sp|Q84LM4|AARE_ARATH ----> Acylamino-acid-releasing enzyme
Intron 1 GTAAATTTAT ... CTGATGACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 41.98 | 38 | 28 | 27 |
| A2 | 30.3 | 23 | 5 | 15 |
| A3 | 29.73 | 26 | 9 | 13 |
| A4 | 25.37 | 25 | 9 | 8 |
| A5 | 22.45 | 19 | 8 | 3 |
| A6 | 28 | 9 | 1 | 6 |
| A7 | 15.07 | 31 | 5 | 6 |
| A8 | 18.75 | 13 | 0 | 6 |
| A9 | 19.23 | 21 | 3 | 7 |
| A10 | 12.94 | 37 | 4 | 7 |
>TRINITY_DN118905_c0_g1_i9 from sample A2 / Example spliced isoformGGATATCGTGGAACATGTCTTCCGTTGCACACGCAAATCTTTACGTGCGTTACTTTTACTGAAATAATTTATAGACATTTTCCAAAGGTATTTGCTGATTTTTTTTGGAAGCATGTATCTCGGGACACGACTAATGGAGCACTCTCAAATAAATGCACAATCCACAGTCCAAATACTCTGCTGTGGCACGTGCATTCATT
TGATAATTGGGTTATTGCTATCAATTGGCATGTTTTCATCCGTGTCCACGAGCCAATTGGTTTTAGGCAAATGAATTTCAGTATTGAATATGGATTCTTTCTTCACTGTTTGAACTTCAATGCGTAGGTCCGTTGATATGATTAAACGTATTTTTGTCCACACAAAAATGGTTGAAGAAATCTTTCAGTTGTGATTTCTG
TCAATGTAATGGATTCACTACCAGAGCTACATGAGCATTTTGAGTATCCAGATGCAATAAGGGATGAAACAGTGCTGGATAACTATCATGGCGTACTCGTACCAGATCCTTACCGCTGGCTTGAAGATTCCCATGCAAAAGAAGTGAAGTATTTTGTTGCAAAGCAAGCAGGGTTAACTGAGTCCTTGCTTCAGACATGT
GAAACAAGAGAGAAACTGAGAGAATGCATCAGCAAACTTAGTGACCGCCCTAGATACGGTCGTCCCTTTAGACGAGGTGACAAGTATTTCTTCTTTTACAATACCGGGCTTCAAGCCCAGAATGTCCTCTATGTCCAGGATGGGTTGGATGGAGAAGCAGAGGTTTTATTTGATCCCAACAACCTCGGGGAAGATGGAAC
TACTGCTTTGAGTATTTTTGCTGTCAGTGAAAATGCAGAATTCCTAGCTGTTGGCCTAAGCTCTAGGGGTAGTGACTGGGTGAATATAAAGATCATCCGTGTGTCAGACAAAGGCATGGAACATGATTCTCTTTCATGGGTGAAGTTTACATCCATAGCATGGACTCAAGATAGTAAAGGGTTCTTTTATAGTCGTTATC
CTCCACTAATAAAAGGAAAGGAAGTGAATGAAGGAACAGAAACAAATATCAATCTTTATCATCAAGTTTATTACCATTTCGTGGGCACCAATCAGTCAGAAGATATTCTCTGTTGGAAAGATCCTAAAAATCCTAAACGTTTGTTTCGGACCGCAGTAACAGAGGATGGAAAGTATGTTATCCTCTACCTCAGGGAAGGT
TGTAAACCTATGAACATGCTTTATTATTGTGATATCACAGCTTTGCCTCATGGACTTAAGGGATTCAATGGCAATGAAGAGATGCTTCCTTTTCATAAACTTATTGACAACTTTGAAGCACAGTACCATCTTGTTATAAATGATGACACTCTTTTTACTTTCCGGACTAACAAAAATGCTACAAGGTATAAGTTGGTTCG
AGTAGATATTAGAGAGCCAGAGAATTGGAGAGATATAATTGAAGAATCTGAAAAGGATGTGCTTGTGTCAGCGTATGGTGTAAATAGTGATAAACTATTGCTTTGTTACCTGAAGGATGTCAAGTATGTTCTACAAGTACGGAACTCAGAAACAGGTCAATTGCTTCATAATTTGCCAATAGATATTGGGTCGATTTCTG
GCATATCTGGAAGGCGTAAAGACAGTGTGGCCTTTATAAATTTTAGAAGTTTTCTTAGTCCTAGTATTATTTATCAATGCAACTTGGATGCTGAGAAACCCGAGCTACAAGTGTTCCGTGAGAGTGCCATCAACCATTTTGACCGCACAGAATTTGAGACCCAACAGGTTTTTGTGCCCACTAAGGACAGAACAAAAATA
CCAATGTTTATCATGTCCAAGAAAAACCTCCCTCTGAATGGGCAACATCCGGCATTATTATATGGTTATGGTGGTTTCAGTGTTAATATCACCCCATCCTTGAACATTGCACGCATTGTCATTGCAAAACATTTTGGCGCAGTATGTGCCATTGCAAATGTTCGTGGTGGTGGAGAGTATGGAGAGCAGTGGCACAAAGC
AGGGTCTCTTGAAAATAAGCAGACATCATTTGATGACTTCATTTCTTGTGCAGAGTTCCTTATTTCAGAGGGGTACACACAACCTAAAAAGTTATGTATTGAAGGGGGCAGTAATGGTGGCCTCCTTGTTGCTGCTTGCATAAATCAGAGGCCGGATCTCTTTGGATGTGCCTTGGCTCAAGCTGGGGTTATGGACATGT
TGCGTTTTCATAAATTTACTATTGGCCATGCATGGACTACTGATTTTGGCTGTTCAGATAAGGAAGAAGAATTTCATTGGCTAATTAAATACTCACCATTGCATAATATAAAGATACCATGGGAGATACCCGG
>TRINITY_DN118905_c0_g1_i11 from sample A2 / Example unspliced isoform:GTAGTTTGTTGCATTGCTCTCTGCAAGGGATCCTGCTGCAGAACTTTTAAGGTTCTGGACTCTTTCCTGCATATATTTTCTGTTCTTATATTTATATGTATCGGCAAGGACAATGTGGGTTTAATTAGTGGCAAGATACAACCTATCTGTTGAAACCACAAGGGTCCTAGTTCTATGCTATTAAACTCTAGATATACAAT
TTTATGGAACTGGGCCTTATCTGTATAATGGTGAGGCTTGAAAGTGAATAATTTCTACATCAACTTCTTTTTAGAAGCTATGGAAAAAAGAGGAGCATCAAGCACTTAAGGGATAGAGGGGTGGGTAAATTGACTGGGCTGCAGATTAAACAATCAGCTGTCTTCTTGGTCTGATGTAACATTTCATGATTTATTTCTCA
ATCCAACAGGCTTGAAGATTCCCATGCAAAAGAAGTGAAGTATTTTGTTGCAAAGCAAGCAGGGTTAACTGAGTCCTTGCTTCAGACATGTGAAACAAGAGAGAAACTGAGAGAATGCATCAGCAAACTTAGTGACCGCCCTAGATACGGTCGTCCCTTTAGACGAGGTGACAAGTATTTCTTCTTTTACAATACCGGGC
TTCAAGCCCAGAATGTCCTCTATGTCCAGGTATGCTCCAAAATCATTAGAGAAATATTAACTAGGCACAGATCAGATGACATATTTTCAAACTTGGAAATTGATCATCTCATCTTGATTTACACAAGGGAGGAGTTCAATCCCTTTGCTACCATACTTGCAGTTTTCCTCACTTTTGTGGAGTTACTTAATTCAGGATGG
GTTGGATGGAGAAGCAGAGGTTTTATTTGATCCCAACAACCTCGGGGAAGATGGAACTACTGCTTTGAGTATTTTTGCTGTCAGTGAAAATGCAGAATTCCTAGCTGTTGGCCTAAGCTCTAGGGGTAGTGACTGGGTGAATATAAAGATCATCCGTGTGTCAGACAAAGGCATGGAACATGATTCTCTTTCATGGgtaa
atttattgtcttcttatttggtacttttagttcatcaagttgctgttgtaatgcagtgctaataccatgtagtttgcaactgatgacagGTGAAGTTTACATCCATAGCATGGACTCAAGATAGTAAAGGGTTCTTTTATAGTCGTTATCCTCCACTAATAAAAGGAAAGGAAGTGAATGAAGGAACAGAAACAAATATC
AATCTTTATCATCAAGTTTATTACCATTTCGTGGGCACCAATCAGTCAGAAGATATTCTCTGTTGGAAAGATCCTAAAAATCCTAAACGTTTGTTTCGGACCGCAGTAACAGAGGATGGAAAG
Intron 2 GTATGCTCCA ... CTTAATTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25.58 | 16 | 7 | 4 |
| A2 | 40.43 | 14 | 12 | 7 |
| A3 | 30 | 21 | 13 | 5 |
