sp|Q9FKI0|FIMB5_ARATH ----> Fimbrin-5

Intron 1 GTCAAAATAT ... TCTTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	69.49	9	29	12
A2	67.5	13	20	34
A3	80.95	4	18	16
A4	75.76	4	13	12
A5	65.71	6	15	8
A6	56.24	100	142	115
A7	55.61	99	140	108
A8	57.55	104	184	98
A9	66.94	61	160	87
A10	58.6	59	108	59

>TRINITY_DN44594_c1_g2_i8 from sample A10 / Example spliced isoform

CATATTTCTACCGTTAGATTGCGGGATATTCGCCGAATCATGTTCGCTGGGGATCGAGTCCTGCTGTCGATTTAAGTCTCGCGTTCTTTAAATCTTAGGGTTAGGGTTAGGGTCCAGGGAAACTTCGTTTAGATTTTGCCACTTTACTTTGTTAACGATTGAGAAATTAGCTGTGCCCTCTTTTCTTAATCTTCATGAAA
GATATGTCGGTTTTCAAGATTTAAATTTATGTCTTTTTATGAAGCCGAGTATTTTTTGTTCAAGATTTAATTTTTGTGTTTGTATGAAGCCAAGGATCTTAACGCTGGAGAATGGATCTTGCAGGGATTTTGGTGTGAGCCGACATTTCGGTTAGAAGCCGTGAAGATTGTGCTGTGGTTTTATTGCTCGTCATCAAACT
TTAAAAGCTGGATTCTGATCTTTGTACAATGTATACTCGGCATGGGATTCGATCTGTAGATCGAATGAACAAGATATTTTAGATGTAGCCGTTTGTAATTATGGCCATGCGAAGCCATGCTAGGGTTTGTTTGTGAGATTTCTACTACCTACATGACCTTGCCTTTGCGGGTACGCTTGCAGACAGCCGCACTGGAAGGG
ATTTTGAGCAGCGTTTCCCTTTTTCCGTAGCCGGAATGTTGAAGGTTCTTCTACAGATTTGGCATTCAGAGGGCTTTCATGGAAATACGCATTTTTACTTTCCCCAGTATTCGCTGAAGAAGTACTAAAATATTAGATTGAAGAATAATTTTAACATGCATGAGTACAGCACACTTGGGCTCGTTACTTCTAACTTTTGC
TTGCTTTTGACCAATTATGAAGGGCATTTCTAATTTGATCAAGCTTTTTGACCTGTTACAGTGGGTTTTGTTTTCTTTCGGCCTCAGATTTGACCATTCTTTTGACTGGTTATTATTGTGGGTTTTCGATTCTTTTGATCTCATTCACTTTGTTTGGGAATCCTATTTAGATTATTTCAAGAATCATGGTCTTTGAGGTG
ATGTTCGTTGCTATCTAGAGTTTCTAAACTACGGTTACTTTACTTCTGGGGTTACAGTGAGGTTCGGCCGCCCTTGTATTTTCGTTTGTCCATATCTTTTCTTTTTTAAGTTAGATACGGTTATTGCTCTTGCC

>TRINITY_DN44594_c1_g2_i1 from sample A10 / Example unspliced isoform:

