NA ----> NA

Intron 1 GTGAGCATTC ... CGTTGTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	66.89	151	280.3	331
A2	72.28	104	240.3	302.7
A3	63.78	151	246.3	286.7
A4	70.18	74	163.3	185.7
A5	75.21	42	122.7	132.7
A6	71.5	873	1994	2391
A7	72.76	893	2174.3	2604
A8	71.26	1186	2683.7	3212
A9	74.43	1023	2720.7	3246.3
A10	73.05	718	1797.3	2103.7

>TRINITY_DN120725_c0_g1_i12 from sample A3 / Example spliced isoform

GCAACATCAATCTATCCCTTTCATTTCCTGATAACTGATTTCTGTTAAAAGTGCCATTCCTTTTATTTAAGTGCCATTGCTTTCTGTTGTTTAAGTGCCATTGCATTTGCAAGTAACCTCAACCTCAACCTGGCAATTGAAAGTAGCGGTGTTCTTCATTACAGCTTTCAGCATATTCAACATGGACATGGGTGCTAGCA
GCAGCAGCATTCAAAGGAACGGTGGTGGCAGCAGCAGCGACGATGGATGGTATCTTGATTACAATCCTGGCAACGGCGACGACGGATGGTATCTTGTTTCCCTCACTCTGCGCCATGGAAAGCTCGGCATCCACTATGAAAGATCTCCATACAAACGAGATGAGCTTTTGGATTTGGCCGATTTAAGAAGTCCGGAGCAT
CTGTATTCAAAGTTTCGTCGTCCATCGACCCAGCTCAAAGATAAAGAGTGCAAGAAAGCGATACCTAATCAGTTGGTAGTGGTCGCTTATCCACCACGAGCTGGTCGTCCAGATACCCTAGAAAGATGTGTCTCCCGTTTCCCGCATACGC

>TRINITY_DN120725_c0_g1_i15 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GAGTGCAAGAAAGCGATACCTAATCAGTTGGTAGTGGTCGCTTATCCACCACGAGCTGGTCGTCCAGATACCCTAGAAAGATGTgtgagcattcctaataggactcagtatttcgattgtcgcgttgtgaagGTCTCCCGTTTCCCGCATACGCAAAGTGAAAAAAAATGCATGTGCATATTCGATATCGAATGGCTTTT
TGGCCCTAATGAGGGAAAAGGGGATTATGTTTATTGTGAAAACATATATTTACTTAAGTTTGGTAAGGTTAAAAGTCACTTCATACTTACAAAAGCAGCAAAATTGATTGAATGTACACATGTACATAAAAGGGTGTGAGAAGATCATTTGGTAAGACCAAGTAACCAAAGGAAGAGATCATGATTGCTGAAGATGAGAA
TGGATTTATAGTTTACTAAAACAGAAAGTGATTACTTAGCATAAATATAATACATTGTATTTTCTTTTATTTTACTGATGTCTATTAAATAATAAGTTTATGCGAGCCAGTAAGAATTTGATAACACTGATATTTGGTACAATAATATTGATACAACATATATTTTTTCATCA

Intron 2 GTGAGCATTC ... CATTGTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	66.18	277	639	445
A2	69.43	199	516	388
A3	62.74	329	655	453
A4	67.53	145	349	254
A5	68.75	105	253	209
A6	68.72	1657	4132	3147
A7	67.79	1953	4623	3596
A8	66.65	2630	5925	4586
A9	69.93	2164	5574	4489
A10	69.43	1444	3685	2875

