sp|Q71V89|H33_GOSHI ----> Histone H3.3
Intron 1 GTATGTATGC ... AATTACACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 10.17 | 1502 | 217 | 170 |
| A2 | 9.92 | 1434 | 182.5 | 158 |
| A3 | 9.2 | 1668 | 203.5 | 169 |
| A4 | 10.25 | 1331 | 182 | 152 |
| A5 | 11.81 | 926 | 116 | 124 |
| A6 | 9.63 | 15182 | 1568.5 | 1618 |
| A7 | 9.88 | 9090 | 978 | 997 |
| A8 | 9.26 | 8295 | 895 | 846 |
| A9 | 9.71 | 11424 | 1252 | 1229 |
| A10 | 9.86 | 8442 | 845.5 | 923 |
>TRINITY_DN114972_c1_g2_i10 from sample A1 / Example spliced isoformATTATTTGCGCTTGCGGTTTGTAGCGGCTCTGAGGATTTCTATCTCTGCTGGAATATACTTTTGGCGCGCGACTTTTCTGCACAGATTCCTCTATACCTTGTTGGTGGTTTATCTTTCCGAGACATGGCTCGTACGAAGCAGACGGCACGTAAATCTACTGGAGGAAAAGCTCCTAGGAAGCAGCTCGCTACCAAGGCTG
CACGCAAGTCTGCTCCAACAACAGGAGGTGTCAAGAAGCCTCATAGATACCGTCCTGGTACAGTTGCTCTGCGAGAAATTCGAAAGTATCAGAAAAGCACAGAGTTGCTAATTCGAAAGCTGCCTTTTCAAAGGCTTGTCAGAGAAATCGCCCAGGACTTCAAGACGGACCTGCGTTTTCAGAGTCATGCAGTTTTAGCT
CTGCAAGAGGCAGCCGAGGCCTACCTCGTCGGTCTCTTTGAAGACACCAACTTGTGTGCCATTCATGCCAAGAGAGTGACCATTATGCCTAAGGACATTCAGCTTGCTAGGCGTATCCGTGGTGAAAGGGCCTAGGTTTGACTTAGAAGTGCTGTAACGGAAGAAGTTTTGGGTTTGACTTCTATGTTATGTATATATAT
TTTTAAGGGAATCCCCTCGGAGGGACGCATTGTAGTTTGTTGGACTTCTAATGTGGCATAATTGAATTTTAGTTTAATCGATATGGATAATGTGCCTGGGATAATTTGACTTGTGGGTTCTTTCATCAACCTGATCCGGTTGTGATTGTTTTGGAGTTCATTGTGATTTGATCTCCGGGATGGTTAACATCTTATGTAAA
GATGAACTGTCGAATGTTGATTATAATCTTTTGTCTAAGAATTCCGCTAATTTGTCGTAATGCCTGTTGTTGTTATGTCATTTAATATATCCTACGACTGTAGTGGTTCTTAATTGCTCATGTTTCGCTTCGTTTGTTAGAGTGGAAGTTTAAGCGGTAAGGTTAGTTGTGTTTGGCTGTGATTGCGTTTGGAATAACAC
ATCAAGGATTATAATTTAAGGTTTCGTGGTTCTGGTTGAATTTTTGGTATTCCTACTGTAACCATTGTTGATCACTCAGTACGAGAACGGACGACTTGATTTGACATCTAGGTCATTGTGGTTATATGTGGTTTACGATTTAGAAAGTGATGCTTTGAACGAATTAACGAAGGTTATCATGGTGTTATTATTTCAGAAGT
CTCAGAATATGTAAATGTGATTTACGGGACTTTCGAAATTTGCATTACTCAATTATTCATATGTGATTACAATATATAGATCCAAAGAGATGTGGTTATATGTGGTTTACGATTTAGAAAGTGATGCTTTGAACGAATTAACGAAGGTTATCATGGTGTTATTATTTCAGAAGTCTCAGAATATGTAAATGTGATTTACG
GGACTTTCGAAATTTTCATTACTCAATTATACATATGTGATTACAATATATAGATCCAAAGAGAAGCCTCTTATCCTTTCATAAGGTAAGGTTGAATGTTGTCAGTGCAAGTCAGAAATAGAACTTCATAAAATAGGAGGTGCATTGTGAGTTGATGCGTGTGCATTTTACAATGTTGAATTAATCTGTTGTCTTCTTGA
AGAGTGGGTGCAATATATATTTTCATCCTATTTGAGTGAAGAGTGGGTGCAGTATATATTATCATCTATTTTGAGTGAAGAGTGGGTGCAGTATATATTATCATCTATTTTGAGTGAAGAGTGGGTGCAACATATATTTTTATCTATTTTGAGAGAAATTCGGTGGGAAATTTGACATTTAATTTGTCATGTTAGGGATT
AGTGTTCAGTTGTCAATTGGACGTTGACAGCTTTGAACGTCTCACTGAGTATTTTCATCTTAATCAAGTTAAGTTGAGAGATGATCACTGTGTATTCTCATCTTAATCCAGATGAGTTGAGAGATGATCACAGTGAATTTGTATATTTTTGAAATTTGCGATTTGCTTATAGAAATTGCGTAATCATTTAAGTTTGAGTA
ACATCAAAATGAGTTAAGAATTGTATCTTATTCGTAGTCATTGACCAGTTTTAACTTGTCTATTTATAAATTAGGTTCAAATTTATGTATCATATCGTGCTAAGATTTAGAGTTTCGGTGATAGAAGGTTTGATTATTTGTTGAATTGACCCTGTGTGAAATTGATGGATGGAAATGTAGCGCTTGTTCTAGTATGGTAA
GAAAGCGGAATATTTTTTGTCATAGATGGATATAAATGTAATGCCTGTTCCACTTGGTAAGAAAGCTGAAAAAGTTTAATTGATTAGTCTACCCTCAAACTTTAAGATTCGAGAGTGATCATCAAGATCTTTTGTGAAGTATCTGAAAGTACTCTAATCCCTGGAAATATCCCCATTGTCCTTTAAAAGTAAAAATATTT
AATGGTTATTTTGTTTGATTTTATAATTGTAAATGGGTTGAAGTTCATATTGTTTAATGGTGTTTCGGGGTGACATTTTCATTAATGTACTTAATGAACTGATCCATAATCTTAGGAGTTAGGTATGGACAGGAAATAAAGTATTTACACTATAAAATGATATAGAGGTAGTAAGGGACAGAGGCGGTATGATTGACTTG
TGCCAATGCAAAAGGGGTTTGTCTTTAATATTTGTATTGAGTGGAGATTTAAATTTGCAATTTAAGGGACAGGCGGTATGATTGACTTGTGCCAATGCAAAAGGGGTTTGTCTTTAATATTTGTATTAAGTGGATACCGCCACTAGGCAAGAGTAAAAAGGTACTCTACTAAGCTGGGTCACAAATTGGGATAACACCAC
AGGTACGAGTAAAAAAATTACTCTACTAAGTTGGGTCACAAATTGCGATACTATCACTAGGTACGAGTTAAAACTTGCTCTGCTAAGTTGGACCATTGGGATACCACCTCTAGGTACGAGGAAAGAGGAAACTACTTGCAAATTGTGTGTGGAAAGTATCTATTAAGATGGGTCACAAATTGGGATACCACCACTGGGTA
TGAGAAAAGTACTCCAATGGGAACGAAAGTACTTCTGAGTTGTGGGAATACTGATACGTATGAGAAAAGTACTACTATGGGAACAAGCCACAAATTGTATATGGAAAGTACAACTTAGTTGTGTGAACAAATCACAAATTGTTTGTGGAAAGTACTACAAAGATGTGGGAATGAGTCACAAATTACGGAG
>TRINITY_DN114972_c1_g2_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATTATTTGCGCTTGCGGTTTGTAGCGGCTCTGAGGATTTCTATCTCTGCTGGAATATACTTTTGGCGCGCGACTTTTCTGCACAGGTATGTTGGATCTCCATTATGTCTAATGGATTTGAAAGGCTTTTATGGTAGTGTAAGGTGGGTTTAGGGCAGTTGGAAGGGTTTGCAGGTGTATTTAGGTGCAGGCAGTAGAATA
AAATCTGCCCCTGAGGTATTGAGCCAGGGGGTTTTGTAGGGCATTTCCAGGGTTTTCTATTTGATCTTGAAGTGGCGAGACATTTTACTTCCGTCTTCTGTTGCTTGTTTGTGATTGAATTAGCGAACATTCCTGGGATTCAAGGGTTTGCGGTCCCCTGTTCCTGTGTTTAGGTCCTTTCTTTGTCCCTTGGTTTATGC
TGGGGTATTATGCCTGTGTCTTGATTTCTTGGTTTTAATTTCCAAATTTATATTTAGGGTTTTGCGGGTTGTTTTGTTGTGATGCGCATGTGACTTGAAAGAGTTGAGGTTGTTTTACCTGAGAATGCTTTTTTGAGAAAATTGGTAATGTTTTTAAAGTGTTGGATTTGGGATTTATGGGTCAGAGCTTGCTTTTTTTG
