sp|F4KGN5|S40A2_ARATH ----> Solute carrier family 40 member 2
Intron 1 GTAACATTTC ... TCTGTGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 66.67 | 2 | 5.8 | 4 |
| A2 | 55 | 18 | 6.8 | 22 |
| A3 | 59.63 | 16.3 | 1.8 | 24 |
| A4 | 45.81 | 22.5 | 2 | 19 |
| A5 | 50 | 2 | 0 | 2 |
| A6 | 48.58 | 36 | 5 | 34 |
| A7 | 52.96 | 24 | 5.3 | 27 |
| A8 | 44.83 | 16 | 0.8 | 13 |
| A9 | 55.76 | 31 | 8.5 | 39 |
| A10 | 52.66 | 36 | 1.8 | 40 |
>TRINITY_DN106854_c0_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoformTGCTGGCTTTCTTCTAACCTCGGAACCTTTCTTTATATCACTATACTGTAATCGCATATATGCCAGGGGCTCTGGATCAGTGTACTATGTATATATGATCATAGATTAAATAGAGTGATTTGGAGTTTTTATCTTCCTCAATGGAGAAGGAGGGCTTAAGGGAACATCTTATCTCTCATGTGGATCGACTTGAAAATCAT
AATGTGGAAGGAGCTGAAAATGTTGATGACGCATATTCACATTTAGATGCGAACGGATCAAGCAATTTGGTTACTGATGTTGAGTCGCTCAAGGGTTCAGAGGTCCCTGCTTCTATATTAAGATTTCTTTACGCGGGTCATTTTTTAGCGAGATGGGGAACCAGAAAGTGGGAATTCTCAGTAGGGTTGTTCATGCTATA
TATATGGCCGGATTCCCTGCTGTTTACTGCATTGTATGGTGTTGTGGAGGCTGCATCTGTTGCAATTTTTGGTCCCACGATTGGAGATTGGATTGATAGAACGCGATATATCAAGGTAGTGCAAACATGGCTGGGACTACAGAATTTGTCCTTTGTTGTAGCTGGAGGGGCAGTATCAGTATTGCTGAGTTACCCTAAGT
CAACTATTGGAATGCCAACTTTTATTGCCCTTCTGATTGTTGTAAATGTATCCGGAGCCATTGGTGCTCTAGCAAGCCTTGCAGGTGTTATCTTGATAGAGAGAGATTGGGTGGTTGTGATATCTGAAAATCAGTCACCTGGTCTTCTTACTCAAATGAATGCAGTCACACGGCGAATTGATCTCAGTTGCAAGTTGTTG
GCACCTGTCGCTGTTGGTTTTATTATGAGTTATGTATCTGTGTTGGCATCTGCAATTGTTCTAGTACTTTGGAATATATTGTCTGTCGGAGTGGAATATTGGCTTCTATCTTCTGTATACTATGCTGTTCCTTCTTTGAACTTAAAGATAAGGAAAGACAAAAGCATTGAAGAAACATCTTCCAGTGAATCACATGATTT
CCTAAACAATGATATGAGCACTGTCAGTGCTACTGAAGGAGATGCTTCAATCAAGAAGAAACATGAAACCACAAGTTGGAGAAGAAAAATATTACAAAGTTTCTTGCGTACTCCTACTATAGAAGGATGGTTGGTATACATAAAGCAAGATGTAGCACTTGCAGGCTTTGCTTTGTCTCTGCTGTACTTCACAGTCTTAA
GTTTTGGTACCCTGATGACAGCAGCCTTAGAATGGAAAGGTATCCCAACCTATGTGTTGGGCCTTGCTCGTGGAGTAAGTGCTCTCATTGGCATATCTGCAACACTCTTGTACCCCATATTTCATTCTCATCTCCATTCACTTCGCACAGGACTTTGGTCCATTTGGATTCAGTGGTCCATTCTATTAATATGTGTCGCT
TCAATTTGGGTTCATAATCAACAAGTGTCATCTTGGATGTTAATGGGAGGAGTGGCTGCATCTCGCTTGGGGTTATGGATGTTTGATCTTGCTGTGGTGCAACAAATGCAGGATTCTATTCCTGAATCAGATCGTGGTGTTGTGGGAGGTGTTCAAAATTCTCTTCAATCATGCATGGACTTGCTCAGTTATGTCATGGG
AATTATTGTCTCAAACCCTAAGGATTTTGGAGTGTTAATAATGGTCTCTTTCCTACCAGTTACATGTGCAGCGCTTGTCTATAGTGTTCACACATATCGAATCAGAAGACACCTTTTTCACTTTGATCAAATTTTTTTCAAGTTGAGTGCAAAATTTTCTGTAGTTTAACCTGCACGGGGAAGTTGTGGCAAGGCAGAAA
ATGTCTCTCTTTTACCTGAATTTATGTGGTTTTTATAATATTCTTCTTAATCTATTAAACCTGTCTAATTATATGTATATATTCTGTATAGAAGTAGAAAATATGACTATAAGATGTTGGTGATCATGTTTTTGCTTTTTATGCACCCTCATGTATTGACACAGATTCAAAACCAAGCCATGGCACATCCATTTGTCGTG
TGTTATAAATCTGGCAAATCAATGTTATTTCTTTTATTATTGTAAGCGATTCTGTATATTTTCTTTAAAAAATGGATGAGGCTTGATCAATGTATACACCAATCAGTTTATCCAAGCATCATAAATTCACAAAATTTTCATGCCTTAACATTCTCAAAGAAACTAAAAAGGCCAAAATTTTCGTCTATTAAAGATTG
>TRINITY_DN106854_c0_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:TGCTGGCTTTCTTCTAACCTCGGAACCTTTCTTTATATCACTATACTGTAATCGCATATATGCCAGGGGCTCTGGATCAGTGTACTATGTATATATGATCATAGATTgtaacatttctagctgcagactgtcatactatagcgttttttttttcaaacacgagtgcagttatggggtgcatgcatgtttgttgaactgat
aagattgattaatatttgggcgttaatgattcataaatgaattgacctcaaaaaccatttttaatgatttgcacattcaacccatttcactgaaaattgaagtgggttgctctatttttaccgatgcaggataggcagcattcggtactgagattatctatgttttctgtggcagAAATAGAGTGATTTGGAGTTTTTAT
CTTCCTCAATGGAGAAGGAGGGCTTAAGGGAACATCTTATCTCTCATGTGGATCGACTTGAAAATCATAATGTGGAAGGAGCTGAAAATGTTGATGACGCATATTCACATTTAGATGCGAACGGATCAAGCAATTTGGTTACTGATGTTGAGTCGCTCAAGGGTTCAGAGGTCCCTGCTTCTATATTAAGATTTCTTTAC
GCGGGTCATTTTTTAGCGAGATGGGGAACCAGAAAGTGGGAATTCTCAGTAGGGTTGTTCATGCTATATATATGGCCGGATTCCCTGCTGTTTACTGCATTGTATGGTGTTGTGGAGGCTGCATCTGTTGCAATTTTTGGTCCCACGATTGGAGATTGGATTGATAGAACGCGATATATCAAGGTAGTGCAAACATGGCT
GGGACTACAGAATTTGTCCTTTGTTGTAGCTGGAGGGGCAGTATCAGTATTGCTGAGTTACCCTAAGTCAACTATTGGAATGCCAACTTTTATTGCCCTTCTGATTGTTGTAAATGTATCCGGAGCCATTGGTGCTCTAGCAAGCCTTGCAGGTGTTATCTTGATAGAGAGAGATTGGGTGGTTGTGATATCTGAAAATC
