sp|Q9LFV5|FK111_ARATH ----> F-box/kelch-repeat protein At5g15710

Intron 1 GTAATTTTTC ... TGAACTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	37.5	60	28	43
A2	29.62	69.5	27	31
A3	36.7	63.5	36	37
A4	26.81	56	15	26
A5	39.36	31	13	27
A6	32.41	189	69	111
A7	37.02	148	78	94
A8	25.58	70	24	24
A9	27.49	141.5	57	50
A10	33.03	159	77	79

>TRINITY_DN108867_c0_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoform

GGCCTAGATATAATGCTGGTTTTTTAATTCTCAATCATTGTACGATTGCGTTTACAATAAAGCTCTTCTCCTCCTTTAAAACCATTTTTTACAACATTTCGACTTGATTCGTTCTTATCAATAATCCGTTCACAATCGTGTTTTTTTCCCAATCCGTTCACAATCATGCTTTTTTTTAATAAAAAAACCCTGAAATCTGA
TATACTTCGATAAATATTTTAATGGGCGAAACCCAATCTCCTCGTACACATGCTCATCCGTCTGAATTGACCAGAGCAATTGGGTTTCTCCCAAAATGCTCTTTGGTGCAATTAATCCATGGTTCCCTTTGAAATTAAGACGGTTGAAATCCGCACAACTTTTGAATGCTCAAATGCAGTTTTATTGGTACAATCCAGTC
TCTAGGCCCAAATTCCACATTTAGAAGTGGCCAAGTATTTTTCTGGGAGCCTAGATCCTGCAGGCCGGCTTCTTCACATTTTTTGATTCCCAACTAGATTTTTCTGGGGACGTAATGGATGAATTGGAGGCTGATCCTGCTGAAGAAATGAGTGAAAACACCAAGGGGAATGCTGAAGCCAATAGATCGGCCATTGCTGT
GAAGGAGCAGAGCGAAATACAGGGACTGCAGGCAGCTGATATTCCATGTCATTTGTGGGAGAATATCTTGGCCAGACTGCCGATTTCGAATCTTTTCAGGATGTTGAGCGTTTGCAGAGCCTGGAATTCGATGGTGCAATCGGATTCTTTTCTGATGGCCTACAAGAGGGTACCCCCACAAGACCTTTTCTTCATTTTGT
TTGCAGAATATGGTAATAGAAATGTTGTTGCTGCCTATAATGCTATAGATGACAAGTGGGTTGTCATTCCCATTTCCTATATGCAATCTTCATGCCGTTGTTCTGTAACTTGTTCAAGGCTTCGTAGGGCTATGGTATCAGGTGGGGGTCTATTGGTAGGAGAGAACAGAAAAGGCTTCCTTGTTGTCTGTAATTTATTC
ACCAAAACCCACAGGACTTTGCCTCCCATGATATCCATGAATTCTCCCTATGTGGTAGCAATGATTGTATATCCAGAGAGTGACAGCGAGTATCAAATTTTGGTTGTCAGTACTGGTGATGGGATTACTTCTCAGGTGTATGATTCTAGGAGCAATTCATGGAAGGTTTGTGGTAATTTTGATGGGAGGTTTGCCCTTGT
AGGAAATGCTGCTCATTTAGATGGCTATTTGTTCTGCCTCACCCATGGTCCTGATCACTTGTTGGCCTTTGATGTTGATGCCGGAACTTGGGATTTGGTTGAGGTTACCATGCCCCCTGTTGTTTGCGCCCATATACTGGAGCACGAGGGGTCCTTGATTCTTGTTGGGGGTATCGAGGAGCTTGGAGTTTTGAAGAAGA
TTTGTATATGGGAACTCGATGGATCTGTCAAGCAATGGCAGAAAGTTTGCAGTATGCCCGATCACCTCTTCAGTAAATTCAGTCATGGTAATCTTAATTGCTTTTTCACTGTTGGTCGCTCGGGAAAGATTTGCTTTTACAGAAACTACTCTTCCGTCATTTTCATGTATGATCTTTTGGAGAAGAGATGGTGGGGACTG
CCTCCTTGTCCGCTTGACAGTCGCTTGTGTAGGCCAAGCTGGTTTGGCCTTGCATTGGAGCCCCGCCTTGACGCGATGGTATAATGCAGGTATCTAAGTTAACCTATTCCTGATAATGCAATATTCCAAATTGCATTCACAATGTGGGCTTTCATACCTTCATTTGTGTCTCTCTGTAATTATGTGATAAAGATAGGGGG
CAGTTAACAGACATACTAACTGTTTTATGGGTTTAATCTCTCTGACAATTTGGGCTACAGGGTATTTTAAACTTTTTGTACATGTCTTGTGAAATGAAGTCTCATTTGTATATAAATTTTTGGATAAGATGAAATGATGGGACCTTTTTATTATTTTCCTGACAACTTTGTTGTTTAATTTGTTTTCCTTCGGTG