AGAAAATTGGTAATGTTTTTAAAGTGTTGGATTTGGGATTTATGGGTCAGAGCTTGAACTTTGTTGTAATGTTCTTGTTATGTTCTCCGTGCAGCAGATTCCTCTATACCTTGTTGGTGGTTTATCTTTCCGAGACATGGCTCGTACGAAGCAGACGGCACGTAAATCTACTGGAGGAAAAGCTCCTAGGAAGCAGCTCG
CTACCAAGGTACTACCCCTTTACAGATTTATCGTTGACTTTTCATGTAGGGTTAAATGCAGCGAACTATTTCTTGTGAGTTTGGAGTGTATTGTAAACAGCTTTTCATTTGCAGGCTGCACGCAAGTCTGCTCCAACAACAGGAGGTGTCAAGAAGCCTCATAGATACCGTCCTGGTACAGTTGCTCTGCGgtatgtatg
cttgataatggatgcctttgtatgatgatgtttatttcaatagtcatattctttgaagcacatctctggggaaggaattgtttaattacacagAGAAATTCGAAAGTATCAGAAAAGCACAGAGTTGCTAATTCGAAAGCTGCCTTTTCAAAGGCTTGTCAGAGAAATCGCCCAGGACTTCAAGACGGACCTGCGTTTTC
AGAGTCATGCAGTTTTAGCTCTGCAAGAGGCAGCCGAGGCCTACCTCGTCGGTCTCTTTGAAGACACCAACTTGTGTGCCATTCATGCCAAGAGAGTGACCATTATGCCTAAGGACATTCAGCTTGCTAGGCGTATCCGTGGTGAAAGGGCCTAGGTTTGACTTAGAAGTGCTGTAACGGAAGAAGTTTTGGGTTTGACT
TCTATGTTATGTATATATATTTTTAAGGGAATCCCCTCGGAGGGACGCATTGTAGTTTGTTGGACTTCTAATGTGGCATAATTGAATTTTAGTTTAATCGATATGGATAATGTGCCTGGGATAATTTGACTTGTGGGTTCTTTCATCAACCTGATCCGGTTGTGATTGTTTTGGAGTTCATTGTGATTTGATCTCCGGGA
TGGTTAACATCTTATGTAAAGATGAACTGTCGAATGTTGATTATAATCTTTTGTCTAAGAATTCCGCTAATTTGTCGTAATGCCTGTTGTTGTTATGTCATTTAATATATCCTACGACTGTAGTGGTTCTTAATTGCTCATGTTTCGCTTCGTTTGTTAGAGTGGAAGTTTAAGCGGTAAGGTTAGTTGTGTTTGGCTGT
GATTGCGTTTGGAATAACACATCAAGGATTATAATTTAAGGTTTCGTGGTTCTGGTTGAATTTTTGGTATTCCTACTGTAACCATTGTTGATCACTCAGTACGAGAACGGACGACTTGATTTGACATCTAGGTCATTGTGGTTATATGTGGTTTACGATTTAGAAAGTGATGCTTTGAACGAATTAACGAAGGTTATCAT
GGTGTTATTATTTCAGAAGTCTCAGAATATGTAAATGTGATTTACGGGACTTTCGAAATTTGCATTACTCAATTATTCATATGTGATTACAATATATAGATCCAAAGAGATGTGGTTATATGTGGTTTACGATTTAGAAAGTGATGCTTTGAACGAATTAACGAAGGTTATCATGGTGTTATTATTTCAGAAGTCTCAGA
ATATGTAAATGTGATTTACGGGACTTTCGAAATTTTCATTACTCAATTATACATATGTGATTACAATATATAGATCCAAAGAGAAGCCTCTTATCCTTTCATAAGGTAAGGTTGAATGTTGTCAGTGCAAGTCAGAAATAGAACTTCATAAAATAGGAGGTGCATTGTGAGTTGATGCGTGTGCATTTTACAATGTTGAA
TTAATCTGTTGTCTTCTTGAAGAGTGGGTGCAATATATATTTTCATCCTATTTGAGTGAAGAGTGGGTGCAGTATATATTATCATCTATTTTGAGTGAAGAGTGGGTGCAGTATATATTATCATCTATTTTGAGTGAAGAGTGGGTGCAACATATATTTTTATCTATTTTGAGAGAAATTCGGTGGGAAATTTGACATTT
AATTTGTCATGTTAGGGATTAGTGTTCAGTTGTCAATTGGACGTTGACAGCTTTGAACGTCTCACTGAGTATTTTCATCTTAATCAAGTTAAGTTGAGAGATGATCACTGTGTATTCTCATCTTAATCCAGATGAGTTGAGAGATGATCACAGTGAATTTGTATATTTTTGAAATTTGCGATTTGCTTATAGAAATTGCG
TAATCATTTAAGTTTGAGTAACATCAAAATGAGTTAAGAATTGTATCTTATTCGTAGTCATTGACCAGTTTTAACTTGTCTATTTATAAATTAGGTTCAAATTTATGTATCATATCGTGCTAAGATTTAGAGTTTCGGTGATAGAAGGTTTGATTATTTGTTGAATTGACCCTGTGTGAAATTGATGGATGGAAATGTAG
CGCTTGTTCTAGTATGGTAAGAAAGCGGAATATTTTTTGTCATAGATGGATATAAATGTAATGCCTGTTCCACTTGGTAAGAAAGCTGAAAAAGTTTAATTGATTAGTCTACCCTCAAACTTTAAGATTCGAGAGTGATCATCAAGATCTTTTGTGAAGTATCTGAAAGTACTCTAATCCCTGGAAATATCCCCATTGTC
CTTTAAAAGTAAAAATATTTAATGGTTATTTTGTTTGATTTTATAATTGTAAATGGGTTGAAGTTCATATTGTTTAATGGTGTTTCGGGGTGACATTTTCATTAATGTACTTAATGAACTGATCCATAATCTTAGGAGTTAGGTATGGACAGGAAATAAAGTATTTACACTATAAAATGATATAGAGGTAGTAAGGGACA
GAGGCGGTATGATTGACTTGTGCCAATGCAAAAGGGGTTTGTCTTTAATATTTGTATTGAGTGGAGATTTAAATTTGCAATTTAAGGGACAGGCGGTATGATTGACTTGTGCCAATGCAAAAGGGGTTTGTCTTTAATATTTGTATTAAGTGGATACCGCCACTAGGCAAGAGTAAAAAGGTACTCTACTAAGCTGGGTC
ACAAATTGGGATAACACCACAGGTACGAGTAAAAAAATTACTCTACTAAGTTGGGTCACAAATTGCGATACTATCACTAGGTACGAGTTAAAACTTGCTCTGCTAAGTTGGACCATTGGGATACCACCTCTAGGTACGAGGAAAGAGGAAACTACTTGCAAATTGTGTGTGGAAAGTATCTATTAAGATGGGTCACAAAT
TGGGATACCACCACTGGGTATGAGAAAAGTACTCCAATGGGAACGAAAGTACTTCTGAGTTGTGGGAATACTGATACGTATGAGAAAAGTACTACTATGGGAACAAGCCACAAATTGTATATGGAAAGTACAACTTAGTTGTGTGAACAAATCACAAATTGTTTGTGGAAAGTACTACAAAGATGTGGGAATGAGTCACA
AATTACGGAG
Intron 2 GTACTACCCC ... TCATTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 4.98 | 1518.5 | 78 | 44 |
| A2 | 4.8 | 1499 | 74 | 36 |
| A3 | 5.43 | 1781.5 | 100 | 21 |
| A4 | 6.57 | 1447.5 | 100 | 23 |
| A5 | 6.68 | 1075.5 | 76 | 24 |
| A6 | 3.11 | 15926 | 496 | 32 |
| A7 | 3.57 | 9911.5 | 358 | 8 |
| A8 | 3.04 | 8061.5 | 244 | 20 |
| A9 | 3.47 | 11986.5 | 420 | 19 |
| A10 | 3.9 | 9580.5 | 380 | 14 |
>TRINITY_DN114972_c1_g2_i10 from sample A1 / Example spliced isoformATTATTTGCGCTTGCGGTTTGTAGCGGCTCTGAGGATTTCTATCTCTGCTGGAATATACTTTTGGCGCGCGACTTTTCTGCACAGATTCCTCTATACCTTGTTGGTGGTTTATCTTTCCGAGACATGGCTCGTACGAAGCAGACGGCACGTAAATCTACTGGAGGAAAAGCTCCTAGGAAGCAGCTCGCTACCAAGGCTG
CACGCAAGTCTGCTCCAACAACAGGAGGTGTCAAGAAGCCTCATAGATACCGTCCTGGTACAGTTGCTCTGCGAGAAATTCGAAAGTATCAGAAAAGCACAGAGTTGCTAATTCGAAAGCTGCCTTTTCAAAGGCTTGTCAGAGAAATCGCCCAGGACTTCAAGACGGACCTGCGTTTTCAGAGTCATGCAGTTTTAGCT
