sp|Q0J349|SWT7B_ORYSJ ----> Bidirectional sugar transporter SWEET7b


Intron 1 GTCGGATTGA ... TGTTTTACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A147.415217137
A245.45139.232116
A347.2819411174
A446.912019106
A544.52811165
A647.151111133.5991
A746.54865103.8753
A845.57674.8104.8565
A947.1896075.9857.3
A1046.7567235.8590



>TRINITY_DN113916_c0_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoform
AGTGGAGAACGCTTCAAATGGGTTGAGACTCGAGGTGGCGACGATGAAATAAATTCAGTTCTGACAGTTTAACGACCACCAAACCCAACTCCATTACTAAGTAGCTCCAACCAGGGTCGACTGGCTATAAAGATCCAAATTCCCGCACTCCATTCCACCAGTATTTTTCGTCTGTTTCATTCTCAAGTCTCTTGTTTTGT
ATCCGTCCTTCCGCGTATGTGTTTTTTTCTCTGTGATTCTCCGGCATCTTCGTTTGTGCTTCCAAAGGTCCGCAAATTTCGTAGCAATGGCGATGGCAGATACACTTCGTACCGTCTTCGGTATCATTGGTAACGTTATTTCGCTGGCACTCTTTCTGTCGCCGGCTTTACGCCAAACTGCTTAATTACAAGATCTCGTC
CGGTTGGATGACTTAATTTCAATGAATTATTATCGGATTCGAAATATTGCAAGTTCTTCTGGTCGGATTGAATGCAATATTTGTGGATTCAAGCTTTGTCCGCTTGGATTTGAAGGAACTTTGAAGTTTCCGTCGAAATATTCGAAGTTCTTCTGGCAGACGTTTTACAAGGTGTGGCAATGGAAGTCAACCCGCATGTT
CTCAGGCATCCCGTACGTCGCAACGCTGCTCAACTGCCTGCTTTGGGTGTTCTACGGCATTCCCATCGTTCATCCGAACAGTATTCTGGTGGCCACAATTAACGGAACTGGAGTCGTTTTGGAGCTCATTTACATCACGATGTTCATCATTTACTGCAGCAAAGACACTAGGGTGACGATGGTGAGAATGGTTGCTGTGG
TGGGGTTGTTTTTCTCGGTAGTGGTGGTGCTTACGCTCACGTTAGCTCACACGCACGAAAGGCGTTCGTTAATTATCGGGCTTCTCTGCGTGGTGTTCGGCACCTGCATGTATGCCTCTCCCTTGGCCGTCATGAGATGCGTGATAAAGACCAAAAGTGTGAAGTACATGCCATTTTCCTTGTCTCTGGCCTCCTTCTCT
AATGGAGTCATCTGGACGGCCTATGCATGCATTCATTTTGACATCTATGTCACTATTCCTAATGGGCTAGGAGCCTTGCTGGGCGCCATGCAGTTGATACTGTATGCAATATACTACAAAACAACAATATGGGAAGACGATGAGGTAATGGGCGTAGACAAGATCGAAGATCAAACGGGAAGCGAGATAGGGAATATCAG
CGAGCAGCAGAGAAAAGCTTCTCAGACAGATGTCGAGAAAATTTCTATTGGGCATCTCCATGTCTAAAATTACTTCATAACGAAGGGGAACTAGAGTTTGTTCATAATGAAGGGGAAAGGGATGATTTTGGATTTTCATTTCTTAGCGTTTTCTTTGTTTATATTTACAGTTAGGGTTTTCATGAAAATATTTCTAATGG
TATATATGATAAGTGTGGTTGTAATTGACTTATGATAAGTGTGGTTGTAATTGACTTGCTTATTTGACATAGAGAAATAGAGAAGTGTAAATAAAATGATTTGTCCGAAAAAAA


>TRINITY_DN113916_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:
TGGCACTCTTTCTGTCGCCGGCGTAAGTTTCCGTCATCTTTCTTTTCTCTTTTGTGTTAAATAATGGAATTCTTTTGGATTCAAGCTTCATCCGCTGGGATTTGAATGAATCTTTGAAGTTTCCTTTATCATTTTCAGTTTACGCCAAACTGCTTAATTACAAGATCTCGTCCGGTTGGATGACTTAATTTCAATGAATT
ATTATCGGATTCGAAATATTGCAAGTTCTTCTGGTCGGATTGAATGCAATATTTGTGGATTCAAGCTTTGTCCGCTTGGATTTGAAGGAACTTTGAAGTTTCCGTCGAAATATTCGAAGTTCTTCTGgttggattgaatgcaatatttgtggattcaagctttgtcagcttggatttgaaggaattttaaagtttccgtc
gccatttgttcttttcgcttaaatgcttgaatacaagcttttcgaactgaatgtttgaaatttccgtcatcgttttatttttcatataaatttcgttgaattatgcttggattcgaaagattcgaggttcttctgtttggattgacggaatctttgaattttcttgttttacag
GCAGACGTTTTACAAGGTGTGGCAAT
GGAAGTCAACCCGCATGTTCTCAGGCATCCCGTACGTCGCAACGCTGCTCAACTGCCTGCTTTGGGTGTTCTACGGCATTCCCATCGTTCATCCGAACAGTATTCTGGTGGCCACAATTAACGGAACTGGAGTCGTTTTGGAGCTCATTTACATCACGATGTTCATCATTTACTGCAGCAAAGACACTAGGGTGACGATG
GTGAGAATGGTTGCTGTGGTGGGGTTGTTTTTCTCGGTAGTGGTGGTGCTTACGCTCACGTTAGCTCACACGCACGAAAGGCGTTCGTTAATTATCGGGCTTCTCTGCGTGGTGTTCGGCACCTGCATGTATGCCTCTCCCTTGGCCGTCATGAGATGCGTGATAAAGACCAAAAGTGTGAAGTACATGCCATTTTCCTT
GTCTCTGGCCTCCTTCTCTAATGGAGTCATCTGGACGGCCTATGCATGCATTCATTTTGACATCTATGTCACTATTCCTAATGGGCTAGGAGCCTTGCTGGGCGCCATGCAGTTGATACTGTATGCAATATACTACAAAACAACAATATGGGAAGACGATGAGGTAATGGGCGTAGACAAGATCGAAGATCAAACGGGAA
GCGAGATAGGGAATATCAGCGAGCAGCAGAGAAAAGCTTCTCAGACAGATGTCGAGAAAATTTCTATTGGGCATCTCCATGTCTAAAATTACTTCATAACGAAGGGGAACTAGAGTTTGTTCATAATGAAGGGGAAAGGGATGATTTTGGATTTTCATTTCTTAGCGTTTTCTTTGTTTATATTTACAGTTAGGGTTTTC
ATGAAAATATTTCTAATGGTATATATGATAAGTGTGGTTGTAATTGACTTATGATAAGTGTGGTTGTAATTGACTTGCTTATTTGACATAGAGAAATAGAGAAGTGTAAATAAAATGATTTGTCCGAAAAAAA




Intron 2 GTAATTATAA ... TCTCTTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A116.7466.898.18.5
A217623.513421.5
A317717.2152.423.7
A417485.3103.28.5
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A717.143908.6856.848.2
A817.832768633.437.8
A918.244334.51030.258.1
A1016.893123.7665.347.6



>TRINITY_DN113916_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform
AGTGGAGAACGCTTCAAATGGGTTGAGACTCGAGGTGGCGACGATGAAATAAATTCAGTTCTGACAGTTTAACGACCACCAAACCCAACTCCATTACTAAGTAGCTCCAACCAGGGTCGACTGGCTATAAAGATCCAAATTCCCGCACTCCATTCCACCAGTATTTTTCGTCTGTTTCATTCTCAAGTCTCTTGTTTTGT
ATCCGTCCTTCCGCGTATGTGTTTTTTTCTCTGTGATTCTCCGGCATCTTCGTTTGTGCTTCCAAAGGTCCGCAAATTTCGTAGCAATGGCGATGGCAGATACACTTCGTACCGTCTTCGGTATCATTGGTAACGTTATTTCGCTGGCACTCTTTCTGTCGCCGGCGCAGACGTTTTACAAGGTGTGGCAATGGAAGTCA
ACCCGCATGTTCTCAGGCATCCCGTACGTCGCAACGCTGCTCAACTGCCTGCTTTGGGTGTTCTACGGCATTCCCATCGTTCATCCGAACAGTATTCTGGTGGCCACAATTAACGGAACTGGAGTCGTTTTGGAGCTCATTTACATCACGATGTTCATCATTTACTGCAGCAAAGACACTAGGGTGACGATGGTGAGAAT
GGTTGCTGTGGTGGGGTTGTTTTTCTCGGTAGTGGTGGTGCTTACGCTCACGTTAGCTCACACGCACGAAAGGCGTTCGTTAATTATCGGGCTTCTCTGCGTGGTGTTCGGCACCTGCATGTATGCCTCTCCCTTGGCCGTCATGGTAAATATTTTCAGTCTCTGTCATCTGTGCTAGGCCGAGATTAAAGATCGATTGT
GTTGGTCACCTGTACCAAGCTGCTGCTGTCCATTTAAAGTCCCCGTTTCTGCACTAAACACTTGCAGTCTGCCATTTTCATTCTTTTCTGTCAAGCTTGTCTCACTTCTCTTCTCTCTCACAACTTTATGTGCAATTCTAGATCCACTGTGAAAACTTCAATATCTTTTGAAATTTATTTTTCGTTTCTAGTAAAACTTG
AGTTCTCGGTTCGAATCCTGCCGAGTGGTTTGTATTAGTATTTTTTCAAAATTAATTCACAAATTTCACCCTGGCCGAGATTAAAGATCGATCGGGTTGGTCACCTAGACCAAGCTGCTGCTGTCCATTTAAAGACACCTTTTCTGCACCAAACACTTGCAGTCTACCATTTTCATTTTTTTTCTGTCAAGCTTGTTTCA
CTTCTCTTGTCTCTCACAACTTTATGTGAAATTTTCGACATTATGAAAACTTCTAGCTATATCCACTGTCAAAACTTCAGTGTCTTTTGAAATTTATTTTCCGCTTGTAGTAGAACTTGAGTTCTCGGTTCGAATCCTGCTGTGCGGAGTGGTTTGTATTACTATTTTTTCAAAATTAATTCACAAATTTTACCCACAGT
TCGGTGGCAGATTTCTATGGGTCATGCTTTTGGTACAGACCGATTATTACACGGAATTTAGTTAAAACTAACCGCGAGGACAGTTTGAATTGGTTGATTTATGGCTGTTTTTGCGGCAGAGATGCGTGATAAAGACCAAAAGTGTGAAGTACATGCCATTTTCCTTGTCTCTGGCCTCCTTCTCTAATGGAGTCATCTGG
ACGGCCTATGCATGCATTCATTTTGACATCTATGTCACTATTCCTAATGGGCTAGGAGCCTTGCTGGGCGCCATGCAGTTGATACTGTATGCAATATACTACAAAACAACAATATGGGAAGACGATGAGGTAATGGGCGTAGACAAGATCGAAGATCAAACGGGAAGCGAGATAGGGAATATCAGCGAGCAGCAGAGAAA
AGCTTCTCAGACAGATGTCGAGAAAATTTCTATTGGGCATCTCCATGTCTAAAATTACTTCATAACGAAGGGGAACTAGAGTTTGTTCATAATGAAGGGGAAAGGGATGATTTTGGATTTTCATTTCTTAGCGTTTTCTTTGTTTATATTTACAGTTAGGGTTTTCATGAAAATATTTCTAATGGTATATATGATAAGTG
TGGTTGTAATTGACTTATGATAAGTGTGGTTGTAATTGACTTGCTTATTTGACATAGAGAAATAGAGAAGTGTAAATAAAATGATTTGTCCGAAAAAAA


