sp|Q9C977|PP135_ARATH ----> Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g80270, mitochondrial
Intron 1 GTGAGTCCGC ... TGGATGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 16.67 | 20 | 4 | 0 |
| A2 | 31.25 | 33 | 15 | 5.2 |
| A3 | 28.57 | 20 | 8 | 1.2 |
| A4 | 22.73 | 17 | 5 | 1.6 |
| A5 | 26.32 | 14 | 5 | 1.2 |
| A6 | 17.65 | 14 | 3 | 1.6 |
| A7 | 20.31 | 51 | 13 | 4.8 |
| A8 | 22.22 | 7 | 2 | 0.8 |
| A9 | 33.33 | 40 | 20 | 1.6 |
| A10 | 13.73 | 44 | 7 | 2.4 |
>TRINITY_DN110879_c4_g1_i14 from sample A2 / Example spliced isoformATTTATGAAAACATGCTCAGCTAAAAAAATGTTAAATCTACCTAAATCGTCAGGGGTTTTGGCTCCTCAGGACGACAGCCAGGGTTTAAGCTGGAAGGGTTTAGGACTAGTTCCATTACTACGAAGAACAGTGATGTAGACCATTATTGCATTTTCCACCAAACAATCATGTGGGCATTACGAAAAACAGCAAATCATTG
GAGGGTTCATAGTAAATACCATAATGCTCTTAAAGCTTCCACAGGCGGCAGACTTGAGAATTGGGAAGACAATGCAACACACTTTAGTTTCACAGGTAAATCTAGTGAAGACGATGTCGTTGGGTTATCTGAAACAAATGGGTCCAGTCCTACAAGAGGCATATCGCATTGCCATTGCCAGTACCCCAGATTGCCACACT
TAGGTCGAGGGTTCGCCACCCAGCCTGGTGCAGGAGACAAAGATGCGGTAGATGCTCATGGGGAAGGTTTCTCTGAGCTGGAGTCAGCCCCTAGCAGTAACAATGGTGAAGTGGAAGAACATTTGGCTTCTGAAGAAGAGTTTTATGAGCTGGACGCCCTCGGTAATGCTGCAGAAGTTGATGCTGGTCCTTATTTATCA
GAAGCAGAAGTTGAGAAAGAGGAAGTTCACAATGCATCACGTTTGTATCAAACAGTTTTGAGCTGTAAAGACCATGCTTTGCCCACTTCACTTGAACAGTGGCTTGCTGATGGCAATGTTTTAACTGGAGAAGAAGTTGTCTTGACCTTTCTGCATCTACGGAAGCGTCGCATGTTTAGACGTCTTCTGAAGGTTTCAGA
GTGGTTGGAGGTGAAAAAGCCATTTGAGATGAATGGAAGAGATTATGCAGCTCGGCTGGATTTGATTGCTAAGTTACTTGGATCTTGCATCTCTAAAGCAAGTGTACCAATGTCTCTTAGTAAACTGTTCATTTACAAGCGTCTTGACAAGAAGAAGATTCCATTTATATTAAAAATGATGGAAGATCAAGGTGTAAAAC
CTAATACATCCACATACAGGATTCTCATAGATATGAAAGGTCGGATAGGTGACATTGGTGGAATGGAGCAGGTTGTTAAGAACATGAAATCTGAGCACATAGAACCAGACAGTGGATCTTTAGCATTGATTGCTAGACATTATATCAATGCCGGACTTGCCGAAAAGGCAGAGGTTGTCCTTCAGGAGTTGCAAAACGGT
AGCCTCAAAGATAAGCAGAGTGTTTGGAAAATGCTTCTTCCTCTGTATGCAGGTCTAGGTAAAGCTGCTGAAGTGGAAAGGATTTGGAAAGATCTCGAATCTTCTCCTAATCTTCATTTAGATGGATATGTTGCTGGGGTTGTGGCATGGGGAAAGTTGGGTCAACTTGAAAAAGCAGAAATCACATTTGAGAAATTGCT
CAATTCTGGGAAGAAGGTATCGGCAAAGCACTATAATGCCCTTCTTGATGTGTATGCAGACCATCATTTATTGCTTAAAGGAAAGGAATTGGTAAAGCGAATGTCTGACAATGGGTGCGAAATTGCACCAACTACCTGGGATGCACTTGTTAGACTTTTTGTAAATGCAGGTGAGCTGGAAAAGGCAGATTCCATTTTGT
TTAAAGCTTGTAATCAGAAACAGTTGCGGCCGATGTACCAGACAATGGTCATGATCTTAGAAAAATATGCAGAAAAAGGTGATATTGCCAATGCCGAGAAGATTTTTGATAGAATGAGACAAGCTGGCTACCCTGCCAGGTTGGGAGCATTTGAGTCCCTTTTGCAAGCTTATGCAAAGGCGCATGCACCTGCCTATGGA