CATATTTCTACCGTTAGATTGCGGGATATTCGCCGAATCATGTTCGCTGGGGATCGAGTCCTGCTGTCGATTTAAGTCTCGCGTTCTTTAAATCTTAGGGTTAGGGTTAGGGTCCAGGGAAACTTCGTTTAGATTTTGCCACTTTACTTTGTTAACGATTGAGAAATTAGCTGTGCCCTCTTTTCTTAATCTTCATGAAA
GATATGTCGGTTTTCAAGATTTAAATTTATGTCTTTTTATGAAGCCGAGTATTTTTTGTTCAAGATTTAATTTTTGTGTTTGTATGAAGCCAAGGATCTTAACGCTGGAGAATGGATCTTGCAGGGATTTTGGTGTGAGCCGACATTTCGGTTAGAAGCCGTGAAGATTGTGCTGTGGTTTTATTGCTCGTCATCAAACT
TTAAAAGCTGGATTCTGATCTTTGTACAATGTATACTCGGCATGGGATTCGATCTGTAGATCGAATGAACAAGATATTTTAGATGTAGCCGTTTGTAATTATGGCCATGCGAAGCCATGCTAGGGTTTGTTTGTGAGATTTCTACTACCTACATGACCTTGCCTTTGCGGGTACGCTTGCAGACAGgtcaaaatattaat
aataatttatttttcttttggaagagagccgtgcaggccggcggtgcctcttgcctttgtagtgtcttgcggttagatgtacgagttttatattatgtttgccgcagataatcgtatgctttttttgcatgctttgctctccttttttaataacatactcaaatgatgagggtttcaggtcaaaaccgacgaagctacta
atttgtttccggcgcaaatcttgtgcagCCGCACTGGAAGGGATTTTGAGCAGCGTTTCCCTTTTTCCGTAGCCGGAATGTTGAAGGTTCTTCTACAGATTTGGCATTCAGAGGGCTTTCATGGAAATACGCATTTTTACTTTCCCCAGTATTCGCTGAAGAAGTACTAAAATATTAGATTGAAGAATAATTTTAACATG
CATGAGTACAGCACACTTGGGCTCGTTACTTCTAACTTTTGCTTGCTTTTGACCAATTATGAAGGGCATTTCTAATTTGATCAAGCTTTTTGACCTGTTACAGTGGGTTTTGTTTTCTTTCGGCCTCAGATTTGACCATTCTTTTGACTGGTTATTATTGTGGGTTTTCGATTCTTTTGATCTCATTCACTTTGTTTGGG
AATCCTATTTAGATTATTTCAAGAATCATGGTCTTTGAGGTGATGTTCGTTGCTATCTAGAGTTTCTAAACTACGGTTACTTTACTTCTGGGGTTACAGTGAGGTTCGGCCGCCCTTGTATTTTCGTTTGTCCATATCTTTTCTTTTTTAAGTTAGATACGGTTATTGCTCTTGCC

Intron 2 GTCAAAACCG ... TCTTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	37.93	9	3	8
A2	50.82	15	6	25
A3	56.52	5	5	8
A4	44.44	5	5	3
A5	47.06	9	9	7
A6	40	135	95	85
A7	41.33	115	81	81
A8	39.79	143	117	72
A9	49.17	77	79	70
A10	42.22	78	65	49

>TRINITY_DN103024_c1_g1_i4 from sample A4 / Example spliced isoform

TTTCATTTCGTTTTCATTATGCATACCTAGTGTGGAAAAACGTTGTGTCCCTCCATTGAAAATTTGGGGATTTTCATTGTGCATGCCTAGTGTGGGAAAACGCAGGAGGCTCGCCTGGTTTTGGACGAGGAGATGTAGGAACCAAATGTGGTTGCATGGACTGCAATTATTAGTGCTTATGCCAAACATGGATTTCTCTA
GGATGCCTTCGTACATTTTCTAGAGATGCAACAAGCTGGATTTTATCCTGATCAGTTTACATTTGCTTCTGTTCTTCAGGGATTTTGGTGTGAGCCGACATTTCGGTTAGAAGCCGTGAAGATTGTGCTGTGGTTTTATTGCTCGTCATCAAACTTTAAAAGCTGGATTCTGATCTTTGTACAATGTATACTCGGCATGG
GATTCGATCTGTAGATCGAATGAACAAGATATTTTAGATGTAGCCGTTTGTAATTATGGCCATGCGAAGCCATGCTAGGGTTTGTTTGTGAGATTTCTACTACCTACATGACCTTGCCTTTGCGGCCGCACTGGAAGGGATTTTGAGCAGCGTTTCCCTTTTTCCGTAGCCGGAATGTTGAAGGTTCTTCTACAGATTTG
GCATTCAGAGGGCTTTCATGGAAATACGCATTTTTACTTTCCCCAGTATTCGCTGAAGAAGTACTAAAATATTAGATTGAAGAATAATTTTAACATGCATGAGTACAGCACACTTGGGCTCGTTACTTCTAACTTTTGCTTGCTTTTGACCAATTATGAAGGGCATTTCTAATTTGATCAAGCTTTTTGACCTGTTACAG
TGGGTTTTGTTTTCTTTCGGCCTCAGATTTGACCATTCTTTTGACTGGTTATTATTGTGGGTTTTCGATTCTTTTGATCTCATTCACTTTGTTTGGGAATCCTATTTAGATTATTTCAAGAATCATGGTCTTTGAGGTGATGTTCGTTGCTATCTAGAGTTTCTAAACTACGGTTACTTTACTTCTGGGGTTACAGTGAG
GTTCGGCCGCCCTTGTATTTTCGTTTGTCCATATCTTTTCTTTTTTAAGTTAGATACGGTTATTGCTCTTGCTCCTTTCATAGAATCAGTCGAAGTTGGCCTTAATTCTTTTGATTTATGCAATTATCGTCTTACATAAAAAATTAAAAAATTAATTATGTTGTCGAAAGAAAAAATAAATACTGACAGGTTAAAGTAAC
A