CTGCAAGAGGCAGCCGAGGCCTACCTCGTCGGTCTCTTTGAAGACACCAACTTGTGTGCCATTCATGCCAAGAGAGTGACCATTATGCCTAAGGACATTCAGCTTGCTAGGCGTATCCGTGGTGAAAGGGCCTAGGTTTGACTTAGAAGTGCTGTAACGGAAGAAGTTTTGGGTTTGACTTCTATGTTATGTATATATAT
TTTTAAGGGAATCCCCTCGGAGGGACGCATTGTAGTTTGTTGGACTTCTAATGTGGCATAATTGAATTTTAGTTTAATCGATATGGATAATGTGCCTGGGATAATTTGACTTGTGGGTTCTTTCATCAACCTGATCCGGTTGTGATTGTTTTGGAGTTCATTGTGATTTGATCTCCGGGATGGTTAACATCTTATGTAAA
GATGAACTGTCGAATGTTGATTATAATCTTTTGTCTAAGAATTCCGCTAATTTGTCGTAATGCCTGTTGTTGTTATGTCATTTAATATATCCTACGACTGTAGTGGTTCTTAATTGCTCATGTTTCGCTTCGTTTGTTAGAGTGGAAGTTTAAGCGGTAAGGTTAGTTGTGTTTGGCTGTGATTGCGTTTGGAATAACAC
ATCAAGGATTATAATTTAAGGTTTCGTGGTTCTGGTTGAATTTTTGGTATTCCTACTGTAACCATTGTTGATCACTCAGTACGAGAACGGACGACTTGATTTGACATCTAGGTCATTGTGGTTATATGTGGTTTACGATTTAGAAAGTGATGCTTTGAACGAATTAACGAAGGTTATCATGGTGTTATTATTTCAGAAGT
CTCAGAATATGTAAATGTGATTTACGGGACTTTCGAAATTTGCATTACTCAATTATTCATATGTGATTACAATATATAGATCCAAAGAGATGTGGTTATATGTGGTTTACGATTTAGAAAGTGATGCTTTGAACGAATTAACGAAGGTTATCATGGTGTTATTATTTCAGAAGTCTCAGAATATGTAAATGTGATTTACG
GGACTTTCGAAATTTTCATTACTCAATTATACATATGTGATTACAATATATAGATCCAAAGAGAAGCCTCTTATCCTTTCATAAGGTAAGGTTGAATGTTGTCAGTGCAAGTCAGAAATAGAACTTCATAAAATAGGAGGTGCATTGTGAGTTGATGCGTGTGCATTTTACAATGTTGAATTAATCTGTTGTCTTCTTGA
AGAGTGGGTGCAATATATATTTTCATCCTATTTGAGTGAAGAGTGGGTGCAGTATATATTATCATCTATTTTGAGTGAAGAGTGGGTGCAGTATATATTATCATCTATTTTGAGTGAAGAGTGGGTGCAACATATATTTTTATCTATTTTGAGAGAAATTCGGTGGGAAATTTGACATTTAATTTGTCATGTTAGGGATT
AGTGTTCAGTTGTCAATTGGACGTTGACAGCTTTGAACGTCTCACTGAGTATTTTCATCTTAATCAAGTTAAGTTGAGAGATGATCACTGTGTATTCTCATCTTAATCCAGATGAGTTGAGAGATGATCACAGTGAATTTGTATATTTTTGAAATTTGCGATTTGCTTATAGAAATTGCGTAATCATTTAAGTTTGAGTA
ACATCAAAATGAGTTAAGAATTGTATCTTATTCGTAGTCATTGACCAGTTTTAACTTGTCTATTTATAAATTAGGTTCAAATTTATGTATCATATCGTGCTAAGATTTAGAGTTTCGGTGATAGAAGGTTTGATTATTTGTTGAATTGACCCTGTGTGAAATTGATGGATGGAAATGTAGCGCTTGTTCTAGTATGGTAA
GAAAGCGGAATATTTTTTGTCATAGATGGATATAAATGTAATGCCTGTTCCACTTGGTAAGAAAGCTGAAAAAGTTTAATTGATTAGTCTACCCTCAAACTTTAAGATTCGAGAGTGATCATCAAGATCTTTTGTGAAGTATCTGAAAGTACTCTAATCCCTGGAAATATCCCCATTGTCCTTTAAAAGTAAAAATATTT
AATGGTTATTTTGTTTGATTTTATAATTGTAAATGGGTTGAAGTTCATATTGTTTAATGGTGTTTCGGGGTGACATTTTCATTAATGTACTTAATGAACTGATCCATAATCTTAGGAGTTAGGTATGGACAGGAAATAAAGTATTTACACTATAAAATGATATAGAGGTAGTAAGGGACAGAGGCGGTATGATTGACTTG
TGCCAATGCAAAAGGGGTTTGTCTTTAATATTTGTATTGAGTGGAGATTTAAATTTGCAATTTAAGGGACAGGCGGTATGATTGACTTGTGCCAATGCAAAAGGGGTTTGTCTTTAATATTTGTATTAAGTGGATACCGCCACTAGGCAAGAGTAAAAAGGTACTCTACTAAGCTGGGTCACAAATTGGGATAACACCAC
AGGTACGAGTAAAAAAATTACTCTACTAAGTTGGGTCACAAATTGCGATACTATCACTAGGTACGAGTTAAAACTTGCTCTGCTAAGTTGGACCATTGGGATACCACCTCTAGGTACGAGGAAAGAGGAAACTACTTGCAAATTGTGTGTGGAAAGTATCTATTAAGATGGGTCACAAATTGGGATACCACCACTGGGTA
TGAGAAAAGTACTCCAATGGGAACGAAAGTACTTCTGAGTTGTGGGAATACTGATACGTATGAGAAAAGTACTACTATGGGAACAAGCCACAAATTGTATATGGAAAGTACAACTTAGTTGTGTGAACAAATCACAAATTGTTTGTGGAAAGTACTACAAAGATGTGGGAATGAGTCACAAATTACGGAG
>TRINITY_DN114972_c1_g2_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:AAGTGTTGGATTTGGGATTTATGGGTCAGAGCTTGCTTTTTTGAGAAAATTGGTAATGTTTTTAAAGTGTTGGATTTGGGATTTATGGGTCAGAGCTTGCTTTTTTTGAGAAAATTGGTAATGTTTTTAAAGTGTTGGATTTGGGATTTATGGGTCAGAGCTTGAACTTTGTTGTAATGTTCTTGTTATGTTCTCCGTGC
AGCAGATTCCTCTATACCTTGTTGGTGGTTTATCTTTCCGAGACATGGCTCGTACGAAGCAGACGGCACGTAAATCTACTGGAGGAAAAGCTCCTAGGAAGCAGCTCGCTACCAAGgtactacccctttacagatttatcgttgacttttcatgtagggttaaatgcagcgaactatttcttgtgagtttggagtgtatt
gtaaacagcttttcatttgcagGCTGCACGCAAGTCTGCTCCAACAACAGGAGGTGTCAAGAAGCCTCATAGATACCGTCCTGGTACAGTTGCTCTGCGGTATGTATGCTTGATAATGGATGCCTTTGTATGATGATGTTTATTTCAATAGTCATATTCTTTGAAGCACATCTCATGGGGAAGGAATTGTTTAATTACAC
AGAGAAATTCGAAAGTATCAGAAAAGCACAGAGTTGCTAATTCGAAAGCTGCCTTTTCAAAGGCTTGTCAGAGAAATCGCCCAGGACTTCAAGGTATTGCGTCTTTTACTGAGAAATGGTCAAAAGCACTAAGAGACCTTAATTTATAGCTGAATTCTGGATCTATCTTTATCTAATTATTGTTTTGTTATTTTCCAGAC
GGACCTGCGTTTTCAGAGTCATGCAGTTTTAGCTCTGCAAGAGGCAGCCGAGGCCTACCTCGTCGGTCTCTTTGAAGACACCAACTTGTGTGCCATTCATGCCAAGAGAGTGACCATTATGCCTAAGGACATTCAGCTTGCTAGGCGTATCCGTGGTGAAAGGGCCTAGGTTTGACTTAGAAGTGCTGTAACGGAAGAAG
TTTTGGGTTTGACTTCTATGTTATGTATATATATTTTTAAGGGAATCCCCTCGGAGGGACGCATTGTAGTTTGTTGGACTTCTAATGTGGCATAATTGAATTTTAGTTTAATCGATATGGATAATGTGCCTGGGATAATTTGACTTGTGGGTTCTTTCATCAACCTGATCCGGTTGTGATTGTTTTGGAGTTCATTGTGA
TTTGATCTCCGGGATGGTTAACATCTTATGTAAAGATGAACTGTCGAATGTTGATTATAATCTTTTGTCTAAGAATTCCGCTAATTTGTCGTAATGCCTGTTGTTGTTATGTCATTTAATATATCCTACGACTGTAGTGGTTCTTAATTGCTCATGTTTCGCTTCGTTTGTTAGAGTGGAAGTTTAAGCGGTAAGGTTAG