AGTCACCTGGTCTTCTTACTCAAATGAATGCAGTCACACGGCGAATTGATCTCAGTTGCAAGTTGTTGGCACCTGTCGCTGTTGGTTTTATTATGAGTTATGTATCTGTGTTGGCATCTGCAATTGTTCTAGTACTTTGGAATATATTGTCTGTCGGAGTGGAATATTGGCTTCTATCTTCTGTATACTATGCTGTTCCT
TCTTTGAACTTAAAGATAAGGAAAGACAAAAGCATTGAAGAAACATCTTCCAGTGAATCACATGATTTCCTAAACAATGATATGAGCACTGTCAGTGCTACTGAAGGAGATGCTTCAATCAAGAAGAAACATGAAACCACAAGTTGGAGAAGAAAAATATTACAAAGTTTCTTGCGTACTCCTACTATAGAAGGATGGTT
GGTATACATAAAGCAAGATGTAGCACTTGCAGGCTTTGCTTTGTCTCTGCTGTACTTCACAGTCTTAAGTTTTGGTACCCTGATGACAGCAGCCTTAGAATGGAAAGGTATCCCAACCTATGTGTTGGGCCTTGCTCGTGGAGTAAGTGCTCTCATTGGCATATCTGCAACACTCTTGTACCCCATATTTCATTCTCATC
TCCATTCACTTCGCACAGGACTTTGGTCCATTTGGATTCAGTGGTCCATTCTATTAATATGTGTCGCTTCAATTTGGGTTCATAATCAACAAGTGTCATCTTGGATGTTAATGGGAGGAGTGGCTGCATCTCGCTTGGGGTTATGGATGTTTGATCTTGCTGTGGTGCAACAAATGCAGGATTCTATTCCTGAATCAGAT
CGTGGTGTTGTGGGAGGTGTTCAAAATTCTCTTCAATCATGCATGGACTTGCTCAGTTATGTCATGGGAATTATTGTCTCAAACCCTAAGGATTTTGGAGTGTTAATAATGGTCTCTTTCCTACCAGTTACATGTGCAGCGCTTGTCTATAGTGTTCACACATATCGAATCAGAAGACACCTTTTTCACTTTGATCAAAT
TTTTTTCAAGTTGAGTGCAAAATTTTCTGTAGTTTAACCTGCACGGGGAAGTTGTGGCAAGGCAGAAAATGTCTCTCTTTTACCTGAATTTATGTGGTTTTTATAATATTCTTCTTAATCTATTAAACCTGTCTAATTATATGTATATATTCTGTATAGAAGTAGAAAATATGACTATAAGATGTTGGTGATCATGTTTT
TGCTTTTTATGCACCCTCATGTATTGACACAGATTCAAAACCAAGCCATGGCACATCCATTTGTCGTGTGTTATAAATCTGGCAAATCAATGTTATTTCTTTTATTATTGTAAGCGATTCTGTATATTTTCTTTAAAAAATGGATGAGGCTTGATCAATGTATACACCAATCAGTTTATCCAAGCATCATAAATTCACAA
AATTTTCATGCCTTAACATTCTCAAAGAAACTAAAAAGGCCAAAATTTTCGTCTATTAAAGATTG
Intron 2 GTTGACTGCT ... AAAATTGAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 100 | 0 | 0 | 8 |
| A2 | 69.23 | 4 | 0 | 9 |
| A3 | 85.71 | 1 | 1 | 6 |
| A4 | 75 | 4 | 0 | 12 |
| A5 | 100 | 0 | 0 | 4 |
| A6 | 90 | 2 | 4 | 18 |
| A7 | 93.75 | 1 | 2 | 15 |
| A8 | 50 | 3 | 1 | 3 |
| A9 | 81.25 | 6 | 1 | 26 |
| A10 | 66.67 | 3 | 0 | 6 |
>TRINITY_DN40137_c0_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoformAGGGGAAGCACGGAGAGGAGGATATGCATTGAATATATATAGTGTAAGTGGGTTGCTCTATTTTTACCGATGCAGGATAGGCAGCATTCGGTACTGAGATTATCTATGTTTTCTGTGGCAGAAATAGAGTGATTTGGAGTTTTTATCTTCCTCAATGGAGAAGGAGGGCTTAAGGGAACATCTTATCTCTCATGTGGATC
GACTTGAAAATCATAATGTGGAAGGAGCTGAAAATGTTGATGACGCATATTCACATTTAGATGCGAACGGATCAAGCAATTTGGTTACTGATGTTGAGTCGCTCAAGGGTTCAGAGGTCCCTGCTTCTATATTAAGATTTCTTTACGCGGGTCATTTTTTAGCGAGATGGGGAACCAGAAAGTGGGAATTCTCAGTAGGG
TTGTTCATGCTATATATATGGCCGGATTCCCTGCTGTTTACTGCATTGTATGGTGTTGTGGAGGCTGCATCTGTTGCAATTTTTGGTCCCACGATTGGAGATTGGATTGATAGAACGCGATATATCAAGGTAGTGCAAACATGGCTGGGACTACAGAATTTGTCCTTTGTTGTAGCTGGAGGGGCAGTATCAGTATTGCT
GAGTTACCCTAAGTCAACTATTGGAATGCCAACTTTTATTGCCCTTCTGATTGTTGTAAATGTATCCGGAGCCATTGGTGCTCTAGCAAGCCTTGCAGGTGTTATCTTGATAGAGAGAGATTGGGTGGTTGTGATATCTGAAAATCAGTCACCTGGTCTTCTTACTCAAATGAATGCAGTCACACGGCGAATTGATCTCA
GTTGCAAGTTGTTGGCACCTGTCGCTGTTGGTTTTATTATGAGTTATGTATCTGTGTTGGCATCTGCAATTGTTCTAGTACTTTGGAATATATTGTCTGTCGGAGTGGAATATTGGCTTCTATCTTCTGTATACTATGCTGTTCCTTCTTTGAACTTAAAGATAAGGAAAGACAAAAGCATTGAAGAAACATCTTCCAGT
GAATCACATGATTTCCTAAACAATGATATGAGCACTGTCAGTGCTACTGAAGGAGATGCTTCAATCAAGAAGAAACATGAAACCACAAGTTGGAGAAGAAAAATATTACAAAGTTTCTTGCGTACTCCTACTATAGAAGGATGGTTGGTATACATAAAGCAAGATGTAGCACTTGCAGGCTTTGCTTTGTCTCTGCTGTA
CTTCACAGTCTTAAGTTTTGGTACCCTGATGACAGCAGCCTTAGAATGGAAAGGTATCCCAACCTATGTGTTGGGCCTTGCTCGTGGAGTAAGTGCTCTCATTGGCATATCTGCAACACTCTTGTACCCCATATTTCATTCTCATCTCCATTCACTTCGCACAGGACTTTGGTCCATTTGGATTCAGTGGTCCATTCTAT
TAATATGTGTCGCTTCAATTTGGGTTCATAATCAACAAGTGTCATCTTGGATGTTAATGGGAGGAGTGGCTGCATCTCGCTTGGGGTTATGGATGTTTGATCTTGCTGTGGTGCAACAAATGCAGGATTCTATTCCTGAATCAGATCGTGGTGTTGTGGGAGGTGTTCAAAATTCTCTTCAATCATGCATGGACTTGCTC
AGTTATGTCATGGGAATTATTGTCTCAAACCCTAAGGATTTTGGAGTGTTAATAATGGTCTCTTTCCTACCAGTTACATGTGCAGCGCTTGTCTATAGTGTTCACACATATCGAATCAGAAGACACCTTTTTCACTTTGATCAAATTTTTTTCAAGTTGAGTGCAAAATTTTCTGTAGTTTAACCTGCACGGGGAAGTTG
