sp|F4J4C8|EVN_ARATH ----> Dolichol kinase EVAN


Intron 1 GTATTTATCC ... CAATATGCAG

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A1017.831322228.7



>TRINITY_DN126017_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform
ATTGAATACCCTTTACGAGTCGTAGTTGCAAAGGATGAAGTTGTTGCAGGGAATTCATTATTAAAATCCCAACTAATGACTCTGGAGTCCTCTCTACATATCCAAGAAGACTTTGTGTGTACATATATACAAAGTCTACTTATACGTATATACATCGGCAAATTCAAGGAAACGTCTATTGTACTACGCATCAGACTCGA
GAGTCAGCATTTCCCGGCGGAGGGAAATCGAGAACGAGTCAGCGGATGCAACGATCCTTCATACGCGTATTCTAATTCCCTTCCTCTATCCAGTGTAAACATAGACGATGCTGGCCATCTCTTCAATTTTAACAAACCCATCTGCAAATAATTCTCCGTATTTATGCAGTGCAAGCAGACGATGCTGCCCATCTCTTCAA
TTGAAATACAAATCTGCAAAACAAACAGATTATAATTGATGGGGAGCCGAGGAGAGGCGCTTGTGGTTGCACTGGTGATCGGCAGGGTGCTGTTCCTCGCACCCTATGCTCTGGTATGGGAGTCCCTTGCCCTCGTCTCTCTGGGTGCCGCCAGTTTGTTGCTCGAGATCGCAGCCGAAGATGGCTGCCAGCAACCGAGG
ATCAATCGCCTCAAACCCAGGCCAGGTTCAACATCTGGCATATTTTTGGGAGCAGTGACACTGCCCATCGTTATGTTGTCGAGGCTGATCCAACTACACTGGGGCCTTTCAGAGCATCACAGTGAGATTCCAGAGTTAGAGAACTCAAGGCTACAGTTTTGGGCTGCATGTGCCTGCAGCTCGGGTGTTCTATTTTTCCT
GCATTTTGTTTTATGGTATTCCAGCGAAGCAGTCAAGTACCATTCCCCAGTAAAGAGGATGCAAATATTGATTATTAGCTTGTCTTTTTTAGTTGCTTTTGGCACACAGTGTTCCTTTTCGATGATGAAAAGTGGAAAATCAGCACCTGTTATACCCATGGTAATGGTATGGCTGCTGCTGCATGCCTCGGTATCTGGAA
CATTACTGCAATATATTCTTCATAAATTTCCTTCCTGTGTTTCTATAGGGGAAGCTCTGTTGGTTGTTGGTGGGCTAGTCCTTTATTTTTCAGACATGCTAGCTTTTATGCTCTCAAAGGTCAGTCCGTATGCTCCCTTGGCAAATGAATTCTTTGGAGGCCTTAATAAGAAGAGAGACGAGATCAGTACAATCATTCAG


GGATTG
TTGGGTAGCCTTATACTGATGTCAAGAGTTTACAAAGTTATTCTTTATATTTGGATCTGCTGTACAAACCTAACCAAGTTTCAAGCTTCACGGAATGATGAAAAAGCTTCTGGAGATTTTCAAAGGTCTATTACATTCTATGTTGCTCTTGGGATAACAGCAGCCATGATTGTACCAGGATGGTTGTTTTATAT
TAAGGATTTTCAAACACACCCTTTATTATGGGTCATTGGTTTTATATTGGAGAAGCCACTTGAAAGATTATTACTCTGCATCTACTGGCTAGCCGTTACTTGCTTGGCCATTCTACGGTTTTACAACATTTCCAAGAACAGTACAATTGAGAGGATACTTCTTCGAAAATACTACCATTTGTTGGCCGTTATAATGTTTG
TGCCAGCTGTTCTATTTGATACAGAATTCTTGAAACTTGCATTTGGAGCAGCTTTGGCAGCTTTTTTAGTATTGGAGATGATTAGAATCTGGCGAATTTTACCATTGGGAGATCTTGTTAACCAATTTATGAAGGCTTTTACGGACCACCGTGATTCAGAAATTCTTATTATAAGTCATTTTTCACTCCTACTTGGCTGT
GCAACACCTATATGGATGTCTGGTCACATCAGTGATCGCCCTCTAGCTCCATTTGCAGGAATCTTGAGTTTAGGCATTGGAGATACCATGGCATCGCTTGTTGGGCATAAATATGGCGTTTTGAGATGGAGCAAGGGTGGAAAGAAAACAATAGAAGGGACAGCAGCTGGTATAACTTCTATGCTGCTTGCATGCTTGTT
CCTTCTTCCTTCGTTAGCATGGACAGGGTTTACTTCATCGCAGGATTGGCTATCATTGGTTATTGCAGTTATCTTAGTTGGTATGCTGGAGGCTTACACAACGCAGCTAGACAATGCATTCATTCCACTTATATTCTACAGTCTACTCTGTCTCTAAGTTCAACAGGCAATACATCAGTTATTCTTATGAATTTGATTTT
TGTAATATGTTGGAGAGCTAGGAGAACGAGGCAGATAAGTTCTATGAGCCATTCTTTTTAATAGTTGTGGAATCGTAAGGCTTTCTTACAGTTTTTGGTAGAGCAATCCATGGAGTCGCTTTGAAAGATGCATAGTCATATGTGCAATGCATTGGCATCACATAGTGGAAATATTTCAAAGTGTGACAAAATGGTATTTC
ATGTGTAAATTGTGGCTCAGCCACTGAGAGCAATGCCTGATTAAATTTATTGTATCTAATCAATTCTTGACGACAATGTTGTACTGGAATCTTAGTTGGATGGTGTAAATAATATACAAGAGCTGGAGTCAATGCTACTCCCAACAGTGATTGAGGCTCAGTTTCATCTTTAGTTAGTCCATTTTGTATACTATCAACAT
AATATTGTTTTATATTGATCATGACCGGCATTCTGTACAACTGTATTGTAATTTAAGAGTTCTCATTCAAATGGCAGTTACAAGGAACTTGGAGCAATATGACATATTGATGAGGTGCTAAACAATGCACGAAAGCCACAACAGATGTTTCGTATGTGTAAAATTTGTACATATGATATTCTTGCATCAAATACTGTAGA
AGCAAATAAACCCGAGTTGCTATTCAAGGGGAAATAGAATTGAAAATATTTTGGGCTGGCAAATTTTAGGGGCTTGTAAGTAACTCTCTGCTTATTGAGCACCAACATTTTCACTGTGGCTTGGACAGTACTTAAGTCCATTTGCTATATATTAAGAAATAGATGTAAATTTTGATCTTTCAAGTTGTTAAT


>TRINITY_DN126017_c0_g1_i10 from sample A1 / Example unspliced isoform:
ATTGAATACCCTTTACGAGTCGTAGTTGCAAAGGATGAAGTTGTTGCAGGGAATTCATTATTAAAATCCCAACTAATGACTCTGGAGTCCTCTCTACATATCCAAGAAGACTTTGTGTGTACATATATACAAAGTCTACTTATACGTATATACATCGGCAAATTCAAGGAAACGTCTATTGTACTACGCATCAGACTCGA
GAGTCAGCATTTCCCGGCGGAGGGAAATCGAGAACGAGTCAGCGGATGCAACGATCCTTCATACGCGTATTCTAATTCCCTTCCTCTATCCAGTGTAAACATAGACGATGCTGGCCATCTCTTCAATTTTAACAAACCCATCTGCAAATAATTCTCCGTATTTATGCAGTGCAAGCAGACGATGCTGCCCATCTCTTCAA
TTGAAATACAAATCTGCAAAACAAACAGATTATAATTGATGGGGAGCCGAGGAGAGGCGCTTGTGGTTGCACTGGTGATCGGCAGGGTGCTGTTCCTCGCACCCTATGCTCTGGTATGGGAGTCCCTTGCCCTCGTCTCTCTGGGTGCCGCCAGTTTGTTGCTCGAGATCGCAGCCGAAGATGGCTGCCAGCAACCGAGG
ATCAATCGCCTCAAACCCAGGCCAGGTTCAACATCTGGCATATTTTTGGGAGCAGTGACACTGCCCATCGTTATGTTGTCGAGGCTGATCCAACTACACTGGGGCCTTTCAGAGCATCACAGTGAGATTCCAGAGTTAGAGAACTCAAGGCTACAGTTTTGGGCTGCATGTGCCTGCAGCTCGGGTGTTCTATTTTTCCT
GCATTTTGTTTTATGGTATTCCAGCGAAGCAGTCAAGTACCATTCCCCAGTAAAGAGGATGCAAATATTGATTATTAGCTTGTCTTTTTTAGTTGCTTTTGGCACACAGTGTTCCTTTTCGATGATGAAAAGTGGAAAATCAGCACCTGTTATACCCATGGTAATGGTATGGCTGCTGCTGCATGCCTCGGTATCTGGAA
CATTACTGCAATATATTCTTCATAAATTTCCTTCCTGTGTTTCTATAGGGGAAGCTCTGTTGGTTGTTGGTGGGCTAGTCCTTTATTTTTCAGACATGCTAGCTTTTATGCTCTCAAAGGTCAGTCCGTATGCTCCCTTGGCAAATGAATTCTTTGGAGGCCTTAATAAGAAGAGAGACGAGATCAGTACAATCATTCAG