>TRINITY_DN113916_c0_g1_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:
AGTGGAGAACGCTTCAAATGGGTTGAGACTCGAGGTGGCGACGATGAAATAAATTCAGTTCTGACAGTTTAACGACCACCAAACCCAACTCCATTACTAAGTAGCTCCAACCAGGGTCGACTGGCTATAAAGATCCAAATTCCCGCACTCCATTCCACCAGTATTTTTCGTCTGTTTCATTCTCAAGTCTCTTGTTTTGT
ATCCGTCCTTCCGCGTATGTGTTTTTTTCTCTGTGATTCTCCGGCATCTTCGTTTGTGCTTCCAAAGGTCCGCAAATTTCGTAGCAATGGCGATGGCAGATACACTTCGTACCGTCTTCGGTATCATTGgtaattataatatgagaataacgctgctcgatatgcatttcagttatttagttataccgccgaaggttgtg
ttttaaaaattgctgttctctgtaaatttcatttctttaatgtttctttagagatttctgttgaaaacgctacaaaatgaataacatattggaaagcgaaaacaatatttctgtcaagaattctgcggtttctgttcgctgcgtccaagctgatggaagagcgaatgacgataccttattggaaagcgaaaacaagattt
ctgtcaagaattctgctatttctgttcgctgcgtccaagctgatggaacagcgccgaatggcgataacattttggaaagcgaaaataagatttctgtcaagaatggaagatggaagagcgaatggcgatttgcgaatcttgttttcgctttccaagtactgttctgcgatgcgcgtgcttaaagttctcaatgtttttcc
gtcaaccgccgcatagctatggaggatgtgtagtaatgaatagccttgtaaaatgctttgaattttatttttgttaaagtatttaacaatccccgtctcttgcag
GTAACGTTATTTCGCTGGCACTCTTTCTGTCGCCGGCGCAGACGTTTTACAAGGTGTGGCAATGGAAGTCAACCCGCATGTTCTCAGGCATCCCG
TACGTCGCAACGCTGCTCAACTGCCTGCTTTGGGTGTTCTACGGCATTCCCATCGTTCATCCGAACAGTATTCTGGTGGCCACAATTAACGGAACTGGAGTCGTTTTGGAGCTCATTTACATCACGATGTTCATCATTTACTGCAGCAAAGACACTAGGGTGACGATGGTGAGAATGGTTGCTGTGGTGGGGTTGTTTTT
CTCGGTAGTGGTGGTGCTTACGCTCACGTTAGCTCACACGCACGAAAGGCGTTCGTTAATTATCGGGCTTCTCTGCGTGGTGTTCGGCACCTGCATGTATGCCTCTCCCTTGGCCGTCATG




Intron 3 GTAAGCACGC ... TTTACTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A118.7938974106
A221.9334791104
A318.75426.892105
A422.1232482102
A523.02222.45380
A619.813090.6683844
A720.152104.8462600
A820.542003.8365671
A920.312458.3511742
A1019.371759.5384.5461



>TRINITY_DN108275_c0_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoform
AAAATCGGAGTGGAGAACGCTTCAAATGGGTTGAGACTCGAGGTGGCGACGATGAAATAAATTCAGTTCTGACAGTTTAACGACCACCAAACCCAACTCCATTACTAAGTAGCTCCAACCAGGGTCGACTGGCTATAAAGATCCAAATTCCCGCACTCCATTCCACCAGTATTTTTCGTCTGTTTCATTCTCAAGTCTCT
TGTTTTGTATCCGTCCTTCCGCGTATGTGTTTTTTTCTCTGTGATTCTCCGGCATCTTCGTTTGTGCTTCCAAAGGTCCGCAAATTTCGTAGCAATGGCGATGGCAGATACACTTCGTACCGTCTTCGGTATCATTGGTAATTATAATATGAGAATAACGCTGCTCGATATGCATTTCAGTTATTTAGTTATACCGCCGA
AGGTTGTGTTTTAAAAATTGCTGTTCTCTGTAAATTTCATTTCTTTAATGTTTCTTTAGAGATTTCTGTTGAAAACGCTACAAAATGAATAACATATTGGAAAGCGAAAACAATATTTCTGTCAAGAATTCTGCGGTTTCTGTTCGCTGCGTCCAAGCTGATGGAAGAGCGAATGACGATACCTTATTGGAAAGCGAAAA
CAAGATTTCTGTCAAGAATTCTGCTATTTCTGTTCGCTGCGTCCAAGCTGATGGAACAGCGCCGAATGGCGATAACATTTTGGAAAGCGAAAATAAGATTTCTGTCAAGAATGGAAGATGGAAGAGCGAATGGCGATTTGCGAATCTTGTTTTCGCTTTCCAAGTACTGTTCTGCGATGCGCGTGCTTAAAGTTCTCAAT
GTTTTTCCGTCAACCGCCGCATAGCTATGGAGGATGTGTAGTAATGAATAGCCTTGTAAAATGCTTTGAATTTTATTTTTGTTAAAGTATTTAACAATCCCCGTCTCTTGCAGGTAACGTTATTTCGCTGGCACTCTTTCTGTCGCCGGCGTAAGTTTCCGTCATCTTTCTTTTCTCTTTTGTGTTAAATAATGGAATTC
TTTTGGATTCAAGCTTCATCCGCTGGGATTTGAATGAATCTTTGAAGTTTCCTTTATCATTTTCAGTTTACGCCAAACTGCTTAATTACAAGATCTCGTCCGGTTGGATGACTTAATTTCAATGAATTATTATCGGATTCGAAATATTGCAAGTTCTTCTGGTCGGATTGAAAAAATCGGAGTGGAGAACGCTTCAAATG
GGTTGAGACTCGAGGTGGCGACGATGAAATAAATTCAGTTCTGACAGTTTAACGACCACCAAACCCAACTCCATTACTAAGTAGCTCCAACCAGGGTCGACTGGCTATAAAGATCCAAATTCCCGCACTCCATTCCACCAGTATTTTTCGTCTGTTTCATTCTCAAGTCTCTTGTTTTGTATCCGTCCTTCCGCGTATGT
GTTTTTTTCTCTGTGATTCTCCGGCATCTTCGTTTGTGCTTCCAAAGGTCCGCAAATTTCGTAGCAATGGCGATGGCAGATACACTTCGTACCGTCTTCGGTATCATTGGTAACGTTATTTCGCTGGCACTCTTTCTGTCGCCGGCGCAGACGTTTTACAAGGTGTGGCAATGGAAGTCAACCCGCATGTTCTCAGGCAT
CCCGTACGTCGCAACGCTGCTCAACTGCCTGCTTTGGGTGTTCTACGGCATTCCCATCGTTCATCCGAACAGTATTCTGGTGGCCACAATTAACGGAACTGGAGTCGTTTTGGAGCTCATTTACATCACGATGTTCATCATTTACTGCAGCAAAGACACTAGGGTGACGATGGTGAGAATGGTTGCTGTGGTGGGGTTGT
TTTTCTCGGTAGTGGTGGTGCTTACGCTCACGTTAGCTCACACGCACGAAAGGCGTTCGTTAATTATCGGGCTTCTCTGCGTGGTGTTCGGCACCTGCATGTATGCCTCTCCCTTGGCCGTCATGAGATGCGTGATAAAGACCAAAAGTGTGAAGTACATGCCATTTTCCTTGTCTCTGGCCTCCTTCTCTAATGGAGTC
ATCTGGACGGCCTATGCATGCATTCATTTTGACATCTATGTCACTATTCCTAATGGGCTAGGAGCCTTGCTGGGCGCCATGCAGTTGATACTGTATGCAATATACTACAAAACAACAATATGGGAAGACGATGAGGTAATGGGCGTAGACAAGATCGAAGATCAAACGGGAAGCGAGATAGGGAATATCAGCGAGCAGCA
GAGAAAAGCTTCTCAGACAGATGTCGAGAAAATTTCTATTGGGCATCTCCATGTCTAAAATTACTTCATAACGAAGGGGAACTAGAGTTTGTTCATAATGAAGGGGAAAGGGATGATTTTGGATTTTCATTTCTTAGCGTTTTCTTTGTTTATATTTACAGTTAGGGTTTTCATGAAAATATTTCTAATGGTATATATGA
TAAGTGTGGTTGTAATTGACTTATGATAAGTGTGGTTGTAATTGACTTGCTTATTTGACATAGAGAAATAGAGAAGTGTAAATAAAATGATTTGTCCGATACAATTTTATAATTTTGATATCAAAGTGTTAACTTTGATATATTTTATAAATTTATCTTTTAA