TTGTGTTTGGCTGTGATTGCGTTTGGAATAACACATCAAGGATTATAATTTAAGGTTTCGTGGTTCTGGTTGAATTTTTGGTATTCCTACTGTAACCATTGTTGATCACTCAGTACGAGAACGGACGACTTGATTTGACATCTAGGTCATTGTGGTTATATGTGGTTTACGATTTAGAAAGTGATGCTTTGAACGAATTA
ACGAAGGTTATCATGGTGTTATTATTTCAGAAGTCTCAGAATATGTAAATGTGATTTACGGGACTTTCGAAATTTGCATTACTCAATTATTCATATGTGATTACAATATATAGATCCAAAGAGATGTGGTTATATGTGGTTTACGATTTAGAAAGTGATGCTTTGAACGAATTAACGAAGGTTATCATGGTGTTATTATT
TCAGAAGTCTCAGAATATGTAAATGTGATTTACGGGACTTTCGAAATTTTCATTACTCAATTATACATATGTGATTACAATATATAGATCCAAAGAGAAGCCTCTTATCCTTTCATAAGGTAAGGTTGAATGTTGTCAGTGCAAGTCAGAAATAGAACTTCATAAAATAGGAGGTGCATTGTGAGTTGATGCGTGTGCAT
TTTACAATGTTGAATTAATCTGTTGTCTTCTTGAAGAGTGGGTGCAATATATATTTTCATCCTATTTGAGTGAAGAGTGGGTGCAGTATATATTATCATCTATTTTGAGTGAAGAGTGGGTGCAGTATATATTATCATCTATTTTGAGTGAAGAGTGGGTGCAACATATATTTTTATCTATTTTGAGAGAAATTCGGTGG
GAAATTTGACATTTAATTTGTCATGTTAGGGATTAGTGTTCAGTTGTCAATTGGACGTTGACAGCTTTGAACGTCTCACTGAGTATTTTCATCTTAATCAAGTTAAGTTGAGAGATGATCACTGTGTATTCTCATCTTAATCCAGATGAGTTGAGAGATGATCACAGTGAATTTGTATATTTTTGAAATTTGCGATTTGC
TTATAGAAATTGCGTAATCATTTAAGTTTGAGTAACATCAAAATGAGTTAAGAATTGTATCTTATTCGTAGTCATTGACCAGTTTTAACTTGTCTATTTATAAATTAGGTTCAAATTTATGTATCATATCGTGCTAAGATTTAGAGTTTCGGTGATAGAAGGTTTGATTATTTGTTGAATTGACCCTGTGTGAAATTGAT
GGATGGAAATGTAGCGCTTGTTCTAGTATGGTAAGAAAGCGGAATATTTTTTGTCATAGATGGATATAAATGTAATGCCTGTTCCACTTGGTAAGAAAGCTGAAAAAGTTTAATTGATTAGTCTACCCTCAAACTTTAAGATTCGAGAGTGATCATCAAGATCTTTTGTGAAGTATCTGAAAGTACTCTAATCCCTGGAA
ATATCCCCATTGTCCTTTAAAAGTAAAAATATTTAATGGTTATTTTGTTTGATTTTATAATTGTAAATGGGTTGAAGTTCATATTGTTTAATGGTGTTTCGGGGTGACATTTTCATTAATGTACTTAATGAACTGATCCATAATCTTAGGAGTTAGGTATGGACAGGAAATAAAGTATTTACACTATAAAATGATATAGA
GGTAGTAAGGGACAGAGGCGGTATGATTGACTTGTGCCAATGCAAAAGGGGTTTGTCTTTAATATTTGTATTGAGTGGAGATTTAAATTTGCAATTTAAGGGACAGGCGGTATGATTGACTTGTGCCAATGCAAAAGGGGTTTGTCTTTAATATTTGTATTAAGTGGATACCGCCACTAGGCAAGAGTAAAAAGGTACTC
TACTAAGCTGGGTCACAAATTGGGATAACACCACAGGTACGAGTAAAAAAATTACTCTACTAAGTTGGGTCACAAATTGCGATACTATCACTAGGTACGAGTTAAAACTTGCTCTGCTAAGTTGGACCATTGGGATACCACCTCTAGGTACGAGGAAAGAGGAAACTACTTGCAAATTGTGTGTGGAAAGTATCTATTAA
GATGGGTCACAAATTGGGATACCACCACTGGGTATGAGAAAAGTACTCCAATGGGAACGAAAGTACTTCTGAGTTGTGGGAATACTGATACGTATGAGAAAAGTACTACTATGGGAACAAGCCACAAATTGTATATGGAAAGTACAACTTAGTTGTGTGAACAAATCACAAATTGTTTGTGGAAAGTACTACAAAGATGT
GGGAATGAGTCACAAATTACGGAG
Intron 3 GTATTGCGTC ... TATTTTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.52 | 894.7 | 51 | 241 |
| A2 | 22.27 | 800.7 | 24 | 224 |
| A3 | 19.81 | 873.7 | 6 | 210 |
| A4 | 22.32 | 770.7 | 25 | 217 |
| A5 | 22.36 | 510.7 | 23 | 143 |
| A6 | 20.99 | 8869.3 | 99 | 2302 |
| A7 | 21.38 | 5061.3 | 46 | 1344 |
| A8 | 20.79 | 5241.3 | 39 | 1350 |
| A9 | 21.74 | 6736 | 42 | 1832 |
| A10 | 21.09 | 4559.3 | 39 | 1185 |
>TRINITY_DN114972_c1_g2_i1 from sample A1 / Example spliced isoformATTATTTGCGCTTGCGGTTTGTAGCGGCTCTGAGGATTTCTATCTCTGCTGGAATATACTTTTGGCGCGCGACTTTTCTGCACAGGTATGTTGGATCTCCATTATGTCTAATGGATTTGAAAGGCTTTTATGGTAGTGTAAGGTGGGTTTAGGGCAGTTGGAAGGGTTTGCAGGTGTATTTAGGTGCAGGCAGTAGAATA
AAATCTGCCCCTGAGGTATTGAGCCAGGGGGTTTTGTAGGGCATTTCCAGGGTTTTCTATTTGATCTTGAAGTGGCGAGACATTTTACTTCCGTCTTCTGTTGCTTGTTTGTGATTGAATTAGCGAACATTCCTGGGATTCAAGGGTTTGCGGTCCCCTGTTCCTGTGTTTAGGTCCTTTCTTTGTCCCTTGGTTTATGC
TGGGGTATTATGCCTGTGTCTTGATTTCTTGGTTTTAATTTCCAAATTTATATTTAGGGTTTTGCGGGTTGTTTTGTTGTGATGCGCATGTGACTTGAAAGAGTTGAGGTTGTTTTACCTGAGAATGCTTTTTTGAGAAAATTGGTAATGTTTTTAAAGTGTTGGATTTGGGATTTATGGGTCAGAGCTTGCTTTTTTTG
AGAAAATTGGTAATGTTTTTAAAGTGTTGGATTTGGGATTTATGGGTCAGAGCTTGAACTTTGTTGTAATGTTCTTGTTATGTTCTCCGTGCAGCAGATTCCTCTATACCTTGTTGGTGGTTTATCTTTCCGAGACATGGCTCGTACGAAGCAGACGGCACGTAAATCTACTGGAGGAAAAGCTCCTAGGAAGCAGCTCG
CTACCAAGGTACTACCCCTTTACAGATTTATCGTTGACTTTTCATGTAGGGTTAAATGCAGCGAACTATTTCTTGTGAGTTTGGAGTGTATTGTAAACAGCTTTTCATTTGCAGGCTGCACGCAAGTCTGCTCCAACAACAGGAGGTGTCAAGAAGCCTCATAGATACCGTCCTGGTACAGTTGCTCTGCGGTATGTATG
CTTGATAATGGATGCCTTTGTATGATGATGTTTATTTCAATAGTCATATTCTTTGAAGCACATCTCTGGGGAAGGAATTGTTTAATTACACAGAGAAATTCGAAAGTATCAGAAAAGCACAGAGTTGCTAATTCGAAAGCTGCCTTTTCAAAGGCTTGTCAGAGAAATCGCCCAGGACTTCAAGACGGACCTGCGTTTTC
AGAGTCATGCAGTTTTAGCTCTGCAAGAGGCAGCCGAGGCCTACCTCGTCGGTCTCTTTGAAGACACCAACTTGTGTGCCATTCATGCCAAGAGAGTGACCATTATGCCTAAGGACATTCAGCTTGCTAGGCGTATCCGTGGTGAAAGGGCCTAGGTTTGACTTAGAAGTGCTGTAACGGAAGAAGTTTTGGGTTTGACT
TCTATGTTATGTATATATATTTTTAAGGGAATCCCCTCGGAGGGACGCATTGTAGTTTGTTGGACTTCTAATGTGGCATAATTGAATTTTAGTTTAATCGATATGGATAATGTGCCTGGGATAATTTGACTTGTGGGTTCTTTCATCAACCTGATCCGGTTGTGATTGTTTTGGAGTTCATTGTGATTTGATCTCCGGGA
