGCCTTTTTTAAGAAGGGTGGGGCAAAGAGGGGTGTATTCTACACTGCTCAACAGATGGAACTTGTGAGACCTATGCTCGAGGCTGTAGGATGGCCTTTACTTGCGGCATTTTCTGTCACAATGGAGGACAGTGATAACAAGCCTAGGGTTCTTCTTTGTATGGA
GGGATTTAGATTAGGCATCCATCTTACAATGGTGCTTGGCATGTATACCATGCGATATGCTTTCTTGACATCTTTAGTAAGGTTTACATTTCTCCATGCACCAAAAGAGATGCGGAGCAAAAATGTAGAGGCTCTACGGACCTTGCTGATATTGTGCGACAGTGAGACTGATGCATTGCAGGATACTTGGAATGCTGTCT
TAGAATGTGTTTCAAGGCTTGAGTATATCACATCAACACCTTCTATTGCTGCAACGGTTATGCATGGTTCAAATCAGATATCTAGGGATGCTTTGCTTCAGTCACTAAAAGAACTTACTGGAAAACCAACTGAACATGTATTTGTGAATAGTGTAAAGTTACCAAGTGATGCAATTGTGGAGTTTTTCACAGCTTTATGT
GGTGTTTCGGCTGAAGAACTAAAACAAACCCCTGCCCGGGTTTTTAGTCTACAAAAACTTGTTGAGATAAGTTACTACAACATGGCCCGGATACGCATGGTTTGGGCTAGAATATGGTCAGTTCTCTCACATCACTTTATCTCAGCGGGAAGCCATCATGATGAGAAGATTGCCATGTATGCAATTGACTCGCTAAGACA
GCTTGGTATGAAATATTTGGAGAGGGAAGAACTTGCTAAGTTTACCTTTCAGAATGATATCTTGAAACCATTTGTTATCCTCATGCGAAATAGTAGAAGTGCAACTATTCGTACTCTCATTGTTGACTGCATTGTTCAGATGATCAAATCGAAGGTTGGTAGCATTAAATCTGGCTGGAGAAGTGTGTTTATGATATTTA
CAGCTGCAGCTGATGATGAAACAGAGTCCATTGCTGAAAGTGCATTTGAGAACGTGGAGCAAGTGGTCTTAGAACACTTTGATCAGGTTGTGGGGGATTGCTTTATGGACTGTGTCAACTGTCTTATTGGATTTGCTAACAATAAAAGCTGTCCCAGAATTAGCTTGAAGGCCATTGCTCTGCTTCGTATTTGTGAAGAC
CGGCTAGCGGAGGGCCTAATTCCAGGCGGGGCCCTGAAACCTGTGGAAGTTATTGGCACAGATGCAGACACTGATGTAACAGAACATTATTGGTTTCCAATGCTTGCGGGATTGTCAGATTTAACCTCTGATCCTCGGACAGAAGTGAGAAACTGTGCACTTGAGGTGCTTTTTGATCTGCTGAAGGAGAGAGGTCACAA
ATTCTCATCAGCATTCTGGGAGAATGTATTTCATCGTGTATTGTTCCCCATATTTGATCAAGTGAGACATGCAGGAAAGGATGGCAATCTGCCCTCTTCTGGGGATCAGTGGCTTCATGAAACATGTATTCATTCCCTTCAACTGCTTTGTGATCTCTTCAGCAGCTTCTACAAGGAGGTTTCTTTTATGCTACCATCCC
TGCTGGCACTGTTGTTAGATTGTGCTAAAAAGCCAGACCAAGCTGTAGCATCAATCTCTTGTGGTGCTTTGGTACATCTTATAAAGGTTGGAGGTCATCAATTCAATGATAAGGATTGGGATACTTTATTGACAAGCATTCGCGATGCATCCTACACAACACAACCCTTAGAACTATTGAACACACAGGGTTTTGATTAT
ACAAGGAAAATTATGAAAGGAGATCGAACTCCATCTACAACTGCTACTGATGGTGCAGGGTCAGATGGAGACACTTATAGCTATGAGAACGGAAATTCATTTGCCAGTACGCAAAGAATTAGTAATAGTGTTGTTCAGAGACACCAAAATCTCTCTGGCGTGGAAGTGTGGGTTCCAGATGGCCAAGGGAGGTCAAACCT
TGAGGATTCTGAAGGCATGTCATCATCATCAGTGGATGTAAGGTCGCCCAGAGAAAATCTGTCTAAAAATCAAACCCTTGGCCAAAAAATTATGGGAAACATGATGGATACACTTCTGCTTAAGAATCTTACTTTTAAGCAAAAGGGACGCGCAGGAGATATTCTAGTTCCGACATCTCCTACTCAGCAGGTACCTGATA
TTGTAGAGCCATCCCCTATGGAGAGTGAAGAGAACCCTTTATTGACATGTATAAGAGGGAAATGCATTACTCAACTTTTATTGCTGGGTGCAATTGACTGTATCCAGAAAAACCATTGGAATAGATTACAGCGCTCTCACAAGATCGTAATAATGGATATATTGCTATCTATTTTGGACTTTGCGGCTTCTTATAATTCA
TCTGCAAATCTTAGGATGCGAATGCATCAGATTCCAGCTGACAGGTTGCCTGTCAATATTCTACGTCAGGAAATTGAAGGAACACGCATCTATTTGGAAGTATTACAGAAGAGTACTGGGCAGCATAACACAAATGGTGAAGATTTAAAAAATAATATTTCAAATATAGATTATTCATCTGCAGCGAATGTATCCAATCA
CATGGACATCAAACAGGAAGAGGAGAAGCTCAGAGAAATAGCAGAGCAAAAGCTAGTGTCATTTTGTGGGCAGATTTTAAAGGACACATCTGAACTTCAACCTGGTCCTGGTGAAGCTGTTGATGCTGATGTGCATCGTGTTCTTGTTTTACGCTCCCCAGTCATTGTTAAGGTGTTGAGTGGGATGTGCATTATGAATA
AGAATATTTTCAAGAGACACCTTGGGGAGTTTTTTCCTTCTGTCACAAAACTTGTGTGCAGTGACCAGATGGATGTGCGGCGGGCATTGGGTGACCTCTTTAAGAAACAGCTAATAGGCCTTTTGCCTTGATTTCACTTTTCAATATTATTAGGCTGTTATAGGGGGTTGTATGCAAGCACAAATGATCAAGCTATGCTA
TCATGTCTTCAGAAATTCAATGGCATCATAATTTGTTTCTTAGGAGGGCTGACACTTGGAGGCTAAACAATTTTTCAGTATCTAGAATTGTTATTATGGCGTTTTATATTCCTATCTGGTAAAGGAAGTTCCAATATCACGAGTGATTATGAAGGCATTGCGTCGTCTCTTGCAAAAGTGATTATTCTGTTCTTTTTGTT
GGAACCTTTCAGATGGAAGGAGGAAGAATGAAGATTATAATTAAAGCTAGTCTCTGGAATTTCTAGTAGTTGATTCAATTTGTCACCAGTGTAAAATATAGCTGGAAAAATTAGAGTTCAAGGAGATAGGCTCTCTACTTGTTTTATTGTAGATCTCATGATTGTCTTTCTTCATTTTCTGCCATTCTGAAGTTTGCTTC
TCGCTGTGAAACAAAGGGCAACTAAGAATGTTTTTCTTTCCGCTTTTTAATGTTGTGACAGTAAAGCAAGGTGAAGAGTGCCTACGCACACCACTTTATTATAAACTTGTTGATTCTTTTCTTTTGGTTATATGAATG

>TRINITY_DN120921_c0_g1_i9 from sample A3 / Example unspliced isoform:

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TAAATTGTGATAACAGGTCGGATGCTACGGTTGAAAGTTGGCATTTCGATTATCGTTAGCAATGAACAGAGGCCTCATACGAAACACATGAAGCCTTTAGGTTGGTTTGATTGCAACACATGCATTTGAGATCGATAAGCGTCTCTCATTTATATAATACTGCCAGCGATTCTTCCGCCATCTTCCTACGCCTGCCCGGA
TCCTTTGTTTCTGCACTTCAAATTTTGGGATTCGAAGCTCGAAGGTTTCGACCGCCATGCTATAACTGTGTGGACCGGAATGGGATCGATTACCAGTGAAAAATTTGATTAGATTGTAGAGGCGTTAAATTTGGGGTTTTGGGTGTTTTGGTGGGAAACCTTAGGGCTTATACTCTGTAGATCCTTCCTTGATAATTGGC
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TCATGTGCTTAAACTGTTAGCCCTTGGCTGGGAATTGAGACTTACTTTTTTAACCCCTGCATTAAAGGGAAGATCACTCAATGATTCTGATTACTGGTCCATTAAAACGCCGATGGGGCGAAAGATGAGTTAAGGAGTGGAGAAAGTAATTGCCCTTGACATTGCCTATAATTTTCTGCACTCTCGAGGGTACCTCATGT
GGCACTACTATTAAAGTTCTGCTACGTATTCGGATTAAATCGCACAAGTGGGAGAACTTAGAAGTCTTCCGAAAGGATACACACGATTGTTGTGGAATATGATTAGAAGAGTCATTGCTTGCAGTGAAAGCTGCATATGTTTTTTGCAAGCGTGAAACGAACCATATTTCATGATTCCGAGGTAGGGATTGCTCTAAAAT
GTCAAGTTTTAGGATTGTTCAGTTCTACGGAATCGTAAAGCACCTAAAGATTGATTGTATACATGCCAAAGAAGATAAATGTATACCAAACAGGTGCAATCAAAGCTACAGCTACAATCTTGAGATTTGGATTTGAAAAGCCTCTGGACTATATCAATTTTCAAGTTGGATGATGAGACGGCACACTCAGAATTAGGGGC
AATGTAAAAACAACACTCCCAAGAGCAAGAGGCTGAAAATAACATTTGATTATTTTAATTCAATGGCTGGAGCTGCAGGTAGCTTTGTTACCCGGTCGTTTGAATGCATGCTGAAAGAGTCTACGGGAAAGAAGTATGGGAATCTTCAAAAGGCTCTTAAATCATACTTAGAGAGTTCGAAGGAAATAGGTCACCAGCCC
TCATCTCAACGGGACCAATCTACAACAAATATAGCAACAGATGAAAAGGATGGGGAAAATTCGACACAAGAGGAAGCAGATACCACAGCTTCTCAATCAAGCATGTCTGCTGTTACTGGAGAGGATCACCAGCCCCAAAATTTGAGTACAAGTGAAGCGATTTCAGCAACACTGTCAACTGCTGGTCATACATTAGAAGG
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CAGCACCGGACAGCACTGTTCTGCAAGTTTTGAAGGTGCTTCTAACTGCTGTGGCTTCAACAAAGTTCAGAGTTCATGGAGAGTGTCTGCTATGTGTGATACGCACATGCTATAATATTGCACTTAACAGCAAGAGTGCAATAAATCAGGCTACATCAAAGGCTATGCTCACTCAAATGATCAGCACTGTCTTCAGGAGG
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TCCGGACCCTCTGCAAGATGTCTTTGAAGGAAGAGACTGATGAGTTTGTTACAAAAATGAAGCTTATTTCACTTGAGCTGCTTCAGGGATTGTTAGAAGGTGTTAGTCCCTCTTTCACTGTCAATTTCCATTTTATTGACTCAGTCAGAACCTACCTTTCATATGCATTACTCAGGGCATGTGTTTCCCCATCTTCTTCA
ATTTTTCAGTATGCTTCTGGTATCTTCACTGTCTTATTACTGAGGTTCAGAGAAGGCTTGAAGGTAGAAATTGGCATATTTTTCCCATTGATTATTCTGCGATCCCTTGACAGTTCAGACAGTCCTCTTCATCAAAGGACATGTATTCTCAGGATGCTTGAAAAAGTCTGCAAGGACTCTCAGATGCTGGCAGATATATT
TGTGAATTATGACTGTGATCTAGAGGCTACCAATCTGTTTGAGCGAATGGTCAATGCTCTGTCGAGGATTGCACAGGGTACGCTAAATACAGATCCCAGCTCCATAACTCTTGCACAGAACACTTCCATAAAAGTATCATCACTACAGTGTCTTGTGAATGTGCTAAAATCACTAGTAATATGGGCAAATGATCGTCAAG
TATCGAAGGAGCATACGATATATTCTACACTTTCTGAAAAGGAGTCTAGCTCAGCTGGCACTGTGCCAACTGATGAACTTAGGATCAAAGACGACATACCTAGTCAATTTGAAAAGGCCAAGGCTCATAAATCAACATTGGAAGCTGCCATTGCAGAGTTCAATAGGAAGGCTAATAAAGGTGTTGACTATCTTCTGTCT
AATATGTTGGTTGAGAAGACACCCCCTGCGGTAGCACATTTTCTAAGAACAACACCTGGCCTGGATAAGGCAATGATAGGTGACTTTTTGGGTCAACATGAAGAATTCCCTCTTGCTGTTATGCATGCTTATGTAGACGCAATGAACTTTGCCGGCATGAAGTTTGATAGAGCGATTCGTGAGTTTCTTAAAGGATTTCG
TCTACCCGGTGAAGCTCAAAAGATTGATCGTATTATGGAGAAATTCGCAGAGCGGTATTGTCGGGATAATCCAGGACTCTTCAAGAATGCTGATACAGCTTACATACTTGCATATGCAGTAATAATGCTAAATACAGATGCACACAATCCTATGGTGTGGCCAAAAATGTCAAAAGCTGATTTTGTTCGGATGAACTCAA
CAAGTGATGCCGAAGAATGTGCTCCCAAGGAGCTGTTGGAAGAAATTTATGATTCTGTATTGAAAGAGGAGATAAAGATGAAAGATGACAATGTTGATTCAGGCAAAAGTAGTAAGCAAAAGCCAGATGCTGAGGAGAGAGGCCGGATTGTTACTATACTGAATTTGGCCATGCCAAGACTAAAGGCAGCAGATGACACA
AAGAAGGAAAGTGAGGAAATTGTTAAGCGCACACAAGCCTTTTTTAAGAAGGGTGGGGCAAAGAGGGGTGTATTCTACACTGCTCAACAGATGGAACTTGTGAGACCTATGCTCGAGGCTGTAGGATGGCCTTTACTTGCGGCATTTTCTGTCACAATGGAGGACAGTGATAACAAGCCTAGGGTTCTTCTTTGTATGGA
GGGATTTAGATTAGGCATCCATCTTACAATGGTGCTTGGCATGTATACCATGCGATATGCTTTCTTGACATCTTTAGTAAGGTTTACATTTCTCCATGCACCAAAAGAGATGCGGAGCAAAAATGTAGAGGCTCTACGGACCTTGCTGATATTGTGCGACAGTGAGACTGATGCATTGCAGGATACTTGGAATGCTGTCT
TAGAATGTGTTTCAAGGCTTGAGTATATCACATCAACACCTTCTATTGCTGCAACGGTTATGCATGGTTCAAATCAGATATCTAGGGATGCTTTGCTTCAGTCACTAAAAGAACTTACTGGAAAACCAACTGAACATGTATTTGTGAATAGTGTAAAGTTACCAAGTGATGCAATTGTGGAGTTTTTCACAGCTTTATGT
GGTGTTTCGGCTGAAGAACTAAAACAAACCCCTGCCCGGGTTTTTAGTCTACAAAAACTTGTTGAGATAAGTTACTACAACATGGCCCGGATACGCATGGTTTGGGCTAGAATATGGTCAGTTCTCTCACATCACTTTATCTCAGCGGGAAGCCATCATGATGAGAAGATTGCCATGTATGCAATTGACTCGCTAAGACA
GCTTGGTATGAAATATTTGGAGAGGGAAGAACTTGCTAAGTTTACCTTTCAGAATGATATCTTGAAACCATTTGTTATCCTCATGCGAAATAGTAGAAGTGCAACTATTCGTACTCTCATTGTTGACTGCATTGTTCAGGTAAAAGTATGTGTCTGTGATGCTTATTATCCAACAGCAGTGGATAGGCCTATATGTGTTC
AGAATAGTTCTAAATGGAAGTATAAGATCTTTAATTACTTTTTCCCATTTGTATGTATCTAGTAGCTATTAATATGGGAGTTACTATGCATCAGATGATCAAATCGAAGGTTGGTAGCATTAAATCTGGCTGGAGAAGTGTGTTTATGATATTTACAGCTGCAGCTGATGATGAAACAGAGTCCATTGCTGAAAGTGCAT
TTGAGAACGTGGAGCAAGTGGTCTTAGAACACTTTGATCAGGTTGTGGGGGATTGCTTTATGGACTGTGTCAACTGTCTTATTGGATTTGCTAACAATAAAAGCTGTCCCAGAATTAGCTTGAAGGCCATTGCTCTGCTTCGTATTTGTGAAGACCGGCTAGCGGAGGGCCTAATTCCAGGCGGGGCCCTGAAACCTGTG
GAAGTTATTGGCACAGATGCAGACACTGATGTAACAGAACATTATTGGTTTCCAATGCTTGCGGGATTGTCAGATTTAACCTCTGATCCTCGGACAGAAGTGAGAAACTGTGCACTTGAGGTGCTTTTTGATCTGCTGAAGGAGAGAGGTCACAAATTCTCATCAGCATTCTGGGAGAATGTATTTCATCGTGTATTGTT
CCCCATATTTGATCAAGTGAGACATGCAGGAAAGGATGGCAATCTGCCCTCTTCTGGGGATCAGTGGCTTCATGAAACATGTATTCATTCCCTTCAACTGCTTTGTGATCTCTTCAGCAGCTTCTACAAGGAGGTTTCTTTTATGCTACCATCCCTGCTGGCACTGTTGTTAGATTGTGCTAAAAAGCCAGACCAAGCTG
TAGCATCAATCTCTTGTGGTGCTTTGGTACATCTTATAAAGGTTGGAGGTCATCAATTCAATGATAAGGATTGGGATACTTTATTGACAAGCATTCGCGATGCATCCTACACAACACAACCCTTAGAACTATTGAACACACAGGGTTTTGATTATACAAGGAAAATTATGAAAGGAGATCGAACTCCATCTACAACTGCT
ACTGATGGTGCAGGGTCAGATGGAGACACTTATAGCTATGAGAACGGAAATTCATTTGCCAGTACGCAAAGAATTAGTAATAGTGTTGTTCAGAGACACCAAAATCTCTCTGGCGTGGAAGTGTGGGTTCCAGATGGCCAAGGGAGGTCAAACCTTGAGGATTCTGAAGGCATGTCATCATCATCAGTGGATGTAAGGTC
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caagatcattgttggttctctaagataaggacaccttggtgtcatttcttagacgaggatatagccagtttacatgtctagatagtgtctagcgatgcacgccaaggtagcacttgtccttcaaaagttttgattaccttcaatggtcctccatttatttgcttttgttacacatctctcaaaattagggaactgcaaga
atatgccttgttttaagggtgaagagatgctctagatagtaattcttttatctaaaatttaaataggttgtgaggttctgcctacatcatcatggtagtgccaattgtagttttatgtcttccatcaattacaagcgtaccgttcttattctcaatttgaggctctccatttggttgtaaatgaatttagcagtccgtgg
tcaaataagaagttcaacataaacttatctaactggtacttttgtgtttataaaggcatatgttgaagaagagttaatgttacttgctaaaagggtaatctcttgaaccccttcatcttgagctatatactgtctacattttcagtgagaaacagtcgcattgtgttcctctacatggaattgctaacttgtacctggga
tatgtcgtttttgtaaaattgtatgtggctgtttaacatatttttgaagtgtctatgtgcgaatgtagaagcttttatttgaaacctggcaaggggaaaaaccgcattaagaggtttcatttatgtgttttgcattgaagctttcactagccagtttttatttatgctcaaatatttcctttgactcccaatatcagAGG
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CTCATGATTGTCTTTCTTCATTTTCTGCCATTCTGAAGTTTGCTTCTCGCTGTGAAACAAAGGGCAACTAAGAATGTTTTTCTTTCCGCTTTTTAATGTTGTGACAGTAAAGCAAGGTGAAGAGTGCCTACGCACACCACTTTATTATAAACTTGTTGATTCTTTTCTTTTGGTTATATGAATG

Intron 8 GTTAGTTCCT ... TTTTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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>TRINITY_DN110027_c3_g1_i21 from sample A4 / Example spliced isoform