TGGCAAGGCAGAAAATGTCTCTCTTTTACCTGAATTTATGTGGTTTTTATAATATTCTTCTTAATCTATTAAACCTGTCTAATTATATGTATATATTCTGTATAGAAGTAGAAAATATGACTATAAGATGTTGGTGATCATGTTTTTGCTTTTTATGCACCCTCATGTATTGACACAGATTCAAAACCAAGCCATGGCAC
ATCCATTTGTCGTGTGTTATAAATCTGGCAAATCAATGTTATTTCTTTTATTATTGTAAGCGATTCTGTATATTTTCTTTAAAAAATGGATGAGGCTTGATCAATGTATACACCAATCAGTTTATCCAAGCATCATAAATTCACAAAATTTTCATGCCTTAACATTCTCAAAGAAACTAAAAAGGCCAAAATTTTCGTCT
ATTAAAGATTGTGACCAGAATTTACTAAGTATTATCGTAC
>TRINITY_DN40137_c0_g1_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:AGGGGAAGCACGGAGAGGAGGATATGCATTGAATATATATAGTGTAAGgttgactgctggctttcttctaacctcggaacctttctttatatcactatactgtaatcgcatatatgccaggggctctggatcagtgtactatgtatatatgatcatagattgtaacatttctagctgcagactgtcatactatagcgttt
tttttttcaaacacgagtgcagttatggggtgcatgcatgtttgttgaactgataagattgattaatatttgggcgttaatgattcataaatgaattgacctcaaaaaccatttttaatgatttgcacattcaacccatttcactgaaaattgaagTGGGTTGCTCTATTTTTACCGATGCAGGATAGGCAGCATTCGGT
ACTGAGATTATCTATGTTTTCTGTGGCAGAAATAGAGTGATTTGGAGTTTTTATCTTCCTCAATGGAGAAGGAGGGCTTAAGGGAACATCTTATCTCTCATGTGGATCGACTTGAAAATCATAATGTGGAAGGAGCTGAAAATGTTGATGACGCATATTCACATTTAGATGCGAACGGATCAAGCAATTTGGTTACTGAT
GTTGAGTCGCTCAAGGGTTCAGAGGTCCCTGCTTCTATATTAAGATTTCTTTACGCGGGTCATTTTTTAGCGAGATGGGGAACCAGAAAGTGGGAATTCTCAGTAGGGTTGTTCATGCTATATATATGGCCGGATTCCCTGCTGTTTACTGCATTGTATGGTGTTGTGGAGGCTGCATCTGTTGCAATTTTTGGTCCCAC
GATTGGAGATTGGATTGATAGAACGCGATATATCAAGGTAGTGCAAACATGGCTGGGACTACAGAATTTGTCCTTTGTTGTAGCTGGAGGGGCAGTATCAGTATTGCTGAGTTACCCTAAGTCAACTATTGGAATGCCAACTTTTATTGCCCTTCTGATTGTTGTAAATGTATCCGGAGCCATTGGTGCTCTAGCAAGCC
TTGCAGGTGTTATCTTGATAGAGAGAGATTGGGTGGTTGTGATATCTGAAAATCAGTCACCTGGTCTTCTTACTCAAATGAATGCAGTCACACGGCGAATTGATCTCAGTTGCAAGTTGTTGGCACCTGTCGCTGTTGGTTTTATTATGAGTTATGTATCTGTGTTGGCATCTGCAATTGTTCTAGTACTTTGGAATATA
TTGTCTGTCGGAGTGGAATATTGGCTTCTATCTTCTGTATACTATGCTGTTCCTTCTTTGAACTTAAAGATAAGGAAAGACAAAAGCATTGAAGAAACATCTTCCAGTGAATCACATGATTTCCTAAACAATGATATGAGCACTGTCAGTGCTACTGAAGGAGATGCTTCAATCAAGAAGAAACATGAAACCACAAGTTG
GAGAAGAAAAATATTACAAAGTTTCTTGCGTACTCCTACTATAGAAGGATGGTTGGTATACATAAAGCAAGATGTAGCACTTGCAGGCTTTGCTTTGTCTCTGCTGTACTTCACAGTCTTAAGTTTTGGTACCCTGATGACAGCAGCCTTAGAATGGAAAGGTATCCCAACCTATGTGTTGGGCCTTGCTCGTGGAGTAA
GTGCTCTCATTGGCATATCTGCAACACTCTTGTACCCCATATTTCATTCTCATCTCCATTCACTTCGCACAGGACTTTGGTCCATTTGGATTCAGTGGTCCATTCTATTAATATGTGTCGCTTCAATTTGGGTTCATAATCAACAAGTGTCATCTTGGATGTTAATGGGAGGAGTGGCTGCATCTCGCTTGGGGTTATGG
ATGTTTGATCTTGCTGTGGTGCAACAAATGCAGGATTCTATTCCTGAATCAGATCGTGGTGTTGTGGGAGGTGTTCAAAATTCTCTTCAATCATGCATGGACTTGCTCAGTTATGTCATGGGAATTATTGTCTCAAACCCTAAGGATTTTGGAGTGTTAATAATGGTCTCTTTCCTACCAGTTACATGTGCAGCGCTTGT
CTATAGTGTTCACACATATCGAATCAGAAGACACCTTTTTCACTTTGATCAAATTTTTTTCAAGTTGAGTGCAAAATTTTCTGTAGTTTAACCTGCACGGGGAAGTTGTGGCAAGGCAGAAAATGTCTCTCTTTTACCTGAATTTATGTGGTTTTTATAATATTCTTCTTAATCTATTAAACCTGTCTAATTATATGTAT
ATATTCTGTATAGAAGTAGAAAATATGACTATAAGATGTTGGTGATCATGTTTTTGCTTTTTATGCACCCTCATGTATTGACACAGATTCAAAACCAAGCCATGGCACATCCATTTGTCGTGTGTTATAAATCTGGCAAATCAATGTTATTTCTTTTATTATTGTAAGCGATTCTGTATATTTTCTTTAAAAAATGGATG
AGGCTTGATCAATGTATACACCAATCAGTTTATCCAAGCATCATAAATTCACAAAATTTTCATGCCTTAACATTCTCAAAGAAACTAAAAAGGCCAAAATTTTCGTCTATTAAAGATTGTGACCAGAATTTACTAAGTATTATCGTAC
Intron 3 GTATATATGA ... TCTGTGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 66.67 | 2 | 4 | 4 |
| A2 | 57.89 | 16 | 8 | 22 |
| A3 | 60 | 16 | 1 | 24 |
| A4 | 45.24 | 23 | 1 | 19 |
| A5 | 50 | 2 | 0 | 2 |
| A6 | 47.89 | 37 | 7 | 34 |
| A7 | 52.94 | 24 | 6 | 27 |
| A8 | 44.83 | 16 | 1 | 13 |
| A9 | 54.93 | 32 | 11 | 39 |
| A10 | 48.19 | 43 | 2 | 40 |
>TRINITY_DN47469_c4_g1_i6 from sample A7 / Example spliced isoformGTGTAAGGTTGACTGCTGGCTTTCTTCTAACCCCGGAACCTTTCTTTATATCACTATACTGTAATCGCATATATGCCAGGGGCTCTGGATCAGTGTACTATAAATAGAGTGATTTGGAGTTTTTATCTTCCTCAATGGAGAAGGAGGGCTTAAGGGAACATCTTATCTCTCATGTGGATCGACTTGAAAATCATAATGTG
GAAGGAGCTGAAAATGTTGATGACGCATATTCACATTTAGATGCGAACGGATCAAGCAATTTGGTTACTGATGTTGAGTCGCTCAAGGGTTCAGAGGTCCCTGCTTCTATATTAAGATTTCTTTACGCGGGTCATTTTTTAGCGAGATGGGGAACCAGAAAGTGGGAATTCTCAGTAGGGTTGTTCATGCTATATATATG