gtatttatccataatcttttgaataacttacaaagatgagggtatttttattaccttttctgtccatcaatcattttcttatatgagccagtctacgaacaattgaggattcaatatgcag
GGATTGTTGGGTAGCCTTATACTGATGTCAAGAGTTTACAAAGTTATTCTTTATATTTGGATCTGCTGTACAAACCTAA
CCAAGTTTCAAGCTTCACGGAATGATGAAAAAGCTTCTGGAGATTTTCAAAGGTCTATTACATTCTATGTTGCTCTTGGGATAACAGCAGCCATGATTGTACCAGGATGGTTGTTTTATATTAAGGATTTTCAAACACACCCTTTATTATGGTAAGTCAGCCTTTGTTTCAAGCTTTCTATGTTATACAATTCAGGCTCA
ACATGTGCCTTTATGTAGTCAAAAGAGGGATATCTAAGACACTTTATTTAAAGCAATAGTGAATTGATGAAAAAGCAATAAAAGCAGATGAGTATTGTTAAGGGATGGCCAATTCTGCTAAATCTGCTGAAGGTCTCAGATGTTTCTTTTTCTCTGGATTGCTATTTTTTCTGCAGGAGATTTATTGAAGACATTTCAAA
CATGTGGAGTCACTTCTGTAATTAGTGGAAAAGCCTTTATTGACTGACGGTTCTTAACAAGCCCATTGGTTTTTTTTTGACGAAAACGGGTAAAAGATTTTATTTATAAAAGGAGGAGGGAGAAATCCCTCCAAGAACAACAGTTCATACATTACAAAAATGGCCCATTCCCTGAATGTTCAGTTCTTAACTGTCTATTA
AAACTACTATCAAAACTACAGACTGCTGAGATTTCTGACTGCTATACTGCCGATTTCTCCTATACTGATATCTATATATCCTAATGAACTGATGCAACAAGAAAACACAAAAAAAACACACATAACAGTTAATCTTGGCCCCAGGGCACCTGGTATTCCTTCTTCACAGCTGCCTGGTGGGAGGCTGAGCGTTCAGCTGC
TTCTTTCTCTTTCATTTTGTTTTTCATTTGCAGCAGAGTCGCTTCCAGGTGGGGAACTTGGATTTCTAGGGCCTCATTTCGTAGGCATGCCGCTTCTGCTTGATCAAGACGGTTCTCCATGACCTCAATTCTGAACTGTTGATTCTCCACTTCATTGCTCAGGATTGCAATCTGATAATTCACGTTTCCCCTTTCTACCA
ATCCTTAACAAGTCCATTGTTA




Intron 2 GTGATATTCA ... TTGTCTCCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A119.71613940
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A815.4553992105
A914.184755998
A1015.273696469



>TRINITY_DN113954_c0_g1_i12 from sample A3 / Example spliced isoform
AATAGAGAGGATTGAATACCCTTTACGAGTCGTAGTTGCAAAGGATGAAGTTGTTGCAGGGAATTCATTATTAAAATCCCAACTAATGACTCTGGAGTCCTCTCTACATATCCAAGAAGACTTTGTGTGTACATATATACAAAGTCTACTTATACGTATATACATCGGCAAATTCAAGGAAACGTCTATTGTACTACGCA
TCAGACTCGAGAGTCAGCATTTCCCGGCGGAGGGAAATCGAGAACGAGTCAGCGGATGCAACGATCCTTCATACGCGTATTCTAATTCCCTTCCTCTATCCAGTGTAAACATAGACGATGCTGGCCATCTCTTCAATTTTAACAAACCCATCTGCAAATAATTCTCCGTATTTATGCAGTGCAAGCAGACGATGCTGCCC
ATCTCTTCAATTGAAATACAAATCTGCAAAACAAACAGATTATAATTGATGGGGAGCCGAGGAGAGGCGCTTGTGGTTGCACTGGTGATCGGCAGGGTGCTGTTCCTCGCACCCTATGCTCTGGTATGGGAGTCCCTTGCCCTCGTCTCTCTGGGTGCCGCCAGTTTGTTGCTCGAGATCGCAGCCGAAGATGGCTGCCA
GCAACCGAGGATCAATCGCCTCAAACCCAGGCCAGGTTCAACATCTGGCATATTTTTGGGAGCAGTGACACTGCCCATCGTTATGTTGTCGAGGCTGATCCAACTACACTGGGGCCTTTCAGAGCATCACAGTGAGATTCCAGAGTTAGAGAACTCAAGGCTACAGTTTTGGGCTGCATGTGCCTGCAGCTCGGGTGTTC
TATTTTTCCTGCATTTTGTTTTATGGTATTCCAGCGAAGCAGTCAAGTACCATTCCCCAGTAAAGAGGATGCAAATATTGATTATTAGCTTGTCTTTTTTAGTTGCTTTTGGCACACAGTGTTCCTTTTCGATGATGAAAAGTGGAAAATCAGCACCTGTTATACCCATGGTAATGGTATGGCTGCTGCTGCATGCCTCG
GTATCTGGAACATTACTGCAATATATTCTTCATAAATTTCCTTCCTGTGTTTCTATAGGGGAAGCTCTGTTGGTTGTTGGTGGGCTAGTCCTTTATTTTTCAGACATGCTAGCTTTTATGCTCTCAAAGGTCAGTCCGTATGCTCCCTTGGCAAATGAATTCTTTGGAGGCCTTAATAAGAAGAGAGACGAGATCAGTAC
AATCATTCAGGGTCATTGGTTTTATATTGGAGAAGCCACTTGAAAGATTATTACTCTGCATCTACTGGCTAGCCGTTACTTGCTTGGCCATTCTACGGTTTTACAACATTTCCAAGAACAGTACAATTGAGAGGATACTTCTTCGAAAATACTACCATTTGTTGGCCGTTATAATGTTTGTGCCAGCTGTTCTATTTGAT
ACAGAATTCTTGAAACTTGCATTTGGAGCAGCTTTGGCAGCTTTTTTAGTATTGGAGATGATTAGAATCTGGCGAATTTTACCATTGGGAGATCTTGTTAACCAATTTATGAAGGCTTTTACGGACCACCGTGATTCAGAAATTCTTATTATAAGTCATTTTTCACTCCTACTTGGCTGTGCAACACCTATATGGATGTC
TGGTCACATCAGTGATCGCCCTCTAGCTCCATTTGCAGGAATCTTGAGTTTAGGCATTGGAGATACCATGGCATCGCTTGTTGGGCATAAATATGGCGTTTTGAGATGGAGCAAGGGTGGAAAGAAAACAATAGAAGGGACAGCAGCTGGTATAACTTCTATGCTGCTTGCATGCTTGTTCCTTCTTCCTTCGTTAGCAT
GGACAGGGTTTACTTCATCGCAGGATTGGCTATCATTGGTTATTGCAGTTATCTTAGTTGGTATGCTGGAGGCTTACACAACGCAGCTAGACAATGCATTCATTCCACTTATATTCTACAGTCTACTCTGTCTCTAAGTTCAACAGGCAATACATCAGTTATTCTTATGAATTTGATTTTTGTAATATGTTGGAGAGCTA
GGAGAACGAGGCAGATAAGTTCTATGAGCCATTCTTTTTAATAGTTGTGGAATCGTAAGGCTTTCTTACAGTTTTTGGTAGAGCAATCCATGGAGTCGCTTTGAAAGATGCATAGTCATATGTGCAATGCATTGGCATCACATAGTGGAAATATTTCAAAGTGTGACAAAATGGTATTTCATGTGTAAATTGTGGCTCAG
CCACTGAGAGCAATGCCTGATTAAATTTATTGTATCTAATCAATTCTTGACGACAATGTTGTACTGGAATCTTAGTTGGATGGTGTAAATAATATACAAGAGCTGGAGTCAATGCTACTCCCAACAGTGATTGAGGCTCAGTTTCATCTTTAGTTAGTCCATTTTGTATACTATCAACATAATATTGTTTTATATTGATC
ATGACCGGCATTCTGTACAACTGTATTGTAATTTAAGAGTTCTCATTCAAATGGCAGTTACAAGGAACTTGGAGCAATATGACATATTGATGAGGTGCTAAACAATGCACGAAAGCCACAACAGATGTTTCGTATGTGTAAAATTTGTACATATGATATTCTTGCATCAAATACTGTAGAAGCAAATAAACCCGAGTTGC
TATTCAAGGGGAAATAGAATTGAAAATATTTTGGGCCGG