>TRINITY_DN108275_c0_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:
AAAATCGGAGTGGAGAACGCTTCAAATGGGTTGAGACTCGAGGTGGCGACGATGAAATAAATTCAGTTCTGACAGTTTAACGACCACCAAACCCAACTCCATTACTAAGTAGCTCCAACCAGGGTCGACTGGCTATAAAGATCCAAATTCCCGCACTCCATTCCACCAGTATTTTTCGTCTGTTTCATTCTCAAGTCTCT
TGTTTTGTATCCGTCCTTCCGCGTATGTGTTTTTTTCTCTGTGATTCTCCGGCATCTTCGTTTGTGCTTCCAAAGGTCCGCAAATTTCGTAGCAATGGCGATGGCAGATACACTTCGTACCGTCTTCGGTATCATTGGTAATTATAATATGAGAATAACGCTGCTCGATATGCATTTCAGTTATTTAGTTATACCGCCGA
AGGTTGTGTTTTAAAAATTGCTGTTCTCTGTAAATTTCATTTCTTTAATGTTTCTTTAGAGATTTCTGTTGAAAACGCTACAAAATGAATAACATATTGGAAAGCGAAAACAATATTTCTGTCAAGAATTCTGCGGTTTCTGTTCGCTGCGTCCAAGCTGATGGAAGAGCGAATGACGATACCTTATTGGAAAGCGAAAA
CAAGATTTCTGTCAAGAATTCTGCTATTTCTGTTCGCTGCGTCCAAGCTGATGGAACAGCGCCGAATGGCGATAACATTTTGGAAAGCGAAAATAAGATTTCTGTCAAGAATGGAAGATGGAAGAGCGAATGGCGATTTGCGAATCTTGTTTTCGCTTTCCAAGTACTGTTCTGCGATGCGCGTGCTTAAAGTTCTCAAT
GTTTTTCCGTCAACCGCCGCATAGCTATGGAGGATGTGTAGTAATGAATAGCCTTGTAAAATGCTTTGAATTTTATTTTTGTTAAAGTATTTAACAATCCCCGTCTCTTGCAGGTAACGTTATTTCGCTGGCACTCTTTCTGTCGCCGGCGTAAGTTTCCGTCATCTTTCTTTTCTCTTTTGTGTTAAATAATGGAATTC
TTTTGGATTCAAGCTTCATCCGCTGGGATTTGAATGAATCTTTGAAGTTTCCTTTATCATTTTCAGTTTACGCCAAACTGCTTAATTACAAGATCTCGTCCGGTTGGATGACTTAATTTCAATGAATTATTATCGGATTCGAAATATTGCAAGTTCTTCTGGTCGGATTGAATGCAATATTTGTGGATTCAAGCTTTGTC
AGCTTGGATTTGAAGGAATTTTAAAGTTTCCGTCGCCATTTGTTCTTTTCGCTTAAATGCTTGAATACAAGCTTTTCGAACTGAATGTTTGAAATTTCCGTCATCGTTTTATTTTTCATATAAATTTCGTTGAATTATGCTTGGATTCGAAAGATTCGAGTTCTTCTGTTTGGATTGACGGAATCTTTGAATTTTCTTGT
TTTACAGGCAGACGTTTTACAAGGTGTGGCAATGGAAGTCAACCCGCATGTTCTCAGGCATCCCGTACGTCGCAACGCTGCTCAACTGCCTGCTTTGGGTGTTCTACGGCATTCCCATCGTTCATCCGAACAGTATTCTGGTGGCCACAATTAACGGAACTGGAGTCGTTTTGGAGCTCATTTACATCACGATGTTCATC
ATTTACTGCAGCAAAGACACTAGGgtaagcacgcctgtgtaattccagcaggattttagacgggagattgtgcgaatatcttcttgacgggaattctgataaatctgacaattgatctctgtttactgcagGTGACGATGGTGAGAATGGTTGCTGTGGTGGGGTTGTTTTTCTCGGTAGTGGTGGTGCTTACGCTCACG
TTAGCTCACACGCACGAAAGGCGTTCGTTAATTATCGGGCTTCTCTGCGTGGTGTTCGGCACCTGCATGTATGCCTCTCCCTTGGCCGTCATGGTAAATATTTTCAGTCTCTGTCATCTGTGCTAGGCCGAGATTAAAGATCGATTGTGTTGGTCACCTGTACCAAGCTGCTGCTGTCCATTTAAAGTCCCCGTTTCTGC
ACTAAACACTTGCAGTCTGCCATTTTCATTCTTTTCTGTCAAGCTTGTCTCACTTCTCTTCTCTCTCACAACTTTATGTGCAATTCTAGATCCACTGTGAAAACTTCAATATCTTTTGAAATTTATTTTTCGTTTCTAGTAAAACTTGAGTTCTCGGTTCGAATCCTGCCGAGTGGTTTGTATTAGTATTTTTTCAAAAT
TAATTCACAAATTTCACCCTGGCCGAGATTAAAGATCGATCGGGTTGGTCACCTAGACCAAGCTGCTGCTGTCCATTTAAAGACACCTTTTCTGCACCAAACACTTGCAGTCTACCATTTTCATTTTTTTTCTGTCAAGCTTGTTTCACTTCTCTTGTCTCTCACAACTTTATGTGAAATTTTCGACATTATGAAAACTT
CTAGCTATATCCACTGTCAAAACTTCAGTGTCTTTTGAAATTTATTTTCCGCTTGTAGTAGAACTTGAGTTCTCGGTTCGAATCCTGCTGTGCGGAGTGGTTTGTATTACTATTTTTTCAAAATTAATTCACAAATTTTACCCACAGTTCGGTGGCAGATTTCTATGGGTCATGCTTTTGGTACAGACCGATTATTACAC
GGAATTTAGTTAAAACTAACCGCGAGGACAGTTTGAATTGGTTGATTTATGGCTGTTTTTGCGGCAGAGATGCGTGATAAAGACCAAAAGTGTGAAGTACATGCCATTTTCCTTGTCTCTGGCCTCCTTCTCTAATGGAGTCATCTGGACGGCCTATGCATGCATTCATTTTGACATCTATGTCACTGTAATTATCTCTA
ACCTTGACTTCCTATATTGTTTTGTCAAGTTGATCCAGATGAAGTTAAGCTGTATAACCTTATGTTAAGTTTAAATTGTGCAGATTCCTAATGGGCTAGGAGCCTTGCTGGGCGCCATGCAGTTGATACTGTATGCAATATACTACAAAACAACAATATGGGAAGACGATGAGGTAATGGGCGTAGACAAGATCGAAGAT
CAAACGGGAAGCGAGATAGGGAATATCAGCGAGCAGCAGAGAAAAGCTTCTCAGACAGATGTCGAGAAAATTTCTATTGGGCATCTCCATGTCTAAAATTACTTCATAACGAAGGGGAACTAGAGTTTGTTCATAATGAAGGGGAAAGGGATGATTTTGGATTTTCATTTCTTAGCGTTTTCTTTGTTTATATTTACAGT
TAGGGTTTTCATGAAAATATTTCTAATATATGATAAGTGTGGTTGTAATTGACTTATGATAAGTGTGGTTGTAATTGACTTGCTTATTTGACATAGAGAAATAGAGAAGTGTAAATAAAATGATTTGTCCGATACAATTTTATAATTTTGATATCAAAGTGTTAACTTTGATATATTTTATAAATTTATCTTTTAA




Intron 4 GTAAGTTTCC ... TGTTTTACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A119.915513137
A215.2864319116
A317.5281913174
A416.515363106
A514.87372765
A614.9456437991
A715.6440614753
A816.1229390565
A916.3343966858
A1015.2432817590



>TRINITY_DN44962_c0_g2_i4 from sample A6 / Example spliced isoform
CACTTTTGCTGCTGGCACGCCGATCATGTGACGGATAAAATCGGAGTGGAGAACGCTTCAAATGGGTTGAGACTCGAGGTGGCGACGATGAAATAAATTCAGTTCTGACAGTTTAACGACCACCAAACCCAACTCCATTACTAAGTAGCTCCAACCAGGGTCGACTGGCTATAAAGATCCAAATTCCCGCACTCCATTCC
ACCAGTATTTTTCGTCTGTTTCATTCTCAAGTCTCTTGTTTTGTATCCGTCCTTCCGCGTATGTGTTTTTTTCTCTGTGATTCTCCGGCATCTTCGTTTGTGCTTCCAAAGGTCCGCAAATTTCGTAGCAATGGCGATGGCAGATACACTTCGTACCGTCTTCGGTATCATTGGTAACGTTATTTCGCTGGCACTCTTTC
TGTCGCCGGCGCAGACGTTTTACAAGGTGTGGCAATGGAAGTCAACCCGCATGTTCTCAGGCATCCCGTACGTCGCAACGCTGCTCAACTGCCTGCTTTGGGTGTTCTACGGCATTCCCATCGTTCATCCGAACAGTATTCTGGTGGCCACAATTAACGGAACTGGAGTCGTTTTGGAGCTCATTTACATCACGATGTTC
ATCATTTACTGCAGCAAAGACACTAGGGTGACGATGGTGAGAATGGTTGCTGTGGTGGGGTTGTTTTTCTCGGTAGTGGTGGTGCTTACGCTCACGTTAGCTCACACGCACGAAAGGCGTTCGTTAATTATCGGGCTTCTCTGCGTGGTGTTCGGCACCTGCATGTATGCCTCTCCCTTGGCCGTCATGAGATGCGTGAT
AAAGACCAAAAGTGTGAAGTACATGCCATTTTCCTTGTCTCTGGCCTCCTTCTCTAATGGAGTCATCTGGACGGCCTATGCATGCATTCATTTTGACATCTATGTCACTATTCCTAATGGGCTAGGAGCCTTGCTGGGCGCCATGCAGTTGATACTGTATGCAATATACTACAAAACAACAATATGGGAAGACGATGAGG
TAATGGGCGTAGACAAGATCGAAGATCAAACGGGAAGCGAGATAGGGAATATCAGCGAGCAGCAGAGAAAAGCTTCTCAGACAGATGTCGAGAAAATTTCTATTGGGCATCTCCATGTCTAAAATTACTTCATAACGAAGGGGAACTAGAGTTTGTTCATAATGAAGGGGAAAGGGATGATTTTGGATTTTCATTTCTTA
GCGTTTTCTTTGTTTATATTTACAGTTAGGGTTTTCATGAAAATATTTCTAAT


>TRINITY_DN44962_c0_g2_i7 from sample A6 / Example unspliced isoform:
ACCGTCTTCGGTATCATTGGTAATTATAATATGAGAATAACGCTGCTTGATATGCATTTCAGTTATTTAGTTATACCGCCGAAGGTTGTGTTTTAAAAATTGCTGTTCTCTGTAAATTTCATTTCTTTAATGTTTCTTTAGAGATTTCTGTTGAAAACGCTACAAAATGAATAACATATTGGAAAGCGAAAACAATATTT
CTGTCAAGAATTCTGCGGTTTCTGTTCGCTGCGTCCAAGCTGATGGAAGAGCGAATGACGATACCTTATTGGAAAGCGAAAACAAGATTTCTGTCAAGAATTCTGCTATTTCTGTTCGCTGCGTCCAAGCTGATGGAACAGCGCCGAATGGCGATAACATTTTGGAAAGCGAAAATAAGATTTCTGTCAAGAATGGAAGA
TGGAAGAGCGAATGGCGATTTGCGAATCTTGTTTTCGCTTTCCAAGTACTGTTCTGCGATGCGCGTGCTTAAAGTTCTCAATGTTTTTCCGTCAACCGCCGCATAGCTATGGAGGATGTGTAGTAATGAATAGCCTTGTAAAATGCTTTGAATTTTATTTTTGTTAAAGTATTTAACAATCCCCGTCTCTTGCAGGTAAC
GTTATTTCGCTGGCACTCTTTCTGTCGCCGGCgtaagtttccgtcatctttcttttctcttttgtgttaaataatggaattcttttggattcaagcttcatccgctgggatttgaatgaatctttgaagtttcctttatcattttcagtttacgccaaactgcttaattacaagttctcgtccggttggatgacttaatt
tcaatgaattattattggattcgaaatattgcaagttcttctggtcggattgaatgcaatatttgtggattcaagctttgtccgcttggatttgaaggaactttgaagtttccgtcgaaatattcgaagttcttctggttcaagctttgtcagcttggatttgaaggaattttaaagtttccgtcgccatttgttctttt
cgcttaaatgcttgaatacaagcttttcgaactgaatgtttgaaatttccgtcatcgttttatttttcatataaatttcgttgaattatgcttggattcgaaagattcgaggttcttctgtttggattgacggaatctttgaattttcttgttttacag
GCAGACGTTTTACAAGGTGTGGCAATGGAAGTCAACCCGCA
TGTTCTCAGGCATCCCGTACGTCGCAACGCTGCTCAACTGCCTGCTTTGGGTGTTCTACGGCATTCCCATCGTTCATCCGAACAGTATTCTGGTGGCCACAATTAACGGAACTGGAGTCGTTTTGGAGCTCATTTACATCACGATGTTCATCATTTACTGCAGCAAAGACACTAGGGTGACGATGGTGAGAATGGTTGCT
GTGGTGGGGTTGTTTTTCTCGGTAGTGGTGGTGCTTACGCTCACGTTAGCTCACACGCACGAAAGGCGTTCGTTAATTATCGGGCTTCTCTGCGTGGTGTTCGGCACCTGCATGTATGCCTCTCCCTTGGCCGTCATGGTAAATATTTTCAGTCTCTGTCATCTGTGCTAGGCCGAGATTAAAGATCGATTGTGTTGGTC
ACCTGTACCAAGCTGCTGCTGTCCATTTAAAGTCCCCGTTTCTGCACTAAACACTTGCAGTCTGCCATTTTCATTCTTTTCTGTCAAGCTTGTCTCACTTCTCTTCTCTCTCACAACTTTATGTGCAATTCTAGATCCACTGTGAAAACTTCAATATCTTTTGAAATTTATTTTTCGTTTCTAGTAAAACTTGAGTTCTC
GGTTCGAATCCTGCCGAGTGGTTTGTATTAGTATTTTTTCAAAATTAATTCACAAATTTCACCCTGGCCGAGATTAAAGATCGATCGGGTTGGTCACCTAGACCAAGCTGCTGCTGTCCATTTAAAGACACCTTTTCTGCACCAAACACTTGCAGTCTACCATTTTCATTTTTTTTCTGTCAAGCTTGTTTCACTTCTCT
TGTCTCTCACAACTTTATGTGAAATTTTCGACATTATGAAAACTTCTAGCTATATCCACTGTCAAAACTTCAGTGTCTTTTGAAATTTATTTTCCGCTTGTAGTAGAACTTGAGTTCTCGGTTCGAATCCTGCTGTGCGGAGTGGTTTGTATTACTATTTTTTCAAAATTAATTCACAAATTTTACCCACAGTTCGGTGG
CAGATTTCTATGGGTCATGCTTTTGGTACAGACCGATTATTACACGGAATTTAGTTAAAACTAACCGCGAGGACAGTTTGAATTGGTTGATTTATGGCTGTTTTTGCGGCAGAGATGCGTGATAAAGACCAAAAGTGTGAAGTACATGCCATTTTCCTTGTCTCTGGCCTCCTTCTCTAATGGAGTCATCTGGACGGCCT
ATGCATGCATTCATTTTGACATCTATGTCACTATTCCTAATGGGCTAGGAGCCTTGCTGGGCGCCATGCAGTTGATACTGTATGCAATATACTACAAAACAACAATATGGGAAGACGATGAGGTAATGGGCGTAGACAAGATCGAAGATCAAACGGGAAGCGAGATAGGGAATATCAGCGAGCAGCAGAGAAAAGCTTCT
CAGACAGATGTCGAGAAAATTTCTATTGGGCATCTCCATGTCTAAAATTACTTCATAACGAAGGGGAACTAGAGTTTGTTCATAATGAAGGGGAAAGGGATGATTTTGGATTTTCATTTCTTAGCGTTTTCTTTGTTTATATTTACAGTTAGGGTTTTCATGAAAATATTTCTAATGGTATATATGATAAGTGTGGTTGT
AATTGACTTATGATAAGTGTGGTTGTAATTGACTTGCTTATTTGACATAGAGAAATAGAGAAGTGTAAATAAAATGATTTGTCCGATACAATTTTATAATTTTGATATCAAAGTGTTAACTTTGATATATTTTATAAATTTATCTTTTAAATGTTGTTGTAATTGACTTGCCTATTTGAC




