NA ----> NA

Intron 1 GTTTGTCTCT ... TCTGTTATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	98.41	1	62	5
A2	100	0	53	6
A3	96.15	2	50	2
A4	96.3	2	52	2
A5	96.77	1	30	1
A6	86.05	6	37	23
A7	85.31	26	151	49
A8	76.92	45	150	75
A9	78.95	40	150	52
A10	84.82	29	162	52

>TRINITY_DN41963_c0_g1_i9 from sample A8 / Example spliced isoform

CTTTTGCTGAATTTGAATCTACGCTCTCTGCTTCGTCTCCTCTCACGGGGTGTTTGGTGTGGTCTGTTCTACTTTGGAGCGCTCCTTGTTGCTTGTTGTTTTTGTGTGTTGTATGTTCTGTCTGCCTGTACTGTGTGTTTGTTGTCTGTAGTTGTTTCTTTTTGTCTGTCTTTTTCGTCTGTGAATGCTTTGTGTGTACA
TGAGATAACTGAGAGGAAGCGAAGCGCAGTTACATTTCAGGAAAGGGACGAACCGAAGTTCAGGAAAGGGTTTCACATCGACCTCTCATTTGGGTGACGGGGAGGCAATGAAGATCAGATAGCATGGCGCAGAAGGCCGGAAGAGAGCAGTCTTTGGATAGATAACCCACTTTCCTTCATTCCTTTTCAAGAGTTAATTC
TGTTTTATAGCGGGCTCGAATTCTAAAGAACGGCATGGTTGAGTAAAACCCTAAAATCTTTACTCCCAGCATTATTCAATTAATATATATTTTGCAGGCGGTTTCGATTCACTTAATATATTTTGCAGACGGTTTCCATTCACTTAATATATTTTGCAGGCATTTTAGATTCTTATTCTGCATTTTTACAGTAAACTCTG
TTTCTCTTTTCAGCTTTAATTTTGTG

>TRINITY_DN41963_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CTTTTGCTGAATTTGAATCTACGCTCTCTGCTTCGTCTCCTCTCACGGGGTGTTTGGTGTGGTCTGTTCTACTTTGGAGCGCTCCTTGTTGCTTGTTGTTTTTGTGTGTTGTATGTTCTGTCTGCCTGTACTGTGTGTTTGTTGTCTGTAGTTGTTTCTTTTTGTCTGTCTTTTTCGTCTGTGAATGCTTTGTGTGTACA
TGAGATAACTGAGAGGAAGCGAAGCGCAGTTACATTTCAGGAAAGGGACGAACCGAAGTTCAGGAAAGGGTTTCACATCGACCTCTCATTTGGGTGACGGGGAGGCAATGAAGATCAGATAGCATGGCGCAGAAGGCCGGAAGAGAGCAGTCTTTGGATAGATAACCCACTTTCCTTCATTCCTTTTCAAGAgtttgtct
ctgtttttcttctttcatttagtttctttggcttattctaaagtatacagcatttactgttgagtttggatgtttgaatcatattctgctatttttctgcaaactctccttcctcttttcagttttaattcatgccatttatgtaatcctttcctgttacggttacgatttctgttatagGTTAATTCTGTTTTATAGCG
GGCTCGAATTCTAAAGAACGGCATGGTTGAGTAAAACCCTAAAATCTTTACTCCCAGCATTATTCAATTAATATATATTTTGCAGGCGGTTTCGATTCACTTAATATATTTTGCAGACGGTTTCCATTCACTTAATATATTTTGCAGGCATTTTAGATTCTTATTCTGCATTTTTACAGTAAACTCTGTTTCTCTTTTCA
GCTTTAATTTTGTG

Intron 2 GTAGGAATTT ... TCATGTAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	-1	0	0	0
A2	100	0	4	2
A3	-1	0	0	0
A4	100	0	2	1
A5	-1	0	0	0
A6	60	2	4	2
A7	65.71	6	14	9
A8	33.33	3	0	3
A9	35.29	11	8	4
A10	39.53	13	4	13

>TRINITY_DN41963_c0_g1_i5 from sample A8 / Example spliced isoform

GCAACATATTTTATCTGAAGAAAAACTTTTTTTGAGCGCGGGCATTCTCCATTTAAAGCATGCTCTGGAAGTTGTTTGACGCATAACAACAGAAGATGGATGCATGATTTCCCAACAGGTTGTCCAGGGAGATTACTGTATGAGAATATACAGAGAGTGGAGGGATTATCACTTGCCGACATGCACAAAAGGATCTCTAT
CCCAAAAGAAAACGAGACTGTTGGCTTTTAAGGCATGGCTGAGTAAAACCCTAAAATATTTACTCCCAATATCATTCAATGAATATATATTTTGCAGGCGGTTTCGGTTCACTTAATATATTTTGCAGGCTGTTTAGTTTCTTATTCTTCTTTTTTACTGTAAACTCTGTTCCTCTTTTCAACTTTAATTTTGTGTTGTA
GCCACTATGATCATTTTCATGCAATTTATGGAATCCA