GCCGGATTCCCTGCTGTTTACTGCATTGTATGGTGTTGTGGAGGCTGCATCTGTTGCAATTTTTGGTCCCACGATTGGAGATTGGATTGATAGAACGCGATATATCAAGGTAGTGCAAACATGGCTGGGACTACAGAATTTGTCCTTTGTTGTAGCTGGAGGGGCAGTATCAGTATTGCTGAGTTACCCTAAGTCAACTA
TTGGAATGCCAACTTTTATTGCCCTTCTGATTGTTGTAAATGTATCCGGAGCCATTGGTGCTCTAGCAAGCCTTGCAGGTGTTATCTTGATAGAGAGAGATTGGGTGGTTGTGATATCTGAAAATCAGTCACCTGGTCTTCTTACTCAAATGAATGCAGTCACACGGCGAATTGATCTCAGTTGCAAGTTGTTGGCACCT
GTCGCTGTTGGTTTTATTATGAGTTATGTATCTGTGTTGGCATCTGCAATTGTTCTAGTACTTTGGAATATATTGTCTGTCGGAGTGGAATATTGGCTTCTATCTTCTGTATACTATGCTGTTCCTTCTTTGAACTTAAAGATAAGGAAAGACAAAAGCATTGAAGAAACATCTTCCAGTGAATCACATGATTTCCTAAA
CAATGATATGAGCACTGTCAGTGCTACTGAAGGAGATGCTTCAATCAAGAAGAAACATGAAACCACAAGTTGGAGAAGAAAAA
>TRINITY_DN47469_c4_g1_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:GTGTAAGGTTGACTGCTGGCTTTCTTCTAACCCCGGAACCTTTCTTTATATCACTATACTGTAATCGCATATATGCCAGGGGCTCTGGATCAGTGTACTATgtatatatgatcatagattgtaacatttctagctgcagactgtcatactatagcgtttttttttttcaaacacgagtgcagttatggggtgcatgcatg
tttgttgaactgataagattgattaatatttgggcgttaatgattcataaatgaattgacctcaaaaaccatttttaatgatttgcacattcaacccatttcactgaaaattgaagtgggttgctctatttttaccgatgcaggataggcagcattcggtactgagattatctatgttttctgtggcagAAATAGAGTGA
TTTGGAGTTTTTATCTTCCTCAATGGAGAAGGAGGGCTTAAGGGAACATCTTATCTCTCATGTGGATCGACTTGAAAATCATAATGTGGAAGGAGCTGAAAATGTTGATGACGCATATTCACATTTAGATGCGAACGGATCAAGCAATTTGGTTACTGATGTTGAGTCGCTCAAGGGTTCAGAGGTCCCTGCTTCTATAT
TAAGATTTCTTTACGCGGGTCATTTTTTAGCGAGATGGGGAACCAGAAAGTGGGAATTCTCAGTAGGGTTGTTCATGCTATATATATGGCCGGATTCCCTGCTGTTTACTGCATTGTATGGTGTTGTGGAGGCTGCATCTGTTGCAATTTTTGGTCCCACGATTGGAGATTGGATTGATAGAACGCGATATATCAAGGTA
GTGCAAACATGGCTGGGACTACAGAATTTGTCCTTTGTTGTAGCTGGAGGGGCAGTATCAGTATTGCTGAGTTACCCTAAGTCAACTATTGGAATGCCAACTTTTATTGCCCTTCTGATTGTTGTAAATGTATCCGGAGCCATTGGTGCTCTAGCAAGCCTTGCAGGTGTTATCTTGATAGAGAGAGATTGGGTGGTTGT
GATATCTGAAAATCAGTCACCTGGTCTTCTTACTCAAATGAATGCAGTCACACGGCGAATTGATCTCAGTTGCAAGTTGTTGGCACCTGTCGCTGTTGGTTTTATTATGAGTTATGTATCTGTGTTGGCATCTGCAATTGTTCTAGTACTTTGGAATATATTGTCTGTCGGAGTGGAATATTGGCTTCTATCTTCTGTAT
ACTATGCTGTTCCTTCTTTGAACTTAAAGATAAGGAAAGACAAAAGCATTGAAGAAACATCTTCCAGTGAATCACATGATTTCCTAAACAATGATATGAGCACTGTCAGTGCTACTGAAGGAGATGCTTCAATCAAGAAGAAACATGAAACCACAAGTTGGAGAAGAAAAATATTACAAAGTTTCTTGCGTACTCCTACT
ATAGAAGGATGGTTGGTATACATAAAGCAAGATGTAGCACTTGCAGGCTTTGCTTTGTCTCTGCTGTACTTCACAGTCTTAAGTTTTGGTACCCTGATGACAGCAGCCTTAGAATGGAAAGGTATCCCAACCTATGTGTTGGGCCTTGCTCGTGGAGTAAGTGCTCTCATTGGCATATCTGCAACACTCTTGTACCCCAT
ATTTCATTCTCATCTCCATTCACTTCGCACAGGACTTTGGTCCATTTGGATTCAGTGGTCCATTCTATTAATATGTGTCGCTTCAATTTGGGTTCATAATCAACAAGTGTCATCTTGGATGTTAATGGGAGGAGTGGCTGCATCTCGCTTGGGGTTATGGATGTTTGATCTTGCTGTGGTGCAACAAATGCAGGATTTTG
GAGTGTTAATAATGGTCTCTTTCCTACCAGTTACATGTGCAGCGCTTGTCTATAGTGTTCACACATATCGAATCAGAAGACACCTTTTTCACTTTGATCAAATTTTTTTCAAGTTGAGTGCAAAATTTTCTGTAGTTTAACCTGCACGGGGAAGTTGTGGCAAGGCAGAAAATGTCTCTCTTTTACCTGAATTTATGTGG
TTTTTATAATATTCTTCTTAATCTATTAAACCTGTCTAATTATATGTATATATTCTGTATAGAAGTAGAAAATATGACTATAAGATGTTGGTGATCATGTTTTTGCTTTTTATGCACCCTCATGTATTGACACAGATTCAAAACCAAGCCATGGCACATCCATTTGTCGTGTGTTATAAATCTGGCAAATCAATGTTATT
TCTTTTATTATTGTAAGCGATTCTGTATATTTTCTTTAAAAAATGGATGAGGCTTGATCAATGTATACACCAATCAGTTTATCCAAGCATCATAAATTCACAAAATTTTCATGCCTTAACATTCTCAAAGAAACTAAAAAGGCCAAAATTTTCGTCTATTAAAGATTGTGACCAGAATTTTCTAAGTATTAT
Intron 4 GTATATATGA ... TCTGTGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 66.67 | 2 | 4 | 4 |
| A2 | 57.89 | 16 | 8 | 22 |
| A3 | 60 | 16 | 1 | 24 |
| A4 | 45.24 | 23 | 1 | 19 |
| A5 | 50 | 2 | 0 | 2 |
| A6 | 47.45 | 37.7 | 7 | 34 |
| A7 | 52.94 | 24 | 6 | 27 |
| A8 | 44.83 | 16 | 1 | 13 |
| A9 | 54.93 | 32 | 11 | 39 |
| A10 | 48.19 | 43 | 2 | 40 |
>TRINITY_DN40137_c0_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoformAGGGGAAGCACGGAGAGGAGGATATGCATTGAATATATATAGTGTAAGGTTGACTGCTGGCTTTCTTCTAACCTCGGAACCTTTCTTTATATCACTATACTGTAATCGCATATATGCCAGGGGCTCTGGATCAGTGTACTATAAATAGAGTGATTTGGAGTTTTTATCTTCCTCAATGGAGAAGGAGGGCTTAAGGGAAC