>TRINITY_DN103024_c1_g1_i8 from sample A4 / Example unspliced isoform:

ATTTAAGTCTCGCGTTCTTTAAATCTTAGGGTTAGGGTTAGGGTCCAGGGAAACTTCGTTTAGATTTTGCCACTTTACTTTGTTAACGATTGAGAAATTAGCTGTGCCCTCTTTTCTTAATCTTCATGAAAGATATGTCGGTTTTCAAGATTTAAATTTATGTCTTTTTATGAAGCCGAGTATTTTTTGTTCAAGATTTA
ATTTTTGTGTTTGTATGAAGCCAAGGATCTTAACGCTGGAGAATGGATCTTGCAGGGATTTTGGTGTGAGCCGACATTTCGGTTAGAAGCCGTGAAGATTGTGCTGTGGTTTTATTGCTCGTCATCAAACTTTAAAAGCTGGATTCTGATCTTTGTACAATGTATACTCGGCATGGGATTCGATCTGTAGATCGAATGAA
CAAGATATTTTAGATGTAGCCGTTTGTAATTATGGCCATGCGAAGCCATGCTAGGGTTTGTTTGTGAGATTTCTACTACCTACATGACCTTGCCTTTGCGGgtcaaaaccgacgaagctactaatttgtttccggcgcaaatcttgtgcagCCGCACTGGAAGGGATTTTGAGCAGCGTTTCCCTTTTTCCGTAGCCGGA
ATGTTGAAGGTTCTTCTACAGATTTGGCATTCAGAGGGCTTTCATGGAAATACGCATTTTTACTTTCCCCAGTATTCGCTGAAGAAGTACTAAAATATTAGATTGAAGAATAATTTTAACATGCATGAGTACAGCACACTTGGGCTCGTTACTTCTAACTTTTGCTTGCTTTTGACCAATTATGAAGGGCATTTCTAATT
TGATCAAGCTTTTTGACCTGTTACAGTGGGTTTTGTTTTCTTTCGGCCTCAGATTTGACCATTCTTTTGACTGGTTATTATTGTGGGTTTTCGATTCTTTTGATCTCATTCACTTTGTTTGGGAATCCTATTTAGATTATTTCAAGAATCATGGTCTTTGAGGTGATGTTCGTTGCTATCTAGAGTTTCTAAACTACGGT
TACTTTACTTCTGGGGTTACAGTGAGGTTCGGCCGCCCTTGTATTTTCGTTTGTCCATATCTTTTCTTTTTTAAGTTAGATACGGTTATTGCTCTTGCTCCTTTCATAGAATCAGTCGAAGTTGGCCTTAATTCTTTTGATTTATGCAATTATCGTCTTACATAAAAAATTAAAAAATTAATTATGTTGTCGAAAGAAAA
AATAAATACTGACAGGTTAAAGTAACA

Intron 3 GTATGAACTC ... TGTTTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	22.86	27	8	9
A2	77.78	2	7	0
A3	20	12	3	2
A4	20	12	3	10
A5	13.33	13	2	6
A6	57.89	16	22	1
A7	38.64	27	17	3
A8	66.67	10	20	2
A9	63.64	20	35	4
A10	33.33	26	13	0