>TRINITY_DN41963_c0_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GCAACATATTTTATCTGAAGAAAAACTTTTTTTGAGCGCGGGCATTCTCCATTTAAAGCATGCTCTGGAAGTTGTTTGACGCATAACAACAGAAGATGGATGCATGATTTCCCAACAGGTTGTCCAGgtaggaatttctagacataaaccgcatttgatttatgattgattatgtaatcacctgttattatcgtaatttt
attgttttactgtatgaattcatgtaaagGGAGATTACTGTATGAGAATATACAGAGAGTGGAGGGATTATCACTTGCCGACATGCACAAAAGGATCTCTATCCCAAAAGAAAACGAGACTGTTGGCTTTTAAGGCATGGCTGAGTAAAACCCTAAAATATTTACTCCCAATATCATTCAATGAATATATATTTTGCAGG
CGGTTTCGGTTCACTTAATATATTTTGCAGGCTGTTTAGTTTCTTATTCTTCTTTTTTACTGTAAACTCTGTTCCTCTTTTCAACTTTAATTTTGTGTTGTAGCCACTATGATCATTTTCATGCAATTTATGGAATCCA

Intron 3 GTGAGGCGAT ... TTATTTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	24.59	79.5	19.6	27.4
A2	21.27	68.8	15.5	19.2
A3	19.82	76	13.9	19.6
A4	19.92	75.6	20.3	19.3
A5	24.28	43.5	8.1	14.6
A6	35.41	17.8	6.2	9.6
A7	26.35	69.2	15.4	26.7
A8	14.09	72.5	8.1	12.6
A9	22.53	66.1	9.8	21.7
A10	26.78	99.2	15.4	39.6