Intron 5 GTAAGTTTCC ... TCATTTTCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A16.79164.71.712
A210.22184.49.821
A38.59223.67.121
A47.57134.4111
A59.04100.63.110
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A73.641295248.9
A85.02790.8041.8
A93.721270.82.749.2
A104.06879.9537.3



>TRINITY_DN113916_c0_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoform
AGTGGAGAACGCTTCAAATGGGTTGAGACTCGAGGTGGCGACGATGAAATAAATTCAGTTCTGACAGTTTAACGACCACCAAACCCAACTCCATTACTAAGTAGCTCCAACCAGGGTCGACTGGCTATAAAGATCCAAATTCCCGCACTCCATTCCACCAGTATTTTTCGTCTGTTTCATTCTCAAGTCTCTTGTTTTGT
ATCCGTCCTTCCGCGTATGTGTTTTTTTCTCTGTGATTCTCCGGCATCTTCGTTTGTGCTTCCAAAGGTCCGCAAATTTCGTAGCAATGGCGATGGCAGATACACTTCGTACCGTCTTCGGTATCATTGGTAACGTTATTTCGCTGGCACTCTTTCTGTCGCCGGCTTTACGCCAAACTGCTTAATTACAAGATCTCGTC
CGGTTGGATGACTTAATTTCAATGAATTATTATCGGATTCGAAATATTGCAAGTTCTTCTGGTCGGATTGAATGCAATATTTGTGGATTCAAGCTTTGTCCGCTTGGATTTGAAGGAACTTTGAAGTTTCCGTCGAAATATTCGAAGTTCTTCTGGCAGACGTTTTACAAGGTGTGGCAATGGAAGTCAACCCGCATGTT
CTCAGGCATCCCGTACGTCGCAACGCTGCTCAACTGCCTGCTTTGGGTGTTCTACGGCATTCCCATCGTTCATCCGAACAGTATTCTGGTGGCCACAATTAACGGAACTGGAGTCGTTTTGGAGCTCATTTACATCACGATGTTCATCATTTACTGCAGCAAAGACACTAGGGTGACGATGGTGAGAATGGTTGCTGTGG
TGGGGTTGTTTTTCTCGGTAGTGGTGGTGCTTACGCTCACGTTAGCTCACACGCACGAAAGGCGTTCGTTAATTATCGGGCTTCTCTGCGTGGTGTTCGGCACCTGCATGTATGCCTCTCCCTTGGCCGTCATGAGATGCGTGATAAAGACCAAAAGTGTGAAGTACATGCCATTTTCCTTGTCTCTGGCCTCCTTCTCT
AATGGAGTCATCTGGACGGCCTATGCATGCATTCATTTTGACATCTATGTCACTATTCCTAATGGGCTAGGAGCCTTGCTGGGCGCCATGCAGTTGATACTGTATGCAATATACTACAAAACAACAATATGGGAAGACGATGAGGTAATGGGCGTAGACAAGATCGAAGATCAAACGGGAAGCGAGATAGGGAATATCAG
CGAGCAGCAGAGAAAAGCTTCTCAGACAGATGTCGAGAAAATTTCTATTGGGCATCTCCATGTCTAAAATTACTTCATAACGAAGGGGAACTAGAGTTTGTTCATAATGAAGGGGAAAGGGATGATTTTGGATTTTCATTTCTTAGCGTTTTCTTTGTTTATATTTACAGTTAGGGTTTTCATGAAAATATTTCTAATGG
TATATATGATAAGTGTGGTTGTAATTGACTTATGATAAGTGTGGTTGTAATTGACTTGCTTATTTGACATAGAGAAATAGAGAAGTGTAAATAAAATGATTTGTCCGAAAAAAA


>TRINITY_DN113916_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:
TGGCACTCTTTCTGTCGCCGGCgtaagtttccgtcatctttcttttctcttttgtgttaaataatggaattcttttggattcaagcttcatccgctgggatttgaatgaatctttgaagtttcctttatcattttcagTTTACGCCAAACTGCTTAATTACAAGATCTCGTCCGGTTGGATGACTTAATTTCAATGAATT
ATTATCGGATTCGAAATATTGCAAGTTCTTCTGGTCGGATTGAATGCAATATTTGTGGATTCAAGCTTTGTCCGCTTGGATTTGAAGGAACTTTGAAGTTTCCGTCGAAATATTCGAAGTTCTTCTGGTTGGATTGAATGCAATATTTGTGGATTCAAGCTTTGTCAGCTTGGATTTGAAGGAATTTTAAAGTTTCCGTC
GCCATTTGTTCTTTTCGCTTAAATGCTTGAATACAAGCTTTTCGAACTGAATGTTTGAAATTTCCGTCATCGTTTTATTTTTCATATAAATTTCGTTGAATTATGCTTGGATTCGAAAGATTCGAGGTTCTTCTGTTTGGATTGACGGAATCTTTGAATTTTCTTGTTTTACAGGCAGACGTTTTACAAGGTGTGGCAAT
GGAAGTCAACCCGCATGTTCTCAGGCATCCCGTACGTCGCAACGCTGCTCAACTGCCTGCTTTGGGTGTTCTACGGCATTCCCATCGTTCATCCGAACAGTATTCTGGTGGCCACAATTAACGGAACTGGAGTCGTTTTGGAGCTCATTTACATCACGATGTTCATCATTTACTGCAGCAAAGACACTAGGGTGACGATG
GTGAGAATGGTTGCTGTGGTGGGGTTGTTTTTCTCGGTAGTGGTGGTGCTTACGCTCACGTTAGCTCACACGCACGAAAGGCGTTCGTTAATTATCGGGCTTCTCTGCGTGGTGTTCGGCACCTGCATGTATGCCTCTCCCTTGGCCGTCATGAGATGCGTGATAAAGACCAAAAGTGTGAAGTACATGCCATTTTCCTT
GTCTCTGGCCTCCTTCTCTAATGGAGTCATCTGGACGGCCTATGCATGCATTCATTTTGACATCTATGTCACTATTCCTAATGGGCTAGGAGCCTTGCTGGGCGCCATGCAGTTGATACTGTATGCAATATACTACAAAACAACAATATGGGAAGACGATGAGGTAATGGGCGTAGACAAGATCGAAGATCAAACGGGAA
GCGAGATAGGGAATATCAGCGAGCAGCAGAGAAAAGCTTCTCAGACAGATGTCGAGAAAATTTCTATTGGGCATCTCCATGTCTAAAATTACTTCATAACGAAGGGGAACTAGAGTTTGTTCATAATGAAGGGGAAAGGGATGATTTTGGATTTTCATTTCTTAGCGTTTTCTTTGTTTATATTTACAGTTAGGGTTTTC
ATGAAAATATTTCTAATGGTATATATGATAAGTGTGGTTGTAATTGACTTATGATAAGTGTGGTTGTAATTGACTTGCTTATTTGACATAGAGAAATAGAGAAGTGTAAATAAAATGATTTGTCCGAAAAAAA




Intron 6 GTAAATATTT ... TTTGCGGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A125.57786379161
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A824.2648082154926
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A1024.7136091790579



>TRINITY_DN104961_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoform
GTGACGGATAAAATCGGAGTGGAGAACGCTTCAAATGGGTTGAGACTCGAGGTGGCGACGATGAAATAAATTCAGTTCTGACAGTTTAACGACCACCAAACCCAACTCCATTACTAAGTAGCTCCAACCAGGGTCGACTGGCTATAAAGATCCAAATTCCCGCACTCCATTCCACCAGTATTTTTCGTCTGTTTCATTCT
CAAGTCTCTTGTTTTGTATCCGTCCTTCCGCGTATGTGTTTTTTTCTCTGTGATTCTCCGGCATCTTCGTTTGTGCTTCCAAAGGTCCGCAAATTTCGTAGCAATGGCGATGGCAGATACACTTCGTACCGTCTTCGGTATCATTGGTAATTATAATATGAGAATAACGCTGCTCGATATGCATTTCAGTTATTTAGTTA
TACCGCCGAAGGTTGTGTTTTAAAAATTGCTGTTCTCTGTAAATTTCATTTCTTTAATGTTTCTTTAGAGATTTCTGTTGAAAACGCTACAAAATGAATAACATATTGGAAAGCGAAAACAATATTTCTGTCAAGAATTCTGCGGTTTCTGTTCGCTGCGTCCAAGCTGATGGAAGAGCGAATGACGATACCTTATTGGA
AAGCGAAAACAAGATTTCTGTCAAGAATTCTGCTATTTCTGTTCGCTGCGTCCAAGCTGATGGAACAGCGCCGAATGGCGATAACATTTTGGAAAGCGAAAATAAGATTTCTGTCAAGAATGGAAGATGGAAGAGCGAATGGCGATTTGCGAATCTTGTTTTCGCTTTCCAAGTACTGTTCTGCGATGCGCGTGCTTAAA
GTTCTCAATGTTTTTCCGTCAACCGCCGCATAGCTATGGAGGATGTGTAGTAATGAATAGCCTTGTAAAATGCTTTGAATTTTATTTTTGTTAAAGTATTTAACAATCCCCGTCTCTTGCAGGTAACGTTATTTCGCTGGCACTCTTTCTGTCGCCGGCGTAAGTTTCCGTCATCTTTCTTTTCTCTTTTGTGTTAAATA
ATGGAATTCTTTTGGATTCAAGCTTCATCCGCTGGGATTTGAATGAATCTTTGAAGTTTCCTTTATCATTTTCAGTTTACGCCAAACTGCTTAATTACAAGATCTCGTCCGGTTGGATGACTTAATTTCAATGAATTATTATCGGATTCGAAATATTGCAAGTTCTTCTGGTCGGATTGAAAGCAATATTTGTGGATTCA
AGCTTTGTCCGCTTGGATTTGAAGGAACTTTGAAGTTTCCGTCGAAATATTCGAAGTTCTTCTGGTTGGATTGAATGCAATATTTGTGGATTCAAGCTTTGTCAGCTTGGATTTGAAGGAATTTTAAAGTTTCCGTCGCCATTTGTTCTTTTCGCTTAAATGCTTGAATACAAGCTTTTCGAACTGAATGTTTGAAATTT
CCGTCATCGTTTTATTTTTCATATAAATTTCGTTGAATTATGCTTGGATTCGAAAGATTCGAGGTTCTTCTGTTTGGATTGACGGAATCTTTGAATTTTCTTGTTTTACAGGCAGACGTTTTACAAGGTGTGGCAATGGAAGTCAACCCGCATGTTCTCAGGCATCCCGTACGTCGCAACGCTGCTCAACTGCCTGCTTT
GGGTGTTCTACGGCATTCCCATCGTTCATCCGAACAGTATTCTGGTGGCCACAATTAACGGAACTGGAGTCGTTTTGGAGCTCATTTACATCACGATGTTCATCATTTACTGCAGCAAAGACACTAGGGTGACGATGGTGAGAATGGTTGCTGTGGTGGGGTTGTTTTTCTCGGTAGTGGTGGTGCTTACGCTCACGTTA
GCTCACACGCACGAAAGGCGTTCGTTAATTATCGGGCTTCTCTGCGTGGTGTTCGGCACCTGCATGTATGCCTCTCCCTTGGCCGTCATGAGATGCGTGATAAAGACCAAAAGTGTGAAGTACATGCCATTTTCCTTGTCTCTGGCCTCCTTCTCTAATGGAGTCATCTGGACGGCCTATGCATGCATTCATTTTGACAT
CTATGTCACTATTCCTAATGGGCTAGGAGCCTTGCTGGGCGCCATGCAGTTGATACTGTATGCAATATACTACAAAACAACAATATGGGAAGACGATGAGGTAATGGGCGTAGACAAGATCGAAGATCAAACGGGAAGCGAGATAGGGAATATCAGCGAGCAGCAGAGAAAAGCTTCTCAGACAGATGTCGAGAAAATTT
CTATTGGGCATCTCCATGTCTAAAATTACTTCATAACGAAGGGGAACTAGAGTTTGTTCATAATGAAGGGGAAAGGGATGATTTTGGATTTTCATTTCTTAGCGTTTTCTTTGTTTATATTTACAGTTAGGGTTTTCATGAAAATATTTCTAATATATGATAAGTGTGGTTGTAATTGACTTATGATAAGTGTGGTTGTA
ATTGACTTGCTTATTTGACATAGAGAAATAGAGAAGTGTAAATAAAATGATTTGTCCGATACAATTTTATAATTTTGATATCAAAGTGTTAACTTTGATATATTTTATAAATTTATCTTTTAAAAAAAA


