sp|Q9M047|WLI2B_ARATH ----> LIM domain-containing protein WLIM2b

Intron 1 GTAAGCTGTT ... TCTGTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25.37	50	13	21
A2	24.05	30	6	13
A3	28.3	38	13	17
A4	29.41	18	5	10
A5	25	21	6	8
A6	19.38	131	21	42
A7	22.48	50	9	20
A8	20.43	37	9	10
A9	21.39	68	10	27
A10	20.29	55	8	20

>TRINITY_DN33153_c0_g1_i4 from sample A6 / Example spliced isoform

GCTTTCCGAGCCTTTAATTCTCTTTATCCTTTACGCTCGCGGTGTCGTAGTGGACCTTTTCCTTATATTCCTTGTAAACTCTCTTCTGAATACAAGCGTGGTCTGAGCGTTTGTAACAAATTCTTTGTGGTCCCTTCATCGGTAGATCGCGGGTTCAAGTCCGCTCTTGTGTTTTCTCCGCGTCCTGAGCAATCAGATCT
TGTATTTCAAGGCTTCAGCTTCCCAGATATTGATCATTGAGTCAAATTTTGTAAATTTCCGAGGACAACTTGGTATTTGTGTTTCTGTAACGAAGCAAAAGACTCAAATTAGGCTCCTGACCGAGGCAACTGCGATATAAATCATCGTTTTGCCCTTTAGCTGGCCATCTACAGCAGAACGCTTGGAATGGAGTTTTAGA
AGCATTAGATTGATTATTCGCTGAAGAAAAGGGAGGGAACCTGTCTAAATCCTCTCTGGAGCTTCCAGATCTTGTGTTCTGAGGCGAAAACTGGGGCGAGAAAAAATTTCACGGCTATTTAGAACACGAGGGCTCGGGATCGTTATTTTACCACAAAATTTCCCGTATAGTGGCTATGGCCTTCACCGGAACGCAGCAGA
AGTGCAAAGCTTGCGATAAAACGGTTTATTTTGTGGATCAACTGTCTGCCGATGGAGTTTCTTACCACAAGGCTTGCTTCAGATGCAACCATTGCAAGGGGACGCTCAAGCTGAGTAATTACTCATCAATGGAGGGAGTGCTATATTGCAAGCCTCACTTTGACCAGCTTTTCAGAGAGAGTGGCAACTTTAACAAGAAC
TTTCAGTCCCAAAGATCAACCAAAGTACTGGACAGTCTTCAACCTGAAATGACAAGATCTCCTAGTAAAGTGTCCATGATGTTCTCTGGAACTCAAGACAAATGTGCTACCTGTGGAAAAACAGCATACCCTCTTGAGAAGGTCACTGTGGAAAGCTTATCCTACCACAAGTCTTGTTTCAAGTGTTCTCATGGGGGGTG
TTCAATCAGCCCTTCTAATTATGCTGCACTAGAAGGCATACTGTATTGCAAGCATCATTTTTCCCAGCTCTTCAAGGAAAAGGGCAGTTACAATCATCTCATTAAGACTGCTTCTATGAAACGAGCAGCTGCAGTCCCTGAAGTAGCAAGTGCAGTCCCTGAGATATAAGGTTATTGTGATCTCGTTACTTGATTACCAT
TTGTGTTTGTATTTTGAAGAGTTTACACAGTATGCTAGTTTGTTGGGGAAAAGAGACCCGATCCTCTCTTTGGAATTTCACCAAATGTATTTGCCAACCCTAAGTGAGGGACATTGCAGTATAAGGTCTTGTAGTTTAATTTATATTGGTTTGTAAAAGGAAGGTAACTCTGTTTAGCCGATATTGGCAGTATTTATTAT
TATGGTTTGCAAAAGTTTCCAGAGTACATATATTGTCAGCTATCATAATTGTGTCGTTTGCAACTAAGTGGAAAAATATCAAGTTCTTGTATGTATTCATATTTTGTATTTGGTCTAGAGGAGTTTGATTGTCCTCTTTTTAGTATATTTGTTCCTTTTGTTAAAGAATTACTTTCTTAGCAAAAAATTGACTTGTCCAG