>TRINITY_DN108867_c0_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GGCCTAGATATAATGCTGGTTTTTTAATTCTCAATCATTGTACGATTGCGTTTACAATAAAGCTCTTCTCCTCCTTTAAAACCATTTTTTACAACATTTCGACTTGATTCGTTCTTATCAATAATCCGTTCACAATCGTGTTTTTTTCCGAATCGGTTCACAATCATGCTTTTTTTAAATTAAAAAACCATGAAATCTGA
TATCCTTCGATAAATATTTTAATGGGCGAAACCCAATCTCCTCGTACACATGCTCATCCGTCTGAATTGACCAGAGCAATTGGGTTTCTCCCAAAATGCTCTTTGGTGCAATTAATCCATGGTTCCCTTTGAAATTAAGACGGTTGAAATCCGCACAACTTTTGAATGCTCAAgtaatttttctgaccaaatctctctct
ttttatttgaatacccaaacagtgcttctgtcctagtctgaggattttttatagtatatcccccacatttccgtgttttcggggagtattttggagttgaattatagtttcttgaactgctttaaattatggtttcttgaactgcagATGCAGTTTTATTGGCACAATCCAGTCTCTAGGCCCAAATTCCACATTTAGAA
GTGGCCAAGTATTTTTCTGGGAGCCTAGATCTTGCAGGTGCAATTTTATTGGCCTAATTTCCACGTTTACTCAGTCGATATTCCACATTTTGTAATGAACAAGTAGGGTTTGAGGCCTAGATCTTAGTTTGTGTGGCAAAAATACTCACATTCTGGCTTTAAATCCTGGTATGTTATGCCCGCTTCTTCACATTTTTTGA
TTCCCAACTAGATTTTTCTGGGGACGTAATGGATGAATTGGAGGCTGATCCTGCTGAAGAAATGAGTGAAAACACCAAGGGGAATGCTGAAGCCAATAGATCGGCCATTGCTGTGAAGGAGCAGAGCGAAATACAGGGACTGCAGGCAGCTGATATTCCATGTCATTTGTGGGAGAATATCTTGGCCAGACTGCCGATTT
CGAATCTTTTCAGGATGTTGAGCGTTTGCAGAGCCTGGAATTCGATGGTGCAATCGGATTCTTTTCTGATGGCCTACAAGAGGGTACCCCCACAAGACCTTTTCTTCATTTTGTTTGCAGAATATGGTAATAGAAATGTTGTTGCTGCCTATAATGCTATAGATGACAAGTGGGTTGTCATTCCCATTTCCTATATGCAA
TCTTCATGCCGTTGTTCTGTAACTTGTTCAAGGCTTCGTAGGGCTATGGTATCAGGTGGGGGTCTATTGGTAGGAGAGAACAGAAAAGGCTTCCTTGTTGTCTGTAATTTATTCACCAAAACCCACAGGACTTTGCCTCCCATGATATCCATGAATTCTCCCTATGTGGTAGCAATGATTGTATATCCAGAGAGTGACAG
CGAGTATCAAATTTTGGTTGTCAGTACTGGTGATGGGATTACTTCTCAGGTGTATGATTCTAGGAGCAATTCATGGAAGGTTTGTGGTAATTTTGATGGGAGGTTTGCCCTTGTAGGAAATGCTGCTCATTTAGATGGCTATTTGTTCTGCCTCACCCATGGTCCTGATCACTTGTTGGCCTTTGATGTTGATGCCGGAA
CTTGGGATTTGGTTGAGGTTACCATGCCCCCTGTTGTTTGCGCCCATATACTGGAGCACGAGGGGTCCTTGATTCTTGTTGGGGGTATCGAGGAGCTTGGAGTTTTGAAGAAGATTTGTATATGGGAACTCGATGGATCTGTCAAGCAATGGCAGAAAGTTTGCAGTATGCCCGATCACCTCTTCAGTAAATTCAGTCAT
GGTAATCTTAATTGCTTTTTCACTGTTGGTCGCTCGGGAAAGATTTGCTTTTACAGAAACTACTCTTCCGTCATTTTCATGTATGATCTTTTGGAGAAGAGATGGTGGGGACTGCCTCCTTGTCCGCTTGACAGTCGCTTGTGTAGGCCAAGCTGGTTTGGCCTTGCATTGGAGCCCCGCCTTGACGCGATGGTATAATG
CAGGTATCTAAGTTAACCTATTCCTGATAATGCAATATTCCAAATTGCATTCACAATGTGGGCTTTCATACCTTCATTTGTGTCTCTCTGTAATTATGTGATAAAGATAGGGGGCAGTTAACAGACATACTAACTGTTTTATGGGTTTAATCTCTCTGACAATTTGGGCTACAGGGTATTTTAAACTTTTTGTACATGTC
TTGTGAAATGAAGTCTCATTTGTATATAAATTTTTGGATAAGATGAAATGATGGGACCTTTTTATTATTTTCCTGACAACTTTGTTGTTTAATTTGTTTTCCTTCGGTG