TTTAGGGAAAGAATGAAGGCAGATAAAATTCCCCCCTATGGAAGGTTGAATAATCTTCTGCAACAGGTGGATGCATTTAAGAATGATATTTTGCAAGAGATACTTGATTGAGCCTCTGCTGGCAACTTCCAATATGTATTACAAATAGTCAAACATTATTTTGCTATAAAAGATTAGTTGTACTTTTCAGTCTTGTACCC
TAGAAGAACATTTCAATAGTTAACTATTTTATTCTTTCAAACTTGAGTCAGTCCAGTATATTGTTTGCTTTTGGTTAGGACAACTCTGTCTCCATCAAAAGCTAATTGCAAATTTTGTAAATGAACATTATTTGCTAACTGAGCCTTTTCCTGTTTGGTTTGATGGGTAACTTGTAATTAACCTGAGCTAATGTGTAATT
GACCATATTGTCGTACTTATTGCAACTACTTTGAAG
>TRINITY_DN110879_c4_g1_i8 from sample A2 / Example unspliced isoform:ATTTATGAAAACATGCTCAGCTAAAAAAATGTTAAATCTACCTAAATCGTCAGGGGTTTTGGCTCCTCAGGACGACAGCCAGGGTTTAAGCTGGAAGGGTTTAGGACTAGTTCCATTACTACGAAGAACAGTGATGTAGACCATTATTGCATTTTCCACCAAACAATCATGTGGGCATTACGAAAAACAGCAAATCATTG
GAGgtgagtccgcatattctattcagagctttcatttcatgtcgaattgtaccgataaaaccacatgtccgaaatctcttttgttaaatcttttgtaatcctctgcaacatagagaaacaattccaatctcatatgtcttggatggcagGGTTCATAGTAAATACCATAATGCTCTTAAAGCTTCCACAGGCGGCAGACT
TGAGAATTGGGAAGACAATGCAACACACTTTAGTTTCACAGGTAAATCTAGTGAAGACGATGTCGTTGGGTTATCTGAAACAAATGGGTCCAGTCCTACAAGAGGCATATCGCATTGCCATTGCCAGTACCCCAGATTGCCACACTTAGGTCGAGGGTTCGCCACCCAGCCTGGTGCAGGAGACAAAGATGCGGTAGATG
CTCATGGGGAAGGTTTCTCTGAGCTGGAGTCAGCCCCTAGCAGTAACAATGGTGAAGTGGAAGAACATTTGGCTTCTGAAGAAGAGTTTTATGAGCTGGACGCCCTCGGTAATGCTGCAGAAGTTGATGCTGGTCCTTATTTATCAGAAGCAGAAGTTGAGAAAGAGGAAGTTCACAATGCATCACGTTTGTATCAAACA
GTTTTGAGCTGTAAAGACCATGCTTTGCCCACTTCACTTGAACAGTGGCTTGCTGATGGCAATGTTTTAACTGGAGAAGAAGTTGTCTTGACCTTTCTGCATCTACGGAAGCGTCGCATGTTTAGACGTCTTCTGAAGGTTTCAGAGTGGTTGGAGGTGAAAAAGCCATTTGAGATGAATGGAAGAGATTATGCAGCTCG
GCTGGATTTGATTGCTAAGTTACTTGGATCTTGCATCTCTAAAGCAAGTGTACCAATGTCTCTTAGTAAACTGTTCATTTACAAGCGTCTTGACAAGAAGAAGATTCCATTTATATTAAAAATGATGGAAGATCAAGGTGTAAAACCTAATACATCCACATACAGGATTCTCATAGATATGAAAGGTCGGATAGGTGACA
TTGGTGGAATGGAGCAGGTTGTTAAGAACATGAAATCTGAGCACATAGAACCAGACAGTGGATCTTTAGCATTGATTGCTAGACATTATATCAATGCCGGACTTGCCGAAAAGGCAGAGGTTGTCCTTCAGGAGTTGCAAAACGGTAGCCTCAAAGATAAGCAGAGTGTTTGGAAAATGCTTCTTCCTCTGTATGCAGGT
CTAGGTAAAGCTGCTGAAGTGGAAAGGATTTGGAAAGATCTCGAATCTTCTCCTAATCTTCATTTAGATGGATATGTTGCTGGGGTTGTGGCATGGGGAAAGTTGGGTCAACTTGAAAAAGCAGAAATCACATTTGAGAAATTGCTCAATTCTGGGAAGAAGGTATCGGCAAAGCACTATAATGCCCTTCTTGATGTGTA