>TRINITY_DN48603_c0_g1_i14 from sample A10 / Example spliced isoform

GGGAAACCAGAAAACACAATATCGACTTGGTATTAGCTATTCTTGTTACTGTTATTCCGATCTGCAAGCATCGCAACATCAATCTATCCCTTTCATTTCCTGATAACTGATTTCTGTTAATAGTGCTATTCCTTTCTGTTATTTAAGTGCCATTGCTTTCTGTAAGTGCCATTGCTTTCTGTTATTTAAGTGCCATTGCT
TTCTGTTGTTTAAGTGCCATTGCATTTGCAAGTAACCTCAACCTCAACCTTGCAATTGAAAGTAGCGGTGTTCTTGATTACAGCTTTCACCATATTCAACATATTGGACATGGCTGGTAGCAGCAGCAGCATTCAAAGGAACGGTGGTGGCGGCAGCAGCAGCAATAAATGGAACGATGTTCTTGATTGCATGCCTCAAT
GGAACGATGTTCTTGATTACAAGCCTGGCAACGGCGACGACGGATGGTATCTTGTTTCCCTCACTCTGCGCCATGGAAAGCTCGGCATCCACTATGAAAAATCTCGAGGCAAACGAGACGAGCTGTTGGATTTGGCCGATTTCAGAAGTCCGGAGCATCTGTATTCAAAGTTCCGTCATCCATCGACCCAGCTCAAAGAT
AAACAGTGCAAGAGAGCGATACCTAATCAGTTGGTAGTGGTCGCTTATCCACCACGAGCTGGTCGTCCAGATTCCCTGGAAAGATCTGTCTCCCATGCTCAACATTCACAAAGTGAAAAAAAATGCATGTGCATATTCGATATCGAATGGCTTTTTGGCCCTAATGAGGAGAAAAAGGATTATGTTTATCGTGAAAACAT
ATATATACCTAACTTTGGTAACATTGAAAATCACTTCATACTTACAAATGCAGCAAAATTGATTGAAGGTACAAATGTACATAAAAGGGTGTGAAAAGATCATTTGGTGAAACCGAGTAACCAAAGGAAGTGATCATGATTGATGAAGATGAGAATGGATTTATACTTTAGTCAAAAAGAAAGTGATTAATTAGTATTAA
ATATAATACATTGTATTGTCTTTTATTTTACCGATGTCTATTAAATAATAAGTTTATGTGCGCTAGTAAGAATTTGATAACACTGATATTTGGCACAATAATATTGATGCAATATATTTTGTTTTCATTATTTAAATTTGATTTAATGTGTTACAATAATATTGATACAATATGTATTTTTTTAATCATTTAAATTTGTA
CAATAATATTGATACAACATATATTTTTTCATCATTTAAATTTAATTTAATGTATTACAATAATATTGATACAAAAA

>TRINITY_DN48603_c0_g1_i15 from sample A10 / Example unspliced isoform:

TGAGCTTTTGGATTTGGCCGATTTAAGAAGTCCGGAGCATCTGTATTCAAAGTTTCGTCGTCCATCGACCCAGCTCAAAGATAAACAGTGCAAGAGAGCGATACCTAATCAGTTGGTAGTGGTCGCTTATCCACCACGAGCTGGTCGTCCAGATTCCCTGGAAAGATCTgtgagcattcctaatagcactaggtatttcg
atgctcgcattgtgaagGTCTCCCATGCTCAACATTCACAAAGTGAAAAAAAATGCATGTGCATATTCGATATCGAATGGCTTTTTGGCCCTAATGAGGAGAAAAAGGATTATGTTTATCGTGAAAACATATATATACCTAACTTTGGTAACATTGAAAATCACTTCATACTTACAAATGCAGCAAAATTGATTGAAGGT
ACAAATGTACATAAAAGGGTGTGAAAAGATCATTTGGTGAAACCGAGTAACCAAAGGAAGTGATCATGATTGATGAAGATGAGAATGGATTTATACTTTAGTCAAAAAGAAAGTGATTAATTAGTATTAAATATAATACATTGTATTGTCTTTTATTTTACCGATGTCTATTAAATAATAAGTTTATGTGCGCTAGTAAG
AATTTGATAACACTGATATTTGGCACAATAATATTGATGCAATATATTTTGTTTTCATTATTTAAATTTGATTTAATGTGTTACAATAATATTGATACAATATGTATTTTTTTAATCATTTAAATTTGTACAATAATATTGATACAACATATATTTTTTCATCATTTAAATTTAATTTAATGTATTACAATAATATTGAT
ACAAAAA

Intron 3 GTGAGCATTC ... ATAGCACTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	57.29	277	439	304
A2	60.63	199	350	263
A3	56.51	329	487	368
A4	58.21	145	232	172
A5	58.9	105	165	136
A6	59.65	1657	2756.5	2143
A7	59.9	1953	3222	2613
A8	59.57	2630	4286	3464
A9	61.03	2164	3730	3048
A10	60.99	1444	2518	1997