>TRINITY_DN103024_c1_g1_i2 from sample A4 / Example spliced isoform

GAGAAAACCTCTAGCGGTCCAGCGGCATAACATCAAATGTGACATTACCTGGAATACATACGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAGTTACAGGGGGCCCAAAAAAAAAACAGTATCTGCGAGAATTCTGCACGATTCCATTCATTTTTCATTCTCGAAAGTAAATTCAGCCTCAGCTGCTGTCTGTCTCGGCTGTACTCTT
CGTCGCCTCGCTATTTCTCGTACGGAGCAGCGAGCTCTATCTGCCTTTGTTTCAGCCATTCATTCATTCCCCACCACAGCAGATAGAGCTTTGAAGGCTCCAAGGCAGTGGAGTGTGGACCAAGTTATCGAAGATGGCGGGGTTTGTAGGTGTCTTGGTCTCGGATCCATGGCTTCAGAGTCAGTTCACACAAGTCCAGC
TCAGGGATTTGAAATCTCGCTTTATCCATATGAAAACCGACACGGGGACTGTCAAAGTTGCGGATTTGGCGTCGGGGATGGCAAAACTTAAAGCTTTTCAGGAATTATTAACAGATAAAGAAGTAAAGGCGATTCTTGAAGAATATTACACGGATATGCAAGAAGAGATAGATTTTGAAGCTTTTCTCCGGATGTATCTT
AATTTGCAAAGTCGCACAAGTTCCAAAAAGGGGGGTTCAAGGAACTCGTCCTCATTTTTGAATGCAGCAACAACTACCTTGCTTCATACCATTAGTGAGTCCGAGAAGAAAGCTTATGTTGGACATATCAACAGTTGCTTTGAAGACGACCCCATTATGAAGAGATACCTTCCAATCGACCCCTCTACAAACGATCTCTT
TGAGATAGCTAAGGATGGGGTTCTGCTATGTAAACTGATCAATTTGGCAGTCCCAGGGACCATCGATGAGCGCACTATAAATACCAAGAAAAATCTCAACCCATGGGAGAGAAATGAAAATCATAATCTTTGTCTCAATTCTGCAAAGGCAATTGGATGCACAGTTGTCAATATTGGGACCCAAGATCTAGTTGAAGGAA
GGCCTCATCTTTTACTTGGTTTAATATCTCAAATTATTAAGATACAACTTCTTGCAGACCTTGACTTGAAGAAAACACCTGAGCTTGTAGAGTTGGTTGATGATAGTAAGGAAATGGAGGAACTCATGAGTCTAGCTCCTGAGAAGGTTTTGCTGCGATGGATGAACTTTCATCTTCGTAAAGCAGGTTTCAAGAAAGTT
GTTTCAAACTTTTCTTCAGATTTGAAGGATGGAGAGGCATATGCTGTTCTGCTAAATACCCTTGCACCAGAGTGCTGTAATCTTTCCCCTTTGGAATCCAAGGACCTCATGGAAAGGGCCAAATTGATTTTGTTGCAAGCAGAAAAAATCAATTGTAAAAGATATTTGACACCAAAGGACATTGTTGAGGGTTCTGCCAA
TTTGAACCTTGCTTTTGTTGCTCATATTTTCCACCAAAGGAAAGGATTATCATTGGATTCTAGCAAGGCATCTATTGCACAGACCATGAAAGATGATGAAGTCTCTAGGGAGGAAAGAGCTTTCCGCTTTTGGATGAACAGTCTTGGGGCTGATACATATGTCAACAATTCTTTTGAAGATGTCAGAGATGGGTGGGTCT
TGCTGGAGGTACTTGATAAAGTGGTACCAGGGATAGTTAATTGGAAACTTGCCAACAAGCCTCCAATAAAGATGCCTTTCAAAAAAGTGGAAAATTGCAACCAGGTTATCAGGATCGGGAAGCAGCTGAAGTTTTCACTAGTGAATGTTGCTGGAAATGATTTTGTGCAAGGAAATAAAAAGCTTATTCTTGGTTAGTGT
CCTTTCTTACCGTTGGATCATATTGTGTGCTCTTTTCAGTCAACATACTTTTTTTTTCCCCTTTCTTGATTTTTCGTCTTTAATCTTGTTCTTCTGATGAGTATAAATGTGTTTCCTTTTTA

>TRINITY_DN103024_c1_g1_i10 from sample A4 / Example unspliced isoform:

TTTCATTTCGTTTTCATTATGCATACCTAGTGTGGAAAAACGTTGTGTCCCTCCATTGAAAATTTGGGGATTTTCATTGTGCATGCCTAGTGTGGGAAAACGCAGGAGGCTCGCCTGGTTTTGGACGAGGAGATGTAGGAACCAAATGTGGTTGCATGGACTGCAATTATTAGTGCTTATGCCAAACATGGATTTCTCTA
GGATGCCTTCGTACATTTTCTAGAGATGCAACAAGCTGGATTTTATCCTGATCAGTTTACATTTGCTTCTGTTCTTCAGCCTCATCTTTTACTTGGTTTAATATCTCAAATTATTAAGgtatgaactcattaggcctagcttctattttagacagtagaaggatcaacgtgtcaagatatttgttattataagtatctga
atttatataggcaagaacccttactcacaccttgagaattgttttacagATACAACTTCTTGCAGACCTTGACTTGAAGAAAACACCTGAGCTTGTAGAGTTGGTTGATGATAGTAAGGAAATGGAGGAACTCATGAGTCTAGCTCCTGAGAAGGTTTTGCTGCGATGGATGAACTTTCATCTTCGTAAAGCAGGTTTCA
AGAAAGTTGTTTCAAACTTTTCTTCATATTTGAAGGTAAAGGCAGTACTCTTCCTAAGCTTTATGTCCATAAGCGATAATTCTAATTTGATGCAGCCTCGCCATCCTGTATTGGTGTTGCTATCAGAGAGGCAGTCCTCCATGACGAAAGGATAGGGGCGC