| A4 | 75 | 4 | 11 | 13 |
| A5 | 46.67 | 4 | 5 | 2 |
| A6 | 33.33 | 3 | 1 | 2 |
| A7 | 29.03 | 11 | 6 | 3 |
| A8 | 27.27 | 4 | 2 | 1 |
| A9 | 22.22 | 14 | 6 | 2 |
| A10 | 27.54 | 25 | 11 | 8 |
>TRINITY_DN118905_c0_g1_i9 from sample A2 / Example spliced isoformGGATATCGTGGAACATGTCTTCCGTTGCACACGCAAATCTTTACGTGCGTTACTTTTACTGAAATAATTTATAGACATTTTCCAAAGGTATTTGCTGATTTTTTTTGGAAGCATGTATCTCGGGACACGACTAATGGAGCACTCTCAAATAAATGCACAATCCACAGTCCAAATACTCTGCTGTGGCACGTGCATTCATT
TGATAATTGGGTTATTGCTATCAATTGGCATGTTTTCATCCGTGTCCACGAGCCAATTGGTTTTAGGCAAATGAATTTCAGTATTGAATATGGATTCTTTCTTCACTGTTTGAACTTCAATGCGTAGGTCCGTTGATATGATTAAACGTATTTTTGTCCACACAAAAATGGTTGAAGAAATCTTTCAGTTGTGATTTCTG
TCAATGTAATGGATTCACTACCAGAGCTACATGAGCATTTTGAGTATCCAGATGCAATAAGGGATGAAACAGTGCTGGATAACTATCATGGCGTACTCGTACCAGATCCTTACCGCTGGCTTGAAGATTCCCATGCAAAAGAAGTGAAGTATTTTGTTGCAAAGCAAGCAGGGTTAACTGAGTCCTTGCTTCAGACATGT
GAAACAAGAGAGAAACTGAGAGAATGCATCAGCAAACTTAGTGACCGCCCTAGATACGGTCGTCCCTTTAGACGAGGTGACAAGTATTTCTTCTTTTACAATACCGGGCTTCAAGCCCAGAATGTCCTCTATGTCCAGGATGGGTTGGATGGAGAAGCAGAGGTTTTATTTGATCCCAACAACCTCGGGGAAGATGGAAC
TACTGCTTTGAGTATTTTTGCTGTCAGTGAAAATGCAGAATTCCTAGCTGTTGGCCTAAGCTCTAGGGGTAGTGACTGGGTGAATATAAAGATCATCCGTGTGTCAGACAAAGGCATGGAACATGATTCTCTTTCATGGGTGAAGTTTACATCCATAGCATGGACTCAAGATAGTAAAGGGTTCTTTTATAGTCGTTATC
CTCCACTAATAAAAGGAAAGGAAGTGAATGAAGGAACAGAAACAAATATCAATCTTTATCATCAAGTTTATTACCATTTCGTGGGCACCAATCAGTCAGAAGATATTCTCTGTTGGAAAGATCCTAAAAATCCTAAACGTTTGTTTCGGACCGCAGTAACAGAGGATGGAAAGTATGTTATCCTCTACCTCAGGGAAGGT
TGTAAACCTATGAACATGCTTTATTATTGTGATATCACAGCTTTGCCTCATGGACTTAAGGGATTCAATGGCAATGAAGAGATGCTTCCTTTTCATAAACTTATTGACAACTTTGAAGCACAGTACCATCTTGTTATAAATGATGACACTCTTTTTACTTTCCGGACTAACAAAAATGCTACAAGGTATAAGTTGGTTCG
AGTAGATATTAGAGAGCCAGAGAATTGGAGAGATATAATTGAAGAATCTGAAAAGGATGTGCTTGTGTCAGCGTATGGTGTAAATAGTGATAAACTATTGCTTTGTTACCTGAAGGATGTCAAGTATGTTCTACAAGTACGGAACTCAGAAACAGGTCAATTGCTTCATAATTTGCCAATAGATATTGGGTCGATTTCTG
GCATATCTGGAAGGCGTAAAGACAGTGTGGCCTTTATAAATTTTAGAAGTTTTCTTAGTCCTAGTATTATTTATCAATGCAACTTGGATGCTGAGAAACCCGAGCTACAAGTGTTCCGTGAGAGTGCCATCAACCATTTTGACCGCACAGAATTTGAGACCCAACAGGTTTTTGTGCCCACTAAGGACAGAACAAAAATA
CCAATGTTTATCATGTCCAAGAAAAACCTCCCTCTGAATGGGCAACATCCGGCATTATTATATGGTTATGGTGGTTTCAGTGTTAATATCACCCCATCCTTGAACATTGCACGCATTGTCATTGCAAAACATTTTGGCGCAGTATGTGCCATTGCAAATGTTCGTGGTGGTGGAGAGTATGGAGAGCAGTGGCACAAAGC
AGGGTCTCTTGAAAATAAGCAGACATCATTTGATGACTTCATTTCTTGTGCAGAGTTCCTTATTTCAGAGGGGTACACACAACCTAAAAAGTTATGTATTGAAGGGGGCAGTAATGGTGGCCTCCTTGTTGCTGCTTGCATAAATCAGAGGCCGGATCTCTTTGGATGTGCCTTGGCTCAAGCTGGGGTTATGGACATGT
TGCGTTTTCATAAATTTACTATTGGCCATGCATGGACTACTGATTTTGGCTGTTCAGATAAGGAAGAAGAATTTCATTGGCTAATTAAATACTCACCATTGCATAATATAAAGATACCATGGGAGATACCCGG
>TRINITY_DN118905_c0_g1_i11 from sample A2 / Example unspliced isoform:GTAGTTTGTTGCATTGCTCTCTGCAAGGGATCCTGCTGCAGAACTTTTAAGGTTCTGGACTCTTTCCTGCATATATTTTCTGTTCTTATATTTATATGTATCGGCAAGGACAATGTGGGTTTAATTAGTGGCAAGATACAACCTATCTGTTGAAACCACAAGGGTCCTAGTTCTATGCTATTAAACTCTAGATATACAAT
TTTATGGAACTGGGCCTTATCTGTATAATGGTGAGGCTTGAAAGTGAATAATTTCTACATCAACTTCTTTTTAGAAGCTATGGAAAAAAGAGGAGCATCAAGCACTTAAGGGATAGAGGGGTGGGTAAATTGACTGGGCTGCAGATTAAACAATCAGCTGTCTTCTTGGTCTGATGTAACATTTCATGATTTATTTCTCA
ATCCAACAGGCTTGAAGATTCCCATGCAAAAGAAGTGAAGTATTTTGTTGCAAAGCAAGCAGGGTTAACTGAGTCCTTGCTTCAGACATGTGAAACAAGAGAGAAACTGAGAGAATGCATCAGCAAACTTAGTGACCGCCCTAGATACGGTCGTCCCTTTAGACGAGGTGACAAGTATTTCTTCTTTTACAATACCGGGC
TTCAAGCCCAGAATGTCCTCTATGTCCAGgtatgctccaaaatcattagagaaatattaactaggcacagatcagatgacatattttcaaacttggaaattgatcatctcatcttgatttacacaagggaggagttcaatccctttgctaccatacttgcagttttcctcacttttgtggagttacttaattcagGATGG
GTTGGATGGAGAAGCAGAGGTTTTATTTGATCCCAACAACCTCGGGGAAGATGGAACTACTGCTTTGAGTATTTTTGCTGTCAGTGAAAATGCAGAATTCCTAGCTGTTGGCCTAAGCTCTAGGGGTAGTGACTGGGTGAATATAAAGATCATCCGTGTGTCAGACAAAGGCATGGAACATGATTCTCTTTCATGGGTAA
ATTTATTGTCTTCTTATTTGGTACTTTTAGTTCATCAAGTTGCTGTTGTAATGCAGTGCTAATACCATGTAGTTTGCAACTGATGACAGGTGAAGTTTACATCCATAGCATGGACTCAAGATAGTAAAGGGTTCTTTTATAGTCGTTATCCTCCACTAATAAAAGGAAAGGAAGTGAATGAAGGAACAGAAACAAATATC
AATCTTTATCATCAAGTTTATTACCATTTCGTGGGCACCAATCAGTCAGAAGATATTCTCTGTTGGAAAGATCCTAAAAATCCTAAACGTTTGTTTCGGACCGCAGTAACAGAGGATGGAAAG
Intron 3 GCTTGAAGAT ... GGATGGAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 49.39 | 32.8 | 30 | 34 |
| A2 | 48.08 | 21 | 17 | 22 |
| A3 | 48.18 | 27.8 | 15.8 | 36 |
| A4 | 48.68 | 30.5 | 30.8 | 27 |
| A5 | 63.25 | 10.5 | 12 | 24 |
| A6 | 33.61 | 13.8 | 3 | 11 |
| A7 | 35.51 | 50.7 | 20.8 | 35 |
| A8 | 27.25 | 26.7 | 5 | 15 |
| A9 | 51.99 | 21.2 | 16.8 | 29 |