>TRINITY_DN129324_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

GAAAACTTTACCGTTGGAACAAGGCAGCCCCGCAATGACCTATAAAATAATGGCCAGAGCGTTATTGAAGCATTCTCTTGCTTTTTCCTTTTGCTGAATTTGAATCTGCGTTCTCTGCTTCGTCTCCTCTCAGGCGGTGTTGAGTGTGGTCTGTTCTACTTTGGAGCGCTCCTTGTTGTTTTTGTGTGTTGTATGTTCTG
TCTGCATGTGCTGTGTGTTTGTTGTCTGTACTTGTTTATTTTTGTCTGTCTTTTTCGTGTGTGAATGCTTTTTGTGTACATGTGATAACTGAGAGGAAGCGAAGTGCAATTACATTTGGGCATGGCATTTCTTATCGACCTCTCATTTGGGTGACGGGGAGGCAATGAAGATCAGATAGCATGGCGCAGAAGGGAAGAGA
GCTCGGTCTTTGGACAGATAACCCACTTTCCTTCATTCTTTTAAAGAGTTTGTCTCTGTTTTTCTTCATTCATTTAGTTTCATTGGCTTATTCTAAAGTATACAGCATTTAGTATTGTTGAGTTTGGATGTTTGAATCATATCCTGCTATTTTTCTGCAAACTCTCCTTCCTCTTTTCAGTTTTAATTTTGTGTTGCAGC
TACTATGATAGTTTTCATGCCATTTATGGAAATCTCTCCTGTTACGGTTACGATTTCTGTTATAGGTTAATTTTGTGTTACAGTCGGCGCAGTAATTGTAATTCCTATTGATATTTTTTCTTTGAATATGCTACTTGTTGTTATATAATAATTGGGTTCTGTTCATACAAAGGTAATTTAATTTATACTCCAGTTTCTAG
CTTGTAGATTATGAACCCATCTATCCCAAAACCCTCTATCCCTAAAAAAACCCTTCAACCCTTGGTTACTGCAATTCTTATCACGTCGAAATTCAGTTGAAAAATGAGTCCATCTTCCGTTCAAGTTATTGTTTTCAGTTTGTCCTATGGTTGTAGCGGGCTCGAATTCTTAAAGAACGGCATGGCTGAGTCAAACCCTA
AAATCTTTACTCCCAGCATTATTAAATTAATATATATTTTGCAGGCGGTTTCGATTCACTTAATATATTTTGCAGGCTGTTTAGATTCTTTTTCTGCGTTTTTTACCGTGAAGTCTGTTCCTCTTTTCAGCTTTAATTTTGTGTTGTAGCCACTATGATCTTTTCATGCCATTTATGGAATCCTCTTTTTCTGCCCCGTT
ACGATTTATGTTATAGCTTAATTTTGTGTTACAGTCGGCACTGTAATTATAATTCCTATTGATAATTTTTCTTTGAATGTTGATAATGTTTCTTTGAATATGCTACTTGTAGTTGTTGTTATATTATAATTGAATGCCCATCATTGATTGTGGGTTCTGTACATACAAAATACTCCAGTTTCTAGCTTGCAGGGACTTAT
TCCATTTCAATAAGTATCATTCATTAGTGGGTAATTAGTATTAATTATTTAAGGGTATGTATTATAAATAAGGGAGATACCGCCAGAAGGTAGGGTCTAGCTTGCAGGTCATGAACCCATCGTCCCCAAAACCCTCTATCCCTCAACAAAACCCTTCAACCCTTCGTTATTGCAATCCTTATCACGTCGAAATTCAGTTG
AAAAATGATTCCATCTTTACTCCAATTGTGTTCAGTTTGTCGTATGGTAGTAGGGAGCTCGAATTCTAAAGAACGACATGGCTGAATAAAACCCTAAAATCTTTACTCCCAGCATCATTCAATTAATATATATTTTGCAGGCGCTTTCGATTCACTTAATATATTTTGCAGGCTGTTTAGATTCTTTATATATATTGCAG
GCGGTTTCGATTCACTTCACTTAATATATTTTGCAGGTTGTTTAGATTCTTATTCTGCTTTTTTACCGTAAACTCTATTATGCGTTTTTACCGTAAACTCCGTTCCTCTTTTCAGCTTTAATTTTGTGTTGTAGCCACTATGATCTTTTTCATGCCATTTATGGAATCCTCTTTTTCTGCCCCTTTACAATTTATCACGT
CGAAATTCAGTTGAAAATTGATTCCATCTTCCGTTGAAGTTTTGTTTTCAGTTTGTCGTGTGGTTGTAGCGGGCTCGAATTCTAAAGAATGGCATGGCTGAGTAAAACCCTACAATCTTTACTCCCAGCATCATTCAATTAATATATATTTTGCAGGCTGTCTAGATTATCCTGATGTGATTATTAAAAGGGTTTGCAAC
TGCTATCATTCTAAGGTCGACTTAAATCAAGAATCCATGTATTTAAAATAATGGGCTAAAGAAAATTTATAGAATCCACATATTTTTTCCATAGACCTATGTCGTTGATTGAAACCCCACAATCTTCGCAACGTAGTTCAATTAAAATTTAGTATAATCTGTAAAATTTGGTATCAAAAGTTATATATGTATATATATGA
ATTTCTTCTGTCAAAACTTTTCTTCCTTGTCGGTTTCGTTGATAATTTAATTTGATATTATCGTTTGAGTATCTCGAATGTTTGCCTTCGTCGTCCATATAATGATTTTAATTTGTATTAATCATATTGTTGACGACTCGATCTTATCTCACATTTAATATTAAATTAAATTTTCTATTATAATTAATTTTTTTCTTATT
TATATTTTTTTATTATAAATATGCTTCAAAAAAATGTATTAACAATTCTTCTTCGTTTGTGCTTCAAGAATAGTTGCCAGTTTAGAGGAGCAGGTAAAATTATTCAGCTTGACCTAAATTCATTTTCATTTTCCATTTCTTTTTGTTGGTCATTGATTTAATAATTTAACTAGTTCCATCATTGATTTCAATTTCAATTT
ATATAGATTTTTTTCATTAATTTAATCATTTAATTGATTTATATGAATAATTAATTACAAGAATCATTTAATACATTAAACATAATTCATATGTTAACCTGGAATGGAATGGAAGCGGAGGTAGCATTCTTATGACCGGGCATGGAATGGAAGAGGAGGTACTTTATTTTCTTTCTTTATTCACCATTTATTTCAAGGTT
TTTCTTTAACCTAATTTAAATCTACAGAATTTAATTTAATGTATAGTTCTGTGCTATATATTTTATTATAGTTTATTGGTCATACAACTATTATATAATTTTCTAGTCATCTGATAGGGTTAAAATTTAAGTTATTTTGATCCTTTTAATCAGATAGGTTTAGTATTAGTTGCCAAGGTTTGAAAGCAGTAGAGTTTTTT
AGTTTTGGAGAAAGTTTTGTTTCGAATTTGCTTTGCAATAATAATTGAGTTTTAATTAATTTTGAATTTAATTTAAAGTTGTAAGATTAGAGTAATTTAAAAGTTATTAAATTTAAATTTTTTTAAATTATTATTATTAAAATTTGATTATATATTTTTTTATTAAATTTGAATTTTTATTATTTTTATTACAATTTTAA
TATATAAATAAATTAAATTATATTTTATTTACAATGAAAGTGTAATTATATATATATTTTTTAAATGTCAATACTTGTTATTCCAACTAAAGAATTAAGGTATGGCTTGAAATAGGGGTTTAAGAAGAATCATGTCATTTATAAGAATTGAACTTAGGTGATTAAGGTAACAATCATTCCTCCCAACTATCCAAGTTACA
AACAATGGACAAATGTAATTTAATTTATACTCTGAATTCTCACTTGAAATCATAAACCCTTTCCTTCCAAAACTCTTTATCACGTTGAAACTGAGTTGATAACTATTCCAACTTCTATCGAAGTTATTGTTTTCACTTTGTCAGATCTTACGAGATCTTAATGAGCAATCTTTTAGGTTAAGGGACCATTGAATTAATAT
ATCTTTTGCAGTCTAAACGACAGAGGAATGTGTTTCAAATTATTCGCCCTTTTCCCTTCAGTGACTGATAACCAAATATGCGTGTTAATGATTTACTGGTTTGTTTAATAGTATTTATAATAATATTATTATTGAAATGATTTGTTTAATATTATTAAATATATGTAAAATATTTGTATTTTTAATATGCTTGTTAATGA
TTTACTGGTTTGTTTAATAGTATTTATA

