sp|P37398|VIV_ORYSJ ----> B3 domain-containing protein VP1
Intron 1 GTGAGTGGGA ... GTAATTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 100 | 0 | 2.5 | 4 |
| A2 | 0 | 3 | 0.5 | 0 |
| A3 | 0 | 1 | 1.5 | 0 |
| A4 | 60 | 2 | 0.5 | 3 |
| A5 | 66.67 | 2 | 2 | 4 |
| A6 | 25 | 3 | 1 | 1 |
| A7 | 62.5 | 3 | 0.5 | 5 |
| A8 | 57.14 | 6 | 4.5 | 8 |
| A9 | 58.33 | 10 | 2 | 14 |
| A10 | 62.5 | 3 | 1 | 5 |
>TRINITY_DN42122_c0_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoformCTCCATTCCGCTTTATGCTTGGGACATTGGGGATGCAGGTAAATTGCCCCATAAATTTTTAGTTGGGTTTCTATCTCCAAAACAAATTGGATTTTGTTCTTTTTAATTTTTTTTTCCTCACAGAGATTTATTTTCCCTATACAGCTGGTGGAGGCAAAGATGTCCGAAAATTGCGTCCTACAACAGCGCTTTATGCTGGG
AATGGGTAGAATTGGAAAGAGCATAGTGATACTGGTATGTCTGTCCTCCAGATTTAGTAATTTTATGTTGATTTTTTCTTTTAAAATACAACTGATTTTAAGTGTATTTTTTTGTCTGTGTTTGAAAAAATATGATCGATCTAGTCGTTATACTTAGAAAATTATAAGAACCATGATAATTTTAACATTCAACAATGCAA
TTGCTGGAGTACTTTAACATGAACAATGAAGTTTCCTTAGTGAAGTTTTTTTAAATGTGGCTTTATAAATGATAAAATTTTGGGTCAAATGAAGGTTGATTTTCATAGTATAATGCAAGCATTAATCAAACAATAGAAGGAAGGAGAAGGAAGGAAGGTTTCTATTCAGATACTTGAATTAACATGGGAATGAAACATGC
ATGTTGTTCTTGTAAATTACTTTGTGCAGGAAGATGTCGAATCCCACAAAGTAATGTCGATGCCAAAGGTGGACATGGATAGCTCACAAACATGGACCTTTAAATACAAGAGGATTTGTTAAATTACATGGCCTTATATGTGGAGATTTCATCATGGTATACAAAGACAATCAAAGTGGAAAATATGTGATTAAAGTGAA
GAAGAAGATCTCACATAATGTAGATGCTTTCGGAAATTAAGGTGTGATAAACATATTCAATGCAATGGAGGGTGACAACTAGCAATCAACACATGATGGAGATCCTAATGATGGAAGCTCCATGTTCTTTGATATAGATGGGGATGCTCACATAATGAAGATGCTTTCGGAAATTCAGGTATGATAAACATATTCAATGC
AATGGAGGGTGGCAACTAGCAATTAACACATGATGGAGATCTTAATCATGGAAGCTCCATGTTCTTTGATATAGATGGTGCATCTAGTGCATTCAATGAGGCTAACATGCTCTTCGACAACTTGGATAAATTAAATTGAAGTGCACTATTTTTTTCATTCAAATCTACATTCTTGTAATTCAAATTCCTTCCAGAGTGTA
ACTCAAATCCCAACCCTTTTTGTCATTTATTTTGGAAGTGATAAATAAATATGAAAATTTTCA
>TRINITY_DN42122_c0_g1_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:CTCCATTCCGCTTTATGCTTGGGACATTGGGGATGCAGGTAAATTGCCCCATAAATTTTTAGTTGGGTTTCTATCTCCAAAACAAATTGGATTTTGTTCTTTTTAATTTTTTTTTCCTCACAGAGATTTATTTTCCCTATACAGCTGGTGGAGGCAAAGATGTCCGAAAATTGCGTCCTACAACAGCGCTTTATGCTGGG
