sp|P54237|G6PI1_CLAMI ----> Glucose-6-phosphate isomerase, cytosolic 1
Intron 1 GTTAGAGTAA ... ACATTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.58 | 282 | 87 | 11 |
| A2 | 18.46 | 351 | 79.5 | 6 |
| A3 | 16.16 | 351 | 67.7 | 5 |
| A4 | 22.39 | 305 | 88 | 13 |
| A5 | 17.57 | 150 | 32 | 0 |
| A6 | 14.3 | 693 | 115.7 | 0 |
| A7 | 13.76 | 1083 | 172.8 | 0 |
| A8 | 13.07 | 522 | 78.5 | 0 |
| A9 | 13.63 | 937 | 147.8 | 0 |
| A10 | 15.42 | 1044 | 190.3 | 0 |
>TRINITY_DN124371_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformCACATATCCACATTGCTAATAGGTGTTCTATTAGAATGACGTGGACGATCGAGCCATGAAATGAACGGTAGTGGCGGTGGAGAATATGAGAAACGCATTGATATTAGTAGGCCTGGCAGCTGCGGGTGGATCAGTAATTGCTCTTTGTATCAATCGTTTCAGGATCCGTTTGCCTTCGTCCAAAGGGGCACTACGCTTCT
GTATTCTGTCTCAAGCTGCTGTTGAAATCCTTTCGATGGCAAACACTAATCTTATCAGTGGAACCGAGGAATGGAAATGCTTAAGGGAACACGTTGCAGATGTTGATAAGACACACTTGAGAAATTTACTTAAGGATGAAGCACGCTGTGAATCAATGACAGTTGAATTTGATGGAATTCTATTGGACTATTCTCGGCAA
AGGTTTACTCAAGAGACCGTGAAGAAGCTTTTTAAGCTAGCAGAGGTGGCGCATCTGAAGGAGAAGATTGACAAAATGTACAATGGAGAGCATATAAATATTACAGAGGATCGTTCTGTGCTTCATGTCGCTCTAAGGGCTGCCAGGGATACAACCATCAATTGTGATGGGAAGAATGTAGTTGATGATGTCTGGAAAGT
TCTTGATAAGATTGGTGAATTTTCTGAAAGGGTTCGGACTGGGGCTTGGGTAGGTGCAACAGGGAAGTTGCTTAAAGATGTTGTGGCGATAGGCATTGGTGGCAGCTTCCTGGGTCCACTTTTTGTGCACAGTGCTCTTCAAACAGATCTAGAGGCAGCACAATGTGCAAATGGGCGTCAACTGCGATTTCTAGCAAATG
TTGATCCAGTTGATGTAGCTCGGAGTATTAATGGCCTAAACCCAGAAACTACATTAGTTGTTGTGGTATCAAAGACATTCACAACAGCAGAAACCATGCTCAATGCTCGAACATTAAGGACCTGGATCACGTCTGCCCTTGGTTCTGAAGCTGTTGCAAAGCACATGGTGGCAGTTAGTACTAACCTTAAGCTTGTAAAG
GAATTTGGAATAGACCCACAAAATGCTTTTGCATTCTGGGATTGGGTTGGTGGTCGCTACAGTGTGTGCAGTGCTGTGGGTGTCCTCCCCTTATCACTTCAGTATGGGTTTCCTATTGTTAGCAAGTTTTTGGAGGGAGCAAGGAGTATAGATAACCATTTCCACACAACTCCATTCGAGAAAAATATTCCTGTTTTGCT
GGGTCTCCTCAGTGTTTGGAATGTATCCTTTCTTGGGTATCCGGCTAGGGCTATTTTGCCATACACTCAGGCTCTGGAGAAGTTTGCACCACACATCCAACAGCTTAGCATGGAGAGTAATGGGAAGGGAGTTTCTATTGATGGTGTACCTCTCAATTTTGAGGCTGGTGAAATAGATTTTGGAGAACCTGGTACAAATG
GCCAGCATAGCTTTTACCAGTTAATTCATCAGGGTCGTGTAATTCCTTGTGATTTTATTGGCATCATCAAGAGCCAGCGGCCCATTTATTTACAAGGGGAAGTTGTGAGTAACCACGATGAACTCATGTCTAACTTTTTCGCACAGCCAGATGCTCTTGCCTGTGGGAAGACACCAGAGGAGTTGAGGAATGAGAAAGTT
TCTGATCATCTTATTGCACACAAGACATTCTCTGGGAATCGACCATCGCTAAGCATCTTACTACCATCATTGACAGCATATACTGTAGGCCAGTTGTTAGCAATGTATGAACACAGGATTGCAGTTCAGGGTTTCATCTGGGGCATTAATTCCTTTGACCAATGGGGTGTGGAGCTTGGCAAGTCATTGGCATCTCGTGT
ACGGGCTCAGCTGAACATGTCTCGCACTGAAGGGAAACCAGTTGAGGGCTTTAACCACAGCACCACAATGTTGATAAAACGATACTTGAAGGAAAATGCTCCAATTCCTGTGGACTTGCTCCCCACAAATGTATAGCACATGATCCTTTGTTTGTTCAGCACCAATCAGTCTTTTAATTTTGAATGGCAGTTCTTATTTT
GTATTTCAATGGGAAAGCTTCAACTTATGATCAAAGCTTTTCTTTTGAAGTGGAGGTTCTTTTGATGACCAGGAACGAATATTTGTTGTTGTTATTAAACCGGGAACCTAGTGTTCGTATTTTTAATTGAGTTGAAAATAACATGCATCTTCACAATAAAGAAACCTGCCAAATCTTTTCCAGTTTATCATTTCTTCTTT
CCAGTATCCACTTCATGAGTTTCTCAGTGTTTCTATCTTTAGAGATGTACAAGGTATTATCATTATTTTTACCATTTCTGTAAATAGAGACAATTGTTGGAGATTTATATATCTGAAATATGAATTGCCAACTATTAGATATAGAGTGGAAAAACAAAAGAAAATCAATCTGTTGATCATGGTTGGTTGTTCAAGTGAAA
AATTTATCTATTTATATGTAAT
>TRINITY_DN124371_c0_g1_i10 from sample A1 / Example unspliced isoform:CACATATCCACATTGCTAATAGGTGTTCTATTAGAATGACGTGGACGATCGAGCCATGAAATGAACGGTAGTGGCGGTGGAGAATATGAGAAACGCATTGATATTAGTAGGCCTGGCAGCTGCGGGTGGATCAGTAATTGCTCTTTGTATCAATCGTTTCAGGATCCGTTTGCCTTCGTCCAAAGGGGCACTACGCTTCT
GTATTCTGTCTCAAGCTGCTGTTGAAATCCTTTCGATGGCAAACACTAATCTTATCAGTGGAACCGAGGAATGGAAATGCTTAAGGGAACACGTTGCAGATGTTGATAAGACACACTTGAGAAATTTACTTAAGGATGAAGCACGCTGTGAATCAATGACAGTTGAATTTGATGGAATTCTATTGGACTATTCTCGGCAA
AGGTTTACTCAAGAGACCGTGAAGAAGCTTTTTAAGCTAGCAGAGGTGGCGCATCTGAAGGAGAAGATTGACAAAATGTACAATGGAGAGCATATAAATATTACAGAGGATCGTTCTGTGCTTCATGTCGCTCTAAGGGCTGCCAGGGATACAACCATCAATTGTGATGGGAAGAATGTAGTTGATGATGTCTGGAAAGT
TCTTGATAAGATTGGTGAATTTTCTGAAAGGGTTCGGACTGGGGCTTGGGTAGGTGCAACAGGGAAGTTGCTTAAAGATGTTGTGGCGATAGGCATTGGTGGCAGCTTCCTGGGTCCACTTTTTGTGCACAGTGCTCTTCAAACAGgttagagtaagatacaaatggagttttcttttcttagtttctttgattggttga
tgttttttcctttttcaaattaaatgagatcctattcggagagatcgtattttatagtttcattcacttctttatttcaacaaatatggtattaggttcacggtagaaagtacataatccactatggaaacatttgcagATCTAGAGGCAGCACAATGTGCAAATGGGCGTCAACTGCGATTGTGAGTGTGTAGATAAAT
AGCATTTTATATTCTTCTTTTACATGCCCATGCATATATATACACTTGCCTGTGCATATTCTTATGACTCAAGCTTGTATCCTCCATTTGGTTCTTAAAATTCATGTCTTTGTTACTGAAGGGAACATGATCAAGTTTGGAAGTCATGAATATTGTATCAAGGAATATGTTGAACAGATATTAGATTGAGTGCACTCAAA
AGGTCATGAAATGCACATACTACTAACATAAGTTTCATAATATTTACCTCCTGGAGGCTGGTTCCCTTTGCAAGAGTTGAGATTGATAATCAAAATGAACCTAGAAAATTTTGGGACTGGCCAAAAAATCACAGCTGCTCTTGAACTCAATTCTTGTCTATGAAGTTGCTCTTGATAGCTGATAGGTCCATTTGTGAGCT