Intron 2 GTGCAATTTT ... GGTATGTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	69.64	37.8	72	101
A2	69.13	28.4	54.6	72
A3	65.2	42.5	77.1	82
A4	72.16	31.8	55.5	109
A5	76.7	17.6	51.9	64
A6	65.91	150.8	212.3	370
A7	66.27	102.9	173	231
A8	65.07	51	72.9	117
A9	67.63	98.9	153.6	258.9
A10	70.18	99	203.5	262.5

>TRINITY_DN134208_c4_g2_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

TATAAGTTATAGTGTCTAGCAACTTAGTTTGCACTCATACATATCTAATAACACAAATGCGAGCCTCCAATGCATATATCATGTTTTATAGGAAGTGCATACAACCGAAACCATAGAGAAGGGCCTAGATATAATGCTGGTTTTTTAATTCTCAATCATTGTACGATTGCGTTTACAATAAAGCTCTTCTCCTCCTTTAA
AACCATTTTTTACAACATTTCGACTTGATTCGTTCTTATCAATAATCCGTTCACAATCGTGTTTTTTTCCGAATCGGTTCACAATCATGCTTTTTTTAAATTAAAAAACCATGAAATCTGATATCCTTCGATAAATATTTTAATGGGCGAAACCCAATCTCCTCGTAGACATGCTCATCCGTCTGAATTGACCAGAGCAA
TTGGGTTTCTCCCAGAATGCTCTTTGGTGCAATTAATCCATGGTTCCCTTTGAAATTAAGACGGTTGAAATACGCACAACTTTTGAATGCTCAAATGCAGTTTTATTGGTACAATCCAGTCTCTAGGCCCAAATCCCACATTTAGAAGTGGCCAAGTATTTTTCTGGGAGCCTAGATCCTGCAGGCCGGCTTCTTCACAT
TTTTTGATTCCCAACTAGATTTTTCTGGGGACGTAATGGATGAATTGGAGGCTGATCCTGCTGAAGAAATGAGTGAAAACACCAAGGGGAATGCTGAAGCCAATAGATCGGCCATTGCTGTGAAGGAGCAGAGCGAAATACAGGGACTGCAGGCAGCTGATATTCCATGTCATTTGTGGGAGAATATCTTGGCCAGACTG
CCGATTTCGAATCTTTTCAGGATGTTGAGCGTTTGCAGAGCCTGGAATTCGATGGTGCAATCGGATTCTTTTCTGATGGCCTACAAGAGGGTACCCCCACAAGACCTTTTCTTCATTTTGTTTGCAGAATATGGTAATAGAAATGTTGTTGCTGCCTATAATGCTATAGATGACAAGTGGGTTGTCATTCCCATTTCCTA
TATGCAATCTTCATGCCGTTGTTCTGTAACTTGTTCAAGGCTTCGTAGGGCTATGGTATCAGGTGGGGGTCTATTGGTAGGAGAGAACAGAAAAGGCTTCCTTGTTGTCTGTAATTTATTCACCAAAACCCACAGGACTTTGCCTCCCATGATATCCATGAATTCTCCCTATGTGGTAGCAATGATTGTATATCCAGAGA
GTGACAGCGAGTATCAAATTTTGGTTGTCAGTACTGGTGATGGGATTACTTCTCAGGTGTATGATTCTAGGAGCAATTCATGGAAGGTTTGTGGTAATTTTGATGGGAGGTTTGCCCTTGTAGGAAATGCTGCTCATTTAGATGGCTATTTGTTCTGCCTCACCCATGGTCCTGATCACTTGTTGGCCTTTGATGTTGAT
GCCGGAACTTGGGATTTGGTTGAGGTTACCATGCCCCCTGTTGTTTGCGCCCATATACTGGAGCACGAGGGGTCCTTGATTCTTGTTGGGGGTATCGAGGAGCTTGGAGTTTTGAAGAAGATTTGTATATGGGAACTCGATGGATCTGTCAAGCAATGGCAGAAAGTTTGCAGTATGCCCGATCACCTCTTCAGTAAATT
CAGTCATGGTAATCTTAATTGCTTTTTCACTGTTGGTCGCTCGGGAAAGATTTGCTTTTACAGAAACTACTCTTCCGTCATTTTCATGTATGATCTTTTGGAGAAGAGATGGTGGGGACTGCCTCCTTGTCCGCTTGACAGTCGCTTGTGTAGGCCAAGCTGGTTTGGCCTTGCATTGGAGCCCCGCCTTGACGCGATGG
TATAATGCAGGTATCTAAGTTAACCTATTCCTGATAATGCAATATTCCAAATTGCATTCACAATGTGGGCTTTCATACCTTCATTTGTGTCTCTCTGTAATTATGTGATAAAGATAGGGGGCAGTTAACAGACATACTAACTGTTTTATGGGTTTAATCTCTCTGACAATTTGGGCTACAGGGTATTTTAAACTTTTTGT
ACATGTCTTGTGAAATGAAGTCTCATTTGTATATAAATTTTTGGATAAGATGAAATGATGGGACCTTTTTATTATTTTCCTGACAACTTTGTTGTTTAATTTGTTTTCCTTCGGTGTAATCTTCGCG