TGCAGACCATCATTTATTGCTTAAAGGAAAGGAATTGGTAAAGCGAATGTCTGACAATGGGTGCGAAATTGCACCAACTACCTGGGATGCACTTGTTAGACTTTTTGTAAATGCAGGTGAGCTGGAAAAGGCAGATTCCATTTTGTTTAAAGCTTGTAATCAGAAACAGTTGCGGCCGATGTACCAGACAATGGTCATGA
TCTTAGAAAAATATGCAGAAAAAGGTGATATTGCCAATGCCGAGAAGATTTTTGATAGAATGAGACAAGCTGGCTACCCTGCCAGGTTGGGAGCATTTGAGTCCCTTTTGCAAGCTTATGCAAAGGCGCATGCACCTGCCTATGGATTTAGGGAAAGAATGAAGGCAGATAAAATTCCCCCCTATGGAAGGTTGAATAAT
CTTCTGCAACAGGTGGATGCATTTAAGAATGATATTTTGCAAGAGATACTTGATTGAGCCTCTGCTGGCAACTTCCAATATGTATTACAAATAGTCAAACATTATTTTGCTATAAAAGATTAGTTGTACTTTTCAGTCTTGTACCCTAGAAGAACATTTCAATAGTTAACTATTTTATTCTTTCAAACTTGAGTCAGTCC
AGTATATTGTTTGCTTTTGGTTAGGACAACTCTGTCTCCATCAAAAGCTAATTGCAAATTTTGTAAATGAACATTATTTGCTAACTGAGCCTTTTCCTGTTTGGTTTGATGGGTAACTTGTAATTAACCTGAGCTAATGTGTAATTGACCATATTGTCGTACTTATTGCAACTACTTTGAAG
Intron 2 GTAACTCTGC ... ACTTGAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 69.75 | 13.7 | 31 | 32 |
| A2 | 63.52 | 29 | 61 | 40 |
| A3 | 79.03 | 13 | 55 | 43 |
| A4 | 60.32 | 25 | 32 | 44 |
| A5 | 73.58 | 7 | 23 | 16 |
| A6 | 84.35 | 9 | 57 | 40 |
| A7 | 80.31 | 19 | 93 | 62 |
| A8 | 88.57 | 4 | 26 | 36 |
| A9 | 82.81 | 10 | 52 | 44.3 |
| A10 | 80.75 | 18 | 91 | 60 |
>TRINITY_DN98851_c0_g1_i5 from sample A4 / Example spliced isoformCGTTAAGTTTTAATGTGCGGGCAAAACAATTTTAGAAAGATCATCTCAAAATGGTTACATACCAGTGGGGGTTTTGTCGCGATGGTAAGGATTAGGGTTCAAGCTGGAAGGATTTAGTCGTATTCCATTCATGCGAAACCGGGAAAGACCACTTCAGTTTTTGCCAAACAATCATGTGGGCCTTACGAAAAACAGCAAAG
CATCTGAGGGCTCATGGTAAATGCCACCGTGCCTTCAAAACTTCTGCAGGCAGACTTGAGAACTGGAAAGGCAATGCAACACACTTGAGTTCCACAGGCAAATCTATTGAAGACGATGTCGTTAGGCTAGGTGAAACAAATGGGTACACTCCTGCGAGAGGGATATCGCATTGCCATTGCCAGGACCCCAAATTTGCACA
ATTGGGTCGAGGGTTCGCCTCCCACGCCGTTACAGAGGGCAAAGATTCGGCTGATGCTTCTGAAGATGAATGTTCTGAGCTGGAGGCTCCTGTGGCTTGCTGATGGCAATGTTGTAACTAGAAAAGAAGTAATCGCCACCTTTGTGAGTCTTCGTAGGCGTCGAATGTTTAGGCATCTTCTCAAGGTTTCAGATTGGTTG
GAGGTGAAAAAGCCATTTAAGATGGATGGAAGAGATTATGCAGCTCGGCTGGACGTGATTTTTAAGACACTTGGCATCTTTAGAGCTAACAAGTATTTTGCAAGTATACCATCAGACATGAGAGGACAAAGAGTGTATGGAACTCTCTTAGCAAACTACTCATCTACATCTAACGTTGAGAAATCTGAAGAGATTTTTAA
GAAGATGAAGGCTGAAGGTTTTTCTCTAACTGCCTATAATTACAACCAGCTGCTGTTGCTTTACAAGCGTTTGGACAGGAAAAAGATTCAAGACGTATTAAAAATGATGGAAGATGATGGTGTAAAACCTAATATATTCACATACAAGATTCTCATAGATGAGAAAGGTCGTATTGGCGACATTCGTGGCATGGAGCAGG
TTGTTGAGAACATGAAATCTGAAGACATAGAGCCGGACATTGAGATTCTAGAATTGCTTGCAAAAAATTATATCCGTCTCGGACTAGCTGAAAAGGCAGAGGTGATACTCAAGGAGCTGGAAAATGATAACCTAATGGACAAGCGCAGTCGTTTGAGAATTCTACTTACTCTGTATGCATATCTAGGTAAACCTACAGAA