>TRINITY_DN113954_c0_g1_i7 from sample A3 / Example unspliced isoform:
TTTCCGTATATTCTGCAAAGTTGTATAAGAGGAAGAGCATTGGAATGATTAGCTAGTCTTGTTTTGCAATTTCCTTTTCATTGCATTTAATATTCCCTTATTGCATTTAGATATTTTCTTCTTCCTGGTATGCAGTCTGTTTTCTTTTTGTTTTCATTTTAAAGTATTTTCTTTGGAACAACCTGAGGTATGCAAGCTAA
GGTGCCTTCTAGTATCATACATCCATAACTATTTTTGCAGTATTGATATTTTTCTTATTTGTATCAGAGTTAGAGAACTCAAGGCTACAGTTTTGGGCTGCATGTGCCTGCAGCTCGGGTGTTCTATTTTTCCTGCATTTTGTTTTATGGTATTCCAGCGAAGCAGTCAAGTACCATTCCCCAGTAAAGAGGATGCAAAT
ATTGATTATTAGCTTGTCTTTTTTAGTTGCTTTTGGCACACAGTGTTCCTTTTCGATGATGAAAAGTGGAAAATCAGCACCTGTTATACCCATGGTAATGGTATGGCTGCTGCTGCATGCCTCGGTATCTGGAACATTACTGCAATATATTCTTCATAAATTTCCTTCCTGTGTTTCTATAGGGGAAGCTCTGTTGGTTG
TTGGTGGGCTAGTCCTTTATTTTTCAGACATGCTAGCTTTTATGCTCTCAAAGGTCAGTCCGTATGCTCCCTTGGCAAATGAATTCTTTGGAGGCCTTAATAAGAAGAGAGACGAGATCAGTACAATCATTCAGGCATTGTTGGGTAGCCTTATACTGATGTCAAGAGTTTACAAAGTTATTCTTTATATTTGGATCTGC
TGTACAAACCTAACCAAGTTTCAAGCTTCACGGAATGATGAAAAAGCTTCTGGAGATTTTCAAAGGTCTATTACATTCTATGTTGCTCTTGGGATAACAGCAGCCATGATTGTACCAGGATGGTTGTTTTATATTAAGGATTTTCAAACACACCCTTTATTATGGGTCATTGGTTTTATATTGGAGAAGCCACTTGAAAG
ATTATTACTCTGCATCTACTGGCTAGCCGTTACTTGCTTGGCCATTCTACGGTTTTACAACATTTCCAAGAACAGTACAATTGAGAGGATACTTCTTCGAAAATACTACCATTTGTTGGCCGTTATAATGTTTGTGCCAGCTGTTCTATTTGATACAGAATTCTTGAAACTTGCATTTGGAGCAGCTTTGGCAGCTTTTT
TAGTATTGGAGATGATTAGAATCTGGCGAATTTTACCATTGGGAGATCTTGTTAACCAATTTATGAAGGCTTTTACGGACCACCGTGATTCAGAAATTCTTATTATAAGTCATTTTTCACTCCTACTTGGCTGTGCAACACCTATATGGATGTCTGGTCACATCAGTGATCGCCCTCTAGCTCCATTTGCAGGAATCTTG
AGTTTAGGCATTGGAGATACCATGGCATCGCTTGTTGGGCATAAATATGGCGTTTTGAGATGGAGCAAGGGTGGAAAGAAAACAATAGAAGGGACAGCAGCTGGTATAACTTCTATGCTGCTTGCATGCTTGTTCCTTCTTCCTTCGTTAGCATGGACAGGGTTTACTTCATCGCAGgtgatattcaatgaaatattttc
tggctagggctgctattcattttggatgtccactgtaagctataactttcctggaagtattgctttaactttggtaaagtttgttggatgttattgtctccag
GATTGGCTATCATTGGTTATTGCAGTTATCTTAGTTGGTATGCTGGAGGCTTACACAACGCAGCTAGACAATGCATTCATTCCACTTATATTCTACA
GTCTACTCTGTCTCTAAGTTCAACAGGCAATACATCAGTTATTCTTATGAATTTGATTTTTGTAATATGTTGGAGAGCTAGGAGAACGAGGCAGATAAGTTCTATGAGCCATTCTTTTTAATAGTTGTGGAATCGTAAGGCTTTCTTACAGTTTTTGGTAGAGCAATCCATGGAGTCGCTTTGAAAGATGCATAGTCATA
TGTGCAATGCATTGGCATCACATAGTGGAAATATTTCAAAGTGTGACAAAATGGTATTTCATGTGTAAATTGTGGCTCAGCCACTGAGAGCAATGCCTGATTAAATTTATTGTATCTAATCAATTCTTGACGACAATGTTGTACTGGAATCTTAGTTGGATGGTGTAAATAATATACAAGAGCTGGAGTCAATGCTACTC
CCAACAGTGATTGAGGCTCAGTTTCATCTTTAGTTAGTCCATTTTGTATACTATCAACATAATATTGTTTTATATTGATCATGACCGGCATTCTGTACAACTGTATTGTAATTTAAGAGTTCTCATTCAAATGGCAGTTACAAGGAACTTGGAGCAATATGACATATTGATGAGGTGCTAAACAATGCACGAAAGCCACA
ACAGATGTTTCGTATGTGTAAAATTTGTACATATGATATTCTTGCATCAAATACTGTAGAAGCAAATAAACCCGAGTTGCTATTCAAGGGGAAATAGAATTGAAAATATTTTGGGCCGG




Intron 3 GTCAGTCCCT ... TGTTTTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A138.6588.9568.5
A233.3371.535.88
A325.5567.823.311
A432.254.8268.5
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A1026.39114.4416.8



>TRINITY_DN114368_c0_g1_i3 from sample A2 / Example spliced isoform
GTCGTAGTTGCAAAGGATGAAGTTGTTGCAGGGAATTCATTATTAAAATCCCAACTAATGACTCTGGAGTCCTCTCTACATATCCAAGAAGACTTTGTGTGTACATATATACAAAGTCTACTTATACGTATATACATCGGCAAATTCAAGGAAACGTCTATTGTACTACGCATCAGACTCGAGAGTCAGCATTTCCCGGC
GGAGGGAAATCGAGAACGAGTCAGCGGATGCAACGATCCTTCATACGCGTATTCTAATTCCCTTCCTCTATCCAGTGTAAACATAGACGATGCTGGCCATCTCTTCAATTTTAACAAACCCATCTGCAAATAATTCTCCGTATTTATGCAGTGCAAGCAGACGATGCTGCCCATCTCTTCAATTGAAATACAAATCTGCA
AAACAAACAGATTATAATTGATGGGGAGCCGAGGAGAGGCGCTTGTGGTTGCACTGGTGATCGGCAGGGTGCTGTTCCTCGCACCCTATGCTCTGGTATGGGAGTCCCTTGCCCTCGTCTCTCTGGGTGCCGCCAGTTTGTTGCTCGAGATCGCAGCCGAAGATGGCTGCCAGCAACCGAGGATCAATCGCCTCAAACCC
AGGCCAGGTTCAACATCTGGCATATTTTTGGGAGCAGTGACACTGCCCATCGTTATGTTGTCGAGGCTGATCCAACTACACTGGGGCCTTTCAGAGCATCACAGTGAGATTCCAGAGTTAGAGAACTCAAGGCTACAGTTTTGGGCTGCATGTGCCTGCAGCTCGGGTGTTCTATTTTTCCTGCATTTTGTTTTATGGTA
TTCCAGCGAAGCAGTCAAGTACCATTCCCCAGTAAAGAGGATGCAAATATTGATTATTAGCTTGTCTTTTTTAGTTGCTTTTGGCACACAGTGTTCCTTTTCGATGATGAAAAGTGGAAAATCAGCACCTGTTATACCCATGGTAATGGTATGGCTGCTGCTGCATGCCTCGGTATCTGGAACATTACTGCAATATATTC
TTCATAAATTTCCTTCCTGTGTTTCTATAGGGGAAGCTCTGTTGGTTGTTGGTGGGCTAGTCCTTTATTTTTCAGACATGCTAGCTTTTATGCTCTCAAAGGTCAGTCTGTATGCTCCCTTGGCAAATGAATTCTTTGGAGGCCTTAATAAGAAGAGAGACGAGATCAGTACAATCATTCAGGCATTGTTGGGTAGCCTT
ATACTGATGTCAAGAGTTTACAAAGTTATTCTTTATATTTGGATCTGCTGTACAAACCTAACCAAGTTTCAAGCTTCACGGAATGATGAAAAAGCTTCTGGAGATTTTCAAAGGTCTATTACATTCTATGTTGCTCTTGGGATAACAGCAGCCATGATTGTACCAGGATGGTTGTTTTATATTAAGGATTTTCAAACACA
CCCTTTATTATGGGTCATTGGTTTTATATTGGAGAAGCCACTTGAAAGATTATTACTCTGCATCTACTGGCTAGCCGTTACTTGCTTGGCCATTCTACGGTTTTACAACATTTCCAAGAACAGTACAATTGAGAGGATACTTCTTCGAAAATACTACCATTTGTTGGCCGTTATAATGTTTGTGCCAGCTGTTCTATTTG
ATACAGAATTCTTGAAACTTGCATTTGGAGCAGCTTTGGCAGCTTTTTTAGTATTGGAGATGATTAGAATCTGGCGAATTTTACCATTGGGAGATCTTGTTAACCAATTTATGAAGGCTTTTACGGACCACCGTGATTCAGAAATTCTTATTATAAGTCATTTTTCACTCCTACTTGGCTGTGCAACACCTATATGGATG
TCTGGTCACATCAGTGATCGCCCTCTAGCTCCATTTGCAGGAATCTTGAGTTTAGGCATTGGAGATACCATGGCATCGCTTGTTGGGCATAAATATGGCGTTTTGAGATGGAGCAAGGGTGGAAGTATGTGAAAGTTTCTTGCTGGTTCTTTGATATGTGATCAAAACAATAAGTTTTTTGATGCACTTAATCCTTGAAG
ATATGACATGTGATTTAATCAACGAG


