sp|Q9FPR3|EDR1_ARATH ----> Serine/threonine-protein kinase EDR1

Intron 1 GTATGCCCTT ... AATTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	31.67	41	19	11
A2	12.12	58	8	3
A3	20.51	62	16	11
A4	14.81	23	4	10
A5	48	13	12	4
A6	37.97	49	30	3
A7	20.13	127	32	5
A8	27.64	89	34	3
A9	26.76	104	38	5
A10	22.33	80	23	8

>TRINITY_DN44757_c1_g3_i7 from sample A6 / Example spliced isoform

TGCAATTTCAACTAAAATTTGATTTCATTTTATCCAACTTTCAAATTCTATTGTTGGTTATGAGCATTGAATATCCTTGAGGTTCTGTACCTTATTTTATAGGTTGGAGATCTTGGGCTTTCAAAAATTAAACACAAAACCTTAGTTTCTGGTGGTGTACGAGGAACCCTTCCATGGATGGCTCCAGAGTTACTAAATGG
CAGCAGTAGCGGAGTTTCTGAAAAGGTTGATGTATTTTCATTTGGAATAGTAATGTGGGAGCTTCTTACTGGCGAGGAGCCATATGCTAATATGCATTATGGACTAATCATTGGAGGTATAGTGAACAATACATTGCGGCCACATGTACCAAGCTGGTGTGATCCTGCATGGCGATCATTAATGGAGCAGTGCTGGTCAG
CTGATCCTGCAGCCAGACCTTCTTTCACAGAAATAGCCAGTCGATTGCGTGCAAAAGCCACATCATTTCATGTGAAGGGGCATAGTCATAATGCTCATATTCACCATGGTTAAACCGTTAAAGCTAAATTTTTTAAAAAGAGCCGGCCTGCAATGGTAAATGATGGGTTCAATGCCTTATTTTATTGAAGGCGTGTTATA
CAATTTTTTTGTGATGCTAGTGATATTTCCATATTGGTTATAAACTTATATCTTGTTTTCTAGACGTGTGTCAGGATAGGTAATCCAAAAAATCCTGTAGAGCAAGATCGTAACTGAACTCCACATGTACTTATTGATTATCACGCAGAGCCCTGCATGCTTTTTGTTCATAAAGACCATTTGATTGTAGCTTTGGTATA
AGAGACAGTTAACCTGCAATGTAGTATTTGACTTGTAAGGAACACTTTATGCCAGATGCATCCAAGATTAATGCACAGTCAAAATAAAATCAACTTGTCTCAGTTTCGAAGAGACAGTTAACCTGCAATGTAGTATTTGACTTGTAAGGGACACTTTATGCTAGATGCATCCAAGATTGATGCACAGTCAAAATAAAATC
ATCTTGTCTCAGTTTCGGAGGTTTTTAAAGGCAAATTTTTATATTGAAATGTAAATAAATGAATGCCACTGTTTCCATCATGGCAGAAATGGAGTTATTAAAGCCTTGCTACTGCACATTGTGGAGTGCCTGTTGATATTTCCTTGGTAGGTTTCAGTTGCAGCTATGCTGCAAAGAGATTGGAAATATCCGATGTATGC
ACATACATTTAGATATCTTTGCATCATGTTATGGGTTTTAAACTCTCATACTGTGCAACAGTTTAAAGTTATTTTAGTTATGCTAAATTTCTTATTTTGGAAAAAAAAATTTGCAATAACCAGTGGGGCTTTCAGAACGTCCATATTTGGG

>TRINITY_DN44757_c1_g3_i6 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TGCAATTTCAACTAAAATTTGATTTCATTTTATCCAACTTTCAAATTCTATTGTTGGTTATGAGCATTGAATATCCTTGAGGTTCTGTACCTTATTTTATAGGTTGGAGATCTTGGGCTTTCAAAAATTAAACACAAAACCTTAGTTTCTGGTGGTGTACGAGGAACCCTTCCATGGATGGCTCCAGAGTTACTAAATGG
CAGCAGTAGCGGAGTTTCTGAAAAGGTTGATGTATTTTCATTTGGAATAGTAATGTGGGAGCTTCTTACTGGCGAGGAGCCATATGCTAATATGCATTATGGACTAATCATTGgtatgcccttgcacatacaagacctgtaacagtacccaaggctgtgagctctctttgaaactgcaataggttgataaagaaagtcaa
tatatattttagcttcactattaattttgaaacctttcgtaagcccctcatcaaaattgtgcagGAGGTATAGTGAACAATACATTGCGGCCACATGTACCAAGCTGGTGTGACCCTGCATGGAGATCATTAATGGACCAGTGCTGGTCAGTACCATGTTGGGCATAAGTGGTCTGGGCCTATTGACAATGGTGCGAATT
CACCTGGCCCCAT

Intron 2 GTATGAAATT ... TTTATGTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.33	795	494	301
A2	32.1	695	411	246
A3	29.7	896	505	252
A4	31.14	805	480	248
A5	29.53	519	293	142
A6	23.64	42	15	11
A7	32.53	169	98	65
A8	31.03	20	11	7
A9	31.67	123	71	43
A10	28.57	285	134	94