>TRINITY_DN134208_c4_g2_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GTATATCCCCCACATTTCCGTGTTTTCGGGGAGTATTTTGGAGTTGAATTACAGTTTCTTGAACTTCTTTAAATTATGGTTTCTTGAACTGCAGATGCAGTTTTATTGGTACAATCCAGTCTCTAGGCCCAAATCCCACATTTAGAAGTGGCCAAGTATTTTTCTGGGAGCCTAGATCCTGCAGgtgcaattttattggc
ctaatttccacgtttactcagtcaatattccacattttgtaatgaacaagtagggtttgggaggcctagatcttagtttgtgtggcaaaaatactcacattctggctttaaatcctggtatgttagGCCGGCTTCTTCACATTTTTTGATTCCCAACTAGATTTTTCTGGGGACGTAATGGATGAATTGGAGGCTGATCC
TGCTGAAGAAATGAGTGAAAACACCAAGGGGAATGCTGAAGCCAATAGATCGGCCATTGCTGTGAAGGAGCAGAGCGAAATACAGGGACTGCAGGCAGCTGATATTCCATGTCATTTGTGGGAGAATATCTTGGCCAGACTGCCGATTTCGAATCTTTTCAGGATGTTGAGCGTTTGCAGAGCCTGGAATTCGATGGTGC
AATCGGATTCTTTTCTGATGGCCTACAAGAGGGTACCCCCACAAGACCTTTTCTTCATTTTGTTTGCAGAATATGGTAATAGAAATGTTGTTGCTGCCTATAATGCTATAGATGACAAGTGGGTTGTCATTCCCATTTCCTATATGCAATCTTCATGCCGTTGTTCTGTAACTTGTTCAAGGCTTCGTAGGGCTATGGTA
TCAGGTGGGGGTCTATTGGTAGGAGAGAACAGAAAAGGCTTCCTTGTTGTCTGTAATTTATTCACCAAAACCCACAGGACTTTGCCTCCCATGATATCCATGAATTCTCCCTATGTGGTAGCAATGATTGTATATCCAGAGAGTGACAGCGAGTATCAAATTTTGGTTGTCAGTACTGGTGATGGGATTACTTCTCAGGT
GTATGATTCTAGGAGCAATTCATGGAAGGTTTGTGGTAATTTTGATGGGAGGTTTGCCCTTGTAGGAAATGCTGCTCATTTAGATGGCTATTTGTTCTGCCTCACCCATGGTCCTGATCACTTGTTGGCCTTTGATGTTGATGCCGGAACTTGGGATTTGGTTGAGGTTACCATGCCCCCTGTTGTTTGCGCCCATATAC
TGGAGCACGAGGGGTCCTTGATTCTTGTTGGGGGTATCGAGGAGCTTGGAGTTTTGAAGAAGATTTGTATATGGGAACTCGATGGATCTGTCAAGCAATGGCAGAAAGTTTGCAGTATGCCCGATCACCTCTTCAGTAAATTCAGTCATGGTAATCTTAATTGCTTTTTCACTGTTGGTCGCTCGGGAAAGATTTGCTTT
TACAGAAACTACTCTTCCGTCATTTTCATGTATGATCTTTTGGAGAAGAGATGGTGGGGACTGCCTCCTTGTCCGCTTGACAGTCGCTTGTGTAGGCCAAGCTGGTTTGGCCTTGCATTGGAGCCCCGCCTTGACGCGATGGTATAATGCAGGTATCTAAGTTAACCTATTCCTGATAATGCAATATTCCAAATTGCATT
CACAATGTGGGCTTTCATACCTTCATTTGTGTCTCTCTGTAATTATGTGATAAAGATAGGGGGCAGTTAACAGACATACTAACTGTTTTATGGGTTTAATCTCTCTGACAATTTGGGCTACAGGGTATTTTAAACTTTTTGTACATGTCTTGTGAAATGAAGTCTCATTTGTATATAAATTTTTGGATAAGATGAAATGA
TGGGACCTTTTTATTATTTTCCTGACAACTTTGTTGTTTAATTTGTTTTCCTTCGGTGTAATCTTCGCG

