sp|Q7PC79|XPOT_ARATH ----> Exportin-T
Intron 1 GTGTGTAAAC ... GTCTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 39.29 | 17 | 11 | 2.4 |
| A2 | 25 | 3 | 1 | 1 |
| A3 | 25 | 3 | 1 | 2 |
| A4 | 37.5 | 5 | 3 | 0.8 |
| A5 | 50 | 4 | 4 | 0 |
| A6 | 44.83 | 16 | 13 | 4.2 |
| A7 | 38.1 | 13 | 8 | 5.2 |
| A8 | 42.11 | 22 | 16 | 0 |
| A9 | 47.37 | 10 | 9 | 1 |
| A10 | 33.33 | 8 | 4 | 0.4 |
>TRINITY_DN122128_c1_g1_i9 from sample A1 / Example spliced isoformGTACTAGCCTTGGGATGAGGCTTATGGTATGTACATAGGAATGCACTGAGATGGGATGGACATGTTAGTGATACATAAATTGTTGTTTAATATATTCTTTTCCTTAATATGTTTTGTTAAGGTTGTCATTATGTATAGATTAGAATTTATTTCTGCATTTATCTGCATATGTAAATTGTGTTCTGTTTTTGAAGTTTAGT
TTATTTGGGGAAAATCTGGTGGAGATTTAATTTTATGTACAGGAAATACGAGAGTTGCAAGAGTTGCAGAAGACTTTCTTTAATTTTCTGCATGCGACAACATCATATGAATTATCTGCAGTTTTTCTCGTCCCAAACAACTCTAGATATCTGGAAGAAATAATCCAGTTGCTTATATGTGCTGCTTGCAGTCACAAGGA
CATTCTTGTTAGGAAGTCCTGTGTACAGGTATTCATTAAGCTTATAAAAAATTGGTGCACCAGGCCTAATGAAGATGAGAAGGTACCTGGTTTTCGAAGCTTTATCATTGAAAATTTTGCAGCAAGGTGTTGCTTCTATAGTGTTCTTGACAACACATTTGAACTTCGGGATGCACACACTTACGCTCTATTTGGTGAAA
TTGTTGTTGCTCAAAAGGTGATCTATGAAAAATGTGGGGATGATTTCCTCTTGTATCTTGCAATGAACATATTTCCATCAATTCAGTGCCCCAAGGATCTTGCTGAGAAGTACTGCTTGGAGCTGAAGGTTTGTGATGTTAAAGATCTCAAATCTATTTACAAGTCTCTCGTTGAAAGGCTGAGAATGCAGCAGAATGGA
AACATGGCCTTCAGATAGCAGTCGTGTTGAAAGAGTGGCTAATGTTGAATACTGACACGTGATCAGCTAATCCAATTTTTGAGACCAGAGGGATTGGGCTTTCTATTCTCTTCACTATGAATATTTACTTTTCTGATCAATATATGCCTGGAGGTTCTGATCTGCTGTGTTTAATCAAACTGCTCAAATATTTTGAGTCA
ATCACGACATTCATTCTTCTACCTGTAACAGAGCTGAAGAGACTAACAGAAATTGAAACTCTCTGGTTTCTGTTCTGAGAATTAGATGACCAACAGTAGGTAGTACACTTGCATCATGATCATTGGATAGCAGTTTCCAGGGATTGAGCTGAAGGTGTAGTTGTCAGGGATATCTATGGTCTGCACTGAGTTTTTGGAGT
TTCTTCCTGTTCCATTTCAATCAGATTCATGAGGCACAGTTCATTCTCATGAACAATCATATTGTGGCAGTAACTTATAGCAGCATCCCAAAGGACCTCTAATGCCTAATGAATTCAAGAGGGTTTGAATGGGAATCTTAGGTTGAGTTTTTGAAGTAAACAGGAGTGAAATCTGCCATGGGCATCACACATTAAGTGCT
GCTTCAGGCCAGTTTTGACTGAATATAGTTTTTAAGATTAGTTAATAAGTTGATAATGATGTTGGTGAGAAGCGAATCCGGCAATTTTCCATTAGGCCACTACAATGGATAGTGATTTATGCTATTTGCAGCACAACCCAAATAGACAATCG
>TRINITY_DN122128_c1_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTACTAGCCTTGGGATGAGGCTTATGGTATGTACATAGGAATGCACTGAGATGGGATGGACATGTTAGTGATACATAAATTGTTGTTTAATATATTCTTTTCCTTAATATGTTTTGTTAAGGTTGTCATTATGTATAGATTAGAATTTATTTCTGCATTTATCTGCATATGTAAATTGTGTTCTGTTTTTGAAGTTTAGT
TTATTTGGGGAAAATCTGGTGGAGATTTAATTTTATGTACAGGAAATACGAGAGTTGCAAGAGTTGCAGAAGACTTTCTTTAATTTTCTGCATGCGACAACATCATATGAATTATCTGCAGTTTTTCTCGTCCCAAACAACTCTAGATATCTGGAAGAAATAATCCAGTTGCTTATATGTGCTGCTTGCAGTCACAAGGA
CATTCTTGTTAGGAAGTCCTGTGTACAGGTATTCATTAAGCTTATAAAAAATTGGTGCACCAGGCCTAATGAAGATGAGAAGGTACCTGGTTTTCGAAGCTTTATCATTGAAAATTTTGCAGCAAGGTGTTGCTTCTATAGTGTTCTTGACAACACATTTGAACTTCGGGATGCACACACTTACGCTCTATTTGGTGAAA
TTGTTGTTGCTCAAAAGGTGATCTATGAAAAATGTGGGGATGATTTCCTCTTGTATCTTGCAATGAACATATTTCCATCAATTCAGTGCCCCAAGGATCTTGCTGAGAAGTACTGCTTGGAGCTGAAGGTTTGTGATGTTAAAGATCTCAAATCTATTTACAAGTCTCTCGTTGAAAGGCTGAGAATGCAGCAGAATGGA
AACATGGCCTTCAGATAGCAGTCGTGTTGAAAGAGTGGCTAATGTTGAATACTGACACGTGATCAGCTAATCCAATTTTTGAGACCAGAGGGATTGGGCTTTCTATTCTCTTCACTATGAATATTTACTTTTCTGATCAATATATGCCTGGAGGTTCTGATCTGCTGTGTTTAATCAAACTGCTCAAATATTTTGAGTCA
ATCACGACATTCATTCTTCTACCTGTAACAGAGCTGAAGAGACTAACAGAAATTGAAACTCTCTGGTTTCTGTTCTGAGAATTAGATGACCAACAGTAGgtgtgtaaaccaaaattgtatttgtcacttattccttgtacaaatgtctgaagcctttggtattaaatatgaaagtcaaatctttcttaaggtgaagttta
ctgtgcaaagtgtctttgcagGTAGTACACTTGCATCATGATCATTGGATAGCAGTTTCCAGGGATTGAGCTGAAGGTGTAGTTGTCAGGGATATCTATGGTCTGCACTGAGTTTTTGGAGTTTCTTCCTGTTCCATTTCAATCAGATTCATGAGGCACAGTTCATTCTCATGAACAATCATATTGTGGCAGTAACTTAT
AGCAGCATCCCAAAGGACCTCTAATGCCTAATGAATTCAAGAGGGTTTGAATGGGAATCTTAGGTTGAGTTTTTGAAGTAAACAGGAGTGAAATCTGCCATGGGCATCACACATTAAGTGCTGCTTCAGGCCAGTTTTGACTGAATATAGTTTTTAAGATTAGTTAATAAGTTGATAATGATGTTGGTGAGAAGCGAATC
CGGCAATTTTCCATTAGGCCACTACAATGGATAGTGATTTATGCTATTTGCAGCACAACCCAAATAGACAATCG
Intron 2 GTTTGGGTTC ... CAATTAAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 55.46 | 8 | 10 | 10 |
| A2 | 10.08 | 12 | 2 | 0.8 |
| A3 | 27.2 | 20 | 9 | 6 |
| A4 | 29.41 | 12 | 3 | 7 |
| A5 | 38.46 | 4 | 5 | 0 |
| A6 | 0 | 2 | 0 | 0 |
| A7 | 16.97 | 3 | 1 | 0.3 |
| A8 | 2.27 | 5 | 0 | 0.3 |