>TRINITY_DN45683_c0_g3_i4 from sample A8 / Example spliced isoform

AGGAGGCAACAGCAAAATAAGAGCATGTTGGAGTGAAAGTTCTGGACGAATTTGGCATCGAACAAAGCATGCTCCAGGATTGGAACAGCTGACCTCTCCAAGATGATGCAGAATCGCACCAGTTAAACCATGGGAACCTGGCGGGCCGAGAATCCGAGAAAGAAGAGGCACGCAGAAGAAGAGAACCCTGCGCAAGATCT
TCGTTGCGGTTTTCGATAAGATAATATTCAGAGCCTGTTAGTTCCTAGTCTGGTATTGCGATTATAGGCACAGCTTGCCTAGTCTCCAGCGTAAGAATGAGATTTTATGCCGAGGCAAGGGTTAAAGAATATGGAGGAGAATTTGAGAGAATCGGGGGAGAAGGAATCTGTGTACAGACATCTGGGATCGGATGCCTTCA
ATTTATCAAATGCACAGTCCTTTTATCGCCCTAATGATAAGCTTTTGGTGGCTAATAAATCCGATGATAGAATCCGTGCTCTTGGGGATAATTTTTATGTCGATGAGCACGGGGTTAGGGTTGGGATTGAGGTTGAAGTTCATCATGAAGGATCGAGGATGCCCATGAAACCCAATTTGCAGGGTAGATCTGTATTGGTG
GTTCAGGGGCCGGGAGAATTCGGCAATATGCAACCTTATTATGCGGATTTGACGGGCATTCTGGGTGGGGGTGGAATGGGTTCCGCTGACAGTTTGGACGGCATGATGCCGATGGTGGAGAGATATGGCTATGATCTGGAGGCTGGGAGTAGTTATTCTCAGGCATGTAGAGATTCCGCAAGAGGAATGCAGAATTTCAG
GTCTTTGGATGAAGACGAAAATCGGTCGAATGAAGGTTCGGGGTCTCATGGGGCTCGGTTGGCCGAATTTCAACATCACCGGGATCAGCCGATGGGAAAGGTGAAACTTATGTGCAGCTTTGGTGGTAAAATTCTTCCTAGGCCTAGTGATGGGAAGCTTAGATATGTGGGTGGGGAGACACGGATCATTACAGTAAATA
AAGGAATTACTTACGCCGAGCTTGTGCAGAAGCTGACAGATGCTTATGGCCAAGCTCTGGTTCTCAAGTATCAATTGCCTGACGAGGATCTTGATGCCCTAGTTTCTGTGTCTTCTCATGAGGACCTCGAGAATATGATGGACGAGTATGCCAGGCTTGAGGGCGGTGAAGGTTCATCTAGGCTCCGTGTCTTTCTATTC
TCCACAGCTGATTATGATCTCAGCCATTTTGATGCAATGAATGATAAGTGGAACTCTAAGCAACGATATGTTGATGCCGTCAATGGCATCATTGGCATCCCAGAGACGGGATTTGAGAAGCACGCTGACAGTATAAAAGCTACATCCATGCAGCAAGTGGAGAAGATGAATGCGTACGAGGCTTCAGAGAAGTGGTGTGG
GACGCCAAGAGCTCAAGAAAGTACTACTCAGTCATTCTTTTCTGTACAAGTCACCCAAGATACTACAAATCCAGCTCATTTGCCGCTTAACGTGCCACTTTCTTCAAAACAACCAATATCAAGTGCTCCCGTAACATTGCTACCCTCCTTACCTCCGTTATCTTCTTTGCCAGTTGGGGCTAAGCAGTCTGCCATTGCCA
GTATTCCTATGTTTTTTCCAGAACAAACCTTGAAGGTCAGTGGCCACCCATATATAACTAGACCATCTGAAAGTGAGCAGGATATGAACTATGGAGGAGCTGCTGTAACTACTTCTGCATGCCAGCATGATCTCCACTGCCGATTTTCAGAACTAAGGATTCCAGAAGTGTCTACTAAGACAGATCCTGTTTTGTCCCCT
CCTTCAGGCCAACCAGTTCTTCTCCGTGGCAGTGATGAACGAGTCGATGACACCGTGTTGCCAAGAGTTGACTCCCATGGAATGCTTGTTTTGGATCACAGGTTGGATGTCCAATCAGTCATGGATCCACAGACAATTGTTTTTCAGCATCCACCACCCTCTTTATACCAAGCCCAACGGAAGCATCAGCCTGATGCCCA
TCAGGATAGTTACAAAAGAATGGACTACACACATCAGGCTGGATTTGAAGGGGGAAATTTACAACAGCATCCTCAGCAGCATTCTACTTTTTCAGCTCATCTTTTTAGTCAGCAGTTGGCAAACAATGATGCCACAAATCTCAGACAATCTGATCAGGCAAGGCTACAAGAGGATATGATAAATGGTGCTTCTCTTCACA
AGGTTGTTTCGACTCAACGAACAGGCTTGCATATGGTGGGGTCTGATCCTCTACCGCCTCACATTGTGAGTCGGCAAATGACTGGACCACTCCAGCAACAATATGGAATAGCTGTTTACAACTATAATGATCATGGTGGAAGAGTTTTTTATCCAATTCCATCCACGTCGCCAGCTAGTTACCACGAGTTAACGTCCGAA
AAATTTATTCCTCCTCAGATATTCTCCATTGAGCAACAATATGGACGTCAGCAAGTAATGTCCCATGAGCATGTGTCTCATCAACAGGCATTGAGTCATGCATATTCTGATACATCGTTCCTTGATCAAAGGGTGAAAGCAGTTCAGCCTGTATATGAAAGGACTTTACATTCTGATGGATCAGCAAGGCCAGTCCCTTC
ATATACAGGACCAAGCACATTGCAAGATGAAATGATATTCAAAGATTACCAGGGAATGAATGGTCAAAAGAGTGAAAGTGGCCAACACGGGAACGAAACAGAACTGAATTTGTCTGGAGTGCAAGGCGGCTACACAGTAACAAGCGGTCCCTCAGAGTCTGTAGTGCAACAGCCATTTGATCTTTCTAATTTTCGCGAAA
AATTGGATAGGAATGATGGATTGCTACAACAAAGGATGTTGGAGCACAATGATGCTACCAGACAATTTGTTTTGTCACCAAAAATGCCAGAAACTAGAGTCAAAGATGAGCAGATTCCTCAGTTGTTGGAAAGCAGTCATGCACGACTTGGAGAAAGCTACACTGCGCTGGGTTTTGCAGAAGATGTTAATGCTGTTTTG
GGTCCAGGCATGGATTGTTCTTATGGGACTTATCAGAAAACTGAGACCTTTAAACCCTTGGAGGGAACATATACAAAGAAACCTGCCATTTCAGGACAGCCTGGAGTTGTAGGGTTTTTTACTGAACCCTTACAAGCATTAGAACTTACTAGGCAAACAAAAGAAATGGGAGTGCCTCCCTCTGTGGATAGTATACAGGA
TCATAGAGGAGGTCATCTTGTCACTGAACATTCTATCAACCAGCAAATACCATTAAGCAACTCAGAAACATGGTTGGGTGACTGCTCAGATGCAGTTCTTGCTAAGGATGAAGATGCCCTTAGACAACTGGGGAACTTAAGTGAAACTGAACCCAAGAATGTATCACCCTTAATAGCAAGTGACAAGGCACACCAGGCAG
TCGGTAACCTTAATATTGGTGGTTTCAGTGAAAATCCAAGTCATTTATCCCATGGATCTCAAGGCCACCAACCTGCATTAGTTGTTAAGAGCCTTCTCGATGATGATAATGAGCATTCTGTTTATGTGCAACCAAAAGTTATGTCCAATGCCTCTTCTGATGGAGGGAAAAGAAGTTCCGGCCCCCAAGTTACAACCTTG
CCAATCAGTATCATTGATTCAAATATGGTTAACATTTTATCGTCGGACTTGTCCACTTCAGAAACATTGCAAACCTCTTGGATGGTTGAGCCCACAGTCTTTATTTCTTCATCAGATAAGGATATTCCAACTCTGTCTGATGGTAATTCAGTTTCTTTTAGCCTCCAATTTGAGGGAGAAGGTGCTATCTCTACCCATGA
AAAAATAAAGAAAGGTATGTCAGATGAGCATGTCAAAGCAGAGTTACAGAGTGTGGCAGAGAATGTGGCAGAAGTTGCTCTTCGGCCACCACTTCTTCCTGCTCCAACATTATCAGTGAATGAATGGGATCAGGTCAATGATGATGTAAAACATGAGGAACACATTTCAAATGGTAGAGTAAATGAAGCAGCAGAGGAGG
ATATTCTTATGAATGAAGAGGATGCTAAGGTTAAGGACTCGGATAATGATGACTCAACTAGTGCTGCAGTCATTGTTGAAGCTGAGGCTAGTCTCCATGGGTTGCAGATAATAAAGAACGCTGACCTTGAAGAATTGCAAGAGCTAGGTTCTGGCACCTTTGGAACAGTATTCCATGGCAAATGGAGGGGATCAGATGTT
GCAATCAAACGAATTAAAAACAGCTGCTTTATGGGAAGGGAATCAGAGCAAGAGCGAATGAGAGCTGATTTTTGGAGGGAAGCTCACTTGCTTGCGTACCTGCATCATCCAAATGTTGTTGCCTTTTATGGTGTTGTACCAGATGGGCCTGGTGGAACTTTGGCAACAGTCACAGAATACATGGTAAATGGCTCACTTAA
ACAGGTCCTGCAAAGGAAAGATAGGACAATTGATCGTCGAAAGCGGTGGTTAATCGCCATGGATGCTGCTTTTGGAATGGAATACTTACATGGAAAGCATATTGTGCATTTTGACTTAAAATGTGAGAATTTGTTGGTCAATATCAGAGATCCTCAACGCCCTATATGCAAGGTTGGAGATCTTGGGCTTTCAAAAATTA
AACACAAAACCTTAGTTTCTGGTGGTGTACGAGGAACCCTTCCATGGATGGCTCCAGAGTTACTAAATGGCAGCAGTAGCGGAGTTTCTGAAAAGGTTGATGTATTTTCATTTGGAATAGTAATGTGGGAGCTTCTTACTGGCGAGGAGCCATATGCTAATATGCATTATGGACTAATCATTGGAGGTATAGTGAACAAT
ACATTGCGGCCACATGTACCAAGCTGGTGTGATCCTGCATGGCGATCATTAATGGAGCAGTGCTGGTCAGCTGATCCTGCAGCCAGACCTTCTTTCACAGAAATAGCCAGTCGATTGCGTGCAAAAGCCACATCATTTCATGTGAAGGGGCATAGTCATAATGCTCATATTCACCATGGTTAAACCGTTAAAGCTAAATT
TTTTAAAAAGAGCCGGCCTGCAATGGTAAATGATGGGTTCAATGCCTTATTTTATTGAAGGCGTGTTATACAATTTTTTTGTGATGCTAGTGATATTTCCATATTGGTTATAAACTTATATCTTGTTTTCTAGACGTGTGTCAGGATAGGTAATCCAAAAAATCCTGTAGAGCAAGATCGTAACTGAACTCCACATGTAC
TTATTGATTATCACGCAGAGCCCTGCATGCTTTTTGTTCATAAAGACCATTTGATTGTAGCTTTGGTATAAGAGACAGTTAACCTGCAATGTAGTATTTGACTTGTAAGGAACACTTTATGCCAGATGCATCCAAGATTAATGCACAGTCAAAATAAAATCAACTTGTCTCAGTTTCGAAGAGACAGTTAACCTGCAATG
TAGTATTTGACTTGTAAGGGACACTTTATGCTAGATGCATCCAAGATTGATGCACAGTCAAAATAAAATCATCTTGTCTCAGTTTCGGAGGTTTTTAAAGGCAAATTTTTATATTGAAATGTAAATAAATGAATGCCACTGTTTCCATCATGGCAGAAATGGAGTTATTAAAGCCTTGCTACTGCACATTGTGGAGTGCC
TGTTGATATTTCCTTGGTAGGTTTCAGTTGCAGCTATGCTGCAAAGAGATTGGAAATATCCGATGTATGCACATACATTTAGATATCTTTGCATCATGTTATGGGTTTTAAACTCTCATACTGTGCAACAGTTTAAAGTTATTTTAGTTATGCTAAATTTCTTATTTTGGAAA