>TRINITY_DN129324_c0_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GAAAACTTTACCGTTGGAACAAGGCAGCCCCGCAATGACCTATAAAATAATGGCCAGAGCGTTATTGAAGCATTCTCTTGCTTTTTCCTTTTGCTGAATTTGAATCTGCGTTCTCTGCTTCGTCTCCTCTCAGGCGGTGTTGAGTGTGGTCTGTTCTACTTTGGAGCGCTCCTTGTTGTTTTTGTGTGTTGTATGTTCTG
TCTGCCTGTACTGTGTGTTTGTTGTCTGTAGTTGTTTCTTTTTGTCTGTCTTTTTCGTCTGTGAATGCTTTGTGTGTACATGAGATAACTGAGAGGAAGCGAAGCGCAGTTACATTTCAGGAAAGGGACGAACCGAAGTTCAGGAAAGGGTTTCACATCGACCTCTCATTTGGGTGACGGGGAGgtgaggcgatccattt
tcttcttttctttatgttccaaaatctgtcataattatttaatttggtgggatggatagttgttggtctgttacaaatctgtctgtcaatgattgattctaatttcaatccattataatattttgaaatatcacaaaatcatatgccgctttcttatttccagGCAATGAAGATCAGATAGCATGGCGCAGAAGGGAAGA
GAGCTCGGTCTTTGGACAGATAACCCACTTTCCTTCATTCTTTTAAAGAGTTTGTCTCTGTTTTTCTTCATTCATTTAGTTTCATTGGCTTATTCTAAAGTATACAGCATTTAGTATTGTTGAGTTTGGATGTTTGAATCATATCCTGCTATTTTTCTGCAAACTCTCCTTCCTCTTTTCAGTTTTAATTTTGTGTTGCA
GCTACTATGATAGTTTTCATGCCATTTATGGAAATCTCTCCTGTTACGGTTACGATTTCTGTTATAGGTTAATTTTGTGTTACAGTCGGCGCAGTAATTGTAATTCCTATTGATATTTTTTCTTTGAATATGCTACTTGTTGTTATATAATAATTGGGTTCTGTTCATACAAAGGTAATTTAATTTATACTCCAGTTTCT
AGCTTGTAGATTATGAACCCATCTATCCCAAAACCCTCTATCCCTAAAAAAACCCTTCAACCCTTGGTTACTGCAATTCTTATCACGTCGAAATTCAGTTGAAAAATGAGTCCATCTTCCGTTCAAGTTATTGTTTTCAGTTTGTCCTATGGTTGTAGCGGGCTCGAATTCTTAAAGAACGGCATGGCTGAGTCAAACCC
TAAAATCTTTACTCCCAGCATTATTAAATTAATATATATTTTGCAGGCGGTTTCGATTCACTTAATATATTTTGCAGGCTGTTTAGATTCTTGCATCATTCAATTAATATATATTTTGCAGGCGCTTTCGATTCACTTAATATATTTTGCAGGCTGTTTAGATTCTTATTATGCGTTTTTACCGTAAACTCCGTTCCTCT
TTTCAGCTTTAATTTTGTGTTGTAGTCACTATGATATTTTTCATGCCATTTATGGAATCCTCTTTTTCTGCCCCTTTACAATTTATCACGTCGAAATTCAGTTGAAAATTGATTCCATCTTCCGTTGAAGTTTTGTTTTCAGTTTGTCGTGTGGTTGTAGCGGGCTCGAATTCTAAAGAATGGCATGGCTGAGTAAAACC
CTACAATCTTTACTCCCAGCATCATTCAATTAATATATATTTTGCAGGCTGTCTAGATTATCCTGATGTGATTATTAAAAGGGTTTGCAACTGCTATCATTCTAAGGTCGACTTAAATCAAGAATCCATGTATTTAAAATAATGGGCTAAAGAAAATTTATAGAATCCACATATTTTTTCCATAGACCTATGTCGTTGAT
TGAAACCCCACAATCTTCGCAACGTAGTTCAATTAAAATTTAGTATAATCTGTAAAATTTGGTATCAAAAGTTATATATGTATATATATGAATTTCTTCTGTCAAAACTTTTCTTCCTTGTCGGTTTCGTTGATAATTTAATTTGATATTATCGTTTGAGTATCTCGAATGTTTGCCTTCGTCGTCCATATAATGATTTT
AATTTGTATTAATCATATTGTTGACGACTCGATCTTATCTCACATTTAATATTAAATTAAATTTTCTATTATAATTAATTTTTTTCTTATTTATATTTTTTTATTATAAATATGCTTCAAAAAAATGTATTAACAATTCTTCTTCGTTTGTGCTTCAAGAATAGTTGCCAGTTTAGAGGAGCAGGTAAAATTATTCAGCT
TGACCTAAATTCATTTTCATTTTCCATTTCTTTTTGTTGGTCATTGATTTAATAATTTAACTAGTTCCATCATTGATTTCAATTTCAATTTATATAGATTTTTTTCATTAATTTAATCATTTAATTGATTTATATGAATAATTAATTACAAGAATCATTTAATACATTAAACATAATTCATATGTTAACCTGGAATGGAA
TGGAAGCGGAGGTAGCATTCTTATGACCGGGCATGGAATGGAAGAGGAGGTACTTTATTTTCTTTCTTTATTCACCATTTATTTCAAGGTTTTTCTTTAACCTAATTTAAATCTACAGAATTTAATTTAATGTATAGTTCTGTGCTATATATTTTATTATAGTTTATTGGTCATACAACTATTATATAATTTTCTAGTCA
TCTGATAGGGTTAAAATTTAAGTTATTTTGATCCTTTTAATCAGATAGGTTTAGTATTAGTTGCCAAGGTTTGAAAGCAGTAGAGTTTTTTAGTTTTGGAGAAAGTTTTGTTTCGAATTTGCTTTGCAATAATAATTGAGTTTTAATTAATTTTGAATTTAATTTAAAGTTGTAAGATTAGAGTAATTTAAAAGTTATTA
AATTTAAATTTTTTTAAATTATTATTATTAAAATTTGATTATATATTTTTTTATTAAATTTGAATTTTTATTATTTTTATTACAATTTTAATATATAAATAAATTAAATTATATTTTATTTACAATGAAAGTGTAATTATATATATATTTTTTAAATGTCAATACTTGTTATTCCAACTAAAGAATTAAGGTATGGCTTG
AAATAGGGGTTTAAGAAGAATCATGTCATTTATAAGAATTGAACTTAGGTGATTAAGGTAACAATCATTCCTCCCAACTATCCAAGTTACAAACAATGGACAAATGTAATTTAATTTATACTCTGAATTCTCACTTGAAATCATAAACCCTTTCCTTCCAAAA