| A9 | 8.33 | 3 | 0 | 0.8 |
| A10 | 12.66 | 17 | 4 | 1 |
>TRINITY_DN122128_c1_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformAGCCCAAAACTTACAGTTTACAGACCAAACTGTAGGTTTGCCAGCAAAATCCTTGCCAAAGGGAAGTAAAGGTTTCAGTTCCAGCCTCCTTTATTTACAGAACTGAGAGTAAATCATATTTTTTGGTTATATTTCAGTTCATTGAAGCCAAAGGTAAATTTTTAGTGCCGTCTGTAGGTTTCTCATCGACACCCTTCGGA
AAGGAACGCAAAGGACTAACCAAACCTCTGCAGGCTCAATTACTAAAATCTGTTGAAATTTTGTGTACATAAATCGCGGTGCCTAGGGAGCAATCGCTTCTATAAACCATAGTAGGGGATAGCGATTAAGAACTCTGCTCCAGGAAGGATTCAAACCGGCTGAACATTTGAAGAAGTTGGTGATTCCTCGAGGCATAGGA
GGATATTGATCTCTTATTGGTTTTCTAGTGCGAGCTTGAATTTGGTATCCATGGATGATTTTGAGAGGGCAATAATCATCAGTTTCGATCAGACTGGCGGCGTTGATCCTCAGTTGAAAGCTCAAGCTGCAGCCTACTGCCAACAAGTAAAACAGTCATCTTCAATCTCACAGCTTTGTATTCAAAGATTCAGCTCCGGC
AATTATGCAGAAGTGCAGTTCTGGTGTCTGCAGACTTTGGAAGAAATTGTCAAGCTCCGTTATACTTCATTGGATCAGCAAGAACAGCTGTTTATCCAAAATTCTGTCATGTCCTTCGTATGTATGGAAGGAATTGAGAATGGGTTAAATCATCAGAGTTCGGGATTAGAGAGACCAGTTTTCGTGAGAAATAAGCTGGC
TCAAATTTTTGCCATTTTAATCTTTATCTTGTACCCAGCCCGGTGGCCATCGGTTTTCCTAGATTTGCTGTCTGCCGTCAGCAAAGGTCCCATGGTTGTAGATATGTTTTGCCGTATTTTTAATGCACTTGATGATGAGTTGATTAGTTTGGATTATCCCCGTAATTCTGAGGAAATTAGCATCGCAGGACGGATAAAAG
ATGCAATGAGAGAACAATGTGTGCCGCAGATTGTAAGAGTGTGGTATGATTTGGTGGTTTTCTACAAAGATTTGAGGCCAGAGTTAGCTGCGATGCTTTTAGACACAGTACGGAGGTATGTGACTTGGATTGATATCAGTCTGGTAGCTAATGATAGCTTTATACCTATATTGTTTGAGTTTATTTTGTCAGAGCAAAGA
TCTCCAGCGCTTAGAGGTTCTGCAGCCAATTGTATTTTAGCCATAGTATCAAAGCGGATGGATCCACAATCTAAGATTTCTCTTCTTAGACAGTTACAAGTAGGTCGGGTCTGTGGCCTGGTGCTTGGCAAAGAAGATTCTGAATTCACCTCGAAGCTTGGTGCTCTTGTTACCGGATTTGCAGAAGAGGTTTTAGAGTG
TGCTCGAAAATTTGATTCAAATGAAAATCCTAATGAAACACCTGCAGTGAAAGAGGTTATTACAGAAATGCTGGATGAAGTTATGCCCTCAGTATTTTATTTTATGCAGTATGGGACTGAGGATGGGGATTCTAACACGCAGCAATTTCTGTCAAATTATTTATCCAGAATGAAAGCCACTTCTCCATTGAATGATAAGC
AGATGGTTCACATTGGACAGATATTGCAAGTTATTCTAGCTCGAATTCACTATGATCCAATGTATCAGGATCCTCTAAACATACCTGACACAGTTGGCAAAGATGAGGAGGAAAAAATGGCTGAAGATCGCAAGGGTCTGTTTCAATTGTTTCGGAGTATTAGTCACGTGGCACCTGATGTAACTCAAAGTTTTGTTAAG
AACACATTGGCTGCTACCCTTCGAAGCTCTGAAACATCTTTTGAAGATATTGAGGCTTCTATTTCACTTTTTTATGCCCTTGGTGAAGGAGTGAGCGAGGAAACAATGAAAAATGATAATGGGCCTATCGGGGAGATAATTCAATTGCTTTTATCATCTCAAGTTCCTTTTCATTCACATCGAGTTGTCGCACTTGTATA
TTTGGAAACAATCACTCGTTATGTGCGCTTTGTTCAACAGCATGTCGAATATATTCCTTTGGTCCTGTCTGCATTTCTCGATCAGAGAGGTATTCACCATCCAAACCAAGATGTAAGCGGCCGAGCAAGCTATCTGTTCATGAGGATTGTGAAAGCATTAAGGGCACAGCTCGTACCATTCATAGATGAAATTTTGCAGA
GTCTGCAAGACACATTATCTCGTTTCACACAACTTGATGTGAACTCAAGCAAAGCAAATGCACAAGGTTTCGAAGATGGAAGTCACACATTTGAGGCTATTGGCTTGTTGATTGGAATGGAGGAGGTGTCAGTAGAAAAACAGTCTGAATATCTTTCAGCTTTATTGGTTCCACTCTGTCAACAGGTCAATGTCTTGCTT
GCTAATGCTTCAATGCAGGATCCAATAGAGTCTGCTGCAAAAGTGGCACGCCTACAACGTGTTATTTCAGCAATCAATTCTTTAAGCAAGGGGTTTGGTGAGCGCCTTACTACCACCAGCCGTCCTACAGTTGGAATTATGTTCAAGCAGACGCTGGATGTTTTATTGCAAGTGCTGTTGGCATATCCAAACAATAAGCT
TCTAAGGAGCAAGGTCATTTCATTTCTTCATCGAATGGTTGAAACTCTTGGAGCTGCTGTTTTTCCTTACCTTCCAAGAGCAATGGAACAACTACTTGTTGGAAGTGAGGTATGCATTGTTCGAATTATTGTGTTTTATTAATTTTACTATATGCTGTTTTATGATAACCAAAAATATAGATGTGAATGTTATATCCAGA
AATGCCTTGTGCATGAAAAGGTGAATTTCAAAAGAGTGAATAGTGACTGCATTATTAAATGCTATGATGGCATCAATATAATGGATATTGTTGTGTGAGAAAAACCAGATATATCCTCCAAAAAATGTTAGATATGACAAAGTTGAAATCCATAGTGGAACTGAATATTGTCACGGAAAGAAAACCTGATACACTCTAAA
CAGAGGTTGCATGTTACAATTTTGAATTTTGTAAAGGTTGACACATTGTTGTCTTCAGATACTTTTATTTAATATTTTTTTTGTAATTTAGCTACTTATATATTAATATGTACATTCAAAATACATCTAGTGTTATCTACATATCCTGTCCATGGAGCCAGCCTACAGCTTTCAATAAAATGTAATAACAATGTTAGAGT
ATATCTATCTCACGAGGAGAGCCACTTACTAGCTGTGAACTAGATGACAAAGACCTGGC
>TRINITY_DN122128_c1_g1_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:AGCCCAAAACTTACAGTTTACAGACCAAACTGTAGGTTTGCCAGCAAAATCCTTGCCAAAGGGAAGTAAAGGTTTCAGTTCCAGCCTCCTTTATTTACAGAACTGAGAGTAAATCATATTTTTTGGTTATATTTCAGTTCATTGAAGCCAAAGGTAAATTTTTAGTGCCGTCTGTAGGTTTCTCATCGACACCCTTCGGA
AAGGAACGCAAAGGACTAACCAAACCTCTGCAGGCTCAATTACTAAAATCTGTTGAAATTTTGTGTACATAAATCGCGGTGCCTAGGGAGCAATCGCTTCTATAAACCATAGTAGGGGATAGCGATTAAGAACTCTGCTCCAGGAAGGATTCAAACCGGCTGAACATTTGAAGAAGTTGGTGATTCCTCGAGGCATAGGA
GGATATTGATCTCTTATTGGTTTTCTAGTGCGAGCTTGAATTTGGTATCCATGGATGATTTTGAGAGGGCAATAATCATCAGTTTCGATCAGACTGGCGGCGTTGATCCTCAGTTGAAAGCTCAAGCTGCAGCCTACTGCCAACAAGTAAAACAGTCATCTTCAATCTCACAGCTTTGTATTCAAAGATTCAGCTCCGGC