| A10 | 51.54 | 41 | 28.8 | 58.3 |
>TRINITY_DN118905_c0_g1_i12 from sample A2 / Example spliced isoformGGATATCGTGGAACATGTCTTCCGTTGCACACGCAAATCTTTACGTGCGTTACTTTTACTGAAATAATTTATAGACATTTTCCAAAGGTATTTGCTGATTTTTTTTGGAAGCATGTATCTCGGGACACGACTAATGGAGCACTCTCAAATAAATGCACAATCCACAGTCCAAATACTCTGCTGTGGCACGTGCATTCATT
TGATAATTGGGTTATTGCTATCAATTGGCATGTTTTCATCCGTGTCCACGAGCCAATTGGTTTTAGGCAAATGAATTTCAGTATTGAATATGGATTCTTTCTTCACTGTTTGAACTTCAATGCGTAGGTCCGTTGATATGATTAAACGTATTTTTGTCCACACAAAAATGGTTGAAGAAATCTTTCAGTTGTGATTTCTG
TCAATGTAATGGATTCACTACCAGAGCTACATGAGCATTTTGAGTATCCAGATGCAATAAGGGATGAAACAGTGCTGGATAACTATCATGGCGTACTCGTACCAGATCCTTACCGCTGTATGTTATCCTCTACCTCAGGGAAGGTTGTAAACCTATGAACATGCTTTATTATTGTGATATCACAGCTTTGCCTCATGGAC
TTAAGGGATTCAATGGCAATGAAGAGATGCTTCCTTTTCATAAACTTATTGACAACTTTGAAGCACAGTACCATCTTGTTATAAATGATGACACTCTTTTTACTTTCCGGACTAACAAAAATGCTACAAGGTATAAGTTGGTTCGAGTAGATATTAGAGAGCCAGAGAATTGGAGAGATATAATTGAAGAATCTGAAAAG
GATGTGCTTGTGTCAGCGTATGGTGTAAATAGTGATAAACTATTGCTTTGTTACCTGAAGGATGTCAAGTATGTTCTACAAGTACGGAACTCAGAAACAGGTCAATTGCTTCATAATTTGCCAATAGATATTGGGTCGATTTCTGGCATATCTGGAAGGCGTAAAGACAGTGTGGCCTTTATAAATTTTAGAAGTTTTCT
TAGTCCTAGTATTATTTATCAATGCAACTTGGATGCTGAGAAACCCGAGCTACAAGTGTTCCGTGAGAGTGCCATCAACCATTTTGACCGCACAGAATTTGAGACCCAACAGGT
>TRINITY_DN118905_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:GGATATCGTGGAACATGTCTTCCGTTGCACACGCAAATCTTTACGTGCGTTACTTTTACTGAAATAATTTATAGACATTTTCCAAAGGTATTTGCTGATTTTTTTTGGAAGCATGTATCTCGGGACACGACTAATGGAGCACTCTCAAATAAATGCACAATCCACAGTCCAAATACTCTGCTGTGGCACGTGCATTCATT
TGATAATTGGGTTATTGCTATCAATTGGCATGTTTTCATCCGTGTCCACGAGCCAATTGGTTTTAGGCAAATGAATTTCAGTATTGAATATGGATTCTTTCTTCACTGTTTGAACTTCAATGCGTAGGTCCGTTGATATGATTAAACGTATTTTTGTCCACACAAAAATGGTTGAAGAAATCTTTCAGTTGTGATTTCTG
TCAATGTTTTCATCAGGTAATGGATTCACTACCAGAGCTACATGAGCATTTTGAGTATCCAGATGCAATAAGGGATGAAACAGTGCTGGATAACTATCATGGCGTACTCGTACCAGATCCTTACCGCTGgcttgaagattcccatgcaaaagaagtgaagtattttgttgcaaagcaagcagggttaactgagtccttgc
ttcagacatgtgaaacaagagagaaactgagagaatgcatcagcaaacttagtgaccgccctagatacggtcgtccctttagacgaggtgacaagtatttcttcttttacaataccgggcttcaagcccagaatgtcctctatgtccaggatgggttggatggagaagcagaggttttatttgatcccaacaacctcggg
gaagatggaactactgctttgagtatttttgctgtcagtgaaaatgcagaattcctagctgttggcctaagctctaggggtagtgactgggtgaatataaagatcatccgtgtgtcagacaaaggcatggaacatgattctctttcatgggtgaagtttacatccatagcatggactcaagatagtaaagggttctttta
tagtcgttatcctccactaataaaaggaaaggaagtgaatgaaggaacagaaacaaatatcaatctttatcatcaagtttattaccatttcgtgggcaccaatcagtcagaagatattctctgttggaaagatcctaaaaatcctaaacgtttgtttcggaccgcagtaacagaggatggaaagTATGTTATCCTCTACC
TCAGGGAAGGTTGTAAACCTATGAACATGCTTTATTATTGTGATATCACAGCTTTGCCTCATGGACTTAAGGGATTCAATGGCAATGAAGAGATGCTTCCTTTTCATAAACTTATTGACAACTTTGAAGCACAGTACCATCTTGTTATAAATGATGACACTCTTTTTACTTTCCGGACTAACAAAAATGCTACAAGGTAT
AAGTTGGTTCGAGTAGATATTAGAGAGCCAGAGAATTGGAGAGATATAATTGAAGAATCTGAAAAGGATGTGCTTGTGTCAGCGTATGGTGTAAATAGTGATAAACTATTGCTTTGTTACCTGAAGGATGTCAAGTATGTTCTACAAGTACGGAACTCAGAAACAGGTCAATTGCTTCATAATTTGCCAATAGATATTGG
GTCGATTTCTGGCATATCTGGAAGGCGTAAAGACAGTGTGGCCTTTATAAATTTTAGAAGTTTTCTTAGTCCTAGTATTATTTATCAATGCAACTTGGATGCTGAGAAACCCGAGCTACAAGTGTTCCGTGAGAGTGCCATCAACCATTTTGACCGCACAGAATTTGAGACCCAACAGGTTTTTGTGCCCACTAAGGACA
GAACAAAAATACCAATGTTTATCATGTCCAAGAAAAACCTCCCTCTGAATGGGCAACATCCGGCATTATTATATGGTTATGGTGGTTTCAGTGTTAATATCACCCCATCCTTGAACATTGCACGCATTGTCATTGCAAAACATTTTGGCGCAGTATGTGCCATTGCAAATGTTCGTGGTGGTGGAGAGTATGGAGAGCAG
TGGCACAAAGCAGGGTCTCTTGAAAATAAGCAGACATCATTTGATGACTTCATTTCTTGTGCAGAGTTCCTTATTTCAGAGGGGTACACACAACCTAAAAAGTTATGTATTGAAGGGGGCAGTAATGGTGGCCTCCTTGTTGCTGCTTGCATAAATCAGAGGCCGGATCTCTTTGGATGTGCCTTGGCTCAAGCTGGGGT
TATGGACATGTTGCGTTTTCATAAATTTACTATTGGCCATGCATGGACTACTGATTTTGGCTGTTCAGATAAGGAAGAAGAATTTCATTGGCTAATTAAATACTCACCATTGCATAATATAAAGATACCATGGGAGATACCCGG
Intron 4 GTGAGCACTG ... TTTTCATCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 26.92 | 57 | 15 | 27 |
| A2 | 23.68 | 58 | 27 | 9 |
| A3 | 20.83 | 57 | 11 | 19 |
| A4 | 23.44 | 49 | 17 | 13 |
| A5 | 45.16 | 17 | 10 | 18 |
| A6 | 32.31 | 22 | 8 | 13 |
| A7 | 27.84 | 70 | 19 | 35 |
| A8 | 29.63 | 19 | 6 | 10 |
| A9 | 16.44 | 61 | 14 | 10 |
| A10 | 20.45 | 70 | 19 | 17 |
>TRINITY_DN48433_c0_g6_i8 from sample A10 / Example spliced isoformGCAAATCTTTACGTGCGTTACTTTTACTGAAATAATTTATAGACATTTTCCAAAGGTATTTGCTGATTTTTTTTGGAAGCATGTATCTCGGGACACGACTAATGGAGCACTCTCAAATAAATGCACAATCCACAGTCCAAATACTCTGCTGTGGCACGTGCATTCATTTGATAATTGGGTTATTGCTATCAATTGGCATG
TTTTCATCCGTGTCCACGAGCCAATTGGTTTTAGGCAAATGAATTTCAGTATTGAATATGGATTCTTTCTTCACTGTTTGAACTTCAATGCGTAGGTCCGTTGATATGATTAAACGTATTTTTGTCCACACAAAAATGGTTGAAGAAATCTTTCAGTTGTGATTTCTGTCAATGTAATGGATTCACTACCAGAGCTACAT