GTGGAAAGAATTTGGAAAGATTTCGAAGCTTTTCCTGATCTTCGTTTAGATGAATATGTTGCTGGGGTTGGGGCATGGGGAAAGTTGGGTCAAATTGAAAAAGCAGAAGTCACATTTGAGAAAGTGCTCAATTCTGGGAAGAAGATATTGACAAAGCACTATGATGCTCTTCTCAATGTGTATGCTGACAATCATTTATT
GCTTAAAGGAAAGCAATTGGTAAAGCAAATGTCTGACAATGGGTGCGCAATCAAACCCTCTACCTGGGATGCACTTATTAAACTTTATCTCAATGCAGGTGAGCTGGAAAAGGCAGATTCCATTTTGTTTAAAGCTTGTAATCAGAAACAGTTAAAGCCAAAGTACTGGACGATGGCCTCAATCTTAGAAAAGTATGCAG
AAAGAGGAGATGTTGCCAATGCCGAGAAGATTTTTGATAGATTGAGACAAGGTGGCTACCCTATCAGTGCAGGGACATTTGCGTCCCTTTTGAAAGCTTATTCAAAGGCACGTGTACCTGCCTATGGATTTAGGGAAAGAATGAAGGCAGATAACATTTACCCCAGTGGAAGGTTGAGTTTTTTTCTGCAACAGGTGGAT
GCGTTAAAGATTGATAATACTCTGGAAGGGATACTTGATTGAGTCTCTACAGGCAACTTGCAATATGTGTTACAAGTAGTCAGACATTTTGATATAAAAGATCAACACTTATGTTTCAGTGTTGTTCCCTGCATTCTGCAAGGAAAGCATTTCAATAGTTAACTATTTATTTTTTCAAAATAGAGTCAGTCCAGTATATT
GTTGTTCTTTCTTTTATCAGGAAATTTGTTTTTGGTTATGACAACCCTCAGTATCCATGAAAAGCTTATTGCAAATATTGTAAATGAAAATGATTTGCCAACTGATCCTTTTCCTATTGGGTTTGATGGGTAGCT
>TRINITY_DN98851_c0_g1_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:CGTTAAGTTTTAATGTGCGGGCAAAACAATTTTAGAAAGATCATCTCAAAATGGTTACATACCAGTGGGGGTTTTGTCGCGATGGTAAGGATTAGGGTTCAAGCTGGAAGGATTTAGTCGTATTCCATTCATGCGAAACCGGGAAAGACCACTTCAGTTTTTGCCAAACAATCATGTGGGCCTTACGAAAAACAGCAAAG
CATCTGAGGGCTCATGGTAAATGCCACCGTGCCTTCAAAACTTCTGCAGGCAGACTTGAGAACTGGAAAGGCAATGCAACACACTTGAGTTCCACAGGCAAATCTATTGAAGACGATGTCGTTAGGCTAGGTGAAACAAATGGGTACACTCCTGCGAGAGGGATATCGCATTGCCATTGCCAGGACCCCAAATTTGCACA
ATTGGGTCGAGGGTTCGCCTCCCACGCCGTTACAGAGGGCAAAGATTCGGCTGATGCTTCTGAAGATGAATGTTCTGAGCTGGAGGCTCCTGgtaactctgctgaagctcattccgatccttatttaacagatgcagaagttgagaaagaggaagttgacaatgccacaccgttgtaccaaaccgttttgaaatgtgatt
actctaatataccctcttcacttgaacagTGGCTTGCTGATGGCAATGTTTTAACTAGAAAAGAAGTAATCGCCACCTTTGTGAGTCTTCGTAGGCGTCGAATGTTTAGGCATCTTCTCAAGGTTTCAGATTGGTTGGAGGTGAAAAAGCCATTTAAGATGGATGGAAGAGATTATGCAGCTCGGCTGGACGTGATTTTT
AAGACACTTGGCATCTTTAGAGCTAACAAGTATTTTGCAAGTATACCATCAGACATGAGAGGACAAAGAGTGTATGGAACTCTCTTAGCAAACTACTCATCTACATCTAACGTTGAGAAATCTGAAGAGATTTTTAAGAAGATGAAGGCTGAAGGTTTTTCTCTAACTGCCTATAATTACAACCAGCTGCTGTTGCTTTA
CAAGCGTTTGGACAGGAAAAAGATTCAAGACGTATTAAAAATGATGGAAGATGATGGTGTAAAACCTAATATATTCACATACAAGATTCTCATAGATGAGAAAGGTCGTATTGGCGACATTCGTGGCATGGAGCAGGTTGTTGAGAACATGAAATCTGAAGACATAGAGCCGGACATTGAGATTCTAGAATTGCTTGCAA