Intron 3 GTAATTTTTC ... TGAACTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	36.22	61.3	28	40.8
A2	30.1	69.2	27	32.1
A3	36.14	62.8	34	36.4
A4	26.3	56.4	16	24.3
A5	39.64	30.7	13	27
A6	31.83	189.8	69.5	106.6
A7	36.15	147.3	74	90.6
A8	24.39	69.1	22	22.4
A9	25.92	140.7	51.5	46.7
A10	32.77	159.1	74.5	79.8

>TRINITY_DN106047_c0_g1_i3 from sample A5 / Example spliced isoform

CCTAGATATAATGCTGGTTTTTTAATTCTCAATCATTGTACGATTGCGTTTACAATAAAGCTCTTCTCCTCCTTTAAAACCATTTTTTACAACATTTCGACTTGATTCGTTCTTATCAATAATCCGTTCACAATCGTGTTTTTTTCCCAATCCGTTCACAATCATGCTTTTTTTTAATAAAAAAACCCTGAAATCTGATA
TACTTCGATAAATATTTTAATGGGCGAAACCCAATCTCCTCGTAGACATGCTCATCCGTCTGAATTGACCAGAGCAATTGGGTTTCTCCCAAAATGCTCTTTGGTGCAATTAATCCATGGTTCCCTTTGAAATTAAGACGGTTGAAATACGCACAACTTTTGAATGCTCAAATGCAGTTTTATTGGTACAATCCAGTCTC
TAGGCCCAAATTCCACATTTAGAAGTGGCCAAGTATTTTTCTGGGAGCCTAGATCCTGCAGGTGCAATTTTATTGGCCTAATTTCCACGTTTACTCAGTCAATATTCCACATTTTGTAATGAACAAGTAGGGTTTGGGAGGCCTAGATCTTAGTTTGTGTGGCAAAAATACTCACATTCTGGCTTTAAATCCTGGTATGT
TAGGCCGGCTTCTTCACATTTTTTGATTCCCAACTAGATTTTTCTGGGGACGTAATGGATGAATTGGAGGCTGATCCTGCTGAAGAAATGAGTGAAAACACCAAGGGGAATGCTGAAGCCAATAGATCGGCCATTGCTGTGAAGGAGCAGAGCGAAATACAGGGACTGCAGGCAGCTGATATTCCATGTCATTTGTGGGA
GAATATCTTGGCCAGACTGCCGATTTCGAATCTTTTCAGGATGTTGAGCGTTTGCAGAGCCTGGAATTCGATGGTGCAATCGGATTCTTTTCTGATGGCCTACAAGAGGGTACCCCCACAAGACCTTTTCTTCATTTTGTTTGCAGAATATGGTAATAGAAATGTTGTTGCTGCCTATAATGCTATAGATGACAAGTGGG
TTGTCATTCCCATTTCCTATATGCAATCTTCATGCCGTTGTTCTGTAACTTGTTCAAGGCTTCGTAGGGCTATGGTATCAGGTGGGGGTCTATTGGTAGGAGAGAACAGAAAAGGCTTCCTTGTTGTCTGTAATTTATTCACCAAAACCCACAGGACTTTGCCTCCCATGATATCCATGAATTCTCCCTATGTGGTAGCA
ATGATTGTATATCCAGAGAGTGACAGCGAGTATCAAATTTTGGTTGTCAGTACTGGTGACGGGATTACTTCTCAGGTGTATGATTCTAGGAGCAATTCATGGAAGGTTTGTGGTAATTTTGATGGGAGGTTTGCCCTTGTAGGAAATGCTGCTCATTTAGATGGCTATTTGTTCTGCCTCACCCATGGTCCTGATCACTT
GTTGGCCTTTGATGTTGATGCCGGAACTTGGGATTTGGTTGAGGTTACCATGCCCCCTGTTGTTTGCGCCCATATACTGGAGCACGAGGGGTCCTTGATTCTTGTTGGGGGTATCGAGGAGCTTGGAGTTTTGAAGAAGATTTGTATATGGGAACTCGATGGATCTGTCAAGCAATGGCAGAAAGTTTGCAGTATGCCCG
ATCACCTCTTCAGTAAATTCAGTCATGGTAATCTTAATTGCTTTTTCACTGTTGGTCGCTCGGGAAAGATTTGCTTTTACAGAAACTACTCTTCCGTCATTTTCATGTATGATCTTTTGGAGAAGAGATGGTGGGGACTGCCTCCTTGTCCGCTTGACAGTCGCTTGTGTAGGCCAAGCTGGTTTGGCCTTGCATTGGAG
CCCCGCCTTGACGCGATGGTATAATGCAGGTATCTAAGTTAACCTATTCCTGATAATGCAATATTCCAAATTGCATTCACAATGTGGGCTTTCATACCTTCATTTGTGTCTCTCTGTAATTATGTGATAAAGATAGGGGGCAGTTAACAGACATACTAACTGTTTTATGGGTTTAATCTCTCTGACAATTTGGGCTACAG
GGTATTTTAAACTTTTTGTACATGTCTTGTGAAATGAAGTCTCATTTGTATATAAATTTTTGGATAAGATGAAATGATGGGACCTTTTTATTATTTTCCTGACAACTTTGTTGTTTAATTTGTTTTCCTTAGGTATAATCTTCGCTATGCTATTTAAATTTGTAACTTCTAGCTTACAATGTCGTATTGTTATTTAAAAA
GTTAAAACTATTGTAGAAACGAAATTATTTGTTATTAGCTGCATTTTTCTGAAACAACACATTGTAGACAGACCACATTATGTAATGGCAGGTCAACTTTA