TCTGGTATTGACTTTCTCAGTGCATCATAAACTAGCTATTCCTCATAACTTGCTTAAAATTAAACTCTAGTCAATGTATAATATCTTTTATTTATGCAAGGAACTGCATCCTTACCCTACAATCCGCATTCTTTTTGCAATCTCTGTTAAGCGAGTGTACATTGGCAAAACAGTCACTTTCAAAAGAATTTTCTAAGTGA
TAAAATAGTTTCCTTTTCCTTAAAGCTATGTTACCGGAAACTCCACCCCGAGGTGCTGGAAACATGTTCAGAAATGTTTCTTTCTATGAAACACCTCTGAACATCGCTGGAAACATTTCAGTGGTGATTCAGATTTGAAATGCTGTATTGCGCATTTCATCTGGTATTTTCAATTTTGGCCTTTTCAGCGGGCACACCAG
CCATTTCAGTTGGCATCTTGGTCAGTAAAATGAAAAAAAAAAGGTTAAGAAAATGGATGCTAAACATTAATTTCTTACAGCAG
Intron 2 GTAAGTGTTA ... TTTGCTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 19.78 | 446 | 9 | 110 |
| A2 | 18.11 | 389 | 3 | 86 |
| A3 | 19.66 | 429 | 2 | 105 |
| A4 | 20.72 | 352 | 3 | 92 |
| A5 | 18.09 | 163 | 4 | 36 |
| A6 | 18.09 | 720 | 10 | 159 |
| A7 | 16.43 | 1053 | 4 | 207 |
| A8 | 20.46 | 657 | 6 | 169 |
| A9 | 19.38 | 940 | 3 | 226 |
| A10 | 16.75 | 820 | 10 | 165 |
>TRINITY_DN124371_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformCACATATCCACATTGCTAATAGGTGTTCTATTAGAATGACGTGGACGATCGAGCCATGAAATGAACGGTAGTGGCGGTGGAGAATATGAGAAACGCATTGATATTAGTAGGCCTGGCAGCTGCGGGTGGATCAGTAATTGCTCTTTGTATCAATCGTTTCAGGATCCGTTTGCCTTCGTCCAAAGGGGCACTACGCTTCT
GTATTCTGTCTCAAGCTGCTGTTGAAATCCTTTCGATGGCAAACACTAATCTTATCAGTGGAACCGAGGAATGGAAATGCTTAAGGGAACACGTTGCAGATGTTGATAAGACACACTTGAGAAATTTACTTAAGGATGAAGCACGCTGTGAATCAATGACAGTTGAATTTGATGGAATTCTATTGGACTATTCTCGGCAA
AGGTTTACTCAAGAGACCGTGAAGAAGCTTTTTAAGCTAGCAGAGGTGGCGCATCTGAAGGAGAAGATTGACAAAATGTACAATGGAGAGCATATAAATATTACAGAGGATCGTTCTGTGCTTCATGTCGCTCTAAGGGCTGCCAGGGATACAACCATCAATTGTGATGGGAAGAATGTAGTTGATGATGTCTGGAAAGT
TCTTGATAAGATTGGTGAATTTTCTGAAAGGGTTCGGACTGGGGCTTGGGTAGGTGCAACAGGGAAGTTGCTTAAAGATGTTGTGGCGATAGGCATTGGTGGCAGCTTCCTGGGTCCACTTTTTGTGCACAGTGCTCTTCAAACAGATCTAGAGGCAGCACAATGTGCAAATGGGCGTCAACTGCGATTTCTAGCAAATG
TTGATCCAGTTGATGTAGCTCGGAGTATTAATGGCCTAAACCCAGAAACTACATTAGTTGTTGTGGTATCAAAGACATTCACAACAGCAGAAACCATGCTCAATGCTCGAACATTAAGGACCTGGATCACGTCTGCCCTTGGTTCTGAAGCTGTTGCAAAGCACATGGTGGCAGTTAGTACTAACCTTAAGCTTGTAAAG
GAATTTGGAATAGACCCACAAAATGCTTTTGCATTCTGGGATTGGGTTGGTGGTCGCTACAGTGTGTGCAGTGCTGTGGGTGTCCTCCCCTTATCACTTCAGTATGGGTTTCCTATTGTTAGCAAGTTTTTGGAGGGAGCAAGGAGTATAGATAACCATTTCCACACAACTCCATTCGAGAAAAATATTCCTGTTTTGCT
GGGTCTCCTCAGTGTTTGGAATGTATCCTTTCTTGGGTATCCGGCTAGGGCTATTTTGCCATACACTCAGGCTCTGGAGAAGTTTGCACCACACATCCAACAGCTTAGCATGGAGAGTAATGGGAAGGGAGTTTCTATTGATGGTGTACCTCTCAATTTTGAGGCTGGTGAAATAGATTTTGGAGAACCTGGTACAAATG
GCCAGCATAGCTTTTACCAGTTAATTCATCAGGGTCGTGTAATTCCTTGTGATTTTATTGGCATCATCAAGAGCCAGCGGCCCATTTATTTACAAGGGGAAGTTGTGAGTAACCACGATGAACTCATGTCTAACTTTTTCGCACAGCCAGATGCTCTTGCCTGTGGGAAGACACCAGAGGAGTTGAGGAATGAGAAAGTT
TCTGATCATCTTATTGCACACAAGACATTCTCTGGGAATCGACCATCGCTAAGCATCTTACTACCATCATTGACAGCATATACTGTAGGCCAGTTGTTAGCAATGTATGAACACAGGATTGCAGTTCAGGGTTTCATCTGGGGCATTAATTCCTTTGACCAATGGGGTGTGGAGCTTGGCAAGTCATTGGCATCTCGTGT
ACGGGCTCAGCTGAACATGTCTCGCACTGAAGGGAAACCAGTTGAGGGCTTTAACCACAGCACCACAATGTTGATAAAACGATACTTGAAGGAAAATGCTCCAATTCCTGTGGACTTGCTCCCCACAAATGTATAGCACATGATCCTTTGTTTGTTCAGCACCAATCAGTCTTTTAATTTTGAATGGCAGTTCTTATTTT
GTATTTCAATGGGAAAGCTTCAACTTATGATCAAAGCTTTTCTTTTGAAGTGGAGGTTCTTTTGATGACCAGGAACGAATATTTGTTGTTGTTATTAAACCGGGAACCTAGTGTTCGTATTTTTAATTGAGTTGAAAATAACATGCATCTTCACAATAAAGAAACCTGCCAAATCTTTTCCAGTTTATCATTTCTTCTTT
CCAGTATCCACTTCATGAGTTTCTCAGTGTTTCTATCTTTAGAGATGTACAAGGTATTATCATTATTTTTACCATTTCTGTAAATAGAGACAATTGTTGGAGATTTATATATCTGAAATATGAATTGCCAACTATTAGATATAGAGTGGAAAAACAAAAGAAAATCAATCTGTTGATCATGGTTGGTTGTTCAAGTGAAA
AATTTATCTATTTATATGTAAT
>TRINITY_DN124371_c0_g1_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATCTAGAGGCAGCACAATGTGCAAATGGGCGTCAACTGCGATTTCTAGCAAATGTTGATCCAGTTGATGTAGCTCGGAGTATTAATGGCCTAAACCCAGAAACTACATTAGgtaagtgttactgatggtatccccaattggagagttctagcctgggagatgcatgttgtatttaagatatatgaagaattaattttatt
gtttgctacagTTGTTGTGGTATCAAAGACATTCACAACAGCAGAAACCATGCTCAATGCTCGAACATTAAGGACCTGGATCACGTCTGCCCTTGGTTCTGAAGCTGTTGCAAAGCACATGGTGGCAGTTAGTACTAACCTTAAGCTTGTAAAGGAATTTGGAATAGACCCACAAAATGCTTTTGCATTCTGGGATTGGG
TTGGTGGTCGCTACAGTGGTATGTGGCTTACATTGTTCCTTTGTTTATAGAGTTTTGTTTCTTACATATGGTTTCAAATTCAGACATATATTCCAATCTCCAGCCTATATTTGTGGCCTTC
Intron 3 GTAGCCCTTT ... ATTCATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.57 | 454 | 101 | 106 |
| A2 | 16.27 | 332 | 57 | 72 |
| A3 | 13.69 | 394 | 51 | 74 |
| A4 | 17.97 | 251 | 56 | 54 |
| A5 | 17.54 | 174 | 37 | 37 |
| A6 | 15.92 | 1627 | 271 | 345 |
| A7 | 14.6 | 1731 | 250 | 342 |
| A8 | 14.58 | 1798 | 271 | 343 |
| A9 | 15.1 | 1701 | 233 | 372 |