ATTCTGTGGAAATTTTACAGATGCCAATTTTGTGACAGGAAACAGTGTTCCATTATCCTTTTTTATCATCTCATGTTTCTGAGTTAGTATGCTCCTACTGGACTGGTTCATTAGGAATACATCATGTAAAATATTAAAGATTTGAGTGGGTTTTATATTTCATTTCACTATATTTAACAATTGAATTTATCTATTTCCCT
TGTGTAGGTTGGATGATGAGACGGCACACTCAGAATTAGGGGCAATGTAAAAACAACACTCCCAAGAGCAAGAGGCTGAAAATAACATTTGATTATTTTAATTCAATGGCTGGAGCTGCAGGTAGCTTTGTTACCCGGTCGTTTGAATGCATGCTGAAAGAGTCTACGGGAAAGAAGTATGGGAATCTTCAAAAGGCTCT
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CTGGAAAGCATGAGTGTATGGCAACAGGATGCTTTGCTGGTTTTCCGGACCCTCTGCAAGATGTCTTTGAAGGAAGAGACTGATGAGTTTGTTACAAAAATGAAGCTTATTTCACTTGAGCTGCTTCAGGGATTGTTAGAAGGTGTTAGTCCCTCTTTCACTGTCAATTTCCATTTTATTGACTCAGTCAGAACCTACCT
TTCATATGCATTACTCAGGGCATGTGTTTCCCCATCTTCTTCAATTTTTCAGTATGCTTCTGGTATCTTCACTGTCTTATTACTGAGGTTCAGAGAAGGCTTGAAGGTAGAAATTGGCATATTTTTCCCATTGATTATTCTGCGATCCCTTGACAGTTCAGACAGTCCTCTTCATCAAAGGACATGTATTCTCAGGATGC
TTGAAAAAGTCTGCAAGGACTCTCAGATGCTGGCAGATATATTTGTGAATTATGACTGTGATCTAGAGGCTACCAATCTGTTTGAGCGAATGGTCAATGCTCTGTCGAGGATTGCACAGGGTACGCTAAATACAGATCCCAGCTCCATAACTCTTGCACAGAACACTTCCATAAAAGTATCATCACTACAGTGTCTTGTG
AATGTGCTAAAATCACTAGTAATATGGGCAAATGATCGTCAAGTATCGAAGGAGCATACGATATATTCTACACTTTCTGAAAAGGAGTCTAGCTCAGCTGGCACTGTGCCAACTGATGAACTTAGGATCAAAGACGACATACCTAGTCAATTTGAAAAGGCCAAGGCTCATAAATCAACATTGGAAGCTGCCATTGCAGA
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TGAAGTTTGATAGAGCGATTCGTGAGTTTCTTAAAGGATTTCGTCTACCCGGTGAAGCTCAAAAGATTGATCGTATTATGGAGAAATTCGCAGAGCGGTATTGTCGGGATAATCCAGGACTCTTCAAGAATGCTGATACAGCTTACATACTTGCATATGCAGTAATAATGCTAAATACAGATGCACACAATCCTATGGTG
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ACTGAATTTGGCCATGCCAAGACTAAAGGCAGCAGATGACACAAAGAAGGAAAGTGAGGAAATTGTTAAGCGCACACAAGCCTTTTTTAAGAAGGGTGGGGCAAAGAGGGGTGTATTCTACACTGCTCAACAGATGGAACTTGTGAGACCTATGCTCGAGGCTGTAGGATGGCCTTTACTTGCGGCATTTTCTGTCACAA
TGGAGGACAGTGATAACAAGCCTAGGGTTCTTCTTTGTATGGAGGGATTTAGATTAGGCATCCATCTTACAATGGTGCTTGGCATGTATACCATGCGATATGCTTTCTTGACATCTTTAGTAAGGTTTACATTTCTCCATGCACCAAAAGAGATGCGGAGCAAAAATGTAGAGGCTCTACGGACCTTGCTGATATTGTGC
GACAGTGAGACTGATGCATTGCAGGATACTTGGAATGCTGTCTTAGAATGTGTTTCAAGGCTTGAGTATATCACATCAACACCTTCTATTGCTGCAACGGTTATGCATGGTTCAAATCAGATATCTAGGGATGCTTTGCTTCAGTCACTAAAAGAACTTACTGGAAAACCAACTGAACATGTATTTGTGAATAGTGTAAA
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ATGATGAGAAGATTGCCATGTATGCAATTGACTCGCTAAGACAGCTTGGTATGAAATATTTGGAGAGGGAAGAACTTGCTAAGTTTACCTTTCAGAATGATATCTTGAAACCATTTGTTATCCTCATGCGAAATAGTAGAAGTGCAACTATTCGTACTCTCATTGTTGACTGCATTGTTCAGATGATCAAATCGAAGGTT
GGTAGCATTAAATCTGGCTGGAGAAGTGTGTTTATGATATTTACAGCTGCAGCTGATGATGAAACAGAGTCCATTGCTGAAAGTGCATTTGAGAACGTGGAGCAAGTGGTCTTAGAACACTTTGATCAGGTTGTGGGGGATTGCTTTATGGACTGTGTCAACTGTCTTATTGGATTTGCTAACAATAAAAGCTGTCCCAG
AATTAGCTTGAAGGCCATTGCTCTGCTTCGTATTTGTGAAGACCGGCTAGCGGAGGGCCTAATTCCAGGCGGGGCCCTGAAACCTGTGGAAGTTATTGGCACAGATGCAGACACTGATGTAACAGAACATTATTGGTTTCCAATGCTTGCGGGATTGTCAGATTTAACCTCTGATCCTCGGACAGAAGTGAGAAACTGTG
CACTTGAGGTGCTTTTTGATCTGCTGAAGGAGAGAGGTCACAAATTCTCATCAGCATTCTGGGAGAATGTATTTCATCGTGTATTGTTCCCCATATTTGATCAAGTGAGACATGCAGGAAAGGATGGCAATCTGCCCTCTTCTGGGGATCAGTGGCTTCATGAAACATGTATTCATTCCCTTCAACTGCTTTGTGATCTC
TTCAGCAGCTTCTACAAGGAGGTTTCTTTTATGCTACCATCCCTGCTGGCACTGTTGTTAGATTGTGCTAAAAAGCCAGACCAAGCTGTAGCATCAATCTCTTGTGGTGCTTTGGTACATCTTATAAAGGTTGGAGGTCATCAATTCAATGATAAGGATTGGGATACTTTATTGACAAGCATTCGGTATGAATTACATAT
TTTCTGTCCATGCATCAATGGTTATCGAGGATTACTCTTTGTTTGGGCCATATATAATTTTCAACTTGAATAATTTTTGTTTTAATCCTGTGACCTACTTGTCTGTCATAATGGGCAGCGATGCATCC

>TRINITY_DN110027_c3_g1_i24 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GTTCTCGTTTCAAGTGGGCCGAGACATCAAGTATTATGATTCTTTAGCAATTGTTACTTTTGAGGCTAAGTAGGAAGATTACACGAGCTGTTCCAAATTTACTAAAAGTCTTGTACATGATTTGTATTTATAATTTTTTGTTAATTGTGTGTTTTAATTGCTTTTAGAGGAATTGATCTGGAAAGCATGAGTGTATGGCA
ACAGGATGCTTTGCTGGTTTTCCGGACCCTCTGCAAGGTGTGAATATTTGCTGGCTTTCGTGAGAAGGCTAAAGTTTGTGCATCTTGTGTGCTAACTACCAGTATACTCTTTATATAGAATATGTTAAATGACTCAAATCAGTCTTAACTATGTAGAGTATATAGCATGGATAATAATATTGCCTGAATTTAGAATTTAG
CTACCATTATCAAAGGGCCATTTGATTGAAACTGGTCTTACAGATGTCTTTGAAGGAAGAGACTGATGAGTTTGTTACAAAAATGAAGCTTATTTCACTTGAGCTGCTTCAGgttagttcctgccatcttgatgccttgcgcttttctagttatgaaaagtaaatgcagtgtaacgagagcatcattttttgcagGGATT
GTTAGAAGGTGTTAGTCCCTCTTTCACTGTCAATTTCCATTTTATTGACTCAGTCAGAACCTACCTTTCATATGCATTACTCAGGGCATGTGTTTCCCCATCTTCTTCAATTTTTCAGTATGCTTCTGGTATCTTCACTGTCTTATTACTGAGGTTCAGAGAAGGCTTGAAGGTAGAAATTGGCATATTTTTCCCATTGA
TTATTCTGCGATCCCTTGACAGTTCAGACAGTCCTCTTCATCAAAGGACATGTATTCTCAGGATGCTTGAAAAAGTCTGCAAGGACTCTCAGATGCTGGCAGATATATTTGTGAATTATGACTGTGATCTAGAGGCTACCAATCTGTTTGAGCGAATGGTCAATGCTCTGTCGAGGATTGCACAGGGTACGCTAAATACA
GATCCCAGCTCCATAACTCTTGCACAGAACACTTCCATAAAAGTATCATCACTACAGTGTCTTGTGAATGTGCTAAAATCACTAGTAATATGGGCAAATGATCGTCAAGTATCGAAGGAGCATACGATATATTCTACACTTTCTGAAAAGGAGTCTAGCTCAGCTGGCACTGTGCCAACTGATGAACTTAGGATCAAAGA
CGACATACCTAGTCAATTTGAAAAGGCCAAGGCTCATAAATCAACATTGGAAGCTGCCATTGCAGAGTTCAATAGGAAGGCTAATAAAGGTGTTGACTATCTTCTGTCTAATATGTTGGTTGAGAAGACACCCCCTGCGGTAGCACATTTTCTAAGAACAACACCTGGCCTGGATAAGGCAATGATAGGTGACTTTTTGG
GTCAACATGAAGAATTCCCTCTTGCTGTTATGCATGCTTATGTAGACGCAATGAACTTTGCCGGCATGAAGTTTGATAGAGCGATTCGTGAGTTTCTTAAAGGATTTCGTCTACCCGGTGAAGCTCAAAAGATTGATCGTATTATGGAGAAATTCGCAGAGCGGTATTGTCGGGATAATCCAGGACTCTTCAAGAATGCT
GATACAGCTTACATACTTGCATATGCAGTAATAATGCTAAATACAGATGCACACAATCCTATGGTGTGGCCAAAAATGTCAAAAGCTGATTTTGTTCGGATGAACTCAACAAGTGATGCCGAAGAATGTGCTCCCAAGGAGCTGTTGGAAGAAATTTATGATTCTGTATTGAAAGAGGAGATAAAGATGAAAGATGACAA
TGTTGATTCAGGCAAAAGTAGTAAGCAAAAGCCAGATGCTGAGGAGAGAGGCCGGATTGTTACTATACTGAATTTGGCCATGCCAAGACTAAAGGCAGCAGATGACACAAAGAAGGAAAGTGAGGAAATTGTTAAGCGCACACAAGCCTTTTTTAAGAAGGGTGGGGCAAAGAGGGGTGTATTCTACACTGCTCAACAGA
TGGAACTTGTGAGACCTATGCTCGAGGCTGTAGGATGGCCTTTACTTGCGGCATTTTCTGTCACAATGGAGGACAGTGATAACAAGCCTAGGGTTCTTCTTTGTATGGAGGGATTTAGATTAGGCATCCATCTTACAATGGTGCTTGGCATGTATACCATGCGATATGCTTTCTTGACATCTTTAGTAAGGTTTACATTT
CTCCATGCACCAAAAGAGATGCGGAGCAAAAATGTAGAGGCTCTACGGACCTTGCTGATATTGTGCGACAGTGAGACTGATGCATTGCAGGATACTTGGAATGCTGTCTTAGAATGTGTTTCAAGGCTTGAGTATATCACATCAACACCTTCTATTGCTGCAACGGTTATGCATGGTTCAAATCAGATATCTAGGGATGC
TTTGCTTCAGTCACTAAAAGAACTTACTGGAAAACCAACTGAACATGTATTTGTGAATAGTGTAAAGTTACCAAGTGATGCAATTGTGGAGTTTTTCACAGCTTTATGTGGTGTTTCGGCTGAAGAACTAAAACAAACCCCTGCCCGGGTTTTTAGTCTACAAAAACTTGTTGAGATAAGTTACTACAACATGGCCCGGA
TACGCATGGTTTGGGCTAGAATATGGTCAGTTCTCTCACATCACTTTATCTCAGCGGGAAGCCATCATGATGAGAAGATTGCCATGTATGCAATTGACTCGCTAAGACAGCTTGGTATGAAATATTTGGAGAGGGAAGAACTTGCTAAGTTTACCTTTCAGAATGATATCTTGAAACCATTTGTTATCCTCATGCGAAAT
AGTAGAAGTGCAACTATTCGTACTCTCATTGTTGACTGCATTGTTCAGATGATCAAATCGAAGGTTGGTAGCATTAAATCTGGCTGGAGAAGTGTGTTTATGATATTTACAGCTGCAGCTGATGATGAAACAGAGTCCATTGCTGAAAGTGCATTTGAGAACGTGGAGCAAGTGGTCTTAGAACACTTTGATCAGGTTGT
GGGGGATTGCTTTATGGACTGTGTCAACTGTCTTATTGGATTTGCTAACAATAAAAGCTGTCCCAGAATTAGCTTGAAGGCCATTGCTCTGCTTCGTATTTGTGAAGACCGGCTAGCGGAGGGCCTAATTCCAGGCGGGGCCCTGAAACCTGTGGAAGTTATTGGCACAGATGCAGACACTGATGTAACAGAACATTATT
GGTTTCCAATGCTTGCGGGATTGTCAGATTTAACCTCTGATCCTCGGACAGAAGTGAGAAACTGTGCACTTGAGGTGCTTTTTGATCTGCTGAAGGAGAGAGGTCACAAATTCTCATCAGCATTCTGGGAGAATGTATTTCATCGTGTATTGTTCCCCATATTTGATCAAGTGAGACATGCAGGAAAGGATGGCAATCTG
CCCTCTTCTGGGGATCAGTGGCTTCATGAAACATGTATTCATTCCCTTCAACTGCTTTGTGATCTCTTCAGCAGCTTCTACAAGGAGGTTTCTTTTATGCTACCATCCCTGCTGGCACTGTTGTTAGATTGTGCTAAAAAGCCAGACCAAGCTGTAGCATCAATCTCTTGTGGTGCTTTGGTACATCTTATAAAGGTTGG
AGGTCATCAATTCAATGATAAGGATTGGGATACTTTATTGACAAGCATTCGCGATGCATCCTACACAACACAACCCTTAGAACTATTGAACACACAGGGTTTTGATTATACAAGGAAAATTATGAAAGGAGATCGAACTCCATCTACAACTGCTACTGATGGTGCAGGGTCAGATGGAGACACTTATAGCTATGAGAACG
GAAATTCATTTGCCAGTACGCAAAGAATTAGTAATAGTGTTGTTCAGAGACACCAAAATCTCTCTGGCGTGGAAGTGTGGGTTCCAGATGGCCAAGGGAGGTCAAACCTTGAGGATTCTGAAGGCATGTCATCATCATCAGTGGATGTAAGGTCGCCCAGAGAAAATCTGTCTAAAAATCAAACCCTTGGCCAAAAAA

Intron 9 GTAAGTTCTG ... CCTTGTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	42.5	23	13	21
A2	41.82	16	7	16
A3	40.85	21	9	20
A4	39.13	21	8	19
A5	29.73	13	7	4
A6	-1	0	0	0
A7	20	2	0	1
A8	-1	0	0	0
A9	-1	0	0	0
A10	14.29	6	0	2

>TRINITY_DN132060_c1_g2_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

TAATAATAAGAAAAGTCTCTAGAATCCGGACATAGGCAGTCAAAACAGTGGCTCAAATAAAACTCTTTTGCAAGTGAGAGGAGTATAAATGAATATTTCACTAAATTGTGATAACAGGTCGGATGCTACGGTTGAAAGTTGGCATTTCGATTATCGTTAGCAATGAACAGAGGCCTCATACGAAACACATGAAGCCTTTA
GGTTGGTTTGATTGCAACACATGCATTTGAGATCGATAAGCGTCTCTCATTTATATAATACTGCCAGCGATTCTTCCGCCATCTTCCTACGCCTGCCCGGATCCTTTGTTTCTGCACTTCAAATTTTGGGATTCGAAGCTCGAAGGTTTCGACCGCCATGCTATAACTGTGTGGACCGGAATGGGATCGATTACCAGTGA
AAAATTTGATTAGATTGTAGAGGCGTTAAATTTGGGGTTTTGGGTGTTTTGGTGGGAAACCTTAGGGCTTATACTCTGTAGATCCTTCCTTGATAATTGGCACTGTTTTAGTACCTGGCATTCTGCGGGAGTTATACCGATCCAGATCTCTGTGCTGGAGCTGGATTTTCGGTGGATCTGCGTGTTTGCTAGCCCCGCAA
TCGCGGCATCTCAGCCACCGGAGTGACTTTATATTCTATCGGGGCCTATAGTGTATGGGAGTTGAACTCTCGACCGTTAGTTGGGGAATGCTACCAATTGATCATGTGCTTAAACTGTTAGCCCTTGGCTGGGAATTGAGACTTACTTTTTTAACCCCTGCATTAAAGGGAAGATCACTCAATGATTCTGATTACTGGTC
CATTAAAACGCCGATGGGGCGAAAGATGAGTTAAGGAGTGGAGAAAGTAATTGCCCTTGACATTGCCTATAATTTTCTGCACTCTCGAGGGTACCTCATGTGGCACTACTATTAAAGTTCTGCTACGTATTCGGATTAAATCGCACAAGTGGGAGAACTTAGAAGTCTTCCGAAAGGATACACACGATTGTTGTGGAATA
TGATTAGAAGAGTCATTGCTTGCAGTGAAAGCTGCATATGTTTTTTGCAAGCGTGAAACGAACCATATTTCATGATTCCGAGGTAGGGATTGCTCTAAAATGTCAAGTTTTAGGATTGTTCAGTTCTACGGAATCGTAAAGCACCTAAAGATTGATTGTATACATGCCAAAGAAGATAAATGTATACCAAACAGGTGCAA
TCAAAGCTACAGCTACAATCTTGAGATTTGGATTTGAAAAGCCTCTGGACTATATCAATTTTCAAGTTGGATGATGAGACGGCACACTCAGAATTAGGGGCAATGTAAAAACAACACTCCCAAGAGCAAGAGGCTGAAAATAACATTTGATTATTTTAATTCAATGGCTGGAGCTGCAGGTAGCTTTGTTACCCGGTCGT
TTGAATGCATGCTGAAAGAGTCTACGGGAAAGAAGTATGGGAATCTTCAAAAGGCTCTTAAATCATACTTAGAGAGTTCGAAGGAAATAGGTCACCAGCCCTCATCTCAACGGGACCAATCTACAACAAATATAGCAACAGATGAAAAGGATGGGGAAAATTCGACACAAGAGGAAGCAGATACCACAGCTTCTCAATCA
AGCATGTCTGCTGTTACTGGAGAGGATCACCAGCCCCAAAATTTGAGTACAAGTGAAGCGATTTCAGCAACACTGTCAACTGCTGGTCATACATTAGAAGGATCAGAAGCAGAGCTTGTCCTTCAGCCACTCAGGCTTGCATTTGAGACAAAGAATCCAAAGCTCGTTGAACCTGCTCTTGATTGTCTTCATAAGCTTAT
AGCGTATGAGCATTTGGAAGGTGATGGTGGTCTAGAAGGTGGTAAGAATGGTGCAATATTTACTGACATCATAAACATGGTCTGTGGTTGCGTGGATAATGCAGCACCGGACAGCACTGTTCTGCAAGTTTTGAAGGTGCTTCTAACTGCTGTGGCTTCAACAAAGTTCAGAGTTCATGGAGAGTGTCTGCTATGTGTGA
TACGCACATGCTATAATATTGCACTTAACAGCAAGAGTGCAATAAATCAGGCTACATCAAAGGCTATGCTCACTCAAATGATCAGCACTGTCTTCAGGAGGATGGAATCTGATGAAAAGAATCAGGGTTGTGTTCCTCTTCCTAGAGCAAACACATTCGATCTTCCCATTCATTCTGCAACTGGCCCTCCTATACAGGAC
AATGATTCCAACTCAGAAACATTTAAACAGGAAAGTCAAGAAATTGTGTCGGAGAGCTCCTCTGATCAAGATGGCAAAGATGCAGGAGCTATAACACTAGGAGATGCTCTTTCCCTGGACAGATTGAGAGATGAAGCCCTTGTATCTGTAGAGGAACTCCAACATCTTGCTGGAGGTGCAGATATAAAGGTTGGGTGTAC
TTTTTGCTCAAGTATTTATCATCTTACCCATTGTGTAATCTGCCTGTAGATCTCTGGTTAGTATTGATTTCCTGTAAATATTGTTTTCAGGGTTTGGAGGCTGCTTTAGATAAGGCTGTCAATTCAGAAGATAGTAAGAGGACAGCAGGGTAAGGGTTCTCGTTTCAAGTGGGCCGAGACATCAAGTATTATGATTCTTT
AGCAATTGTTACTTTTGAGGCTAAGTAGGAAGATTACACGAGCTGTTCCAAATTTACTAAAAGTCTTGTACATGATTTGTATTTATAATTTTTTGTTAATTGTGTGTTTTAATTGCTTTTAGAGGAATTGATCTGGAAAGCATGAGTGTATGGCAACAGGATGCTTTACTGGTTTTCCGGACCCTCTGCAAGGTGTGAAT
ATTTGCTGGCTTTCGTGAGAAGGCTAAAGTTTGTGCATCTTGTGTGCTAACTACCAGTATACTCTTTATATAGAATATGTTAAATGACTCAAATCAGTCTTAACAATGTAAAGTATATAGCATGAATAATAATATTGTCTGAATTTAGAATTTAGCTACAAT

