NA ----> NA

Intron 1 GTAAGGAATA ... TGACTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	66.67	2	2	4
A2	100	0	9	4
A3	75	2	0	6
A4	71.43	4	3	10
A5	66.67	2	1	4
A6	63.53	31	6	54
A7	61.39	39	6	62
A8	70.45	26	2	62
A9	66.25	27	0	53
A10	63.53	31	1	54

>TRINITY_DN40847_c1_g1_i5 from sample A8 / Example spliced isoform

TTCTTTTTCACGCTATAAGAAACAGATGTCTATTCTGCAGTACAGATTCAGCCATTTTAAATTCTTTGTGTTTTTGACTTAAACGTGGGTGCGTCTATATTTGCTTACACTGTAAATATTGTTTGTTGTATCAGGGTTTTTTCAATTCCCGCTGGAAAACAATTTGGGGCAGTCCAAAAACGAAAATGCACTGTTAATTC
AGTTCAAGCACCTAGTAAGTATTCTGCTGTGACTGTTCCTTGACACCACTGAAATGTCCATCCTCTGATGGAGATATGGACAAAATGAAAGATGGACAGAATTCAAAAGATGAGGTAGAAAGTTTGAGGAAACCAAAGTTTAGAATTGTTGAAGATGACTCCAAACCCATTTTAAAAGATCCT

>TRINITY_DN40847_c1_g1_i10 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TTCGAAACTTAATATACATTACCATTCAGATGGTGCATTTCAATTGGCATATAATATTACATTTCTGATTTCTTCTATTCTCTAGCTATTTTGGATCTCAAAATTTCCAATCCTCGTGGTCTCTAATGCTTGATTTGCACTGACAGAGGTTTTTTCAATTCCCGCTGGAAAACAATTTGGGGCAGTCCAAAAACGGAAGC
AGTCTCAGATAATCTGAATGGATGATGATACATAGTCTGTTCTTTTAATCAAACCTGCTTACCATGGATGCTTACCATCAACAACATTAAATTGCAAAAACACAGTTCAAGCAGACCTTAACTGAACACTCTCCAGCCTGGATGATTCAGGGTTGCGAAGGATCATTCCTTGCATCATTTTGAGTGAATTTCAGGATATA
TGGATAAATGTAAAGATAGACAAAATTCAAATGATGAGGTAGAAAGTTTGAGGAAAAGCAAAGTTCATAATTTATGAAGACAACTCATTCTAAAAATCCCATATCCAGAAATCTAAATTTTTTGTTTTTTATAGGAAAATGCACTGTTAATTCAGTTCAAGCACCTAGTAAGTATTCTGCTGTGACTGTTCCTTGACACC
ATTGAAATGTCCATCCTCTGATGgtaaggaataagtcctaatgatttgaattgctaatgatgtataatgtttttttctttctttaaatatttccgccaaattgccagtgttcaccatggatgcatttatcatttaatgagcaacataaaaaattgcaaagttacaaatacagttaaagtggaccttaattgaacaccctc
caacccagatgactgctttagagttgcaaaggatcaatgcttgcatcattttgattgcctgaaggaaaaattaccacacaaaatctagtgaagtccatgactgatccttctcgtagttatttaaagatattttaactaaatctctgatctttgaatgactttcagGAGATATGGACAAAATGAAAGATGGACAGAATTCA
AAAGATGAGGTAGAAAGTTTGAGGAAACCAAAGTTTAGAATTGTTGAAGATGACTCCAAACCCATTTTAAAAGATCCTGTATCCAGTCATTTACATTTATATTTTGTTTCTAAATTAAAATGTATTCTCATGGTCTCTTTATAGACGCTATTTTTGTACTTTACTGTTATGATTTTGTGTTTTTGGTATTCTGAAGGAAT
GACTAGCAAGGATAACTAGTTTGTAGCCCAGGAAATGTTGACTTTACCTTCTGAAGCATCGTTCTCTTGAAGTGACAATTTTCTTTGACATTTGTAACCTCAGCTTCTGCGATCTAATCCAATTGAAACAGAGCAAGCGGTTCTTTGGTTGCCTCCATTTGATCCTAAACCAAAGAGATATAGTGGGGAGATGGATGTTT
CATAAGGTTGACTATTCTTGAAGAGTATCACCAGTCATGCACTCCAGGACTCTAATTTTGTACATGACATGCAAAATTGAAACATCTTTTGACAGTAAAAAATTTATGTTTTCATTCTTCTTTTGGTTGTTTTTCCTAGATGATTTCCTCTTTGCAATTATAGCATTTATTGCAAGAATGTAATATATTTAATTTACATG
ATTAGATTACAGAGGCAATTGTGAAATGTTTGGAACTTTGTTGACCATCGGATAAAATCATTCATGTAGTCACTCAGGAGTCAGGACCACTGATGTTTATTATGATATACTTTGATGTTTATACCTCTGTATAGGTCTTTTAACAAATCATGCCCGTTTTGTTAATAAATCAAATGAGCTAGCATTATGTTCCA