GAGCATTTTGAGTATCCAGATGCAATAAGGGATGAAACAGTGCTGGATAACTATCATGGCGTACTCGTACCAGATCCTTACCGCTGTATGTTATCCTCTACCTCAGGGAAGGTTGTAAACCTATGAACATGCTTTATTATTGTGATATCACAGCTTTGCCTCATGGACTTAAGGGATTCAATGGCAATGAAGAGATGCTT
CCTTTTCATAAACTTATTGACAACTTTGAAGCACAGTACCATCTTGTTATAAATGATGACACTCTTTTTACTTTCCGGACTAACAAAAATGCTACAAGGTATAAGTTGGTTCGAGTAGATATTAGAGAGCCAGAGAATTGGAGAGATATAATTGAAGAATCTGAAAAGGATGTGCTTGTGTCAGCGTATGGTGTAAATAG
TGATAAACTATTGCTTTGTTACCTGAAGGATGTCAAGTATGTTCTACAAGTACGGAACTCAGAAACAGGTCAATTGCTTCATAATTTGCCAATAGATATTGGGTCGATTTCTGGCATATCTGGAAGGCGTAAAGACAGTGTGGCCTTTATAAATTTTAGAAGTTTTCTTAGTCCTAGTATTATTTATCAATGCAACTTGG
ATGCTGAGAAACCCGAGCTACAAGTGTTCCGTGAGAGTGCCATCAACCATTTTGACCGCACAGAATTTGAGACCCAACAGGTTTTTGTGCCCACTAAGGACAGAACAAAAATACCAATGTTTATCATGTCCAAGAAAAACCTCCCTCTGAATGGGCAACATCCGGCATTATTATATGGTTATGGTGGTTTCAGTGTTAAT
ATCACCCCATCCTTGAACATTGCACGCATTGTCATTGCAAAACATTTTGGCGCAGTATGTGCCATTGCAAATGTTCGTGGTGGTGGAGAGTATGGAGAGCAGTGGCACAAAGCAGGGTCTCTTGAAAATAAGCAGACATCATTTGATGACTTCATTTCTTGTGCAGAGTTCCTTATTTCAGAGGGGTACACACAACCTAA
AAAGTTATGTATTGAAGGGGGCAGTAATGGTGGCCTCCTTGTTGCTGCTTGCATAAATCAGAGGCCGGAT
>TRINITY_DN48433_c0_g6_i11 from sample A10 / Example unspliced isoform:GCAAATCTTTACGTGCGTTACTTTTACTGAAATAATTTATAGACATTTTCCAAAGGTATTTGCTGATTTTTTTTGGAAGCATGTATCTCGGGACACGACTAATGGAGCACTCTCAAATAAATGCACAATCCACAGTCCAAATACTCTGCTGTGGCACGTGCATTCATTTGATAATTGGGTTATTGCTATCAATTGGCATG
TTTTCATCCGTGTCCACGAGCCAATTGGTTTTAGGCAAATGAATTTCAGTATTGAATATGGATTCTTTCTTCACTGTTTGAACTTCAATGCGTAGGTCCGTTGATATGATTAAACGTATTTTTGTCCACACAAAAATGGTTGAAGAAATCTTTCAGTTGTGATTTCTGTCAATgtgagcactgtgatatccccgaaatta
tttttggtatccattcacaaaggtttaactagaatgttagctattttggctgttgggtgctgacaatatatggtctaggattctttgtagtgtaatgaggctccgtggtggccttcctggattcaatttatcatgcccacatcgtcattttgggtaatttcatagatttgaggaattcctaagaaccgattttaggtttt
catcagGTAATGGATTCACTACCAGAGCTACATGAGCATTTTGAGTATCCAGATGCAATAAGGGATGAAACAGTGCTGGATAACTATCATGGGGTACTCGTACCAGACCCTTACCGCTGTATGTTATCCTCTACCTCAGGGAAGGTTGTAAACCTATGAACATGCTTTATTATTGTGATATCACAGCTTTGCCTCATGGA
CTTAAGGGATTCAATGGCAATGAAGAGATGCTTCCTTTTCATAAACTTATTGACAACTTTGAAGCACAGTACCATCTTGTTATAAATGATGACACTCTTTTTACTTTCCGGACTAACAAAAATGCTACAAGGTATAAGTTGGTTCGAGTAGATATTAGAGAGCCAGAGAATTGGAGAGATATAATTGAAGAATCTGAAAA
GGATGTGCTTGTGTCAGCGTATGGTGTAAATAGTGATAAACTATTGCTTTGTTACCTGAAGGATGTCAAGTATGTTCTACAAGTACGGAACTCAGAAACAGGTCAATTGCTTCATAATTTGCCAATAGATATTGGGTCGATTTCTGGCATATCTGGAAGGCGTAAAGACAGTGTGGCCTTTATAAATTTTAGAAGTTTTC
TTAGTCCTAGTATTATTTATCAATGCAACTTGGATGCTGAGAAACCCGAGCTACAAGTGTTCCGTGAGAGTGCCATCAACCATTTTGACCGCACAGAATTTGAGACCCAACAGGTTTTTGTGCCCACTAAGGACAGAACAAAAATACCAATGTTTATCATGTCCAAGAAAAACCTCCCTCTGAATGGGCAACATCCGGCA
TTATTATATGGTTATGGTGGTTTCAGTGTTAATATCACCCCATCCTTGAACATTGCACGCATTGTCATTGCAAAACATTTTGGCGCAGTATGTGCCATTGCAAATGTTCGTGGTGGTGGAGAGTATGGAGAGCAGTGGCACAAAGCAGGGTCTCTTGAAAATAAGCAGACATCATTTGATGACTTCATTTCTTGTGCAGA
GTTCCTTATTTCAGAGGGGTACACACAACCTAAAAAGTTATGTATTGAAGGGGGCAGTAATGGTGGCCTCCTTGTTGCTGCTTGCATAAATCAGAGGCCGGAT
Intron 5 GCTTTAAAGT ... GAACCTTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 6.7 | 209 | 18 | 12 |
| A2 | 5.75 | 172 | 13 | 8 |
| A3 | 3.4 | 213 | 9 | 6 |
| A4 | 8.16 | 135 | 15 | 9 |
| A5 | 6.85 | 68 | 9 | 1 |
| A6 | 2.29 | 449 | 12 | 9 |
| A7 | 4.68 | 897 | 58 | 30 |
| A8 | 3.04 | 830 | 30 | 22 |
| A9 | 3.06 | 791 | 31 | 19 |
| A10 | 3.15 | 691 | 31 | 14 |
>TRINITY_DN118905_c0_g1_i9 from sample A2 / Example spliced isoformGGATATCGTGGAACATGTCTTCCGTTGCACACGCAAATCTTTACGTGCGTTACTTTTACTGAAATAATTTATAGACATTTTCCAAAGGTATTTGCTGATTTTTTTTGGAAGCATGTATCTCGGGACACGACTAATGGAGCACTCTCAAATAAATGCACAATCCACAGTCCAAATACTCTGCTGTGGCACGTGCATTCATT
TGATAATTGGGTTATTGCTATCAATTGGCATGTTTTCATCCGTGTCCACGAGCCAATTGGTTTTAGGCAAATGAATTTCAGTATTGAATATGGATTCTTTCTTCACTGTTTGAACTTCAATGCGTAGGTCCGTTGATATGATTAAACGTATTTTTGTCCACACAAAAATGGTTGAAGAAATCTTTCAGTTGTGATTTCTG
TCAATGTAATGGATTCACTACCAGAGCTACATGAGCATTTTGAGTATCCAGATGCAATAAGGGATGAAACAGTGCTGGATAACTATCATGGCGTACTCGTACCAGATCCTTACCGCTGGCTTGAAGATTCCCATGCAAAAGAAGTGAAGTATTTTGTTGCAAAGCAAGCAGGGTTAACTGAGTCCTTGCTTCAGACATGT
GAAACAAGAGAGAAACTGAGAGAATGCATCAGCAAACTTAGTGACCGCCCTAGATACGGTCGTCCCTTTAGACGAGGTGACAAGTATTTCTTCTTTTACAATACCGGGCTTCAAGCCCAGAATGTCCTCTATGTCCAGGATGGGTTGGATGGAGAAGCAGAGGTTTTATTTGATCCCAACAACCTCGGGGAAGATGGAAC
TACTGCTTTGAGTATTTTTGCTGTCAGTGAAAATGCAGAATTCCTAGCTGTTGGCCTAAGCTCTAGGGGTAGTGACTGGGTGAATATAAAGATCATCCGTGTGTCAGACAAAGGCATGGAACATGATTCTCTTTCATGGGTGAAGTTTACATCCATAGCATGGACTCAAGATAGTAAAGGGTTCTTTTATAGTCGTTATC