>TRINITY_DN132060_c1_g2_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TAATAATAAGAAAAGTCTCTAGAATCCGGACATAGGCAGTCAAAACAGTGGCTCAAATAAAACTCTTTTGCAAGTGAGAGGAGTATAAATGAATATTTCACTAAATTGTGATAACAGGTCGGATGCTACGGTTGAAAGTTGGCATTTCGATTATCGTTAGCAATGAACAGAGGCCTCATACGAAACACATGAAGCCTTTA
GGTTGGTTTGATTGCAACACATGCATTTGAGATCGATAAGCGTCTCTCATTTATATAATACTGCCAGCGATTCTTCCGCCATCTTCCTACGCCTGCCCGGATCCTTTGTTTCTGCACTTCAAATTTTGGGATTCGAAGCTCGAAGGTTTCGACCGCCATGCTATAACTGTGTGGACCGGAATGGGATCGATTACCAGTGA
AAAATTTGATTAGATTGTAGAGGCGTTAAATTTGGGGTTTTGGGTGTTTTGGTGGGAAACCTTAGGGCTTATACTCTGTAGATCCTTCCTTGATAATTGGCACTGTTTTAGTACCTGGCATTCTGCGGGAGTTATACCGATCCAGATCTCTGTGCTGGAGCTGGATTTTCGGTGGATCTGCGTGTTTGCTAGCCCCGCAA
TCGCGGCATCTCAGCCACCGGAGTGACTTTATATTCTATCGGGGCCTATAGTGTATGGGAGTTGAACTCTCGACCGTTAGTTGGGGAATGCTACCAATTGATCATGTGCTTAAACTGTTAGCCCTTGGCTGGGAATTGAGACTTACTTTTTTAACCCCTGCATTAAAGGGAAGATCACTCAATGATTCTGATTACTGGTC
CATTAAAACGCCGATGGGGCGAAAGATGAGTTAAGGAGTGGAGAAAGTAATTGCCCTTGACATTGCCTATAATTTTCTGCACTCTCGAGGGTACCTCATGTGGCACTACTATTAAAGTTCTGCTACGTATTCGGATTAAATCGCACAAGTGGGAGAACTTAGAAGTCTTCCGAAAGGATACACACGATTGTTGTGGAATA
TGATTAGAAGAGTCATTGCTTGCAGTGAAAGCTGCATATGTTTTTTGCAAGCGTGAAACGAACCATATTTCATGATTCCGAGGTAGGGATTGCTCTAAAATGTCAAGTTTTAGGATTGTTCAGTTCTACGGAATCGTAAAGCACCTAAAGATTGATTGTATACATGCCAAAGAAGATAAATGTATACCAAACAGGTGCAA
TCAAAGCTACAGCTACAATCTTGAGATTTGGATTTGAAAAGCCTCTGGACTATATCAATTTTCAAgtaagttctggaaaagagaaacggtaatcttttagctgcaaaatattcttgattatttacaaaaaattaaaaaggttgcgaatctgaatctcagtgcaagttaaaagcgcttgatctcaatacaggctttgtttt
cattaccaccattctcaacatgttctattatgtagagtgcgatttcgtgaattagcaggcttatattcccacatttttggttttacatgcccacacaattggaatcctgctaaatttgtcctcctctactttctcaggctacatgtgttaaagagggcaatacttataatttgactttgttttgcttacatatatataga
cactagtgatgcgttttcttgccataagttcttctcagtttttggatggattctgtggaaattttacagatgccaattttgtgacaggaaacagtgttccattatccttttttatcatctcatgtttctgagttagtatgctcctactggactggttcattaggaatacatcatgtaaaatattaaagatttgagtgggt
tttatatttcatttcactatatttaacaattgaatttatctatttcccttgtgtagGTTGGATGATGAGACGGCACACTCAGAATTAGGGGCAATGTAAAAACAACACTCCCAAGAGCAAGAGGCTGAAAATAACATTTGATTATTTTAATTCAATGGCTGGAGCTGCAGGTAGCTTTGTTACCCGGTCGTTTGAATGCA
TGCTGAAAGAGTCTACGGGAAAGAAGTATGGGAATCTTCAAAAGGCTCTTAAATCATACTTAGAGAGTTCGAAGGAAATAGGTCACCAGCCCTCATCTCAACGGGACCAATCTACAACAAATATAGCAACAGATGAAAAGTGAGTAACTTGTTACATGTTCATGTTGACAATTTTTTTCAAGGAATAACCTCCTGGGGAA
ACCCACTGGGCACTTCCCCTCATTCCGAGGATGGAATCCCAGTTTACCTTAGCATGCATGGAATCCCATAAACAAAGAAC

Intron 10 GTAAGGGTTC ... TTGCTTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	35.09	37	20	6
A2	20.93	34	9	5
A3	23.61	55	17	2
A4	37.88	41	25	10
A5	18.18	27	6	4
A6	14.29	6	1	2
A7	25	9	3	0
A8	50	2	2	0
A9	30	7	3	0
A10	33.33	18	9	0

>TRINITY_DN122209_c4_g1_i7 from sample A2 / Example spliced isoform

AGAAAAGTCTCTAGAATCCGGACATAGGCAGTCAAAACAGTGGCTCAAATAAAACTCTTTTGCAAGTGAGAGGAGTATAAATGAATATTTCACTAAATTGTGATAACAGGTCGGATGCTACGGTTGAAAGTTGGCATTTCGATTATCGTTAGCAATGAACAGAGGCCTCATACGAAACACATGAAGCCTTTAGGTTGGTT
TGATTGCAACACATGCATTTGAGATCGATAAGCGTCTCTCATTTATATAATACTGCCAGCGATTCTTCCGCCATCTTCCTACGCCTGCCCGGATCCTTTGTTTCTGCACTTCAAATTTTGGGATTCGAAGCTCGAAGGTTTCGACCGCCATGCTATAACTGTGTGGACCGGAATGGGATCGATTACCAGTGAAAAATTTG
ATTAGATTGTAGAGGCGTTAAATTTGGGGTTTTGGGTGTTTTGGTGGGAAACCTTAGGGCTTATACTCTGTAGATCCTTCCTTGATAATTGGCACTGTTTTAGTACCTGGCATTCTGCGGGAGTAATACCGATCCAGATCTCTGTGCTGGAGCTGGATTTTCGGTGGATCTGCGTGTTTGCTAGCCCCGCAATCGCGGCA
TCTCAGCCACCGGAGTGACTTTATATTCTATCGGGGCCTATAGTGTATGGGAGTTGAACTCTCGACCGTTAGTTGGGGAATGCTACCAATTGATCATGTGCTTAAACTGTTAGCCCTTGGCTGGGAATTGAGACTTACTTTTTTAACCCCTGCATTAAAGGGAAGATCACTCAATGATTCTGATTACTGGTCCATTAAAA
CGCCGATGGGGCGAAAGATGAGTTAAGGAGTGGAGAAAGTAATTGCCCTTGACATTGCCTATAATTTTCTGCACTCTCGAGGGTACCTCATGTGGCACTACTATTAAAGTTCTGCTACGTATTCGGATTAAATCGCACAAGTGGGAGAACTTAGAAGTCTTCCGAAAGGATACACACGATTGTTGTGGAATATGATTAGA
AGAGTCATTGCTTGCAGTGAAAGCTGCATATGTTTTTTGCAAGCGTGAAACGAACCATATTTCATGATTCCGAGGTAGGGATTGCTCTAAAATGTCAAGTTTTAGGATTGTTCAGTTCTACGGAATCGTAAAGCACCTAAAGATTGATTGTATACATGCCAAAGAAGATAAATGTATACCAAACAGGTGCAATCAAAGCT
ACAGCTACAATCTTGAGATTTGGATTTGAAAAGCCTCTGGACTATATCAATTTTCAAGTTGGATGATGAGACGGCACACTCAGAATTAGGGGCAATGTAAAAACAACACTCCCAAGAGCAAGAGGCTGAAAATAACATTTGATTATTTTAATTCAATGGCTGGAGCTGCAGGTAGCTTTGTTACCCGGTCGTTTGAATGC
ATGCTGAAAGAGTCTACGGGAAAGAAGTATGGGAATCTTCAAAAGGCTCTTAAATCATACTTAGAGAGTTCGAAGGAAATAGGTCACCAGCCCTCATCTCAACGGGACCAATCTACAACAAATATAGCAACAGATGAAAAGGATGGGGAAAATTCGACACAAGAGGAAGCAGATACCACAGCTTCTCAATCAAGCATGTC
TGCTGTTACTGGAGAGGATCACCAGCCCCAAAATTTGAGTACAAGTGAAGCGATTTCAGCAACACTGTCAACTGCTGGTCATACATTAGAAGGATCAGAAGCAGAGCTTGTCCTTCAGCCACTCAGGCTTGCATTTGAGACAAAGAATCCAAAGCTCGTTGAACCTGCTCTTGATTGTCTTCATAAGCTTATAGCGTATG
AGCATTTGGAAGGTGATGGTGGTCTAGAAGGTGGTAAGAATGGTGCAATATTTACTGACATCATAAACATGGTCTGTGGTTGCGTGGATAATGCAGCACCGGACAGCACTGTTCTGCAAGTTTTGAAGGTGCTTCTAACTGCTGTGGCTTCAACAAAGTTCAGAGTTCATGGAGAGTGTCTGCTATGTGTGATACGCACA
TGCTATAATATTGCACTTAACAGCAAGAGTGCAATAAATCAGGCTACATCAAAGGCTATGCTCACTCAAATGATCAGCACTGTCTTCAGGAGGATGGAATCTGATGAAAAGAATCAGGGTTGTGTTCCTCTTCCTAGAGCAAACACATTCGATCTTCCCATTCATTCTGCAACTGGCCCTCCTATACAGGACAATGATTC
CAACTCAGAAACATTTAAACAGGAAAGTCAAGAAATTGTGTCGGAGAGCTCCTCTGATCAAGATGGCAAAGATGCAGGAGCTATAACACTAGGAGATGCTCTTTCCCTGGACAGATTGAGAGATGAAGCCCTTGTATCTGTAGAGGAACTCCAACATCTTGCTGGAGGTGCAGATATAAAGGGTTTGGAGGCTGCTTTAG
ATAAGGCTGTCAATTCAGAAGATAGTAAGAGGACAGCAGGAGGAATTGATCTGGAAAGCATGAGTGTATGGCAACAGGATGCTTTACTGGTTTTCCGGACCCTCTGCAAGATGTCTTTGAAGGAAGAGACTGATGAGTTTGTTACAAAAATGAAGCTTATTTCACTTGAGCTGCTTCAGGGATTGTTAGAAGGTGTTAGT
CCCTCTTTCACTGTCAATTTCCATTTTATTGACTCAGTCAGAACCTACCTTTCATATGCATTACTCAGGGCATGTGTTTCCCCATCTTCTTCAATTTTTCAGTATGCTTCTGGTATCTTCACTGTCTTATTACTGAGGTTCAGAGAAGGCTTGAAGGTAGAAATTGGCATATTTTTCCCATTGATTATTCTGCGATCCCT
TGACAGTTCAGACAGTCCTCTTCATCAAAGGACATGTATTCTCAGGATGCTTGAAAAAGTCTGCAAGGACTCTCAGATGCTGGCAGATATATTTGTGAATTATGACTGTGATCTAGAGGCTACCAATCTGTTTGAGCGAATGGTCAATGCTCTGTCGAGGATTGCACAGGGTACGCTAAATACAGATCCCAGCTCCATAA
CTCTTGCACAGAACACTTCCATAAAAGTATCATCACTACAGTGTCTTGTGAATGTGCTAAAATCACTAGTAATATGGGCAAATGATCGTCAAGTATCGAAGGAGCATACGATATATTCTACACTTTCTGAAAAGGAGTCTAGCTCAGCTGGCACTGTGCCAACTGATGAACTTAGGATCAAAGACGACATACCTAGTCAA
TTTGAAAAGGCCAAGGCTCATAAATCAACATTGGAAGCTGCCATTGCAGAGTTCAATAGGAAGGCTAATAAAGGTGTTGACTATCTTCTGTCTAATATGTTGGTTGAGAAGACACCCCCTGCGGTAGCACATTTTCTAAGAACAACACCTGGCCTGGATAAGGCAATGATAGGTGACTTTTTGGGTCAACATGAAGAATT
CCCTCTTGCTGTTATGCATGCTTATGTAGACGCAATGAACTTTGCCGGCATGAAGTTTGATAGAGCGATTCGTGAGTTTCTTAAAGGATTTCGTCTACCCGGTGAAGCTCAAAAGATTGATCGTATTATGGAGAAATTCGCAGAGCGGTATTGTCGGGATAATCCAGGACTCTTCAAGAATGCTGATACAGCTTACATAC
TTGCATATGCAGTAATAATGCTAAATACAGATGCACACAATCCTATGGTGTGGCCAAAAATGTCAAAAGCTGATTTTGTTCGGATGAACTCAACAAGTGATGCCGAAGAATGTGCTCCCAAGGAGCTGTTGGAAGAAATTTATGATTCTGTATTGAAAGAGGAGATAAAGATGAAAGATGACAATGTTGATTCAGGCAAA
AGTAGTAAGCAAAAGCCAGATGCTGAGGAGAGAGGCCGGATTGTTACTATACTGAATTTGGCCATGCCAAGACTAAAGGCAGCAGATGACACAAAGAAGGAAAGTGAGGAAATTGTTAAGCGCACACAAGCCTTTTTTAAGAAGGGTGGGGCAAAGAGGGGTGTATTCTACACTGCTCAACAGATGGAACTTGTGAGACC
TATGCTCGAGGCTGTAGGATGGCCTTTACTTGCGGCATTTTCTGTCACAATGGAGGACAGTGATAACAAGCCTAGGGTTCTTCTTTGTATGGAGGGATTTAGATTAGGCATCCATCTTACAATGGTGCTTGGCATGTATACCATGCGATATGCTTTCTTGACATCTTTAGTAAGGTTTACATTTCTCCATGCACCAAAAG
AGATGCGGAGCAAAAATGTAGAGGCTCTACGGACCTTGCTGATATTGTGCGACAGTGAGACTGATGCATTGCAGGATACTTGGAATGCTGTCTTAGAATGTGTTTCAAGGCTTGAGTATATCACATCAACACCTTCTATTGCTGCAACGGTTATGCATGGTTCAAATCAGATATCTAGGGATGCTTTGCTTCAGTCACTA
AAAGAACTTACTGGAAAACCAACTGAACATGTATTTGTGAATAGTGTAAAGTTACCAAGTGATGCAATTGTGGAGTTTTTCACAGCTTTATGTGGTGTTTCGGCTGAAGAACTAAAACAAACCCCTGCCCGGGTTTTTAGTCTACAAAAACTTGTTGAGATAAGTTACTACAACATGGCCCGGATACGCATGGTAAGGAT
TCGGAGCTCATTGATATATGTTACAAAGACTTTAAATTACCGTTTGTTCTTTCTCTTCTACCTTTGTGAATTGAATAAAGCTTTTAAATTAAGTTGTGTCTTCTACATTCCTATTTTCCCCTTTTCAGGTTTGGGCTAGAATATGGTCAGTTCTCTCACATCACTTTATCTCAGCGGGAAGCCATCATGATGAGAAGATT
GCCATGTATGCAATTGACTCGCTAAGACAGCTTGGTATGAAATATTTGGAGAGGGAAGAACTTGCTAAGTTTACCTTTCAGAATGATATCTTGAAACCATTTGTTATCCTCATGCGAAATAGTAGAAGTGCAACTATTCGTACTCTCATTGTTGACTGCATTGTTCAGATGATCAAATCGAAGGTTGGTAGCATTAAATC
TGGCTGGAGAAGTGTGTTTATGATATTTACAGCTGCAGCTGATGATGAAACAGAGTCCATTGCTGAAAGTGCATTTGAGAACGTGGAGCAAGTGGTCTTAGAACACTTTGATCAGGTTGTGGGGGATTGCTTTATGGACTGTGTCAACTGTCTTATTGGATTTGCTAACAATAAAAGCTGTCCCAGAATTAGCTTGAAGG
CCATTGCTCTGCTTCGTATTTGTGAAGACCGGCTAGCGGAGGGCCTAATTCCAGGCGGGGCCCTGAAACCTGTGGAAGTTATTGGCACAGATGCAGACACTGATGTAACAGAACATTATTGGTTTCCAATGCTTGCGGGATTGTCAGATTTAACCTCTGATCCTCGGACAGAAGTGAGAAACTGTGCACTTGAGGTGCTT
TTTGATCTGCTGAAGGAGAGAGGTCACAAATTCTCATCAGCATTCTGGGAGAATGTATTTCATCGTGTATTGTTCCCCATATTTGATCAAGTGAGACATGCAGGAAAGGATGGCAATCTGCCCTCTTCTGGGGATCAGTGGCTTCATGAAACATGTATTCATTCCCTTCAACTGCTTTGTGATCTCTTCAGCAGCTTCTA
CAAGGAGGTTTCTTTTATGCTACCATCCCTGCTGGCACTGTTGTTAGATTGTGCTAAAAAGCCAGACCAAGCTGTAGCATCAATCTCTTGTGGTGCTTTGGTACATCTTATAAAGGTTGGAGGTCATCAATTCAATGATAAGGATTGGGATACTTTATTGACAAGCATTCGCGATGCATCCTACACAACACAACCCTTAG
AACTATTGAACACACAGGGTTTTGATTATACAAGGAAAATTATGAAAGGAGATCGAACTCCATCTACAACTGCTACTGATGGTGCAGGGTCAGATGGAGACACTTATAGCTATGAGAACGGAAATTCATTTGCCAGTACGCAAAGAATTAGTAATAGTGTTGTTCAGAGACACCAAAATCTCTCTGGCGTGGAAGTGTGG
GTTCCAGATGGCCAAGGGAGGTCAAACCTTGAGGATTCTGAAGGCATGTCATCATCATCAGTGGATGTAAGGTCGCCCAGAGAAAATCTGTCTAAAAATCAAACCCTTGGCCAAAAAATTATGGGAAACATGATGGATACACTTCTGCTTAAGAATCTTACTTTTAAGCAAAAGGGACGCGCAGGAGATATTCTAGTTCC
GACATCTCCTACTCAGCAGGTACCTGATATTGTAGAGCCATCCCCTATGGAGAGTGAAGAGAACCCTTTATTGACATGTATAAGAGGGAAATGCATTACTCAACTTTTATTGCTGGGTGCAATTGACTGTATCCAGAAAAACCATTGGAATAGATTACAGCGCTCTCACAAGATCGTAATAATGGATATATTGCTATCTA
TTTTGGACTTTGCGGCTTCTTATAATTCATCTGCAAATCTTAGGATGCGAATGCATCAGATTCCAGCTGACAGGTTGCCTGTCAATATTCTACGTCAGGAAATTGAAGGAACACGCATCTATTTGGAAGTATTACAGAAGAGTACTGGGCAGCATAACACAAATGGTGAAGATTTAAAAAATAATATTTCAAATATAGAT
TATTCATCTGCAGCGAATGTATCCAATCACATGGACATCAAACAGGAAGAGGAGAAGCTCAGAGAAATAGCAGAGCAAAAGCTAGTGTCATTTTGTGGGCAGATTTTAAAGGACACATCTGAACTTCAACCTGGTCCTGGTGAAGCTGTTGATGCTGATGTGCATCGTGTTCTTGTTTTACGCTCCCCAGTCATTGTTAA
GGTGTTGAGTGGGATGTGCATTATGAATAAGAATATTTTCAAGAGACACCTTGGGGAGTTTTTTCCTTCTGTCACAAAACTTGTGTGCAGTGACCAGATGGATGTGCGGCGGGCATTGGGTGACCTCTTTAAGAAACAGCTAATAGGCCTTTTGCCTTGATTTCACTTTTCAATATTATTGTATCCTGGTTTCAGTTTCC
ATTATTATTTCATTATTTGGCCATTCTTTGGCATTAGAAGATCTGTAGTCCCTGAGAAGTGTTTTCCATATTGCCAAGATCATTGTTGGTTCTCTAAGATAAGGACACCTTGGTGTCATTTCTTAGACGAGGATATAGCCAGTTTACATGTCTAGATAGTGTCTAGCGATGCACGCCAAGGTAGCACTTGTCCTTCAAAA
GTTTTGATTACCTTCAATGGTCCTCCATTTATTTGCTTTTGTTACACATCTCTCAAAATTAGGGAACTGCAAGAATATGCCTTGTTTTAAGGGTGAAGAGATGCTCTAGATAGTAATTCTTTTATCTAAAATTTAAATAGGTTGTGAGGTTCTGCCTACATCATCATGGTAGTGCCAATTGTAGTTTTATGTCTTCCATC
AATTACAAGCGTACCGTTCTTATTCTCAATTTGAGGCTCTCCATTTGGTTGTAAATGAATTTAGCAGTCCGTGGTCAAATAAGAAGTTCAACATAAACTTATCTAACTGGTACTTTTGTGTTTATAAAGGCATATGTTGAAGAAGAGTTAATGTTACTTGCTAAAAGGGTAATCTCTTGAACCCCTTCATCTTGAGCTAT
ATACTGTCTACATTTTCAGTGAGAA

>TRINITY_DN122209_c4_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:

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GAACTTGAAGTCCTAACACATGAAAACAACGGTTCTTATTTGTAATTGATGAAAGTATATATTTTAATGTGCTTCTCCAAGATTGTATTCAAAGAATAGTGGTATTGACAGGGATGGGGAAAATTCGACACAAGAGGAAGCAGATACCACAGCTTCTCAATCAAGCATGTCTGCTGTTACTGGAGAGGATCACCAGCCCC
AAAATTTGAGTACAAGTGAAGCGATTTCAGCAACACTGTCAACTGCTGGTCATACATTAGAAGGATCAGAAGCAGAGCTTGTCCTTCAGCCACTCAGGCTTGCATTTGAGACAAAGAATCCAAAGCTCGTTGAACCTGCTCTTGATTGTCTTCATAAGCTTATAGCGTATGAGCATTTGGAAGGTGATGGTGGTCTAGAA
GGTGGTAAGAATGGTGCAATATTTACTGACATCATAAACATGGTCTGTGGTTGCGTGGATAATGCAGCACCGGACAGCACTGTTCTGCAAGTTTTGAAGGTGCTTCTAACTGCTGTGGCTTCAACAAAGTTCAGAGTTCATGGAGAGTGTCTGCTATGTGTGATACGCACATGCTATAATATTGCACTTAACAGCAAGAG
TGCAATAAATCAGGCTACATCAAAGGCTATGCTCACTCAAATGATCAGCACTGTCTTCAGGAGGATGGAATCTGATGAAAAGGTGGTGATTTTTCCTTCTATTTTACTGGATATCTGCTGTGTTGTCTATTTTGTCAAGTTTGATATTTTGTTATCAATGGTTCTTGATATTTAGTTCTTTGTGCACAGAATCAGGGTTG
TGTTCCTCTTCCTAGAGCAAACACATTCGATCTTCCCATTCATTCTGCAACTGGCCCTCCTATACAGGACAATGATTCCAACTCAGAAACATTTAAACAGGAAAGTCAAGAAATTGTGTCGGAGAGCTCCTCTGATCAAGATGGCAAAGATGCAGGAGCTATAACACTAGGAGATGCTCTTTCCCTGGACAGATTGAGAG
ATGAAGCCCTTGTATCTGTAGAGGAACTCCAACATCTTGCTGGAGGTGCAGATATAAAGGGTTTGGAGGCTGCTTTAGATAAGGCTGTCAATTCAGAAGATAGTAAGAGGACAGCAGGgtaagggttctcgtttcaagtgggccgagacatcaagtattatgattctttagcaattgttacttttgaggctaagtaggaa
gattacacgagctgttccaaatttactaaaagtcttgtacatgatttgtatttataattttttgttaattgtgtgttttaattgcttttagAGGAATTGATCTGGAAAGCATGAGTGTATGGCAACAGGATGCTTTACTGGTTTTCCGGACCCTCTGCAAGGTGTGAATATTTGCTGGCTTTCGTGAGAAGGCTAAAGTT
TGTGCATCTTGTGTGCTAACTACCAGTATACTCTTTATATAGAATATGTTAAATGACTCAAATCAGTCTTAACTATGTAGAGTATATAGCATGGATAATAATATTGCCTGAATTTAGAATTTAGCTACCATTATCAAAGGGCCATTTGATTGAAACTGGTCTTACAGATGTCTTTGAAGGAAGAGACTGATGAGTTTGTT
ACAAAAATGAAGCTTATTTCACTTGAGCTGCTTCAGGGATTGTTAGAAGGTGTTAGTCCCTCTTTCACTGTCAATTTCCATTTTATTGACTCAGTCAGAACCTACCTTTCATATGCATTACTCAGGGCATGTGTTTCCCCATCTTCTTCAATTTTTCAGTATGCTTCTGGTATCTTCACTGTCTTATTACTGAGGTTCAG
AGAAGGCTTGAAGGTAGAAATTGGCATATTTTTCCCATTGATTATTCTGCGATCCCTTGACAGTTCAGACAGTCCTCTTCATCAAAGGACATGTATTCTCAGGATGCTTGAAAAAGTCTGCAAGGACTCTCAGATGCTGGCAGATATATTTGTGAATTATGACTGTGATCTAGAGGCTACCAATCTGTTTGAGCGAATGG
TCAATGCTCTGTCGAGGATTGCACAGGGTACGCTAAATACAGATCCCAGCTCCATAACTCTTGCACAGAACACTTCCATAAAAGTATCATCACTA

Intron 11 GTAAGACTAC ... GAGGTTGAAG

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A10	0	1	0	0

>TRINITY_DN120921_c0_g1_i9 from sample A3 / Example spliced isoform

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TAAATTGTGATAACAGGTCGGATGCTACGGTTGAAAGTTGGCATTTCGATTATCGTTAGCAATGAACAGAGGCCTCATACGAAACACATGAAGCCTTTAGGTTGGTTTGATTGCAACACATGCATTTGAGATCGATAAGCGTCTCTCATTTATATAATACTGCCAGCGATTCTTCCGCCATCTTCCTACGCCTGCCCGGA
TCCTTTGTTTCTGCACTTCAAATTTTGGGATTCGAAGCTCGAAGGTTTCGACCGCCATGCTATAACTGTGTGGACCGGAATGGGATCGATTACCAGTGAAAAATTTGATTAGATTGTAGAGGCGTTAAATTTGGGGTTTTGGGTGTTTTGGTGGGAAACCTTAGGGCTTATACTCTGTAGATCCTTCCTTGATAATTGGC
ACTGTTTTAGTACCTGGCATTCTGCGGGAGTTATACCGATCCAGATCTCTGTGCTGGAGCTGGATTTTCGGTGGATCTGCGTGTTTGCTAGCCCCGCAATCGCGGCATCTCAGCCACCGGAGTGACTTTATATTCTATCGGGGCCTATAGTGTATGGGAGTTGAACTCTCGACCGTTAGTTGGGGAATGCTACCAATTGA
TCATGTGCTTAAACTGTTAGCCCTTGGCTGGGAATTGAGACTTACTTTTTTAACCCCTGCATTAAAGGGAAGATCACTCAATGATTCTGATTACTGGTCCATTAAAACGCCGATGGGGCGAAAGATGAGTTAAGGAGTGGAGAAAGTAATTGCCCTTGACATTGCCTATAATTTTCTGCACTCTCGAGGGTACCTCATGT
GGCACTACTATTAAAGTTCTGCTACGTATTCGGATTAAATCGCACAAGTGGGAGAACTTAGAAGTCTTCCGAAAGGATACACACGATTGTTGTGGAATATGATTAGAAGAGTCATTGCTTGCAGTGAAAGCTGCATATGTTTTTTGCAAGCGTGAAACGAACCATATTTCATGATTCCGAGGTAGGGATTGCTCTAAAAT
GTCAAGTTTTAGGATTGTTCAGTTCTACGGAATCGTAAAGCACCTAAAGATTGATTGTATACATGCCAAAGAAGATAAATGTATACCAAACAGGTGCAATCAAAGCTACAGCTACAATCTTGAGATTTGGATTTGAAAAGCCTCTGGACTATATCAATTTTCAAGTTGGATGATGAGACGGCACACTCAGAATTAGGGGC
AATGTAAAAACAACACTCCCAAGAGCAAGAGGCTGAAAATAACATTTGATTATTTTAATTCAATGGCTGGAGCTGCAGGTAGCTTTGTTACCCGGTCGTTTGAATGCATGCTGAAAGAGTCTACGGGAAAGAAGTATGGGAATCTTCAAAAGGCTCTTAAATCATACTTAGAGAGTTCGAAGGAAATAGGTCACCAGCCC
TCATCTCAACGGGACCAATCTACAACAAATATAGCAACAGATGAAAAGGATGGGGAAAATTCGACACAAGAGGAAGCAGATACCACAGCTTCTCAATCAAGCATGTCTGCTGTTACTGGAGAGGATCACCAGCCCCAAAATTTGAGTACAAGTGAAGCGATTTCAGCAACACTGTCAACTGCTGGTCATACATTAGAAGG
ATCAGAAGCAGAGCTTGTCCTTCAGCCACTCAGGCTTGCATTTGAGACAAAGAATCCAAAGCTCGTTGAACCTGCTCTTGATTGTCTTCATAAGCTTATAGCGTATGAGCATTTGGAAGGTGATGGTGGTCTAGAAGGTGGTAAGAATGGTGCAATATTTACTGACATCATAAACATGGTCTGTGGTTGCGTGGATAATG
CAGCACCGGACAGCACTGTTCTGCAAGTTTTGAAGGTGCTTCTAACTGCTGTGGCTTCAACAAAGTTCAGAGTTCATGGAGAGTGTCTGCTATGTGTGATACGCACATGCTATAATATTGCACTTAACAGCAAGAGTGCAATAAATCAGGCTACATCAAAGGCTATGCTCACTCAAATGATCAGCACTGTCTTCAGGAGG
ATGGAATCTGATGAAAAGAATCAGGGTTGTGTTCCTCTTCCTAGAGCAAACACATTCGATCTTCCCATTCATTCTGCAACTGGCCCTCCTATACAGGACAATGATTCCAACTCAGAAACATTTAAACAGGAAAGTCAAGAAATTGTGTCGGAGAGCTCCTCTGATCAAGATGGCAAAGATGCAGGAGCTATAACACTAGG
AGATGCTCTTTCCCTGGACAGATTGAGAGATGAAGCCCTTGTATCTGTAGAGGAACTCCAACATCTTGCTGGAGGTGCAGATATAAAGGGTTTGGAGGCTGCTTTAGATAAGGCTGTCAATTCAGAAGATAGTAAGAGGACAGCAGGAGGAATTGATCTGGAAAGCATGAGTGTATGGCAACAGGATGCTTTACTGGTTT
TCCGGACCCTCTGCAAGATGTCTTTGAAGGAAGAGACTGATGAGTTTGTTACAAAAATGAAGCTTATTTCACTTGAGCTGCTTCAGGGATTGTTAGAAGGTGTTAGTCCCTCTTTCACTGTCAATTTCCATTTTATTGACTCAGTCAGAACCTACCTTTCATATGCATTACTCAGGGCATGTGTTTCCCCATCTTCTTCA
ATTTTTCAGTATGCTTCTGGTATCTTCACTGTCTTATTACTGAGGTTCAGAGAAGGCTTGAAGGTAGAAATTGGCATATTTTTCCCATTGATTATTCTGCGATCCCTTGACAGTTCAGACAGTCCTCTTCATCAAAGGACATGTATTCTCAGGATGCTTGAAAAAGTCTGCAAGGACTCTCAGATGCTGGCAGATATATT
TGTGAATTATGACTGTGATCTAGAGGCTACCAATCTGTTTGAGCGAATGGTCAATGCTCTGTCGAGGATTGCACAGGGTACGCTAAATACAGATCCCAGCTCCATAACTCTTGCACAGAACACTTCCATAAAAGTATCATCACTACAGTGTCTTGTGAATGTGCTAAAATCACTAGTAATATGGGCAAATGATCGTCAAG
TATCGAAGGAGCATACGATATATTCTACACTTTCTGAAAAGGAGTCTAGCTCAGCTGGCACTGTGCCAACTGATGAACTTAGGATCAAAGACGACATACCTAGTCAATTTGAAAAGGCCAAGGCTCATAAATCAACATTGGAAGCTGCCATTGCAGAGTTCAATAGGAAGGCTAATAAAGGTGTTGACTATCTTCTGTCT
AATATGTTGGTTGAGAAGACACCCCCTGCGGTAGCACATTTTCTAAGAACAACACCTGGCCTGGATAAGGCAATGATAGGTGACTTTTTGGGTCAACATGAAGAATTCCCTCTTGCTGTTATGCATGCTTATGTAGACGCAATGAACTTTGCCGGCATGAAGTTTGATAGAGCGATTCGTGAGTTTCTTAAAGGATTTCG
TCTACCCGGTGAAGCTCAAAAGATTGATCGTATTATGGAGAAATTCGCAGAGCGGTATTGTCGGGATAATCCAGGACTCTTCAAGAATGCTGATACAGCTTACATACTTGCATATGCAGTAATAATGCTAAATACAGATGCACACAATCCTATGGTGTGGCCAAAAATGTCAAAAGCTGATTTTGTTCGGATGAACTCAA
CAAGTGATGCCGAAGAATGTGCTCCCAAGGAGCTGTTGGAAGAAATTTATGATTCTGTATTGAAAGAGGAGATAAAGATGAAAGATGACAATGTTGATTCAGGCAAAAGTAGTAAGCAAAAGCCAGATGCTGAGGAGAGAGGCCGGATTGTTACTATACTGAATTTGGCCATGCCAAGACTAAAGGCAGCAGATGACACA
AAGAAGGAAAGTGAGGAAATTGTTAAGCGCACACAAGCCTTTTTTAAGAAGGGTGGGGCAAAGAGGGGTGTATTCTACACTGCTCAACAGATGGAACTTGTGAGACCTATGCTCGAGGCTGTAGGATGGCCTTTACTTGCGGCATTTTCTGTCACAATGGAGGACAGTGATAACAAGCCTAGGGTTCTTCTTTGTATGGA
GGGATTTAGATTAGGCATCCATCTTACAATGGTGCTTGGCATGTATACCATGCGATATGCTTTCTTGACATCTTTAGTAAGGTTTACATTTCTCCATGCACCAAAAGAGATGCGGAGCAAAAATGTAGAGGCTCTACGGACCTTGCTGATATTGTGCGACAGTGAGACTGATGCATTGCAGGATACTTGGAATGCTGTCT
TAGAATGTGTTTCAAGGCTTGAGTATATCACATCAACACCTTCTATTGCTGCAACGGTTATGCATGGTTCAAATCAGATATCTAGGGATGCTTTGCTTCAGTCACTAAAAGAACTTACTGGAAAACCAACTGAACATGTATTTGTGAATAGTGTAAAGTTACCAAGTGATGCAATTGTGGAGTTTTTCACAGCTTTATGT
GGTGTTTCGGCTGAAGAACTAAAACAAACCCCTGCCCGGGTTTTTAGTCTACAAAAACTTGTTGAGATAAGTTACTACAACATGGCCCGGATACGCATGGTTTGGGCTAGAATATGGTCAGTTCTCTCACATCACTTTATCTCAGCGGGAAGCCATCATGATGAGAAGATTGCCATGTATGCAATTGACTCGCTAAGACA
GCTTGGTATGAAATATTTGGAGAGGGAAGAACTTGCTAAGTTTACCTTTCAGAATGATATCTTGAAACCATTTGTTATCCTCATGCGAAATAGTAGAAGTGCAACTATTCGTACTCTCATTGTTGACTGCATTGTTCAGGTAAAAGTATGTGTCTGTGATGCTTATTATCCAACAGCAGTGGATAGGCCTATATGTGTTC
AGAATAGTTCTAAATGGAAGTATAAGATCTTTAATTACTTTTTCCCATTTGTATGTATCTAGTAGCTATTAATATGGGAGTTACTATGCATCAGATGATCAAATCGAAGGTTGGTAGCATTAAATCTGGCTGGAGAAGTGTGTTTATGATATTTACAGCTGCAGCTGATGATGAAACAGAGTCCATTGCTGAAAGTGCAT
TTGAGAACGTGGAGCAAGTGGTCTTAGAACACTTTGATCAGGTTGTGGGGGATTGCTTTATGGACTGTGTCAACTGTCTTATTGGATTTGCTAACAATAAAAGCTGTCCCAGAATTAGCTTGAAGGCCATTGCTCTGCTTCGTATTTGTGAAGACCGGCTAGCGGAGGGCCTAATTCCAGGCGGGGCCCTGAAACCTGTG
GAAGTTATTGGCACAGATGCAGACACTGATGTAACAGAACATTATTGGTTTCCAATGCTTGCGGGATTGTCAGATTTAACCTCTGATCCTCGGACAGAAGTGAGAAACTGTGCACTTGAGGTGCTTTTTGATCTGCTGAAGGAGAGAGGTCACAAATTCTCATCAGCATTCTGGGAGAATGTATTTCATCGTGTATTGTT
CCCCATATTTGATCAAGTGAGACATGCAGGAAAGGATGGCAATCTGCCCTCTTCTGGGGATCAGTGGCTTCATGAAACATGTATTCATTCCCTTCAACTGCTTTGTGATCTCTTCAGCAGCTTCTACAAGGAGGTTTCTTTTATGCTACCATCCCTGCTGGCACTGTTGTTAGATTGTGCTAAAAAGCCAGACCAAGCTG
TAGCATCAATCTCTTGTGGTGCTTTGGTACATCTTATAAAGGTTGGAGGTCATCAATTCAATGATAAGGATTGGGATACTTTATTGACAAGCATTCGCGATGCATCCTACACAACACAACCCTTAGAACTATTGAACACACAGGGTTTTGATTATACAAGGAAAATTATGAAAGGAGATCGAACTCCATCTACAACTGCT
ACTGATGGTGCAGGGTCAGATGGAGACACTTATAGCTATGAGAACGGAAATTCATTTGCCAGTACGCAAAGAATTAGTAATAGTGTTGTTCAGAGACACCAAAATCTCTCTGGCGTGGAAGTGTGGGTTCCAGATGGCCAAGGGAGGTCAAACCTTGAGGATTCTGAAGGCATGTCATCATCATCAGTGGATGTAAGGTC
GCCCAGAGAAAATCTGTCTAAAAATCAAACCCTTGGCCAAAAAATTATGGGAAACATGATGGATACACTTCTGCTTAAGAATCTTACTTTTAAGCAAAAGGGACGCGCAGGAGATATTCTAGTTCCGACATCTCCTACTCAGCAGGTACCTGATATTGTAGAGCCATCCCCTATGGAGAGTGAAGAGAACCCTTTATTGA
CATGTATAAGAGGGAAATGCATTACTCAACTTTTATTGCTGGGTGCAATTGACTGTATCCAGAAAAACCATTGGAATAGATTACAGCGCTCTCACAAGATCGTAATAATGGATATATTGCTATCTATTTTGGACTTTGCGGCTTCTTATAATTCATCTGCAAATCTTAGGATGCGAATGCATCAGATTCCAGCTGACAGG
TTGCCTGTCAATATTCTACGTCAGGAAATTGAAGGAACACGCATCTATTTGGAAGTATTACAGAAGAGTACTGGGCAGCATAACACAAATGGTGAAGATTTAAAAAATAATATTTCAAATATAGATTATTCATCTGCAGCGAATGTATCCAATCACATGGACATCAAACAGGAAGAGGAGAAGCTCAGAGAAATAGCAGA
GCAAAAGCTAGTGTCATTTTGTGGGCAGATTTTAAAGGACACATCTGAACTTCAACCTGGTCCTGGTGAAGCTGTTGATGCTGATGTGCATCGTGTTCTTGTTTTACGCTCCCCAGTCATTGTTAAGGTGTTGAGTGGGATGTGCATTATGAATAAGAATATTTTCAAGAGACACCTTGGGGAGTTTTTTCCTTCTGTCA
CAAAACTTGTGTGCAGTGACCAGATGGATGTGCGGCGGGCATTGGGTGACCTCTTTAAGAAACAGCTAATAGGCCTTTTGCCTTGATTTCACTTTTCAATATTATTGTATCCTGGTTTCAGTTTCCATTATTATTTCATTATTTGGCCATTCTTTGGCATTAGAAGATCTGTAGTCCCTGAGAAGTGTTTTCCATATTGC
CAAGATCATTGTTGGTTCTCTAAGATAAGGACACCTTGGTGTCATTTCTTAGACGAGGATATAGCCAGTTTACATGTCTAGATAGTGTCTAGCGATGCACGCCAAGGTAGCACTTGTCCTTCAAAAGTTTTGATTACCTTCAATGGTCCTCCATTTATTTGCTTTTGTTACACATCTCTCAAAATTAGGGAACTGCAAGA
ATATGCCTTGTTTTAAGGGTGAAGAGATGCTCTAGATAGTAATTCTTTTATCTAAAATTTAAATAGGTTGTGAGGTTCTGCCTACATCATCATGGTAGTGCCAATTGTAGTTTTATGTCTTCCATCAATTACAAGCGTACCGTTCTTATTCTCAATTTGAGGCTCTCCATTTGGTTGTAAATGAATTTAGCAGTCCGTGG
TCAAATAAGAAGTTCAACATAAACTTATCTAACTGGTACTTTTGTGTTTATAAAGGCATATGTTGAAGAAGAGTTAATGTTACTTGCTAAAAGGGTAATCTCTTGAACCCCTTCATCTTGAGCTATATACTGTCTACATTTTCAGTGAGAAACAGTCGCATTGTGTTCCTCTACATGGAATTGCTAACTTGTACCTGGGA
TATGTCGTTTTTGTAAAATTGTATGTGGCTGTTTAACATATTTTTGAAGTGTCTATGTGCGAATGTAGAAGCTTTTATTTGAAACCTGGCAAGGGGAAAAACCGCATTAAGAGGTTTCATTTATGTGTTTTGCATTGAAGCTTTCACTAGCCAGTTTTTATTTATGCTCAAATATTTCCTTTGACTCCCAATATCAGAGG
CTGTTATAGGGGGTTGTATGCAAGCACAAATGATCAAGCTATGCTATCATGTCTTCAGAAATTCAATGGCATCATAATTTGTTTCTTAGGAGGGCTGACACTTGGAGGCTAAACAATTTTTCAGTATCTAGAATTGTTATTATGGCGTTTTATATTCCTATCTGGTAAAGGAAGTTCCAATATCACGAGTGATTATGAAG
GCATTGCGTCGTCTCTTGCAAAAGTGATTATTCTGTTCTTTTTGTTGGAACCTTTCAGATGGAAGGAGGAAGAATGAAGATTATAATTAAAGCTAGTCTCTGGAATTTCTAGTAGTTGATTCAATTTGTCACCAGTGTAAAATATAGCTGGAAAAATTAGAGTTCAAGGAGATAGGCTCTCTACTTGTTTTATTGTAGAT
CTCATGATTGTCTTTCTTCATTTTCTGCCATTCTGAAGTTTGCTTCTCGCTGTGAAACAAAGGGCAACTAAGAATGTTTTTCTTTCCGCTTTTTAATGTTGTGACAGTAAAGCAAGGTGAAGAGTGCCTACGCACACCACTTTATTATAAACTTGTTGATTCTTTTCTTTTGGTTATATGAATG

>TRINITY_DN120921_c0_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:

ACCAATCTGTTTGAGCGAATGgtaagactacatgttacttttgagtgagcaaatcaattttatcatttatttaatttgataattttgaagaactatcaatttttaactttgagaattccttttatacgaggttgaagGTCAATGCTCTGTCGAGGATTGCACAGGGTACGCTAAATACAGATCCCAGCTCCATAACTCTT
GCACAGAACACTTCCATAAAAGTATCATCACTACAGGTATTGTGTTTCATTATTTAGCGGTAGGGATTGCCAATAGGAAATAGTGAAGATAAAATATCCTTACCGCCTCACAATATTTGCTTTACAA

Intron 12 GTAATCTCTT ... CCAATATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	52	6	6	7
A2	62.5	6	5	15
A3	71.43	1	2	3
A4	68.42	3	10	3
A5	71.43	1	3	2
A6	52	18	26	13
A7	60.66	12	25	12
A8	65.12	15	48	8
A9	50.62	20	23	18
A10	53.85	6	10	4

>TRINITY_DN42254_c0_g1_i3 from sample A9 / Example spliced isoform

CTCTAAAATGTCAAGTTTTAGGATTGTTCAGTTCTACGGAATCGTAAAGCACCTAAAGATTGATTGTATACATGCCAAAGAAGATAAATGTATACCAAACAGGTGCAATCAAAGCTACAGCTACAATCTTGAGATTTGGATTTGAAAAGCCTCTGGACTATATCAATTTTCAAGTTGGATGATGAGACGGCACACTCAGA
ATTAGGGGCAATGTAAAAACAACACTCCCAAGAGCAAGAGGCTGAAAATAACATTTGATTATTTTAATTCAATGGCTGGAGCTGCAGGTAGCTTTGTTACCCGGTCGTTTGAATGCATGCTGAAAGAGTCTACGGGAAAGAAGTATGGGAATCTTCAAAAGGCTCTTAAATCATACTTAGAGAGTTCGAAGGAAATAGGT
CACCAGCCCTCATCTCAACGGGACCAATCTACAACAAATATAGCAACAGATGAAAAGGATGGGGAAAATTCGACACAAGAGGAAGCAGATACCACAGCTTCTCAATCAAGCATGTCTGCTGTTACTGGAGAGGATCACCAGCCCCAAAATTTGAGTACAAGTGAAGCGATTTCAGCAACACTGTCAACTGCTGGTCATAC
ATTAGAAGGATCAGAAGCAGAGCTTGTCCTTCAGCCACTCAGGCTTGCATTTGAGACAAAGAATCCAAAGCTCGTTGAACCTGCTCTTGATTGTCTTCATAAGCTTATAGCGTATGAGCATTTGGAAGGTGATGGTGGTCTAGAAGGTGGTAAGAATGGTGCAATATTTACTGACATCATAAACATGGTCTGTGGTTGCG
TGGATAATGCAGCACCGGACAGCACTGTTCTGCAAGTTTTGAAGGTGCTTCTAACTGCTGTGGCTTCAACAAAGTTCAGAGTTCATGGAGAGTGTCTGCTATGTGTGATACGCACATGCTATAATATTGCACTTAACAGCAAGAGTGCAATAAATCAGGCTACATCAAAGGCTATGCTCACTCAAATGATCAGCACTGTC
TTCAGGAGGATGGAATCTGATGAAAAGAATCAGGGTTGTGTTCCTCTTCCTAGAGCAAACACATTCGATCTTCCCATTCATTCTGCAACTGGCCCTCCTATACAGGACAATGATTCCAACTCAGAAACATTTAAACAGGAAAGTCAAGAAATTGTGTCGGAGAGCTCCTCTGATCAAGATGGCAAAGATGCAGGAGCTAT
AACACTAGGAGATGCTCTTTCCCTGGACAGATTGAGAGATGAAGCCCTTGTATCTGTAGAGGAACTCCAACATCTTGCTGGAGGTGCAGATATAAAGGGTTTGGAGGCTGCTTTAGATAAGGCTGTCAATTCAGAAGATAGTAAGAGGACAGCAGGAGGAATTGATCTGGAAAGCATGAGTGTATGGCAACAGGATGCTT
TACTGGTTTTCCGGACCCTCTGCAAGATGTCTTTGAAGGAAGAGACTGATGAGTTTGTTACAAAAATGAAGCTTATTTCACTTGAGCTGCTTCAGGGATTGTTAGAAGGTGTTAGTCCCTCTTTCACTGTCAATTTCCATTTTATTGACTCAGTCAGAACCTACCTTTCATATGCATTACTCAGGGCATGTGTTTCCCCA
TCTTCTTCAATTTTTCAGTATGCTTCTGGTATCTTCACTGTCTTATTACTGAGGTTCAGAGAAGGCTTGAAGGTAGAAATTGGCATATTTTTCCCATTGATTATTCTGCGATCCCTTGACAGTTCAGACAGTCCTCTTCATCAAAGGACATGTATTCTCAGGATGCTTGAAAAAGTCTGCAAGGACTCTCAGATGCTGGC
AGATATATTTGTGAATTATGACTGTGATCTAGAGGCTACCAATCTGTTTGAGCGAATGGTCAATGCTCTGTCGAGGATTGCACAGGGTACGCTAAATACAGATCCCAGCTCCATAACTCTTGCACAGAACACTTCCATAAAAGTATCATCACTACAGTGTCTTGTGAATGTGCTAAAATCACTAGTAATATGGGCAAATG
ATCGTCAAGTATCGAAGGAGCATACGATATATTCTACACTTTCTGAAAAGGAGTCTAGCTCAGCTGGCACTGTGCCAACTGATGAACTTAGGATCAAAGACGACATACCTAGTCAATTTGAAAAGGCCAAGGCTCATAAATCAACATTGGAAGCTGCCATTGCAGAGTTCAATAGGAAGGCTAATAAAGGTGTTGACTAT
CTTCTGTCTAATATGTTGGTTGAGAAGACACCCCCTGCGGTAGCACATTTTCTAAGAACAACACCTGGCCTGGATAAGGCAATGATAGGTGACTTTTTGGGTCAACATGAAGAATTCCCTCTTGCTGTTATGCATGCTTATGTAGACGCAATGAACTTTGCCGGCATGAAGTTTGATAGAGCGATTCGTGAGTTTCTTAA
AGGATTTCGTCTACCCGGTGAAGCTCAAAAGATTGATCGTATTATGGAGAAATTCGCAGAGCGGTATTGTCGGGATAATCCAGGACTCTTCAAGAATGCTGATACAGCTTACATACTTGCATATGCAGTAATAATGCTAAATACAGATGCACACAATCCTATGGTGTGGCCAAAAATGTCAAAAGCTGATTTTGTTCGGA
TGAACTCAACAAGTGATGCCGAAGAATGTGCTCCCAAGGAGCTGTTGGAAGAAATTTATGATTCTGTATTGAAAGAGGAGATAAAGATGAAAGATGACAATGTTGATTCAGGCAAAAGTAGTAAGCAAAAGCCAGATGCTGAGGAGAGAGGCCGGATTGTTACTATACTGAATTTGGCCATGCCAAGACTAAAGGCAGCA
GATGACACAAAGAAGGAAAGTGAGGAAATTGTTAAGCGCACACAAGCCTTTTTTAAGAAGGGTGGGGCAAAGAGGGGTGTATTCTACACTGCTCAACAGATGGAACTTGTGAGACCTATGCTCGAGGCTGTAGGATGGCCTTTACTTGCGGCATTTTCTGTCACAATGGAGGACAGTGATAACAAGCCTAGGGTTCTTCT
TTGTATGGAGGGATTTAGATTAGGCATCCATCTTACAATGGTGCTTGGCATGTATACCATGCGATATGCTTTCTTGACATCTTTAGTAAGGTTTACATTTCTCCATGCACCAAAAGAGATGCGGAGCAAAAATGTAGAGGCTCTACGGACCTTGCTGATATTGTGCGACAGTGAGACTGATGCATTGCAGGATACTTGGA
ATGCTGTCTTAGAATGTGTTTCAAGGCTTGAGTATATCACATCAACACCTTCTATTGCTGCAACGGTTATGCATGGTTCAAATCAGATATCTAGGGATGCTTTGCTTCAGTCACTAAAAGAACTTACTGGAAAACCAACTGAACATGTATTTGTGAATAGTGTAAAGTTACCAAGTGATGCAATTGTGGAGTTTTTCACA
GCTTTATGTGGTGTTTCGGCTGAAGAACTAAAACAAACCCCTGCCCGGGTTTTTAGTCTACAAAAACTTGTTGAGATAAGTTACTACAACATGGCCCGGATACGCATGGTTTGGGCTAGAATATGGTCAGTTCTCTCACATCACTTTATCTCAGCGGGAAGCCATCATGATGAGAAGATTGCCATGTATGCAATTGACTC
GCTAAGACAGCTTGGTATGAAATATTTGGAGAGGGAAGAACTTGCTAAGTTTACCTTTCAGAATGATATCTTGAAACCATTTGTTATCCTCATGCGAAATAGTAGAAGTGCAACTATTCGTACTCTCATTGTTGACTGCATTGTTCAGATGATCAAATCGAAGGTTGGTAGCATTAAATCTGGCTGGAGAAGTGTGTTTA
TGATATTTACAGCTGCAGCTGATGATGAAACAGAGTCCATTGCTGAAAGTGCATTTGAGAACGTGGAGCAAGTGGTCTTAGAACACTTTGATCAGGTTGTGGGGGATTGCTTTATGGACTGTGTCAACTGTCTTATTGGATTTGCTAACAATAAAAGCTGTCCCAGAATTAGCTTGAAGGCCATTGCTCTGCTTCGTATT
TGTGAAGACCGGCTAGCGGAGGGCCTAATTCCAGGCGGGGCCCTGAAACCTGTGGAAGTTATTGGCACAGATGCAGACACTGATGTAACAGAACATTATTGGTTTCCAATGCTTGCGGGATTGTCAGATTTAACCTCTGATCCTCGGACAGAAGTGAGAAACTGTGCACTTGAGGTGCTTTTTGATCTGCTGAAGGAGAG
AGGTCACAAATTCTCATCAGCATTCTGGGAGAATGTATTTCATCGTGTATTGTTCCCCATATTTGATCAAGTGAGACATGCAGGAAAGGATGGCAATCTGCCCTCTTCTGGGGATCAGTGGCTTCATGAAACATGTATTCATTCCCTTCAACTGCTTTGTGATCTCTTCAGCAGCTTCTACAAGGAGGTTTCTTTTATGC
TACCATCCCTGCTGGCACTGTTGTTAGATTGTGCTAAAAAGCCAGACCAAGCTGTAGCATCAATCTCTTGTGGTGCTTTGGTACATCTTATAAAGGTTGGAGGTCATCAATTCAATGATAAGGATTGGGATACTTTATTGACAAGCATTCGCGATGCATCCTACACAACACAACCCTTAGAACTATTGAACACACAGGGT
TTTGATTATACAAGGAAAATTATGAAAGGAGATCGAACTCCATCTACAACTGCTACTGATGGTGCAGGGTCAGATGGAGACACTTATAGCTATGAGAACGGAAATTCATTTGCCAGTACGCAAAGAATTAGTAATAGTGTTGTTCAGAGACACCAAAATCTCTCTGGCGTGGAAGTGTGGGTTCCAGATGGCCAAGGGAG
GTCAAACCTTGAGGATTCTGAAGGCATGTCATCATCATCAGTGGATGTAAGGTCGCCCAGAGAAAATCTGTCTAAAAATCAAACCCTTGGCCAAAAAATTATGGGAAACATGATGGATACACTTCTGCTTAAGAATCTTACTTTTAAGCAAAAGGGACGCGCAGGAGATATTCTAGTTCCGACATCTCCTACTCAGCAGG
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TATAATTCATCTGCAAATCTTAGGATGCGAATGCATCAGATTCCAGCTGACAGGTTGCCTGTCAATATTCTACGTCAGGAAATTGAAGGAACACGCATCTATTTGGAAGTATTACAGAAGAGTACTGGGCAGCATAACACAAATGGTGAAGATTTAAAAAATAATATTTCAAATATAGATTATTCATCTGCAGCGAATGT
ATCCAATCACATGGACATCAAACAGGAAGAGGAGAAGCTCAGAGAAATAGCAGAGCAAAAGCTAGTGTCATTTTGTGGGCAGATTTTAAAGGACACATCTGAACTTCAACCTGGTCCTGGTGAAGCTGTTGATGCTGATGTGCATCGTGTTCTTGTTTTACGCTCCCCAGTCATTGTTAAGGTGTTGAGTGGGATGTGCA
TTATGAATAAGAATATTTTCAAGAGACACCTTGGGGAGTTTTTTCCTTCTGTCACAAAACTTGTGTGCAGTGACCAGATGGATGTGCGGCGGGCATTGGGTGACCTCTTTAAGAAACAGCTAATAGGCCTTTTGCCTTGATTTCACTTTTCAATATTATTGTATCCTGGTTTCAGTTTCCATTATTATTTCATTATTTGG
CCATTCTTTGGCATTAGAAGATCTGTAGTCCCTGAGAAGTGTTTTCCATATTGCCAAGATCATTGTTGGTTCTCTAAGATAAGGACACCTTGGTGTCATTTCTTAGACGAGGATATAGCCAGTTTACATGTCTAGATAGTGTCTAGCGATGCACGCCAAGGTAGCACTTGTCCTTCAAAAGTTTTGATTACCTTCAATGG
TCCTCCATTTATTTGCTTTTGTTACACATCTCTCAAAATTAGGGAACTGCAAGAATATGCCTTGTTTTAAGGGTGAAGAGATGCTCTAGATAGTAATTCTTTTATCTAAAATTTAAATAGGTTGTGAGGTTCTGCCTACATCATCATGGTAGTGCCAATTGTAGTTTTATGTCTTCCATCAATTACAAGCGTACCGTTCT
TATTCTCAATTTGAGGCTCTCCATTTGGTTGTAAATGAATTTAGCAGTCCGTGGTCAAATAAGAAGTTCAACATAAACTTATCTAACTGGTACTTTTGTGTTTATAAAGGCATATGTTGAAGAAGAGTTAATGTTACTTGCTAAAAGGAGGCTGTTATAGGGGGTTGTATGCAAGCACAAATGATCAAGCTATGCTATCA
TGTCTTCAGAAATTCAATGGCATCATAATTTGTTTCTTAGGAGGGCTGACACTTGGAGGCTAAACAATTTTTCAGTATCTAGAATTGTTATTATGGCGTTTTATATTCCTATCTGGTAAAGGAAGTTCCAATATCACGAGTGATTATGAAGGCATTGCGTCGTCTCTTGCAAAAGTGATTATTCTGTTCTTTTTGTTGGA
ACCTTTCAGATGGAAGGAGGAAGAATGAAGATTATAATTAAAGCTAGTCTCTGGAATTTCTAGTAGTTGATTCAATTTGTCACCAGTGTAAAATATAGCTGGAAAAATTAGAGTTCAAGGAGATAGGCTCTCTACTTGTTTTATTGTAGATCTCATGATTGTCTTTCTTCATTTTCTGCCATTCTGAAGTTTGCTTCTCG
CTGTGAAACAAAGGGCAACTAAGAATGTTTTTCTTTCCGCTTTTTAATGTTGTGACAGTAAAGCAAGGTGAAGAGTGCCTACGCACACCACTTTATTATAAACTTGTTGATTCTTTTCTTTTGGTTATATGGATGTCCTAAAGTTTTCTGAGCTAGATTCTTTTCGTACGGATACTTATCAGGAACGATGTTTTTTCCTG
GAATTACGATGTAAGAAATGATCAAATTCTTTTGTTTTTGTGAACAAAGAATGTGAAGAAATTTGGACTGTTAAACTTATCCATGCAAACAATTGTATAATTCTGGGTATATCCTTTTATATTTGTTAGATGCTTAAGCACAGACAGACAAGCACAGAGTCAC

>TRINITY_DN42254_c0_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:

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ATTAGGGGCAATGTAAAAACAACACTCCCAAGAGCAAGAGGCTGAAAATAACATTTGATTATTTTAATTCAATGGCTGGAGCTGCAGGTAGCTTTGTTACCCGGTCGTTTGAATGCATGCTGAAAGAGTCTACGGGAAAGAAGTATGGGAATCTTCAAAAGGCTCTTAAATCATACTTAGAGAGTTCGAAGGAAATAGGT
CACCAGCCCTCATCTCAACGGGACCAATCTACAACAAATATAGCAACAGATGAAAAGGATGGGGAAAATTCGACACAAGAGGAAGCAGATACCACAGCTTCTCAATCAAGCATGTCTGCTGTTACTGGAGAGGATCACCAGCCCCAAAATTTGAGTACAAGTGAAGCGATTTCAGCAACACTGTCAACTGCTGGTCATAC
ATTAGAAGGATCAGAAGCAGAGCTTGTCCTTCAGCCACTCAGGCTTGCATTTGAGACAAAGAATCCAAAGCTCGTTGAACCTGCTCTTGATTGTCTTCATAAGCTTATAGCGTATGAGCATTTGGAAGGTGATGGTGGTCTAGAAGGTGGTAAGAATGGTGCAATATTTACTGACATCATAAACATGGTCTGTGGTTGCG
TGGATAATGCAGCACCGGACAGCACTGTTCTGCAAGTTTTGAAGGTGCTTCTAACTGCTGTGGCTTCAACAAAGTTCAGAGTTCATGGAGAGTGTCTGCTATGTGTGATACGCACATGCTATAATATTGCACTTAACAGCAAGAGTGCAATAAATCAGGCTACATCAAAGGCTATGCTCACTCAAATGATCAGCACTGTC
TTCAGGAGGATGGAATCTGATGAAAAGAATCAGGGTTGTGTTCCTCTTCCTAGAGCAAACACATTCGATCTTCCCATTCATTCTGCAACTGGCCCTCCTATACAGGACAATGATTCCAACTCAGAAACATTTAAACAGGAAAGTCAAGAAATTGTGTCGGAGAGCTCCTCTGATCAAGATGGCAAAGATGCAGGAGCTAT
AACACTAGGAGATGCTCTTTCCCTGGACAGATTGAGAGATGAAGCCCTTGTATCTGTAGAGGAACTCCAACATCTTGCTGGAGGTGCAGATATAAAGGGTTTGGAGGCTGCTTTAGATAAGGCTGTCAATTCAGAAGATAGTAAGAGGACAGCAGGAGGAATTGATCTGGAAAGCATGAGTGTATGGCAACAGGATGCTT
TACTGGTTTTCCGGACCCTCTGCAAGATGTCTTTGAAGGAAGAGACTGATGAGTTTGTTACAAAAATGAAGCTTATTTCACTTGAGCTGCTTCAGGGATTGTTAGAAGGTGTTAGTCCCTCTTTCACTGTCAATTTCCATTTTATTGACTCAGTCAGAACCTACCTTTCATATGCATTACTCAGGGCATGTGTTTCCCCA
TCTTCTTCAATTTTTCAGTATGCTTCTGGTATCTTCACTGTCTTATTACTGAGGTTCAGAGAAGGCTTGAAGGTAGAAATTGGCATATTTTTCCCATTGATTATTCTGCGATCCCTTGACAGTTCAGACAGTCCTCTTCATCAAAGGACATGTATTCTCAGGATGCTTGAAAAAGTCTGCAAGGACTCTCAGATGCTGGC
AGATATATTTGTGAATTATGACTGTGATCTAGAGGCTACCAATCTGTTTGAGCGAATGGTCAATGCTCTGTCGAGGATTGCACAGGGTACGCTAAATACAGATCCCAGCTCCATAACTCTTGCACAGAACACTTCCATAAAAGTATCATCACTACAGTGTCTTGTGAATGTGCTAAAATCACTAGTAATATGGGCAAATG
ATCGTCAAGTATCGAAGGAGCATACGATATATTCTACACTTTCTGAAAAGGAGTCTAGCTCAGCTGGCACTGTGCCAACTGATGAACTTAGGATCAAAGACGACATACCTAGTCAATTTGAAAAGGCCAAGGCTCATAAATCAACATTGGAAGCTGCCATTGCAGAGTTCAATAGGAAGGCTAATAAAGGTGTTGACTAT
CTTCTGTCTAATATGTTGGTTGAGAAGACACCCCCTGCGGTAGCACATTTTCTAAGAACAACACCTGGCCTGGATAAGGCAATGATAGGTGACTTTTTGGGTCAACATGAAGAATTCCCTCTTGCTGTTATGCATGCTTATGTAGACGCAATGAACTTTGCCGGCATGAAGTTTGATAGAGCGATTCGTGAGTTTCTTAA
AGGATTTCGTCTACCCGGTGAAGCTCAAAAGATTGATCGTATTATGGAGAAATTCGCAGAGCGGTATTGTCGGGATAATCCAGGACTCTTCAAGAATGCTGATACAGCTTACATACTTGCATATGCAGTAATAATGCTAAATACAGATGCACACAATCCTATGGTGTGGCCAAAAATGTCAAAAGCTGATTTTGTTCGGA
TGAACTCAACAAGTGATGCCGAAGAATGTGCTCCCAAGGAGCTGTTGGAAGAAATTTATGATTCTGTATTGAAAGAGGAGATAAAGATGAAAGATGACAATGTTGATTCAGGCAAAAGTAGTAAGCAAAAGCCAGATGCTGAGGAGAGAGGCCGGATTGTTACTATACTGAATTTGGCCATGCCAAGACTAAAGGCAGCA
GATGACACAAAGAAGGAAAGTGAGGAAATTGTTAAGCGCACACAAGCCTTTTTTAAGAAGGGTGGGGCAAAGAGGGGTGTATTCTACACTGCTCAACAGATGGAACTTGTGAGACCTATGCTCGAGGCTGTAGGATGGCCTTTACTTGCGGCATTTTCTGTCACAATGGAGGACAGTGATAACAAGCCTAGGGTTCTTCT
TTGTATGGAGGGATTTAGATTAGGCATCCATCTTACAATGGTGCTTGGCATGTATACCATGCGATATGCTTTCTTGACATCTTTAGTAAGGTTTACATTTCTCCATGCACCAAAAGAGATGCGGAGCAAAAATGTAGAGGCTCTACGGACCTTGCTGATATTGTGCGACAGTGAGACTGATGCATTGCAGGATACTTGGA
ATGCTGTCTTAGAATGTGTTTCAAGGCTTGAGTATATCACATCAACACCTTCTATTGCTGCAACGGTTATGCATGGTTCAAATCAGATATCTAGGGATGCTTTGCTTCAGTCACTAAAAGAACTTACTGGAAAACCAACTGAACATGTATTTGTGAATAGTGTAAAGTTACCAAGTGATGCAATTGTGGAGTTTTTCACA
GCTTTATGTGGTGTTTCGGCTGAAGAACTAAAACAAACCCCTGCCCGGGTTTTTAGTCTACAAAAACTTGTTGAGATAAGTTACTACAACATGGCCCGGATACGCATGGTTTGGGCTAGAATATGGTCAGTTCTCTCACATCACTTTATCTCAGCGGGAAGCCATCATGATGAGAAGATTGCCATGTATGCAATTGACTC
GCTAAGACAGCTTGGTATGAAATATTTGGAGAGGGAAGAACTTGCTAAGTTTACCTTTCAGAATGATATCTTGAAACCATTTGTTATCCTCATGCGAAATAGTAGAAGTGCAACTATTCGTACTCTCATTGTTGACTGCATTGTTCAGATGATCAAATCGAAGGTTGGTAGCATTAAATCTGGCTGGAGAAGTGTGTTTA
TGATATTTACAGCTGCAGCTGATGATGAAACAGAGTCCATTGCTGAAAGTGCATTTGAGAACGTGGAGCAAGTGGTCTTAGAACACTTTGATCAGGTTGTGGGGGATTGCTTTATGGACTGTGTCAACTGTCTTATTGGATTTGCTAACAATAAAAGCTGTCCCAGAATTAGCTTGAAGGCCATTGCTCTGCTTCGTATT
TGTGAAGACCGGCTAGCGGAGGGCCTAATTCCAGGCGGGGCCCTGAAACCTGTGGAAGTTATTGGCACAGATGCAGACACTGATGTAACAGAACATTATTGGTTTCCAATGCTTGCGGGATTGTCAGATTTAACCTCTGATCCTCGGACAGAAGTGAGAAACTGTGCACTTGAGGTGCTTTTTGATCTGCTGAAGGAGAG
AGGTCACAAATTCTCATCAGCATTCTGGGAGAATGTATTTCATCGTGTATTGTTCCCCATATTTGATCAAGTGAGACATGCAGGAAAGGATGGCAATCTGCCCTCTTCTGGGGATCAGTGGCTTCATGAAACATGTATTCATTCCCTTCAACTGCTTTGTGATCTCTTCAGCAGCTTCTACAAGGAGGTTTCTTTTATGC
TACCATCCCTGCTGGCACTGTTGTTAGATTGTGCTAAAAAGCCAGACCAAGCTGTAGCATCAATCTCTTGTGGTGCTTTGGTACATCTTATAAAGGTTGGAGGTCATCAATTCAATGATAAGGATTGGGATACTTTATTGACAAGCATTCGCGATGCATCCTACACAACACAACCCTTAGAACTATTGAACACACAGGGT
TTTGATTATACAAGGAAAATTATGAAAGGAGATCGAACTCCATCTACAACTGCTACTGATGGTGCAGGGTCAGATGGAGACACTTATAGCTATGAGAACGGAAATTCATTTGCCAGTACGCAAAGAATTAGTAATAGTGTTGTTCAGAGACACCAAAATCTCTCTGGCGTGGAAGTGTGGGTTCCAGATGGCCAAGGGAG
GTCAAACCTTGAGGATTCTGAAGGCATGTCATCATCATCAGTGGATGTAAGGTCGCCCAGAGAAAATCTGTCTAAAAATCAAACCCTTGGCCAAAAAATTATGGGAAACATGATGGATACACTTCTGCTTAAGAATCTTACTTTTAAGCAAAAGGGACGCGCAGGAGATATTCTAGTTCCGACATCTCCTACTCAGCAGG
TACCTGATATTGTAGAGCCATCCCCTATGGAGAGTGAAGAGAACCCTTTATTGACATGTATAAGAGGGAAATGCATTACTCAACTTTTATTGCTGGGTGCAATTGACTGTATCCAGAAAAACCATTGGAATAGATTACAGCGCTCTCACAAGATCGTAATAATGGATATATTGCTATCTATTTTGGACTTTGCGGCTTCT
TATAATTCATCTGCAAATCTTAGGATGCGAATGCATCAGATTCCAGCTGACAGGTTGCCTGTCAATATTCTACGTCAGGAAATTGAAGGAACACGCATCTATTTGGAAGTATTACAGAAGAGTACTGGGCAGCATAACACAAATGGTGAAGATTTAAAAAATAATATTTCAAATATAGATTATTCATCTGCAGCGAATGT
ATCCAATCACATGGACATCAAACAGGAAGAGGAGAAGCTCAGAGAAATAGCAGAGCAAAAGCTAGTGTCATTTTGTGGGCAGATTTTAAAGGACACATCTGAACTTCAACCTGGTCCTGGTGAAGCTGTTGATGCTGATGTGCATCGTGTTCTTGTTTTACGCTCCCCAGTCATTGTTAAGGTGTTGAGTGGGATGTGCA
TTATGAATAAGAATATTTTCAAGAGACACCTTGGGGAGTTTTTTCCTTCTGTCACAAAACTTGTGTGCAGTGACCAGATGGATGTGCGGCGGGCATTGGGTGACCTCTTTAAGAAACAGCTAATAGGCCTTTTGCCTTGATTTCACTTTTCAATATTATTGTATCCTGGTTTCAGTTTCCATTATTATTTCATTATTTGG
CCATTCTTTGGCATTAGAAGATCTGTAGTCCCTGAGAAGTGTTTTCCATATTGCCAAGATCATTGTTGGTTCTCTAAGATAAGGACACCTTGGTGTCATTTCTTAGACGAGGATATAGCCAGTTTACATGTCTAGATAGTGTCTAGCGATGCACGCCAAGGTAGCACTTGTCCTTCAAAAGTTTTGATTACCTTCAATGG
TCCTCCATTTATTTGCTTTTGTTACACATCTCTCAAAATTAGGGAACTGCAAGAATATGCCTTGTTTTAAGGGTGAAGAGATGCTCTAGATAGTAATTCTTTTATCTAAAATTTAAATAGGTTGTGAGGTTCTGCCTACATCATCATGGTAGTGCCAATTGTAGTTTTATGTCTTCCATCAATTACAAGCGTACCGTTCT
TATTCTCAATTTGAGGCTCTCCATTTGGTTGTAAATGAATTTAGCAGTCCGTGGTCAAATAAGAAGTTCAACATAAACTTATCTAACTGGTACTTTTGTGTTTATAAAGGCATATGTTGAAGAAGAGTTAATGTTACTTGCTAAAAGGgtaatctcttgaaccccttcatcttgagctatatactgtctacattttcagt
gagaaacagtcgcattgtgttcctctacatggaattgctaacttgtacctgggatatgtcgtttttgtaaaattgtatgtggctgtttaacatatttttgaagtgtctatgtgcgaatgtagaagcttttatttgaaacctggcaaggggaaaaaccgcattaagaggtttcatttatgtgttttgcattgaagctttca
ctagccagtttttatttatgctcaaatatttcctttgactcccaatatcagAGGCTGTTATAGGGGGTTGTATGCAAGCACAAATGATCAAGCTATGCTATCATGTCTTCAGAAATTCAATGGCATCATAATTTGTTTCTTAGGAGGGCTGACACTTGGAGGCTAAACAATTTTTCAGTATCTAGAATTGTTATTATGGC
GTTTTATATTCCTATCTGGTAAAGGAAGTTCCAATATCACGAGTGATTATGAAGGCATTGCGTCGTCTCTTGCAAAAGTGATTATTCTGTTCTTTTTGTTGGAACCTTTCAGATGGAAGGAGGAAGAATGAAGATTATAATTAAAGCTAGTCTCTGGAATTTCTAGTAGTTGATTCAATTTGTCACCAGTGTAAAATATA
GCTGGAAAAATTAGAGTTCAAGGAGATAGGCTCTCTACTTGTTTTATTGTAGATCTCATGATTGTCTTTCTTCATTTTCTGCCATTCTGAAGTTTGCTTCTCGCTGTGAAACAAAGGGCAACTAAGAATGTTTTTCTTTCCGCTTTTTAATGTTGTGACAGTAAAGCAAGGTGAAGAGTGCCTACGCACACCACTTTATT
ATAAACTTGTTGATTCTTTTCTTTTGGTTATATGGATGTCCTAAAGTTTTCTGAGCTAGATTCTTTTCGTACGGATACTTATCAGGAACGATGTTTTTTCCTGGAATTACGATGTAAGAAATGATCAAATTCTTTTGTTTTTGTGAACAAAGAATGTGAAGAAATTTGGACTGTTAAACTTATCCATGCAAACAATTGTA
TAATTCTGGGTATATCCTTTTATATTTGTTAGATGCTTAAGCACAGACAGACAAGCACAGAGTCAC

Intron 13 GTGTGAATAT ... GGTCTTACAG

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>TRINITY_DN122209_c4_g1_i7 from sample A2 / Example spliced isoform

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ATTAGATTGTAGAGGCGTTAAATTTGGGGTTTTGGGTGTTTTGGTGGGAAACCTTAGGGCTTATACTCTGTAGATCCTTCCTTGATAATTGGCACTGTTTTAGTACCTGGCATTCTGCGGGAGTAATACCGATCCAGATCTCTGTGCTGGAGCTGGATTTTCGGTGGATCTGCGTGTTTGCTAGCCCCGCAATCGCGGCA
TCTCAGCCACCGGAGTGACTTTATATTCTATCGGGGCCTATAGTGTATGGGAGTTGAACTCTCGACCGTTAGTTGGGGAATGCTACCAATTGATCATGTGCTTAAACTGTTAGCCCTTGGCTGGGAATTGAGACTTACTTTTTTAACCCCTGCATTAAAGGGAAGATCACTCAATGATTCTGATTACTGGTCCATTAAAA
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AGAGTCATTGCTTGCAGTGAAAGCTGCATATGTTTTTTGCAAGCGTGAAACGAACCATATTTCATGATTCCGAGGTAGGGATTGCTCTAAAATGTCAAGTTTTAGGATTGTTCAGTTCTACGGAATCGTAAAGCACCTAAAGATTGATTGTATACATGCCAAAGAAGATAAATGTATACCAAACAGGTGCAATCAAAGCT
ACAGCTACAATCTTGAGATTTGGATTTGAAAAGCCTCTGGACTATATCAATTTTCAAGTTGGATGATGAGACGGCACACTCAGAATTAGGGGCAATGTAAAAACAACACTCCCAAGAGCAAGAGGCTGAAAATAACATTTGATTATTTTAATTCAATGGCTGGAGCTGCAGGTAGCTTTGTTACCCGGTCGTTTGAATGC
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ATAAGGCTGTCAATTCAGAAGATAGTAAGAGGACAGCAGGAGGAATTGATCTGGAAAGCATGAGTGTATGGCAACAGGATGCTTTACTGGTTTTCCGGACCCTCTGCAAGATGTCTTTGAAGGAAGAGACTGATGAGTTTGTTACAAAAATGAAGCTTATTTCACTTGAGCTGCTTCAGGGATTGTTAGAAGGTGTTAGT
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TATGCTCGAGGCTGTAGGATGGCCTTTACTTGCGGCATTTTCTGTCACAATGGAGGACAGTGATAACAAGCCTAGGGTTCTTCTTTGTATGGAGGGATTTAGATTAGGCATCCATCTTACAATGGTGCTTGGCATGTATACCATGCGATATGCTTTCTTGACATCTTTAGTAAGGTTTACATTTCTCCATGCACCAAAAG
AGATGCGGAGCAAAAATGTAGAGGCTCTACGGACCTTGCTGATATTGTGCGACAGTGAGACTGATGCATTGCAGGATACTTGGAATGCTGTCTTAGAATGTGTTTCAAGGCTTGAGTATATCACATCAACACCTTCTATTGCTGCAACGGTTATGCATGGTTCAAATCAGATATCTAGGGATGCTTTGCTTCAGTCACTA
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ATACTGTCTACATTTTCAGTGAGAA

>TRINITY_DN122209_c4_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:

TTTATTCCTAGTCCTGTAAATGTGTCTGCTACAAGGTCCCATTCTTGTACCATACTTGGGGTCTTCCTTTCCTCTGCTATTTGTTACTGACGTCCCCTTTTTGGTAGTAAGTTTGTAACTTGCCATTTTTGAATTTGAGTAACTTCATGATATGCCTAATAATTCTAGATGGAATTAATGGGGGCAATTTAGATGGTTTT
GAACTTGAAGTCCTAACACATGAAAACAACGGTTCTTATTTGTAATTGATGAAAGTATATATTTTAATGTGCTTCTCCAAGATTGTATTCAAAGAATAGTGGTATTGACAGGGATGGGGAAAATTCGACACAAGAGGAAGCAGATACCACAGCTTCTCAATCAAGCATGTCTGCTGTTACTGGAGAGGATCACCAGCCCC
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TGTTCCTCTTCCTAGAGCAAACACATTCGATCTTCCCATTCATTCTGCAACTGGCCCTCCTATACAGGACAATGATTCCAACTCAGAAACATTTAAACAGGAAAGTCAAGAAATTGTGTCGGAGAGCTCCTCTGATCAAGATGGCAAAGATGCAGGAGCTATAACACTAGGAGATGCTCTTTCCCTGGACAGATTGAGAG
ATGAAGCCCTTGTATCTGTAGAGGAACTCCAACATCTTGCTGGAGGTGCAGATATAAAGGGTTTGGAGGCTGCTTTAGATAAGGCTGTCAATTCAGAAGATAGTAAGAGGACAGCAGGGTAAGGGTTCTCGTTTCAAGTGGGCCGAGACATCAAGTATTATGATTCTTTAGCAATTGTTACTTTTGAGGCTAAGTAGGAA
GATTACACGAGCTGTTCCAAATTTACTAAAAGTCTTGTACATGATTTGTATTTATAATTTTTTGTTAATTGTGTGTTTTAATTGCTTTTAGAGGAATTGATCTGGAAAGCATGAGTGTATGGCAACAGGATGCTTTACTGGTTTTCCGGACCCTCTGCAAGgtgtgaatatttgctggctttcgtgagaaggctaaagtt
tgtgcatcttgtgtgctaactaccagtatactctttatatagaatatgttaaatgactcaaatcagtcttaactatgtagagtatatagcatggataataatattgcctgaatttagaatttagctaccattatcaaagggccatttgattgaaactggtcttacagATGTCTTTGAAGGAAGAGACTGATGAGTTTGTT
ACAAAAATGAAGCTTATTTCACTTGAGCTGCTTCAGGGATTGTTAGAAGGTGTTAGTCCCTCTTTCACTGTCAATTTCCATTTTATTGACTCAGTCAGAACCTACCTTTCATATGCATTACTCAGGGCATGTGTTTCCCCATCTTCTTCAATTTTTCAGTATGCTTCTGGTATCTTCACTGTCTTATTACTGAGGTTCAG
AGAAGGCTTGAAGGTAGAAATTGGCATATTTTTCCCATTGATTATTCTGCGATCCCTTGACAGTTCAGACAGTCCTCTTCATCAAAGGACATGTATTCTCAGGATGCTTGAAAAAGTCTGCAAGGACTCTCAGATGCTGGCAGATATATTTGTGAATTATGACTGTGATCTAGAGGCTACCAATCTGTTTGAGCGAATGG
TCAATGCTCTGTCGAGGATTGCACAGGGTACGCTAAATACAGATCCCAGCTCCATAACTCTTGCACAGAACACTTCCATAAAAGTATCATCACTA

Intron 14 GTGGTGATTT ... ACAGAATCAG

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A10	29.41	6	3	2

>TRINITY_DN122209_c4_g1_i23 from sample A2 / Example spliced isoform

TGCTATAATATTGCACTTAACAGGTATACTCTCTGTATGTCTCAGCATATCTCTATCTGAACCTTACAATGCTCGAGCAAAATTTTGAATGTCTCAAGTTTCTGTTAAAGTTATGATATGTAACTGTTTAAACTCTCCGTATTGTATCTGTTTTAGCAAGAGTGCAATAAATCAGGCTACATCAAAGGCTATGCTCACTC
AAATGATCAGCACTGTCTTCAGGAGGATGGAATCTGATGAAAAGGGTTGTGTTCCTCTTCCTAGAGCAAACACATTCGATCTTCCCATTCATTCTGCAACTGGCCCTCCTATACAGGACAATGATTCCAACTCAGAAACATTTAAACAGGAAAGTCAAGAAATTGTGTCGGAGAGCTCCTCTGATCAAGATGGCAAAGAT
GCAGGAGCTATAACACTAGGAGATGCTCTTTCCCTGGACAGATTGAGAGATGAAGCCCTTGTATCTGTAGAGGAACTCCAACATCTTGCTGGAGGTGCAGATATAAAGGGTTTGGAGGCTGCTTTAGATAAGGCTGTCAATTCAGAAGATAGTAAGAGGACAGCAGGAGGAATTGATCTGGAAAGCATGAGTGTATGGCA
ACAGGATGCTTTACTGGTTTTCCGGACCCTCTGCAAGATGTCTTTGAAGGAAGAGACTGATGAGTTTGTTACAAAAATGAAGCTTATTTCACTTGAGCTGCTTCAGGGATTGTTAGAAGGTGTTAGTCCCTCTTTCACTGTCAATTTCCATTTTATTGACTCAGTCAGAACCTACCTTTCATATGCATTACTCAGGGCAT
GTGTTTCCCCATCTTCTTCAATTTTTCAGTATGCTTCTGGTATCTTCACTGTCTTATTACTGAGGTTCAGAGAAGGCTTGAAGGTAGAAATTGGCATATTTTTCCCATTGATTATTCTGCGATCCCTTGACAGTTCAGACAGTCCTCTTCATCAAAGGACATGTATTCTCAGGATGCTTGAAAAAGTCTGCAAGGACTCT
CAGATGCTGGCAGATATATTTGTGAATTATGACTGTGATCTAGAGGCTACCAATCTGTTTGAGCGAATGGTCAATGCTCTGTCGAGGATTGCACAGGGTACGCTAAATACAGATCCCAGCTCCATAACTCTTGCACAGAACACTTCCATAAAAGTATCATCACTACAGTGTCTTGTGAATGTGCTAAAATCACTAGTAAT
ATGGGCAAATGATCGTCAAGTATCGAAGGAGCATACGATATATTCTACACTTTCTGAAAAGGAGTCTAGCTCAGCTGGCACTGTGCCAACTGATGAACTTAGGATCAAAGACGACATACCTAGTCAATTTGAAAAGGCCAAGGCTCATAAATCAACATTGGAAGCTGCCATTGCAGAGGTAACTGAGTGTAACTTTAAGC
AAGAGACATATTATGATATTGAGAAAGCAGCTGTTTGAAATGCTTAATTTATTGAAGTCTTACAATATCTACTTTCTAAAGTATAATTGCAACAAAATGAG

>TRINITY_DN122209_c4_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:

TTTATTCCTAGTCCTGTAAATGTGTCTGCTACAAGGTCCCATTCTTGTACCATACTTGGGGTCTTCCTTTCCTCTGCTATTTGTTACTGACGTCCCCTTTTTGGTAGTAAGTTTGTAACTTGCCATTTTTGAATTTGAGTAACTTCATGATATGCCTAATAATTCTAGATGGAATTAATGGGGGCAATTTAGATGGTTTT
GAACTTGAAGTCCTAACACATGAAAACAACGGTTCTTATTTGTAATTGATGAAAGTATATATTTTAATGTGCTTCTCCAAGATTGTATTCAAAGAATAGTGGTATTGACAGGGATGGGGAAAATTCGACACAAGAGGAAGCAGATACCACAGCTTCTCAATCAAGCATGTCTGCTGTTACTGGAGAGGATCACCAGCCCC
AAAATTTGAGTACAAGTGAAGCGATTTCAGCAACACTGTCAACTGCTGGTCATACATTAGAAGGATCAGAAGCAGAGCTTGTCCTTCAGCCACTCAGGCTTGCATTTGAGACAAAGAATCCAAAGCTCGTTGAACCTGCTCTTGATTGTCTTCATAAGCTTATAGCGTATGAGCATTTGGAAGGTGATGGTGGTCTAGAA
GGTGGTAAGAATGGTGCAATATTTACTGACATCATAAACATGGTCTGTGGTTGCGTGGATAATGCAGCACCGGACAGCACTGTTCTGCAAGTTTTGAAGGTGCTTCTAACTGCTGTGGCTTCAACAAAGTTCAGAGTTCATGGAGAGTGTCTGCTATGTGTGATACGCACATGCTATAATATTGCACTTAACAGCAAGAG
TGCAATAAATCAGGCTACATCAAAGGCTATGCTCACTCAAATGATCAGCACTGTCTTCAGGAGGATGGAATCTGATGAAAAGgtggtgatttttccttctattttactggatatctgctgtgttgtctattttgtcaagtttgatattttgttatcaatggttcttgatatttagttctttgtgcacagaatcagGGTTG
TGTTCCTCTTCCTAGAGCAAACACATTCGATCTTCCCATTCATTCTGCAACTGGCCCTCCTATACAGGACAATGATTCCAACTCAGAAACATTTAAACAGGAAAGTCAAGAAATTGTGTCGGAGAGCTCCTCTGATCAAGATGGCAAAGATGCAGGAGCTATAACACTAGGAGATGCTCTTTCCCTGGACAGATTGAGAG
ATGAAGCCCTTGTATCTGTAGAGGAACTCCAACATCTTGCTGGAGGTGCAGATATAAAGGGTTTGGAGGCTGCTTTAGATAAGGCTGTCAATTCAGAAGATAGTAAGAGGACAGCAGGGTAAGGGTTCTCGTTTCAAGTGGGCCGAGACATCAAGTATTATGATTCTTTAGCAATTGTTACTTTTGAGGCTAAGTAGGAA
GATTACACGAGCTGTTCCAAATTTACTAAAAGTCTTGTACATGATTTGTATTTATAATTTTTTGTTAATTGTGTGTTTTAATTGCTTTTAGAGGAATTGATCTGGAAAGCATGAGTGTATGGCAACAGGATGCTTTACTGGTTTTCCGGACCCTCTGCAAGGTGTGAATATTTGCTGGCTTTCGTGAGAAGGCTAAAGTT
TGTGCATCTTGTGTGCTAACTACCAGTATACTCTTTATATAGAATATGTTAAATGACTCAAATCAGTCTTAACTATGTAGAGTATATAGCATGGATAATAATATTGCCTGAATTTAGAATTTAGCTACCATTATCAAAGGGCCATTTGATTGAAACTGGTCTTACAGATGTCTTTGAAGGAAGAGACTGATGAGTTTGTT
ACAAAAATGAAGCTTATTTCACTTGAGCTGCTTCAGGGATTGTTAGAAGGTGTTAGTCCCTCTTTCACTGTCAATTTCCATTTTATTGACTCAGTCAGAACCTACCTTTCATATGCATTACTCAGGGCATGTGTTTCCCCATCTTCTTCAATTTTTCAGTATGCTTCTGGTATCTTCACTGTCTTATTACTGAGGTTCAG
AGAAGGCTTGAAGGTAGAAATTGGCATATTTTTCCCATTGATTATTCTGCGATCCCTTGACAGTTCAGACAGTCCTCTTCATCAAAGGACATGTATTCTCAGGATGCTTGAAAAAGTCTGCAAGGACTCTCAGATGCTGGCAGATATATTTGTGAATTATGACTGTGATCTAGAGGCTACCAATCTGTTTGAGCGAATGG
TCAATGCTCTGTCGAGGATTGCACAGGGTACGCTAAATACAGATCCCAGCTCCATAACTCTTGCACAGAACACTTCCATAAAAGTATCATCACTA

Intron 15 GTAAGGATTC ... CCCTTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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A7	21.57	40	10	12
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A10	28	9	4	3

>TRINITY_DN122209_c4_g1_i15 from sample A2 / Example spliced isoform

AGAAAAGTCTCTAGAATCCGGACATAGGCAGTCAAAACAGTGGCTCAAATAAAACTCTTTTGCAAGTGAGAGGAGTATAAATGAATATTTCACTAAATTGTGATAACAGGTCGGATGCTACGGTTGAAAGTTGGCATTTCGATTATCGTTAGCAATGAACAGAGGCCTCATACGAAACACATGAAGCCTTTAGGTTGGTT
TGATTGCAACACATGCATTTGAGATCGATAAGCGTCTCTCATTTATATAATACTGCCAGCGATTCTTCCGCCATCTTCCTACGCCTGCCCGGATCCTTTGTTTCTGCACTTCAAATTTTGGGATTCGAAGGTATTTTTCACTCTCCCGGCTCTTCTCTTTTCGCAATTCAATTTTCTTGCTTGATCTTCGAGTTCTTCCT
GTACTTTTCTTCCCCCTGAAATTTCAGCTCGAAGGTTTCGACCGCCATGCTATAACTGTGTGGACCGGAATGGGATCGATTACCAGTGAAAAATTTGATTAGATTGTAGAGGCGTTAAATTTGGGGTTTTGGGTGTTTTGGTGGGAAACCTTAGGGCTTATACTCTGTAGATCCTTCCTTGATAATTGGCACTGTTTTAG
TACCTGGCATTCTGCGGGAGTAATACCGATCCAGATCTCTGTGCTGGAGCTGGATTTTCGGTGGATCTGCGTGTTTGCTAGCCCCGCAATCGCGGCATCTCAGCCACCGGAGTGACTTTATATTCTATCGGGGCCTATAGTGTATGGGAGTTGAACTCTCGACCGTTAGTTGGGGAATGCTACCAATTGATCATGTGCTT
AAACTGTTAGCCCTTGGCTGGGAATTGAGACTTACTTTTTTAACCCCTGCATTAAAGGGAAGATCACTCAATGATTCTGATTACTGGTCCATTAAAACGCCGATGGGGCGAAAGATGAGTTAAGGAGTGGAGAAAGTAATTGCCCTTGACATTGCCTATAATTTTCTGCACTCTCGAGGGTACCTCATGTGGCACTACTA
TTAAAGTTCTGCTACGTATTCGGATTAAATCGCACAAGTGGGAGAACTTAGAAGTCTTCCGAAAGGATACACACGATTGTTGTGGAATATGATTAGAAGAGTCATTGCTTGCAGTGAAAGCTGCATATGTTTTTTGCAAGCGTGAAACGAACCATATTTCATGATTCCGAGGTAGGGATTGCTCTAAAATGTCAAGTTTT
AGGATTGTTCAGTTCTACGGAATCGTAAAGCACCTAAAGATTGATTGTATACATGCCAAAGAAGATAAATGTATACCAAACAGGTGCAATCAAAGCTACAGCTACAATCTTGAGATTTGGATTTGAAAAGCCTCTGGACTATATCAATTTTCAAGTTGGATGATGAGACGGCACACTCAGAATTAGGGGCAATGTAAAAA
CAACACTCCCAAGAGCAAGAGGCTGAAAATAACATTTGATTATTTTAATTCAATGGCTGGAGCTGCAGGTAGCTTTGTTACCCGGTCGTTTGAATGCATGCTGAAAGAGTCTACGGGAAAGAAGTATGGGAATCTTCAAAAGGCTCTTAAATCATACTTAGAGAGTTCGAAGGAAATAGGTCACCAGCCCTCATCTCAAC
GGGACCAATCTACAACAAATATAGCAACAGATGAAAAGGATGGGGAAAATTCGACACAAGAGGAAGCAGATACCACAGCTTCTCAATCAAGCATGTCTGCTGTTACTGGAGAGGATCACCAGCCCCAAAATTTGAGTACAAGTGAAGCGATTTCAGCAACACTGTCAACTGCTGGTCATACATTAGAAGGATCAGAAGCA
GAGCTTGTCCTTCAGCCACTCAGGCTTGCATTTGAGACAAAGAATCCAAAGCTCGTTGAACCTGCTCTTGATTGTCTTCATAAGCTTATAGCGTATGAGCATTTGGAAGGTGATGGTGGTCTAGAAGGTGGTAAGAATGGTGCAATATTTACTGACATCATAAACATGGTCTGTGGTTGCGTGGATAATGCAGCACCGGA
CAGCACTGTTCTGCAAGTTTTGAAGGTGCTTCTAACTGCTGTGGCTTCAACAAAGTTCAGAGTTCATGGAGAGTGTCTGCTATGTGTGATACGCACATGCTATAATATTGCACTTAACAGCAAGAGTGCAATAAATCAGGCTACATCAAAGGCTATGCTCACTCAAATGATCAGCACTGTCTTCAGGAGGATGGAATCTG
ATGAAAAGAATCAGGGTTGTGTTCCTCTTCCTAGAGCAAACACATTCGATCTTCCCATTCATTCTGCAACTGGCCCTCCTATACAGGACAATGATTCCAACTCAGAAACATTTAAACAGGAAAGTCAAGAAATTGTGTCGGAGAGCTCCTCTGATCAAGATGGCAAAGATGCAGGAGCTATAACACTAGGAGATGCTCTT
TCCCTGGACAGATTGAGAGATGAAGCCCTTGTATCTGTAGAGGAACTCCAACATCTTGCTGGAGGTGCAGATATAAAGGGTTTGGAGGCTGCTTTAGATAAGGCTGTCAATTCAGAAGATAGTAAGAGGACAGCAGGAGGAATTGATCTGGAAAGCATGAGTGTATGGCAACAGGATGCTTTACTGGTTTTCCGGACCCT
CTGCAAGATGTCTTTGAAGGAAGAGACTGATGAGTTTGTTACAAAAATGAAGCTTATTTCACTTGAGCTGCTTCAGGGATTGTTAGAAGGTGTTAGTCCCTCTTTCACTGTCAATTTCCATTTTATTGACTCAGTCAGAACCTACCTTTCATATGCATTACTCAGGGCATGTGTTTCCCCATCTTCTTCAATTTTTCAGT
ATGCTTCTGGTATCTTCACTGTCTTATTACTGAGGTTCAGAGAAGGCTTGAAGGTAGAAATTGGCATATTTTTCCCATTGATTATTCTGCGATCCCTTGACAGTTCAGACAGTCCTCTTCATCAAAGGACATGTATTCTCAGGATGCTTGAAAAAGTCTGCAAGGACTCTCAGATGCTGGCAGATATATTTGTGAATTAT
GACTGTGATCTAGAGGCTACCAATCTGTTTGAGCGAATGGTCAATGCTCTGTCGAGGATTGCACAGGGTACGCTAAATACAGATCCCAGCTCCATAACTCTTGCACAGAACACTTCCATAAAAGTATCATCACTACAGTGTCTTGTGAATGTGCTAAAATCACTAGTAATATGGGCAAATGATCGTCAAGTATCGAAGGA
GCATACGATATATTCTACACTTTCTGAAAAGGAGTCTAGCTCAGCTGGCACTGTGCCAACTGATGAACTTAGGATCAAAGACGACATACCTAGTCAATTTGAAAAGGCCAAGGCTCATAAATCAACATTGGAAGCTGCCATTGCAGAGTTCAATAGGAAGGCTAATAAAGGTGTTGACTATCTTCTGTCTAATATGTTGG
TTGAGAAGACACCCCCTGCGGTAGCACATTTTCTAAGAACAACACCTGGCCTGGATAAGGCAATGATAGGTGACTTTTTGGGTCAACATGAAGAATTCCCTCTTGCTGTTATGCATGCTTATGTAGACGCAATGAACTTTGCCGGCATGAAGTTTGATAGAGCGATTCGTGAGTTTCTTAAAGGATTTCGTCTACCCGGT
GAAGCTCAAAAGATTGATCGTATTATGGAGAAATTCGCAGAGCGGTATTGTCGGGATAATCCAGGACTCTTCAAGAATGCTGATACAGCTTACATACTTGCATATGCAGTAATAATGCTAAATACAGATGCACACAATCCTATGGTGTGGCCAAAAATGTCAAAAGCTGATTTTGTTCGGATGAACTCAACAAGTGATGC
CGAAGAATGTGCTCCCAAGGAGCTGTTGGAAGAAATTTATGATTCTGTATTGAAAGAGGAGATAAAGATGAAAGATGACAATGTTGATTCAGGCAAAAGTAGTAAGCAAAAGCCAGATGCTGAGGAGAGAGGCCGGATTGTTACTATACTGAATTTGGCCATGCCAAGACTAAAGGCAGCAGATGACACAAAGAAGGAAA
GTGAGGAAATTGTTAAGCGCACACAAGCCTTTTTTAAGAAGGGTGGGGCAAAGAGGGGTGTATTCTACACTGCTCAACAGATGGAACTTGTGAGACCTATGCTCGAGGCTGTAGGATGGCCTTTACTTGCGGCATTTTCTGTCACAATGGAGGACAGTGATAACAAGCCTAGGGTTCTTCTTTGTATGGAGGGATTTAGA
TTAGGCATCCATCTTACAATGGTGCTTGGCATGTATACCATGCGATATGCTTTCTTGACATCTTTAGTAAGGTTTACATTTCTCCATGCACCAAAAGAGATGCGGAGCAAAAATGTAGAGGCTCTACGGACCTTGCTGATATTGTGCGACAGTGAGACTGATGCATTGCAGGATACTTGGAATGCTGTCTTAGAATGTGT
TTCAAGGCTTGAGTATATCACATCAACACCTTCTATTGCTGCAACGGTTATGCATGGTTCAAATCAGATATCTAGGGATGCTTTGCTTCAGTCACTAAAAGAACTTACTGGAAAACCAACTGAACATGTATTTGTGAATAGTGTAAAGTTACCAAGTGATGCAATTGTGGAGTTTTTCACAGCTTTATGTGGTGTTTCGG
CTGAAGAACTAAAACAAACCCCTGCCCGGGTTTTTAGTCTACAAAAACTTGTTGAGATAAGTTACTACAACATGGCCCGGATACGCATGGTTTGGGCTAGAATATGGTCAGTTCTCTCACATCACTTTATCTCAGCGGGAAGCCATCATGATGAGAAGATTGCCATGTATGCAATTGACTCGCTAAGACAGCTTGGTATG
AAATATTTGGAGAGGGAAGAACTTGCTAAGTTTACCTTTCAGAATGATATCTTGAAACCATTTGTTATCCTCATGCGAAATAGTAGAAGTGCAACTATTCGTACTCTCATTGTTGACTGCATTGTTCAGATGATCAAATCGAAGGTTGGTAGCATTAAATCTGGCTGGAGAAGTGTGTTTATGATATTTACAGCTGCAGC
TGATGATGAAACAGAGTCCATTGCTGAAAGTGCATTTGAGAACGTGGAGCAAGTGGTCTTAGAACACTTTGATCAGGTTGTGGGGGATTGCTTTATGGACTGTGTCAACTGTCTTATTGGATTTGCTAACAATAAAAGCTGTCCCAGAATTAGCTTGAAGGCCATTGCTCTGCTTCGTATTTGTGAAGACCGGCTAGCGG
AGGGCCTAATTCCAGGCGGGGCCCTGAAACCTGTGGAAGTTATTGGCACAGATGCAGACACTGATGTAACAGAACATTATTGGTTTCCAATGCTTGCGGGATTGTCAGATTTAACCTCTGATCCTCGGACAGAAGTGAGAAACTGTGCACTTGAGGTGCTTTTTGATCTGCTGAAGGAGAGAGGTCACAAATTCTCATCA
GCATTCTGGGAGAATGTATTTCATCGTGTATTGTTCCCCATATTTGATCAAGTGAGACATGCAGGAAAGGATGGCAATCTGCCCTCTTCTGGGGATCAGTGGCTTCATGAAACATGTATTCATTCCCTTCAACTGCTTTGTGATCTCTTCAGCAGCTTCTACAAGGAGGTTTCTTTTATGCTACCATCCCTGCTGGCACT
GTTGTTAGATTGTGCTAAAAAGCCAGACCAAGCTGTAGCATCAATCTCTTGTGGTGCTTTGGTACATCTTATAAAGGTTGGAGGTCATCAATTCAATGATAAGGATTGGGATACTTTATTGACAAGCATTCGCGATGCATCCTACACAACACAACCCTTAGAACTATTGAACACACAGGGTTTTGATTATACAAGGAAAA
TTATGAAAGGAGATCGAACTCCATCTACAACTGCTACTGATGGTGCAGGGTCAGATGGAGACACTTATAGCTATGAGAACGGAAATTCATTTGCCAGTACGCAAAGAATTAGTAATAGTGTTGTTCAGAGACACCAAAATCTCTCTGGCGTGGAAGTGTGGGTTCCAGATGGCCAAGGGAGGTCAAACCTTGAGGATTCT
GAAGGCATGTCATCATCATCAGTGGATGTAAGGTCGCCCAGAGAAAATCTGTCTAAAAATCAAACCCTTGGCCAAAAAATTATGGGAAACATGATGGATACACTTCTGCTTAAGAATCTTACTTTTAAGCAAAAGGGACGCGCAGGAGATATTCTAGTTCCGACATCTCCTACTCAGCAGGTACCTGATATTGTAGAGCC
ATCCCCTATGGAGAGTGAAGAGAACCCTTTATTGACATGTATAAGAGGGAAATGCATTACTCAACTTTTATTGCTGGGTGCAATTGACTGTATCCAGAAAAACCATTGGAATAGATTACAGCGCTCTCACAAGATCGTAATAATGGATATATTGCTATCTATTTTGGACTTTGCGGCTTCTTATAATTCATCTGCAAATC
TTAGGATGCGAATGCATCAGATTCCAGCTGACAGGTTGCCTGTCAATATTCTACGTCAGGAAATTGAAGGAACACGCATCTATTTGGAAGTATTACAGAAGAGTACTGGGCAGCATAACACAAATGGTGAAGATTTAAAAAATAATATTTCAAATATAGATTATTCATCTGCAGCGAATGTATCCAATCACATGGACATC
AAACAGGAAGAGGAGAAGCTCAGAGAAATAGCAGAGCAAAAGCTAGTGTCATTTTGTGGGCAGATTTTAAAGGACACATCTGAACTTCAACCTGGTCCTGGTGAAGCTGTTGATGCTGATGTGCATCGTGTTCTTGTTTTACGCTCCCCAGTCATTGTTAAGGTGTTGAGTGGGATGTGCATTATGAATAAGAATATTTT
CAAGAGACACCTTGGGGAGTTTTTTCCTTCTGTCACAAAACTTGTGTGCAGTGACCAGATGGATGTGCGGCGGGCATTGGGTGACCTCTTTAAGAAACAGCTAATAGGCCTTTTGCCTTGATTTCACTTTTCAATATTATTGTATCCTGGTTTCAGTTTCCATTATTATTTCATTATTTGGCCATTCTTTGGCATTAGAA
GATCTGTAGTCCCTGAGAAGTGTTTTCCATATTGCCAAGATCATTGTTGGTTCTCTAAGATAAGGACACCTTGGTGTCATTTCTTAGACGAGGATATAGCCAGTTTACATGTCTAGATAGTGTCTAGCGATGCACGCCAAGGTAGCACTTGTCCTTCAAAAGTTTTGATTACCTTCAATGGTCCTCCATTTATTTGCTTT
TGTTACACATCTCTCAAAATTAGGGAACTGCAAGAATATGCCTTGTTTTAAGGGTGAAGAGATGCTCTAGATAGTAATTCTTTTATCTAAAATTTAAATAGGTTGTGAGGTTCTGCCTACATCATCATGGTAGTGCCAATTGTAGTTTTATGTCTTCCATCAATTACAAGCGTACCGTTCTTATTCTCAATTTGAGGCTC
TCCATTTGGTTGTAAATGAATTTAGCAGTCCGTGGTCAAATAAGAAGTTCAACATAAACTTATCTAACTGGTACTTTTGTGTTTATAAAGGCATATGTTGAAGAAGAGTTAATGTTACTTGCTAAAAGGGTAATCTCTTGAACCCCTTCATCTTGAGCTATATACTGTCTACATTTTCAGTGAGAA