>TRINITY_DN33153_c0_g1_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GCTTTCCGAGCCTTTAATTCTCTTTATCCTTTACGCTCGCGGTGTCGTAGTGGACCTTTTCCTTATATTCCTTGTAAACTCTCTTCTGAATACAAGCGTGGTCTGAGCGTTTGTAACAAATTCTTTGTGGTCCCTTCATCGGTAGATCGCGGGTTCAAGTCCGCTCTTGTGTTTTCTCCGCGTCCTGAGCAATCAGATCT
TGTATTTCAAGGCTTCAGCTTCCCAGATATTGATCATTGAGTCAAATTTTGTAAATTTCCGAGGACAACTTGGTATTTGTGTTTCTGTAACGAAGCAAAAGACTCAAATTAGGCTCCTGACCGAGGCAACTGCGATATAAATCATCGTTTTGCCCTTTAGCTGGCCATCTACAGCAGAACGCTTGGAATGGAGTTTTAGA
AGCATTAGATTGATTATTCGCTGAAGAAAAGGGAGGGAACCTGTCTAAATCCTCTCTGGAGCTTCCAGATCTTGTGTTCTGAGGCGAAAACTGGGGCGAGgtaagctgttttgaggtaaaatttgtgcatttccgcggggaaagggtttgtatggtttcttaaaaaggagaagagctcgaatctgctatttttgtcttga
aactgtcctagaaagtatcatttagaattaaaggttgttgatctctgtggcagAAAAAATTTCACGGCTATTTAGAACACGAGGGCTCGGGATCGTTATTTTACCACAAAATTTCCCGTATAGTGGCTATGGCCTTCACCGGAACGCAGCAGAAGTGCAAAGCTTGCGATAAAACGGTTTATTTTGTGGATCAACTGTCT
GCCGATGGAGTTTCTTACCACAAGGCTTGCTTCAGATGCAACCATTGCAAGGGGACGCTCAAGCTGAGTAATTACTCATCAATGGAGGGAGTGCTATATTGCAAGCCTCACTTTGACCAGCTTTTCAGAGAGAGTGGCAACTTTAACAAGAACTTTCAGTCCCAAAGATCAACCAAAGTACTGGACAGTCTTCAACCTGA
AATGACAAGATCTCCTAGTAAAGTGTCCATGATGTTCTCTGGAACTCAAGACAAATGTGCTACCTGTGGAAAAACAGCATACCCTCTTGAGAAGGTCACTGTGGAAAGCTTATCCTACCACAAGTCTTGTTTCAAGTGTTCTCATGGGGGGTGTTCAATCAGCCCTTCTAATTATGCTGCACTAGAAGGCATACTGTATT
GCAAGCATCATTTTTCCCAGCTCTTCAAGGAAAAGGGCAGTTACAATCATCTCATTAAGACTGCTTCTATGAAACGAGCAGCTGCAGTCCCTGAAGTAGCAAGTGCAGTCCCTGAGATATAAGGTTATTGTGATCTCGTTACTTGATTACCATTTGTGTTTGTATTTTGAAGAGTTTACACAGTATGCTAGTTTGTTGGG
GAAAAGAGACCCGATCCTCTCTTTGGAATTTCACCAAATGTATTTGCCAACCCTAAGTGAGGGACATTGCAGTATAAGGTCTTGTAGTTTAATTTATATTGGTTTGTAAAAGGAAGGTAACTCTGTTTAGCCGATATTGGCAGTATTTATTATTATGGTTTGCAAAAGTTTCCAGAGTACATATATTGTCAGCTATCATA
ATTGTGTCGTTTGCAACTAAGTGGAAAAATATCAAGTTCTTGTATGTATTCATATTTTGTATTTGGTCTAGAGGAGTTTGATTGTCCTCTTTTTAGTATATTTGTTCCTTTTGTTAAAGAATTACTTTCTTAGCAAAAAATTGACTTGTCCAG

Intron 2 GTAAGAGATC ... GTTTTGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	51.16	21	28	16
A2	38.71	19	19	5
A3	23.08	30	10	8
A4	22.22	21	5	7
A5	23.81	16	8	2
A6	13.88	152	24	25
A7	15	51	10	8
A8	31.58	39	17	19
A9	17.35	81	13	21
A10	22.14	51	10	19