AATTATGCAGAAGTGCAGTTCTGGTGTCTGCAGACTTTGGAAGAAATTGTCAAGCTCCGTTATACTTCATTGGATCAGCAAGAACAGCTGTTTATCCAAAATTCTGTCATGTCCTTCGTATGTATGGAAGGAATTGAGAATGGGTTAAATCATCAGAGTTCGGGATTAGAGAGACCAGTTTTCGTGAGAAATAAGCTGGC
TCAAATTTTTGCCATTTTAATCTTTATCTTGTACCCAGCCCGGTGGCCATCGGTTTTCCTAGATTTGCTGTCTGCCGTCAGCAAAGGTCCCATGGTTGTAGATATGTTTTGCCGTATTTTTAATGCACTTGATGATGAGTTGATTAGTTTGGATTATCCCCGTAATTCTGAGGAAATTAGCATCGCAGGACGGATAAAAG
ATGCAATGAGAGAACAATGTGTGCCGCAGATTGTAAGAGTGTGGTATGATTTGGTGGTTTTCTACAAAGATTTGAGGCCAGAGTTAGCTGCGATGCTTTTAGACACAGTACGGAGGTATGTGACTTGGATTGATATCAGTCTGGTAGCTAATGATAGCTTTATACCTATATTGTTTGAGTTTATTTTGTCAGAGCAAAGA
TCTCCAGCGCTTAGAGGTTCTGCAGCCAATTGTATTTTAGCCATAGTATCAAAGCGGATGGATCCACAATCTAAGATTTCTCTTCTTAGACAGTTACAAGTAGGTCGGGTCTGTGGCCTGGTGCTTGGCAAAGAAGATTCTGAATTCACCTCGAAGCTTGGTGCTCTTGTTACCGGATTTGCAGAAGAGGTTTTAGAGTG
TGCTCGAAAATTTGATTCAAATGAAAATCCTAATGAAACACCTGCAGTGAAAGAGGTTATTACAGAAATGCTGGATGAAGTTATGCCCTCAGTATTTTATTTTATGCAGTATGGGACTGAGGATGGGGATTCTAACACGCAGCAATTTCTGTCAAATTATTTATCCAGAATGAAAGCCACTTCTCCATTGAATGATAAGC
AGATGGTTCACATTGGACAGATATTGCAAGTTATTCTAGCTCGAATTCACTATGATCCAATGTATCAGGATCCTCTAAACATACCTGACACAGTTGGCAAAGATGAGGAGGAAAAAATGGCTGAAGATCGCAAGGGTCTGTTTCAATTGTTTCGGAGTATTAGTCACGTGGCACCTGATGTAACTCAAAGTTTTGTTAAG
AACACATTGGCTGCTACCCTTCGAAGCTCTGAAACATCTTTTGAAGATATTGAGGCTTCTATTTCACTTTTTTATGCCCTTGGTGAAGGAGTGAGCGAGGAAACAATGAAAAATGATAATGGGCCTATCGGGGAGATAATTCAATTGCTTTTATCATCTCAAGTTCCTTTTCATTCACATCGAGTTGTCGCACTTGTATA
TTTGGAAACAATCACTCGTTATGTGCGCTTTGTTCAACAGCATGTCGAATATATTCCTTTGGTCCTGTCTGCATTTCTCGATCAGAGAGGTATTCACCATCCAAACCAAGATGTAAGCGGCCGAGCAAGCTATCTGTTCATGAGGATTGTGAAAGCATTAAGGGCACAGCTCGTACCATTCATAGATGAAATTTTGCAGg
tttgggttctcttaccctctttttcttgaaggcactatgtttggcaagtacaatctttagcacgtacttatttcttaatagtttactgtggttgtttcaatacccattgacatgcttcctgattttttccaattaaaagAGTCTGCAAGACACATTATCTCGTTTCACACAACTTGATGTGAACTCAAGCAAAGCAAATG
CACAAGGTTTCGAAGATGGAAGTCACACATTTGAGGTAGACAGATTGTTTTTTTATTCTCTTGATATCATCCCCTTTGCCTATTTTAGGCTTACAGTTCCCTTTTTATCTAGGTTTGTTTTGTTGTAATTTGGTAAAAATAAAACATTTAGCATTTATTTGAATTGTATTATTGTTTCTACTAATCGTGTTTGTTTTCAG
GCTATTGGCTTGTTGATTGGAATGGAGGAGGTGTCAGTAGAAAAACAGTCTGAATATCTTTCAGCTTTATTGGTTCCACTCTGTCAACAGGTCAATGTCTTGCTTGCTAATGCTTCAATGCAGGATCCAATAGAGTCTGCTGCAAAAGTGGCACGCCTACAACGTGTTATTTCAGCAATCAATTCTTTAAGCAAGGTTAC
TCTTTATATTTTAGCACATGTAGTGCAATTTTAAATTCTTGTATTCTAGGTATGTCTGTTGTCCATTTTATCATCCATCTTTTATTGGTGGCTTCTAAGTTCTACCTGTTTGTTGGAACTTCTTGGTCTTCAGGGGTTTGGTGAGCGCCTTA
Intron 3 GTAGTCACCT ... CTTTCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20 | 8 | 3 | 2 |
| A2 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| A3 | 40 | 6 | 2 | 4 |
| A4 | 0 | 3 | 0 | 0 |
| A5 | 50 | 1 | 0 | 1 |
| A6 | 36.11 | 23 | 4 | 13 |
| A7 | 35.48 | 20 | 0 | 11 |
| A8 | 28.13 | 23 | 0 | 9 |
| A9 | 30.77 | 9 | 1 | 4 |
| A10 | 39.29 | 17 | 0 | 11 |
>TRINITY_DN37281_c0_g2_i3 from sample A6 / Example spliced isoformTGTCAGTAGAAAAACAGTCTGAATATCTTTCAGCTTTATTGGTTCCACTCTGTCAACAGGTCAATGTCTTGCTTGCTAATGCTTCAATGCAGGATCCAATAGAGTCTGCTGCAAAAGTGGCACGCCTACAACGTGTTATTTCAGCAATCAATTCTTTAAGCAAGGGGTTTGGTGAGCGCCTTACTACCACCAGCCGTCCT
ACAGTTGGAATTATGTTCAAGCAGACGCTGGATGTTTTATTGCAAGTGCTGTTGGCATATCCAAACAATAAGCTTCTAAGGAGCAAGGTCATTTCATTTCTTCATCGAATGGTTGAAACTCTTGGAGCTGCTGTTTTTCCTTACCTTCCAAGAGCAATGGAACAACTACTTGTTGGAAGTGAGCCAAAGGAAATGGCAGA
TTTTCTTGTCTTGGTCAATCAACTTATCTGCAAGTTTAAAGCTGCAATGACTGGTATTCTGGAAGAAGTATTTCCATTTATTGTGAGTCGAGTGTTTGCTATTCTCCCTAAAGATGGGATTCCATCAGGCCCTTGCAGTAATACTGAGGAAATACGAGAGTTGCAAGAGTTGCAGAAGACTTTCTTTAATTTTCTGCATG
CGACAACATCATATGAATTATCTGCAGTTTTTCTCGTCCCAAACAACTCTAGATATCTGGAAGAAATAATCCAGTTGCTTATATGTGCTGCTTGCAGTCACAAGGACATTCTTGTTAGGAAGTCCTGTGTACAGGTATTCATTAAGCTTATAAAAAATTGGTGCACCAGGCCTAATGAAGATGAGAAGGTACCTGGTTTT
CGAAGCTTTATCATTGAAAATTTTGCAGCAAGGTGTTGCTTCTATAGTGTTCTTGACAACACATTTGAACTTCGGGATGCACACACTTACGCTCTATTTGGTGAAATTGTTGTTGCTCAAAAGGTGATCTATGAAAAATGTGGGGATGATTTCCTCTTGTATCTTGCAATGAACATATTTCCATCAATTCAGTGCCCCAA
GGATCTTGCTGAGAAGTACTGCTTGGAGCTGAAGGTTTGTGATGTTAAAGATCTCAAATCTATTTACAAGTCTCTCGTTGAAAGGCTGAGAATGCAGCAGAATGGAAACATGGCCTTCAGATAGCAGTCGTGTTGAAAGAGTGGCTAATGTTGAATACTGACACGTGATCAGCTAATCCAATTTTTGAGACCAGAGGGAT