>TRINITY_DN122209_c4_g1_i7 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AGAAAAGTCTCTAGAATCCGGACATAGGCAGTCAAAACAGTGGCTCAAATAAAACTCTTTTGCAAGTGAGAGGAGTATAAATGAATATTTCACTAAATTGTGATAACAGGTCGGATGCTACGGTTGAAAGTTGGCATTTCGATTATCGTTAGCAATGAACAGAGGCCTCATACGAAACACATGAAGCCTTTAGGTTGGTT
TGATTGCAACACATGCATTTGAGATCGATAAGCGTCTCTCATTTATATAATACTGCCAGCGATTCTTCCGCCATCTTCCTACGCCTGCCCGGATCCTTTGTTTCTGCACTTCAAATTTTGGGATTCGAAGCTCGAAGGTTTCGACCGCCATGCTATAACTGTGTGGACCGGAATGGGATCGATTACCAGTGAAAAATTTG
ATTAGATTGTAGAGGCGTTAAATTTGGGGTTTTGGGTGTTTTGGTGGGAAACCTTAGGGCTTATACTCTGTAGATCCTTCCTTGATAATTGGCACTGTTTTAGTACCTGGCATTCTGCGGGAGTAATACCGATCCAGATCTCTGTGCTGGAGCTGGATTTTCGGTGGATCTGCGTGTTTGCTAGCCCCGCAATCGCGGCA
TCTCAGCCACCGGAGTGACTTTATATTCTATCGGGGCCTATAGTGTATGGGAGTTGAACTCTCGACCGTTAGTTGGGGAATGCTACCAATTGATCATGTGCTTAAACTGTTAGCCCTTGGCTGGGAATTGAGACTTACTTTTTTAACCCCTGCATTAAAGGGAAGATCACTCAATGATTCTGATTACTGGTCCATTAAAA
CGCCGATGGGGCGAAAGATGAGTTAAGGAGTGGAGAAAGTAATTGCCCTTGACATTGCCTATAATTTTCTGCACTCTCGAGGGTACCTCATGTGGCACTACTATTAAAGTTCTGCTACGTATTCGGATTAAATCGCACAAGTGGGAGAACTTAGAAGTCTTCCGAAAGGATACACACGATTGTTGTGGAATATGATTAGA
AGAGTCATTGCTTGCAGTGAAAGCTGCATATGTTTTTTGCAAGCGTGAAACGAACCATATTTCATGATTCCGAGGTAGGGATTGCTCTAAAATGTCAAGTTTTAGGATTGTTCAGTTCTACGGAATCGTAAAGCACCTAAAGATTGATTGTATACATGCCAAAGAAGATAAATGTATACCAAACAGGTGCAATCAAAGCT
ACAGCTACAATCTTGAGATTTGGATTTGAAAAGCCTCTGGACTATATCAATTTTCAAGTTGGATGATGAGACGGCACACTCAGAATTAGGGGCAATGTAAAAACAACACTCCCAAGAGCAAGAGGCTGAAAATAACATTTGATTATTTTAATTCAATGGCTGGAGCTGCAGGTAGCTTTGTTACCCGGTCGTTTGAATGC
ATGCTGAAAGAGTCTACGGGAAAGAAGTATGGGAATCTTCAAAAGGCTCTTAAATCATACTTAGAGAGTTCGAAGGAAATAGGTCACCAGCCCTCATCTCAACGGGACCAATCTACAACAAATATAGCAACAGATGAAAAGGATGGGGAAAATTCGACACAAGAGGAAGCAGATACCACAGCTTCTCAATCAAGCATGTC
TGCTGTTACTGGAGAGGATCACCAGCCCCAAAATTTGAGTACAAGTGAAGCGATTTCAGCAACACTGTCAACTGCTGGTCATACATTAGAAGGATCAGAAGCAGAGCTTGTCCTTCAGCCACTCAGGCTTGCATTTGAGACAAAGAATCCAAAGCTCGTTGAACCTGCTCTTGATTGTCTTCATAAGCTTATAGCGTATG
AGCATTTGGAAGGTGATGGTGGTCTAGAAGGTGGTAAGAATGGTGCAATATTTACTGACATCATAAACATGGTCTGTGGTTGCGTGGATAATGCAGCACCGGACAGCACTGTTCTGCAAGTTTTGAAGGTGCTTCTAACTGCTGTGGCTTCAACAAAGTTCAGAGTTCATGGAGAGTGTCTGCTATGTGTGATACGCACA
TGCTATAATATTGCACTTAACAGCAAGAGTGCAATAAATCAGGCTACATCAAAGGCTATGCTCACTCAAATGATCAGCACTGTCTTCAGGAGGATGGAATCTGATGAAAAGAATCAGGGTTGTGTTCCTCTTCCTAGAGCAAACACATTCGATCTTCCCATTCATTCTGCAACTGGCCCTCCTATACAGGACAATGATTC
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ATAAGGCTGTCAATTCAGAAGATAGTAAGAGGACAGCAGGAGGAATTGATCTGGAAAGCATGAGTGTATGGCAACAGGATGCTTTACTGGTTTTCCGGACCCTCTGCAAGATGTCTTTGAAGGAAGAGACTGATGAGTTTGTTACAAAAATGAAGCTTATTTCACTTGAGCTGCTTCAGGGATTGTTAGAAGGTGTTAGT
CCCTCTTTCACTGTCAATTTCCATTTTATTGACTCAGTCAGAACCTACCTTTCATATGCATTACTCAGGGCATGTGTTTCCCCATCTTCTTCAATTTTTCAGTATGCTTCTGGTATCTTCACTGTCTTATTACTGAGGTTCAGAGAAGGCTTGAAGGTAGAAATTGGCATATTTTTCCCATTGATTATTCTGCGATCCCT
TGACAGTTCAGACAGTCCTCTTCATCAAAGGACATGTATTCTCAGGATGCTTGAAAAAGTCTGCAAGGACTCTCAGATGCTGGCAGATATATTTGTGAATTATGACTGTGATCTAGAGGCTACCAATCTGTTTGAGCGAATGGTCAATGCTCTGTCGAGGATTGCACAGGGTACGCTAAATACAGATCCCAGCTCCATAA
CTCTTGCACAGAACACTTCCATAAAAGTATCATCACTACAGTGTCTTGTGAATGTGCTAAAATCACTAGTAATATGGGCAAATGATCGTCAAGTATCGAAGGAGCATACGATATATTCTACACTTTCTGAAAAGGAGTCTAGCTCAGCTGGCACTGTGCCAACTGATGAACTTAGGATCAAAGACGACATACCTAGTCAA
TTTGAAAAGGCCAAGGCTCATAAATCAACATTGGAAGCTGCCATTGCAGAGTTCAATAGGAAGGCTAATAAAGGTGTTGACTATCTTCTGTCTAATATGTTGGTTGAGAAGACACCCCCTGCGGTAGCACATTTTCTAAGAACAACACCTGGCCTGGATAAGGCAATGATAGGTGACTTTTTGGGTCAACATGAAGAATT
CCCTCTTGCTGTTATGCATGCTTATGTAGACGCAATGAACTTTGCCGGCATGAAGTTTGATAGAGCGATTCGTGAGTTTCTTAAAGGATTTCGTCTACCCGGTGAAGCTCAAAAGATTGATCGTATTATGGAGAAATTCGCAGAGCGGTATTGTCGGGATAATCCAGGACTCTTCAAGAATGCTGATACAGCTTACATAC
TTGCATATGCAGTAATAATGCTAAATACAGATGCACACAATCCTATGGTGTGGCCAAAAATGTCAAAAGCTGATTTTGTTCGGATGAACTCAACAAGTGATGCCGAAGAATGTGCTCCCAAGGAGCTGTTGGAAGAAATTTATGATTCTGTATTGAAAGAGGAGATAAAGATGAAAGATGACAATGTTGATTCAGGCAAA
AGTAGTAAGCAAAAGCCAGATGCTGAGGAGAGAGGCCGGATTGTTACTATACTGAATTTGGCCATGCCAAGACTAAAGGCAGCAGATGACACAAAGAAGGAAAGTGAGGAAATTGTTAAGCGCACACAAGCCTTTTTTAAGAAGGGTGGGGCAAAGAGGGGTGTATTCTACACTGCTCAACAGATGGAACTTGTGAGACC
TATGCTCGAGGCTGTAGGATGGCCTTTACTTGCGGCATTTTCTGTCACAATGGAGGACAGTGATAACAAGCCTAGGGTTCTTCTTTGTATGGAGGGATTTAGATTAGGCATCCATCTTACAATGGTGCTTGGCATGTATACCATGCGATATGCTTTCTTGACATCTTTAGTAAGGTTTACATTTCTCCATGCACCAAAAG
AGATGCGGAGCAAAAATGTAGAGGCTCTACGGACCTTGCTGATATTGTGCGACAGTGAGACTGATGCATTGCAGGATACTTGGAATGCTGTCTTAGAATGTGTTTCAAGGCTTGAGTATATCACATCAACACCTTCTATTGCTGCAACGGTTATGCATGGTTCAAATCAGATATCTAGGGATGCTTTGCTTCAGTCACTA
AAAGAACTTACTGGAAAACCAACTGAACATGTATTTGTGAATAGTGTAAAGTTACCAAGTGATGCAATTGTGGAGTTTTTCACAGCTTTATGTGGTGTTTCGGCTGAAGAACTAAAACAAACCCCTGCCCGGGTTTTTAGTCTACAAAAACTTGTTGAGATAAGTTACTACAACATGGCCCGGATACGCATGgtaaggat
tcggagctcattgatatatgttacaaagactttaaattaccgtttgttctttctcttctacctttgtgaattgaataaagcttttaaattaagttgtgtcttctacattcctattttccccttttcagGTTTGGGCTAGAATATGGTCAGTTCTCTCACATCACTTTATCTCAGCGGGAAGCCATCATGATGAGAAGATT
GCCATGTATGCAATTGACTCGCTAAGACAGCTTGGTATGAAATATTTGGAGAGGGAAGAACTTGCTAAGTTTACCTTTCAGAATGATATCTTGAAACCATTTGTTATCCTCATGCGAAATAGTAGAAGTGCAACTATTCGTACTCTCATTGTTGACTGCATTGTTCAGATGATCAAATCGAAGGTTGGTAGCATTAAATC
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CCATTGCTCTGCTTCGTATTTGTGAAGACCGGCTAGCGGAGGGCCTAATTCCAGGCGGGGCCCTGAAACCTGTGGAAGTTATTGGCACAGATGCAGACACTGATGTAACAGAACATTATTGGTTTCCAATGCTTGCGGGATTGTCAGATTTAACCTCTGATCCTCGGACAGAAGTGAGAAACTGTGCACTTGAGGTGCTT
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CAAGGAGGTTTCTTTTATGCTACCATCCCTGCTGGCACTGTTGTTAGATTGTGCTAAAAAGCCAGACCAAGCTGTAGCATCAATCTCTTGTGGTGCTTTGGTACATCTTATAAAGGTTGGAGGTCATCAATTCAATGATAAGGATTGGGATACTTTATTGACAAGCATTCGCGATGCATCCTACACAACACAACCCTTAG
AACTATTGAACACACAGGGTTTTGATTATACAAGGAAAATTATGAAAGGAGATCGAACTCCATCTACAACTGCTACTGATGGTGCAGGGTCAGATGGAGACACTTATAGCTATGAGAACGGAAATTCATTTGCCAGTACGCAAAGAATTAGTAATAGTGTTGTTCAGAGACACCAAAATCTCTCTGGCGTGGAAGTGTGG
GTTCCAGATGGCCAAGGGAGGTCAAACCTTGAGGATTCTGAAGGCATGTCATCATCATCAGTGGATGTAAGGTCGCCCAGAGAAAATCTGTCTAAAAATCAAACCCTTGGCCAAAAAATTATGGGAAACATGATGGATACACTTCTGCTTAAGAATCTTACTTTTAAGCAAAAGGGACGCGCAGGAGATATTCTAGTTCC
GACATCTCCTACTCAGCAGGTACCTGATATTGTAGAGCCATCCCCTATGGAGAGTGAAGAGAACCCTTTATTGACATGTATAAGAGGGAAATGCATTACTCAACTTTTATTGCTGGGTGCAATTGACTGTATCCAGAAAAACCATTGGAATAGATTACAGCGCTCTCACAAGATCGTAATAATGGATATATTGCTATCTA
TTTTGGACTTTGCGGCTTCTTATAATTCATCTGCAAATCTTAGGATGCGAATGCATCAGATTCCAGCTGACAGGTTGCCTGTCAATATTCTACGTCAGGAAATTGAAGGAACACGCATCTATTTGGAAGTATTACAGAAGAGTACTGGGCAGCATAACACAAATGGTGAAGATTTAAAAAATAATATTTCAAATATAGAT
TATTCATCTGCAGCGAATGTATCCAATCACATGGACATCAAACAGGAAGAGGAGAAGCTCAGAGAAATAGCAGAGCAAAAGCTAGTGTCATTTTGTGGGCAGATTTTAAAGGACACATCTGAACTTCAACCTGGTCCTGGTGAAGCTGTTGATGCTGATGTGCATCGTGTTCTTGTTTTACGCTCCCCAGTCATTGTTAA
GGTGTTGAGTGGGATGTGCATTATGAATAAGAATATTTTCAAGAGACACCTTGGGGAGTTTTTTCCTTCTGTCACAAAACTTGTGTGCAGTGACCAGATGGATGTGCGGCGGGCATTGGGTGACCTCTTTAAGAAACAGCTAATAGGCCTTTTGCCTTGATTTCACTTTTCAATATTATTGTATCCTGGTTTCAGTTTCC
ATTATTATTTCATTATTTGGCCATTCTTTGGCATTAGAAGATCTGTAGTCCCTGAGAAGTGTTTTCCATATTGCCAAGATCATTGTTGGTTCTCTAAGATAAGGACACCTTGGTGTCATTTCTTAGACGAGGATATAGCCAGTTTACATGTCTAGATAGTGTCTAGCGATGCACGCCAAGGTAGCACTTGTCCTTCAAAA
GTTTTGATTACCTTCAATGGTCCTCCATTTATTTGCTTTTGTTACACATCTCTCAAAATTAGGGAACTGCAAGAATATGCCTTGTTTTAAGGGTGAAGAGATGCTCTAGATAGTAATTCTTTTATCTAAAATTTAAATAGGTTGTGAGGTTCTGCCTACATCATCATGGTAGTGCCAATTGTAGTTTTATGTCTTCCATC
AATTACAAGCGTACCGTTCTTATTCTCAATTTGAGGCTCTCCATTTGGTTGTAAATGAATTTAGCAGTCCGTGGTCAAATAAGAAGTTCAACATAAACTTATCTAACTGGTACTTTTGTGTTTATAAAGGCATATGTTGAAGAAGAGTTAATGTTACTTGCTAAAAGGGTAATCTCTTGAACCCCTTCATCTTGAGCTAT
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ATTAGATTGTAGAGGCGTTAAATTTGGGGTTTTGGGTGTTTTGGTGGGAAACCTTAGGGCTTATACTCTGTAGATCCTTCCTTGATAATTGGCACTGTTTTAGTACCTGGCATTCTGCGGGAGTAATACCGATCCAGATCTCTGTGCTGGAGCTGGATTTTCGGTGGATCTGCGTGTTTGCTAGCCCCGCAATCGCGGCA
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TGCTGTTACTGGAGAGGATCACCAGCCCCAAAATTTGAGTACAAGTGAAGCGATTTCAGCAACACTGTCAACTGCTGGTCATACATTAGAAGGATCAGAAGCAGAGCTTGTCCTTCAGCCACTCAGGCTTGCATTTGAGACAAAGAATCCAAAGCTCGTTGAACCTGCTCTTGATTGTCTTCATAAGCTTATAGCGTATG
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TGACAGTTCAGACAGTCCTCTTCATCAAAGGACATGTATTCTCAGGATGCTTGAAAAAGTCTGCAAGGACTCTCAGATGCTGGCAGATATATTTGTGAATTATGACTGTGATCTAGAGGCTACCAATCTGTTTGAGCGAATGGTCAATGCTCTGTCGAGGATTGCACAGGGTACGCTAAATACAGATCCCAGCTCCATAA
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CCCTCTTGCTGTTATGCATGCTTATGTAGACGCAATGAACTTTGCCGGCATGAAGTTTGATAGAGCGATTCGTGAGTTTCTTAAAGGATTTCGTCTACCCGGTGAAGCTCAAAAGATTGATCGTATTATGGAGAAATTCGCAGAGCGGTATTGTCGGGATAATCCAGGACTCTTCAAGAATGCTGATACAGCTTACATAC
TTGCATATGCAGTAATAATGCTAAATACAGATGCACACAATCCTATGGTGTGGCCAAAAATGTCAAAAGCTGATTTTGTTCGGATGAACTCAACAAGTGATGCCGAAGAATGTGCTCCCAAGGAGCTGTTGGAAGAAATTTATGATTCTGTATTGAAAGAGGAGATAAAGATGAAAGATGACAATGTTGATTCAGGCAAA
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AGATGCGGAGCAAAAATGTAGAGGCTCTACGGACCTTGCTGATATTGTGCGACAGTGAGACTGATGCATTGCAGGATACTTGGAATGCTGTCTTAGAATGTGTTTCAAGGCTTGAGTATATCACATCAACACCTTCTATTGCTGCAACGGTTATGCATGGTTCAAATCAGATATCTAGGGATGCTTTGCTTCAGTCACTA
AAAGAACTTACTGGAAAACCAACTGAACATGTATTTGTGAATAGTGTAAAGTTACCAAGTGATGCAATTGTGGAGTTTTTCACAGCTTTATGTGGTGTTTCGGCTGAAGAACTAAAACAAACCCCTGCCCGGGTTTTTAGTCTACAAAAACTTGTTGAGATAAGTTACTACAACATGGCCCGGATACGCATGGTAAGGAT
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GCCATGTATGCAATTGACTCGCTAAGACAGCTTGGTATGAAATATTTGGAGAGGGAAGAACTTGCTAAGTTTACCTTTCAGAATGATATCTTGAAACCATTTGTTATCCTCATGCGAAATAGTAGAAGTGCAACTATTCGTACTCTCATTGTTGACTGCATTGTTCAGATGATCAAATCGAAGGTTGGTAGCATTAAATC
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GACATCTCCTACTCAGCAGGTACCTGATATTGTAGAGCCATCCCCTATGGAGAGTGAAGAGAACCCTTTATTGACATGTATAAGAGGGAAATGCATTACTCAACTTTTATTGCTGGGTGCAATTGACTGTATCCAGAAAAACCATTGGAATAGATTACAGCGCTCTCACAAGATCGTAATAATGGATATATTGCTATCTA
TTTTGGACTTTGCGGCTTCTTATAATTCATCTGCAAATCTTAGGATGCGAATGCATCAGATTCCAGCTGACAGGTTGCCTGTCAATATTCTACGTCAGGAAATTGAAGGAACACGCATCTATTTGGAAGTATTACAGAAGAGTACTGGGCAGCATAACACAAATGGTGAAGATTTAAAAAATAATATTTCAAATATAGAT
TATTCATCTGCAGCGAATGTATCCAATCACATGGACATCAAACAGGAAGAGGAGAAGCTCAGAGAAATAGCAGAGCAAAAGCTAGTGTCATTTTGTGGGCAGATTTTAAAGGACACATCTGAACTTCAACCTGGTCCTGGTGAAGCTGTTGATGCTGATGTGCATCGTGTTCTTGTTTTACGCTCCCCAGTCATTGTTAA
GGTGTTGAGTGGGATGTGCATTATGAATAAGAATATTTTCAAGAGACACCTTGGGGAGTTTTTTCCTTCTGTCACAAAACTTGTGTGCAGTGACCAGATGGATGTGCGGCGGGCATTGGGTGACCTCTTTAAGAAACAGCTAATAGGCCTTTTGCCTTGATTTCACTTTTCAATATTATTGTATCCTGGTTTCAGTTTCC
ATTATTATTTCATTATTTGGCCATTCTTTGGCATTAGAAGATCTGTAGTCCCTGAGAAGTGTTTTCCATATTGCCAAGATCATTGTTGGTTCTCTAAGATAAGGACACCTTGGTGTCATTTCTTAGACGAGGATATAGCCAGTTTACATGTCTAGATAGTGTCTAGCGATGCACGCCAAGGTAGCACTTGTCCTTCAAAA
GTTTTGATTACCTTCAATGGTCCTCCATTTATTTGCTTTTGTTACACATCTCTCAAAATTAGGGAACTGCAAGAATATGCCTTGTTTTAAGGGTGAAGAGATGCTCTAGATAGTAATTCTTTTATCTAAAATTTAAATAGGTTGTGAGGTTCTGCCTACATCATCATGGTAGTGCCAATTGTAGTTTTATGTCTTCCATC
AATTACAAGCGTACCGTTCTTATTCTCAATTTGAGGCTCTCCATTTGGTTGTAAATGAATTTAGCAGTCCGTGGTCAAATAAGAAGTTCAACATAAACTTATCTAACTGGTACTTTTGTGTTTATAAAGGCATATGTTGAAGAAGAGTTAATGTTACTTGCTAAAAGGGTAATCTCTTGAACCCCTTCATCTTGAGCTAT
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TGATTGCAACACATGCATTTGAGATCGATAAGCGTCTCTCATTTATATAATACTGCCAGCGATTCTTCCGCCATCTTCCTACGCCTGCCCGGATCCTTTGTTTCTGCACTTCAAATTTTGGGATTCGAAGCTCGAAGGTTTCGACCGCCATGCTATAACTGTGTGGACCGGAATGGGATCGATTACCAGTGAAAAATTTG
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TGCTATAATATTGCACTTAACAGCAAGAGTGCAATAAATCAGGCTACATCAAAGGCTATGCTCACTCAAATGATCAGCACTGTCTTCAGGAGGATGGAATCTGATGAAAAGAATCAGGGTTGTGTTCCTCTTCCTAGAGCAAACACATTCGATCTTCCCATTCATTCTGCAACTGGCCCTCCTATACAGGACAATGATTC
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ATAAGGCTGTCAATTCAGAAGATAGTAAGAGGACAGCAGGAGGAATTGATCTGGAAAGCATGAGTGTATGGCAACAGGATGCTTTACTGGTTTTCCGGACCCTCTGCAAGATGTCTTTGAAGGAAGAGACTGATGAGTTTGTTACAAAAATGAAGCTTATTTCACTTGAGCTGCTTCAGGGATTGTTAGAAGGTGTTAGT
CCCTCTTTCACTGTCAATTTCCATTTTATTGACTCAGTCAGAACCTACCTTTCATATGCATTACTCAGGGCATGTGTTTCCCCATCTTCTTCAATTTTTCAGTATGCTTCTGGTATCTTCACTGTCTTATTACTGAGGTTCAGAGAAGGCTTGAAGGTAGAAATTGGCATATTTTTCCCATTGATTATTCTGCGATCCCT
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TTGATTACCTTCAATGGTCCTCCATTTATTTGCTTTTGTTACACATCTCTCAAAATTAGGGAACTGCAAGAATATGCCTTGTTTTAAGGGTGAAGAGATGCTCTAGATAGTAATTCTTTTATCTAAAATTTAAATAGGTTGTGAGGTTCTGCCTACATCATCATGGTAGTGCCAATTGTAGTTTTATGTCTTCCATCAAT
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