>TRINITY_DN106047_c0_g1_i2 from sample A5 / Example unspliced isoform:

CCTAGATATAATGCTGGTTTTTTAATTCTCAATCATTGTACGATTGCGTTTACAATAAAGCTCTTCTCCTCCTTTAAAACCATTTTTTACAACATTTCGACTTGATTCGTTCTTATCAATAATCCGTTCACAATCGTGTTTTTTTCCCAATCCGTTCACAATCATGCTTTTTTTTAATAAAAAAACCCTGAAATCTGATA
TACTTCGATAAATATTTTAATGGGCGAAACCCAATCTCCTCGTAGACATGCTCATCCGTCTGAATTGACCAGAGCAATTGGGTTTCTCCCAAAATGCTCTTTGGTGCAATTAATCCATGGTTCCCTTTGAAATTAAGACGGTTGAAATCCGCACAACTTTTGAATGCTCAAgtaatttttctgactaaatctctcttttg
tttttgaatactcaaacagtgcttctgtcctagtctgaggattttttatggtatatcccccacatttccgtgttttcggggagtattttggagttgaattacagtttcttgaacttctttaaattatggtttcttgaactgcagATGCAGTTTTATTGGTACAATCCAGTCTCTAGGCCCAAATTCCACATTTAGAAGTG
GCCAAGTATTTTTCTGGGAGCCTAGATCCTGCAGGTGCAATTTTATTGGCCTAATTTCCACGTTTACTCAGTCAATATTCCACATTTTGTAATGAACAAGTAGGGTTTGGGAGGCCTAGATCTTAGTTTGTGTGGCAAAAATACTCACATTCTGGCTTTAAATCCTGGTATGTTAGGCCGGCTTCTTCACATTTTTTGAT
TCCCAACTAGATTTTTCTGGGGACGTAATGGATGAATTGGAGGCTGATCCTGCTGAAGAAATGAGTGAAAACACCAAGGGGAATGCTGAAGCCAATAGATCGGCCATTGCTGTGAAGGAGCAGAGCGAAATACAGGGACTGCAGGCAGCTGATATTCCATGTCATTTGTGGGAGAATATCTTGGCCAGACTGCCGATTTC
GAATCTTTTCAGGATGTTGAGCGTTTGCAGAGCCTGGAATTCGATGGTGCAATCGGATTCTTTTCTGATGGCCTACAAGAGGGTACCCCCACAAGACCTTTTCTTCATTTTGTTTGCAGAATATGGTAATAGAAATGTTGTTGCTGCCTATAATGCTATAGATGACAAGTGGGTTGTCATTCCCATTTCCTATATGCAAT
CTTCATGCCGTTGTTCTGTAACTTGTTCAAGGCTTCGTAGGGCTATGGTATCAGGTGGGGGTCTATTGGTAGGAGAGAACAGAAAAGGCTTCCTTGTTGTCTGTAATTTATTCACCAAAACCCACAGGACTTTGCCTCCCATGATATCCATGAATTCTCCCTATGTGGTAGCAATGATTGTATATCCAGAGAGTGACAGC
GAGTATCAAATTTTGGTTGTCAGTACTGGTGACGGGATTACTTCTCAGGTGTATGATTCTAGGAGCAATTCATGGAAGGTTTGTGGTAATTTTGATGGGAGGTTTGCCCTTGTAGGAAATGCTGCTCATTTAGATGGCTATTTGTTCTGCCTCACCCATGGTCCTGATCACTTGTTGGCCTTTGATGTTGATGCCGGAAC
TTGGGATTTGGTTGAGGTTACCATGCCCCCTGTTGTTTGCGCCCATATACTGGAGCACGAGGGGTCCTTGATTCTTGTTGGGGGTATCGAGGAGCTTGGAGTTTTGAAGAAGATTTGTATATGGGAACTCGATGGATCTGTCAAGCAATGGCAGAAAGTTTGCAGTATGCCCGATCACCTCTTCAGTAAATTCAGTCATG