>TRINITY_DN104961_c0_g1_i8 from sample A3 / Example unspliced isoform:
GTGACGGATAAAATCGGAGTGGAGAACGCTTCAAATGGGTTGAGACTCGAGGTGGCGACGATGAAATAAATTCAGTTCTGACAGTTTAACGACCACCAAACCCAACTCCATTACTAAGTAGCTCCAACCAGGGTCGACTGGCTATAAAGATCCAAATTCCCGCACTCCATTCCACCAGTATTTTTCGTCTGTTTCATTCT
CAAGTCTCTTGTTTTGTATCCGTCCTTCCGCGTATGTGTTTTTTTCTCTGTGATTCTCCGGCATCTTCGTTTGTGCTTCCAAAGGTCCGCAAATTTCGTAGCAATGGCGATGGCAGATACACTTCGTACCGTCTTCGGTATCATTGGTAACGTTATTTCGCTGGCACTCTTTCTGTCGCCGGCGCAGACGTTTTACAAGG
TGTGGCAATGGAAGTCAACCCGCATGTTCTCAGGCATCCCGTACGTCGCAACGCTGCTCAACTGCCTGCTTTGGGTGTTCTACGGCATTCCCATCGTTCATCCGAACAGTATTCTGGTGGCCACAATTAACGGAACTGGAGTCGTTTTGGAGCTCATTTACATCACGATGTTCATCATTTACTGCAGCAAAGACACTAGG
GTGACGATGGTGAGAATGGTTGCTGTGGTGGGGTTGTTTTTCTCGGTAGTGGTGGTGCTTACGCTCACGTTAGCTCACACGCACGAAAGGCGTTCGTTAATTATCGGGCTTCTCTGCGTGGTGTTCGGCACCTGCATGTATGCCTCTCCCTTGGCCGTCATGgtaaatattttcagtctctgtcatctgtgctaggccga
gattaaagatcgattgtgttggtcacctgtaccaagctgctgctgtccatttaaagtccccgtttctgcactaaacacttgcagtctgccattttcattcttttctgtcaagcttgtctcacttctcttctctctcacaactttatgtgcaattctagatccactgtgaaaacttcaatatcttttgaaatttatttttc
gtttctagtaaaacttgagttctcggttcgaatcctgctgtgcggagtggtttgtattactattttttcaaaattaattcacaaatttcaccctggccgagattaaagatcgatcgggttggtcacctagaccaagctgctgctgtccatttaaagacaccttttctgcaccaaacacttgcagtctaccattttcattt
tttttctgtcaagcttgtttcacttctcttgtctctcacaactttatgtgaaattttcgacattatgaaaacttctagctatatccactgtcaaaacttcagtgtcttttgaaatttattttccgcttgtagtagaacttgagttctcggttcgaatcctgctgtgcggagtggtttgtattactattttttcaaaatta
attcacaaattttacccacagttcggtggcagatttctatgggtcatgcttttggtacagaccgattattacacggaatttagttaaaactaaccgcgaggacagtttgaattggttgatttatggctgtttttgcggcag
AGATGCGTGATAAAGACCAAAAGTGTGAAGTACATGCCATTTTCCTTGTCTCTGGCCTC
CTTCTCTAATGGAGTCATCTGGACGGCCTATGCATGCATTCATTTTGACATCTATGTCACTATTCCTAATGGGCTAGGAGCCTTGCTGGGCGCCATGCAGTTGATACTGTATGCAATATACTACAAAACAACAATATGGGAAGACGATGAGGTAATGGGCGTAGACAAGATCGAAGATCAAACGGGAAGCGAGATAGGGA
ATATCAGCGAGCAGCAGAGAAAAGCTTCTCAGACAGATGTCGAGAAAATTTCTATTGGGCATCTCCATGTCTAAAATTACTTCATAACGAAGGGGAACTAGAGTTTGTTCATAATGAAGGGGAAAGGGATGATTTTGGATTTTCATTTCTTAGCGTTTTCTTTGTTTATATTTACAGTTAGGGTTTTCATGAAAATATTT
CTAATATATGATAAGTGTGGTTGTAATTGACTTATGATAAGTGTGGTTGTAATTGACTTGCTTATTTGACATAGAGAAATAGAGAAGTGTAAATAAAATGATTTGTCCGATACAATTTTATAATTTTGATATCAAAGTGTTAACTTTGATATATTTTATAAATTTATCTTTTAAAAAAAA




Intron 7 GTCGGATTGA ... GGATTTGAAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A147.415216137
A245.9113919118
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A448.9412016115
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A1046.9667232595



>TRINITY_DN48162_c0_g1_i11 from sample A7 / Example spliced isoform
ATAAAATCGGAGTGGAGAACGCTTCAAATGGGTTGAGACTCGAGGTGGCGACGATGAAATAAATTCAGTTCTGACAGTTTAACGACCACCAAACCCAACTCCATTACTAAGTAGCTCCAACCAGGGTCGACTGGCTATAAAGATCCAAATTCCCGCACTCCATTCCACCAGTATTTTTCGTCTGTTTCATTCTCAAGTCT
CTTGTTTTGTATCCGTCCTTCCGCGTATGTGTTTTTTTCTCTGTGATTCTCCGGCATCTTCGTTTGTGCTTCCAAAGGTCCGCAAATTTCGTAGCAATGGCGATGGCAGATACACTTCGTACCGTCTTCGGTATCATTGGTAACGTTATTTCGCTGGCACTCTTTCTGTCGCCGGCTTTACGCCAAACTGCTTAATTACA
AGATCTCGTCCGGTTGGATGACTTAATTTCAATGAATTATTATCGGATTCGAAATATTGCAAGTTCTTCTGGTCGGATTGAATGCAATATTTGTGGATTCAAGCTTTGTCCGCTTGGATTTGAAGGAACTTTGAAGTTTCCGTCGAAATATTCGAAGTTCTTCTGGCAGACGTTTTACAAGGTGTGGCAATGGAAGTCAA
CCCGCATGTTCTCAGGCATCCCGTACGTCGCAACGCTGCTCAACTGCCTGCTTTGGGTGTTCTACGGCATTCCCATCGTTCATCCGAACAGTATTCTGGTGGCCACAATTAACGGAACTGGAGTCGTTTTGGAGCTCATTTACATCACGATGTTCATCATTTACTGCAGCAAAGACACTAGGGTGACGATGGTGAGAATG
GTTGCTGTGGTGGGGTTGTTTTTCTCGGTAGTGGTGGTGCTTACGCTCACGTTAGCTCACACGCACGAAAGGCGTTCGTTAATTATCGGGCTTCTCTGCGTGGTGTTCGGCACCTGCATGTATGCCTCTCCCTTGGCCGTCATGAGATGCGTGATAAAGACCAAAAGTGTGAAGTACATGCCATTTTCCTTGTCTCTGGC
CTCCTTCTCTAATGGAGTCATCTGGACGGCCTATGCATGCATTCATTTTGACATCTATGTCACTATTCCTAATGGGCTAGGAGCCTTGCTGGGCGCCATGCAGTTGATACTGTATGCAATATACTACAAAACAACAATATGGGAAGACGATGAGGTAATGGGCGTAGACAAGATCGAAGATCAAACGGGAAGCGAGATAG
GGAATATCAGCGAGCAGCAGAGAAAAGCTTCTCAGACAGATGTCGAGAAAATTTCTATTGGGCATCTCCATGTCTAAAATTACTTCATAACGAAGGGGAACTAGAGTTTGTTCATAATGAAGGGGAAAGGGATGATTTTGGATTTTCATTTCTTAGCGTTTTCTTTGTTTATATTTACAGTTAGGGTTTTCATGAAAATA
TTTCTAATGGTATATATGATAAGTGTGGTTGTAATTGACTTATGATAAGTGTGGTTGTAATTGACTTGCTTATTTGACATAGAGAAATAGAGAAGTGTAAATAAAATGATTTGTCCGATACAATTTTATAATTTTGATATCAAAGTGTTAACTTTGATATATTTTATAAATTTATCTTTTAAATGTTGTTGTAATTGACT
TGCCTATTTGACATACAGAAATACAG


>TRINITY_DN48162_c0_g1_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:
TGGCACTCTTTCTGTCGCCGGCGTAAGTTTCCGTCATCTTTCTTTTCTCTTTTGTGTTAAATAATGGAATTCTTTTGGATTCAAGCTTCATCCGCTGGGATTTGAATGAATCTTTGAAGTTTCCTTTATCATTTTCAGTTTACGCCAAACTGCTTAATTACAAGATCTCGTCCGGTTGGATGACTTAATTTCAATGAATT
ATTATCGGATTCGAAATATTGCAAGTTCTTCTGGTCGGATTGAATGCAATATTTGTGGATTCAAGCTTTGTCCGCTTGGATTTGAAGGAACTTTGAAGTTTCCGTCGAAATATTCGAAGTTCTTCTGgtcggattgaatgcaatatttgtggattcaagctttgtcagcttggatttgaagGCAGACGTTTTACAAGGTG
TGGCAATGGAAGTCAACCCGCATGTTCTCAGGCATCCCGTACGTCGCAACGCTGCTCAACTGCCTGCTTTGGGTGTTCTACGGCATTCCCATCGTTCATCCGAACAGTATTCTGGTGGCCACAATTAACGGAACTGGAGTCGTTTTGGAGCTCATTTACATCACGATGTTCATCATTTACTGCAGCAAAGACACTAGGGT




Intron 8 GTAAGTTTCC ... GGATTTGAAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A119.915511.8137
A215.5164310.3118
A317.368197.4172
A417.675361.1115
A515.843723.370
A615.1356433.91006
A715.6240612.1752
A816.3429390574
A916.4443962.9865
A1015.3532815.1595