ATCTTATCTCTCATGTGGATCGACTTGAAAATCATAATGTGGAAGGAGCTGAAAATGTTGATGACGCATATTCACATTTAGATGCGAACGGATCAAGCAATTTGGTTACTGATGTTGAGTCGCTCAAGGGTTCAGAGGTCCCTGCTTCTATATTAAGATTTCTTTACGCGGGTCATTTTTTAGCGAGATGGGGAACCAGA
AAGTGGGAATTCTCAGTAGGGTTGTTCATGCTATATATATGGCCGGATTCCCTGCTGTTTACTGCATTGTATGGTGTTGTGGAGGCTGCATCTGTTGCAATTTTTGGTCCCACGATTGGAGATTGGATTGATAGAACGCGATATATCAAGGTAGTGCAAACATGGCTGGGACTACAGAATTTGTCCTTTGTTGTAGCTGG
AGGGGCAGTATCAGTATTGCTGAGTTACCCTAAGTCAACTATTGGAATGCCAACTTTTATTGCCCTTCTGATTGTTGTAAATGTATCCGGAGCCATTGGTGCTCTAGCAAGCCTTGCAGGTGTTATCTTGATAGAGAGAGATTGGGTGGTTGTGATATCTGAAAATCAGTCACCTGGTCTTCTTACTCAAATGAATGCAG
TCACACGGCGAATTGATCTCAGTTGCAAGTTGTTGGCACCTGTCGCTGTTGGTTTTATTATGAGTTATGTATCTGTGTTGGCATCTGCAATTGTTCTAGTACTTTGGAATATATTGTCTGTCGGAGTGGAATATTGGCTTCTATCTTCTGTATACTATGCTGTTCCTTCTTTGAACTTAAAGATAAGGAAAGACAAAAGC
ATTGAAGAAACATCTTCCAGTGAATCACATGATTTCCTAAACAATGATATGAGCACTGTCAGTGCTACTGAAGGAGATGCTTCAATCAAGAAGAAACATGAAACCACAAGTTGGAGAAGAAAAATATTACAAAGTTTCTTGCGTACTCCTACTATAGAAGGATGGTTGGTATACATAAAGCAAGATGTAGCACTTGCAGG
CTTTGCTTTGTCTCTGCTGTACTTCACAGTCTTAAGTTTTGGTACCCTGATGACAGCAGCCTTAGAATGGAAAGGTATCCCAACCTATGTGTTGGGCCTTGCTCGTGGAGTAAGTGCTCTCATTGGCATATCTGCAACACTCTTGTACCCCATATTTCATTCTCATCTCCATTCACTTCGCACAGGACTTTGGTCCATTT
GGATTCAGTGGTCCATTCTATTAATATGTGTCGCTTCAATTTGGGTTCATAATCAACAAGTGTCATCTTGGATGTTAATGGGAGGAGTGGCTGCATCTCGCTTGGGGTTATGGATGTTTGATCTTGCTGTGGTGCAACAAATGCAGGATTCTATTCCTGAATCAGATCGTGGTGTTGTGGGAGGTGTTCAAAATTCTCTT
CAATCATGCATGGACTTGCTCAGTTATGTCATGGGAATTATTGTCTCAAACCCTAAGGATTTTGGAGTGTTAATAATGGTCTCTTTCCTACCAGTTACATGTGCAGCGCTTGTCTATAGTGTTCACACATATCGAATCAGAAGACACCTTTTTCACTTTGATCAAATTTTTTTCAAGTTGAGTGCAAAATTTTCTGTAGT
TTAACCTGCACGGGGAAGTTGTGGCAAGGCAGAAAATGTCTCTCTTTTACCTGAATTTATGTGGTTTTTATAATATTCTTCTTAATCTATTAAACCTGTCTAATTATATGTATATATTCTGTATAGAAGTAGAAAATATGACTATAAGATGTTGGTGATCATGTTTTTGCTTTTTATGCACCCTCATGTATTGACACAGA
TTCAAAACCAAGCCATGGCACATCCATTTGTCGTGTGTTATAAATCTGGCAAATCAATGTTATTTCTTTTATTATTGTAAGCGATTCTGTATATTTTCTTTAAAAAATGGATGAGGCTTGATCAATGTATACACCAATCAGTTTATCCAAGCATCATAAATTCACAAAATTTTCATGCCTTAACATTCTCAAAGAAACTA
AAAAGGCCAAAATTTTCGTCTATTAAAGATTGTGACCAGAATTTACTAAGTATTATCGTAC
>TRINITY_DN40137_c0_g1_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:AGGGGAAGCACGGAGAGGAGGATATGCATTGAATATATATAGTGTAAGGTTGACTGCTGGCTTTCTTCTAACCTCGGAACCTTTCTTTATATCACTATACTGTAATCGCATATATGCCAGGGGCTCTGGATCAGTGTACTATgtatatatgatcatagattgtaacatttctagctgcagactgtcatactatagcgttt
tttttttcaaacacgagtgcagttatggggtgcatgcatgtttgttgaactgataagattgattaatatttgggcgttaatgattcataaatgaattgacctcaaaaaccatttttaatgatttgcacattcaacccatttcactgaaaattgaagtgggttgctctatttttaccgatgcaggataggcagcattcggt
actgagattatctatgttttctgtggcagAAATAGAGTGATTTGGAGTTTTTATCTTCCTCAATGGAGAAGGAGGGCTTAAGGGAACATCTTATCTCTCATGTGGATCGACTTGAAAATCATAATGTGGAAGGAGCTGAAAATGTTGATGACGCATATTCACATTTAGATGCGAACGGATCAAGCAATTTGGTTACTGAT
GTTGAGTCGCTCAAGGGTTCAGAGGTCCCTGCTTCTATATTAAGATTTCTTTACGCGGGTCATTTTTTAGCGAGATGGGGAACCAGAAAGTGGGAATTCTCAGTAGGGTTGTTCATGCTATATATATGGCCGGATTCCCTGCTGTTTACTGCATTGTATGGTGTTGTGGAGGCTGCATCTGTTGCAATTTTTGGTCCCAC
GATTGGAGATTGGATTGATAGAACGCGATATATCAAGGTAGTGCAAACATGGCTGGGACTACAGAATTTGTCCTTTGTTGTAGCTGGAGGGGCAGTATCAGTATTGCTGAGTTACCCTAAGTCAACTATTGGAATGCCAACTTTTATTGCCCTTCTGATTGTTGTAAATGTATCCGGAGCCATTGGTGCTCTAGCAAGCC
TTGCAGGTGTTATCTTGATAGAGAGAGATTGGGTGGTTGTGATATCTGAAAATCAGTCACCTGGTCTTCTTACTCAAATGAATGCAGTCACACGGCGAATTGATCTCAGTTGCAAGTTGTTGGCACCTGTCGCTGTTGGTTTTATTATGAGTTATGTATCTGTGTTGGCATCTGCAATTGTTCTAGTACTTTGGAATATA
TTGTCTGTCGGAGTGGAATATTGGCTTCTATCTTCTGTATACTATGCTGTTCCTTCTTTGAACTTAAAGATAAGGAAAGACAAAAGCATTGAAGAAACATCTTCCAGTGAATCACATGATTTCCTAAACAATGATATGAGCACTGTCAGTGCTACTGAAGGAGATGCTTCAATCAAGAAGAAACATGAAACCACAAGTTG
GAGAAGAAAAATATTACAAAGTTTCTTGCGTACTCCTACTATAGAAGGATGGTTGGTATACATAAAGCAAGATGTAGCACTTGCAGGCTTTGCTTTGTCTCTGCTGTACTTCACAGTCTTAAGTTTTGGTACCCTGATGACAGCAGCCTTAGAATGGAAAGGTATCCCAACCTATGTGTTGGGCCTTGCTCGTGGAGTAA
