sp|Q9LK50|AB26G_ARATH ----> ABC transporter G family member 26

Intron 1 GTAAGCTAGG ... CTGAATTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	29.44	193.3	99	62
A2	21.14	115.7	32	30
A3	28.86	121	58	40
A4	36.11	79.7	52	38
A5	29.32	38.7	22	10
A6	25.37	28	10	9
A7	51.18	52.3	61	48
A8	36.47	83	56	39
A9	37.34	49.7	35	24
A10	58.88	19.7	28	28

>TRINITY_DN46103_c0_g1_i7 from sample A8 / Example spliced isoform

ATATTACTACATCTTTGAGGTTTGAAACACAAGGACCGTAAACAGAACAGGGCAGTTAACTGGCTACAAGCTAGTTCCAGGCTCAAATTGCTTACCATTGGCACGGTCTGAAGCTAAGTTTGAGCTTCCTTTTTAAGGAATAACCTTTGGGTAACTCAATATATTAAAGATGAGCAATATCCAGGAGGTGAATTTCCTAA
TCAAAATCCACGTGTTGTAGAAGGATTGCATACGTGGAGCAAAATCGAAGCCTTGATGAGGCTGATATTGTTCTATGTTTAGTCATTATTCCCATCCTTTGCGTCTTTATCATGACGAGGCAGTTTAATATTCTGCTGGTTGTGTTTTATGTTTGAATTTTGTTTTTGCAATCTTAATTTTATGAAGCGTTTTTCTCTCT
AGTCTCCTAACATCATAATGATGTGAAGTGAGGTTTTCATTGGTTCTCTTCTGGAGTTTTTGTAGTTTGCAAACCATTGTTATGCCATGGAGGAGTTTTAGAAAATCAGGAATGCATACATATTAAATTGTATTCTTTATAAAACATTTCTTTTGCAAATTTGTAATGCTGTAGATTGGCCACTTGGAATGCATTTGCAG
AGGAGGAATTGAGTTCTGATTTCCTGCTCCCAATCTCTGTTAAGGTAGCTTGTAGCCCTTCTATCTAGAAAATGCAGGCCTAACCATGATGTTCTACAGTTTACAGACCTGGAATGCACAGTGCGATATAAATCTGCACAGGGTTTCAAATGGAATCCCACGAGAGGCATTAGAAGGGTGGTGAAGAACCAGACAGATCG
GAAGAAAATTCTCAATGCAATCACAGGGTATGTCGCATCTAAAGCAAATTCTGGCTTTAATGGGGCCTTCAGGCAGCGGTAAAACGACATTACTCAAAATTATTGGAGGAAAAATCCAAGGGAAGTTGACTGGTCCTTTAACAGATAACGGGGTTCCTTACAGCAATGCCCTAAAGAGAAGATGCCGAAATGCAATAGTT
GGTGGATACTTATTGCGTGGTGTTTCTGGAGGGGAGAAGAAGAGGACTTGTATTTCCTGTAAAATACTAGCGGATCCATCATTTCTATTGTTAGATGAACTCACATCAGGCCTTGATTCATCCACTTCGCTCAAGCTACTGCATGTTCTCAACAACGTTGCAAAGCTACACTAGTAACTCTCTAATATTGCTTATTGTTT
TATTTGCTTGCAAACAAAACAGTTGAAGGTCTTATGGGTCTCTGAGGAGCAGATGTGAGTATGATGTGTGAAGTAACTTATATGCAGAGTGGCACTACTATAATTATATGATTATGATGTGTGATGTAAATTATATGCAGAGTGGCACTATTATAATTACAACAATACATCAGCCAAGTAGTAGGGTCATTCCTATGTTT
GACAGACTCTTGGTAATATCAGAAGGACAGCCTATATTTTCAGGTGAAGCAAGATATGCCATGGGTTATTTTGATAATATTGGATTTGTTCTAAATATCCCAATGAATCCTGCAGATTTTCTACTAGATTTTGAAACTGGAGATATGTCTATGATTTCCACACCAATAGAGCTGAGTACAACAATGGAAAATGAAAATAC
AAAAGAAATTGAAAGGATGGTTGTTGAGTGTATACCGGAAGGACACAAAGTTGAATTGGAGCCTCAAGAAAGAAAAATTATGGAAGTACATAAAGTTGAAAGTAAACTGCAGGAAAGAATAAATCTAAAGAATGAATGGCCG

>TRINITY_DN46103_c0_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:

ATATTACTACATCTTTGAGGTTTGAAACACAAGGACCGTAAACAGAACAGGGCAGTTAACTGGCTACAAGCTAGTTCCAGGCTCAAATTGCTTACCATTGGCACGGTCTGAAGCTAAGTTTGAGCTTCCTTTTTAAGGAATAACCTTTGGGTAACTCAATATATTAAAGATGAGCAATATCCAGGAGGTGAATTTCCTAA
TCAAAATCCACGTGTTGTAGAAGGATTGCATACGTGGAGCAAAATCGAAGCCTTGATGAGGCTGATATTGTTCTATGTTTAGTCATTATTCCCATCCTTTGCGTCTTTATCATGACGAGGCAGTTTAATATTCTGCTGGTTGTGTTTTATGTTTGAATTTTGTTTTTGCAATCTTAATTTTATGAAGCGTTTTTCTCTCT
AGTCTCCTAACATCATAATGATGTGAAGTGAGGTTTTCATTGGTTCTCTTCTGGAGTTTTTGTAGTTTGCAAACCATTGTTATGCCATGGAGGAGTTTTAGAAAATCAGGAATGCATACATATTAAATTGTATTCTTTATAAAACATTTCTTTTGCAAATTTGTAATGCTGTAGATTGGCCACTTGGAATGCATTTGCAG
AGGAGGAATTGAGTTCTGATTTCCTGCTCCCAATCTCTGTTAAGGTAGCTTGTAGCCCTTCTATCTAGAAAATGCAGGCCTAACCATGATGTTCTACAGTTTACAGACCTGGAATGCACAGTGCGATATAAATCTGCACAGGGTTTCAAATGGAATCCCACGAGAGGCATTAGAAGGGTGGTGAAGAACCAGACAGATCG
GAAGAAAATTCTCAATGCAATCACAGGGTATGTCGCATCTAAAGCAAATTCTGGCTTTAATGGGGCCTTCAGGCAGCGGTAAAACGACATTACTCAAAATTATTGGAGGAAAAATCCAAGGGAAGTTGACTGGTCCTTTAACAGATAACGGGGTTCCTTACAGCAATGCCCTAAAGAGAAGATGCCGAAATGCAATAGTT
GGTGGATACTTATTGCGTGGTGTTTCTGGAGGGGAGAAGAAGAGGACTTGTATTTCCTGTAAAATACTAGCGGATCCATCATTTCTATTGTTAGATGAACTCACATCAGGCCTTGATTCATCCACTTCGCTCAAGCTACTGCATGTTCTCAACAACGTTGCAAAGCTACACTAGTAACTCTCTAATATTGCTTATTGTTT
TATTTGCTTGCAAACAAAACAGTTGAAGGTCTTATGGGTCTCTGAGGAGCAGATGTGAGTATGATGTGTGAAGTAACTTATATGCAGAGTGGCACTACTATAATTATATGATTATGATGTGTGATGTAAATTATATGCAGAGTGGCACTATTATAATTACAACAATACATCAGCCAAGTAGTAGGGTCATTCCTATGTTT
GACAGACTCTTGGTAATATCAGAAGGACAGCCTATATTTTCAGGTGAAGCAAGATATGCCATGGGTTATTTTGATAATATTGGATTTGTTCTAAATATCCCAATGAATCCTGCAGATTTTCTACTAGATTTTGAAACTGGAGATATGTCTATGATTTCCACACCAATAGAGCTGAGTACAACAATGGAAAATGAAAATAC
AAAAGAAATTGAAAGGATGGTTGTTGAGgtaagctaggttaggtattttcatctagttagttggatatttgtagtccttacagtaaatcctgttttgttaatttttcagcattttttttcattaagggaatgccctttggaattaacaccattttaaagtttaaacactgaattcagTGTATACCGGAAGGACACAAAGT
TGAATTGGAGCCTCAAGAAAGAAAAATTATGGAAGTACATAAAGTTGAAAGTAAACTGCAGGAAAGAATAAATCTAAAGAATGAATGGCCG

Intron 2 GTCTGTTTCA ... TTAACAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	30.45	185	82	80
A2	31.55	128	60	58
A3	34.78	135	73	71
A4	33.66	100	49	52.5
A5	33.33	56	27	29
A6	24.47	71	16	30
A7	23.02	102	24	37
A8	24.9	141	37	56.5
A9	22.58	84	23	26
A10	22.77	78	15	31

>TRINITY_DN136569_c4_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

CATTTTATGGCCAATTTTCAAAGGACTTTATCTGTAGTTTTCCTCAACTTGCTTGAAGTATATGTAGTGATGATCACAGCTCATGTAAGTTGTGATTCTGTATCCTATCATTTGAGTTCTATAAATTTCCATCAGAATTTTATTTTCTTTATTAATCATGGAACTTTTAGAACCTTGGTGTTTACCTAGTTATCTTATCT
CTATATAAATGCACTGCCTTGCTTTGACAAATTTGTTATTAACATGAGAAGGGAGTTGGAGTGTTGATGGGTGCTGCAGTTCCTGATATTAAACGGACGGGGTTAGTGGCATCTATTGTTTTGCTTGTGTTCATGATCACTGGAGGATTTTACATTCAGTACGTGCCTGTCTTCATAGCATGGTTGAAATGTGTCTCATT
TGTCTTCTATGGAGTTCGCTTCGCGGTGAAAATGCATTACTCTCCACATCAGATCTATGATTGCACGGGACCAGGTGGCTGTGAAAGCCTTCAGAGCTGGCCCAATTTTGAGACCAAGGGCTTGTATGGTGGTATGCAGGAGGT