>TRINITY_DN45683_c0_g3_i7 from sample A8 / Example unspliced isoform:

AGGAGGCAACAGCAAAATAAGAGCATGTTGGAGTGAAAGTTCTGGACGAATTTGGCATCGAACAAAGCATGCTCCAGGATTGGAACAGCTGACCTCTCCAAGATGATGCAGAATCGCACCAGTTAAACCATGGGAACCTGGCGGGCCGAGAATCCGAGAAAGAAGAGGCACGCAGAAGAAGAGAACCCTGCGCAAGATCT
TCGTTGCGGTTTTCGATAAGATAATATTCAGAGCCTGTTAGTTCCTAGTCTGGTATTGCGATTATAGGCACAGCTTGCCTAGTCTCCAGgtatgaaatttgaatgattatgtgcctgttattattcgtattatttttcttatttggtagcttttatgtcagCGTAAGAATGAGATTTTATGCCGAGGCAAGGGTTAAAGA
ATATGGAGGAGAATTTGAGAGAATCGGGGGAGAAGGAATCTGTGTACAGACATCTGGGATCGGATGCCTTCAATTTATCAAATGCACAGTCCTTTTATCGCCCTAATGATAAGCTTTTGGTGGCTAATAAATCCGATGATAGAATCCGTGCTCTTGGGGATAATTTTTATGTCGATGAGCACGGGGTTAGGGTTGGGATT
GAGGTTGAAGTTCATCATGAAGGATCGAGGATGCCCATGAAACCCAATTTGCAGGGTAGATCTGTATTGGTGGTTCAGGGGCCGGGAGAATTCGGCAATATGCAACCTTATTATGCGGATTTGACGGGCATTCTGGGTGGGGGTGGAATGGGTTCCGCTGACAGTTTGGACGGCATGATGCCGATGGTGGAGAGATATGG
CTATGATCTGGAGGCTGGGAGTAGTTATTCTCAGGCATGTAGAGATTCCGCAAGAGGAATGCAGAATTTCAGGTCTTTGGATGAAGACGAAAATCGGTCGAATGAAGGTTCGGGGTCTCATGGGGCTCGGTTGGCCGAATTTCAACATCACCGGGATCAGCCGATGGGAAAGGTGAAACTTATGTGCAGCTTTGGTGGTA
AAATTCTTCCTAGGCCTAGTGATGGGAAGCTTAGATATGTGGGTGGGGAGACACGGATCATTACAGTAAATAAAGGAATTACTTACGCCGAGCTTGTGCAGAAGCTGACAGATGCTTATGGCCAAGCTCTGGTTCTCAAGTATCAATTGCCTGACGAGGATCTTGATGCCCTAGTTTCTGTGTCTTCTCATGAGGACCTC
GAGAATATGATGGACGAGTATGCCAGGCTTGAGGGCGGTGAAGGTTCATCTAGGCTCCGTGTCTTTCTATTCTCCACAGCTGATTATGATCTCAGCCATTTTGATGCAATGAATGATAAGTGGAACTCTAAGCAACGATATGTTGATGCCGTCAATGGCATCATTGGCATCCCAGAGACGGGATTTGAGAAGCACGCTGA
CAGTATAAAAGCTACATCCATGCAGCAAGTGGAGAAGATGAATGCGTACGAGGCTTCAGAGAAGTGGTGTGGGACGCCAAGAGCTCAAGAAAGTACTACTCAGTCATTCTTTTCTGTACAAGTCACCCAAGATACTACAAATCCAGCTCATTTGCCGCTTAACGTGCCACTTTCTTCAAAACAACCAATATCAAGTGCTC
CCGTAACATTGCTACCCTCCTTACCTCCGTTATCTTCTTTGCCAGTTGGGGCTAAGCAGTCTGCCATTGCCAGTATTCCTATGTTTTTTCCAGAACAAACCTTGAAGGTCAGTGGCCACCCATATATAACTAGACCATCTGAAAGTGAGCAGGATATGAACTATGGAGGAGCTGCTGTAACTACTTCTGCATGCCAGCAT
GATCTCCACTGCCGATTTTCAGAACTAAGGATTCCAGAAGTGTCTACTAAGACAGATCCTGTTTTGTCCCCTCCTTCAGGCCAACCAGTTCTTCTCCGTGGCAGTGATGAACGAGTCGATGACACCGTGTTGCCAAGAGTTGACTCCCATGGAATGCTTGTTTTGGATCACAGGTTGGATGTCCAATCAGTCATGGATCC
ACAGACAATTGTTTTTCAGCATCCACCACCCTCTTTATACCAAGCCCAACGGAAGCATCAGCCTGATGCCCATCAGGATAGTTACAAAAGAATGGACTACACACATCAGGCTGGATTTGAAGGGGGAAATTTACAACAGCATCCTCAGCAGCATTCTACTTTTTCAGCTCATCTTTTTAGTCAGCAGTTGGCAAACAATG
ATGCCACAAATCTCAGACAATCTGATCAGGCAAGGCTACAAGAGGATATGATAAATGGTGCTTCTCTTCACAAGGTTGTTTCGACTCAACGAACAGGCTTGCATATGGTGGGGTCTGATCCTCTACCGCCTCACATTGTGAGTCGGCAAATGACTGGACCACTCCAGCAACAATATGGAATAGCTGTTTACAACTATAAT
GATCATGGTGGAAGAGTTTTTTATCCAATTCCATCCACGTCGCCAGCTAGTTACCACGAGTTAACGTCCGAAAAATTTATTCCTCCTCAGATATTCTCCATTGAGCAACAATATGGACGTCAGCAAGTAATGTCCCATGAGCATGTGTCTCATCAACAGGCATTGAGTCATGCATATTCTGATACATCGTTCCTTGATCA
AAGGGTGAAAGCAGTTCAGCCTGTATATGAAAGGACTTTACATTCTGATGGATCAGCAAGGCCAGTCCCTTCATATACAGGACCAAGCACATTGCAAGATGAAATGATATTCAAAGATTACCAGGGAATGAATGGTCAAAAGAGTGAAAGTGGCCAACACGGGAACGAAACAGAACTGAATTTGTCTGGAGTGCAAGGCG
GCTACACAGTAACAAGCGGTCCCTCAGAGTCTGTAGTGCAACAGCCATTTGATCTTTCTAATTTTCGCGAAAAATTGGATAGGAATGATGGATTGCTACAACAAAGGATGTTGGAGCACAATGATGCTACCAGACAATTTGTTTTGTCACCAAAAATGCCAGAAACTAGAGTCAAAGATGAGCAGATTCCTCAGTTGTTG