AAAATTATATCCGTCTCGGACTAGCTGAAAAGGCAGAGGTGATACTCAAGGAGCTGGAAAATGATAACCTAATGGACAAGCGCAGTCGTTTGAGAATTCTACTTACTCTGTATGCATATCTAGGTAAACCTACAGAAGTGGAAAGAATTTGGAAAGATTTCGAAGCTTTTCCTGATCTTCGTTTAGATGAATATGTTGCT
GGGGTTGGGGCATGGGGAAAGTTGGGTCAAATTGAAAAAGCAGAAGTCACATTTGAGAAAGTGCTCAATTCTGGGAAGAAGATATTGACAAAGCACTATGATGCTCTTCTCAATGTGTATGCTGACAATCATTTATTGCTTAAAGGAAAGCAATTGGTAAAGCAAATGTCTGACAATGGGTGCGCAATCAAACCCTCTAC
CTGGGATGCACTTATTAAACTTTATCTCAATGCAGGTGAGCTGGAAAAGGCAGATTCCATTTTGTTTAAAGCTTGTAATCAGAAACAGTTAAAGCCAAAGTACTGGACGATGGCCTCAATCTTAGAAAAGTATGCAGAAAGAGGAGATGTTGCCAATGCCGAGAAGATTTTTGATAGATTGAGACAAGGTGGCTACCCTA
TCAGTGCAGGGACATTTGCGTCCCTTTTGAAAGCTTATTCAAAGGCACGTGTACCTGCCTATGGATTTAGGGAAAGAATGAAGGCAGATAACATTTACCCCAGTGGAAGGTTGAGTTTTTTTCTGCAACAGGTGGATGCGTTAAAGATTGATAATACTCTGGAAGGGATACTTGATTGAGTCTCTACAGGCAACTTGCAA
TATGTGTTACAAGTAGTCAGACATTTTGATATAAAAGATCAACACTTATGTTTCAGTGTTGTTCCCTGCATTCTGCAAGGAAAGCATTTCAATAGTTAACTATTTATTTTTTCAAAATAGAGTCAGTCCAGTATATTGTTGTTCTTTCTTTTATCAGGAAATTTGTTTTTGGTTATGACAACCCTCAGTATCCATGAAAA
GCTTATTGCAAATATTGTAAATGAAAATGATTTGCCAACTGATCCTTTTCCTATTGGGTTTGATGGGTAGCT
Intron 3 GTAATGTCAA ... GGATTTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 48.48 | 17 | 17 | 15 |
| A2 | 40.43 | 14 | 8 | 11 |
| A3 | 47.37 | 15 | 16 | 11 |
| A4 | 36.59 | 13 | 4 | 11 |
| A5 | 28 | 9 | 4 | 3 |
| A6 | 39.06 | 39 | 24 | 26 |
| A7 | 34.78 | 30 | 16 | 16 |
| A8 | 48.31 | 23 | 21 | 22 |
| A9 | 41.46 | 24 | 9 | 25 |
| A10 | 48.28 | 15 | 8 | 20 |
>TRINITY_DN118728_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoformCGATTTATGAAAACATGCTCAGCTAAAAAAATGTTAAATCTACCTAAATCGTCAGGGGTTTTGGCTCCTCAGGACGACAGCCAGGGTTTAAGCTGGAAGGGTTTAGGACTAGTTCCATTACTACGAAGAACAGTGATGTAGACCATTATTGCATTTTCCACCAAACAATCATGTGGGCATTACGAAAAACAGCAAATCAT
TGGAGGGTTCATAGTAAATACCATAATGCTCTTAAAGCTTCCACAGGCGGCAGACTTGAGAATTGGGAAGACAATGCAACACACTTTAGTTTCACAGGTAAATCTAGTGAAGACGATGTCGTTGGGTTATCTGAAACAAATGGGTCCAGTCCTACAAGAGGCATATCGCATTGCCATTGCCAGTACCCCAGATTGCCACA
CTTAGGTCGAGGGTTCGCCACCCAGCCTGGTGCAGGAGACAAAGATGCGGTAGATGCTCATGGGGAAGGTTTCTCTGAGCTGGAGTCAGCCCCTAGCAGTAACAATGGTGAAGTGGAAGAACATTTGGCTTCTGAAGAAGAGTTTTATGAGCTGGACGCCCTCGGTAATGCTGCAGAAGTTGATGCTGGTCCTTATTTAT
CAGAAGCAGAAGTTGAGAAAGAGGAAGTTCACAATGCATCACGTTTGTATCAAACAGTTTTGAGCTGTAAAGACCATGCTTTGCCCACTTCACTTGAACAGTGGCTTGCTGATGGCAATGTTTTAACTGGAGAAGAAGTTGTCTTGACCTTTCTGCATCTACGGAAGCGTCGCATGTTTAGACGTCTTCTGAAGGTTTCA