TGGGCTTTCTATTCTCTTCACTATGAATATTTACTTTTCTGATCAATATATGCCTGGAGGTTCTGATCTGCTGTGTTTAATCAAACTGCTCAAATATTTTGAGTCAATCACGACATTCATTCTTCTACCTGTAACAGAGCTGAAGAGACTAACAGAAATTGAAACTCTCTGGTTTCTGTTCTGAGAATTAGATGACCAAC
AGTAGGTAGTACACTTGCATCATGATCATTGGATAGCAGTTTCCAGGGATTGAGCTGAAGGTGTAGTTGTCAGGGATATCTATGGTCTGCACTGAGTTTTTGGAGTTTCTTCCTGTTCCATTTCAATCAGATTCATGAGGCACAGTTCATTCTCATGAACAATCATATTGTGGCAGTAACTTATAGCAGCATCCCAAAGG
ACCTCTAATGCCTAATGAATTCAAGAGGGTTTGAATGGGAATCTTAGGTTGAGTTTTTGAAGTAAACAGGAGTGAAATCTGCCATGGGCATCACACATTAAGTGCTGCTTCAGGCCAGTTTTGACTGAATATAGTTTTTAAGATTAGTTAATAAGTTGATAATGATGTTGGTGAGAAGCGAATCCGGCAATTTTCCATTA
GGCCACTACAATGGATAGTGATTTATGCTATTTGCAGCACAACCCAAATAGACAATCGGATGGATGTAATAAAATAAATATATATACACTCTTCTATTGTCTAGATCATGTCCAATTTATTGTTCTATTGCTTGTTATGTATGCGATAAGCCCAACTGTCGCTGTCTAGACCAGCTGCAGTCATGGAAATTTA
>TRINITY_DN37281_c0_g2_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:TGTCAGTAGAAAAACAGTCTGAATATCTTTCAGCTTTATTGGTTCCACTCTGTCAACAGGTCAATGTCTTGCTTGCTAATGCTTCAATGCAGGATCCAATAGAGTCTGCTGCAAAAGTGGCACGCCTACAACGTGTTATTTCAGCAATCAATTCTTTAAGCAAGGGGTTTGGTGAGCGCCTTACTACCACCAGCCGTCCT
ACAGTTGGAATTATGTTCAAGCAGACGCTGGATGTTTTATTGCAAGTGCTGTTGGCATATCCAAACAATAAGCTTCTAAGGAGCAAGGTCATTTCATTTCTTCATCGAATGGTTGAAACTCTTGGAGCTGCTGTTTTTCCTTACCTTCCAAGAGCAATGGAACAACTACTTGTTGGAAGTGAGCCAAAGGAAATGGCAGA
TTTTCTTGTCTTGGTCAATCAACTTATCTGCAAGTTTAAAGCTGCAATGACTGGTATTCTGGAAGAAGTATTTCCATTTATTGTGAGTCGAGTGTTTGCTATTCTCCCTAAAGATGGGATTCCATCAGGCCCTTGCAGTAATACTGAGGAAATACGAGAGTTGCAAGAGTTGCAGAAGACTTTCTTTAATTTTCTGCATG
CGACAACATCATATGAATTATCTGCAGTTTTTCTCGTCCCAAACAACTCTAGATATCTGGAAGAAATAATCCAGTTGCTTATATGTGCTGCTTGCAGTCACAAGGACATTCTTGTTAGGAAGTCCTGTGTACAGGTATTCATTAAGCTTATAAAAAATTGGTGCACCAGGCCTAATGAAGATGAGAAGGTACCTGGTTTT
CGAAGCTTTATCATTGAAAATTTTGCAGCAAGGTGTTGCTTCTATAGTGTTCTTGACAACACATTTGAACTTCGGGATGCACACACTTACGCTCTATTTGGTGAAATTGTTGTTGCTCAAAAGGTGATCTATGAAAAATGTGGGGATGATTTCCTCTTGTATCTTGCAATGAACATATTTCCATCAATTCAGTGCCCCAA
GGATCTTGCTGAGAAGTACTGCTTGGAGCTGAAGGTTTGTGATGTTAAAGATCTCAAATCTATTTACAAGTCTCTCGTTGAAAGGCTGAGAATGCAGCAGAATGGAAACATGGCCTTCAGATAGCAGTCGTGTTGAAAGAGTGGCTAATGTTGAATACTGACACGTGATCAGCTAATCCAATTTTTGAGACCAGAGGGAT
TGGGCTTTCTATTCTCTTCACTATGAATATTTACTTTTCTGATCAATATATGCCTGGAGGTTCTGATCTGCTGTGTTTAATCAAACTGCTCAAATATTTTGAGTCAATCACGACATTCATTCTTCTACCTGTAACAGAGCTGAAGAGACTAACAGAAATTGAAACTCTCTGGTTTCTGTTCTGAGAATTAGATGACCAAC
AGTAGGTGTGTAAACCAAAATTGTATTTGTCACTTATTCCTTGTACAAATGTCTGAAGCCTTTGGTATTAAATATGAAAGTCAAATCTTTCTTAAGGTGAAGTTTACTGTGCAAAGTGTCTTTGCAGGTAGTACACTTGCATCATGATCATTGGATAGCAGTTTCCAGGGATTGAGCTGAAGgtagtcacctctaatttt
agtagtccatatgacttgtgagtagggatttgacttggcaaactaattttagcatctctatattgttttggcttctgtttgctcataccttaaggtctttctgcagGTGTAGTTGTCAGGGATATCTATGGTCTGCACTGAGTTTTTGGAGTTTCTTCCTGTTCCATTTCAATCAGATTCATGAGGCACAGTTCATTCTC
ATGAACAATCATATTGTGGCAGTAACTTATAGCAGCATCCCAAAGGACCTCTAATGCCTAATGAATTCAAGAGGGTTTGAATGGGAATCTTAGGTTGAGTTTTTGAAGTAAACAGGAGTGAAATCTGCCATGGGCATCACACATTAAGTGCTGCTTCAGGCCAGTTTTGACTGAATATAGTTTTTAAGATTAGTTAATAA
GTTGATAATGATGTTGGTGAGAAGCGAATCCGGCAATTTTCCATTAGGCCACTACAATGGATAGTGATTTATGCTATTTGCAGCACAACCCAAATAGACAATCGGATGGATGTAATAAAATAAATATATATACACTCTTCTATTGTCTAGATCATGTCCAATTTATTGTTCTATTGCTTGTTATGTATGCGATAAGCCCA
ACTGTCGCTGTCTAGACCAGCTGCAGTCATGGAAATTTA
Intron 4 GTTACTCTTT ... TGGTCTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 16.67 | 10 | 2 | 1 |
| A2 | 14.29 | 6 | 1 | 0 |
| A3 | 5.56 | 17 | 1 | 0 |
| A4 | 15.38 | 11 | 2 | 0 |
| A5 | 30.77 | 9 | 4 | 0 |
| A6 | 30.77 | 9 | 4 | 0 |
| A7 | 28.57 | 5 | 2 | 0 |
| A8 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| A9 | 0 | 2 | 0 | 0 |
| A10 | 33.33 | 2 | 1 | 0 |
>TRINITY_DN122128_c1_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformAGCCCAAAACTTACAGTTTACAGACCAAACTGTAGGTTTGCCAGCAAAATCCTTGCCAAAGGGAAGTAAAGGTTTCAGTTCCAGCCTCCTTTATTTACAGAACTGAGAGTAAATCATATTTTTTGGTTATATTTCAGTTCATTGAAGCCAAAGGTAAATTTTTAGTGCCGTCTGTAGGTTTCTCATCGACACCCTTCGGA
AAGGAACGCAAAGGACTAACCAAACCTCTGCAGGCTCAATTACTAAAATCTGTTGAAATTTTGTGTACATAAATCGCGGTGCCTAGGGAGCAATCGCTTCTATAAACCATAGTAGGGGATAGCGATTAAGAACTCTGCTCCAGGAAGGATTCAAACCGGCTGAACATTTGAAGAAGTTGGTGATTCCTCGAGGCATAGGA
GGATATTGATCTCTTATTGGTTTTCTAGTGCGAGCTTGAATTTGGTATCCATGGATGATTTTGAGAGGGCAATAATCATCAGTTTCGATCAGACTGGCGGCGTTGATCCTCAGTTGAAAGCTCAAGCTGCAGCCTACTGCCAACAAGTAAAACAGTCATCTTCAATCTCACAGCTTTGTATTCAAAGATTCAGCTCCGGC