GAAAGCAGTCATGCACGACTTGGAGAAAGCTACACTGCGCTGGGTTTTGCAGAAGATGTTAATGCTGTTTTGGGTCCAGGCATGGATTGTTCTTATGGGACTTATCAGAAAACTGAGACCTTTAAACCCTTGGAGGGAACATATACAAAGAAACCTGCCATTTCAGGACAGCCTGGAGTTGTAGGGTTTTTTACTGAACC
CTTACAAGCATTAGAACTTACTAGGCAAACAAAAGAAATGGGAGTGCCTCCCTCTGTGGATAGTATACAGGATCATAGAGGAGGTCATCTTGTCACTGAACATTCTATCAACCAGCAAATACCATTAAGCAACTCAGAAACATGGTTGGGTGACTGCTCAGATGCAGTTCTTGCTAAGGATGAAGATGCCCTTAGACAAC
TGGGGAACTTAAGTGAAACTGAACCCAAGAATGTATCACCCTTAATAGCAAGTGACAAGGCACACCAGGCAGTCGGTAACCTTAATATTGGTGGTTTCAGTGAAAATCCAAGTCATTTATCCCATGGATCTCAAGGCCACCAACCTGCATTAGTTGTTAAGAGCCTTCTCGATGATGATAATGAGCATTCTGTTTATGTG
CAACCAAAAGTTATGTCCAATGCCTCTTCTGATGGAGGGAAAAGAAGTTCCGGCCCCCAAGTTACAACCTTGCCAATCAGTATCATTGATTCAAATATGGTTAACATTTTATCGTCGGACTTGTCCACTTCAGAAACATTGCAAACCTCTTGGATGGTTGAGCCCACAGTCTTTATTTCTTCATCAGATAAGGATATTCC
AACTCTGTCTGATGGTAATTCAGTTTCTTTTAGCCTCCAATTTGAGGGAGAAGGTGCTATCTCTACCCATGAAAAAATAAAGAAAGGTATGTCAGATGAGCATGTCAAAGCAGAGTTACAGAGTGTGGCAGAGAATGTGGCAGAAGTTGCTCTTCGGCCACCACTTCTTCCTGCTCCAACATTATCAGTGAATGAATGGG
ATCAGGTCAATGATGATGTAAAACATGAGGAACACATTTCAAATGGTAGAGTAAATGAAGCAGCAGAGGAGGATATTCTTATGAATGAAGAGGATGCTAAGGTTAAGGACTCGGATAATGATGACTCAACTAGTGCTGCAGTCATTGTTGAAGCTGAGGCTAGTCTCCATGGGTTGCAGATAATAAAGAACGCTGACCTT
GAAGAATTGCAAGAGCTAGGTTCTGGCACCTTTGGAACAGTATTCCATGGCAAATGGAGGGGATCAGATGTTGCAATCAAACGAATTAAAAACAGCTGCTTTATGGGAAGGGAATCAGAGCAAGAGCGAATGAGAGCTGATTTTTGGAGGGAAGCTCACTTGCTTGCGTACCTGCATCATCCAAATGTTGTTGCCTTTTA
TGGTGTTGTACCAGATGGGCCTGGTGGAACTTTGGCAACAGTCACAGAATACATGGTAAATGGCTCACTTAAACAGGTCCTGCAAAGGAAAGATAGGACAATTGATCGTCGAAAGCGGTGGTTAATCGCCATGGATGCTGCTTTTGGAATGGAATACTTACATGGAAAGCATATTGTGCATTTTGACTTAAAATGTGAGA
ATTTGTTGGTCAATATCAGAGATCCTCAACGCCCTATATGCAAGGTTGGAGATCTTGGGCTTTCAAAAATTAAACACAAAACCTTAGTTTCTGGTGGTGTACGAGGAACCCTTCCATGGATGGCTCCAGAGTTACTAAATGGCAGCAGTAGCGGAGTTTCTGAAAAGGTTGATGTATTTTCATTTGGAATAGTAATGTGG
GAGCTTCTTACTGGCGAGGAGCCATATGCTAATATGCATTATGGACTAATCATTGGAGGTATAGTGAACAATACATTGCGGCCACATGTACCAAGCTGGTGTGATCCTGCATGGCGATCATTAATGGAGCAGTGCTGGTCAGCTGATCCTGCAGCCAGACCTTCTTTCACAGAAATAGCCAGTCGATTGCGTGCAAAAGC
CACATCATTTCATGTGAAGGGGCATAGTCATAATGCTCATATTCACCATGGTTAAACCGTTAAAGCTAAATTTTTTAAAAAGAGCCGGCCTGCAATGGTAAATGATGGGTTCAATGCCTTATTTTATTGAAGGCGTGTTATACAATTTTTTTGTGATGCTAGTGATATTTCCATATTGGTTATAAACTTATATCTTGTTT
TCTAGACGTGTGTCAGGATAGGTAATCCAAAAAATCCTGTAGAGCAAGATCGTAACTGAACTCCACATGTACTTATTGATTATCACGCAGAGCCCTGCATGCTTTTTGTTCATAAAGACCATTTGATTGTAGCTTTGGTATAAGAGACAGTTAACCTGCAATGTAGTATTTGACTTGTAAGGAACACTTTATGCCAGATG
CATCCAAGATTAATGCACAGTCAAAATAAAATCAACTTGTCTCAGTTTCGAAGAGACAGTTAACCTGCAATGTAGTATTTGACTTGTAAGGGACACTTTATGCTAGATGCATCCAAGATTGATGCACAGTCAAAATAAAATCATCTTGTCTCAGTTTCGGAGGTTTTTAAAGGCAAATTTTTATATTGAAATGTAAATAA
ATGAATGCCACTGTTTCCATCATGGCAGAAATGGAGTTATTAAAGCCTTGCTACTGCACATTGTGGAGTGCCTGTTGATATTTCCTTGGTAGGTTTCAGTTGCAGCTATGCTGCAAAGAGATTGGAAATATCCGATGTATGCACATACATTTAGATATCTTTGCATCATGTTATGGGTTTTAAACTCTCATACTGTGCAA
CAGTTTAAAGTTATTTTAGTTATGCTAAATTTCTTATTTTGGAAA

Intron 3 GTATGAAATT ... TATTTGGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	34.18	775	494	311
A2	32.23	676	411	232
A3	29.97	874	505	243
A4	31.68	784	480	247
A5	29.47	511	293	134
A6	24.53	40	15	11
A7	32.38	166	98	61
A8	31.03	20	11	7
A9	31.44	121	71	40
A10	28.5	281	134	90