GTGCTCTCATTGGCATATCTGCAACACTCTTGTACCCCATATTTCATTCTCATCTCCATTCACTTCGCACAGGACTTTGGTCCATTTGGATTCAGTGGTCCATTCTATTAATATGTGTCGCTTCAATTTGGGTTCATAATCAACAAGTGTCATCTTGGATGTTAATGGGAGGAGTGGCTGCATCTCGCTTGGGGTTATGG
ATGTTTGATCTTGCTGTGGTGCAACAAATGCAGGATTCTATTCCTGAATCAGATCGTGGTGTTGTGGGAGGTGTTCAAAATTCTCTTCAATCATGCATGGACTTGCTCAGTTATGTCATGGGAATTATTGTCTCAAACCCTAAGGATTTTGGAGTGTTAATAATGGTCTCTTTCCTACCAGTTACATGTGCAGCGCTTGT
CTATAGTGTTCACACATATCGAATCAGAAGACACCTTTTTCACTTTGATCAAATTTTTTTCAAGTTGAGTGCAAAATTTTCTGTAGTTTAACCTGCACGGGGAAGTTGTGGCAAGGCAGAAAATGTCTCTCTTTTACCTGAATTTATGTGGTTTTTATAATATTCTTCTTAATCTATTAAACCTGTCTAATTATATGTAT
ATATTCTGTATAGAAGTAGAAAATATGACTATAAGATGTTGGTGATCATGTTTTTGCTTTTTATGCACCCTCATGTATTGACACAGATTCAAAACCAAGCCATGGCACATCCATTTGTCGTGTGTTATAAATCTGGCAAATCAATGTTATTTCTTTTATTATTGTAAGCGATTCTGTATATTTTCTTTAAAAAATGGATG
AGGCTTGATCAATGTATACACCAATCAGTTTATCCAAGCATCATAAATTCACAAAATTTTCATGCCTTAACATTCTCAAAGAAACTAAAAAGGCCAAAATTTTCGTCTATTAAAGATTGTGACCAGAATTTACTAAGTATTATCGTAC
Intron 5 GTAACATTTC ... TCTGTGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 66.67 | 2 | 6 | 4 |
| A2 | 55 | 18 | 8 | 22 |
| A3 | 60 | 16 | 2 | 24 |
| A4 | 45.24 | 23 | 2 | 19 |
| A5 | 50 | 2 | 0 | 2 |
| A6 | 47.89 | 37 | 6 | 34 |
| A7 | 51.92 | 25 | 7 | 27 |
| A8 | 44.83 | 16 | 1 | 13 |
| A9 | 54.17 | 33 | 11 | 39 |
| A10 | 51.95 | 37 | 2 | 40 |
>TRINITY_DN47469_c4_g1_i1 from sample A7 / Example spliced isoformGTGTAAGGTTGACTGCTGGCTTTCTTCTAACCCCGGAACCTTTCTTTATATCACTATACTGTAATCGCATATATGCCAGGGGCTCTGGATCAGTGTACTATGTATATATGATCATAGATTAAATAGAGTGATTTGGAGTTTTTATCTTCCTCAATGGAGAAGGAGGGCTTAAGGGAACATCTTATCTCTCATGTGGATCG
ACTTGAAAATCATAATGTGGAAGGAGCTGAAAATGTTGATGACGCATATTCACATTTAGATGCGAACGGATCAAGCAATTTGGTTACTGATGTTGAGTCGCTCAAGGGTTCAGAGGTCCCTGCTTCTATATTAAGATTTCTTTACGCGGGTCATTTTTTAGCGAGATGGGGAACCAGAAAGTGGGAATTCTCAGTAGGGT
TGTTCATGCTATATATATGGCCGGATTCCCTGCTGTTTACTGCATTGTATGGTGTTGTGGAGGCTGCATCTGTTGCAATTTTTGGTCCCACGATTGGAGATTGGATTGATAGAACGCGATATATCAAGGTAGTGCAAACATGGCTGGGACTACAGAATTTGTCCTTTGTTGTAGCTGGAGGGGCAGTATCAGTATTGCTG
AGTTACCCTAAGTCAACTATTGGAATGCCAACTTTTATTGCCCTTCTGATTGTTGTAAATGTATCCGGAGCCATTGGTGCTCTAGCAAGCCTTGCAGGTGTTATCTTGATAGAGAGAGATTGGGTGGTTGTGATATCTGAAAATCAGTCACCTGGTCTTCTTACTCAAATGAATGCAGTCACACGGCGAATTGATCTCAG
TTGCAAGTTGTTGGCACCTGTCGCTGTTGGTTTTATTATGAGTTATGTATCTGTGTTGGCATCTGCAATTGTTCTAGTACTTTGGAATATATTGTCTGTCGGAGTGGAATATTGGCTTCTATCTTCTGTATACTATGCTGTTCCTTCTTTGAACTTAAAGATAAGGAAAGACAAAAGCATTGAAGAAACATCTTCCAGTG
AATCACATGATTTCCTAAACAATGATATGAGCACTGTCAGTGCTACTGAAGGAGATGCTTCAATCAAGAAGAAACATGAAACCACAAGTTGGAGAAGAAAAATATTACAAAGTTTCTTGCGTACTCCTACTATAGAAGGATGGTTGGTATACATAAAGCAAGATGTAGCACTTGCAGGCTTTGCTTTGTCTCTGCTGTAC
TTCACAGTCTTAAGTTTTGGTACCCTGATGACAGCAGCCTTAGAATGGAAAGGTATCCCAACCTATGTGTTGGGCCTTGCTCGTGGAGTAAGTGCTCTCATTGGCATATCTGCAACACTCTTGTACCCCATATTTCATTCTCATCTCCATTCACTTCGCACAGGACTTTGGTCCATTTGGATTCAGTGGTCCATTCTATT
AATATGTGTCGCTTCAATTTGGGTTCATAATCAACAAGTGTCATCTTGGATGTTAATGGGAGGAGTGGCTGCATCTCGCTTGGGGTTATGGATGTTTGATCTTGCTGTGGTGCAACAAATGCAGGATTTTGGAGTGTTAATAATGGTCTCTTTCCTACCAGTTACATGTGCAGCGCTTGTCTATAGTGTTCACACATATC
GAATCAGAAGACACCTTTTTCACTTTGATCAAATTTTTTTCAAGTTGAGTGCAAAATTTTCTGTAGTTTAACCTGCACGGGGAAGTTGTGGCAAGGCAGAAAATGTCTCTCTTTTACCTGAATTTATGTGGTTTTTATAATATTCTTCTTAATCTATTAAACCTGTCTAATTATATGTATATATTCTGTATAGAAGTAGA
AAATATGACTATAAGATGTTGGTGATCATGTTTTTGCTTTTTATGCACCCTCATGTATTGACACAGATTCAAAACCAAGCCATGGCACATCCATTTGTCGTGTGTTATAAATCTGGCAAATCAATGTTATTTCTTTTATTATTGTAAGCGATTCTGTATATTTTCTTTAAAAAATGGATGAGGCTTGATCAATGTATACA
CCAATCAGTTTATCCAAGCATCATAAATTCACAAAATTTTCATGCCTTAACATTCTCAAAGAAACTAAAAAGGCCAAAATTTTCGTCTATTAAAGATTGTGACCAGAATTTTCTAAGTATTAT
>TRINITY_DN47469_c4_g1_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:GTGTAAGGTTGACTGCTGGCTTTCTTCTAACCCCGGAACCTTTCTTTATATCACTATACTGTAATCGCATATATGCCAGGGGCTCTGGATCAGTGTACTATGTATATATGATCATAGATTgtaacatttctagctgcagactgtcatactatagcgtttttttttttcaaacacgagtgcagttatggggtgcatgcatg