AATTATGCAGAAGTGCAGTTCTGGTGTCTGCAGACTTTGGAAGAAATTGTCAAGCTCCGTTATACTTCATTGGATCAGCAAGAACAGCTGTTTATCCAAAATTCTGTCATGTCCTTCGTATGTATGGAAGGAATTGAGAATGGGTTAAATCATCAGAGTTCGGGATTAGAGAGACCAGTTTTCGTGAGAAATAAGCTGGC
TCAAATTTTTGCCATTTTAATCTTTATCTTGTACCCAGCCCGGTGGCCATCGGTTTTCCTAGATTTGCTGTCTGCCGTCAGCAAAGGTCCCATGGTTGTAGATATGTTTTGCCGTATTTTTAATGCACTTGATGATGAGTTGATTAGTTTGGATTATCCCCGTAATTCTGAGGAAATTAGCATCGCAGGACGGATAAAAG
ATGCAATGAGAGAACAATGTGTGCCGCAGATTGTAAGAGTGTGGTATGATTTGGTGGTTTTCTACAAAGATTTGAGGCCAGAGTTAGCTGCGATGCTTTTAGACACAGTACGGAGGTATGTGACTTGGATTGATATCAGTCTGGTAGCTAATGATAGCTTTATACCTATATTGTTTGAGTTTATTTTGTCAGAGCAAAGA
TCTCCAGCGCTTAGAGGTTCTGCAGCCAATTGTATTTTAGCCATAGTATCAAAGCGGATGGATCCACAATCTAAGATTTCTCTTCTTAGACAGTTACAAGTAGGTCGGGTCTGTGGCCTGGTGCTTGGCAAAGAAGATTCTGAATTCACCTCGAAGCTTGGTGCTCTTGTTACCGGATTTGCAGAAGAGGTTTTAGAGTG
TGCTCGAAAATTTGATTCAAATGAAAATCCTAATGAAACACCTGCAGTGAAAGAGGTTATTACAGAAATGCTGGATGAAGTTATGCCCTCAGTATTTTATTTTATGCAGTATGGGACTGAGGATGGGGATTCTAACACGCAGCAATTTCTGTCAAATTATTTATCCAGAATGAAAGCCACTTCTCCATTGAATGATAAGC
AGATGGTTCACATTGGACAGATATTGCAAGTTATTCTAGCTCGAATTCACTATGATCCAATGTATCAGGATCCTCTAAACATACCTGACACAGTTGGCAAAGATGAGGAGGAAAAAATGGCTGAAGATCGCAAGGGTCTGTTTCAATTGTTTCGGAGTATTAGTCACGTGGCACCTGATGTAACTCAAAGTTTTGTTAAG
AACACATTGGCTGCTACCCTTCGAAGCTCTGAAACATCTTTTGAAGATATTGAGGCTTCTATTTCACTTTTTTATGCCCTTGGTGAAGGAGTGAGCGAGGAAACAATGAAAAATGATAATGGGCCTATCGGGGAGATAATTCAATTGCTTTTATCATCTCAAGTTCCTTTTCATTCACATCGAGTTGTCGCACTTGTATA
TTTGGAAACAATCACTCGTTATGTGCGCTTTGTTCAACAGCATGTCGAATATATTCCTTTGGTCCTGTCTGCATTTCTCGATCAGAGAGGTATTCACCATCCAAACCAAGATGTAAGCGGCCGAGCAAGCTATCTGTTCATGAGGATTGTGAAAGCATTAAGGGCACAGCTCGTACCATTCATAGATGAAATTTTGCAGA
GTCTGCAAGACACATTATCTCGTTTCACACAACTTGATGTGAACTCAAGCAAAGCAAATGCACAAGGTTTCGAAGATGGAAGTCACACATTTGAGGCTATTGGCTTGTTGATTGGAATGGAGGAGGTGTCAGTAGAAAAACAGTCTGAATATCTTTCAGCTTTATTGGTTCCACTCTGTCAACAGGTCAATGTCTTGCTT
GCTAATGCTTCAATGCAGGATCCAATAGAGTCTGCTGCAAAAGTGGCACGCCTACAACGTGTTATTTCAGCAATCAATTCTTTAAGCAAGGGGTTTGGTGAGCGCCTTACTACCACCAGCCGTCCTACAGTTGGAATTATGTTCAAGCAGACGCTGGATGTTTTATTGCAAGTGCTGTTGGCATATCCAAACAATAAGCT
TCTAAGGAGCAAGGTCATTTCATTTCTTCATCGAATGGTTGAAACTCTTGGAGCTGCTGTTTTTCCTTACCTTCCAAGAGCAATGGAACAACTACTTGTTGGAAGTGAGGTATGCATTGTTCGAATTATTGTGTTTTATTAATTTTACTATATGCTGTTTTATGATAACCAAAAATATAGATGTGAATGTTATATCCAGA
AATGCCTTGTGCATGAAAAGGTGAATTTCAAAAGAGTGAATAGTGACTGCATTATTAAATGCTATGATGGCATCAATATAATGGATATTGTTGTGTGAGAAAAACCAGATATATCCTCCAAAAAATGTTAGATATGACAAAGTTGAAATCCATAGTGGAACTGAATATTGTCACGGAAAGAAAACCTGATACACTCTAAA
CAGAGGTTGCATGTTACAATTTTGAATTTTGTAAAGGTTGACACATTGTTGTCTTCAGATACTTTTATTTAATATTTTTTTTGTAATTTAGCTACTTATATATTAATATGTACATTCAAAATACATCTAGTGTTATCTACATATCCTGTCCATGGAGCCAGCCTACAGCTTTCAATAAAATGTAATAACAATGTTAGAGT
ATATCTATCTCACGAGGAGAGCCACTTACTAGCTGTGAACTAGATGACAAAGACCTGGC
>TRINITY_DN122128_c1_g1_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:AGCCCAAAACTTACAGTTTACAGACCAAACTGTAGGTTTGCCAGCAAAATCCTTGCCAAAGGGAAGTAAAGGTTTCAGTTCCAGCCTCCTTTATTTACAGAACTGAGAGTAAATCATATTTTTTGGTTATATTTCAGTTCATTGAAGCCAAAGGTAAATTTTTAGTGCCGTCTGTAGGTTTCTCATCGACACCCTTCGGA
AAGGAACGCAAAGGACTAACCAAACCTCTGCAGGCTCAATTACTAAAATCTGTTGAAATTTTGTGTACATAAATCGCGGTGCCTAGGGAGCAATCGCTTCTATAAACCATAGTAGGGGATAGCGATTAAGAACTCTGCTCCAGGAAGGATTCAAACCGGCTGAACATTTGAAGAAGTTGGTGATTCCTCGAGGCATAGGA
GGATATTGATCTCTTATTGGTTTTCTAGTGCGAGCTTGAATTTGGTATCCATGGATGATTTTGAGAGGGCAATAATCATCAGTTTCGATCAGACTGGCGGCGTTGATCCTCAGTTGAAAGCTCAAGCTGCAGCCTACTGCCAACAAGTAAAACAGTCATCTTCAATCTCACAGCTTTGTATTCAAAGATTCAGCTCCGGC
AATTATGCAGAAGTGCAGTTCTGGTGTCTGCAGACTTTGGAAGAAATTGTCAAGCTCCGTTATACTTCATTGGATCAGCAAGAACAGCTGTTTATCCAAAATTCTGTCATGTCCTTCGTATGTATGGAAGGAATTGAGAATGGGTTAAATCATCAGAGTTCGGGATTAGAGAGACCAGTTTTCGTGAGAAATAAGCTGGC
TCAAATTTTTGCCATTTTAATCTTTATCTTGTACCCAGCCCGGTGGCCATCGGTTTTCCTAGATTTGCTGTCTGCCGTCAGCAAAGGTCCCATGGTTGTAGATATGTTTTGCCGTATTTTTAATGCACTTGATGATGAGTTGATTAGTTTGGATTATCCCCGTAATTCTGAGGAAATTAGCATCGCAGGACGGATAAAAG
ATGCAATGAGAGAACAATGTGTGCCGCAGATTGTAAGAGTGTGGTATGATTTGGTGGTTTTCTACAAAGATTTGAGGCCAGAGTTAGCTGCGATGCTTTTAGACACAGTACGGAGGTATGTGACTTGGATTGATATCAGTCTGGTAGCTAATGATAGCTTTATACCTATATTGTTTGAGTTTATTTTGTCAGAGCAAAGA