>TRINITY_DN45683_c0_g3_i12 from sample A8 / Example spliced isoform

AGGAGGCAACAGCAAAATAAGAGCATGTTGGAGTGAAAGTTCTGGACGAATTTGGCATCGAACAAAGCATGCTCCAGGATTGGAACAGCTGACCTCTCCAAGATGATGCAGAATCGCACCAGTTAAACCATGGGAACCTGGCGGGCCGAGAATCCGAGAAAGAAGAGGCACGCAGAAGAAGAGAACCCTGCGCAAGATCT
TCGTTGCGGTTTTCGATAAGATAATATTCAGAGCCTGTTAGTTCCTAGTCTGGTATTGCGATTATAGGCACAGCTTGCCTAGTCTCCAGCTTTTATGTCAGCGTAAGAATGAGATTTTATGCCGAGGCAAGGGTTAAAGAATATGGAGGAGAATTTGAGAGAATCGGGGGAGAAGGAATCTGTGTACAGACATCTGGGAT
CGGATGCCTTCAATTTATCAAATGCACAGTCCTTTTATCGCCCTAATGATAAGCTTTTGGTGGCTAATAAATCCGATGATAGAATCCGTGCTCTTGGGGATAATTTTTATGTCGATGAGCACGGGGTTAGGGTTGGGATTGAGGTTGAAGTTCATCATGAAGGATCGAGGATGCCCATGAAACCCAATTTGCAGGGTAGA
TCTGTATTGGTGGTTCAGGGGCCGGGAGAATTCGGCAATATGCAACCTTATTATGCGGATTTGACGGGCATTCTGGGTGGGGGTGGAATGGGTTCCGCTGACAGTTTGGACGGCATGATGCCGATGGTGGAGAGATATGGCTATGATCTGGAGGCTGGGAGTAGTTATTCTCAGGCATGTAGAGATTCCGCAAGAGGAAT
GCAGAATTTCAGGTCTTTGGATGAAGACGAAAATCGGTCGAATGAAGGTTCGGGGTCTCATGGGGCTCGGTTGGCCGAATTTCAACATCACCGGGATCAGCCGATGGGAAAGGTGAAACTTATGTGCAGCTTTGGTGGTAAAATTCTTCCTAGGCCTAGTGATGGGAAGCTTAGATATGTGGGTGGGGAGACACGGATCA
TTACAGTAAATAAAGGAATTACTTACGCCGAGCTTGTGCAGAAGCTGACAGATGCTTATGGCCAAGCTCTGGTTCTCAAGTATCAATTGCCTGACGAGGATCTTGATGCCCTAGTTTCTGTGTCTTCTCATGAGGACCTCGAGAATATGATGGACGAGTATGCCAGGCTTGAGGGCGGTGAAGGTTCATCTAGGCTCCGT
GTCTTTCTATTCTCCACAGCTGATTATGATCTCAGCCATTTTGATGCAATGAATGATAAGTGGAACTCTAAGCAACGATATGTTGATGCCGTCAATGGCATCATTGGCATCCCAGAGACGGGATTTGAGAAGCACGCTGACAGTATAAAAGCTACATCCATGCAGCAAGTGGAGAAGATGAATGCGTACGAGGCTTCAGA
GAAGTGGTGTGGGACGCCAAGAGCTCAAGAAAGTACTACTCAGTCATTCTTTTCTGTACAAGTCACCCAAGATACTACAAATCCAGCTCATTTGCCGCTTAACGTGCCACTTTCTTCAAAACAACCAATATCAAGTGCTCCCGTAACATTGCTACCCTCCTTACCTCCGTTATCTTCTTTGCCAGTTGGGGCTAAGCAGT
CTGCCATTGCCAGTATTCCTATGTTTTTTCCAGAACAAACCTTGAAGGTCAGTGGCCACCCATATATAACTAGACCATCTGAAAGTGAGCAGGATATGAACTATGGAGGAGCTGCTGTAACTACTTCTGCATGCCAGCATGATCTCCACTGCCGATTTTCAGAACTAAGGATTCCAGAAGTGTCTACTAAGACAGATCCT
GTTTTGTCCCCTCCTTCAGGCCAACCAGTTCTTCTCCGTGGCAGTGATGAACGAGTCGATGACACCGTGTTGCCAAGAGTTGACTCCCATGGAATGCTTGTTTTGGATCACAGGTTGGATGTCCAATCAGTCATGGATCCACAGACAATTGTTTTTCAGCATCCACCACCCTCTTTATACCAAGCCCAACGGAAGCATCA
GCCTGATGCCCATCAGGATAGTTACAAAAGAATGGACTACACACATCAGGCTGGATTTGAAGGGGGAAATTTACAACAGCATCCTCAGCAGCATTCTACTTTTTCAGCTCATCTTTTTAGTCAGCAGTTGGCAAACAATGATGCCACAAATCTCAGACAATCTGATCAGGCAAGGCTACAAGAGGATATGATAAATGGTG
CTTCTCTTCACAAGGTTGTTTCGACTCAACGAACAGGCTTGCATATGGTGGGGTCTGATCCTCTACCGCCTCACATTGTGAGTCGGCAAATGACTGGACCACTCCAGCAACAATATGGAATAGCTGTTTACAACTATAATGATCATGGTGGAAGAGTTTTTTATCCAATTCCATCCACGTCGCCAGCTAGTTACCACGAG
TTAACGTCCGAAAAATTTATTCCTCCTCAGATATTCTCCATTGAGCAACAATATGGACGTCAGCAAGTAATGTCCCATGAGCATGTGTCTCATCAACAGGCATTGAGTCATGCATATTCTGATACATCGTTCCTTGATCAAAGGGTGAAAGCAGTTCAGCCTGTATATGAAAGGACTTTACATTCTGATGGATCAGCAAG
GCCAGTCCCTTCATATACAGGACCAAGCACATTGCAAGATGAAATGATATTCAAAGATTACCAGGGAATGAATGGTCAAAAGAGTGAAAGTGGCCAACACGGGAACGAAACAGAACTGAATTTGTCTGGAGTGCAAGGCGGCTACACAGTAACAAGCGGTCCCTCAGAGTCTGTAGTGCAACAGCCATTTGATCTTTCTA
ATTTTCGCGAAAAATTGGATAGGAATGATGGATTGCTACAACAAAGGATGTTGGAGCACAATGATGCTACCAGACAATTTGTTTTGTCACCAAAAATGCCAGAAACTAGAGTCAAAGATGAGCAGATTCCTCAGTTGTTGGAAAGCAGTCATGCACGACTTGGAGAAAGCTACACTGCGCTGGGTTTTGCAGAAGATGTT
AATGCTGTTTTGGGTCCAGGCATGGATTGTTCTTATGGGACTTATCAGAAAACTGAGACCTTTAAACCCTTGGAGGGAACATATACAAAGAAACCTGCCATTTCAGGACAGCCTGGAGTTGTAGGGTTTTTTACTGAACCCTTACAAGCATTAGAACTTACTAGGCAAACAAAAGAAATGGGAGTGCCTCCCTCTGTGGA
TAGTATACAGGATCATAGAGGAGGTCATCTTGTCACTGAACATTCTATCAACCAGCAAATACCATTAAGCAACTCAGAAACATGGTTGGGTGACTGCTCAGATGCAGTTCTTGCTAAGGATGAAGATGCCCTTAGACAACTGGGGAACTTAAGTGAAACTGAACCCAAGAATGTATCACCCTTAATAGCAAGTGACAAGG
CACACCAGGCAGTCGGTAACCTTAATATTGGTGGTTTCAGTGAAAATCCAAGTCATTTATCCCATGGATCTCAAGGCCACCAACCTGCATTAGTTGTTAAGAGCCTTCTCGATGATGATAATGAGCATTCTGTTTATGTGCAACCAAAAGTTATGTCCAATGCCTCTTCTGATGGAGGGAAAAGAAGTTCCGGCCCCCAA
GTTACAACCTTGCCAATCAGTATCATTGATTCAAATATGGTTAACATTTTATCGTCGGACTTGTCCACTTCAGAAACATTGCAAACCTCTTGGATGGTTGAGCCCACAGTCTTTATTTCTTCATCAGATAAGGATATTCCAACTCTGTCTGATGGTAATTCAGTTTCTTTTAGCCTCCAATTTGAGGGAGAAGGTGCTAT
CTCTACCCATGAAAAAATAAAGAAAGGTATGTCAGATGAGCATGTCAAAGCAGAGTTACAGAGTGTGGCAGAGAATGTGGCAGAAGTTGCTCTTCGGCCACCACTTCTTCCTGCTCCAACATTATCAGTGAATGAATGGGATCAGGTCAATGATGATGTAAAACATGAGGAACACATTTCAAATGGTAGAGTAAATGAAG
CAGCAGAGGAGGATATTCTTATGAATGAAGAGGATGCTAAGGTTAAGGACTCGGATAATGATGACTCAACTAGTGCTGCAGTCATTGTTGAAGCTGAGGCTAGTCTCCATGGGTTGCAGATAATAAAGAACGCTGACCTTGAAGAATTGCAAGAGCTAGGTTCTGGCACCTTTGGAACAGTATTCCATGGCAAATGGAGG
GGATCAGATGTTGCAATCAAACGAATTAAAAACAGCTGCTTTATGGGAAGGGAATCAGAGCAAGAGCGAATGAGAGCTGATTTTTGGAGGGAAGCTCACTTGCTTGCGTACCTGCATCATCCAAATGTTGTTGCCTTTTATGGTGTTGTACCAGATGGGCCTGGTGGAACTTTGGCAACAGTCACAGAATACATGGTAAA
TGGCTCACTTAAACAGGTCCTGCAAAGGAAAGATAGGACAATTGATCGTCGAAAGCGGTGGTTAATCGCCATGGATGCTGCTTTTGGAATGGAATACTTACATGGAAAGCATATTGTGCATTTTGACTTAAAATGTGAGAATTTGTTGGTCAATATCAGAGATCCTCAACGCCCTATATGCAAGGTTGGAGATCTTGGGC
TTTCAAAAATTAAACACAAAACCTTAGTTTCTGGTGGTGTACGAGGAACCCTTCCATGGATGGCTCCAGAGTTACTAAATGGCAGCAGTAGCGGAGTTTCTGAAAAGGTTGATGTATTTTCATTTGGAATAGTAATGTGGGAGCTTCTTACTGGCGAGGAGCCATATGCTAATATGCATTATGGACTAATCATTGGAGGT
ATAGTGAACAATACATTGCGGCCACATGTACCAAGCTGGTGTGATCCTGCATGGCGATCATTAATGGAGCAGTGCTGGTCAGCTGATCCTGCAGCCAGACCTTCTTTCACAGAAATAGCCAGTCGATTGCGTGCAAAAGCCACATCATTTCATGTGAAGGGGCATAGTCATAATGCTCATATTCACCATGGTTAAACCGT
TAAAGCTAAATTTTTTAAAAAGAGCCGGCCTGCAATGGTAAATGATGGGTTCAATGCCTTATTTTATTGAAGGCGTGTTATACAATTTTTTTGTGATGCTAGTGATATTTCCATATTGGTTATAAACTTATATCTTGTTTTCTAGACGTGTGTCAGGATAGGTAATCCAAAAAATCCTGTAGAGCAAGATCGTAACTGAA
CTCCACATGTACTTATTGATTATCACGCAGAGCCCTGCATGCTTTTTGTTCATAAAGACCATTTGATTGTAGCTTTGGTATAAGAGACAGTTAACCTGCAATGTAGTATTTGACTTGTAAGGAACACTTTATGCCAGATGCATCCAAGATTAATGCACAGTCAAAATAAAATCAACTTGTCTCAGTTTCGAAGAGACAGT
TAACCTGCAATGTAGTATTTGACTTGTAAGGGACACTTTATGCTAGATGCATCCAAGATTGATGCACAGTCAAAATAAAATCATCTTGTCTCAGTTTCGGAGGTTTTTAAAGGCAAATTTTTATATTGAAATGTAAATAAATGAATGCCACTGTTTCCATCATGGCAGAAATGGAGTTATTAAAGCCTTGCTACTGCACA
TTGTGGAGTGCCTGTTGATATTTCCTTGGTAGGTTTCAGTTGCAGCTATGCTGCAAAGAGATTGGAAATATCCGATGTATGCACATACATTTAGATATCTTTGCATCATGTTATGGGTTTTAAACTCTCATACTGTGCAACAGTTTAAAGTTATTTTAGTTATGCTAAATTTCTTATTTTGGAAA