>TRINITY_DN76455_c0_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

TCGTAGTGGACCTTTTCCTTATATTCCTTGTAAACTCTCTTCTGAATACAAGCGTGGTCTGAGCGTTTGTAACAAATTCTTTGTGGTCCCTTCATCGGTAGATCGCGGGTTCAAGTCCGCTCTTGTGTTTTCTCCGCGTCCTGAGCAATCAGATCTTGTATTTCAAGGCTTCAGCTTCCCAGATATTGATCATTGAGTCA
AATTTTGTAAATTTCCGAGGACAACTTGGTATTTGTGTTTCTGTAACGAAGCAAAAGACTCAAATTAGGCTCCTGACCGAGGCAACTGCGATATAAATCATCGTTTTGCCCTTTAGCTGGCCATCTACAGCAGAACGCTTGGAATGGAGTTTTAGAAGCATTAGATTGATTATTCGCTGAAGAAAAGGGAGGGAACCTGT
CTAAATCCTCTCTGGAGCTTCCAGATCTTGTGTTCTGAGGCGAAAACTGGGGCGAGAAAAAATTTCACGGCTATTTAGAACACGAGGGCTCGGGATCGTTATTTTACCACAAAATTTCCCGTATAGTGGCTATGGCCTTCACCGGAACGCAGCAGAAGTGCAAAGCTTGCGATAAAACGGTTTATTTTGTGGATCAACTG
TCTGCCGATGGAGTTTCTTACCACAAGGCTTGCTTCAGATGCAACCATTGCAAGGGGACGCTCAAGCTGAGTAATTACTCATCAATGGAGGGAGTGCTATATTGCAAGCCTCACTTTGACCAGCTTTTCAGAGAGAGTGGCAACTTTAACAAGAACTTTCAGTCCCAAAGATCAACCAAAGTACTGGACAGTCTTCAACC
TGAAATGACAAGATCTCCTAGTAAAGTGTCCATGATGTTCTCTGGAACTCAAGACAAATGTGCTACCTGTGGAAAAACAGCATACCCTCTTGAGAAGGTCACTGTGGAAAGCTTATCCTACCACAAGTCTTGTTTCAAGTGTTCTCATGGGGGGTGTTCAATCAGCCCTTCTAATTATGCTGCACTAGAAGGCATACTGT
ATTGCAAGCATCATTTTTCCCAGCTCTTCAAGGAAAAGGGCAGTTACAATCATCTCATTAAGACTGCTTCTATGAAACGAGCAGCTGCAGTCCCTGAAGTAGCAAGTGCAGTCCCTGAGATATAAGGTTATTGTGATCTCGTTACTTGATTACCATTTGTGTTTGTATTTTGAAGAGTTTACACAGTATGCTAGTTTGTT
GGGGAAAAGAGACCCGATCCTCTCTTTGGAATTTCACCAAATGTATTTGCCAACCCTAAGTGAGGGACATTGCAGTATAAGGTCTTGTAGTTTAATTTATATTGGTTTGTAAAAGGAAGGTAACTCTGTTTAGCCGATATTGGCAGTATTTATTATTATGGTTTGCAAAAGTTTCCAGAGTACATATATTGTCAGCTATC
ATAATTGTGTCGTTTGCA

>TRINITY_DN76455_c0_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:

TCGTAGTGGACCTTTTCCTTATATTCCTTGTAAACTCTCTTCTGAATACAAGCGTGGTCTGAGCGTTTGTAACAAATTCTTTGTGGTCCCTTCATCGGTAGATCGCGGGTTCAAGTCCGCTCTTGTGTTTTCTCCGCGTCCTGAGCAATCAGATCTTGTATTTCAAGGCTTCAGCTTCCCAGATATTGATCATTGAGTCA
AATTTTGTAAATTTCCGAGGACAACTTGGTATTTGTGTTTCTGTAACGAAGCAAAAGACTCAAATTAGGCTCCTGACCGAGGCAACTGCGATATAAATCATCGTTTTGCCCTTTAGCTGGCCATCTACAGCAGAACGCTTGGAATGGAGTTTTAGAAGCATTAGATTGATTATTCGCTGAAGAAAAGGGAGGGAACCTGT
CTAAATCCTCTCTGGAGCTTCCAGATCTTGTGTTCTGAGGCGAAAACTGGGGCGAGAAAAAATTTCACGGCTATTTAGAACACGAGGGCTCGGGATCGTTATTTTACCACAAAATTTCCCGTATAGTGGCTATGGCCTTCACCGGAACGCAGCAGAAGTGCAAAGCTTGCGATAAAACGGTTTATTTTGTGGATCAACTG
TCTGCCGATGGAGTTTCTTACCACAAGGCTTGCTTCAGATGCAACCATTGCAAGGGGACGCTCAAGCTGAGTAATTACTCATCAATGGAGGGAGTGCTATATTGCAAGCCTCACTTTGACCAGCTTTTCAGAGAGAGTGGCAACTTTAACAAGAACTTTCAGTCCCgtaagagatctatcttgagaatgctaggatttgt
gatggataatgtgcatgttgttgcttttcatggataaccatcaagatcaatttactgtagctttattttcagttcaaacagcggttctctcattaaggttttctgtcctcctctgttttgacagAAAGATCAACCAAAGTACTGGACAGTCTTCAACCTGAAATGACAAGATCTCCTAGTAAAGTGTCCATGATGTTCTC
TGGAACTCAAGACAAATGTGCTACCTGTGGAAAAACAGCATACCCTCTTGAGAAGGTCACTGTGGAAAGCTTATCCTACCACAAGTCTTGTTTCAAGTGTTCTCATGGGGGGTGTTCAATCAGCCCTTCTAATTATGCTGCACTAGAAGGCATACTGTATTGCAAGCATCATTTTTCCCAGCTCTTCAAGGAAAAGGGCA
GTTACAATCATCTCATTAAGACTGCTTCTATGAAACGAGCAGCTGCAGTCCCTGAAGTAGCAAGTGCAGTCCCTGAGATATAAGGTTATTGTGATCTCGTTACTTGATTACCATTTGTGTTTGTATTTTGAAGAGTTTACACAGTATGCTAGTTTGTTGGGGAAAAGAGACCCGATCCTCTCTTTGGAATTTCACCAAAT
GTATTTGCCAACCCTAAGTGAGGGACATTGCAGTATAAGGTCTTGTAGTTTAATTTATATTGGTTTGTAAAAGGAAGGTAACTCTGTTTAGCCGATATTGGCAGTATTTATTATTATGGTTTGCAAAAGTTTCCAGAGTACATATATTGTCAGCTATCATAATTGTGTCGTTTGCA