| A10 | 15.18 | 1324 | 212 | 262 |
>TRINITY_DN35726_c0_g2_i2 from sample A8 / Example spliced isoformTTTTGATATACACATATCCACATTGCTAATAGGTGTTCTATTAGAATGACGTGGACGATCGAGCCATGAAATGAACGGTAGTGGCGGTGGAGAATATGAGAAACGCATTGATATTAGTAGGCCTGGCAGCTGCGGGTGGATCAGTAATTGCTCTTTGTATCAATCGTTTCAGGATCCGTTTGCCTTCGTCCAAAGGGGCA
CTACGCTTCTGTATTCTGTCTCAAGCTGCTGTTGAAATCCTTTCGATGGCAAACACTAATCTTATCAGTGGAACCGAGGAATGGAAATGCTTAAGGGAACACGTTGCAGATGTTGATAAGACACACTTGAGAAATTTACTTAAGGATGAAGCACGCTGTGAATCAATGACAGTTGAATTTGATGGAATTCTATTGGACTA
TTCTCGGCAAAGGTTTACTCAAGAGACCGTGAAGAAGCTTTTTAAGCTAGCAGAGGTGGCGCATCTGAAGGAGAAGATTGACAAAATGTACAATGGAGAGCATATAAATATTACAGAGGATCGTTCTGTGCTTCATGTCGCTCTAAGGGCTGCCAGGGATACAACCATCAATTGTGATGGGAAGAATGTAGTTGATGATG
TCTGGAAAGTTCTTGATAAGATTGGTGAATTTTCTGAAAGGGTTCGGACTGGGGCTTGGGTAGGTGCAACAGGGAAGTTGCTTAAAGATGTTGTGGCGATAGGCATTGGTGGCAGCTTCCTGGGTCCACTTTTTGTGCACAGTGCTCTTCAAACAGATCTAGAGGCAGCACAATGTGCAAATGGGCGTCAACTGCGATTT
CTAGCAAATGTTGATCCAGTTGATGTAGCTCGGAGTATTAATGGCCTAAACCCAGAAACTACATTAGTTGTTGTGGTATCAAAGACATTCACAACAGCAGAAACCATGCTCAATGCTCGAACATTAAGGACCTGGATCACGTCTGCCCTTGGTTCTGAAGCTGTTGCAAAGCACATGGTGGCAGTTAGTACTAACCTTAA
GCTTGTAAAGGAATTTGGAATAGACCCACAAAATGCTTTTGCATTCTGGGATTGGGTTGGTGGTCGCTACAGTGTGTGCAGTGCTGTGGGTGTCCTCCCCTTATCACTTCAGTATGGGTTTCCTATTGTTAGCAAGTTTTTGGAGGGAGCAAGGAGTATAGATAACCATTTCCACACAACTCCATTCGAGAAAAATATTC
CTGTTTTGCTGGGTCTCCTCAGTGTTTGGAATGTATCCTTTCTTGGGTATCCGGCTAGGGCTATTTTGCCATACACTCAGGCTCTGGAGAAGTTTGCACCACACATCCAACAGCTTAGCATGGAGAGTAATGGGAAGGGAGTTTCTATTGATGGTGTACCTCTCAATTTTGAGGCTGGTGAAATAGATTTTGGAGAACCT
GGTACAAATGGCCAGCATAGCTTTTACCAGTTAATTCATCAGGGTCGTGTAATTCCTTGTGATTTTATTGGCATCATCAAGAGCCAGCGGCCCATTTATTTACAAGGGGAAGTTGTGAGTAACCACGATGAACTCATGTCTAACTTTTTCGCACAGCCAGATGCTCTTGCCTGTGGGAAGACACCAGAGGAGTTGAGGAA
TGAGAAAGTTTCTGATCATCTTATTGCACACAAGACATTCTCTGGGAATCGACCATCGCTAAGCATCTTACTACCATCATTGACAGCATATACTGTAGGCCAGTTGTTAGCAATGTATGAACACAGGATTGCAGTTCAGGGTTTCATCTGGGGCATTAATTCCTTTGACCAATGGGGTGTGGAGCTTGGCAAGTCATTGG
CATCTCGTGTACGGGCTCAGCTGAACATGTCTCGCACTGAAGGGAAACCAGTTGAGGGCTTTAACCACAGCACCACAATGTTGATAAAACGATACTTGAAGGAAAATGCTCCAATTCCTGTGGACTTGCTCCCCACAAATGTATAGCACATGATCCTTTGTTTGTTCAGCACCAATCAGTCTTTTAATTTTGAATGGCAG
TTCTTATTTTGTATTTCAATGGGAAAGCTTCAACTTATGATCAAAGCTTTTCTTTTGAAGTGGAGGTTCTTTTGATGACCAGGAACGAATATTTGTTGTTGTTATTAAACCGGGAACCTAGTGTTCGTATTTTTAATTGAGTTGAAAATAACATGCATCTTCACAATAAAGAAACCTGCCAAATCTTTTCCAGTTTATCA
TTTCTTCTTTCCAGTATCCACTTCATGAGTTTCTCAGTGTTTCTATCTTTAGAGATGTACAAGGTATTATCATTATTTTTACCATTTCTGTAAATAGAGACAATTGTTGGAGATTTATATATCTGAAATATGAATTGCCAACTATTAGATATAGAGTGG
>TRINITY_DN35726_c0_g2_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:TTTTGATATACACATATCCACATTGCTAATAGGTGTTCTATTAGAATGACGTGGACGATCGAGCCATGAAATGAACGGTAGTGGCGGTGGAGAATATGAGAAACGCATTGATATTAGTAGGCCTGGCAGCTGCGGGTGGATCAGTAATTGCTCTTTGTATCAATCGTTTCAGGATCCGTTTGCCTTCGTCCAAAGGGGCA
CTACGCTTCTGTATTCTGTCTCAAGCTGCTGTTGAAATCCTTTCGATGGCAAACACTAATCTTATCAGTGGAACCGAGGAATGGAAATGCTTAAGGGAACACGTTGCAGATGTTGATAAGACACACTTGAGAAATTTACTTAAGGATGAAGCACGCTGTGAATCAATGACAGTTGAATTTGATGGAATTCTATTGGACTA
TTCTCGGCAAAGGTTTACTCAAGAGACCGTGAAGAAGCTTTTTAAGCTAGCAGAGGTGGCGCATCTGAAGGAGAAGATTGACAAAATGTACAATGGAGAGCATATAAATATTACAGAGGATCGTTCTGTGCTTCATGTCGCTCTAAGGGCTGCCAGGGATACAACCATCAATTGTGATGGGAAGAATGTAGTTGATGATG
TCTGGAAAGTTCTTGATAAGATTGGTGAATTTTCTGAAAGGGTTCGGACTGGGGCTTGGGTAGGTGCAACAGGGAAGTTGCTTAAAGATGTTGTGGCGATAGGCATTGGTGGCAGCTTCCTGGGTCCACTTTTTGTGCACAGTGCTCTTCAAACAGATCTAGAGGCAGCACAATGTGCAAATGGGCGTCAACTGCGATTT
CTAGCAAATGTTGATCCAGTTGATGTAGCTCGGAGTATTAATGGCCTAAACCCAGAAACTACATTAGTTGTTGTGGTATCAAAGACATTCACAACAGCAGAAACCATGCTCAATGCTCGAACATTAAGGACCTGGATCACGTCTGCCCTTGGTTCTGAAGCTGTTGCAAAGCACATGGTGGCAGTTAGTACTAACCTTAA
GCTTGTAAAGGAATTTGGAATAGACCCACAAAATGCTTTTGCATTCTGGGATTGGGTTGGTGGTCGCTACAGTGTGTGCAGTGCTGTGGGTGTCCTCCCCTTATCACTTCAGTATGGGTTTCCTATTGTTAGCAAGTTTTTGGAGGGAGCAAGGAGTATAGATAACCATTTCCACACAACTCCATTCGAGAAAAATATTC
CTGTTTTGCTGGGTCTCCTCAGTGTTTGGAATGTATCCTTTCTTGGGTATCCGGCTAGGGCTATTTTGCCATACACTCAGGCTCTGGAGAAGTTTGCACCACACATCCAACAGCTTAGCATGGAGAGTAATGGGAAGGGAGTTTCTATTGATGGTGTACCTCTCAATTTTGAGGCTGGTGAAATAGATTTTGGAGAACCT
GGTACAAATGGCCAGCATAGCTTTTACCAGTTAATTCATCAGGGTCGTGTAATTCCTTGTGATTTTATTGGCATCATCAAGAGCCAGCGGCCCATTTATTTACAAGGGGAAGTTGTGAGTAACCACGATGAACTCATGTCTAACTTTTTCGCACAGCCAGATGCTCTTGCCTGTGGGAAGgtagccctttccatttggtc
ccttgaaaataaaataattttgtctgctttctaaattttacatatgaagtattttaaatagaaataatcactgaagttcttgtatgatttcaattcatgcagACACCAGAGGAGTTGAGGAATGAGAAAGTTTCTGATCATCTTATTGCACACAAGACATTCTCTGGGAATCGACCATCGCTAAGCATCTTACTACCATC