TGGTTAACATCTTATGTAAAGATGAACTGTCGAATGTTGATTATAATCTTTTGTCTAAGAATTCCGCTAATTTGTCGTAATGCCTGTTGTTGTTATGTCATTTAATATATCCTACGACTGTAGTGGTTCTTAATTGCTCATGTTTCGCTTCGTTTGTTAGAGTGGAAGTTTAAGCGGTAAGGTTAGTTGTGTTTGGCTGT
GATTGCGTTTGGAATAACACATCAAGGATTATAATTTAAGGTTTCGTGGTTCTGGTTGAATTTTTGGTATTCCTACTGTAACCATTGTTGATCACTCAGTACGAGAACGGACGACTTGATTTGACATCTAGGTCATTGTGGTTATATGTGGTTTACGATTTAGAAAGTGATGCTTTGAACGAATTAACGAAGGTTATCAT
GGTGTTATTATTTCAGAAGTCTCAGAATATGTAAATGTGATTTACGGGACTTTCGAAATTTGCATTACTCAATTATTCATATGTGATTACAATATATAGATCCAAAGAGATGTGGTTATATGTGGTTTACGATTTAGAAAGTGATGCTTTGAACGAATTAACGAAGGTTATCATGGTGTTATTATTTCAGAAGTCTCAGA
ATATGTAAATGTGATTTACGGGACTTTCGAAATTTTCATTACTCAATTATACATATGTGATTACAATATATAGATCCAAAGAGAAGCCTCTTATCCTTTCATAAGGTAAGGTTGAATGTTGTCAGTGCAAGTCAGAAATAGAACTTCATAAAATAGGAGGTGCATTGTGAGTTGATGCGTGTGCATTTTACAATGTTGAA
TTAATCTGTTGTCTTCTTGAAGAGTGGGTGCAATATATATTTTCATCCTATTTGAGTGAAGAGTGGGTGCAGTATATATTATCATCTATTTTGAGTGAAGAGTGGGTGCAGTATATATTATCATCTATTTTGAGTGAAGAGTGGGTGCAACATATATTTTTATCTATTTTGAGAGAAATTCGGTGGGAAATTTGACATTT
AATTTGTCATGTTAGGGATTAGTGTTCAGTTGTCAATTGGACGTTGACAGCTTTGAACGTCTCACTGAGTATTTTCATCTTAATCAAGTTAAGTTGAGAGATGATCACTGTGTATTCTCATCTTAATCCAGATGAGTTGAGAGATGATCACAGTGAATTTGTATATTTTTGAAATTTGCGATTTGCTTATAGAAATTGCG
TAATCATTTAAGTTTGAGTAACATCAAAATGAGTTAAGAATTGTATCTTATTCGTAGTCATTGACCAGTTTTAACTTGTCTATTTATAAATTAGGTTCAAATTTATGTATCATATCGTGCTAAGATTTAGAGTTTCGGTGATAGAAGGTTTGATTATTTGTTGAATTGACCCTGTGTGAAATTGATGGATGGAAATGTAG
CGCTTGTTCTAGTATGGTAAGAAAGCGGAATATTTTTTGTCATAGATGGATATAAATGTAATGCCTGTTCCACTTGGTAAGAAAGCTGAAAAAGTTTAATTGATTAGTCTACCCTCAAACTTTAAGATTCGAGAGTGATCATCAAGATCTTTTGTGAAGTATCTGAAAGTACTCTAATCCCTGGAAATATCCCCATTGTC
CTTTAAAAGTAAAAATATTTAATGGTTATTTTGTTTGATTTTATAATTGTAAATGGGTTGAAGTTCATATTGTTTAATGGTGTTTCGGGGTGACATTTTCATTAATGTACTTAATGAACTGATCCATAATCTTAGGAGTTAGGTATGGACAGGAAATAAAGTATTTACACTATAAAATGATATAGAGGTAGTAAGGGACA
GAGGCGGTATGATTGACTTGTGCCAATGCAAAAGGGGTTTGTCTTTAATATTTGTATTGAGTGGAGATTTAAATTTGCAATTTAAGGGACAGGCGGTATGATTGACTTGTGCCAATGCAAAAGGGGTTTGTCTTTAATATTTGTATTAAGTGGATACCGCCACTAGGCAAGAGTAAAAAGGTACTCTACTAAGCTGGGTC
ACAAATTGGGATAACACCACAGGTACGAGTAAAAAAATTACTCTACTAAGTTGGGTCACAAATTGCGATACTATCACTAGGTACGAGTTAAAACTTGCTCTGCTAAGTTGGACCATTGGGATACCACCTCTAGGTACGAGGAAAGAGGAAACTACTTGCAAATTGTGTGTGGAAAGTATCTATTAAGATGGGTCACAAAT
TGGGATACCACCACTGGGTATGAGAAAAGTACTCCAATGGGAACGAAAGTACTTCTGAGTTGTGGGAATACTGATACGTATGAGAAAAGTACTACTATGGGAACAAGCCACAAATTGTATATGGAAAGTACAACTTAGTTGTGTGAACAAATCACAAATTGTTTGTGGAAAGTACTACAAAGATGTGGGAATGAGTCACA
AATTACGGAG
>TRINITY_DN114972_c1_g2_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:AAGTGTTGGATTTGGGATTTATGGGTCAGAGCTTGCTTTTTTGAGAAAATTGGTAATGTTTTTAAAGTGTTGGATTTGGGATTTATGGGTCAGAGCTTGCTTTTTTTGAGAAAATTGGTAATGTTTTTAAAGTGTTGGATTTGGGATTTATGGGTCAGAGCTTGAACTTTGTTGTAATGTTCTTGTTATGTTCTCCGTGC
AGCAGATTCCTCTATACCTTGTTGGTGGTTTATCTTTCCGAGACATGGCTCGTACGAAGCAGACGGCACGTAAATCTACTGGAGGAAAAGCTCCTAGGAAGCAGCTCGCTACCAAGGTACTACCCCTTTACAGATTTATCGTTGACTTTTCATGTAGGGTTAAATGCAGCGAACTATTTCTTGTGAGTTTGGAGTGTATT
GTAAACAGCTTTTCATTTGCAGGCTGCACGCAAGTCTGCTCCAACAACAGGAGGTGTCAAGAAGCCTCATAGATACCGTCCTGGTACAGTTGCTCTGCGGTATGTATGCTTGATAATGGATGCCTTTGTATGATGATGTTTATTTCAATAGTCATATTCTTTGAAGCACATCTCATGGGGAAGGAATTGTTTAATTACAC
AGAGAAATTCGAAAGTATCAGAAAAGCACAGAGTTGCTAATTCGAAAGCTGCCTTTTCAAAGGCTTGTCAGAGAAATCGCCCAGGACTTCAAGgtattgcgtcttttactgagaaatggtcaaaagcactaagagaccttaatttatagctgaattctggatctatctttatctaattattgttttgttattttccagAC
GGACCTGCGTTTTCAGAGTCATGCAGTTTTAGCTCTGCAAGAGGCAGCCGAGGCCTACCTCGTCGGTCTCTTTGAAGACACCAACTTGTGTGCCATTCATGCCAAGAGAGTGACCATTATGCCTAAGGACATTCAGCTTGCTAGGCGTATCCGTGGTGAAAGGGCCTAGGTTTGACTTAGAAGTGCTGTAACGGAAGAAG
TTTTGGGTTTGACTTCTATGTTATGTATATATATTTTTAAGGGAATCCCCTCGGAGGGACGCATTGTAGTTTGTTGGACTTCTAATGTGGCATAATTGAATTTTAGTTTAATCGATATGGATAATGTGCCTGGGATAATTTGACTTGTGGGTTCTTTCATCAACCTGATCCGGTTGTGATTGTTTTGGAGTTCATTGTGA
TTTGATCTCCGGGATGGTTAACATCTTATGTAAAGATGAACTGTCGAATGTTGATTATAATCTTTTGTCTAAGAATTCCGCTAATTTGTCGTAATGCCTGTTGTTGTTATGTCATTTAATATATCCTACGACTGTAGTGGTTCTTAATTGCTCATGTTTCGCTTCGTTTGTTAGAGTGGAAGTTTAAGCGGTAAGGTTAG
TTGTGTTTGGCTGTGATTGCGTTTGGAATAACACATCAAGGATTATAATTTAAGGTTTCGTGGTTCTGGTTGAATTTTTGGTATTCCTACTGTAACCATTGTTGATCACTCAGTACGAGAACGGACGACTTGATTTGACATCTAGGTCATTGTGGTTATATGTGGTTTACGATTTAGAAAGTGATGCTTTGAACGAATTA
ACGAAGGTTATCATGGTGTTATTATTTCAGAAGTCTCAGAATATGTAAATGTGATTTACGGGACTTTCGAAATTTGCATTACTCAATTATTCATATGTGATTACAATATATAGATCCAAAGAGATGTGGTTATATGTGGTTTACGATTTAGAAAGTGATGCTTTGAACGAATTAACGAAGGTTATCATGGTGTTATTATT
TCAGAAGTCTCAGAATATGTAAATGTGATTTACGGGACTTTCGAAATTTTCATTACTCAATTATACATATGTGATTACAATATATAGATCCAAAGAGAAGCCTCTTATCCTTTCATAAGGTAAGGTTGAATGTTGTCAGTGCAAGTCAGAAATAGAACTTCATAAAATAGGAGGTGCATTGTGAGTTGATGCGTGTGCAT