Intron 4 GCTGTTTAGA ... TATTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	30.1	36	8	23
A2	26.58	29	9	12
A3	30.43	24	8	13
A4	28.81	21	10	7
A5	28.89	16	1	12
A6	33.33	7	7	0
A7	33.33	6	1	5
A8	35.71	9	10	0
A9	33.33	6	4	2
A10	29.03	11	9	0

>TRINITY_DN129324_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

GAAAACTTTACCGTTGGAACAAGGCAGCCCCGCAATGACCTATAAAATAATGGCCAGAGCGTTATTGAAGCATTCTCTTGCTTTTTCCTTTTGCTGAATTTGAATCTGCGTTCTCTGCTTCGTCTCCTCTCAGGCGGTGTTGAGTGTGGTCTGTTCTACTTTGGAGCGCTCCTTGTTGTTTTTGTGTGTTGTATGTTCTG
TCTGCATGTGCTGTGTGTTTGTTGTCTGTACTTGTTTATTTTTGTCTGTCTTTTTCGTGTGTGAATGCTTTTTGTGTACATGTGATAACTGAGAGGAAGCGAAGTGCAATTACATTTGGGCATGGCATTTCTTATCGACCTCTCATTTGGGTGACGGGGAGGCAATGAAGATCAGATAGCATGGCGCAGAAGGGAAGAGA
GCTCGGTCTTTGGACAGATAACCCACTTTCCTTCATTCTTTTAAAGAGTTTGTCTCTGTTTTTCTTCATTCATTTAGTTTCATTGGCTTATTCTAAAGTATACAGCATTTAGTATTGTTGAGTTTGGATGTTTGAATCATATCCTGCTATTTTTCTGCAAACTCTCCTTCCTCTTTTCAGTTTTAATTTTGTGTTGCAGC
TACTATGATAGTTTTCATGCCATTTATGGAAATCTCTCCTGTTACGGTTACGATTTCTGTTATAGGTTAATTTTGTGTTACAGTCGGCGCAGTAATTGTAATTCCTATTGATATTTTTTCTTTGAATATGCTACTTGTTGTTATATAATAATTGGGTTCTGTTCATACAAAGGTAATTTAATTTATACTCCAGTTTCTAG
CTTGTAGATTATGAACCCATCTATCCCAAAACCCTCTATCCCTAAAAAAACCCTTCAACCCTTGGTTACTGCAATTCTTATCACGTCGAAATTCAGTTGAAAAATGAGTCCATCTTCCGTTCAAGTTATTGTTTTCAGTTTGTCCTATGGTTGTAGCGGGCTCGAATTCTTAAAGAACGGCATGGCTGAGTCAAACCCTA
AAATCTTTACTCCCAGCATTATTAAATTAATATATATTTTGCAGGCGGTTTCGATTCACTTAATATATTTTGCAGGCTGTTTAGATTCTTTTTCTGCGTTTTTTACCGTGAAGTCTGTTCCTCTTTTCAGCTTTAATTTTGTGTTGTAGCCACTATGATCTTTTCATGCCATTTATGGAATCCTCTTTTTCTGCCCCGTT
ACGATTTATGTTATAGCTTAATTTTGTGTTACAGTCGGCACTGTAATTATAATTCCTATTGATAATTTTTCTTTGAATGTTGATAATGTTTCTTTGAATATGCTACTTGTAGTTGTTGTTATATTATAATTGAATGCCCATCATTGATTGTGGGTTCTGTACATACAAAATACTCCAGTTTCTAGCTTGCAGGGACTTAT
TCCATTTCAATAAGTATCATTCATTAGTGGGTAATTAGTATTAATTATTTAAGGGTATGTATTATAAATAAGGGAGATACCGCCAGAAGGTAGGGTCTAGCTTGCAGGTCATGAACCCATCGTCCCCAAAACCCTCTATCCCTCAACAAAACCCTTCAACCCTTCGTTATTGCAATCCTTATCACGTCGAAATTCAGTTG
AAAAATGATTCCATCTTTACTCCAATTGTGTTCAGTTTGTCGTATGGTAGTAGGGAGCTCGAATTCTAAAGAACGACATGGCTGAATAAAACCCTAAAATCTTTACTCCCAGCATCATTCAATTAATATATATTTTGCAGGCGCTTTCGATTCACTTAATATATTTTGCAGGCTGTTTAGATTCTTTATATATATTGCAG