>TRINITY_DN114368_c0_g1_i17 from sample A2 / Example unspliced isoform:
GTCGTAGTTGCAAAGGATGAAGTTGTTGCAGGGAATTCATTATTAAAATCCCAACTAATGACTCTGGAGTCCTCTCTACATATCCAAGAAGACTTTGTGTGTACATATATACAAAGTCTACTTATACGTATATACATCGGCAAATTCAAGGAAACGTCTATTGTACTACGCATCAGACTCGAGAGTCAGCATTTCCCGGC
GGAGGGAAATCGAGAACGAGTCAGCGGATGCAACGATCCTTCATACGCTGCAAGCAGACGATGCTGCCCATCTCTTCAATTGAAATACAAATCTGCAAAACAAACAGATTATAATTGATGGGGAGCCGAGGAGAGGCGCTTGTGGTTGCACTGGTGATCGGCAGGGTGCTGTTCCTCGCACCCTATGCTCTGGTATGGGA
GTCCCTTGCCCTCGTCTCTCTGGGTGCCGCCAGTTTGTTGCTCGAGATCGCAGCCGAAGATGGCTGCCAGCAACCGAGGATCAATCGCCTCAAACCCAGGCCAGGTTCAACATCTGGCATATTTTTGGGAGCAGTGACACTGCCCATCGTTATGTTGTCGAGGCTGATCCAACTACACTGGGGCCTTTCAGAGCATCACA
GTGAGATTCCAGAGTTAGAGAACTCAAGGCTACAGTTTTGGGCTGCATGTGCCTGCAGCTCGGGTGTTCTATTTTTCCTGCATTTTGTTTTATGGTATTCCAGCGAAGCAGTCAAGTACCATTCCCCAGTAAAGAGGATGCAAATATTGATTATTAGCTTGTCTTTTTTAGTTGCTTTTGGCACACAGTGTTCCTTTTCG
ATGATGAAAAGTGGAAAATCAGgtcagtcccttggtaatatctcttggtttttttttttgaaacattgtttacctttagtactaaagacttctacagtctttgtgttgctttatatcagtcttacagagtataaattaaactttaacatcagacacatgttgactggtatgtgacaatgaatattcagatacaacataat
gggaattttgactgttttgcag
CACCTGTTATACCCATGGTAATGGTATGGCTGCTGCTGCATGCCTCGGTATCTGGAACATTACTGCAATATATTCTTCATAAATTTCCTTCCTGTGTTTCTATAGGTTGGTGGTATGGCTAAACTATTTCAGGAATTTCCAAAGATATTTGGGTTTTCTGTCATTGTATGCAGATTTC
CTGTTGATCAGATCTACATAAGAGGACTCTTGTTTCTTGGAATTAATGTCTTCATGGTATTGCGCTTTGCCTTTCTTAAAGAATTTCATGATATCAATCTACTCATTCTTTCAGGGGAAGCTCTGTTGGTTGTTGGTGGGCTAGTCCTTTATTTTTCAGACATGCTAGCTTTTATGCTCTCAAAGGTCAGTCTGTATGCT
CCCTTGGCAAATGAATTCTTTGGAGGCCTTAATAAGAAGAGAGACGAGATCAGTACAATCATTCAGGCATTGTTGGGTAGCCTTATACTGATGTCAAGAGTTTACAAAGTTATTCTTTATATTTGGATCTGCTGTACAAACCTAACCAAGTTTCAAGCTTCACGGAATGATGAAAAAGCTTCTGGAGATTTTCAAAGGTC
TATTACATTCTATGTTGCTCTTGGGATAACAGCAGCCATGATTGTACCAGGATGGTTGTTTTATATTAAGGATTTTCAAACACACCCTTTATTATGGGTCATTGGTTTTATATTGGAGAAGCCACTTGAAAGATTATTACTCTGCATCTACTGGCTAGCCGTTACTTGCTTGGCCATTCTACGGTTTTACAACATTTCCA
AGAACAGTACAATTGAGAGGATACTTCTTCGAAAATACTACCATTTGTTGGCCGTTATAATGTTTGTGCCAGCTGTTCTATTTGATACAGAATTCTTGAAACTTGCATTTGGAGCAGCTTTGGCAGCTTTTTTAGTATTGGAGATGATTAGAATCTGGCGAATTTTACCATTGGGAGATCTTGTTAACCAATTTATGAAG
GCTTTTACGGACCACCGTGATTCAGAAATTCTTATTATAAGTCATTTTTCACTCCTACTTGGCTGTGCAACACCTATATGGATGTCTGGTCACATCAGTGATCGCCCTCTAGCTCCATTTGCAGGAATCTTGAGTTTAGGCATTGGAGATACCATGGCATCGCTTGTTGGGCATAAATATGGCGTTTTGAGATGGAGCAA
GGGTGGAAAGAAAACAATAGAAGGGACAGCAGCTGGTATAACTTCTATGCTGCTTGCATGCTTGTTCCTTCTTCCTTCGTTAGCATGGACAGGGTTTACTTCATCGCAGGATTGGCTATCATTGGTTATTGCAGTTATCTTAGTAGGTATGCTGGAGGCTTACACAACGCAGCTAGACAATGCATTCATTCCACTTATAT
TCTACAGTCTACTCTGTCTCTAAGTTCAACAGGCAATACATCAGTTATTCTTATGAATTTGATTTTTGTAATATGTTGGAGAGCTAGGAGAACGAGGCAGATAAGTTCTATGAGCCATTCTTTTTAATAGTTGTGGAATCGTAAGGCTTTCTTACAGTTTTTGGTAGAGCAATCCATGGAGTCGCTTTGAAAGATGCATA
GTCATATGTGCAATGCATTGGCATCACATAGTGGAAATATTTCAAAGTGTGACAAAATGGTATTTCATGTGTAAATTGTGGCTCAGCCACTGAGAGCAATGCCTGATTAAATTTATTGTATCTAATCAATTCTTGACGACAATGTTGTACTGGAATCTTAGTTGGATGGTGTAAATAATATACAAGAGCTGGAGTCAATG
CTACTCCCAACAGTGATTGAGGCTCAGTTTCATCTTTAGTTAGTCCATTTTGTATACTATCAACATAATATTGTTTTATATTGATCATGACCGGCATTCTGTACAACTGTATTGTAATTTAAGAGTTCTCATTCAAATGGCAGTTACAAGGAACTTGGAGCAATATGACATATTGATGAGGTGCTAAACAATGCACGAAA
GCCACAACAGATGTTTCGTATGTGTAAAATTTGTACATATGATATTCTTGCATCAAATACTGTAGAAGCAAATAAACCCGAGTTGCTATTCAAGGGGAAATAGAATTGAAAATATTTTGGGCTGGCAAAACTTAGGGGCTTGTAAGTAACTCTCTGCTTATTGAGCACCAACATTTTCACTGTGGCTTGGACAGTACTTA
AGTCCATTTGCTATATATTAAGAAATAGA




Intron 4 GTATGTGAAA ... GTTGTTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A129.3591.5538
A224.92123.5341
A327.5565.8125
A428.3281332
A528.4747.8319
A626.82264.8897
A726.42256.3392
A825.992997105
A927.472351889
A1026.48205.51074