ATTGACAGCATATACTGTAGGCCAGTTGTTAGCAATGTATGAACACAGGATTGCAGTTCAGGGTTTCATCTGGGGCATTAATTCCTTTGACCAATGGGGTGTGGAGCTTGGCAAGTCATTGGCATCTCGTGTACGGGCTCAGCTGAACATGTCTCGCACTGAAGGGAAACCAGTTGAGGGCTTTAACCACAGCACCACAA
TGTTGATAAAACGATACTTGAAGGAAAATGCTCCAATTCCTGTGGACTTGCTCCCCACAAATGTATAGCACATGATCCTTTGTTTGTTCAGCACCAATCAGTCTTTTAATTTTGAATGGCAGTTCTTATTTTGTATTTCAATGGGAAAGCTTCAACTTATGATCAAAGCTTTTCTTTTGAAGTGGAGGTTCTTTTGATGA
CCAGGAACGAATATTTGTTGTTGTTATTAAACCGGGAACCTAGTGTTCGTATTTTTAATTGAGTTGAAAATAACATGCATCTTCACAATAAAGAAACCTGCCAAATCTTTTCCAGTTTATCATTTCTTCTTTCCAGTATCCACTTCATGAGTTTCTCAGTGTTTCTATCTTTAGAGATGTACAAGGTATTATCATTATTT
TTACCATTTCTGTAAATAGAGACAATTGTTGGAGATTTATATATCTGAAATATGAATTGCCAACTATTAGATATAGAGTGG
Intron 4 GTAAATCTTT ... AATCTTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.09 | 486.8 | 29 | 131 |
| A2 | 23.74 | 457 | 30.6 | 133 |
| A3 | 22.79 | 538.8 | 34 | 151 |
| A4 | 23.56 | 318 | 18.4 | 94 |
| A5 | 18.26 | 209.8 | 17.6 | 43 |
| A6 | 21.01 | 1450.8 | 88.6 | 363 |
| A7 | 19.71 | 1808 | 111.8 | 416 |
| A8 | 21.58 | 1508 | 84.8 | 392 |
| A9 | 21.68 | 1644.2 | 89.2 | 432 |
| A10 | 18.17 | 1381.2 | 97.4 | 281 |
>TRINITY_DN124371_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformCACATATCCACATTGCTAATAGGTGTTCTATTAGAATGACGTGGACGATCGAGCCATGAAATGAACGGTAGTGGCGGTGGAGAATATGAGAAACGCATTGATATTAGTAGGCCTGGCAGCTGCGGGTGGATCAGTAATTGCTCTTTGTATCAATCGTTTCAGGATCCGTTTGCCTTCGTCCAAAGGGGCACTACGCTTCT
GTATTCTGTCTCAAGCTGCTGTTGAAATCCTTTCGATGGCAAACACTAATCTTATCAGTGGAACCGAGGAATGGAAATGCTTAAGGGAACACGTTGCAGATGTTGATAAGACACACTTGAGAAATTTACTTAAGGATGAAGCACGCTGTGAATCAATGACAGTTGAATTTGATGGAATTCTATTGGACTATTCTCGGCAA
AGGTTTACTCAAGAGACCGTGAAGAAGCTTTTTAAGCTAGCAGAGGTGGCGCATCTGAAGGAGAAGATTGACAAAATGTACAATGGAGAGCATATAAATATTACAGAGGATCGTTCTGTGCTTCATGTCGCTCTAAGGGCTGCCAGGGATACAACCATCAATTGTGATGGGAAGAATGTAGTTGATGATGTCTGGAAAGT
TCTTGATAAGATTGGTGAATTTTCTGAAAGGGTTCGGACTGGGGCTTGGGTAGGTGCAACAGGGAAGTTGCTTAAAGATGTTGTGGCGATAGGCATTGGTGGCAGCTTCCTGGGTCCACTTTTTGTGCACAGTGCTCTTCAAACAGATCTAGAGGCAGCACAATGTGCAAATGGGCGTCAACTGCGATTTCTAGCAAATG
TTGATCCAGTTGATGTAGCTCGGAGTATTAATGGCCTAAACCCAGAAACTACATTAGTTGTTGTGGTATCAAAGACATTCACAACAGCAGAAACCATGCTCAATGCTCGAACATTAAGGACCTGGATCACGTCTGCCCTTGGTTCTGAAGCTGTTGCAAAGCACATGGTGGCAGTTAGTACTAACCTTAAGCTTGTAAAG
GAATTTGGAATAGACCCACAAAATGCTTTTGCATTCTGGGATTGGGTTGGTGGTCGCTACAGTGTGTGCAGTGCTGTGGGTGTCCTCCCCTTATCACTTCAGTATGGGTTTCCTATTGTTAGCAAGTTTTTGGAGGGAGCAAGGAGTATAGATAACCATTTCCACACAACTCCATTCGAGAAAAATATTCCTGTTTTGCT
GGGTCTCCTCAGTGTTTGGAATGTATCCTTTCTTGGGTATCCGGCTAGGGCTATTTTGCCATACACTCAGGCTCTGGAGAAGTTTGCACCACACATCCAACAGCTTAGCATGGAGAGTAATGGGAAGGGAGTTTCTATTGATGGTGTACCTCTCAATTTTGAGGCTGGTGAAATAGATTTTGGAGAACCTGGTACAAATG
GCCAGCATAGCTTTTACCAGTTAATTCATCAGGGTCGTGTAATTCCTTGTGATTTTATTGGCATCATCAAGAGCCAGCGGCCCATTTATTTACAAGGGGAAGTTGTGAGTAACCACGATGAACTCATGTCTAACTTTTTCGCACAGCCAGATGCTCTTGCCTGTGGGAAGACACCAGAGGAGTTGAGGAATGAGAAAGTT
TCTGATCATCTTATTGCACACAAGACATTCTCTGGGAATCGACCATCGCTAAGCATCTTACTACCATCATTGACAGCATATACTGTAGGCCAGTTGTTAGCAATGTATGAACACAGGATTGCAGTTCAGGGTTTCATCTGGGGCATTAATTCCTTTGACCAATGGGGTGTGGAGCTTGGCAAGTCATTGGCATCTCGTGT
ACGGGCTCAGCTGAACATGTCTCGCACTGAAGGGAAACCAGTTGAGGGCTTTAACCACAGCACCACAATGTTGATAAAACGATACTTGAAGGAAAATGCTCCAATTCCTGTGGACTTGCTCCCCACAAATGTATAGCACATGATCCTTTGTTTGTTCAGCACCAATCAGTCTTTTAATTTTGAATGGCAGTTCTTATTTT
GTATTTCAATGGGAAAGCTTCAACTTATGATCAAAGCTTTTCTTTTGAAGTGGAGGTTCTTTTGATGACCAGGAACGAATATTTGTTGTTGTTATTAAACCGGGAACCTAGTGTTCGTATTTTTAATTGAGTTGAAAATAACATGCATCTTCACAATAAAGAAACCTGCCAAATCTTTTCCAGTTTATCATTTCTTCTTT
CCAGTATCCACTTCATGAGTTTCTCAGTGTTTCTATCTTTAGAGATGTACAAGGTATTATCATTATTTTTACCATTTCTGTAAATAGAGACAATTGTTGGAGATTTATATATCTGAAATATGAATTGCCAACTATTAGATATAGAGTGGAAAAACAAAAGAAAATCAATCTGTTGATCATGGTTGGTTGTTCAAGTGAAA
AATTTATCTATTTATATGTAAT
>TRINITY_DN124371_c0_g1_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:CTTTCTTGGGTATCCGGCTAGGgtaaatcttttcaagatcttagtagagtgtaatggacacaaagagggttctttaattaactttaatacatatttattctagcttgccagtattttatagcttttccttttcctctcaatcttgtagGCTATTTTGCCATACACTCAGGCTCTGGAGAAGTTTGCACCACACATCCAAC
AGCTTAGCATGGAGAGTAATGGGAAGGGAGTTTCTATTGATGGTGTACCTCTCAATTTTGAGGCTGGTGAAATAGATTTTGGAGAACCTGGTACAAATGGCCAGCATAGCTTTTACCAGTTAATTCATCAGGGTCGTGTAATTCCTTGTGATTTTATTGGCATCATCAAGAGCCAGCGGCCCATTTATTTACAAGGGGAA
GTTGTGAGTAACCACGATGAACTCATGTCTAACTTTTTCGCACAGCCAGATGCTCTTGCCTGTGGGAAGACACCAGAGGAGTTGAGGAATGAGAAAGTTTCTGATCATCTTATTGCACACAAGACATTCTCTGGGAATCGACCATCGCTAAGCATCTTACTACCATCATTGACAGCATATACTGTAGGCCAGTTGTTAGC
AATGTATGAACACAGGATTGCAGTTCAGGGTTTCATCTGGGGCATTAATTCCTTTGACCAATGGGGTGTGGAGCTTGGCAAGTCATTGGCATCTCGTGTACGGGCTCAGCTGAACATGTCTCGCACTGAAGGGAAACCAGTTGAGGGCTTTAACCACAGCACCACAATGTTGATAAAACGATACTTGAAGGAAAATGCTC