CTCCACTAATAAAAGGAAAGGAAGTGAATGAAGGAACAGAAACAAATATCAATCTTTATCATCAAGTTTATTACCATTTCGTGGGCACCAATCAGTCAGAAGATATTCTCTGTTGGAAAGATCCTAAAAATCCTAAACGTTTGTTTCGGACCGCAGTAACAGAGGATGGAAAGTATGTTATCCTCTACCTCAGGGAAGGT
TGTAAACCTATGAACATGCTTTATTATTGTGATATCACAGCTTTGCCTCATGGACTTAAGGGATTCAATGGCAATGAAGAGATGCTTCCTTTTCATAAACTTATTGACAACTTTGAAGCACAGTACCATCTTGTTATAAATGATGACACTCTTTTTACTTTCCGGACTAACAAAAATGCTACAAGGTATAAGTTGGTTCG
AGTAGATATTAGAGAGCCAGAGAATTGGAGAGATATAATTGAAGAATCTGAAAAGGATGTGCTTGTGTCAGCGTATGGTGTAAATAGTGATAAACTATTGCTTTGTTACCTGAAGGATGTCAAGTATGTTCTACAAGTACGGAACTCAGAAACAGGTCAATTGCTTCATAATTTGCCAATAGATATTGGGTCGATTTCTG
GCATATCTGGAAGGCGTAAAGACAGTGTGGCCTTTATAAATTTTAGAAGTTTTCTTAGTCCTAGTATTATTTATCAATGCAACTTGGATGCTGAGAAACCCGAGCTACAAGTGTTCCGTGAGAGTGCCATCAACCATTTTGACCGCACAGAATTTGAGACCCAACAGGTTTTTGTGCCCACTAAGGACAGAACAAAAATA
CCAATGTTTATCATGTCCAAGAAAAACCTCCCTCTGAATGGGCAACATCCGGCATTATTATATGGTTATGGTGGTTTCAGTGTTAATATCACCCCATCCTTGAACATTGCACGCATTGTCATTGCAAAACATTTTGGCGCAGTATGTGCCATTGCAAATGTTCGTGGTGGTGGAGAGTATGGAGAGCAGTGGCACAAAGC
AGGGTCTCTTGAAAATAAGCAGACATCATTTGATGACTTCATTTCTTGTGCAGAGTTCCTTATTTCAGAGGGGTACACACAACCTAAAAAGTTATGTATTGAAGGGGGCAGTAATGGTGGCCTCCTTGTTGCTGCTTGCATAAATCAGAGGCCGGATCTCTTTGGATGTGCCTTGGCTCAAGCTGGGGTTATGGACATGT
TGCGTTTTCATAAATTTACTATTGGCCATGCATGGACTACTGATTTTGGCTGTTCAGATAAGGAAGAAGAATTTCATTGGCTAATTAAATACTCACCATTGCATAATATAAAGATACCATGGGAGATACCCGG
>TRINITY_DN118905_c0_g1_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:GGATATCGTGGAACATGTCTTCCGTTGCACACGCAAATCTTTACGTGCGTTACTTTTACTGAAATAATTTATAGACATTTTCCAAAGGTATTTGCTGATTTTTTTTGGAAGCATGTATCTCGGGACACGACTAATGGAGCACTCTCAAATAAATGCACAATCCACAGTCCAAATACTCTGCTGTGGCACGTGCATTCATT
TGATAATTGGGTTATTGCTATCAATTGGCATGTTTTCATCCGTGTCCACGAGCCAATTGGTTTTAGGCAAATGAATTTCAGTATTGAATATGGATTCTTTCTTCACTGTTTGAACTTCAATGCGTAGGTCCGTTGATATGATTAAACGTATTTTTGTCCACACAAAAATGGTTGAAGAAATCTTTCAGTTGTGATTTCTG
TCAATGTAATGGATTCACTACCAGAGCTACATGAGCATTTTGAGTATCCAGATGCAATAAGGGATGAAACAGTGCTGGATAACTATCATGGCGTACTCGTACCAGATCCTTACCGCTGGCTTGAAGATTCCCATGCAAAAGAAGTGAAGTATTTTGTTGCAAAGCAAGCAGGGTTAACTGAGTCCTTGCTTCAGACATGT
GAAACAAGAGAGAAACTGAGAGAATGCATCAGCAAACTTAGTGACCGCCCTAGATACGGTCGTCCCTTTAGACGAGGTGACAAGTATTTCTTCTTTTACAATACCGGGCTTCAAGCCCAGAATGTCCTCTATGTCCAGGATGGGTTGGATGGAGAAGCAGAGGTTTTATTTGATCCCAACAACCTCGGGGAAGATGGAAC
TACTGCTTTGAGTATTTTTGCTGTCAGTGAAAATGCAGAATTCCTAGCTGTTGGCCTAAGCTCTAGGGGTAGTGACTGGGTGAATATAAAGATCATCCGTGTGTCAGACAAAGGCATGGAACATGATTCTCTTTCATGGGTGAAGTTTACATCCATAGCATGGACTCAAGATAGTAAAGGGTTCTTTTATAGTCGTTATC
CTCCACTAATAAAAGGAAAGGAAGTGAATGAAGGAACAGAAACAAATATCAATCTTTATCATCAAGTTTATTACCATTTCGTGGGCACCAATCAGTCAGAAGATATTCTCTGTTGGAAAGATCCTAAAAATCCTAAACGTTTGTTTCGGACCGCAGTAACAGAGGATGGAAAGTATGTTATCCTCTACCTCAGGGAAGGT
TGTAAACCTATGAACATGCTTTATTATTGTGATATCACAGCTTTGCCTCATGGACTTAAGGGATTCAATGGCAATGAAGAGATGCTTCCTTTTCATAAACTTATTGACAACTTTGAAGCACAGTACCATCTTGTTATAAATGATGACACTCTTTTTACTTTCCGGACTAACAAAAATGCTACAAGGTATAAGTTGGTTCG
AGTAGATATTAGAGAGCCAGAGAATTGGAGAGATATAATTGAAGAATCTGAAAAGGATGTGCTTGTGTCAGCGTATGGTGTAAATAGTGATAAACTATTGCTTTGTTACCTGAAGGATGTCAAGTATGTTCTACAAGTACGGAACTCAGAAACAGGTCAATTGCTTCATAATTTGCCAATAGATATTGGGTCGATTTCTG
GCATATCTGGAAGGCGTAAAGACAGTGTGGCCTTTATAAATTTTAGAAGTTTTCTTAGTCCTAGTATTATTTATCAATGCAACTTGGATGCTGAGAAACCCGAGCTACAAGTGTTCCGTGAGAGTGCCATCAACCATTTTGACCGCACAGAATTTGAGACCCAACAGGTTTTTGTGCCCACTAAGGACAGAACAAAAATA
CCAATGTTTATCATGTCCAAGAAAAACCTCCCTCTGAATGGGCAACATCCGGCATTATTATATGGTTATGGTGGTTTCAGTGTTAATATCACCCCATCCTTGAACATTGCACGCATTGTCATTGCAAAACATTTTGGCGCAGTATGTGCCATTGCAAATGTTCGTGGTGGTGGAGAGTATGGAGAGCAGTGGCACAAAGC
AGGGTCTCTTGAAAATAAGCAGACATCATTTGATGACTTCATTTCTTGTGCAGAGTTCCTTATTTCAGAGGGGTACACACAACCTAAAAAGTTATGTATTGAAGGGGGCAGTAATGGTGGCCTCCTTGTTGCTGCTTGCATAAATCAGgctttaaagtttaaaatctgatgtcttttgtgaacctttagAGGCCGGATCT
CTTTGGATGTGCCTTGGCTCAAGCTGGGGTTATGGACATGCTGCGTTTTCATAAATTTACTATAG
Intron 6 GCTTGAAGAT ... GGATGGAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 49.61 | 32.5 | 30 | 34 |
| A2 | 48.82 | 21.5 | 19 | 22 |
| A3 | 49.55 | 27.5 | 18 | 36 |
| A4 | 49.61 | 29.5 | 31 | 27 |
| A5 | 61.18 | 11.5 | 12 | 24 |
| A6 | 34.16 | 13.5 | 3 | 11 |
| A7 | 36.02 | 51.5 | 23 | 35 |
| A8 | 28.38 | 26.5 | 6 | 15 |
| A9 | 52.27 | 21 | 17 | 29 |
| A10 | 53.91 | 39 | 31 | 60 |
>TRINITY_DN48248_c2_g2_i11 from sample A7 / Example spliced isoformCTTTCACTGAAATAATTTATAGACATTTTCCAAAGGTATTTGCTGATTTTTTTTGGAAGCATGTATCTCGGGACACGACTAATGGACCACTCTCAAATAAATGCACAATCCACAGTCCAAATACTCTGCTGTGGCACGTGCATTCATTTGATAATTGGGTTATTGCTATCAATTGGCATGTTTTCATCCGTGTCCACGAG