GTAATCTTAATTGCTTTTTCACTGTTGGTCGCTCGGGAAAGATTTGCTTTTACAGAAACTACTCTTCCGTCATTTTCATGTATGATCTTTTGGAGAAGAGATGGTGGGGACTGCCTCCTTGTCCGCTTGACAGTCGCTTGTGTAGGCCAAGCTGGTTTGGCCTTGCATTGGAGCCCCGCCTTGACGCGATGGTATAATGC
AGGTATCTAAGTTAACCTATTCCTGATAATGCAATATTCCAAATTGCATTCACAATGTGGGCTTTCATACCTTCATTTGTGTCTCTCTGTAATTATGTGATAAAGATAGGGGGCAGTTAACAGACATACTAACTGTTTTATGGGTTTAATCTCTCTGACAATTTGGGCTACAGGGTATTTTAAACTTTTTGTACATGTCT
TGTGAAATGAAGTCTCATTTGTATATAAATTTTTGGATAAGATGAAATGATGGGACCTTTTTATTATTTTCCTGACAACTTTGTTGTTTAATTTGTTTTCCTTAGGTATAATCTTCGCTATGCTATTTAAATTTGTAACTTCTAGCTTACAATGTCGTATTGTTATTTAAAAAGTTAAAACTATTGTAGAAACGAAATTA
TTTGTTATTAGCTGCATTTTTCTGAAACAACACATTGTAGACAGACCACATTATGTAATGGCAGGTCAACTTTA

Intron 4 GTGCAATTTT ... TCCCAACTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	73.65	31	71.3	102
A2	65.94	37	58.3	85
A3	74.1	30	79.3	92.3
A4	69.72	38	57	118
A5	72.57	23	49.3	72.3
A6	71.27	123	227.3	383
A7	74.44	72	176.3	243
A8	64.74	54	77.3	121
A9	69.37	99	163	285.3
A10	75.41	75	208	252

>TRINITY_DN110345_c0_g1_i3 from sample A2 / Example spliced isoform

TTTAAAACCATTATTTACAACATTTCGACTTGATTCGTTCTTATCAATAATCCGTTCACAATCGTGTTTTTTTCCCAATCCGTTCACAATCATGCTTTTTTTTAATAAAAAAACCCTGAAATCTGATATACTTCGATAAATATTTTAATGGGCGAAACCCAATCTCCTCGTACACATGCTCATCCGTCTGAATTGACCAG
AGCAATTGGGTTTCTCCCAAAATGCTCTTTGGTGCAATTAATCCATGGTTCCCTTTGAAATTAAGACGGTTGAAATCCGCACAACTTTTGAATGCTCAAATGCAGTTTTATTGGCACAATCCAGTCTCTAGGCCCAAATCCCACATTTAGAAGTGGCCAAGTATTTTTCTGGGAGCCTAGATCTTGCAGATTTTTCTGGG
GACGTAATGGATGAATTGGAGGCTGATCCTGCTGAAGAAATGAGTGAAAACACCAAGGGGAATGCTGAAGCCAATAGATCGGCCATTGCTGTGAAGGAGCAGAGCGAAATACAGGGACTGCAGGCAGCTGATATTCCATGTCATTTGTGGGAGAATATCTTGGCCAGACTGCCGATTTCGAATCTTTTCAGGATGTTGAG
CGTTTGCAGAGCCTGGAATTCGATGGTGCAATCGGATTCTTTTCTGATGGCCTACAAGAGGGTACCCCCACAAGACCTTTTCTTCATTTTGTTTGCAGAATATGGTAATAGAAATGTTGTTGCTGCCTATAAT