CAATTCCTGTGGACTTGCTCCCCACAAATGTATAGCACATGATCCTTTGTTTGTTCAGCACCAATCAGTCTTTTAATTTTGAATGGCAGTTCTTATTTTGTATTTCAATGGGAAAGCTTCAACTTATGATCAAAGCTTTTCTTTTGAAGTGGAGGTTCTTTTGATGACCAGGAACGAATATTTGTTGTTGTTATTAAACC
GGGAACCTAGTGTTCGTATTTTTAATTGAGTTGAAAATAACATGCATCTTCACAATAAAGAAACCTGCCAAATCTTTTCCAGTTTATCATTTCTTCTTTCCAGTATCCACTTCATGAGTTTCTCAGTGTTTCTATCTTTAGAGATGTACAAGGTATTATCATTATTTTTACCATTTCTGTAAATAGAGACAATTGTTGGA
GATTTATATATCTGAAATATGAATTGCCAACTATTAGATATAGAGTGGAAAAACAAAAGAAAATCAATCTGTTGATCATGGTTGGTTGTTCAAGTGAAAAATTTATCTATTTATATGTAAT
Intron 5 GTGAGTTAGG ... ACTTTTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.3 | 384 | 140 | 32 |
| A2 | 18.72 | 293 | 106 | 29 |
| A3 | 16.65 | 338 | 106 | 29 |
| A4 | 17.25 | 307 | 98 | 30 |
| A5 | 20.12 | 129 | 40 | 25 |
| A6 | 15.8 | 637 | 176 | 63 |
| A7 | 17 | 857 | 261 | 90 |
| A8 | 17.83 | 652 | 196 | 87 |
| A9 | 16.75 | 835 | 248 | 88 |
| A10 | 16.45 | 711 | 172 | 108 |
>TRINITY_DN101410_c0_g2_i3 from sample A5 / Example spliced isoformGGAGGAATGTATTTGAGATCAAAATATTTTCTTCTTTTCTGTTTACATTCTAAATCTTGTCATCTTATATTTTGGAACTATGGCAGATAAATATTACAGAGGATCGTTCTGTGCTTCATGTCGCTCTAAGGGCTGCCAGGGATACAACCATCAATTGTGATGGGAAGAATGTAGTTGATGATGTCTGGAAAGTTCTTGAT
AAGATTGGTGAATTTTCTGAAAGGGTTCGGACTGGGGCTTGGGTAGGTGCAACAGGGAAGTTGCTTAAAGATGTTGTGGCGATAGGCATTGGTGGCAGCTTCCTGGGTCCACTTTTTGTGCACAGTGCTCTTCAAACAGATCTAGAGGCAGCACAATGTGCAAATGGGCGTCAACTGCGATTTCTAGCAAATGTTGATCC
AGTTGATGTAGCTCGGAGTATTAATGGCCTAAACCCAGAAACTACATTAGTTGTTGTGGTATCAAAGACATTCACAACAGCAGAAACCATGCTCAATGCTCGAACATTAAGGACCTGGATCACGTCTGCCCTTGGTTCTGAAGCTGTTGCAAAGCACATGGTGGCAGTTAGTACTAACCTTAAGCTTGTAAAGGAATTTG
GAATAGACCCACAAAATGCTTTTGCATTCTGGGATTGGGTTGGTGGTCGCTACAGTGTGTGCAGTGCTGTGGGTGTCCTCCCCTTATCACTTCAGTATGGGTTTCCTATTGTTAGCAAGTTTTTGGAGGGAGCAAGGAGTATAGATAACCATTTCCACACAACTCCATTCGAGAAAAATATTCCTGTTTTGCTGGGTCTC
CTCAGTGTTTGGAATGTATCCTTTCTTGGGTATCCGGCTAGGGCTATTTTGCCATACACTCAGGCTCTGGAGAAGTTTGCACCACACATCCAACAGCTTAGCATGGAGAGTAATGGGAAGGGAGTTTCTATTGATGGTGTACCTCTCAATTTTGAGGCTGGTGAAATAGATTTTGGAGAACCTGGTACAAATGGCCAGCA
TAGCTTTTACCAGTTAATTCATCAGGGTCGTGTAATTCCTTGTGATTTTATTGGCATCATCAAGAGCCAGCGGCCCATTTATTTACAAGGGGAAGTTGTGAGTAACCACGATGAACTCATGTCTAACTTTTTCGCACAGCCAGATGCTCTTGCCTGTGGGAAGACACCAGAGGAGTTGAGGAATGAGAAAGTTTCTGATC
ATCTTATTGCACACAAGACATTCTCTGGGAATCGACCATCGCTAAGCATCTTACTACCATCATTGACAGCATATACTGTAGGCCAGTTGTTAGCAATGTATGAACACAGGATTGCAGTTCAGGGTTTCATCTGGGGCATTAATTCCTTTGACCAATGGGGTGTGGAGCTTGGCAAGTCATTGGCATCTCGTGTACGGGCT
CAGCTGAACATGTCTCGCACTGAAGGGAAACCAGTTGAGGGCTTTAACCACAGCACCACAATGTTGATAAAACGATACTTGAAGGAAAATGCTCCAATTCCTGTGGACTTGCTCCCCACAAATGTATAGCACATGATCCTTTGTTTGTTCAGCACCAATCAGTCTTTTAATTTTGAATGGCAGTTCTTATTTTGTATTTC
AATGGGAAAGCTTCAACTTATGATCAAAGCTTTTCTTTTGAAGTGGAGGTTCTTTTGATGACCAGGAACGAATATTTGTTGTTGTTATTAAACCGGGAACCTAGTGTTCGTATTTTTAATTGAGTTGAAAATAACATGCATCTTCACAATAAAGAAACCTGCCAAATCTTTTCCAGTTTAAA
>TRINITY_DN101410_c0_g2_i5 from sample A5 / Example unspliced isoform:CGTCCCCTCTTTTGATATACACATATCCACATTGCTAATAGGTGTTCTATTAGAATGACGTGGACGATCGAGCCATGAAATGAACGGTAGTGGCGGTGGAGAATATGAGAAACGCATTGATATTAGTAGGCCTGGCAGCTGCGGGTGGATCAGTAATTGCTCTTTGTATCAATCGTTTCAGGATCCGTTTGCCTTCGTCC
AAAGGGGCACTACGCTTCTGTATTCTGTCTCAAGCTGCTGTTGAAATCCTTTCGATGGCAAACACTAATCTTATCAGTGGAACCGAGGAATGGAAATGCTTAAGGGAACACGTTGCAGATGTTGATAAGACACACTTGAGAAATTTACTTAAGGATGAAGCACGCTGTGAATCAATGACAGTTGAATTTGATGGAATTCT
ATTGGACTATTCTCGGCAAAGGTTTACTCAAGAGACCGTGAAGAAGCTTTTTAAGCTAGCAGAGGTGGCGCATCTGAAGGAGAAGATTGACAAAATGTACAATGGAGAGCATATAAATATTACAGAGGATCGTTCTGTGCTTCATGTCGCTCTAAGGGCTGCCAGGGATACAACCATCAATTGTGATGGGAAGAATGTAG
TTGATGATGTCTGGAAAGTTCTTGATAAGATTGGTGAATTTTCTGAAAGGGTTCGGACTGGGGCTTGGGTAGGTGCAACAGGGAAGTTGCTTAAAGATGTTGTGGCGATAGGCATTGGTGGCAGCTTCCTGGGTCCACTTTTTGTGCACAGTGCTCTTCAAACAGATCTAGAGGCAGCACAATGTGCAAATGGGCGTCAA
CTGCGATTTCTAGCAAATGTTGATCCAGTTGATGTAGCTCGGAGTATTAATGGCCTAAACCCAGAAACTACATTAGTTGTTGTGGTATCAAAGACATTCACAACAGCAGAAACCATGCTCAATGCTCGAACATTAAGGACCTGGATCACGTCTGCCCTTGGgtgagttaggcactgggtcacttggtttatttcaacctt
gtgaggagttatattaattagttatgtatggattagaaactttataacatttgacatttatcatgatatattgcaatgttatgtttaaatagctcatatacctgcctgatacttttacagTTCTGAAGCTGTTGCAAAGCACATGGTGGCAGTTAGTACTAACCTTAAGCTTGTAAAGGAATTTGGAATAGACCCACAAA
ATGCTTTTGCATTCTGGGATTGGGTTGGTGGTCGCTACAGTGTGTGCAGTGCTGTGGGTGTCCTCCCCTTATCACTTCAGTATGGGTTTCCTATTGTTAGCAAGTTTTTGGAGGGAGCAAGGAGTATAGATAACCATTTCCACACAACTCCATTCGAGAAAAATATTCCTGTTTTGCTGGGTCTCCTCAGTGTTTGGAAT
GTATCCTTTCTTGGGTATCCGGCTAGGGCTATTTTGCCATACACTCAGGCTCTGGAGAAGTTTGCACCACACATCCAACAGCTTAGCATGGAGAGTAATGGGAAGGGAGTTTCTATTGATGGTGTACCTCTCAATTTTGAGGCTGGTGAAATAGATTTTGGAGAACCTGGTACAAATGGCCAGCATAGCTTTTACCAGTT