CCAATTGGTTTTAGGCAAATGAATTTCAGTATTGAATATGGATTCTTTCTTCACTGTTTGAACTTCAATGCGTAGGTCCGTTGATATGATTAAACGTATTTTTGTCCACACAAAAATGGTTGAAGAAATCTTTCAGTTGTGATTCCTGTGAATGTGAGCACTGTGATATCCCCCGAAATTATTTTTGGTATCCATTCACA
AAGGTTTAACTAGAATGTTAGCTATTTTGGCTGTTGGGTGCTGACAATATATGGTCTAGGATTCTTTGTAGTGTAATGAGGCTCCGTGGTGGCCTTCCTGGATTCAATTTATCATGCCCACATCGTCATTTTGGGTAATTTCATAGATTTGAGGAATTCCTAAGAACCGATTTTAGGTTTTCATCAGGTAATGGATTCAC
TACCAGAGCTACATGAGCATTTTGAGTATCCAGATGCAATAAGGGATGAAACAGTGCTGGATAACTATCATGGCGTACTCGTACCAGATCCTTACCGCTGTATGTTATCCTCTACCTCAGGGAAGGTTGTAAACCTATGAACATGCTTTATTATTGTGATATCACAGCTTTGCCTCATGGACTTCAGGGATTCAATGGCA
ATGAAGAGATGCTTCCTTTTCATAAACTTATTGACAACTTTGAAGCACAGTACCATCTTGTTATAAATGATGACACTCTTTTTACTTTCCGGACTAACAAAAATGCTACAAGGTATAAGTTGGTTCGAGTAGATATTAGAGAGCCAGAGAATTGGAGAGATATAATTGAAGAATCTGAAAAGGATGTGCTTGTGTCAGCG
TATGGTGTAAATAGTGATAAACTATTGCTTTGTTACCTGAAGGATGTCAAGTATGTTCTACAAGTACGGAACTCAGAAACAGGTCAATTGCTTCATAATTTGCCAATAGATATTGGGTCGATTTCTGGCATATCTGGAAGGCGTAAAGACAGTGTGGCCTTTATAAATTTTAGAAGCTTTCTTAGTCCTAGTATTATTTA
TCAATGCAACTTGGATGCTGAGAAACCCGAGCTACAAGTGTTCCGTGAGAGTGCCATCAACCATTTTGACCGCACAGAATTTGAGACCCAACAGGTTTTTGTGCCCACTAAGGACAGAACAAAAATACCAATGTTTATCATGTCCAAGAAAAACCTCCCTCTGAATGGGCAACATCCGGCATTATTATATGGTTATGGTG
GTTTCAGTGTTAATATCACCCCATCCTTGAACATTGCACGCATTGTCATTGCAAAACATTTTGGCGCAGTATGTGCCATTGCAAATGTTCGTGGTGGTGGAGAGTATGGAGAGCAGTGGCACAAAGCAGGGTCTCTTGAAAATAAGCAGACATCATTTGATGACTTCATTTCTTGTGCAGAGTTCCTTATTTCAGAGGGG
TACACACAACCTAAAAAGTTATGTATTGAAGG
>TRINITY_DN48248_c2_g2_i8 from sample A7 / Example unspliced isoform:CTTTCACTGAAATAATTTATAGACATTTTCCAAAGGTATTTGCTGATTTTTTTTGGAAGCATGTATCTCGGGACACGACTAATGGACCACTCTCAAATAAATGCACAATCCACAGTCCAAATACTCTGCTGTGGCACGTGCATTCATTTGATAATTGGGTTATTGCTATCAATTGGCATGTTTTCATCCGTGTCCACGAG
CCAATTGGTTTTAGGCAAATGAATTTCAGTATTGAATATGGATTCTTTCTTCACTGTTTGAACTTCAATGCGTAGGTCCGTTGATATGATTAAACGTATTTTTGTCCACACAAAAATGGTTGAAGAAATCTTTCAGTTGTGATTTCTGTCAATGTAATGGATTCACTACCAGAGCTACATGAGCATTTTGAGTATCCAGA
TGCAATAAGGGATGAAACAGTGCTGGATAACTATCATGGCGTACTCGTACCAGATCCTTACCGCTGgcttgaagattcccatgcaaaagaagtgaagtattttgttgcaaagcaagcagggttaactgagtccttgcttcagacatgtgaaacaagagagaaactgagagaatgcatcagcaaacttagtgaccgcccta
gatacggtcgtccctttagacgaggtgacaagtatttcttcttttacaataccgggcttcaagcccagaatgtcctctatgtccaggtatgctccaaaatcattagagaaatattaactaggcacagatcagatgacatattttcaaacttggaaattgatcatctcatcttgatttacacaagggaggagttcaatccc
tttgctaccatacttgcagttttcctcacttttgtggagttacttaattcaggatgggttggatggagaagcagaggttttatttgatcccaacaacctcggggaagatggaactactgctttgagtatttttgctgtcagtgaaaatgcagaattcctagctgttggcctaagctctaggggtagtgactgggtgaata
taaagatcatccgtgtgtcagacaaaggcatggaacatgattctctttcatgggtgaagtttacatccatagcatggactcaagatagtaaagggttcttttatagtcgttatcctccactaataaaaggaaaggaagtgaatgaaggaacagaaacaaatatcaatctttatcatcaagtttattaccatttcgtgggc
accaatcagtcagaagatattctctgttggaaagatcctaaaaatcctaaacgtttgtttcggaccgcagtaacagaggatggaaagTATGTTATCCTCTACCTCAGGGAAGGTTGTAAACCTATGAACATGCTTTATTATTGTGATATCACAGCTTTGCCTCATGGACTTCAGGGATTCAATGGCAATGAAGAGATGCT
TCCTTTTCATAAACTTATTGACAACTTTGAAGCACAGTACCATCTTGTTATAAATGATGACACTCTTTTTACTTTCCGGACTAACAAAAATGCTACAAGGTATAAGTTGGTTCGAGTAGATATTAGAGAGCCAGAGAATTGGAGAGATATAATTGAAGAATCTGAAAAGGATGTGCTTGTGTCAGCGTATGGTGTAAATA
GTGATAAACTATTGCTTTGTTACCTGAAGGATGTCAAGTATGTTCTACAAGTACGGAACTCAGAAACAGGTCAATTGCTTCATAATTTGCCAATAGATATTGGGTCGATTTCTGGCATATCTGGAAGGCGTAAAGACAGTGTGGCCTTTATAAATTTTAGAAGCTTTCTTAGTCCTAGTATTATTTATCAATGCAACTTG
GATGCTGAGAAACCCGAGCTACAAGTGTTCCGTGAGAGTGCCATCAACCATTTTGACCGCACAGAATTTGAGACCCAACAGGTTTTTGTGCCCACTAAGGACAGAACAAAAATACCAATGTTTATCATGTCCAAGAAAAACCTCCCTCTGAATGGGCAACATCCGGCATTATTATATGGTTATGGTGGTTTCAGTGTTAA
TATCACCCCATCCTTGAACATTGCACGCATTGTCATTGCAAAACATTTTGGCGCAGTATGTGCCATTGCAAATGTTCGTGGTGGTGGAGAGTATGGAGAGCAGTGGCACAAAGCAGGGTCTCTTGAAAATAAGCAGACATCATTTGATGACTTCATTTCTTGTGCAGAGTTCCTTATTTCAGAGGGGTACACACAACCTA
AAAAGTTATGTATTGAAGGAGGCAGCAATGGTGGTCTTCTTGTTGCAGCTTGTGTAAATCAGAGACCTGACCTATTTGGCTGTGCACTGGCTCATGTGGGTGTTATGGACATGTTGCGTTTTCATAAATTTACTATTGGTCATGCATGGACTACTGATTTTGGCTGTTCAGATAAGGAGGAAGAATTTCATTGGCTGATT
AAATACTCACCATTGCATAATGTAAAGAGACCATGGGAGATACCCGGACAGTATTTACAGTATCCTGCTACAATGCTATTGACAGCAGATCATGATGACCGTGTTGTGCCACTCCATTCTTTGAAACTCCTAGCAACGATGCAATATGTTCTATGTAAAAGCGTGGAGAATAGCCCACAGACCAATCCCATTATTGGCCG
AATTGATACAAAATCTGGGCATGGTGCAGGAAAGCCAATGCAAAAAGTGATTGACGGGACAGCAGACAGATATGCTTTCATGGCCAAAGTAGTCGGTGCGTCATGGATTGACTAGCCTAGGGTGGGGAACTTTTGGCAAAGCTCGAAGCTGCTGCTGGAACTAATATTGCACCAGATGAACAAGAAATTGCTCTTGCAAC