>TRINITY_DN136569_c4_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GAATTTCCTAATCAAAATCCACGTATTGGAGAAGGATTGCATACATGGAGCAAAATCGAAGCCTTGATGAGGCTGATATTGTTCTATGTTTAGTCATTATTCCCATCCTTTGCGTCTTTATCATGTCGAGGCAGTTTAATATTCCGCTGGTTGTGTTTTATGTTTGACTTTTGTTTTTGCAATCTTAATTTTATGAAGCG
TTTTTTTCTCTCTAGTCTCCTGACATCATAATGATGTGAAGCGAGGTTTTCATTGCTTCTCTTCTGGAGTTTTTGTAGTTTGCAAACCATTGTTATGCCATGGAGGAGTTTTAGAAAATCAGGAATGCATACATATTAAATTGTATTCTTTATAAAACATTTCTTTTGCAAATTTGAAATGCTGTAGATTGGCCACTTGG
AATGCATTTGCAGAGGAGGAATTGAGTTCTGATTTCCTGCTCCCAATCTCTGTTAAGGTAGCTTGTAGCCCTTCTATCTAGAAAATGCAGGCCTAACCATGATGTTCTTCAGTTTACAGACCTGGAATGCACAGTGCGATATAAATCTGCACAGGGTTTCAAATGGAATCCCATGAGAGGCATTAGAAGGGTGGTGAAGA
ACCAGACAGATCGGAAGAAAATTCTCAATGCAATCACAGGGTATGTCGCATCTAAAGCAAATTCTGGCTTTAATGGGGCCTTCAGGCAGCGGTAAAACGACATTACTCAAAATTATTGGAGGAAGAATCCAAGGGAAGTTGACTGGTCCTTTAACAGATAACGGGGTTCCTTACAGCAATGCCCTAAAGAGAAGATGCCG
AAATGCAATAGTTGGTGGATACTTATTGCGTGGTGTTTCTGGAGGGGAGAAGAAGAGGACTTGTATTTCCTGTAAAATACTAGCGGATCCATCATTTCTATTGTTAGATGAACTCACATCAGGCCTTGATTCATCCACTTCGCTCAAGCTACTGCATGTTCTCAACAACGTTGCAAAGGTACACTAGTAACTCTCTGATA
TTGCTTATTGTTTTATTTGCTTGCAAACAAAACAGTTGAAGGTCTTATGGGTCTCTGAGGAGCAGATGTGAGTATGATGTGTGAAGTAACTTATATGCAGAGTGGCACTACTATAATTATATGATTATGATGTGTGATGTAAATTATATGCAGAGTGGCACTATTATAATTACAACAATACATCAGCCAAGTAGTAGGGT
CATTCCTATGTTTGACAGACTCTTGGTAATATCAGAAGGACGGCCTATATTTTCAGGTGAAGGAAAATATGCCATGGGTTATTTTGATAACATTGGATTTGTTCGAAATATCCCAATGAATCCTGCAGATTTTCTACTAGATTTGGAAACTGGAGATATGTCTATGATTTCCACACCAATAGAGCTGAGTACAACAATGG
AAAATGAAAATACAAAAGAAATTGAAAAGATGGTTGTTGAGTGTATACAGGAAAGACACAAGGTTGAATTGGAGCCTCAAGAAAGAAAAAATATGGAAGCGCATAAAGTTGAAAGTAAACTGCAGGAAAGAAGAAATCTAAAGAATGAATGGTCTACATCATGGACTGAACAATTCTCAACACTTTTTGTCCGGACATTC
GAACAACATCAAACTTTTCTTTGGTGGAAATCTGAAATTTGGACAGAAACACAACTTAGAGTTCAGGTTGGATTGTTGTTCTACCTAGTTCTTTATTGGGCATCGACAGGGCTGTTTGGTGCTTGTTTTGTGTTTCCCACTGAACGAGAATTGCTGACGAAGGAGAGGAGTGCCAACATGTATCGCTTAAGTGCATACCG
TATAAGCAGCACATTGTGTGATAGCGTAGAGAAATTTTTTTATGCAACTATTTTCTATTGCATACTACATTTTATGGCCAATTTTCAAAGGACTTTATCTGTAGTTTTCCTCAACTTGCTTGAAGTATATGTAGTGATGATCACAGCTCATGTAAGTTGTGATTCTGTATCCTATCATTTGAGTTCTATAAATTTCCATC
AGAATTTTATTTTCTTTATTAATCATGGAACTTTTAGAACCTTGGTGTTTACCTAGTTATCTTATCTCTATATAAATGCACTGCCTTGCTTTGACAAATTTGTTATTAACATGAGAAGGGAGTTGGGGTGTTGATGGGTGCTGCAGTTCCTGATATTAAACGGACGGGGTTAGTGGCATCTATTGTTTTGCTTGTGTTCA
TGATCACTGGAGGATTTTACATTCAGgtctgtttcaaccgtaaatttagtttccttttgtttaatttggcacaatttcttccttgaatccatgtttataatatttgtattgtttcaaacttattaaccaactatgccatgtttttgtaattaacaacagTACGTGCCTGTCTTCATAGCATGGTTGAAATATGTCTCATT
TGTCTTCTATGGATTTCGCTTCACGGTGAAAATGCATTACTCTCCACATCAGATCTATGATTGCACGGGACCAGGTGGCTGTGAAAGCCTTCAGAGCTGGCCCAATTTTGAGACCAAGGGCTTGTATGGTGGTATGCAGGAGGTCTGGATATTAATACCAATGGCTTTTGCATACCGCATTATGGCCTACTTCTACTTGA
ACAAGATCAAGCTCATATGAAAACATTCATTTATACTACCGATCTGGATGTACTTGGGTTGCCATGGATGCTTTCTAGGGCCACGTATTGACATGCCTTTTGTTTCTCTTTCTTTATTTTATTTTTGTTATTTTGGTTGCTTTTTTCTATGGTTATTTATCTTTTGGTATTGTTTTTTTTTCTTTTTATATTGCTATGGT
TATTTTTTTGTATTTTGTGAGCATGGCCATGCTAATTTATGGTTTGTTATTTTATTTTCCTTCTTGCCTTGTCTTCAATTTTTCTTTGGGTTTTCCTCACGTGTAGTGGGCAATGGTGATGGAGGTATGTATGGAGTAATTTACTCATTTGCAGGTACATAAATTTAAGGTTCCATGCAATTTTAATTTAGCTTATTCAC
TTGACATAATTGCATGATGTTTCTTTGTTTAAATTTAGAGGCAATGCAGGTATAGTATATAGACACTATTAAATAATTTATGATTTGAATTTTTTTGTTGGGTTCAG

Intron 3 GTAGCTTGTA ... TGTTCTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	55.17	86.8	95.9	120.4
A2	54.09	62.9	64	85.4
A3	53.67	79.8	87.1	99.2
A4	56.54	40.3	51.6	54.9
A5	51.16	38.7	34.3	47
A6	59.36	2.9	6.9	2
A7	52.57	13.4	13.1	16.7
A8	61.01	13.2	19.7	22.1
A9	66.13	9.6	16.3	21.3
A10	51.13	13.6	11.4	16.9