AATTCATCAGGGTCGTGTAATTCCTTGTGATTTTATTGGCATCATCAAGAGCCAGCGGCCCATTTATTTACAAGGGGAAGTTGTGAGTAACCACGATGAACTCATGTCTAACTTTTTCGCACAGCCAGATGCTCTTGCCTGTGGGAAGACACCAGAGGAGTTGAGGAATGAGAAAGTTTCTGATCATCTTATTGCACACA
AGACATTCTCTGGGAATCGACCATCGCTAAGCATCTTACTACCATCATTGACAGCATATACTGTAGGCCAGTTGTTAGCAATGTATGAACACAGGATTGCAGTTCAGGGTTTCATCTGGGGCATTAATTCCTTTGACCAATGGGGTGTGGAGCTTGGCAAGTCATTGGCATCTCGTGTACGGGCTCAGCTGAACATGTCT
CGCACTGAAGGGAAACCAGTTGAGGGCTTTAACCACAGCACCACAATGTTGATAAAACGATACTTGAAGGAAAATGCTCCAATTCCTGTGGACTTGCTCCCCACAAATGTATAGCACATGATCCTTTGTTTGTTCAGCACCAATCAGTCTTTTAATTTTGAATGGCAGTTCTTATTTTGTATTTCAATGGGAAAGCTTCA
ACTTATGATCAAAGCTTTTCTTTTGAAGTGGAGGTTCTTTTGATGACCAGGAACGAATATTTGTTGTTGTTATTAAACCGGGAACCTAGTGTTCGTATTTTTAATTGAGTTGAAAATAACATGCATCTTCACAATAAAGAAACCTGCCAAATCTTTTCCAGTTTAAA
Intron 6 GTATGGTCAA ... TTTTCTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.66 | 311 | 79 | 83 |
| A2 | 19.76 | 268 | 51 | 81 |
| A3 | 19.46 | 296 | 51 | 92 |
| A4 | 24.4 | 206 | 63 | 70 |
| A5 | 19 | 130 | 19 | 42 |
| A6 | 20.51 | 1554 | 250 | 552 |
| A7 | 20.5 | 1602 | 280 | 546 |
| A8 | 20.25 | 2130 | 309 | 773 |
| A9 | 20.09 | 1774 | 294 | 598 |
| A10 | 21.38 | 1158 | 210 | 420 |
>TRINITY_DN101410_c0_g2_i3 from sample A5 / Example spliced isoformGGAGGAATGTATTTGAGATCAAAATATTTTCTTCTTTTCTGTTTACATTCTAAATCTTGTCATCTTATATTTTGGAACTATGGCAGATAAATATTACAGAGGATCGTTCTGTGCTTCATGTCGCTCTAAGGGCTGCCAGGGATACAACCATCAATTGTGATGGGAAGAATGTAGTTGATGATGTCTGGAAAGTTCTTGAT
AAGATTGGTGAATTTTCTGAAAGGGTTCGGACTGGGGCTTGGGTAGGTGCAACAGGGAAGTTGCTTAAAGATGTTGTGGCGATAGGCATTGGTGGCAGCTTCCTGGGTCCACTTTTTGTGCACAGTGCTCTTCAAACAGATCTAGAGGCAGCACAATGTGCAAATGGGCGTCAACTGCGATTTCTAGCAAATGTTGATCC
AGTTGATGTAGCTCGGAGTATTAATGGCCTAAACCCAGAAACTACATTAGTTGTTGTGGTATCAAAGACATTCACAACAGCAGAAACCATGCTCAATGCTCGAACATTAAGGACCTGGATCACGTCTGCCCTTGGTTCTGAAGCTGTTGCAAAGCACATGGTGGCAGTTAGTACTAACCTTAAGCTTGTAAAGGAATTTG
GAATAGACCCACAAAATGCTTTTGCATTCTGGGATTGGGTTGGTGGTCGCTACAGTGTGTGCAGTGCTGTGGGTGTCCTCCCCTTATCACTTCAGTATGGGTTTCCTATTGTTAGCAAGTTTTTGGAGGGAGCAAGGAGTATAGATAACCATTTCCACACAACTCCATTCGAGAAAAATATTCCTGTTTTGCTGGGTCTC
CTCAGTGTTTGGAATGTATCCTTTCTTGGGTATCCGGCTAGGGCTATTTTGCCATACACTCAGGCTCTGGAGAAGTTTGCACCACACATCCAACAGCTTAGCATGGAGAGTAATGGGAAGGGAGTTTCTATTGATGGTGTACCTCTCAATTTTGAGGCTGGTGAAATAGATTTTGGAGAACCTGGTACAAATGGCCAGCA
TAGCTTTTACCAGTTAATTCATCAGGGTCGTGTAATTCCTTGTGATTTTATTGGCATCATCAAGAGCCAGCGGCCCATTTATTTACAAGGGGAAGTTGTGAGTAACCACGATGAACTCATGTCTAACTTTTTCGCACAGCCAGATGCTCTTGCCTGTGGGAAGACACCAGAGGAGTTGAGGAATGAGAAAGTTTCTGATC
ATCTTATTGCACACAAGACATTCTCTGGGAATCGACCATCGCTAAGCATCTTACTACCATCATTGACAGCATATACTGTAGGCCAGTTGTTAGCAATGTATGAACACAGGATTGCAGTTCAGGGTTTCATCTGGGGCATTAATTCCTTTGACCAATGGGGTGTGGAGCTTGGCAAGTCATTGGCATCTCGTGTACGGGCT
CAGCTGAACATGTCTCGCACTGAAGGGAAACCAGTTGAGGGCTTTAACCACAGCACCACAATGTTGATAAAACGATACTTGAAGGAAAATGCTCCAATTCCTGTGGACTTGCTCCCCACAAATGTATAGCACATGATCCTTTGTTTGTTCAGCACCAATCAGTCTTTTAATTTTGAATGGCAGTTCTTATTTTGTATTTC
AATGGGAAAGCTTCAACTTATGATCAAAGCTTTTCTTTTGAAGTGGAGGTTCTTTTGATGACCAGGAACGAATATTTGTTGTTGTTATTAAACCGGGAACCTAGTGTTCGTATTTTTAATTGAGTTGAAAATAACATGCATCTTCACAATAAAGAAACCTGCCAAATCTTTTCCAGTTTAAA
>TRINITY_DN101410_c0_g2_i2 from sample A5 / Example unspliced isoform:CGTCCCCTCTTTTGATATACACATATCCACATTGCTAATAGGTGTTCTATTAGAATGACGTGGACGATCGAGCCATGAAATGAACGGTAGTGGCGGTGGAGAATATGAGAAACGCATTGATATTAGTAGGCCTGGCAGCTGCGGGTGGATCAGTAATTGCTCTTTGTATCAATCGTTTCAGGATCCGTTTGCCTTCGTCC
AAAGGGGCACTACGCTTCTGTATTCTGTCTCAAGCTGCTGTTGAAATCCTTTCGATGGCAAACACTAATCTTATCAGTGGAACCGAGGAATGGAAATGCTTAAGGGAACACGTTGCAGATGTTGATAAGACACACTTGAGAAATTTACTTAAGGATGAAGCACGCTGTGAATCAATGACAGTTGAATTTGATGGAATTCT
ATTGGACTATTCTCGGCAAAGGTTTACTCAAGAGACCGTGAAGAAGCTTTTTAAGCTAGCAGAGGTGGCGCATCTGAAGGAGAAGATTGACAAAATGTACAATGGAGAGCATATAAATATTACAGAGGATCGTTCTGTGCTTCATGTCGCTCTAAGGGCTGCCAGGGATACAACCATCAATTGTGATGGGAAGAATGTAG
TTGATGATGTCTGGAAAGTTCTTGATAAGATTGGTGAATTTTCTGAAAGGGTTCGGACTGGGGCTTGGGTAGGTGCAACAGGGAAGTTGCTTAAAGATGTTGTGGCGATAGGCATTGGTGGCAGCTTCCTGGGTCCACTTTTTGTGCACAGTGCTCTTCAAACAGATCTAGAGGCAGCACAATGTGCAAATGGGCGTCAA
CTGCGATTTCTAGCAAATGTTGATCCAGTTGATGTAGCTCGGAGTATTAATGGCCTAAACCCAGAAACTACATTAGTTGTTGTGGTATCAAAGACATTCACAACAGCAGAAACCATGCTCAATGCTCGAACATTAAGGACCTGGATCACGTCTGCCCTTGGTTCTGAAGCTGTTGCAAAGCACATGGTGGCAGTTAGTAC
TAACCTTAAGCTTGTAAAGGAATTTGGAATAGACCCACAAAATGCTTTTGCATTCTGGGATTGGGTTGGTGGTCGCTACAGTGTGTGCAGTGCTGTGGGTGTCCTCCCCTTATCACTTCAGTATGGGTTTCCTATTGTTAGCAAGTTTTTGGAGGGAGCAAGGAGTATAGATAACCATTTCCACACAACTCCATTCGAGA