GAGTGGTTGGAGGTGAAAAAGCCATTTGAGATGAATGGAAGAGATTATGCAGCTCGGCTGGATTTGATTGCTAAGTTACTTGGATCTTGCATCTCTAAAGCAAGTGTACCAATGTCTCTTAGTAAACTGTTCATTTACAAGCGTCTTGACAAGAAGAAGATTCCATTTATATTAAAAATGATGGAAGATCAAGGTGTAAA
ACCTAATACATCCACATACAGGATTCTCATAGATATGAAAGGTCGGATAGGTGACATTGGTGGAATGGAGCAGGTTGTTAAGAACATGAAATCTGAGCACATAGAACCAGACAGTGGATCTTTAGCATTGATTGCTAGACATTATATCAATGCCGGACTTGCCGAAAAGGCAGAGGTTGTCCTTCAGGAGTTGCAAAACG
GTAGCCTCAAAGATAAGCAGAGTGTTTGGAAAATGCTTCTTCCTCTGTATGCAGGTCTAGGTAAAGCTGCTGAAGTGGAAAGGATTTGGAAAGATCTCGAATCTTCTCCTAATCTTCATTTAGATGGATATGTTGCTGGGGTTGTGGCATGGGGAAAGTTGGGTCAACTTGAAAAAGCAGAAATCACATTTGAGAAATTG
CTCAATTCTGGGAAGAAGGTATCGGCAAAGCACTATAATGCCCTTCTTGATGTGTATGCAGACCATCATTTATTGCTTAAAGGAAAGGAATTGGTAAAGCGAATGTCTGACAATGGGTGCGAAATTGCACCAACTACCTGGGATGCACTTGTTAGACTTTGTGTAAATGCTGGTGAGCTGGAAAAGGCAGATTCCATTTT
GTTTAAAGCTTGTAATCAGAAACAGTTGCGGCCGATGTACCAGACAATGGTCATGATCTTAGAAAAATATGCAGAAAAAGGAGATATTGCCAATGCCGAGAAGATTTTTGATAGAATGAGACAAGCTGGCTACCCTGCCAGGTTGGGAGCATTTGAGTCCCTTTTGCAAGCTTATGCAAAGGCGCATGCACCTGCCTATG
GATTTAGGGAAAGAATGAAGGCAGATAAAATTCCCCCCTATGGAAGGTTGAATAATCTTCTGCAACAGGTGGATGCATTTAAGAATGATATTTTGCAAGAGATACTTGATTGAGCCTCTGCTGGCAACTTCCAATATGTATTACAGACATTATTTTGCTATAAAAGATTAGTTGTACTTTTCAGTCTTGTACCCTAGAAG
AACATTTCAATAGTTAACTATTTTATTCTTTCAAACTTGAGTCAGTCCAGTATATTGTTTGCTTTTGGTTAGGACAACTCTGTCTCCATCAAAAGCTAATTGCAAATTTTGTAAATGAACATTATTTGCTAACTGAGCCTTTTCCTGTTTGGTTTGATGGGTAACTTGTAATTAACCTGAGCTAATGTGTAATTGACCAT
ATTGTCG
>TRINITY_DN118728_c0_g1_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:CGATTTATGAAAACATGCTCAGCTAAAAAAATGTTAAATCTACCTAAATCGTCAGGGGTTTTGGCTCCTCAGGACGACAGCCAGGGTTTAAGCTGGAAGGGTTTAGGACTAGTTCCATTACTACGAAGAACAGTGATGTAGACCATTATTGCATTTTCCACCAAACAATCATGTGGGCATTACGAAAAACAGCAAATCAT
TGGAGGGTTCATAGTAAATACCATAATGCTCTTAAAGCTTCCACAGGCGGCAGACTTGAGAATTGGGAAGACAATGCAACACACTTTAGTTTCACAGGTAAATCTAGTGAAGACGATGTCGTTGGGTTATCTGAAACAAATGGGTCCAGTCCTACAAGAGGCATATCGCATTGCCATTGCCAGTACCCCAGATTGCCACA
CTTAGGTCGAGGGTTCGCCACCCAGCCTGGTGCAGGAGACAAAGATGCGGTAGATGCTCATGGGGAAGGTTTCTCTGAGCTGGAGTCAGCCCCTAGCAGTAACAATGGTGAAGTGGAAGAACATTTGGCTTCTGAAGAAGAGTTTTATGAGCTGGACGCCCTCGGTAATGCTGCAGAAGTTGATGCTGGTCCTTATTTAT