>TRINITY_DN45683_c0_g3_i7 from sample A8 / Example unspliced isoform:

AGGAGGCAACAGCAAAATAAGAGCATGTTGGAGTGAAAGTTCTGGACGAATTTGGCATCGAACAAAGCATGCTCCAGGATTGGAACAGCTGACCTCTCCAAGATGATGCAGAATCGCACCAGTTAAACCATGGGAACCTGGCGGGCCGAGAATCCGAGAAAGAAGAGGCACGCAGAAGAAGAGAACCCTGCGCAAGATCT
TCGTTGCGGTTTTCGATAAGATAATATTCAGAGCCTGTTAGTTCCTAGTCTGGTATTGCGATTATAGGCACAGCTTGCCTAGTCTCCAGgtatgaaatttgaatgattatgtgcctgttattattcgtattatttttcttatttggtagCTTTTATGTCAGCGTAAGAATGAGATTTTATGCCGAGGCAAGGGTTAAAGA
ATATGGAGGAGAATTTGAGAGAATCGGGGGAGAAGGAATCTGTGTACAGACATCTGGGATCGGATGCCTTCAATTTATCAAATGCACAGTCCTTTTATCGCCCTAATGATAAGCTTTTGGTGGCTAATAAATCCGATGATAGAATCCGTGCTCTTGGGGATAATTTTTATGTCGATGAGCACGGGGTTAGGGTTGGGATT
GAGGTTGAAGTTCATCATGAAGGATCGAGGATGCCCATGAAACCCAATTTGCAGGGTAGATCTGTATTGGTGGTTCAGGGGCCGGGAGAATTCGGCAATATGCAACCTTATTATGCGGATTTGACGGGCATTCTGGGTGGGGGTGGAATGGGTTCCGCTGACAGTTTGGACGGCATGATGCCGATGGTGGAGAGATATGG
CTATGATCTGGAGGCTGGGAGTAGTTATTCTCAGGCATGTAGAGATTCCGCAAGAGGAATGCAGAATTTCAGGTCTTTGGATGAAGACGAAAATCGGTCGAATGAAGGTTCGGGGTCTCATGGGGCTCGGTTGGCCGAATTTCAACATCACCGGGATCAGCCGATGGGAAAGGTGAAACTTATGTGCAGCTTTGGTGGTA
AAATTCTTCCTAGGCCTAGTGATGGGAAGCTTAGATATGTGGGTGGGGAGACACGGATCATTACAGTAAATAAAGGAATTACTTACGCCGAGCTTGTGCAGAAGCTGACAGATGCTTATGGCCAAGCTCTGGTTCTCAAGTATCAATTGCCTGACGAGGATCTTGATGCCCTAGTTTCTGTGTCTTCTCATGAGGACCTC
GAGAATATGATGGACGAGTATGCCAGGCTTGAGGGCGGTGAAGGTTCATCTAGGCTCCGTGTCTTTCTATTCTCCACAGCTGATTATGATCTCAGCCATTTTGATGCAATGAATGATAAGTGGAACTCTAAGCAACGATATGTTGATGCCGTCAATGGCATCATTGGCATCCCAGAGACGGGATTTGAGAAGCACGCTGA
CAGTATAAAAGCTACATCCATGCAGCAAGTGGAGAAGATGAATGCGTACGAGGCTTCAGAGAAGTGGTGTGGGACGCCAAGAGCTCAAGAAAGTACTACTCAGTCATTCTTTTCTGTACAAGTCACCCAAGATACTACAAATCCAGCTCATTTGCCGCTTAACGTGCCACTTTCTTCAAAACAACCAATATCAAGTGCTC
CCGTAACATTGCTACCCTCCTTACCTCCGTTATCTTCTTTGCCAGTTGGGGCTAAGCAGTCTGCCATTGCCAGTATTCCTATGTTTTTTCCAGAACAAACCTTGAAGGTCAGTGGCCACCCATATATAACTAGACCATCTGAAAGTGAGCAGGATATGAACTATGGAGGAGCTGCTGTAACTACTTCTGCATGCCAGCAT
GATCTCCACTGCCGATTTTCAGAACTAAGGATTCCAGAAGTGTCTACTAAGACAGATCCTGTTTTGTCCCCTCCTTCAGGCCAACCAGTTCTTCTCCGTGGCAGTGATGAACGAGTCGATGACACCGTGTTGCCAAGAGTTGACTCCCATGGAATGCTTGTTTTGGATCACAGGTTGGATGTCCAATCAGTCATGGATCC
ACAGACAATTGTTTTTCAGCATCCACCACCCTCTTTATACCAAGCCCAACGGAAGCATCAGCCTGATGCCCATCAGGATAGTTACAAAAGAATGGACTACACACATCAGGCTGGATTTGAAGGGGGAAATTTACAACAGCATCCTCAGCAGCATTCTACTTTTTCAGCTCATCTTTTTAGTCAGCAGTTGGCAAACAATG
ATGCCACAAATCTCAGACAATCTGATCAGGCAAGGCTACAAGAGGATATGATAAATGGTGCTTCTCTTCACAAGGTTGTTTCGACTCAACGAACAGGCTTGCATATGGTGGGGTCTGATCCTCTACCGCCTCACATTGTGAGTCGGCAAATGACTGGACCACTCCAGCAACAATATGGAATAGCTGTTTACAACTATAAT
GATCATGGTGGAAGAGTTTTTTATCCAATTCCATCCACGTCGCCAGCTAGTTACCACGAGTTAACGTCCGAAAAATTTATTCCTCCTCAGATATTCTCCATTGAGCAACAATATGGACGTCAGCAAGTAATGTCCCATGAGCATGTGTCTCATCAACAGGCATTGAGTCATGCATATTCTGATACATCGTTCCTTGATCA
AAGGGTGAAAGCAGTTCAGCCTGTATATGAAAGGACTTTACATTCTGATGGATCAGCAAGGCCAGTCCCTTCATATACAGGACCAAGCACATTGCAAGATGAAATGATATTCAAAGATTACCAGGGAATGAATGGTCAAAAGAGTGAAAGTGGCCAACACGGGAACGAAACAGAACTGAATTTGTCTGGAGTGCAAGGCG