AAAATATTCCTGTTTTGCTGGGTCTCCTCAGTGTTTGGAATGTATCCTTTCTTGGGTATCCGGCTAGGGCTATTTTGCCATACACTCAGGCTCTGGAGAAGTTTGCACCACACATCCAACAGCTTAGCATGGAGAGTAATGGGAAGGGAGTTTCTATTGATGGTGTACCTCTCAATTTTGAGGCTGGTGAAATAGATTTT
GGAGAACCTGGTACAAATGGCCAGCATAGCTTTTACCAGTTAATTCATCAGGGTCGTGTAATTCCTTGTGATTTTATTGGCATCATCAAGAGCCAGCGGCCCATTTATTTACAAGGGGAAGTTGTGAGTAACCACGATGAACTCATGTCTAACTTTTTCGCACAGCCAGATGCTCTTGCCTGTGGGAAGACACCAGAGGA
GTTGAGGAATGAGAAAGTTTCTGATCATCTTATTGCACACAAGACATTCTCTGGGAATCGACCATCGCTAAGCATCTTACTACCATCATTGACAGCATATACTGTAGGCCAGTTGTTAGCAATGTATGAACACAGGATTGCAGTTCAGGGTTTCATCTGGGGCATTAATTCCTTTGACCAATGGGGTGTGGAGCTTGGCA
AGgtatggtcaaaacaattgacttagaatgtcttgtaaactgaaatgcaagagaaggaaatttgggttggcagattaatattcatattagtttttgttatttttctacagTCATTGGCATCTCGTGTACGGGCTCAGCTGAACATGTCTCGCACTGAAGGGAAACCAGTTGAGGGCTTTAACCACAGCACCACAATGTTG
ATAAAACGATACTTGAAGGAAAATGCTCCAATTCCTGTGGACTTGCTCCCCACAAATGTATAGCACATGATCCTTTGTTTGTTCAGCACCAATCAGTCTTTTAATTTTGAATGGCAGTTCTTATTTTGTATTTCAATGGGAAAGCTTCAACTTATGATCAAAGCTTTTCTTTTGAAGTGGAGGTTCTTTTGATGACCAGG
AACGAATATTTGTTGTTGTTATTAAACCGGGAACCTAGTGTTCGTATTTTTAATTGAGTTGAAAATAACATGCATCTTCACAATAAAGAAACCTGCCAAATCTTTTCCAGTTTAAA
Intron 7 GTATGCTAGG ... TTTTTCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 19.62 | 504 | 6.5 | 123 |
| A2 | 15.7 | 451 | 0 | 84 |
| A3 | 19.04 | 540 | 0.5 | 127 |
| A4 | 20.11 | 286 | 1 | 72 |
| A5 | 17.54 | 221 | 0 | 47 |
| A6 | 19.17 | 1375 | 1.5 | 326 |
| A7 | 19.57 | 1763 | 1 | 429 |
| A8 | 19.53 | 1467 | 3 | 356 |
| A9 | 19.25 | 1581 | 1.5 | 377 |
| A10 | 17.25 | 1477 | 1 | 308 |
>TRINITY_DN124371_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformCACATATCCACATTGCTAATAGGTGTTCTATTAGAATGACGTGGACGATCGAGCCATGAAATGAACGGTAGTGGCGGTGGAGAATATGAGAAACGCATTGATATTAGTAGGCCTGGCAGCTGCGGGTGGATCAGTAATTGCTCTTTGTATCAATCGTTTCAGGATCCGTTTGCCTTCGTCCAAAGGGGCACTACGCTTCT
GTATTCTGTCTCAAGCTGCTGTTGAAATCCTTTCGATGGCAAACACTAATCTTATCAGTGGAACCGAGGAATGGAAATGCTTAAGGGAACACGTTGCAGATGTTGATAAGACACACTTGAGAAATTTACTTAAGGATGAAGCACGCTGTGAATCAATGACAGTTGAATTTGATGGAATTCTATTGGACTATTCTCGGCAA
AGGTTTACTCAAGAGACCGTGAAGAAGCTTTTTAAGCTAGCAGAGGTGGCGCATCTGAAGGAGAAGATTGACAAAATGTACAATGGAGAGCATATAAATATTACAGAGGATCGTTCTGTGCTTCATGTCGCTCTAAGGGCTGCCAGGGATACAACCATCAATTGTGATGGGAAGAATGTAGTTGATGATGTCTGGAAAGT
TCTTGATAAGATTGGTGAATTTTCTGAAAGGGTTCGGACTGGGGCTTGGGTAGGTGCAACAGGGAAGTTGCTTAAAGATGTTGTGGCGATAGGCATTGGTGGCAGCTTCCTGGGTCCACTTTTTGTGCACAGTGCTCTTCAAACAGATCTAGAGGCAGCACAATGTGCAAATGGGCGTCAACTGCGATTTCTAGCAAATG
TTGATCCAGTTGATGTAGCTCGGAGTATTAATGGCCTAAACCCAGAAACTACATTAGTTGTTGTGGTATCAAAGACATTCACAACAGCAGAAACCATGCTCAATGCTCGAACATTAAGGACCTGGATCACGTCTGCCCTTGGTTCTGAAGCTGTTGCAAAGCACATGGTGGCAGTTAGTACTAACCTTAAGCTTGTAAAG
GAATTTGGAATAGACCCACAAAATGCTTTTGCATTCTGGGATTGGGTTGGTGGTCGCTACAGTGTGTGCAGTGCTGTGGGTGTCCTCCCCTTATCACTTCAGTATGGGTTTCCTATTGTTAGCAAGTTTTTGGAGGGAGCAAGGAGTATAGATAACCATTTCCACACAACTCCATTCGAGAAAAATATTCCTGTTTTGCT
GGGTCTCCTCAGTGTTTGGAATGTATCCTTTCTTGGGTATCCGGCTAGGGCTATTTTGCCATACACTCAGGCTCTGGAGAAGTTTGCACCACACATCCAACAGCTTAGCATGGAGAGTAATGGGAAGGGAGTTTCTATTGATGGTGTACCTCTCAATTTTGAGGCTGGTGAAATAGATTTTGGAGAACCTGGTACAAATG
GCCAGCATAGCTTTTACCAGTTAATTCATCAGGGTCGTGTAATTCCTTGTGATTTTATTGGCATCATCAAGAGCCAGCGGCCCATTTATTTACAAGGGGAAGTTGTGAGTAACCACGATGAACTCATGTCTAACTTTTTCGCACAGCCAGATGCTCTTGCCTGTGGGAAGACACCAGAGGAGTTGAGGAATGAGAAAGTT
TCTGATCATCTTATTGCACACAAGACATTCTCTGGGAATCGACCATCGCTAAGCATCTTACTACCATCATTGACAGCATATACTGTAGGCCAGTTGTTAGCAATGTATGAACACAGGATTGCAGTTCAGGGTTTCATCTGGGGCATTAATTCCTTTGACCAATGGGGTGTGGAGCTTGGCAAGTCATTGGCATCTCGTGT
ACGGGCTCAGCTGAACATGTCTCGCACTGAAGGGAAACCAGTTGAGGGCTTTAACCACAGCACCACAATGTTGATAAAACGATACTTGAAGGAAAATGCTCCAATTCCTGTGGACTTGCTCCCCACAAATGTATAGCACATGATCCTTTGTTTGTTCAGCACCAATCAGTCTTTTAATTTTGAATGGCAGTTCTTATTTT
GTATTTCAATGGGAAAGCTTCAACTTATGATCAAAGCTTTTCTTTTGAAGTGGAGGTTCTTTTGATGACCAGGAACGAATATTTGTTGTTGTTATTAAACCGGGAACCTAGTGTTCGTATTTTTAATTGAGTTGAAAATAACATGCATCTTCACAATAAAGAAACCTGCCAAATCTTTTCCAGTTTATCATTTCTTCTTT
CCAGTATCCACTTCATGAGTTTCTCAGTGTTTCTATCTTTAGAGATGTACAAGGTATTATCATTATTTTTACCATTTCTGTAAATAGAGACAATTGTTGGAGATTTATATATCTGAAATATGAATTGCCAACTATTAGATATAGAGTGGAAAAACAAAAGAAAATCAATCTGTTGATCATGGTTGGTTGTTCAAGTGAAA
AATTTATCTATTTATATGTAAT
>TRINITY_DN124371_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:GATACATCCAGTGTGAATACAATATGGGGGTGCAAAAGCAACTCCTAGCCTCTAGGTAATGCTGAAAGCAAAAGAAAGTGAAAAAAATGTGCAGCATAAGTGTCTAGCTAAAGAAGATCCTAGTTCTCTTCTCTTGTCCATCTATACTAGCTGATGGCAAAAGTACTAGATTTATGATTTATGAGAGATCACTCTGTATG
AATATTCAGTTTTGCACTGTGAGAGATAATTCCTGTTATTCAATCTATCTGGAATAGGATTGCAATTTCTGTAGAAGACCAGTAGGCTGAGCAATGATATTAACATTCATTTCATTGTCTCTGAAGGTTTTTGGAGGGAGCAAGGAGTATAGATAACCATTTCCACACAACTCCATTCGAGAAAAATATTCCTgtatgct