TCTCCAGCGCTTAGAGGTTCTGCAGCCAATTGTATTTTAGCCATAGTATCAAAGCGGATGGATCCACAATCTAAGATTTCTCTTCTTAGACAGTTACAAGTAGGTCGGGTCTGTGGCCTGGTGCTTGGCAAAGAAGATTCTGAATTCACCTCGAAGCTTGGTGCTCTTGTTACCGGATTTGCAGAAGAGGTTTTAGAGTG
TGCTCGAAAATTTGATTCAAATGAAAATCCTAATGAAACACCTGCAGTGAAAGAGGTTATTACAGAAATGCTGGATGAAGTTATGCCCTCAGTATTTTATTTTATGCAGTATGGGACTGAGGATGGGGATTCTAACACGCAGCAATTTCTGTCAAATTATTTATCCAGAATGAAAGCCACTTCTCCATTGAATGATAAGC
AGATGGTTCACATTGGACAGATATTGCAAGTTATTCTAGCTCGAATTCACTATGATCCAATGTATCAGGATCCTCTAAACATACCTGACACAGTTGGCAAAGATGAGGAGGAAAAAATGGCTGAAGATCGCAAGGGTCTGTTTCAATTGTTTCGGAGTATTAGTCACGTGGCACCTGATGTAACTCAAAGTTTTGTTAAG
AACACATTGGCTGCTACCCTTCGAAGCTCTGAAACATCTTTTGAAGATATTGAGGCTTCTATTTCACTTTTTTATGCCCTTGGTGAAGGAGTGAGCGAGGAAACAATGAAAAATGATAATGGGCCTATCGGGGAGATAATTCAATTGCTTTTATCATCTCAAGTTCCTTTTCATTCACATCGAGTTGTCGCACTTGTATA
TTTGGAAACAATCACTCGTTATGTGCGCTTTGTTCAACAGCATGTCGAATATATTCCTTTGGTCCTGTCTGCATTTCTCGATCAGAGAGGTATTCACCATCCAAACCAAGATGTAAGCGGCCGAGCAAGCTATCTGTTCATGAGGATTGTGAAAGCATTAAGGGCACAGCTCGTACCATTCATAGATGAAATTTTGCAGG
TTTGGGTTCTCTTACCCTCTTTTTCTTGAAGGCACTATGTTTGGCAAGTACAATCTTTAGCACGTACTTATTTCTTAATAGTTTACTGTGGTTGTTTCAATACCCATTGACATGCTTCCTGATTTTTTCCAATTAAAAGAGTCTGCAAGACACATTATCTCGTTTCACACAACTTGATGTGAACTCAAGCAAAGCAAATG
CACAAGGTTTCGAAGATGGAAGTCACACATTTGAGGTAGACAGATTGTTTTTTTATTCTCTTGATATCATCCCCTTTGCCTATTTTAGGCTTACAGTTCCCTTTTTATCTAGGTTTGTTTTGTTGTAATTTGGTAAAAATAAAACATTTAGCATTTATTTGAATTGTATTATTGTTTCTACTAATCGTGTTTGTTTTCAG
GCTATTGGCTTGTTGATTGGAATGGAGGAGGTGTCAGTAGAAAAACAGTCTGAATATCTTTCAGCTTTATTGGTTCCACTCTGTCAACAGGTCAATGTCTTGCTTGCTAATGCTTCAATGCAGGATCCAATAGAGTCTGCTGCAAAAGTGGCACGCCTACAACGTGTTATTTCAGCAATCAATTCTTTAAGCAAGgttac
tctttatattttagcacatgtagtgcaattttaaattcttgtattctaggtatgtctgttgtccattttatcatccatcttttattggtggcttctaagttctacctgtttgttggaacttcttggtcttcagGGGTTTGGTGAGCGCCTTA
Intron 5 GTAAGAACAA ... GTCTCTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 16.67 | 20 | 3 | 5 |
| A2 | 9.09 | 15 | 0 | 3 |
| A3 | 37.93 | 9 | 4 | 7 |
| A4 | 17.65 | 14 | 0 | 6 |
| A5 | 37.5 | 5 | 5 | 1 |
| A6 | 10 | 18 | 4 | 0 |
| A7 | 15.62 | 27 | 1 | 9 |
| A8 | 10 | 27 | 3 | 3 |
| A9 | 7.69 | 18 | 1 | 2 |
| A10 | 14.29 | 15 | 2 | 3 |
>TRINITY_DN106725_c0_g1_i5 from sample A3 / Example spliced isoformTGTGAATCTAATGGGCTAGTGGTTGCTCCATGGTGCTATCAAAATGGGGACATGACATGGTGGTGTATGTATCTGCTTGTCTTTGTGTGTTCTTCCTCGTAGAAATCACGGGACATTGTCATTCTCGCAACAATTGTTATGTGCTTTGTGACTTGAGGGAGGATTGTACTAGCCTTGGGATGAGGCTTATGGTATGTACA
TAGGAATGCACTGAGATGGGATGGACATGTTAGTGATACATAAATTGTTGTTTAATATATTCTTTTCCTTAATATGTTTTGTTAAGGTTGTCATTATGTATAGATTAGAATTTATTTCTGCATTTATCTGCATATGTAAATTGTGTTCTGTTTTTGAAGTTTAGTTTATTTGGGGAAAATCTGGTGGAGATTTAATTTTA
TGTACAGGAAATACGAGAGTTGCAAGAGTTGCAGAAGACTTTCTTTAATTTTCTGCATGCGACAACATCATATGAATTATCTGCAGTTTTTCTCGTCCCAAACAACTCTAGATATCTGGAAGAAATAATCCAGTTGCTTATATGTGCTGCTTGCAGTCACAAGGACATTCTTGTTAGGAAGTCCTGTGTACAGGTATTCA
TTAAGCTTATAAAAAATTGGTGCACCAGGCCTAATGAAGATGAGAAGGTACCTGGTTTTCGAAGCTTTATCATTGAAAATTTTGCAGCAAGGTGTTGCTTCTATAGTGTTCTTGACAACACATTTGAACTTCGGGATGCACACACTTACGCTCTATTTGGTGAAATTGTTGTTGCTCAAAAGGTGATCTATGAAAAATGT
GGGGATGATTTCCTCTTATATCTTGCAATGAACATATTTCCATCAATTCAGTGCCCCAAGGATCTTGCTGAGAAGTACTGCTTGGAGCTGAAGGTTTGTGATGTTAAAGATCTCAAATCTATTTACAAGTCTCTCGTTGAAAGGCTGAGAATGCAGCAGAATGGAAACATGGCCTTCAGATAGCAGTCGTGTTGAAAGAG
TGGCTAATGTTGAATACTGACACGTGATCAGCTAATCCAATTTTTGAGACCAGAGGGATTGGGCTTTCTATTCTCTTCACTATGAATATTTACTTTTCTGATCAATATATGCCTGGAGGTTCTGATCTGCTGTGTTTAATCAAACTGCTCAAATATTTTGAGTCAATCACGACATTCATTCTTCTACCTGTAACAGAGCT
GAAGAGACTAACAGAAATTGAAACTCTCTGGTTTCTGTTCTGAGAATTAGATGACCAACAGTAGGTAGTACACTTGCATCATGATCATTGGATAGCAGTTTCCAGGGATTGAGCTGAAGGTGTAGTTGTCAGGGATATCTATGGTCTGCACTGAGTTTTTGGAGTTTCTTCCTGTTCCATTTCAATCAGATTCATGAGGC
ACAGTTCATTCTCATGAACAATCATATTGTGGCAGTAACTTATAGCAGCATCCCAAAGGACCTCTAATGCCTAATGAATTCAAGAGGGTTTGAATGGGAATCTTAGGTTGAGTTTTTGAAGTAAACAGGAGTGAAATCTGCCATGGGCATCACACATTAAGTGCTGCTTCAGGCCAGTTTTGACTGAATATAGTTTTTAA
GATTAGTTAATAAGTTGATAATGATGTTGGTGAGAAGCGAATCCGGCAATTTTCCATTAGGCCACTACAATGGATAGTGATTTATGCTATTTGCAGCACAACCCAAATAGACAATCGGATGG
>TRINITY_DN106725_c0_g1_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:AGGAAATACGAGAGTTGCAAGAGTTGCAGAAGACTTTCTTTAATTTTCTGCATGCGACAACATCATATGAATTATCTGCAGTTTTTCTCGTCCCAAACAACTCTAGATATCTGGAAGAAATAATCCAGTTGCTTATATGTGCTGCTTGCAGTCACAAGGACATTCTTGTTAGGAAGTCCTGTGTACAGGTATTCATTAAG