GCGGTTTCGATTCACTTCACTTAATATATTTTGCAGGTTGTTTAGATTCTTATTCTGCTTTTTTACCGTAAACTCTATTATGCGTTTTTACCGTAAACTCCGTTCCTCTTTTCAGCTTTAATTTTGTGTTGTAGCCACTATGATCTTTTTCATGCCATTTATGGAATCCTCTTTTTCTGCCCCTTTACAATTTATCACGT
CGAAATTCAGTTGAAAATTGATTCCATCTTCCGTTGAAGTTTTGTTTTCAGTTTGTCGTGTGGTTGTAGCGGGCTCGAATTCTAAAGAATGGCATGGCTGAGTAAAACCCTACAATCTTTACTCCCAGCATCATTCAATTAATATATATTTTGCAGGCTGTCTAGATTATCCTGATGTGATTATTAAAAGGGTTTGCAAC
TGCTATCATTCTAAGGTCGACTTAAATCAAGAATCCATGTATTTAAAATAATGGGCTAAAGAAAATTTATAGAATCCACATATTTTTTCCATAGACCTATGTCGTTGATTGAAACCCCACAATCTTCGCAACGTAGTTCAATTAAAATTTAGTATAATCTGTAAAATTTGGTATCAAAAGTTATATATGTATATATATGA
ATTTCTTCTGTCAAAACTTTTCTTCCTTGTCGGTTTCGTTGATAATTTAATTTGATATTATCGTTTGAGTATCTCGAATGTTTGCCTTCGTCGTCCATATAATGATTTTAATTTGTATTAATCATATTGTTGACGACTCGATCTTATCTCACATTTAATATTAAATTAAATTTTCTATTATAATTAATTTTTTTCTTATT
TATATTTTTTTATTATAAATATGCTTCAAAAAAATGTATTAACAATTCTTCTTCGTTTGTGCTTCAAGAATAGTTGCCAGTTTAGAGGAGCAGGTAAAATTATTCAGCTTGACCTAAATTCATTTTCATTTTCCATTTCTTTTTGTTGGTCATTGATTTAATAATTTAACTAGTTCCATCATTGATTTCAATTTCAATTT
ATATAGATTTTTTTCATTAATTTAATCATTTAATTGATTTATATGAATAATTAATTACAAGAATCATTTAATACATTAAACATAATTCATATGTTAACCTGGAATGGAATGGAAGCGGAGGTAGCATTCTTATGACCGGGCATGGAATGGAAGAGGAGGTACTTTATTTTCTTTCTTTATTCACCATTTATTTCAAGGTT
TTTCTTTAACCTAATTTAAATCTACAGAATTTAATTTAATGTATAGTTCTGTGCTATATATTTTATTATAGTTTATTGGTCATACAACTATTATATAATTTTCTAGTCATCTGATAGGGTTAAAATTTAAGTTATTTTGATCCTTTTAATCAGATAGGTTTAGTATTAGTTGCCAAGGTTTGAAAGCAGTAGAGTTTTTT
AGTTTTGGAGAAAGTTTTGTTTCGAATTTGCTTTGCAATAATAATTGAGTTTTAATTAATTTTGAATTTAATTTAAAGTTGTAAGATTAGAGTAATTTAAAAGTTATTAAATTTAAATTTTTTTAAATTATTATTATTAAAATTTGATTATATATTTTTTTATTAAATTTGAATTTTTATTATTTTTATTACAATTTTAA
TATATAAATAAATTAAATTATATTTTATTTACAATGAAAGTGTAATTATATATATATTTTTTAAATGTCAATACTTGTTATTCCAACTAAAGAATTAAGGTATGGCTTGAAATAGGGGTTTAAGAAGAATCATGTCATTTATAAGAATTGAACTTAGGTGATTAAGGTAACAATCATTCCTCCCAACTATCCAAGTTACA
AACAATGGACAAATGTAATTTAATTTATACTCTGAATTCTCACTTGAAATCATAAACCCTTTCCTTCCAAAACTCTTTATCACGTTGAAACTGAGTTGATAACTATTCCAACTTCTATCGAAGTTATTGTTTTCACTTTGTCAGATCTTACGAGATCTTAATGAGCAATCTTTTAGGTTAAGGGACCATTGAATTAATAT
ATCTTTTGCAGTCTAAACGACAGAGGAATGTGTTTCAAATTATTCGCCCTTTTCCCTTCAGTGACTGATAACCAAATATGCGTGTTAATGATTTACTGGTTTGTTTAATAGTATTTATAATAATATTATTATTGAAATGATTTGTTTAATATTATTAAATATATGTAAAATATTTGTATTTTTAATATGCTTGTTAATGA
TTTACTGGTTTGTTTAATAGTATTTATA