>TRINITY_DN48603_c0_g1_i14 from sample A10 / Example spliced isoform

GGGAAACCAGAAAACACAATATCGACTTGGTATTAGCTATTCTTGTTACTGTTATTCCGATCTGCAAGCATCGCAACATCAATCTATCCCTTTCATTTCCTGATAACTGATTTCTGTTAATAGTGCTATTCCTTTCTGTTATTTAAGTGCCATTGCTTTCTGTAAGTGCCATTGCTTTCTGTTATTTAAGTGCCATTGCT
TTCTGTTGTTTAAGTGCCATTGCATTTGCAAGTAACCTCAACCTCAACCTTGCAATTGAAAGTAGCGGTGTTCTTGATTACAGCTTTCACCATATTCAACATATTGGACATGGCTGGTAGCAGCAGCAGCATTCAAAGGAACGGTGGTGGCGGCAGCAGCAGCAATAAATGGAACGATGTTCTTGATTGCATGCCTCAAT
GGAACGATGTTCTTGATTACAAGCCTGGCAACGGCGACGACGGATGGTATCTTGTTTCCCTCACTCTGCGCCATGGAAAGCTCGGCATCCACTATGAAAAATCTCGAGGCAAACGAGACGAGCTGTTGGATTTGGCCGATTTCAGAAGTCCGGAGCATCTGTATTCAAAGTTCCGTCATCCATCGACCCAGCTCAAAGAT
AAACAGTGCAAGAGAGCGATACCTAATCAGTTGGTAGTGGTCGCTTATCCACCACGAGCTGGTCGTCCAGATTCCCTGGAAAGATCTGTCTCCCATGCTCAACATTCACAAAGTGAAAAAAAATGCATGTGCATATTCGATATCGAATGGCTTTTTGGCCCTAATGAGGAGAAAAAGGATTATGTTTATCGTGAAAACAT
ATATATACCTAACTTTGGTAACATTGAAAATCACTTCATACTTACAAATGCAGCAAAATTGATTGAAGGTACAAATGTACATAAAAGGGTGTGAAAAGATCATTTGGTGAAACCGAGTAACCAAAGGAAGTGATCATGATTGATGAAGATGAGAATGGATTTATACTTTAGTCAAAAAGAAAGTGATTAATTAGTATTAA
ATATAATACATTGTATTGTCTTTTATTTTACCGATGTCTATTAAATAATAAGTTTATGTGCGCTAGTAAGAATTTGATAACACTGATATTTGGCACAATAATATTGATGCAATATATTTTGTTTTCATTATTTAAATTTGATTTAATGTGTTACAATAATATTGATACAATATGTATTTTTTTAATCATTTAAATTTGTA
CAATAATATTGATACAACATATATTTTTTCATCATTTAAATTTAATTTAATGTATTACAATAATATTGATACAAAAA

>TRINITY_DN48603_c0_g1_i6 from sample A10 / Example unspliced isoform:

GGGAAACCAGAAAACACAATATCGACTTGGTATTAGCTATTCTTGTTACTGTTATTCCGATCTGCAAGCATCGCAACATCAATCTATCCCTTTCATTTCCTGATAACTGATTTCTGTTAATAGTGCTATTCCTTTCTGTTATTTAAGTGCCATTGCTTCCTCTTTCACCATATTCAACATATTGGACATGGCTGGTAGCA
GCAGCAGCATTCAAAGGAACGGTGGTGGCGGCAGCAGCAGCAATAAATGGAACGATGTTCTTGATTGCATGCCTCAATGGAACGATGTTCTTGATTACAAGCCTGGCAACGGCGACGACGGATGGTATCTTGTTTCCCTCACTCTGCGCCATGGAAAGCTCGGCATCCACTATGAAAAATCTCGAGGCAAACGAGACGAG
CTGTTGGATTTGGCCGATTTCAGAAGTCCGGAGCATCTGTATTCAAAGTTCCGTCATCCATCGACCCAGCTCAAAGATAAACAGTGCAAGAGAGCGATACCTAATCAGTTGGTAGTGGTCGCTTATCCACCACGAGCTGGTCGTCCAGATTCCCTGGAAAGATCTgtgagcattcctaatagcactagGTCTCCCATGCT
CAACATTCACAAAGTGAAAAAAAATGCATGTGCATATTCGATATCGAATGGCTTTTTGGCCCTAATGAGGAGAAAAAGGATTATGTTTATCGTGAAAACATATATATACCTAACTTTGGTAACATTGAAAATCACTTCATACTTACAAATGCAGCAAAATTGATTGAAGGTACAAATGTACATAAAAGGGTGTGAAAAGA
TCATTTGGTGAAACCGAGTAACCAAAGGAAGTGATCATGATTGATGAAGATGAGAATGGATTTATACTTTAGTCAAAAAGAAAGTGATTAATTAGTATTAAATATAATACATTGTATTGTCTTTTATTTTACCGATGTCTATTAAATAATAAGTTTATGTGCGCTAGTAAGAATTTGATAACACTGATATTTGGCACAAT
AATATTGATGCAATATATTTTGTTTTCATTATTTAAATTTGATTTAATGTGTTACAATAATATTGATACAATATGTATTTTTTTAATCATTTAAATTTGTACAATAATATTGATACAACATATATTTTTTCATCATTTAAATTTAATTTAATGTATTACAATAATATTGATACAAAAA

Intron 4 GTATTTCGAT ... CATTGTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	62.59	285.8	515	436.8
A2	62.21	247.5	430.3	381
A3	58.27	345.8	510.5	449.5
A4	62.66	161	284.8	252.3
A5	63.2	126.3	224	207.8
A6	62.06	2013.5	3454.8	3101
A7	60.28	2466	3912.5	3540.3
A8	59.15	3283.8	4949.8	4524.8
A9	61.84	2862.5	4818.8	4416.5
A10	61.41	1877.3	3116	2834