>TRINITY_DN125535_c3_g2_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

GGGATTTCTACAAATGTGTTTTTTCTTACCATAACAGTAATGCGTTGTTGAGATTGATATTATATAATGTGTAACCTGTTTGAAGTTCCAGTGTAGGTAGGTTGTCATTTACACTTTTCTGGCTATTACCTTTGTTTCAAATGTACAACGAATTTATTTTTAGTTAATAGAGTAGCTAATTGTTTAGCATTATCATTTAC
AGGTTCGGAACACAAGGACCGTAAACAGAACAGGGCAGTTAACAGGCTACAAGCTAGTGCCAGGCTCAAATTGCTTACCATTGGCAGGGTCTGAAGCTAAGTTTCTTAGGCGAGCTGCCTTTTTACGGCATAACCTTTGGGTAACTCAATATATTAAAGATGAGCAATATCCAGGAGGTGAATTTCCTAATCAAAATCCA
CGTGTTGGAGAAGGATTGCATATGTGGAGCAAAATCGAAGCCTTGATGAGGCTGATATTGTTCTATGATTGGCCGCTTGGAATGCATTTGCAGAGGAGGAATTGAGTTCTGATTTCCTGCTCCCAATCTCTGTTAAGTTTACAGACCTGGAATGCACAGTGCGATATAAATCTGCACAGGGATTCAAATCGAATCCCATG
AGAGGCATTAGAAGGGTGGTGAAGAACCAGACAGATCGGAAGAAAATTCTCAATGGAATCACAGGGTATGTCGCATCTAAAGCAAATTCTGGCTTTAATGGGGCCTTCAGGCAGCGGTAAAACGACATTACTCAAAATTATTGGAGGAAAAATCCAAGGGAAGTTGACTGGTTCTTTAACATATAACGGGGTTCCTTACA
GCAATGCCCTAAAGAGAAGATGCCGAAATGCAATAGTTGGTGGATACGTTTTGCGTGGTTTTTCTGGAGGGGAGAAGAAGAGGACTTGTATTTCCTGTAAAATACTAGTGGATCCATCATTTCTATCGCTAGATGAACTCACATCAGGCCTTGATTCATCCACTTCGCTCAAGCTACTGAATGTTCTCAACAACATTGCA
AAGAGTGGCACTATTATAATTACAACAATACATCAGCCAAGTAGTAGGGTCATTCATATGTTTGACAGACTCTTGCTAATATCAGAAAGACGGCCTATATTTTCAGGTGAAGGAAAATATGCCATGGGTTATTTTGATAACATTGGATTTGTTCGAAATATCCCAATGAATCCTGCAGATTTTCTACTAGATTTGGAAAC
TGGAGATATGTCTATGATTTCCACACCAATAGAGCTGAGTAGAACAATGGAAAATGAAAAATACAAAAGAAATTGAAAAGATGGTTGTTGAGTGTATACAGGAAAGACACAAAGTTAAATTGGAGCCTCAAGAAAGAAAAATTATGGAAGTACATAAAGTTGAAAGCAAACTGCAGGAAAGCCTAAATCGAAAGAATGAA
TGGTCTACATCATG

>TRINITY_DN125535_c3_g2_i12 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GTTCTGATTTCCTGCTCCCAATCTCTGTTAAGgtagcttgtagcccttctatctagaaaatgcaggcccaaccatgatgttctacagTTTACAGACCTGGAATGCACAGTGCGATATAAATCTGCACAGGGTTTCAAATGGAATCCCACGAGAGGCATTAGAAGGGTGGTGAAGAACCAGACAGATCGGAAGAAAATTCT
CAATGCAATCACAGGGTATGTCGCATCTAAAGCAAATTCTGGCTTTAATGGGGCCTTCAGGCAGCGGTAAAACGACATTACTCAAAATTATTGGAGGTAAAATCCAAGGGAAGTTGACTGGTCCTTTAACAGATAACGGGGTTCCTTACAGCAATGCCCTAAAGAGAAGATGCCGAAATGCAATAGTTGGTGGATACGTT
TTGCGTGGTTTTTCTGGAGGGGAGAAGAAGAGGACTTGTATTTCCTGTAAAATACTAGTGGATCCATCATTTCTATCGCTAGATGAACTCACATCAGGCCTTGATTCATCCACTTCGCTCAAGCTACTGAATGTTCTCAACAACATTGCAAAGAGTGGCACTATTATAATTACAACAATACATCAGCCAAGTAGTAGGGT
CATTCATATGTTTGACAGACTCTTGCTAATATCAGAAGGACGGCCTATATTTTCAGGTGAAGGAAAATATGCCATGGGTTATTTTGATAACATTGGATTTGTTCGAAATATCCCAATGAATCCTGCAGATTTTCTACTAGATTTGGAAACTGGAGATATGTCTATGATTTCCACACCAATAGAGCTGAGTAGAACAATGG
AAAATGAAAAATACAAAAGAAATTGAAAAGATGGTTGTTGAGTGTATACAGGAAAGACACAAAGTTAAATTGGAGCCTCAAGAAAGAAAAATTATGGAAGTACATAAAGTTGAAAGCAAACTGCAGGAAAGCCTAAATCGAAAGAATGAATGGTCTACATCATG