>TRINITY_DN129324_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GAAAACTTTACCGTTGGAACAAGGCAGCCCCGCAATGACCTATAAAATAATGGCCAGAGCGTTATTGAAGCATTCTCTTGCTTTTTCCTTTTGCTGAATTTGAATCTGCGTTCTCTGCTTCGTCTCCTCTCAGGCGGTGTTGAGTGTGGTCTGTTCTACTTTGGAGCGCTCCTTGTTGTTTTTGTGTGTTGTATGTTCTG
TCTGCATGTGCTGTGTGTTTGTTGTCTGTACTTGTTTATTTTTGTCTGTCTTTTTCGTGTGTGAATGCTTTTTGTGTACATGTGATAACTGAGAGGAAGCGAAGTGCAATTACATTTGGGCATGGCATTTCTTATCGACCTCTCATTTGGGTGACGGGGAGGTGAGGCGATCCATTTTCTTCTTTTCTTTATGTTCCAAA
ATCTGTCATAATTATTTAATTTGGTGGGATGGATAGTTGTTGGTCTGTTACAAATCTGTCTGTCAATGATTGATTCTAATTTCAATCCATTATAATATTTTGAAATATCACAAAATCATATGCCGCTTTCTTATTTCCAGGCAATGAAGATCAGATAGCATGGCGCAGAAGGGAAGAGAGCTCGGTCTTTGGACAGATAA
CCCACTTTCCTTCATTCTTTTAAAGAGTTTGTCTCTGTTTTTCTTCATTCATTTAGTTTCATTGGCTTATTCTAAAGTATACAGCATTTAGTATTATTTTTCTGCAAACTCTCCTTCCTCTTTTCAGTTTTAATTTTGTGTTGCAGCTACTATGATAGTTTTCATGCCATTTATGGAAATCTCTCCTGTTACGGTTACGA
TTTCTGTTATAGGTTAATTTTGTGTTACAGTCGGCGCAGTAATTGTAATTCCTATTGATATTTTTTCTTTGAATATGCTACTTGTTGTTATATAATAATTGGGTTCTGTTCATACAAAGGTAATTTAATTTATACTCCAGTTTCTAGCTTGTAGATTATGAACCCATCTATCCCTCAATTATCCTAGATTATGAAAAATT
CAGTATGGTTGTAGCGGGCTCGAATTCTTAAAGAACGGCATGGCTGAGTCAAACCCTAAAATCTTTACTCCCAGCATTATTAAATTAATATATATTTTGCAGGCGGTTTCGATTCACTTAATATATTTTGCAGgctgtttagattcttgcatcattcaattaatatatattttgcaggcgctttcgattcacttaatata
ttttgcagGCTGTTTAGATTCTTATTATGCGTTTTTACCGTAAACTCCGTTCCTCTTTTCAGCTTTAATTTTGTGTTGTAGCCACTATGATCTTTTTCATGCCATTTATGGAATCCTCTTTTTCTGCCCAGTTACGATTTATGTTATAGCTTAATTTTGTGTTACAGTCGGCACTGTAATTATAATTCCTATTGATAATT
TTTCTTTGAATGTTGATAATGTTTCTTTGAATATGCTACTTGTAGTTGTTGTTATATTATAATTGAATGCCCATCATTGATTGTGGGTTCTGTACATACAAAATACTCCCAGCATCATTCAATTAATATATATTTTGCAGGCTGTCTAGATTATCCTGATGTGATTATTAAAAGGGTTTGCAACTGCTATCATTCTAAGG
TCGACTTAAATCAAGAATCCATGTATTTAAAATAATGGGCTAAAGAAAATTTATAGAATCCACATATTTTTTCCATAGACCTATGTCGTTGATTGAAACCCCACAATCTTCGCAACGTAGTTCAATTAAAATTTAGTATAATCTGTAAAATTTGGTATCAAAAGTTATATATGTATATATATGAATTTCTTCTGTCAAAA
CTTTTCTTCCTTGTCGGTTTCGTTGATAATTTAATTTGATATTATCGTTTGAGTATCTCGAATGTTTGCCTTCGTCGTCCATATAATGATTTTAATTTGTATTAATCATATTGTTGACGACTCGATCTTATCTCACATTTAATATTAAATTAAATTTTCTATTATAATTAATTTTTTTCTTATTTATATTTTTTTATTAT
AAATATGCTTCAAAAAAATGTATTAACAATTCTTCTTCGTTTGTGCTTCAAGAATAGTTGCCAGTTTAGAGGAGCAGGTAAAATTATTCAGCTTGACCTAAATTCATTTTCATTTTCCATTTCTTTTTGTTGGTCATTGATTTAATAATTTAACTAGTTCCATCATTGATTTCAATTTCAATTTATATAGATTTTTTTCA
TTAATTTAATCATTTAATTGATTTATATGAATAATTAATTACAAGAATCATTTAATACATTAAACATAATTCATATGTTAACCTGGAATGGAATGGAAGCGGAGGTAGCATTCTTATGACCGGGCATGGAATGGAAGAGGAGGTACTTTATTTTCTTTCTTTATTCACCATTTATTTCAAGGTTTTTCTTTAACCTAATT
TAAATCTACAGAATTTAATTTAATGTATAGTTCTGTGCTATATATTTTATTATAGTTTATTGGTCATACAACTATTATATAATTTTCTAGTCATCTGATAGGGTTAAAATTTAAGTTATTTTGATCCTTTTAATCAGATAGGTTTAGTATTAGTTGCCAAGGTTTGAAAGCAGTAGAGTTTTTTAGTTTTGGAGAAAGTT
TTGTTTCGAATTTGCTTTGCAATAATAATTGAGTTTTAATTAATTTTGAATTTAATTTAAAGTTGTAAGATTAGAGTAATTTAAAAGTTATTAAATTTAAATTTTTTTAAATTATTATTATTAAAATTTGATTATATATTTTTTTATTAAATTTGAATTTTTATTATTTTTATTACAATTTTAATATATAAATAAATTAA
ATTATATTTTATTTACAATGAAAGTGTAATTATATATATATTTTTTAAATGTCAATACTTGTTATTCCAACTAAAGAATTAAGGTATGGCTTGAAATAGGGGTTTAAGAAGAATCATGTCATTTATAAGAATTGAACTTAGGTGATTAAGGTAACAATCATTCCTCCCAACTATCCAAGTTACAAACAATGGACAAATGT
AATTTAATTTATACTCTGAATTCTCACTTGAAATCATAAACCCTTTCCTTCCAAAA