Intron 3 GTAAAATTTG ... TCTGTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	30.88	47	8	21
A2	31.71	28	3	13
A3	32.08	36	9	17
A4	40	15	3	10
A5	28.57	20	4	8
A6	25.61	122	14	42
A7	29.41	48	7	20
A8	23.81	32	2	10
A9	30	63	5	27
A10	28.99	49	2	20

>TRINITY_DN33153_c0_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

GCTTTCCGAGCCTTTAATTCTCTTTATCCTTTACGCTCGCGGTGTCGTAGTGGACCTTTTCCTTATATTCCTTGTAAACTCTCTTCTGAATACAAGCGTGGTCTGAGCGTTTGTAACAAATTCTTTGTGGTCCCTTCATCGGTAGATCGCGGGTTCAAGTCCGCTCTTGTGTTTTCTCCGCGTCCTGAGCAATCAGATCT
TGTATTTCAAGGCTTCAGCTTCCCAGATATTGATCATTGAGTCAAATTTTGTAAATTTCCGAGGACAACTTGGTATTTGTGTTTCTGTAACGAAGCAAAAGACTCAAATTAGGCTCCTGACCGAGGCAACTGCGATATAAATCATCGTTTTGCCCTTTAGCTGGCCATCTACAGCAGAACGCTTGGAATGGAGTTTTAGA
AGCATTAGATTGATTATTCGCTGAAGAAAAGGGAGGGAACCTGTCTAAATCCTCTCTGGAGCTTCCAGATCTTGTGTTCTGAGGCGAAAACTGGGGCGAGGTAAGCTGTTTTGAGAAAAAATTTCACGGCTATTTAGAACACGAGGGCTCGGGATCGTTATTTTACCACAAAATTTCCCGTATAGTGGCTATGGCCTTCA
CCGGAACGCAGCAGAAGTGCAAAGCTTGCGATAAAACGGTTTATTTTGTGGATCAACTGTCTGCCGATGGAGTTTCTTACCACAAGGCTTGCTTCAGATGCAACCATTGCAAGGGGACGCTCAAGCTGAGTAATTACTCATCAATGGAGGGAGTGCTATATTGCAAGCCTCACTTTGACCAGCTTTTCAGAGAGAGTGGC
AACTTTAACAAGAACTTTCAGTCCCAAAGATCAACCAAAGTACTGGACAGTCTTCAACCTGAAATGACAAGATCTCCTAGTAAAGTGTCCATGATGTTCTCTGGAACTCAAGACAAATGTGCTACCTGTGGAAAAACAGCATACCCTCTTGAGAAGGTCACTGTGGAAAGCTTATCCTACCACAAGTCTTGTTTCAAGTG
TTCTCATGGGGGGTGTTCAATCAGCCCTTCTAATTATGCTGCACTAGAAGGCATACTGTATTGCAAGCATCATTTTTCCCAGCTCTTCAAGGAAAAGGGCAGTTACAATCATCTCATTAAGACTGCTTCTATGAAACGAGCAGCTGCAGTCCCTGAAGTAGCAAGTGCAGTCCCTGAGATATAAGGTTATTGTGATCTCG
TTACTTGATTACCATTTGTGTTTGTATTTTGAAGAGTTTACACAGTATGCTAGTTTGTTGGGGAAAAGAGACCCGATCCTCTCTTTGGAATTTCACCAAATGTATTTGCCAACCCTAAGTGAGGGACATTGCAGTATAAGGTCTTGTAGTTTAATTTATATTGGTTTGTAAAAGGAAGGTAACTCTGTTTAGCCGATATT
GGCAGTATTTATTATTATGGTTTGCAAAAGTTTCCAGAGTACATATATTGTCAGCTATCATAATTGTGTCGTTTGCAACTAAGTGGAAAAATATCAAGTTCTTGTATGTATTCATATTTTGTATTTGGTCTAGAGGAGTTTGATTGTCCTCTTTTTAGTATATTTGTTCCTTTTGTTAAAGAATTACTTTCTTAGCAAAA
AATTGACTTGTCCAG