Intron 4 GTCAGTACAA ... CATTCACCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	40.55	112.5	77.7	75.8
A2	33.51	93.3	52.1	42
A3	29.91	117.3	48.9	51.3
A4	38.89	59	45.3	29.8
A5	31.49	35.1	16.3	16
A6	38.59	12	1	14.1
A7	17.29	33	8.3	5.6
A8	16.1	38	7.7	6.9
A9	24.23	31	5	14.8
A10	20.55	30.9	2	14

>TRINITY_DN49137_c1_g1_i11 from sample A7 / Example spliced isoform

CTCAATATAATAAAGATGATCAATATCCAGGAGGTAAATTTCCTAATCAAAATCCACGTGTTGGAGAAGGATTGCATATGTGGAGCAAAATCGAAGCCTTGATGAGGCTGATATTGTTCTATGTTTAGTCATTATTCCCATCCTTTGCGTCTTTATCATGACGAGGCAGTTTAATATTCTGCTGGTTGTGTTTTATGTTT
GAATTTTGTTTTTGCAATCTTAATTTTATGAAGCGTTTTTCTCTCTAGTCTCCTAACATCATAATGATGTGAAGTGAGGTTTTCATTGGTTCTCTTCTGGAGTTTTTGTAGTTTGCAAACCATTGTTATGCCATGGAGGAGTTTTAGAAAATCAGGAATGCATACATATTAAATTGTATTCTTTATAAAACATTTCTTTT
GCAAATTTGTAATGCTGTAGATTGGCCACTTGGAATGCATTTGCAGAGGAGGAATTGAGTTCCGATTTCCTGCTCCCAATCTCTGTTAAGGTAGCTTGTAGCCCTTCTATCTAGAAAATGCAGGCCTAACCATGATGTTCTACAGTTTACAGACCTGGAATGCACAGTGCGATATAAATCTGCACAGGGTTTCAAATGGA
ATCCCACGAGAGGCATTAGAAGGGTGGTGAAGAACCAGACAGATCGGAAGAAAATTCTCAATGCAATCACAGGGTATGTCGCATCTAAAGCAAATTCTGGCTTTAATGGGGCCTTCAGGCAGCGGTAAAACGTCATTACTCAAAATTATTGGAGGTAGAATCCAAGGGAAGTTGACTGGTCCTTTAACAGATAACGGGGT
TCCTTACAGCAATGCCCTAAAGAGAAGATGCCGAAATGCAATAGTTGGTGGATACTTTTTGCGGGGTTTTTCTGGAGGGGAGAAGAAGAGGACTTGTATTTCCTGTAAAATACTAGTGGATCCATCATTTCTATCGTTAGATGAACTCACATCAGGCCTTGATTCATCCACTTCGCTCAAGCTACTGCATGTTCTCAACA
ACATTGCAAAGAGTGGCACTATTATAATTACAACAATACATCAGCCAAGTAGTAGGGTCATTCCTATGTTTGACAGACTCTTGGTAATATCAGAAGGACGGCCTATATTTTCAGGTCAAGCAAGATATGCCATGGGTTATTTTGATAACATTGGATTTGTTCCAAATATCCCAGTGAATCCTGCAGATTTTGTACTAGAT
TTGGCAACTGGAGATATGTCTATGATTTCCACACCAATAGAGCTGAGTAGAACAATGGAAAATGAAAATACAAAAGAAATTGAAAGGATGGTTGTTGAGGTAAGCTAGGTTAGGTATTTTCATCTAGTTAGTTAAATATTTGTAGTCCTTATAGTAAATCCTGTTTTGTTAATTTTTCAGCATTTTTTTTCATTAAGGGA
ATGTCCTGTGGAATTAACACCATTTTAAACACTGAATTCAGTGTATACAGGAAAGACACAGTTGAATTGGAGCCTCAAGGAAGAAAAATTATGGAAGGGCATAAAGTTGAAAGTAAACTGCAGGAAAGAATAAATCTAAAGAATGAATGGTCTACATCATGGACTGAACAATTCTCAACACTTTTAGTCCGGACATTTGA
ACAACACCAAATTTTCTTTGGTGGAAATCTGAAATTTGGACAGAAG