>TRINITY_DN40997_c0_g1_i4 from sample A6 / Example spliced isoform
CATTGTTGGGTAGCCTTATACTGATGTCAAGAGTTTACAAAGTTATTCTTTATATTTGGATCTGCTGTACAAACCTAACCAAGTTTCAAGCTTCACGGAATGATGAAAAAGCTTCTGGAGATTTTCAAAGGTCTATTACATTCTATGTTGCTCTTGGGATAACAGCAGCCATGATTGTACCAGGATGGTTGTTTTATATT
AAGGATTTTCAAACACACCCTTTATTATGGGTCATTGGTTTTATATTGGAGAAGCCACTTGAAAGATTATTACTCTGCATCTACTGGCTAGCCGTTACTTGCTTGGCCATTCTACGGTTTTACAACATTTCCAAGAACAGTACAATTGAGAGGATACTTCTTCGAAAATACTACCATTTGTTGGCCGTTATAATGTTTGT
GCCAGCTGTTCTATTTGATACAGAATTCTTGAAACTTGCATTTGGAGCAGCTTTGGCAGCTTTTTTAGTATTGGAGATGATTAGAATCTGGCGAATTTTACCATTGGGAGATCTTGTTAACCAATTTATGAAGGCTTTTACGGACCACCGTGATTCAGAAATTCTTATTATAAGTGATCGCCCTCTAGCTCCATTTGCAG
GAATCTTGAGTTTAGGCATTGGAGATACCATGGCATCGCTTGTTGGGCATAAATATGGCGTTTTGAGATGGAGCAAGGGTGGAAAGAAAACAATAGAAGGGACAGCAGCTGGTATAACTTCTATGCTGCTTGCATGCTTGTTCCTTCTTCCTTCGTTAGCATGGACAGGGTTTACTTCATCGCAGGATTGGCTATCATTG
GTTATTGCAGTTATCTTAGTTGGTATGCTGGAGGCTTACACAACGCAGCTAGACAATGCATTCATTCCACTTATATTCTACAGTCTACTCTGTCTCTAAGTTCAACAGGCAATACATCAGTTATTCTTATGAATTTGATTTTTGTAATATGTTGGAGAGCTAGGAGAACGAGGCAGATAAGTTCTATGAGCCATTCTTTT
TAATAGTTGTGGAATCGTAAGGCTTTCTTACAGTTTTTGGTAGAGCAATCCATGGAGTCGCTTTGAAAGATGCATAGTCATATGTGCAATGCATTGGCATCACATAGTGGAAATATTTCAAAGTGTGACAAAATGGTATTTCATGTGTAAATTGTGGCTCAGCCACTGAGAGCAATGCCTGATTAAATTTATTGTATCTA
ATCAATTCTTGACGACAATGTTGTACTGGAATCTTAGTTGGATGGTGTAAATAATATACAAGAGCTGGAGTCAATGCTACTCCCAACAGTGATTGAGGCTCAGTTTCATCTTTAGTTAGTCCATTTTGTATACTATCAACATAATATTGTTTTATATTGATCATGACCGGCATTCTGTACAACTGTATTGTAATTTAAGA
GTTCTCATTCAAATGGCAGTTACAAGGAACTTGGAGCAATATGACATATTGATGAGGTGCTAAACAATGCACGAAAGCCACAACAGATGTTTCGTATGTGTAAAATTTGTACATATGATATTCTTGCATCAAATACTGTTGAAGCAAATAAACCCGAGTTGCTATTCAAGGGGAAATAGAATTGAAAATATTTTGGGCTG
GCAAAACTTAGGGGCTTGTAAGTAACTCTCTGCTTATTGAGCACCAACATTTTCACTGTGGCTTGGACAGTACTTAAGTCCATTTGCTATATATTAAGAAATAGATGTAAATTTTGATCTTTCAAGTTGTTAATGAGGTTAAATAAAGAGAATGATCCCTTAGTAAGTGTTTTAG


>TRINITY_DN40997_c0_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:
GTCATTGGTTTTATATTGGAGAAGCCACTTGAAAGATTATTACTCTGCATCTACTGGCTAGCCGTTACTTGCTTGGCCATTCTACGGTTTTACAACATTTCCAAGAACAGTACAATTGAGAGGATACTTCTTCGAAAATACTACCATTTGTTGGCCGTTATAATGTTTGTGCCAGCTGTTCTATTTGATACAGAATTCTT
GAAACTTGCATTTGGAGCAGCTTTGGCAGCTTTTTTAGTATTGGAGATGATTAGAATCTGGCGAATTTTACCATTGGGAGATCTTGTTAACCAATTTATGAAGGCTTTTACGGACCACCGTGATTCAGAAATTCTTATTATAAGTGATCGCCCTCTAGCTCCATTTGCAGGAATCTTGAGTTTAGGCATTGGAGATACCA
TGGCATCGCTTGTTGGGCATAAATATGGCGTTTTGAGATGGAGCAAGGGTGGAAgtatgtgaaagtttcttgctggttctttgatatgtgatcaaaacaataagttttttgatgcacttaatccttgaagatatgacatgtgatttaatcaacgagcttttttaatgcatttagtttttggtggtgaaccacttgcttgt
ttattacctaagtttctgtcgcttttttattgttgttgcag
AGAAAACAATAGAAGGGACAGCAGCTGGTATAACTTCTATGCTGCTTGCATGCTTGTTCCTTCTTCCTTCGTTAGCATGGACAGGGTTTACTTCATCGCAGGATTGGCTATCATTGGTTATTGCAGTTATCTTAGTTGGTATGCTGGAGGCTTACACAA
CGCAGCTAGACAATGCATTCATTCCACTTATATTCTACAGTCTACTCTGTCTCTAAGTTCAACAGGCAATACATCAGTTATTCTTATGAATTTGATTTTTGTAATATGTTGGAGAGCTAGGAGAACGAGGCAGATAAGTTCTATGAGCCATTCTTTTTAATAGTTGTGGAATCGTAAGGCTTTCTTACAGTTTTTGGTAG
AGCAATCCATGGAGTCGCTTTGAAAGATGCATAGTCATATGTGCAATGCATTGGCATCACATAGTGGAAATATTTCAAAGTGTGACAAAATGGTATTTCATGTGTAAATTGTGGCTCAGCCACTGAGAGCAATGCCTGATTAAATTTATTGTATCTAATCAATTCTTGACGACAATGTTGTACTGGAATCTTAGTTGGAT
GGTGTAAATAATATACAAGAGCTGGAGTCAATGCTACTCCCAACAGTGATTGAGGCTCAGTTTCATCTTTAGTTAGTCCATTTTGTATACTATCAACATAATATTGTTTTATATTGATCATGACCGGCATTCTGTACAACTGTATTGTAATTTAAGAGTTCTCATTCAAATGGCAGTTACAAGGAACTTGGAGCAATATG
ACATATTGATGAGGTGCTAAACAATGCACGAAAGCCACAACAGATGTTTCGTATGTGTAAAATTTGTACATATGATATTCTTGCATCAAATACTGTTGAAGCAAATAAACCCGAGTTGCTATTCAAGGGGAAATAGAATTGAAAATATTTTGGGCTGGCAAA