>TRINITY_DN44962_c0_g2_i5 from sample A6 / Example spliced isoform
CACTTTTGCTGCTGGCACGCCGATCATGTGACGGATAAAATCGGAGTGGAGAACGCTTCAAATGGGTTGAGACTCGAGGTGGCGACGATGAAATAAATTCAGTTCTGACAGTTTAACGACCACCAAACCCAACTCCATTACTAAGTAGCTCCAACCAGGGTCGACTGGCTATAAAGATCCAAATTCCCGCACTCCATTCC
ACCAGTATTTTTCGTCTGTTTCATTCTCAAGTCTCTTGTTTTGTATCCGTCCTTCCGCGTATGTGTTTTTTTCTCTGTGATTCTCCGGCATCTTCGTTTGTGCTTCCAAAGGTCCGCAAATTTCGTAGCAATGGCGATGGCAGATACACTTCGTACCGTCTTCGGTATCATTGGTAACGTTATTTCGCTGGCACTCTTTC
TGTCGCCGGCGCAGACGTTTTACAAGGTGTGGCAATGGAAGTCAACCCGCATGTTCTCAGGCATCCCGTACGTCGCAACGCTGCTCAACTGCCTGCTTTGGGTGTTCTACGGCATTCCCATCGTTCATCCGAACAGTATTCTGGTGGCCACAATTAACGGAACTGGAGTCGTTTTGGAGCTCATTTACATCACGATGTTC
ATCATTTACTGCAGCAAAGACACTAGGGTGACGATGGTGAGAATGGTTGCTGTGGTGGGGTTGTTTTTCTCGGTAGTGGTGGTGCTTACGCTCACGTTAGCTCACACGCACGAAAGGCGTTCGTTAATTATCGGGCTTCTCTGCGTGGTGTTCGGCACCTGCATGTATGCCTCTCCCTTGGCCGTCATGGTAAATATTTT
CAGTCTCTGTCATCTGTGCTAGGCCGAGATTAAAGATCGATTGTGTTGGTCACCTGTACCAAGCTGCTGCTGTCCATTTAAAGTCCCCGTTTCTGCACTAAACACTTGCAGTCTGCCATTTTCATTCTTTTCTGTCAAGCTTGTCTCACTTCTCTTCTCTCTCACAACTTTATGTGCAATTCTAGATCCACTGTGAAAAC
TTCAATATCTTTTGAAATTTATTTTTCGTTTCTAGTAAAACTTGAGTTCTCGGTTCGAATCCTGCCGAGTGGTTTGTATTAGTATTTTTTCAAAATTAATTCACAAATTTCACCCTGGCCGAGATTAAAGATCGATCGGGTTGGTCACCTAGACCAAGCTGCTGCTGTCCATTTAAAGACACCTTTTCTGCACCAAACAC
TTGCAGTCTACCATTTTCATTTTTTTTCTGTCAAGCTTGTTTCACTTCTCTTGTCTCTCACAACTTTATGTGAAATTTTCGACATTATGAAAACTTCTAGCTATATCCACTGTCAAAACTTCAGTGTCTTTTGAAATTTATTTTCCGCTTGTAGTAGAACTTGAGTTCTCGGTTCGAATCCTGCTGTGCGGAGTGGTTTG
TATTACTATTTTTTCAAAATTAATTCACAAATTTTACCCACAGTTCGGTGGCAGATTTCTATGGGTCATGCTTTTGGTACAGACCGATTATTACACGGAATTTAGTTAAAACTAACCGCGAGGACAGTTTGAATTGGTTGATTTATGGCTGTTTTTGCGGCAGAGATGCGTGATAAAGACCAAAAGTGTGAAGTACATGC
CATTTTCCTTGTCTCTGGCCTCCTTCTCTAATGGAGTCATCTGGACGGCCTATGCATGCATTCATTTTGACATCTATGTCACTATTCCTAATGGGCTAGGAGCCTTGCTGGGCGCCATGCAGTTGATACTGTATGCAATATACTACAAAACAACAATATGGGAAGACGATGAGGTAATGGGCGTAGACAAGATCGAAGAT
CAAACGGGAAGCGAGATAGGGAATATCAGCGAGCAGCAGAGAAAAGCTTCTCAGACAGATGTCGAGAAAATTTCTATTGGGCATCTCCATGTCTAAAATTACTTCATAACGAAGGGGAACTAGAGTTTGTTCATAATGAAGGGGAAAGGGATGATTTTGGATTTTCATTTCTTAGCGTTTTCTTTGTTTATATTTACAGT
TAGGGTTTTCATGAAAATATTTCTAATATATGATAAGTGTGGTTGTAATTGACTTATGATAAGTGTGGTTGTAATTGACTTGCTTATTTGACATAGAGAAATAGAGAAGTGTAAATAAAATGATTTGTCCGATACAATTTTATAATTTTGATATCAAAGTGTTAACTTTGATATATTTTATAAATTTATCTTTTAAATGT
TGTTGTAATTGACTTGCCTATTTGAC


>TRINITY_DN44962_c0_g2_i8 from sample A6 / Example unspliced isoform:
ACCGTCTTCGGTATCATTGGTAATTATAATATGAGAATAACGCTGCTTGATATGCATTTCAGTTATTTAGTTATACCGCCGAAGGTTGTGTTTTAAAAATTGCTGTTCTCTGTAAATTTCATTTCTTTAATGTTTCTTTAGAGATTTCTGTTGAAAACGCTACAAAATGAATAACATATTGGAAAGCGAAAACAATATTT
CTGTCAAGAATTCTGCGGTTTCTGTTCGCTGCGTCCAAGCTGATGGAAGAGCGAATGACGATACCTTATTGGAAAGCGAAAACAAGATTTCTGTCAAGAATTCTGCTATTTCTGTTCGCTGCGTCCAAGCTGATGGAACAGCGCCGAATGGCGATAACATTTTGGAAAGCGAAAATAAGATTTCTGTCAAGAATGGAAGA
TGGAAGAGCGAATGGCGATTTGCGAATCTTGTTTTCGCTTTCCAAGTACTGTTCTGCGATGCGCGTGCTTAAAGTTCTCAATGTTTTTCCGTCAACCGCCGCATAGCTATGGAGGATGTGTAGTAATGAATAGCCTTGTAAAATGCTTTGAATTTTATTTTTGTTAAAGTATTTAACAATCCCCGTCTCTTGCAGGTAAC
GTTATTTCGCTGGCACTCTTTCTGTCGCCGGCgtaagtttccgtcatctttcttttctcttttgtgttaaataatggaattcttttggattcaagcttcatccgctgggatttgaatgaatctttgaagtttcctttatcattttcagtttacgccaaactgcttaattacaagttctcgtccggttggatgacttaatt
tcaatgaattattattggattcgaaatattgcaagttcttctggtcggattgaatgcaatatttgtggattcaagctttgtccgcttggatttgaaggaactttgaagtttccgtcgaaatattcgaagttcttctggttggattgaatgcaatatttgtggattcaagctttgtcagcttggatttgaag
GCAGACGTT
TTACAAGGTGTGGCAATGGAAGTCAACCCGCATGTTCTCAGGCATCCCGTACGTCGCAACGCTGCTCAACTGCCTGCTTTGGGTGTTCTACGGCATTCCCATCGTTCATCCGAACAGTATTCTGGTGGCCACAATTAACGGAACTGGAGTCGTTTTGGAGCTCATTTACATCACGATGTTCATCATTTACTGCAGCAAAG
ACACTAGGGTGACGATGGTGAGAATGGTTGCTGTGGTGGGGTTGTTTTTCTCGGTAGTGGTGGTGCTTACGCTCACGTTAGCTCACACGCACGAAAGGCGTTCGTTAATTATCGGGCTTCTCTGCGTGGTGTTCGGCACCTGCATGTATGCCTCTCCCTTGGCCGTCATG




Intron 9 GTAAATATTT ... TTTGCGGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A125.57786379161
A226.46731392134
A325.48766369154.8
A424.61697294161
A524.39402177.382
A624.6263202952.31175.7
A724.8246992298804.7
A824.2648082154.2925.7
A924.6649622345.2904
A1024.7136091790.1579



>TRINITY_DN113916_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform
AGTGGAGAACGCTTCAAATGGGTTGAGACTCGAGGTGGCGACGATGAAATAAATTCAGTTCTGACAGTTTAACGACCACCAAACCCAACTCCATTACTAAGTAGCTCCAACCAGGGTCGACTGGCTATAAAGATCCAAATTCCCGCACTCCATTCCACCAGTATTTTTCGTCTGTTTCATTCTCAAGTCTCTTGTTTTGT
ATCCGTCCTTCCGCGTATGTGTTTTTTTCTCTGTGATTCTCCGGCATCTTCGTTTGTGCTTCCAAAGGTCCGCAAATTTCGTAGCAATGGCGATGGCAGATACACTTCGTACCGTCTTCGGTATCATTGGTAACGTTATTTCGCTGGCACTCTTTCTGTCGCCGGCGCAGACGTTTTACAAGGTGTGGCAATGGAAGTCA
ACCCGCATGTTCTCAGGCATCCCGTACGTCGCAACGCTGCTCAACTGCCTGCTTTGGGTGTTCTACGGCATTCCCATCGTTCATCCGAACAGTATTCTGGTGGCCACAATTAACGGAACTGGAGTCGTTTTGGAGCTCATTTACATCACGATGTTCATCATTTACTGCAGCAAAGACACTAGGGTGACGATGGTGAGAAT
GGTTGCTGTGGTGGGGTTGTTTTTCTCGGTAGTGGTGGTGCTTACGCTCACGTTAGCTCACACGCACGAAAGGCGTTCGTTAATTATCGGGCTTCTCTGCGTGGTGTTCGGCACCTGCATGTATGCCTCTCCCTTGGCCGTCATGAGATGCGTGATAAAGACCAAAAGTGTGAAGTACATGCCATTTTCCTTGTCTCTGG
CCTCCTTCTCTAATGGAGTCATCTGGACGGCCTATGCATGCATTCATTTTGACATCTATGTCACTATTCCTAATGGGCTAGGAGCCTTGCTGGGCGCCATGCAGTTGATACTGTATGCAATATACTACAAAACAACAATATGGGAAGACGATGAGGTAATGGGCGTAGACAAGATCGAAGATCAAACGGGAAGCGAGATA
GGGAATATCAGCGAGCAGCAGAGAAAAGCTTCTCAGACAGATGTCGAGAAAATTTCTATTGGGCATCTCCATGTCTAAAATTACTTCATAACGAAGGGGAACTAGAGTTTGTTCATAATGAAGGGGAAAGGGATGATTTTGGATTTTCATTTCTTAGCGTTTTCTTTGTTTATATTTACAGTTAGGGTTTTCATGAAAAT
ATTTCTAATATATGATAAGTGTGGTTGTAATTGACTTATGATAAGTGTGGTTGTAATTGACTTGCTTATTTGACATAGAGAAATAGAGAAGTGTAAATAAAATGATTTGTCCGAAAAAAA