AATGGGTAGAATTGGAAAGAGCATAGTGATACTGGTATGTCTGTCCTCCAGATTTAGTAATTTTATGTTGATTTTTTCTTTTAAAATACAACTGATTTTAAGTGTATTTTTTTGTCTGTGTTTGAAAAAATATGATCGATCTAGTCGTTATACTTAGAAAATTATAAGAACCATGATAATTTTAACATTCAACAATGCAA
TTGCTGGAGTACTTTAACATGAACAATGAAGTTTCCTTAGTGAAGTTTTTTTAAATGTGGCTTTATAAATGATAAAATTTTGGGTCAAATGAAGGTTGATTTTCATAGTATAATGCAAGCATTAATCAAACAATAGAAGGAAGGAGAAGGAAGGAAGGTTTCTATTCAGATACTTGAATTAACATGGGAATGAAACATGC
ATGTTGTTCTTGTAAATTACTTTGTGCAGGAAGATGTCGAATCCCACAAAGTAATGTCGATGCCAAAGGTGGACATGGATAGCTCACAAACATGGACCTTTAAATACAAGAGGATTTGTTAAATTACATGGCCTTATATGTGGAGATTTCATCATGGTATACAAAGACAATCAAAGTGGAAAATATgtgagtgggattca
ataggataagcttggtttgaagattctatgaactttctggttacataaattgatttttattttttgaaaactaatgagaaaaataattcgtggtatataatcattttgtgggttcatttttatttgtaatttcagGTGATTAAAGTGAAGAAGAAGATCTCACATAATGTAGATGCTTTCGGAAATTAAGGTGTGATAAA
CATATTCAATGCAATGGAGGGTGACAACTAGCAATCAACACATGATGGAGATCCTAATGATGGAAGCTCCATGTTCTTTGATATAGATGGGGATGCTCACATAATGAAGATGCTTTCGGAAATTCAGGTATGATAAACATATTCAATGCAATGGAGGGTGGCAACTAGCAATTAACACATGATGGAGATCTTAATCATGG
AAGCTCCATGTTCTTTGATATAGATGGTGCATCTAGTGCATTCAATGAGGCTAACATGCTCTTCGACAACTTGGATAAATTAAATTGAAGTGCACTATTTTTTTCATTCAAATCTACATTCTTGTAATTCAAATTCCTTCCAGAGTGTAACTCAAATCCCAACCCTTTTTGTCATTTATTTTGGAAGTGATAAATAAATA
TGAAAATTTTCA
Intron 2 GTAATGCTTC ... TTATTGACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 31.52 | 9 | 4 | 2 |
| A2 | 46.43 | 7 | 6 | 3 |
| A3 | 33.33 | 4 | 2 | 0 |
| A4 | 46.43 | 7 | 6 | 0 |
| A5 | 26.66 | 3 | 1 | 1 |
| A6 | 75 | 1 | 3 | 0 |
| A7 | 25 | 3 | 1 | 0 |
| A8 | 33.75 | 6 | 3 | 1 |
| A9 | 0 | 3 | 0 | 0 |
| A10 | 0 | 2 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN119498_c4_g2_i1 from sample A2 / Example spliced isoformGTTTGAGGGAAGAAAGAATTAGGGATTTCAGAGCATTTCCTGTTCATTCCCATTCCCGTCGAGACTTGCTCCGGGTTTGCATCCTATGTGCCATGGAAGAAATTTTTGCTATTTCAGGATTCTGGAAGAGGAGGAGCTTCGAAATCTAGGAGTACTGCTCATGGTTGCGAGCATTCACCCCCCACGACTCAAAGATCTGA
GTACAGGTGCGGGTTTCCGGACTCTAGACGGGATTCACCAGCGCTACGACTGTGGAAAGAACTGGTGGAGGCAAAGATGTCCGAAAATTGCGTCCTACAACAGCGCTTTATGCTGGGAATGGGTAGAATTGGAAAGAGCATAGTGATACTGGTATGTCTGTCCTCCAGATTTAGTAATTTTATGTTGATTTTTTCTTTTA
AAATACAACTGATTTTAAGTGTATTTTTTTGTCTGTGTTTGAAAAAATATGATCGATCTAGTCGTTATACTTAGAAAATTATAAGAACCATGATAATTTTAACATTCAACAATGCAATTGCTGGAGTACTTTAACATGAACAATGAAGTTTCCTTAGTGAAGTTTTTTTAAATGTGGCTTTATAAATGATAAAATTTTGG