TTTACAATGTTGAATTAATCTGTTGTCTTCTTGAAGAGTGGGTGCAATATATATTTTCATCCTATTTGAGTGAAGAGTGGGTGCAGTATATATTATCATCTATTTTGAGTGAAGAGTGGGTGCAGTATATATTATCATCTATTTTGAGTGAAGAGTGGGTGCAACATATATTTTTATCTATTTTGAGAGAAATTCGGTGG
GAAATTTGACATTTAATTTGTCATGTTAGGGATTAGTGTTCAGTTGTCAATTGGACGTTGACAGCTTTGAACGTCTCACTGAGTATTTTCATCTTAATCAAGTTAAGTTGAGAGATGATCACTGTGTATTCTCATCTTAATCCAGATGAGTTGAGAGATGATCACAGTGAATTTGTATATTTTTGAAATTTGCGATTTGC
TTATAGAAATTGCGTAATCATTTAAGTTTGAGTAACATCAAAATGAGTTAAGAATTGTATCTTATTCGTAGTCATTGACCAGTTTTAACTTGTCTATTTATAAATTAGGTTCAAATTTATGTATCATATCGTGCTAAGATTTAGAGTTTCGGTGATAGAAGGTTTGATTATTTGTTGAATTGACCCTGTGTGAAATTGAT
GGATGGAAATGTAGCGCTTGTTCTAGTATGGTAAGAAAGCGGAATATTTTTTGTCATAGATGGATATAAATGTAATGCCTGTTCCACTTGGTAAGAAAGCTGAAAAAGTTTAATTGATTAGTCTACCCTCAAACTTTAAGATTCGAGAGTGATCATCAAGATCTTTTGTGAAGTATCTGAAAGTACTCTAATCCCTGGAA
ATATCCCCATTGTCCTTTAAAAGTAAAAATATTTAATGGTTATTTTGTTTGATTTTATAATTGTAAATGGGTTGAAGTTCATATTGTTTAATGGTGTTTCGGGGTGACATTTTCATTAATGTACTTAATGAACTGATCCATAATCTTAGGAGTTAGGTATGGACAGGAAATAAAGTATTTACACTATAAAATGATATAGA
GGTAGTAAGGGACAGAGGCGGTATGATTGACTTGTGCCAATGCAAAAGGGGTTTGTCTTTAATATTTGTATTGAGTGGAGATTTAAATTTGCAATTTAAGGGACAGGCGGTATGATTGACTTGTGCCAATGCAAAAGGGGTTTGTCTTTAATATTTGTATTAAGTGGATACCGCCACTAGGCAAGAGTAAAAAGGTACTC
TACTAAGCTGGGTCACAAATTGGGATAACACCACAGGTACGAGTAAAAAAATTACTCTACTAAGTTGGGTCACAAATTGCGATACTATCACTAGGTACGAGTTAAAACTTGCTCTGCTAAGTTGGACCATTGGGATACCACCTCTAGGTACGAGGAAAGAGGAAACTACTTGCAAATTGTGTGTGGAAAGTATCTATTAA
GATGGGTCACAAATTGGGATACCACCACTGGGTATGAGAAAAGTACTCCAATGGGAACGAAAGTACTTCTGAGTTGTGGGAATACTGATACGTATGAGAAAAGTACTACTATGGGAACAAGCCACAAATTGTATATGGAAAGTACAACTTAGTTGTGTGAACAAATCACAAATTGTTTGTGGAAAGTACTACAAAGATGT
GGGAATGAGTCACAAATTACGGAG
Intron 4 GTATGTATGC ... AATTACACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 2.81 | 1502 | 46 | 41 |
| A2 | 1.88 | 1434 | 21 | 34 |
| A3 | 0.89 | 1668 | 13 | 17 |
| A4 | 1.92 | 1331 | 18 | 34 |
| A5 | 2.83 | 926 | 19 | 35 |
| A6 | 0.46 | 15182 | 37 | 103 |
| A7 | 0.34 | 9090 | 10 | 52 |
| A8 | 0.38 | 8295 | 19 | 44 |
| A9 | 0.25 | 11424 | 8 | 49 |
| A10 | 0.3 | 8442 | 10 | 40 |
>TRINITY_DN114972_c1_g2_i10 from sample A1 / Example spliced isoformATTATTTGCGCTTGCGGTTTGTAGCGGCTCTGAGGATTTCTATCTCTGCTGGAATATACTTTTGGCGCGCGACTTTTCTGCACAGATTCCTCTATACCTTGTTGGTGGTTTATCTTTCCGAGACATGGCTCGTACGAAGCAGACGGCACGTAAATCTACTGGAGGAAAAGCTCCTAGGAAGCAGCTCGCTACCAAGGCTG
CACGCAAGTCTGCTCCAACAACAGGAGGTGTCAAGAAGCCTCATAGATACCGTCCTGGTACAGTTGCTCTGCGAGAAATTCGAAAGTATCAGAAAAGCACAGAGTTGCTAATTCGAAAGCTGCCTTTTCAAAGGCTTGTCAGAGAAATCGCCCAGGACTTCAAGACGGACCTGCGTTTTCAGAGTCATGCAGTTTTAGCT
CTGCAAGAGGCAGCCGAGGCCTACCTCGTCGGTCTCTTTGAAGACACCAACTTGTGTGCCATTCATGCCAAGAGAGTGACCATTATGCCTAAGGACATTCAGCTTGCTAGGCGTATCCGTGGTGAAAGGGCCTAGGTTTGACTTAGAAGTGCTGTAACGGAAGAAGTTTTGGGTTTGACTTCTATGTTATGTATATATAT
TTTTAAGGGAATCCCCTCGGAGGGACGCATTGTAGTTTGTTGGACTTCTAATGTGGCATAATTGAATTTTAGTTTAATCGATATGGATAATGTGCCTGGGATAATTTGACTTGTGGGTTCTTTCATCAACCTGATCCGGTTGTGATTGTTTTGGAGTTCATTGTGATTTGATCTCCGGGATGGTTAACATCTTATGTAAA
GATGAACTGTCGAATGTTGATTATAATCTTTTGTCTAAGAATTCCGCTAATTTGTCGTAATGCCTGTTGTTGTTATGTCATTTAATATATCCTACGACTGTAGTGGTTCTTAATTGCTCATGTTTCGCTTCGTTTGTTAGAGTGGAAGTTTAAGCGGTAAGGTTAGTTGTGTTTGGCTGTGATTGCGTTTGGAATAACAC
ATCAAGGATTATAATTTAAGGTTTCGTGGTTCTGGTTGAATTTTTGGTATTCCTACTGTAACCATTGTTGATCACTCAGTACGAGAACGGACGACTTGATTTGACATCTAGGTCATTGTGGTTATATGTGGTTTACGATTTAGAAAGTGATGCTTTGAACGAATTAACGAAGGTTATCATGGTGTTATTATTTCAGAAGT
CTCAGAATATGTAAATGTGATTTACGGGACTTTCGAAATTTGCATTACTCAATTATTCATATGTGATTACAATATATAGATCCAAAGAGATGTGGTTATATGTGGTTTACGATTTAGAAAGTGATGCTTTGAACGAATTAACGAAGGTTATCATGGTGTTATTATTTCAGAAGTCTCAGAATATGTAAATGTGATTTACG
GGACTTTCGAAATTTTCATTACTCAATTATACATATGTGATTACAATATATAGATCCAAAGAGAAGCCTCTTATCCTTTCATAAGGTAAGGTTGAATGTTGTCAGTGCAAGTCAGAAATAGAACTTCATAAAATAGGAGGTGCATTGTGAGTTGATGCGTGTGCATTTTACAATGTTGAATTAATCTGTTGTCTTCTTGA
AGAGTGGGTGCAATATATATTTTCATCCTATTTGAGTGAAGAGTGGGTGCAGTATATATTATCATCTATTTTGAGTGAAGAGTGGGTGCAGTATATATTATCATCTATTTTGAGTGAAGAGTGGGTGCAACATATATTTTTATCTATTTTGAGAGAAATTCGGTGGGAAATTTGACATTTAATTTGTCATGTTAGGGATT
AGTGTTCAGTTGTCAATTGGACGTTGACAGCTTTGAACGTCTCACTGAGTATTTTCATCTTAATCAAGTTAAGTTGAGAGATGATCACTGTGTATTCTCATCTTAATCCAGATGAGTTGAGAGATGATCACAGTGAATTTGTATATTTTTGAAATTTGCGATTTGCTTATAGAAATTGCGTAATCATTTAAGTTTGAGTA
ACATCAAAATGAGTTAAGAATTGTATCTTATTCGTAGTCATTGACCAGTTTTAACTTGTCTATTTATAAATTAGGTTCAAATTTATGTATCATATCGTGCTAAGATTTAGAGTTTCGGTGATAGAAGGTTTGATTATTTGTTGAATTGACCCTGTGTGAAATTGATGGATGGAAATGTAGCGCTTGTTCTAGTATGGTAA