>TRINITY_DN110345_c0_g1_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:

ATTTTTTATGGTATATCCCCCACATTTCCGTGTTTTCGGGGAGTATTTTGGAGTTGAATTATAGTTTCTTGAACTGCTTTAAATTATGGTTTCTTGAACTGCAGATGCAGTTTTATTGGCACAATCCAGTCTCTAGGCCCAAATCCCACATTTAGAAGTGGCCAAGTATTTTTCTGGGAGCCTAGATCTTGCAGgtgcaa
ttttattggcctaatttccacgtttactcagtcgatattccacattttgtaatgaacaagtagggtttgaggcctagatcttagtttgtgtggcaaaaatactcacattctggctttaaatcctggtatgttatgcccgcttcttcacattttttgattcccaactagATTTTTCTGGGGACGTAATGGATGAATTGGAG
GCTGATCCTGCTGAAGAAATGAGTGAAAACACCAAGGGGAATGCTGAAGCCAATAGATCGGCCATTGCTGTGAAGGAGCAGAGCGAAATACAGGGACTGCAGGCAGCTGATATTCCATGTCATTTGTGGGAGAATATCTTGGCCAGACTGCCGATTTCGAATCTTTTCAGGATGTTGAGCGTTTGCAGAGCCTGGAATTC
GATGGTGCAATCGGATTCTTTTCTGATGGCCTACAAGAGGGTACCCCCACAAGACCTTTTCTTCATTTTGTTTGCAGAATATGGTAATAGAAATGTTGTTGCTGCCTATAATCCTATAGATGACAAGTGGGTTGTTATTCCCATCTCCTATATGCAATCTTCATGCCGTTGTTCTGTAACTTGTTCAAGGCTTCGTAGGG
CTATGGTATCAGGTGGGGGTCTATTGGTAGGAGAGAACAGAAAAGGCTTCCTTGTTGTCTGTAATTTATTCACCAAAACCCACAGGACTTTGCCTCCCATGATATCCATGAATTCTCCCTATGTGGTAGCAATGATTGTATATCCAGAGAGTGACAGCGAGTATCAAATTTTGGTTGTCAGTACTGGTGATGGGATTACT
TCTCAGGTGTATGATTCTAGGAGCAATTCATGGAAGGTTTGTGGTAATTTTGATGGGAGGTTTGCCCTTGTAGGAAATGCTGCTCATTTAGATGGCTATTTGTTCTGCCTCACCCATGGTCCTGATCACTTGTTGGCCTTTGATGTTGATGCCGGAACTTGGGATTTGGTTGAGGTTACCATGCCCCCTGTTGTTTGCGC
CCATATACTGGAGCACGAGGGGTCCTTGATTCTTGTTGGGGGTATCGAGGAGCTTGGAGTTTTGAAGAAGATTTGTATATGGGAACTCGATGGATCTGTCAAGCAATGGCAGAAAGTTTGCAGTATGCCCGATCACCTCTTCAGTAAATTCAGTCATGGTAATCTTAATTGCTTTTTCACTGTTGGTCGCTCGGGAAAGA
TTTGCTTTTACAGAAACTACTCTTCCGTCATTTTCATGTATGATCTTTTGGAGAAGAGATGGTGGGGACTGCCTCCTTGTCCGCTTGACAGTCGCTTGTGTAGGCCAAGCTGGTTTGGCCTTGCATTGGAGCCCCGCCTTGACGCGATGGTATAATGCAGGTATCTAAGTTAACCTATTCCTGATAATGCAATATTCCAA
ATTGCATTCACAATGTGGGCTTTCATACCTTCATTTGTGTCTCTCTGTAATTATGTGATAAAGATAGGGGGCAGTTAACAGACATACTAACTGTTTTATGGGTTTAATCTCTCTGACAATTTGGGCTACAGGGTATTTTAAACTTTTTGTACATGTCTTGTGAAATGAAGTCTCATTTGTATATAAATTTTTGGATAAGA
TGAAATGATGGGAC