GCTACACAGTAACAAGCGGTCCCTCAGAGTCTGTAGTGCAACAGCCATTTGATCTTTCTAATTTTCGCGAAAAATTGGATAGGAATGATGGATTGCTACAACAAAGGATGTTGGAGCACAATGATGCTACCAGACAATTTGTTTTGTCACCAAAAATGCCAGAAACTAGAGTCAAAGATGAGCAGATTCCTCAGTTGTTG
GAAAGCAGTCATGCACGACTTGGAGAAAGCTACACTGCGCTGGGTTTTGCAGAAGATGTTAATGCTGTTTTGGGTCCAGGCATGGATTGTTCTTATGGGACTTATCAGAAAACTGAGACCTTTAAACCCTTGGAGGGAACATATACAAAGAAACCTGCCATTTCAGGACAGCCTGGAGTTGTAGGGTTTTTTACTGAACC
CTTACAAGCATTAGAACTTACTAGGCAAACAAAAGAAATGGGAGTGCCTCCCTCTGTGGATAGTATACAGGATCATAGAGGAGGTCATCTTGTCACTGAACATTCTATCAACCAGCAAATACCATTAAGCAACTCAGAAACATGGTTGGGTGACTGCTCAGATGCAGTTCTTGCTAAGGATGAAGATGCCCTTAGACAAC
TGGGGAACTTAAGTGAAACTGAACCCAAGAATGTATCACCCTTAATAGCAAGTGACAAGGCACACCAGGCAGTCGGTAACCTTAATATTGGTGGTTTCAGTGAAAATCCAAGTCATTTATCCCATGGATCTCAAGGCCACCAACCTGCATTAGTTGTTAAGAGCCTTCTCGATGATGATAATGAGCATTCTGTTTATGTG
CAACCAAAAGTTATGTCCAATGCCTCTTCTGATGGAGGGAAAAGAAGTTCCGGCCCCCAAGTTACAACCTTGCCAATCAGTATCATTGATTCAAATATGGTTAACATTTTATCGTCGGACTTGTCCACTTCAGAAACATTGCAAACCTCTTGGATGGTTGAGCCCACAGTCTTTATTTCTTCATCAGATAAGGATATTCC
AACTCTGTCTGATGGTAATTCAGTTTCTTTTAGCCTCCAATTTGAGGGAGAAGGTGCTATCTCTACCCATGAAAAAATAAAGAAAGGTATGTCAGATGAGCATGTCAAAGCAGAGTTACAGAGTGTGGCAGAGAATGTGGCAGAAGTTGCTCTTCGGCCACCACTTCTTCCTGCTCCAACATTATCAGTGAATGAATGGG
ATCAGGTCAATGATGATGTAAAACATGAGGAACACATTTCAAATGGTAGAGTAAATGAAGCAGCAGAGGAGGATATTCTTATGAATGAAGAGGATGCTAAGGTTAAGGACTCGGATAATGATGACTCAACTAGTGCTGCAGTCATTGTTGAAGCTGAGGCTAGTCTCCATGGGTTGCAGATAATAAAGAACGCTGACCTT
GAAGAATTGCAAGAGCTAGGTTCTGGCACCTTTGGAACAGTATTCCATGGCAAATGGAGGGGATCAGATGTTGCAATCAAACGAATTAAAAACAGCTGCTTTATGGGAAGGGAATCAGAGCAAGAGCGAATGAGAGCTGATTTTTGGAGGGAAGCTCACTTGCTTGCGTACCTGCATCATCCAAATGTTGTTGCCTTTTA
TGGTGTTGTACCAGATGGGCCTGGTGGAACTTTGGCAACAGTCACAGAATACATGGTAAATGGCTCACTTAAACAGGTCCTGCAAAGGAAAGATAGGACAATTGATCGTCGAAAGCGGTGGTTAATCGCCATGGATGCTGCTTTTGGAATGGAATACTTACATGGAAAGCATATTGTGCATTTTGACTTAAAATGTGAGA
ATTTGTTGGTCAATATCAGAGATCCTCAACGCCCTATATGCAAGGTTGGAGATCTTGGGCTTTCAAAAATTAAACACAAAACCTTAGTTTCTGGTGGTGTACGAGGAACCCTTCCATGGATGGCTCCAGAGTTACTAAATGGCAGCAGTAGCGGAGTTTCTGAAAAGGTTGATGTATTTTCATTTGGAATAGTAATGTGG
GAGCTTCTTACTGGCGAGGAGCCATATGCTAATATGCATTATGGACTAATCATTGGAGGTATAGTGAACAATACATTGCGGCCACATGTACCAAGCTGGTGTGATCCTGCATGGCGATCATTAATGGAGCAGTGCTGGTCAGCTGATCCTGCAGCCAGACCTTCTTTCACAGAAATAGCCAGTCGATTGCGTGCAAAAGC
CACATCATTTCATGTGAAGGGGCATAGTCATAATGCTCATATTCACCATGGTTAAACCGTTAAAGCTAAATTTTTTAAAAAGAGCCGGCCTGCAATGGTAAATGATGGGTTCAATGCCTTATTTTATTGAAGGCGTGTTATACAATTTTTTTGTGATGCTAGTGATATTTCCATATTGGTTATAAACTTATATCTTGTTT
TCTAGACGTGTGTCAGGATAGGTAATCCAAAAAATCCTGTAGAGCAAGATCGTAACTGAACTCCACATGTACTTATTGATTATCACGCAGAGCCCTGCATGCTTTTTGTTCATAAAGACCATTTGATTGTAGCTTTGGTATAAGAGACAGTTAACCTGCAATGTAGTATTTGACTTGTAAGGAACACTTTATGCCAGATG
CATCCAAGATTAATGCACAGTCAAAATAAAATCAACTTGTCTCAGTTTCGAAGAGACAGTTAACCTGCAATGTAGTATTTGACTTGTAAGGGACACTTTATGCTAGATGCATCCAAGATTGATGCACAGTCAAAATAAAATCATCTTGTCTCAGTTTCGGAGGTTTTTAAAGGCAAATTTTTATATTGAAATGTAAATAA
ATGAATGCCACTGTTTCCATCATGGCAGAAATGGAGTTATTAAAGCCTTGCTACTGCACATTGTGGAGTGCCTGTTGATATTTCCTTGGTAGGTTTCAGTTGCAGCTATGCTGCAAAGAGATTGGAAATATCCGATGTATGCACATACATTTAGATATCTTTGCATCATGTTATGGGTTTTAAACTCTCATACTGTGCAA
CAGTTTAAAGTTATTTTAGTTATGCTAAATTTCTTATTTTGGAAA

