NA ----> NA

Intron 1 GTAAGCCTCA ... TGGTTTTAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	92.15	6.8	66.3	1
A2	89.37	13.9	101.3	4
A3	92.5	6.9	78.5	2
A4	83.3	7.9	38.6	5
A5	83.92	4.9	24.4	6
A6	91.01	78.6	714.1	41
A7	91.74	71.6	691.9	26
A8	92.44	71.4	765.6	47
A9	92.4	66.6	696.8	35
A10	90.19	65.6	542.1	39

>TRINITY_DN103647_c0_g2_i4 from sample A2 / Example spliced isoform

CGAGGATTGATCCATAAACCCTACCCTGAAAGGGTTGTATTGGTATTGTTTATAATGTTTGGTTTCGAGGTGAACCGAACTCATGGAGAGCTCTCGGCCGCACGCAGTAAGAAGCTTGCAAGTTTTATAGTGCCAACAGAGATGAATAAGGTCACGTTTTCGTGGCTGTGGAAGACTTGTACAAGTTCGCTTATGAGATC
GTAGCCATACATTGCAGAGGGGTTTCACATAGCGAAGAATCCCTGGTTAATGTTTTCGTTTGACAGGAGGGAAGACATTATCGCCAAGGTTGAAGCTGCCCTGGGATTCGATCCTGGAAAGGTGTTGTCGACAGAATTTATATTTCATTTTTAATATTAACCGTTTGTAAAAGAACAGTCGACCATTACAGGTCTTGAAC
CCTCGGCCTATAATAGCTTTTACATATTACCATGCTTGTTTGGGCTATGGTTATGGGATTTGATCCCGTTCTGCT

>TRINITY_DN103647_c0_g2_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CGAGGTGAACCGAACTCATAAGAGCTCTCGGCCGCCATGACAGTGGAAGGTTCCACGCAGTAAGAAGCTTGCAAGTTTTATAGTGCCAACAGAGATGAATAAGGTCACGTTTTCGTGGCTGTGGAAGACTTGTACAAGTTCGCTTATGAGATCGTAGCCATACATTGCAGAGGGGTTTCACATAGCGAAGAATCCCTGGT
TAATGTTTTCGTTTGACAGGAGGGAAGACATTATCGCCAAGGTTGAAGCTGCCCTGgtaagcctcaggctgtcctcgactatcttgttcgttgtgatgttttaggatgtggtctgccatactgtagggtttggtttaaatattgtttaagcctcgatgctagaatggttctgggcttcaaatatttagggtttagcgtgc
atacagatgattgaagccttaatggctaaaccagcatccttactgtaatgttctacttatgaatatacctatctggttttctgcgtaactgtggtttatgtttacgggcgttctggaaagtatgactgggtttttctttatgaaatattaagctggccctgaatacattactatttttaaattataattattgtcaatgt
tggctctgtcgtaggagataatgatgatggctttgctttataaactagttaacttagcagagatattaggctttcgagttctgtgttaatgttatataaattggtattcatggttttaagGGATTCGATCCTGGAAAGGTGTTGTCGACAGAATTTATATTTCATTTTTAATATTAACCGTTTGTAAAAGAACAGTCGAC
CATTACAGGTCTTGAACCCTCGGCCTATAATAGCTTTTACATATTACCATGCTTGTTTGGGCTATGGTTATGGGATTTGATCCCGTTCTGCT

Intron 2 GTAATGTTCA ... GTTGTGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	7.33	61.6	14	5.5
A2	5.77	103.4	35	6.6
A3	8.36	61.1	14.2	7.3
A4	10.03	37.6	6.3	5.8
A5	6	27.9	9.5	2
A6	4.87	825.1	189.8	48.5
A7	5.09	804.1	190.5	49.5
A8	4.85	807	185.1	47.2
A9	4.13	861	191.4	41.1
A10	4	662.4	158.1	30.5

>TRINITY_DN118033_c9_g3_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

TAATGTTTGGTTTCGAGGTGAACCGAACTCATGGAGAGCTCTCGGCCGCACGCAGTAAGAAGCTTGCAAGTTTTATAGTGCCAACAGAGATGAATAAGGTCACGTTTTCGTGGCTGTGGAAGACTTGTACAAGTTCGCTTATGAGATCGTAGCCATACATTGCAGAGGGGTTTCACATAGCGAAGAATCCCTGGTTAATG
TTTTCGTTTGACAGGAGGGAAGACATTATCGCCAAGGTTGAAGCTGCCCTGGTAAGCCTCAGGCTGTCCTCGACTATCTTGTTCGTTGTGATGTTTTAGGATGTGGTCTGCCATACTGTAGGGTTTGGTTTAAATATTGTTTAAGCCTCGATGCTAGAATGGTTCTGGGCTTCAAATATTTAGGGTTTAGCGTGCATACA
GATGATTGAAGCCTTAATGGCTAAACCAGCATCCTTACTGTAATGTTCTACTTATGAATATACCTATCTGGTTTTCTGCGTAACTGTGGTTTATGTTTACGGGCGTTCTGGAAAGTATGACTGGGTTTTTCTTTATGAAATATTAAGATGGCCCTGAATACATTACTATTTTTAAATTATAATTATTGTCAATGTTGGCT
CTGTCGTAGGAGATAATGATGATGGCTTTGCTTTATAAACTAGTTAACTTAGCAGAGATATTAGGCTTTCGAGTTCTGTGTTAATGTTATATAAATTGGTATTCATGGTTTTAAGGGATTCGATCCTGGAAAGGTGTTGTCGACAGAATTTATATTTCATTTTTAATATTAAC

>TRINITY_DN118033_c9_g3_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGAGAGCTCTCGGCCGCACGCAGTAAGAAGCTTGCAAGTTTTATAGTGCCAACAGAGATGAATAAGGTCACGTTTTCGTGGCTGTGGAAGACTTGTACAAGTTCGCTTATGAGATCGTAGCCATACATTGCAGAGgtaatgttcagtttccatagtatattgttttgaagtatttctatttcttttatttactataatgg
tttataatacaggttttaatcctttgcttgtttacgttgttgtgacagGGGTTTCACATAGCGAAGAAT