>TRINITY_DN113916_c0_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:
AGTGGAGAACGCTTCAAATGGGTTGAGACTCGAGGTGGCGACGATGAAATAAATTCAGTTCTGACAGTTTAACGACCACCAAACCCAACTCCATTACTAAGTAGCTCCAACCAGGGTCGACTGGCTATAAAGATCCAAATTCCCGCACTCCATTCCACCAGTATTTTTCGTCTGTTTCATTCTCAAGTCTCTTGTTTTGT
ATCCGTCCTTCCGCGTATGTGTTTTTTTCTCTGTGATTCTCCGGCATCTTCGTTTGTGCTTCCAAAGGTCCGCAAATTTCGTAGCAATGGCGATGGCAGATACACTTCGTACCGTCTTCGGTATCATTGGTAACGTTATTTCGCTGGCACTCTTTCTGTCGCCGGCGCAGACGTTTTACAAGGTGTGGCAATGGAAGTCA
ACCCGCATGTTCTCAGGCATCCCGTACGTCGCAACGCTGCTCAACTGCCTGCTTTGGGTGTTCTACGGCATTCCCATCGTTCATCCGAACAGTATTCTGGTGGCCACAATTAACGGAACTGGAGTCGTTTTGGAGCTCATTTACATCACGATGTTCATCATTTACTGCAGCAAAGACACTAGGGTGACGATGGTGAGAAT
GGTTGCTGTGGTGGGGTTGTTTTTCTCGGTAGTGGTGGTGCTTACGCTCACGTTAGCTCACACGCACGAAAGGCGTTCGTTAATTATCGGGCTTCTCTGCGTGGTGTTCGGCACCTGCATGTATGCCTCTCCCTTGGCCGTCATGgtaaatattttcagtctctgtcatctgtgctaggccgagattaaagatcgattgt
gttggtcacctgtaccaagctgctgctgtccatttaaagtccccgtttctgcactaaacacttgcagtctgccattttcattcttttctgtcaagcttgtctcacttctcttctctctcacaactttatgtgcaattctagatccactgtgaaaacttcaatatcttttgaaatttatttttcgtttctagtaaaacttg
agttctcggttcgaatcctgccgagtggtttgtattagtattttttcaaaattaattcacaaatttcaccctggccgagattaaagatcgatcgggttggtcacctagaccaagctgctgctgtccatttaaagacaccttttctgcaccaaacacttgcagtctaccattttcattttttttctgtcaagcttgtttca
cttctcttgtctctcacaactttatgtgaaattttcgacattatgaaaacttctagctatatccactgtcaaaacttcagtgtcttttgaaatttattttccgcttgtagtagaacttgagttctcggttcgaatcctgctgtgcggagtggtttgtattactattttttcaaaattaattcacaaattttacccacagt
tcggtggcagatttctatgggtcatgcttttggtacagaccgattattacacggaatttagttaaaactaaccgcgaggacagtttgaattggttgatttatggctgtttttgcggcag
AGATGCGTGATAAAGACCAAAAGTGTGAAGTACATGCCATTTTCCTTGTCTCTGGCCTCCTTCTCTAATGGAGTCATCTGG
ACGGCCTATGCATGCATTCATTTTGACATCTATGTCACTATTCCTAATGGGCTAGGAGCCTTGCTGGGCGCCATGCAGTTGATACTGTATGCAATATACTACAAAACAACAATATGGGAAGACGATGAGGTAATGGGCGTAGACAAGATCGAAGATCAAACGGGAAGCGAGATAGGGAATATCAGCGAGCAGCAGAGAAA
AGCTTCTCAGACAGATGTCGAGAAAATTTCTATTGGGCATCTCCATGTCTAAAATTACTTCATAACGAAGGGGAACTAGAGTTTGTTCATAATGAAGGGGAAAGGGATGATTTTGGATTTTCATTTCTTAGCGTTTTCTTTGTTTATATTTACAGTTAGGGTTTTCATGAAAATATTTCTAATGGTATATATGATAAGTG
TGGTTGTAATTGACTTATGATAAGTGTGGTTGTAATTGACTTGCTTATTTGACATAGAGAAATAGAGAAGTGTAAATAAAATGATTTGTCCGAAAAAAA




Intron 10 GTAATTATCT ... AATTGTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN108275_c0_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoform
AAAATCGGAGTGGAGAACGCTTCAAATGGGTTGAGACTCGAGGTGGCGACGATGAAATAAATTCAGTTCTGACAGTTTAACGACCACCAAACCCAACTCCATTACTAAGTAGCTCCAACCAGGGTCGACTGGCTATAAAGATCCAAATTCCCGCACTCCATTCCACCAGTATTTTTCGTCTGTTTCATTCTCAAGTCTCT
TGTTTTGTATCCGTCCTTCCGCGTATGTGTTTTTTTCTCTGTGATTCTCCGGCATCTTCGTTTGTGCTTCCAAAGGTCCGCAAATTTCGTAGCAATGGCGATGGCAGATACACTTCGTACCGTCTTCGGTATCATTGGTAATTATAATATGAGAATAACGCTGCTCGATATGCATTTCAGTTATTTAGTTATACCGCCGA
AGGTTGTGTTTTAAAAATTGCTGTTCTCTGTAAATTTCATTTCTTTAATGTTTCTTTAGAGATTTCTGTTGAAAACGCTACAAAATGAATAACATATTGGAAAGCGAAAACAATATTTCTGTCAAGAATTCTGCGGTTTCTGTTCGCTGCGTCCAAGCTGATGGAAGAGCGAATGACGATACCTTATTGGAAAGCGAAAA
CAAGATTTCTGTCAAGAATTCTGCTATTTCTGTTCGCTGCGTCCAAGCTGATGGAACAGCGCCGAATGGCGATAACATTTTGGAAAGCGAAAATAAGATTTCTGTCAAGAATGGAAGATGGAAGAGCGAATGGCGATTTGCGAATCTTGTTTTCGCTTTCCAAGTACTGTTCTGCGATGCGCGTGCTTAAAGTTCTCAAT
GTTTTTCCGTCAACCGCCGCATAGCTATGGAGGATGTGTAGTAATGAATAGCCTTGTAAAATGCTTTGAATTTTATTTTTGTTAAAGTATTTAACAATCCCCGTCTCTTGCAGGTAACGTTATTTCGCTGGCACTCTTTCTGTCGCCGGCGTAAGTTTCCGTCATCTTTCTTTTCTCTTTTGTGTTAAATAATGGAATTC
TTTTGGATTCAAGCTTCATCCGCTGGGATTTGAATGAATCTTTGAAGTTTCCTTTATCATTTTCAGTTTACGCCAAACTGCTTAATTACAAGATCTCGTCCGGTTGGATGACTTAATTTCAATGAATTATTATCGGATTCGAAATATTGCAAGTTCTTCTGGTCGGATTGAAAAAATCGGAGTGGAGAACGCTTCAAATG
GGTTGAGACTCGAGGTGGCGACGATGAAATAAATTCAGTTCTGACAGTTTAACGACCACCAAACCCAACTCCATTACTAAGTAGCTCCAACCAGGGTCGACTGGCTATAAAGATCCAAATTCCCGCACTCCATTCCACCAGTATTTTTCGTCTGTTTCATTCTCAAGTCTCTTGTTTTGTATCCGTCCTTCCGCGTATGT
GTTTTTTTCTCTGTGATTCTCCGGCATCTTCGTTTGTGCTTCCAAAGGTCCGCAAATTTCGTAGCAATGGCGATGGCAGATACACTTCGTACCGTCTTCGGTATCATTGGTAACGTTATTTCGCTGGCACTCTTTCTGTCGCCGGCGCAGACGTTTTACAAGGTGTGGCAATGGAAGTCAACCCGCATGTTCTCAGGCAT
CCCGTACGTCGCAACGCTGCTCAACTGCCTGCTTTGGGTGTTCTACGGCATTCCCATCGTTCATCCGAACAGTATTCTGGTGGCCACAATTAACGGAACTGGAGTCGTTTTGGAGCTCATTTACATCACGATGTTCATCATTTACTGCAGCAAAGACACTAGGGTGACGATGGTGAGAATGGTTGCTGTGGTGGGGTTGT
TTTTCTCGGTAGTGGTGGTGCTTACGCTCACGTTAGCTCACACGCACGAAAGGCGTTCGTTAATTATCGGGCTTCTCTGCGTGGTGTTCGGCACCTGCATGTATGCCTCTCCCTTGGCCGTCATGAGATGCGTGATAAAGACCAAAAGTGTGAAGTACATGCCATTTTCCTTGTCTCTGGCCTCCTTCTCTAATGGAGTC
ATCTGGACGGCCTATGCATGCATTCATTTTGACATCTATGTCACTATTCCTAATGGGCTAGGAGCCTTGCTGGGCGCCATGCAGTTGATACTGTATGCAATATACTACAAAACAACAATATGGGAAGACGATGAGGTAATGGGCGTAGACAAGATCGAAGATCAAACGGGAAGCGAGATAGGGAATATCAGCGAGCAGCA
GAGAAAAGCTTCTCAGACAGATGTCGAGAAAATTTCTATTGGGCATCTCCATGTCTAAAATTACTTCATAACGAAGGGGAACTAGAGTTTGTTCATAATGAAGGGGAAAGGGATGATTTTGGATTTTCATTTCTTAGCGTTTTCTTTGTTTATATTTACAGTTAGGGTTTTCATGAAAATATTTCTAATGGTATATATGA
TAAGTGTGGTTGTAATTGACTTATGATAAGTGTGGTTGTAATTGACTTGCTTATTTGACATAGAGAAATAGAGAAGTGTAAATAAAATGATTTGTCCGATACAATTTTATAATTTTGATATCAAAGTGTTAACTTTGATATATTTTATAAATTTATCTTTTAA