TTAGTGTCACACACACTATAGTTGTCGTGCCAGTTATGATGGGATTTATGTCAATTTAGCTACTTGAGTTTCTATATTTTTAGGTTGTTGAAACGATTGTAGTTGGCAATGAATACTAGTGAAATTTTAAAGGGCTTCTTCAAGTGTCACACTCGAAACTGGTACTTATGAATGATACTGTGTTTTTTTTCAGGAAATTA
AGTAGACATAGGTCAGCTTATATGCAGAGAGTACAAGTCAAAGTGCAGTCTTCAACATAGGTAAACTAGACTGCCGTGATAGGGAAAAATAAGCAAACAATTCAATGCTTTTGATATGCCATTGTTGTTATGTGACCACTGAAAACCATTTATCGTGGTAGGGTAAAAGCTACA
Intron 7 GTGAGCACTG ... CCGATTTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 24.36 | 59 | 15 | 23 |
| A2 | 23.19 | 53 | 29 | 3 |
| A3 | 20 | 56 | 12 | 16 |
| A4 | 24.8 | 47 | 17 | 14 |
| A5 | 34.18 | 26 | 8 | 19 |
| A6 | 33.33 | 21 | 8 | 13 |
| A7 | 25.97 | 67 | 17 | 30 |
| A8 | 28.3 | 19 | 6 | 9 |
| A9 | 13.89 | 62 | 12 | 8 |
| A10 | 20.26 | 61 | 19 | 12 |
>TRINITY_DN48248_c2_g2_i6 from sample A7 / Example spliced isoformCTTTCACTGAAATAATTTATAGACATTTTCCAAAGGTATTTGCTGATTTTTTTTGGAAGCATGTATCTCGGGACACGACTAATGGACCACTCTCAAATAAATGCACAATCCACAGTCCAAATACTCTGCTGTGGCACGTGCATTCATTTGATAATTGGGTTATTGCTATCAATTGGCATGTTTTCATCCGTGTCCACGAG
CCAATTGGTTTTAGGCAAATGAATTTCAGTATTGAATATGGATTCTTTCTTCACTGTTTGAACTTCAATGCGTAGGTCCGTTGATATGATTAAACGTATTTTTGTCCACACAAAAATGGTTGAAGAAATCTTTCAGTTGTGATTCCTGTGAATGTTTTCATCAGGTAATGGATTCACTACCAGAGCTACATGAGCATTTT
GAGTATCCAGATGCAATAAGGGATGAAACAGTGCTGGATAACTATCATGGGGTACTCGTACCAGACCCTTACCGCTGGCTTGAAGATTCCCATGCAAAAGAAGTGAAGTATTTTGTTGCAAAGCAAGCAGGGTTAACTGAGTCCTTGCTTCAGACATGTGAAACAAGAGAGAAACTGAGAGAATGCATCAGCAAACTTAG
TGACCGCCCTAGATACGGTCGTCCCTTTAGACGAGGTGACAAGTATTTCTTCTTTTACAATACCGGGCTTCAAGCCCAGAATGTCCTCTATGTCCAGGATGGGTTGGATGGAGAAGCAGAGGTTTTATTTGATCCCAACAACCTCGGGGAAGATGGAACTACTGCTTTGAGTATTTTTGCTGTCAGTGAAAATGCAGAAT
TCCTAGCTGTTGGCCTAAGCTCTAGGGGTAGTGACTGGGTGAATATAAAGATCATCCGTGTGTCAGACAAAGGCATGGAACATGATTCTCTTTCATGGGTGAAGTTTACATCCATAGCATGGACTCAAGATAGTAAAGGGTTCTTTTATAGTCGTTATCCTCCACTAATAAAAGGAAAGGAAGTGAATGAAGGAACAGAA
ACAAATATCAATCTTTATCATCAAGTTTATTACCATTTCGTGGGCACCAATCAGTCAGAAGATATTCTCTGTTGGAAAGATCCTAAAAATCCTAAACGTTTGTTTCGGACCGCAGTAACAGAGGATGGAAAGTATGTTATCCTCTACCTCAGGGAAGGTTGTAAACCTATGAACATGCTTTATTATTGTGATATCACAGC
TTTGCCTCATGGACTTCAGGGATTCAATGGCAATGAAGAGATGCTTCCTTTTCATAAACTTATTGACAACTTTGAAGCACAGTACCATCTTGTTATAAATGATGACACTCTTTTTACTTTCCGGACTAACAAAAATGCTACAAGGTATAAGTTGGTTCGAGTAGATATTAGAGAGCCAGAGAATTGGAGAGATATAATTG
AAGAATCTGAAAAGGATGTGCTTGTGTCAGCGTATGGTGTAAATAGTGATAAACTATTGCTTTGTTACCTGAAGGATGTCAAGTATGTTCTACAAGTACGGAACTCAGAAACAGGTCAATTGCTTCATAATTTGCCAATAGATATTGGGTCGATTTCTGGCATATCTGGAAGGCGTAAAGACAGTGTGGCCTTTATAAAT
TTTAGAAGCTTTCTTAGTCCTAGTATTATTTATCAATGCAACTTGGATGCTGAGAAACCCGAGCTACAAGTGTTCCGTGAGAGTGCCATCAACCATTTTGACCGCACAGAATTTGAGACCCAACAGGTTTTTGTGCCCACTAAGGACAGAACAAAAATACCAATGTTTATCATGTCCAAGAAAAACCTCCCTCTGAATGG
GCAACATCCGGCATTATTATATGGTTATGGTGGTTTCAGTGTTAATATCACCCCATCCTTGAACATTGCACGCATTGTCATTGCAAAACATTTTGGCGCAGTATGTGCCATTGCAAATGTTCGTGGTGGTGGAGAGTATGGAGAGCAGTGGCACAAAGCAGGGTCTCTTGAAAATAAGCAGACATCATTTGATGACTTCA
TTTCTTGTGCAGAGTTCCTTATTTCAGAGGGGTACACACAACCTAAAAAGTTATGTATTGAAGGGGGCAGTAATGGTGGCCTCCTTGTTGCTGCTTGCATAAATCAGGCTTTAAAGTTTAAAATCTGATGTCTTTTGTGAACCTTTAGAGGCCAGATCTCTTTGGATGTGCCTTGGCTCAAGCTGGGGTTATGGACATGC
TGCGTTTTCATAAATTTACTATAGAG
>TRINITY_DN48248_c2_g2_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:CTTTCACTGAAATAATTTATAGACATTTTCCAAAGGTATTTGCTGATTTTTTTTGGAAGCATGTATCTCGGGACACGACTAATGGACCACTCTCAAATAAATGCACAATCCACAGTCCAAATACTCTGCTGTGGCACGTGCATTCATTTGATAATTGGGTTATTGCTATCAATTGGCATGTTTTCATCCGTGTCCACGAG
CCAATTGGTTTTAGGCAAATGAATTTCAGTATTGAATATGGATTCTTTCTTCACTGTTTGAACTTCAATGCGTAGGTCCGTTGATATGATTAAACGTATTTTTGTCCACACAAAAATGGTTGAAGAAATCTTTCAGTTGTGATTCCTGTGAATgtgagcactgtgatatcccccgaaattatttttggtatccattcaca
aaggtttaactagaatgttagctattttggctgttgggtgctgacaatatatggtctaggattctttgtagtgtaatgaggctccgtggtggccttcctggattcaatttatcatgcccacatcgtcattttgggtaatttcatagatttgaggaattcctaagaaccgattttagGTTTTCATCAGGTAATGGATTCAC
TACCAGAGCTACATGAGCATTTTGAGTATCCAGATGCAATAAGGGATGAAACAGTGCTGGATAACTATCATGGGGTACTCGTACCAGACCCTTACCGCTGGCTTGAAGATTCCCATGCAAAAGAAGTGAAGTATTTTGTTGCAAAGCAAGCAGGGTTAACTGAGTCCTTGCTTCAGACATGTGAAACAAGAGAGAAACTG
AGAGAATGCATCAGCAAACTTAGTGACCGCCCTAGATACGGTCGTCCCTTTAGACGAGGTGACAAGTATTTCTTCTTTTACAATACCGGGCTTCAAGCCCAGAATGTCCTCTATGTCCAGGATGGGTTGGATGGAGAAGCAGAGGTTTTATTTGATCCCAACAACCTCGGGGAAGATGGAACTACTGCTTTGAGTATTTT
TGCTGTCAGTGAAAATGCAGAATTCCTAGCTGTTGGCCTAAGCTCTAGGGGTAGTGACTGGGTGAATATAAAGATCATCCGTGTGTCAGACAAAGGCATGGAACATGATTCTCTTTCATGGGTGAAGTTTACATCCATAGCATGGACTCAAGATAGTAAAGGGTTCTTTTATAGTCGTTATCCTCCACTAATAAAAGGAA
AGGAAGTGAATGAAGGAACAGAAACAAATATCAATCTTTATCATCAAGTTTATTACCATTTCGTGGGCACCAATCAGTCAGAAGATATTCTCTGTTGGAAAGATCCTAAAAATCCTAAACGTTTGTTTCGGACCGCAGTAACAGAGGATGGAAAGTATGTTATCCTCTACCTCAGGGAAGGTTGTAAACCTATGAACATG