GTCAAATGAAGGTTGATTTTCATAGTATAATGCAAGCATTAATCAAACAATAGAAGGAAGGAGAAGGAAGGAAGGTTT
>TRINITY_DN119498_c4_g2_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:GTTTGAGGGAAGAAAGAATTAGGGATTTCAGAGCATTTCCTGTTCATTCCCATTCCCGTCGAGACTTGCTCCGGGTTTGCATCCTATGTGCCATGGAAGAAATTTTTGCTATTTCAGGATTCTGGAAGAGGAGGAGCTTCGAAATCTAGGAGTACTGCTCATGGTTGCGAGCATTCACCCCCCACGACTCAAAGATCTGA
GTACAGgtaatgcttcgtggtttcaagaatttattaacgcttcctttgttcatttacaagtgagagtttgaccctaaaatttgtctctgttattgacagGTGCGGGTTTCCGGACTCTAGACGGGATTCACCAGCGCTACGACTGTGGAAAGAA
Intron 3 GTATAATTTT ... TGAATTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 100 | 0 | 7 | 0.8 |
| A2 | 30.47 | 4.6 | 3 | 1 |
| A3 | 68 | 0.8 | 1 | 1.8 |
| A4 | 100 | 0 | 1 | 2.6 |
| A5 | 77.14 | 1.8 | 6 | 6 |
| A6 | 93.33 | 0.2 | 1 | 3 |
| A7 | 75.94 | 2 | 6.2 | 5.6 |
| A8 | 86.49 | 1.2 | 10 | 4.4 |
| A9 | 58.86 | 3 | 7 | 1 |
| A10 | 59 | 2.2 | 6 | 0 |
>TRINITY_DN42122_c0_g1_i4 from sample A7 / Example spliced isoformCTCCATTCCGCTTTATGCTTGGGACATTGGGGATGCAGGTAAATTGCCCCATAAATTTTTAGTTGGGTTTCTATCTCCAAAACAAATTGGATTTTGTTCTTTTTAATTTTTTTTTCCTCACAGAGATTTATTTTCCCTATACAGCTGGTGGAGGCAAAGATGTCCGAAAATTGCGTCCTACAACAGCGCTTTATGCTGGG
AATGGGTAGAATTGGAAAGAGCATAGTGATACTGGTATGTCTGTCCTCCAGATTTAGTAATTTTATGTTGATTTTTTCTTTTAAAATACAACTGATTTTAAGTGTATTTTTTTGTCTGTGTTTGAAAAAATATGATCGATCTAGTCGTTATACTTAGAAAATTATAAGAACCATGATAATTTTAACATTCAACAATGCAA
TTGCTGGAGTACTTTAACATGAACAATGAAGTTTCCTTAGTGAAGTTTTTTTAAATGTGGCTTTATAAATGATAAAATTTTGGGTCAAATGAAGGTTGATTTTCATAGTATAATGCAAGCATTAATCAAACAATAGAAGGAAGGAGAAGGAAGGAAGGTTTCTATTCAGATACTTGAATTAACATGGGAATGAAACATGC
ATGTTGTTCTTGTAAATTACTTTGTGCAGGAAGATGTCGAATCCCACAAAGTAATGTCGATGCCAAAGGTGGACATGGATAGCTCACAAACATGGACCTTTAAATACAAGAGGATTTGTTAAATTACATGGCCTTATATGTGGAGATTTCATCATGGTATACAAAGACAATCAAAGTGGAAAATATGTGAGTGGGATTCA
ATAGGATAAGCTTGGTTTGAAGATTCTATGAACTTTCTGGTTACATAAATTGATTTTTATTTTTTGAAAACTAATGAGAAAAATAATTCGTGGTATATAATCATTTTGTGGGTTCATTTTTATTTGTAATTTCAGGTGATTAAAGTGAAGAAGAAGATCTCACATAATGTAGATGCTTTCGGAAATTAAGGTGTGATAAA