tttgttgaactgataagattgattaatatttgggcgttaatgattcataaatgaattgacctcaaaaaccatttttaatgatttgcacattcaacccatttcactgaaaattgaagtgggttgctctatttttaccgatgcaggataggcagcattcggtactgagattatctatgttttctgtggcagAAATAGAGTGA
TTTGGAGTTTTTATCTTCCTCAATGGAGAAGGAGGGCTTAAGGGAACATCTTATCTCTCATGTGGATCGACTTGAAAATCATAATGTGGAAGGAGCTGAAAATGTTGATGACGCATATTCACATTTAGATGCGAACGGATCAAGCAATTTGGTTACTGATGTTGAGTCGCTCAAGGGTTCAGAGGTCCCTGCTTCTATAT
TAAGATTTCTTTACGCGGGTCATTTTTTAGCGAGATGGGGAACCAGAAAGTGGGAATTCTCAGTAGGGTTGTTCATGCTATATATATGGCCGGATTCCCTGCTGTTTACTGCATTGTATGGTGTTGTGGAGGCTGCATCTGTTGCAATTTTTGGTCCCACGATTGGAGATTGGATTGATAGAACGCGATATATCAAGGTA
GTGCAAACATGGCTGGGACTACAGAATTTGTCCTTTGTTGTAGCTGGAGGGGCAGTATCAGTATTGCTGAGTTACCCTAAGTCAACTATTGGAATGCCAACTTTTATTGCCCTTCTGATTGTTGTAAATGTATCCGGAGCCATTGGTGCTCTAGCAAGCCTTGCAGGTGTTATCTTGATAGAGAGAGATTGGGTGGTTGT
GATATCTGAAAATCAGTCACCTGGTCTTCTTACTCAAATGAATGCAGTCACACGGCGAATTGATCTCAGTTGCAAGTTGTTGGCACCTGTCGCTGTTGGTTTTATTATGAGTTATGTATCTGTGTTGGCATCTGCAATTGTTCTAGTACTTTGGAATATATTGTCTGTCGGAGTGGAATATTGGCTTCTATCTTCTGTAT
ACTATGCTGTTCCTTCTTTGAACTTAAAGATAAGGAAAGACAAAAGCATTGAAGAAACATCTTCCAGTGAATCACATGATTTCCTAAACAATGATATGAGCACTGTCAGTGCTACTGAAGGAGATGCTTCAATCAAGAAGAAACATGAAACCACAAGTTGGAGAAGAAAAATATTACAAAGTTTCTTGCGTACTCCTACT
ATAGAAGGATGGTTGGTATACATAAAGCAAGATGTAGCACTTGCAGGCTTTGCTTTGTCTCTGCTGTACTTCACAGTCTTAAGTTTTGGTACCCTGATGACAGCAGCCTTAGAATGGAAAGGTATCCCAACCTATGTGTTGGGCCTTGCTCGTGGAGTAAGTGCTCTCATTGGCATATCTGCAACACTCTTGTACCCCAT
ATTTCATTCTCATCTCCATTCACTTCGCACAGGACTTTGGTCCATTTGGATTCAGTGGTCCATTCTATTAATATGTGTCGCTTCAATTTGGGTTCATAATCAACAAGTGTCATCTTGGATGTTAATGGGAGGAGTGGCTGCATCTCGCTTGGGGTTATGGATGTTTGATCTTGCTGTGGTGCAACAAATGCAGGATTTTG
GAGTGTTAATAATGGTCTCTTTCCTACCAGTTACATGTGCAGCGCTTGTCTATAGTGTTCACACATATCGAATCAGAAGACACCTTTTTCACTTTGATCAAATTTTTTTCAAGTTGAGTGCAAAATTTTCTGTAGTTTAACCTGCACGGGGAAGTTGTGGCAAGGCAGAAAATGTCTCTCTTTTACCTGAATTTATGTGG
TTTTTATAATATTCTTCTTAATCTATTAAACCTGTCTAATTATATGTATATATTCTGTATAGAAGTAGAAAATATGACTATAAGATGTTGGTGATCATGTTTTTGCTTTTTATGCACCCTCATGTATTGACACAGATTCAAAACCAAGCCATGGCACATCCATTTGTCGTGTGTTATAAATCTGGCAAATCAATGTTATT
TCTTTTATTATTGTAAGCGATTCTGTATATTTTCTTTAAAAAATGGATGAGGCTTGATCAATGTATACACCAATCAGTTTATCCAAGCATCATAAATTCACAAAATTTTCATGCCTTAACATTCTCAAAGAAACTAAAAAGGCCAAAATTTTCGTCTATTAAAGATTGTGACCAGAATTTTCTAAGTATTAT
Intron 6 GTTGACTGCT ... TCTGTGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 44.44 | 5 | 0 | 4 |
| A2 | 57.89 | 16 | 0 | 22 |
| A3 | 60 | 16 | 1 | 24 |
| A4 | 61.29 | 12 | 0 | 19 |
| A5 | 40 | 3 | 0 | 2 |
| A6 | 56.67 | 26 | 4 | 34 |
| A7 | 51.92 | 25 | 2 | 27 |
| A8 | 54.17 | 11 | 1 | 13 |
| A9 | 66.1 | 20 | 1 | 39 |
| A10 | 51.95 | 37 | 0 | 40 |
>TRINITY_DN40137_c0_g1_i7 from sample A6 / Example spliced isoformAGGGGAAGCACGGAGAGGAGGATATGCATTGAATATATATAGTGTAAGAAATAGAGTGATTTGGAGTTTTTATCTTCCTCAATGGAGAAGGAGGGCTTAAGGGAACATCTTATCTCTCATGTGGATCGACTTGAAAATCATAATGTGGAAGGAGCTGAAAATGTTGATGACGCATATTCACATTTAGATGCGAACGGATC
AAGCAATTTGGTTACTGATGTTGAGTCGCTCAAGGGTTCAGAGGTCCCTGCTTCTATATTAAGATTTCTTTACGCGGGTCATTTTTTAGCGAGATGGGGAACCAGAAAGTGGGAATTCTCAGTAGGGTTGTTCATGCTATATATATGGCCGGATTCCCTGCTGTTTACTGCATTGTATGGTGTTGTGGAGGCTGCATCTG
TTGCAATTTTTGGTCCCACGATTGGAGATTGGATTGATAGAACGCGATATATCAAGGTAGTGCAAACATGGCTGGGACTACAGAATTTGTCCTTTGTTGTAGCTGGAGGGGCAGTATCAGTATTGCTGAGTTACCCTAAGTCAACTATTGGAATGCCAACTTTTATTGCCCTTCTGATTGTTGTAAATGTATCCGGAGCC
ATTGGTGCTCTAGCAAGCCTTGCAGGTGTTATCTTGATAGAGAGAGATTGGGTGGTTGTGATATCTGAAAATCAGTCACCTGGTCTTCTTACTCAAATGAATGCAGTCACACGGCGAATTGATCTCAGTTGCAAGTTGTTGGCACCTGTCGCTGTTGGTTTTATTATGAGTTATGTATCTGTGTTGGCATCTGCAATTGT
TCTAGTACTTTGGAATATATTGTCTGTCGGAGTGGAATATTGGCTTCTATCTTCTGTATACTATGCTGTTCCTTCTTTGAACTTAAAGATAAGGAAAGACAAAAGCATTGAAGAAACATCTTCCAGTGAATCACATGATTTCCTAAACAATGATATGAGCACTGTCAGTGCTACTGAAGGAGATGCTTCAATCAAGAAGA