Intron 2 GTATCCAGTC ... GTAACCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.38	54	16.8	11
A2	20.93	52	15.6	12
A3	25.86	53	18.2	19
A4	27.4	36	14.2	13
A5	12.48	37	9.8	1
A6	24.04	591	205.8	171
A7	24.59	533	189.2	161
A8	23.58	596	178.2	191
A9	23.72	567	175.4	179
A10	23.03	430	149.6	110

>TRINITY_DN112221_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

GTGCATTTCAATTGGCATATAATATTACATTTCTGATTTCTTCTATTCTCTAGCTATTTTGGATCTCAAAATTTCCAATCCTCGTGGTCTCTAATGCTTGATTTGCACTGACAGAGTTTTTTCAATTCCCGCTGGAAAACAATTTGGGGCAGTCCAAAAACGAGATATGGACAAAATGAAAGATGGACAGAATTCAAAAG
ATGAGGTAGAAAGTTTGAGGAAACCAAAGTTTAGAATTGTTGAAGATGACTCCAAACCCATTTTAAAAGATCCTCTTCTGCGATCTAATCCAATTGAAACAGAGCAAGCGGTTCTTTGGTTGCCTCCATTTGATCCTAAACCAAAGAGATATAGTGGGGAGATGGATGTTTCATAAGGTTGACTATTCTTGAAGAGTATC
ACCAGTCATGCACTCCAGGACTCTAATTTTGTACATGACATGCAAAATTGAAACATCTTTTGACAGTAAAAAATTTATGTTTTCATTCTTCTTTTGGTTGTTTTTCCTAGATGATTTCCTCTTTGCAATTATAGCATTTATTGCAAGAATGTAATATATTTAATTTACATGATTAGATTACAGAGGCAATTGTGAAATGT
TTGGAACTTTGTTGACCATCGGATAAAATCATTCATGTAGTCACTCAGGAGTCAGGACCACTGATGTTTATTATGATATACTTTGATGTTTGTACCTCTGTATAGGTCTTTTAACAAATCATGCCCGTTTTGTTAATAAATCAAATGAGCTAGCATTATGTTCCTTTATTTAATATCTACAGGTTGAAGATCGATGAGAC
CTTTCATGATAATGTTGACTTTTCTATTTATGTTGGTAACCAATATTGTCTTCTGAAGAGAGTTTGGTTTGGGAT

>TRINITY_DN112221_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CGTAGTTATTTAAAGATATTTTAACTAAATCTCTGATCTTTGAATGACTTTCAGGAGATATGGACAAAATGAAAGATGGACAGAATTCAAAAGATGAGGTAGAAAGTTTGAGGAAACCAAAGTTTAGAATTGTTGAAGATGACTCCAAACCCATTTTAAAAGATCCTgtatccagtcatttacatttatattttgtttct
aaattaaaatgtattctcatgttctctttatagatgctgtttttgtgctttactgttatgattttgtgtttttggtattctgaaggaatgactagcaaggataactagtttgtagcccaggaaatgttgactttaccttctgaagcatcgttctcttgaagtgacaattttctttgacatttgtaacctcagCTTCTGCG
ATCTAATCCAATTGAAACAGAGCAAGCGGTTCTTTGGTTGCCTCCATTTGATCCTAAACCAAAGAGATATAGTGGGGAGATGGATGTTTCATAAGGTTGACTATTCTTGAAGAGTATCACCAGTCATGCACTCCAGGACTCTAATTTTGTACATGACATGCAAAATTGAAACATCTTTTGACAGTAAAAAATTTATGTTT
TCATTCTTCTTTTGGTTGTTTTTCCTAGATGATTTCCTCTTTGCAATTATAGCATTTATTGCAAGAATGTAATATATTTAATTTACATGATTAGATTACAGAGGCAATTGTGAAATGTTTGGAACTTTGTTGACCATCGGATAAAATCATTCATGTAGTCACTCAGGAGTCAGGACCACTGATGTTTATTATGATATACT
TTGATGTTTGTACCTCTGTATAGGTCTTTTAACAAATCATGCCCGTTTTGTTAATAAATCAAATGAGCTAGCATTATGTTCCTTTATTTAATATCTACAGGTTGAAGATCGATGAGACCTTTCATGATAATGTTGACTTTTCTATTTATGTTGGTAACCAATATTGTCTTCTGAAGAGAGTTTGGTTTGGGAT