aggatacccacaattcaatacaaatgagatttatcagaatctgatgttacttaagtttcacataatcaaggtgaacgcatttctaattatcacactggggactttttcacagGTTTTGCTGGGTCTCCTCAGTGTTTGGAATGTATCCTTTCTTGGGTATCCGGCTAGGGCTATTTTGCCATACACTCAGGCTCTGGAGA
AGTTTGCACCACACATCCAACAGCTTAGCATGGAGAGTAATGGGAAGGGAGTTTCTATTGATGGTGTACCTCTCAATTTTGAGGCTGGTGAAATAGATTTTGGAGAACCTGGTACAAATGGCCAGCATAGCTTTTACCAGTTAATTCATCAGGGTCGTGTAATTCCTTGTGATTTTATTGGCATCATCAAGAGCCAGCGG
CCCATTTATTTACAAGGGGAAGTTGTGAGTAACCACGATGAACTCATGTCTAACTTTTTCGCACAGCCAGATGCTCTTGCCTGTGGGAAGACACCAGAGGAGTTGAGGAATGAGAAAGTTTCTGATCATCTTATTGCACACAAGACATTCTCTGGGAATCGACCATCGCTAAGCATCTTACTACCATCATTGACAGCATA
TACTGTAGGCCAGTTGTTAGCAATGTATGAACACAGGATTGCAGTTCAGGGTTTCATCTGGGGCATTAATTCCTTTGACCAATGGGGTGTGGAGCTTGGCAAGTCATTGGCATCTCGTGTACGGGCTCAGCTGAACATGTCTCGCACTGAAGGGAAACCAGTTGAGGGCTTTAACCACAGCACCACAATGTTGATAAAAC
GATACTTGAAGGAAAATGCTCCAATTCCTGTGGACTTGCTCCCCACAAATGTATAGCACATGATCCTTTGTTTGTTCAGCACCAATCAGTCTTTTAATTTTGAATGGCAGTTCTTATTTTGTATTTCAATGGGAAAGCTTCAACTTATGATCAAAGCTTTTCTTTTGAAGTGGAGGTTCTTTTGATGACCAGGAACGAAT
ATTTGTTGTTGTTATTAAACCGGGAACCTAGTGTTCGTATTTTTAATTGAGTTGAAAATAACATGCATCTTCACAATAAAGAAACCTGCCAAATCTTTTCCAGTTTATCATTTCTTCTTTCCAGTATCCACTTCATGAGTTTCTCAGTGTTTCTATCTTTAGAGATGTACAAGGTATTATCATTATTTTTACCATTTCTG
TAAATAGAGACAATTGTTGGAGATTTATATATCTGAAATATGAATTGCCAACTATTAGATATAGAGTGGAAAAACAAAAGAAAATCAATCTGTTGATCATGGTTGGTTGTTCAAGTGAAAAATTTATCTATTTATATGTAAT
Intron 8 GTTGAACATG ... TTAAAATTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 14.85 | 562 | 1 | 98 |
| A2 | 17.78 | 467 | 0 | 101 |
| A3 | 15.23 | 540 | 2 | 97 |
| A4 | 19.93 | 486 | 1 | 121 |
| A5 | 17.02 | 234 | 0 | 48 |
| A6 | 18.45 | 588 | 0 | 133 |
| A7 | 19.58 | 1039 | 0 | 253 |
| A8 | 18.29 | 420 | 0 | 94 |
| A9 | 16.5 | 997 | 0 | 197 |
| A10 | 17.55 | 1029 | 0 | 219 |
>TRINITY_DN120319_c0_g3_i4 from sample A2 / Example spliced isoformCACATATCCACATTGCTAATAGGTGTTCTATTAGAATGACGTGGACGATCGAGCCATGAAATGAACGGTAGTGGCGGTGGAGAATATGAGAAACGCATTGATATTAGTAGGCCTGGCAGCTGCGGGTGGATCAGTAATTGCTCTTTGTATCAATCGTTTCAGGATCCGTTTGCCTTCGTCCAAAGGGGCACTACGCTTCT
GTATTCTGTCTCAAGCTGCTGTTGAAATCCTTTCGATGGCAAACACTAATCTTATCAGTGGAACCGAGGAATGGAAATGCTTAAGGGAACACGTTGCAGATGTTGATAAGACACACTTGAGAAATTTACTTAAGGATGAAGCACGCTGTGAATCAATGACAGTTGAATTTGATGGAATTCTATTGGACTATTCTCGGCAA
AGGTTTACTCAAGAGACCGTGAAGAAGCTTTTTAAGCTAGCAGAGGTGGCGCATCTGAAGGAGAAGATTGACAAAATGTACAATGGAGAGCATATAAATATTACAGAGGATCGTTCTGTGCTTCATGTCGCTCTAAGGGCTGCCAGGGATACAACCATCAATTGTGATGGGAAGAATGTAGTTGATGATGTCTGGAAAGT
TCTTGATAAGATTGGTGAATTTTCTGAAAGGGTTCGGACTGGGGCTTGGGTAGGTGCAACAGGGAAGTTGCTTAAAGATGTTGTGGCGATAGGCATTGGTGGCAGCTTCCTGGGTCCACTTTTTGTGCACAGTGCTCTTCAAACAGATCTAGAGGCAGCACAATGTGCAAATGGGCGTCAACTGCGATTTCTAGCAAATG
TTGATCCAGTTGATGTAGCTCGGAGTATTAATGGCCTAAACCCAGAAACTACATTAGTTGTTGTGGTATCAAAGACATTCACAACAGCAGAAACCATGCTCAATGCTCGAACATTAAGGACCTGGATCACGTCTGCCCTTGGTTCTGAAGCTGTTGCAAAGCACATGGTGGCAGTTAGTACTAACCTTAAGCTTGTAAAG
GAATTTGGAATAGACCCACAAAATGCTTTTGCATTCTGGGATTGGGTTGGTGGTCGCTACAGTGTGTGCAGTGCTGTGGGTGTCCTCCCCTTATCACTTCAGTATGGGTTTCCTATTGTTAGCAAGTTTTTGGAGGGAGCAAGGAGTATAGATAACCATTTCCACACAACTCCATTCGAGAAAAATATTCCTGTTTTGCT
GGGTCTCCTCAGTGTTTGGAATGTATCCTTTCTTGGGTATCCGGCTAGGGTAAATCTTTTCAAGATCTTAGTAGAGTGTAATGGACACAAAGAGGGTTCTTTAATTAACTTTAATACATATTTATTCTAGCTTGCCAGTATTTTATAGCTTTTCCTTTTCCTCTCAATCTTGTAGGCTATTTTGCCATACACTCAGGCTC
TGGAGAAGTTTGCACCACACATCCAACAGCTTAGCATGGAGAGTAATGGGAAGGGAGTTTCTATTGATGGTGTACCTCTCAATTTTGAGGCTGGTGAAATAGATTTTGGAGAACCTGGTACAAATGGCCAGCATAGCTTTTACCAGTTAATTCATCAGGGTCGTGTAATTCCTTGTGATTTTATTGGCATCATCAAGAGC
CAGCGGCCCATTTATTTACAAGGGGAAGTTGTGAGTAACCACGATGAACTCATGTCTAACTTTTTCGCACAGCCAGATGCTCTTGCCTGTGGGAAGACACCAGAGGAGTTGAGGAATGAGAAAGTTTCTGATCATCTTATTGCACACAAGACATTCTCTGGGAATCGACCATCGCTAAGCATCTTACTACCATCATTGAC
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ACGAATATTTGTTGTTGTTATTAAACCGGGAACCTAGTGTTCGTATTTTTAATTGAGTTGAAAATAACATGCATCTTCACAATAAAGAAACCTGCCAAATCTTTTCCAGTTTATCATTTCTTCTTTCCAG
>TRINITY_DN120319_c0_g3_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:AAGCTTTTTAAGCTAGCAGAGgttgaacatgaatttctttccctgatatggaagctgttttatgagaatttacaatattttgttgaaattcaacacccagaacttgctgggtacaagatttttaaaatgctggaagtctgatgatatttatctattttaaaattagGTGGCGCATCTGAAGGAGAAGATTGACAAAATGT
ACAATGGAGAGCATATAAATATTACAGAGGATCGTTCTGTGCTTCATGTCGCTCTAAGGGCTGCCAGGGATACAACCATCAATTGTGATGGGAAGAATGTAGTTGATGATGTCTGGAAAGTTCTTGATAAGATTGGTGAATTTTCTGAAAGGGTTCGGACTGGGGCTTGGGTAGGTGCAACAGGGAAGTTGCTTAAAGAT
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