>TRINITY_DN120725_c0_g1_i6 from sample A3 / Example spliced isoform

GCAACATCAATCTATCCCTTTCATTTCCTGATAACTGATTTCTGTTAAAAGTGCCATTCCTTTTATTTAAGTGCCATTGCTTTCTGTTGTTTAAGTGCCATTGCATTTGCAAGTAACCTCAACCTCAACCTGGCAATTGAAAGTAGCGGTGTTCTTGATTACAGCTTTCACCATATTCAACATATTGGACATGGCTGGTA
GCAGCAGCAGCATTCAAAGGAACGGTGGTGGCGGCAGCAGCAGCAATAAATGGAACGATGTTCTTGATTGCATGCCTCAATGGAACGATGTTCTTGATTACAAGCCTGGCAACGGCGACGACGGATGGTATCTTGTTTCCCTCACTCTGCGCCATGGAAAGCTCGGCATCCACTATGAAAAATCTCGAGGCAAACGAGAC
GAGCTGTTGGATTTGGCCGATTTCAGAAGTCCGGAGCATCTGTATTCAAAGTTCCGTCATCCATCGACCCAGCTCAAAGATAAACAGTGCAAGAGAGCGATACCTAATCAGTTGGTAGTGGTCGCTTATCCACCACGAGCTGGTCGTCCAGATTCCCTGGAAAGATCTGTGAGCATTCCTAATAGCACTAGGTCTCCCAT
GCTCAACATTCACAAAGTGAAAAAAAATGCATGTGCATATTCGATATTGAATGGCTTTTTGGCCCTAATGAGGAGAAAAAGGATTATGTTTATCGCGAAAACATATATATACCTAACTTTGGTAACATTGAAAATCACTTCATACTTACAAATGCAGCAAAATTGATTGAAGGTACAAATGTACATAAAAGGGTGTGAAA
AGATCATTTGGTGAAACCGAGTAACCAAAGGAAGTGATCATGATTGATGAAGATGAGAATGGATTTATACTTTAGTCGAAAAGAAAGTGATTAATTAGCATTAAATATAATACATTGTATTGTCTTTTATTTTACTGATGTCTATTAAATAATAAGTTTATGTGCGCTAGTAAGAATTTGATAACACTGATATTTGGTAC
AATAATATTGATACAACATATATTTTTTCATCA

>TRINITY_DN120725_c0_g1_i7 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GCAACATCAATCTATCCCTTTCATTTCCTGATAACTGATTTCTGTTAAAAGTGCCATTCCTTTTATTTAAGTGCCATTGCTTTCTGTTGTTTAAGTGCCATTGCATTTGCAAGTAACCTCAACCTCAACCTGGCAATTGAAAGTAGCGGTGTTCTTGATTACAGCTTTCACCATATTCAACATATTGGACATGGCTGGTA
GCAGCAGCAGCATTCAAAGGAACGGTGGTGGCGGCAGCAGCAGCAATAAATGGAACGATGTTCTTGATTGCATGCCTCAATGGAACGATGTTCTTGATTACAAGCCTGGCAACGGCGACGACGGATGGTATCTTGTTTCCCTCACTCTGCGCCATGGAAAGCTCGGCATCCACTATGAAAAATCTCGAGGCAAACGAGAC
GAGCTGTTGGATTTGGCCGATTTCAGAAGTCCGGAGCATCTGTATTCAAAGTTCCGTCATCCATCGACCCAGCTCAAAGATAAACAGTGCAAGAGAGCGATACCTAATCAGTTGGTAGTGGTCGCTTATCCACCACGAGCTGGTCGTCCAGATTCCCTGGAAAGATCTGTGAGCATTCCTAATAGCACTAGgtatttcga
tgctcgcattgtgaagGTCTCCCATGCTCAACATTCACAAAGTGAAAAAAAATGCATGTGCATATTCGATATTGAATGGCTTTTTGGCCCTAATGAGGAGAAAAAGGATTATGTTTATCGCGAAAACATATATATACCTAACTTTGGTAACATTGAAAATCACTTCATACTTACAAATGCAGCAAAATTGATTGAAGGTA
CAAATGTACATAAAAGGGTGTGAAAAGATCATTTGGTGAAACCGAGTAACCAAAGGAAGTGATCATGATTGATGAAGATGAGAATGGATTTATACTTTAGTCGAAAAGAAAGTGATTAATTAGCATTAAATATAATACATTGTATTGTCTTTTATTTTACTGATGTCTATTAAATAATAAGTTTATGTGCGCTAGTAAGA
ATTTGATAACACTGATATTTGGTACAATAATATTGATACAACATATATTTTTTCATCA