GAAAGCGGAATATTTTTTGTCATAGATGGATATAAATGTAATGCCTGTTCCACTTGGTAAGAAAGCTGAAAAAGTTTAATTGATTAGTCTACCCTCAAACTTTAAGATTCGAGAGTGATCATCAAGATCTTTTGTGAAGTATCTGAAAGTACTCTAATCCCTGGAAATATCCCCATTGTCCTTTAAAAGTAAAAATATTT
AATGGTTATTTTGTTTGATTTTATAATTGTAAATGGGTTGAAGTTCATATTGTTTAATGGTGTTTCGGGGTGACATTTTCATTAATGTACTTAATGAACTGATCCATAATCTTAGGAGTTAGGTATGGACAGGAAATAAAGTATTTACACTATAAAATGATATAGAGGTAGTAAGGGACAGAGGCGGTATGATTGACTTG
TGCCAATGCAAAAGGGGTTTGTCTTTAATATTTGTATTGAGTGGAGATTTAAATTTGCAATTTAAGGGACAGGCGGTATGATTGACTTGTGCCAATGCAAAAGGGGTTTGTCTTTAATATTTGTATTAAGTGGATACCGCCACTAGGCAAGAGTAAAAAGGTACTCTACTAAGCTGGGTCACAAATTGGGATAACACCAC
AGGTACGAGTAAAAAAATTACTCTACTAAGTTGGGTCACAAATTGCGATACTATCACTAGGTACGAGTTAAAACTTGCTCTGCTAAGTTGGACCATTGGGATACCACCTCTAGGTACGAGGAAAGAGGAAACTACTTGCAAATTGTGTGTGGAAAGTATCTATTAAGATGGGTCACAAATTGGGATACCACCACTGGGTA
TGAGAAAAGTACTCCAATGGGAACGAAAGTACTTCTGAGTTGTGGGAATACTGATACGTATGAGAAAAGTACTACTATGGGAACAAGCCACAAATTGTATATGGAAAGTACAACTTAGTTGTGTGAACAAATCACAAATTGTTTGTGGAAAGTACTACAAAGATGTGGGAATGAGTCACAAATTACGGAG
>TRINITY_DN114972_c1_g2_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:AAGTGTTGGATTTGGGATTTATGGGTCAGAGCTTGCTTTTTTGAGAAAATTGGTAATGTTTTTAAAGTGTTGGATTTGGGATTTATGGGTCAGAGCTTGCTTTTTTTGAGAAAATTGGTAATGTTTTTAAAGTGTTGGATTTGGGATTTATGGGTCAGAGCTTGAACTTTGTTGTAATGTTCTTGTTATGTTCTCCGTGC
AGCAGATTCCTCTATACCTTGTTGGTGGTTTATCTTTCCGAGACATGGCTCGTACGAAGCAGACGGCACGTAAATCTACTGGAGGAAAAGCTCCTAGGAAGCAGCTCGCTACCAAGGTACTACCCCTTTACAGATTTATCGTTGACTTTTCATGTAGGGTTAAATGCAGCGAACTATTTCTTGTGAGTTTGGAGTGTATT
GTAAACAGCTTTTCATTTGCAGGCTGCACGCAAGTCTGCTCCAACAACAGGAGGTGTCAAGAAGCCTCATAGATACCGTCCTGGTACAGTTGCTCTGCGgtatgtatgcttgataatggatgcctttgtatgatgatgtttatttcaatagtcatattctttgaagcacatctcatggggaaggaattgtttaattacac
agAGAAATTCGAAAGTATCAGAAAAGCACAGAGTTGCTAATTCGAAAGCTGCCTTTTCAAAGGCTTGTCAGAGAAATCGCCCAGGACTTCAAGGTATTGCGTCTTTTACTGAGAAATGGTCAAAAGCACTAAGAGACCTTAATTTATAGCTGAATTCTGGATCTATCTTTATCTAATTATTGTTTTGTTATTTTCCAGAC
GGACCTGCGTTTTCAGAGTCATGCAGTTTTAGCTCTGCAAGAGGCAGCCGAGGCCTACCTCGTCGGTCTCTTTGAAGACACCAACTTGTGTGCCATTCATGCCAAGAGAGTGACCATTATGCCTAAGGACATTCAGCTTGCTAGGCGTATCCGTGGTGAAAGGGCCTAGGTTTGACTTAGAAGTGCTGTAACGGAAGAAG
TTTTGGGTTTGACTTCTATGTTATGTATATATATTTTTAAGGGAATCCCCTCGGAGGGACGCATTGTAGTTTGTTGGACTTCTAATGTGGCATAATTGAATTTTAGTTTAATCGATATGGATAATGTGCCTGGGATAATTTGACTTGTGGGTTCTTTCATCAACCTGATCCGGTTGTGATTGTTTTGGAGTTCATTGTGA
TTTGATCTCCGGGATGGTTAACATCTTATGTAAAGATGAACTGTCGAATGTTGATTATAATCTTTTGTCTAAGAATTCCGCTAATTTGTCGTAATGCCTGTTGTTGTTATGTCATTTAATATATCCTACGACTGTAGTGGTTCTTAATTGCTCATGTTTCGCTTCGTTTGTTAGAGTGGAAGTTTAAGCGGTAAGGTTAG
TTGTGTTTGGCTGTGATTGCGTTTGGAATAACACATCAAGGATTATAATTTAAGGTTTCGTGGTTCTGGTTGAATTTTTGGTATTCCTACTGTAACCATTGTTGATCACTCAGTACGAGAACGGACGACTTGATTTGACATCTAGGTCATTGTGGTTATATGTGGTTTACGATTTAGAAAGTGATGCTTTGAACGAATTA
ACGAAGGTTATCATGGTGTTATTATTTCAGAAGTCTCAGAATATGTAAATGTGATTTACGGGACTTTCGAAATTTGCATTACTCAATTATTCATATGTGATTACAATATATAGATCCAAAGAGATGTGGTTATATGTGGTTTACGATTTAGAAAGTGATGCTTTGAACGAATTAACGAAGGTTATCATGGTGTTATTATT
TCAGAAGTCTCAGAATATGTAAATGTGATTTACGGGACTTTCGAAATTTTCATTACTCAATTATACATATGTGATTACAATATATAGATCCAAAGAGAAGCCTCTTATCCTTTCATAAGGTAAGGTTGAATGTTGTCAGTGCAAGTCAGAAATAGAACTTCATAAAATAGGAGGTGCATTGTGAGTTGATGCGTGTGCAT
TTTACAATGTTGAATTAATCTGTTGTCTTCTTGAAGAGTGGGTGCAATATATATTTTCATCCTATTTGAGTGAAGAGTGGGTGCAGTATATATTATCATCTATTTTGAGTGAAGAGTGGGTGCAGTATATATTATCATCTATTTTGAGTGAAGAGTGGGTGCAACATATATTTTTATCTATTTTGAGAGAAATTCGGTGG
GAAATTTGACATTTAATTTGTCATGTTAGGGATTAGTGTTCAGTTGTCAATTGGACGTTGACAGCTTTGAACGTCTCACTGAGTATTTTCATCTTAATCAAGTTAAGTTGAGAGATGATCACTGTGTATTCTCATCTTAATCCAGATGAGTTGAGAGATGATCACAGTGAATTTGTATATTTTTGAAATTTGCGATTTGC
TTATAGAAATTGCGTAATCATTTAAGTTTGAGTAACATCAAAATGAGTTAAGAATTGTATCTTATTCGTAGTCATTGACCAGTTTTAACTTGTCTATTTATAAATTAGGTTCAAATTTATGTATCATATCGTGCTAAGATTTAGAGTTTCGGTGATAGAAGGTTTGATTATTTGTTGAATTGACCCTGTGTGAAATTGAT
GGATGGAAATGTAGCGCTTGTTCTAGTATGGTAAGAAAGCGGAATATTTTTTGTCATAGATGGATATAAATGTAATGCCTGTTCCACTTGGTAAGAAAGCTGAAAAAGTTTAATTGATTAGTCTACCCTCAAACTTTAAGATTCGAGAGTGATCATCAAGATCTTTTGTGAAGTATCTGAAAGTACTCTAATCCCTGGAA
ATATCCCCATTGTCCTTTAAAAGTAAAAATATTTAATGGTTATTTTGTTTGATTTTATAATTGTAAATGGGTTGAAGTTCATATTGTTTAATGGTGTTTCGGGGTGACATTTTCATTAATGTACTTAATGAACTGATCCATAATCTTAGGAGTTAGGTATGGACAGGAAATAAAGTATTTACACTATAAAATGATATAGA
GGTAGTAAGGGACAGAGGCGGTATGATTGACTTGTGCCAATGCAAAAGGGGTTTGTCTTTAATATTTGTATTGAGTGGAGATTTAAATTTGCAATTTAAGGGACAGGCGGTATGATTGACTTGTGCCAATGCAAAAGGGGTTTGTCTTTAATATTTGTATTAAGTGGATACCGCCACTAGGCAAGAGTAAAAAGGTACTC