>TRINITY_DN33153_c0_g1_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GCTTTCCGAGCCTTTAATTCTCTTTATCCTTTACGCTCGCGGTGTCGTAGTGGACCTTTTCCTTATATTCCTTGTAAACTCTCTTCTGAATACAAGCGTGGTCTGAGCGTTTGTAACAAATTCTTTGTGGTCCCTTCATCGGTAGATCGCGGGTTCAAGTCCGCTCTTGTGTTTTCTCCGCGTCCTGAGCAATCAGATCT
TGTATTTCAAGGCTTCAGCTTCCCAGATATTGATCATTGAGTCAAATTTTGTAAATTTCCGAGGACAACTTGGTATTTGTGTTTCTGTAACGAAGCAAAAGACTCAAATTAGGCTCCTGACCGAGGCAACTGCGATATAAATCATCGTTTTGCCCTTTAGCTGGCCATCTACAGCAGAACGCTTGGAATGGAGTTTTAGA
AGCATTAGATTGATTATTCGCTGAAGAAAAGGGAGGGAACCTGTCTAAATCCTCTCTGGAGCTTCCAGATCTTGTGTTCTGAGGCGAAAACTGGGGCGAGGTAAGCTGTTTTGAGgtaaaatttgtgcatttccgcggggaaagggtttgtatggtttcttaaaaaggagaagagctcgaatctgctatttttgtcttga
aactgtcctagaaagtatcatttagaattaaaggttgttgatctctgtggcagAAAAAATTTCACGGCTATTTAGAACACGAGGGCTCGGGATCGTTATTTTACCACAAAATTTCCCGTATAGTGGCTATGGCCTTCACCGGAACGCAGCAGAAGTGCAAAGCTTGCGATAAAACGGTTTATTTTGTGGATCAACTGTCT
GCCGATGGAGTTTCTTACCACAAGGCTTGCTTCAGATGCAACCATTGCAAGGGGACGCTCAAGCTGAGTAATTACTCATCAATGGAGGGAGTGCTATATTGCAAGCCTCACTTTGACCAGCTTTTCAGAGAGAGTGGCAACTTTAACAAGAACTTTCAGTCCCAAAGATCAACCAAAGTACTGGACAGTCTTCAACCTGA
AATGACAAGATCTCCTAGTAAAGTGTCCATGATGTTCTCTGGAACTCAAGACAAATGTGCTACCTGTGGAAAAACAGCATACCCTCTTGAGAAGGTCACTGTGGAAAGCTTATCCTACCACAAGTCTTGTTTCAAGTGTTCTCATGGGGGGTGTTCAATCAGCCCTTCTAATTATGCTGCACTAGAAGGCATACTGTATT
GCAAGCATCATTTTTCCCAGCTCTTCAAGGAAAAGGGCAGTTACAATCATCTCATTAAGACTGCTTCTATGAAACGAGCAGCTGCAGTCCCTGAAGTAGCAAGTGCAGTCCCTGAGATATAAGGTTATTGTGATCTCGTTACTTGATTACCATTTGTGTTTGTATTTTGAAGAGTTTACACAGTATGCTAGTTTGTTGGG
GAAAAGAGACCCGATCCTCTCTTTGGAATTTCACCAAATGTATTTGCCAACCCTAAGTGAGGGACATTGCAGTATAAGGTCTTGTAGTTTAATTTATATTGGTTTGTAAAAGGAAGGTAACTCTGTTTAGCCGATATTGGCAGTATTTATTATTATGGTTTGCAAAAGTTTCCAGAGTACATATATTGTCAGCTATCATA
ATTGTGTCGTTTGCAACTAAGTGGAAAAATATCAAGTTCTTGTATGTATTCATATTTTGTATTTGGTCTAGAGGAGTTTGATTGTCCTCTTTTTAGTATATTTGTTCCTTTTGTTAAAGAATTACTTTCTTAGCAAAAAATTGACTTGTCCAG