AACATGAAACCACAAGTTGGAGAAGAAAAATATTACAAAGTTTCTTGCGTACTCCTACTATAGAAGGATGGTTGGTATACATAAAGCAAGATGTAGCACTTGCAGGCTTTGCTTTGTCTCTGCTGTACTTCACAGTCTTAAGTTTTGGTACCCTGATGACAGCAGCCTTAGAATGGAAAGGTATCCCAACCTATGTGTTG
GGCCTTGCTCGTGGAGTAAGTGCTCTCATTGGCATATCTGCAACACTCTTGTACCCCATATTTCATTCTCATCTCCATTCACTTCGCACAGGACTTTGGTCCATTTGGATTCAGTGGTCCATTCTATTAATATGTGTCGCTTCAATTTGGGTTCATAATCAACAAGTGTCATCTTGGATGTTAATGGGAGGAGTGGCTGC
ATCTCGCTTGGGGTTATGGATGTTTGATCTTGCTGTGGTGCAACAAATGCAGGATTCTATTCCTGAATCAGATCGTGGTGTTGTGGGAGGTGTTCAAAATTCTCTTCAATCATGCATGGACTTGCTCAGTTATGTCATGGGAATTATTGTCTCAAACCCTAAGGATTTTGGAGTGTTAATAATGGTCTCTTTCCTACCAG
TTACATGTGCAGCGCTTGTCTATAGTGTTCACACATATCGAATCAGAAGACACCTTTTTCACTTTGATCAAATTTTTTTCAAGTTGAGTGCAAAATTTTCTGTAGTTTAACCTGCACGGGGAAGTTGTGGCAAGGCAGAAAATGTCTCTCTTTTACCTGAATTTATGTGGTTTTTATAATATTCTTCTTAATCTATTAAA
CCTGTCTAATTATATGTATATATTCTGTATAGAAGTAGAAAATATGACTATAAGATGTTGGTGATCATGTTTTTGCTTTTTATGCACCCTCATGTATTGACACAGATTCAAAACCAAGCCATGGCACATCCATTTGTCGTGTGTTATAAATCTGGCAAATCAATGTTATTTCTTTTATTATTGTAAGCGATTCTGTATAT
TTTCTTTAAAAAATGGATGAGGCTTGATCAATGTATACACCAATCAGTTTATCCAAGCATCATAAATTCACAAAATTTTCATGCCTTAACATTCTCAAAGAAACTAAAAAGGCCAAAATTTTCGTCTATTAAAGATTGTGACCAGAATTTACTAAGTATTATCGTAC
>TRINITY_DN40137_c0_g1_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:AGGGGAAGCACGGAGAGGAGGATATGCATTGAATATATATAGTGTAAGgttgactgctggctttcttctaacctcggaacctttctttatatcactatactgtaatcgcatatatgccaggggctctggatcagtgtactatgtatatatgatcatagattgtaacatttctagctgcagactgtcatactatagcgttt
tttttttcaaacacgagtgcagttatggggtgcatgcatgtttgttgaactgataagattgattaatatttgggcgttaatgattcataaatgaattgacctcaaaaaccatttttaatgatttgcacattcaacccatttcactgaaaattgaagtgggttgctctatttttaccgatgcaggataggcagcattcggt
actgagattatctatgttttctgtggcagAAATAGAGTGATTTGGAGTTTTTATCTTCCTCAATGGAGAAGGAGGGCTTAAGGGAACATCTTATCTCTCATGTGGATCGACTTGAAAATCATAATGTGGAAGGAGCTGAAAATGTTGATGACGCATATTCACATTTAGATGCGAACGGATCAAGCAATTTGGTTACTGAT
GTTGAGTCGCTCAAGGGTTCAGAGGTCCCTGCTTCTATATTAAGATTTCTTTACGCGGGTCATTTTTTAGCGAGATGGGGAACCAGAAAGTGGGAATTCTCAGTAGGGTTGTTCATGCTATATATATGGCCGGATTCCCTGCTGTTTACTGCATTGTATGGTGTTGTGGAGGCTGCATCTGTTGCAATTTTTGGTCCCAC
GATTGGAGATTGGATTGATAGAACGCGATATATCAAGGTAGTGCAAACATGGCTGGGACTACAGAATTTGTCCTTTGTTGTAGCTGGAGGGGCAGTATCAGTATTGCTGAGTTACCCTAAGTCAACTATTGGAATGCCAACTTTTATTGCCCTTCTGATTGTTGTAAATGTATCCGGAGCCATTGGTGCTCTAGCAAGCC
TTGCAGGTGTTATCTTGATAGAGAGAGATTGGGTGGTTGTGATATCTGAAAATCAGTCACCTGGTCTTCTTACTCAAATGAATGCAGTCACACGGCGAATTGATCTCAGTTGCAAGTTGTTGGCACCTGTCGCTGTTGGTTTTATTATGAGTTATGTATCTGTGTTGGCATCTGCAATTGTTCTAGTACTTTGGAATATA
TTGTCTGTCGGAGTGGAATATTGGCTTCTATCTTCTGTATACTATGCTGTTCCTTCTTTGAACTTAAAGATAAGGAAAGACAAAAGCATTGAAGAAACATCTTCCAGTGAATCACATGATTTCCTAAACAATGATATGAGCACTGTCAGTGCTACTGAAGGAGATGCTTCAATCAAGAAGAAACATGAAACCACAAGTTG
GAGAAGAAAAATATTACAAAGTTTCTTGCGTACTCCTACTATAGAAGGATGGTTGGTATACATAAAGCAAGATGTAGCACTTGCAGGCTTTGCTTTGTCTCTGCTGTACTTCACAGTCTTAAGTTTTGGTACCCTGATGACAGCAGCCTTAGAATGGAAAGGTATCCCAACCTATGTGTTGGGCCTTGCTCGTGGAGTAA
GTGCTCTCATTGGCATATCTGCAACACTCTTGTACCCCATATTTCATTCTCATCTCCATTCACTTCGCACAGGACTTTGGTCCATTTGGATTCAGTGGTCCATTCTATTAATATGTGTCGCTTCAATTTGGGTTCATAATCAACAAGTGTCATCTTGGATGTTAATGGGAGGAGTGGCTGCATCTCGCTTGGGGTTATGG
ATGTTTGATCTTGCTGTGGTGCAACAAATGCAGGATTCTATTCCTGAATCAGATCGTGGTGTTGTGGGAGGTGTTCAAAATTCTCTTCAATCATGCATGGACTTGCTCAGTTATGTCATGGGAATTATTGTCTCAAACCCTAAGGATTTTGGAGTGTTAATAATGGTCTCTTTCCTACCAGTTACATGTGCAGCGCTTGT
CTATAGTGTTCACACATATCGAATCAGAAGACACCTTTTTCACTTTGATCAAATTTTTTTCAAGTTGAGTGCAAAATTTTCTGTAGTTTAACCTGCACGGGGAAGTTGTGGCAAGGCAGAAAATGTCTCTCTTTTACCTGAATTTATGTGGTTTTTATAATATTCTTCTTAATCTATTAAACCTGTCTAATTATATGTAT
ATATTCTGTATAGAAGTAGAAAATATGACTATAAGATGTTGGTGATCATGTTTTTGCTTTTTATGCACCCTCATGTATTGACACAGATTCAAAACCAAGCCATGGCACATCCATTTGTCGTGTGTTATAAATCTGGCAAATCAATGTTATTTCTTTTATTATTGTAAGCGATTCTGTATATTTTCTTTAAAAAATGGATG
AGGCTTGATCAATGTATACACCAATCAGTTTATCCAAGCATCATAAATTCACAAAATTTTCATGCCTTAACATTCTCAAAGAAACTAAAAAGGCCAAAATTTTCGTCTATTAAAGATTGTGACCAGAATTTACTAAGTATTATCGTAC