CATATTCAATGCAATGGAGGGTGACAACTAGCAATCAACACATGATGGAGATCCTAATGATGGAAGCTCCATGTTCTTTGATATAGATGGGGATGCTCACATAATGAAGATGCTTTCGGAAATTCAGGTATGATAAACATATTCAATGCAATGGAGGGTGGCAACTAGCAATTAACACATGATGGAGATCTTAATCATGG
AAGCTCCATGTTCTTTGATATAGATGGTGCATCTAGTGCATTCAATGAGGCTAACATGCTCTTCGACAACTTGGATAAATTAAATTGAAGTGCACTATTTTTTTCATTCAAATCTACATTCTTGTAATTCAAATTCCTTCCAGAGTGTAACTCAAATCCCAACCCTTTTTGTCATTTATTTTGGAAGTGATAAATAAATA
TGAAAATTTTCA
>TRINITY_DN42122_c0_g1_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:CTCCATTCCGCTTTATGCTTGGGACATTGGGGATGCAGGTAAATTGCCCCATAAATTTTTAGTTGGGTTTCTATCTCCAAAACAAATTGGATTTTGTTCTTTTTAATTTTTTTTTCCTCACAGAGATTTATTTTCCCTATACAGCTGGTGGAGGCAAAGATGTCCGAAAATTGCGTCCTACAACAGCGCTTTATGCTGGG
AATGGGTAGAATTGGAAAGAGCATAGTGATACTGGTATGTCTGTCCTCCAGATTTAGTAATTTTATGTTGATTTTTTCTTTTAAAATACAACTGATTTTAAGTGTATTTTTTTGTCTGTGTTTGAAAAAATATGATCGATCTAGTCGTTATACTTAGAAAATTATAAGAACCATGATAATTTTAACATTCAACAATGCAA
TTGCTGGAGTACTTTAACATGAACAATGAAGTTTCCTTAGTGAAGTTTTTTTAAATGTGGCTTTATAAATGATAAAATTTTGGGTCAAATGAAGGTTGATTTTCATAGTATAATGCAAGCATTAATCAAACAATAGAAGGAAGGAGAAGGAAGGAAGGTTTCTATTCAGATACTTGAATTAACATGGGAATGAAACATGC
ATGTTGTTCTTGTAAATTACTTTGTGCAGGAAGATGTCGAATCCCACAAAGTAATGTCGATGCCAAAGGTGAACATGGATACCTCACAAACATGGACCTTTAAATACAAgtataattttcaaactagtattcaaaatttctccaattaaaaacttaccaaaatgtttaaagatgtattctataagttaaattaatggaat
atgttcatgatggcattcacttcttctatcacaatcatttttatcaattcttctatccccatcatgtatgacttgatttccctcgcttaatgaattgtagGAGGATTTGTTAAATTACATGGCCTTATATGTGGAGATTTCATCATGGTATACAAAGACAATCAAAGTGGAAAATATGTGAGTGGGATTCAATAGGATAA
GCTTGGTTTGAAGATTCTATGAACTTTCTGGTTACATAAATTGATTTTTATTTTTTGAAAACTAATGAGAAAAATAATTCGTGGTATATAATCATTTTGTGGGTTCATTTTTATTTGTAATTTCAGGTGATTAAAGTGAAGAAGAAGATCTCACATAATGTAGATGCTTTCGGAAATTAAGGTGTGATAAACATATTCAA
TGCAATGGAGGGTGACAACTAGCAATCAACACATGATGGAGATCCTAATGATGGAAGCTCCATGTTCTTTGATATAGATGGGGATGCTCACATAATGAAGATGCTTTCGGAAATTCAGGTATGATAAACATATTCAATGCAATGGAGGGTGGCAACTAGCAATTAACACATGATGGAGATCTTAATCATGGAAGCTCCAT
GTTCTTTGATATAGATGGTGCATCTAGTGCATTCAATGAGGCTAACATGCTCTTCGACAACTTGGATAAATTAAATTGAAGTGCACTATTTTTTTCATTCAAATCTACATTCTTGTAATTCAAATTCCTTCCAGAGTGTAACTCAAATCCCAACCCTTTTTGTCATTTATTTTGGAAGTGATAAATAAATATGAAAATTT
TCA
Intron 4 GTATGTCTGT ... CTTTGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 75 | 4 | 13 | 11 |