Intron 5 GTGAGGCGAT ... TTATTTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	29.11	84	33	36
A2	26.26	73	27	25
A3	23.81	80	24	26
A4	27.93	80	36	26
A5	26.4	46	14	19
A6	37.04	17	9	11
A7	27.87	66	14	37
A8	15.15	70	8	17
A9	21.52	62	3	31
A10	26.24	97	16	53

>TRINITY_DN109254_c0_g3_i2 from sample A5 / Example spliced isoform

GCGTTATTGAAGCATTCTCTTGCTTTTTCCTTTTGCTGAATTTGAATCTGCGTTCTCTGCTTCGTCTCCTCTCAGGCGGTGTTGAGTGTGGTCTGTTCTACTTTGGAGCGCTCCTTGTTGTTTTTGTGTGTTGTATGTTCTGTCTGCATGTGCTGTGTGTTTGTTGTCTGTACTTGTTTATTTTTGTCTGTCTTTTTCGT
GTGTGAATGCTTTTTGTGTACATGTGATAACTGAGAGGAAGCGAAGTGCAATTACATTTGGGCATGGCATTTCTTATCGACCTCTCATTTGGGTGACGGGGAGGCAATGAAGATCAGATAGCATGGCGCAGAAGGGAAGAGAGCTCGGTCTTTGGACAGATAACCCACTTTCCTTCATTCTTTTAAAGAGTTTGTCTCTG
TTTTTCTTCATTCATTTAGTTTCATTGGCTTATTCTAAAGTATACAGCATTTAGTATTGTTGAGTTTGGATGTTTGAATCATATCCTGCTATTTTTCTGCAAACTCTCCTTCCTCTTTTCAGTTTTAATTTTGTGTTGCAGCTACTATGATAGTTTTCATGCCATTTATGGAAATCTCTCCTGTTACGGTTACGATTTCT
GTTATAGGTTAATTTTGTGTTACAGTCGGCGCAGTAATTGTAATTCCTATTGATATTTTTTCTTTGAATATGCTACTTGTTGTTATATAATAATTGGGTTCTGTTCATACAAAGGTAATTTAATTTATACTCCAGTTTCTAGCTTGTAGATTATGAACCCATCTATCCCAAAACCCTCTATCCCTAAAAAAACCCTTCAA
CCCTTGGTTACTGCAATTCTTATCACGTCGAAATTCAGTTGAAAAATGAGTCCATCTTCCGTTCAAGTTATTGTTTTCAGTTTGTCCTATGGTTGTAGCGGGCTCGAATTCTTAAAGAACGGCATGGCTGAGTCAAACCCTAAAATCTTTACTCCCAGCATTATTAAATTAATATATATTTTGCAGGCGGTTTCGATTCA
CTTAATATATTTTGCAGGCTGTTTAGATTCTTTTTCTGCGTTTTTTACCGTGAAGTCTGTTCCTCTTTTCAGCTTTAA

>TRINITY_DN109254_c0_g3_i1 from sample A5 / Example unspliced isoform:

GCGTTATTGAAGCATTCTCTTGCTTTTTCCTTTTGCTGAATTTGAATCTGCGTTCTCTGCTTCGTCTCCTCTCAGGCGGTGTTGAGTGTGGTCTGTTCTACTTTGGAGCGCTCCTTGTTGTTTTTGTGTGTTGTATGTTCTGTCTGCATGTGCTGTGTGTTTGTTGTCTGTACTTGTTTATTTTTGTCTGTCTTTTTCGT
GTGTGAATGCTTTTTGTGTACATGTGATAACTGAGAGGAAGCGAAGTGCAATTACATTTGGGCATGGCATTTCTTATCGACCTCTCATTTGGGTGACGGGGAGgtgaggcgatccattttcttcttttctttatgttccaaaatctgtcataattatttaatttggtgggatggttagttggtctgttacaaatctgtct
gtcaatgattgattgtaatttcaatccattataatattttgaaatatcacaaaatcatatgccgctttcttatttccagGCAATGAAGATCAGATAGCATGGCGCAGAAGGGAAGAGAGCTCGGTCTTTGGACAGATAACCCACTTTCCTTCATTCTTTTAAAGAGTTTGTCTCTGTTTTTCTTCATTCATTTAGTTTCA
TTGGCTTATTCTAAAGTATACAGCATTTAGTATTGTTGAGTTTGGATGTTTGAATCATATCCTGCTATTTTTCTGCAAACTCTCCTTCCTCTTTTCAGTTTTAATTTTGTGTTGCAGCTACTATGATAGTTTTCATGCCATTTATGGAAATCTCTCCTGTTACGGTTACGATTTCTGTTATAGGTTAATTTTGTGTTACA
GTCGGCGCAGTAATTGTAATTCCTATTGATATTTTTTCTTTGAATATGCTACTTGTTGTTATATAATAATTGGGTTCTGTTCATACAAAGGTAATTTAATTTATACTCCAGTTTCTAGCTTGTAGATTATGAACCCATCTATCCCAAAACCCTCTATCCCTAAAAAAACCCTTCAACCCTTGGTTACTGCAATTCTTATC
ACGTCGAAATTCAGTTGAAAAATGAGTCCATCTTCCGTTCAAGTTATTGTTTTCAGTTTGTCCTATGGTTGTAGCGGGCTCGAATTCTTAAAGAACGGCATGGCTGAGTCAAACCCTAAAATCTTTACTCCCAGCATTATTAAATTAATATATATTTTGCAGGCGGTTTCGATTCACTTAATATATTTTGCAGGCTGTTT
AGATTCTTTTTCTGCGTTTTTTACCGTGAAGTCTGTTCCTCTTTTCAGCTTTAA