Intron 4 GTACGCTTGC ... TCTTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	68.97	9	28	12
A2	65.91	15	24	34
A3	76.74	5	17	16
A4	72.22	5	14	12
A5	59.09	9	18	8
A6	51.53	135	172	115
A7	53.63	115	158	108
A8	53.19	143	227	98
A9	62.98	77	175	87
A10	54.25	78	126	59

>TRINITY_DN103024_c1_g1_i4 from sample A4 / Example spliced isoform

TTTCATTTCGTTTTCATTATGCATACCTAGTGTGGAAAAACGTTGTGTCCCTCCATTGAAAATTTGGGGATTTTCATTGTGCATGCCTAGTGTGGGAAAACGCAGGAGGCTCGCCTGGTTTTGGACGAGGAGATGTAGGAACCAAATGTGGTTGCATGGACTGCAATTATTAGTGCTTATGCCAAACATGGATTTCTCTA
GGATGCCTTCGTACATTTTCTAGAGATGCAACAAGCTGGATTTTATCCTGATCAGTTTACATTTGCTTCTGTTCTTCAGGGATTTTGGTGTGAGCCGACATTTCGGTTAGAAGCCGTGAAGATTGTGCTGTGGTTTTATTGCTCGTCATCAAACTTTAAAAGCTGGATTCTGATCTTTGTACAATGTATACTCGGCATGG
GATTCGATCTGTAGATCGAATGAACAAGATATTTTAGATGTAGCCGTTTGTAATTATGGCCATGCGAAGCCATGCTAGGGTTTGTTTGTGAGATTTCTACTACCTACATGACCTTGCCTTTGCGGCCGCACTGGAAGGGATTTTGAGCAGCGTTTCCCTTTTTCCGTAGCCGGAATGTTGAAGGTTCTTCTACAGATTTG
GCATTCAGAGGGCTTTCATGGAAATACGCATTTTTACTTTCCCCAGTATTCGCTGAAGAAGTACTAAAATATTAGATTGAAGAATAATTTTAACATGCATGAGTACAGCACACTTGGGCTCGTTACTTCTAACTTTTGCTTGCTTTTGACCAATTATGAAGGGCATTTCTAATTTGATCAAGCTTTTTGACCTGTTACAG
TGGGTTTTGTTTTCTTTCGGCCTCAGATTTGACCATTCTTTTGACTGGTTATTATTGTGGGTTTTCGATTCTTTTGATCTCATTCACTTTGTTTGGGAATCCTATTTAGATTATTTCAAGAATCATGGTCTTTGAGGTGATGTTCGTTGCTATCTAGAGTTTCTAAACTACGGTTACTTTACTTCTGGGGTTACAGTGAG
GTTCGGCCGCCCTTGTATTTTCGTTTGTCCATATCTTTTCTTTTTTAAGTTAGATACGGTTATTGCTCTTGCTCCTTTCATAGAATCAGTCGAAGTTGGCCTTAATTCTTTTGATTTATGCAATTATCGTCTTACATAAAAAATTAAAAAATTAATTATGTTGTCGAAAGAAAAAATAAATACTGACAGGTTAAAGTAAC
A

>TRINITY_DN103024_c1_g1_i13 from sample A4 / Example unspliced isoform:

ATTTAAGTCTCGCGTTCTTTAAATCTTAGGGTTAGGGTTAGGGTCCAGGGAAACTTCGTTTAGATTTTGCCACTTTACTTTGTTAACGATTGAGAAATTAGCTGTGCCCTCTTTTCTTAATCTTCATGAAAGATATGTCGGTTTTCAAGATTTAAATTTATGTCTTTTTATGAAGCCGAGTATTTTTTGTTCAAGATTTA
ATTTTTGTGTTTGTATGAAGCCAAGGATCTTAACGCTGGAGAATGGATCTTGCAGGGATTTTGGTGTGAGCCGACATTTCGGTTAGAAGCCGTGAAGATTGTGCTGTGGTTTTATTGCTCGTCATCAAACTTTAAAAGCTGGATTCTGATCTTTGTACAATGTATACTCGGCATGGGATTCGATCTGTAGATCGAATGAA
CAAGATATTTTAGATGTAGCCGTTTGTAATTATGGCCATGCGAAGCCATGCTAGGGTTTGTTTGTGAGATTTCTACTACCTACATGACCTTGCCTTTGCGGgtacgcttgcagacaggtcaaaatattaataataatttatttttcttttggaagagagccgtgcaggccggcggtgcctcttgcctttgtagtgtcttg
cggttagatgtacgagttttatattatgtttgccgcagataatcgtatgctttttttgcatgctttgctctccttttttaataacatactcaaatgatgagggtttcaggtcaaaaccgacgaagctactaatttgtttccggcgcaaatcttgtgcagCCGCACTGGAAGGGATTTTGAGCAGCGTTTCCCTTTTTCCG
TAGCCGGAATGTTGAAGGTTCTTCTACAGATTTGGCATTCAGAGGGCTTTCATGGAAATACGCATTTTTACTTTCCCCAGTATTCGCTGAAGAAGTACTAAAATATTAGATTGAAGAATAATTTTAACATGCATGAGTACAGCACACTTGGGCTCGTTACTTCTAACTTTTGCTTGCTTTTGACCAATTATGAAGGGCAT
TTCTAATTTGATCAAGCTTTTTGACCTGTTACAGTGGGTTTTGTTTTCTTTCGGCCTCAGATTTGACCATTCTTTTGACTGGTTATTATTGTGGGTTTTCGATTCTTTTGATCTCATTCACTTTGTTTGGGAATCCTATTTAGATTATTTCAAGAATCATGGTCTTTGAGGTGATGTTCGTTGCTATCTAGAGTTTCTAA
ACTACGGTTACTTTACTTCTGGGGTTACAGTGAGGTTCGGCCGCCCTTGTATTTTCGTTTGTCCATATCTTTTCTTTTTTAAGTTAGATACGGTTATTGCTCTTGCTCCTTTCATAGAATCAGTCGAAGTTGGCCTTAATTCTTTTGATTTATGCAATTATCGTCTTACATAAAAAATTAAAAAATTAATTATGTTGTCG
AAAGAAAAAATAAATACTGACAGGTTAAAGTAACA

Intron 5 GTACGCTTGC ... AGGGTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	86.67	3	28	11
A2	78.57	6	24	20
A3	76.19	5	17	15
A4	71.43	5	14	11
A5	56.1	9	18	5
A6	56.22	95	172	72
A7	58.99	81	158	75
A8	56.91	117	227	82
A9	61.84	79	175	81
A10	56.52	65	126	43

>TRINITY_DN119818_c3_g2_i8 from sample A2 / Example spliced isoform

CATATTTCTACCGTTAGATTGCGGGATATTCGCCGAATCATGTTCGCTGGGGATCGAGTCCTGCTGTCGATTTAAGTCTCGCGTTCTTTAAATCTTAGGGTTAGGGTTAGGGTCCAGGGAAACTTCGTTTAGATTTTGCCACTTTACTTTGTTAACGATTGAGAAATTAGCTGTGCCCTCTTTTCTTAATCTTCATGAAA
GATATGTCGGTTTTCAAGATTTAAATTTATGTCTTTTTATGAAGCCGAGTATTTTTTGTTCAAGATTTAATTTTTGTGTTTGTATGAAGCCAAGGATCTTAACGCTGGAGAATGGATCTTGCAGGGATTTTGGTGTGAGCCGACATTTCGGTTAGAAGCCGTGAAGATTGTGCTGTGGTTTTATTGCTCGTCATCAAACT
TTAAAAGCTGGATTCTGATCTTTGTACAATGTATACTCGGCATGGGATTCGATCTGTAGATCGAATGAACAAGATATTTTAGATGTAGCCGTTTGTAATTATGGCCATGCGAAGCCATGCTAGGGTTTGTTTGTGAGATTTCTACTACCTACATGACCTTGCCTTTGCGGGTCAAAACCGACGAAGCTACTAATTTGTTT
CCGGCGCAAATCTTGTGCAGCCGCACTGGAAGGGATTTTGAGCAGCGTTTCCCTTTTTCCGTAGCCGGAATGTTGAAGGTTCTTCTACAGATTTGGCATTCAGAGGGCTTTCATGGAAATACGCATTTTTACTTTCCCCAGTATTCGCTGAAGAAGTACTAAAATATTAGATTGAAGAATAATTTTAACATGCATGAGTA
CAGCACACTTGGGCTCGTTACTTCTAACTTTTGCTTGCTTTTGACCAATTATGAAGGGCATTTCTAATTTGATCAAGCTTTTTGACCTGTTACAGTGGGTTTTGTTTTCTTTCGGCCTCAGATTTGACCATTCTTTTGACTGGTTATTATTGTGGGTTTTCGATTCTTTTGATCTCATTCACTTTGTTTGGGAATCCTAT
TTAGATTATTTCAAGAATCATGGTCTTTGAGGTGATGTTCGTTGCTATCTAGAGTTTCTAAACTACGGTTACTTTACTTCTGGGGTTACAGTGAGGTTCGGCCGCCCTTGTATTTTCGTTTGTCCATATCTTTTCTTTTTTAAGTTAGATACGGTTATTGCTCTTGCTCCTTTCATAGAATCAGTCGAAGTTGGCCTTAA
TTCTTTTGATTTATGCAATTATCGTCTTACATAAAAAATTAAAAAATTAATTATGTTGTCGAAA