CAGAAGCAGAAGTTGAGAAAGAGGAAGTTCACAATGCATCACGTTTGTATCAAACAGTTTTGAGCTGTAAAGACCATGCTTTGCCCACTTCACTTGAACAGTGGCTTGCTGATGGCAATGTTTTAACTGGAGAAGAAGTTGTCTTGACCTTTCTGCATCTACGGAAGCGTCGCATGTTTAGACGTCTTCTGAAGGTTTCA
GAGTGGTTGGAGGTGAAAAAGCCATTTGAGATGAATGGAAGAGATTATGCAGCTCGGCTGGATTTGATTGCTAAGTTACTTGGATCTTGCATCTCTAAAGCAAGTGTACCAATGTCTCTTAGTAAACTGTTCATTTACAAgtaatgtcaagaaaacagaagaaatttttaacaaaatgaaggatgaaggttttttgctta
ctgcatttgattataaccagttgctgtggatttacagGCGTCTTGACAAGAAGAAGATTCCATTTATATTAAAAATGATGGAAGATCAAGGTGTAAAACCTAATACATCCACATACAGGATTCTCATAGATATGAAAGGTCGGATAGGTGACATTGGTGGAATGGAGCAGGTTGTTAAGAACATGAAATCTGAGCACATA
GAACCAGACAGTGGATCTTTAGCATTGATTGCTAGACATTATATCAATGCCGGACTTGCCGAAAAGGCAGAGGTTGTCCTTCAGGAGTTGCAAAACGGTAGCCTCAAAGATAAGCAGAGTGTTTGGAAAATGCTTCTTCCTCTGTATGCAGGTCTAGGTAAAGCTGCTGAAGTGGAAAGGATTTGGAAAGATCTCGAATC
TTCTCCTAATCTTCATTTAGATGGATATGTTGCTGGGGTTGTGGCATGGGGAAAGTTGGGTCAACTTGAAAAAGCAGAAATCACATTTGAGAAATTGCTCAATTCTGGGAAGAAGGTATCGGCAAAGCACTATAATGCCCTTCTTGATGTGTATGCAGACCATCATTTATTGCTTAAAGGAAAGGAATTGGTAAAGCGAA
TGTCTGACAATGGGTGCGAAATTGCACCAACTACCTGGGATGCACTTGTTAGACTTTGTGTAAATGCTGGTGAGCTGGAAAAGGCAGATTCCATTTTGTTTAAAGCTTGTAATCAGAAACAGTTGCGGCCGATGTACCAGACAATGGTCATGATCTTAGAAAAATATGCAGAAAAAGGAGATATTGCCAATGCCGAGAAG
ATTTTTGATAGAATGAGACAAGCTGGCTACCCTGCCAGGTTGGGAGCATTTGAGTCCCTTTTGCAAGCTTATGCAAAGGCGCATGCACCTGCCTATGGATTTAGGGAAAGAATGAAGGCAGATAAAATTCCCCCCTATGGAAGGTTGAATAATCTTCTGCAACAGGTGGATGCATTTAAGAATGATATTTTGCAAGAGAT
ACTTGATTGAGCCTCTGCTGGCAACTTCCAATATGTATTACAGACATTATTTTGCTATAAAAGATTAGTTGTACTTTTCAGTCTTGTACCCTAGAAGAACATTTCAATAGTTAACTATTTTATTCTTTCAAACTTGAGTCAGTCCAGTATATTGTTTGCTTTTGGTTAGGACAACTCTGTCTCCATCAAAAGCTAATTGC
AAATTTTGTAAATGAACATTATTTGCTAACTGAGCCTTTTCCTGTTTGGTTTGATGGGTAACTTGTAATTAACCTGAGCTAATGTGTAATTGACCATATTGTCG
Intron 4 GCAAGTGTAC ... GGATTTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 64 | 9 | 17 | 15 |
| A2 | 55 | 9 | 11 | 11 |
| A3 | 64.1 | 7 | 14 | 11 |
| A4 | 47.06 | 9 | 5 | 11 |
| A5 | 44.44 | 5 | 5 | 3 |
| A6 | 60.47 | 17 | 26 | 26 |
| A7 | 47.69 | 17 | 15 | 16 |
| A8 | 57.14 | 15 | 18 | 22 |
| A9 | 40.23 | 26 | 10 | 25 |
| A10 | 48.28 | 15 | 8 | 20 |
>TRINITY_DN48150_c0_g1_i1 from sample A10 / Example spliced isoformTTTAATTTCTGGGCAAAACGATTTATGAAAACATGCTCAGCTAAAAAAATGTTAAATCTACCTAAATCGTCAGGGGTTTTGGCTCCTCAGGACGACAGCCAGGGTTTAAGCTGGAAGGGTTTAGGACTAGTTCCATTACTACGAAGAACAGTGATGTAGACCATTATTGCATTTTCCACCAAACAATCATGTGGGCATTA