>TRINITY_DN108275_c0_g1_i9 from sample A2 / Example unspliced isoform:
AAAATCGGAGTGGAGAACGCTTCAAATGGGTTGAGACTCGAGGTGGCGACGATGAAATAAATTCAGTTCTGACAGTTTAACGACCACCAAACCCAACTCCATTACTAAGTAGCTCCAACCAGGGTCGACTGGCTATAAAGATCCAAATTCCCGCACTCCATTCCACCAGTATTTTTCGTCTGTTTCATTCTCAAGTCTCT
TGTTTTGTATCCGTCCTTCCGCGTATGTGTTTTTTTCTCTGTGATTCTCCGGCATCTTCGTTTGTGCTTCCAAAGGTCCGCAAATTTCGTAGCAATGGCGATGGCAGATACACTTCGTACCGTCTTCGGTATCATTGGTAATTATAATATGAGAATAACGCTGCTCGATATGCATTTCAGTTATTTAGTTATACCGCCGA
AGGTTGTGTTTTAAAAATTGCTGTTCTCTGTAAATTTCATTTCTTTAATGTTTCTTTAGAGATTTCTGTTGAAAACGCTACAAAATGAATAACATATTGGAAAGCGAAAACAATATTTCTGTCAAGAATTCTGCGGTTTCTGTTCGCTGCGTCCAAGCTGATGGAAGAGCGAATGACGATACCTTATTGGAAAGCGAAAA
CAAGATTTCTGTCAAGAATTCTGCTATTTCTGTTCGCTGCGTCCAAGCTGATGGAACAGCGCCGAATGGCGATAACATTTTGGAAAGCGAAAATAAGATTTCTGTCAAGAATGGAAGATGGAAGAGCGAATGGCGATTTGCGAATCTTGTTTTCGCTTTCCAAGTACTGTTCTGCGATGCGCGTGCTTAAAGTTCTCAAT
GTTTTTCCGTCAACCGCCGCATAGCTATGGAGGATGTGTAGTAATGAATAGCCTTGTAAAATGCTTTGAATTTTATTTTTGTTAAAGTATTTAACAATCCCCGTCTCTTGCAGGTAACGTTATTTCGCTGGCACTCTTTCTGTCGCCGGCGTAAGTTTCCGTCATCTTTCTTTTCTCTTTTGTGTTAAATAATGGAATTC
TTTTGGATTCAAGCTTCATCCGCTGGGATTTGAATGAATCTTTGAAGTTTCCTTTATCATTTTCAGTTTACGCCAAACTGCTTAATTACAAGATCTCGTCCGGTTGGATGACTTAATTTCAATGAATTATTATCGGATTCGAAATATTGCAAGTTCTTCTGGTCGGATTGAATGCAATATTTGTGGATTCAAGCTTTGTC
AGCTTGGATTTGAAGGAATTTTAAAGTTTCCGTCGCCATTTGTTCTTTTCGCTTAAATGCTTGAATACAAGCTTTTCGAACTGAATGTTTGAAATTTCCGTCATCGTTTTATTTTTCATATAAATTTCGTTGAATTATGCTTGGATTCGAAAGATTCGAGTTCTTCTGTTTGGATTGACGGAATCTTTGAATTTTCTTGT
TTTACAGGCAGACGTTTTACAAGGTGTGGCAATGGAAGTCAACCCGCATGTTCTCAGGCATCCCGTACGTCGCAACGCTGCTCAACTGCCTGCTTTGGGTGTTCTACGGCATTCCCATCGTTCATCCGAACAGTATTCTGGTGGCCACAATTAACGGAACTGGAGTCGTTTTGGAGCTCATTTACATCACGATGTTCATC
ATTTACTGCAGCAAAGACACTAGGGTAAGCACGCCTGTGTAATTCCAGCAGGATTTTAGACGGGAGATTGTGCGAATATCTTCTTGACGGGAATTCTGATAAATCTGACAATTGATCTCTGTTTACTGCAGGTGACGATGGTGAGAATGGTTGCTGTGGTGGGGTTGTTTTTCTCGGTAGTGGTGGTGCTTACGCTCACG
TTAGCTCACACGCACGAAAGGCGTTCGTTAATTATCGGGCTTCTCTGCGTGGTGTTCGGCACCTGCATGTATGCCTCTCCCTTGGCCGTCATGGTAAATATTTTCAGTCTCTGTCATCTGTGCTAGGCCGAGATTAAAGATCGATTGTGTTGGTCACCTGTACCAAGCTGCTGCTGTCCATTTAAAGTCCCCGTTTCTGC
ACTAAACACTTGCAGTCTGCCATTTTCATTCTTTTCTGTCAAGCTTGTCTCACTTCTCTTCTCTCTCACAACTTTATGTGCAATTCTAGATCCACTGTGAAAACTTCAATATCTTTTGAAATTTATTTTTCGTTTCTAGTAAAACTTGAGTTCTCGGTTCGAATCCTGCCGAGTGGTTTGTATTAGTATTTTTTCAAAAT
TAATTCACAAATTTCACCCTGGCCGAGATTAAAGATCGATCGGGTTGGTCACCTAGACCAAGCTGCTGCTGTCCATTTAAAGACACCTTTTCTGCACCAAACACTTGCAGTCTACCATTTTCATTTTTTTTCTGTCAAGCTTGTTTCACTTCTCTTGTCTCTCACAACTTTATGTGAAATTTTCGACATTATGAAAACTT
CTAGCTATATCCACTGTCAAAACTTCAGTGTCTTTTGAAATTTATTTTCCGCTTGTAGTAGAACTTGAGTTCTCGGTTCGAATCCTGCTGTGCGGAGTGGTTTGTATTACTATTTTTTCAAAATTAATTCACAAATTTTACCCACAGTTCGGTGGCAGATTTCTATGGGTCATGCTTTTGGTACAGACCGATTATTACAC
GGAATTTAGTTAAAACTAACCGCGAGGACAGTTTGAATTGGTTGATTTATGGCTGTTTTTGCGGCAGAGATGCGTGATAAAGACCAAAAGTGTGAAGTACATGCCATTTTCCTTGTCTCTGGCCTCCTTCTCTAATGGAGTCATCTGGACGGCCTATGCATGCATTCATTTTGACATCTATGTCACTgtaattatctcta
accttgacttcctatattgttttgtcaagttgatccagatgaagttaagctgtataaccttatgttaagtttaaattgtgcag
ATTCCTAATGGGCTAGGAGCCTTGCTGGGCGCCATGCAGTTGATACTGTATGCAATATACTACAAAACAACAATATGGGAAGACGATGAGGTAATGGGCGTAGACAAGATCGAAGAT
CAAACGGGAAGCGAGATAGGGAATATCAGCGAGCAGCAGAGAAAAGCTTCTCAGACAGATGTCGAGAAAATTTCTATTGGGCATCTCCATGTCTAAAATTACTTCATAACGAAGGGGAACTAGAGTTTGTTCATAATGAAGGGGAAAGGGATGATTTTGGATTTTCATTTCTTAGCGTTTTCTTTGTTTATATTTACAGT
TAGGGTTTTCATGAAAATATTTCTAATGGTATATATGATAAGTGTGGTTGTAATTGACTTATGATAAGTGTGGTTGTAATTGACTTGCTTATTTGACATAGAGAAATAGAGAAGTGTAAATAAAATGATTTGTCCGATACAATTTTATAATTTTGATATCAAAGTGTTAACTTTGATATATTTTATAAATTTATCTTTTA
A




Intron 11 GTAAGTTTCC ... TGTTTTACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A120.59538.11.7137
A215.946279.7116
A318.1800.77174
A417.19522.71106
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A1015.843202.95590



>TRINITY_DN113916_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform
AGTGGAGAACGCTTCAAATGGGTTGAGACTCGAGGTGGCGACGATGAAATAAATTCAGTTCTGACAGTTTAACGACCACCAAACCCAACTCCATTACTAAGTAGCTCCAACCAGGGTCGACTGGCTATAAAGATCCAAATTCCCGCACTCCATTCCACCAGTATTTTTCGTCTGTTTCATTCTCAAGTCTCTTGTTTTGT
ATCCGTCCTTCCGCGTATGTGTTTTTTTCTCTGTGATTCTCCGGCATCTTCGTTTGTGCTTCCAAAGGTCCGCAAATTTCGTAGCAATGGCGATGGCAGATACACTTCGTACCGTCTTCGGTATCATTGGTAACGTTATTTCGCTGGCACTCTTTCTGTCGCCGGCGCAGACGTTTTACAAGGTGTGGCAATGGAAGTCA
ACCCGCATGTTCTCAGGCATCCCGTACGTCGCAACGCTGCTCAACTGCCTGCTTTGGGTGTTCTACGGCATTCCCATCGTTCATCCGAACAGTATTCTGGTGGCCACAATTAACGGAACTGGAGTCGTTTTGGAGCTCATTTACATCACGATGTTCATCATTTACTGCAGCAAAGACACTAGGGTGACGATGGTGAGAAT
GGTTGCTGTGGTGGGGTTGTTTTTCTCGGTAGTGGTGGTGCTTACGCTCACGTTAGCTCACACGCACGAAAGGCGTTCGTTAATTATCGGGCTTCTCTGCGTGGTGTTCGGCACCTGCATGTATGCCTCTCCCTTGGCCGTCATGGTAAATATTTTCAGTCTCTGTCATCTGTGCTAGGCCGAGATTAAAGATCGATTGT
GTTGGTCACCTGTACCAAGCTGCTGCTGTCCATTTAAAGTCCCCGTTTCTGCACTAAACACTTGCAGTCTGCCATTTTCATTCTTTTCTGTCAAGCTTGTCTCACTTCTCTTCTCTCTCACAACTTTATGTGCAATTCTAGATCCACTGTGAAAACTTCAATATCTTTTGAAATTTATTTTTCGTTTCTAGTAAAACTTG
AGTTCTCGGTTCGAATCCTGCCGAGTGGTTTGTATTAGTATTTTTTCAAAATTAATTCACAAATTTCACCCTGGCCGAGATTAAAGATCGATCGGGTTGGTCACCTAGACCAAGCTGCTGCTGTCCATTTAAAGACACCTTTTCTGCACCAAACACTTGCAGTCTACCATTTTCATTTTTTTTCTGTCAAGCTTGTTTCA
CTTCTCTTGTCTCTCACAACTTTATGTGAAATTTTCGACATTATGAAAACTTCTAGCTATATCCACTGTCAAAACTTCAGTGTCTTTTGAAATTTATTTTCCGCTTGTAGTAGAACTTGAGTTCTCGGTTCGAATCCTGCTGTGCGGAGTGGTTTGTATTACTATTTTTTCAAAATTAATTCACAAATTTTACCCACAGT
TCGGTGGCAGATTTCTATGGGTCATGCTTTTGGTACAGACCGATTATTACACGGAATTTAGTTAAAACTAACCGCGAGGACAGTTTGAATTGGTTGATTTATGGCTGTTTTTGCGGCAGAGATGCGTGATAAAGACCAAAAGTGTGAAGTACATGCCATTTTCCTTGTCTCTGGCCTCCTTCTCTAATGGAGTCATCTGG
ACGGCCTATGCATGCATTCATTTTGACATCTATGTCACTATTCCTAATGGGCTAGGAGCCTTGCTGGGCGCCATGCAGTTGATACTGTATGCAATATACTACAAAACAACAATATGGGAAGACGATGAGGTAATGGGCGTAGACAAGATCGAAGATCAAACGGGAAGCGAGATAGGGAATATCAGCGAGCAGCAGAGAAA
AGCTTCTCAGACAGATGTCGAGAAAATTTCTATTGGGCATCTCCATGTCTAAAATTACTTCATAACGAAGGGGAACTAGAGTTTGTTCATAATGAAGGGGAAAGGGATGATTTTGGATTTTCATTTCTTAGCGTTTTCTTTGTTTATATTTACAGTTAGGGTTTTCATGAAAATATTTCTAATGGTATATATGATAAGTG
TGGTTGTAATTGACTTATGATAAGTGTGGTTGTAATTGACTTGCTTATTTGACATAGAGAAATAGAGAAGTGTAAATAAAATGATTTGTCCGAAAAAAA


>TRINITY_DN113916_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:
TGGCACTCTTTCTGTCGCCGGCgtaagtttccgtcatctttcttttctcttttgtgttaaataatggaattcttttggattcaagcttcatccgctgggatttgaatgaatctttgaagtttcctttatcattttcagtttacgccaaactgcttaattacaagatctcgtccggttggatgacttaatttcaatgaatt
attatcggattcgaaatattgcaagttcttctggtcggattgaatgcaatatttgtggattcaagctttgtccgcttggatttgaaggaactttgaagtttccgtcgaaatattcgaagttcttctggttggattgaatgcaatatttgtggattcaagctttgtcagcttggatttgaaggaattttaaagtttccgtc
gccatttgttcttttcgcttaaatgcttgaatacaagcttttcgaactgaatgtttgaaatttccgtcatcgttttatttttcatataaatttcgttgaattatgcttggattcgaaagattcgaggttcttctgtttggattgacggaatctttgaattttcttgttttacag
GCAGACGTTTTACAAGGTGTGGCAAT
GGAAGTCAACCCGCATGTTCTCAGGCATCCCGTACGTCGCAACGCTGCTCAACTGCCTGCTTTGGGTGTTCTACGGCATTCCCATCGTTCATCCGAACAGTATTCTGGTGGCCACAATTAACGGAACTGGAGTCGTTTTGGAGCTCATTTACATCACGATGTTCATCATTTACTGCAGCAAAGACACTAGGGTGACGATG
GTGAGAATGGTTGCTGTGGTGGGGTTGTTTTTCTCGGTAGTGGTGGTGCTTACGCTCACGTTAGCTCACACGCACGAAAGGCGTTCGTTAATTATCGGGCTTCTCTGCGTGGTGTTCGGCACCTGCATGTATGCCTCTCCCTTGGCCGTCATGAGATGCGTGATAAAGACCAAAAGTGTGAAGTACATGCCATTTTCCTT
GTCTCTGGCCTCCTTCTCTAATGGAGTCATCTGGACGGCCTATGCATGCATTCATTTTGACATCTATGTCACTATTCCTAATGGGCTAGGAGCCTTGCTGGGCGCCATGCAGTTGATACTGTATGCAATATACTACAAAACAACAATATGGGAAGACGATGAGGTAATGGGCGTAGACAAGATCGAAGATCAAACGGGAA
GCGAGATAGGGAATATCAGCGAGCAGCAGAGAAAAGCTTCTCAGACAGATGTCGAGAAAATTTCTATTGGGCATCTCCATGTCTAAAATTACTTCATAACGAAGGGGAACTAGAGTTTGTTCATAATGAAGGGGAAAGGGATGATTTTGGATTTTCATTTCTTAGCGTTTTCTTTGTTTATATTTACAGTTAGGGTTTTC
ATGAAAATATTTCTAATGGTATATATGATAAGTGTGGTTGTAATTGACTTATGATAAGTGTGGTTGTAATTGACTTGCTTATTTGACATAGAGAAATAGAGAAGTGTAAATAAAATGATTTGTCCGAAAAAAA