>TRINITY_DN119818_c3_g2_i9 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CATATTTCTACCGTTAGATTGCGGGATATTCGCCGAATCATGTTCGCTGGGGATCGAGTCCTGCTGTCGATTTAAGTCTCGCGTTCTTTAAATCTTAGGGTTAGGGTTAGGGTCCAGGGAAACTTCGTTTAGATTTTGCCACTTTACTTTGTTAACGATTGAGAAATTAGCTGTGCCCTCTTTTCTTAATCTTCATGAAA
GATATGTCGGTTTTCAAGATTTAAATTTATGTCTTTTTATGAAGCCGAGTATTTTTTGTTCAAGATTTAATTTTTGTGTTTGTATGAAGCCAAGGATCTTAACGCTGGAGAATGGATCTTGCAGGGATTTTGGTGTGAGCCGACATTTCGGTTAGAAGCCGTGAAGATTGTGCTGTGGTTTTATTGCTCGTCATCAAACT
TTAAAAGCTGGATTCTGATCTTTGTACAATGTATACTCGGCATGGGATTCGATCTGTAGATCGAATGAACAAGATATTTTAGATGTAGCCGTTTGTAATTATGGCCATGCGAAGCCATGCTAGGGTTTGTTTGTGAGATTTCTACTACCTACATGACCTTGCCTTTGCGGgtacgcttgcagacaggtcaaaatattaat
aataatttatttttcttttggaagagagccgtgcaggccggcggtgcctcttgcctttgtagtgtcttgcggttagatgtacgagttttatattatgtttgccgcagataatcgtatgctttttttgcatgctttgctctccttttttaataacatactcaaatgatgagggtttcagGTCAAAACCGACGAAGCTACTA
ATTTGTTTCCGGCGCAAATCTTGTGCAGCCGCACTGGAAGGGATTTTGAGCAGCGTTTCCCTTTTTCCGTAGCCGGAATGTTGAAGGTTCTTCTACAGATTTGGCATTCAGAGGGCTTTCATGGAAATACGCATTTTTACTTTCCCCAGTATTCGCTGAAGAAGTACTAAAATATTAGATTGAAGAATAATTTTAACATG
CATGAGTACAGCACACTTGGGCTCGTTACTTCTAACTTTTGCTTGCTTTTGACCAATTATGAAGGGCATTTCTAATTTGATCAAGCTTTTTGACCTGTTACAGTGGGTTTTGTTTTCTTTCGGCCTCAGATTTGACCATTCTTTTGACTGGTTATTATTGTGGGTTTTCGATTCTTTTGATCTCATTCACTTTGTTTGGG
AATCCTATTTAGATTATTTCAAGAATCATGGTCTTTGAGGTGATGTTCGTTGCTATCTAGAGTTTCTAAACTACGGTTACTTTACTTCTGGGGTTACAGTGAGGTTCGGCCGCCCTTGTATTTTCGTTTGTCCATATCTTTTCTTTTTTAAGTTAGATACGGTTATTGCTCTTGCTCCTTTCATAGAATCAGTCGAAGTT
GGCCTTAATTCTTTTGATTTATGCAATTATCGTCTTACATAAAAAATTAAAAAATTAATTATGTTGTCGAAA