Intron 3 GTAGAAAGTT ... GTAACCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	64.48	25.7	47	11
A2	60.19	23.3	35.7	12
A3	62.25	27	45	19
A4	52.47	17	19	13
A5	62.37	23	39	1
A6	58	381.7	533.7	171
A7	59.33	338.7	498.7	161
A8	58.38	323	456.7	191
A9	56.13	404	525.3	179
A10	64.99	206.7	386.3	110

>TRINITY_DN40180_c0_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoform

TTCAGATGGTGCATTTCAATTGGCATATAATATTACATTTCTGATTTCTTCTATTCTCTAGCTATTTTGGATCTCAAAATTTCCAATCCTCGTGGTCTCTAATGCTTGATTTGCACTGACAGAGTTTTTTTCAATTCCCGCTGGAAAACAATTTGGGGCAGTCCAAAAACGAGATATGGACAAAATGAAAGATGGACAGA
ATTCAAAAGATGAGCTTCTGCGATCTAATCCAATTGAAACAGAGCAAGCGGTTCTTTGGTTGCCTCCATTTGATCCTAAACCAAAGAGATATAGTGGGGAGATGGATGTTTCATAAGGTTGACTATTCTTGAAGAGTATCACCAGTCATGCACTCCAGGACTCTAATTTTGTACATGACATGCAAAATTGAAACATCTTT
TGACAGTAAAAAATTTATGTTTTCATTCTTCTTTTGGTTGTTTTTCCTAGATGATTTCCTCTTTGCAATTATAGCATTTATTGCAAGAATGTAATATATTTAATTTACATGATTAGATTACAGAGGCAATTGTGAAATGTTTGGAACTTTGTTGACCATCGGATAAAATCATTCATGTAGTCACTCAGGAGTCAGGACCA
CTGATGTTTATTATGATATACTTTGATGTTTGTACCTCTGTATAGGTCTTTTAACAAATCATGCCCGTTTTGTTAATAAATCAAATGAGCTAGCATTATGTTCCTTTATTTAATATCTAC

>TRINITY_DN40180_c0_g1_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CAGATGTCTATTCTGCAGTACAGATTCAGCCATTTTAAATTCTTTGTGTTTTTGACTTGAACGTGGGTGCGTCTATATTTGCTTACACTGTAAATATTGTTTGTTGTATCAGGTTTTTTTCAATTCCCGCTGGAAAACAATTTGGGGCAGTCCAAAAACGAGATATGGACAAAATGAAAGATGGACAGAATTCAAAAGAT
GAGgtagaaagtttgaggaaaccaaagtttagaattgttgaagatgactccaaacccattttaaaagatcctgtatccagtcatttacatttatattttgtttctaaattaaaatgtattctcatggtctctttatagacgctatttttgtactttactgttatgattttgtgtttttggtattctgaaggaatgactag
caaggataactagtttgtagcccaggaaatgttgactttaccttctgaagcatcgttctcttgaagtgacaattttctttgacatttgtaacctcagCTTCTGCGATCTAATCCAATTGAAACAGAGCAAGCGGTTCTTTGGTTGCCTCCATTTGATCCTAAACCAAAGAGATATAGTGGGGAGATGGATGTTTCATAAG
GTTGACTATTCTTGAAGAGTATCACCAGTCATGCACTCCAGGACTCTAATTTTGTACATGACATGCAAAATTGAAACATCTTTTGACAGTAAAAAATTTATGTTTTCATTCTTCTTTTGGTTGTTTTTCCTAGATGATTTCCTCTTTGCAATTATAGCATTTATTGCAAGAATGTAATATATTTAATTTACATGATTAGA
TTACAGAGGCAATTGTGAAATGTTTGGAACTTTGTTGACCATCGGATAAAATCATTCATGTAGTCACTCAGGAGTCAGGACCACTGATGTTTATTATGATATACTTTGATGTTTGTACCTCTGTATAGGTCTTTTAACAAATCATGCCCGTTTTGTTAATAAATCAAATGAGCTAGCATTATGTTCCTTTATTTAATATC
TAC