| A2 | 42.86 | 6 | 6 | 3 |
| A3 | 100 | 0 | 3 | 6 |
| A4 | 100 | 0 | 5 | 2 |
| A5 | 73.33 | 2 | 10 | 1 |
| A6 | 53.85 | 3 | 6 | 1 |
| A7 | 100 | 0 | 12 | 8 |
| A8 | 84.62 | 1 | 3 | 8 |
| A9 | 84 | 2 | 5 | 16 |
| A10 | 80 | 1 | 2 | 6 |
>TRINITY_DN41674_c1_g1_i6 from sample A9 / Example spliced isoformCTGGCCTCTTTCGTTTTATGTGTTTGTGGGAAGAAAGAATTAGGGATTTCAGAGCATTTCCTGTTCATTCCCATTCCCGTCGAGACTTGCTCCGGGTTTGCATCCTATGTGCCATGGAAGAAATTTTTGCTATTTCAGGATTCTGGAAGAGGAGGAGCTTCGAAATCTAGGAGTACTGCTCATGGTTGCGAGCATTCACC
CCCCACGACTCAAAGATCTGAGTACAGGTGCGGGTTTCCGGACTCTAGACGGGATTCACCAGCGCTACGACTGTGGAAAGAACTGGTGGAGGCAAAGATGTCCGAAAATTGCGTCCTACAACAGCGCTTTATGCTGGGAATGGGTAGAATTGGAAAGAGCATAGTGATACTGGAAGATGTCGAATCCCACAAAGTAATGT
CGATGCCAAAGGTGAACATGGATACCTCACAAACATGGACCTTTAAATACAAGAGAATTTGTTAAATTACACGACCTTATATGTGGAGATTTCATCATGATATACAAAGACAATCAAAGTGGAAAATATGT
>TRINITY_DN41674_c1_g1_i9 from sample A9 / Example unspliced isoform:CGGGATTCACCAGCGCTACGACTGTGGAAAGAACTGGTGGAGGCAAAGATGTCCGAAAATTGCGTCCTACAACAGCGCTTTATGCTGGGAATGGGTAGAATTGGAAAGAGCATAGTGATACTGgtatgtctgtcctccagatttagtaattttatgttgattttttcttttaaaatacaactgattttaagtgtattttt
ttgtctgtgtttgaaaaaatatgatcgatctagtcgttatacttagaaaattataagaaccatgataattttaacattcaacaatgcaattgctggagtactttaacatgaacaatgaagtttccttagtgaagtttttttaaatgtggctttataaatgataaaattttgggtcaaatgaaggttgattttcatagtat
aatgcaagcattaatcaaacaatagaaggaaggagaaggaaggaaggtttctattcagatacttgaattaacatgagaatgaaacatgcatgttgttcttgtaaattactttgtgcagGAAGATGTCGAATCCCACAAAGTAATGTCGATGCCAAAGGTGAACATGGATACCTCACAAACATGGACCTTTAAATACAAGT
ATAATTTTCAAACTAGTATTCAAAATTTCTCCAATTAAAAACTTACCAAAATGTTTAAAGATGTATTCTATAAGTTAAATTAATGGAATATGTTCATGATGGCATTCACTTCTTCTATCACAATCACTTTTATCAATTCTTCTATCCCCATTATGCATGACTTGATTTCCCTCGCTTAATGAATTGTAGGAGAATTTGTT
AAATTACACGACCTTATATGTGGAGATTTCATCATGATATACAAAGACAATCAAAGTGGAAAATATGTCCGAAAATTGCATCCTACAACAGTGCTTTATGCATGGGAATGGGTAAAATTGGAAAGAACGTAGTGATACTGGTAAGTCTGTCCTCCAGATTTAGTAATTTTATGTTGATTTTTTCTTTTAAAATACAACTG
ATTTTAAGTGTATTTTTTTGTCTGTGTTTGAAAAAATATGATCGATCCTAGTCGTTATACCTAGGAATTTATAAGAACCATGAAAATTTTAACATTCAACAGTGCAATTGCTTGAGTACTTTAACATTGAACAATGAAGTTTTTTAAAATGTGGCTTTAAAAATGATAAAATTTTGGGTCAAA