Intron 6 GTACAAAATT ... GATCTCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	26.32	14	5	1
A2	70	3	7	1
A3	25	9	3	0
A4	33.33	8	4	0
A5	7.69	12	1	0
A6	16.22	31	6	0
A7	32	17	8	1
A8	25.76	49	17	0
A9	19.05	34	8	0
A10	24	19	6	0

>TRINITY_DN46049_c2_g1_i6 from sample A7 / Example spliced isoform

TTTTTGGTCGGCTTAATCGCTGTCAATCAGTAAGACAAAGTCGGCGACAACTAAGTTCAACTAATTTTCCAAACTCCATGCGCAGTGTCGAGAAAACCTCTAGCGGTCCAGCGGCATAACATCAAATGTGACATTACCTGGAATACATACGAAGAAGAAGAAGAACAGGTACAGGGGGCCCAAAAAAACAAAAGAGTGTC
TACGAGAATTCTGCACGATTCCATTCATTTTTCATCCTCGAAAGTAAATTCAGCCTCAGCTGCTGTCTGTCTCGGCTGTACTCTTCGTCGCCTCGCTATTTCTCGTACGGAGCAGCGAGCTCTATCTGCCTTTGTTTCAGCCATTCATTCATTCCCCACCACAGCAGATAGAGCTTTGAAGGCTCCAAGGCAGTGGAGTG
TGGACCAAGTTATCGAAGATGGCGGGGTTTGTAGGTGTCTTGGTCTCGGATCCATGGCTTCAGAGTCAGTTCACACAAGTCCAGCTCAGGGATTTGAAATCTCGCTTTATCCATATGAAAACCGACACGGGGACTGTCAAAGTTGCGGATTTGGCGTCGGGGATGGCAAAACTTAAAGCTTTTCAGGAATTATTAACAGA
TAAAGAAGTAAAGGCGATTCTTGAAGAATATTACACGGATATGCAAGAAGAGATAGATTTTGAAGCTTTTCTCCGGATGTATCTTAATTTGCAAAGTCGCACAAGTTCCAAAAAGGGGGGTTCAAGGAACTCGTCCTCATTTTTGAATGCAGCAACAACTACCTTGCTTCATACCATTAGTGAGTCCGAGAAGAAAGCTT
ATGTTGGACATATCAACAGTTGCTTTGAAGACGACCCCATTATGAAGAGATACCTTCCAATCGACCCCTCTACAAACGATCTCTTTGAGATAGCTAAGGATGGGGTTCTGCTATGTAAACTGATCAATTTGGCAGTCCCAGGGACCATCGATGAGCGCACTATAAATACCAAGAAAAATCTCAACCCATGGGAGAGAAAT
GAAAATCATAATCTTTGTCTCAATTCTGCAAAGGCAATTGGATGCACAGTTGTCAATATTGGGACCCAAGATCTAGTTGAAGGAAGGCCTCATCTTTTACTTGGTTTAATATCTCAAATTATTAAGATACAACTTCTTGCAGACCTTGACTTGAAGAAAACACCTGAGCTTGTAGAGTTGGTTGATGATAGTAAGGAAAT
GGAGGAAATCATGAGTCTAGCTCCTGAGAAGGTTTTGCTGCGATGGATGAACTTTCATCTTCGTAAAGCAGGTTTCAAGAAAGTTGTTTCAAACTTTTCTTCAGATTTGAAGGATGGAGAGGCATATGCTGTTCTGCTAAATACCCTTGCACCAGAGTGCTGTAATCTTTCCCCTTTGGAATCCAAGGACCTCATGGAAA
GGGCCAAATTGATTTTGTTGCAAGCAGAAAAAATCAATTGTAAAAGATATTTGACACCAAAGGACATTGTTGAGGGTTCTGCCAATTTGAACCTTGCTTTTGTTGCTCATATTTTCCACCAAAGGAAAGGATTATCATTGGATTCTAGCAAGGCATCTATTGCACAGACCATGAAAGATGATGAAGTCTCTAGGGAGGAA
AGAGCTTTCCGCTTTTGGATGAACAGTCTTGGGGCTGATACATATGTCAACAATTCTTTTGAAGATGTCAGAGATGGGTGGGTCTTGCTGGAGGTACTTGATAAAGTGGTACCAGGGATAGTTAATTGGAAACTTGCCAACAAGCCTCCAATAAAGATGCCTTTCAAAAAAGTGGAAAATTGCAACCAGGTTATCAGGAT
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>TRINITY_DN46049_c2_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

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