>TRINITY_DN49137_c1_g1_i10 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CTCAATATAATAAAGATGATCAATATCCAGGAGGTAAATTTCCTAATCAAAATCCACGTGTTGGAGAAGGATTGCATATGTGGAGCAAAATCGAAGCCTTGATGAGGCTGATATTGTTCTATGTTTAGTCATTATTCCCATCCTTTGCGTCTTTATCATGACGAGGCAGTTTAATATTCTGCTGGTTGTGTTTTATGTTT
GAATTTTGTTTTTGCAATCTTAATTTTATGAAGCGTTTTTCTCTCTAGTCTCCTAACATCATAATGATGTGAAGTGAGGTTTTCATTGGTTCTCTTCTGGAGTTTTTGTAGTTTGCAAACCATTGTTATGCCATGGAGGAGTTTTAGAAAATCAGGAATGCATACATATTAAATTGTATTCTTTATAAAACATTTCTTTT
GCAAATTTGTAATGCTGTAGATTGGCCACTTGGAATGCATTTGCAGAGGAGGAATTGAGTTCCGATTTCCTGCTCCCAATCTCTGTTAAGGTAGCTTGTAGCCCTTCTATCTAGAAAATGCAGGCCTAACCATGATGTTCTACAGTTTACAGACCTGGAATGCACAGTGCGATATAAATCTGCACAGGGTTTCAAATGGA
ATCCCACGAGAGGCATTAGAAGGGTGGTGAAGAACCAGACAGATCGGAAGAAAATTCTCAATGCAATCACAGGGTATGTCGCATCTAAAGCAAATTCTGGCTTTAATGGGGCCTTCAGGCAGCGGTAAAACGTCATTACTCAAAATTATTGGAGGTAGAATCCAAGGGAAGTTGACTGGTCCTTTAACAGATAACGGGGT
TCCTTACAGCAATGCCCTAAAGAGAAGgtcagtacaagtttaaatcttatttatatattaaaacttcatagaaaatcttagatggtagttttaaacaaacatggtcaagaattgagcataaatcctatgtatgttttctagtagttcaaaggaatgaagtgtttctttcaattcattgcaaatgcttttaggaagtgaga
ataaaaaacaatgtccttgtaagattacttaggttgaccaatatatttcaaggccacaaacagaagtaatcaaaggtctattcaagtcaactagagcataactttagcaagtgtttagctatatcactatacttttactacaatctgctaaggactaggtcattgaagagttacaatgatctgcggggctagtctatttg
aaaacttggtttgcaggataggatttgtaacacaagagggcatactatacaacaagttaacagtttatgaaacatttatttttgttgccaagttgaggctacctagtaatatgagcaaacaacaaaagcttgcaaaagtagagacaacacttcaaagtcttcgcttggaaaggtatcctcagtttattaatatgggtagc
tactagacatgatatgattggaatgtgaaggaatcaaatataactgcatacacaaatataaaatctgtatacatgggaagttgtttgcaactgaaaacatacgttgtagcttaatgtttattcatttcacattcaccagATGCCGAAATGCAATAGTTGGTGGATACGTTTTGCGGGGTTTTTCTGGAGGGGAGAAGAAG
AGGACTTGTATTTCCTGTAAAATACTAGTGGATCCATCATTTCTATCGCTAGATGAACTCACATCAGGCCTTGATTCATCCACTTCGCTCAAGCTACTGAATGTTCTCAACAACATTGCAAAGAGTGGCACTATTATAATTACAACAATACATCAGCCAAGTAGTAGGGTCATTCCTATGTTTGACAGACTCTTGGTAAT
ATCAGAAGGACGGCCTATATTTTCAGGTCAAGCAAGATATGCCATGGGTTATTTTGATAACATTGGATTTGTTCCAAATATCCCAGTGAATCCTGCAGATTTTGTACTAGATTTGGCAACTGGAGATATGTCTATGATTTCCACACCAATAGAGCTGAGTAGAACAATGGAAAATGAAAATACAAAAGAAATTGAAAGGA
TGGTTGTTGAGGTAAGCTAGGTTAGGTATTTTCATCTAGTTAGTTAAATATTTGTAGTCCTTATAGTAAATCCTGTTTTGTTAATTTTTCAGCATTTTTTTTCATTAAGGGAATGTCCTGTGGAATTAACACCATTTTAAACACTGAATTCAGTGTATACAGGAAAGACACAGTTGAATTGGAGCCTCAAGGAAGAAAAA
TTATGGAAGGGCATAAAGTTGAAAGTAAACTGCAGGAAAGAATAAATCTAAAGAATGAATGGTCTACATCATGGACTGAACAATTCTCAACACTTTTAGTCCGGACATTTGAACAACACCAAATTTTCTTTGGTGGAAATCTGAAATTTGGACAGAAG

Intron 5 GTACACTAGT ... TTATATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	49.26	206	200	66
A2	42.2	163	119	22
A3	45.06	189	155	61
A4	38.93	80	51	35
A5	43.15	83	63	13
A6	41.67	28	20	2
A7	46.53	54	47	11
A8	45.74	51	43	13
A9	43.9	46	36	7
A10	45.98	47	40	13

>TRINITY_DN136569_c4_g1_i16 from sample A1 / Example spliced isoform

GAATTTCCTAATCAAAATCCACGTATTGGAGAAGGATTGCATACATGGAGCAAAATCGAAGCCTTGATGAGGCTGATATTGTTCTATGTTTACAGACCTGGAATGCACAGTGCGATATAAATCTGCACAGGGTTTCAAATGGAATCCCATGAGAGGCATTAGAAGGGTGGTGAAGAACCAGACAGATCGGAAGAAAATTC
TCAATGCAATCACAGGGTATGTCGCATCTAAAGCAAATTCTGGCTTTAATGGGGCCTTCAGGCAGCGGTAAAACGACATTACTCAAAATTATTGGAGGTAGAATCCAAGGGAAGTTGACTGGTCCTTTAACAGATAACGGGGTTCCTTACAGCAATGCCCTAAAGAGAAGATGCCGAAATGCAATAGTTGGTGGATACGT
TTTGCGGGGTTTTTCTGGAGGGGAGAAGAAGAGGACTTGTATTTCCTGTAAAATACTAGTGGATCCATCATTTCTATCGTTAGATGAACTCACATCAGGCCTTGATTCATCCACTTCGCTCAAGCTACTGAATGTTCTCAACAACATTGCAAAGAGTGGCACTATTATAATTACAACAATACATCAGCCAAGTAGTAGGG
TCATTCCTATGTTTGACAGACTCTTGGTAATATCAGAAGGACGGCGGCACGGCCTATATTTTCAGGTGAAGGAAAATATGCCATGGGTTATTTTGATAATATTGGATTTGTTCTAAATATCCCAATGAATCCTGCAGATTTTCTACTAGATTTGGAAACTGGAGATATGTCTATGATTTCCACACCAATAGAGCTGAGTA
CAACAATGGAAAATGAAAATACAAAAGAAATTGAAAGGATGGTTGTTGAGGTAAGCTAGGTTAGGT