Intron 5 GTTGGTGGTA ... ATTCTTTGAG

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>TRINITY_DN126017_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform
ATTGAATACCCTTTACGAGTCGTAGTTGCAAAGGATGAAGTTGTTGCAGGGAATTCATTATTAAAATCCCAACTAATGACTCTGGAGTCCTCTCTACATATCCAAGAAGACTTTGTGTGTACATATATACAAAGTCTACTTATACGTATATACATCGGCAAATTCAAGGAAACGTCTATTGTACTACGCATCAGACTCGA
GAGTCAGCATTTCCCGGCGGAGGGAAATCGAGAACGAGTCAGCGGATGCAACGATCCTTCATACGCGTATTCTAATTCCCTTCCTCTATCCAGTGTAAACATAGACGATGCTGGCCATCTCTTCAATTTTAACAAACCCATCTGCAAATAATTCTCCGTATTTATGCAGTGCAAGCAGACGATGCTGCCCATCTCTTCAA
TTGAAATACAAATCTGCAAAACAAACAGATTATAATTGATGGGGAGCCGAGGAGAGGCGCTTGTGGTTGCACTGGTGATCGGCAGGGTGCTGTTCCTCGCACCCTATGCTCTGGTATGGGAGTCCCTTGCCCTCGTCTCTCTGGGTGCCGCCAGTTTGTTGCTCGAGATCGCAGCCGAAGATGGCTGCCAGCAACCGAGG
ATCAATCGCCTCAAACCCAGGCCAGGTTCAACATCTGGCATATTTTTGGGAGCAGTGACACTGCCCATCGTTATGTTGTCGAGGCTGATCCAACTACACTGGGGCCTTTCAGAGCATCACAGTGAGATTCCAGAGTTAGAGAACTCAAGGCTACAGTTTTGGGCTGCATGTGCCTGCAGCTCGGGTGTTCTATTTTTCCT
GCATTTTGTTTTATGGTATTCCAGCGAAGCAGTCAAGTACCATTCCCCAGTAAAGAGGATGCAAATATTGATTATTAGCTTGTCTTTTTTAGTTGCTTTTGGCACACAGTGTTCCTTTTCGATGATGAAAAGTGGAAAATCAGCACCTGTTATACCCATGGTAATGGTATGGCTGCTGCTGCATGCCTCGGTATCTGGAA
CATTACTGCAATATATTCTTCATAAATTTCCTTCCTGTGTTTCTATAGGGGAAGCTCTGTTGGTTGTTGGTGGGCTAGTCCTTTATTTTTCAGACATGCTAGCTTTTATGCTCTCAAAGGTCAGTCCGTATGCTCCCTTGGCAAATGAATTCTTTGGAGGCCTTAATAAGAAGAGAGACGAGATCAGTACAATCATTCAG
GGATTGTTGGGTAGCCTTATACTGATGTCAAGAGTTTACAAAGTTATTCTTTATATTTGGATCTGCTGTACAAACCTAACCAAGTTTCAAGCTTCACGGAATGATGAAAAAGCTTCTGGAGATTTTCAAAGGTCTATTACATTCTATGTTGCTCTTGGGATAACAGCAGCCATGATTGTACCAGGATGGTTGTTTTATAT
TAAGGATTTTCAAACACACCCTTTATTATGGGTCATTGGTTTTATATTGGAGAAGCCACTTGAAAGATTATTACTCTGCATCTACTGGCTAGCCGTTACTTGCTTGGCCATTCTACGGTTTTACAACATTTCCAAGAACAGTACAATTGAGAGGATACTTCTTCGAAAATACTACCATTTGTTGGCCGTTATAATGTTTG
TGCCAGCTGTTCTATTTGATACAGAATTCTTGAAACTTGCATTTGGAGCAGCTTTGGCAGCTTTTTTAGTATTGGAGATGATTAGAATCTGGCGAATTTTACCATTGGGAGATCTTGTTAACCAATTTATGAAGGCTTTTACGGACCACCGTGATTCAGAAATTCTTATTATAAGTCATTTTTCACTCCTACTTGGCTGT
GCAACACCTATATGGATGTCTGGTCACATCAGTGATCGCCCTCTAGCTCCATTTGCAGGAATCTTGAGTTTAGGCATTGGAGATACCATGGCATCGCTTGTTGGGCATAAATATGGCGTTTTGAGATGGAGCAAGGGTGGAAAGAAAACAATAGAAGGGACAGCAGCTGGTATAACTTCTATGCTGCTTGCATGCTTGTT
CCTTCTTCCTTCGTTAGCATGGACAGGGTTTACTTCATCGCAGGATTGGCTATCATTGGTTATTGCAGTTATCTTAGTTGGTATGCTGGAGGCTTACACAACGCAGCTAGACAATGCATTCATTCCACTTATATTCTACAGTCTACTCTGTCTCTAAGTTCAACAGGCAATACATCAGTTATTCTTATGAATTTGATTTT
TGTAATATGTTGGAGAGCTAGGAGAACGAGGCAGATAAGTTCTATGAGCCATTCTTTTTAATAGTTGTGGAATCGTAAGGCTTTCTTACAGTTTTTGGTAGAGCAATCCATGGAGTCGCTTTGAAAGATGCATAGTCATATGTGCAATGCATTGGCATCACATAGTGGAAATATTTCAAAGTGTGACAAAATGGTATTTC
ATGTGTAAATTGTGGCTCAGCCACTGAGAGCAATGCCTGATTAAATTTATTGTATCTAATCAATTCTTGACGACAATGTTGTACTGGAATCTTAGTTGGATGGTGTAAATAATATACAAGAGCTGGAGTCAATGCTACTCCCAACAGTGATTGAGGCTCAGTTTCATCTTTAGTTAGTCCATTTTGTATACTATCAACAT
AATATTGTTTTATATTGATCATGACCGGCATTCTGTACAACTGTATTGTAATTTAAGAGTTCTCATTCAAATGGCAGTTACAAGGAACTTGGAGCAATATGACATATTGATGAGGTGCTAAACAATGCACGAAAGCCACAACAGATGTTTCGTATGTGTAAAATTTGTACATATGATATTCTTGCATCAAATACTGTAGA
AGCAAATAAACCCGAGTTGCTATTCAAGGGGAAATAGAATTGAAAATATTTTGGGCTGGCAAATTTTAGGGGCTTGTAAGTAACTCTCTGCTTATTGAGCACCAACATTTTCACTGTGGCTTGGACAGTACTTAAGTCCATTTGCTATATATTAAGAAATAGATGTAAATTTTGATCTTTCAAGTTGTTAAT


>TRINITY_DN126017_c0_g1_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:
ATTGAATACCCTTTACGAGTCGTAGTTGCAAAGGATGAAGTTGTTGCAGGGAATTCATTATTAAAATCCCAACTAATGACTCTGGAGTCCTCTCTACATATCCAAGAAGACTTTGTGTGTACATATATACAAAGTCTACTTATACGTATATACATCGGCAAATTCAAGGAAACGTCTATTGTACTACGCATCAGACTCGA
GAGTCAGCATTTCCCGGCGGAGGGAAATCGAGAACGAGTCAGCGGATGCAACGATCCTTCATACGCGTATTCTAATTCCCTTCCTCTATCCAGTGTAAACATAGACGATGCTGGCCATCTCTTCAATTTTAACAAACCCATCTGCAAATAATTCTCCGTATTTATGCAGTGCAAGCAGACGATGCTGCCCATCTCTTCAA
TTGAAATACAAATCTGCAAAACAAACAGATTATAATTGATGGGGAGCCGAGGAGAGGCGCTTGTGGTTGCACTGGTGATCGGCAGGGTGCTGTTCCTCGCACCCTATGCTCTGGTATGGGAGTCCCTTGCCCTCGTCTCTCTGGGTGCCGCCAGTTTGTTGCTCGAGATCGCAGCCGAAGATGGCTGCCAGCAACCGAGG
ATCAATCGCCTCAAACCCAGGCCAGGTTCAACATCTGGCATATTTTTGGGAGCAGTGACACTGCCCATCGTTATGTTGTCGAGGCTGATCCAACTACACTGGGGCCTTTCAGAGCATCACAGTGAGATTCCAGAGTTAGAGAACTCAAGGCTACAGTTTTGGGCTGCATGTGCCTGCAGCTCGGGTGTTCTATTTTTCCT
GCATTTTGTTTTATGGTATTCCAGCGAAGCAGTCAAGTACCATTCCCCAGTAAAGAGGATGCAAATATTGATTATTAGCTTGTCTTTTTTAGTTGCTTTTGGCACACAGTGTTCCTTTTCGATGATGAAAAGTGGAAAATCAGCACCTGTTATACCCATGGTAATGGTATGGCTGCTGCTGCATGCCTCGGTATCTGGAA
CATTACTGCAATATATTCTTCATAAATTTCCTTCCTGTGTTTCTATAGgttggtggtatggctaaactattttaggaatttccaaagatatttgggttttctgtcattgtatgcagatttcctgttgatcagatctacataagaggactcttgtttcttggaattaatgtcttcatggtattgcgctttgcctttcttaa
agaatttcatgatatcaatctactcattctttgag
GGGAAGCTCTGTTGGTTGTTGGTGGGCTAGTCCTTTATTTTTCAGACATGCTAGCTTTTATGCTCTCAAAGGTCAGTCCGTATGCTCCCTTGGCAAATGAATTCTTTGGAGGCCTTAATAAGAAGAGAGACGAGATCAGTACAATCATTCAGGTATTTATCCATA
ATCTTTTGAATAACTTACAAAGATGAGGGTATTTTTATTACCTTTTCTGTCCATCAATCATTTTCTTATATGAGCCAGTCTACGAACAATTGAGGATTCAATATGCAGGGATTGTTGGGTAGCCTTATACTGATGTCAAGAGTTTACAAAGTTATTCTTTATATTTGGATCTGCTGTACAAACCTAACCAAGTTTCAAGC
TTCACGGAATGATGAAAAAGCTTCTGGAGATTTTCAAAGGTCTATTACATTCTATGTTGCTCTTGGGATAACAGCAGCCATGATTGTACCAGGATGGTTGTTTTATATTAAGGATTTTCAAACACACCCTTTATTATGGTAAGTCAGCCTTTGTTTCAAGCTTTCTATGTTATACAATTCAGGCTCAACATGTGCCTTTA
TGTAGTCAAAAGAGGGATATCTAAGACACTTTATTTAAAGCAATAGTGAATTGATGAAAAAGCAATAAAAGCAGATGAGTATTGTTAAGGGATGGCCAATTCTGCTAAATCTGCTGAAGGTCTCAGATGTTTCTTTTTCTCTGGATTGCTATTTTTTCTGCAGGAGATTTATTGAAGACATTTCAAACATGTGGAGTCAC
TTCTGTAATTAGTGGAAAAGCCTTTATTGACTGACGGTTCTTAACAAGCCCATTGGTTTTTTTTTGACGAAAACGGGTAAAAGATTTTATTTATAAAAGGAGGAGGGAGAAATCCCTCCAAGAACAACAGTTCATACATTACAAAAATGGCCCATTCCCTGAATGTTCAGTTCTTAACTGTCTATTAAAACTACTATCAA
AACTACAGACTGCTGAGATTTCTGACTGCTATACTGCCGATTTCTCCTATACTGATATCTATATATCCTAATGAACTGATGCAACAAGAAAACACAAAAAAAACACACATAACAGTTAATCTTGGCCCCAGGGCACCTGGTATTCCTTCTTCACAGCTGCCTGGTGGGAGGCTGAGCGTTCAGCTGCTTCTTTCTCTTTC
ATTTTGTTTTTCATTTGCAGCAGAGTCGCTTCCAGGTGGGGAACTTGGATTTCTAGGGCCTCATTTCGTAGGCATGCCGCTTCTGCTTGATCAAGACGGTTCTCCATGACCTCAATTCTGAACTGTTGATTCTCCACTTCATTGCTCAGGATTGCAATCTGATAATTCACGTTTCCCCTTTCTACCAATCCTTAACAAGT
CCATTGTTA