CTTATAAAAAATTGGTGCACCAGGCCTAATGAAGATGAGAAGGTACCTGGTTTTCGAAGCTTTATCATTGAAAATTTTGCAGCAAGGTGTTGCTTCTATAGTGTTCTTGACAACACATTTGAACTTCGGGATGCACACACTTACGCTCTATTTGGTGAAATTGTTGTTGCTCAAAAGGTGATCTATGAAAAATGTGGGGA
TGATTTCCTCTTATATCTTGCAATGAACATATTTCCATCAATTCAGTGCCCCAAGGATCTTGCTGAGAAGTACTGCTTGGAGCTGAAGgtaagaacaacctgggtgctactcaaacccaatgtgattataatattaatttatgattgctttcactcgaagaaagaggttttctattgtgacaaaggctggtgtaatttct
ttgagtttgttctttcttgaggtgttgatattagccttaaactgtctctgtagGTTTGTGATGTTAAAGATCTCAAATCTATTTACAAGTCTCTCGTTGAAAGGCTGAGAATGCAGCAGAATGGAAACATGGCCTTCAGATAGCAGTCGTGTTGAAAGAGTGGCTAATGTTGAATACTGACACGTGATCAGCTAATCCAA
TTTTTGAGACCAGAGGGATTGGGCTTTCTATTCTCTTCACTATGAATATTTACTTTTCTGATCAATATATGCCTGGAGGTTCTGATCTGCTGTGTTTAATCAAACTGCTCAAATATTTTGAGTCAATCACGACATTCATTCTTCTACCTGTAACAGAGCTGAAGAGACTAACAGAAATTGAAACTCTCTGGTTTCTGTTC
TGAGAATTAGATGACCAACAGTAGGTAGTACACTTGCATCATGATCATTGGATAGCAGTTTCCAGGGATTGAGCTGAAGGTGTAGTTGTCAGGGATATCTATGGTCTGCACTGAGTTTTTGGAGTTTCTTCCTGTTCCATTTCAATCAGATTCATGAGGCACAGTTCATTCTCATGAACAATCATATTGTGGCAGTAACT
TATAGCAGCATCCCAAAGGACCTCTAATGCCTAATGAATTCAAGAGGGTTTGAATGGGAATCTTAGGTTGAGTTTTTGAAGTAAACAGGAGTGAAATCTGCCATGGGCATCACACATTAAGTGCTGCTTCAGGCCAGTTTTGACTGAATATAGTTTTTAAGATTAGTTAATAAGTTGATAATGATGTTGGTGAGAAGCGA
ATCCGGCAATTTTCCATTAGGCCACTACAATGGATAGTGATTTATGCTATTTGCAGCACAACCCAAATAGACAATCGGATGG
Intron 6 GTAGACAGAT ... TTGTTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 27.27 | 8 | 5 | 3 |
| A2 | 38.46 | 16 | 0 | 10 |
| A3 | 26.09 | 17 | 0 | 6 |
| A4 | 31.58 | 13 | 4 | 6 |
| A5 | 29.41 | 12 | 0 | 5 |
| A6 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A7 | 25 | 3 | 0 | 1 |
| A8 | 43.75 | 9 | 0 | 7 |
| A9 | 0 | 5 | 0 | 0 |
| A10 | 18.18 | 9 | 0 | 2 |
>TRINITY_DN122128_c1_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformAGCCCAAAACTTACAGTTTACAGACCAAACTGTAGGTTTGCCAGCAAAATCCTTGCCAAAGGGAAGTAAAGGTTTCAGTTCCAGCCTCCTTTATTTACAGAACTGAGAGTAAATCATATTTTTTGGTTATATTTCAGTTCATTGAAGCCAAAGGTAAATTTTTAGTGCCGTCTGTAGGTTTCTCATCGACACCCTTCGGA
AAGGAACGCAAAGGACTAACCAAACCTCTGCAGGCTCAATTACTAAAATCTGTTGAAATTTTGTGTACATAAATCGCGGTGCCTAGGGAGCAATCGCTTCTATAAACCATAGTAGGGGATAGCGATTAAGAACTCTGCTCCAGGAAGGATTCAAACCGGCTGAACATTTGAAGAAGTTGGTGATTCCTCGAGGCATAGGA
GGATATTGATCTCTTATTGGTTTTCTAGTGCGAGCTTGAATTTGGTATCCATGGATGATTTTGAGAGGGCAATAATCATCAGTTTCGATCAGACTGGCGGCGTTGATCCTCAGTTGAAAGCTCAAGCTGCAGCCTACTGCCAACAAGTAAAACAGTCATCTTCAATCTCACAGCTTTGTATTCAAAGATTCAGCTCCGGC
AATTATGCAGAAGTGCAGTTCTGGTGTCTGCAGACTTTGGAAGAAATTGTCAAGCTCCGTTATACTTCATTGGATCAGCAAGAACAGCTGTTTATCCAAAATTCTGTCATGTCCTTCGTATGTATGGAAGGAATTGAGAATGGGTTAAATCATCAGAGTTCGGGATTAGAGAGACCAGTTTTCGTGAGAAATAAGCTGGC
TCAAATTTTTGCCATTTTAATCTTTATCTTGTACCCAGCCCGGTGGCCATCGGTTTTCCTAGATTTGCTGTCTGCCGTCAGCAAAGGTCCCATGGTTGTAGATATGTTTTGCCGTATTTTTAATGCACTTGATGATGAGTTGATTAGTTTGGATTATCCCCGTAATTCTGAGGAAATTAGCATCGCAGGACGGATAAAAG
ATGCAATGAGAGAACAATGTGTGCCGCAGATTGTAAGAGTGTGGTATGATTTGGTGGTTTTCTACAAAGATTTGAGGCCAGAGTTAGCTGCGATGCTTTTAGACACAGTACGGAGGTATGTGACTTGGATTGATATCAGTCTGGTAGCTAATGATAGCTTTATACCTATATTGTTTGAGTTTATTTTGTCAGAGCAAAGA
TCTCCAGCGCTTAGAGGTTCTGCAGCCAATTGTATTTTAGCCATAGTATCAAAGCGGATGGATCCACAATCTAAGATTTCTCTTCTTAGACAGTTACAAGTAGGTCGGGTCTGTGGCCTGGTGCTTGGCAAAGAAGATTCTGAATTCACCTCGAAGCTTGGTGCTCTTGTTACCGGATTTGCAGAAGAGGTTTTAGAGTG
TGCTCGAAAATTTGATTCAAATGAAAATCCTAATGAAACACCTGCAGTGAAAGAGGTTATTACAGAAATGCTGGATGAAGTTATGCCCTCAGTATTTTATTTTATGCAGTATGGGACTGAGGATGGGGATTCTAACACGCAGCAATTTCTGTCAAATTATTTATCCAGAATGAAAGCCACTTCTCCATTGAATGATAAGC
AGATGGTTCACATTGGACAGATATTGCAAGTTATTCTAGCTCGAATTCACTATGATCCAATGTATCAGGATCCTCTAAACATACCTGACACAGTTGGCAAAGATGAGGAGGAAAAAATGGCTGAAGATCGCAAGGGTCTGTTTCAATTGTTTCGGAGTATTAGTCACGTGGCACCTGATGTAACTCAAAGTTTTGTTAAG
AACACATTGGCTGCTACCCTTCGAAGCTCTGAAACATCTTTTGAAGATATTGAGGCTTCTATTTCACTTTTTTATGCCCTTGGTGAAGGAGTGAGCGAGGAAACAATGAAAAATGATAATGGGCCTATCGGGGAGATAATTCAATTGCTTTTATCATCTCAAGTTCCTTTTCATTCACATCGAGTTGTCGCACTTGTATA
TTTGGAAACAATCACTCGTTATGTGCGCTTTGTTCAACAGCATGTCGAATATATTCCTTTGGTCCTGTCTGCATTTCTCGATCAGAGAGGTATTCACCATCCAAACCAAGATGTAAGCGGCCGAGCAAGCTATCTGTTCATGAGGATTGTGAAAGCATTAAGGGCACAGCTCGTACCATTCATAGATGAAATTTTGCAGA