>TRINITY_DN136569_c4_g1_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GCATACGTGGAGCAAAATCGAAGACTCGATGAGGCTGATATTGTTCTATGGTTAGTCATTATTCCGATCCTTTGCGTCTTTATCATGACGGGCCAGTTTAATATTCCGCTGGTTGTGTTTTATGTTTGACTTTTGTTTTTGCAATCTTAATTTTATGAAGCGTTTTTTTCTCTCTAGTCTCCTGACATCATAATGATGTG
AAGCGAGGTTTTCATTGCTTCTCTTCTGGAGTTTTTGTAGTTTGCAAACCATTGTTATGCCATGGAGGAGTTTTAGAAAATCAGGAATGCATACATATTAAATTGTATTCTTTATAAAACATTTCTTTTGCAAATTTGAAATGCTGTAGATTGGCCACTTGGAATGCATTTGCAGAGGAGGAATTGAGTTCTGATTTCCT
GCTCCCAATCTCTGTTAAGGTAGCTTGTAGCCCTTCTATCTAGAAAATGCAGGCCTAACCATGATGTTCTTCAGTTTACAGACCTGGAATGCACAGTGCGATATAAATCTGCACAGGGTTTCAAATGGAATCCCATGAGAGGCATTAGAAGGGTGGTGAAGAACCAGACAGATCGGAAGAAAATTCTCAATGCAATCACA
GGGTATGTCGCATCTAAAGCAAATTCTGGCTTTAATGGGGCCTTCAGGCAGCGGTAAAACGACATTACTCAAAATTATTGGAGGTAGAATCCAAGGGAAGTTGACTGGTCCTTTAACAGATAACGGGGTTCCTTACAGCAATGCCCTAAAGAGAAGATGCCGAAATGCAATAGTTGGTGGATACGTTTTGCGGGGTTTTT
CTGGAGGGGAGAAGAAGAGGACTTGTATTTCCTGTAAAATACTAGTGGATCCATCATTTCTATCGTTAGATGAACTCACATCAGGCCTTGATTCATCCACTTCGCTCAAGCTACTGAATGTTCTCAACAACATTGCAAAGgtacactagtaactctctgatattgcttattgttttatttgcttgcaaacaaaacagttg
aaggtcttatgggtctctgaggagcagatgtgagtatgatgtgtgaagtaaagtatatgcagagtggcactactataattatatgattatgatgtgtgatgtaaattatatgcagAGTGGCACTATTATAATTACAACAATACATCAGCCAAGTAGTAGGGTCATTCCTATGTTTGACAGACTCTTGGTAATATCAGAAA
GACGGCCTATATTTTCAGGTGAAGGAAAATATGCCATGGGTTATTTTGATAACATTGGATTTGTTCGAAATATCCCAATGAATCCTGCAGATTTTCTACTAGATTTGGAAACTGGAGATATGTCTATGATTTCCACACCAATAGAGCTGAGTACAACAATGGAAAATGAAAATACAAAAGAAATTGAAAGGATGGTTGTT
GAGTGTATACCGGAAGGACACAAAGTTGAATTGGAGCCTCAAGAAAGAAAAATTATGGAAGTACATAAAGTTGAAAGTAAACTGCAGGAAAGAAGAAATCTAAAGAATGAATGGTCTACATCATGGACTGAACAATTCTCAATGCTTTTAGTCCGGACATTCGAACAACACCAAATTTTCTTTGGTGGAAATCTGAAATT
TGGACAGAAGTACAACTTAGAGCTCAGGTTGGAT

Intron 6 GTACACTAGT ... AATCCTGCAG

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A10	53.97	29.6	38	31.4

>TRINITY_DN136569_c4_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

GAATTTCCTAATCAAAATCCACGTATTGGAGAAGGATTGCATACATGGAGCAAAATCGAAGCCTTGATGAGGCTGATATTGTTCTATGTTTACAGACCTGGAATGCACAGTGCGATATAAATCTGCACAGGGTTTCAAATGGAATCCCATGAGAGGCATTAGAAGGGTGGTGAAGAACCAGACAGATCGGAAGAAAATTC
TCAATGCAATCACAGGGTATGTCGCATCTAAAGCAAATTCTGGCTTTAATGGGGCCTTCAGGCAGCGGTAAAACGACATTACTCAAAATTATTGGAGGAAGAATCCAAGGGAAGTTGACTGGTCCTTTAACAGATAACGGGGTTCCTTACAGCAATGCCCTAAAGAGAAGATGCCGAAATGCAATAGTTGGTGGATACTT
ATTGCGTGGTGTTTCTGGAGGGGAGAAGAAGAGGACTTGTATTTCCTGTAAAATACTAGCGGATCCATCATTTCTATTGTTAGATGAACTCACATCAGGCCTTGATTCATCCACTTCGCTCAAGCTACTGCATGTTCTCAACAACGTTGCAAAGATTTTCTACTAGATTTGGAAACTGGAGATATGTCTATGATTTCCAC
ACCAATAGAGCTGAGTACAACAATGGAAAATGAAAATACAAAAGAAATTGAAAGGATGGTTGTTGAG