Intron 6 GTAATATCTC ... TGTTTTGCAG

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>TRINITY_DN126017_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform
CTGAGATATGGGATATGTTTTTAACTTTTTCCAGCATTTTTCTGAAATAAAATAAATAATATCAAGATAGAACTTCCCAGATTAGCATTTTATTATGCCTATTGACATAGAAAAAGCTCTCCAGTTCCTTTGATTCCATTATCTGGAGATGGCATAAAAAATCTCTTTTTTTTAAAATGATGATGAACTGCCATGTGGAC
TTATTCTTGAAACTTCAGAACATTTGATTTCCGTATATTCTGCAAAGTTGTATAAGAGGAAGAGCATTGGAATGATTAGCTAGTCTTGTTTTGCAATTCCCTTTTCATTGTATTTACTATTCCCTTATTGCATTCAGATATTTTCTTCTTCCTGGTATGCAGTCTGTTTTCTTTTTGTTTTCATTTAAAGTATTTTCTTT
GGAACAACCTGTGGTATGCAAGCTAAGGTGCCTTCTAGTATCATACGTCCATAACTATTTTTGCAGTATTGATATTTTTCTTATTTGTATCAGAGTTAGAGAACTCAAGGCTACAGTTTTGGGCTGCATGTGCCTGCAGCTCGGGTGTTCTATTTTTCCTGCATTTTGTTTTATGGTATTCCAGCGAAGCAGTCAAGTAC
CATTCCCCAGTAAAGAGGATGCAAATATTGATTATTAGCTTGTCTTTTTTAGTTGCTTTTGGCACACAGTGTTCCTTTTCGATGATGAAAAGTGGAAAATCAGGTCAGTCCCTTGCACCTGTTATACCCATGGTAATGGTATGGCTGCTGCTGCATGCCTCGGTATCTGGAACATTACTGCAATATATTCTTCATAAATT
TCCTTCCTGTGTTTCTATAGGGGAAGCTCTGTTGGTTGTTGGTGGGCTAGTCCTTTATTTTTCAGACATGCTAGCTTTTATGCTCTCAAAGGTCAGTCCGTATGCTCCCTTGGCAAATGAATTCTTTGGAGGCCTTAATAAGAAGAGAGACGAGATCAGTACAATCATTCAGGGATTGTTGGGTAGCCTTATACTGATGT
CAAGAGTTTACAAAGTTATTCTTTATATTTGGATCTGCTGTACAAACCTAACCAAGTTTCAAGCTTCACGGAATGATGAAAAAGCTTCTGGAGATTTTCAAAGGTCTATTACATTCTATGTTGCTCTTGGGATAACAGCAGCCATGATTGTACCAGGATGGTTGTTTTATATTAAGGATTTTCAAACACACCCTTTATTA
TGGGTCATTGGTTTTATATTGGAGAAGCCACTTGAAAGATTATTACTCTGCATCTACTGGCTAGCCGTTACTTGCTTGGCCATTCTACGGTTTTACAACATTTCCAAGAACAGTACAATTGAGAGGATACTTCTTCGAAAATACTACCATTTGTTGGCCGTTATAATGTTTGTGCCAGCTGTTCTATTTGATACAGAATT
CTTGAAACTTGCATTTGGAGCAGCTTTGGCAGCTTTTTTAGTATTGGAGATGATTAGAATCTGGCGAATTTTACCATTGGGAGATCTTGTTAACCAATTTATGAAGGCTTTTACGGACCACCGTGATTCAGAAATTCTTATTATAAGTCATTTTTCACTCCTACTTGGCTGTGCAACACCTATATGGATGTCTGGTCACA
TCAGTGATCGCCCTCTAGCTCCATTTGCAGGAATCTTGAGTTTAGGCATTGGAGATACCATGGCATCGCTTGTTGGGCATAAATATGGCGTTTTGAGATGGAGCAAGGGTGGAAAGAAAACAATAGAAGGGACAGCAGCTGGTATAACTTCTATGCTGCTTGCATGCTTGTTCCTTCTTCCTTCGTTAGCATGGACAGGG
TTTACTTCATCGCAGGATTGGCTATCATTGGTTATTGCAGTTATCTTAGTTGGTATGCTGGAGGCTTACACAACGCAGCTAGACAATGCATTCATTCCACTTATATTCTACAGTCTACTCTGTCTCTAAGTTCAACAGGCAATACATCAGTTATTCTTATGAATTTGATTTTTGTAATATGTTGGAGAGCTAGGAGAACG
AGGCAGATAAGTTCTATGAGCCATTCTTTTTAATAGTTGTGGAATCGTAAGGCTTTCTTACAGTTTTTGGTAGAGCAATCCATGGAGTCGCTTTGAAAGATGCATAGTCATATGTGCAATGCATTGGCATCACATAGTGGAAATATTTCAAAGTGTGACAAAATGGTATTTCATGTGTAAATTGTGGCTCAGCCACTGAG
AGCAATGCCTGATTAAATTTATTGTATCTAATCAATTCTTGACGACAATGTTGTACTGGAATCTTAGTTGGATGGTGTAAATAATATACAAGAGCTGGAGTCAATGCTACTCCCAACAGTGATTGAGGCTCAGTTTCATCTTTAGTTAGTCCATTTTGTATACTATCAACATAATATTGTTTTATATTGATCATGACCGG
CATTCTGTACAACTGTATTGTAATTTAAGAGTTCTCATTCAAATGGCAGTTACAAGGAACTTGGAGCAATATGACATATTGATGAGGTGCTAAACAATGCACGAAAGCCACAACAGATGTTTCGTATGTGTAAAATTTGTACATATGATATTCTTGCATCAAATACTGTAGAAGCAAATAAACCCGAGTTGCTATTCAAG
GGGAAATAGAATTGAAAATATTTTGGGCTGGCAAAACTTAGGGGCTTGTAAGTAACTCTCTGCTTATTGAGCACCAACATTTTCACTGTGGCTTGGACAGTACTTAAGTCCATTTGCTATATATTAAGAAATAGATGTAAATTTTGATCTTTCAAGTTGTTAAT