GTCTGCAAGACACATTATCTCGTTTCACACAACTTGATGTGAACTCAAGCAAAGCAAATGCACAAGGTTTCGAAGATGGAAGTCACACATTTGAGGCTATTGGCTTGTTGATTGGAATGGAGGAGGTGTCAGTAGAAAAACAGTCTGAATATCTTTCAGCTTTATTGGTTCCACTCTGTCAACAGGTCAATGTCTTGCTT
GCTAATGCTTCAATGCAGGATCCAATAGAGTCTGCTGCAAAAGTGGCACGCCTACAACGTGTTATTTCAGCAATCAATTCTTTAAGCAAGGGGTTTGGTGAGCGCCTTACTACCACCAGCCGTCCTACAGTTGGAATTATGTTCAAGCAGACGCTGGATGTTTTATTGCAAGTGCTGTTGGCATATCCAAACAATAAGCT
TCTAAGGAGCAAGGTCATTTCATTTCTTCATCGAATGGTTGAAACTCTTGGAGCTGCTGTTTTTCCTTACCTTCCAAGAGCAATGGAACAACTACTTGTTGGAAGTGAGGTATGCATTGTTCGAATTATTGTGTTTTATTAATTTTACTATATGCTGTTTTATGATAACCAAAAATATAGATGTGAATGTTATATCCAGA
AATGCCTTGTGCATGAAAAGGTGAATTTCAAAAGAGTGAATAGTGACTGCATTATTAAATGCTATGATGGCATCAATATAATGGATATTGTTGTGTGAGAAAAACCAGATATATCCTCCAAAAAATGTTAGATATGACAAAGTTGAAATCCATAGTGGAACTGAATATTGTCACGGAAAGAAAACCTGATACACTCTAAA
CAGAGGTTGCATGTTACAATTTTGAATTTTGTAAAGGTTGACACATTGTTGTCTTCAGATACTTTTATTTAATATTTTTTTTGTAATTTAGCTACTTATATATTAATATGTACATTCAAAATACATCTAGTGTTATCTACATATCCTGTCCATGGAGCCAGCCTACAGCTTTCAATAAAATGTAATAACAATGTTAGAGT
ATATCTATCTCACGAGGAGAGCCACTTACTAGCTGTGAACTAGATGACAAAGACCTGGC
>TRINITY_DN122128_c1_g1_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:AGCCCAAAACTTACAGTTTACAGACCAAACTGTAGGTTTGCCAGCAAAATCCTTGCCAAAGGGAAGTAAAGGTTTCAGTTCCAGCCTCCTTTATTTACAGAACTGAGAGTAAATCATATTTTTTGGTTATATTTCAGTTCATTGAAGCCAAAGGTAAATTTTTAGTGCCGTCTGTAGGTTTCTCATCGACACCCTTCGGA
AAGGAACGCAAAGGACTAACCAAACCTCTGCAGGCTCAATTACTAAAATCTGTTGAAATTTTGTGTACATAAATCGCGGTGCCTAGGGAGCAATCGCTTCTATAAACCATAGTAGGGGATAGCGATTAAGAACTCTGCTCCAGGAAGGATTCAAACCGGCTGAACATTTGAAGAAGTTGGTGATTCCTCGAGGCATAGGA
GGATATTGATCTCTTATTGGTTTTCTAGTGCGAGCTTGAATTTGGTATCCATGGATGATTTTGAGAGGGCAATAATCATCAGTTTCGATCAGACTGGCGGCGTTGATCCTCAGTTGAAAGCTCAAGCTGCAGCCTACTGCCAACAAGTAAAACAGTCATCTTCAATCTCACAGCTTTGTATTCAAAGATTCAGCTCCGGC
AATTATGCAGAAGTGCAGTTCTGGTGTCTGCAGACTTTGGAAGAAATTGTCAAGCTCCGTTATACTTCATTGGATCAGCAAGAACAGCTGTTTATCCAAAATTCTGTCATGTCCTTCGTATGTATGGAAGGAATTGAGAATGGGTTAAATCATCAGAGTTCGGGATTAGAGAGACCAGTTTTCGTGAGAAATAAGCTGGC
TCAAATTTTTGCCATTTTAATCTTTATCTTGTACCCAGCCCGGTGGCCATCGGTTTTCCTAGATTTGCTGTCTGCCGTCAGCAAAGGTCCCATGGTTGTAGATATGTTTTGCCGTATTTTTAATGCACTTGATGATGAGTTGATTAGTTTGGATTATCCCCGTAATTCTGAGGAAATTAGCATCGCAGGACGGATAAAAG
ATGCAATGAGAGAACAATGTGTGCCGCAGATTGTAAGAGTGTGGTATGATTTGGTGGTTTTCTACAAAGATTTGAGGCCAGAGTTAGCTGCGATGCTTTTAGACACAGTACGGAGGTATGTGACTTGGATTGATATCAGTCTGGTAGCTAATGATAGCTTTATACCTATATTGTTTGAGTTTATTTTGTCAGAGCAAAGA
TCTCCAGCGCTTAGAGGTTCTGCAGCCAATTGTATTTTAGCCATAGTATCAAAGCGGATGGATCCACAATCTAAGATTTCTCTTCTTAGACAGTTACAAGTAGGTCGGGTCTGTGGCCTGGTGCTTGGCAAAGAAGATTCTGAATTCACCTCGAAGCTTGGTGCTCTTGTTACCGGATTTGCAGAAGAGGTTTTAGAGTG
TGCTCGAAAATTTGATTCAAATGAAAATCCTAATGAAACACCTGCAGTGAAAGAGGTTATTACAGAAATGCTGGATGAAGTTATGCCCTCAGTATTTTATTTTATGCAGTATGGGACTGAGGATGGGGATTCTAACACGCAGCAATTTCTGTCAAATTATTTATCCAGAATGAAAGCCACTTCTCCATTGAATGATAAGC
AGATGGTTCACATTGGACAGATATTGCAAGTTATTCTAGCTCGAATTCACTATGATCCAATGTATCAGGATCCTCTAAACATACCTGACACAGTTGGCAAAGATGAGGAGGAAAAAATGGCTGAAGATCGCAAGGGTCTGTTTCAATTGTTTCGGAGTATTAGTCACGTGGCACCTGATGTAACTCAAAGTTTTGTTAAG
AACACATTGGCTGCTACCCTTCGAAGCTCTGAAACATCTTTTGAAGATATTGAGGCTTCTATTTCACTTTTTTATGCCCTTGGTGAAGGAGTGAGCGAGGAAACAATGAAAAATGATAATGGGCCTATCGGGGAGATAATTCAATTGCTTTTATCATCTCAAGTTCCTTTTCATTCACATCGAGTTGTCGCACTTGTATA
TTTGGAAACAATCACTCGTTATGTGCGCTTTGTTCAACAGCATGTCGAATATATTCCTTTGGTCCTGTCTGCATTTCTCGATCAGAGAGGTATTCACCATCCAAACCAAGATGTAAGCGGCCGAGCAAGCTATCTGTTCATGAGGATTGTGAAAGCATTAAGGGCACAGCTCGTACCATTCATAGATGAAATTTTGCAGG
TTTGGGTTCTCTTACCCTCTTTTTCTTGAAGGCACTATGTTTGGCAAGTACAATCTTTAGCACGTACTTATTTCTTAATAGTTTACTGTGGTTGTTTCAATACCCATTGACATGCTTCCTGATTTTTTCCAATTAAAAGAGTCTGCAAGACACATTATCTCGTTTCACACAACTTGATGTGAACTCAAGCAAAGCAAATG
CACAAGGTTTCGAAGATGGAAGTCACACATTTGAGgtagacagattgtttttttattctcttgatatcatcccctttgcctattttaggcttacagttccctttttatctaggtttgttttgttgtaatttggtaaaaataaaacatttagcatttatttgaattgtattattgtttctactaatcgtgtttgttttcag
GCTATTGGCTTGTTGATTGGAATGGAGGAGGTGTCAGTAGAAAAACAGTCTGAATATCTTTCAGCTTTATTGGTTCCACTCTGTCAACAGGTCAATGTCTTGCTTGCTAATGCTTCAATGCAGGATCCAATAGAGTCTGCTGCAAAAGTGGCACGCCTACAACGTGTTATTTCAGCAATCAATTCTTTAAGCAAGGTTAC
TCTTTATATTTTAGCACATGTAGTGCAATTTTAAATTCTTGTATTCTAGGTATGTCTGTTGTCCATTTTATCATCCATCTTTTATTGGTGGCTTCTAAGTTCTACCTGTTTGTTGGAACTTCTTGGTCTTCAGGGGTTTGGTGAGCGCCTTA