TACTAAGCTGGGTCACAAATTGGGATAACACCACAGGTACGAGTAAAAAAATTACTCTACTAAGTTGGGTCACAAATTGCGATACTATCACTAGGTACGAGTTAAAACTTGCTCTGCTAAGTTGGACCATTGGGATACCACCTCTAGGTACGAGGAAAGAGGAAACTACTTGCAAATTGTGTGTGGAAAGTATCTATTAA
GATGGGTCACAAATTGGGATACCACCACTGGGTATGAGAAAAGTACTCCAATGGGAACGAAAGTACTTCTGAGTTGTGGGAATACTGATACGTATGAGAAAAGTACTACTATGGGAACAAGCCACAAATTGTATATGGAAAGTACAACTTAGTTGTGTGAACAAATCACAAATTGTTTGTGGAAAGTACTACAAAGATGT
GGGAATGAGTCACAAATTACGGAG
Intron 5 GTATGTTGGA ... CGTGCAGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 9.39 | 1274 | 33 | 132 |
| A2 | 8.61 | 1411 | 40 | 133 |
| A3 | 7.72 | 1590 | 8 | 133 |
| A4 | 9.9 | 1347 | 40 | 148 |
| A5 | 8.75 | 1106.5 | 31 | 106 |
| A6 | 4.98 | 14601 | 8 | 765 |
| A7 | 5.28 | 9157 | 13 | 510 |
| A8 | 4.8 | 6505 | 4 | 328 |
| A9 | 5.12 | 11106.5 | 17 | 599 |
| A10 | 5.84 | 9227 | 5 | 572 |
>TRINITY_DN114972_c1_g2_i10 from sample A1 / Example spliced isoformATTATTTGCGCTTGCGGTTTGTAGCGGCTCTGAGGATTTCTATCTCTGCTGGAATATACTTTTGGCGCGCGACTTTTCTGCACAGATTCCTCTATACCTTGTTGGTGGTTTATCTTTCCGAGACATGGCTCGTACGAAGCAGACGGCACGTAAATCTACTGGAGGAAAAGCTCCTAGGAAGCAGCTCGCTACCAAGGCTG
CACGCAAGTCTGCTCCAACAACAGGAGGTGTCAAGAAGCCTCATAGATACCGTCCTGGTACAGTTGCTCTGCGAGAAATTCGAAAGTATCAGAAAAGCACAGAGTTGCTAATTCGAAAGCTGCCTTTTCAAAGGCTTGTCAGAGAAATCGCCCAGGACTTCAAGACGGACCTGCGTTTTCAGAGTCATGCAGTTTTAGCT
CTGCAAGAGGCAGCCGAGGCCTACCTCGTCGGTCTCTTTGAAGACACCAACTTGTGTGCCATTCATGCCAAGAGAGTGACCATTATGCCTAAGGACATTCAGCTTGCTAGGCGTATCCGTGGTGAAAGGGCCTAGGTTTGACTTAGAAGTGCTGTAACGGAAGAAGTTTTGGGTTTGACTTCTATGTTATGTATATATAT
TTTTAAGGGAATCCCCTCGGAGGGACGCATTGTAGTTTGTTGGACTTCTAATGTGGCATAATTGAATTTTAGTTTAATCGATATGGATAATGTGCCTGGGATAATTTGACTTGTGGGTTCTTTCATCAACCTGATCCGGTTGTGATTGTTTTGGAGTTCATTGTGATTTGATCTCCGGGATGGTTAACATCTTATGTAAA
GATGAACTGTCGAATGTTGATTATAATCTTTTGTCTAAGAATTCCGCTAATTTGTCGTAATGCCTGTTGTTGTTATGTCATTTAATATATCCTACGACTGTAGTGGTTCTTAATTGCTCATGTTTCGCTTCGTTTGTTAGAGTGGAAGTTTAAGCGGTAAGGTTAGTTGTGTTTGGCTGTGATTGCGTTTGGAATAACAC
ATCAAGGATTATAATTTAAGGTTTCGTGGTTCTGGTTGAATTTTTGGTATTCCTACTGTAACCATTGTTGATCACTCAGTACGAGAACGGACGACTTGATTTGACATCTAGGTCATTGTGGTTATATGTGGTTTACGATTTAGAAAGTGATGCTTTGAACGAATTAACGAAGGTTATCATGGTGTTATTATTTCAGAAGT
CTCAGAATATGTAAATGTGATTTACGGGACTTTCGAAATTTGCATTACTCAATTATTCATATGTGATTACAATATATAGATCCAAAGAGATGTGGTTATATGTGGTTTACGATTTAGAAAGTGATGCTTTGAACGAATTAACGAAGGTTATCATGGTGTTATTATTTCAGAAGTCTCAGAATATGTAAATGTGATTTACG
GGACTTTCGAAATTTTCATTACTCAATTATACATATGTGATTACAATATATAGATCCAAAGAGAAGCCTCTTATCCTTTCATAAGGTAAGGTTGAATGTTGTCAGTGCAAGTCAGAAATAGAACTTCATAAAATAGGAGGTGCATTGTGAGTTGATGCGTGTGCATTTTACAATGTTGAATTAATCTGTTGTCTTCTTGA
AGAGTGGGTGCAATATATATTTTCATCCTATTTGAGTGAAGAGTGGGTGCAGTATATATTATCATCTATTTTGAGTGAAGAGTGGGTGCAGTATATATTATCATCTATTTTGAGTGAAGAGTGGGTGCAACATATATTTTTATCTATTTTGAGAGAAATTCGGTGGGAAATTTGACATTTAATTTGTCATGTTAGGGATT
AGTGTTCAGTTGTCAATTGGACGTTGACAGCTTTGAACGTCTCACTGAGTATTTTCATCTTAATCAAGTTAAGTTGAGAGATGATCACTGTGTATTCTCATCTTAATCCAGATGAGTTGAGAGATGATCACAGTGAATTTGTATATTTTTGAAATTTGCGATTTGCTTATAGAAATTGCGTAATCATTTAAGTTTGAGTA
ACATCAAAATGAGTTAAGAATTGTATCTTATTCGTAGTCATTGACCAGTTTTAACTTGTCTATTTATAAATTAGGTTCAAATTTATGTATCATATCGTGCTAAGATTTAGAGTTTCGGTGATAGAAGGTTTGATTATTTGTTGAATTGACCCTGTGTGAAATTGATGGATGGAAATGTAGCGCTTGTTCTAGTATGGTAA
GAAAGCGGAATATTTTTTGTCATAGATGGATATAAATGTAATGCCTGTTCCACTTGGTAAGAAAGCTGAAAAAGTTTAATTGATTAGTCTACCCTCAAACTTTAAGATTCGAGAGTGATCATCAAGATCTTTTGTGAAGTATCTGAAAGTACTCTAATCCCTGGAAATATCCCCATTGTCCTTTAAAAGTAAAAATATTT
AATGGTTATTTTGTTTGATTTTATAATTGTAAATGGGTTGAAGTTCATATTGTTTAATGGTGTTTCGGGGTGACATTTTCATTAATGTACTTAATGAACTGATCCATAATCTTAGGAGTTAGGTATGGACAGGAAATAAAGTATTTACACTATAAAATGATATAGAGGTAGTAAGGGACAGAGGCGGTATGATTGACTTG
TGCCAATGCAAAAGGGGTTTGTCTTTAATATTTGTATTGAGTGGAGATTTAAATTTGCAATTTAAGGGACAGGCGGTATGATTGACTTGTGCCAATGCAAAAGGGGTTTGTCTTTAATATTTGTATTAAGTGGATACCGCCACTAGGCAAGAGTAAAAAGGTACTCTACTAAGCTGGGTCACAAATTGGGATAACACCAC
AGGTACGAGTAAAAAAATTACTCTACTAAGTTGGGTCACAAATTGCGATACTATCACTAGGTACGAGTTAAAACTTGCTCTGCTAAGTTGGACCATTGGGATACCACCTCTAGGTACGAGGAAAGAGGAAACTACTTGCAAATTGTGTGTGGAAAGTATCTATTAAGATGGGTCACAAATTGGGATACCACCACTGGGTA
TGAGAAAAGTACTCCAATGGGAACGAAAGTACTTCTGAGTTGTGGGAATACTGATACGTATGAGAAAAGTACTACTATGGGAACAAGCCACAAATTGTATATGGAAAGTACAACTTAGTTGTGTGAACAAATCACAAATTGTTTGTGGAAAGTACTACAAAGATGTGGGAATGAGTCACAAATTACGGAG
>TRINITY_DN114972_c1_g2_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATTATTTGCGCTTGCGGTTTGTAGCGGCTCTGAGGATTTCTATCTCTGCTGGAATATACTTTTGGCGCGCGACTTTTCTGCACAGgtatgttggatctccattatgtctaatggatttgaaaggcttttatggtagtgtaaggtgggtttagggcagttggaagggtttgcaggtgtatttaggtgcaggcagtagaata
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