>TRINITY_DN136569_c4_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GAATTTCCTAATCAAAATCCACGTATTGGAGAAGGATTGCATACATGGAGCAAAATCGAAGCCTTGATGAGGCTGATATTGTTCTATGTTTAGTCATTATTCCCATCCTTTGCGTCTTTATCATGTCGAGGCAGTTTAATATTCCGCTGGTTGTGTTTTATGTTTGACTTTTGTTTTTGCAATCTTAATTTTATGAAGCG
TTTTTTTCTCTCTAGTCTCCTGACATCATAATGATGTGAAGCGAGGTTTTCATTGCTTCTCTTCTGGAGTTTTTGTAGTTTGCAAACCATTGTTATGCCATGGAGGAGTTTTAGAAAATCAGGAATGCATACATATTAAATTGTATTCTTTATAAAACATTTCTTTTGCAAATTTGAAATGCTGTAGATTGGCCACTTGG
AATGCATTTGCAGAGGAGGAATTGAGTTCTGATTTCCTGCTCCCAATCTCTGTTAAGGTAGCTTGTAGCCCTTCTATCTAGAAAATGCAGGCCTAACCATGATGTTCTTCAGTTTACAGACCTGGAATGCACAGTGCGATATAAATCTGCACAGGGTTTCAAATGGAATCCCATGAGAGGCATTAGAAGGGTGGTGAAGA
ACCAGACAGATCGGAAGAAAATTCTCAATGCAATCACAGGGTATGTCGCATCTAAAGCAAATTCTGGCTTTAATGGGGCCTTCAGGCAGCGGTAAAACGACATTACTCAAAATTATTGGAGGAAGAATCCAAGGGAAGTTGACTGGTCCTTTAACAGATAACGGGGTTCCTTACAGCAATGCCCTAAAGAGAAGATGCCG
AAATGCAATAGTTGGTGGATACTTATTGCGTGGTGTTTCTGGAGGGGAGAAGAAGAGGACTTGTATTTCCTGTAAAATACTAGCGGATCCATCATTTCTATTGTTAGATGAACTCACATCAGGCCTTGATTCATCCACTTCGCTCAAGCTACTGCATGTTCTCAACAACGTTGCAAAGgtacactagtaactctctgata
ttgcttattgttttatttgcttgcaaacaaaacagttgaaggtcttatgggtctctgaggagcagatgtgagtatgatgtgtgaagtaacttatatgcagagtggcactactataattatatgattatgatgtgtgatgtaaattatatgcagagtggcactattataattacaacaatacatcagccaagtagtagggt
cattcctatgtttgacagactcttggtaatatcagaaggacggcctatattttcaggtgaaggaaaatatgccatgggttattttgataacattggatttgttcgaaatatcccaatgaatcctgcagATTTTCTACTAGATTTGGAAACTGGAGATATGTCTATGATTTCCACACCAATAGAGCTGAGTACAACAATGG
AAAATGAAAATACAAAAGAAATTGAAAAGATGGTTGTTGAGTGTATACAGGAAAGACACAAGGTTGAATTGGAGCCTCAAGAAAGAAAAAATATGGAAGCGCATAAAGTTGAAAGTAAACTGCAGGAAAGAAGAAATCTAAAGAATGAATGGTCTACATCATGGACTGAACAATTCTCAACACTTTTTGTCCGGACATTC
GAACAACATCAAACTTTTCTTTGGTGGAAATCTGAAATTTGGACAGAAACACAACTTAGAGTTCAGGTTGGATTGTTGTTCTACCTAGTTCTTTATTGGGCATCGACAGGGCTGTTTGGTGCTTGTTTTGTGTTTCCCACTGAACGAGAATTGCTGACGAAGGAGAGGAGTGCCAACATGTATCGCTTAAGTGCATACCG
TATAAGCAGCACATTGTGTGATAGCGTAGAGAAATTTTTTTATGCAACTATTTTCTATTGCATACTACATTTTATGGCCAATTTTCAAAGGACTTTATCTGTAGTTTTCCTCAACTTGCTTGAAGTATATGTAGTGATGATCACAGCTCATGTAAGTTGTGATTCTGTATCCTATCATTTGAGTTCTATAAATTTCCATC
AGAATTTTATTTTCTTTATTAATCATGGAACTTTTAGAACCTTGGTGTTTACCTAGTTATCTTATCTCTATATAAATGCACTGCCTTGCTTTGACAAATTTGTTATTAACATGAGAAGGGAGTTGGGGTGTTGATGGGTGCTGCAGTTCCTGATATTAAACGGACGGGGTTAGTGGCATCTATTGTTTTGCTTGTGTTCA
TGATCACTGGAGGATTTTACATTCAGGTCTGTTTCAACCGTAAATTTAGTTTCCTTTTGTTTAATTTGGCACAATTTCTTCCTTGAATCCATGTTTATAATATTTGTATTGTTTCAAACTTATTAACCAACTATGCCATGTTTTTGTAATTAACAACAGTACGTGCCTGTCTTCATAGCATGGTTGAAATATGTCTCATT
TGTCTTCTATGGATTTCGCTTCACGGTGAAAATGCATTACTCTCCACATCAGATCTATGATTGCACGGGACCAGGTGGCTGTGAAAGCCTTCAGAGCTGGCCCAATTTTGAGACCAAGGGCTTGTATGGTGGTATGCAGGAGGTCTGGATATTAATACCAATGGCTTTTGCATACCGCATTATGGCCTACTTCTACTTGA
ACAAGATCAAGCTCATATGAAAACATTCATTTATACTACCGATCTGGATGTACTTGGGTTGCCATGGATGCTTTCTAGGGCCACGTATTGACATGCCTTTTGTTTCTCTTTCTTTATTTTATTTTTGTTATTTTGGTTGCTTTTTTCTATGGTTATTTATCTTTTGGTATTGTTTTTTTTTCTTTTTATATTGCTATGGT
TATTTTTTTGTATTTTGTGAGCATGGCCATGCTAATTTATGGTTTGTTATTTTATTTTCCTTCTTGCCTTGTCTTCAATTTTTCTTTGGGTTTTCCTCACGTGTAGTGGGCAATGGTGATGGAGGTATGTATGGAGTAATTTACTCATTTGCAGGTACATAAATTTAAGGTTCCATGCAATTTTAATTTAGCTTATTCAC
TTGACATAATTGCATGATGTTTCTTTGTTTAAATTTAGAGGCAATGCAGGTATAGTATATAGACACTATTAAATAATTTATGATTTGAATTTTTTTGTTGGGTTCAG