CGAAAAACAGCAAATCATTGGAGGGTTCATAGTAAATACCATAATGCTCTTAAAGCTTCCACAGGCGGCAGACTTGAGAATTGGGAAGACAATGCAACACACTTTAGTTTCACAGGTAAATCTAGTGAAGACGATGTCGTTGGGTTATCTGAAACAAATGGGTCCAGTCCTACAAGAGGCATATCGCATTGCCATTGCCA
GTACCCCAGATTGCCACACTTAGGTCGAGGGTTCGCCACCCAGCCTGGTGCAGGAGACAAAGATGCGGTAGATGCTCATGGGGAAGGTTTCTCTGAGCTGGAGTCAGCCCCTAGCAGTAACAATGGTGAAGTGGAAGAACATTTGGCTTCTGAAGAAGAGTTTTATGAGCTGGACGCCCTCGGTAATGCTGCAGAAGTTG
ATGCTGGTCCTTATTTATCAGAAGCAGAAGTTGAGAAAGAGGAAGTTCACAATGCATCACGTTTGTATCAAACAGTTTTGAGCTGTAAAGACCATGCTTTGCCCACTTCACTTGAACAGTGGCTTGCTGATGGCAATGTTTTAACTGGAGAAGAAGTTGTCTTGACCTTTCTGCATCTACGGAAGCGTCGCATGTTTAGA
CGTCTTCTGAAGGTTTCAGAGTGGTTGGAGGTGAAAAAGCCATTTGAGATGAATGGAAGAGATTATGCAGCTCGGCTGGATTTGATTGCTAAGTTACTTGGATCTTGCATCTCTAAAGCGTCTTGACAAGAAGAAGATTCCATTTATATTAAAAATGATGGAAGATCAAGGTGTAAAACCTAATACATCCACATACAGGA
TTCTCATAGATATGAAAGGTCGGATAGGTGACATTGGTGGAATGGAGCAGGTTGTTAAGAACATGAAATCTGAGCACATAGAACCAGACAGTGGATCTTTAGCATTGATTGCTAGACATTATATCAATGCCGGACTTGCCGAAAAGGCAGAGGTTGTCCTTCAGGAGTTGCAAAACGGTAGCCTCAAAGATAAGCAGAGT
GTTTGGAAAATGCTTCTTCCTCTGTATGCAGGTCTAGGTAAAGCTGCTGAAGTGGAAAGGATTTGGAAAGATCTCGAATCTTCTCCTAATCTTCATTTAGATGGATATGTTGCTGGGGTTGTGGCATGGGGAAAGTTGGGTCAACTTGAAAAAGCAGAAATCACATTTGAGAAATTGCTCAATTCTGGGAAGAAGGTATC
GGCAAAGCACTATAATGCCCTTCTTGATGTGTATGCAGACCATCATTTATGGCTTAAAGGAAAGGAATTGGTAAAGCGAATGTCTGACAATGGGTGCGAAATTGCACCAACTACCTGGGATGCACTTGTTAGACTTTGTGTAAATGCTGGTGAGCTGGAAAAGGCAGATTCCATTTTGTTTAAAGCTTGTAATCAGAAAC
AGTTGCGGCCGATGTACCAGACAATGGTCATGATCTTAGAAAAATATGCAGAAAAAGGAGATATTGCCAATGCCGAGAAGATTTTTGATAGAATGAGACAAGCTGGCTACCCTGCCAGGTTGGGAGCATTTGAGTCCCTTTTGCAAGCTTATGCAAAGGCGCATGCACCTGCCTATGGATTTAGGGAAAGAATGAAGGCA
GATAAAATTCCCCCCTATGGAAGGTTGAATAATCTTCTGCAACAGGTGGATGCATTTAAGAATGATATTTTGCAAGAGATACTTGATTGAGCCTCTGCTGGCAACTTCCAATATGTATTACAGACATTATTTTGCTATAAAAGATTAGTTGTACTTTTCAGTCTTGTACCCTAGAAGAACATTTCAATAGTTAACTATTT
TATTCTTTCAAACTTGAGTCAGTCCAGTATATTGTTTGCTTTTGGTTAGGACAACTCTGTCTCCATCAAAAGCTAATTGCAAATTTTGTAAATGAACATTATTTGCTAACTGAGCCTTTTCCTGTTTGGTTTGATGGGTAACTTGTAATTAACCTGAGCT
>TRINITY_DN48150_c0_g1_i4 from sample A10 / Example unspliced isoform:TTTAATTTCTGGGCAAAACGATTTATGAAAACATGCTCAGCTAAAAAAATGTTAAATCTACCTAAATCGTCAGGGGTTTTGGCTCCTCAGGACGACAGCCAGGGTTTAAGCTGGAAGGGTTTAGGACTAGTTCCATTACTACGAAGAACAGTGATGTAGACCATTATTGCATTTTCCACCAAACAATCATGTGGGCATTA
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