CTTTATTATTGTGATATCACAGCTTTGCCTCATGGACTTCAGGGATTCAATGGCAATGAAGAGATGCTTCCTTTTCATAAACTTATTGACAACTTTGAAGCACAGTACCATCTTGTTATAAATGATGACACTCTTTTTACTTTCCGGACTAACAAAAATGCTACAAGGTATAAGTTGGTTCGAGTAGATATTAGAGAGCC
AGAGAATTGGAGAGATATAATTGAAGAATCTGAAAAGGATGTGCTTGTGTCAGCGTATGGTGTAAATAGTGATAAACTATTGCTTTGTTACCTGAAGGATGTCAAGTATGTTCTACAAGTACGGAACTCAGAAACAGGTCAATTGCTTCATAATTTGCCAATAGATATTGGGTCGATTTCTGGCATATCTGGAAGGCGTA
AAGACAGTGTGGCCTTTATAAATTTTAGAAGCTTTCTTAGTCCTAGTATTATTTATCAATGCAACTTGGATGCTGAGAAACCCGAGCTACAAGTGTTCCGTGAGAGTGCCATCAACCATTTTGACCGCACAGAATTTGAGACCCAACAGGTTTTTGTGCCCACTAAGGACAGAACAAAAATACCAATGTTTATCATGTCC
AAGAAAAACCTCCCTCTGAATGGGCAACATCCGGCATTATTATATGGTTATGGTGGTTTCAGTGTTAATATCACCCCATCCTTGAACATTGCACGCATTGTCATTGCAAAACATTTTGGCGCAGTATGTGCCATTGCAAATGTTCGTGGTGGTGGAGAGTATGGAGAGCAGTGGCACAAAGCAGGGTCTCTTGAAAATAA
GCAGACATCATTTGATGACTTCATTTCTTGTGCAGAGTTCCTTATTTCAGAGGGGTACACACAACCTAAAAAGTTATGTATTGAAGGGGGCAGTAATGGTGGCCTCCTTGTTGCTGCTTGCATAAATCAGGCTTTAAAGTTTAAAATCTGATGTCTTTTGTGAACCTTTAGAGGCCAGATCTCTTTGGATGTGCCTTGGC
TCAAGCTGGGGTTATGGACATGCTGCGTTTTCATAAATTTACTATAGAG
Intron 8 GTGAAGTTTA ... GGATGGAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 51.13 | 32.3 | 33.5 | 34 |
| A2 | 48.43 | 21.3 | 18 | 22 |
| A3 | 51.53 | 27.8 | 23 | 36 |
| A4 | 43.6 | 30.3 | 19.8 | 27 |
| A5 | 59.36 | 10.8 | 7.3 | 24 |
| A6 | 38.22 | 13.8 | 6 | 11 |
| A7 | 39.69 | 51.3 | 32.5 | 35 |
| A8 | 32.28 | 26.8 | 10.5 | 15 |
| A9 | 53.07 | 21 | 18.5 | 29 |
| A10 | 50.35 | 40.5 | 22.5 | 59.5 |
>TRINITY_DN118905_c0_g1_i12 from sample A2 / Example spliced isoformGGATATCGTGGAACATGTCTTCCGTTGCACACGCAAATCTTTACGTGCGTTACTTTTACTGAAATAATTTATAGACATTTTCCAAAGGTATTTGCTGATTTTTTTTGGAAGCATGTATCTCGGGACACGACTAATGGAGCACTCTCAAATAAATGCACAATCCACAGTCCAAATACTCTGCTGTGGCACGTGCATTCATT
TGATAATTGGGTTATTGCTATCAATTGGCATGTTTTCATCCGTGTCCACGAGCCAATTGGTTTTAGGCAAATGAATTTCAGTATTGAATATGGATTCTTTCTTCACTGTTTGAACTTCAATGCGTAGGTCCGTTGATATGATTAAACGTATTTTTGTCCACACAAAAATGGTTGAAGAAATCTTTCAGTTGTGATTTCTG
TCAATGTAATGGATTCACTACCAGAGCTACATGAGCATTTTGAGTATCCAGATGCAATAAGGGATGAAACAGTGCTGGATAACTATCATGGCGTACTCGTACCAGATCCTTACCGCTGTATGTTATCCTCTACCTCAGGGAAGGTTGTAAACCTATGAACATGCTTTATTATTGTGATATCACAGCTTTGCCTCATGGAC
TTAAGGGATTCAATGGCAATGAAGAGATGCTTCCTTTTCATAAACTTATTGACAACTTTGAAGCACAGTACCATCTTGTTATAAATGATGACACTCTTTTTACTTTCCGGACTAACAAAAATGCTACAAGGTATAAGTTGGTTCGAGTAGATATTAGAGAGCCAGAGAATTGGAGAGATATAATTGAAGAATCTGAAAAG
GATGTGCTTGTGTCAGCGTATGGTGTAAATAGTGATAAACTATTGCTTTGTTACCTGAAGGATGTCAAGTATGTTCTACAAGTACGGAACTCAGAAACAGGTCAATTGCTTCATAATTTGCCAATAGATATTGGGTCGATTTCTGGCATATCTGGAAGGCGTAAAGACAGTGTGGCCTTTATAAATTTTAGAAGTTTTCT
TAGTCCTAGTATTATTTATCAATGCAACTTGGATGCTGAGAAACCCGAGCTACAAGTGTTCCGTGAGAGTGCCATCAACCATTTTGACCGCACAGAATTTGAGACCCAACAGGT
>TRINITY_DN118905_c0_g1_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:GGATATCGTGGAACATGTCTTCCGTTGCACACGCAAATCTTTACGTGCGTTACTTTTACTGAAATAATTTATAGACATTTTCCAAAGGTATTTGCTGATTTTTTTTGGAAGCATGTATCTCGGGACACGACTAATGGAGCACTCTCAAATAAATGCACAATCCACAGTCCAAATACTCTGCTGTGGCACGTGCATTCATT
TGATAATTGGGTTATTGCTATCAATTGGCATGTTTTCATCCGTGTCCACGAGCCAATTGGTTTTAGGCAAATGAATTTCAGTATTGAATATGGATTCTTTCTTCACTGTTTGAACTTCAATGCGTAGGTCCGTTGATATGATTAAACGTATTTTTGTCCACACAAAAATGGTTGAAGAAATCTTTCAGTTGTGATTTCTG
TCAATGTAATGGATTCACTACCAGAGCTACATGAGCATTTTGAGTATCCAGATGCAATAAGGGATGAAACAGTGCTGGATAACTATCATGGCGTACTCGTACCAGATCCTTACCGCTGgtgaagtttacatccatagcatggactcaagatagtaaagggttcttttatagtcgttatcctccactaataaaaggaaagg
aagtgaatgaaggaacagaaacaaatatcaatctttatcatcaagtttattaccatttcgtgggcaccaatcagtcagaagatattctctgttggaaagatcctaaaaatcctaaacgtttgtttcggaccgcagtaacagaggatggaaagTATGTTATCCTCTACCTCAGGGAAGGTTGTAAACCTATGAACATGCTT
TATTATTGTGATATCACAGCTTTGCCTCATGGACTTAAGGGATTCAATGGCAATGAAGAGATGCTTCCTTTTCATAAACTTATTGACAACTTTGAAGCACAGTACCATCTTGTTATAAATGATGACACTCTTTTTACTTTCCGGACTAACAAAAATGCTACAAGGTATAAGTTGGTTCGAGTAGATATTAGAGAGCCAGA
GAATTGGAGAGATATAATTGAAGAATCTGAAAAGGATGTGCTTGTGTCAGCGTATGGTGTAAATAGTGATAAACTATTGCTTTGTTACCTGAAGGATGTCAAGTATGTTCTACAAGTACGGAACTCAGAAACAGGTCAATTGCTTCATAATTTGCCAATAGATATTGGGTCGATTTCTGGCATATCTGGAAGGCGTAAAG
ACAGTGTGGCCTTTATAAATTTTAGAAGTTTTCTTAGTCCTAGTATTATTTATCAATGCAACTTGGATGCTGAGAAACCCGAGCTACAAGTGTTCCGTGAGAGTGCCATCAACCATTTTGACCGCACAGAATTTGAGACCCAACAGGTAGAGATATTTTTTGTGATCTTATTTGCATTTTCAGTTCTTCAGTTCACTGTC
AATAATTATTTACTTGGAAAATTGTTTAGTGCTTTTTTTTTCACTTTTATTTACACTAAGAAAAGTATAGTTCCATGGTAATATGGCCCTTAGAAGTTGAGAAACATGGTTCTGTATTTTGTGTAAAATTAATGCTTCTCGTTGAAAAATGGCAGAAGACATGCATTTAATAAATGACATTCATGCAACC