Intron 4 GTAAATGGCT ... GGAAAGATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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A2	57.21	40.1	66.2	41
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A4	61.21	28.7	45	45.3
A5	58.71	12.7	20	16
A6	51.95	37	43	37
A7	58.57	87.8	146.9	101.2
A8	54.09	61.1	86.6	57.3
A9	52.62	81.8	111	70.7
A10	52.2	69.8	90	62.3

>TRINITY_DN117891_c0_g2_i6 from sample A1 / Example spliced isoform

CAAGGATGAGCCTGTTAGTGATGCAATTACTGCTGAAGCTGAAGCTATAGCTCATGGATTGCAGATTATAAAGAATGTAGATCTTGAAGAATTGCGGGAACTTGGTTCTGGCACCTTTGGAACAGTATTCCATGGCAAATGGAGGGGATCAGATGTTGCAATCAAACGAATTAAAAACAGCTGCTTTATGGGAAGGGAAT
CAAAGGAAGAGCGAATGAGAGCTGATTTTTGGAGGGAAGCTCACTTGCTTGCGCACCTGCATCATCCAAATGTTGTTGCCTTTTATGGTGTTGTACCAGATGGGCCTGGTGGAACTTTGGAAACAGTCACTAAATACATGGACAATTGATCGTCGAAAGTGGTTGTTAATCGCAATGGATGCTGCTTTTGGAATGGAATA
CTCACATGGCAGGGATATTGTGCATTTGGCCTTAAAATGTGAGAATTTGTTGGTCAATATGAGAGATCCTCAACGCCCTATATGTAAGGTTGGAGATCTTGGGCTTTCAAAAATTAAACACAAAACCTTCGTTTCTGGTGGTTTACGAGGAACCCTTCCATGGATGGCTCCAGAGTTACTAAATTCTGAAAAGCCTTGCA
GTAACCTTGCTGGGTTTTGTGATGGATAAAACAACCTCCTGCATGTAAATCCATGGATTATTTTTGTAGGATAGGATGACTAAATGGAACGGTGCATTATATTATTTTAGATACATGTTCATGCTTAATGTACAAATTCTTTTTTTGCTTTATGGCCTTGGTGGCTTTTGGAGTGATTCTCCCTTCAGAAGCATTGAGTT
GGAGTCTAGAACTTGGAAATCAAATCGACAGATTGGTTCTTGATGATACTTGCACATTCTACCTGTATTCCTATTCTCAGCAGGACTATCTCAGGGAACATGACTAAAATTGAAGAGACAATTTTTATGGGAACATGGGACCCGCTTTCAGCATAAATATTTTTACCAGTATGTTGCTTGACTAGAAGGACTATCTCAGG
GGAAGTGCATGCTTTTAGAGATGCCTACTTTATCCAAAGAATACTTTATCCAAAGAATGTATGTGTTGGTGGACGGTGATGACTATTGTTTATCCAGATCATGAGTTTTTAGATGTCCAAAGCAGGGC

>TRINITY_DN117891_c0_g2_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CAAGGATGAGCCTGTTAGTGATGCAATTACTGCTGAAGCTGAAGCTATAGCTCATGGATTGCAGATTATAAAGAATGTAGATCTTGAAGAATTGCGGGAACTTGGTTCTGGCACCTTTGGAACAGTATTCCATGGCAAATGGAGGGGATCAGATGTTGCAATCAAACGAATTAAAAACAGCTGCTTTATGGGAAGGGAAT
CAAAGGAAGAGCGAATGAGAGCTGATTTTTGGAGGGAAGCTCACTTGCTTGCGCACCTGCATCATCCAAATGTTGTTGCCTTTTATGGTGTTGTACCAGATGGGCCTGGTGGAACTTTGGAAACAGTCACTAAATACATGgtaaatggctcacttaaacaggtcctgcaaaggaaagatagGACAATTGATCGTCGAAAG
TGGTTGTTAATCGCAATGGATGCTGCTTTTGGAATGGAATACTCACATGGCAGGGATATTGTGCATTTGGCCTTAAAATGTGAGAATTTGTTGGTCAATATGAGAGATCCTCAACGCCCTATATGTAAGGTTGGAGATCTTGGGCTTTCAAAAATTAAACACAAAACCTTCGTTTCTGGTGGTTTACGAGGAACCCTTCC
ATGGATGGCTCCAGAGTTACTAAATTCTGAAAAGCCTTGCAGTAACCTTGCTGGGTTTTGTGATGGATAAAACAACCTCCTGCATGTAAATCCATGGATTATTTTTGTAGGATAGGATGACTAAATGGAACGGTGCATTATATTATTTTAGATACATGTTCATGCTTAATGTACAAATTCTTTTTTTGCTTTATGGCCTT
GGTGGCTTTTGGAGTGATTCTCCCTTCAGAAGCATTGAGTTGGAGTCTAGAACTTGGAAATCAAATCGACAGATTGGTTCTTGATGATACTTGCACATTCTACCTGTATTCCTATTCTCAGCAGGACTATCTCAGGGAACATGACTAAAATTGAAGAGACAATTTTTATGGGAACATGGGACCCGCTTTCAGCATAAATA
TTTTTACCAGTATGTTGCTTGACTAGAAGGACTATCTCAGGGGAAGTGCATGCTTTTAGAGATGCCTACTTTATCCAAAGAATACTTTATCCAAAGAATGTATGTGTTGGTGGACGGTGATGACTATTGTTTATCCAGATCATGAGTTTTTAGATGTCCAAAGCAGGGC