>TRINITY_DN126017_c0_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:
CTGAGATATGGGATATGTTTTTAACTTTTTCCAGCATTTTTCTGAAATAAAATAAATAATATCAAGATAGAACTTCCCAGATTAGCATTTTATTATGCCTATTGACATAGAAAAAGCTCTCCAGTTCCTTTGATTCCATTATCTGGAGATGGCATAAAAAATCTCTTTTTTTTAAAATGATGATGAACTGCCATGTGGAC
TTATTCTTGAAACTTCAGAACATTTGATTTCCGTATATTCTGCAAAGTTGTATAAGAGGAAGAGCATTGGAATGATTAGCTAGTCTTGTTTTGCAATTCCCTTTTCATTGTATTTACTATTCCCTTATTGCATTCAGATATTTTCTTCTTCCTGGTATGCAGTCTGTTTTCTTTTTGTTTTCATTTAAAGTATTTTCTTT
GGAACAACCTGTGGTATGCAAGCTAAGGTGCCTTCTAGTATCATACGTCCATAACTATTTTTGCAGTATTGATATTTTTCTTATTTGTATCAGAGTTAGAGAACTCAAGGCTACAGTTTTGGGCTGCATGTGCCTGCAGCTCGGGTGTTCTATTTTTCCTGCATTTTGTTCTATGGTATTCCAGAAAAGCTGTCAAGTAC
CATTCCCCAGTAAAGAGGATGCAAATATTGATTATTATCTTGTCTTTTTTGGTTGCTTTTGGCACACAGTGTTCCTTTTCGATGATGAAAAGTGGAAAATCAGGTCAGTCCCTTGgtaatatctcttgttttatttttttttgaaacattgtttacctttagtactaaagacttctacagtctttgtgttgctttatatc
agtcttaaagagtataaattaaactttaatatcagacacatgttgactggtatgtgacaatgaatattcagatacaacataatgggaattttgcctgttttgcag
CACCTGTTATACCCATGGTAATGGTATGGCTGCTGCTGCATGCCTCGGTATCTGGAACATTACTGCAATATATTCTTCATAAATTTCCTTCCTGT
GTTTCTATAGGTTGGTGGTATGGCTAAACTATTTTAGGAATTTCCAAAGATATTTGGGTTTTCTGTCATTGTATGCAGATTTCCTGTTGATCAGATCTACATAAGAGGACTCTTGTTTCTTGGAATTAATGTATTCATGGTATTGCACTTTACCTTTCTTAATGAATTTCATGATATCAATCTACTCATTCTTTGAGGGG
AAGCTCTGTTGGTTGTTGGTGGGCTAGTCCTTTATTTTTCAGACATGCTAGATTTTATGCTCTCAAAGGTTTGTGTTTCATTATCCAGAAGTTCCTGAATTTGTTTAGATACAATCATTCAGGTTTAGAGTCTATGCTAAATTACTGAAGAATCTTATTAGTCTATTGCCTTCACAGGTCATTATGTATGCTCCCATGGC
AAATGAATTCTTTGGAGGCCTTAATAAGAAGAGAGACGAGATCGGTACAATCTTTCAGGTATTTATCCATAACTCTTTTGAATAACTTACAAAGATGAGGGTATTTTTATTACCTTTTCTGTCCATCAATCATTTTCTTATATGAGCCAGTCTACGAACAATTGAGGATTCAATATGCAGGGATTGTTGGGTAGCCTTAT
ACTGATGTCAAGAGTTTACAAAGTTATTCTTTATATTTGGATCTGCTGTACAAACCTAACCAAGTTTCAAGCTTCACGGAATGATGAAAAAGCTTCTGGAGATTTTCAAAGGTCTATTACATTCTATGTTGCTCTTGGGATAACAGCAGCCATGATTGTACCAGGATGGTTGTTTTATATTAAGGATTTTCAAACACACC
CTTTATTATGG




Intron 7 GTATTCTAAT ... ATTTATGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A185.9911.16667
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A1087.5511.16786



>TRINITY_DN114368_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform
GTCGTAGTTGCAAAGGATGAAGTTGTTGCAGGGAATTCATTATTAAAATCCCAACTAATGACTCTGGAGTCCTCTCTACATATCCAAGAAGACTTTGTGTGTACATATATACAAAGTCTACTTATACGTATATACATCGGCAAATTCAAGGAAACGTCTATTGTACTACGCATCAGACTCGAGAGTCAGCATTTCCCGGC
GGAGGGAAATCGAGAACGAGTCAGCGGATGCAACGATCCTTCATACGCTGCAAGCAGACGATGCTGCCCATCTCTTCAATTGAAATACAAATCTGCAAAACAAACAGATTATAATTGATGGGGAGCCGAGGAGAGGCGCTTGTGGTTGCACTGGTGATCGGCAGGGTGCTGTTCCTCGCACCCTATGCTCTGGTATGGGA
GTCCCTTGCCCTCGTCTCTCTGGGTGCCGCCAGTTTGTTGCTCGAGATCGCAGCCGAAGATGGCTGCCAGCAACCGAGGATCAATCGCCTCAAACCCAGGCCAGGTTCAACATCTGGCATATTTTTGGGAGCAGTGACACTGCCCATCGTTATGTTGTCGAGGCTGATCCAACTACACTGGGGCCTTTCAGAGCATCACA
GTGAGATTCCAGAGTTAGAGAACTCAAGGCTACAGTTTTGGGCTGCATGTGCCTGCAGCTCGGGTGTTCTATTTTTCCTGCATTTTGTTTTATGGTATTCCAGCGAAGCAGTCAAGTACCATTCCCCAGTAAAGAGGATGCAAATATTGATTATTAGCTTGTCTTTTTTAGTTGCTTTTGGCACACAGTGTTCCTTTTCG
ATGATGAAAAGTGGAAAATCAGCACCTGTTATACCCATGGTAATGGTATGGCTGCTGCTGCATGCCTCGGTATCTGGAACATTACTGCAATATATTCTTCATAAATTTCCTTCCTGTGTTTCTATAGGGGAAGCTCTGTTGGTTGTTGGTGGGCTAGTCCTTTATTTTTCAGACATGCTAGCTTTTATGCTCTCAAAGGT
CAGTCTGTATGCTCCCTTGGCAAATGAATTCTTTGGAGGCCTTAATAAGAAGAGAGACGAGATCAGTACAATCATTCAGGCATTGTTGGGTAGCCTTATACTGATGTCAAGAGTTTACAAAGTTATTCTTTATATTTGGATCTGCTGTACAAACCTAACCAAGTTTCAAGCTTCACGGAATGATGAAAAAGCTTCTGGAG
ATTTTCAAAGGTCTATTACATTCTATGTTGCTCTTGGGATAACAGCAGCCATGATTGTACCAGGATGGTTGTTTTATATTAAGGATTTTCAAACACACCCTTTATTATGGGTCATTGGTTTTATATTGGAGAAGCCACTTGAAAGATTATTACTCTGCATCTACTGGCTAGCCGTTACTTGCTTGGCCATTCTACGGTTT
TACAACATTTCCAAGAACAGTACAATTGAGAGGATACTTCTTCGAAAATACTACCATTTGTTGGCCGTTATAATGTTTGTGCCAGCTGTTCTATTTGATACAGAATTCTTGAAACTTGCATTTGGAGCAGCTTTGGCAGCTTTTTTAGTATTGGAGATGATTAGAATCTGGCGAATTTTACCATTGGGAGATCTTGTTAA
CCAATTTATGAAGGCTTTTACGGACCACCGTGATTCAGAAATTCTTATTATAAGTCATTTTTCACTCCTACTTGGCTGTGCAACACCTATATGGATGTCTGGTCACATCAGTGATCGCCCTCTAGCTCCATTTGCAGGAATCTTGAGTTTAGGCATTGGAGATACCATGGCATCGCTTGTTGGGCATAAATATGGCGTTT
TGAGATGGAGCAAGGGTGGAAAGAAAACAATAGAAGGGACAGCAGCTGGTATAACTTCTATGCTGCTTGCATGCTTGTTCCTTCTTCCTTCGTTAGCATGGACAGGGTTTACTTCATCGCAGGATTGGCTATCATTGGTTATTGCAGTTATCTTAGTAGGTATGCTGGAGGCTTACACAACGCAGCTAGACAATGCATTC
ATTCCACTTATATTCTACAGTCTACTCTGTCTCTAAGTTCAACAGGCAATACATCAGTTATTCTTATGAATTTGATTTTTGTAATATGTTGGAGAGCTAGGAGAACGAGGCAGATAAGTTCTATGAGCCATTCTTTTTAATAGTTGTGGAATCGTAAGGCTTTCTTACAGTTTTTGGTAGAGCAATCCATGGAGTCGCTT
TGAAAGATGCATAGTCATATGTGCAATGCATTGGCATCACATAGTGGAAATATTTCAAAGTGTGACAAAATGGTATTTCATGTGTAAATTGTGGCTCAGCCACTGAGAGCAATGCCTGATTAAATTTATTGTATCTAATCAATTCTTGACGACAATGTTGTACTGGAATCTTAGTTGGATGGTGTAAATAATATACAAGA
GCTGGAGTCAATGCTACTCCCAACAGTGATTGAGGCTCAGTTTCATCTTTAGTTAGTCCATTTTGTATACTATCAACATAATATTGTTTTATATTGATCATGACCGGCATTCTGTACAACTGTATTGTAATTTAAGAGTTCTCATTCAAATGGCAGTTACAAGGAACTTGGAGCAATATGACATATTGATGAGGTGCTAA
ACAATGCACGAAAGCCACAACAGATGTTTCGTATGTGTAAAATTTGTACATATGATATTCTTGCATCAAATACTGTAGAAGCAAATAAACCCGAGTTGCTATTCAAGGGGAAATAGAATTGAAAATATTTTGGGCTGGCAAAACTTAGGGGCTTGTAAGTAACTCTCTGCTTATTGAGCACCAACATTTTCACTGTGGCT
TGGACAGTACTTAAGTCCATTTGCTATATATTAAGAAATAGA


>TRINITY_DN114368_c0_g1_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:
GTCGTAGTTGCAAAGGATGAAGTTGTTGCAGGGAATTCATTATTAAAATCCCAACTAATGACTCTGGAGTCCTCTCTACATATCCAAGAAGACTTTGTGTGTACATATATACAAAGTCTACTTATACGTATATACATCGGCAAATTCAAGGAAACGTCTATTGTACTACGCATCAGACTCGAGAGTCAGCATTTCCCGGC
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